SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 3610733 FitnessBrowser__Dino:3610733 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1h5sB Thymidylyltransferase complexed with tmp (see paper)
62% identity, 98% coverage: 1:285/290 of query aligns to 1:285/291 of 1h5sB

query
sites
1h5sB
M
 
M
T
 
K
Q
 
M
R
 
R
K
 
K
G
 
G
I
 
I
I
 
I
L
|
L
A
 
A
G
|
G
G
|
G
S
 
S
G
 
G
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Y
 
Y
P
 
P
I
 
V
T
 
T
I
 
M
G
 
A
V
 
V
S
 
S
K
 
K
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
P
 
P
I
 
I
Y
 
Y
D
 
D
K
 
K
P
 
P
M
 
M
I
 
I
Y
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
I
 
L
S
 
S
V
 
T
L
 
L
M
 
M
L
 
L
A
 
A
G
 
G
I
 
I
R
 
R
E
 
D
I
 
I
A
 
L
I
 
I
I
 
I
T
 
S
T
 
T
P
 
P
E
 
Q
D
 
D
Q
 
T
A
 
P
Q
 
R
F
 
F
Q
 
Q
R
 
Q
A
 
L
I
 
L
G
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
Q
 
Q
W
 
W
G
 
G
V
 
L
S
 
N
F
 
L
T
 
Q
F
 
Y
I
 
K
V
 
V
Q
|
Q
P
 
P
S
 
S
P
|
P
D
|
D
G
|
G
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
Y
 
F
I
 
I
L
 
I
A
 
G
E
 
E
D
 
E
F
 
F
L
 
I
N
 
G
G
 
G
A
 
D
P
 
D
S
 
C
A
 
A
M
 
L
V
 
V
L
 
L
G
 
G
D
|
D
N
 
N
I
 
I
F
 
F
F
x
Y
G
|
G
H
|
H
G
x
D
L
 
L
P
 
P
D
 
K
I
 
L
M
 
M
A
 
E
E
 
A
A
 
A
D
 
V
A
 
N
Q
 
K
T
 
E
A
 
S
G
 
G
G
 
A
T
 
T
V
 
V
F
 
F
G
 
A
Y
 
Y
H
 
H
V
 
V
A
 
N
D
 
D
P
 
P
E
 
E
R
 
R
Y
 
Y
G
 
G
V
 
V
V
 
V
A
 
E
F
 
F
D
 
D
S
 
K
A
 
N
G
 
G
S
 
T
V
 
A
K
 
I
Q
 
S
I
 
L
I
 
E
E
 
E
K
 
K
P
 
P
E
 
L
V
 
E
P
 
P
P
 
K
S
 
S
N
 
N
Y
 
Y
A
 
A
V
 
V
T
 
T
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
L
 
Y
D
 
D
G
 
N
S
 
D
A
 
V
P
 
V
E
 
Q
R
 
M
A
 
A
R
 
K
K
 
N
V
 
L
Q
 
K
P
 
P
S
 
S
A
 
A
R
 
R
G
 
G
E
 
E
L
 
L
E
 
E
I
 
I
T
 
T
T
 
D
L
 
I
L
 
N
E
 
R
M
 
I
Y
 
Y
L
 
L
A
 
E
D
 
Q
G
 
G
L
 
R
L
 
L
S
 
S
V
 
V
K
 
A
R
 
L
M
 
M
G
|
G
R
|
R
G
|
G
Y
 
Y
A
 
A
W
 
W
L
 
L
D
 
D
T
 
T
G
 
G
T
 
T
H
 
H
G
 
Q
S
 
S
L
 
L
L
 
I
D
 
E
A
 
A
G
 
S
N
 
N
F
 
F
V
 
I
R
 
A
T
 
T
L
 
I
E
 
E
R
 
E
R
 
R
Q
 
Q
G
 
G
L
 
L
Q
 
K
T
 
V
G
x
S
S
 
C
P
 
P
D
 
E
E
|
E
I
|
I
A
 
A
Y
 
F
D
x
R
K
 
K
G
 
G
W
 
F
I
 
I
S
 
D
A
 
V
E
 
E
A
 
Q
L
 
V
Q
 
R
A
 
K
R
 
L
A
 
A
E
 
V
K
 
P
F
 
L
R
 
I
K
 
K
N
 
N
N
 
N
Y
 
Y
G
 
G
E
 
Q
Y
 
Y
L
 
L

1h5tA Thymidylyltransferase complexed with thymidylyldiphosphate-glucose (see paper)
62% identity, 99% coverage: 4:290/290 of query aligns to 3:289/290 of 1h5tA

query
sites
1h5tA
R
 
R
K
 
K
G
 
G
I
 
I
I
 
I
L
|
L
A
 
A
G
|
G
G
 
G
S
 
S
G
 
G
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Y
 
Y
P
 
P
I
 
V
T
 
T
I
 
M
G
 
A
V
 
V
S
 
S
K
 
K
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
P
 
P
I
 
I
Y
 
Y
D
 
D
K
 
K
P
 
P
M
 
M
I
 
I
Y
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
I
 
L
S
 
S
V
 
T
L
 
L
M
 
M
L
 
L
A
 
A
G
 
G
I
 
I
R
 
R
E
 
D
I
 
I
A
 
L
I
 
I
I
 
I
T
 
S
T
 
T
P
 
P
E
 
Q
D
 
D
Q
 
T
A
 
P
Q
 
R
F
 
F
Q
 
Q
R
 
Q
A
 
L
I
 
L
G
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
Q
 
Q
W
 
W
G
 
G
V
 
L
S
 
N
F
 
L
T
 
Q
F
 
Y
I
 
K
V
 
V
Q
|
Q
P
 
P
S
 
S
P
|
P
D
 
D
G
|
G
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
Y
 
F
I
 
I
L
 
I
A
 
G
E
 
E
D
 
E
F
 
F
L
 
I
N
 
G
G
 
G
A
 
D
P
 
D
S
 
C
A
 
A
M
 
L
V
 
V
L
|
L
G
 
G
D
|
D
N
 
N
I
 
I
F
 
F
F
x
Y
G
|
G
H
|
H
G
x
D
L
 
L
P
 
P
D
 
K
I
 
L
M
 
M
A
 
E
E
 
A
A
 
A
D
 
V
A
 
N
Q
 
K
T
 
E
A
 
S
G
 
G
G
 
A
T
 
T
V
 
V
F
 
F
G
 
A
Y
 
Y
H
 
H
V
 
V
A
 
N
D
 
D
P
 
P
E
 
E
R
 
R
Y
|
Y
G
|
G
V
 
V
V
 
V
A
 
E
F
 
F
D
 
D
S
 
K
A
 
N
G
 
G
S
 
T
V
 
A
K
 
I
Q
 
S
I
 
L
I
 
E
E
|
E
K
|
K
P
 
P
E
 
L
V
 
E
P
 
P
P
 
K
S
 
S
N
 
N
Y
 
Y
A
 
A
V
|
V
T
 
T
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
L
 
Y
D
 
D
G
 
N
S
 
D
A
 
V
P
 
V
E
 
Q
R
 
M
A
 
A
R
 
K
K
 
N
V
 
L
Q
 
K
P
 
P
S
 
S
A
 
A
R
|
R
G
 
G
E
 
E
L
 
L
E
 
E
I
 
I
T
 
T
T
 
D
L
 
I
L
 
N
E
 
R
M
 
I
Y
 
Y
L
 
L
A
 
E
D
 
Q
G
 
G
L
 
R
L
 
L
S
 
S
V
 
V
K
 
A
R
 
M
M
 
M
G
 
G
R
|
R
G
|
G
Y
 
Y
A
 
A
W
 
W
L
 
L
D
 
D
T
 
T
G
 
G
T
 
T
H
 
H
G
 
Q
S
 
S
L
 
L
L
 
I
D
 
E
A
 
A
G
 
S
N
 
N
F
 
F
V
 
I
R
 
A
T
 
T
L
 
I
E
 
E
R
 
E
R
 
R
Q
 
Q
G
 
G
L
 
L
Q
 
K
T
x
V
G
x
S
S
 
C
P
 
P
D
 
E
E
 
E
I
 
I
A
 
A
Y
 
F
D
 
R
K
 
K
G
 
G
W
 
F
I
 
I
S
 
D
A
 
V
E
 
E
A
 
Q
L
 
V
Q
 
R
A
 
K
R
 
L
A
 
A
E
 
V
K
 
P
F
 
L
R
 
I
K
 
K
N
 
N
N
 
N
Y
 
Y
G
 
G
E
 
Q
Y
 
Y
L
 
L
G
 
Y
Q
 
K
L
 
M
L
 
T
K
 
K

1h5rA Thymidylyltransferase complexed with thimidine and glucose-1-phospate (see paper)
62% identity, 99% coverage: 4:290/290 of query aligns to 3:289/290 of 1h5rA

query
sites
1h5rA
R
 
R
K
 
K
G
 
G
I
 
I
I
 
I
L
|
L
A
 
A
G
|
G
G
|
G
S
 
S
G
 
G
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Y
 
Y
P
 
P
I
 
V
T
 
T
I
 
M
G
 
A
V
 
V
S
 
S
K
 
K
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
P
 
P
I
 
I
Y
 
Y
D
 
D
K
 
K
P
 
P
M
 
M
I
 
I
Y
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
I
 
L
S
 
S
V
 
T
L
 
L
M
 
M
L
 
L
A
 
A
G
 
G
I
 
I
R
 
R
E
 
D
I
 
I
A
 
L
I
 
I
I
 
I
T
 
S
T
 
T
P
 
P
E
 
Q
D
 
D
Q
 
T
A
 
P
Q
 
R
F
 
F
Q
 
Q
R
 
Q
A
 
L
I
 
L
G
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
Q
 
Q
W
 
W
G
 
G
V
 
L
S
 
N
F
 
L
T
 
Q
F
 
Y
I
 
K
V
 
V
Q
|
Q
P
 
P
S
 
S
P
|
P
D
 
D
G
|
G
L
|
L
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
Y
 
F
I
 
I
L
 
I
A
 
G
E
 
E
D
 
E
F
 
F
L
 
I
N
 
G
G
 
G
A
 
D
P
 
D
S
 
C
A
 
A
M
 
L
V
 
V
L
 
L
G
 
G
D
|
D
N
 
N
I
 
I
F
 
F
F
x
Y
G
|
G
H
 
H
G
 
D
L
 
L
P
 
P
D
 
K
I
 
L
M
 
M
A
 
E
E
 
A
A
 
A
D
 
V
A
 
N
Q
 
K
T
 
E
A
 
S
G
 
G
G
 
A
T
 
T
V
 
V
F
 
F
G
 
A
Y
 
Y
H
 
H
V
 
V
A
 
N
D
 
D
P
 
P
E
 
E
R
 
R
Y
|
Y
G
|
G
V
 
V
V
 
V
A
 
E
F
 
F
D
 
D
S
 
K
A
 
N
G
 
G
S
 
T
V
 
A
K
 
I
Q
 
S
I
 
L
I
 
E
E
|
E
K
|
K
P
 
P
E
 
L
V
 
E
P
 
P
P
 
K
S
 
S
N
 
N
Y
 
Y
A
 
A
V
|
V
T
 
T
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
L
 
Y
D
 
D
G
 
N
S
 
D
A
 
V
P
 
V
E
 
Q
R
 
M
A
 
A
R
 
K
K
 
N
V
 
L
Q
 
K
P
 
P
S
 
S
A
 
A
R
 
R
G
 
G
E
 
E
L
 
L
E
 
E
I
 
I
T
 
T
T
 
D
L
 
I
L
 
N
E
 
R
M
 
I
Y
 
Y
L
 
L
A
 
E
D
 
Q
G
 
G
L
 
R
L
 
L
S
 
S
V
 
V
K
 
A
R
 
M
M
 
M
G
 
G
R
 
R
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
W
 
W
L
 
L
D
 
D
T
 
T
G
 
G
T
 
T
H
 
H
G
 
Q
S
 
S
L
 
L
L
 
I
D
 
E
A
 
A
G
 
S
N
 
N
F
 
F
V
 
I
R
 
A
T
 
T
L
 
I
E
 
E
R
 
E
R
 
R
Q
 
Q
G
 
G
L
 
L
Q
 
K
T
x
V
G
x
S
S
 
C
P
 
P
D
 
E
E
|
E
I
|
I
A
 
A
Y
 
F
D
 
R
K
 
K
G
 
G
W
 
F
I
 
I
S
 
D
A
 
V
E
 
E
A
 
Q
L
 
V
Q
 
R
A
 
K
R
 
L
A
 
A
E
 
V
K
 
P
F
 
L
R
 
I
K
 
K
N
 
N
N
 
N
Y
 
Y
G
 
G
E
 
Q
Y
 
Y
L
 
L
G
 
Y
Q
 
K
L
 
M
L
 
T
K
 
K

P26393 Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase; dTDP-glucose pyrophosphorylase; Ep; dTDP-glucose synthase; EC 2.7.7.24 from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see paper)
61% identity, 100% coverage: 1:290/290 of query aligns to 1:290/292 of P26393

query
sites
P26393
M
 
M
T
 
K
Q
 
T
R
 
R
K
 
K
G
 
G
I
 
I
I
 
I
L
 
L
A
 
A
G
 
G
G
 
G
S
 
S
G
 
G
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Y
 
Y
P
 
P
I
 
V
T
 
T
I
 
M
G
 
A
V
 
V
S
 
S
K
 
K
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
P
 
P
I
 
I
Y
 
Y
D
 
D
K
 
K
P
 
P
M
 
M
I
 
I
Y
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
I
 
L
S
 
S
V
 
T
L
 
L
M
 
M
L
 
L
A
 
A
G
 
G
I
 
I
R
 
R
E
 
D
I
 
I
A
 
L
I
 
I
I
 
I
T
 
S
T
 
T
P
 
P
E
 
Q
D
 
D
Q
 
T
A
 
P
Q
 
R
F
 
F
Q
 
Q
R
 
Q
A
 
L
I
 
L
G
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
Q
 
Q
W
 
W
G
 
G
V
 
L
S
 
N
F
 
L
T
 
Q
F
 
Y
I
 
K
V
 
V
Q
 
Q
P
 
P
S
 
S
P
 
P
D
 
D
G
 
G
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
Y
 
F
I
 
I
L
 
I
A
 
G
E
 
E
D
 
E
F
 
F
L
 
I
N
 
G
G
 
H
A
 
D
P
 
D
S
 
C
A
 
A
M
 
L
V
 
V
L
 
L
G
 
G
D
 
D
N
 
N
I
 
I
F
 
F
F
 
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
D
L
 
L
P
 
P
D
 
K
I
 
L
M
 
M
A
 
E
E
 
A
A
 
A
D
 
V
A
 
N
Q
 
K
T
 
E
A
 
S
G
 
G
G
 
A
T
 
T
V
 
V
F
 
F
G
 
A
Y
 
Y
H
 
H
V
 
V
A
 
N
D
 
D
P
 
P
E
 
E
R
 
R
Y
 
Y
G
 
G
V
 
V
V
 
V
A
 
E
F
 
F
D
 
D
S
 
Q
A
 
K
G
 
G
S
 
T
V
 
A
K
 
V
Q
 
S
I
 
L
I
 
E
E
 
E
K
 
K
P
 
P
E
 
L
V
 
Q
P
 
P
P
 
K
S
 
S
N
 
N
Y
 
Y
A
 
A
V
 
V
T
 
T
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
L
 
Y
D
 
D
G
 
N
S
 
S
A
 
V
P
 
V
E
 
E
R
 
M
A
 
A
R
 
K
K
 
N
V
 
L
Q
 
K
P
 
P
S
 
S
A
 
A
R
 
R
G
 
G
E
 
E
L
 
L
E
 
E
I
 
I
T
|
T
T
 
D
L
 
I
L
 
N
E
 
R
M
 
I
Y
 
Y
L
 
M
A
 
E
D
 
Q
G
 
G
L
 
R
L
 
L
S
 
S
V
 
V
K
 
A
R
 
M
M
 
M
G
 
G
R
 
R
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
W
|
W
L
 
L
D
 
D
T
 
T
G
 
G
T
 
T
H
 
H
G
 
Q
S
 
S
L
 
L
L
 
I
D
 
E
A
 
A
G
 
S
N
 
N
F
 
F
V
 
I
R
 
A
T
 
T
L
 
I
E
 
E
R
 
E
R
 
R
Q
 
Q
G
 
G
L
 
L
Q
 
K
T
 
V
G
 
S
S
 
C
P
 
P
D
 
E
E
 
E
I
 
I
A
 
A
Y
 
F
D
 
R
K
 
K
G
 
N
W
 
F
I
 
I
S
 
N
A
 
A
E
 
Q
A
 
Q
L
 
V
Q
 
I
A
 
E
R
 
L
A
 
A
E
 
G
K
 
P
F
 
L
R
 
S
K
 
K
N
 
N
N
 
D
Y
 
Y
G
 
G
E
 
K
Y
 
Y
L
 
L
G
 
L
Q
 
K
L
 
M
L
 
V
K
 
K

3pkpA Q83s variant of s. Enterica rmla with datp (see paper)
60% identity, 100% coverage: 1:290/290 of query aligns to 1:290/290 of 3pkpA

query
sites
3pkpA
M
 
M
T
 
K
Q
 
T
R
 
R
K
 
K
G
 
G
I
 
I
I
 
I
L
 
L
A
 
A
G
|
G
G
|
G
S
|
S
G
|
G
T
|
T
R
|
R
L
 
L
Y
 
Y
P
 
P
I
 
V
T
 
T
I
 
M
G
 
A
V
 
V
S
 
S
K
|
K
Q
|
Q
L
 
L
L
 
L
P
 
P
I
 
I
Y
 
Y
D
 
D
K
 
K
P
 
P
M
 
M
I
 
I
Y
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
I
 
L
S
 
S
V
 
T
L
 
L
M
 
M
L
 
L
A
 
A
G
 
G
I
 
I
R
 
R
E
 
D
I
 
I
A
 
L
I
 
I
I
 
I
T
 
S
T
 
T
P
 
P
E
 
Q
D
 
D
Q
 
T
A
 
P
Q
 
R
F
 
F
Q
 
Q
R
 
Q
A
 
L
I
 
L
G
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
Q
 
Q
W
 
W
G
 
G
V
 
L
S
 
N
F
 
L
T
 
Q
F
 
Y
I
 
K
V
 
V
Q
x
S
P
 
P
S
 
S
P
|
P
D
 
D
G
 
G
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
Y
 
F
I
 
I
L
 
I
A
 
G
E
 
E
D
 
E
F
 
F
L
 
I
N
 
G
G
 
H
A
 
D
P
 
D
S
 
C
A
 
A
M
 
L
V
 
V
L
 
L
G
|
G
D
|
D
N
 
N
I
 
I
F
 
F
F
 
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
D
L
 
L
P
 
P
D
 
K
I
 
L
M
 
M
A
 
E
E
 
A
A
 
A
D
 
V
A
 
N
Q
 
K
T
 
E
A
 
S
G
 
G
G
 
A
T
 
T
V
 
V
F
 
F
G
 
A
Y
 
Y
H
 
H
V
 
V
A
 
N
D
 
D
P
 
P
E
 
E
R
 
R
Y
 
Y
G
 
G
V
 
V
V
 
V
A
 
E
F
 
F
D
 
D
S
 
Q
A
 
K
G
 
G
S
 
T
V
 
A
K
 
V
Q
 
S
I
 
L
I
 
E
E
 
E
K
 
K
P
 
P
E
 
L
V
 
Q
P
 
P
P
 
K
S
 
S
N
 
N
Y
 
Y
A
 
A
V
 
V
T
 
T
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
L
 
Y
D
 
D
G
 
N
S
 
S
A
 
V
P
 
V
E
 
E
R
 
M
A
 
A
R
 
K
K
 
N
V
 
L
Q
 
K
P
 
P
S
 
S
A
 
A
R
 
R
G
 
G
E
 
E
L
 
L
E
 
E
I
 
I
T
 
T
T
 
D
L
 
I
L
 
N
E
 
R
M
 
I
Y
 
Y
L
 
M
A
 
E
D
 
Q
G
 
G
L
 
R
L
 
L
S
 
S
V
 
V
K
 
A
R
 
M
M
 
M
G
 
G
R
 
R
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
W
 
W
L
 
L
D
 
D
T
 
T
G
 
G
T
 
T
H
 
H
G
 
Q
S
 
S
L
 
L
L
 
I
D
 
E
A
 
A
G
 
S
N
 
N
F
 
F
V
 
I
R
 
A
T
 
T
L
 
I
E
 
E
R
 
E
R
 
R
Q
 
Q
G
 
G
L
 
L
Q
 
K
T
 
V
G
 
S
S
 
C
P
 
P
D
 
E
E
 
E
I
 
I
A
 
A
Y
 
F
D
 
R
K
 
K
G
 
N
W
 
F
I
 
I
S
 
N
A
 
A
E
 
Q
A
 
Q
L
 
V
Q
 
I
A
 
E
R
 
L
A
 
A
E
 
G
K
 
P
F
 
L
R
 
S
K
 
K
N
 
N
N
 
D
Y
 
Y
G
 
G
E
 
K
Y
 
Y
L
 
L
G
 
L
Q
 
K
L
 
M
L
 
V
K
 
K

1iinA Thymidylyltransferase complexed with udp-glucose (see paper)
60% identity, 100% coverage: 1:289/290 of query aligns to 1:289/289 of 1iinA

query
sites
1iinA
M
 
M
T
 
K
Q
 
T
R
 
R
K
 
K
G
 
G
I
 
I
I
 
I
L
|
L
A
 
A
G
|
G
G
|
G
S
 
S
G
 
G
T
 
T
R
|
R
L
 
L
Y
 
Y
P
 
P
I
 
V
T
 
T
I
 
M
G
 
A
V
 
V
S
 
S
K
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
P
 
P
I
 
I
Y
 
Y
D
 
D
K
 
K
P
 
P
M
 
M
I
 
I
Y
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
I
 
L
S
 
S
V
 
T
L
 
L
M
 
M
L
 
L
A
 
A
G
 
G
I
 
I
R
 
R
E
 
D
I
 
I
A
 
L
I
 
I
I
 
I
T
 
S
T
 
T
P
 
P
E
 
Q
D
 
D
Q
 
T
A
 
P
Q
 
R
F
 
F
Q
 
Q
R
 
Q
A
 
L
I
 
L
G
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
Q
 
Q
W
 
W
G
 
G
V
 
L
S
 
N
F
 
L
T
 
Q
F
 
Y
I
 
K
V
 
V
Q
|
Q
P
 
P
S
 
S
P
|
P
D
|
D
G
|
G
L
|
L
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
Y
 
F
I
 
I
L
 
I
A
 
G
E
 
E
D
 
E
F
 
F
L
 
I
N
 
G
G
 
H
A
 
D
P
 
D
S
 
C
A
 
A
M
 
L
V
 
V
L
|
L
G
 
G
D
|
D
N
 
N
I
 
I
F
 
F
F
 
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
D
L
 
L
P
 
P
D
 
K
I
 
L
M
 
M
A
 
E
E
 
A
A
 
A
D
 
V
A
 
N
Q
 
K
T
 
E
A
 
S
G
 
G
G
 
A
T
 
T
V
 
V
F
 
F
G
 
A
Y
 
Y
H
 
H
V
 
V
A
 
N
D
 
D
P
 
P
E
 
E
R
 
R
Y
|
Y
G
|
G
V
 
V
V
 
V
A
 
E
F
 
F
D
 
D
S
 
Q
A
 
K
G
 
G
S
 
T
V
 
A
K
 
V
Q
 
S
I
 
L
I
 
E
E
|
E
K
|
K
P
 
P
E
 
L
V
 
Q
P
 
P
P
 
K
S
 
S
N
 
N
Y
 
Y
A
 
A
V
|
V
T
 
T
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
L
 
Y
D
 
D
G
 
N
S
 
S
A
 
V
P
 
V
E
 
E
R
 
M
A
 
A
R
 
K
K
 
N
V
 
L
Q
 
K
P
 
P
S
 
S
A
 
A
R
|
R
G
 
G
E
 
E
L
 
L
E
 
E
I
 
I
T
 
T
T
 
D
L
 
I
L
 
N
E
 
R
M
 
I
Y
 
Y
L
 
M
A
 
E
D
 
Q
G
 
G
L
 
R
L
 
L
S
 
S
V
 
V
K
 
A
R
 
M
M
 
M
G
 
G
R
 
R
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
W
|
W
L
 
L
D
 
D
T
 
T
G
 
G
T
 
T
H
 
H
G
 
Q
S
 
S
L
 
L
L
 
I
D
 
E
A
 
A
G
 
S
N
 
N
F
 
F
V
 
I
R
 
A
T
 
T
L
 
I
E
 
E
R
 
E
R
 
R
Q
 
Q
G
 
G
L
 
L
Q
 
K
T
 
V
G
 
S
S
 
C
P
 
P
D
 
E
E
 
E
I
 
I
A
 
A
Y
 
F
D
 
R
K
 
K
G
 
N
W
 
F
I
 
I
S
 
N
A
 
A
E
 
Q
A
 
Q
L
 
V
Q
 
I
A
 
E
R
 
L
A
 
A
E
 
G
K
 
P
F
 
L
R
 
S
K
 
K
N
 
N
N
 
D
Y
 
Y
G
 
G
E
 
K
Y
 
Y
L
 
L
G
 
L
Q
 
K
L
 
M
L
 
V

1iimA Thymidylyltransferase complexed with ttp (see paper)
60% identity, 100% coverage: 1:289/290 of query aligns to 1:289/289 of 1iimA

query
sites
1iimA
M
 
M
T
 
K
Q
 
T
R
 
R
K
 
K
G
 
G
I
 
I
I
 
I
L
|
L
A
 
A
G
|
G
G
|
G
S
|
S
G
|
G
T
|
T
R
|
R
L
 
L
Y
 
Y
P
 
P
I
 
V
T
 
T
I
 
M
G
 
A
V
 
V
S
 
S
K
 
Q
Q
|
Q
L
 
L
L
 
L
P
 
P
I
 
I
Y
 
Y
D
 
D
K
 
K
P
 
P
M
 
M
I
 
I
Y
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
I
 
L
S
 
S
V
 
T
L
 
L
M
 
M
L
 
L
A
 
A
G
 
G
I
 
I
R
 
R
E
 
D
I
 
I
A
 
L
I
 
I
I
 
I
T
 
S
T
 
T
P
 
P
E
 
Q
D
 
D
Q
 
T
A
 
P
Q
 
R
F
 
F
Q
 
Q
R
 
Q
A
 
L
I
 
L
G
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
Q
 
Q
W
 
W
G
 
G
V
 
L
S
 
N
F
 
L
T
 
Q
F
 
Y
I
 
K
V
 
V
Q
|
Q
P
 
P
S
 
S
P
|
P
D
 
D
G
|
G
L
|
L
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
Y
 
F
I
 
I
L
 
I
A
 
G
E
 
E
D
 
E
F
 
F
L
 
I
N
 
G
G
 
H
A
 
D
P
 
D
S
 
C
A
 
A
M
 
L
V
 
V
L
 
L
G
 
G
D
|
D
N
 
N
I
 
I
F
 
F
F
x
Y
G
|
G
H
|
H
G
 
D
L
 
L
P
|
P
D
 
K
I
 
L
M
 
M
A
 
E
E
 
A
A
 
A
D
 
V
A
 
N
Q
 
K
T
 
E
A
 
S
G
 
G
G
 
A
T
 
T
V
 
V
F
 
F
G
 
A
Y
 
Y
H
 
H
V
 
V
A
 
N
D
 
D
P
 
P
E
 
E
R
 
R
Y
 
Y
G
 
G
V
 
V
V
 
V
A
 
E
F
 
F
D
 
D
S
 
Q
A
 
K
G
 
G
S
 
T
V
 
A
K
 
V
Q
 
S
I
 
L
I
 
E
E
 
E
K
 
K
P
 
P
E
 
L
V
 
Q
P
 
P
P
 
K
S
 
S
N
 
N
Y
 
Y
A
 
A
V
 
V
T
 
T
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
L
 
Y
D
 
D
G
 
N
S
 
S
A
 
V
P
 
V
E
 
E
R
 
M
A
 
A
R
 
K
K
 
N
V
 
L
Q
 
K
P
 
P
S
 
S
A
 
A
R
 
R
G
 
G
E
 
E
L
 
L
E
 
E
I
 
I
T
 
T
T
 
D
L
 
I
L
 
N
E
 
R
M
 
I
Y
 
Y
L
 
M
A
 
E
D
 
Q
G
 
G
L
 
R
L
 
L
S
 
S
V
 
V
K
 
A
R
 
M
M
 
M
G
|
G
R
|
R
G
|
G
Y
 
Y
A
 
A
W
 
W
L
 
L
D
 
D
T
 
T
G
 
G
T
 
T
H
 
H
G
 
Q
S
 
S
L
 
L
L
 
I
D
 
E
A
 
A
G
 
S
N
 
N
F
 
F
V
 
I
R
 
A
T
 
T
L
 
I
E
 
E
R
 
E
R
 
R
Q
 
Q
G
 
G
L
 
L
Q
 
K
T
 
V
G
x
S
S
 
C
P
 
P
D
 
E
E
|
E
I
|
I
A
 
A
Y
 
F
D
 
R
K
 
K
G
 
N
W
 
F
I
 
I
S
 
N
A
 
A
E
 
Q
A
 
Q
L
 
V
Q
 
I
A
 
E
R
 
L
A
 
A
E
 
G
K
 
P
F
 
L
R
 
S
K
 
K
N
 
N
N
 
D
Y
 
Y
G
 
G
E
 
K
Y
 
Y
L
 
L
G
 
L
Q
 
K
L
 
M
L
 
V

3pkpB Q83s variant of s. Enterica rmla with datp (see paper)
61% identity, 99% coverage: 4:290/290 of query aligns to 3:289/289 of 3pkpB

query
sites
3pkpB
R
 
R
K
 
K
G
 
G
I
 
I
I
 
I
L
 
L
A
 
A
G
|
G
G
|
G
S
|
S
G
|
G
T
|
T
R
|
R
L
 
L
Y
 
Y
P
 
P
I
 
V
T
 
T
I
 
M
G
 
A
V
 
V
S
 
S
K
|
K
Q
|
Q
L
 
L
L
 
L
P
 
P
I
 
I
Y
 
Y
D
 
D
K
 
K
P
 
P
M
 
M
I
 
I
Y
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
I
 
L
S
 
S
V
 
T
L
 
L
M
 
M
L
 
L
A
 
A
G
 
G
I
 
I
R
 
R
E
 
D
I
 
I
A
 
L
I
 
I
I
 
I
T
 
S
T
 
T
P
 
P
E
 
Q
D
 
D
Q
 
T
A
 
P
Q
 
R
F
 
F
Q
 
Q
R
 
Q
A
 
L
I
 
L
G
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
Q
 
Q
W
 
W
G
 
G
V
 
L
S
 
N
F
 
L
T
 
Q
F
 
Y
I
 
K
V
 
V
Q
x
S
P
 
P
S
 
S
P
|
P
D
 
D
G
 
G
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
Y
 
F
I
 
I
L
 
I
A
 
G
E
 
E
D
 
E
F
 
F
L
 
I
N
 
G
G
 
H
A
 
D
P
 
D
S
 
C
A
 
A
M
 
L
V
 
V
L
 
L
G
|
G
D
|
D
N
 
N
I
 
I
F
 
F
F
 
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
D
L
 
L
P
 
P
D
 
K
I
 
L
M
 
M
A
 
E
E
 
A
A
 
A
D
 
V
A
 
N
Q
 
K
T
 
E
A
 
S
G
 
G
G
 
A
T
 
T
V
 
V
F
 
F
G
 
A
Y
 
Y
H
 
H
V
 
V
A
 
N
D
 
D
P
 
P
E
 
E
R
 
R
Y
 
Y
G
 
G
V
 
V
V
 
V
A
 
E
F
 
F
D
 
D
S
 
Q
A
 
K
G
 
G
S
 
T
V
 
A
K
 
V
Q
 
S
I
 
L
I
 
E
E
 
E
K
 
K
P
 
P
E
 
L
V
 
Q
P
 
P
P
 
K
S
 
S
N
 
N
Y
 
Y
A
 
A
V
 
V
T
 
T
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
L
 
Y
D
 
D
G
 
N
S
 
S
A
 
V
P
 
V
E
 
E
R
 
M
A
 
A
R
 
K
K
 
N
V
 
L
Q
 
K
P
 
P
S
 
S
A
 
A
R
 
R
G
 
G
E
 
E
L
 
L
E
 
E
I
 
I
T
 
T
T
 
D
L
 
I
L
 
N
E
 
R
M
 
I
Y
 
Y
L
 
M
A
 
E
D
 
Q
G
 
G
L
 
R
L
 
L
S
 
S
V
 
V
K
 
A
R
 
M
M
 
M
G
 
G
R
 
R
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
W
 
W
L
 
L
D
|
D
T
 
T
G
 
G
T
 
T
H
 
H
G
 
Q
S
 
S
L
 
L
L
 
I
D
 
E
A
 
A
G
 
S
N
 
N
F
 
F
V
 
I
R
 
A
T
 
T
L
 
I
E
 
E
R
 
E
R
 
R
Q
 
Q
G
 
G
L
 
L
Q
 
K
T
 
V
G
 
S
S
 
C
P
 
P
D
 
E
E
 
E
I
 
I
A
 
A
Y
 
F
D
 
R
K
 
K
G
 
N
W
 
F
I
 
I
S
 
N
A
 
A
E
 
Q
A
 
Q
L
 
V
Q
 
I
A
 
E
R
 
L
A
 
A
E
 
G
K
 
P
F
 
L
R
 
S
K
 
K
N
 
N
N
 
D
Y
 
Y
G
 
G
E
 
K
Y
 
Y
L
 
L
G
 
L
Q
 
K
L
 
M
L
 
V
K
 
K

3pkqA Q83d variant of s. Enterica rmla with dgtp (see paper)
61% identity, 99% coverage: 4:290/290 of query aligns to 2:285/285 of 3pkqA

query
sites
3pkqA
R
 
R
K
 
K
G
 
G
I
 
I
I
 
I
L
|
L
A
 
A
G
|
G
G
|
G
S
|
S
G
|
G
T
|
T
R
|
R
L
 
L
Y
 
Y
P
 
P
I
 
V
T
 
T
I
 
M
G
 
A
V
 
V
S
 
S
K
 
K
Q
|
Q
L
 
L
L
 
L
P
 
P
I
 
I
Y
 
Y
D
 
D
K
 
K
P
 
P
M
 
M
I
 
I
Y
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
I
 
L
S
 
S
V
 
T
L
 
L
M
 
M
L
 
L
A
 
A
G
 
G
I
 
I
R
 
R
E
 
D
I
 
I
A
 
L
I
 
I
I
 
I
T
 
S
T
 
T
P
 
P
E
 
Q
D
 
D
Q
 
T
A
 
P
Q
 
R
F
 
F
Q
 
Q
R
 
Q
A
 
L
I
 
L
G
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
Q
 
Q
W
 
W
G
 
G
V
 
L
S
 
N
F
 
L
T
 
Q
F
 
Y
I
 
K
V
 
V
Q
x
D
P
 
P
S
|
S
P
 
P
D
 
D
G
 
G
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
Y
 
F
I
 
I
L
 
I
A
 
G
E
 
E
D
 
E
F
 
F
L
 
I
N
 
G
G
 
H
A
 
D
P
 
D
S
 
C
A
 
A
M
 
L
V
 
V
L
|
L
G
|
G
D
|
D
N
 
N
I
 
I
F
 
F
F
 
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
D
L
 
L
P
 
P
D
 
K
I
 
L
M
 
M
A
 
E
E
 
A
A
 
A
D
 
V
A
 
N
Q
 
K
T
 
E
A
 
S
G
 
G
G
 
A
T
 
T
V
 
V
F
 
F
G
 
A
Y
 
Y
H
 
H
V
 
V
A
 
N
D
 
D
P
 
P
E
 
E
R
 
R
Y
 
Y
G
 
G
V
 
V
V
 
V
A
 
E
F
 
F
D
 
D
S
 
T
A
 
A
G
 
V
S
 
S
V
 
L
K
 
E
Q
 
-
I
 
-
I
 
-
E
 
E
K
 
K
P
 
P
E
 
L
V
 
Q
P
 
P
P
 
K
S
 
S
N
 
N
Y
 
Y
A
 
A
V
 
V
T
 
T
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
L
 
Y
D
 
D
G
 
N
S
 
S
A
 
V
P
 
V
E
 
E
R
 
M
A
 
A
R
 
K
K
 
N
V
 
L
Q
 
K
P
 
P
S
 
S
A
 
A
R
 
R
G
 
G
E
 
E
L
 
L
E
 
E
I
 
I
T
 
T
T
 
D
L
 
I
L
 
N
E
 
R
M
 
I
Y
 
Y
L
 
M
A
 
E
D
 
Q
G
 
G
L
 
R
L
 
L
S
 
S
V
 
V
K
 
A
R
 
M
M
 
M
G
 
G
R
 
R
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
W
 
W
L
 
L
D
|
D
T
 
T
G
 
G
T
 
T
H
 
H
G
 
Q
S
 
S
L
 
L
L
 
I
D
 
E
A
 
A
G
 
S
N
 
N
F
 
F
V
 
I
R
 
A
T
 
T
L
 
I
E
 
E
R
 
E
R
 
R
Q
 
Q
G
 
G
L
 
L
Q
 
K
T
 
V
G
 
S
S
 
C
P
 
P
D
 
E
E
 
E
I
 
I
A
 
A
Y
 
F
D
 
R
K
 
K
G
 
N
W
 
F
I
 
I
S
 
N
A
 
A
E
 
Q
A
 
Q
L
 
V
Q
 
I
A
 
E
R
 
L
A
 
A
E
 
G
K
 
P
F
 
L
R
 
S
K
 
K
N
 
N
N
 
D
Y
 
Y
G
 
G
E
 
K
Y
 
Y
L
 
L
G
 
L
Q
 
K
L
 
M
L
 
V
K
 
K

6n0uA Crystal structure of a glucose-1-phosphate thymidylyltransferase from burkholderia phymatum bound to 2'-deoxy-thymidine-b-l-rhamnose
60% identity, 99% coverage: 4:289/290 of query aligns to 4:289/295 of 6n0uA

query
sites
6n0uA
R
 
R
K
 
K
G
 
G
I
 
I
I
 
I
L
|
L
A
 
A
G
|
G
G
|
G
S
 
S
G
 
G
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Y
 
Y
P
 
P
I
 
I
T
 
T
I
 
H
G
 
V
V
 
V
S
 
S
K
 
K
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
P
 
P
I
 
V
Y
 
Y
D
 
D
K
 
K
P
 
P
M
 
M
I
 
I
Y
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
I
 
L
S
 
S
V
 
T
L
 
L
M
 
M
L
 
V
A
 
A
G
 
G
I
 
I
R
 
R
E
 
D
I
 
V
A
 
L
I
 
I
I
 
I
T
 
S
T
 
T
P
 
P
E
 
Q
D
 
D
Q
 
T
A
 
P
Q
 
R
F
 
F
Q
 
E
R
 
A
A
 
M
I
 
L
G
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
Q
 
Q
W
 
W
G
 
G
V
 
M
S
 
N
F
 
I
T
 
Q
F
 
Y
I
 
A
V
 
V
Q
|
Q
P
 
P
S
 
S
P
|
P
D
 
D
G
|
G
L
|
L
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
Y
 
F
I
 
I
L
 
I
A
 
G
E
 
R
D
 
E
F
 
F
L
 
V
N
 
G
G
 
N
A
 
D
P
 
P
S
 
S
A
 
A
M
 
L
V
 
I
L
|
L
G
 
G
D
|
D
N
 
N
I
 
I
F
 
F
F
 
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
D
L
 
L
P
 
A
D
 
K
I
 
Q
M
 
L
A
 
E
E
 
R
A
 
A
D
 
N
A
 
A
Q
 
R
T
 
T
A
 
D
G
 
G
G
 
A
T
 
T
V
 
V
F
 
F
G
 
A
Y
 
Y
H
 
H
V
 
V
A
 
H
D
 
D
P
 
P
E
 
E
R
 
R
Y
|
Y
G
|
G
V
 
V
V
 
V
A
 
E
F
 
F
D
 
D
S
 
K
A
 
D
G
 
F
S
 
R
V
 
A
K
 
L
Q
 
S
I
 
I
I
 
E
E
|
E
K
|
K
P
 
P
E
 
A
V
 
K
P
 
P
P
 
R
S
 
S
N
 
N
Y
 
Y
A
 
A
V
|
V
T
 
T
G
|
G
L
 
L
Y
|
Y
F
 
F
L
 
Y
D
 
D
G
 
N
S
 
Q
A
 
V
P
 
C
E
 
D
R
 
I
A
 
A
R
 
A
K
 
D
V
 
I
Q
 
K
P
 
P
S
 
S
A
 
A
R
|
R
G
 
G
E
 
E
L
 
L
E
 
E
I
 
I
T
 
T
T
 
D
L
 
V
L
 
N
E
 
S
M
 
R
Y
 
Y
L
 
L
A
 
S
D
 
Q
G
 
K
L
 
T
L
 
L
S
 
D
V
 
V
K
 
E
R
 
I
M
 
M
G
 
G
R
 
R
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
W
 
W
L
 
L
D
 
D
T
 
T
G
 
G
T
 
T
H
 
H
G
 
D
S
 
S
L
 
L
L
 
I
D
 
E
A
 
A
G
 
A
N
 
T
F
 
F
V
 
I
R
 
A
T
 
T
L
 
L
E
 
Q
R
 
K
R
 
R
Q
 
Q
G
 
G
L
 
L
Q
 
V
T
 
V
G
 
A
S
 
C
P
 
P
D
 
E
E
 
E
I
 
I
A
 
A
Y
 
Y
D
 
R
K
 
R
G
 
K
W
 
W
I
 
I
S
 
N
A
 
A
E
 
E
A
 
Q
L
 
L
Q
 
L
A
 
A
R
 
L
A
 
A
E
 
R
K
 
P
F
 
L
R
 
S
K
 
K
N
 
N
N
 
A
Y
 
Y
G
 
G
E
 
Q
Y
 
Y
L
 
L
G
 
Q
Q
 
N
L
 
L
L
 
L

1mc3A Crystal structure of rffh (see paper)
60% identity, 99% coverage: 5:290/290 of query aligns to 3:288/291 of 1mc3A

query
sites
1mc3A
K
 
K
G
 
G
I
 
I
I
 
I
L
|
L
A
 
A
G
|
G
G
|
G
S
 
S
G
|
G
T
|
T
R
|
R
L
 
L
Y
 
H
P
 
P
I
 
I
T
 
T
I
 
R
G
 
G
V
 
V
S
 
S
K
|
K
Q
|
Q
L
 
L
L
 
L
P
 
P
I
 
I
Y
 
Y
D
 
D
K
 
K
P
 
P
M
 
M
I
 
I
Y
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
I
 
L
S
 
S
V
 
V
L
 
L
M
 
M
L
 
L
A
 
A
G
 
G
I
 
I
R
 
R
E
 
E
I
 
I
A
 
L
I
 
I
I
 
I
T
 
T
T
 
T
P
 
P
E
 
E
D
 
D
Q
 
K
A
 
G
Q
 
Y
F
 
F
Q
 
Q
R
 
R
A
 
L
I
 
L
G
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
Q
 
E
W
 
F
G
 
G
V
 
I
S
 
Q
F
 
L
T
 
E
F
 
Y
I
 
A
V
 
E
Q
|
Q
P
 
P
S
 
S
P
|
P
D
 
D
G
 
G
L
|
L
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
Y
 
F
I
 
I
L
 
I
A
 
G
E
 
E
D
 
T
F
 
F
L
 
L
N
 
N
G
 
G
A
 
E
P
 
P
S
 
S
A
 
C
M
 
L
V
 
V
L
 
L
G
 
G
D
|
D
N
 
N
I
 
I
F
 
F
F
 
F
G
 
G
H
 
Q
G
 
G
L
 
F
P
 
S
D
 
P
I
 
K
M
 
L
A
 
R
E
 
H
A
 
V
D
 
A
A
 
A
Q
 
R
T
 
T
A
 
E
G
 
G
G
 
A
T
 
T
V
 
V
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
H
 
Q
V
 
V
A
 
M
D
 
D
P
 
P
E
 
E
R
 
R
Y
 
F
G
 
G
V
 
V
V
 
V
A
 
E
F
 
F
D
 
D
S
 
D
A
 
N
G
 
F
S
 
R
V
 
A
K
 
I
Q
 
S
I
 
L
I
 
E
E
 
E
K
 
K
P
 
P
E
 
K
V
 
Q
P
 
P
P
 
K
S
 
S
N
 
N
Y
 
W
A
 
A
V
 
V
T
 
T
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
L
 
Y
D
 
D
G
 
S
S
 
K
A
 
V
P
 
V
E
 
E
R
 
Y
A
 
A
R
 
K
K
 
Q
V
 
V
Q
 
K
P
 
P
S
 
S
A
 
E
R
 
R
G
 
G
E
 
E
L
 
L
E
 
E
I
 
I
T
 
T
T
 
S
L
 
I
L
 
N
E
 
Q
M
 
M
Y
 
Y
L
 
L
A
 
E
D
 
A
G
 
G
L
 
N
L
 
L
S
 
T
V
 
V
K
 
E
R
 
L
M
 
L
G
 
G
R
 
R
G
 
G
Y
 
F
A
 
A
W
 
W
L
 
L
D
|
D
T
 
T
G
 
G
T
 
T
H
 
H
G
 
D
S
 
S
L
 
L
L
 
I
D
 
E
A
 
A
G
 
S
N
 
T
F
 
F
V
 
V
R
 
Q
T
 
T
L
 
V
E
 
E
R
 
K
R
 
R
Q
 
Q
G
 
G
L
 
F
Q
 
K
T
 
I
G
 
A
S
 
C
P
 
L
D
 
E
E
 
E
I
 
I
A
 
A
Y
 
W
D
 
R
K
 
N
G
 
G
W
 
W
I
 
L
S
 
D
A
 
D
E
 
E
A
 
G
L
 
V
Q
 
K
A
 
R
R
 
A
A
 
A
E
 
S
K
 
S
F
 
L
R
 
A
K
 
K
N
 
T
N
 
G
Y
 
Y
G
 
G
E
 
Q
Y
 
Y
L
 
L
G
 
L
Q
 
E
L
 
L
L
 
L
K
 
R

P61887 Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase 2; G1P-TT 2; dTDP-glucose pyrophosphorylase 2; dTDP-glucose synthase 2; EC 2.7.7.24 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
60% identity, 99% coverage: 5:290/290 of query aligns to 2:287/293 of P61887

query
sites
P61887
K
 
K
G
 
G
I
 
I
I
 
I
L
 
L
A
 
A
G
 
G
G
 
G
S
 
S
G
 
G
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Y
 
H
P
 
P
I
 
I
T
 
T
I
 
R
G
 
G
V
 
V
S
 
S
K
 
K
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
P
 
P
I
 
I
Y
 
Y
D
 
D
K
 
K
P
 
P
M
 
M
I
 
I
Y
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
I
 
L
S
 
S
V
 
V
L
 
L
M
 
M
L
 
L
A
 
A
G
 
G
I
 
I
R
 
R
E
 
E
I
 
I
A
 
L
I
 
I
I
 
I
T
 
T
T
 
T
P
 
P
E
 
E
D
 
D
Q
 
K
A
 
G
Q
 
Y
F
 
F
Q
 
Q
R
 
R
A
 
L
I
 
L
G
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
Q
 
E
W
 
F
G
 
G
V
 
I
S
 
Q
F
 
L
T
 
E
F
 
Y
I
 
A
V
 
E
Q
 
Q
P
 
P
S
 
S
P
 
P
D
 
D
G
 
G
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
Y
 
F
I
 
I
L
 
I
A
 
G
E
 
E
D
 
T
F
 
F
L
 
L
N
 
N
G
 
G
A
 
E
P
 
P
S
 
S
A
 
C
M
 
L
V
 
V
L
 
L
G
 
G
D
|
D
N
 
N
I
 
I
F
 
F
F
 
F
G
 
G
H
 
Q
G
 
G
L
 
F
P
 
S
D
 
P
I
 
K
M
 
L
A
 
R
E
 
H
A
 
V
D
 
A
A
 
A
Q
 
R
T
 
T
A
 
E
G
 
G
G
 
A
T
 
T
V
 
V
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
H
 
Q
V
 
V
A
 
M
D
 
D
P
 
P
E
 
E
R
 
R
Y
 
F
G
 
G
V
 
V
V
 
V
A
 
E
F
 
F
D
 
D
S
 
D
A
 
N
G
 
F
S
 
R
V
 
A
K
 
I
Q
 
S
I
 
L
I
 
E
E
 
E
K
 
K
P
 
P
E
 
K
V
 
Q
P
 
P
P
 
K
S
 
S
N
 
N
Y
 
W
A
 
A
V
 
V
T
 
T
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
L
 
Y
D
 
D
G
 
S
S
 
K
A
 
V
P
 
V
E
 
E
R
 
Y
A
 
A
R
 
K
K
 
Q
V
 
V
Q
 
K
P
 
P
S
 
S
A
 
E
R
 
R
G
 
G
E
 
E
L
 
L
E
 
E
I
 
I
T
 
T
T
 
S
L
 
I
L
 
N
E
 
Q
M
 
M
Y
 
Y
L
 
L
A
 
E
D
 
A
G
 
G
L
 
N
L
 
L
S
 
T
V
 
V
K
 
E
R
 
L
M
 
L
G
 
G
R
 
R
G
 
G
Y
 
F
A
 
A
W
 
W
L
 
L
D
|
D
T
 
T
G
 
G
T
 
T
H
 
H
G
 
D
S
 
S
L
 
L
L
 
I
D
 
E
A
 
A
G
 
S
N
 
T
F
 
F
V
 
V
R
 
Q
T
 
T
L
 
V
E
 
E
R
 
K
R
 
R
Q
 
Q
G
 
G
L
 
F
Q
 
K
T
 
I
G
 
A
S
 
C
P
 
L
D
 
E
E
 
E
I
 
I
A
 
A
Y
 
W
D
 
R
K
 
N
G
 
G
W
 
W
I
 
L
S
 
D
A
 
D
E
 
E
A
 
G
L
 
V
Q
 
K
A
 
R
R
 
A
A
 
A
E
 
S
K
 
S
F
 
L
R
 
A
K
 
K
N
 
T
N
 
G
Y
 
Y
G
 
G
E
 
Q
Y
 
Y
L
 
L
G
 
L
Q
 
E
L
 
L
L
 
L
K
 
R

5ifyA Crystal structure of glucose-1-phosphate thymidylyltransferase from burkholderia vietnamiensis in complex with 2 -deoxyuridine-5'- monophosphate and 2'-deoxy-thymidine-b-l-rhamnose
60% identity, 99% coverage: 4:289/290 of query aligns to 2:287/293 of 5ifyA

query
sites
5ifyA
R
 
R
K
 
K
G
 
G
I
 
I
I
 
I
L
|
L
A
 
A
G
|
G
G
 
G
S
 
S
G
 
G
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Y
 
Y
P
 
P
I
 
I
T
 
T
I
 
H
G
 
A
V
 
V
S
 
S
K
 
K
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
P
 
P
I
 
V
Y
 
Y
D
 
D
K
 
K
P
 
P
M
 
M
I
 
I
Y
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
I
 
L
S
 
S
V
 
T
L
 
L
M
 
M
L
 
I
A
 
A
G
 
G
I
 
I
R
 
R
E
 
D
I
 
V
A
 
L
I
 
I
I
 
I
T
 
S
T
 
T
P
 
P
E
 
Q
D
 
D
Q
 
T
A
 
P
Q
 
R
F
 
F
Q
 
E
R
 
S
A
 
M
I
 
L
G
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
Q
 
Q
W
 
W
G
 
G
V
 
M
S
 
N
F
 
I
T
 
Q
F
 
Y
I
 
A
V
 
T
Q
|
Q
P
 
P
S
 
S
P
|
P
D
 
D
G
|
G
L
|
L
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
Y
 
F
I
 
V
L
 
I
A
 
G
E
 
R
D
 
D
F
 
F
L
 
V
N
 
G
G
 
N
A
 
E
P
 
P
S
 
S
A
 
A
M
 
L
V
 
I
L
 
L
G
 
G
D
|
D
N
 
N
I
 
I
F
 
F
F
x
Y
G
|
G
H
|
H
G
x
D
L
 
L
P
 
A
D
 
K
I
 
Q
M
 
L
A
 
E
E
 
R
A
 
A
D
 
S
A
 
A
Q
 
K
T
 
D
A
 
T
G
 
G
G
 
A
T
 
T
V
 
V
F
 
F
G
 
A
Y
 
Y
H
 
H
V
 
V
A
 
Q
D
 
D
P
 
P
E
 
E
R
 
R
Y
|
Y
G
|
G
V
 
V
V
 
V
A
 
E
F
 
F
D
 
D
S
 
R
A
 
E
G
 
F
S
 
R
V
 
A
K
 
I
Q
 
S
I
 
I
I
 
E
E
|
E
K
|
K
P
 
P
E
 
A
V
 
K
P
 
P
P
 
R
S
 
S
N
 
S
Y
 
Y
A
 
A
V
|
V
T
 
T
G
 
G
L
 
L
Y
|
Y
F
 
F
L
 
Y
D
 
D
G
 
R
S
 
Q
A
 
V
P
 
C
E
 
D
R
 
I
A
 
A
R
 
A
K
 
D
V
 
I
Q
 
K
P
 
P
S
 
S
A
 
A
R
|
R
G
 
G
E
 
E
L
 
L
E
 
E
I
 
I
T
 
T
T
 
D
L
 
V
L
 
N
E
 
S
M
 
R
Y
 
Y
L
 
L
A
 
A
D
 
A
G
 
G
L
 
Q
L
 
L
S
 
D
V
 
V
K
 
E
R
 
L
M
 
M
G
|
G
R
|
R
G
|
G
Y
 
Y
A
 
A
W
 
W
L
 
L
D
 
D
T
 
T
G
 
G
T
 
T
H
 
H
G
 
D
S
 
S
L
 
L
L
 
I
D
 
E
A
 
A
G
 
G
N
 
T
F
 
F
V
 
I
R
 
A
T
 
T
L
 
L
E
 
Q
R
 
K
R
 
R
Q
 
Q
G
 
G
L
 
L
Q
 
M
T
 
V
G
 
A
S
 
C
P
 
P
D
 
E
E
|
E
I
|
I
A
 
A
Y
 
Y
D
 
R
K
 
R
G
 
N
W
 
W
I
 
I
S
 
D
A
 
A
E
 
E
A
 
Q
L
 
V
Q
 
L
A
 
K
R
 
L
A
 
A
E
 
Q
K
 
P
F
 
L
R
 
A
K
 
K
N
 
N
N
 
A
Y
 
Y
G
 
G
E
 
Q
Y
 
Y
L
 
L
G
 
R
Q
 
N
L
 
L
L
 
L

4b2xB Pseudomonas aeruginosa rmla in complex with allosteric inhibitor (see paper)
59% identity, 99% coverage: 3:289/290 of query aligns to 11:297/302 of 4b2xB

query
sites
4b2xB
Q
 
K
R
 
R
K
 
K
G
 
G
I
 
I
I
 
I
L
 
L
A
 
A
G
 
G
G
 
G
S
 
S
G
 
G
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Y
 
H
P
 
P
I
 
A
T
 
T
I
 
L
G
 
A
V
 
I
S
 
S
K
 
K
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
P
 
P
I
 
V
Y
 
Y
D
 
D
K
 
K
P
 
P
M
 
M
I
 
I
Y
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
I
 
L
S
 
S
V
 
T
L
 
L
M
 
M
L
|
L
A
 
A
G
 
G
I
 
I
R
 
R
E
 
E
I
 
I
A
 
L
I
 
I
I
 
I
T
 
S
T
 
T
P
 
P
E
 
Q
D
 
D
Q
 
T
A
 
P
Q
 
R
F
 
F
Q
 
Q
R
 
Q
A
 
L
I
 
L
G
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
Q
 
N
W
 
W
G
 
G
V
 
L
S
 
D
F
 
L
T
 
Q
F
 
Y
I
 
A
V
 
V
Q
 
Q
P
 
P
S
 
S
P
 
P
D
 
D
G
 
G
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
Y
 
F
I
 
L
L
 
I
A
 
G
E
 
E
D
 
S
F
 
F
L
 
I
N
 
G
G
 
N
A
 
D
P
 
L
S
 
S
A
 
A
M
 
L
V
 
V
L
 
L
G
 
G
D
 
D
N
 
N
I
 
L
F
x
Y
F
 
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
D
L
 
F
P
 
H
D
 
E
I
 
L
M
 
L
A
 
G
E
 
S
A
 
A
D
 
S
A
 
Q
Q
 
R
T
 
Q
A
 
T
G
 
G
G
 
A
T
 
S
V
 
V
F
 
F
G
 
A
Y
 
Y
H
 
H
V
 
V
A
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
E
R
 
R
Y
 
Y
G
 
G
V
 
V
V
 
V
A
 
E
F
 
F
D
 
D
S
 
Q
A
 
G
G
 
G
S
 
K
V
 
A
K
 
I
Q
 
S
I
 
L
I
 
E
E
 
E
K
 
K
P
 
P
E
 
L
V
 
E
P
 
P
P
 
K
S
 
S
N
 
N
Y
 
Y
A
 
A
V
 
V
T
 
T
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
L
 
Y
D
 
D
G
 
Q
S
 
Q
A
 
V
P
 
V
E
 
D
R
 
I
A
 
A
R
 
R
K
 
D
V
 
L
Q
 
K
P
 
P
S
 
S
A
 
P
R
 
R
G
 
G
E
 
E
L
 
L
E
 
E
I
 
I
T
 
T
T
 
D
L
 
V
L
 
N
E
 
R
M
 
A
Y
 
Y
L
 
L
A
 
E
D
 
R
G
 
G
L
 
Q
L
 
L
S
 
S
V
 
V
K
 
E
R
 
I
M
 
M
G
 
G
R
 
R
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
W
 
W
L
 
L
D
 
D
T
 
T
G
 
G
T
 
T
H
 
H
G
 
D
S
 
S
L
 
L
L
 
L
D
 
E
A
 
A
G
 
G
N
 
Q
F
 
F
V
 
I
R
 
A
T
 
T
L
 
L
E
 
E
R
 
N
R
 
R
Q
 
Q
G
 
G
L
 
L
Q
 
K
T
 
V
G
 
A
S
 
C
P
 
P
D
 
E
E
|
E
I
 
I
A
 
A
Y
 
Y
D
 
R
K
x
Q
G
 
K
W
 
W
I
 
I
S
 
D
A
 
A
E
 
A
A
 
Q
L
 
L
Q
 
E
A
 
K
R
 
L
A
 
A
E
 
A
K
 
P
F
 
L
R
 
A
K
 
K
N
 
N
N
 
G
Y
 
Y
G
 
G
E
 
Q
Y
 
Y
L
 
L
G
 
K
Q
 
R
L
 
L
L
 
L

5fuhA Pseudomonas aeruginosa rmla in complex with allosteric inhibitor
59% identity, 99% coverage: 3:289/290 of query aligns to 7:293/298 of 5fuhA

query
sites
5fuhA
Q
 
K
R
 
R
K
 
K
G
 
G
I
 
I
I
 
I
L
 
L
A
 
A
G
 
G
G
 
G
S
 
S
G
 
G
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Y
 
H
P
 
P
I
 
A
T
 
T
I
 
L
G
 
A
V
 
I
S
 
S
K
 
K
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
P
 
P
I
 
V
Y
 
Y
D
 
D
K
 
K
P
 
P
M
 
M
I
 
I
Y
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
I
 
L
S
 
S
V
x
T
L
 
L
M
 
M
L
|
L
A
 
A
G
 
G
I
 
I
R
 
R
E
 
E
I
 
I
A
 
L
I
 
I
I
 
I
T
 
S
T
 
T
P
 
P
E
 
Q
D
 
D
Q
 
T
A
 
P
Q
 
R
F
 
F
Q
 
Q
R
 
Q
A
 
L
I
 
L
G
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
Q
 
N
W
 
W
G
 
G
V
 
L
S
 
D
F
 
L
T
 
Q
F
 
Y
I
 
A
V
 
V
Q
 
Q
P
 
P
S
 
S
P
 
P
D
 
D
G
 
G
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
Y
 
F
I
 
L
L
 
I
A
 
G
E
 
E
D
 
S
F
 
F
L
 
I
N
 
G
G
 
N
A
 
D
P
 
L
S
 
S
A
 
A
M
 
L
V
 
V
L
 
L
G
 
G
D
 
D
N
 
N
I
 
L
F
x
Y
F
 
Y
G
|
G
H
 
H
G
 
D
L
x
F
P
 
H
D
 
E
I
 
L
M
 
L
A
 
G
E
 
S
A
 
A
D
 
S
A
 
Q
Q
 
R
T
 
Q
A
 
T
G
 
G
G
 
A
T
 
S
V
 
V
F
 
F
G
 
A
Y
 
Y
H
 
H
V
 
V
A
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
E
R
 
R
Y
 
Y
G
 
G
V
 
V
V
 
V
A
 
E
F
 
F
D
 
D
S
 
Q
A
 
G
G
 
G
S
 
K
V
 
A
K
 
I
Q
 
S
I
 
L
I
 
E
E
 
E
K
 
K
P
 
P
E
 
L
V
 
E
P
 
P
P
 
K
S
 
S
N
 
N
Y
 
Y
A
 
A
V
 
V
T
 
T
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
L
 
Y
D
 
D
G
 
Q
S
 
Q
A
 
V
P
 
V
E
 
D
R
 
I
A
 
A
R
 
R
K
 
D
V
 
L
Q
 
K
P
 
P
S
 
S
A
 
P
R
 
R
G
 
G
E
 
E
L
 
L
E
 
E
I
 
I
T
 
T
T
 
D
L
 
V
L
 
N
E
 
R
M
 
A
Y
 
Y
L
 
L
A
 
E
D
 
R
G
 
G
L
 
Q
L
 
L
S
 
S
V
 
V
K
 
E
R
 
I
M
 
M
G
 
G
R
 
R
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
W
 
W
L
 
L
D
 
D
T
 
T
G
 
G
T
 
T
H
 
H
G
 
D
S
 
S
L
 
L
L
 
L
D
 
E
A
 
A
G
 
G
N
 
Q
F
 
F
V
 
I
R
 
A
T
 
T
L
 
L
E
 
E
R
 
N
R
 
R
Q
 
Q
G
 
G
L
 
L
Q
 
K
T
 
V
G
x
A
S
 
C
P
 
P
D
 
E
E
 
E
I
 
I
A
 
A
Y
 
Y
D
x
R
K
x
Q
G
 
K
W
 
W
I
 
I
S
 
D
A
 
A
E
 
A
A
 
Q
L
 
L
Q
 
E
A
 
K
R
 
L
A
 
A
E
 
A
K
 
P
F
 
L
R
 
A
K
 
K
N
 
N
N
 
G
Y
 
Y
G
 
G
E
 
Q
Y
 
Y
L
 
L
G
 
K
Q
 
R
L
 
L
L
 
L

4b4bA Pseudomonas aeruginosa rmla in complex with allosteric inhibitor (see paper)
59% identity, 99% coverage: 3:289/290 of query aligns to 7:293/298 of 4b4bA

query
sites
4b4bA
Q
 
K
R
 
R
K
 
K
G
 
G
I
 
I
I
 
I
L
 
L
A
 
A
G
 
G
G
 
G
S
 
S
G
 
G
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Y
 
H
P
 
P
I
 
A
T
 
T
I
 
L
G
 
A
V
 
I
S
 
S
K
 
K
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
P
 
P
I
 
V
Y
 
Y
D
 
D
K
 
K
P
 
P
M
 
M
I
 
I
Y
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
I
 
L
S
 
S
V
 
T
L
 
L
M
 
M
L
 
L
A
 
A
G
 
G
I
 
I
R
 
R
E
 
E
I
 
I
A
 
L
I
 
I
I
 
I
T
 
S
T
 
T
P
 
P
E
 
Q
D
 
D
Q
 
T
A
 
P
Q
 
R
F
 
F
Q
 
Q
R
 
Q
A
 
L
I
 
L
G
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
Q
 
N
W
 
W
G
 
G
V
 
L
S
 
D
F
 
L
T
 
Q
F
 
Y
I
 
A
V
 
V
Q
 
Q
P
 
P
S
 
S
P
 
P
D
 
D
G
 
G
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
Y
 
F
I
 
L
L
 
I
A
 
G
E
 
E
D
 
S
F
 
F
L
 
I
N
 
G
G
 
N
A
 
D
P
 
L
S
 
S
A
 
A
M
 
L
V
 
V
L
 
L
G
 
G
D
 
D
N
 
N
I
 
L
F
 
Y
F
 
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
D
L
 
F
P
 
H
D
 
E
I
 
L
M
 
L
A
 
G
E
 
S
A
 
A
D
 
S
A
 
Q
Q
 
R
T
 
Q
A
 
T
G
 
G
G
 
A
T
 
S
V
 
V
F
 
F
G
 
A
Y
 
Y
H
 
H
V
 
V
A
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
E
R
 
R
Y
 
Y
G
 
G
V
 
V
V
 
V
A
 
E
F
 
F
D
 
D
S
 
Q
A
 
G
G
 
G
S
 
K
V
 
A
K
 
I
Q
 
S
I
 
L
I
 
E
E
 
E
K
 
K
P
 
P
E
 
L
V
 
E
P
 
P
P
 
K
S
 
S
N
 
N
Y
 
Y
A
 
A
V
 
V
T
 
T
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
L
 
Y
D
 
D
G
 
Q
S
 
Q
A
 
V
P
 
V
E
 
D
R
 
I
A
 
A
R
 
R
K
 
D
V
 
L
Q
 
K
P
 
P
S
 
S
A
 
P
R
 
R
G
 
G
E
 
E
L
 
L
E
 
E
I
 
I
T
 
T
T
 
D
L
 
V
L
 
N
E
 
R
M
 
A
Y
 
Y
L
 
L
A
 
E
D
 
R
G
 
G
L
 
Q
L
 
L
S
 
S
V
 
V
K
 
E
R
 
I
M
 
M
G
 
G
R
 
R
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
W
 
W
L
 
L
D
 
D
T
 
T
G
 
G
T
 
T
H
 
H
G
 
D
S
 
S
L
 
L
L
 
L
D
 
E
A
 
A
G
 
G
N
 
Q
F
 
F
V
 
I
R
 
A
T
 
T
L
 
L
E
 
E
R
 
N
R
 
R
Q
 
Q
G
 
G
L
 
L
Q
 
K
T
x
V
G
x
A
S
 
C
P
 
P
D
 
E
E
|
E
I
|
I
A
 
A
Y
 
Y
D
x
R
K
 
Q
G
 
K
W
 
W
I
 
I
S
 
D
A
 
A
E
 
A
A
 
Q
L
 
L
Q
 
E
A
 
K
R
 
L
A
 
A
E
 
A
K
 
P
F
 
L
R
 
A
K
 
K
N
 
N
N
 
G
Y
 
Y
G
 
G
E
 
Q
Y
 
Y
L
 
L
G
 
K
Q
 
R
L
 
L
L
 
L

5fyeA Pseudomonas aeruginosa rmla in complex with allosteric inhibitor
59% identity, 99% coverage: 3:289/290 of query aligns to 5:291/296 of 5fyeA

query
sites
5fyeA
Q
 
K
R
 
R
K
 
K
G
 
G
I
 
I
I
 
I
L
 
L
A
 
A
G
 
G
G
 
G
S
 
S
G
 
G
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Y
 
H
P
 
P
I
 
A
T
 
T
I
 
L
G
 
A
V
 
I
S
 
S
K
 
K
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
P
 
P
I
 
V
Y
 
Y
D
 
D
K
 
K
P
 
P
M
 
M
I
 
I
Y
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
I
 
L
S
|
S
V
 
T
L
 
L
M
 
M
L
|
L
A
 
A
G
 
G
I
 
I
R
 
R
E
 
E
I
 
I
A
 
L
I
 
I
I
 
I
T
 
S
T
 
T
P
 
P
E
 
Q
D
 
D
Q
 
T
A
 
P
Q
 
R
F
 
F
Q
 
Q
R
 
Q
A
 
L
I
 
L
G
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
Q
 
N
W
 
W
G
 
G
V
 
L
S
 
D
F
 
L
T
 
Q
F
 
Y
I
 
A
V
 
V
Q
 
Q
P
 
P
S
 
S
P
 
P
D
 
D
G
 
G
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
Y
 
F
I
 
L
L
 
I
A
 
G
E
 
E
D
 
S
F
 
F
L
 
I
N
 
G
G
 
N
A
 
D
P
 
L
S
 
S
A
 
A
M
 
L
V
 
V
L
 
L
G
 
G
D
 
D
N
 
N
I
 
L
F
x
Y
F
 
Y
G
|
G
H
 
H
G
 
D
L
 
F
P
 
H
D
 
E
I
 
L
M
 
L
A
 
G
E
 
S
A
 
A
D
 
S
A
 
Q
Q
 
R
T
 
Q
A
 
T
G
 
G
G
 
A
T
 
S
V
 
V
F
 
F
G
 
A
Y
 
Y
H
 
H
V
 
V
A
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
E
R
 
R
Y
 
Y
G
 
G
V
 
V
V
 
V
A
 
E
F
 
F
D
 
D
S
 
Q
A
 
G
G
 
G
S
 
K
V
 
A
K
 
I
Q
 
S
I
 
L
I
 
E
E
 
E
K
 
K
P
 
P
E
 
L
V
 
E
P
 
P
P
 
K
S
 
S
N
 
N
Y
 
Y
A
 
A
V
 
V
T
 
T
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
L
 
Y
D
 
D
G
 
Q
S
 
Q
A
 
V
P
 
V
E
 
D
R
 
I
A
 
A
R
 
R
K
 
D
V
 
L
Q
 
K
P
 
P
S
 
S
A
 
P
R
 
R
G
 
G
E
 
E
L
 
L
E
 
E
I
 
I
T
 
T
T
 
D
L
 
V
L
 
N
E
 
R
M
 
A
Y
 
Y
L
 
L
A
 
E
D
 
R
G
 
G
L
 
Q
L
 
L
S
 
S
V
 
V
K
 
E
R
 
I
M
 
M
G
 
G
R
 
R
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
W
 
W
L
 
L
D
 
D
T
 
T
G
 
G
T
 
T
H
 
H
G
 
D
S
 
S
L
 
L
L
 
L
D
 
E
A
 
A
G
 
G
N
 
Q
F
 
F
V
 
I
R
 
A
T
 
T
L
 
L
E
 
E
R
 
N
R
 
R
Q
 
Q
G
 
G
L
 
L
Q
 
K
T
x
V
G
x
A
S
 
C
P
 
P
D
 
E
E
|
E
I
 
I
A
 
A
Y
 
Y
D
x
R
K
 
Q
G
 
K
W
 
W
I
 
I
S
 
D
A
 
A
E
 
A
A
 
Q
L
 
L
Q
 
E
A
 
K
R
 
L
A
 
A
E
 
A
K
 
P
F
 
L
R
 
A
K
 
K
N
 
N
N
 
G
Y
 
Y
G
 
G
E
 
Q
Y
 
Y
L
 
L
G
 
K
Q
 
R
L
 
L
L
 
L

5fu0A Pseudomonas aeruginosa rmla in complex with allosteric inhibitor
59% identity, 99% coverage: 3:289/290 of query aligns to 5:291/296 of 5fu0A

query
sites
5fu0A
Q
 
K
R
 
R
K
 
K
G
 
G
I
 
I
I
 
I
L
 
L
A
 
A
G
 
G
G
 
G
S
 
S
G
 
G
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Y
 
H
P
 
P
I
 
A
T
 
T
I
 
L
G
 
A
V
 
I
S
 
S
K
 
K
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
P
 
P
I
 
V
Y
 
Y
D
 
D
K
 
K
P
 
P
M
 
M
I
 
I
Y
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
I
 
L
S
|
S
V
 
T
L
 
L
M
 
M
L
|
L
A
 
A
G
 
G
I
 
I
R
 
R
E
 
E
I
 
I
A
 
L
I
 
I
I
 
I
T
 
S
T
 
T
P
 
P
E
 
Q
D
 
D
Q
 
T
A
 
P
Q
 
R
F
 
F
Q
 
Q
R
 
Q
A
 
L
I
 
L
G
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
Q
 
N
W
 
W
G
 
G
V
 
L
S
 
D
F
 
L
T
 
Q
F
 
Y
I
 
A
V
 
V
Q
 
Q
P
 
P
S
 
S
P
 
P
D
 
D
G
 
G
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
Y
 
F
I
 
L
L
 
I
A
 
G
E
 
E
D
 
S
F
 
F
L
 
I
N
 
G
G
 
N
A
 
D
P
 
L
S
 
S
A
 
A
M
 
L
V
 
V
L
 
L
G
 
G
D
 
D
N
 
N
I
 
L
F
x
Y
F
x
Y
G
|
G
H
 
H
G
 
D
L
 
F
P
x
H
D
 
E
I
 
L
M
 
L
A
 
G
E
 
S
A
 
A
D
 
S
A
 
Q
Q
 
R
T
 
Q
A
 
T
G
 
G
G
 
A
T
 
S
V
 
V
F
 
F
G
 
A
Y
 
Y
H
 
H
V
 
V
A
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
E
R
 
R
Y
 
Y
G
 
G
V
 
V
V
 
V
A
 
E
F
 
F
D
 
D
S
 
Q
A
 
G
G
 
G
S
 
K
V
 
A
K
 
I
Q
 
S
I
 
L
I
 
E
E
 
E
K
 
K
P
 
P
E
 
L
V
 
E
P
 
P
P
 
K
S
 
S
N
 
N
Y
 
Y
A
 
A
V
 
V
T
 
T
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
L
 
Y
D
 
D
G
 
Q
S
 
Q
A
 
V
P
 
V
E
 
D
R
 
I
A
 
A
R
 
R
K
 
D
V
 
L
Q
 
K
P
 
P
S
 
S
A
 
P
R
 
R
G
 
G
E
 
E
L
 
L
E
 
E
I
 
I
T
 
T
T
 
D
L
 
V
L
 
N
E
 
R
M
 
A
Y
 
Y
L
 
L
A
 
E
D
 
R
G
 
G
L
 
Q
L
 
L
S
 
S
V
 
V
K
 
E
R
 
I
M
 
M
G
 
G
R
 
R
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
W
 
W
L
 
L
D
 
D
T
 
T
G
 
G
T
 
T
H
 
H
G
 
D
S
 
S
L
 
L
L
 
L
D
 
E
A
 
A
G
 
G
N
 
Q
F
 
F
V
 
I
R
 
A
T
 
T
L
 
L
E
 
E
R
 
N
R
 
R
Q
 
Q
G
 
G
L
 
L
Q
 
K
T
x
V
G
x
A
S
 
C
P
 
P
D
 
E
E
|
E
I
 
I
A
 
A
Y
 
Y
D
 
R
K
x
Q
G
 
K
W
 
W
I
 
I
S
 
D
A
 
A
E
 
A
A
 
Q
L
 
L
Q
 
E
A
 
K
R
 
L
A
 
A
E
 
A
K
 
P
F
 
L
R
 
A
K
 
K
N
 
N
N
 
G
Y
 
Y
G
 
G
E
 
Q
Y
 
Y
L
 
L
G
 
K
Q
 
R
L
 
L
L
 
L

5ftvA Pseudomonas aeruginosa rmla in complex with allosteric inhibitor
59% identity, 99% coverage: 3:289/290 of query aligns to 5:291/296 of 5ftvA

query
sites
5ftvA
Q
 
K
R
 
R
K
 
K
G
 
G
I
 
I
I
 
I
L
 
L
A
 
A
G
 
G
G
 
G
S
 
S
G
 
G
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Y
 
H
P
 
P
I
 
A
T
 
T
I
 
L
G
 
A
V
 
I
S
 
S
K
 
K
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
P
 
P
I
 
V
Y
 
Y
D
 
D
K
 
K
P
 
P
M
 
M
I
 
I
Y
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
I
 
L
S
|
S
V
 
T
L
 
L
M
 
M
L
|
L
A
 
A
G
 
G
I
 
I
R
 
R
E
 
E
I
 
I
A
 
L
I
 
I
I
 
I
T
 
S
T
 
T
P
 
P
E
 
Q
D
 
D
Q
 
T
A
 
P
Q
 
R
F
 
F
Q
 
Q
R
 
Q
A
 
L
I
 
L
G
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
Q
 
N
W
 
W
G
 
G
V
 
L
S
 
D
F
 
L
T
 
Q
F
 
Y
I
 
A
V
 
V
Q
 
Q
P
 
P
S
 
S
P
 
P
D
 
D
G
 
G
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
Y
 
F
I
 
L
L
 
I
A
 
G
E
 
E
D
 
S
F
 
F
L
 
I
N
 
G
G
 
N
A
 
D
P
 
L
S
 
S
A
 
A
M
 
L
V
 
V
L
 
L
G
 
G
D
 
D
N
 
N
I
 
L
F
x
Y
F
x
Y
G
|
G
H
 
H
G
 
D
L
x
F
P
 
H
D
 
E
I
 
L
M
 
L
A
 
G
E
 
S
A
 
A
D
 
S
A
 
Q
Q
 
R
T
 
Q
A
 
T
G
 
G
G
 
A
T
 
S
V
 
V
F
 
F
G
 
A
Y
 
Y
H
 
H
V
 
V
A
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
E
R
 
R
Y
 
Y
G
 
G
V
 
V
V
 
V
A
 
E
F
 
F
D
 
D
S
 
Q
A
 
G
G
 
G
S
 
K
V
 
A
K
 
I
Q
 
S
I
 
L
I
 
E
E
 
E
K
 
K
P
 
P
E
 
L
V
 
E
P
 
P
P
 
K
S
 
S
N
 
N
Y
 
Y
A
 
A
V
 
V
T
 
T
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
L
 
Y
D
 
D
G
 
Q
S
 
Q
A
 
V
P
 
V
E
 
D
R
 
I
A
 
A
R
 
R
K
 
D
V
 
L
Q
 
K
P
 
P
S
 
S
A
 
P
R
 
R
G
 
G
E
 
E
L
 
L
E
 
E
I
 
I
T
 
T
T
 
D
L
 
V
L
 
N
E
 
R
M
 
A
Y
 
Y
L
 
L
A
 
E
D
 
R
G
 
G
L
 
Q
L
 
L
S
 
S
V
 
V
K
 
E
R
 
I
M
 
M
G
 
G
R
 
R
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
W
 
W
L
 
L
D
 
D
T
 
T
G
 
G
T
 
T
H
 
H
G
 
D
S
 
S
L
 
L
L
 
L
D
 
E
A
 
A
G
 
G
N
 
Q
F
 
F
V
 
I
R
 
A
T
 
T
L
 
L
E
 
E
R
 
N
R
 
R
Q
 
Q
G
 
G
L
 
L
Q
 
K
T
x
V
G
x
A
S
 
C
P
 
P
D
 
E
E
|
E
I
 
I
A
 
A
Y
 
Y
D
x
R
K
x
Q
G
 
K
W
 
W
I
 
I
S
 
D
A
 
A
E
 
A
A
 
Q
L
 
L
Q
 
E
A
 
K
R
 
L
A
 
A
E
 
A
K
 
P
F
 
L
R
 
A
K
 
K
N
 
N
N
 
G
Y
 
Y
G
 
G
E
 
Q
Y
 
Y
L
 
L
G
 
K
Q
 
R
L
 
L
L
 
L

5ftsA Pseudomonas aeruginosa rmla in complex with allosteric inhibitor
59% identity, 99% coverage: 3:289/290 of query aligns to 5:291/296 of 5ftsA

query
sites
5ftsA
Q
 
K
R
 
R
K
 
K
G
 
G
I
 
I
I
 
I
L
 
L
A
 
A
G
 
G
G
 
G
S
 
S
G
 
G
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Y
 
H
P
 
P
I
 
A
T
 
T
I
 
L
G
 
A
V
 
I
S
 
S
K
 
K
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
P
 
P
I
 
V
Y
 
Y
D
 
D
K
 
K
P
 
P
M
 
M
I
 
I
Y
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
I
 
L
S
|
S
V
 
T
L
 
L
M
 
M
L
|
L
A
 
A
G
 
G
I
 
I
R
 
R
E
 
E
I
 
I
A
 
L
I
 
I
I
 
I
T
 
S
T
 
T
P
 
P
E
 
Q
D
 
D
Q
 
T
A
 
P
Q
 
R
F
 
F
Q
 
Q
R
 
Q
A
 
L
I
 
L
G
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
Q
 
N
W
 
W
G
 
G
V
 
L
S
 
D
F
 
L
T
 
Q
F
 
Y
I
 
A
V
 
V
Q
 
Q
P
 
P
S
 
S
P
 
P
D
 
D
G
 
G
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
Y
 
F
I
 
L
L
 
I
A
 
G
E
 
E
D
 
S
F
 
F
L
 
I
N
 
G
G
 
N
A
 
D
P
 
L
S
 
S
A
 
A
M
 
L
V
 
V
L
 
L
G
 
G
D
 
D
N
 
N
I
 
L
F
x
Y
F
 
Y
G
|
G
H
 
H
G
 
D
L
 
F
P
x
H
D
 
E
I
 
L
M
 
L
A
 
G
E
 
S
A
 
A
D
 
S
A
 
Q
Q
 
R
T
 
Q
A
 
T
G
 
G
G
 
A
T
 
S
V
 
V
F
 
F
G
 
A
Y
 
Y
H
 
H
V
 
V
A
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
E
R
 
R
Y
 
Y
G
 
G
V
 
V
V
 
V
A
 
E
F
 
F
D
 
D
S
 
Q
A
 
G
G
 
G
S
 
K
V
 
A
K
 
I
Q
 
S
I
 
L
I
 
E
E
 
E
K
 
K
P
 
P
E
 
L
V
 
E
P
 
P
P
 
K
S
 
S
N
 
N
Y
 
Y
A
 
A
V
 
V
T
 
T
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
L
 
Y
D
 
D
G
 
Q
S
 
Q
A
 
V
P
 
V
E
 
D
R
 
I
A
 
A
R
 
R
K
 
D
V
 
L
Q
 
K
P
 
P
S
 
S
A
 
P
R
 
R
G
 
G
E
 
E
L
 
L
E
 
E
I
 
I
T
 
T
T
 
D
L
 
V
L
 
N
E
 
R
M
 
A
Y
 
Y
L
 
L
A
 
E
D
 
R
G
 
G
L
 
Q
L
 
L
S
 
S
V
 
V
K
 
E
R
 
I
M
 
M
G
 
G
R
 
R
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
W
 
W
L
 
L
D
 
D
T
 
T
G
 
G
T
 
T
H
 
H
G
 
D
S
 
S
L
 
L
L
 
L
D
 
E
A
 
A
G
 
G
N
 
Q
F
 
F
V
 
I
R
 
A
T
 
T
L
 
L
E
 
E
R
 
N
R
 
R
Q
 
Q
G
 
G
L
 
L
Q
 
K
T
x
V
G
x
A
S
 
C
P
 
P
D
 
E
E
|
E
I
|
I
A
 
A
Y
 
Y
D
 
R
K
 
Q
G
 
K
W
 
W
I
 
I
S
 
D
A
 
A
E
 
A
A
 
Q
L
 
L
Q
 
E
A
 
K
R
 
L
A
 
A
E
 
A
K
 
P
F
 
L
R
 
A
K
 
K
N
 
N
N
 
G
Y
 
Y
G
 
G
E
 
Q
Y
 
Y
L
 
L
G
 
K
Q
 
R
L
 
L
L
 
L

Query Sequence

>3610733 FitnessBrowser__Dino:3610733
MTQRKGIILAGGSGTRLYPITIGVSKQLLPIYDKPMIYYPISVLMLAGIREIAIITTPED
QAQFQRAIGDGSQWGVSFTFIVQPSPDGLAQAYILAEDFLNGAPSAMVLGDNIFFGHGLP
DIMAEADAQTAGGTVFGYHVADPERYGVVAFDSAGSVKQIIEKPEVPPSNYAVTGLYFLD
GSAPERARKVQPSARGELEITTLLEMYLADGLLSVKRMGRGYAWLDTGTHGSLLDAGNFV
RTLERRQGLQTGSPDEIAYDKGWISAEALQARAEKFRKNNYGEYLGQLLK

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory