SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 5208392 FitnessBrowser__PV4:5208392 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 4 hits to proteins with known functional sites (download)

5ys3A 1.8 angstrom crystal structure of succinate-acetate permease from citrobacter koseri (see paper)
63% identity, 98% coverage: 4:187/188 of query aligns to 1:184/188 of 5ys3A

query
sites
5ys3A
K
 
K
L
 
L
A
 
A
N
 
N
P
 
P
A
 
A
P
 
P
L
 
L
G
 
G
L
 
L
M
 
M
G
 
G
F
 
F
G
 
G
M
 
M
T
 
T
T
 
T
V
 
I
L
 
L
L
 
L
N
 
N
I
 
L
H
 
H
N
 
N
A
 
A
G
 
G
F
 
F
F
 
F
A
 
A
I
 
L
D
 
D
A
 
G
M
 
I
I
 
I
L
 
L
A
 
A
M
 
M
G
 
G
I
 
I
F
 
F
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
L
 
I
G
 
A
Q
 
Q
V
 
I
L
 
F
V
 
A
G
 
G
M
 
L
M
 
L
C
 
E
F
 
Y
K
 
K
R
 
K
G
 
G
D
 
N
T
 
T
F
 
F
G
 
G
T
 
L
T
 
T
A
 
A
F
 
F
T
 
T
S
 
S
Y
 
Y
G
 
G
L
 
S
F
 
F
W
 
W
L
 
L
T
 
T
L
 
L
V
 
V
G
 
A
L
 
I
I
 
L
M
 
L
L
 
M
P
 
P
K
 
K
L
 
M
G
 
G
L
 
L
A
 
T
A
 
E
A
 
A
S
 
P
P
 
N
S
 
A
H
 
Q
F
 
F
M
 
L
G
 
G
W
 
A
Y
 
Y
L
 
L
S
 
G
L
 
L
W
 
W
G
|
G
L
 
V
F
 
F
T
 
T
A
 
L
F
 
F
M
 
M
F
 
F
V
 
F
G
 
G
S
 
T
L
 
L
R
 
K
Y
 
A
P
 
A
R
 
R
A
 
A
K
 
L
Q
 
Q
V
 
F
V
 
V
F
 
F
G
 
L
S
 
S
L
 
L
T
 
T
I
 
V
L
 
L
F
 
F
F
x
A
L
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
F
R
 
G
D
 
N
F
x
I
T
 
A
G
 
G
S
 
N
E
 
E
L
 
A
I
 
V
G
 
I
M
 
H
I
 
V
A
 
A
G
 
G
F
 
W
E
 
I
G
 
G
I
 
L
F
 
V
C
 
C
G
 
G
A
 
A
S
 
S
A
 
A
I
 
I
Y
 
Y
F
 
L
A
 
A
M
 
M
A
 
G
Q
 
E
V
 
V
L
 
L
N
 
N
Q
 
E
E
 
Q
Y
 
F
G
 
G
R
 
R
V
 
T
I
 
I
L
 
L
P
 
P
I
 
I
G
 
G
E
 
E
V
 
A
K
 
H

5ys8A 2.8 angstrom crystal structure of succinate-acetate permease from citrobacter koseri (see paper)
63% identity, 96% coverage: 5:185/188 of query aligns to 1:181/182 of 5ys8A

query
sites
5ys8A
L
 
L
A
 
A
N
 
N
P
 
P
A
 
A
P
 
P
L
 
L
G
 
G
L
 
L
M
 
M
G
 
G
F
 
F
G
 
G
M
 
M
T
 
T
T
|
T
V
 
I
L
 
L
L
 
L
N
 
N
I
 
L
H
 
H
N
 
N
A
 
A
G
 
G
F
 
F
F
 
F
A
 
A
I
 
L
D
 
D
A
 
G
M
 
I
I
 
I
L
 
L
A
 
A
M
 
M
G
 
G
I
 
I
F
 
F
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
L
 
I
G
 
A
Q
 
Q
V
 
I
L
 
F
V
 
A
G
 
G
M
 
L
M
 
L
C
 
E
F
 
Y
K
 
K
R
 
K
G
 
G
D
 
N
T
 
T
F
|
F
G
 
G
T
 
L
T
 
T
A
 
A
F
|
F
T
 
T
S
 
S
Y
 
Y
G
 
G
L
 
S
F
|
F
W
|
W
L
 
L
T
 
T
L
 
L
V
 
V
G
 
A
L
 
I
I
 
L
M
 
L
L
 
M
P
 
P
K
 
K
L
 
M
G
 
G
L
 
L
A
 
T
A
 
E
A
 
A
S
 
P
P
 
N
S
 
A
H
 
Q
F
 
F
M
 
L
G
 
G
W
 
A
Y
 
Y
L
 
L
S
 
G
L
 
L
W
 
W
G
 
G
L
 
V
F
 
F
T
 
T
A
 
L
F
 
F
M
 
M
F
 
F
V
 
F
G
 
G
S
 
T
L
 
L
R
 
K
Y
 
A
P
 
A
R
 
R
A
 
A
K
 
L
Q
 
Q
V
 
F
V
 
V
F
|
F
G
 
L
S
 
S
L
 
L
T
 
T
I
 
V
L
 
L
F
|
F
F
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
F
R
 
G
D
 
N
F
 
I
T
 
A
G
 
G
S
 
N
E
 
E
L
 
A
I
 
V
G
 
I
M
 
H
I
 
V
A
 
A
G
 
G
F
 
W
E
 
I
G
 
G
I
 
L
F
 
V
C
 
C
G
 
G
A
 
A
S
 
S
A
 
A
I
 
I
Y
 
Y
F
 
L
A
 
A
M
 
M
A
 
G
Q
 
E
V
 
V
L
 
L
N
 
N
Q
 
E
E
 
Q
Y
 
F
G
 
G
R
 
R
V
 
T
I
 
I
L
 
L
P
 
P
I
 
I
G
 
G
E
 
E

P0AC98 Succinate-acetate/proton symporter SatP; Succinate-acetate transporter protein from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
61% identity, 98% coverage: 2:185/188 of query aligns to 3:186/188 of P0AC98

query
sites
P0AC98
S
 
N
T
 
T
K
 
K
L
 
L
A
 
A
N
 
N
P
 
P
A
 
A
P
 
P
L
 
L
G
 
G
L
 
L
M
 
M
G
 
G
F
 
F
G
 
G
M
 
M
T
 
T
T
 
T
V
 
I
L
 
L
L
 
L
N
 
N
I
 
L
H
 
H
N
 
N
A
 
V
G
 
G
F
 
Y
F
 
F
A
 
A
I
 
L
D
 
D
A
 
G
M
 
I
I
 
I
L
 
L
A
 
A
M
 
M
G
 
G
I
 
I
F
 
F
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
L
 
I
G
 
A
Q
 
Q
V
 
I
L
 
F
V
 
A
G
 
G
M
 
L
M
 
L
C
 
E
F
 
Y
K
 
K
R
 
K
G
 
G
D
 
N
T
 
T
F
 
F
G
 
G
T
 
L
T
 
T
A
 
A
F
 
F
T
 
T
S
 
S
Y
 
Y
G
 
G
L
 
S
F
 
F
W
 
W
L
 
L
T
 
T
L
 
L
V
 
V
G
 
A
L
 
I
I
 
L
M
 
L
L
 
M
P
 
P
K
 
K
L
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
T
A
 
D
A
 
A
S
 
P
P
 
N
S
 
A
H
 
Q
F
 
F
M
 
L
G
 
G
W
 
V
Y
 
Y
L
 
L
S
 
G
L
 
L
W
 
W
G
 
G
L
 
V
F
 
F
T
 
T
A
 
L
F
 
F
M
 
M
F
 
F
V
 
F
G
 
G
S
 
T
L
 
L
R
 
K
Y
 
G
P
 
A
R
 
R
A
 
V
K
 
L
Q
 
Q
V
 
F
V
 
V
F
 
F
G
 
F
S
 
S
L
|
L
T
 
T
I
 
V
L
 
L
F
 
F
F
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
I
R
 
G
D
 
N
F
 
I
T
 
A
G
 
G
S
 
N
E
 
A
L
 
A
I
 
I
G
 
I
M
 
H
I
 
F
A
 
A
G
 
G
F
 
W
E
 
I
G
 
G
I
 
L
F
 
I
C
 
C
G
 
G
A
 
A
S
 
S
A
|
A
I
 
I
Y
 
Y
F
 
L
A
 
A
M
 
M
A
 
G
Q
 
E
V
 
V
L
 
L
N
 
N
Q
 
E
E
 
Q
Y
 
F
G
 
G
R
 
R
V
 
T
I
 
V
L
 
L
P
 
P
I
 
I
G
 
G
E
 
E

P41943 Glyoxylate pathway regulator from Yarrowia lipolytica (strain CLIB 122 / E 150) (Yeast) (Candida lipolytica) (see paper)
31% identity, 91% coverage: 2:173/188 of query aligns to 74:251/270 of P41943

query
sites
P41943
S
|
S
T
 
R
K
 
K
L
 
F
A
 
G
N
 
N
P
 
P
A
 
A
P
 
P
L
 
L
G
 
G
L
 
L
M
 
S
G
 
A
F
 
F
G
 
A
M
 
L
T
 
T
T
 
T
V
 
L
L
 
V
L
 
F
N
 
S
I
 
L
H
 
C
N
 
T
A
 
V
G
 
Q
F
 
A
F
 
R
A
 
G
I
 
V
D
 
P
A
 
N
M
 
P
I
 
S
L
 
I
A
 
A
M
 
V
G
 
G
I
 
L
-
 
A
-
 
L
F
 
F
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
L
 
V
G
 
C
Q
 
Q
V
 
F
L
 
A
V
 
A
G
 
G
M
 
M
M
 
W
C
 
E
F
 
F
K
 
V
R
 
Q
G
 
E
D
 
N
T
 
T
F
 
F
G
 
G
T
 
A
T
 
A
A
 
A
F
 
L
T
 
T
S
 
S
Y
 
Y
G
 
G
L
 
G
F
 
F
W
 
W
L
 
M
T
 
S
L
 
W
V
 
A
G
 
A
L
 
-
I
 
I
M
 
E
L
 
M
P
 
N
K
 
A
L
 
F
G
 
G
L
 
I
A
 
K
A
 
D
A
 
S
-
 
Y
-
 
N
S
 
D
P
 
P
-
 
I
-
 
E
-
 
V
S
 
Q
H
 
N
F
 
A
M
 
V
G
 
G
W
 
I
Y
 
Y
L
 
L
S
 
F
L
 
G
W
 
W
G
 
F
L
 
I
F
 
F
T
 
T
A
 
L
F
 
M
M
 
L
F
 
T
V
 
L
G
 
C
S
 
T
L
 
L
R
 
K
Y
 
S
P
 
T
R
 
V
A
 
A
K
 
F
Q
 
F
V
 
G
V
 
L
F
 
F
G
 
F
S
 
M
L
 
L
T
 
M
I
 
M
L
 
T
F
 
F
F
 
L
L
 
V
L
 
L
A
 
A
A
 
C
R
 
A
D
 
N
F
 
V
T
 
T
G
 
Q
S
 
H
E
 
H
L
 
G
I
 
T
G
 
A
M
 
I
I
 
G
A
 
G
G
 
G
F
 
W
E
 
L
G
 
G
I
 
I
F
 
I
C
 
T
G
 
A
A
 
F
S
 
F
A
 
G
I
 
F
Y
 
Y
F
 
N
A
 
A
M
 
Y
A
 
A
Q
 
G
V
 
L
L
 
A
N
 
N

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>5208392 FitnessBrowser__PV4:5208392
MSTKLANPAPLGLMGFGMTTVLLNIHNAGFFAIDAMILAMGIFYGGLGQVLVGMMCFKRG
DTFGTTAFTSYGLFWLTLVGLIMLPKLGLAAASPSHFMGWYLSLWGLFTAFMFVGSLRYP
RAKQVVFGSLTILFFLLAARDFTGSELIGMIAGFEGIFCGASAIYFAMAQVLNQEYGRVI
LPIGEVKA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory