SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 3609772 FitnessBrowser__Dino:3609772 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 1 hits to proteins with known functional sites (download)

8b01B Cryo-em structure of the tripartite atp-independent periplasmic (trap) transporter siaqm from photobacterium profundum in a nanodisc (see paper)
32% identity, 98% coverage: 8:428/429 of query aligns to 7:424/427 of 8b01B

query
sites
8b01B
G
 
G
L
 
W
L
 
L
G
 
G
L
 
L
L
 
L
A
 
F
L
 
A
S
 
G
I
 
M
P
 
P
V
 
V
G
 
G
I
 
F
V
 
S
L
 
L
F
 
I
L
 
F
L
 
V
G
 
G
F
 
L
-
 
A
-
 
F
-
 
L
-
 
V
-
 
L
-
 
T
-
 
E
-
 
S
-
 
T
G
 
G
V
 
I
D
 
N
A
 
-
F
 
-
F
 
F
S
 
A
P
 
A
F
 
Q
P
 
Q
L
 
M
I
 
I
R
 
G
G
 
G
L
 
L
G
 
-
N
 
-
L
 
-
V
 
-
W
 
-
S
 
-
T
 
-
S
 
-
N
 
D
N
 
N
A
 
F
T
 
T
L
 
L
I
 
L
A
 
A
I
 
V
P
 
P
F
 
F
F
 
F
V
 
V
L
 
L
L
 
T
G
 
G
E
 
H
I
 
L
L
 
M
V
 
N
R
 
S
S
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
T
T
 
E
R
 
R
T
 
I
Y
 
F
S
 
N
A
 
F
L
 
A
D
 
K
R
 
A
W
 
M
V
 
V
S
 
G
W
 
H
L
 
I
P
 
T
G
 
G
G
 
S
L
 
L
V
 
G
H
 
H
A
 
V
N
 
N
V
 
I
A
 
L
T
 
A
A
 
S
T
 
L
M
 
L
F
 
F
S
|
S
A
 
G
T
 
M
S
|
S
G
|
G
S
 
S
S
 
A
V
 
L
A
 
A
T
 
D
A
 
A
A
 
G
T
 
G
V
 
L
A
 
G
T
 
Q
V
 
L
A
 
E
M
 
I
P
 
K
Q
 
S
A
 
M
E
 
R
K
 
D
L
 
A
G
 
K
Y
 
Y
D
 
D
P
 
D
R
 
D
L
 
F
F
 
A
S
 
G
G
 
G
A
 
L
I
 
T
A
 
A
A
 
A
G
 
S
G
 
C
T
 
I
L
 
I
G
|
G
I
 
P
M
 
L
I
x
V
P
|
P
P
|
P
S
 
S
I
 
I
N
 
P
L
 
L
I
 
V
V
 
I
Y
 
Y
G
 
G
F
 
V
L
 
V
T
 
S
Q
 
N
T
 
T
S
 
S
I
 
I
P
 
G
Q
 
A
L
 
L
F
 
F
L
 
L
A
 
A
G
 
G
L
 
A
V
 
I
P
 
P
G
 
G
I
 
L
A
 
L
L
 
C
A
 
C
L
 
I
G
 
A
F
 
L
M
 
C
A
 
I
I
 
M
T
 
T
V
 
Y
V
 
F
I
 
I
C
 
A
L
 
K
I
 
K
R
 
R
-
 
G
-
 
Y
-
 
M
-
 
T
-
 
L
P
 
P
E
 
R
L
 
A
G
 
S
G
 
R
L
 
K
R
 
E
R
 
R
T
 
L
F
 
I
P
 
A
F
 
F
P
 
R
E
 
D
M
 
A
L
 
F
R
 
L
A
 
S
L
 
L
L
 
L
Q
 
T
L
 
-
I
 
-
P
 
P
I
 
F
I
 
I
L
 
-
L
 
-
F
 
-
T
 
-
V
 
-
I
 
I
I
 
I
G
 
G
T
 
G
I
 
I
Y
 
F
K
 
S
G
 
G
W
 
K
A
 
F
T
 
T
P
 
P
T
 
T
E
 
E
A
 
A
A
 
A
A
 
I
V
 
I
G
 
S
V
 
S
A
 
L
G
 
Y
A
 
A
V
 
L
V
 
F
I
 
L
A
 
G
A
 
T
-
 
V
L
 
V
F
 
Y
G
 
K
G
 
S
V
 
L
S
 
T
V
 
M
K
 
D
M
 
K
F
 
F
A
 
I
D
 
K
S
 
L
I
 
V
L
 
Q
G
 
E
T
 
T
I
 
V
K
 
T
I
 
T
T
 
T
S
 
S
M
 
V
I
 
V
M
 
A
L
 
L
V
 
M
V
 
V
I
 
M
A
 
G
A
 
V
S
 
T
F
 
V
L
 
F
N
 
G
F
 
W
T
 
I
L
 
V
A
 
A
S
 
R
A
 
E
G
 
Q
L
 
L
G
 
P
R
 
Q
E
 
Q
L
 
L
Q
 
A
S
 
E
L
 
L
L
 
F
D
 
L
G
 
S
L
 
I
G
 
S
L
 
D
T
 
N
P
 
P
T
 
L
G
 
I
L
 
L
I
 
L
L
 
L
V
 
L
V
 
I
V
 
N
L
 
L
I
 
L
Y
 
L
I
 
L
V
 
F
L
 
L
G
|
G
F
x
T
F
 
F
I
 
I
E
 
E
T
 
S
L
 
L
S
 
A
L
 
L
M
 
L
V
 
L
V
 
L
T
 
L
I
 
V
P
 
P
I
 
F
I
 
L
V
 
V
P
 
P
L
 
V
V
 
A
V
 
T
A
 
S
Q
 
V
G
 
G
F
 
I
D
 
D
P
 
P
I
 
V
W
 
H
F
 
F
G
 
G
I
 
V
L
 
M
M
 
A
I
 
I
V
 
L
L
 
N
I
 
L
E
 
M
M
 
I
A
x
G
L
x
I
I
 
L
T
|
T
P
 
P
P
 
P
V
x
M
G
|
G
L
 
M
N
 
A
L
 
L
Y
 
Y
V
 
V
V
 
V
Q
 
S
G
 
-
A
 
-
R
 
-
K
 
K
S
 
V
G
 
G
K
 
N
M
 
I
-
 
P
-
 
F
S
 
H
E
 
V
V
 
L
M
 
T
V
 
R
G
 
G
A
 
V
I
 
L
P
 
P
Y
 
L
V
 
L
I
 
V
A
 
P
M
 
L
L
 
F
I
 
I
M
 
V
V
 
L
G
 
G
L
 
L
L
 
I
I
 
I
L
 
V
F
 
F
P
 
P
S
 
Q
I
 
I
A
 
T
L
 
L
Y
 
F
L
 
L
P
 
P
S
 
Q
V
 
L
L
 
V
S
 
L
G
 
G

Query Sequence

>3609772 FitnessBrowser__Dino:3609772
MIWAISAGLLGLLALSIPVGIVLFLLGFGVDAFFSPFPLIRGLGNLVWSTSNNATLIAIP
FFVLLGEILVRSGIATRTYSALDRWVSWLPGGLVHANVATATMFSATSGSSVATAATVAT
VAMPQAEKLGYDPRLFSGAIAAGGTLGIMIPPSINLIVYGFLTQTSIPQLFLAGLVPGIA
LALGFMAITVVICLIRPELGGLRRTFPFPEMLRALLQLIPIILLFTVIIGTIYKGWATPT
EAAAVGVAGAVVIAALFGGVSVKMFADSILGTIKITSMIMLVVIAASFLNFTLASAGLGR
ELQSLLDGLGLTPTGLILVVVLIYIVLGFFIETLSLMVVTIPIIVPLVVAQGFDPIWFGI
LMIVLIEMALITPPVGLNLYVVQGARKSGKMSEVMVGAIPYVIAMLIMVGLLILFPSIAL
YLPSVLSGS

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory