SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 5207910 FitnessBrowser__PV4:5207910 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

4yerA Crystal structure of an abc transporter atp-binding protein (tm_1403) from thermotoga maritima msb8 at 2.35 a resolution
43% identity, 62% coverage: 16:225/340 of query aligns to 12:223/285 of 4yerA

query
sites
4yerA
K
 
K
R
 
K
F
|
F
G
 
G
D
 
D
L
x
F
L
 
E
A
 
A
V
 
V
A
 
K
E
 
G
L
 
V
D
 
S
L
 
F
Q
 
S
V
 
V
Q
 
K
K
 
K
G
 
G
H
 
E
I
 
I
Y
 
F
G
 
A
F
 
F
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
C
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
T
 
T
I
 
I
R
 
H
M
 
M
L
 
L
T
 
T
G
 
T
L
 
L
L
 
L
T
 
K
P
 
P
T
 
T
R
 
S
G
 
G
E
 
K
I
 
A
S
 
W
V
 
V
L
 
A
G
 
G
M
 
H
A
 
D
I
 
V
P
 
L
Q
 
K
Q
 
E
A
 
P
E
 
R
A
 
E
L
 
V
R
 
R
R
 
R
R
 
K
I
 
I
G
 
G
Y
 
I
M
 
V
T
 
F
Q
 
Q
K
 
D
F
 
Q
S
 
S
L
 
L
Y
 
D
E
 
R
D
 
E
L
 
L
S
 
T
V
 
A
R
 
Y
E
 
E
N
 
N
L
 
M
Q
 
Y
F
 
I
I
 
H
A
 
G
D
 
K
I
 
I
Y
 
Y
G
 
G
L
 
Y
G
 
G
A
 
G
R
 
E
E
 
K
S
 
L
K
 
K
R
 
K
K
 
R
I
 
I
D
 
L
E
 
E
L
 
L
I
 
L
D
 
E
T
 
F
Y
 
V
H
 
E
L
 
L
D
 
L
A
 
E
Q
 
F
R
 
K
Q
 
D
Q
 
K
L
 
P
A
 
V
G
 
K
T
|
T
L
x
F
S
|
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
M
K
 
A
Q
 
R
R
 
R
L
 
L
G
 
E
L
 
I
A
 
A
C
 
R
A
 
S
C
 
L
I
 
I
N
 
H
E
 
E
P
 
P
E
 
E
L
 
V
L
 
L
F
 
F
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
S
 
I
A
 
G
V
 
L
D
 
D
P
 
P
Q
 
H
N
 
T
R
 
R
R
 
A
D
 
H
F
 
M
W
 
W
E
 
E
Q
 
Y
L
 
I
F
 
S
D
 
K
L
 
M
-
 
K
S
 
K
E
 
E
R
 
H
G
 
N
T
 
M
S
 
T
I
 
I
L
 
F
V
 
L
T
 
T
T
 
T
H
 
H
Y
 
Y
M
 
M
D
 
D
E
 
E
A
 
A
-
 
E
Q
 
Q
R
 
L
C
 
A
H
 
D
Q
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
M
 
I
E
 
D
S
 
H
G
 
G
H
 
K
I
 
I
R
 
I
A
 
A
K
 
L
G
 
G
N
 
T
P
 
P
Q
 
T
A
 
E
L
 
L

Q9BZC7 ATP-binding cassette sub-family A member 2; ATP-binding cassette transporter 2; ATP-binding cassette 2; EC 7.6.2.- from Homo sapiens (Human) (see paper)
37% identity, 62% coverage: 15:225/340 of query aligns to 2061:2272/2435 of Q9BZC7

query
sites
Q9BZC7
D
 
S
K
 
R
R
 
K
F
 
I
G
 
G
D
 
R
L
 
I
L
 
L
A
 
A
V
 
V
A
 
D
E
 
R
L
 
L
D
 
C
L
 
L
Q
 
G
V
 
V
Q
 
R
K
 
P
G
 
G
H
 
E
I
 
C
Y
 
F
G
 
G
F
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
V
N
 
N
G
 
G
C
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
S
T
 
T
I
 
F
R
 
K
M
 
M
L
 
L
T
 
T
G
 
G
L
 
D
L
 
E
T
 
S
P
 
T
T
 
T
R
 
G
G
 
G
E
 
E
I
 
A
S
 
F
V
 
V
L
 
N
G
 
G
M
 
H
A
 
S
I
 
V
P
 
L
Q
 
K
Q
 
E
A
 
L
E
 
L
A
 
Q
L
 
V
R
 
Q
R
 
Q
R
 
S
I
 
L
G
 
G
Y
 
Y
M
 
C
T
 
P
Q
 
Q
K
 
C
F
 
D
S
 
A
L
 
L
Y
 
F
E
 
D
D
 
E
L
 
L
S
 
T
V
 
A
R
 
R
E
 
E
N
 
H
L
 
L
Q
 
Q
F
 
L
I
 
Y
A
 
T
D
 
R
I
 
L
Y
 
R
G
 
G
L
 
I
G
 
S
A
 
W
R
 
K
E
 
D
S
 
E
K
 
A
R
 
R
K
 
V
I
 
V
D
 
K
E
 
W
L
 
A
I
 
L
D
 
E
T
 
K
Y
 
L
H
 
E
L
 
L
D
 
T
A
 
K
Q
 
Y
R
 
A
Q
 
D
Q
 
K
L
 
P
A
 
A
G
 
G
T
 
T
L
 
Y
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
N
K
 
K
Q
 
R
R
 
K
L
 
L
G
 
S
L
 
T
A
 
A
C
 
I
A
 
A
C
 
L
I
 
I
N
 
G
E
 
Y
P
 
P
E
 
A
L
 
F
L
 
I
F
 
F
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
S
 
T
A
 
G
V
 
M
D
 
D
P
 
P
Q
 
K
N
 
A
R
 
R
R
 
R
D
 
F
F
 
L
W
 
W
E
 
N
Q
 
L
L
 
I
F
 
L
D
 
D
L
 
L
S
 
I
E
 
K
R
 
T
G
 
G
T
 
R
S
 
S
I
 
V
L
 
V
V
 
L
T
 
T
T
 
S
H
 
H
Y
 
S
M
 
M
D
 
E
E
 
E
A
 
C
Q
 
E
R
 
A
-
 
L
C
 
C
H
 
T
Q
 
R
L
 
L
A
 
A
I
 
I
M
 
M
E
 
V
S
 
N
G
 
G
H
 
R
I
 
L
R
 
R
A
 
C
K
 
L
G
 
G
N
 
S
P
 
I
Q
 
Q
A
 
H
L
 
L

Sites not aligning to the query:

Q8R420 Phospholipid-transporting ATPase ABCA3; ATP-binding cassette sub-family A member 3; Xenobiotic-transporting ATPase ABCA3; EC 7.6.2.1; EC 7.6.2.2 from Mus musculus (Mouse) (see paper)
38% identity, 63% coverage: 11:225/340 of query aligns to 1387:1601/1704 of Q8R420

query
sites
Q8R420
A
 
S
R
 
K
G
 
V
V
 
Y
D
 
D
K
 
Q
R
 
R
F
 
-
G
 
A
D
 
P
L
 
L
L
 
L
A
 
A
V
 
V
A
 
D
E
 
R
L
 
I
D
 
S
L
 
L
Q
 
A
V
 
V
Q
 
Q
K
 
K
G
 
G
H
 
E
I
 
C
Y
 
F
G
 
G
F
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
F
N
 
N
G
 
G
C
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
T
 
T
I
 
F
R
 
K
M
 
M
L
 
L
T
 
T
G
 
G
L
 
E
L
 
E
T
 
T
P
 
I
T
 
T
R
 
S
G
 
G
E
 
D
I
 
A
S
 
F
V
 
V
L
 
G
G
 
G
M
 
Y
A
 
S
I
 
I
P
 
S
Q
 
S
Q
 
D
A
 
I
E
 
G
A
 
K
L
 
V
R
 
R
R
 
Q
R
 
R
I
 
M
G
 
G
Y
 
Y
M
 
C
T
 
P
Q
 
Q
K
 
F
F
 
D
S
 
A
L
 
L
Y
 
L
E
 
D
D
 
H
L
 
M
S
 
T
V
 
G
R
 
R
E
 
E
N
 
M
L
 
L
Q
 
V
F
 
M
I
 
Y
A
 
A
D
 
R
I
 
L
Y
 
R
G
 
G
L
 
I
G
 
P
A
 
E
R
 
R
E
 
L
S
 
I
K
 
N
R
 
A
K
 
C
I
 
V
D
 
E
E
 
N
L
 
T
I
 
L
D
 
R
T
 
G
Y
 
L
H
 
L
L
 
L
D
 
E
A
 
P
Q
 
H
R
 
A
Q
 
N
Q
 
K
L
 
L
A
 
V
G
 
K
T
 
T
L
 
Y
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
N
K
 
K
Q
 
R
R
 
K
L
 
L
G
 
S
L
 
T
A
 
G
C
 
I
A
 
A
C
 
L
I
 
I
N
 
G
E
 
E
P
 
P
E
 
A
L
 
V
L
 
I
F
 
F
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
S
S
 
T
A
 
G
V
 
M
D
 
D
P
 
P
Q
 
V
N
 
A
R
 
R
R
 
R
D
 
L
F
 
L
W
 
W
E
 
D
Q
 
T
L
 
V
F
 
A
D
 
R
L
 
A
S
 
R
E
 
E
R
 
S
G
 
G
T
 
K
S
 
A
I
 
I
L
 
V
V
 
I
T
 
T
T
 
S
H
 
H
Y
 
S
M
 
M
D
 
E
E
 
E
A
 
C
Q
 
E
R
 
A
-
 
L
C
 
C
H
 
T
Q
 
R
L
 
L
A
 
A
I
 
I
M
 
M
E
 
V
S
 
Q
G
 
G
H
 
Q
I
 
F
R
 
K
A
 
C
K
 
L
G
 
G
N
 
S
P
 
P
Q
 
Q
A
 
H
L
 
L

Sites not aligning to the query:

Q99758 Phospholipid-transporting ATPase ABCA3; ABC-C transporter; ATP-binding cassette sub-family A member 3; ATP-binding cassette transporter 3; ATP-binding cassette 3; Xenobiotic-transporting ATPase ABCA3; EC 7.6.2.1; EC 7.6.2.2 from Homo sapiens (Human) (see 15 papers)
39% identity, 60% coverage: 21:225/340 of query aligns to 1396:1601/1704 of Q99758

query
sites
Q99758
L
 
L
L
 
L
A
 
A
V
 
V
A
 
D
E
 
R
L
 
L
D
 
S
L
 
L
Q
 
A
V
 
V
Q
 
Q
K
 
K
G
 
G
H
 
E
I
 
C
Y
 
F
G
 
G
F
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
F
N
 
N
G
 
G
C
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
T
 
T
I
 
F
R
 
K
M
 
M
L
 
L
T
 
T
G
 
G
L
 
E
L
 
E
T
 
S
P
 
L
T
 
T
R
 
S
G
 
G
E
 
D
I
 
A
S
 
F
V
 
V
L
 
G
G
 
G
M
 
H
A
 
R
I
 
I
P
 
S
Q
 
S
Q
 
D
A
 
V
E
 
G
A
 
K
L
 
V
R
 
R
R
 
Q
R
 
R
I
 
I
G
 
G
Y
 
Y
M
 
C
T
 
P
Q
 
Q
K
 
F
F
 
D
S
 
A
L
 
L
Y
 
L
E
 
D
D
 
H
L
 
M
S
 
T
V
 
G
R
 
R
E
 
E
N
 
M
L
 
L
Q
 
V
F
 
M
I
 
Y
A
 
A
D
 
R
I
 
L
Y
 
R
G
 
G
L
 
I
G
 
P
A
 
E
R
 
R
E
 
H
S
 
I
K
 
G
R
 
A
K
 
C
I
 
V
D
 
E
E
 
N
L
 
T
I
 
L
D
 
R
T
 
G
Y
 
L
H
 
L
L
 
L
D
 
E
A
 
P
Q
 
H
R
 
A
Q
 
N
Q
 
K
L
 
L
A
 
V
G
 
R
T
 
T
L
 
Y
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
N
K
 
K
Q
 
R
R
 
K
L
 
L
G
 
S
L
 
T
A
 
G
C
 
I
A
 
A
C
 
L
I
 
I
N
 
G
E
 
E
P
 
P
E
 
A
L
 
V
L
 
I
F
 
F
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
S
S
 
T
A
 
G
V
 
M
D
 
D
P
 
P
Q
 
V
N
 
A
R
 
R
R
 
R
D
 
L
F
x
L
W
 
W
E
 
D
Q
 
T
L
 
V
F
 
A
D
 
R
L
 
A
S
 
R
E
 
E
R
 
S
G
 
G
T
 
K
S
 
A
I
 
I
L
 
I
V
 
I
T
 
T
T
 
S
H
 
H
Y
 
S
M
 
M
D
 
E
E
 
E
A
 
C
Q
 
E
R
 
A
-
x
L
C
 
C
H
 
T
Q
 
R
L
 
L
A
 
A
I
 
I
M
 
M
E
 
V
S
 
Q
G
 
G
H
x
Q
I
 
F
R
 
K
A
 
C
K
 
L
G
 
G
N
 
S
P
 
P
Q
 
Q
A
 
H
L
 
L

Sites not aligning to the query:

8ee6A Cryo-em structure of human abca7 in pe/ch nanodiscs (see paper)
36% identity, 60% coverage: 23:225/340 of query aligns to 1514:1717/1808 of 8ee6A

query
sites
8ee6A
A
|
A
V
 
V
A
 
D
E
 
R
L
 
L
D
 
C
L
 
L
Q
 
G
V
 
I
Q
 
P
K
 
P
G
 
G
H
 
E
I
 
C
Y
 
F
G
 
G
F
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
V
N
 
N
G
|
G
C
x
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
 
S
T
 
T
I
 
F
R
 
R
M
 
M
L
 
V
T
 
T
G
 
G
L
 
D
L
 
T
T
 
L
P
 
A
T
 
S
R
 
R
G
 
G
E
 
E
I
 
A
S
 
V
V
 
L
L
 
A
G
 
G
M
 
H
A
 
S
I
 
V
P
 
A
Q
 
R
Q
 
E
A
 
P
E
 
S
A
 
A
L
 
A
R
 
H
R
 
L
R
 
S
I
 
M
G
 
G
Y
 
Y
M
 
C
T
 
P
Q
 
Q
K
 
S
F
 
D
S
 
A
L
 
I
Y
 
F
E
 
E
D
 
L
L
 
L
S
 
T
V
 
G
R
 
R
E
 
E
N
 
H
L
 
L
Q
 
E
F
 
L
I
 
L
A
 
A
D
 
R
I
 
L
Y
 
R
G
 
G
L
 
V
G
 
P
A
 
E
R
 
A
E
 
Q
S
 
V
K
 
A
R
 
Q
K
 
T
I
 
A
D
 
G
E
 
S
L
 
G
I
 
L
D
 
A
T
 
R
Y
 
L
H
 
G
L
 
L
D
 
S
A
 
W
Q
 
Y
R
 
A
Q
 
D
Q
 
R
L
 
P
A
 
A
G
 
G
T
 
T
L
 
Y
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
N
K
 
K
Q
 
R
R
 
K
L
 
L
G
 
A
L
 
T
A
 
A
C
 
L
A
 
A
C
 
L
I
 
V
N
 
G
E
 
D
P
 
P
E
 
A
L
 
V
L
 
V
F
 
F
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
S
 
T
A
 
G
V
 
M
D
 
D
P
 
P
Q
 
S
N
 
A
R
 
R
R
 
R
D
 
F
F
 
L
W
 
W
E
 
N
Q
 
S
L
 
L
F
 
L
D
 
A
L
 
V
S
 
V
E
 
R
R
 
E
G
 
G
T
 
R
S
 
S
I
 
V
L
 
M
V
 
L
T
 
T
T
 
S
H
 
H
Y
 
S
M
 
M
D
 
E
E
 
E
A
 
C
Q
 
E
R
 
A
-
 
L
C
 
C
H
 
S
Q
 
R
L
 
L
A
 
A
I
 
I
M
 
M
E
 
V
S
 
N
G
 
G
H
 
R
I
 
F
R
 
R
A
 
C
K
 
L
G
 
G
N
 
S
P
 
P
Q
 
Q
A
 
H
L
 
L

Sites not aligning to the query:

8eopA Cryo-em structure of nanodisc reconstituted human abca7 eq mutant in atp bound closed state (see paper)
35% identity, 60% coverage: 23:225/340 of query aligns to 1468:1671/1687 of 8eopA

query
sites
8eopA
A
 
A
V
 
V
A
 
D
E
 
R
L
 
L
D
 
C
L
 
L
Q
 
G
V
 
I
Q
 
P
K
 
P
G
 
G
H
 
E
I
 
C
Y
 
F
G
 
G
F
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
V
N
|
N
G
|
G
C
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
x
S
T
 
T
I
 
F
R
 
R
M
 
M
L
 
V
T
 
T
G
 
G
L
 
D
L
 
T
T
 
L
P
 
A
T
 
S
R
 
R
G
 
G
E
 
E
I
 
A
S
 
V
V
 
L
L
 
A
G
 
G
M
 
H
A
 
S
I
 
V
P
 
A
Q
 
R
Q
 
E
A
 
P
E
 
S
A
 
A
L
 
A
R
 
H
R
 
L
R
 
S
I
 
M
G
 
G
Y
 
Y
M
 
C
T
 
P
Q
|
Q
K
 
S
F
 
D
S
 
A
L
 
I
Y
 
F
E
 
E
D
 
L
L
 
L
S
 
T
V
 
G
R
 
R
E
 
E
N
 
H
L
 
L
Q
 
E
F
 
L
I
 
L
A
 
A
D
 
R
I
 
L
Y
 
R
G
 
G
L
 
V
G
 
P
A
 
E
R
 
A
E
 
Q
S
 
V
K
 
A
R
 
Q
K
 
T
I
 
A
D
 
G
E
 
S
L
 
G
I
 
L
D
 
A
T
 
R
Y
 
L
H
 
G
L
 
L
D
 
S
A
 
W
Q
 
Y
R
 
A
Q
 
D
Q
 
R
L
 
P
A
 
A
G
 
G
T
|
T
L
 
Y
S
|
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
N
K
 
K
Q
 
R
R
 
K
L
 
L
G
 
A
L
 
T
A
 
A
C
 
L
A
 
A
C
 
L
I
 
V
N
 
G
E
 
D
P
 
P
E
 
A
L
 
V
L
 
V
F
 
F
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
T
 
T
S
 
T
A
 
G
V
 
M
D
 
D
P
 
P
Q
 
S
N
 
A
R
 
R
R
 
R
D
 
F
F
 
L
W
 
W
E
 
N
Q
 
S
L
 
L
F
 
L
D
 
A
L
 
V
S
 
V
E
 
R
R
 
E
G
 
G
T
 
R
S
 
S
I
 
V
L
 
M
V
 
L
T
 
T
T
 
S
H
 
H
Y
 
S
M
 
M
D
 
E
E
 
E
A
 
C
Q
 
E
R
 
A
-
 
L
C
 
C
H
 
S
Q
 
R
L
 
L
A
 
A
I
 
I
M
 
M
E
 
V
S
 
N
G
 
G
H
 
R
I
 
F
R
 
R
A
 
C
K
 
L
G
 
G
N
 
S
P
 
P
Q
 
Q
A
 
H
L
 
L

Sites not aligning to the query:

E9Q876 Glucosylceramide transporter ABCA12; ATP-binding cassette sub-family A member 12; EC 7.6.2.1 from Mus musculus (Mouse) (see 2 papers)
34% identity, 67% coverage: 2:229/340 of query aligns to 1339:1568/2595 of E9Q876

query
sites
E9Q876
P
 
P
L
 
K
N
 
D
A
 
L
D
 
Q
L
 
V
A
 
G
I
 
V
D
 
A
A
 
L
R
 
H
G
 
G
V
 
V
D
 
T
K
 
K
R
 
I
F
 
Y
G
 
G
D
 
S
L
 
K
L
 
T
A
 
A
V
 
V
A
 
E
E
 
N
L
 
L
D
 
N
L
 
L
Q
 
N
V
 
F
Q
 
Y
K
 
E
G
 
G
H
 
H
I
 
I
Y
 
T
G
 
S
F
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
 
G
C
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
T
 
T
I
|
I
R
x
S
M
|
M
L
|
L
T
|
T
G
|
G
L
|
L
L
x
F
T
x
G
P
x
A
T
|
T
R
x
A
G
|
G
E
x
T
I
|
I
S
x
F
V
|
V
L
x
Y
G
|
G
M
x
K
A
x
D
I
|
I
P
x
K
Q
x
T
Q
x
D
A
x
L
E
x
N
A
x
T
L
x
V
R
|
R
R
x
K
R
x
N
I
x
M
G
|
G
Y
x
V
M
x
C
T
x
M
Q
|
Q
K
x
H
F
x
D
S
x
V
L
|
L
Y
x
F
E
x
S
D
x
Y
L
|
L
S
x
T
V
x
T
R
x
K
E
|
E
N
x
H
L
|
L
Q
x
L
F
x
L
I
x
Y
A
x
G
D
x
S
I
|
I
Y
x
K
G
x
V
L
x
P
G
x
H
A
x
W
R
x
T
E
x
K
S
x
T
K
x
Q
-
x
L
-
x
H
R
x
E
K
x
E
I
x
V
D
x
K
E
x
R
L
 
T
I
 
L
D
 
K
T
 
D
Y
 
T
H
 
G
L
 
L
D
 
Y
A
 
S
Q
 
H
R
 
R
Q
 
H
Q
 
K
L
 
R
A
 
V
G
 
G
T
 
T
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
M
K
 
K
Q
 
R
R
 
K
L
 
L
G
 
S
L
 
I
A
 
S
C
 
I
A
 
A
C
 
L
I
 
I
N
 
G
E
 
G
P
 
S
E
 
R
L
 
V
L
 
V
F
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
S
S
 
T
A
 
G
V
 
V
D
 
D
P
 
P
Q
 
C
N
 
S
R
 
R
R
 
R
D
 
S
F
 
I
W
 
W
E
 
D
Q
 
-
L
 
V
F
 
I
D
 
S
L
 
K
S
 
N
E
 
K
R
 
T
G
 
A
T
 
R
S
 
T
I
 
I
L
 
I
V
 
L
T
 
S
T
 
T
H
 
H
Y
 
H
M
 
L
D
 
D
E
 
E
A
 
A
Q
 
E
R
 
V
C
 
L
H
 
S
-
 
D
Q
 
R
L
 
I
A
 
A
I
 
F
M
 
L
E
 
E
S
 
Q
G
 
G
H
 
G
I
 
L
R
 
R
A
 
C
K
 
C
G
 
G
N
 
S
P
 
P
Q
 
F
A
 
Y
L
 
L
L
 
K
E
 
E
A
 
A
M
 
F

Sites not aligning to the query:

7e7oA Cryo-em structure of human abca4 in nrpe-bound state (see paper)
38% identity, 60% coverage: 23:225/340 of query aligns to 1719:1922/2003 of 7e7oA

query
sites
7e7oA
A
 
A
V
 
V
A
 
D
E
 
R
L
 
L
D
 
C
L
 
V
Q
 
G
V
 
V
Q
 
R
K
 
P
G
 
G
H
 
E
I
 
C
Y
 
F
G
 
G
F
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
V
N
 
N
G
 
G
C
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
T
 
T
I
 
F
R
 
K
M
 
M
L
 
L
T
 
T
G
 
G
L
 
D
L
 
T
T
 
T
P
 
V
T
 
T
R
 
S
G
 
G
E
 
D
I
 
A
S
 
T
V
 
V
L
 
A
G
 
G
M
 
K
A
 
S
I
 
I
P
 
L
Q
 
T
Q
 
N
A
 
I
E
 
S
A
 
E
L
 
V
R
 
H
R
 
Q
R
 
N
I
 
M
G
 
G
Y
 
Y
M
 
C
T
 
P
Q
 
Q
K
 
F
F
 
D
S
 
A
L
 
I
Y
 
D
E
 
E
D
 
L
L
 
L
S
 
T
V
 
G
R
 
R
E
 
E
N
 
H
L
 
L
Q
 
Y
F
 
L
I
 
Y
A
 
A
D
 
R
I
 
L
Y
 
R
G
 
G
L
 
V
G
 
P
A
 
A
R
 
E
E
 
E
S
 
I
K
 
E
R
 
K
K
 
V
I
 
A
D
 
N
E
 
W
L
 
S
I
 
I
D
 
K
T
 
S
Y
 
L
H
 
G
L
 
L
D
 
T
A
 
V
Q
 
Y
R
 
A
Q
 
D
Q
 
C
L
 
L
A
 
A
G
 
G
T
 
T
L
 
Y
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
N
K
 
K
Q
 
R
R
 
K
L
 
L
G
 
S
L
 
T
A
 
A
C
 
I
A
 
A
C
 
L
I
 
I
N
 
G
E
 
C
P
 
P
E
 
P
L
 
L
L
 
V
F
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
S
 
T
A
 
G
V
 
M
D
 
D
P
 
P
Q
 
Q
N
 
A
R
 
R
R
 
R
D
 
M
F
 
L
W
 
W
E
 
N
Q
 
V
L
 
I
F
 
V
D
 
S
L
 
I
S
 
I
E
 
R
R
 
E
G
 
G
T
 
R
S
 
A
I
 
V
L
 
V
V
 
L
T
 
T
T
 
S
H
 
H
Y
 
S
M
 
M
D
 
E
E
 
E
A
 
C
Q
 
E
R
 
A
-
 
L
C
 
C
H
 
T
Q
 
R
L
 
L
A
 
A
I
 
I
M
 
M
E
 
V
S
 
K
G
 
G
H
 
A
I
 
F
R
 
R
A
 
C
K
 
M
G
 
G
N
 
T
P
 
I
Q
 
Q
A
 
H
L
 
L

Sites not aligning to the query:

7lkpA Structure of atp-free human abca4 (see paper)
38% identity, 60% coverage: 23:225/340 of query aligns to 1647:1850/1941 of 7lkpA

query
sites
7lkpA
A
 
A
V
 
V
A
 
D
E
 
R
L
 
L
D
 
C
L
 
V
Q
 
G
V
 
V
Q
 
R
K
 
P
G
 
G
H
 
E
I
 
C
Y
 
F
G
 
G
F
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
V
N
 
N
G
 
G
C
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
T
 
T
I
 
F
R
 
K
M
 
M
L
 
L
T
 
T
G
 
G
L
 
D
L
 
T
T
 
T
P
 
V
T
 
T
R
 
S
G
 
G
E
 
D
I
 
A
S
 
T
V
 
V
L
 
A
G
 
G
M
 
K
A
 
S
I
 
I
P
 
L
Q
 
T
Q
 
N
A
 
I
E
 
S
A
 
E
L
 
V
R
 
H
R
 
Q
R
 
N
I
 
M
G
 
G
Y
 
Y
M
 
C
T
 
P
Q
 
Q
K
 
F
F
 
D
S
 
A
L
 
I
Y
 
D
E
 
E
D
 
L
L
 
L
S
 
T
V
 
G
R
 
R
E
 
E
N
 
H
L
 
L
Q
 
Y
F
 
L
I
 
Y
A
 
A
D
 
R
I
 
L
Y
 
R
G
 
G
L
 
V
G
 
P
A
 
A
R
 
E
E
 
E
S
 
I
K
 
E
R
 
K
K
 
V
I
 
A
D
 
N
E
 
W
L
 
S
I
 
I
D
 
K
T
 
S
Y
 
L
H
 
G
L
 
L
D
 
T
A
 
V
Q
 
Y
R
 
A
Q
 
D
Q
 
C
L
 
L
A
 
A
G
 
G
T
 
T
L
 
Y
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
N
K
 
K
Q
 
R
R
 
K
L
 
L
G
 
S
L
 
T
A
 
A
C
 
I
A
 
A
C
 
L
I
 
I
N
 
G
E
 
C
P
 
P
E
 
P
L
 
L
L
 
V
F
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
S
 
T
A
 
G
V
 
M
D
 
D
P
 
P
Q
 
Q
N
 
A
R
 
R
R
 
R
D
 
M
F
 
L
W
 
W
E
 
N
Q
 
V
L
 
I
F
 
V
D
 
S
L
 
I
S
 
I
E
 
R
R
 
E
G
 
G
T
 
R
S
 
A
I
 
V
L
 
V
V
 
L
T
 
T
T
 
S
H
 
H
Y
 
S
M
 
M
D
 
E
E
 
E
A
 
C
Q
 
E
R
 
A
-
 
L
C
 
C
H
 
T
Q
 
R
L
 
L
A
 
A
I
 
I
M
 
M
E
 
V
S
 
K
G
 
G
H
 
A
I
 
F
R
 
R
A
 
C
K
 
M
G
 
G
N
 
T
P
 
I
Q
 
Q
A
 
H
L
 
L

Sites not aligning to the query:

P78363 Retinal-specific phospholipid-transporting ATPase ABCA4; ATP-binding cassette sub-family A member 4; RIM ABC transporter; RIM proteinv; RmP; Retinal-specific ATP-binding cassette transporter; Stargardt disease protein; EC 7.6.2.1 from Homo sapiens (Human) (see 43 papers)
38% identity, 60% coverage: 23:225/340 of query aligns to 1954:2157/2273 of P78363

query
sites
P78363
A
|
A
V
|
V
A
x
D
E
x
R
L
|
L
D
x
C
L
x
V
Q
x
G
V
|
V
Q
x
R
K
x
P
G
|
G
H
x
E
I
x
C
Y
x
F
G
|
G
F
x
L
L
|
L
G
|
G
P
x
V
N
|
N
G
|
G
C
x
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
T
|
T
I
x
F
R
x
K
M
|
M
L
|
L
T
|
T
G
|
G
L
x
D
L
x
T
T
|
T
P
x
V
T
|
T
R
x
S
G
|
G
E
x
D
I
x
A
S
x
T
V
|
V
L
x
A
G
|
G
M
x
K
A
x
S
I
|
I
P
x
L
Q
x
T
Q
x
N
A
x
I
E
x
S
A
x
E
L
x
V
R
x
H
R
x
Q
R
x
N
I
x
M
G
|
G
Y
|
Y
M
x
C
T
x
P