SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 5209802 FitnessBrowser__PV4:5209802 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

5kzmB Crystal structure of tryptophan synthase alpha-beta chain complex from francisella tularensis (see paper)
83% identity, 97% coverage: 2:393/403 of query aligns to 1:393/395 of 5kzmB

query
sites
5kzmB
M
 
M
T
 
S
K
 
K
L
 
L
D
 
N
P
 
A
Y
 
Y
F
 
F
G
 
G
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
M
 
Q
F
 
F
V
 
V
P
 
P
Q
 
Q
I
 
I
L
 
L
M
 
V
P
 
P
A
 
A
L
 
L
K
 
D
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
A
 
Q
A
 
E
F
 
F
V
 
I
D
 
K
A
 
A
Q
 
Q
N
 
A
D
 
D
P
 
E
S
 
S
F
 
F
Q
 
K
A
 
Q
E
 
E
F
 
F
T
 
K
D
 
E
L
 
L
L
 
L
K
 
Q
N
 
E
Y
 
Y
A
 
A
G
 
G
R
 
R
P
 
P
T
 
T
A
 
A
L
 
L
T
 
T
L
 
K
T
 
T
R
 
R
N
 
N
L
 
I
S
 
V
P
 
K
N
 
N
P
 
T
L
 
R
V
 
T
K
 
K
I
 
L
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
R
E
 
E
D
 
D
L
 
L
L
 
L
H
 
H
G
 
G
G
 
G
A
 
A
H
 
H
K
|
K
T
 
T
N
 
N
Q
 
Q
V
 
V
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
A
K
 
K
R
 
R
M
 
M
G
 
G
K
 
K
K
 
K
E
 
E
I
 
I
I
 
I
A
 
A
E
|
E
T
 
T
G
 
G
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
H
 
H
G
 
G
V
 
V
A
 
A
T
 
T
A
 
A
L
 
L
A
 
A
C
 
C
A
 
A
L
 
L
L
 
L
G
 
D
L
 
L
K
 
K
C
 
C
K
 
R
V
 
V
Y
 
Y
M
 
M
G
 
G
A
 
A
K
 
K
D
 
D
V
 
V
E
 
E
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
P
 
P
N
 
N
V
 
V
F
 
F
R
 
R
M
 
M
R
 
K
L
 
L
M
 
M
G
 
G
A
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
I
P
 
P
V
 
V
T
 
H
S
 
S
G
 
G
S
 
S
A
 
A
T
 
T
L
 
L
K
 
K
D
 
D
A
 
A
C
 
C
N
 
N
E
 
E
A
 
A
M
 
L
R
 
R
D
 
D
W
 
W
S
 
S
A
 
A
S
 
N
Y
 
Y
D
 
S
K
 
K
A
 
A
H
 
H
Y
 
Y
L
 
L
L
 
L
G
 
G
T
 
T
A
 
A
A
 
A
G
 
G
P
 
P
H
 
H
P
 
P
F
 
F
P
 
P
T
 
T
I
 
I
V
 
V
R
 
R
E
 
E
F
 
F
Q
 
Q
R
 
R
M
 
M
I
 
I
G
 
G
E
 
E
E
 
E
T
 
T
K
 
K
A
 
Q
Q
 
Q
I
 
M
L
 
L
E
 
A
R
 
K
E
 
E
G
 
G
R
 
R
L
 
L
P
 
P
D
 
D
A
 
A
V
 
V
I
 
I
A
 
A
C
 
C
V
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
S
 
S
N
 
N
A
 
A
I
 
I
G
 
G
M
 
M
F
 
F
A
 
A
D
 
D
F
 
F
I
 
I
D
 
D
E
 
E
P
 
K
S
 
N
V
 
V
K
 
K
L
 
L
I
 
I
G
 
G
V
 
V
E
 
E
P
 
P
A
 
A
G
 
G
L
 
K
G
 
G
I
 
I
D
 
E
T
 
T
P
 
G
K
 
E
H
 
H
G
 
G
A
 
A
P
 
P
L
 
L
K
 
K
H
 
H
G
 
G
K
 
K
T
 
T
G
 
G
I
 
I
F
 
F
F
 
F
G
 
G
M
 
M
K
 
K
A
 
A
P
 
P
L
 
L
M
 
M
Q
 
Q
D
 
N
K
 
S
E
 
D
G
 
G
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
E
|
E
S
|
S
Y
 
Y
S
 
S
I
 
I
S
 
S
A
 
A
G
 
G
L
 
L
D
|
D
F
 
F
P
 
P
S
 
S
V
 
V
G
 
G
P
 
P
Q
 
Q
H
 
H
A
 
A
H
 
H
L
 
L
A
 
L
A
 
A
T
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
T
 
K
Y
 
Y
E
 
A
S
 
S
A
 
A
T
 
T
D
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
D
A
 
A
F
 
F
Q
 
K
L
 
L
L
 
L
A
 
C
R
 
K
S
 
K
E
 
E
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
L
E
 
E
S
 
S
A
 
S
H
 
H
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Y
 
H
A
 
A
I
 
L
K
 
K
L
 
L
A
 
A
-
 
Y
E
 
E
A
 
D
A
 
P
T
 
N
E
 
K
E
 
E
T
 
Q
L
 
L
L
 
L
V
 
V
V
 
V
N
 
N
L
 
L
S
|
S
G
 
G
R
 
R
G
 
G
D
 
D
K
 
K
D
 
D
I
 
I
F
 
F
T
 
T
V
 
V
A
 
H
D
 
D
I
 
I
L
 
L
E
 
K
K
 
E
Q
 
K

P0A879 Tryptophan synthase beta chain; EC 4.2.1.20 from Escherichia coli (strain K12) (see 2 papers)
80% identity, 98% coverage: 1:393/403 of query aligns to 1:394/397 of P0A879

query
sites
P0A879
M
|
M
M
 
T
T
 
T
K
 
L
L
 
L
D
 
N
P
 
P
Y
 
Y
F
 
F
G
 
G
E
 
E
Y
 
F
G
 
G
G
 
G
M
 
M
F
 
Y
V
 
V
P
 
P
Q
 
Q
I
 
I
L
 
L
M
 
M
P
 
P
A
 
A
L
 
L
K
 
R
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
A
 
E
A
 
A
F
 
F
V
 
V
D
 
S
A
 
A
Q
 
Q
N
 
K
D
 
D
P
 
P
S
 
E
F
 
F
Q
 
Q
A
 
A
E
 
Q
F
 
F
T
 
N
D
 
D
L
 
L
L
 
L
K
 
K
N
 
N
Y
 
Y
A
 
A
G
 
G
R
 
R
P
 
P
T
 
T
A
 
A
L
 
L
T
 
T
L
 
K
T
x
C
R
 
Q
N
 
N
L
 
I
S
 
T
P
 
A
N
 
G
P
 
T
L
 
N
V
 
T
K
 
T
I
 
L
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
R
E
 
E
D
 
D
L
 
L
L
 
L
H
 
H
G
 
G
G
 
G
A
 
A
H
 
H
K
 
K
T
 
T
N
 
N
Q
 
Q
V
 
V
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
A
K
 
K
R
 
R
M
 
M
G
 
G
K
 
K
K
 
T
E
 
E
I
 
I
I
 
I
A
 
A
E
 
E
T
 
T
G
 
G
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
H
 
H
G
 
G
V
 
V
A
 
A
T
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
A
C
 
S
A
 
A
L
 
L
L
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
K
C
 
C
K
 
R
V
 
I
Y
 
Y
M
 
M
G
 
G
A
 
A
K
 
K
D
 
D
V
 
V
E
 
E
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
P
 
P
N
 
N
V
 
V
F
 
F
R
 
R
M
 
M
R
 
R
L
 
L
M
 
M
G
 
G
A
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
I
P
 
P
V
 
V
T
 
H
S
 
S
G
 
G
S
 
S
A
 
A
T
 
T
L
 
L
K
 
K
D
 
D
A
 
A
C
 
C
N
 
N
E
 
E
A
 
A
M
 
L
R
 
R
D
 
D
W
 
W
S
 
S
A
 
G
S
 
S
Y
 
Y
D
 
E
K
 
T
A
 
A
H
 
H
Y
 
Y
L
 
M
L
 
L
G
 
G
T
 
T
A
 
A
A
 
A
G
 
G
P
 
P
H
 
H
P
 
P
F
 
Y
P
 
P
T
 
T
I
 
I
V
 
V
R
 
R
E
 
E
F
 
F
Q
 
Q
R
 
R
M
 
M
I
 
I
G
 
G
E
 
E
E
 
E
T
 
T
K
 
K
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
L
 
L
E
 
E
R
 
R
E
 
E
G
 
G
R
 
R
L
 
L
P
 
P
D
 
D
A
 
A
V
 
V
I
 
I
A
 
A
C
 
C
V
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
S
 
S
N
 
N
A
 
A
I
 
I
G
 
G
M
 
M
F
 
F
A
 
A
D
 
D
F
 
F
I
 
I
D
 
N
E
 
E
P
 
T
S
 
N
V
 
V
K
 
G
L
 
L
I
 
I
G
 
G
V
 
V
E
 
E
P
 
P
A
 
G
G
 
G
L
 
H
G
 
G
I
 
I
D
 
E
T
 
T
P
 
G
K
 
E
H
 
H
G
 
G
A
 
A
P
 
P
L
 
L
K
 
K
H
 
H
G
 
G
K
 
R
T
 
V
G
 
G
I
 
I
F
 
Y
F
 
F
G
 
G
M
 
M
K
 
K
A
 
A
P
 
P
L
 
M
M
 
M
Q
 
Q
D
 
T
K
 
E
E
 
D
G
 
G
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
E
 
E
S
 
S
Y
 
Y
S
 
S
I
 
I
S
 
S
A
 
A
G
 
G
L
 
L
D
 
D
F
 
F
P
 
P
S
 
S
V
 
V
G
 
G
P
 
P
Q
 
Q
H
 
H
A
 
A
H
 
Y
L
 
L
A
 
N
A
 
S
T
 
T
G
 
G
R
 
R
A
 
A
T
 
D
Y
 
Y
E
 
V
S
 
S
A
 
I
T
 
T
D
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
E
A
 
A
F
 
F
Q
 
K
L
 
T
L
 
L
A
 
C
R
 
L
S
 
H
E
 
E
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
L
E
 
E
S
 
S
A
 
S
H
 
H
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Y
 
H
A
 
A
I
 
L
K
 
K
L
 
M
A
 
M
-
 
R
E
 
E
A
 
N
A
 
P
T
 
D
E
 
K
E
 
E
T
 
Q
L
 
L
L
 
L
V
 
V
V
 
V
N
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
R
 
R
G
 
G
D
 
D
K
 
K
D
 
D
I
 
I
F
 
F
T
 
T
V
 
V
A
 
H
D
 
D
I
 
I
L
 
L
E
 
K
K
 
A
Q
 
R

8b05B Tryptophan synthase - cryo-trapping by the spitrobot crystal plunger after 20 sec (see paper)
80% identity, 97% coverage: 3:393/403 of query aligns to 2:393/394 of 8b05B

query
sites
8b05B
T
 
T
K
 
L
L
 
L
D
 
N
P
 
P
Y
 
Y
F
 
F
G
 
G
E
 
E
Y
 
F
G
 
G
G
 
G
M
 
M
F
 
Y
V
 
V
P
 
P
Q
 
Q
I
 
I
L
 
L
M
 
M
P
 
P
A
 
A
L
 
L
K
 
N
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
A
 
E
A
 
A
F
 
F
V
 
V
D
 
S
A
 
A
Q
 
Q
N
 
K
D
 
D
P
 
P
S
 
E
F
 
F
Q
 
Q
A
 
A
E
 
Q
F
 
F
T
 
A
D
 
D
L
 
L
L
 
L
K
 
K
N
 
N
Y
 
Y
A
 
A
G
 
G
R
 
R
P
 
P
T
 
T
A
 
A
L
 
L
T
 
T
L
 
K
T
 
C
R
 
Q
N
 
N
L
 
I
S
 
T
P
 
A
N
 
G
P
 
T
L
 
R
V
 
T
K
 
T
I
 
L
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
R
E
 
E
D
 
D
L
 
L
L
 
L
H
 
H
G
 
G
G
 
G
A
 
A
H
|
H
K
|
K
T
 
T
N
 
N
Q
 
Q
V
 
V
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
A
K
 
K
R
 
R
M
 
M
G
 
G
K
 
K
K
 
S
E
 
E
I
 
I
I
 
I
A
 
A
E
 
E
T
|
T
G
|
G
A
 
A
G
 
G
Q
|
Q
H
|
H
G
 
G
V
 
V
A
 
A
T
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
A
C
 
S
A
 
A
L
 
L
L
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
K
C
 
C
K
 
R
V
 
I
Y
 
Y
M
 
M
G
 
G
A
 
A
K
 
K
D
 
D
V
 
V
E
 
E
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
P
 
P
N
 
N
V
 
V
F
 
F
R
 
R
M
 
M
R
 
R
L
 
L
M
 
M
G
 
G
A
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
I
P
 
P
V
 
V
T
 
H
S
 
S
G
 
G
S
 
S
A
 
A
T
 
T
L
 
L
K
 
K
D
 
D
A
 
A
C
 
C
N
 
N
E
 
E
A
 
A
M
 
L
R
 
R
D
 
D
W
 
W
S
 
S
A
 
G
S
 
S
Y
 
Y
D
 
E
K
 
T
A
 
A
H
 
H
Y
 
Y
L
 
M
L
 
L
G
 
G
T
|
T
A
 
A
A
 
A
G
 
G
P
 
P
H
 
H
P
 
P
F
 
Y
P
 
P
T
 
T
I
 
I
V
 
V
R
 
R
E
 
E
F
 
F
Q
 
Q
R
 
R
M
 
M
I
 
I
G
 
G
E
 
E
E
 
E
T
 
T
K
 
K
A
|
A
Q
|
Q
I
 
I
L
 
L
E
 
D
R
 
K
E
 
E
G
 
G
R
 
R
L
 
L
P
 
P
D
 
D
A
 
A
V
 
V
I
 
I
A
 
A
C
 
C
V
 
V
G
|
G
G
|
G
G
|
G
S
|
S
N
|
N
A
 
A
I
 
I
G
 
G
M
 
M
F
 
F
A
 
A
D
 
D
F
 
F
I
 
I
D
 
N
E
 
D
P
 
T
S
 
S
V
 
V
K
 
G
L
 
L
I
 
I
G
 
G
V
 
V
E
 
E
P
 
P
A
 
G
G
 
G
L
 
H
G
 
G
I
 
I
D
 
E
T
 
T
P
 
G
K
 
E
H
 
H
G
 
G
A
 
A
P
 
P
L
 
L
K
 
K
H
 
H
G
 
G
K
 
R
T
 
V
G
 
G
I
 
I
F
 
Y
F
 
F
G
 
G
M
 
M
K
 
K
A
 
A
P
 
P
L
 
M
M
 
M
Q
 
Q
D
 
T
K
 
A
E
 
D
G
 
G
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
E
 
E
S
 
S
Y
 
Y
S
 
S
I
 
I
S
 
S
A
 
A
G
|
G
L
 
L
D
|
D
F
 
F
P
 
P
S
 
S
V
 
V
G
 
G
P
 
P
Q
 
Q
H
 
H
A
 
A
H
 
Y
L
 
L
A
 
N
A
 
S
T
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
T
 
D
Y
 
Y
E
 
V
S
 
S
A
 
I
T
 
T
D
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
E
A
 
A
F
 
F
Q
 
K
L
 
T
L
 
L
A
 
C
R
 
R
S
 
H
E
 
E
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
L
E
|
E
S
 
S
A
 
S
H
 
H
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Y
 
H
A
 
A
I
 
L
K
 
K
L
 
M
A
 
M
-
 
R
E
 
E
A
 
Q
A
 
P
T
 
E
E
 
K
E
 
E
T
 
Q
L
 
L
L
 
L
V
 
V
V
 
V
N
 
N
L
 
L
S
|
S
G
 
G
R
 
R
G
 
G
D
 
D
K
 
K
D
 
D
I
 
I
F
 
F
T
 
T
V
 
V
A
 
H
D
 
D
I
 
I
L
 
L
E
 
K
K
 
A
Q
 
R

2j9xB Tryptophan synthase in complex with gp, alpha-d,l-glycerol- phosphate, cs, ph6.5 - alpha aminoacrylate form - (gp)e(a- a) (see paper)
80% identity, 97% coverage: 3:393/403 of query aligns to 2:393/394 of 2j9xB

query
sites
2j9xB
T
 
T
K
 
L
L
 
L
D
 
N
P
 
P
Y
 
Y
F
 
F
G
 
G
E
 
E
Y
 
F
G
 
G
G
 
G
M
 
M
F
 
Y
V
 
V
P
 
P
Q
 
Q
I
 
I
L
 
L
M
 
M
P
 
P
A
 
A
L
 
L
K
 
N
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
A
 
E
A
 
A
F
 
F
V
 
V
D
 
S
A
 
A
Q
 
Q
N
 
K
D
 
D
P
 
P
S
 
E
F
 
F
Q
 
Q
A
 
A
E
 
Q
F
 
F
T
 
A
D
 
D
L
 
L
L
 
L
K
 
K
N
 
N
Y
 
Y
A
 
A
G
 
G
R
 
R
P
 
P
T
 
T
A
 
A
L
 
L
T
 
T
L
 
K
T
 
C
R
 
Q
N
 
N
L
 
I
S
 
T
P
 
A
N
 
G
P
 
T
L
 
R
V
 
T
K
 
T
I
 
L
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
R
E
 
E
D
 
D
L
 
L
L
 
L
H
 
H
G
 
G
G
 
G
A
 
A
H
|
H
K
|
K
T
 
T
N
 
N
Q
 
Q
V
 
V
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
A
K
 
K
R
 
R
M
 
M
G
 
G
K
 
K
K
 
S
E
 
E
I
 
I
I
 
I
A
 
A
E
 
E
T
|
T
G
|
G
A
|
A
G
 
G
Q
|
Q
H
|
H
G
 
G
V
 
V
A
 
A
T
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
A
C
 
S
A
 
A
L
 
L
L
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
K
C
 
C
K
 
R
V
 
I
Y
 
Y
M
 
M
G
 
G
A
 
A
K
 
K
D
 
D
V
 
V
E
 
E
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
P
 
P
N
 
N
V
 
V
F
 
F
R
 
R
M
 
M
R
 
R
L
 
L
M
 
M
G
 
G
A
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
I
P
 
P
V
 
V
T
 
H
S
 
S
G
 
G
S
 
S
A
 
A
T
 
T
L
 
L
K
 
K
D
 
D
A
 
A
C
 
C
N
 
N
E
 
E
A
 
A
M
 
L
R
 
R
D
 
D
W
 
W
S
 
S
A
 
G
S
 
S
Y
 
Y
D
 
E
K
 
T
A
 
A
H
 
H
Y
 
Y
L
 
M
L
 
L
G
 
G
T
|
T
A
 
A
A
 
A
G
 
G
P
 
P
H
 
H
P
 
P
F
 
Y
P
 
P
T
 
T
I
 
I
V
 
V
R
 
R
E
 
E
F
 
F
Q
 
Q
R
 
R
M
 
M
I
 
I
G
 
G
E
 
E
E
 
E
T
 
T
K
 
K
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
L
 
L
E
 
D
R
 
K
E
 
E
G
 
G
R
 
R
L
 
L
P
 
P
D
 
D
A
 
A
V
 
V
I
 
I
A
 
A
C
 
C
V
 
V
G
|
G
G
 
G
G
|
G
S
|
S
N
|
N
A
 
A
I
 
I
G
 
G
M
 
M
F
 
F
A
 
A
D
 
D
F
 
F
I
 
I
D
 
N
E
 
D
P
 
T
S
 
S
V
 
V
K
 
G
L
 
L
I
 
I
G
 
G
V
 
V
E
 
E
P
 
P
A
 
G
G
 
G
L
 
H
G
 
G
I
 
I
D
 
E
T
 
T
P
 
G
K
 
E
H
 
H
G
 
G
A
 
A
P
 
P
L
 
L
K
 
K
H
 
H
G
 
G
K
 
R
T
 
V
G
 
G
I
 
I
F
 
Y
F
 
F
G
 
G
M
 
M
K
 
K
A
 
A
P
 
P
L
 
M
M
 
M
Q
 
Q
D
 
T
K
 
A
E
 
D
G
 
G
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
E
 
E
S
 
S
Y
 
Y
S
 
S
I
 
I
S
 
S
A
 
A
G
|
G
L
 
L
D
 
D
F
 
F
P
 
P
S
 
S
V
 
V
G
 
G
P
 
P
Q
 
Q
H
 
H
A
 
A
H
 
Y
L
 
L
A
 
N
A
 
S
T
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
T
 
D
Y
 
Y
E
 
V
S
 
S
A
 
I
T
 
T
D
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
E
A
 
A
F
 
F
Q
 
K
L
 
T
L
 
L
A
 
C
R
 
R
S
 
H
E
 
E
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
L
E
|
E
S
 
S
A
 
S
H
 
H
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Y
 
H
A
 
A
I
 
L
K
 
K
L
 
M
A
 
M
-
 
R
E
 
E
A
 
Q
A
 
P
T
 
E
E
 
K
E
 
E
T
 
Q
L
 
L
L
 
L
V
 
V
V
 
V
N
 
N
L
 
L
S
|
S
G
|
G
R
 
R
G
 
G
D
 
D
K
 
K
D
 
D
I
 
I
F
 
F
T
 
T
V
 
V
A
 
H
D
 
D
I
 
I
L
 
L
E
 
K
K
 
A
Q
 
R

3pr2B Tryptophan synthase indoline quinonoid structure with f9 inhibitor in alpha site (see paper)
80% identity, 97% coverage: 3:391/403 of query aligns to 1:390/391 of 3pr2B

query
sites
3pr2B
T
 
T
K
 
L
L
 
L
D
 
N
P
 
P
Y
 
Y
F
 
F
G
 
G
E
 
E
Y
 
F
G
 
G
G
 
G
M
 
M
F
 
Y
V
 
V
P
 
P
Q
 
Q
I
 
I
L
 
L
M
 
M
P
 
P
A
 
A
L
 
L
K
 
N
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
A
 
E
A
 
A
F
 
F
V
 
V
D
 
S
A
 
A
Q
 
Q
N
 
K
D
 
D
P
 
P
S
 
E
F
 
F
Q
 
Q
A
 
A
E
 
Q
F
 
F
T
 
A
D
 
D
L
 
L
L
 
L
K
 
K
N
 
N
Y
 
Y
A
 
A
G
 
G
R
 
R
P
 
P
T
 
T
A
 
A
L
 
L
T
 
T
L
 
K
T
 
C
R
 
Q
N
 
N
L
 
I
S
 
T
P
 
A
N
 
G
P
 
T
L
 
R
V
 
T
K
 
T
I
 
L
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
R
E
 
E
D
 
D
L
 
L
L
 
L
H
 
H
G
 
G
G
 
G
A
 
A
H
|
H
K
|
K
T
 
T
N
 
N
Q
 
Q
V
 
V
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
A
K
 
K
R
 
R
M
 
M
G
 
G
K
 
K
K
 
S
E
 
E
I
 
I
I
 
I
A
 
A
E
|
E
T
|
T
G
|
G
A
|
A
G
|
G
Q
|
Q
H
|
H
G
 
G
V
 
V
A
 
A
T
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
A
C
 
S
A
 
A
L
 
L
L
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
K
C
 
C
K
 
R
V
 
I
Y
 
Y
M
 
M
G
 
G
A
 
A
K
 
K
D
 
D
V
 
V
E
 
E
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
P
 
P
N
 
N
V
 
V
F
 
F
R
 
R
M
 
M
R
 
R
L
 
L
M
 
M
G
 
G
A
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
I
P
 
P
V
 
V
T
 
H
S
 
S
G
 
G
S
 
S
A
 
A
T
 
T
L
|
L
K
 
K
D
 
D
A
 
A
C
 
C
N
 
N
E
 
E
A
 
A
M
 
L
R
 
R
D
 
D
W
 
W
S
 
S
A
 
G
S
 
S
Y
 
Y
D
 
E
K
 
T
A
 
A
H
 
H
Y
 
Y
L
 
M
L
 
L
G
 
G
T
|
T
A
 
A
A
 
A
G
 
G
P
 
P
H
 
H
P
 
P
F
 
Y
P
 
P
T
 
T
I
 
I
V
 
V
R
 
R
E
 
E
F
 
F
Q
 
Q
R
 
R
M
 
M
I
 
I
G
 
G
E
 
E
E
 
E
T
 
T
K
 
K
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
L
 
L
E
 
D
R
 
K
E
 
E
G
 
G
R
 
R
L
 
L
P
 
P
D
 
D
A
 
A
V
 
V
I
 
I
A
 
A
C
 
C
V
 
V
G
|
G
G
|
G
G
|
G
S
|
S
N
|
N
A
 
A
I
 
I
G
 
G
M
 
M
F
 
F
A
 
A
D
 
D
F
 
F
I
 
I
D
 
N
E
 
D
P
 
T
S
 
S
V
 
V
K
 
G
L
 
L
I
 
I
G
 
G
V
 
V
E
 
E
P
 
P
A
 
G
G
 
G
L
 
H
G
 
G
I
 
I
D
 
E
T
 
T
P
 
G
K
 
E
H
 
H
G
 
G
A
 
A
P
 
P
L
 
L
K
 
K
H
 
H
G
 
G
K
 
R
T
 
V
G
 
G
I
 
I
F
 
Y
F
 
F
G
 
G
M
 
M
K
 
K
A
 
A
P
 
P
L
 
M
M
 
M
Q
 
Q
D
 
T
K
 
A
E
 
D
G
 
G
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
E
 
E
S
 
S
Y
 
Y
S
 
S
I
 
I
S
 
S
A
 
A
G
|
G
L
 
L
D
 
D
F
|
F
P
 
P
S
 
S
V
 
V
G
 
G
P
 
P
Q
 
Q
H
 
H
A
 
A
H
 
Y
L
 
L
A
 
N
A
 
S
T
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
T
 
D
Y
 
Y
E
 
V
S
 
S
A
 
I
T
 
T
D
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
E
A
 
A
F
 
F
Q
 
K
L
 
T
L
 
L
A
 
C
R
 
R
S
 
H
E
 
E
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
L
E
|
E
S
 
S
A
 
S
H
 
H
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Y
 
H
A
 
A
I
 
L
K
 
K
L
 
M
A
 
M
-
 
R
E
 
E
A
 
Q
A
 
P
T
 
E
E
 
K
E
 
E
T
 
Q
L
 
L
L
 
L
V
 
V
V
 
V
N
 
N
L
 
L
S
|
S
G
 
G
R
 
R
G
 
G
D
 
D
K
 
K
D
 
D
I
 
I
F
 
F
T
 
T
V
 
V
A
 
H
D
 
D
I
 
I
L
 
L
E
 
K

6xt0B Salmonella typhimurium tryptophan synthase complexed with dioxindolyl- l-alanine and d-glycerol-3-phosphate (see paper)
80% identity, 97% coverage: 3:393/403 of query aligns to 2:393/396 of 6xt0B

query
sites
6xt0B
T
 
T
K
 
L
L
 
L
D
 
N
P
 
P
Y
 
Y
F
 
F
G
 
G
E
 
E
Y
 
F
G
 
G
G
 
G
M
 
M
F
 
Y
V
 
V
P
 
P
Q
 
Q
I
 
I
L
 
L
M
 
M
P
 
P
A
 
A
L
 
L
K
 
N
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
A
 
E
A
 
A
F
 
F
V
 
V
D
 
S
A
 
A
Q
 
Q
N
 
K
D
 
D
P
 
P
S
 
E
F
 
F
Q
 
Q
A
 
A
E
 
Q
F
 
F
T
 
A
D
 
D
L
 
L
L
 
L
K
 
K
N
 
N
Y
 
Y
A
 
A
G
 
G
R
 
R
P
 
P
T
 
T
A
 
A
L
 
L
T
 
T
L
 
K
T
 
C
R
 
Q
N
 
N
L
 
I
S
 
T
P
 
A
N
 
G
P
 
T
L
 
R
V
 
T
K
 
T
I
 
L
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
R
E
 
E
D
 
D
L
 
L
L
 
L
H
 
H
G
 
G
G
 
G
A
 
A
H
|
H
K
|
K
T
 
T
N
 
N
Q
 
Q
V
 
V
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
A
K
 
K
R
 
R
M
 
M
G
 
G
K
 
K
K
 
S
E
 
E
I
 
I
I
 
I
A
 
A
E
|
E
T
|
T
G
|
G
A
 
A
G
 
G
Q
|
Q
H
|
H
G
 
G
V
 
V
A
 
A
T
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
A
C
 
S
A
 
A
L
 
L
L
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
K
C
 
C
K
 
R
V
 
I
Y
 
Y
M
 
M
G
 
G
A
 
A
K
 
K
D
 
D
V
 
V
E
 
E
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
P
 
P
N
 
N
V
 
V
F
 
F
R
 
R
M
 
M
R
 
R
L
 
L
M
 
M
G
 
G
A
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
I
P
 
P
V
 
V
T
 
H
S
 
S
G
 
G
S
 
S
A
 
A
T
 
T
L
|
L
K
 
K
D
 
D
A
 
A
C
 
C
N
 
N
E
 
E
A
 
A
M
 
L
R
 
R
D
 
D
W
 
W
S
 
S
A
 
G
S
 
S
Y
 
Y
D
 
E
K
 
T
A
 
A
H
 
H
Y
 
Y
L
 
M
L
 
L
G
|
G
T
|
T
A
 
A
A
 
A
G
 
G
P
 
P
H
 
H
P
 
P
F
 
Y
P
 
P
T
 
T
I
 
I
V
 
V
R
 
R
E
 
E
F
 
F
Q
 
Q
R
 
R
M
 
M
I
 
I
G
 
G
E
 
E
E
 
E
T
 
T
K
 
K
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
L
 
L
E
 
D
R
 
K
E
 
E
G
 
G
R
 
R
L
 
L
P
 
P
D
 
D
A
 
A
V
 
V
I
 
I
A
 
A
C
 
C
V
 
V
G
|
G
G
|
G
G
|
G
S
|
S
N
|
N
A
 
A
I
 
I
G
 
G
M
 
M
F
 
F
A
 
A
D
 
D
F
 
F
I
 
I
D
 
N
E
 
D
P
 
T
S
 
S
V
 
V
K
 
G
L
 
L
I
 
I
G
 
G
V
 
V
E
 
E
P
 
P
A
 
G
G
 
G
L
 
H
G
 
G
I
 
I
D
 
E
T
 
T
P
 
G
K
 
E
H
 
H
G
 
G
A
 
A
P
|
P
L
 
L
K
 
K
H
 
H
G
 
G
K
 
R
T
 
V
G
 
G
I
 
I
F
 
Y
F
 
F
G
 
G
M
 
M
K
 
K
A
 
A
P
 
P
L
 
M
M
 
M
Q
 
Q
D
 
T
K
 
A
E
 
D
G
 
G
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
E
 
E
S
 
S
Y
 
Y
S
 
S
I
 
I
S
 
S
A
 
A
G
|
G
L
 
L
D
 
D
F
|
F
P
 
P
S
|
S
V
 
V
G
 
G
P
 
P
Q
 
Q
H
 
H
A
 
A
H
 
Y
L
 
L
A
 
N
A
 
S
T
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
T
 
D
Y
 
Y
E
 
V
S
 
S
A
 
I
T
 
T
D
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
E
A
 
A
F
 
F
Q
 
K
L
 
T
L
 
L
A
 
C
R
 
R
S
 
H
E
 
E
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
L
E
|
E
S
 
S
A
 
S
H
 
H
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Y
 
H
A
 
A
I
 
L
K
 
K
L
 
M
A
 
M
-
 
R
E
 
E
A
 
Q
A
 
P
T
 
E
E
 
K
E
 
E
T
 
Q
L
 
L
L
 
L
V
 
V
V
 
V
N
 
N
L
 
L
S
|
S
G
|
G
R
 
R
G
 
G
D
 
D
K
 
K
D
 
D
I
 
I
F
 
F
T
 
T
V
 
V
A
 
H
D
 
D
I
 
I
L
 
L
E
 
K
K
 
A
Q
 
R

6xrhB Salmonella typhimurium tryptophan synthase complexed with oxindolyl-l- alanine and d-glycerol-3-phosphate (see paper)
80% identity, 97% coverage: 3:393/403 of query aligns to 2:393/396 of 6xrhB

query
sites
6xrhB
T
 
T
K
 
L
L
 
L
D
 
N
P
 
P
Y
 
Y
F
 
F
G
 
G
E
 
E
Y
 
F
G
 
G
G
 
G
M
 
M
F
 
Y
V
 
V
P
 
P
Q
 
Q
I
 
I
L
 
L
M
 
M
P
 
P
A
 
A
L
 
L
K
 
N
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
A
 
E
A
 
A
F
 
F
V
 
V
D
 
S
A
 
A
Q
 
Q
N
 
K
D
 
D
P
 
P
S
 
E
F
 
F
Q
 
Q
A
 
A
E
 
Q
F
 
F
T
 
A
D
 
D
L
 
L
L
 
L
K
 
K
N
 
N
Y
 
Y
A
 
A
G
 
G
R
 
R
P
 
P
T
 
T
A
 
A
L
 
L
T
 
T
L
 
K
T
 
C
R
 
Q
N
 
N
L
 
I
S
 
T
P
 
A
N
 
G
P
 
T
L
 
R
V
 
T
K
 
T
I
 
L
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
R
E
 
E
D
 
D
L
 
L
L
 
L
H
 
H
G
 
G
G
 
G
A
 
A
H
|
H
K
|
K
T
 
T
N
 
N
Q
 
Q
V
 
V
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
A
K
 
K
R
 
R
M
 
M
G
 
G
K
 
K
K
 
S
E
 
E
I
 
I
I
 
I
A
 
A
E
|
E
T
|
T
G
|
G
A
|
A
G
 
G
Q
|
Q
H
|
H
G
 
G
V
 
V
A
 
A
T
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
A
C
 
S
A
 
A
L
 
L
L
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
K
C
 
C
K
 
R
V
 
I
Y
 
Y
M
 
M
G
 
G
A
 
A
K
 
K
D
 
D
V
 
V
E
 
E
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
P
 
P
N
 
N
V
 
V
F
 
F
R
 
R
M
 
M
R
 
R
L
 
L
M
 
M
G
 
G
A
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
I
P
 
P
V
 
V
T
 
H
S
 
S
G
 
G
S
 
S
A
 
A
T
 
T
L
|
L
K
 
K
D
 
D
A
 
A
C
 
C
N
 
N
E
 
E
A
 
A
M
 
L
R
 
R
D
 
D
W
 
W
S
 
S
A
 
G
S
 
S
Y
 
Y
D
 
E
K
 
T
A
 
A
H
 
H
Y
 
Y
L
 
M
L
 
L
G
|
G
T
|
T
A
 
A
A
 
A
G
 
G
P
 
P
H
 
H
P
 
P
F
 
Y
P
 
P
T
 
T
I
 
I
V
 
V
R
 
R
E
 
E
F
 
F
Q
 
Q
R
 
R
M
 
M
I
 
I
G
 
G
E
 
E
E
 
E
T
 
T
K
 
K
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
L
 
L
E
 
D
R
 
K
E
 
E
G
 
G
R
 
R
L
 
L
P
 
P
D
 
D
A
 
A
V
 
V
I
 
I
A
 
A
C
 
C
V
|
V
G
|
G
G
|
G
G
|
G
S
|
S
N
|
N
A
 
A
I
 
I
G
 
G
M
 
M
F
 
F
A
 
A
D
 
D
F
 
F
I
 
I
D
 
N
E
 
D
P
 
T
S
 
S
V
 
V
K
 
G
L
 
L
I
 
I
G
 
G
V
 
V
E
 
E
P
 
P
A
 
G
G
 
G
L
 
H
G
 
G
I
 
I
D
 
E
T
 
T
P
 
G
K
 
E
H
 
H
G
 
G
A
 
A
P
|
P
L
 
L
K
 
K
H
 
H
G
 
G
K
 
R
T
 
V
G
 
G
I
 
I
F
 
Y
F
 
F
G
 
G
M
 
M
K
 
K
A
 
A
P
 
P
L
 
M
M
 
M
Q
 
Q
D
 
T
K
 
A
E
 
D
G
 
G
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
E
 
E
S
 
S
Y
 
Y
S
 
S
I
 
I
S
 
S
A
 
A
G
|
G
L
 
L
D
 
D
F
|
F
P
 
P
S
|
S
V
 
V
G
 
G
P
 
P
Q
 
Q
H
 
H
A
 
A
H
 
Y
L
 
L
A
 
N
A
 
S
T
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
T
 
D
Y
 
Y
E
 
V
S
 
S
A
 
I
T
 
T
D
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
E
A
 
A
F
 
F
Q
 
K
L
 
T
L
 
L
A
 
C
R
 
R
S
 
H
E
 
E
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
L
E
|
E
S
 
S
A
 
S
H
 
H
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Y
 
H
A
 
A
I
 
L
K
 
K
L
 
M
A
 
M
-
 
R
E
 
E
A
 
Q
A
 
P
T
 
E
E
 
K
E
 
E
T
 
Q
L
 
L
L
 
L
V
 
V
V
 
V
N
 
N
L
 
L
S
|
S
G
 
G
R
 
R
G
 
G
D
 
D
K
 
K
D
 
D
I
 
I
F
 
F
T
 
T
V
 
V
A
 
H
D
 
D
I
 
I
L
 
L
E
 
K
K
 
A
Q
 
R

6xoyB Salmonella typhimurium tryptophan synthase complexed with d-tryptophan and d-glycerol-3-phosphate (see paper)
80% identity, 97% coverage: 3:393/403 of query aligns to 2:393/396 of 6xoyB

query
sites
6xoyB
T
 
T
K
 
L
L
 
L
D
 
N
P
 
P
Y
 
Y
F
 
F
G
 
G
E
 
E
Y
 
F
G
 
G
G
 
G
M
 
M
F
 
Y
V
 
V
P
 
P
Q
 
Q
I
 
I
L
 
L
M
 
M
P
 
P
A
 
A
L
 
L
K
 
N
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
A
 
E
A
 
A
F
 
F
V
 
V
D
 
S
A
 
A
Q
 
Q
N
 
K
D
 
D
P
 
P
S
 
E
F
 
F
Q
 
Q
A
 
A
E
 
Q
F
 
F
T
 
A
D
 
D
L
 
L
L
 
L
K
 
K
N
 
N
Y
 
Y
A
 
A
G
 
G
R
 
R
P
 
P
T
 
T
A
 
A
L
 
L
T
 
T
L
 
K
T
 
C
R
 
Q
N
 
N
L
 
I
S
 
T
P
 
A
N
 
G
P
 
T
L
 
R
V
 
T
K
 
T
I
 
L
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
R
E
 
E
D
 
D
L
 
L
L
 
L
H
 
H
G
 
G
G
 
G
A
 
A
H
|
H
K
|
K
T
 
T
N
 
N
Q
 
Q
V
 
V
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
A
K
 
K
R
 
R
M
 
M
G
 
G
K
 
K
K
 
S
E
 
E
I
 
I
I
 
I
A
 
A
E
|
E
T
|
T
G
|
G
A
|
A
G
 
G
Q
|
Q
H
|
H
G
 
G
V
 
V
A
 
A
T
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
A
C
 
S
A
 
A
L
 
L
L
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
K
C
 
C
K
 
R
V
 
I
Y
 
Y
M
 
M
G
 
G
A
 
A
K
 
K
D
 
D
V
 
V
E
 
E
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
P
 
P
N
 
N
V
 
V
F
 
F
R
 
R
M
 
M
R
 
R
L
 
L
M
 
M
G
 
G
A
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
I
P
 
P
V
 
V
T
 
H
S
 
S
G
 
G
S
 
S
A
 
A
T
 
T
L
|
L
K
 
K
D
 
D
A
 
A
C
 
C
N
 
N
E
 
E
A
 
A
M
 
L
R
 
R
D
 
D
W
 
W
S
 
S
A
 
G
S
 
S
Y
 
Y
D
 
E
K
 
T
A
 
A
H
 
H
Y
 
Y
L
 
M
L
 
L
G
 
G
T
|
T
A
 
A
A
 
A
G
 
G
P
 
P
H
 
H
P
 
P
F
 
Y
P
 
P
T
 
T
I
 
I
V
 
V
R
 
R
E
 
E
F
 
F
Q
 
Q
R
 
R
M
 
M
I
 
I
G
 
G
E
 
E
E
 
E
T
 
T
K
 
K
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
L
 
L
E
 
D
R
 
K
E
 
E
G
 
G
R
 
R
L
 
L
P
 
P
D
 
D
A
 
A
V
 
V
I
 
I
A
 
A
C
 
C
V
 
V
G
|
G
G
|
G
G
|
G
S
|
S
N
|
N
A
 
A
I
 
I
G
 
G
M
 
M
F
 
F
A
 
A
D
 
D
F
 
F
I
 
I
D
 
N
E
 
D
P
 
T
S
 
S
V
 
V
K
 
G
L
 
L
I
 
I
G
 
G
V
 
V
E
 
E
P
 
P
A
 
G
G
 
G
L
 
H
G
 
G
I
 
I
D
 
E
T
 
T
P
 
G
K
 
E
H
 
H
G
 
G
A
 
A
P
|
P
L
 
L
K
 
K
H
 
H
G
 
G
K
 
R
T
 
V
G
 
G
I
 
I
F
 
Y
F
 
F
G
 
G
M
 
M
K
 
K
A
 
A
P
 
P
L
 
M
M
 
M
Q
 
Q
D
 
T
K
 
A
E
 
D
G
 
G
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
E
 
E
S
 
S
Y
 
Y
S
 
S
I
 
I
S
 
S
A
 
A
G
|
G
L
 
L
D
 
D
F
|
F
P
 
P
S
|
S
V
 
V
G
 
G
P
 
P
Q
 
Q
H
 
H
A
 
A
H
 
Y
L
 
L
A
 
N
A
 
S
T
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
T
 
D
Y
 
Y
E
 
V
S
 
S
A
 
I
T
 
T
D
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
E
A
 
A
F
 
F
Q
 
K
L
 
T
L
 
L
A
 
C
R
 
R
S
 
H
E
 
E
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
L
E
|
E
S
 
S
A
 
S
H
 
H
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Y
 
H
A
 
A
I
 
L
K
 
K
L
 
M
A
 
M
-
 
R
E
 
E
A
 
Q
A
 
P
T
 
E
E
 
K
E
 
E
T
 
Q
L
 
L
L
 
L
V
 
V
V
 
V
N
 
N
L
 
L
S
|
S
G
 
G
R
 
R
G
 
G
D
 
D
K
 
K
D
 
D
I
 
I
F
 
F
T
 
T
V
 
V
A
 
H
D
 
D
I
 
I
L
 
L
E
 
K
K
 
A
Q
 
R

6xinB The crystal structure of tryptophan synthase from salmonella enterica serovar typhimurium in complex with (2s)-3-amino-3-imino-2- phenyldiazenylpropanamide at the enzyme alpha-site.
80% identity, 97% coverage: 3:393/403 of query aligns to 2:393/396 of 6xinB

query
sites
6xinB
T
 
T
K
 
L
L
 
L
D
 
N
P
 
P
Y
 
Y
F
 
F
G
 
G
E
 
E
Y
 
F
G
 
G
G
 
G
M
 
M
F
 
Y
V
|
V
P
|
P
Q
 
Q
I
 
I
L
|
L
M
 
M
P
 
P
A
 
A
L
 
L
K
 
N
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
A
 
E
A
 
A
F
 
F
V
 
V
D
 
S
A
 
A
Q
 
Q
N
 
K
D
 
D
P
 
P
S
 
E
F
 
F
Q
 
Q
A
 
A
E
 
Q
F
 
F
T
 
A
D
 
D
L
 
L
L
 
L
K
 
K
N
 
N
Y
 
Y
A
 
A
G
 
G
R
 
R
P
 
P
T
 
T
A
 
A
L
 
L
T
 
T
L
 
K
T
 
C
R
 
Q
N
 
N
L
 
I
S
 
T
P
 
A
N
 
G
P
 
T
L
 
R
V
 
T
K
 
T
I
 
L
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
R
E
 
E
D
 
D
L
 
L
L
 
L
H
 
H
G
 
G
G
 
G
A
 
A
H
|
H
K
|
K
T
 
T
N
 
N
Q
 
Q
V
 
V
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
A
K
 
K
R
 
R
M
 
M
G
 
G
K
 
K
K
 
S
E
 
E
I
 
I
I
 
I
A
 
A
E
|
E
T
 
T
G
 
G
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
H
 
H
G
 
G
V
 
V
A
 
A
T
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
A
C
 
S
A
 
A
L
 
L
L
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
K
C
 
C
K
 
R
V
 
I
Y
 
Y
M
 
M
G
 
G
A
 
A
K
 
K
D
 
D
V
 
V
E
 
E
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
P
 
P
N
 
N
V
 
V
F
 
F
R
 
R
M
 
M
R
 
R
L
 
L
M
 
M
G
 
G
A
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
I
P
 
P
V
 
V
T
 
H
S
 
S
G
 
G
S
 
S
A
 
A
T
 
T
L
 
L
K
 
K
D
 
D
A
 
A
C
 
C
N
 
N
E
 
E
A
 
A
M
x
L
R
 
R
D
 
D
W
 
W
S
 
S
A
 
G
S
 
S
Y
 
Y
D
 
E
K
 
T
A
 
A
H
 
H
Y
|
Y
L
 
M
L
|
L
G
 
G
T
|
T
A
 
A
A
 
A
G
 
G
P
|
P
H
 
H
P
 
P
F
 
Y
P
 
P
T
 
T
I
 
I
V
 
V
R
 
R
E
 
E
F
 
F
Q
 
Q
R
 
R
M
 
M
I
 
I
G
 
G
E
 
E
E
 
E
T
 
T
K
 
K
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
L
 
L
E
 
D
R
 
K
E
 
E
G
 
G
R
 
R
L
 
L
P
 
P
D
 
D
A
 
A
V
 
V
I
 
I
A
 
A
C
 
C
V
 
V
G
|
G
G
 
G
G
|
G
S
|
S
N
|
N
A
 
A
I
 
I
G
 
G
M
 
M
F
 
F
A
 
A
D
 
D
F
 
F
I
 
I
D
 
N
E
 
D
P
 
T
S
 
S
V
 
V
K
 
G
L
 
L
I
 
I
G
 
G
V
 
V
E
 
E
P
 
P
A
 
G
G
 
G
L
 
H
G
 
G
I
 
I
D
 
E
T
 
T
P
 
G
K
 
E
H
 
H
G
 
G
A
 
A
P
 
P
L
 
L
K
 
K
H
 
H
G
 
G
K
 
R
T
 
V
G
 
G
I
 
I
F
 
Y
F
|
F
G
 
G
M
 
M
K
 
K
A
 
A
P
 
P
L
 
M
M
 
M
Q
 
Q
D
 
T
K
 
A
E
 
D
G
 
G
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
E
 
E
S
 
S
Y
 
Y
S
 
S
I
 
I
S
 
S
A
 
A
G
 
G
L
 
L
D
 
D
F
 
F
P
 
P
S
 
S
V
 
V
G
 
G
P
 
P
Q
 
Q
H
 
H
A
 
A
H
 
Y
L
 
L
A
 
N
A
 
S
T
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
T
 
D
Y
 
Y
E
 
V
S
 
S
A
 
I
T
 
T
D
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
E
A
 
A
F
 
F
Q
 
K
L
 
T
L
 
L
A
 
C
R
 
R
S
 
H
E
 
E
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
L
E
|
E
S
 
S
A
 
S
H
 
H
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Y
 
H
A
 
A
I
 
L
K
 
K
L
 
M
A
 
M
-
 
R
E
 
E
A
 
Q
A
 
P
T
 
E
E
 
K
E
 
E
T
 
Q
L
 
L
L
 
L
V
 
V
V
 
V
N
 
N
L
 
L
S
|
S
G
|
G
R
 
R
G
 
G
D
 
D
K
 
K
D
 
D
I
 
I
F
 
F
T
 
T
V
 
V
A
 
H
D
 
D
I
 
I
L
 
L
E
 
K
K
 
A
Q
 
R

4kkxB Crystal structure of tryptophan synthase from salmonella typhimurium with 2-aminophenol quinonoid in the beta site and the f6 inhibitor in the alpha site (see paper)
80% identity, 97% coverage: 3:393/403 of query aligns to 2:393/395 of 4kkxB

query
sites
4kkxB
T
 
T
K
 
L
L
 
L
D
 
N
P
 
P
Y
 
Y
F
 
F
G
 
G
E
 
E
Y
 
F
G
 
G
G
 
G
M
 
M
F
 
Y
V
 
V
P
 
P
Q
 
Q
I
 
I
L
 
L
M
 
M
P
 
P
A
 
A
L
 
L
K
 
N
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
A
 
E
A
 
A
F
 
F
V
 
V
D
 
S
A
 
A
Q
 
Q
N
 
K
D
 
D
P
 
P
S
 
E
F
 
F
Q
 
Q
A
 
A
E
 
Q
F
 
F
T
 
A
D
 
D
L
 
L
L
 
L
K
 
K
N
 
N
Y
 
Y
A
 
A
G
 
G
R
 
R
P
 
P
T
 
T
A
 
A
L
 
L
T
 
T
L
 
K
T
 
C
R
 
Q
N
 
N
L
 
I
S
 
T
P
 
A
N
 
G
P
 
T
L
 
R
V
 
T
K
 
T
I
 
L
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
R
E
 
E
D
 
D
L
 
L
L
 
L
H
 
H
G
 
G
G
 
G
A
 
A
H
|
H
K
|
K
T
 
T
N
 
N
Q
 
Q
V
 
V
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
A
K
 
K
R
 
R
M
 
M
G
 
G
K
 
K
K
 
S
E
 
E
I
 
I
I
 
I
A
 
A
E
|
E
T
|
T
G
|
G
A
|
A
G
 
G
Q
|
Q
H
|
H
G
 
G
V
 
V
A
 
A
T
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
A
C
 
S
A
 
A
L
 
L
L
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
K
C
 
C
K
 
R
V
 
I
Y
 
Y
M
 
M
G
 
G
A
 
A
K
 
K
D
 
D
V
 
V
E
 
E
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
P
 
P
N
 
N
V
 
V
F
 
F
R
 
R
M
 
M
R
 
R
L
 
L
M
 
M
G
 
G
A
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
I
P
 
P
V
 
V
T
 
H
S
 
S
G
 
G
S
 
S
A
 
A
T
 
T
L
|
L
K
 
K
D
 
D
A
 
A
C
 
C
N
 
N
E
 
E
A
 
A
M
 
L
R
 
R
D
 
D
W
 
W
S
 
S
A
 
G
S
 
S
Y
 
Y
D
 
E
K
 
T
A
 
A
H
 
H
Y
 
Y
L
 
M
L
 
L
G
 
G
T
|
T
A
 
A
A
 
A
G
 
G
P
 
P
H
 
H
P
 
P
F
 
Y
P
 
P
T
 
T
I
 
I
V
 
V
R
 
R
E
 
E
F
 
F
Q
 
Q
R
 
R
M
 
M
I
 
I
G
 
G
E
 
E
E
 
E
T
 
T
K
 
K
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
L
 
L
E
 
D
R
 
K
E
 
E
G
 
G
R
 
R
L
 
L
P
 
P
D
 
D
A
 
A
V
 
V
I
 
I
A
 
A
C
 
C
V
 
V
G
|
G
G
|
G
G
|
G
S
|
S
N
|
N
A
 
A
I
 
I
G
 
G
M
 
M
F
 
F
A
 
A
D
 
D
F
 
F
I
 
I
D
 
N
E
 
D
P
 
T
S
 
S
V
 
V
K
 
G
L
 
L
I
 
I
G
 
G
V
 
V
E
 
E
P
 
P
A
 
G
G
 
G
L
 
H
G
 
G
I
 
I
D
 
E
T
 
T
P
 
G
K
 
E
H
 
H
G
 
G
A
 
A
P
 
P
L
 
L
K
 
K
H
 
H
G
 
G
K
 
R
T
 
V
G
 
G
I
 
I
F
 
Y
F
 
F
G
 
G
M
 
M
K
 
K
A
 
A
P
 
P
L
 
M
M
 
M
Q
 
Q
D
 
T
K
 
A
E
 
D
G
 
G
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
E
 
E
S
 
S
Y
 
Y
S
 
S
I
 
I
S
 
S
A
 
A
G
|
G
L
 
L
D
 
D
F
|
F
P
 
P
S
 
S
V
 
V
G
 
G
P
 
P
Q
 
Q
H
 
H
A
 
A
H
 
Y
L
 
L
A
 
N
A
 
S
T
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
T
 
D
Y
 
Y
E
 
V
S
 
S
A
 
I
T
 
T
D
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
E
A
 
A
F
 
F
Q
 
K
L
 
T
L
 
L
A
 
C
R
 
R
S
 
H
E
 
E
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
L
E
|
E
S
 
S
A
 
S
H
 
H
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Y
 
H
A
 
A
I
 
L
K
 
K
L
 
M
A
 
M
-
 
R
E
 
E
A
 
Q
A
 
P
T
 
E
E
 
K
E
 
E
T
 
Q
L
 
L
L
 
L
V
 
V
V
 
V
N
 
N
L
 
L
S
|
S
G
|
G
R
 
R
G
 
G
D
 
D
K
 
K
D
 
D
I
 
I
F
 
F
T
 
T
V
 
V
A
 
H
D
 
D
I
 
I
L
 
L
E
 
K
K
 
A
Q
 
R

4hpxB Crystal structure of tryptophan synthase at 1.65 a resolution in complex with alpha aminoacrylate e(a-a) and benzimidazole in the beta site and the f9 inhibitor in the alpha site (see paper)
80% identity, 97% coverage: 3:393/403 of query aligns to 2:393/395 of 4hpxB

query
sites
4hpxB
T
|
T
K
 
L
L
|
L
D
x
N
P
 
P
Y
 
Y
F
 
F
G
 
G
E
 
E
Y
 
F
G
 
G
G
 
G
M
 
M
F
 
Y
V
 
V
P
 
P
Q
 
Q
I
 
I
L
 
L
M
 
M
P
 
P
A
 
A
L
 
L
K
 
N
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
A
 
E
A
 
A
F
 
F
V
 
V
D
 
S
A
 
A
Q
 
Q
N
 
K
D
 
D
P
 
P
S
 
E
F
 
F
Q
 
Q
A
 
A
E
 
Q
F
 
F
T
 
A
D
 
D
L
 
L
L
 
L
K
 
K
N
 
N
Y
 
Y
A
 
A
G
 
G
R
 
R
P
 
P
T
 
T
A
 
A
L
 
L
T
 
T
L
 
K
T
 
C
R
 
Q
N
 
N
L
 
I
S
 
T
P
 
A
N
 
G
P
 
T
L
 
R
V
 
T
K
 
T
I
 
L
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
R
E
 
E
D
 
D
L
 
L
L
 
L
H
 
H
G
 
G
G
 
G
A
 
A
H
|
H
K
|
K
T
 
T
N
 
N
Q
 
Q
V
 
V
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
A
K
 
K
R
 
R
M
 
M
G
 
G
K
 
K
K
 
S
E
 
E
I
 
I
I
 
I
A
 
A
E
|
E
T
|
T
G
|
G
A
|
A
G
|
G
Q
|
Q
H
|
H
G
 
G
V
 
V
A
 
A
T
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
A
C
 
S
A
 
A
L
 
L
L
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
K
C
 
C
K
 
R
V
 
I
Y
 
Y
M
 
M
G
 
G
A
|
A
K
|
K
D
 
D
V
 
V
E
 
E
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
P
 
P
N
 
N
V
 
V
F
 
F
R
 
R
M
 
M
R
 
R
L
 
L
M
 
M
G
 
G
A
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
I
P
 
P
V
 
V
T
 
H
S
 
S
G
 
G
S
 
S
A
 
A
T
 
T
L
|
L
K
 
K
D
 
D
A
 
A
C
 
C
N
 
N
E
 
E
A
 
A
M
 
L
R
 
R
D
 
D
W
 
W
S
 
S
A
 
G
S
 
S
Y
 
Y
D
 
E
K
 
T
A
 
A
H
 
H
Y
 
Y
L
 
M
L
 
L
G
|
G
T
|
T
A
 
A
A
 
A
G
 
G
P
 
P
H
 
H
P
 
P
F
 
Y
P
 
P
T
 
T
I
 
I
V
 
V
R
 
R
E
 
E
F
 
F
Q
 
Q
R
 
R
M
 
M
I
 
I
G
 
G
E
 
E
E
 
E
T
 
T
K
 
K
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
L
 
L
E
 
D
R
 
K
E
 
E
G
 
G
R
 
R
L
 
L
P
 
P
D
 
D
A
 
A
V
 
V
I
 
I
A
 
A
C
 
C
V
 
V
G
|
G
G
|
G
G
|
G
S
|
S
N
|
N
A
 
A
I
 
I
G
 
G
M
 
M
F
 
F
A
 
A
D
 
D
F
 
F
I
 
I
D
 
N
E
 
D
P
 
T
S
 
S
V
 
V
K
 
G
L
 
L
I
 
I
G
 
G
V
 
V
E
 
E
P
 
P
A
 
G
G
 
G
L
 
H
G
 
G
I
 
I
D
 
E
T
 
T
P
 
G
K
 
E
H
 
H
G
 
G
A
 
A
P
 
P
L
 
L
K
 
K
H
 
H
G
 
G
K
 
R
T
 
V
G
 
G
I
 
I
F
 
Y
F
 
F
G
 
G
M
 
M
K
 
K
A
 
A
P
 
P
L
 
M
M
 
M
Q
 
Q
D
 
T
K
 
A
E
 
D
G
 
G
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
E
 
E
S
 
S
Y
 
Y
S
 
S
I
 
I
S
 
S
A
 
A
G
|
G
L
 
L
D
 
D
F
|
F
P
 
P
S
 
S
V
 
V
G
 
G
P
 
P
Q
 
Q
H
 
H
A
 
A
H
 
Y
L
 
L
A
 
N
A
 
S
T
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
T
 
D
Y
 
Y
E
 
V
S
 
S
A
 
I
T
 
T
D
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
E
A
 
A
F
 
F
Q
 
K
L
 
T
L
 
L
A
 
C
R
 
R
S
 
H
E
 
E
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
L
E
|
E
S
 
S
A
 
S
H
 
H
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Y
 
H
A
 
A
I
 
L
K
 
K
L
 
M
A
 
M
-
 
R
E
 
E
A
 
Q
A
 
P
T
 
E
E
 
K
E
 
E
T
 
Q
L
 
L
L
 
L
V
 
V
V
 
V
N
 
N
L
 
L
S
|
S
G
|
G
R
 
R
G
 
G
D
 
D
K
 
K
D
 
D
I
 
I
F
 
F
T
 
T
V
 
V
A
 
H
D
 
D
I
 
I
L
 
L
E
 
K
K
 
A
Q
 
R

4hpjB Crystal structure of tryptophan synthase at 1.45 a resolution in complex with 2-aminophenol quinonoid in the beta site and the f9 inhibitor in the alpha site (see paper)
80% identity, 97% coverage: 3:393/403 of query aligns to 2:393/395 of 4hpjB

query
sites
4hpjB
T
 
T
K
 
L
L
 
L
D
 
N
P
 
P
Y
 
Y
F
 
F
G
 
G
E
 
E
Y
 
F
G
 
G
G
 
G
M
 
M
F
 
Y
V
 
V
P
 
P
Q
 
Q
I
 
I
L
 
L
M
 
M
P
 
P
A
 
A
L
 
L
K
 
N
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
A
 
E
A
 
A
F
 
F
V
 
V
D
 
S
A
 
A
Q
 
Q
N
 
K
D
 
D
P
 
P
S
 
E
F
 
F
Q
 
Q
A
 
A
E
 
Q
F
 
F
T
 
A
D
 
D
L
 
L
L
 
L
K
 
K
N
 
N
Y
 
Y
A
 
A
G
 
G
R
 
R
P
 
P
T
 
T
A
 
A
L
 
L
T
 
T
L
 
K
T
 
C
R
 
Q
N
 
N
L
 
I
S
 
T
P
 
A
N
 
G
P
 
T
L
 
R
V
 
T
K
 
T
I
 
L
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
R
E
 
E
D
 
D
L
 
L
L
 
L
H
 
H
G
 
G
G
 
G
A
 
A
H
|
H
K
|
K
T
 
T
N
 
N
Q
 
Q
V
 
V
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
A
K
 
K
R
 
R
M
 
M
G
 
G
K
 
K
K
 
S
E
 
E
I
 
I
I
 
I
A
 
A
E
|
E
T
|
T
G
|
G
A
|
A
G
 
G
Q
|
Q
H
|
H
G
 
G
V
 
V
A
 
A
T
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
A
C
 
S
A
 
A
L
 
L
L
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
K
C
 
C
K
 
R
V
 
I
Y
 
Y
M
 
M
G
 
G
A
 
A
K
 
K
D
 
D
V
 
V
E
 
E
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
P
 
P
N
 
N
V
 
V
F
 
F
R
 
R
M
 
M
R
 
R
L
 
L
M
 
M
G
 
G
A
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
I
P
 
P
V
 
V
T
 
H
S
 
S
G
 
G
S
 
S
A
 
A
T
 
T
L
|
L
K
 
K
D
 
D
A
 
A
C
 
C
N
 
N
E
 
E
A
 
A
M
 
L
R
 
R
D
 
D
W
 
W
S
 
S
A
 
G
S
 
S
Y
 
Y
D
 
E
K
 
T
A
 
A
H
 
H
Y
 
Y
L
 
M
L
 
L
G
 
G
T
|
T
A
 
A
A
 
A
G
 
G
P
 
P
H
 
H
P
 
P
F
 
Y
P
 
P
T
 
T
I
 
I
V
 
V
R
 
R
E
 
E
F
 
F
Q
 
Q
R
 
R
M
 
M
I
 
I
G
 
G
E
 
E
E
 
E
T
 
T
K
 
K
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
L
 
L
E
 
D
R
 
K
E
 
E
G
 
G
R
 
R
L
 
L
P
 
P
D
 
D
A
 
A
V
 
V
I
 
I
A
 
A
C
 
C
V
 
V
G
|
G
G
|
G
G
|
G
S
|
S
N
|
N
A
 
A
I
 
I
G
 
G
M
 
M
F
 
F
A
 
A
D
 
D
F
 
F
I
 
I
D
 
N
E
 
D
P
 
T
S
 
S
V
 
V
K
 
G
L
 
L
I
 
I
G
 
G
V
 
V
E
 
E
P
 
P
A
 
G
G
 
G
L
 
H
G
 
G
I
 
I
D
 
E
T
 
T
P
 
G
K
 
E
H
 
H
G
 
G
A
 
A
P
 
P
L
 
L
K
 
K
H
 
H
G
 
G
K
 
R
T
 
V
G
 
G
I
 
I
F
 
Y
F
 
F
G
 
G
M
 
M
K
 
K
A
 
A
P
 
P
L
 
M
M
 
M
Q
 
Q
D
 
T
K
 
A
E
 
D
G
 
G
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
E
 
E
S
 
S
Y
 
Y
S
 
S
I
 
I
S
 
S
A
 
A
G
|
G
L
 
L
D
 
D
F
 
F
P
 
P
S
 
S
V
 
V
G
 
G
P
 
P
Q
 
Q
H
 
H
A
 
A
H
 
Y
L
 
L
A
 
N
A
 
S
T
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
T
 
D
Y
 
Y
E
 
V
S
 
S
A
 
I
T
 
T
D
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
E
A
 
A
F
 
F
Q
 
K
L
 
T
L
 
L
A
 
C
R
 
R
S
 
H
E
 
E
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
L
E
|
E
S
 
S
A
 
S
H
 
H
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Y
 
H
A
 
A
I
 
L
K
 
K
L
 
M
A
 
M
-
 
R
E
 
E
A
 
Q
A
 
P
T
 
E
E
 
K
E
 
E
T
 
Q
L
 
L
L
 
L
V
 
V
V
 
V
N
 
N
L
 
L
S
|
S
G
|
G
R
 
R
G
 
G
D
 
D
K
 
K
D
 
D
I
 
I
F
 
F
T
 
T
V
 
V
A
 
H
D
 
D
I
 
I
L
 
L
E
 
K
K
 
A
Q
 
R

4hn4B Tryptophan synthase in complex with alpha aminoacrylate e(a-a) form and the f9 inhibitor in the alpha site (see paper)
80% identity, 97% coverage: 3:393/403 of query aligns to 2:393/395 of 4hn4B

query
sites
4hn4B
T
 
T
K
 
L
L
 
L
D
 
N
P
 
P
Y
 
Y
F
 
F
G
 
G
E
 
E
Y
 
F
G
 
G
G
 
G
M
 
M
F
 
Y
V
 
V
P
 
P
Q
 
Q
I
 
I
L
 
L
M
 
M
P
 
P
A
 
A
L
 
L
K
 
N
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
A
 
E
A
 
A
F
 
F
V
 
V
D
 
S
A
 
A
Q
 
Q
N
 
K
D
 
D
P
 
P
S
 
E
F
 
F
Q
 
Q
A
 
A
E
 
Q
F
 
F
T
 
A
D
 
D
L
 
L
L
 
L
K
 
K
N
 
N
Y
 
Y
A
 
A
G
 
G
R
 
R
P
 
P
T
 
T
A
 
A
L
 
L
T
 
T
L
 
K
T
 
C
R
 
Q
N
 
N
L
 
I
S
 
T
P
 
A
N
 
G
P
 
T
L
 
R
V
 
T
K
 
T
I
 
L
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
R
E
 
E
D
 
D
L
 
L
L
 
L
H
 
H
G
 
G
G
 
G
A
 
A
H
|
H
K
|
K
T
 
T
N
 
N
Q
 
Q
V
 
V
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
A
K
 
K
R
 
R
M
 
M
G
 
G
K
 
K
K
 
S
E
 
E
I
 
I
I
 
I
A
 
A
E
|
E
T
|
T
G
|
G
A
|
A
G
 
G
Q
|
Q
H
|
H
G
 
G
V
 
V
A
 
A
T
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
A
C
 
S
A
 
A
L
 
L
L
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
K
C
 
C
K
 
R
V
 
I
Y
 
Y
M
 
M
G
 
G
A
 
A
K
 
K
D
 
D
V
 
V
E
 
E
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
P
 
P
N
 
N
V
 
V
F
 
F
R
 
R
M
 
M
R
 
R
L
 
L
M
 
M
G
 
G
A
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
I
P
 
P
V
 
V
T
 
H
S
 
S
G
 
G
S
 
S
A
 
A
T
 
T
L
 
L
K
 
K
D
 
D
A
 
A
C
 
C
N
 
N
E
 
E
A
 
A
M
 
L
R
 
R
D
 
D
W
 
W
S
 
S
A
 
G
S
 
S
Y
 
Y
D
 
E
K
 
T
A
 
A
H
 
H
Y
 
Y
L
 
M
L
 
L
G
 
G
T
|
T
A
 
A
A
 
A
G
 
G
P
 
P
H
 
H
P
 
P
F
 
Y
P
 
P
T
 
T
I
 
I
V
 
V
R
 
R
E
 
E
F
 
F
Q
 
Q
R
 
R
M
 
M
I
 
I
G
 
G
E
 
E
E
 
E
T
 
T
K
 
K
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
L
 
L
E
 
D
R
 
K
E
 
E
G
 
G
R
 
R
L
 
L
P
 
P
D
 
D
A
 
A
V
 
V
I
 
I
A
 
A
C
 
C
V
 
V
G
|
G
G
 
G
G
|
G
S
|
S
N
|
N
A
 
A
I
 
I
G
 
G
M
 
M
F
 
F
A
 
A
D
 
D
F
 
F
I
 
I
D
 
N
E
 
D
P
 
T
S
 
S
V
 
V
K
 
G
L
 
L
I
 
I
G
 
G
V
 
V
E
 
E
P
 
P
A
 
G
G
 
G
L
 
H
G
 
G
I
 
I
D
 
E
T
 
T
P
 
G
K
 
E
H
 
H
G
 
G
A
 
A
P
 
P
L
 
L
K
 
K
H
 
H
G
 
G
K
 
R
T
 
V
G
 
G
I
 
I
F
 
Y
F
 
F
G
 
G
M
 
M
K
 
K
A
 
A
P
 
P
L
 
M
M
 
M
Q
 
Q
D
 
T
K
 
A
E
 
D
G
 
G
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
E
 
E
S
 
S
Y
 
Y
S
 
S
I
 
I
S
 
S
A
 
A
G
|
G
L
 
L
D
 
D
F
 
F
P
 
P
S
 
S
V
 
V
G
 
G
P
 
P
Q
 
Q
H
 
H
A
 
A
H
 
Y
L
 
L
A
 
N
A
 
S
T
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
T
 
D
Y
 
Y
E
 
V
S
 
S
A
 
I
T
 
T
D
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
E
A
 
A
F
 
F
Q
 
K
L
 
T
L
 
L
A
 
C
R
 
R
S
 
H
E
 
E
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
L
E
|
E
S
 
S
A
 
S
H
 
H
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Y
 
H
A
 
A
I
 
L
K
 
K
L
 
M
A
 
M
-
 
R
E
 
E
A
 
Q
A
 
P
T
 
E
E
 
K
E
 
E
T
 
Q
L
 
L
L
 
L
V
 
V
V
 
V
N
 
N
L
 
L
S
|
S
G
|
G
R
 
R
G
 
G
D
 
D
K
 
K
D
 
D
I
 
I
F
 
F
T
 
T
V
 
V
A
 
H
D
 
D
I
 
I
L
 
L
E
 
K
K
 
A
Q
 
R

7lv5B The internal aldimine form of the wild-type salmonella typhimurium tryptophan synthase in complex with inhibitor n-(4'- trifluoromethoxybenzenesulfonyl)-2-amino-1-ethylphosphate (f9f) at the enzyme alpha-site, cesium ion at the metal coordination site and l-histidine at the enzyme beta-site at 1.55 angstrom resolution
80% identity, 97% coverage: 3:393/403 of query aligns to 2:393/393 of 7lv5B

query
sites
7lv5B
T
 
T
K
 
L
L
 
L
D
 
N
P
 
P
Y
 
Y
F
 
F
G
 
G
E
 
E
Y
 
F
G
 
G
G
 
G
M
 
M
F
 
Y
V
 
V
P
 
P
Q
 
Q
I
 
I
L
 
L
M
 
M
P
 
P
A
 
A
L
 
L
K
 
N
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
A
 
E
A
 
A
F
 
F
V
 
V
D
 
S
A
 
A
Q
 
Q
N
 
K
D
 
D
P
 
P
S
 
E
F
 
F
Q
 
Q
A
 
A
E
 
Q
F
 
F
T
 
A
D
 
D
L
 
L
L
 
L
K
 
K
N
 
N
Y
 
Y
A
 
A
G
 
G
R
 
R
P
 
P
T
 
T
A
 
A
L
 
L
T
 
T
L
 
K
T
 
C
R
 
Q
N
 
N
L
 
I
S
 
T
P
 
A
N
 
G
P
 
T
L
 
R
V
 
T
K
 
T
I
 
L
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
R
E
 
E
D
 
D
L
 
L
L
 
L
H
 
H
G
 
G
G
 
G
A
 
A
H
|
H
K
|
K
T
 
T
N
 
N
Q
 
Q
V
 
V
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
A
K
 
K
R
 
R
M
 
M
G
 
G
K
 
K
K
 
S
E
 
E
I
 
I
I
 
I
A
 
A
E
|
E
T
|
T
G
|
G
A
 
A
G
 
G
Q
|
Q
H
|
H
G
 
G
V
 
V
A
 
A
T
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
A
C
 
S
A
 
A
L
 
L
L
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
K
C
 
C
K
 
R
V
 
I
Y
 
Y
M
 
M
G
 
G
A
 
A
K
 
K
D
 
D
V
 
V
E
 
E
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
P
 
P
N
 
N
V
 
V
F
 
F
R
 
R
M
 
M
R
 
R
L
 
L
M
 
M
G
 
G
A
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
I
P
 
P
V
 
V
T
 
H
S
 
S
G
 
G
S
 
S
A
 
A
T
 
T
L
|
L
K
 
K
D
 
D
A
 
A
C
 
C
N
 
N
E
 
E
A
 
A
M
 
L
R
 
R
D
 
D
W
 
W
S
 
S
A
 
G
S
 
S
Y
 
Y
D
 
E
K
 
T
A
 
A
H
 
H
Y
 
Y
L
 
M
L
 
L
G
 
G
T
|
T
A
 
A
A
 
A
G
 
G
P
 
P
H
 
H
P
 
P
F
 
Y
P
 
P
T
 
T
I
 
I
V
 
V
R
 
R
E
 
E
F
 
F
Q
 
Q
R
 
R
M
 
M
I
 
I
G
 
G
E
 
E
E
 
E
T
 
T
K
 
K
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
L
 
L
E
 
D
R
 
K
E
 
E
G
 
G
R
 
R
L
 
L
P
 
P
D
 
D
A
 
A
V
 
V
I
 
I
A
 
A
C
 
C
V
 
V
G
|
G
G
 
G
G
|
G
S
|
S
N
|
N
A
 
A
I
 
I
G
 
G
M
 
M
F
 
F
A
 
A
D
 
D
F
 
F
I
 
I
D
 
N
E
 
D
P
 
T
S
 
S
V
 
V
K
 
G
L
 
L
I
 
I
G
 
G
V
 
V
E
 
E
P
 
P
A
 
G
G
 
G
L
 
H
G
 
G
I
 
I
D
 
E
T
 
T
P
 
G
K
 
E
H
 
H
G
 
G
A
 
A
P
 
P
L
 
L
K
 
K
H
 
H
G
 
G
K
 
R
T
 
V
G
 
G
I
 
I
F
 
Y
F
 
F
G
 
G
M
 
M
K
 
K
A
 
A
P
 
P
L
 
M
M
 
M
Q
 
Q
D
 
T
K
 
A
E
 
D
G
 
G
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
E
 
E
S
 
S
Y
 
Y
S
 
S
I
 
I
S
 
S
A
 
A
G
 
G
L
 
L
D
 
D
F
 
F
P
 
P
S
 
S
V
 
V
G
 
G
P
 
P
Q
 
Q
H
 
H
A
 
A
H
 
Y
L
 
L
A
 
N
A
 
S
T
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
T
 
D
Y
 
Y
E
 
V
S
 
S
A
 
I
T
 
T
D
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
E
A
 
A
F
 
F
Q
 
K
L
 
T
L
 
L
A
 
C
R
 
R
S
 
H
E
 
E
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
L
E
|
E
S
 
S
A
 
S
H
 
H
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Y
 
H
A
 
A
I
 
L
K
 
K
L
 
M
A
 
M
-
 
R
E
 
E
A
 
Q
A
 
P
T
 
E
E
 
K
E
 
E
T
 
Q
L
 
L
L
 
L
V
 
V
V
 
V
N
 
N
L
 
L
S
|
S
G
|
G
R
 
R
G
 
G
D
 
D
K
 
K
D
 
D
I
 
I
F
 
F
T
 
T
V
 
V
A
 
H
D
 
D
I
 
I
L
 
L
E
 
K
K
 
A
Q
 
R

3cepB Structure of a tryptophan synthase quinonoid intermediate (see paper)
80% identity, 97% coverage: 3:393/403 of query aligns to 2:393/393 of 3cepB

query
sites
3cepB
T
 
T
K
 
L
L
 
L
D
 
N
P
 
P
Y
 
Y
F
 
F
G
 
G
E
 
E
Y
 
F
G
 
G
G
 
G
M
 
M
F
 
Y
V
 
V
P
 
P
Q
 
Q
I
 
I
L
 
L
M
 
M
P
 
P
A
 
A
L
 
L
K
 
N
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
A
 
E
A
 
A
F
 
F
V
 
V
D
 
S
A
 
A
Q
 
Q
N
 
K
D
 
D
P
 
P
S
 
E
F
 
F
Q
 
Q
A
 
A
E
 
Q
F
 
F
T
 
A
D
 
D
L
 
L
L
 
L
K
 
K
N
 
N
Y
 
Y
A
 
A
G
 
G
R
 
R
P
 
P
T
 
T
A
 
A
L
 
L
T
 
T
L
 
K
T
 
C
R
 
Q
N
 
N
L
 
I
S
 
T
P
 
A
N
 
G
P
 
T
L
 
R
V
 
T
K
 
T
I
 
L
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
R
E
 
E
D
 
D
L
 
L
L
 
L
H
 
H
G
 
G
G
 
G
A
 
A
H
|
H
K
|
K
T
 
T
N
 
N
Q
 
Q
V
 
V
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
A
K
 
K
R
 
R
M
 
M
G
 
G
K
 
K
K
 
S
E
 
E
I
 
I
I
 
I
A
 
A
E
 
E
T
|
T
G
|
G
A
|
A
G
|
G
Q
|
Q
H
|
H
G
 
G
V
 
V
A
 
A
T
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
A
C
 
S
A
 
A
L
 
L
L
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
K
C
 
C
K
 
R
V
 
I
Y
 
Y
M
 
M
G
 
G
A
 
A
K
 
K
D
 
D
V
 
V
E
 
E
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
P
 
P
N
 
N
V
 
V
F
 
F
R
 
R
M
 
M
R
 
R
L
 
L
M
 
M
G
 
G
A
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
I
P
 
P
V
 
V
T
 
H
S
 
S
G
 
G
S
 
S
A
 
A
T
 
T
L
|
L
K
 
K
D
 
D
A
 
A
C
 
C
N
 
N
E
 
E
A
 
A
M
 
L
R
 
R
D
 
D
W
 
W
S
 
S
A
 
G
S
 
S
Y
 
Y
D
 
E
K
 
T
A
 
A
H
 
H
Y
 
Y
L
 
M
L
 
L
G
 
G
T
|
T
A
 
A
A
 
A
G
 
G
P
 
P
H
 
H
P
 
P
F
 
Y
P
 
P
T
 
T
I
 
I
V
 
V
R
 
R
E
 
E
F
 
F
Q
 
Q
R
 
R
M
 
M
I
 
I
G
 
G
E
 
E
E
 
E
T
 
T
K
 
K
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
L
 
L
E
 
D
R
 
K
E
 
E
G
 
G
R
 
R
L
 
L
P
 
P
D
 
D
A
 
A
V
 
V
I
 
I
A
 
A
C
 
C
V
 
V
G
|
G
G
|
G
G
|
G
S
|
S
N
|
N
A
 
A
I
 
I
G
 
G
M
 
M
F
 
F
A
 
A
D
 
D
F
 
F
I
 
I
D
 
N
E
 
D
P
 
T
S
 
S
V
 
V
K
 
G
L
 
L
I
 
I
G
 
G
V
 
V
E
 
E
P
 
P
A
 
G
G
 
G
L
 
H
G
 
G
I
 
I
D
 
E
T
 
T
P
 
G
K
 
E
H
 
H
G
 
G
A
 
A
P
 
P
L
 
L
K
 
K
H
 
H
G
 
G
K
 
R
T
 
V
G
 
G
I
 
I
F
 
Y
F
 
F
G
 
G
M
 
M
K
 
K
A
 
A
P
 
P
L
 
M
M
 
M
Q
 
Q
D
 
T
K
 
A
E
 
D
G
 
G
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
E
 
E
S
 
S
Y
 
Y
S
 
S
I
 
I
S
 
S
A
 
A
G
|
G
L
 
L
D
 
D
F
|
F
P
 
P
S
 
S
V
 
V
G
 
G
P
 
P
Q
 
Q
H
 
H
A
 
A
H
 
Y
L
 
L
A
 
N
A
 
S
T
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
T
 
D
Y
 
Y
E
 
V
S
 
S
A
 
I
T
 
T
D
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
E
A
 
A
F
 
F
Q
 
K
L
 
T
L
 
L
A
 
C
R
 
R
S
 
H
E
 
E
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
L
E
|
E
S
 
S
A
 
S
H
 
H
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Y
 
H
A
 
A
I
 
L
K
 
K
L
 
M
A
 
M
-
 
R
E
 
E
A
 
Q
A
 
P
T
 
E
E
 
K
E
 
E
T
 
Q
L
 
L
L
 
L
V
 
V
V
 
V
N
 
N
L
 
L
S
|
S
G
|
G
R
 
R
G
 
G
D
 
D
K
 
K
D
 
D
I
 
I
F
 
F
T
 
T
V
 
V
A
 
H
D
 
D
I
 
I
L
 
L
E
 
K
K
 
A
Q
 
R

5cgqB Crystal structure of tryptophan synthase from salmonella typhimurium in complex with f9 ligand in the alpha-site and the product l- tryptophan in the beta-site.
80% identity, 96% coverage: 3:390/403 of query aligns to 2:390/390 of 5cgqB

query
sites
5cgqB
T
 
T
K
 
L
L
 
L
D
 
N
P
 
P
Y
 
Y
F
 
F
G
 
G
E
 
E
Y
 
F
G
 
G
G
 
G
M
 
M
F
 
Y
V
 
V
P
 
P
Q
 
Q
I
 
I
L
 
L
M
 
M
P
 
P
A
 
A
L
 
L
K
 
N
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
A
 
E
A
 
A
F
 
F
V
 
V
D
 
S
A
 
A
Q
 
Q
N
 
K
D
 
D
P
 
P
S
 
E
F
 
F
Q
 
Q
A
 
A
E
 
Q
F
 
F
T
 
A
D
 
D
L
 
L
L
 
L
K
 
K
N
 
N
Y
 
Y
A
 
A
G
 
G
R
 
R
P
 
P
T
 
T
A
 
A
L
 
L
T
 
T
L
 
K
T
 
C
R
 
Q
N
 
N
L
 
I
S
 
T
P
 
A
N
 
G
P
 
T
L
 
R
V
 
T
K
 
T
I
 
L
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
R
E
 
E
D
 
D
L
 
L
L
 
L
H
 
H
G
 
G
G
 
G
A
 
A
H
|
H
K
|
K
T
 
T
N
 
N
Q
 
Q
V
 
V
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
A
K
 
K
R
 
R
M
 
M
G
 
G
K
 
K
K
 
S
E
 
E
I
 
I
I
 
I
A
 
A
E
|
E
T
|
T
G
|
G
A
|
A
G
 
G
Q
|
Q
H
|
H
G
 
G
V
 
V
A
 
A
T
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
A
C
 
S
A
 
A
L
 
L
L
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
K
C
 
C
K
 
R
V
 
I
Y
 
Y
M
 
M
G
 
G
A
 
A
K
 
K
D
 
D
V
 
V
E
 
E
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
P
 
P
N
 
N
V
 
V
F
 
F
R
 
R
M
 
M
R
 
R
L
 
L
M
 
M
G
 
G
A
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
I
P
 
P
V
 
V
T
 
H
S
 
S
G
 
G
S
 
S
A
 
A
T
 
T
L
|
L
K
 
K
D
 
D
A
 
A
C
 
C
N
 
N
E
 
E
A
 
A
M
 
L
R
 
R
D
 
D
W
 
W
S
 
S
A
 
G
S
 
S
Y
 
Y
D
 
E
K
 
T
A
 
A
H
 
H
Y
 
Y
L
 
M
L
 
L
G
 
G
T
|
T
A
 
A
A
 
A
G
 
G
P
 
P
H
 
H
P
 
P
F
 
Y
P
 
P
T
 
T
I
 
I
V
 
V
R
 
R
E
 
E
F
 
F
Q
 
Q
R
 
R
M
 
M
I
 
I
G
 
G
E
 
E
E
 
E
T
 
T
K
 
K
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
L
 
L
E
 
D
R
 
K
E
 
E
G
 
G
R
 
R
L
 
L
P
 
P
D
 
D
A
 
A
V
 
V
I
 
I
A
 
A
C
 
C
V
 
V
G
|
G
G
 
G
G
|
G
S
|
S
N
|
N
A
 
A
I
 
I
G
 
G
M
 
M
F
 
F
A
 
A
D
 
D
F
 
F
I
 
I
D
 
N
E
 
D
P
 
T
S
 
S
V
 
V
K
 
G
L
 
L
I
 
I
G
 
G
V
 
V
E
 
E
P
 
P
A
 
G
G
 
G
L
 
H
G
 
G
I
 
I
D
 
E
T
 
T
P
 
G
K
 
E
H
 
H
G
 
G
A
 
A
P
 
P
L
 
L
K
 
K
H
 
H
G
 
G
K
 
R
T
 
V
G
 
G
I
 
I
F
 
Y
F
 
F
G
 
G
M
 
M
K
 
K
A
 
A
P
 
P
L
 
M
M
 
M
Q
 
Q
D
 
T
K
 
A
E
 
D
G
 
G
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
E
 
E
S
 
S
Y
 
Y
S
 
S
I
 
I
S
 
S
A
 
A
G
 
G
L
 
L
D
 
D
F
|
F
P
 
P
S
 
S
V
 
V
G
 
G
P
 
P
Q
 
Q
H
 
H
A
 
A
H
 
Y
L
 
L
A
 
N
A
 
S
T
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
T
 
D
Y
 
Y
E
 
V
S
 
S
A
 
I
T
 
T
D
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
E
A
 
A
F
 
F
Q
 
K
L
 
T
L
 
L
A
 
C
R
 
R
S
 
H
E
 
E
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
L
E
|
E
S
 
S
A
 
S
H
 
H
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Y
 
H
A
 
A
I
 
L
K
 
K
L
 
M
A
 
M
-
 
R
E
 
E
A
 
Q
A
 
P
T
 
E
E
 
K
E
 
E
T
 
Q
L
 
L
L
 
L
V
 
V
V
 
V
N
 
N
L
 
L
S
|
S
G
|
G
R
 
R
G
 
G
D
 
D
K
 
K
D
 
D
I
 
I
F
 
F
T
 
T
V
 
V
A
 
H
D
 
D
I
 
I
L
 
L

2clfB Tryptophan synthase in complex with n-(4'- trifluoromethoxybenzoyl)-2-amino-1-ethylphosphate (f6) - highf6 complex (see paper)
80% identity, 97% coverage: 3:393/403 of query aligns to 2:393/394 of 2clfB

query
sites
2clfB
T
 
T
K
 
L
L
 
L
D
 
N
P
 
P
Y
 
Y
F
 
F
G
 
G
E
 
E
Y
 
F
G
 
G
G
 
G
M
 
M
F
 
Y
V
 
V
P
|
P
Q
 
Q
I
 
I
L
 
L
M
 
M
P
 
P
A
 
A
L
 
L
K
 
N
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
A
 
E
A
 
A
F
 
F
V
 
V
D
 
R
A
 
A
Q
 
Q
N
 
K
D
 
D
P
 
P
S
 
E
F
 
F
Q
 
Q
A
 
A
E
 
Q
F
 
F
T
 
A
D
 
D
L
 
L
L
 
L
K
 
K
N
 
N
Y
 
Y
A
 
A
G
 
G
R
 
R
P
 
P
T
 
T
A
 
A
L
 
L
T
 
T
L
 
K
T
 
C
R
 
Q
N
 
N
L
 
I
S
 
T
P
 
A
N
 
G
P
 
T
L
 
R
V
 
T
K
 
T
I
 
L
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
R
E
 
E
D
 
D
L
 
L
L
 
L
H
 
H
G
 
G
G
 
G
A
 
A
H
|
H
K
|
K
T
 
T
N
 
N
Q
 
Q
V
 
V
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
A
K
 
K
R
 
R
M
 
M
G
 
G
K
 
K
K
 
S
E
 
E
I
 
I
I
 
I
A
 
A
E
|
E
T
|
T
G
|
G
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
H
|
H
G
 
G
V
 
V
A
 
A
T
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
A
C
 
S
A
 
A
L
 
L
L
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
K
C
 
C
K
 
R
V
 
I
Y
 
Y
M
 
M
G
 
G
A
 
A
K
 
K
D
 
D
V
 
V
E
 
E
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
P
 
P
N
 
N
V
 
V
F
 
F
R
 
R
M
 
M
R
 
R
L
 
L
M
 
M
G
 
G
A
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
I
P
 
P
V
 
V
T
 
H
S
 
S
G
 
G
S
 
S
A
 
A
T
 
T
L
|
L
K
 
K
D
 
D
A
 
A
C
|
C
N
 
N
E
 
E
A
 
A
M
 
L
R
 
R
D
 
D
W
 
W
S
 
S
A
 
G
S
 
S
Y
 
Y
D
 
E
K
 
T
A
 
A
H
 
H
Y
 
Y
L
 
M
L
|
L
G
|
G
T
|
T
A
 
A
A
 
A
G
 
G
P
 
P
H
 
H
P
 
P
F
 
Y
P
 
P
T
 
T
I
 
I
V
 
V
R
 
R
E
 
E
F
 
F
Q
 
Q
R
 
R
M
 
M
I
 
I
G
 
G
E
 
E
E
 
E
T
 
T
K
 
K
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
L
 
L
E
 
D
R
 
K
E
 
E
G
 
G
R
 
R
L
 
L
P
 
P
D
 
D
A
 
A
V
 
V
I
 
I
A
 
A
C
 
C
V
 
V
G
|
G
G
|
G
G
|
G
S
|
S
N
|
N
A
 
A
I
 
I
G
 
G
M
 
M
F
 
F
A
 
A
D
 
D
F
 
F
I
 
I
D
 
N
E
 
D
P
 
T
S
 
S
V
 
V
K
 
G
L
 
L
I
 
I
G
 
G
V
 
V
E
 
E
P
 
P
A
 
G
G
 
G
L
 
H
G
 
G
I
 
I
D
 
E
T
 
T
P
 
G
K
 
E
H
 
H
G
 
G
A
 
A
P
 
P
L
 
L
K
 
K
H
 
H
G
 
G
K
 
R
T
 
V
G
 
G
I
 
I
F
 
Y
F
|
F
G
 
G
M
 
M
K
 
K
A
 
A
P
 
P
L
 
M
M
 
M
Q
 
Q
D
 
T
K
 
A
E
 
D
G
 
G
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
E
 
E
S
 
S
Y
 
Y
S
 
S
I
 
I
S
 
S
A
 
A
G
 
G
L
 
L
D
 
D
F
 
F
P
 
P
S
 
S
V
 
V
G
 
G
P
 
P
Q
 
Q
H
 
H
A
 
A
H
 
Y
L
 
L
A
 
N
A
 
S
T
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
T
 
D
Y
 
Y
E
 
V
S
 
S
A
 
I
T
 
T
D
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
E
A
 
A
F
 
F
Q
 
K
L
 
T
L
 
L
A
 
C
R
 
R
S
 
H
E
 
E
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
L
E
|
E
S
 
S
A
 
S
H
 
H
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Y
 
H
A
 
A
I
 
L
K
 
K
L
 
M
A
 
M
-
 
R
E
 
E
A
 
Q
A
 
P
T
 
E
E
 
K
E
 
E
T
 
Q
L
 
L
L
 
L
V
 
V
V
 
V
N
 
N
L
 
L
S
|
S
G
|
G
R
 
R
G
 
G
D
 
D
K
 
K
D
 
D
I
 
I
F
 
F
T
 
T
V
 
V
A
 
H
D
 
D
I
 
I
L
 
L
E
 
K
K
 
A
Q
 
R

Sites not aligning to the query:

1qopB Crystal structure of wild-type tryptophan synthase complexed with indole propanol phosphate (see paper)
80% identity, 96% coverage: 3:390/403 of query aligns to 2:390/390 of 1qopB

query
sites
1qopB
T
 
T
K
 
L
L
 
L
D
 
N
P
 
P
Y
 
Y
F
 
F
G
 
G
E
 
E
Y
 
F
G
 
G
G
 
G
M
 
M
F
 
Y
V
 
V
P
 
P
Q
 
Q
I
 
I
L
 
L
M
 
M
P
 
P
A
 
A
L
 
L
K
 
N
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
A
 
E
A
 
A
F
 
F
V
 
V
D
 
S
A
 
A
Q
 
Q
N
 
K
D
 
D
P
 
P
S
 
E
F
 
F
Q
 
Q
A
 
A
E
 
Q
F
 
F
T
 
A
D
 
D
L
 
L
L
 
L
K
 
K
N
 
N
Y
 
Y
A
 
A
G
 
G
R
 
R
P
 
P
T
 
T
A
 
A
L
 
L
T
 
T
L
 
K
T
 
C
R
 
Q
N
 
N
L
 
I
S
 
T
P
 
A
N
 
G
P
 
T
L
 
R
V
 
T
K
 
T
I
 
L
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
R
E
 
E
D
 
D
L
 
L
L
 
L
H
 
H
G
 
G
G
 
G
A
|
A
H
|
H
K
|
K
T
 
T
N
 
N
Q
 
Q
V
 
V
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
A
K
 
K
R
 
R
M
 
M
G
 
G
K
 
K
K
 
S
E
 
E
I
 
I
I
 
I
A
 
A
E
 
E
T
 
T
G
 
G
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
H
 
H
G
 
G
V
 
V
A
 
A
T
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
A
C
 
S
A
 
A
L
 
L
L
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
K
C
 
C
K
 
R
V
 
I
Y
 
Y
M
 
M
G
 
G
A
 
A
K
 
K
D
 
D
V
 
V
E
 
E
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
P
 
P
N
 
N
V
 
V
F
 
F
R
 
R
M
 
M
R
 
R
L
 
L
M
 
M
G
 
G
A
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
I
P
 
P
V
 
V
T
 
H
S
 
S
G
 
G
S
 
S
A
 
A
T
 
T
L
 
L
K
 
K
D
 
D
A
 
A
C
 
C
N
 
N
E
 
E
A
 
A
M
 
L
R
 
R
D
 
D
W
 
W
S
 
S
A
 
G
S
 
S
Y
 
Y
D
 
E
K
 
T
A
 
A
H
 
H
Y
 
Y
L
 
M
L
 
L
G
 
G
T
|
T
A
 
A
A
 
A
G
 
G
P
 
P
H
 
H
P
 
P
F
 
Y
P
 
P
T
 
T
I
 
I
V
 
V
R
 
R
E
 
E
F
 
F
Q
 
Q
R
 
R
M
 
M
I
 
I
G
 
G
E
 
E
E
 
E
T
 
T
K
 
K
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
L
 
L
E
 
D
R
 
K
E
 
E
G
 
G
R
 
R
L
 
L
P
 
P
D
 
D
A
 
A
V
 
V
I
 
I
A
 
A
C
 
C
V
 
V
G
|
G
G
 
G
G
|
G
S
|
S
N
|
N
A
 
A
I
 
I
G
 
G
M
 
M
F
 
F
A
 
A
D
 
D
F
 
F
I
 
I
D
 
N
E
 
D
P
 
T
S
 
S
V
 
V
K
 
G
L
 
L
I
 
I
G
 
G
V
 
V
E
 
E
P
 
P
A
 
G
G
 
G
L
 
H
G
 
G
I
 
I
D
 
E
T
 
T
P
 
G
K
 
E
H
 
H
G
 
G
A
 
A
P
|
P
L
 
L
K
 
K
H
 
H
G
 
G
K
 
R
T
 
V
G
 
G
I
 
I
F
 
Y
F
 
F
G
 
G
M
 
M
K
 
K
A
 
A
P
 
P
L
 
M
M
 
M
Q
 
Q
D
 
T
K
 
A
E
 
D
G
 
G
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
E
 
E
S
 
S
Y
 
Y
S
 
S
I
 
I
S
 
S
A
 
A
G
 
G
L
 
L
D
 
D
F
|
F
P
 
P
S
|
S
V
 
V
G
 
G
P
 
P
Q
 
Q
H
 
H
A
 
A
H
 
Y
L
 
L
A
 
N
A
 
S
T
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
T
 
D
Y
 
Y
E
 
V
S
 
S
A
 
I
T
 
T
D
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
E
A
 
A
F
 
F
Q
 
K
L
 
T
L
 
L
A
 
C
R
 
R
S
 
H
E
 
E
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
L
E
|
E
S
 
S
A
 
S
H
 
H
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Y
 
H
A
 
A
I
 
L
K
 
K
L
 
M
A
 
M
-
 
R
E
 
E
A
 
Q
A
 
P
T
 
E
E
 
K
E
 
E
T
 
Q
L
 
L
L
 
L
V
 
V
V
 
V
N
 
N
L
 
L
S
|
S
G
|
G
R
 
R
G
 
G
D
 
D
K
 
K
D
 
D
I
 
I
F
 
F
T
 
T
V
 
V
A
 
H
D
 
D
I
 
I
L
 
L

1a50B Crystal structure of wild-type tryptophan synthase complexed with 5- fluoroindole propanol phosphate (see paper)
80% identity, 96% coverage: 3:390/403 of query aligns to 2:390/390 of 1a50B

query
sites
1a50B
T
 
T
K
 
L
L
 
L
D
 
N
P
 
P
Y
 
Y
F
 
F
G
 
G
E
 
E
Y
 
F
G
 
G
G
 
G
M
 
M
F
 
Y
V
 
V
P
 
P
Q
 
Q
I
 
I
L
 
L
M
 
M
P
 
P
A
 
A
L
 
L
K
 
N
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
A
 
E
A
 
A
F
 
F
V
 
V
D
 
R
A
 
A
Q
 
Q
N
 
K
D
 
D
P
 
P
S
 
E
F
 
F
Q
 
Q
A
 
A
E
 
Q
F
 
F
T
 
A
D
 
D
L
 
L
L
 
L
K
 
K
N
 
N
Y
 
Y
A
 
A
G
 
G
R
 
R
P
 
P
T
 
T
A
 
A
L
 
L
T
 
T
L
 
K
T
 
C
R
 
Q
N
 
N
L
 
I
S
 
T
P
 
A
N
 
G
P
 
T
L
 
R
V
 
T
K
 
T
I
 
L
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
R
E
 
E
D
 
D
L
 
L
L
 
L
H
 
H
G
 
G
G
 
G
A
 
A
H
|
H
K
|
K
T
 
T
N
 
N
Q
 
Q
V
 
V
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
A
K
 
K
R
 
R
M
 
M
G
 
G
K
 
K
K
 
S
E
 
E
I
 
I
I
 
I
A
 
A
E
|
E
T
|
T
G
 
G
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
H
 
H
G
 
G
V
 
V
A
 
A
T
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
A
C
 
S
A
 
A
L
 
L
L
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
K
C
 
C
K
 
R
V
 
I
Y
 
Y
M
 
M
G
 
G
A
 
A
K
 
K
D
 
D
V
 
V
E
 
E
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
P
 
P
N
 
N
V
 
V
F
 
F
R
 
R
M
 
M
R
 
R
L
 
L
M
 
M
G
 
G
A
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
I
P
 
P
V
 
V
T
 
H
S
 
S
G
 
G
S
 
S
A
 
A
T
 
T
L
 
L
K
 
K
D
 
D
A
 
A
C
 
C
N
 
N
E
 
E
A
 
A
M
 
L
R
 
R
D
 
D
W
 
W
S
 
S
A
 
G
S
 
S
Y
 
Y
D
 
E
K
 
T
A
 
A
H
 
H
Y
 
Y
L
 
M
L
 
L
G
 
G
T
|
T
A
 
A
A
 
A
G
 
G
P
 
P
H
 
H
P
 
P
F
 
Y
P
 
P
T
 
T
I
 
I
V
 
V
R
 
R
E
 
E
F
 
F
Q
 
Q
R
 
R
M
 
M
I
 
I
G
 
G
E
 
E
E
 
E
T
 
T
K
 
K
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
L
 
L
E
 
D
R
 
K
E
 
E
G
 
G
R
 
R
L
 
L
P
 
P
D
 
D
A
 
A
V
 
V
I
 
I
A
 
A
C
 
C
V
 
V
G
|
G
G
|
G
G
|
G
S
|
S
N
|
N
A
 
A
I
 
I
G
 
G
M
 
M
F
 
F
A
 
A
D
 
D
F
 
F
I
 
I
D
 
N
E
 
D
P
 
T
S
 
S
V
 
V
K
 
G
L
 
L
I
 
I
G
 
G
V
 
V
E
 
E
P
 
P
A
 
G
G
 
G
L
 
H
G
 
G
I
 
I
D
 
E
T
 
T
P
 
G
K
 
E
H
 
H
G
 
G
A
 
A
P
 
P
L
 
L
K
 
K
H
 
H
G
 
G
K
 
R
T
 
V
G
 
G
I
 
I
F
 
Y
F
 
F
G
 
G
M
 
M
K
 
K
A
 
A
P
 
P
L
 
M
M
 
M
Q
 
Q
D
 
T
K
 
A
E
 
D
G
 
G
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
E
 
E
S
 
S
Y
 
Y
S
 
S
I
 
I
S
 
S
A
 
A
G
 
G
L
 
L
D
 
D
F
 
F
P
 
P
S
 
S
V
 
V
G
 
G
P
 
P
Q
 
Q
H
 
H
A
 
A
H
 
Y
L
 
L
A
 
N
A
 
S
T
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
T
 
D
Y
 
Y
E
 
V
S
 
S
A
 
I
T
 
T
D
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
E
A
 
A
F
 
F
Q
 
K
L
 
T
L
 
L
A
 
C
R
 
R
S
 
H
E
 
E
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
L
E
|
E
S
|
S
A
 
S
H
 
H
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Y
 
H
A
 
A
I
 
L
K
 
K
L
 
M
A
 
M
-
 
R
E
 
E
A
 
Q
A
 
P
T
 
E
E
 
K
E
 
E
T
 
Q
L
 
L
L
 
L
V
 
V
V
 
V
N
 
N
L
 
L
S
|
S
G
|
G
R
 
R
G
 
G
D
 
D
K
 
K
D
 
D
I
 
I
F
 
F
T
 
T
V
 
V
A
 
H
D
 
D
I
 
I
L
 
L

7jqwB The external aldimine crystal structure of salmonella typhimurium tryptophan synthase mutant beta-s377a in complex with cesium ion at the metal coordination site. The single beta-q114 rotamer conformation allows a hydrogen bond to form with the plp oxygen at the position 3 in the ring
79% identity, 97% coverage: 3:393/403 of query aligns to 2:393/395 of 7jqwB

query
sites
7jqwB
T
 
T
K
 
L
L
 
L
D
 
N
P
 
P
Y
 
Y
F
 
F
G
 
G
E
 
E
Y
 
F
G
 
G
G
 
G
M
 
M
F
 
Y
V
 
V
P
 
P
Q
|
Q
I
 
I
L
 
L
M
|
M
P
|
P
A
 
A
L
 
L
K
 
N
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
A
 
E
A
 
A
F
 
F
V
 
V
D
 
S
A
 
A
Q
 
Q
N
 
K
D
 
D
P
 
P
S
 
E
F
 
F
Q
 
Q
A
 
A
E
 
Q
F
 
F
T
 
A
D
 
D
L
 
L
L
 
L
K
 
K
N
 
N
Y
 
Y
A
 
A
G
 
G
R
 
R
P
 
P
T
 
T
A
 
A
L
 
L
T
 
T
L
 
K
T
 
C
R
 
Q
N
 
N
L
 
I
S
 
T
P
 
A
N
 
G
P
 
T
L
 
R
V
 
T
K
 
T
I
 
L
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
R
E
 
E
D
 
D
L
 
L
L
 
L
H
|
H
G
 
G
G
 
G
A
 
A
H
|
H
K
|
K
T
 
T
N
 
N
Q
 
Q
V
 
V
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
A
K
 
K
R
 
R
M
 
M
G
 
G
K
 
K
K
 
S
E
 
E
I
 
I
I
 
I
A
 
A
E
 
E
T
|
T
G
|
G
A
|
A
G
 
G
Q
|
Q
H
|
H
G
 
G
V
|
V
A
 
A
T
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
A
C
 
S
A
 
A
L
 
L
L
 
L
G
 
G
L
 
L
K
|
K
C
 
C
K
 
R
V
 
I
Y
 
Y
M
 
M
G
 
G
A
 
A
K
 
K
D
 
D
V
 
V
E
 
E
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
P
 
P
N
 
N
V
 
V
F
 
F
R
 
R
M
 
M
R
|
R
L
 
L
M
 
M
G
|
G
A
|
A
E
|
E
V
 
V
I
 
I
P
 
P
V
 
V
T
 
H
S
 
S
G
 
G
S
 
S
A
 
A
T
 
T
L
 
L
K
 
K
D
 
D
A
 
A
C
 
C
N
 
N
E
 
E
A
 
A
M
 
L
R
 
R
D
 
D
W
 
W
S
 
S
A
 
G
S
 
S
Y
 
Y
D
 
E
K
 
T
A
 
A
H
 
H
Y
 
Y
L
 
M
L
 
L
G
 
G
T
|
T
A
 
A
A
 
A
G
 
G
P
 
P
H
 
H
P
 
P
F
 
Y
P
 
P
T
 
T
I
 
I
V
 
V
R
 
R
E
 
E
F
 
F
Q
 
Q
R
 
R
M
 
M
I
 
I
G
 
G
E
 
E
E
 
E
T
 
T
K
 
K
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
L
 
L
E
 
D
R
 
K
E
 
E
G
 
G
R
 
R
L
 
L
P
 
P
D
 
D
A
 
A
V
 
V
I
 
I
A
 
A
C
 
C
V
 
V
G
|
G
G
 
G
G
|
G
S
|
S
N
|
N
A
 
A
I
 
I
G
 
G
M
 
M
F
 
F
A
 
A
D
 
D
F
 
F
I
 
I
D
 
N
E
 
D
P
 
T
S
 
S
V
 
V
K
 
G
L
 
L
I
 
I
G
 
G
V
 
V
E
 
E
P
 
P
A
 
G
G
 
G
L
 
H
G
 
G
I
 
I
D
 
E
T
 
T
P
 
G
K
 
E
H
 
H
G
 
G
A
 
A
P
 
P
L
 
L
K
 
K
H
 
H
G
 
G
K
 
R
T
 
V
G
 
G
I
 
I
F
 
Y
F
 
F
G
 
G
M
 
M
K
 
K
A
 
A
P
 
P
L
 
M
M
 
M
Q
 
Q
D
 
T
K
 
A
E
 
D
G
 
G
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
E
 
E
S
 
S
Y
 
Y
S
 
S
I
 
I
S
 
S
A
 
A
G
|
G
L
 
L
D
|
D
F
 
F
P
 
P
S
 
S
V
 
V
G
 
G
P
 
P
Q
 
Q
H
 
H
A
 
A
H
 
Y
L
 
L
A
 
N
A
 
S
T
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
T
 
D
Y
 
Y
E
 
V
S
 
S
A
 
I
T
 
T
D
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
E
A
 
A
F
 
F
Q
 
K
L
 
T
L
 
L
A
 
C
R
 
R
S
 
H
E
 
E
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
L
E
|
E
S
 
S
A
 
S
H
 
H
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Y
 
H
A
 
A
I
 
L
K
 
K
L
 
M
A
 
M
-
 
R
E
 
E
A
 
Q
A
 
P
T
 
E
E
 
K
E
 
E
T
 
Q
L
 
L
L
 
L
V
 
V
V
 
V
N
 
N
L
 
L
S
 
A
G
 
G
R
 
R
G
 
G
D
 
D
K
 
K
D
 
D
I
 
I
F
 
F
T
 
T
V
 
V
A
 
H
D
 
D
I
 
I
L
 
L
E
 
K
K
 
A
Q
 
R

Query Sequence

>5209802 FitnessBrowser__PV4:5209802
MMTKLDPYFGEYGGMFVPQILMPALKQLEAAFVDAQNDPSFQAEFTDLLKNYAGRPTALT
LTRNLSPNPLVKIYLKREDLLHGGAHKTNQVLGQALLAKRMGKKEIIAETGAGQHGVATA
LACALLGLKCKVYMGAKDVERQSPNVFRMRLMGAEVIPVTSGSATLKDACNEAMRDWSAS
YDKAHYLLGTAAGPHPFPTIVREFQRMIGEETKAQILEREGRLPDAVIACVGGGSNAIGM
FADFIDEPSVKLIGVEPAGLGIDTPKHGAPLKHGKTGIFFGMKAPLMQDKEGQIEESYSI
SAGLDFPSVGPQHAHLAATGRATYESATDDEALAAFQLLARSEGIIPALESAHALAYAIK
LAEAATEETLLVVNLSGRGDKDIFTVADILEKQQANNEESGNE

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory