SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 5210198 Shew_2641 PTS system, glucose-like IIB subunint (RefSeq) to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 4 hits to proteins with known functional sites (download)

P69786 PTS system glucose-specific EIICB component; EIICB-Glc; EII-Glc; EC 2.7.1.199 from Escherichia coli (strain K12) (see 4 papers)
42% identity, 96% coverage: 21:488/490 of query aligns to 3:477/477 of P69786

query
sites
P69786
R
 
K
Q
 
N
W
 
A
F
 
F
K
 
A
F
 
N
A
 
L
Q
 
Q
R
 
K
L
 
V
S
 
G
Q
 
K
A
 
S
L
 
L
L
 
M
L
 
L
P
 
P
I
 
V
A
 
S
I
 
V
L
 
L
P
 
P
A
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
I
M
 
L
I
 
L
G
 
G
L
 
V
A
 
G
T
 
S
N
 
A
P
 
N
I
 
F
P
 
S
F
 
W
I
 
L
S
 
P
A
 
A
D
 
V
L
 
V
A
 
S
T
 
H
L
 
V
M
 
M
W
 
A
T
 
E
V
 
A
G
 
G
N
 
G
L
 
S
V
 
V
F
 
F
S
 
A
M
 
N
M
 
M
P
 
P
M
 
L
L
 
I
F
 
F
A
 
A
V
 
I
T
 
G
I
 
V
A
 
A
I
 
L
G
 
G
F
 
F
C
 
T
R
 
N
D
 
N
Q
 
D
G
 
G
I
 
V
A
 
S
A
 
A
F
 
L
S
 
A
A
 
A
V
 
V
F
 
V
G
 
A
Y
 
Y
G
 
G
V
 
I
F
 
M
F
 
V
S
 
K
S
 
T
L
 
M
S
 
A
A
 
V
L
 
V
A
 
A
K
 
P
-
 
L
I
 
V
Y
 
L
H
 
H
L
 
L
P
 
P
T
 
A
E
 
E
M
 
E
I
 
I
L
 
A
G
 
S
Q
 
K
A
 
H
T
 
L
I
 
A
D
 
D
T
 
T
G
 
G
I
 
V
A
 
L
G
 
G
G
 
G
M
 
I
M
 
I
V
 
S
G
 
G
A
 
A
F
 
I
T
 
A
C
 
A
L
 
Y
V
 
M
V
 
F
K
 
N
H
 
R
S
 
F
E
 
Y
R
 
R
I
 
I
R
 
K
L
 
L
P
 
P
A
 
E
V
 
Y
F
 
L
S
 
G
F
 
F
F
 
F
E
 
A
G
 
G
R
 
K
R
 
R
S
 
F
A
 
V
P
 
P
L
 
I
L
 
I
M
 
S
L
 
G
P
 
L
M
 
A
A
 
A
I
 
I
L
 
F
L
 
T
A
 
G
Y
 
V
L
 
V
F
 
L
L
 
S
L
 
F
L
 
I
W
 
W
P
 
P
L
 
P
L
 
I
S
 
G
N
 
S
W
 
A
I
 
I
E
 
Q
Q
 
T
I
 
F
S
 
S
N
 
Q
W
 
W
A
 
A
V
 
A
Y
 
Y
Q
 
Q
E
 
N
P
 
P
A
 
V
S
 
V
A
 
A
F
 
F
A
 
G
V
 
I
Y
 
Y
G
 
G
M
 
F
V
 
I
E
 
E
R
 
R
L
x
C
L
 
L
I
 
V
P
 
P
L
 
F
G
 
G
L
 
L
H
 
H
H
 
H
I
 
I
W
 
W
N
 
N
A
 
V
P
 
P
F
 
F
Y
 
Q
L
 
M
E
 
Q
M
 
I
G
 
G
Q
 
E
Y
 
Y
F
 
T
N
 
N
G
 
A
D
 
A
E
 
G
W
 
Q
V
 
V
-
 
F
R
 
H
G
 
G
E
 
D
V
 
I
A
 
P
R
 
R
Y
 
Y
L
 
M
A
 
A
G
 
G
D
 
D
P
 
P
Q
 
T
A
 
A
G
 
G
N
 
K
L
 
L
A
 
S
G
 
G
G
 
G
Y
 
F
L
 
L
I
 
F
K
 
K
M
 
M
W
 
Y
G
 
G
L
 
L
P
 
P
A
 
A
A
 
A
A
 
A
L
 
I
A
 
A
I
 
I
W
 
W
R
 
H
C
 
S
A
 
A
D
 
K
K
 
P
H
 
E
E
 
N
R
 
R
N
 
A
R
 
K
V
 
V
A
 
G
G
 
G
I
 
I
M
 
M
L
 
I
S
 
S
A
 
A
A
 
A
T
 
L
A
 
T
C
 
S
W
 
F
L
 
L
T
 
T
G
 
G
V
 
I
T
 
T
E
 
E
P
 
P
I
 
I
E
 
E
F
 
F
A
 
S
F
 
F
M
 
M
F
 
F
V
 
V
A
 
A
P
 
P
L
 
I
L
 
L
F
 
Y
I
 
I
L
 
I
H
 
H
A
 
A
L
 
I
M
 
L
T
 
A
G
 
G
I
 
L
A
 
A
Y
 
F
A
 
P
V
 
I
T
x
C
I
 
I
S
 
L
L
 
L
D
 
G
I
 
M
H
 
R
H
 
D
S
 
G
V
 
T
V
 
S
F
 
F
S
 
S
H
 
H
G
 
G
L
 
L
V
 
I
D
 
D
F
 
F
S
 
I
L
 
V
L
 
L
L
 
S
G
 
G
Q
 
N
S
 
S
R
 
S
N
 
K
V
 
L
E
 
W
W
 
L
F
 
F
L
 
P
I
 
I
L
 
V
G
 
G
P
 
I
L
 
G
T
 
Y
A
 
A
V
 
I
I
 
V
Y
 
Y
Y
 
Y
L
 
T
V
 
I
F
 
F
R
 
R
G
 
V
A
 
L
I
 
I
L
 
K
A
 
A
F
 
L
N
 
D
L
 
L
K
 
K
T
 
T
P
 
P
G
 
G
R
 
R
M
 
E
E
 
D
A
 
A
G
 
T
S
 
E
G
 
D
Q
 
A
R
 
K
A
 
A
G
 
T
L
 
G
I
 
T
S
 
S
-
 
E
-
 
M
-
 
A
-
 
P
-
 
A
M
 
L
I
 
V
T
 
A
A
 
A
L
 
F
G
 
G
G
 
G
Q
 
K
D
 
E
N
 
N
I
 
I
N
 
T
E
 
N
L
 
L
T
 
D
A
 
A
C
|
C
L
 
I
T
 
T
R
 
R
L
 
L
R
 
R
I
 
V
S
 
S
V
 
V
K
 
A
H
 
D
A
 
V
E
 
S
L
 
K
V
 
V
D
 
D
K
 
Q
A
 
A
Q
 
G
L
 
L
N
 
K
K
 
K
L
 
L
G
 
G
A
 
A
K
 
A
G
 
G
V
 
V
V
|
V
L
 
V
V
x
A
G
 
G
N
 
S
G
 
G
V
 
V
Q
|
Q
L
 
A
V
 
I
Y
 
F
G
 
G
T
 
T
K
 
K
A
 
S
E
 
D
S
 
N
I
 
L
R
 
K
R
 
T
L
 
E
L
 
M
Q
 
D
R
 
E
Y
 
Y
L
 
I
D
 
R
R
 
N
H
 
H

P09323 PTS system N-acetylglucosamine-specific EIICBA component; EIICBA-Nag; EII-Nag; EC 2.7.1.193 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
35% identity, 94% coverage: 26:487/490 of query aligns to 6:468/648 of P09323

query
sites
P09323
F
 
F
A
 
F
Q
 
Q
R
 
R
L
 
L
S
 
G
Q
 
R
A
 
A
L
 
L
L
 
Q
L
 
L
P
 
P
I
 
I
A
 
A
I
 
V
L
 
L
P
 
P
A
 
V
A
 
A
G
 
A
V
 
L
M
 
L
I
 
L
G
 
-
L
 
-
A
 
-
T
 
-
N
 
-
P
 
-
I
 
-
P
 
R
F
 
F
I
 
G
S
 
Q
A
 
P
D
 
D
L
 
L
A
 
L
T
 
N
L
 
V
M
 
A
W
 
F
-
 
I
-
 
A
T
 
Q
V
 
A
G
 
G
N
 
G
L
 
A
V
 
I
F
 
F
S
 
D
M
 
N
M
 
L
P
 
A
M
 
L
L
 
I
F
 
F
A
 
A
V
 
I
T
 
G
I
 
V
A
 
A
I
 
S
G
 
S
F
 
W
C
 
S
R
 
K
D
 
D
Q
 
S
G
 
A
I
 
G
A
 
A
A
 
-
F
 
-
S
 
-
A
 
-
V
 
-
F
 
-
G
 
-
Y
 
-
G
 
-
V
 
-
F
 
-
F
 
-
S
 
A
S
 
A
L
 
L
S
 
A
A
 
G
L
 
A
A
 
V
K
 
G
I
 
Y
Y
 
F
H
 
V
L
 
L
P
 
T
T
 
K
E
 
A
M
 
M
I
 
V
L
 
T
G
 
I
Q
 
N
A
 
P
T
 
E
I
 
I
D
 
N
T
 
M
G
 
G
I
 
V
A
 
L
G
 
A
G
 
G
M
 
I
M
 
I
V
 
T
G
 
G
A
 
L
F
 
V
T
 
G
C
 
G
L
 
A
V
 
A
V
 
Y
K
 
N
H
 
R
S
 
W
E
 
S
R
 
D
I
 
I
R
 
K
L
 
L
P
 
P
A
 
D
V
 
F
F
 
L
S
 
S
F
 
F
F
 
F
E
 
G
G
 
G
R
 
K
R
 
R
S
 
F
A
 
V
P
 
P
L
 
I
L
 
A
M
 
T
L
 
G
P
 
F
M
 
F
A
 
C
I
 
L
L
 
V
L
 
L
A
 
A
Y
 
A
L
 
I
F
 
F
L
 
G
L
 
Y
L
 
V
W
 
W
P
 
P
L
 
P
L
 
V
S
 
Q
N
 
H
W
 
A
I
 
I
E
 
H
Q
 
A
I
 
G
S
 
G
N
 
E
W
 
W
A
 
I
V
 
V
Y
 
-
Q
 
S
E
 
A
P
 
G
A
 
A
S
 
L
A
 
G
F
 
S
A
 
G
V
 
I
Y
 
F
G
 
G
M
 
F
V
 
I
E
 
N
R
 
R
L
 
L
L
 
L
I
 
I
P
 
P
L
 
T
G
 
G
L
 
L
H
 
H
H
 
Q
I
 
V
W
 
L
N
 
N
A
 
T
P
 
I
F
 
A
Y
 
W
L
 
F
E
 
Q
M
 
I
G
 
G
Q
 
E
Y
 
F
F
 
T
N
 
N
G
 
A
D
 
A
E
 
G
W
 
T
V
 
V
-
 
F
R
 
H
G
 
G
E
 
D
V
 
I
A
 
N
R
 
R
Y
 
F
L
 
Y
A
 
A
G
 
G
D
 
D
P
 
G
Q
 
T
A
 
A
G
 
G
N
 
M
L
 
F
A
 
M
G
 
S
G
 
G
Y
 
F
L
 
F
-
 
P
I
 
I
K
 
M
M
 
M
W
 
F
G
 
G
L
 
L
P
 
P
A
 
G
A
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
A
I
 
M
W
 
Y
R
 
F
C
 
A
A
 
A
D
 
P
K
 
K
H
 
E
E
 
R
R
 
R
N
 
P
R
 
M
V
 
V
A
 
G
G
 
G
I
 
M
M
 
L
L
 
L
S
 
S
A
 
V
A
 
A
T
 
V
A
 
T
C
 
A
W
 
F
L
 
L
T
 
T
G
 
G
V
 
V
T
 
T
E
 
E
P
 
P
I
 
L
E
 
E
F
 
F
A
 
L
F
 
F
M
 
M
F
 
F
V
 
L
A
 
A
P
 
P
L
 
L
L
 
L
F
 
Y
I
 
L
L
 
L
H
 
H
A
 
A
L
 
L
M
 
L
T
 
T
G
 
G
I
 
I
A
 
S
Y
 
L
A
 
F
V
 
V
T
 
A
I
 
T
S
 
L
L
 
L
D
 
G
I
 
I
H
 
H
H
 
A
S
 
G
V
 
F
V
 
S
F
 
F
S
 
S
H
 
A
G
 
G
L
 
A
V
 
I
D
 
D
F
 
Y
S
 
A
L
 
L
-
 
M
-
 
Y
-
 
N
L
 
L
L
 
P
G
 
A
Q
 
A
S
 
S
R
 
Q
N
 
N
V
 
V
E
 
W
W
 
M
F
 
L
L
 
L
I
 
V
L
 
M
G
 
G
P
 
V
L
 
I
T
 
F
A
 
F
V
 
A
I
 
I
Y
 
Y
Y
 
F
L
 
V
V
 
V
F
 
F
R
 
S
G
 
L
A
 
V
I
 
I
L
 
R
A
 
M
F
 
F
N
 
N
L
 
L
K
 
K
T
 
T
P
 
P
G
 
G
R
 
R
-
 
E
-
 
D
-
 
K
-
 
E
-
 
D
-
 
E
-
 
I
-
 
V
-
 
T
M
 
E
E
 
E
A
 
A
G
 
N
S
 
S
G
 
N
Q
 
T
R
 
E
A
 
E
G
 
G
L
 
L
I
 
T
S
 
Q
M
 
L
-
 
A
-
 
T
-
 
N
-
 
Y
I
 
I
T
 
A
A
 
A
L
 
V
G
 
G
G
 
G
Q
 
T
D
 
D
N
 
N
I
 
L
N
 
K
E
 
A
L
 
I
T
 
D
A
 
A
C
 
C
L
 
I
T
 
T
R
 
R
L
 
L
R
 
R
I
 
L
S
 
T
V
 
V
K
 
A
H
 
D
A
 
S
E
 
A
L
 
R
V
 
V
D
 
N
K
 
D
A
 
T
Q
 
M
L
 
C
N
 
K
K
 
R
L
 
L
G
 
G
A
 
A
K
 
S
G
 
G
V
 
V
V
 
V
-
 
K
L
 
L
V
 
N
G
 
K
N
 
Q
G
 
T
V
 
I
Q
 
Q
L
 
V
V
 
I
Y
 
V
G
 
G
T
 
A
K
 
K
A
 
A
E
 
E
S
 
S
I
 
I
R
 
G
R
 
D
L
 
A
L
 
M
Q
 
K
R
 
K
Y
 
V
L
 
V
D
 
A
R
 
R

Sites not aligning to the query:

6bvgA Crystal structure of bcmalt t280c-e54c crosslinked by divalent mercury (see paper)
29% identity, 77% coverage: 24:402/490 of query aligns to 2:442/447 of 6bvgA

query
sites
6bvgA
F
 
F
K
 
D
F
 
F
A
 
W
Q
 
Q
R
 
K
L
 
F
S
 
G
Q
 
K
A
 
A
L
 
L
L
 
L
L
 
V
P
 
V
I
x
V
A
 
A
I
 
V
L
 
M
P
 
P
A
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
L
M
 
M
I
 
I
-
 
S
-
 
I
-
 
G
-
 
K
-
 
L
-
 
I
G
 
G
L
 
M
A
 
S
T
 
A
N
 
G
P
 
D
I
 
I
P
 
N
F
 
A
I
 
V
S
 
H
A
 
T
D
 
-
L
 
I
A
 
A
T
 
R
L
 
V
M
 
M
W
 
C
T
 
D
V
 
I
G
 
G
N
 
W
L
 
A
V
 
I
F
 
I
S
 
T
M
 
N
M
 
L
P
 
H
M
 
I
L
 
L
F
 
F
A
 
A
V
 
V
T
 
A
I
 
I
A
 
G
I
 
G
G
 
S
F
 
W
C
 
A
R
 
K
D
 
D
Q
 
R
G
 
A
I
 
G
A
 
G
A
 
A
F
 
F
-
 
A
-
 
A
-
 
L
-
 
L
-
 
A
-
 
F
-
 
V
-
 
L
-
 
T
-
 
N
-
 
R
-
 
I
-
 
T
S
 
G
A
 
A
V
 
I
F
 
F
G
 
G
Y
 
V
G
 
N
V
 
A
F
 
E
F
 
M
-
 
L
-
 
A
-
 
D
-
 
S
-
 
K
-
 
A
-
 
K
-
 
V
S
 
S
S
 
S
L
 
V
S
 
L
A
 
A
L
 
G
A
 
D
K
 
L
I
 
I
Y
 
V
H
 
K
L
 
D
P
 
Y
T
 
F
E
 
T
M
 
S
I
 
V
L
 
L
G
 
G
Q
 
A
A
 
P
T
 
A
I
 
L
D
 
N
T
 
M
G
 
G
I
 
V
A
 
F
G
 
V
G
 
G
M
 
I
M
 
I
V
 
T
G
 
G
A
 
F
F
 
L
-
 
G
T
 
A
C
 
T
L
 
L
V
 
Y
V
 
N
K
 
K
H
 
Y
S
 
Y
E
 
N
R
 
Y
I
 
N
R
 
K
L
 
L
P
 
P
A
 
Q
V
 
A
F
 
L
S
 
A
F
 
F
F
 
F
E
 
N
G
 
G
R
 
K
R
 
R
S
 
F
A
 
V
P
 
P
L
 
F
L
 
V
M
 
V
L
 
I
P
 
V
M
 
W
A
 
S
I
 
T
L
 
V
L
 
T
A
 
A
Y
 
I
L
 
V
F
 
L
L
 
S
L
 
L
L
 
L
W
 
W
P
 
P
L
 
F
L
 
I
S
 
Q
N
 
S
W
 
G
I
 
L
E
 
N
Q
 
E
I
 
F
S
 
G
N
 
R
W
 
W
A
 
I
V
 
A
Y
 
A
Q
 
S
E
 
K
-
 
D
-
 
S
-
 
A
P
 
P
A
 
I
S
 
V
A
 
A
F
 
P
A
 
F
V
 
V
Y
 
Y
G
 
G
M
 
T
V
 
L
E
|
E
R
|
R
L
 
L
L
 
L
I
x
L
P
 
P
L
 
F
G
 
G
L
 
L
H
|
H
H
|
H
I
 
M
W
 
L
N
x
T
A
 
I
P
 
P
F
 
M
-
x
N
Y
|
Y
L
 
T
E
 
E
M
 
L
G
 
G
Q
 
G
Y
 
T
F
 
Y
N
 
T
G
 
M
-
 
L
-
 
T
-
 
G
-
 
S
-
 
K
-
 
V
D
 
G
E
 
Q
W
 
V
V
 
V
R
 
A
G
 
G
E
 
Q
V
 
D
A
 
P
R
 
L
Y
 
W
L
 
L
A
 
A
-
 
W
-
 
I
-
 
C
-
 
D
-
 
L
-
 
N
-
 
N
-
 
L
-
 
L
-
 
A
-
 
N
G
 
G
D
 
D
P
 
T
Q
 
K
A
 
A
G
 
Y
N
 
N
-
 
D
-
 
L
-
 
L
-
 
N
-
 
N
-
 
V
-
 
V
-
 
P
-
 
A
-
 
R
-
 
F
L
x
K
A
 
A
G
 
G
G
x
Q
Y
 
V
L
 
I
I
 
G
K
 
S
M
 
T
W
 
A
G
 
A
L
 
L
P
 
M
A
 
G
A
 
I
A
 
A
L
 
F
A
 
A
I
 
M
W
 
F
R
 
R
C
 
N
A
 
V
D
 
D
K
 
K
H
 
E
E
 
K
R
 
R
N
 
A
R
 
K
V
 
Y
A
 
K
G
 
P
I
 
M
M
 
F
L
 
L
S
 
S
A
 
A
A
 
A
T
 
L
A
 
A
C
 
V
W
 
F
L
 
L
T
 
T
G
 
G
V
|
V
T
|
T
E
|
E
P
 
P
I
 
I
E
 
E
F
 
F
A
 
M
F
 
F
M
 
M
F
 
F
V
 
I
A
 
A
P
 
P
L
 
V
L
 
L
F
 
Y
I
 
V
L
 
V
H
 
Y
A
 
A
L
 
I
M
 
T
T
 
T
G
 
G
I
 
L
A
 
A
Y
 
F
A
 
A
V
 
L
T
 
A
I
 
D
S
 
L
L
 
I
D
 
N
I
 
L
H
 
R
-
 
V
H
 
H
S
 
A
V
x
F
V
 
G
F
 
F
S
 
I
H
 
E
G
 
L
L
 
I
V
 
T
D
 
R
F
 
T
S
 
P
L
 
M
L
 
M
L
 
V
-
 
N
-
 
A
G
 
G
Q
 
L
S
 
T
R
 
R
N
 
D
V
 
L
E
 
I
W
 
N
F
 
F
L
 
V
I
 
I
L
 
V
G
 
S
P
 
L
L
 
V
T
 
F
A
 
F
V
 
G
I
 
L
Y
 
N
Y
 
F
L
 
T
V
 
L
F
 
F
R
 
N
G
 
F
A
 
L
I
 
I
L
 
K
A
 
K
F
 
F
N
 
N
L
 
L
K
 
P
T
 
T
P
 
P
G
 
G
R
 
R

1o2fB Complex of enzyme iiaglc and iibglc phosphocarrier protein hpr from escherichia coli nmr, restrained regularized mean structure (see paper)
46% identity, 14% coverage: 415:485/490 of query aligns to 5:75/77 of 1o2fB

query
sites
1o2fB
S
 
A
M
 
L
I
 
V
T
 
A
A
 
A
L
 
F
G
 
G
G
 
G
Q
 
K
D
 
E
N
 
N
I
 
I
N
 
T
E
 
N
L
 
L
T
 
D
A
 
A
C
|
C
L
x
I
T
|
T
R
|
R
L
 
L
R
 
R
I
 
V
S
 
S
V
 
V
K
 
A
H
 
D
A
 
V
E
 
S
L
 
K
V
 
V
D
 
D
K
 
Q
A
 
A
Q
 
G
L
 
L
N
 
K
K
 
K
L
 
L
G
 
G
A
 
A
K
 
A
G
 
G
V
 
V
V
 
V
L
 
V
V
 
A
G
 
G
N
 
S
G
 
G
V
 
V
Q
 
Q
L
 
A
V
 
I
Y
 
F
G
 
G
T
 
T
K
 
K
A
 
S
E
 
D
S
 
N
I
 
L
R
 
K
R
 
T
L
 
E
L
 
M
Q
 
D
R
 
E
Y
 
Y
L
 
I

Query Sequence

>5210198 Shew_2641 PTS system, glucose-like IIB subunint (RefSeq)
MVNPMDPTHQRPRGRLSRISRQWFKFAQRLSQALLLPIAILPAAGVMIGLATNPIPFISA
DLATLMWTVGNLVFSMMPMLFAVTIAIGFCRDQGIAAFSAVFGYGVFFSSLSALAKIYHL
PTEMILGQATIDTGIAGGMMVGAFTCLVVKHSERIRLPAVFSFFEGRRSAPLLMLPMAIL
LAYLFLLLWPLLSNWIEQISNWAVYQEPASAFAVYGMVERLLIPLGLHHIWNAPFYLEMG
QYFNGDEWVRGEVARYLAGDPQAGNLAGGYLIKMWGLPAAALAIWRCADKHERNRVAGIM
LSAATACWLTGVTEPIEFAFMFVAPLLFILHALMTGIAYAVTISLDIHHSVVFSHGLVDF
SLLLGQSRNVEWFLILGPLTAVIYYLVFRGAILAFNLKTPGRMEAGSGQRAGLISMITAL
GGQDNINELTACLTRLRISVKHAELVDKAQLNKLGAKGVVLVGNGVQLVYGTKAESIRRL
LQRYLDRHKS

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory