SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 5209923 Shew_2371 Na+/solute symporter (RefSeq) to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 1 hits to proteins with known functional sites (download)

P07117 Sodium/proline symporter; Proline carrier; Proline permease; Propionate transporter from Escherichia coli (strain K12) (see 4 papers)
22% identity, 84% coverage: 14:496/572 of query aligns to 10:439/502 of P07117

query
sites
P07117
T
 
T
F
 
F
A
 
C
L
 
V
Y
 
Y
I
 
I
-
 
F
-
 
G
-
 
M
-
 
I
-
 
L
-
 
I
G
 
G
I
 
F
A
 
I
I
 
A
W
 
W
S
 
R
R
 
S
A
 
T
G
 
K
S
 
N
T
 
F
K
 
D
E
 
D
F
 
Y
Y
 
I
V
 
L
A
 
G
G
 
G
G
 
R
G
 
S
V
 
L
H
 
G
P
 
P
V
 
F
M
 
V
N
 
T
G
 
A
M
 
L
A
 
S
T
 
A
A
 
G
A
 
A
D
 
S
W
 
D
M
 
M
S
 
S
A
 
G
A
 
W
S
 
L
F
 
L
I
 
M
S
 
G
L
 
L
A
 
P
G
 
G
I
 
A
V
 
V
S
 
F
F
 
L
V
 
S
G
 
G
Y
 
I
D
 
S
G
 
E
S
 
S
V
 
W
Y
 
I
L
 
A
M
 
I
G
 
G
W
 
L
T
 
T
G
 
L
G
 
G
Y
 
A
V
 
W
L
 
I
L
 
N
A
 
W
L
 
K
C
 
L
M
 
V
A
 
A
P
 
G
Y
 
R
L
 
L
R
 
R
K
 
V
F
 
H
G
 
T
K
 
E
F
 
Y
-
 
N
-
 
N
-
 
N
-
 
A
-
 
L
T
 
T
V
 
L
P
 
P
D
 
D
F
 
Y
I
 
F
G
 
T
D
 
G
R
 
R
Y
 
F
Y
 
E
S
 
D
Q
 
K
A
 
S
A
 
-
R
 
R
T
 
I
V
 
L
A
 
R
V
 
I
V
 
I
C
 
S
A
 
A
-
 
L
-
 
V
I
 
I
F
 
L
I
 
L
C
 
F
F
 
F
T
 
T
-
 
I
Y
 
Y
I
 
C
A
 
A
G
 
S
Q
 
G
M
 
I
R
 
V
G
 
A
V
 
G
G
 
A
V
 
R
V
 
L
F
 
F
S
 
E
R
 
S
F
 
T
L
 
F
E
 
G
V
 
M
E
 
S
V
 
Y
D
 
E
T
 
T
G
 
A
V
 
L
Y
 
W
I
 
A
G
 
G
M
 
A
A
 
A
V
 
A
V
 
T
F
 
I
F
 
L
Y
 
Y
A
 
T
V
 
F
L
 
I
G
 
G
G
 
G
M
 
F
K
 
L
G
 
A
I
 
V
T
 
S
Y
 
W
T
 
T
Q
 
D
V
 
T
A
 
V
Q
 
Q
Y
 
A
C
 
S
V
 
L
L
 
M
I
 
I
F
 
F
A
 
A
F
 
L
M
 
I
V
 
L
P
 
T
A
 
P
I
 
V
F
 
I
I
 
V
S
 
-
V
 
-
M
 
-
M
 
-
T
 
-
G
 
-
H
 
-
I
 
I
L
 
I
P
 
S
Q
 
V
L
 
G
G
 
G
F
 
F
G
 
G
A
 
D
E
 
S
L
 
L
V
 
E
D
 
V
A
 
I
A
 
K
G
 
Q
N
 
K
N
 
S
T
 
-
G
 
-
V
 
-
Y
 
-
L
 
-
L
 
I
E
 
E
K
 
N
L
 
V
D
 
D
G
 
M
L
 
L
S
 
-
A
 
-
Q
 
-
L
 
-
G
 
-
F
 
-
S
 
-
Q
 
-
Y
 
-
T
 
-
E
 
-
G
 
-
S
 
-
K
 
K
G
 
G
M
 
L
I
 
N
D
 
F
V
 
V
F
 
A
F
 
I
I
 
I
T
 
S
G
 
-
A
 
-
L
 
L
M
 
M
-
 
G
-
 
W
-
 
G
F
 
L
G
 
G
T
 
Y
A
 
F
G
 
G
L
 
Q
P
 
P
H
 
H
V
 
I
I
 
L
V
 
A
R
|
R
F
 
F
F
 
M
T
 
A
V
 
A
P
 
D
K
 
S
-
 
H
-
 
H
-
 
S
-
 
I
V
 
V
K
 
H
D
 
A
A
 
R
R
 
R
V
 
I
S
 
S
A
 
M
G
 
T
W
 
W
A
 
-
L
 
-
V
 
-
F
 
-
I
 
-
A
 
-
I
 
-
M
 
-
Y
 
-
T
 
-
T
 
-
I
 
-
P
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
-
A
 
-
F
 
-
S
 
-
R
 
-
V
 
-
N
 
-
M
 
M
I
 
I
E
 
L
T
x
C
I
 
L
N
 
A
G
 
G
P
 
A
E
 
V
S
 
A
T
 
V
-
 
G
-
 
F
-
 
F
G
 
G
V
 
I
A
 
A
Y
 
Y
E
 
-
T
 
-
A
 
-
P
 
-
D
 
-
W
 
-
I
 
-
K
 
-
N
 
-
W
 
-
E
 
-
K
 
-
T
 
-
G
 
-
L
 
-
I
 
-
K
 
-
W
 
-
D
 
-
D
 
-
K
 
F
N
 
N
N
 
D
D
 
H
G
 
P
K
 
A
I
 
L
Y
 
A
Y
 
G
A
 
A
K
 
V
G
 
N
E
 
Q
T
 
N
N
 
A
E
 
E
M
 
R
K
 
V
I
 
F
D
 
I
R
 
E
D
 
L
I
 
A
M
 
Q
V
 
I
L
 
L
A
 
F
T
 
N
P
 
P
E
 
-
I
 
-
A
 
-
N
 
-
L
 
-
P
 
-
A
 
-
W
 
W
V
 
I
I
 
A
A
 
G
L
 
I
V
 
L
A
 
L
A
 
S
G
 
A
G
 
I
L
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
V
L
 
M
S
 
S
T
 
T
S
 
L
A
 
S
G
x
C
L
 
Q
L
 
L
L
 
L
V
 
V
I
x
C
S
 
S
T
 
S
S
 
A
V
 
I
S
 
T
H
 
E
D
 
D
L
 
L
L
 
Y
K
 
K
K
 
A
N
 
F
F
 
L
M
 
R
P
 
K
D
 
H
I
 
A
S
 
S
D
 
Q
K
 
K
Q
 
E
E
 
L
L
 
V
L
 
W
Y
 
V
A
 
G
R
|
R
I
 
V
A
 
M
A
 
V
A
 
L
L
 
V
G
 
V
I
 
A
V
 
L
M
 
V
A
 
A
G
 
I
Y
 
A
F
 
L
G
 
A
I
 
A
N
 
N
P
 
P
P
 
E
G
 
N
F
 
R
V
 
V
A
 
L
A
 
G
V
 
L
V
 
V
A
 
S
I
 
Y
A
 
A
F
 
W
G
 
A
L
 
G
A
 
F
A
 
G
S
 
A
S
 
A
L
 
F
F
 
G
P
 
P
A
 
V
I
 
V
I
 
L
M
 
F
G
 
S
I
 
V
F
 
M
S
 
W
R
 
S
T
 
R
M
 
M
N
 
T
K
 
R
E
 
N
G
 
G
A
 
A
I
 
L
A
 
A
G
 
G
M
 
M
V
 
I
I
 
I
G
 
G
L
 
A
L
 
L

Query Sequence

>5209923 Shew_2371 Na+/solute symporter (RefSeq)
MDVQTLTYLIVGFTFALYIGIAIWSRAGSTKEFYVAGGGVHPVMNGMATAADWMSAASFI
SLAGIVSFVGYDGSVYLMGWTGGYVLLALCMAPYLRKFGKFTVPDFIGDRYYSQAARTVA
VVCAIFICFTYIAGQMRGVGVVFSRFLEVEVDTGVYIGMAVVFFYAVLGGMKGITYTQVA
QYCVLIFAFMVPAIFISVMMTGHILPQLGFGAELVDAAGNNTGVYLLEKLDGLSAQLGFS
QYTEGSKGMIDVFFITGALMFGTAGLPHVIVRFFTVPKVKDARVSAGWALVFIAIMYTTI
PALAAFSRVNMIETINGPESTGVAYETAPDWIKNWEKTGLIKWDDKNNDGKIYYAKGETN
EMKIDRDIMVLATPEIANLPAWVIALVAAGGLAAALSTSAGLLLVISTSVSHDLLKKNFM
PDISDKQELLYARIAAALGIVMAGYFGINPPGFVAAVVAIAFGLAASSLFPAIIMGIFSR
TMNKEGAIAGMVIGLLFSASYIIYFKFVNPGDNNASNWLFGISPEGIGMLGMIINFAVAF
IVSKVTAAVPQNVVDMVESIRFPKGAGEAHDH

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory