SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 5208407 FitnessBrowser__PV4:5208407 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

8arvA Structure of the eal domain of bifa from pseudomonas aeruginosa (see paper)
35% identity, 34% coverage: 422:662/707 of query aligns to 1:248/255 of 8arvA

query
sites
8arvA
N
 
E
L
 
L
E
 
E
K
 
K
T
 
D
I
 
L
K
 
R
-
 
D
A
 
A
V
 
L
L
 
Q
N
 
R
G
 
H
E
 
E
L
 
L
L
 
H
L
 
L
Y
 
V
Y
 
Y
Q
 
Q
P
 
P
K
 
Q
I
 
V
S
 
D
L
 
Y
S
 
R
D
 
D
R
 
H
R
 
R
V
 
V
V
 
V
G
 
G
Y
 
V
E
|
E
A
 
A
L
 
L
L
 
L
R
 
R
L
 
W
R
 
Q
N
 
H
E
 
P
-
 
L
R
 
H
G
 
G
Q
 
F
V
 
V
E
 
P
G
 
P
P
 
D
Y
 
L
F
 
F
I
 
I
P
 
P
A
 
L
F
 
A
D
 
E
Q
 
Q
A
 
N
G
 
G
Y
 
S
S
 
I
N
 
F
L
 
S
I
 
I
D
 
G
S
 
E
F
 
W
V
 
V
I
 
L
R
 
D
R
 
Q
L
 
A
R
 
C
D
 
R
D
 
Q
L
 
L
Q
 
R
A
 
E
W
 
W
A
 
H
K
 
D
Q
 
Q
G
 
G
F
 
F
Y
 
D
P
 
D
-
 
L
R
 
R
V
 
M
S
 
A
I
 
V
N
|
N
L
 
L
N
 
S
P
 
T
-
 
V
-
 
Q
-
 
L
-
 
H
N
 
H
S
 
N
V
 
A
L
 
L
S
 
P
Q
 
R
D
 
-
V
 
V
Q
 
V
S
 
S
M
 
N
L
 
L
I
 
L
E
 
Q
L
 
V
L
 
Y
G
 
R
D
 
L
M
 
P
A
 
A
D
 
R
R
 
S
V
 
L
D
 
E
I
 
L
E
|
E
V
 
V
L
 
T
E
 
E
S
 
T
M
 
G
F
 
L
V
 
M
A
 
E
D
 
D
L
 
I
T
 
S
A
 
T
V
 
A
E
 
A
A
 
Q
S
 
H
M
 
L
A
 
L
Y
 
S
L
 
L
R
 
R
Q
 
R
Y
 
A
G
 
G
F
 
A
S
 
L
F
 
I
V
 
A
L
 
I
D
|
D
D
 
D
F
 
F
G
 
G
T
 
T
G
 
G
F
 
Y
S
 
S
S
 
S
I
 
L
S
 
S
L
 
Y
L
 
L
S
 
K
K
 
S
I
 
L
T
 
P
I
 
L
D
 
D
G
 
K
V
 
I
K
 
K
L
 
I
D
 
D
R
 
K
S
 
S
I
 
F
L
 
V
E
 
Q
N
 
D
T
 
L
G
 
L
H
 
Q
H
 
D
K
 
E
G
 
D
Q
 
D
-
 
A
V
 
T
L
 
I
Y
 
V
R
 
R
H
 
A
T
 
I
C
 
I
M
 
Q
L
 
L
C
 
G
R
 
K
S
 
S
L
 
L
G
 
G
F
 
M
N
 
Q
L
 
V
V
 
I
A
 
A
E
 
E
G
 
G
V
 
V
E
 
E
T
 
T
K
 
A
A
 
E
E
 
Q
E
 
E
A
 
A
F
 
Y
V
 
I
A
 
I
S
 
A
A
 
E
G
 
G
V
 
C
S
 
N
T
 
E
V
 
G
Q
 
Q
G
 
G
W
 
Y
L
 
L
Y
 
Y
A
 
S
K
 
K
A
 
P
M
 
L
P
 
P
A
 
A
A
 
R
E
 
E
A
 
L
K
 
T
R
 
Q
Y
 
Y

4rnhA Pamora tandem diguanylate cyclase - phosphodiesterase, c-di-gmp complex (see paper)
31% identity, 34% coverage: 420:658/707 of query aligns to 172:417/423 of 4rnhA

query
sites
4rnhA
N
 
R
L
 
L
N
 
E
L
 
L
E
 
E
K
 
S
T
 
D
I
 
L
K
 
R
A
 
R
V
 
A
L
 
L
N
 
E
-
 
L
G
 
G
E
 
E
L
 
F
L
 
V
L
 
L
Y
 
H
Y
 
Y
Q
|
Q
P
 
P
K
 
Q
I
 
F
S
 
T
L
 
G
S
 
D
D
 
G
R
 
R
R
 
R
V
 
L
V
 
T
G
 
G
Y
 
A
E
|
E
A
 
A
L
|
L
L
|
L
R
|
R
L
 
W
R
 
Q
N
 
H
-
 
P
E
 
R
R
 
R
G
 
G
Q
 
L
V
 
V
E
 
P
G
x
P
P
 
S
Y
 
E
F
 
F
I
 
I
P
 
P
A
 
V
F
 
L
D
 
E
Q
 
E
A
 
I
G
 
G
Y
 
L
S
 
V
N
 
A
L
 
Q
I
 
V
D
 
G
S
 
D
F
 
W
V
 
L
I
 
L
R
 
A
R
 
E
L
 
A
R
 
C
D
 
K
D
 
Q
L
 
L
Q
 
R
A
 
S
W
 
W
A
 
H
K
 
K
Q
 
A
G
 
K
F
 
V
Y
 
R
-
 
V
P
 
P
R
 
K
V
 
V
S
 
S
I
 
V
N
|
N
L
 
L
N
 
S
P
 
A
-
 
R
-
 
Q
-
 
F
-
 
A
N
 
D
S
 
G
V
 
Q
L
 
L
S
 
G
Q
 
E
D
 
R
V
 
I
Q
 
A
S
 
A
M
 
I
L
 
L
I
 
Y
E
 
E
L
 
T
L
 
-
G
 
G
D
 
I
M
 
P
A
 
P
D
 
A
R
 
C
V
 
L
D
 
E
I
 
L
E
|
E
V
 
L
L
 
T
E
 
E
S
 
S
M
 
I
F
 
L
V
 
M
A
 
S
D
 
D
L
 
V
T
 
A
A
 
E
V
 
A
E
 
M
A
 
Q
S
 
I
M
 
L
A
 
S
Y
 
G
L
 
L
R
 
K
Q
 
R
Y
 
L
G
 
G
F
 
L
S
 
A
F
 
I
V
 
A
L
 
V
D
|
D
D
 
D
F
 
F
G
 
G
T
 
T
G
 
G
F
 
Y
S
 
S
S
 
S
I
 
L
S
 
N
L
 
Y
L
 
L
S
 
K
K
 
Q
I
 
F
T
 
P
I
 
I
D
 
D
G
 
V
V
 
L
K
 
K
L
 
I
D
 
D
R
|
R
S
 
S
I
 
F
L
 
V
E
 
D
N
 
G
T
 
L
G
 
P
H
 
H
-
 
G
H
 
E
K
 
Q
G
 
D
Q
 
A
V
 
Q
L
 
I
Y
 
A
R
 
R
H
 
A
T
 
I
C
 
I
M
 
A
L
 
M
C
 
A
R
 
H
S
 
S
L
 
L
G
 
N
F
 
L
N
 
M
L
 
V
V
 
I
A
 
A
E
 
E
G
|
G
V
 
V
E
|
E
T
 
S
K
 
Q
A
 
A
E
 
Q
E
 
L
A
 
D
F
 
F
V
 
L
A
 
R
S
 
E
A
 
H
G
 
G
V
 
C
S
 
D
T
 
E
V
 
V
Q
 
Q
G
|
G
W
x
Y
L
 
L
Y
 
F
A
 
G
K
 
R
A
 
P
M
 
M
P
 
P
A
 
A
A
 
E
E
 
Q

3qnqD Crystal structure of the transporter chbc, the iic component from the n,n'-diacetylchitobiose-specific phosphotransferase system (see paper)
26% identity, 52% coverage: 12:378/707 of query aligns to 20:420/436 of 3qnqD

query
sites
3qnqD
L
 
L
I
 
L
A
 
A
I
 
I
K
 
R
E
x
D
S
 
G
F
 
L
I
 
V
A
 
L
L
 
T
L
 
M
P
|
P
F
 
F
I
 
L
F
 
I
V
 
I
N
 
G
S
 
S
L
 
I
L
 
F
A
 
L
L
 
I
I
 
I
V
 
S
A
 
T
L
 
L
-
 
P
-
 
I
-
 
P
-
 
G
-
 
Y
-
 
S
-
 
E
-
 
F
-
 
M
V
 
A
D
 
S
V
 
L
W
 
F
Q
 
G
P
 
K
S
 
N
W
 
W
Q
 
N
G
 
V
S
 
A
A
 
L
A
 
G
Y
 
Y
A
 
P
W
 
V
L
 
S
S
 
A
Q
 
T
F
 
F
G
 
-
R
 
-
L
 
-
L
 
-
F
 
-
S
 
N
F
 
I
F
 
M
P
 
A
L
 
L
M
 
I
A
 
A
L
 
V
L
 
F
S
 
G
L
 
I
S
 
A
F
 
Y
H
x
R
F
 
L
A
 
G
K
 
E
Y
 
Y
L
 
Y
H
 
K
V
 
V
S
 
D
A
 
A
V
 
L
V
 
A
V
 
S
A
 
G
S
 
A
L
 
L
S
 
S
I
 
L
G
 
V
S
 
T
-
 
F
-
 
L
-
 
L
-
 
A
-
 
T
-
 
P
-
 
F
Q
 
Q
I
 
V
A
 
A
L
 
Y
H
 
I
I
 
M
H
 
P
G
 
G
S
 
T
E
 
K
A
 
E
I
 
S
D
 
I
L
 
L
S
 
V
N
 
D
G
 
G
F
 
V
-
 
I
-
 
P
D
 
A
F
 
A
L
 
L
F
 
M
G
 
G
D
 
S
A
 
Q
R
 
G
-
 
L
-
 
F
-
 
V
-
 
A
-
 
M
-
 
I
-
 
I
A
 
A
I
 
I
I
 
I
T
 
S
P
 
T
I
 
E
L
 
I
V
 
Y
A
 
R
Y
 
F
L
 
L
L
 
V
Q
 
Q
R
 
K
L
 
K
M
 
M
A
 
I
I
 
I
K
 
K
A
 
M
L
 
P
S
 
E
L
 
T
L
 
V
Q
 
P
S
x
P
T
 
A
S
 
V
L
 
T
S
x
R
S
 
S
Y
 
-
L
 
-
K
 
-
L
 
-
H
 
-
L
 
-
N
 
-
L
 
-
F
 
F
I
 
A
P
 
A
L
 
L
I
 
I
L
 
P
C
 
G
F
 
F
V
 
I
L
 
V
V
 
V
T
 
T
T
 
-
G
 
-
I
 
V
Y
 
V
W
 
W
V
 
I
G
 
I
E
 
R
L
 
L
L
 
I
-
 
F
-
 
E
-
 
H
-
 
T
-
 
T
-
 
F
-
 
G
-
 
S
-
 
I
-
 
H
-
 
N
-
 
V
-
 
V
G
 
G
M
 
K
V
 
L
L
 
L
S
 
Q
P
 
E
L
 
P
V
 
L
D
 
S
S
 
I
L
 
L
A
 
G
A
 
A
S
 
S
S
 
-
T
 
-
L
 
L
L
 
W
Q
 
G
L
 
A
F
 
V
V
 
I
R
 
A
V
 
V
L
 
I
A
 
L
T
 
V
H
 
H
V
 
V
L
 
L
W
 
W
C
 
A
F
 
C
G
 
G
V
 
I
H
 
H
G
 
G
D
 
A
I
 
-
A
 
-
Y
 
-
M
 
T
L
 
I
V
 
V
L
 
G
G
 
G
V
 
V
D
 
M
N
 
S
G
 
P
L
 
I
Q
 
W
-
 
L
-
 
S
-
 
L
-
 
M
-
 
D
-
 
Q
-
 
N
-
 
R
-
 
I
-
 
A
-
 
F
-
 
Q
-
 
A
-
 
G
Q
 
Q
V
 
D
A
 
V
P
 
P
N
 
N
L
 
T
T
 
I
L
 
T
S
 
A
Q
 
Q
F
 
F
T
 
F
D
 
D
L
 
L
F
 
W
V
 
I
L
 
Y
L
 
M
G
 
G
G
 
G
S
 
S
G
 
G
A
 
A
T
 
T
H
 
L
S
 
A
L
 
L
L
 
V
I
 
V
A
 
G
L
 
M
F
 
L
I
 
L
A
 
F
S
 
A
K
 
R
D
 
S
K
 
Q
N
 
Q
A
 
L
V
 
K
N
 
S
V
 
L
A
 
G
K
 
R
L
 
L
A
 
S
L
 
I
P
 
A
F
 
P
A
 
G
L
 
I
F
 
F
N
 
N
I
 
I
N
 
N
E
 
E
I
 
M
L
 
V
I
 
T
Y
 
F
G
 
G
L
 
M
P
 
P
I
 
I
I
 
V
F
 
M
N
 
N
P
 
P
R
 
L
L
 
L
M
 
L
L
 
I
P
 
P
F
 
F
V
 
I
L
 
V
V
 
V
P
 
P
L
 
V
F
 
V
N
 
L
T
 
T
L
 
I
I
 
V
G
 
S
T
 
Y
L
 
F
L
 
A
I
 
M
V
 
E
S
 
W
G
 
G
W
 
L
V
 
V
S
 
A
F
 
R
-
 
P
A
 
S
G
 
G
N
 
A
D
 
A
F
 
V
A
 
T
W
 
W
I
 
T
T
 
T
P
 
P
I
 
I
F
 
L
L
 
F
N
 
S
G
 
G
Y
 
Y
V
 
L
-
 
G
A
 
S
G
 
G
G
 
G
T
 
K
L
 
I
A
 
S
L
 
G
P
 
V
L
 
I
V
 
L
Q
 
Q
L
 
L
L
 
V
L
 
N
V
 
F
C
 
A
A
 
L
G
 
A
V
 
F
F
 
V
I
 
I
Y
 
Y
L
 
L
P
 
P
F
 
F
V
 
L
R
 
K
R
 
I
Y
 
W

3n3tB Crystal structure of putative diguanylate cyclase/phosphodiesterase complex with cyclic di-gmp (see paper)
32% identity, 32% coverage: 428:656/707 of query aligns to 12:248/261 of 3n3tB

query
sites
3n3tB
K
 
Q
A
 
A
V
 
L
L
 
E
N
 
R
G
 
N
E
 
E
L
 
L
L
 
V
L
 
L
Y
 
H
Y
 
Y
Q
|
Q
P
 
P
K
 
I
I
 
V
S
 
E
L
 
L
S
 
A
D
 
S
R
 
G
R
 
R
V
 
I
V
 
V
G
 
G
Y
 
G
E
|
E
A
 
A
L
|
L
L
x
V
R
|
R
L
 
W
R
 
E
N
 
D
-
 
P
E
 
E
R
 
R
G
 
G
Q
 
L
V
 
V
E
 
M
G
x
P
P
 
S
Y
 
A
F
 
F
I
 
I
P
 
P
A
 
A
F
 
A
D
 
E
Q
 
D
A
 
T
G
 
G
Y
 
L
S
 
I
N
 
V
L
 
A
I
 
L
D
 
S
S
 
D
F
 
W
V
 
V
I
 
L
R
 
E
R
 
A
L
 
C
R
 
C
D
 
T
D
 
Q
L
 
L
Q
 
R
A
 
A
W
 
W
A
 
Q
K
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
F
 
R
Y
 
A
P
 
A
-
 
D
-
 
D
-
 
L
R
 
T
V
 
L
S
 
S
I
 
V
N
|
N
L
 
I
N
 
S
P
 
T
N
 
R
S
 
Q
V
 
F
L
 
E
S
 
G
Q
 
E
D
 
H
V
 
L
Q
 
T
S
 
R
M
 
A
L
 
V
I
 
D
E
 
R
L
 
A
L
 
L
-
 
A
-
 
R
-
 
S
G
 
G
D
 
L
M
 
R
A
 
P
D
 
D
R
 
C
V
 
L
D
 
E
I
 
L
E
|
E
V
 
I
L
 
T
E
 
E
S
 
N
M
 
V
F
 
M
V
 
L
A
 
V
D
 
M
L
 
T
T
 
D
A
 
E
V
 
V
E
 
R
A
 
T
S
 
C
M
 
L
A
 
D
Y
 
A
L
 
L
R
 
R
Q
 
A
Y
 
R
G
 
G
F
 
V
S
 
R
F
 
L
V
 
A
L
 
L
D
|
D
D
|
D
F
 
F
G
 
G
T
 
T
G
 
G
F
 
Y
S
 
S
S
 
S
I
 
L
S
 
S
L
 
Y
L
 
L
S
 
S
K
 
Q
I
 
L
T
 
P
I
 
F
D
 
H
G
 
G
V
 
L
K
 
K
L
 
I
D
 
D
R
x
Q
S
 
S
I
 
F
L
 
V
E
 
R
N
 
K
T
 
I
G
 
P
H
 
A
H
 
H
K
 
P
G
 
S
Q
 
E
V
 
T
L
 
Q
Y
 
I
R
 
V
H
 
T
T
 
T
C
 
I
M
 
L
-
 
A
L
 
L
C
 
A
R
 
R
S
 
G
L
 
L
G
 
G
F
 
M
N
 
E
L
 
V
V
 
V
A
 
A
E
|
E
G
|
G
V
 
I
E
|
E
T
 
T
K
 
A
A
 
Q
E
 
Q
E
 
Y
A
 
A
F
 
F
V
 
L
A
 
R
S
 
D
A
 
R
G
 
G
V
 
C
S
 
E
T
 
F
V
 
G
Q
 
Q
G
|
G
W
x
N
L
 
L
Y
 
M
A
 
S
K
 
T
A
 
P
M
 
Q
P
 
A
A
 
A

Q55434 Phytochrome-like protein cph2; Bacteriophytochrome cph2 from Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (see paper)
28% identity, 35% coverage: 409:656/707 of query aligns to 596:850/1276 of Q55434

query
sites
Q55434
Y
 
Y
A
 
R
R
 
P
Q
 
Q
Q
 
D
S
 
S
E
 
A
D
 
P
L
 
M
A
 
L
A
 
D
N
 
R
L
 
L
N
 
T
L
 
L
E
 
E
K
 
S
T
 
D
I
 
L
K
 
R
-
 
Q
A
 
A
V
 
L
L
 
T
N
 
N
G
 
Q
E
 
E
L
 
F
L
 
V
L
 
L
Y
 
Y
Y
 
F
Q
 
Q
P
 
P
K
 
Q
I
 
V
S
 
A
L
 
L
S
 
D
D
 
T
R
 
G
R
 
K
V
 
L
V
 
L
G
 
G
Y
 
V
E
 
E
A
 
A
L
 
L
L
 
V
R
 
R
L
 
W
R
 
Q
N
 
H
E
 
P
R
 
R
-
 
L
G
 
G
Q
 
Q
V
 
V
E
 
A
G
 
P
P
 
D
Y
 
V
F
 
F
I
 
I
P
 
P
A
 
L
F
 
A
D
 
E
Q
 
E
A
 
L
G
 
G
Y
 
L
S
 
I
N
 
N
L
 
H
I
 
L
D
 
G
S
 
Q
F
 
W
V
 
V
I
 
L
R
 
E
R
 
T
L
 
A
R
 
C
D
 
A
D
 
T
L
 
H
Q
 
Q
A
 
H
W
 
F
A
 
F
K
 
R
Q
 
E
-
 
T
G
 
G
F
 
R
Y
 
R
P
 
L
R
 
R
V
 
M
S
 
A
I
 
V
N
 
N
L
 
I
N
 
S
P
 
A
N
 
R
S
 
Q
V
 
F
L
 
Q
S
 
D
Q
 
E
D
 
K
V
 
W
Q
 
L
S
 
N
M
 
S
L
 
V
I
 
L
E
 
E
L
 
C
L
 
L
-
 
K
-
 
R
-
 
T
G
 
G
D
 
M
M
 
P
A
 
P
D
 
E
R
 
D
V
 
L
D
 
E
I
 
L
E
 
E
V
 
I
L
 
T
E
 
E
S
 
S
M
 
L
F
 
M
V
 
M
A
 
E
D
 
D
L
 
I
T
 
K
A
 
G
V
 
T
E
 
V
A
 
V
S
 
L
M
 
L
A
 
H
Y
 
R
L
 
L
R
 
R
Q
 
E
Y
 
E
G
 
G
F
 
V
S
 
Q
F
 
V
V
 
A
L
 
I
D
 
D
D
 
D
F
 
F
G
 
G
T
 
T
G
 
G
F
 
Y
S
 
S
S
 
S
I
 
L
S
 
S
L
 
I
L
 
L
S
 
K
K
 
Q
I
 
L
T
 
P
I
 
I
D
 
H
G
 
R
V
 
L
K
 
K
L
 
I
D
 
D
R
 
K
S
 
S
I
 
F
L
 
V
E
 
N
-
 
D
-
 
L
-
 
L
N
 
N
T
 
E
G
 
G
H
 
A
H
 
D
K
 
T
G
 
A
Q
 
I
V
 
I
L
 
Q
Y
 
Y
R
 
-
H
 
-
T
 
V
C
 
I
M
 
D
L
 
L
C
 
A
R
 
N
S
 
G
L
 
L
G
 
N
F
 
L
N
 
E
L
 
T
V
 
V
A
 
A
E
 
E
G
 
G
V
 
I
E
 
E
T
 
S
K
 
E
A
 
A
E
 
Q
E
 
L
A
 
Q
F
 
R
V
 
L
A
 
Q
S
 
K
A
 
M
G
 
G
V
 
C
S
 
H
T
 
L
V
 
G
Q
 
Q
G
 
G
W
 
Y
L
 
F
Y
 
L
A
 
T
K
 
R
A
 
P
M
 
L
P
 
P
A
 
A

Sites not aligning to the query:

5m3cB Structure of the hybrid domain (ggdef-eal) of pa0575 from pseudomonas aeruginosa pao1 at 2.8 ang. With gtp and ca2+ bound to the active site of the ggdef domain (see paper)
30% identity, 35% coverage: 409:656/707 of query aligns to 161:415/426 of 5m3cB

query
sites
5m3cB
Y
 
Y
A
 
T
R
 
R
Q
 
E
Q
 
L
S
 
T
E
 
Y
D
 
L
L
 
A
A
 
T
A
 
E
N
 
R
L
 
M
N
 
A
L
 
L
E
 
E
K
 
T
T
 
E
I
 
L
K
 
R
A
 
R
V
 
A
L
 
L
N
 
E
-
 
R
G
 
D
E
 
E
L
 
L
L
 
Q
L
 
L
Y
 
Y
Y
 
Y
Q
 
Q
P
 
P
K
 
K
I
 
L
S
 
S
L
 
L
S
 
E
D
 
S
R
 
G
R
 
L
V
 
L
V
 
V
G
 
G
Y
 
A
E
|
E
A
 
A
L
 
L
L
 
V
R
 
R
L
 
W
R
 
Y
N
 
H
E
 
P
R
 
L
-
 
F
G
 
G
Q
 
E
V
 
I
E
 
S
G
 
P
P
 
E
Y
 
R
F
 
F
I
 
I
P
 
P
A
 
L
F
 
A
D
 
E
Q
 
D
A
 
C
G
 
G
Y
 
L
S
 
I
N
 
L
L
 
P
I
 
L
D
 
G
S
 
D
F
 
W
V
 
V
I
 
L
R
 
E
R
 
H
L
 
A
R
 
C
D
 
Q
D
 
Q
L
 
M
Q
 
G
A
 
E
W
 
W
A
 
Q
K
 
K
-
 
L
Q
 
H
G
 
A
F
 
P
Y
 
F
P
 
G
R
 
P
V
 
L
S
 
S
I
 
V
N
|
N
L
 
L
N
 
-
P
 
-
N
 
-
S
 
-
V
 
A
L
 
G
S
 
A
Q
 
Q
D
 
L
V
 
G
Q
 
Q
S
 
P
M
 
Q
L
 
L
I
 
I
E
 
E
L
 
R
L
 
L
-
 
E
-
 
Q
-
 
L
-
 
L
-
 
E
-
 
Q
-
 
S
G
 
G
D
 
L
M
 
E
A
 
P
D
 
S
R
 
R
V
 
L
D
 
Q
I
 
L
E
|
E
V
 
I
L
 
T
E
 
E
S
 
S
M
 
F
F
 
I
V
 
M
A
 
N
D
 
Q
L
 
T
T
 
E
A
 
E
V
 
A
E
 
L
A
 
A
S
 
V
M
 
L
A
 
H
Y
 
G
L
 
L
R
 
K
Q
 
R
Y
 
L
G
 
G
F
 
V
S
 
Q
F
 
L
V
 
A
L
 
I
D
|
D
D
 
D
F
 
F
G
 
G
T
 
T
G
 
G
F
 
Y
S
 
S
S
 
S
I
 
L
S
 
S
L
 
Y
L
 
L
S
 
K
K
 
R
I
 
L
T
 
P
I
 
L
D
 
D
G
 
I
V
 
L
K
 
K
L
 
I
D
 
D
R
 
K
S
 
S
I
 
F
-
 
I
-
 
R
-
 
G
L
 
L
E
 
P
N
 
D
T
 
D
G
 
P
H
 
H
H
 
D
K
 
A
G
 
-
Q
 
-
V
 
A
L
 
I
Y
 
T
R
 
R
H
 
A
T
 
I
C
 
I
M
 
A
L
 
L
C
 
G
R
 
R
S
 
S
L
 
M
G
 
Q
F
 
L
N
 
T
L
 
V
V
 
I
A
 
A
E
 
E
G
 
G
V
 
V
E
 
E
T
 
T
K
 
E
A
 
G
E
 
Q
E
 
Q
A
 
S
F
 
F
V
 
L
A
 
T
S
 
H
A
 
E
G
 
G
V
 
C
S
 
E
T
 
Q
V
 
I
Q
 
Q
G
 
G
W
 
F
L
 
V
Y
 
L
A
 
S
K
 
P
A
 
P
M
 
L
P
 
P
A
 
A

Sites not aligning to the query:

P76129 Oxygen sensor protein DosP; Direct oxygen-sensing phosphodiesterase; Direct oxygen sensor protein; Ec DOS; Heme-regulated cyclic di-GMP phosphodiesterase; EC 3.1.4.52 from Escherichia coli (strain K12) (see 6 papers)
29% identity, 33% coverage: 428:658/707 of query aligns to 550:786/799 of P76129

query
sites
P76129
K
 
E
A
 
A
V
 
I
L
 
S
N
 
N
G
 
N
E
 
Q
L
 
L
L
 
K
L
 
L
Y
 
V
Y
 
Y
Q
 
Q
P
 
P
K
 
Q
I
 
I
S
 
F
L
 
A
S
 
E
D
 
T
R
 
G
R
 
E
V
 
L
V
 
Y
G
 
G
Y
 
I
E
 
E
A
 
A
L
 
L
L
 
A
R
 
R
L
 
W
R
x
H
N
 
D
E
 
P
-
 
L
R
x
H
G
 
G
Q
 
H
V
 
V
E
 
P
G
 
P
P
 
S
Y
 
R
F
 
F
I
 
I
P
 
P
A
 
L
F
 
A
D
 
E
Q
 
E
A
 
I
G
 
G
Y
 
E
S
 
I
N
 
E
L
 
N
I
 
I
D
 
G
S
 
R
F
 
W
V
 
V
I
 
I
R
 
A
R
 
E
L
 
A
R
 
C
D
 
R
D
 
Q
L
 
L
Q
 
A
A
 
E
W
 
W
A
 
R
K
 
S
Q
 
Q
G
 
N
F
 
I
Y
 
H
-
 
I
P
 
P
R
 
A
V
 
L
S
 
S
I
 
V
N
 
N
L
 
L
N
 
S
P
 
A
N
 
L
S
 
H
V
 
F
L
 
R
S
 
S
Q
 
N
D
 
Q
V
 
L
Q
 
P
S
 
N
M
 
Q
L
 
V
I
 
S
E
 
D
L
 
A
L
 
M
-
 
H
-
 
A
-
 
W
G
 
G
D
 
I
M
 
D
A
 
G
D
 
H
R
 
Q
V
 
L
D
 
T
I
 
V
E
 
E
V
 
I
L
 
T
E
 
E
S
 
S
M
 
M
F
 
M
V
 
M
A
 
E
D
 
H
L
 
D
T
 
T
A
 
E
V
 
I
E
 
F
A
 
K
S
 
R
M
 
I
A
 
Q
Y
 
I
L
 
L
R
 
R
Q
 
D
Y
 
M
G
 
G
F
 
V
S
 
G
F
 
L
V
 
S
L
 
V
D
 
D
D
 
D
F
 
F
G
 
G
T
 
T
G
 
G
F
 
F
S
 
S
S
 
G
I
 
L
S
 
S
L
 
R
L
 
L
S
 
V
K
 
S
I
 
L
T
 
P
I
 
V
D
 
T
G
 
E
V
 
I
K
 
K
L
 
I
D
 
D
R
 
K
S
 
S
I
 
F
L
 
V
E
 
D
N
 
R
T
 
C
G
 
L
H
 
T
H
 
E
K
 
K
G
 
R
Q
 
I
V
 
L
-
 
A
L
 
L
Y
 
L
R
 
E
H
 
A
T
 
I
C
 
T
M
 
S
L
 
I
C
 
G
R
 
Q
S
 
S
L
 
L
G
 
N
F
 
L
N
 
T
L
 
V
V
 
V
A
 
A
E
 
E
G
 
G
V
 
V
E
 
E
T
 
T
K
 
K
A
 
E
E
 
Q
E
 
F
A
 
E
F
 
M
V
 
L
A
 
R
S
 
K
A
 
I
G
 
H
V
 
C
S
 
R
T
 
V
V
 
I
Q
 
Q
G
 
G
W
 
Y
L
 
F
Y
 
F
A
 
S
K
 
R
A
 
P
M
 
L
P
 
P
A
 
A
A
 
E
E
 
E

Sites not aligning to the query:

Q9I0R8 Cyclic di-GMP phosphodiesterase PA2567; c-di-GMP PDE; EC 3.1.4.52 from Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (see paper)
31% identity, 31% coverage: 437:654/707 of query aligns to 354:576/587 of Q9I0R8

query
sites
Q9I0R8
L
 
L
Y
 
V
Y
 
Y
Q
 
Q
P
 
P
K
 
K
I
 
I
S
 
D
L
 
L
S
 
P
D
 
T
R
 
G
R
 
R
V
 
C
V
 
T
G
 
G
Y
 
V
E
 
E
A
 
A
L
 
L
L
 
L
R
 
R
L
 
W
R
 
R
N
 
H
E
 
P
R
 
Q
-
 
L
G
 
G
Q
 
F
V
 
V
E
 
S
G
 
P
P
 
A
Y
 
E
F
 
F
I
 
V
P
 
P
A
 
L
F
 
A
D
 
E
Q
 
K
A
 
T
G
 
A
Y
 
L
S
 
M
N
 
R
L
 
P
I
 
L
D
 
S
S
 
D
F
 
W
V
 
V
I
 
L
R
 
R
R
 
H
L
 
A
R
 
M
D
 
A
D
 
Q
L
 
L
Q
 
A
A
 
Q
W
 
W
A
 
N
K
 
A
Q
 
R
G
 
N
F
 
I
Y
 
P
P
 
L
R
 
R
V
 
L
S
 
A
I
 
I
N
 
N
L
 
V
N
 
S
P
 
A
N
 
S
S
 
D
V
 
M
L
 
-
S
 
-
Q
 
-
D
 
-
V
 
E
Q
 
D
S
 
S
M
 
S
L
 
F
I
 
L
E
 
E
L
 
E
L
 
A
G
 
V
D
 
R
M
 
L
A
 
A
D
 
K
R
 
T
V
 
Y
D
 
D
I
 
I
-
 
D
-
 
L
-
 
S
-
 
A
-
 
L
-
 
E
-
 
L
E
 
E
V
 
F
L
 
T
E
|
E
S
 
S
M
 
V
F
 
L
V
 
I
A
 
R
D
 
D
L
 
A
T
 
S
A
 
A
V
 
V
E
 
G
A
 
S
S
 
V
M
 
L
A
 
L
Y
 
R
L
 
A
R
 
R
Q
 
E
Y
 
L
G
 
G
F
 
M
S
 
G
F
 
I
V
 
A
L
 
V
D
 
D
D
 
D
F
 
F
G
 
G
T
 
T
G
 
G
F
 
Y
S
 
S
S
 
N
I
 
W
S
 
T
L
 
Y
L
 
L
S
 
R
K
 
D
I
 
L
T
 
P
I
 
I
D
 
T
G
 
A
V
 
I
K
 
K
L
 
L
D
 
D
R
 
Q
S
 
S
I
 
F
L
 
T
E
 
R
N
 
D
-
 
L
T
 
A
G
 
G
H
 
S
H
 
P
K
 
K
G
 
A
Q
 
Q
V
 
S
L
 
V
Y
 
T
R
 
Q
H
 
A
T
 
V
C
 
I
M
 
G
L
 
L
C
 
A
R
 
S
S
 
Q
L
 
L
G
 
G
F
 
Y
N
 
R
L
 
V
V
 
V
A
 
A
E
 
E
G
 
G
V
 
I
E
 
E
T
 
T
K
 
H
A
 
D
E
 
T
E
 
F
A
 
H
F
 
L
V
 
L
A
 
Q
S
 
A
A
 
W
G
 
G
V
 
C
S
 
H
T
 
E
V
 
G
Q
 
Q
G
 
G
W
 
Y
L
 
L
Y
 
I
A
 
A
K
 
Q
A
 
P
M
 
M

4hjfA Eal domain of phosphodiesterase pdea in complex with c-di-gmp and ca++
30% identity, 35% coverage: 419:662/707 of query aligns to 3:255/263 of 4hjfA

query
sites
4hjfA
A
 
S
N
 
R
L
 
L
N
 
A
L
 
L
E
 
E
K
 
A
T
 
D
I
 
L
K
 
R
-
 
G
A
 
A
V
 
I
L
 
G
N
 
R
G
 
G
E
 
E
L
 
I
L
 
T
L
 
P
Y
 
Y
Y
 
F
Q
|
Q
P
 
P
K
 
I
I
 
V
S
 
R
L
 
L
S
 
S
D
 
T
R
 
G
R
 
A
V
 
L
V
 
S
G
 
G
Y
 
F
E
|
E
A
 
A
L
|
L
L
x
A
R
|
R
-
 
W
L
 
I
R
 
H
N
 
P
E
 
R
R
 
R
G
 
G
Q
 
M
V
 
L
E
 
P
G
x
P
P
 
D
Y
 
E
F
 
F
I
x
L
P
 
P
A
 
L
F
 
I
D
 
E
Q
 
E
A
 
M
G
 
G
Y
 
L
S
 
M
N
 
S
L
 
E
I
 
L
D
 
G
S
 
A
F
 
H
V
x
M
I
 
M
R
 
H
R
 
A
L
 
A
R
 
A
D
 
Q
D
 
Q
L
 
L
Q
 
S
A
 
T
W
 
W
A
 
-
K
 
-
Q
 
R
G
 
A
F
 
A
Y
 
H
P
 
P
-
 
A
-
 
M
-
 
G
-
 
N
-
 
L
R
 
T
V
 
V
S
 
S
I
 
V
N
|
N
L
 
L
N
x
S
P
 
T
N
 
G
S
 
E
V
 
I
-
 
D
-
 
R
-
 
P
-
 
G
L
 
L
S
 
V
Q
 
A
D
 
D
V
 
V
-
 
A
Q
 
E
S
 
T
M
 
L
L
 
R
I
 
V
E
 
N
L
 
R
L
 
L
G
 
P
D
 
R
M
 
G
A
 
A
D
 
-
R
 
-
V
 
L
D
 
K
I
 
L
E
|
E
V
 
V
L
 
T
E
 
E
S
 
S
M
 
D
F
 
I
V
 
M
A
 
R
D
 
D
L
 
P
T
 
E
A
 
R
V
 
A
E
 
A
A
 
V
S
 
I
M
 
L
A
 
K
Y
 
T
L
 
L
R
 
R
Q
 
D
Y
 
A
G
 
G
F
 
A
S
 
G
F
 
L
V
 
A
L
 
L
D
|
D
D
 
D
F
 
F
G
 
G
T
 
T
G
 
G
F
 
F
S
 
S
S
 
S
I
 
L
S
 
S
L
 
Y
L
 
L
S
 
T
K
 
R
I
 
L
T
 
P
I
 
F
D
 
D
G
 
T
V
 
L
K
 
K
L
 
I
D
 
D
R
|
R
S
 
Y
I
 
F
L
 
V
E
 
R
N
 
T
T
 
M
G
 
G
H
 
N
H
 
N
K
 
A
G
 
G
Q
 
S
V
 
A
-
 
K
L
 
I
Y
 
V
R
 
R
H
 
S
T
 
V
C
 
V
M
 
K
L
 
L
C
 
G
R
 
Q
S
 
D
L
 
L
G
 
D
F
 
L
N
 
E
L
 
V
V
 
V
A
 
A
E
|
E
G
|
G
V
 
V
E
|
E
T
 
N
K
 
A
A
 
E
E
 
M
E
 
A
A
 
H
F
 
A
V
 
L
A
 
Q
S
 
S
A
 
L
G
 
G
V
 
C
S
 
D
T
 
Y
V
 
G
Q
 
Q
G
|
G
W
x
F
L
 
G
Y
 
Y
A
 
A
K
 
P
A
 
A
M
 
L
P
 
S
A
 
P
A
 
Q
E
 
E
A
 
A
K
 
E
R
 
V
Y
 
Y

3u2eA Eal domain of phosphodiesterase pdea in complex with 5'-pgpg and mg++
30% identity, 35% coverage: 419:662/707 of query aligns to 1:253/260 of 3u2eA

query
sites
3u2eA
A
 
S
N
 
R
L
 
L
N
 
A
L
 
L
E
 
E
K
 
A
T
 
D
I
 
L
K
 
R
-
 
G
A
 
A
V
 
I
L
 
G
N
 
R
G
 
G
E
 
E
L
 
I
L
 
T
L
 
P
Y
 
Y
Y
 
F
Q
|
Q
P
 
P
K
 
I
I
 
V
S
 
R
L
 
L
S
 
S
D
 
T
R
 
G
R
 
A
V
 
L
V
 
S
G
 
G
Y
 
F
E
|
E
A
 
A
L
|
L
L
x
A
R
|
R
-
 
W
L
 
I
R
 
H
N
 
P
E
 
R
R
 
R
G
 
G
Q
 
M
V
 
L
E
 
P
G
x
P
P
 
D
Y
 
E
F
 
F
I
x
L
P
 
P
A
 
L
F
 
I
D
 
E
Q
 
E
A
 
M
G
 
G
Y
 
L
S
 
M
N
 
S
L
 
E
I
 
L
D
 
G
S
 
A
F
 
H
V
x
M
I
 
M
R
 
H
R
 
A
L
 
A
R
 
A
D
 
Q
D
 
Q
L
 
L
Q
 
S
A
 
T
W
 
W
A
 
-
K
 
-
Q
 
R
G
 
A
F
 
A
Y
 
H
P
 
P
-
 
A
-
 
M
-
 
G
-
 
N
-
 
L
R
 
T
V
 
V
S
 
S
I
 
V
N
|
N
L
 
L
N
x
S
P
 
T
N
 
G
S
 
E
V
 
I
-
 
D
-
 
R
-
 
P
-
 
G
L
 
L
S
 
V
Q
 
A
D
 
D
V
 
V
-
 
A
Q
 
E
S
 
T
M
 
L
L
 
R
I
 
V
E
 
N
L
 
R
L
 
L
G
 
P
D
 
R
M
 
G
A
 
A
D
 
-
R
 
-
V
 
L
D
 
K
I
 
L
E
|
E
V
 
V
L
 
T
E
 
E
S
 
S
M
 
D
F
 
I
V
 
M
A
 
R
D
 
D
L
 
P
T
 
E
A
 
R
V
 
A
E
 
A
A
 
V
S
 
I
M
 
L
A
 
K
Y
 
T
L
 
L
R
 
R
Q
 
D
Y
 
A
G
 
G
F
 
A
S
 
G
F
 
L
V
 
A
L
 
L
D
|
D
D
|
D
F
 
F
G
 
G
T
 
T
G
 
G
F
 
F
S
 
S
S
 
S
I
 
L
S
 
S
L
 
Y
L
 
L
S
 
T
K
 
R
I
 
L
T
 
P
I
 
F
D
 
D
G
 
T
V
 
L
K
 
K
L
 
I
D
 
D
R
|
R
S
 
Y
I
 
F
L
 
V
E
 
R
N
 
T
T
 
M
G
 
G
H
 
N
H
 
N
K
 
A
G
 
G
Q
 
S
V
 
A
-
 
K
L
 
I
Y
 
V
R
 
R
H
 
S
T
 
V
C
 
V
M
 
K
L
 
L
C
 
G
R
 
Q
S
 
D
L
 
L
G
 
D
F
 
L
N
 
E
L
 
V
V
 
V
A
 
A
E
|
E
G
 
G
V
 
V
E
|
E
T
 
N
K
 
A
A
 
E
E
 
M
E
 
A
A
 
H
F
 
A
V
 
L
A
 
Q
S
 
S
A
 
L
G
 
G
V
 
C
S
 
D
T
 
Y
V
 
G
Q
 
Q
G
|
G
W
x
F
L
 
G
Y
 
Y
A
 
A
K
 
P
A
 
A
M
 
L
P
 
S
A
 
P
A
 
Q
E
 
E
A
 
A
K
 
E
R
 
V
Y
 
Y

5m1tA Pamucr phosphodiesterase, c-di-gmp complex (see paper)
28% identity, 33% coverage: 428:658/707 of query aligns to 9:245/247 of 5m1tA

query
sites
5m1tA
K
 
Q
A
 
A
V
 
L
L
 
E
N
 
R
G
 
R
E
 
Q
L
 
L
L
 
V
L
 
L
Y
 
H
Y
 
Y
Q
|
Q
P
 
P
K
 
K
I
 
V
S
 
L
L
 
A
S
 
P
D
 
N
R
 
G
R
 
P
V
 
M
V
 
I
G
 
G
Y
 
V
E
|
E
A
 
A
L
|
L
L
 
L
R
|
R
L
 
W
R
 
E
N
 
H
-
 
P
E
 
Q
R
 
H
G
 
G
Q
 
L
V
 
I
E
 
T
G
x
P
P
 
G
Y
 
Q
F
 
F
I
x
L
P
 
P
A
 
L
F
 
A
D
 
E
Q
 
K
A
 
T
G
 
G
Y
 
L
S
 
I
N
 
V
L
 
Q
I
 
I
D
 
G
S
 
E
F
 
W
V
|
V
I
 
L
R
 
D
R
 
E
L
 
A
R
 
C
D
 
R
D
 
Q
L
 
M
Q
 
R
A
 
L
W
 
W
A
 
L
K
 
D
Q
 
G
G
 
G
F
 
H
Y
 
A
P
 
D
-
 
W
R
 
N
V
 
I
S
 
A
I
 
V
N
|
N
L
 
L
N
 
S
P
 
A
-
 
L
-
 
Q
-
 
F
-
 
A
N
 
H
S
 
A
V
 
G
L
 
L
S
 
V
Q
 
D
D
 
S
V
 
V
Q
 
R
S
 
N
M
 
A
L
 
L
I
 
L
E
 
R
L
 
H
L
 
S
G
 
L
D
 
E
M
 
P
A
 
S
D
 
H
R
 
L
V
 
I
D
 
-
I
 
L
E
|
E
V
 
V
L
 
T
E
 
E
S
 
S
M
 
T
F
 
A
V
 
M
A
 
R
D
 
D
L
 
A
T
 
D
A
 
A
V
 
S
E
 
L
A
 
V
S
 
I
M
 
L
A
 
E
Y
 
Q
L
 
L
R
 
S
Q
 
A
Y
 
M
G
 
G
F
 
V
S
 
G
F
 
I
V
 
S
L
 
I
D
|
D
D
|
D
F
 
F
G
 
G
T
 
T
G
 
G
F
 
Y
S
 
S
S
 
S
I
 
L
S
 
L
L
 
Y
L
 
L
S
 
K
K
 
R
I
 
L
T
 
P
I
 
A
D
 
S
G
 
E
V
 
L
K
 
K
L
 
I
D
 
D
R
|
R
S
 
G
I
 
F
L
 
I
E
 
N
N
 
E
T
 
L
G
 
A
H
 
H
H
 
D
K
 
S
G
 
D
Q
 
D
-
 
A
V
 
A
L
 
I
Y
 
V
R
 
S
H
 
A
T
 
I
C
 
V
M
 
A
L
 
L
C
 
G
R
 
R
S
 
T
L
 
L
G
 
N
F
 
L
N
 
K
L
 
I
V
 
V
A
 
A
E
|
E
G
|
G
V
 
V
E
|
E
T
 
T
K
 
E
A
 
A
E
 
Q
E
 
Q
A
 
E
F
 
F
V
 
L
A
 
T
S
 
R
A
 
L
G
 
G
V
 
C
S
 
N
T
 
S
V
 
L
Q
 
Q
G
|
G
W
x
F
L
 
L
Y
 
L
A
 
G
K
 
R
A
 
P
M
 
M
P
 
P
A
 
A
A
 
E
E
 
Q

Q8EJM6 Cyclic di-GMP phosphodiesterase PdeB; Phosphodiesterase biofilm protein; EC 3.1.4.52 from Shewanella oneidensis (strain MR-1) (see paper)
29% identity, 33% coverage: 425:657/707 of query aligns to 604:842/856 of Q8EJM6

query
sites
Q8EJM6
K
 
R
T
 
I
I
 
A
K
 
Q
A
 
A
V
 
I
L
 
E
N
 
E
G
 
N
E
 
E
L
 
L
L
 
L
L
 
L
Y
 
Y
Y
 
Y
Q
 
Q
P
 
P
K
 
I
I
 
R
S
 
G
L
 
L
-
 
G
S
 
A
D
 
S
R
 
S
R
 
K
V
 
R
V
 
Q
G
 
R
Y
 
M
E
|
E
A
 
V
L
 
L
L
 
L
R
 
R
L
 
I
R
 
Q
N
 
E
E
 
P
R
 
C
G
 
G
Q
 
R
V
 
I
E
 
L
G
 
A
P
 
P
-
 
A
Y
 
Q
F
 
F
I
 
I
P
 
A
A
 
A
F
 
A
D
 
E
Q
 
R
A
 
F
G
 
K
Y
 
L
S
 
M
N
 
P
L
 
E
I
 
I
D
 
D
S
 
K
F
 
E
V
 
V
I
 
I
R
 
R
R
 
K
-
 
A
-
 
F
-
 
L
-
 
W
L
 
L
R
 
S
D
 
L
D
 
N
L
 
S
Q
 
Q
A
 
L
W
 
W
A
 
Q
K
 
D
Q
 
H
G
 
C
F
 
-
Y
 
-
P
 
-
R
 
-
V
 
I
S
 
S
I
 
I
N
 
N
L
 
L
N
 
S
P
 
G
N
 
N
S
 
S
V
 
L
L
 
G
S
 
A
Q
 
E
D
 
G
V
 
-
Q
 
-
S
 
-
M
 
-
L
 
M
I
 
V
E
 
E
L
 
Y
L
 
I
G
 
A
D
 
K
M
 
Q
A
 
Q
D
 
Q
R
 
I
V
 
F
D
 
D
I
 
I
-
 
P
-
 
S
-
 
Q
-
 
C
-
 
V
-
 
C
-
 
F
E
 
E
V
 
I
L
 
T
E
 
E
S
 
T
M
 
T
F
 
A
V
 
I
A
 
Q
D
 
N
L
 
R
T
 
H
A
 
R
V
 
G
E
 
M
A
 
E
S
 
M
M
 
L
A
 
R
Y
 
Q
L
 
L
R
 
R
Q
 
K
Y
 
L
G
 
G
F
 
F
S
 
S
F
 
F
V
 
A
L
 
L
D
 
D
D
 
D
F
 
F
G
 
G
T
 
S
G
 
G
F
 
F
S
 
A
S
 
S
I
 
Y
S
 
G
L
 
Y
L
 
L
S
 
R
K
 
E
I
 
L
T
 
P
I
 
V
D
 
D
G
 
Y
V
 
V
K
 
K
L
 
I
D
 
D
R
 
G
S
 
C
I
 
F
L
 
V
E
 
K
N
 
N
T
 
L
G
 
A
-
 
V
H
 
N
H
 
A
K
 
K
G
 
D
Q
 
Y
V
 
A
L
 
I
Y
 
V
R
 
K
H
 
S
T
 
I
C
 
Q
M
 
D
L
 
V
C
 
C
R
 
R
S
 
V
L
 
M
G
 
G
F
 
I
N
 
E
L
 
T
V
 
V
A
 
A
E
 
E
G
 
F
V
 
V
E
 
E
T
 
N
K
 
Q
A
 
E
E
 
I
E
 
I
A
 
D
F
 
R
V
 
L
A
 
Q
S
 
T
A
 
I
G
 
G
V
 
I
S
 
N
T
 
Y
V
 
A
Q
 
Q
G
 
G
W
 
Y
L
 
A
Y
 
I
A
 
G
K
 
R
A
 
P
M
 
Q
P
 
P
A
 
L
A
 
A

5mfuA Pa3825-eal mn-pgpg structure (see paper)
30% identity, 32% coverage: 428:655/707 of query aligns to 9:242/254 of 5mfuA

query
sites
5mfuA
K
 
R
A
 
A
V
 
L
L
 
E
N
 
A
G
 
N
E
 
E
L
 
F
L
 
I
L
 
P
Y
 
Y
Y
 
Y
Q
|
Q
P
 
P
K
 
L
I
 
S
S
 
P
L
 
G
S
 
Q
D
 
G
R
 
G
R
 
R
V
 
W
V
 
I
G
 
G
Y
 
V
E
|
E
A
 
V
L
|
L
L
x
M
R
|
R
L
 
W
R
 
R
N
 
H
E
 
P
R
 
R
-
 
E
G
 
G
Q
 
L
V
 
I
E
x
R
G
x
P
P
x
D
Y
 
L
F
 
F
I
 
I
P
 
P
A
 
F
F
 
A
D
 
E
Q
 
R
A
 
S
G
 
G
Y
 
L
S
 
I
N
 
V
L
 
P
I
 
M
D
 
T
S
 
R
F
 
A
V
 
L
I
 
M
R
 
R
R
 
Q
L
 
V
R
 
A
D
 
E
D
 
D
L
 
L
Q
 
G
A
 
G
W
 
H
A
 
A
-
 
G
-
 
K
-
 
L
K
 
E
Q
 
P
G
 
G
F
 
F
Y
 
H
P
 
-
R
 
-
V
 
I
S
 
G
I
 
F
N
|
N
L
 
I
N
 
S
P
 
A
N
 
T
S
 
H
V
 
C
-
 
H
-
 
E
-
 
L
-
 
A
L
 
L
S
 
V
Q
 
D
D
 
D
V
 
C
Q
 
R
S
 
E
M
 
L
L
 
L
-
 
A
-
 
A
-
 
F
-
 
P
-
 
P
-
 
G
-
 
H
I
 
I
E
 
T
L
 
L
L
 
V
G
 
L
D
x
E
M
 
L
A
 
T
D
 
E
R
 
R
V
 
-
D
 
-
I
 
-
E
 
E
V
 
L
L
 
I
E
 
E
S
 
S
M
 
S
F
 
E
V
 
V
A
 
T
D
 
D
L
 
R
T
 
L
A
 
F
V
 
D
E
 
E
A
 
-
S
 
-
M
 
-
A
 
-
Y
 
-
L
 
L
R
 
H
Q
 
A
Y
 
L
G
 
G
F
 
V
S
 
K
F
 
I
V
 
A
L
 
I
D
|
D
D
|
D
F
 
F
G
 
G
T
 
T
G
 
G
F
 
H
S
 
S
S
 
S
I
 
L
S
 
A
L
 
Y
L
 
L
S
 
R
K
 
K
I
 
F
T
 
Q
I
 
V
D
 
D
G
 
C
V
 
L
K
 
K
L
 
I
D
 
D
R
x
Q
S
 
S
I
 
F
L
 
V
E
 
A
N
 
R
T
 
I
G
 
G
H
 
I
H
 
D
-
 
T
-
 
L
K
 
S
G
 
G
Q
 
H
V
 
I
L
 
L
Y
 
-
R
 
D
H
 
S
T
 
I
C
 
V
M
 
E
L
 
L
C
 
S
R
 
A
S
 
K
L
 
L
G
 
D
F
 
L
N
 
D
L
 
I
V
 
V
A
 
A
E
|
E
G
|
G
V
 
V
E
|
E
T
 
T
K
 
P
A
 
E
E
 
Q
E
 
R
A
 
D
F
 
Y
V
 
L
A
 
A
S
 
A
A
 
R
G
 
G
V
 
V
S
 
D
T
 
Y
V
 
L
Q
 
Q
G
|
G
W
x
Y
L
 
L
Y
 
I
A
 
G
K
 
R
A
 
P
M
 
M
P
 
P

5yrpA Crystal structure of the eal domain of mycobacterium smegmatis dcpa (see paper)
28% identity, 32% coverage: 435:660/707 of query aligns to 2:215/224 of 5yrpA

query
sites
5yrpA
L
 
L
L
 
V
L
 
L
Y
 
H
Y
 
Y
Q
 
L
P
 
P
K
 
E
I
 
I
S
 
D
L
 
M
S
 
R
D
 
T
R
 
G
R
 
E
V
 
V
V
 
L
G
 
A
Y
 
A
E
|
E
A
 
A
L
 
L
L
 
V
R
 
R
L
 
W
R
 
I
N
 
N
E
 
L
R
 
A
G
 
G
Q
 
E
V
 
-
E
 
-
G
 
-
P
 
-
Y
 
-
F
 
-
I
 
-
P
 
-
A
 
-
F
 
-
D
 
-
Q
 
-
A
 
-
G
 
-
Y
 
-
S
 
-
N
 
-
L
 
-
I
 
L
D
 
G
S
 
R
F
 
W
V
 
V
I
 
L
R
 
R
R
 
T
L
 
A
R
 
C
D
 
A
D
 
E
L
 
F
Q
 
S
A
 
R
W
 
W
A
 
R
K
 
A
Q
 
N
G
 
G
F
 
V
Y
 
G
P
 
R
R
 
N
V
 
I
-
 
V
-
 
L
S
 
R
I
 
I
N
|
N
L
 
V
N
 
S
P
 
P
N
 
V
S
 
Q
V
 
L
L
 
V
S
 
T
Q
 
D
D
 
G
-
 
F
V
 
V
Q
 
E
S
 
S
M
 
V
-
 
A
-
 
G
L
 
I
I
 
M
E
 
K
L
 
E
L
 
F
G
 
G
D
 
L
M
 
P
A
 
R
D
 
G
R
 
S
V
 
V
D
 
C
I
 
L
E
|
E
V
 
I
L
 
T
E
 
E
S
 
S
M
 
V
F
 
V
V
 
V
A
 
Q
D
 
D
L
 
I
T
 
E
A
 
T
V
 
T
E
 
R
A
 
T
S
 
T
M
 
L
A
 
T
Y
 
G
L
 
L
R
 
H
Q
 
N
Y
 
V
G
 
G
F
 
V
S
 
Q
F
 
V
V
 
A
L
 
I
D
|
D
D
 
D
F
 
F
G
 
G
T
 
T
G
 
G
F
 
Y
S
 
S
S
 
V
I
 
L
S
 
S
L
 
L
L
 
L
S
 
K
K
 
S
I
 
L
T
 
P
I
 
V
D
 
D
G
 
T
V
 
L
K
 
K
L
 
I
D
 
D
R
 
R
S
 
S
I
 
F
L
 
V
E
 
A
N
 
E
T
 
L
G
 
G
H
 
S
H
 
N
K
 
P
G
 
G
Q
 
D
V
 
L
-
 
P
L
 
I
Y
 
V
R
 
R
H
 
A
T
 
V
C
 
I
M
 
A
L
 
L
C
 
A
R
 
G
S
 
A
L
 
F
G
 
G
F
 
L
N
 
Q
L
 
L
V
 
V
A
 
A
E
 
E
G
 
G
V
 
V
E
 
E
T
 
T
K
 
E
A
 
R
E
 
A
E
 
A
A
 
L
F
 
T
V
 
L
A
 
L
S
 
R
A
 
H
G
 
G
V
 
C
S
 
Y
T
 
R
V
 
A
Q
 
Q
G
 
G
W
 
F
L
 
L
Y
 
L
A
 
S
K
 
K
A
 
P
M
 
I
P
 
L
A
 
G
A
 
S
E
 
E
A
 
M
K
 
Q

5mf5A Pa3825-eal mg-cdg structure (see paper)
30% identity, 32% coverage: 428:655/707 of query aligns to 9:242/256 of 5mf5A

query
sites
5mf5A
K
 
R
A
 
A
V
 
L
L
 
E
N
 
A
G
 
N
E
 
E
L
 
F
L
 
I
L
 
P
Y
 
Y
Y
 
Y
Q
|
Q
P
 
P
K
 
L
I
 
S
S
 
P
L
 
G
S
 
Q
D
 
G
R
 
G
R
 
R
V
 
W
V
 
I
G
 
G
Y
 
V
E
|
E
A
x
V
L
|
L
L
x
M
R
|
R
L
 
W
R
 
R
N
 
H
E
 
P
R
 
R
-
 
E
G
 
G
Q
 
L
V
 
I
E
x
R
G
x
P
P
x
D
Y
 
L
F
 
F
I
 
I
P
 
P
A
 
F
F
 
A
D
 
E
Q
 
R
A
 
S
G
 
G
Y
 
L
S
 
I
N
 
V
L
 
P
I
 
M
D
 
T
S
 
R
F
 
A
V
 
L
I
 
M
R
 
R
R
 
Q
L
 
V
R
 
A
D
 
E
D
 
D
L
 
L
Q
 
G
A
 
G
W
 
H
A
 
A
-
 
G
-
 
K
-
 
L
K
 
E
Q
 
P
G
 
G
F
 
F
Y
 
H
P
 
-
R
 
-
V
 
I
S
 
G
I
 
F
N
|
N
L
 
I
N
 
S
P
 
A
N
 
T
S
 
H
V
 
C
-
 
H
-
 
E
-
 
L
-
 
A
L
 
L
S
 
V
Q
 
D
D
 
D
V
 
C
Q
 
R
S
 
E
M
 
L
L
 
L
-
 
A
-
 
A
-
 
F
-
 
P
-
 
P
-
 
G
-
 
H
I
 
I
E
 
T
L
 
L
L
 
V
G
 
L
D
x
E
M
 
L
A
 
T
D
 
E
R
 
R
V
 
-
D
 
-
I
 
-
E
 
E
V
 
L
L
 
I
E
 
E
S
 
S
M
 
S
F
 
E
V
 
V
A
 
T
D
 
D
L
 
R
T
 
L
A
 
F
V
 
D
E
 
E
A
 
-
S
 
-
M
 
-
A
 
-
Y
 
-
L
 
L
R
 
H
Q
 
A
Y
 
L
G
 
G
F
 
V
S
 
K
F
 
I
V
 
A
L
 
I
D
|
D
D
|
D
F
 
F
G
 
G
T
 
T
G
 
G
F
 
H
S
 
S
S
 
S
I
 
L
S
 
A
L
 
Y
L
 
L
S
 
R
K
 
K
I
 
F
T
 
Q
I
 
V
D
 
D
G
 
C
V
 
L
K
 
K
L
 
I
D
|
D
R
x
Q
S
 
S
I
 
F
L
 
V
E
 
A
N
 
R
T
 
I
G
 
G
H
 
I
H
 
D
-
 
T
-
 
L
K
 
S
G
 
G
Q
 
H
V
 
I
L
 
L
Y
 
-
R
 
D
H
 
S
T
 
I
C
 
V
M
 
E
L
 
L
C
 
S
R
 
A
S
 
K
L
 
L
G
 
D
F
 
L
N
 
D
L
 
I
V
 
V
A
 
A
E
 
E
G
|
G
V
 
V
E
|
E
T
 
T
K
 
P
A
 
E
E
 
Q
E
 
R
A
 
D
F
 
Y
V
 
L
A
 
A
S
 
A
A
 
R
G
 
G
V
 
V
S
 
D
T
 
Y
V
 
L
Q
 
Q
G
|
G
W
x
Y
L
 
L
Y
 
I
A
 
G
K
 
R
A
x
P
M
 
M
P
 
P

Q9HX69 Cyclic di-GMP phosphodiesterase RocR; c-di-GMP PDE; Response regulator RocR; EC 3.1.4.52 from Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (see 3 papers)
25% identity, 38% coverage: 390:655/707 of query aligns to 108:381/392 of Q9HX69

query
sites
Q9HX69
D
 
D
L
 
L
I
 
G
K
 
K
R
 
P
V
 
F
Q
 
S
L
 
L
Q
 
E
Q
 
R
D
 
I
I
 
T
E
 
A
K
 
L
I
 
L
S
 
T
E
 
R
R
 
Y
N
 
N
Y
 
A
A
 
R
R
 
R
Q
 
Q
-
 
D
-
 
L
-
 
P
Q
 
R
S
 
Q
E
 
I
D
 
E
L
 
V
A
 
A
A
 
E
N
 
L
L
 
P
N
 
S
L
 
V
E
 
A
K
 
D
T
 
V
I
 
V
K
 
R
A
 
G
V
 
L
L
 
D
N
 
N
G
 
G
E
 
E
L
 
F
L
 
E
L
 
A
Y
 
Y
Y
 
Y
Q
|
Q
P
 
P
K
 
K
I
 
V
S
 
A
L
 
L
S
 
D
D
 
G
R
 
G
R
 
G
V
 
L
V
 
I
G
 
G
Y
 
A
E
|
E
A
 
V
L
 
L
L
 
A
R
|
R
L
 
W
R
 
N
N
 
H
E
 
P
R
 
H
G
 
L
Q
 
G
V
 
V
E
 
L
G
 
P
P
 
P
-
 
S
Y
 
H
F
 
F
I
 
L
P
 
Y
A
 
V
F
 
M
D
 
E
Q
 
T
A
 
-
G
 
-
Y
 
-
S
 
Y
N
 
N
L
 
L
I
 
V
D
 
D
S
 
K
F
 
L
V
 
F
I
 
W
R
 
Q
R
 
L
L
 
F
R
 
S
D
 
Q
D
 
G
L
 
L
-
 
A
-
 
T
-
 
R
Q
 
R
A
 
K
W
 
L
A
 
A
K
 
Q
Q
 
L
G
 
G
F
 
Q
Y
 
P
P
 
I
R
 
N
V
 
L
S
 
A
I
 
F
N
|
N
L
 
V
N
 
H
P
 
P
N
 
S
S
 
Q
V
 
L
L
 
G
S
 
S
Q
 
R
D
 
A
V
 
L
Q
 
A
S
 
E
M
 
N
L
 
I
I
 
S
E
 
A
L
 
L
L
 
L
G
 
T
D
 
E
M
 
F
-
 
H
-
 
L
-
 
P
A
 
P
D
 
S
R
 
S
V
 
V
D
 
M
I
 
F
E
|
E
V
 
I
L
x
T
E
|
E
S
 
T
M
 
G
F
 
L
V
 
I
A
 
S
D
 
A
L
 
P
T
 
A
A
 
S
V
 
S
E
 
L
A
 
E
S
 
N
M
 
L
A
 
V
Y
 
R
L
 
L
R
|
R
Q
 
I
Y
 
M
G
 
G
F
 
C
S
 
G
F
 
L
V
 
A
L
 
M
D
|
D
D
|
D
F
|
F
G
 
G
T
 
A
G
 
G
F
 
Y
S
|
S
S
 
S
I
 
L
S
 
D
L
 
R
L
 
L
S
 
C
K
 
E
I
 
F
T
 
P
I
 
F
D
 
S
G
 
Q
V
 
I
K
|
K
L
 
L
D
|
D
R
 
R
S
 
T
I
 
F
L
 
V
E
 
Q
N
 
K
-
 
M
T
 
K
G
 
T
H
 
Q
H
 
P
K
 
R
G
 
S
Q
 
C
V
 
A
L
 
V
Y
 
I
R
 
S
H
 
S
T
 
V
C
 
V
M
 
A
L
 
L
C
 
A
R
 
Q
S
 
A
L
 
L
G
 
G
F
 
I
N
 
S
L
 
L
V
 
V
A
 
V
E
|
E
G
 
G
V
 
V
E
|
E
T
 
S
K
 
D
A
 
E
E
 
Q
E
 
R
A
 
V
F
 
R
V
 
L
A
 
I
S
 
E
A
 
L
G
 
G
V
 
C
S
 
S
T
 
I
V
 
A
Q
|
Q
G
 
G
W
 
Y
L
 
L
Y
 
F
A
 
A
K
 
R
A
 
P
M
 
M
P
 
P

Sites not aligning to the query:

6k6tA Crystal structure of a standalone versatile eal protein from vibrio cholerae o395 - c-di-imp bound form
27% identity, 31% coverage: 431:652/707 of query aligns to 2:221/237 of 6k6tA

query
sites
6k6tA
L
 
L
N
 
D
G
 
F
E
 
D
L
 
F
L
 
T
L
 
M
Y
 
A
Y
 
F
Q
|
Q
P
 
P
K
 
I
I
 
V
S
 
N
L
 
C
S
 
R
D
 
T
R
 
K
R
 
E
V
 
I
V
 
F
G
 
G
Y
 
Y
E
|
E
A
 
A
L
 
L
L
x
V
R
|
R
L
 
G
R
 
L
N
 
N
E
 
-
R
 
-
G
 
-
Q
 
-
V
 
-
E
 
-
G
 
-
P
 
-
Y
 
-
F
 
-
I
 
-
P
 
-
A
 
-
F
 
-
D
 
N
Q
 
E
A
 
S
G
x
A
Y
 
Y
S
 
S
N
 
-
L
 
-
I
 
-
D
 
-
S
 
-
F
 
-
V
 
V
I
|
I
R
 
S
R
 
R
L
 
V
R
 
N
D
 
E
D
 
D
-
 
N
-
 
R
-
 
Y
-
 
L
-
 
F
-
 
D
-
 
Q
-
 
M
-
 
C
-
 
R
-
 
V
-
 
K
-
 
A
L
 
I
Q
 
A
A
 
L
W
 
A
A
 
A
K
 
K
Q
 
L
G
 
G
F
 
L
Y
 
T
P
 
S
R
 
K
V
 
L
S
 
S
I
 
I
N
|
N
L
 
F
N
 
L
P
 
P
N
 
N
S
 
A
V
 
I
L
 
Y
S
 
-
Q
 
-
D
 
-
V
 
V
Q
 
P
S
 
E
M
 
R
L
 
C
I
 
I
E
 
R
L
 
T
L
 
T
G
 
L
D
 
E
M
 
A
A
 
A
D
 
K
R
 
R
V
 
Y
D
 
Q
I
 
F
E
 
P
V
 
I
L
 
E
E
 
N
S
 
I
M
 
M
F
 
F
-
x
E
-
 
F
-
 
T
-
 
E
-
 
A
-
 
E
-
 
R
V
 
V
A
 
E
D
 
D
L
 
V
T
 
N
A
 
H
V
 
I
E
 
K
A
 
R
S
 
I
M
 
V
A
 
E
Y
 
Y
L
 
Y
R
 
K
Q
 
S
Y
 
L
G
 
G
F
 
F
S
 
Q
F
 
T
V
 
A
L
 
I
D
|
D
D
|
D
F
 
F
G
 
G
T
 
S
G
 
G
F
 
Y
S
 
S
S
 
G
I
 
L
S
 
N
L
 
L
L
 
L
S
 
A
K
 
D
I
 
F
T
 
Q
I
 
T
D
 
N
G
 
I
V
 
V
K
 
K
L
 
V
D
 
D
R
x
M
S
 
G
I
 
L
L
 
I
E
 
R
N
 
N
T
 
I
G
 
-
H
 
-
H
 
H
K
 
A
G
 
D
Q
 
Q
V
 
V
-
 
R
-
 
Q
-
 
S
L
 
I
Y
 
M
R
 
K
H
 
N
T
 
C
C
 
L
M
 
K
L
 
L
C
 
F
R
 
S
S
 
D
L
 
L
G
 
N
F
 
I
N
 
Q
L
 
P
V
 
L
A
 
A
E
|
E
G
|
G
V
 
V
E
|
E
T
 
S
K
 
H
A
 
A
E
 
E
E
 
F
A
 
A
F
 
W
V
 
L
A
 
K
S
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
V
S
 
E
T
 
L
V
 
M
Q
 
Q
G
|
G
W
x
Y
L
 
Y
Y
 
F
A
 
A
K
 
K

6ih7A Crystal structure of a standalone versatile eal protein from vibrio cholerae o395 - 3',3'-cgamp bound form (see paper)
27% identity, 31% coverage: 431:652/707 of query aligns to 2:221/237 of 6ih7A

query
sites
6ih7A
L
 
L
N
 
D
G
 
F
E
 
D
L
 
F
L
 
T
L
x
M
Y
 
A
Y
 
F
Q
|
Q
P
 
P
K
 
I
I
 
V
S
 
N
L
 
C
S
 
R
D
 
T
R
 
K
R
 
E
V
 
I
V
 
F
G
 
G
Y
 
Y
E
|
E
A
 
A
L
|
L
L
x
V
R
|
R
L
 
G
R
 
L
N
 
N
E
 
-
R
 
-
G
 
-
Q
 
-
V
 
-
E
 
-
G
 
-
P
 
-
Y
 
-
F
 
-
I
 
-
P
 
-
A
 
-
F
 
-
D
 
N
Q
 
E
A
 
S
G
 
A
Y
 
Y
S
 
S
N
 
-
L
 
-
I
 
-
D
 
-
S
 
-
F
 
-
V
 
V
I
 
I
R
 
S
R
 
R
L
 
V
R
 
N
D
 
E
D
 
D
-
 
N
-
 
R
-
 
Y
-
 
L
-
 
F
-
 
D
-
 
Q
-
 
M
-
 
C
-
 
R
-
 
V
-
 
K
-
 
A
L
 
I
Q
 
A
A
 
L
W
 
A
A
 
A
K
 
K
Q
 
L
G
 
G
F
 
L
Y
 
T
P
 
S
R
 
K
V
 
L
S
 
S
I
 
I
N
|
N
L
 
F
N
x
L
P
 
P
N
 
N
S
 
A
V
 
I
L
 
Y
S
 
-
Q
 
-
D
 
-
V
 
V
Q
 
P
S
 
E
M
 
R
L
 
C
I
 
I
E
 
R
L
 
T
L
 
T
G
 
L
D
 
E
M
 
A
A
 
A
D
 
K
R
 
R
V
 
Y
D
 
Q
I
 
F
E
 
P
V
 
I
L
 
E
E
 
N
S
 
I
M
 
M
F
 
F
-
x
E
-
 
F
-
 
T
-
 
E
-
 
A
-
 
E
-
 
R
V
 
V
A
 
E
D
 
D
L
 
V
T
 
N
A
 
H
V
 
I
E
 
K
A
 
R
S
 
I
M
 
V
A
 
E
Y
 
Y
L
 
Y
R
 
K
Q
 
S
Y
 
L
G
 
G
F
 
F
S
 
Q
F
 
T
V
 
A
L
 
I
D
|
D
D
|
D
F
 
F
G
 
G
T
 
S
G
 
G
F
 
Y
S
 
S
S
 
G
I
 
L
S
 
N
L
 
L
L
 
L
S
 
A
K
 
D
I
 
F
T
 
Q
I
 
T
D
 
N
G
 
I
V
 
V
K
 
K
L
 
V
D
 
D
R
x
M
S
 
G
I
 
L
L
 
I
E
 
R
N
 
N
T
 
I
G
 
-
H
 
-
H
 
H
K
 
A
G
 
D
Q
 
Q
V
 
V
-
 
R
-
 
Q
-
 
S
L
 
I
Y
 
M
R
 
K
H
 
N
T
 
C
C
 
L
M
 
K
L
 
L
C
 
F
R
 
S
S
 
D
L
 
L
G
 
N
F
 
I
N
 
Q
L
 
P
V
 
L
A
 
A
E
|
E
G
|
G
V
 
V
E
|
E
T
 
S
K
 
H
A
 
A
E
 
E
E
 
F
A
 
A
F
 
W
V
 
L
A
 
K
S
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
V
S
 
E
T
 
L
V
 
M
Q
 
Q
G
|
G
W
x
Y
L
 
Y
Y
 
F
A
 
A
K
 
K

6ih1A Crystal structure of a standalone versatile eal protein from vibrio cholerae o395 - c-di-gmp bound form (see paper)
27% identity, 31% coverage: 431:652/707 of query aligns to 2:221/237 of 6ih1A

query
sites
6ih1A
L
 
L
N
 
D
G
 
F
E
 
D
L
 
F
L
 
T
L
 
M
Y
 
A
Y
 
F
Q
|
Q
P
 
P
K
 
I
I
 
V
S
 
N
L
 
C
S
 
R
D
 
T
R
 
K
R
 
E
V
 
I
V
 
F
G
 
G
Y
 
Y
E
|
E
A
 
A
L
|
L
L
x
V
R
|
R
L
 
G
R
 
L
N
 
N
E
 
-
R
 
-
G
 
-
Q
 
-
V
 
-
E
 
-
G
 
-
P
 
-
Y
 
-
F
 
-
I
 
-
P
 
-
A
 
-
F
 
-
D
 
N
Q
 
E
A
 
S
G
 
A
Y
 
Y
S
 
S
N
 
-
L
 
-
I
 
-
D
 
-
S
 
-
F
 
-
V
 
V
I
|
I
R
 
S
R
 
R
L
 
V
R
 
N
D
 
E
D
 
D
-
 
N
-
 
R
-
 
Y
-
 
L
-
 
F
-
 
D
-
 
Q
-
 
M
-
x
C
-
 
R
-
 
V
-
 
K
-
 
A
L
 
I
Q
 
A
A
 
L
W
 
A
A
 
A
K
 
K
Q
 
L
G
 
G
F
 
L
Y
 
T
P
 
S
R
 
K
V
 
L
S
 
S
I
 
I
N
|
N
L
 
F
N
x
L
P
 
P
N
 
N
S
 
A
V
 
I
L
 
Y
S
 
-
Q
 
-
D
 
-
V
 
V
Q
 
P
S
 
E
M
 
R
L
 
C
I
 
I
E
 
R
L
 
T
L
 
T
G
 
L
D
 
E
M
 
A
A
 
A
D
 
K
R
 
R
V
 
Y
D
 
Q
I
 
F
E
 
P
V
 
I
L
 
E
E
 
N
S
 
I
M
 
M
F
 
F
-
x
E
-
 
F
-
 
T
-
 
E
-
 
A
-
 
E
-
 
R
V
 
V
A
 
E
D
 
D
L
 
V
T
 
N
A
 
H
V
 
I
E
 
K
A
 
R
S
 
I
M
 
V
A
 
E
Y
 
Y
L
 
Y
R
 
K
Q
 
S
Y
 
L
G
 
G
F
 
F
S
 
Q
F
 
T
V
 
A
L
 
I
D
|
D
D
|
D
F
 
F
G
 
G
T
 
S
G
 
G
F
 
Y
S
 
S
S
 
G
I
 
L
S
 
N
L
 
L
L
 
L
S
 
A
K
 
D
I
 
F
T
 
Q
I
 
T
D
 
N
G
 
I
V
 
V
K
 
K
L
 
V
D
 
D
R
x
M
S
 
G
I
 
L
L
 
I
E
 
R
N
 
N
T
 
I
G
 
-
H
 
-
H
 
H
K
 
A
G
 
D
Q
 
Q
V
 
V
-
 
R
-
 
Q
-
 
S
L
 
I
Y
 
M
R
 
K
H
 
N
T
 
C
C
 
L
M
 
K
L
 
L
C
 
F
R
 
S
S
 
D
L
 
L
G
 
N
F
 
I
N
 
Q
L
 
P
V
 
L
A
 
A
E
|
E
G
|
G
V
 
V
E
|
E
T
 
S
K
 
H
A
 
A
E
 
E
E
 
F
A
 
A
F
 
W
V
 
L
A
 
K
S
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
V
S
 
E
T
 
L
V
 
M
Q
 
Q
G
|
G
W
x
Y
L
 
Y
Y
 
F
A
 
A
K
 
K

6ifqB Crystal structure of a standalone versatile eal protein from vibrio cholerae o395 - apo form (see paper)
27% identity, 31% coverage: 431:652/707 of query aligns to 2:221/237 of 6ifqB

query
sites
6ifqB
L
 
L
N
 
D
G
 
F
E
 
D
L
 
F
L
 
T
L
 
M
Y
 
A
Y
 
F
Q
 
Q
P
 
P
K
 
I
I
 
V
S
 
N
L
 
C
S
 
R
D
 
T
R
 
K
R
 
E
V
 
I
V
 
F
G
 
G
Y
 
Y
E
|
E
A
 
A
L
 
L
L
 
V
R
 
R
L
 
G
R
 
L
N
 
N
E
 
-
R
 
-
G
 
-
Q
 
-
V
 
-
E
 
-
G
 
-
P
 
-
Y
 
-
F
 
-
I
 
-
P
 
-
A
 
-
F
 
-
D
 
N
Q
 
E
A
 
S
G
 
A
Y
 
Y
S
 
S
N
 
-
L
 
-
I
 
-
D
 
-
S
 
-
F
 
-
V
 
V
I
 
I
R
 
S
R
 
R
L
 
V
R
 
N
D
 
E
D
 
D
-
 
N
-
 
R
-
 
Y
-
 
L
-
 
F
-
 
D
-
 
Q
-
 
M
-
 
C
-
 
R
-
 
V
-
 
K
-
 
A
L
 
I
Q
 
A
A
 
L
W
 
A
A
 
A
K
 
K
Q
 
L
G
 
G
F
 
L
Y
 
T
P
 
S
R
 
K
V
 
L
S
 
S
I
 
I
N
|
N
L
 
F
N
 
L
P
 
P
N
 
N
S
 
A
V
 
I
L
 
Y
S
 
-
Q
 
-
D
 
-
V
 
V
Q
 
P
S
 
E
M
 
R
L
 
C
I
 
I
E
 
R
L
 
T
L
 
T
G
 
L
D
 
E
M
 
A
A
 
A
D
 
K
R
 
R
V
 
Y
D
 
Q
I
 
F
E
 
P
V
 
I
L
 
E
E
 
N
S
 
I
M
 
M
F
 
F
-
x
E
-
 
F
-
 
T
-
 
E
-
 
A
-
 
E
-
 
R
V
 
V
A
 
E
D
 
D
L
 
V
T
 
N
A
 
H
V
 
I
E
 
K
A
 
R
S
 
I
M
 
V
A
 
E
Y
 
Y
L
 
Y
R
 
K
Q
 
S
Y
 
L
G
 
G
F
 
F
S
 
Q
F
 
T
V
 
A
L
 
I
D
|
D
D
 
D
F
 
F
G
 
G
T
 
S
G
 
G
F
 
Y
S
 
S
S
 
G
I
 
L
S
 
N
L
 
L
L
 
L
S
 
A
K
 
D
I
 
F
T
 
Q
I
 
T
D
 
N
G
 
I
V
 
V
K
 
K
L
 
V
D
 
D
R
 
M
S
 
G
I
 
L
L
 
I
E
 
R
N
 
N
T
 
I
G
 
-
H
 
-
H
 
H
K
 
A
G
 
D
Q
 
Q
V
 
V
-
 
R
-
 
Q
-
 
S
L
 
I
Y
 
M
R
 
K
H
 
N
T
 
C
C
 
L
M
 
K
L
 
L
C
 
F
R
 
S
S
 
D
L
 
L
G
 
N
F
 
I
N
 
Q
L
 
P
V
 
L
A
 
A
E
 
E
G
 
G
V
 
V
E
 
E
T
 
S
K
 
H
A
 
A
E
 
E
E
 
F
A
 
A
F
 
W
V
 
L
A
 
K
S
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
V
S
 
E
T
 
L
V
 
M
Q
 
Q
G
 
G
W
 
Y
L
 
Y
Y
 
F
A
 
A
K
 
K

Query Sequence

>5208407 FitnessBrowser__PV4:5208407
MAVKDTSSSLFLIAIKESFIALLPFIFVNSLLALIVALVDVWQPSWQGSAAYAWLSQFGR
LLFSFFPLMALLSLSFHFAKYLHVSAVVVASLSIGSQIALHIHGSEAIDLSNGFDFLFGD
ARAIITPILVAYLLQRLMAIKALSLLQSTSLSSYLKLHLNLFIPLILCFVLVTTGIYWVG
ELLGMVLSPLVDSLAASSTLLQLFVRVLATHVLWCFGVHGDIAYMLVLGVDNGLQQVAPN
LTLSQFTDLFVLLGGSGATHSLLIALFIASKDKNAVNVAKLALPFALFNINEILIYGLPI
IFNPRLMLPFVLVPLFNTLIGTLLIVSGWVSFAGNDFAWITPIFLNGYVAGGTLALPLVQ
LLLVCAGVFIYLPFVRRYSLLVGNKGFERDLIKRVQLQQDIEKISERNYARQQSEDLAAN
LNLEKTIKAVLNGELLLYYQPKISLSDRRVVGYEALLRLRNERGQVEGPYFIPAFDQAGY
SNLIDSFVIRRLRDDLQAWAKQGFYPRVSINLNPNSVLSQDVQSMLIELLGDMADRVDIE
VLESMFVADLTAVEASMAYLRQYGFSFVLDDFGTGFSSISLLSKITIDGVKLDRSILENT
GHHKGQVLYRHTCMLCRSLGFNLVAEGVETKAEEAFVASAGVSTVQGWLYAKAMPAAEAK
RYALLQERFSEQAADSRGDSKAELKADVKADVKTEVKAGLKANSKTE

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory