SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 5208228 FitnessBrowser__PV4:5208228 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 2 hits to proteins with known functional sites (download)

4rqoB Crystal structure of l-serine dehydratase from legionella pneumophila (see paper)
49% identity, 99% coverage: 2:450/455 of query aligns to 3:445/448 of 4rqoB

query
sites
4rqoB
V
 
I
S
 
S
A
 
V
F
 
F
D
 
D
I
 
L
F
 
F
K
 
S
I
 
I
G
 
G
V
 
I
G
 
G
P
 
P
S
 
S
S
 
S
S
 
S
H
 
H
T
 
T
V
 
V
G
 
G
P
 
P
M
 
M
K
 
L
A
 
A
A
 
A
K
 
N
G
 
A
F
 
F
V
 
L
D
 
Q
D
 
L
L
 
L
R
 
E
Q
 
Q
R
 
K
G
 
N
E
 
L
L
 
F
L
 
D
S
 
K
I
 
T
T
 
Q
S
 
R
V
 
V
K
 
K
V
 
V
D
 
E
I
 
L
Y
 
Y
G
 
G
S
 
S
L
 
L
S
 
A
L
 
L
T
 
T
G
 
G
K
 
K
G
 
G
H
 
H
H
 
G
T
 
T
D
 
D
S
 
K
A
 
A
I
 
I
I
 
L
M
 
N
G
 
G
L
 
L
A
 
E
G
 
N
N
 
K
S
 
A
P
 
P
E
 
E
T
 
T
V
 
V
D
 
D
I
 
P
D
 
A
L
 
S
T
 
M
P
 
I
E
 
P
F
 
R
I
 
M
R
 
H
Q
 
E
V
 
I
A
 
L
M
 
D
T
 
S
S
 
N
C
 
L
L
 
L
P
 
N
L
 
L
G
 
A
T
 
G
E
 
K
G
 
K
H
 
E
-
 
I
-
 
P
-
 
F
-
 
H
-
 
E
G
 
A
V
 
T
D
 
D
F
 
F
P
 
-
P
 
-
E
 
-
A
 
-
V
 
L
V
 
F
F
 
L
H
 
Q
P
 
K
E
 
E
A
 
L
L
 
L
A
 
P
L
 
K
H
 
H
E
 
S
N
 
N
G
 
G
M
 
M
T
 
R
L
 
F
S
 
S
A
 
A
Y
 
F
V
 
D
G
 
G
Q
 
N
-
 
A
Q
 
N
C
 
L
V
 
L
Y
 
I
H
 
E
K
 
Q
T
 
V
Y
 
Y
Y
 
Y
S
 
S
I
 
I
G
 
G
G
 
G
G
 
G
F
 
F
I
 
I
V
 
T
D
 
T
E
 
E
E
 
E
H
 
D
F
 
F
G
 
D
M
 
N
T
 
P
A
 
P
A
 
-
N
 
-
E
 
-
V
 
-
V
 
-
L
 
-
P
 
P
Y
 
Y
P
 
P
F
 
F
A
 
A
N
 
T
A
 
A
E
 
T
E
 
E
L
 
L
L
 
L
D
 
K
L
 
L
C
 
C
Q
 
K
E
 
K
T
 
H
G
 
H
M
 
L
S
 
T
I
 
I
S
 
A
A
 
E
I
 
L
M
 
M
M
 
L
A
 
V
N
 
N
E
 
E
R
 
K
A
 
T
L
 
W
H
 
R
S
 
S
E
 
T
A
 
A
H
 
E
I
 
I
A
 
H
E
 
K
G
 
G
F
 
I
E
 
L
A
 
D
V
 
I
W
 
A
H
 
K
T
 
V
M
 
M
K
 
D
E
 
D
A
 
C
I
 
I
E
 
N
R
 
N
G
 
G
C
 
C
H
 
K
T
 
H
E
 
D
G
 
G
V
 
V
L
 
L
A
 
P
G
 
G
P
 
G
L
 
L
R
 
N
V
 
L
P
 
K
R
 
R
R
 
R
A
 
A
P
 
P
A
 
D
L
 
L
F
 
Y
R
 
R
Q
 
K
L
 
L
-
 
I
-
 
E
A
 
Q
T
 
K
G
 
G
E
 
V
R
 
K
L
 
S
S
 
V
A
 
F
D
 
E
P
 
Q
M
 
S
M
 
D
I
 
I
V
 
M
D
 
N
W
 
H
V
 
L
N
 
N
M
 
L
F
 
Y
A
 
A
L
 
M
A
 
A
V
 
V
S
 
N
E
 
E
E
 
E
N
 
N
A
 
A
A
 
A
G
 
G
G
 
G
R
 
R
V
 
I
V
 
V
T
 
T
S
 
A
P
 
P
T
 
T
N
 
N
G
 
G
A
 
A
A
 
A
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
A
 
A
V
 
V
L
 
L
A
 
K
Y
 
Y
F
 
C
D
 
Q
K
 
Q
F
 
A
I
 
H
Q
 
D
P
 
R
V
 
M
G
 
S
P
 
N
K
 
E
E
 
D
Y
 
I
S
 
Y
R
 
T
Y
 
Y
F
 
F
L
 
L
A
 
T
A
 
A
A
 
A
A
 
A
I
 
I
G
 
G
G
 
I
L
 
L
Y
 
Y
K
 
K
R
 
K
N
 
-
A
 
-
S
 
-
I
 
-
S
 
S
G
 
G
A
 
A
E
 
E
V
 
V
G
 
G
C
|
C
Q
 
Q
G
 
G
E
 
E
V
|
V
G
 
G
V
 
V
A
 
A
C
 
S
S
 
S
M
 
M
A
 
A
A
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
L
A
 
T
E
 
A
L
 
V
M
 
L
G
 
G
G
 
G
N
 
T
P
 
I
A
 
E
Q
 
Q
V
 
V
C
 
E
I
 
N
A
 
A
A
 
A
E
 
E
I
 
I
G
 
A
M
 
M
E
 
E
H
 
H
N
 
H
L
 
L
G
 
G
L
 
M
T
 
T
C
|
C
D
 
D
P
 
P
V
 
V
A
 
L
G
 
G
Q
 
L
V
 
V
Q
 
Q
V
 
I
P
 
P
C
|
C
I
 
I
E
 
E
R
 
R
N
 
N
A
 
A
I
 
M
A
 
G
S
 
A
V
 
V
K
 
K
A
 
A
I
 
V
N
 
N
S
 
A
A
 
T
R
 
R
M
 
M
A
 
A
L
 
L
R
 
I
R
 
G
N
 
D
S
 
G
E
 
Q
P
 
H
R
 
Q
V
 
I
S
 
S
L
 
L
D
 
D
K
 
K
V
 
V
I
 
I
A
 
K
T
 
T
M
 
M
Y
 
K
E
 
Q
T
 
T
G
 
G
K
 
M
D
 
D
M
 
M
H
 
Q
V
 
S
K
 
I
Y
 
Y
R
 
K
E
 
E
T
 
T
S
 
S
Q
 
M
G
 
G
G
 
G
L
 
L
A
 
A
I
 
V
K
 
N
V
 
L

Sites not aligning to the query:

2iafA Crystal structure of a fragment (residues 11 to 161) of l-serine dehydratase from legionella pneumophila
41% identity, 31% coverage: 16:156/455 of query aligns to 1:138/140 of 2iafA

query
sites
2iafA
S
 
S
S
 
S
H
 
H
T
 
T
V
 
V
G
 
G
P
 
P
M
 
M
K
 
L
A
 
A
A
 
A
K
 
N
G
 
A
F
 
F
V
 
L
D
 
Q
D
 
L
L
 
L
R
 
E
Q
 
Q
R
 
K
G
 
N
E
 
L
L
 
F
L
 
D
S
 
K
I
 
T
T
 
Q
S
 
R
V
 
V
K
 
K
V
 
V
D
 
E
I
 
L
Y
 
Y
G
 
G
S
 
S
L
 
L
S
 
A
L
 
L
T
 
T
G
 
G
K
 
K
G
 
G
H
 
H
H
 
G
T
 
T
D
 
D
S
 
K
A
 
A
I
 
I
I
 
L
M
 
N
G
 
G
L
 
L
A
 
E
G
 
N
N
 
K
S
 
A
P
 
P
E
 
E
T
 
S
V
 
-
D
 
-
I
 
-
D
 
-
L
 
M
T
 
I
P
 
P
E
 
R
F
 
-
I
 
M
R
 
H
Q
 
E
V
 
I
A
x
L
M
x
D
T
 
S
S
x
N
C
 
L
L
 
L
P
 
N
L
 
L
G
 
A
T
 
G
E
 
K
G
 
K
-
 
E
-
 
I
-
 
P
-
 
F
-
 
H
H
 
E
G
 
A
V
 
T
D
 
D
F
 
F
P
 
-
P
 
-
E
 
-
A
 
-
V
 
L
V
 
F
F
 
L
H
 
Q
P
 
K
E
 
E
A
 
L
L
 
L
A
 
P
L
 
K
H
 
H
E
 
S
N
 
N
G
 
G
M
 
M
T
 
R
L
 
F
S
 
S
A
 
A
Y
 
F
V
 
D
G
 
G
Q
 
N
-
 
A
Q
 
N
C
 
L
V
 
L
Y
 
I
H
 
E
K
 
Q
T
 
V
Y
 
Y
Y
 
Y
S
 
S
I
 
I
G
 
G
G
 
G
G
 
G
F
 
F
I
 
I
V
 
T
D
 
T
E
 
E
E
 
E
H
 
D
F
 
F

Query Sequence

>5208228 FitnessBrowser__PV4:5208228
MVSAFDIFKIGVGPSSSHTVGPMKAAKGFVDDLRQRGELLSITSVKVDIYGSLSLTGKGH
HTDSAIIMGLAGNSPETVDIDLTPEFIRQVAMTSCLPLGTEGHGVDFPPEAVVFHPEALA
LHENGMTLSAYVGQQCVYHKTYYSIGGGFIVDEEHFGMTAANEVVLPYPFANAEELLDLC
QETGMSISAIMMANERALHSEAHIAEGFEAVWHTMKEAIERGCHTEGVLAGPLRVPRRAP
ALFRQLATGERLSADPMMIVDWVNMFALAVSEENAAGGRVVTSPTNGAAGIIPAVLAYFD
KFIQPVGPKEYSRYFLAAAAIGGLYKRNASISGAEVGCQGEVGVACSMAAAGLAELMGGN
PAQVCIAAEIGMEHNLGLTCDPVAGQVQVPCIERNAIASVKAINSARMALRRNSEPRVSL
DKVIATMYETGKDMHVKYRETSQGGLAIKVTSICA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory