SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 408375 MicrobesOnline__882:408375 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

5u2kA Crystal structure of galactoside o-acetyltransferase complex with coa (h3 space group)
36% identity, 54% coverage: 79:184/195 of query aligns to 77:183/190 of 5u2kA

query
sites
5u2kA
L
 
L
G
 
G
R
 
K
N
 
N
V
 
V
Y
 
Y
I
 
V
G
 
N
S
 
T
H
 
N
C
 
C
N
 
Y
I
 
F
-
x
M
-
 
D
-
 
G
G
 
G
L
 
Q
A
 
I
D
 
T
I
 
I
G
 
G
D
 
D
D
 
N
C
 
V
L
 
F
I
 
I
G
 
G
S
 
P
H
 
N
-
 
C
-
 
G
-
 
F
V
x
Y
L
 
T
V
x
A
T
 
T
S
x
H
G
 
P
R
 
L
N
 
N
V
 
F
H
 
H
H
 
H
F
 
-
D
 
-
D
 
-
V
 
-
E
 
-
T
 
-
P
 
-
I
 
-
R
 
R
L
 
N
Q
 
E
G
 
G
G
 
F
E
 
E
R
 
K
E
 
A
-
 
G
T
 
P
T
 
I
R
 
H
I
 
I
G
 
G
R
 
S
D
 
N
C
 
T
W
 
W
I
 
F
G
 
G
N
 
G
G
 
H
A
 
V
V
 
A
V
 
V
M
x
L
-
 
P
-
 
G
A
 
V
D
 
T
V
 
I
G
 
G
E
 
E
G
 
G
C
 
S
V
 
V
V
 
I
A
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
S
V
 
V
V
 
V
V
x
T
S
x
K
P
 
D
L
 
I
P
 
P
P
 
P
Y
 
H
S
 
S
V
 
L
A
 
A
A
 
V
G
 
G
V
 
N
P
 
P
A
 
C
R
 
K
V
 
V
I
 
V
R
 
R
K
 
K

P07464 Galactoside O-acetyltransferase; GAT; Acetyl-CoA:galactoside 6-O-acetyltransferase; Thiogalactoside acetyltransferase; Thiogalactoside transacetylase; EC 2.3.1.18 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
37% identity, 58% coverage: 79:191/195 of query aligns to 78:190/203 of P07464

query
sites
P07464
L
 
I
G
 
G
R
 
R
N
 
N
V
 
F
Y
 
Y
I
 
-
G
 
-
S
 
A
H
x
N
C
 
F
N
 
N
I
 
L
G
 
T
L
 
I
A
 
V
D
 
D
-
x
D
-
 
Y
-
 
T
-
 
V
-
 
T
I
 
I
G
 
G
D
 
D
D
 
N
C
 
V
L
 
L
I
 
I
G
 
A
S
 
P
H
 
N
V
 
V
-
 
T
L
 
L
V
 
S
T
 
V
S
 
T
G
 
G
R
x
H
N
 
P
V
 
V
H
 
H
H
 
H
F
 
-
D
 
-
D
 
-
V
 
-
E
 
-
T
 
-
P
 
E
I
 
L
R
 
R
L
 
-
Q
 
K
G
 
N
G
 
G
E
 
E
R
 
M
E
 
Y
T
 
S
-
 
F
-
 
P
T
 
I
R
 
T
I
 
I
G
 
G
R
 
N
D
 
N
C
 
V
W
 
W
I
 
I
G
 
G
N
x
S
G
 
H
A
 
V
V
 
V
V
 
I
M
 
N
-
 
P
-
 
G
A
 
V
D
 
T
V
 
I
G
 
G
E
 
D
G
 
N
C
 
S
V
 
V
V
 
I
A
 
G
A
|
A
G
 
G
G
 
S
V
 
I
V
 
V
V
x
T
S
x
K
P
 
D
L
 
I
P
 
P
P
 
P
Y
 
N
S
 
V
V
 
V
A
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
V
P
 
P
A
 
C
R
|
R
V
 
V
I
 
I
R
|
R
K
 
E
R
 
I
G
 
N
E
 
D
P
 
-
R
 
R
D
 
D
E
 
K

Sites not aligning to the query:

1krrA Galactoside acetyltransferase in complex with acetyl-coenzyme a (see paper)
37% identity, 58% coverage: 79:191/195 of query aligns to 77:189/200 of 1krrA

query
sites
1krrA
L
 
I
G
 
G
R
 
R
N
 
N
V
 
F
Y
 
Y
I
 
-
G
 
-
S
 
A
H
x
N
C
 
F
N
 
N
I
 
L
G
 
T
L
 
I
A
 
V
D
 
D
-
 
D
-
 
Y
-
 
T
-
 
V
-
 
T
I
 
I
G
 
G
D
 
D
D
 
N
C
 
V
L
 
L
I
|
I
G
x
A
S
x
P
H
 
N
V
 
V
-
 
T
L
 
L
V
 
S
T
 
V
S
x
T
G
 
G
R
x
H
N
 
P
V
 
V
H
 
H
H
 
H
F
 
-
D
 
-
D
 
-
V
 
-
E
 
-
T
 
-
P
 
E
I
 
L
R
 
R
L
 
-
Q
 
K
G
 
N
G
 
G
E
 
E
R
 
M
E
 
Y
T
 
S
-
 
F
-
 
P
T
 
I
R
 
T
I
 
I
G
 
G
R
 
N
D
 
N
C
 
V
W
 
W
I
 
I
G
|
G
N
x
S
G
 
H
A
 
V
V
 
V
V
 
I
M
x
N
-
 
P
-
 
G
A
 
V
D
 
T
V
 
I
G
 
G
E
 
D
G
 
N
C
 
S
V
 
V
V
 
I
A
x
G
A
|
A
G
 
G
G
 
S
V
 
I
V
 
V
V
 
T
S
 
K
P
 
D
L
 
I
P
 
P
P
 
P
Y
 
N
S
 
V
V
 
V
A
 
A
A
|
A
G
 
G
V
 
V
P
|
P
A
 
C
R
 
R
V
 
V
I
 
I
R
|
R
K
 
E
R
 
I
G
 
N
E
 
D
P
 
-
R
 
R
D
 
D
E
 
K

1krvA Galactoside acetyltransferase in complex with coa and pnp-beta-gal (see paper)
37% identity, 58% coverage: 79:191/195 of query aligns to 77:189/201 of 1krvA

query
sites
1krvA
L
 
I
G
 
G
R
 
R
N
 
N
V
 
F
Y
|
Y
I
 
-
G
 
-
S
 
A
H
x
N
C
 
F
N
 
N
I
 
L
G
 
T
L
 
I
A
x
V
D
 
D
-
x
D
-
 
Y
-
 
T
-
 
V
-
 
T
I
 
I
G
 
G
D
 
D
D
 
N
C
 
V
L
 
L
I
 
I
G
x
A
S
 
P
H
 
N
V
 
V
-
 
T
L
 
L
V
x
S
T
 
V
S
x
T
G
 
G
R
 
H
N
 
P
V
 
V
H
 
H
H
 
H
F
 
-
D
 
-
D
 
-
V
 
-
E
 
-
T
 
-
P
 
E
I
 
L
R
 
R
L
 
-
Q
 
K
G
 
N
G
 
G
E
 
E
R
x
M
E
 
Y
T
 
S
-
 
F
-
 
P
T
 
I
R
 
T
I
 
I
G
 
G
R
 
N
D
 
N
C
 
V
W
|
W
I
 
I
G
|
G
N
x
S
G
 
H
A
 
V
V
 
V
V
 
I
M
x
N
-
 
P
-
 
G
A
 
V
D
 
T
V
 
I
G
 
G
E
 
D
G
 
N
C
 
S
V
 
V
V
 
I
A
 
G
A
|
A
G
 
G
G
 
S
V
 
I
V
 
V
V
 
T
S
 
K
P
 
D
L
 
I
P
 
P
P
 
P
Y
 
N
S
 
V
V
 
V
A
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
V
P
|
P
A
 
C
R
|
R
V
 
V
I
 
I
R
|
R
K
 
E
R
 
I
G
 
N
E
 
D
P
 
-
R
 
R
D
 
D
E
 
K

Sites not aligning to the query:

1kruA Galactoside acetyltransferase in complex with iptg and coenzyme a (see paper)
37% identity, 58% coverage: 79:191/195 of query aligns to 77:189/201 of 1kruA

query
sites
1kruA
L
 
I
G
 
G
R
 
R
N
 
N
V
 
F
Y
|
Y
I
 
-
G
 
-
S
 
A
H
x
N
C
 
F
N
 
N
I
 
L
G
 
T
L
 
I
A
x
V
D
 
D
-
x
D
-
 
Y
-
 
T
-
 
V
-
 
T
I
 
I
G
 
G
D
 
D
D
 
N
C
 
V
L
|
L
I
 
I
G
 
A
S
 
P
H
 
N
V
 
V
-
 
T
L
 
L
V
 
S
T
 
V
S
 
T
G
 
G
R
x
H
N
 
P
V
 
V
H
 
H
H
 
H
F
 
-
D
 
-
D
 
-
V
 
-
E
 
-
T
 
-
P
 
E
I
 
L
R
 
R
L
 
-
Q
 
K
G
 
N
G
 
G
E
 
E
R
x
M
E
 
Y
T
 
S
-
 
F
-
 
P
T
 
I
R
 
T
I
 
I
G
 
G
R
 
N
D
 
N
C
 
V
W
|
W
I
 
I
G
|
G
N
x
S
G
 
H
A
 
V
V
 
V
V
 
I
M
 
N
-
 
P
-
 
G
A
 
V
D
 
T
V
 
I
G
 
G
E
 
D
G
 
N
C
 
S
V
 
V
V
 
I
A
x
G
A
|
A
G
 
G
G
 
S
V
 
I
V
 
V
V
 
T
S
 
K
P
 
D
L
 
I
P
 
P
P
 
P
Y
 
N
S
 
V
V
 
V
A
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
V
P
|
P
A
 
C
R
 
R
V
 
V
I
 
I
R
|
R
K
 
E
R
 
I
G
 
N
E
 
D
P
 
-
R
 
R
D
 
D
E
 
K

Sites not aligning to the query:

3dhoA Structure of streptogramin acetyltransferase in complex with an inhibitor
35% identity, 46% coverage: 96:185/195 of query aligns to 63:167/203 of 3dhoA

query
sites
3dhoA
I
 
I
G
 
G
D
 
K
D
 
F
C
 
C
L
 
S
I
 
I
G
 
G
S
 
P
H
 
G
V
 
V
L
 
T
V
 
I
T
 
I
S
 
M
G
 
N
R
 
G
N
 
A
V
 
N
H
 
H
H
 
R
F
x
M
D
 
D
D
 
G
V
 
S
E
 
T
T
 
Y
P
 
P
I
 
F
R
 
N
L
 
L
Q
 
F
G
 
G
G
 
N
E
 
G
R
 
W
E
 
E
T
 
K
-
 
H
-
 
M
-
 
P
-
 
K
-
 
L
-
 
D
-
 
Q
-
 
L
-
 
P
-
 
I
-
 
K
-
 
G
-
 
D
T
 
T
R
 
I
I
 
I
G
 
G
R
 
N
D
 
D
C
 
V
W
 
W
I
 
I
G
 
G
N
 
K
G
 
D
A
 
V
V
 
V
V
 
I
M
 
M
-
 
P
-
 
G
A
 
V
D
 
K
V
 
I
G
 
G
E
 
D
G
 
G
C
 
A
V
x
I
V
 
V
A
|
A
A
 
A
G
 
N
G
 
S
V
 
V
V
 
V
V
|
V
S
 
K
P
 
D
L
 
I
P
 
A
P
 
P
Y
 
Y
S
 
M
V
x
L
A
 
A
A
x
G
G
 
G
V
 
N
P
|
P
A
 
A
R
 
N
V
 
E
I
|
I
R
 
K
K
 
Q
R
 
R

1mrlA Crystal structure of streptogramin a acetyltransferase with dalfopristin (see paper)
35% identity, 46% coverage: 96:185/195 of query aligns to 63:167/204 of 1mrlA

query
sites
1mrlA
I
 
I
G
 
G
D
 
K
D
 
F
C
 
C
L
 
S
I
 
I
G
 
G
S
 
P
H
 
G
V
 
V
L
 
T
V
 
I
T
 
I
S
 
M
G
 
N
R
 
G
N
 
A
V
x
N
H
|
H
H
 
R
F
 
M
D
 
D
D
 
G
V
 
S
E
 
T
T
 
Y
P
 
P
I
 
F
R
 
N
L
|
L
Q
 
F
G
 
G
G
 
N
E
 
G
R
 
W
E
 
E
T
 
K
-
 
H
-
x
M
-
 
P
-
 
K
-
 
L
-
 
D
-
 
Q
-
x
L
-
 
P
-
 
I
-
 
K
-
 
G
-
 
D
T
 
T
R
 
I
I
 
I
G
 
G
R
 
N
D
 
D
C
 
V
W
 
W
I
 
I
G
 
G
N
 
K
G
 
D
A
 
V
V
 
V
V
 
I
M
 
M
-
 
P
-
 
G
A
 
V
D
 
K
V
 
I
G
 
G
E
 
D
G
 
G
C
 
A
V
 
I
V
 
V
A
 
A
A
 
A
G
 
N
G
 
S
V
 
V
V
 
V
V
 
V
S
 
K
P
 
D
L
 
I
P
 
A
P
 
P
Y
 
Y
S
 
M
V
 
L
A
 
A
A
 
G
G
 
G
V
 
N
P
 
P
A
 
A
R
 
N
V
 
E
I
 
I
R
 
K
K
 
Q
R
 
R

Sites not aligning to the query:

1kk4A Crystal structure of vat(d) in complex with acetyl-coa (see paper)
35% identity, 46% coverage: 96:185/195 of query aligns to 63:167/205 of 1kk4A

query
sites
1kk4A
I
 
I
G
 
G
D
 
K
D
 
F
C
 
C
L
 
S
I
|
I
G
|
G
S
 
P
H
 
G
V
 
V
L
 
T
V
 
I
T
 
I
S
 
M
G
 
N
R
 
G
N
 
A
V
 
N
H
 
H
H
 
R
F
 
M
D
 
D
D
 
G
V
 
S
E
 
T
T
 
Y
P
 
P
I
 
F
R
 
N
L
 
L
Q
 
F
G
 
G
G
 
N
E
 
G
R
 
W
E
 
E
T
 
K
-
 
H
-
 
M
-
 
P
-
 
K
-
 
L
-
 
D
-
 
Q
-
 
L
-
 
P
-
 
I
-
x
K
-
 
G
-
 
D
T
 
T
R
 
I
I
 
I
G
 
G
R
 
N
D
 
D
C
 
V
W
|
W
I
 
I
G
|
G
N
x
K
G
 
D
A
 
V
V
 
V
V
 
I
M
 
M
-
 
P
-
 
G
A
 
V
D
 
K
V
 
I
G
 
G
E
 
D
G
 
G
C
 
A
V
 
I
V
 
V
A
|
A
A
|
A
G
 
N
G
 
S
V
 
V
V
 
V
V
|
V
S
x
K
P
 
D
L
 
I
P
 
A
P
 
P
Y
 
Y
S
 
M
V
x
L
A
 
A
A
x
G
G
|
G
V
 
N
P
|
P
A
 
A
R
 
N
V
 
E
I
|
I
R
 
K
K
 
Q
R
 
R

1khrA Crystal structure of vat(d) in complex with virginiamycin and coenzyme a (see paper)
35% identity, 46% coverage: 96:185/195 of query aligns to 63:167/206 of 1khrA

query
sites
1khrA
I
 
I
G
 
G
D
 
K
D
 
F
C
 
C
L
 
S
I
 
I
G
 
G
S
 
P
H
 
G
V
 
V
L
 
T
V
 
I
T
 
I
S
 
M
G
 
N
R
 
G
N
x
A
V
x
N
H
|
H
H
 
R
F
x
M
D
 
D
D
 
G
V
 
S
E
 
T
T
 
Y
P
 
P
I
 
F
R
 
N
L
|
L
Q
 
F
G
 
G
G
 
N
E
 
G
R
 
W
E
 
E
T
 
K
-
 
H
-
 
M
-
 
P
-
 
K
-
 
L
-
 
D
-
 
Q
-
 
L
-
 
P
-
 
I
-
 
K
-
 
G
-
 
D
T
 
T
R
 
I
I
 
I
G
 
G
R
 
N
D
 
D
C
 
V
W
|
W
I
 
I
G
 
G
N
 
K
G
 
D
A
 
V
V
 
V
V
 
I
M
 
M
-
 
P
-
 
G
A
 
V
D
 
K
V
 
I
G
 
G
E
 
D
G
 
G
C
 
A
V
 
I
V
 
V
A
|
A
A
|
A
G
 
N
G
 
S
V
 
V
V
 
V
V
|
V
S
 
K
P
 
D
L
 
I
P
 
A
P
 
P
Y
 
Y
S
 
M
V
x
L
A
 
A
A
x
G
G
 
G
V
 
N
P
|
P
A
 
A
R
 
N
V
 
E
I
|
I
R
 
K
K
 
Q
R
 
R

Sites not aligning to the query:

P50870 Streptogramin A acetyltransferase; Virginiamycin acetyltransferase D; Vat(D); EC 2.3.1.- from Enterococcus faecium (Streptococcus faecium) (see paper)
35% identity, 46% coverage: 96:185/195 of query aligns to 63:167/209 of P50870

query
sites
P50870
I
 
I
G
 
G
D
 
K
D
 
F
C
 
C
L
 
S
I
 
I
G
 
G
S
 
P
H
 
G
V
 
V
L
 
T
V
 
I
T
 
I
S
 
M
G
 
N
R
 
G
N
 
A
V
 
N
H
|
H
H
 
R
F
 
M
D
 
D
D
 
G
V
 
S
E
 
T
T
 
Y
P
 
P
I
 
F
R
 
N
L
 
L
Q
 
F
G
 
G
G
 
N
E
 
G
R
 
W
E
 
E
T
 
K
-
 
H
-
 
M
-
 
P
-
 
K
-
 
L
-
 
D
-
 
Q
-
 
L
-
 
P
-
 
I
-
 
K
-
 
G
-
 
D
T
 
T
R
 
I
I
 
I
G
 
G
R
 
N
D
 
D
C
 
V
W
 
W
I
 
I
G
 
G
N
 
K
G
 
D
A
 
V
V
 
V
V
 
I
M
 
M
-
 
P
-
 
G
A
 
V
D
 
K
V
 
I
G
 
G
E
 
D
G
 
G
C
 
A
V
 
I
V
 
V
A
 
A
A
 
A
G
 
N
G
 
S
V
 
V
V
 
V
V
 
V
S
 
K
P
 
D
L
 
I
P
 
A
P
 
P
Y
 
Y
S
 
M
V
 
L
A
 
A
A
 
G
G
 
G
V
 
N
P
 
P
A
 
A
R
 
N
V
 
E
I
 
I
R
 
K
K
 
Q
R
 
R

4isxA The crystal structure of maltose o-acetyltransferase from clostridium difficile 630 in complex with acetyl-coa
29% identity, 56% coverage: 79:187/195 of query aligns to 77:186/186 of 4isxA

query
sites
4isxA
L
 
V
G
 
G
R
 
E
N
 
N
V
 
F
Y
 
F
I
 
A
G
x
N
S
 
Y
H
 
D
C
 
C
-
 
I
-
 
F
-
 
L
N
 
D
I
 
V
G
 
C
L
 
K
A
 
I
D
 
E
I
 
I
G
 
G
D
 
D
D
 
N
C
 
V
L
 
M
I
 
L
G
x
A
S
 
P
H
 
N
V
 
V
L
 
Q
V
 
I
T
 
Y
S
 
T
G
 
A
R
 
-
N
 
-
V
 
-
H
 
-
H
 
-
F
 
Y
D
 
H
D
 
P
V
 
I
E
 
D
T
 
A
P
 
Q
I
 
L
R
 
R
L
 
N
Q
 
S
G
 
G
G
 
I
E
 
E
R
 
Y
E
 
G
T
 
S
-
 
P
T
 
V
R
 
K
I
 
I
G
 
G
R
 
D
D
 
N
C
 
V
W
|
W
I
 
I
G
|
G
N
x
G
G
 
G
A
 
V
V
 
I
V
 
I
M
 
T
-
 
P
-
 
G
A
 
I
D
 
T
V
 
I
G
 
G
E
 
D
G
 
N
C
 
V
V
 
V
V
 
I
A
 
G
A
|
A
G
 
G
G
 
S
V
 
V
V
 
V
V
 
T
S
 
K
P
 
D
L
 
I
P
 
P
P
 
P
Y
 
N
S
 
T
V
 
V
A
 
A
A
x
V
G
 
G
V
 
N
P
 
P
A
 
C
R
 
R
V
 
V
I
 
I
R
x
K
K
 
K
R
 
I
G
 
E
E
 
E

6x3cA Crystal structure of streptogramin a acetyltransferase vata from staphylococcus aureus in complex with streptogramin analog f1037 (47) (see paper)
28% identity, 62% coverage: 66:185/195 of query aligns to 17:166/207 of 6x3cA

query
sites
6x3cA
I
x
L
E
 
Q
F
 
F
M
 
I
T
 
K
T
 
P
F
 
T
V
 
I
T
 
T
P
 
N
E
 
E
A
 
N
V
 
I
L
 
L
-
 
V
G
 
G
R
 
E
N
 
Y
V
 
S
Y
|
Y
I
 
Y
G
 
D
S
 
S
H
 
K
C
 
R
N
 
G
I
 
E
G
 
S
L
 
F
A
 
E
D
 
D
-
 
Q
-
 
V
-
 
L
-
x
Y
-
 
H
-
x
Y
-
 
E
-
 
V
I
 
I
G
 
G
D
 
D
D
 
K
C
 
L
L
 
I
I
 
I
G
 
G
S
 
R
H
 
F
-
 
C
-
 
S
-
 
I
-
x
G
-
 
P
-
 
G
-
 
T
V
 
T
L
 
F
V
 
I
T
 
M
S
 
N
G
|
G
R
 
A
N
|
N
V
 
-
H
|
H
H
 
R
F
 
M
D
 
D
D
 
G
V
 
S
E
 
T
T
 
Y
P
 
P
I
 
F
R
x
H
L
|
L
-
 
F
-
 
R
Q
 
M
G
 
G
G
 
W
E
 
E
R
 
K
E
 
Y
-
x
M
-
x
P
-
 
S
-
x
L
-
 
K
-
 
D
-
 
L
-
 
P
-
 
L
-
 
K
-
 
G
T
 
D
T
 
I
R
 
E
I
 
I
G
 
G
R
 
N
D
 
D
C
 
V
W
|
W
I
 
I
G
|
G
N
x
R
G
 
D
A
 
V
V
 
T
V
 
I
M
|
M
-
 
P
-
 
G
A
 
V
D
 
K
V
 
I
G
 
G
E
 
D
G
 
G
C
 
A
V
 
I
V
 
I
A
|
A
A
|
A
G
 
E
G
 
A
V
 
V
V
 
V
V
 
T
S
 
K
P
 
N
L
 
V
P
 
A
P
 
P
Y
 
Y
S
 
S
V
 
I
A
 
V
A
 
G
G
 
G
V
 
N
P
 
P
A
 
L
R
 
K
V
 
F
I
 
I
R
 
R
K
 
K
R
 
R

4hurA Crystal structure of streptogramin group a antibiotic acetyltransferase vata from staphylococcus aureus in complex with acetyl coenzyme a (see paper)
28% identity, 62% coverage: 66:185/195 of query aligns to 17:166/211 of 4hurA

query
sites
4hurA
I
 
L
E
 
Q
F
 
F
M
 
I
T
 
K
T
 
P
F
 
T
V
 
I
T
 
T
P
 
N
E
 
E
A
 
N
V
 
I
L
 
L
-
 
V
G
 
G
R
 
E
N
 
Y
V
 
S
Y
 
Y
I
 
Y
G
 
D
S
 
S
H
 
K
C
 
R
N
 
G
I
 
E
G
 
S
L
 
F
A
 
E
D
 
D
-
 
Q
-
 
V
-
 
L
-
x
Y
-
 
H
-
 
Y
-
 
E
-
 
V
I
 
I
G
 
G
D
 
D
D
 
K
C
 
L
L
 
I
I
 
I
G
 
G
S
 
R
H
 
F
-
 
C
-
x
S
-
x
I
-
x
G
-
 
P
-
 
G
-
 
T
V
 
T
L
 
F
V
 
I
T
 
M
S
 
N
G
 
G
R
x
A
N
|
N
V
 
-
H
 
H
H
 
R
F
 
M
D
 
D
D
 
G
V
 
S
E
 
T
T
 
Y
P
 
P
I
 
F
R
 
H
L
 
L
-
 
F
-
 
R
Q
 
M
G
 
G
G
 
W
E
 
E
R
 
K
E
 
Y
-
 
M
-
 
P
-
 
S
-
 
L
-
 
K
-
 
D
-
 
L
-
 
P
-
 
L
-
x
K
-
 
G
T
 
D
T
 
I
R
 
E
I
 
I
G
 
G
R
 
N
D
 
D
C
 
V
W
|
W
I
|
I
G
|
G
N
x
R
G
 
D
A
 
V
V
 
T
V
 
I
M
|
M
-
 
P
-
 
G
A
 
V
D
 
K
V
 
I
G
 
G
E
 
D
G
 
G
C
 
A
V
 
I
V
 
I
A
|
A
A
|
A
G
 
E
G
 
A
V
 
V
V
 
V
V
x
T
S
 
K
P
 
N
L
 
V
P
 
A
P
 
P
Y
 
Y
S
 
S
V
 
I
A
 
V
A
x
G
G
 
G
V
 
N
P
|
P
A
 
L
R
 
K
V
 
F
I
|
I
R
|
R
K
 
K
R
 
R

6x3jA Crystal structure of streptogramin a acetyltransferase vata from staphylococcus aureus in complex with streptogramin analog f0224 (46) (see paper)
28% identity, 62% coverage: 66:185/195 of query aligns to 17:166/206 of 6x3jA

query
sites
6x3jA
I
 
L
E
 
Q
F
 
F
M
 
I
T
 
K
T
 
P
F
 
T
V
 
I
T
 
T
P
 
N
E
 
E
A
 
N
V
 
I
L
 
L
-
 
V
G
 
G
R
 
E
N
 
Y
V
 
S
Y
 
Y
I
 
Y
G
 
D
S
 
S
H
 
K
C
 
R
N
 
G
I
 
E
G
 
S
L
 
F
A
 
E
D
 
D
-
 
Q
-
 
V
-
 
L
-
x
Y
-
 
H
-
x
Y
-
 
E
-
x
V
I
 
I
G
 
G
D
 
D
D
 
K
C
 
L
L
 
I
I
 
I
G
 
G
S
 
R
H
 
F
-
 
C
-
 
S
-
 
I
-
x
G
-
 
P
-
 
G
-
 
T
V
 
T
L
 
F
V
 
I
T
 
M
S
 
N
G
 
G
R
x
A
N
 
N
V
 
-
H
|
H
H
 
R
F
 
M
D
 
D
D
 
G
V
 
S
E
 
T
T
 
Y
P
 
P
I
 
F
R
x
H
L
|
L
-
 
F
-
 
R
Q
 
M
G
 
G
G
 
W
E
 
E
R
 
K
E
 
Y
-
x
M
-
x
P
-
 
S
-
 
L
-
 
K
-
 
D
-
x
L
-
 
P
-
 
L
-
 
K
-
 
G
T
 
D
T
 
I
R
 
E
I
 
I
G
 
G
R
 
N
D
 
D
C
 
V
W
|
W
I
 
I
G
|
G
N
 
R
G
 
D
A
 
V
V
 
T
V
 
I
M
 
M
-
 
P
-
 
G
A
 
V
D
 
K
V
 
I
G
 
G
E
 
D
G
 
G
C
 
A
V
 
I
V
 
I
A
 
A
A
 
A
G
 
E
G
 
A
V
 
V
V
 
V
V
 
T
S
 
K
P
 
N
L
 
V
P
 
A
P
 
P
Y
 
Y
S
 
S
V
 
I
A
 
V
A
 
G
G
 
G
V
 
N
P
 
P
A
 
L
R
 
K
V
 
F
I
 
I
R
 
R
K
 
K
R
 
R

4husA Crystal structure of streptogramin group a antibiotic acetyltransferase vata from staphylococcus aureus in complex with virginiamycin m1 (see paper)
28% identity, 62% coverage: 66:185/195 of query aligns to 17:166/212 of 4husA

query
sites
4husA
I
x
L
E
 
Q
F
 
F
M
 
I
T
 
K
T
 
P
F
 
T
V
 
I
T
 
T
P
 
N
E
 
E
A
 
N
V
 
I
L
 
L
-
 
V
G
 
G
R
 
E
N
 
Y
V
 
S
Y
|
Y
I
 
Y
G
x
D
S
 
S
H
 
K
C
 
R
N
 
G
I
 
E
G
 
S
L
 
F
A
 
E
D
 
D
-
 
Q
-
 
V
-
 
L
-
 
Y
-
 
H
-
 
Y
-
 
E
-
 
V
I
 
I
G
 
G
D
 
D
D
 
K
C
 
L
L
 
I
I
 
I
G
 
G
S
 
R
H
 
F
-
 
C
-
 
S
-
 
I
-
 
G
-
 
P
-
 
G
-
 
T
V
 
T
L
 
F
V
 
I
T
 
M
S
 
N
G
 
G
R
 
A
N
 
N
V
 
-
H
 
H
H
 
R
F
 
M
D
 
D
D
 
G
V
 
S
E
 
T
T
 
Y
P
 
P
I
 
F
R
 
H
L
 
L
-
 
F
-
 
R
Q
 
M
G
 
G
G
 
W
E
 
E
R
 
K
E
 
Y
-
 
M
-
 
P
-
 
S
-
 
L
-
 
K
-
 
D
-
 
L
-
 
P
-
 
L
-
 
K
-
 
G
T
 
D
T
 
I
R
 
E
I
 
I
G
 
G
R
 
N
D
 
D
C
 
V
W
 
W
I
 
I
G
 
G
N
 
R
G
 
D
A
 
V
V
 
T
V
 
I
M
 
M
-
 
P
-
 
G
A
 
V
D
 
K
V
 
I
G
 
G
E
 
D
G
 
G
C
 
A
V
 
I
V
 
I
A
 
A
A
 
A
G
 
E
G
 
A
V
 
V
V
 
V
V
 
T
S
 
K
P
 
N
L
 
V
P
 
A
P
 
P
Y
 
Y
S
 
S
V
 
I
A
 
V
A
 
G
G
 
G
V
 
N
P
 
P
A
 
L
R
 
K
V
 
F
I
 
I
R
 
R
K
 
K
R
 
R

6x3cE Crystal structure of streptogramin a acetyltransferase vata from staphylococcus aureus in complex with streptogramin analog f1037 (47) (see paper)
28% identity, 62% coverage: 66:185/195 of query aligns to 17:166/203 of 6x3cE

query
sites
6x3cE
I
 
L
E
 
Q
F
 
F
M
 
I
T
 
K
T
 
P
F
 
T
V
 
I
T
 
T
P
 
N
E
 
E
A
 
N
V
 
I
L
 
L
-
 
V
G
 
G
R
 
E
N
 
Y
V
 
S
Y
 
Y
I
 
Y
G
 
D
S
 
S
H
 
K
C
 
R
N
 
G
I
 
E
G
 
S
L
 
F
A
 
E
D
 
D
-
 
Q
-
 
V
-
 
L
-
x
Y
-
 
H
-
x
Y
-
 
E
-
 
V
I
 
I
G
 
G
D
 
D
D
 
K
C
 
L
L
 
I
I
 
I
G
 
G
S
 
R
H
 
F
-
 
C
-
 
S
-
 
I
-
x
G
-
 
P
-
 
G
-
 
T
V
 
T
L
 
F
V
 
I
T
 
M
S
 
N
G
|
G
R
 
A
N
|
N
V
 
-
H
|
H
H
 
R
F
x
M
D
 
D
D
 
G
V
 
S
E
 
T
T
 
Y
P
 
P
I
 
F
R
x
H
L
|
L
-
 
F
-
 
R
Q
 
M
G
 
G
G
 
W
E
 
E
R
 
K
E
 
Y
-
x
M
-
x
P
-
 
S
-
 
L
-
 
K
-
 
D
-
 
L
-
 
P
-
 
L
-
 
K
-
 
G
T
 
D
T
 
I
R
 
E
I
 
I
G
 
G
R
 
N
D
 
D
C
 
V
W
|
W
I
 
I
G
|
G
N
 
R
G
 
D
A
 
V
V
 
T
V
 
I
M
 
M
-
 
P
-
 
G
A
 
V
D
 
K
V
 
I
G
 
G
E
 
D
G
 
G
C
 
A
V
 
I
V
 
I
A
|
A
A
|
A
G
 
E
G
 
A
V
 
V
V
 
V
V
 
T
S
 
K
P
 
N
L
 
V
P
 
A
P
 
P
Y
 
Y
S
 
S
V
 
I
A
 
V
A
 
G
G
 
G
V
x
N
P
|
P
A
 
L
R
 
K
V
 
F
I
 
I
R
 
R
K
 
K
R
 
R

7uukC Crystal structure of aminoglycoside resistance enzyme apma, complex with tobramycin (see paper)
39% identity, 28% coverage: 131:185/195 of query aligns to 176:234/276 of 7uukC

query
sites
7uukC
R
 
K
E
 
E
T
 
P
T
 
M
R
 
T
I
 
I
G
 
G
R
 
S
D
 
D
C
 
V
W
 
Y
I
 
I
G
 
G
N
 
A
G
 
H
A
 
A
V
 
F
V
 
I
M
 
N
A
 
A
D
 
S
-
 
T
-
 
V
-
 
T
-
 
S
V
 
I
G
 
G
E
 
D
G
 
G
C
 
A
V
 
I
V
 
I
A
 
G
A
 
S
G
 
G
G
 
A
V
 
V
V
 
V
V
 
L
S
 
E
P
 
N
L
 
V
P
 
P
P
 
P
Y
 
F
S
 
A
V
 
V
A
 
V
A
 
V
G
 
G
V
 
V
P
 
P
A
 
A
R
 
R
V
 
I
I
 
K
R
 
R
K
 
Y
R
 
R

Sites not aligning to the query:

7uunA Crystal structure of aminoglycoside resistance enzyme apma, complex with neomycin (see paper)
39% identity, 28% coverage: 131:185/195 of query aligns to 175:233/273 of 7uunA

query
sites
7uunA
R
 
K
E
 
E
T
 
P
T
 
M
R
 
T
I
 
I
G
 
G
R
 
S
D
 
D
C
 
V
W
 
Y
I
 
I
G
 
G
N
 
A
G
 
H
A
 
A
V
 
F
V
 
I
M
 
N
A
 
A
D
 
S
-
 
T
-
 
V
-
 
T
-
 
S
V
 
I
G
 
G
E
 
D
G
 
G
C
 
A
V
 
I
V
 
I
A
 
G
A
 
S
G
 
G
G
 
A
V
 
V
V
 
V
V
 
L
S
 
E
P
 
N
L
 
V
P
 
P
P
 
P
Y
 
F
S
 
A
V
 
V
A
 
V
A
 
V
G
 
G
V
 
V
P
 
P
A
 
A
R
 
R
V
 
I
I
 
K
R
 
R
K
 
Y
R
 
R

Sites not aligning to the query:

7uujA Crystal structure of aminoglycoside resistance enzyme apma, complex with gentamicin
39% identity, 28% coverage: 131:185/195 of query aligns to 174:232/272 of 7uujA

query
sites
7uujA
R
 
K
E
 
E
T
 
P
T
 
M
R
 
T
I
 
I
G
 
G
R
 
S
D
 
D
C
 
V
W
 
Y
I
 
I
G
 
G
N
 
A
G
 
H
A
 
A
V
 
F
V
 
I
M
 
N
A
 
A
D
 
S
-
 
T
-
 
V
-
 
T
-
 
S
V
 
I
G
 
G
E
 
D
G
 
G
C
 
A
V
 
I
V
 
I
A
 
G
A
 
S
G
 
G
G
 
A
V
 
V
V
 
V
V
 
L
S
 
E
P
 
N
L
 
V
P
 
P
P
 
P
Y
 
F
S
 
A
V
 
V
A
 
V
A
 
V
G
 
G
V
 
V
P
 
P
A
 
A
R
 
R
V
 
I
I
 
K
R
 
R
K
 
Y
R
 
R

Sites not aligning to the query:

7jm2A Crystal structure of aminoglycoside resistance enzyme apma, complex with apramycin
39% identity, 28% coverage: 131:185/195 of query aligns to 174:232/272 of 7jm2A

query
sites
7jm2A
R
 
K
E
 
E
T
 
P
T
 
M
R
 
T
I
 
I
G
 
G
R
 
S
D
 
D
C
 
V
W
 
Y
I
 
I
G
 
G
N
 
A
G
 
H
A
 
A
V
 
F
V
 
I
M
 
N
A
 
A
D
 
S
-
 
T
-
 
V
-
 
T
-
 
S
V
 
I
G
 
G
E
 
D
G
 
G
C
 
A
V
 
I
V
 
I
A
 
G
A
 
S
G
 
G
G
 
A
V
 
V
V
 
V
V
 
L
S
 
E
P
 
N
L
 
V
P
 
P
P
 
P
Y
 
F
S
 
A
V
 
V
A
 
V
A
 
V
G
 
G
V
 
V
P
 
P
A
 
A
R
 
R
V
 
I
I
 
K
R
 
R
K
 
Y
R
 
R

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>408375 MicrobesOnline__882:408375
MARGVALLAAVPFYLLHRVESLVLGRERSFMGLSQLLALVPGIYGVWLRAAFYRLALRSC
PQSCAIEFMTTFVTPEAVLGRNVYIGSHCNIGLADIGDDCLIGSHVLVTSGRNVHHFDDV
ETPIRLQGGERETTRIGRDCWIGNGAVVMADVGEGCVVAAGGVVVSPLPPYSVAAGVPAR
VIRKRGEPRDEGGTP

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory