SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 5207560 Shew_0094 ABC transporter-related protein (RefSeq) to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

2d62A Crystal structure of multiple sugar binding transport atp- binding protein
34% identity, 95% coverage: 21:369/369 of query aligns to 24:369/375 of 2d62A

query
sites
2d62A
D
 
D
A
 
L
E
 
S
F
 
L
V
 
E
C
 
I
K
 
K
A
 
D
G
 
G
E
 
E
V
 
F
L
 
L
A
 
V
V
 
L
V
 
L
G
 
G
P
 
P
S
 
S
G
|
G
G
x
C
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
M
 
L
R
 
R
M
 
M
I
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
L
T
 
E
K
 
E
P
 
P
E
 
T
S
 
R
G
 
G
E
 
Q
I
 
I
R
 
Y
Y
 
I
G
 
E
D
 
D
S
 
N
V
 
L
W
 
V
F
 
A
S
 
D
S
 
P
E
 
E
S
 
K
G
 
G
R
 
V
Y
 
F
L
 
V
T
 
P
P
 
P
Q
 
K
Q
 
E
R
 
R
H
 
D
L
 
V
G
 
A
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
H
 
S
F
 
Y
G
 
A
L
 
L
F
 
Y
P
 
P
N
 
H
M
 
M
T
 
T
A
 
V
L
 
Y
A
 
D
N
 
N
V
 
I
V
 
A
A
 
F
A
 
P
L
 
L
D
 
K
-
 
L
-
 
R
H
 
K
I
 
V
P
 
P
K
 
K
A
 
Q
E
 
E
R
 
I
V
 
D
A
 
K
R
 
R
A
 
V
K
 
R
D
 
E
W
 
V
L
 
A
E
 
E
R
 
M
V
 
L
N
 
G
L
 
L
H
 
T
G
 
E
L
 
L
P
 
L
D
 
N
R
 
R
L
 
K
P
 
P
A
 
R
N
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
L
 
L
A
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
I
A
 
I
R
 
R
E
 
R
P
 
P
R
 
K
V
 
V
L
 
F
L
 
L
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
L
S
 
S
A
 
N
V
 
L
D
 
D
R
 
A
E
 
K
T
 
L
R
 
R
E
 
V
R
 
K
L
 
M
Y
 
R
L
 
A
E
 
E
L
 
L
A
 
K
R
 
K
L
 
L
K
 
Q
E
 
R
Q
 
Q
L
 
L
A
 
G
I
 
V
P
 
T
V
 
T
I
 
I
M
 
Y
V
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
D
L
 
Q
N
 
V
E
 
E
A
 
A
L
 
M
L
 
T
L
 
M
A
 
G
D
 
D
R
 
R
M
 
I
I
 
A
L
 
V
I
 
M
S
 
N
Q
 
K
G
 
G
T
 
E
L
 
L
L
 
Q
Q
 
Q
Q
 
V
G
 
G
S
 
T
P
 
P
R
 
D
E
 
E
V
 
V
L
 
Y
S
 
Y
R
 
K
P
 
P
R
 
V
N
 
N
E
 
T
A
 
F
V
 
V
A
 
A
K
 
G
Q
 
F
M
 
I
G
 
G
L
 
S
-
 
P
-
 
P
R
 
M
N
 
N
L
 
F
F
 
L
D
 
D
A
 
A
H
 
T
V
 
I
V
 
T
A
 
D
Q
 
D
E
 
-
A
 
-
E
 
-
R
 
-
Q
 
-
I
 
-
T
 
G
W
 
F
L
 
L
R
 
D
F
 
F
G
 
G
E
 
E
-
 
F
-
 
K
-
 
L
H
 
K
L
 
L
I
 
L
A
 
Q
G
 
D
N
 
Q
Y
 
F
-
 
E
-
 
V
-
 
L
C
 
E
E
 
E
Q
 
E
L
 
N
A
 
M
I
 
V
G
 
G
A
 
K
K
 
E
V
 
V
R
 
I
W
 
F
V
 
-
I
 
-
P
 
-
N
 
-
Q
 
-
G
 
G
V
 
I
R
 
R
F
 
P
N
 
E
S
 
D
I
 
V
T
 
H
K
 
D
G
 
A
R
 
-
L
 
-
C
 
-
R
 
-
S
 
S
F
 
F
N
 
T
K
 
H
L
 
I
S
 
D
I
 
V
T
 
P
I
 
E
E
 
E
S
 
N
C
 
T
L
 
V
S
 
K
M
 
A
G
 
-
E
 
-
T
 
T
M
 
V
R
 
D
I
 
I
L
 
I
A
 
E
S
 
N
I
 
L
K
 
G
G
 
G
V
 
E
K
 
K
-
 
I
H
 
V
H
 
H
L
 
L
-
 
R
-
 
R
-
 
G
N
 
N
A
 
I
E
 
S
V
 
F
P
 
T
L
 
A
H
 
K
F
 
F
A
 
P
Q
 
K
K
 
E
M
 
S
G
 
K
L
 
V
A
 
R
P
 
E
G
 
G
V
 
D
E
 
E
T
 
V
E
 
S
V
 
V
A
 
V
L
 
F
K
 
D
S
 
M
E
 
K
L
 
K
I
 
I
H
 
H
I
 
I
L
 
F
E
 
R
N
 
K
D
 
D

1g291 Malk (see paper)
39% identity, 69% coverage: 11:265/369 of query aligns to 11:263/372 of 1g291

query
sites
1g291
K
 
K
I
 
V
F
 
F
Q
 
G
Q
 
E
E
 
V
G
 
T
I
 
A
A
 
V
L
 
R
D
 
E
A
 
M
E
 
S
F
 
L
V
 
E
C
 
V
K
 
K
A
 
D
G
 
G
E
 
E
V
 
F
L
 
M
A
 
I
V
 
L
V
 
L
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
G
x
C
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
M
 
L
R
 
R
M
 
M
I
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
L
T
 
E
K
 
E
P
 
P
E
 
S
S
 
R
G
 
G
E
 
Q
I
 
I
R
 
Y
Y
 
I
G
 
G
D
 
D
S
 
K
V
 
L
W
 
V
F
 
A
S
x
D
S
 
P
E
|
E
S
x
K
G
 
G
R
 
I
Y
 
F
L
 
V
T
 
P
P
 
P
Q
x
K
Q
x
D
R
 
R
H
 
D
L
 
I
G
 
A
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
H
 
S
F
 
Y
G
 
A
L
 
L
F
 
Y
P
 
P
N
 
H
M
 
M
T
 
T
A
 
V
L
 
Y
A
 
D
N
 
N
V
 
I
V
 
A
A
 
F
A
 
P
L
 
L
D
 
K
-
 
L
-
 
R
H
 
K
I
 
V
P
 
P
K
 
R
A
 
Q
E
 
E
R
 
I
V
 
D
A
 
Q
R
 
R
A
 
V
K
 
R
D
 
E
W
 
V
L
 
A
E
 
E
R
 
L
V
 
L
N
 
G
L
 
L
H
 
T
G
 
E
L
 
L
P
 
L
D
 
N
R
 
R
L
 
K
P
 
P
A
 
R
N
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
L
 
L
A
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
I
A
 
V
R
 
R
E
 
K
P
 
P
R
 
Q
V
 
V
L
 
F
L
 
L
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
L
S
 
S
A
 
N
V
 
L
D
 
D
R
 
A
E
 
K
T
 
L
R
 
R
E
 
V
R
 
R
L
 
M
Y
 
R
L
 
A
E
 
E
L
 
L
A
 
K
R
 
K
L
 
L
K
 
Q
E
 
R
Q
 
Q
L
 
L
A
 
G
I
 
V
P
 
T
V
 
T
I
 
I
M
 
Y
V
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
D
L
 
Q
N
 
V
E
 
E
A
 
A
L
 
M
L
 
T
L
 
M
A
 
G
D
 
D
R
 
R
M
 
I
I
 
A
L
 
V
I
 
M
S
 
N
Q
 
R
G
 
G
T
 
V
L
 
L
L
 
Q
Q
 
Q
Q
 
V
G
 
G
S
 
S
P
 
P
R
 
D
E
 
E
V
 
V
L
 
Y
S
 
D
R
 
K
P
 
P
R
 
A
N
 
N
E
 
T
A
 
F
V
 
V
A
 
A
K
 
G
Q
 
F
M
 
I
G
 
G
L
 
S
-
 
P
-
 
P
R
 
M
N
 
N
L
 
F
F
 
L
D
 
D
A
 
A
H
 
-
V
 
I
V
 
V
A
 
T
Q
 
E
E
 
D
A
 
G
E
 
-
R
 
-
Q
 
-
I
 
-
T
 
-
W
 
F
L
 
V
R
 
D
F
 
F
G
 
G
E
 
E
H
 
F

Sites not aligning to the query:

P69874 Spermidine/putrescine import ATP-binding protein PotA; EC 7.6.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
38% identity, 67% coverage: 11:257/369 of query aligns to 25:267/378 of P69874

query
sites
P69874
K
 
K
I
x
C
F
|
F
Q
 
D
Q
 
G
E
 
K
G
 
E
I
 
V
A
 
I
L
 
P
D
 
Q
A
 
L
E
 
D
F
 
L
V
 
T
C
 
I
K
 
N
A
 
N
G
 
G
E
 
E
V
x
F
L
 
L
A
 
T
V
 
L
V
 
L
G
 
G
P
 
P
S
 
S
G
 
G
G
x
C
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
L
 
V
M
x
L
R
 
R
M
 
L
I
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
L
T
 
E
K
 
T
P
 
V
E
 
D
S
 
S
G
 
G
E
 
R
I
 
I
R
 
-
Y
 
-
G
 
-
D
 
-
S
 
-
V
 
-
W
 
M
F
x
L
S
 
D
S
 
N
E
 
E
S
 
D
G
 
I
R
 
T
Y
 
H
L
 
V
T
 
P
P
 
A
Q
 
E
Q
 
N
R
 
R
H
 
Y
L
 
V
G
 
N
Y
 
T
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
H
 
S
F
 
Y
G
 
A
L
 
L
F
 
F
P
 
P
N
 
H
M
 
M
T
 
T
A
 
V
L
 
F
A
 
E
N
 
N
V
 
V
V
 
A
A
 
F
A
 
G
L
 
L
-
 
R
-
 
M
D
 
Q
H
 
K
I
 
T
P
 
P
K
 
A
A
 
A
E
 
E
R
 
I
V
 
T
A
 
P
R
 
R
A
 
V
K
 
M
D
 
E
W
 
A
L
 
L
E
 
R
R
 
M
V
|
V
N
 
Q
L
 
L
H
 
E
G
 
T
L
 
F
P
 
A
D
 
Q
R
 
R
L
 
K
P
 
P
A
 
H
N
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
V
A
 
V
R
 
N
E
 
K
P
 
P
R
 
R
V
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
|
D
E
 
E
P
 
S
F
 
L
S
 
S
A
 
A
V
 
L
D
 
D
R
 
Y
E
 
K
T
 
L
R
 
R
E
 
K
R
 
Q
L
 
M
Y
 
Q
L
 
N
E
 
E
L
 
L
A
 
K
R
 
A
L
 
L
K
 
Q
E
 
R
Q
 
K
L
 
L
A
 
G
I
 
I
P
 
T
V
 
F
I
 
V
M
 
F
V
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
D
L
 
Q
N
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
L
L
 
T
L
 
M
A
 
S
D
 
D
R
 
R
M
 
I
I
 
V
L
 
V
I
 
M
S
 
R
Q
 
D
G
 
G
T
 
R
L
 
I
L
 
E
Q
 
Q
Q
 
D
G
 
G
S
 
T
P
 
P
R
 
R
E
 
E
V
 
I
L
 
Y
S
 
E
R
 
E
P
 
P
R
 
K
N
 
N
E
 
L
A
 
F
V
 
V
A
 
A
K
 
G
Q
 
F
M
 
I
G
 
G
L
 
E
R
 
I
N
 
N
L
 
M
F
 
F
D
 
N
A
 
A
H
 
T
V
 
V
V
 
I
A
 
E
Q
 
R
E
 
L
A
 
D
E
 
E
R
 
Q
Q
 
R
I
 
V

Sites not aligning to the query:

1vciA Crystal structure of the atp-binding cassette of multisugar transporter from pyrococcus horikoshii ot3 complexed with atp (see paper)
33% identity, 94% coverage: 24:369/369 of query aligns to 27:347/353 of 1vciA

query
sites
1vciA
F
 
L
V
 
T
C
 
I
K
 
K
A
 
D
G
 
G
E
 
E
V
 
F
L
 
L
A
 
V
V
 
L
V
 
L
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
G
 
C
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
M
 
L
R
 
R
M
 
M
I
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
L
T
 
E
K
 
E
P
 
P
E
 
T
S
 
E
G
 
G
E
 
R
I
 
I
R
 
Y
Y
 
F
G
 
G
D
 
D
S
 
-
V
 
-
W
 
-
F
 
-
S
 
-
S
 
-
E
 
R
S
 
D
G
 
V
R
 
T
Y
 
Y
L
 
L
T
 
P
P
 
P
Q
 
K
Q
 
D
R
 
R
H
 
N
L
 
I
G
 
S
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
H
 
H
F
 
-
G
 
-
L
 
-
F
 
-
P
 
-
N
 
-
M
 
M
T
 
T
A
 
V
L
 
Y
A
 
E
N
 
N
V
 
I
V
 
A
A
 
F
A
 
P
L
 
L
D
 
K
H
 
K
I
 
F
P
 
P
K
 
K
A
 
D
E
 
E
R
 
I
V
 
D
A
 
K
R
 
R
A
 
V
K
 
R
D
 
W
W
 
A
L
 
A
E
 
E
R
 
L
V
 
L
N
 
Q
L
 
I
H
 
E
G
 
E
L
 
L
P
 
L
D
 
N
R
 
R
L
 
Y
P
 
P
A
 
A
N
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
L
 
V
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
I
A
 
V
R
 
V
E
 
E
P
 
P
R
 
D
V
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
L
S
 
S
A
 
N
V
 
L
D
 
D
R
 
A
E
 
K
T
 
L
R
 
R
E
 
V
R
 
A
L
 
M
Y
 
R
L
 
A
E
 
E
L
 
I
A
 
K
R
 
K
L
 
L
K
 
Q
E
 
Q
Q
 
K
L
 
L
A
 
K
I
 
V
P
 
T
V
 
T
I
 
I
M
 
Y
V
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
D
L
 
Q
N
 
V
E
 
E
A
 
A
L
 
M
L
 
T
L
 
M
A
 
G
D
 
D
R
 
R
M
 
I
I
 
A
L
 
V
I
 
M
S
 
N
Q
 
R
G
 
G
T
 
Q
L
 
L
L
 
L
Q
 
Q
Q
 
I
G
 
G
S
 
S
P
 
P
R
 
T
E
 
E
V
 
V
L
 
Y
S
 
L
R
 
R
P
 
P
R
 
N
N
 
S
E
 
V
A
 
F
V
 
V
A
 
A
K
 
T
Q
 
F
M
 
I
G
 
G
L
 
A
-
 
P
-
 
E
R
 
M
N
 
N
L
 
I
F
 
L
D
 
E
A
 
V
H
 
S
V
 
V
V
 
G
A
 
D
Q
 
G
E
 
Y
A
 
L
E
 
E
R
 
G
Q
 
R
I
 
G
T
 
F
W
 
R
L
 
I
R
 
E
F
 
L
G
 
P
E
 
Q
H
 
M
L
 
D
I
 
L
A
 
L
G
 
K
N
 
D
Y
 
Y
C
 
-
E
 
-
Q
 
-
L
 
-
A
 
-
I
 
V
G
 
G
A
 
K
K
 
T
V
 
V
R
 
L
W
 
F
V
 
G
I
 
I
P
 
R
N
 
P
Q
 
E
G
 
H
V
 
M
R
 
T
F
 
V
N
 
E
S
 
G
I
 
V
T
 
H
K
 
M
G
 
K
R
 
R
L
 
T
C
 
A
R
 
R
S
 
L
F
 
I
N
 
G
K
 
K
L
 
V
S
 
D
I
 
F
T
 
V
I
 
-
E
 
-
S
 
E
C
 
A
L
 
L
S
 
G
M
 
T
G
 
D
E
 
T
T
 
I
M
 
L
R
 
H
I
 
V
L
 
K
A
 
F
S
 
G
I
 
D
K
 
E
G
 
L
V
 
V
K
 
K
H
 
V
H
 
K
L
 
L
N
 
P
A
 
G
E
 
H
V
 
I
P
 
P
L
 
I
H
 
E
F
 
-
A
 
-
Q
 
-
K
 
-
M
 
-
G
 
-
L
 
-
A
 
-
P
 
P
G
 
G
V
 
R
E
 
E
T
 
V
E
 
K
V
 
V
A
 
I
L
 
M
K
 
D
S
 
L
E
 
D
L
 
M
I
 
I
H
 
H
I
 
V
L
 
F
E
 
D
N
 
K
D
 
D

Sites not aligning to the query:

7ahhC Opua inhibited inward-facing, sbd docked (see paper)
40% identity, 58% coverage: 21:234/369 of query aligns to 44:259/382 of 7ahhC

query
sites
7ahhC
D
 
D
A
 
T
E
 
N
F
 
F
V
 
E
C
 
I
K
 
N
A
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
I
L
 
F
A
 
V
V
 
I
V
 
M
G
 
G
P
 
L
S
 
S
G
|
G
G
 
S
G
|
G
K
|
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
M
 
L
R
 
R
M
 
L
I
 
L
A
 
N
G
 
R
L
 
L
T
 
I
K
 
E
P
 
P
E
 
T
S
 
S
G
 
G
E
 
K
I
 
I
R
 
F
Y
 
I
G
 
D
D
 
N
S
 
Q
V
 
D
W
 
V
F
 
A
S
 
T
S
 
L
E
 
N
S
 
K
G
 
E
R
 
D
Y
 
L
L
 
L
T
 
Q
P
 
V
Q
 
R
Q
 
R
R
 
K
H
 
T
L
 
M
G
 
S
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
H
 
N
F
 
F
G
 
G
L
 
L
F
 
F
P
 
P
N
 
H
M
 
R
T
 
T
A
 
I
L
 
L
A
 
E
N
 
N
V
 
T
V
 
E
A
 
Y
A
 
G
L
 
L
D
 
E
-
 
V
-
 
Q
H
 
N
I
 
V
P
 
P
K
 
K
A
 
E
E
 
E
R
 
R
V
 
R
A
 
K
R
 
R
A
 
A
K
 
E
D
 
K
W
 
A
L
 
L
E
 
D
R
 
N
V
 
A
N
 
N
L
 
L
H
 
L
G
 
D
L
 
F
P
 
K
D
 
D
R
 
Q
L
 
Y
P
 
P
A
 
K
N
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
M
R
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
G
L
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
N
E
 
D
P
 
P
R
 
E
V
 
I
L
 
L
L
 
L
L
 
M
D
|
D
E
|
E
P
 
A
F
 
F
S
 
S
A
 
A
V
 
L
D
 
D
R
 
P
E
 
L
T
 
I
R
 
R
E
 
R
R
 
E
L
 
M
Y
 
Q
L
 
D
E
 
E
L
 
L
A
 
L
R
 
E
L
 
L
K
 
Q
E
 
A
Q
 
K
L
 
F
A
 
Q
I
 
K
P
 
T
V
 
I
I
 
I
M
 
F
V
 
V
T
 
S
H
 
H
D
 
D
L
 
L
N
 
N
E
 
E
A
 
A
L
 
L
L
 
R
L
 
I
A
 
G
D
 
D
R
 
R
M
 
I
I
 
A
L
 
I
I
 
M
S
 
K
Q
 
D
G
 
G
T
 
K
L
 
I
L
 
M
Q
 
Q
Q
 
I
G
 
G
S
 
T
P
 
G
R
 
E
E
 
E
V
 
I
L
 
L
S
 
T
R
 
N
P
 
P
R
 
A
N
 
N
E
 
D
A
 
Y
V
 
V

Sites not aligning to the query:

7aheC Opua inhibited inward facing (see paper)
40% identity, 58% coverage: 21:234/369 of query aligns to 44:259/382 of 7aheC

query
sites
7aheC
D
 
D
A
 
T
E
 
N
F
 
F
V
 
E
C
 
I
K
 
N
A
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
I
L
 
F
A
 
V
V
 
I
V
 
M
G
 
G
P
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
S
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
M
 
L
R
 
R
M
 
L
I
 
L
A
 
N
G
 
R
L
 
L
T
 
I
K
 
E
P
 
P
E
 
T
S
 
S
G
 
G
E
 
K
I
 
I
R
 
F
Y
 
I
G
 
D
D
 
N
S
 
Q
V
 
D
W
 
V
F
 
A
S
 
T
S
 
L
E
 
N
S
 
K
G
 
E
R
 
D
Y
 
L
L
 
L
T
 
Q
P
 
V
Q
 
R
Q
 
R
R
 
K
H
 
T
L
 
M
G
 
S
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
H
 
N
F
 
F
G
 
G
L
 
L
F
 
F
P
 
P
N
 
H
M
 
R
T
 
T
A
 
I
L
 
L
A
 
E
N
 
N
V
 
T
V
 
E
A
 
Y
A
 
G
L
 
L
D
 
E
-
 
V
-
 
Q
H
 
N
I
 
V
P
 
P
K
 
K
A
 
E
E
 
E
R
 
R
V
 
R
A
 
K
R
 
R
A
 
A
K
 
E
D
 
K
W
 
A
L
 
L
E
 
D
R
 
N
V
 
A
N
 
N
L
 
L
H
 
L
G
 
D
L
 
F
P
 
K
D
 
D
R
 
Q
L
 
Y
P
 
P
A
 
K
N
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
M
R
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
G
L
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
N
E
 
D
P
 
P
R
 
E
V
 
I
L
 
L
L
 
L
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
A
F
 
F
S
 
S
A
 
A
V
 
L
D
 
D
R
 
P
E
 
L
T
 
I
R
 
R
E
 
R
R
 
E
L
 
M
Y
 
Q
L
 
D
E
 
E
L
 
L
A
 
L
R
 
E
L
 
L
K
 
Q
E
 
A
Q
 
K
L
 
F
A
 
Q
I
 
K
P
 
T
V
 
I
I
 
I
M
 
F
V
 
V
T
 
S
H
 
H
D
 
D
L
 
L
N
 
N
E
 
E
A
 
A
L
 
L
L
 
R
L
 
I
A
 
G
D
 
D
R
 
R
M
 
I
I
 
A
L
 
I
I
 
M
S
 
K
Q
 
D
G
 
G
T
 
K
L
 
I
L
 
M
Q
 
Q
Q
 
I
G
 
G
S
 
T
P
 
G
R
 
E
E
 
E
V
 
I
L
 
L
S
 
T
R
 
N
P
 
P
R
 
A
N
 
N
E
 
D
A
 
Y
V
 
V

Sites not aligning to the query:

3d31A Modbc from methanosarcina acetivorans (see paper)
30% identity, 96% coverage: 11:366/369 of query aligns to 12:347/348 of 3d31A

query
sites
3d31A
K
 
K
I
 
N
F
 
F
Q
 
S
Q
 
L
E
 
D
G
 
N
I
 
L
A
 
S
L
 
L
D
 
K
A
 
V
E
 
E
F
 
-
V
 
-
C
 
-
K
 
-
A
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
Y
L
 
F
A
 
V
V
 
I
V
 
L
G
 
G
P
 
P
S
 
T
G
 
G
G
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
L
L
 
F
M
 
L
R
 
E
M
 
L
I
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
F
T
 
H
K
 
V
P
 
P
E
 
D
S
 
S
G
 
G
E
 
R
I
 
I
R
 
-
Y
 
-
G
 
-
D
 
-
S
 
-
V
 
-
W
 
L
F
 
L
S
 
D
S
 
G
E
 
K
S
 
D
G
 
V
R
 
T
Y
 
D
L
 
L
T
 
S
P
 
P
Q
 
E
Q
 
K
R
 
H
H
 
D
L
 
I
G
 
A
Y
 
F
V
 
V
P
 
Y
Q
 
Q
H
 
N
F
 
Y
G
 
S
L
 
L
F
 
F
P
 
P
N
 
H
M
 
M
T
 
N
A
 
V
L
 
K
A
 
K
N
 
N
V
 
L
V
 
E
A
 
F
A
 
G
L
 
M
D
 
-
H
 
R
I
 
M
P
 
K
K
 
K
A
 
I
E
 
K
R
 
D
V
 
P
A
 
K
R
 
R
A
 
V
K
 
L
D
 
D
W
 
T
L
 
A
E
 
R
R
 
D
V
 
L
N
 
K
L
 
I
H
 
E
G
 
H
L
 
L
P
 
L
D
 
D
R
 
R
L
 
N
P
 
P
A
 
L
N
 
T
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
R
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
V
R
 
T
E
 
N
P
 
P
R
 
K
V
 
I
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
L
S
 
S
A
 
A
V
 
L
D
 
D
R
 
P
E
 
R
T
 
T
R
 
Q
E
 
E
R
 
N
L
 
A
Y
 
R
L
 
E
E
 
M
L
 
L
A
 
S
R
 
V
L
 
L
K
 
H
E
 
K
Q
 
K
L
 
N
A
 
K
I
 
L
P
 
T
V
 
V
I
 
L
M
 
H
V
 
I
T
 
T
H
 
H
D
 
D
L
 
Q
N
 
T
E
 
E
A
 
A
L
 
R
L
 
I
L
 
M
A
 
A
D
 
D
R
 
R
M
 
I
I
 
A
L
 
V
I
 
V
S
 
M
Q
 
D
G
 
G
T
 
K
L
 
L
L
 
I
Q
 
Q
Q
 
V
G
 
G
S
 
K
P
 
P
R
 
E
E
 
E
V
 
I
L
 
F
S
 
E
R
 
K
P
 
P
R
 
V
N
 
E
E
 
G
A
 
R
V
 
V
A
 
A
K
 
S
Q
 
F
M
 
V
G
 
G
L
 
F
R
 
E
N
 
N
L
 
V
F
 
L
D
 
K
A
 
G
H
 
R
V
 
V
V
 
I
A
 
S
Q
 
-
E
 
-
A
 
A
E
 
E
R
 
Q
Q
 
G
I
 
L
T
 
L
W
 
R
L
 
I
R
 
R
F
 
V
G
 
G
E
 
E
H
 
V
L
 
V
I
 
I
A
 
-
G
 
-
N
 
D
Y
 
A
C
 
A
E
 
G
Q
 
D
L
 
M
A
 
E
I
 
V
G
 
G
A
 
D
K
 
Q
V
 
V
R
 
Y
W
 
A
V
 
F
I
 
L
P
 
R
N
 
P
Q
 
E
G
 
N
V
 
I
R
 
A
F
 
L
N
 
S
S
 
K
I
 
S
T
 
S
K
 
T
G
 
Q
R
 
S
L
x
S
C
 
I
R
 
R
S
 
-
F
 
-
N
 
N
K
 
S
L
 
L
S
 
Q
I
 
G
T
 
R
I
 
V
E
 
T
S
 
E
C
 
A
L
 
W
S
 
V
M
 
L
G
 
G
E
 
A
T
 
L
M
 
V
R
 
R
I
 
V
L
 
K
A
 
V
S
 
D
I
 
C
K
 
-
G
 
G
V
 
V
K
 
P
H
 
-
H
 
-
L
 
L
N
 
N
A
 
V
E
 
L
V
 
I
P
x
T
L
 
R
H
 
R
F
x
S
A
 
A
Q
 
E
K
 
E
M
 
M
G
 
E
L
 
L
A
 
S
P
 
P
G
 
G
V
 
V
E
 
Q
T
 
I
E
 
Y
V
 
A
A
 
R
L
 
F
K
|
K
S
x
A
E
x
S
L
 
S
I
 
V
H
 
H
I
 
V
L
 
L

7ahdC Opua (e190q) occluded (see paper)
39% identity, 58% coverage: 21:234/369 of query aligns to 44:259/260 of 7ahdC

query
sites
7ahdC
D
 
D
A
 
T
E
 
N
F
 
F
V
 
E
C
 
I
K
 
N
A
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
I
L
 
F
A
 
V
V
 
I
V
 
M
G
 
G
P
 
L
S
|
S
G
|
G
G
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
M
 
L
R
 
R
M
 
L
I
 
L
A
 
N
G
 
R
L
 
L
T
 
I
K
 
E
P
 
P
E
 
T
S
 
S
G
 
G
E
 
K
I
 
I
R
 
F
Y
 
I
G
 
D
D
 
N
S
 
Q
V
 
D
W
 
V
F
 
A
S
 
T
S
 
L
E
 
N
S
 
K
G
 
E
R
 
D
Y
 
L
L
 
L
T
 
Q
P
 
V
Q
 
R
Q
 
R
R
 
K
H
 
T
L
 
M
G
 
S
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
|
Q
H
 
N
F
 
F
G
 
G
L
 
L
F
 
F
P
 
P
N
 
H
M
 
R
T
 
T
A
 
I
L
 
L
A
 
E
N
 
N
V
 
T
V
 
E
A
 
Y
A
 
G
L
 
L
D
 
E
-
 
V
-
 
Q
H
 
N
I
 
V
P
 
P
K
 
K
A
 
E
E
 
E
R
 
R
V
 
R
A
 
K
R
 
R
A
 
A
K
 
E
D
 
K
W
 
A
L
 
L
E
 
D
R
 
N
V
 
A
N
 
N
L
 
L
H
 
L
G
 
D
L
 
F
P
 
K
D
 
D
R
 
Q
L
 
Y
P
 
P
A
x
K
N
x
Q
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
Q
x
M
R
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
G
L
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
N
E
 
D
P
 
P
R
 
E
V
 
I
L
 
L
L
 
L
L
 
M
D
 
D
E
x
Q
P
 
A
F
 
F
S
 
S
A
 
A
V
 
L
D
 
D
R
 
P
E
 
L
T
 
I
R
 
R
E
 
R
R
 
E
L
 
M
Y
 
Q
L
 
D
E
 
E
L
 
L
A
 
L
R
 
E
L
 
L
K
 
Q
E
 
A
Q
 
K
L
 
F
A
 
Q
I
 
K
P
 
T
V
 
I
I
 
I
M
 
F
V
 
V
T
 
S
H
|
H
D
 
D
L
 
L
N
 
N
E
 
E
A
 
A
L
 
L
L
 
R
L
 
I
A
 
G
D
 
D
R
 
R
M
 
I
I
 
A
L
 
I
I
 
M
S
 
K
Q
 
D
G
 
G
T
 
K
L
 
I
L
 
M
Q
 
Q
Q
 
I
G
 
G
S
 
T
P
 
G
R
 
E
E
 
E
V
 
I
L
 
L
S
 
T
R
 
N
P
 
P
R
 
A
N
 
N
E
 
D
A
 
Y
V
 
V

Sites not aligning to the query:

8hplC Lpqy-sugabc in state 1 (see paper)
40% identity, 59% coverage: 29:246/369 of query aligns to 27:242/384 of 8hplC

query
sites
8hplC
G
 
G
E
 
E
V
 
F
L
 
I
A
 
I
V
 
L
V
 
V
G
 
G
P
 
P
S
 
S
G
|
G
G
x
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
T
M
 
L
R
 
N
M
 
M
I
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
L
T
 
E
K
 
E
P
 
I
E
 
T
S
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
L
R
 
R
Y
 
I
G
 
G
D
 
-
S
 
-
V
 
-
W
 
-
F
 
-
S
 
-
S
 
G
E
 
E
S
 
R
G
 
V
R
 
N
Y
 
E
L
 
K
T
 
A
P
 
P
Q
 
K
Q
 
D
R
 
R
H
 
D
L
 
I
G
 
A
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
H
 
S
F
 
Y
G
 
A
L
 
L
F
 
Y
P
 
P
N
 
H
M
 
M
T
 
T
A
 
V
L
 
R
A
 
Q
N
 
N
V
 
I
V
 
A
-
 
F
-
 
P
A
 
L
A
 
T
L
 
L
D
 
A
H
 
K
I
 
V
P
 
P
K
 
K
A
 
A
E
 
E
R
 
I
V
 
A
A
 
A
R
 
K
A
 
V
K
 
E
D
 
E
W
 
T
L
 
A
E
 
K
R
 
I
V
 
L
N
 
D
L
 
L
H
 
S
G
 
E
L
 
L
P
 
L
D
 
D
R
 
R
L
 
K
P
 
P
A
 
G
N
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
L
 
M
A
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
I
A
 
V
R
 
R
E
 
S
P
 
P
R
 
K
V
 
A
L
 
F
L
 
L
L
 
M
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
F
 
L
S
 
S
A
 
N
V
 
L
D
 
D
R
 
A
E
 
K
T
 
L
R
 
R
E
 
V
R
 
Q
L
 
M
Y
 
R
L
 
A
E
 
E
L
 
I
A
 
S
R
 
R
L
 
L
K
 
Q
E
 
D
Q
 
R
L
 
L
A
 
G
I
 
T
P
 
T
V
 
T
I
 
V
M
 
Y
V
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
D
L
 
Q
N
 
T
E
 
E
A
 
A
L
 
M
L
 
T
L
 
L
A
 
G
D
 
D
R
 
R
M
 
V
I
 
V
L
 
V
I
 
M
S
 
L
Q
 
A
G
 
G
T
 
E
L
 
V
L
 
Q
Q
 
Q
Q
 
I
G
 
G
S
 
T
P
 
P
R
 
D
E
 
E
V
 
L
L
 
Y
S
 
S
R
 
S
P
 
P
R
 
A
N
 
N
E
 
L
A
 
F
V
 
V
A
 
A
K
 
G
Q
 
F
M
 
I
G
 
G
-
 
S
-
 
P
L
 
A
R
 
M
N
 
N
L
 
F
F
 
F
D
 
P
A
 
A

Sites not aligning to the query:

8hprC Lpqy-sugabc in state 4 (see paper)
40% identity, 59% coverage: 29:246/369 of query aligns to 29:244/363 of 8hprC

query
sites
8hprC
G
 
G
E
 
E
V
 
F
L
 
I
A
 
I
V
 
L
V
 
V
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
G
 
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
 
T
L
 
T
M
 
L
R
 
N
M
 
M
I
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
L
T
 
E
K
 
E
P
 
I
E
 
T
S
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
L
R
 
R
Y
 
I
G
 
G
D
 
-
S
 
-
V
 
-
W
 
-
F
 
-
S
 
-
S
 
G
E
 
E
S
 
R
G
 
V
R
 
N
Y
 
E
L
 
K
T
 
A
P
 
P
Q
 
K
Q
 
D
R
 
R
H
 
D
L
 
I
G
 
A
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
|
Q
H
 
S
F
 
Y
G
 
A
L
 
L
F
 
Y
P
 
P
N
 
H
M
 
M
T
 
T
A
 
V
L
 
R
A
 
Q
N
 
N
V
 
I
V
 
A
-
 
F
-
 
P
A
 
L
A
 
T
L
 
L
D
 
A
H
 
K
I
 
V
P
 
P
K
 
K
A
 
A
E
 
E
R
 
I
V
 
A
A
 
A
R
 
K
A
 
V
K
 
E
D
 
E
W
 
T
L
 
A
E
 
K
R
 
I
V
 
L
N
 
D
L
 
L
H
 
S
G
 
E
L
 
L
P
 
L
D
 
D
R
 
R
L
 
K
P
 
P
A
 
G
N
x
Q
L
 
L
S
 
S
G
|
G
G
|
G
Q
|
Q
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
L
 
M
A
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
I
A
 
V
R
 
R
E
 
S
P
 
P
R
 
K
V
 
A
L
 
F
L
 
L
L
 
M
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
F
 
L
S
 
S
A
 
N
V
 
L
D
 
D
R
 
A
E
 
K
T
 
L
R
 
R
E
 
V
R
 
Q
L
 
M
Y
 
R
L
 
A
E
 
E
L
 
I
A
 
S
R
 
R
L
 
L
K
 
Q
E
 
D
Q
 
R
L
 
L
A
 
G
I
 
T
P
 
T
V
 
T
I
 
V
M
 
Y
V
 
V
T
 
T
H
|
H
D
 
D
L
 
Q
N
 
T
E
 
E
A
 
A
L
 
M
L
 
T
L
 
L
A
 
G
D
 
D
R
 
R
M
 
V
I
 
V
L
 
V
I
 
M
S
 
L
Q
 
A
G
 
G
T
 
E
L
 
V
L
 
Q
Q
 
Q
Q
 
I
G
 
G
S
 
T
P
 
P
R
 
D
E
 
E
V
 
L
L
 
Y
S
 
S
R
 
S
P
 
P
R
 
A
N
 
N
E
 
L
A
 
F
V
 
V
A
 
A
K
 
G
Q
 
F
M
 
I
G
 
G
-
 
S
-
 
P
L
 
A
R
 
M
N
 
N
L
 
F
F
 
F
D
 
P
A
 
A

Sites not aligning to the query:

8hprD Lpqy-sugabc in state 4 (see paper)
40% identity, 59% coverage: 29:246/369 of query aligns to 29:244/362 of 8hprD

query
sites
8hprD
G
 
G
E
 
E
V
 
F
L
 
I
A
 
I
V
 
L
V
 
V
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
 
G
G
x
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
T
M
 
L
R
 
N
M
 
M
I
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
L
T
 
E
K
 
E
P
 
I
E
 
T
S
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
L
R
 
R
Y
 
I
G
 
G
D
 
-
S
 
-
V
 
-
W
 
-
F
 
-
S
 
-
S
 
G
E
 
E
S
 
R
G
 
V
R
 
N
Y
 
E
L
 
K
T
 
A
P
 
P
Q
 
K
Q
 
D
R
 
R
H
 
D
L
 
I
G
 
A
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
|
Q
H
 
S
F
 
Y
G
 
A
L
 
L
F
 
Y
P
 
P
N
 
H
M
 
M
T
 
T
A
 
V
L
 
R
A
 
Q
N
 
N
V
 
I
V
 
A
-
 
F
-
 
P
A
 
L
A
 
T
L
 
L
D
 
A
H
 
K
I
 
V
P
 
P
K
 
K
A
 
A
E
 
E
R
 
I
V
 
A
A
 
A
R
 
K
A
 
V
K
 
E
D
 
E
W
 
T
L
 
A
E
 
K
R
 
I
V
 
L
N
 
D
L
 
L
H
 
S
G
 
E
L
 
L
P
 
L
D
 
D
R
|
R
L
 
K
P
 
P
A
 
G
N
x
Q
L
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
Q
 
Q
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
L
 
M
A
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
I
A
 
V
R
 
R
E
 
S
P
 
P
R
 
K
V
 
A
L
 
F
L
 
L
L
 
M
D
 
D
E
x
Q
P
 
P
F
 
L
S
 
S
A
 
N
V
 
L
D
 
D
R
 
A
E
 
K
T
 
L
R
 
R
E
 
V
R
 
Q
L
 
M
Y
 
R
L
 
A
E
 
E
L
 
I
A
 
S
R
 
R
L
 
L
K
 
Q
E
 
D
Q
 
R
L
 
L
A
 
G
I
 
T
P
 
T
V
 
T
I
 
V
M
 
Y
V
 
V
T
 
T
H
|
H
D
 
D
L
 
Q
N
 
T
E
 
E
A
 
A
L
 
M
L
 
T
L
 
L
A
 
G
D
 
D
R
 
R
M
 
V
I
 
V
L
 
V
I
 
M
S
 
L
Q
 
A
G
 
G
T
 
E
L
 
V
L
 
Q
Q
 
Q
Q
 
I
G
 
G
S
 
T
P
 
P
R
 
D
E
 
E
V
 
L
L
 
Y
S
 
S
R
 
S
P
 
P
R
 
A
N
 
N
E
 
L
A
 
F
V
 
V
A
 
A
K
 
G
Q
 
F
M
 
I
G
 
G
-
 
S
-
 
P
L
 
A
R
 
M
N
 
N
L
 
F
F
 
F
D
 
P
A
 
A

Sites not aligning to the query:

1oxvD Crystal structure of glcv, the abc-atpase of the glucose abc transporter from sulfolobus solfataricus (see paper)
35% identity, 66% coverage: 10:251/369 of query aligns to 10:254/353 of 1oxvD

query
sites
1oxvD
C
 
S
K
 
K
I
 
V
F
|
F
Q
 
K
Q
 
K
-
 
G
E
 
K
G
 
V
I
 
V
A
 
A
L
 
L
D
 
D
-
 
N
A
 
V
E
 
N
F
 
I
V
 
N
C
 
I
K
 
E
A
 
N
G
 
G
E
 
E
V
 
R
L
 
F
A
 
G
V
 
I
V
 
L
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
G
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
F
M
 
M
R
 
R
M
 
I
I
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
L
T
 
D
K
 
V
P
 
P
E
 
S
S
 
T
G
 
G
E
 
E
I
 
L
R
 
-
Y
 
Y
G
 
F
D
 
D
S
 
D
V
 
R
W
 
L
F
 
V
S
 
A
S
 
S
E
 
N
S
 
G
G
 
K
R
 
L
Y
 
I
L
 
V
T
 
P
P
 
P
Q
 
E
Q
 
D
R
 
R
H
 
K
L
 
I
G
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
|
Q
H
 
T
F
 
W
G
 
A
L
 
L
F
 
Y
P
 
P
N
 
N
M
 
L
T
 
T
A
 
A
L
 
F
A
 
E
N
 
N
V
 
I
V
 
A
A
 
F
A
 
P
L
 
L
D
 
T
H
 
N
I
 
M
-
 
K
-
 
M
P
 
S
K
 
K
A
 
E
E
 
E
R
 
I
V
 
R
A
 
K
R
 
R
A
 
V
K
 
E
D
 
E
W
 
V
L
 
A
E
 
K
R
 
I
V
 
L
N
 
D
L
 
I
H
 
H
G
 
H
L
 
V
P
 
L
D
 
N
R
 
H
L
 
F
P
 
P
A
 
R
N
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
V
R
 
K
E
 
D
P
 
P
R
 
S
V
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
F
 
F
S
 
S
A
 
N
V
 
L
D
 
D
R
 
A
E
 
R
T
 
M
R
 
R
E
 
D
R
 
S
L
 
A
Y
 
R
L
 
A
E
 
L
L
 
V
A
 
K
R
 
E
L
 
V
K
 
Q
E
 
S
Q
 
R
L
 
L
A
 
G
I
 
V
P
 
T
V
 
L
I
 
L
M
 
V
V
 
V
T
 
S
H
 
H
D
 
D
L
 
P
N
 
A
E
 
D
A
 
I
L
 
F
L
 
A
L
 
I
A
 
A
D
 
D
R
 
R
M
 
V
I
 
G
L
 
V
I
 
L
S
 
V
Q
 
K
G
 
G
T
 
K
L
 
L
L
 
V
Q
 
Q
Q
 
V
G
 
G
S
 
K
P
 
P
R
 
E
E
 
D
V
 
L
L
 
Y
S
 
D
R
 
N
P
 
P
R
 
V
N
 
S
E
 
I
A
 
Q
V
 
V
A
 
A
K
 
S
Q
 
L
M
 
I
G
 
G
L
 
E
R
 
I
N
 
N
L
 
E
F
 
L
D
 
E
A
 
G
H
 
K
V
 
V
V
 
T
A
 
N
Q
 
E

1oxvA Crystal structure of glcv, the abc-atpase of the glucose abc transporter from sulfolobus solfataricus (see paper)
35% identity, 66% coverage: 10:251/369 of query aligns to 10:254/353 of 1oxvA

query
sites
1oxvA
C
 
S
K
 
K
I
 
V
F
|
F
Q
 
K
Q
 
K
-
 
G
E
 
K
G
 
V
I
 
V
A
 
A
L
 
L
D
 
D
-
 
N
A
 
V
E
 
N
F
 
I
V
 
N
C
 
I
K
 
E
A
 
N
G
 
G
E
 
E
V
 
R
L
 
F
A
 
G
V
 
I
V
 
L
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
G
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
F
M
 
M
R
 
R
M
 
I
I
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
L
T
 
D
K
 
V
P
 
P
E
 
S
S
 
T
G
 
G
E
 
E
I
 
L
R
 
-
Y
 
Y
G
 
F
D
 
D
S
 
D
V
 
R
W
 
L
F
 
V
S
 
A
S
 
S
E
 
N
S
 
G
G
 
K
R
 
L
Y
 
I
L
 
V
T
 
P
P
 
P
Q
 
E
Q
 
D
R
 
R
H
 
K
L
 
I
G
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
H
 
T
F
 
W
G
 
A
L
 
L
F
 
Y
P
 
P
N
 
N
M
 
L
T
 
T
A
 
A
L
 
F
A
 
E
N
 
N
V
 
I
V
 
A
A
 
F
A
 
P
L
 
L
D
 
T
H
 
N
I
 
M
-
 
K
-
 
M
P
 
S
K
 
K
A
 
E
E
 
E
R
 
I
V
 
R
A
 
K
R
 
R
A
 
V
K
 
E
D
 
E
W
 
V
L
 
A
E
 
K
R
 
I
V
 
L
N
 
D
L
 
I
H
 
H
G
 
H
L
 
V
P
 
L
D
 
N
R
 
H
L
 
F
P
 
P
A
 
R
N
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
V
R
 
K
E
 
D
P
 
P
R
 
S
V
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
F
 
F
S
 
S
A
 
N
V
 
L
D
 
D
R
 
A
E
 
R
T
 
M
R
 
R
E
 
D
R
 
S
L
 
A
Y
 
R
L
 
A
E
 
L
L
 
V
A
 
K
R
 
E
L
 
V
K
 
Q
E
 
S
Q
 
R
L
 
L
A
 
G
I
 
V
P
 
T
V
 
L
I
 
L
M
 
V
V
 
V
T
 
S
H
 
H
D
 
D
L
 
P
N
 
A
E
 
D
A
 
I
L
 
F
L
 
A
L
 
I
A
 
A
D
 
D
R
 
R
M
 
V
I
 
G
L
 
V
I
 
L
S
 
V
Q
 
K
G
 
G
T
 
K
L
 
L
L
 
V
Q
 
Q
Q
 
V
G
 
G
S
 
K
P
 
P
R
 
E
E
 
D
V
 
L
L
 
Y
S
 
D
R
 
N
P
 
P
R
 
V
N
 
S
E
 
I
A
 
Q
V
 
V
A
 
A
K
 
S
Q
 
L
M
 
I
G
 
G
L
 
E
R
 
I
N
 
N
L
 
E
F
 
L
D
 
E
A
 
G
H
 
K
V
 
V
V
 
T
A
 
N
Q
 
E

1oxuA Crystal structure of glcv, the abc-atpase of the glucose abc transporter from sulfolobus solfataricus (see paper)
35% identity, 66% coverage: 10:251/369 of query aligns to 10:254/353 of 1oxuA

query
sites
1oxuA
C
 
S
K
 
K
I
 
V
F
|
F
Q
 
K
Q
 
K
-
 
G
E
 
K
G
 
V
I
 
V
A
|
A
L
 
L
D
 
D
-
 
N
A
 
V
E
 
N
F
 
I
V
 
N
C
 
I
K
 
E
A
 
N
G
 
G
E
 
E
V
 
R
L
 
F
A
 
G
V
 
I
V
 
L
G
 
G
P
 
P
S
 
S
G
|
G
G
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
F
M
 
M
R
 
R
M
 
I
I
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
L
T
 
D
K
 
V
P
 
P
E
 
S
S
 
T
G
 
G
E
 
E
I
 
L
R
 
-
Y
 
Y
G
 
F
D
 
D
S
 
D
V
 
R
W
 
L
F
 
V
S
 
A
S
 
S
E
 
N
S
 
G
G
 
K
R
 
L
Y
 
I
L
 
V
T
 
P
P
 
P
Q
 
E
Q
 
D
R
 
R
H
 
K
L
 
I
G
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
H
 
T
F
 
W
G
 
A
L
 
L
F
 
Y
P
 
P
N
 
N
M
 
L
T
 
T
A
 
A
L
 
F
A
 
E
N
 
N
V
 
I
V
 
A
A
 
F
A
 
P
L
 
L
D
 
T
H
 
N
I
 
M
-
 
K
-
 
M
P
 
S
K
 
K
A
 
E
E
 
E
R
 
I
V
 
R
A
 
K
R
 
R
A
 
V
K
 
E
D
 
E
W
 
V
L
 
A
E
 
K
R
 
I
V
 
L
N
 
D
L
 
I
H
 
H
G
 
H
L
 
V
P
 
L
D
 
N
R
 
H
L
 
F
P
 
P
A
 
R
N
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
V
R
 
K
E
 
D
P
 
P
R
 
S
V
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
F
S
 
S
A
 
N
V
 
L
D
 
D
R
 
A
E
 
R
T
 
M
R
 
R
E
 
D
R
 
S
L
 
A
Y
 
R
L
 
A
E
 
L
L
 
V
A
 
K
R
 
E
L
 
V
K
 
Q
E
 
S
Q
 
R
L
 
L
A
 
G
I
 
V
P
 
T
V
 
L
I
 
L
M
 
V
V
 
V
T
 
S
H
 
H
D
 
D
L
 
P
N
 
A
E
 
D
A
 
I
L
 
F
L
 
A
L
 
I
A
 
A
D
 
D
R
 
R
M
 
V
I
 
G
L
 
V
I
 
L
S
 
V
Q
 
K
G
 
G
T
 
K
L
 
L
L
 
V
Q
 
Q
Q
 
V
G
 
G
S
 
K
P
 
P
R
 
E
E
 
D
V
 
L
L
 
Y
S
 
D
R
 
N
P
 
P
R
 
V
N
 
S
E
 
I
A
 
Q
V
 
V
A
 
A
K
 
S
Q
 
L
M
 
I
G
 
G
L
 
E
R
 
I
N
 
N
L
 
E
F
 
L
D
 
E
A
 
G
H
 
K
V
 
V
V
 
T
A
 
N
Q
 
E

Q97UY8 Glucose import ATP-binding protein GlcV; EC 7.5.2.- from Saccharolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2) (Sulfolobus solfataricus) (see paper)
35% identity, 66% coverage: 10:251/369 of query aligns to 10:254/353 of Q97UY8

query
sites
Q97UY8
C
 
S
K
 
K
I
 
V
F
 
F
Q
 
K
Q
 
K
-
 
G
E
 
K
G
 
V
I
 
V
A
 
A
L
 
L
D
 
D
-
 
N
A
 
V
E
 
N
F
 
I
V
 
N
C
 
I
K
 
E
A
 
N
G
 
G
E
 
E
V
 
R
L
 
F
A
 
G
V
 
I
V
 
L
G
 
G
P
 
P
S
 
S
G
 
G
G
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
L
 
F
M
 
M
R
 
R
M
 
I
I
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
L
T
 
D
K
 
V
P
 
P
E
 
S
S
 
T
G
 
G
E
 
E
I
 
L
R
 
-
Y
 
Y
G
 
F
D
 
D
S
 
D
V
 
R
W
 
L
F
 
V
S
 
A
S
 
S
E
 
N
S
 
G
G
 
K
R
 
L
Y
 
I
L
 
V
T
 
P
P
 
P
Q
 
E
Q
 
D
R
 
R
H
 
K
L
 
I
G
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
H
 
T
F
 
W
G
 
A
L
 
L
F
 
Y
P
 
P
N
 
N
M
 
L
T
 
T
A
 
A
L
 
F
A
 
E
N
 
N
V
 
I
V
 
A
A
 
F
A
 
P
L
 
L
D
 
T
H
 
N
I
 
M
-
 
K
-
 
M
P
 
S
K
 
K
A
 
E
E
 
E
R
 
I
V
 
R
A
 
K
R
 
R
A
 
V
K
 
E
D
 
E
W
 
V
L
 
A
E
 
K
R
 
I
V
 
L
N
 
D
L
 
I
H
 
H
G
 
H
L
 
V
P
 
L
D
 
N
R
 
H
L
 
F
P
 
P
A
 
R
N
 
E
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
Q
 
Q
R
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
V
R
 
K
E
 
D
P
 
P
R
 
S
V
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
F
 
F
S
 
S
A
 
N
V
 
L
D
 
D
R
 
A
E
 
R
T
 
M
R
 
R
E
 
D
R
 
S
L
 
A
Y
 
R
L
 
A
E
 
L
L
 
V
A
 
K
R
 
E
L
 
V
K
 
Q
E
 
S
Q
 
R
L
 
L
A
 
G
I
 
V
P
 
T
V
 
L
I
 
L
M
 
V
V
 
V
T
 
S
H
 
H
D
 
D
L
 
P
N
 
A
E
 
D
A
 
I
L
 
F
L
 
A
L
 
I
A
 
A
D
 
D
R
 
R
M
 
V
I
 
G
L
 
V
I
 
L
S
 
V
Q
 
K
G
 
G
T
 
K
L
 
L
L
 
V
Q
 
Q
Q
 
V
G
 
G
S
 
K
P
 
P
R
 
E
E
 
D
V
 
L
L
 
Y
S
 
D
R
 
N
P
 
P
R
 
V
N
 
S
E
 
I
A
 
Q
V
 
V
A
 
A
K
 
S
Q
 
L
M
 
I
G
 
G
L
 
E
R
 
I
N
 
N
L
 
E
F
 
L
D
 
E
A
 
G
H
 
K
V
 
V
V
 
T
A
 
N
Q
 
E

P9WQI3 Trehalose import ATP-binding protein SugC; MtbSugC; Nucleotide-binding domain of SugABC transporter; NBD of SugABC transporter; SugABC transporter ATPase SugC; EC 7.5.2.- from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see paper)
34% identity, 82% coverage: 21:321/369 of query aligns to 22:314/393 of P9WQI3

query
sites
P9WQI3
D
 
D
A
 
L
E
 
N
F
 
L
V
 
T
C
 
I
K
 
A
A
 
D
G
 
G
E
 
E
V
 
F
L
 
L
A
 
I
V
 
L
V
 
V
G
 
G
P
 
P
S
 
S
G
 
G
G
 
C
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
L
 
T
M
 
L
R
 
N
M
 
M
I
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
L
T
 
E
K
 
D
P
 
I
E
 
S
S
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
L
R
 
R
Y
 
-
G
 
-
D
 
-
S
 
-
V
 
-
W
 
-
F
 
I
S
 
A
S
 
G
E
 
E
S
 
R
G
 
V
R
 
N
Y
 
E
L
 
K
T
 
A
P
 
P
Q
 
K
Q
 
D
R
 
R
H
 
D
L
 
I
G
 
A
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
H
 
S
F
 
Y
G
 
A
L
 
L
F
 
Y
P
 
P
N
 
H
M
 
M
T
 
T
A
 
V
L
 
R
A
 
Q
N
 
N
V
 
I
V
 
A
-
 
F
-
 
P
A
 
L
A
 
T
L
 
L
D
 
A
H
 
K
I
 
M
P
 
R
K
 
K
A
 
A
E
 
D
R
 
I
V
 
A
A
 
Q
R
 
K
A
 
V
K
 
S
D
 
E
W
 
T
L
 
A
E
 
K
R
 
I
V
 
L
N
 
D
L
 
L
H
 
T
G
 
N
L
 
L
P
 
L
D
 
D
R
 
R
L
 
K
P
 
P
A
 
S
N
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
L
 
M
A
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
I
A
 
V
R
 
R
E
 
H
P
 
P
R
 
K
V
 
A
L
 
F
L
 
L
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
L
S
 
S
A
 
N
V
 
L
D
 
D
R
 
A
E
 
K
T
 
L
R
 
R
E
 
V
R
 
Q
L
 
M
Y
 
R
L
 
G
E
 
E
L
 
I
A
 
A
R
 
Q
L
 
L
K
 
Q
E
 
R
Q
 
R
L
 
L
A
 
G
I
 
T
P
 
T
V
 
T
I
 
V
M
 
Y
V
 
V
T
 
T
H
|
H
D
 
D
L
 
Q
N
 
T
E
 
E
A
 
A
L
 
M
L
 
T
L
 
L
A
 
G
D
 
D
R
 
R
M
 
V
I
 
V
L
 
V
I
 
M
S
 
Y
Q
 
G
G
 
G
T
 
I
L
 
A
L
 
Q
Q
 
Q
Q
 
I
G
 
G
S
 
T
P
 
P
R
 
E
E
 
E
V
 
L
L
 
Y
S
 
E
R
 
R
P
 
P
R
 
A
N
 
N
E
 
L
A
 
F
V
 
V
A
 
A
K
 
G
Q
 
F
M
 
I
G
 
G
-
 
S
-
 
P
L
 
A
R
 
M
N
 
N
L
 
F
F
 
F
D
 
P
A
 
A
H
 
R
V
 
L
V
 
T
A
 
A
Q
 
I
E
 
G
A
 
-
E
 
-
R
 
-
Q
 
-
I
 
-
T
 
L
W
 
T
L
 
L
R
 
P
F
 
F
G
 
G
E
 
E
H
 
V
L
 
T
I
 
L
A
 
A
G
 
P
N
 
E
Y
 
V
C
 
Q
E
 
G
Q
 
V
L
 
I
A
 
A
I
 
A
G
 
H
A
 
P
K
 
K
V
 
P
R
 
E
W
 
N
V
 
V
I
 
I
P
 
-
N
 
-
Q
 
V
G
 
G
V
 
V
R
 
R
F
 
P
N
 
E
S
 
H
I
 
I
T
 
Q
K
 
D
G
 
A
R
 
A
L
 
L
C
 
I
R
 
D
S
 
A
F
 
Y
N
 
Q
K
 
R
L
 
I
-
 
R
S
 
A
I
 
L
T
 
T
I
 
F
E
 
Q
S
 
V
C
 
K
L
 
V
S
 
N
M
 
L
G
 
V
E
 
E
T
 
S
M
 
L

4ymuJ Crystal structure of an amino acid abc transporter complex with arginines and atps (see paper)
40% identity, 55% coverage: 29:232/369 of query aligns to 27:230/240 of 4ymuJ

query
sites
4ymuJ
G
 
G
E
 
E
V
 
V
L
 
V
A
 
V
V
 
I
V
 
I
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
G
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
M
 
L
R
 
R
M
 
C
I
 
I
A
 
N
G
 
L
L
 
L
T
 
E
K
 
E
P
 
P
E
 
T
S
 
K
G
 
G
E
 
E
I
 
V
R
 
-
Y
 
F
G
 
I
D
 
D
S
 
G
V
 
V
W
 
K
F
 
I
S
 
N
S
 
N
E
 
G
S
 
K
G
 
V
R
 
N
Y
 
I
L
 
N
T
 
K
P
 
V
Q
 
R
Q
 
Q
R
 
K
H
 
-
L
 
V
G
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
H
 
H
F
 
F
G
 
N
L
 
L
F
 
F
P
 
P
N
 
H
M
 
L
T
 
T
A
 
A
L
 
I
A
 
E
N
 
N
V
 
I
V
 
T
A
 
L
A
 
A
-
 
P
-
 
V
-
 
K
L
 
V
D
 
K
H
 
K
I
 
M
P
 
N
K
 
K
A
 
K
E
 
E
R
 
A
V
 
E
A
 
E
R
 
L
A
 
A
K
 
V
D
 
D
W
 
L
L
 
L
E
 
A
R
 
K
V
 
V
N
 
G
L
 
L
H
 
L
G
 
D
L
 
K
P
 
K
D
 
D
R
 
Q
L
 
Y
P
 
P
A
 
I
N
 
K
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
L
A
 
A
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
M
E
 
Q
P
 
P
R
 
E
V
 
V
L
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
|
E
P
 
P
F
 
T
S
 
S
A
 
A
V
 
L
D
 
D
R
 
P
E
 
E
T
 
-
R
 
-
E
 
-
R
 
-
L
 
M
Y
 
V
L
 
K
E
 
E
L
 
V
A
 
L
R
 
N
L
 
V
K
 
M
E
 
K
Q
 
Q
L
 
L
A
 
A
-
 
N
-
 
E
-
 
G
I
 
M
P
 
T
V
 
M
I
 
V
M
 
V
V
 
V
T
 
T
H
|
H
D
 
E
L
 
M
N
 
G
E
 
F
A
 
A
L
 
R
L
 
E
L
 
V
A
 
G
D
 
D
R
 
R
M
 
V
I
 
I
L
 
F
I
 
M
S
 
D
Q
 
D
G
 
G
T
 
V
L
 
I
L
 
V
Q
 
E
Q
 
E
G
 
G
S
 
T
P
 
P
R
 
E
E
 
E
V
 
I
L
 
F
S
 
Y
R
 
R
P
 
A
R
 
K
N
 
N
E
 
E

Sites not aligning to the query:

P19566 Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK; EC 7.5.2.1 from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see paper)
36% identity, 66% coverage: 18:260/369 of query aligns to 18:266/369 of P19566

query
sites
P19566
I
 
V
A
 
S
L
 
K
D
 
D
A
 
I
E
 
N
F
 
L
V
 
D
C
 
I
K
 
H
A
 
D
G
 
G
E
 
E
V
 
F
L
 
V
A
 
V
V
 
F
V
 
V
G
 
G
P
 
P
S
 
S
G
 
G
G
 
C
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
M
 
L
R
 
R
M
 
M
I
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
L
T
 
E
K
 
T
P
 
I
E
 
T
S
 
S
G
 
G
E
 
D
I
 
L
R
 
F
Y
 
I
G
 
G
D
 
E
S
 
T
V
 
R
W
 
M
F
 
N
S
 
D
S
 
-
E
 
-
S
 
-
G
 
-
R
 
-
Y
 
-
L
 
I
T
 
P
P
 
P
Q
 
A
Q
 
E
R
 
R
H
 
G
L
 
V
G
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
H
 
S
F
 
Y
G
 
A
L
|
L
F
 
Y
P
 
P
N
 
H
M
 
L
T
 
S
A
 
V
L
 
A
A
 
E
N
 
N
V
 
M
V
 
S
A
 
F
A
 
G
L
 
L
D
 
K
H
 
L
I
 
A
P
 
G
K
 
A
A
 
K
E
 
K
R
 
E
V
 
V
A
 
M
-
 
N
-
 
Q
R
 
R
A
 
V
K
 
N
D
 
Q
W
 
V
L
 
A
E
 
E
R
 
V
V
 
L
N
 
Q
L
 
L
H
 
A
G
 
H
L
 
L
P
 
L
D
 
E
R
 
R
L
 
K
P
 
P
A
 
K
N
 
A
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
L
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
T
L
 
L
A
 
V
R
 
A
E
 
E
P
 
P
R
 
R
V
 
V
L
 
F
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
|
P
F
 
L
S
 
S
A
 
N
V
 
L
D
|
D
R
 
A
E
 
A
T
 
L
R
 
R
E
 
V
R
 
Q
L
 
M
Y
 
R
L
 
I
E
 
E
L
 
I
A
 
S
R
 
R
L
 
L
K
 
H
E
 
K
Q
 
R
L
 
L
A
 
G
I
 
R
P
 
T
V
 
M
I
 
I
M
 
Y
V
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
D
L
 
Q
N
 
V
E
 
E
A
 
A
L
 
M
L
 
T
L
 
L
A
 
A
D
 
D
R
 
K
M
 
I
I
 
V
L
 
V
I
 
L
S
 
D
Q
 
A
G
 
G
T
 
R
L
 
V
L
 
A
Q
 
Q
Q
 
V
G
 
G
S
 
K
P
 
P
R
 
L
E
 
E
V
 
L
L
 
Y
S
 
H
R
 
Y
P
 
P
R
 
A
N
 
D
E
 
R
A
 
F
V
 
V
A
 
A
K
 
G
Q
 
F
M
 
I
G
 
G
-
 
S
-
 
P
L
 
K
R
 
M
N
 
N
L
 
F
F
 
L
D
 
P
A
 
V
H
 
K
V
 
V
V
 
T
A
 
A
Q
 
T
E
 
A
A
 
I
E
 
E
-
 
Q
-
 
V
-
 
Q
-
 
V
-
 
E
-
 
L
-
 
P
-
 
N
R
 
R
Q
 
Q
I
 
Q
T
 
I
W
 
W
L
 
L

Sites not aligning to the query:

4u00A Crystal structure of ttha1159 in complex with adp (see paper)
40% identity, 55% coverage: 29:232/369 of query aligns to 28:230/241 of 4u00A

query
sites
4u00A
G
 
G
E
 
E
V
 
K
L
 
L
A
 
V
V
 
I
V
 
I
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
G
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
M
 
I
R
 
R
M
 
T
I
 
I
A
 
N
G
 
R
L
 
L
T
 
E
K
 
D
P
 
F
E
 
Q
S
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
V
R
 
V
Y
 
V
G
 
D
D
 
G
S
 
-
V
 
-
W
 
-
F
 
L
S
 
S
S
 
V
E
 
K
S
 
D
G
 
D
R
 
R
Y
 
A
L
 
L
T
 
R
P
 
E
Q
 
I
Q
 
R
R
 
R
H
 
E
L
 
V
G
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
H
 
Q
F
 
F
G
 
N
L
 
L
F
 
F
P
 
P
N
 
H
M
 
M
T
 
T
A
 
V
L
 
L
A
 
E
N
 
N
V
 
V
V
 
T
A
 
L
A
 
A
L
 
P
D
 
M
H
 
R
I
 
V
-
 
R
-
 
R
-
 
W
P
 
P
K
 
R
A
 
E
E
 
K
R
 
A
V
 
E
A
 
K
R
 
K
A
 
A
K
 
L
D
 
E
W
 
L
L
 
L
E
 
E
R
 
R
V
 
V
N
 
G
L
 
I
H
 
L
G
 
D
L
 
Q
P
 
A
D
 
R
R
 
K
L
 
Y
P
 
P
A
 
A
N
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
M
E
 
E
P
 
P
R
 
K
V
 
I
L
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
F
 
T
S
 
S
A
 
A
V
 
L
D
 
D
R
 
P
E
 
E
T
 
M
R
 
V
E
 
G
R
 
E
L
 
V
Y
 
-
L
 
L
E
 
D
L
 
V
A
 
M
R
 
R
L
 
D
K
 
L
E
 
A
Q
 
Q
L
 
G
A
 
G
I
 
M
P
 
T
V
 
M
I
 
V
M
 
V
V
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
E
L
 
M
N
 
G
E
 
F
A
 
A
L
 
R
L
 
E
L
 
V
A
 
A
D
 
D
R
 
R
M
 
V
I
 
V
L
 
F
I
 
M
S
 
D
Q
 
G
G
 
G
T
 
Q
L
 
I
L
 
V
Q
 
E
Q
 
E
G
 
G
S
 
R
P
 
P
R
 
E
E
 
E
V
 
I
L
 
F
S
 
T
R
 
R
P
 
P
R
 
K
N
 
E
E
 
E

Sites not aligning to the query:

3puyA Crystal structure of an outward-facing mbp-maltose transporter complex bound to amp-pnp after crystal soaking of the pretranslocation state (see paper)
38% identity, 60% coverage: 18:239/369 of query aligns to 17:234/371 of 3puyA

query
sites
3puyA
I
 
V
A
 
S
L
 
K
D
 
D
A
 
I
E
 
N
F
 
L
V
 
D
C
 
I
K
 
H
A
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
F
L
 
V
A
 
V
V
 
F
V
 
V
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
G
x
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
M
 
L
R
 
R
M
 
M
I
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
L
T
 
E
K
 
T
P
 
I
E
 
T
S
 
S
G
 
G
E
 
D
I
 
L
R
 
F
Y
 
I
G
 
G
D
 
E
S
 
K
V
 
R
W
 
M
F
 
N
S
 
D
S
 
T
E
 
-
S
 
-
G
 
-
R
 
-
Y
 
-
L
 
-
T
 
P
P
 
P
Q
 
A
Q
 
E
R
 
R
H
 
G
L
 
V
G
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
|
Q
H
 
S
F
 
Y
G
 
A
L
 
L
F
 
Y
P
 
P
N
 
H
M
 
L
T
 
S
A
 
V
L
 
A
A
 
E
N
 
N
V
 
M
V
 
S
A
 
F
A
 
G
L
 
L
D
 
K
H
 
L
I
 
A
P
 
G
K
 
A
A
 
K
E
 
K
R
 
E
V
 
V
-
 
I
-
 
N
A
 
Q
R
 
R
A
 
V
K
 
N
D
 
Q
W
 
V
L
 
A
E
 
E
R
 
V
V
 
L
N
 
Q
L
 
L
H
 
A
G
 
H
L
 
L
P
 
L
D
 
D
R
|
R
L
 
K
P
 
P
A
 
K
N
x
A
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
Q
|
Q
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
L
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
T
L
 
L
A
 
V
R
 
A
E
 
E
P
 
P
R
 
S
V
 
V
L
 
F
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
F
 
L
S
 
S
A
 
N
V
 
L
D
 
D
R
 
A
E
 
A
T
 
L
R
 
R
E
 
V
R
 
Q
L
 
M
Y
 
R
L
 
I
E
 
E
L
 
I
A
 
S
R
 
R
L
 
L
K
 
H
E
 
K
Q
 
R
L
 
L
A
 
G
I
 
R
P
 
T
V
 
M
I
 
I
M
 
Y
V
 
V
T
 
T
H
|
H
D
 
D
L
 
Q
N
 
V
E
 
E
A
 
A
L
 
M
L
 
T
L
 
L
A
 
A
D
 
D
R
 
K
M
 
I
I
 
V
L
 
V
I
 
L
S
 
D
Q
 
A
G
 
G
T
 
R
L
 
V
L
 
A
Q
 
Q
Q
 
V
G
 
G
S
 
K
P
 
P
R
 
L
E
 
E
V
 
L
L
 
Y
S
 
H
R
 
Y
P
 
P
R
 
A
N
 
D
E
 
R
A
 
F
V
 
V
A
 
A
K
 
G
Q
 
F
M
 
I
G
 
G

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>5207560 Shew_0094 ABC transporter-related protein (RefSeq)
MSQDVADLSCKIFQQEGIALDAEFVCKAGEVLAVVGPSGGGKSTLMRMIAGLTKPESGEI
RYGDSVWFSSESGRYLTPQQRHLGYVPQHFGLFPNMTALANVVAALDHIPKAERVARAKD
WLERVNLHGLPDRLPANLSGGQRQRVALARALAREPRVLLLDEPFSAVDRETRERLYLEL
ARLKEQLAIPVIMVTHDLNEALLLADRMILISQGTLLQQGSPREVLSRPRNEAVAKQMGL
RNLFDAHVVAQEAERQITWLRFGEHLIAGNYCEQLAIGAKVRWVIPNQGVRFNSITKGRL
CRSFNKLSITIESCLSMGETMRILASIKGVKHHLNAEVPLHFAQKMGLAPGVETEVALKS
ELIHILEND

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory