SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 5210964 Shew_3390 uridine phosphorylase (RefSeq) to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

4r2wD X-ray structure of uridine phosphorylase from shewanella oneidensis mr-1 in complex with uridine at 1.6 a resolution (see paper)
94% identity, 100% coverage: 2:252/252 of query aligns to 1:251/251 of 4r2wD

query
sites
4r2wD
S
 
A
D
 
D
V
 
V
F
 
F
H
|
H
L
 
L
G
 
G
L
 
L
T
 
T
K
 
K
E
 
A
M
 
M
L
 
L
D
 
D
G
 
G
A
 
A
T
 
T
L
 
L
A
 
A
I
 
I
V
 
V
P
 
P
G
|
G
D
 
D
P
 
P
E
 
E
R
|
R
V
 
V
K
 
K
R
 
R
I
 
I
A
 
A
E
 
E
L
 
L
M
 
M
D
 
D
N
 
N
P
 
A
T
 
T
F
 
F
L
 
L
A
 
A
S
 
S
H
 
H
R
|
R
E
 
E
Y
 
Y
T
 
T
S
 
S
Y
 
Y
L
 
L
A
 
A
Y
 
Y
I
 
A
D
 
D
G
 
G
K
 
K
P
 
P
L
 
V
V
 
V
I
 
I
C
 
C
S
 
S
T
 
T
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
 
G
P
 
P
S
 
S
T
 
T
S
 
S
I
 
I
A
 
A
V
 
V
E
 
E
E
|
E
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
I
 
V
D
 
N
T
 
T
F
 
F
L
 
L
R
|
R
V
 
V
G
|
G
T
|
T
T
 
T
G
 
G
A
 
A
I
 
I
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
H
V
 
V
N
 
N
V
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
V
I
 
I
V
 
V
T
 
T
Q
 
Q
A
 
A
S
 
S
V
 
V
R
 
R
L
 
L
D
 
D
G
 
G
A
 
A
S
 
S
L
 
L
H
 
H
F
 
F
A
 
A
P
 
P
M
 
M
E
 
E
F
 
F
P
 
P
A
 
A
V
 
V
A
 
A
N
|
N
F
 
F
E
 
E
C
 
C
T
 
T
T
 
T
A
 
A
M
 
M
V
 
V
A
 
A
A
 
A
S
 
C
R
 
R
E
 
D
A
 
A
G
 
G
L
 
V
E
 
E
P
 
P
H
 
H
I
 
I
G
 
G
I
 
V
T
 
T
A
 
A
S
 
S
S
 
S
D
 
D
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
R
|
R
Y
 
Y
D
 
D
T
 
T
V
 
V
T
 
T
G
 
G
R
 
R
V
 
V
T
 
T
R
 
R
R
 
R
F
 
F
A
 
A
G
 
G
S
 
S
M
 
M
K
 
K
E
 
E
W
 
W
Q
 
Q
D
 
D
M
 
M
G
 
G
V
 
V
L
 
L
N
 
N
Y
 
Y
E
 
E
M
|
M
E
|
E
S
 
S
S
 
A
T
 
T
L
 
L
F
 
F
T
 
T
M
 
M
C
 
C
A
|
A
T
 
T
Q
 
Q
G
 
G
W
 
W
R
 
R
A
 
A
A
 
A
C
 
C
V
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
V
I
|
I
V
|
V
N
 
N
R
|
R
T
 
T
Q
 
Q
Q
 
Q
E
 
E
I
 
I
P
 
P
D
 
D
E
 
E
A
 
A
T
 
T
M
|
M
K
 
K
Q
 
K
T
 
T
E
 
E
T
 
V
S
 
S
A
 
A
V
 
V
S
 
S
I
 
I
V
 
V
V
 
V
A
 
A
A
 
A
A
 
A
K
 
K
K
 
K
L
 
L
L
 
L
A
 
A

4yjkA Crystal structure of c212s mutant of shewanella oneidensis mr-1 uridine phosphorylase (see paper)
92% identity, 100% coverage: 2:252/252 of query aligns to 1:245/245 of 4yjkA

query
sites
4yjkA
S
 
A
D
 
D
V
 
V
F
 
F
H
|
H
L
 
L
G
 
G
L
 
L
T
 
T
K
 
K
E
 
A
M
 
M
L
 
L
D
 
D
G
 
G
A
 
A
T
 
T
L
 
L
A
 
A
I
 
I
V
 
V
P
 
P
G
|
G
D
 
D
P
 
P
E
 
E
R
|
R
V
 
V
K
 
K
R
 
R
I
 
I
A
 
A
E
 
E
L
 
L
M
 
M
D
 
D
N
 
N
P
 
A
T
 
T
F
 
F
L
 
L
A
 
A
S
 
S
H
 
H
R
|
R
E
 
E
Y
 
Y
T
 
T
S
 
S
Y
 
Y
L
 
L
A
 
A
Y
 
Y
I
 
A
D
 
D
G
 
G
K
 
K
P
 
P
L
 
V
V
 
V
I
 
I
C
 
C
S
 
S
T
 
T
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
 
G
P
 
P
S
 
S
T
 
T
S
 
S
I
 
I
A
 
A
V
 
V
E
 
E
E
|
E
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
I
 
V
D
 
N
T
 
T
F
 
F
L
 
L
R
|
R
V
 
V
G
 
G
T
|
T
T
|
T
G
|
G
A
 
A
I
 
I
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
H
V
 
V
N
 
N
V
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
V
I
 
I
V
 
V
T
 
T
Q
 
Q
A
 
A
S
 
S
V
 
V
R
 
R
L
 
L
D
 
D
G
 
G
A
 
A
S
 
S
L
 
L
H
 
H
F
 
F
A
 
A
P
 
P
M
 
M
E
 
E
F
 
F
P
 
P
A
 
A
V
 
V
A
 
A
N
 
N
F
 
F
E
 
E
C
 
C
T
 
T
T
 
T
A
 
A
M
 
M
V
 
V
A
 
A
A
 
A
S
 
C
R
 
R
E
 
D
A
 
A
G
 
G
L
 
V
E
 
E
P
 
P
H
 
H
I
 
I
G
 
G
I
 
V
T
 
T
A
 
A
S
 
S
S
 
S
D
 
D
T
 
T
F
|
F
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
Q
|
Q
E
 
E
R
|
R
Y
 
Y
D
 
D
T
 
T
V
 
V
T
 
T
G
 
G
R
 
R
V
 
V
T
 
T
R
 
R
R
 
R
F
 
F
A
 
A
G
 
G
S
 
S
M
 
M
K
 
K
E
 
E
W
 
W
Q
 
Q
D
 
D
M
 
M
G
 
G
V
 
V
L
 
L
N
 
N
Y
 
Y
E
|
E
M
 
M
E
 
E
S
 
S
S
 
A
T
 
T
L
 
L
F
 
F
T
 
T
M
 
M
C
 
C
A
 
A
T
 
T
Q
 
Q
G
 
G
W
 
W
R
 
R
A
 
A
A
 
A
C
 
S
V
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
V
I
|
I
V
|
V
N
 
N
R
|
R
T
 
T
Q
 
Q
Q
 
Q
E
 
E
I
 
I
P
 
P
D
 
D
E
 
E
A
 
A
T
 
-
M
 
-
K
 
-
Q
 
-
T
 
-
E
 
-
T
 
V
S
 
S
A
 
A
V
 
V
S
 
S
I
 
I
V
 
V
V
 
V
A
 
A
A
 
A
A
 
A
K
 
K
K
 
K
L
 
L
L
 
L
A
 
A

4r2wF X-ray structure of uridine phosphorylase from shewanella oneidensis mr-1 in complex with uridine at 1.6 a resolution (see paper)
91% identity, 100% coverage: 2:252/252 of query aligns to 1:242/242 of 4r2wF

query
sites
4r2wF
S
 
A
D
 
D
V
 
V
F
 
F
H
|
H
L
 
L
G
 
G
L
 
L
T
 
T
K
 
K
E
 
A
M
 
M
L
 
L
D
 
D
G
 
G
A
 
A
T
 
T
L
 
L
A
 
A
I
 
I
V
 
V
P
 
P
G
|
G
D
 
D
P
 
P
E
 
E
R
|
R
V
 
V
K
 
K
R
 
R
I
 
I
A
 
A
E
 
E
L
 
L
M
 
M
D
 
D
N
 
N
P
 
A
T
 
T
F
 
F
L
 
L
A
 
A
S
 
S
H
 
H
R
|
R
E
 
E
Y
 
Y
T
 
T
S
 
S
Y
 
Y
L
 
L
A
 
A
Y
 
Y
I
 
A
D
 
D
G
 
G
K
 
K
P
 
P
L
 
V
V
 
V
I
 
I
C
 
C
S
 
S
T
 
T
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
 
G
P
 
P
S
 
S
T
 
T
S
 
S
I
 
I
A
 
A
V
 
V
E
 
E
E
|
E
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
I
 
V
D
 
N
T
 
T
F
 
F
L
 
L
R
|
R
V
 
V
G
|
G
T
|
T
T
|
T
G
|
G
A
 
A
I
 
I
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
H
V
 
V
N
 
N
V
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
V
I
 
I
V
 
V
T
 
T
Q
 
Q
A
 
A
S
 
S
V
 
V
R
 
R
L
 
L
D
 
D
G
 
G
A
 
A
S
 
S
L
 
L
H
 
H
F
 
F
A
 
A
P
 
P
M
 
M
E
 
E
F
 
F
P
 
P
A
 
A
V
 
V
A
 
A
N
|
N
F
 
F
E
 
E
C
 
C
T
 
T
T
 
T
A
 
A
M
 
M
V
 
V
A
 
A
A
 
A
S
 
C
R
 
R
E
 
D
A
 
A
G
 
G
L
 
V
E
 
E
P
 
P
H
 
H
I
 
I
G
 
G
I
 
V
T
 
T
A
 
A
S
 
S
S
 
S
D
 
D
T
 
T
F
|
F
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
Q
|
Q
E
 
E
R
|
R
Y
 
Y
D
 
D
T
 
T
V
 
V
T
 
T
G
 
G
R
 
R
V
 
V
T
 
T
R
 
R
R
 
R
F
 
F
A
 
A
G
 
G
S
 
S
M
 
M
K
 
K
E
 
E
W
 
W
Q
 
Q
D
 
D
M
 
M
G
 
G
V
 
V
L
 
L
N
 
N
Y
|
Y
E
|
E
M
|
M
E
|
E
S
 
S
S
 
A
T
 
T
L
 
L
F
 
F
T
 
T
M
 
M
C
 
C
A
|
A
T
 
T
Q
 
Q
G
 
G
W
 
W
R
 
R
A
 
A
A
 
A
C
 
C
V
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
V
I
|
I
V
|
V
N
 
N
R
|
R
T
 
T
Q
 
Q
Q
 
Q
E
 
E
I
 
I
P
 
P
D
 
-
E
 
-
A
 
-
T
 
-
M
 
-
K
 
-
Q
 
-
T
 
-
E
 
-
T
 
V
S
 
S
A
 
A
V
 
V
S
 
S
I
 
I
V
 
V
V
 
V
A
 
A
A
 
A
A
 
A
K
 
K
K
 
K
L
 
L
L
 
L
A
 
A

1u1eA Structure of e. Coli uridine phosphorylase complexed to 5(phenylseleno)acyclouridine (psau) (see paper)
76% identity, 99% coverage: 2:251/252 of query aligns to 4:253/253 of 1u1eA

query
sites
1u1eA
S
 
S
D
 
D
V
 
V
F
|
F
H
|
H
L
 
L
G
 
G
L
 
L
T
 
T
K
 
K
E
 
N
M
 
D
L
 
L
D
 
Q
G
 
G
A
 
A
T
 
T
L
 
L
A
 
A
I
 
I
V
 
V
P
 
P
G
|
G
D
 
D
P
 
P
E
 
D
R
|
R
V
 
V
K
 
E
R
 
K
I
 
I
A
 
A
E
 
A
L
 
L
M
 
M
D
 
D
N
 
K
P
 
P
T
 
V
F
 
K
L
 
L
A
 
A
S
 
S
H
 
H
R
|
R
E
 
E
Y
 
F
T
 
T
S
 
T
Y
 
W
L
 
R
A
 
A
Y
 
E
I
 
L
D
 
D
G
 
G
K
 
K
P
 
P
L
 
V
V
 
I
I
 
V
C
 
C
S
 
S
T
 
T
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
 
G
P
 
P
S
 
S
T
 
T
S
 
S
I
 
I
A
 
A
V
 
V
E
 
E
E
|
E
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
I
 
I
D
 
R
T
 
T
F
 
F
L
 
L
R
|
R
V
 
I
G
|
G
T
|
T
T
|
T
G
|
G
A
 
A
I
 
I
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
H
V
 
I
N
 
N
V
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
V
I
 
L
V
 
V
T
 
T
Q
 
T
A
 
A
S
 
S
V
 
V
R
 
R
L
 
L
D
 
D
G
 
G
A
 
A
S
 
S
L
 
L
H
 
H
F
 
F
A
 
A
P
 
P
M
 
L
E
 
E
F
 
F
P
 
P
A
 
A
V
 
V
A
 
A
N
 
D
F
 
F
E
 
E
C
 
C
T
 
T
T
 
T
A
 
A
M
 
L
V
 
V
A
 
E
A
 
A
S
 
A
R
 
K
E
 
S
A
 
I
G
 
G
L
 
A
E
 
T
P
 
T
H
 
H
I
 
V
G
 
G
I
 
V
T
 
T
A
 
A
S
 
S
S
 
S
D
 
D
T
 
T
F
|
F
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
Q
|
Q
E
 
E
R
|
R
Y
 
Y
D
 
D
T
 
T
V
 
Y
T
 
S
G
 
G
R
 
R
V
 
V
T
 
V
R
 
R
R
 
H
F
 
F
A
 
K
G
 
G
S
 
S
M
 
M
K
 
E
E
 
E
W
 
W
Q
 
Q
D
 
A
M
 
M
G
 
G
V
 
V
L
 
M
N
 
N
Y
 
Y
E
|
E
M
|
M
E
 
E
S
 
S
S
 
A
T
 
T
L
 
L
F
 
L
T
 
T
M
 
M
C
 
C
A
 
A
T
 
S
Q
 
Q
G
 
G
W
 
L
R
 
R
A
 
A
A
 
G
C
 
M
V
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
V
I
|
I
V
|
V
N
 
N
R
|
R
T
 
T
Q
 
Q
Q
 
Q
E
|
E
I
 
I
P
|
P
D
 
N
E
 
A
A
 
E
T
 
T
M
|
M
K
 
K
Q
 
Q
T
 
T
E
 
E
T
 
S
S
 
H
A
 
A
V
 
V
S
 
K
I
 
I
V
 
V
V
 
V
A
 
E
A
 
A
A
 
A
K
 
R
K
 
R
L
 
L
L
 
L

1u1dA Structure of e. Coli uridine phosphorylase complexed to 5- (phenylthio)acyclouridine (ptau) (see paper)
76% identity, 99% coverage: 2:251/252 of query aligns to 4:253/253 of 1u1dA

query
sites
1u1dA
S
 
S
D
 
D
V
 
V
F
|
F
H
|
H
L
 
L
G
 
G
L
 
L
T
 
T
K
 
K
E
 
N
M
 
D
L
 
L
D
 
Q
G
 
G
A
 
A
T
 
T
L
 
L
A
 
A
I
 
I
V
 
V
P
 
P
G
|
G
D
 
D
P
 
P
E
 
D
R
|
R
V
 
V
K
 
E
R
 
K
I
 
I
A
 
A
E
 
A
L
 
L
M
 
M
D
 
D
N
 
K
P
 
P
T
 
V
F
 
K
L
 
L
A
 
A
S
 
S
H
 
H
R
|
R
E
 
E
Y
 
F
T
 
T
S
 
T
Y
 
W
L
 
R
A
 
A
Y
 
E
I
 
L
D
 
D
G
 
G
K
 
K
P
 
P
L
 
V
V
 
I
I
 
V
C
 
C
S
 
S
T
 
T
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
 
G
P
 
P
S
 
S
T
 
T
S
 
S
I
 
I
A
 
A
V
 
V
E
 
E
E
|
E
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
I
 
I
D
 
R
T
 
T
F
 
F
L
 
L
R
|
R
V
 
I
G
|
G
T
|
T
T
|
T
G
|
G
A
 
A
I
 
I
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
H
V
 
I
N
 
N
V
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
V
I
 
L
V
 
V
T
 
T
Q
 
T
A
 
A
S
 
S
V
 
V
R
 
R
L
 
L
D
 
D
G
 
G
A
 
A
S
 
S
L
 
L
H
 
H
F
 
F
A
 
A
P
 
P
M
 
L
E
 
E
F
 
F
P
 
P
A
 
A
V
 
V
A
 
A
N
 
D
F
 
F
E
 
E
C
 
C
T
 
T
T
 
T
A
 
A
M
 
L
V
 
V
A
 
E
A
 
A
S
 
A
R
 
K
E
 
S
A
 
I
G
 
G
L
 
A
E
 
T
P
 
T
H
 
H
I
 
V
G
 
G
I
 
V
T
 
T
A
 
A
S
 
S
S
 
S
D
 
D
T
 
T
F
|
F
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
Q
|
Q
E
 
E
R
|
R
Y
 
Y
D
 
D
T
 
T
V
 
Y
T
 
S
G
 
G
R
 
R
V
 
V
T
 
V
R
 
R
R
 
H
F
 
F
A
 
K
G
 
G
S
 
S
M
 
M
K
 
E
E
 
E
W
 
W
Q
 
Q
D
 
A
M
 
M
G
 
G
V
 
V
L
 
M
N
 
N
Y
 
Y
E
 
E
M
|
M
E
 
E
S
 
S
S
 
A
T
 
T
L
 
L
F
 
L
T
 
T
M
 
M
C
 
C
A
 
A
T
 
S
Q
 
Q
G
 
G
W
 
L
R
 
R
A
 
A
A
 
G
C
 
M
V
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
V
I
|
I
V
|
V
N
 
N
R
|
R
T
 
T
Q
 
Q
Q
 
Q
E
 
E
I
 
I
P
|
P
D
 
N
E
 
A
A
 
E
T
 
T
M
|
M
K
 
K
Q
 
Q
T
 
T
E
 
E
T
 
S
S
 
H
A
 
A
V
 
V
S
 
K
I
 
I
V
 
V
V
 
V
A
 
E
A
 
A
A
 
A
K
 
R
K
 
R
L
 
L
L
 
L

1u1cA Structure of e. Coli uridine phosphorylase complexed to 5- benzylacyclouridine (bau) (see paper)
76% identity, 99% coverage: 2:251/252 of query aligns to 4:253/253 of 1u1cA

query
sites
1u1cA
S
 
S
D
 
D
V
 
V
F
|
F
H
|
H
L
 
L
G
 
G
L
 
L
T
 
T
K
 
K
E
 
N
M
 
D
L
 
L
D
 
Q
G
 
G
A
 
A
T
 
T
L
 
L
A
 
A
I
 
I
V
 
V
P
 
P
G
|
G
D
 
D
P
 
P
E
 
D
R
|
R
V
 
V
K
 
E
R
 
K
I
 
I
A
 
A
E
 
A
L
 
L
M
 
M
D
 
D
N
 
K
P
 
P
T
 
V
F
 
K
L
 
L
A
 
A
S
 
S
H
 
H
R
|
R
E
 
E
Y
 
F
T
 
T
S
 
T
Y
 
W
L
 
R
A
 
A
Y
 
E
I
 
L
D
 
D
G
 
G
K
 
K
P
 
P
L
 
V
V
 
I
I
 
V
C
 
C
S
 
S
T
 
T
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
 
G
P
 
P
S
 
S
T
 
T
S
 
S
I
 
I
A
 
A
V
 
V
E
 
E
E
|
E
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
I
 
I
D
 
R
T
 
T
F
 
F
L
 
L
R
|
R
V
 
I
G
|
G
T
|
T
T
|
T
G
|
G
A
 
A
I
 
I
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
H
V
 
I
N
 
N
V
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
V
I
 
L
V
 
V
T
 
T
Q
 
T
A
 
A
S
 
S
V
 
V
R
 
R
L
 
L
D
 
D
G
 
G
A
 
A
S
 
S
L
 
L
H
 
H
F
 
F
A
 
A
P
 
P
M
 
L
E
 
E
F
 
F
P
 
P
A
 
A
V
 
V
A
 
A
N
 
D
F
 
F
E
 
E
C
 
C
T
 
T
T
 
T
A
 
A
M
 
L
V
 
V
A
 
E
A
 
A
S
 
A
R
 
K
E
 
S
A
 
I
G
 
G
L
 
A
E
 
T
P
 
T
H
 
H
I
 
V
G
 
G
I
 
V
T
 
T
A
 
A
S
 
S
S
 
S
D
 
D
T
 
T
F
|
F
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
Q
|
Q
E
 
E
R
|
R
Y
 
Y
D
 
D
T
 
T
V
 
Y
T
 
S
G
 
G
R
 
R
V
 
V
T
 
V
R
 
R
R
 
H
F
 
F
A
 
K
G
 
G
S
 
S
M
 
M
K
 
E
E
 
E
W
 
W
Q
 
Q
D
 
A
M
 
M
G
 
G
V
 
V
L
 
M
N
 
N
Y
 
Y
E
|
E
M
 
M
E
|
E
S
 
S
S
 
A
T
 
T
L
 
L
F
 
L
T
 
T
M
 
M
C
 
C
A
 
A
T
 
S
Q
 
Q
G
 
G
W
 
L
R
 
R
A
 
A
A
 
G
C
 
M
V
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
V
I
|
I
V
|
V
N
 
N
R
|
R
T
 
T
Q
 
Q
Q
 
Q
E
 
E
I
 
I
P
|
P
D
 
N
E
 
A
A
 
E
T
 
T
M
|
M
K
 
K
Q
 
Q
T
 
T
E
 
E
T
 
S
S
 
H
A
 
A
V
 
V
S
 
K
I
 
I
V
 
V
V
 
V
A
 
E
A
 
A
A
 
A
K
 
R
K
 
R
L
 
L
L
 
L

P12758 Uridine phosphorylase; UPase; UrdPase; EC 2.4.2.3 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
76% identity, 99% coverage: 2:251/252 of query aligns to 4:253/253 of P12758

query
sites
P12758
S
 
S
D
|
D
V
 
V
F
 
F
H
 
H
L
 
L
G
 
G
L
 
L
T
 
T
K
 
K
E
 
N
M
 
D
L
 
L
D
 
Q
G
 
G
A
 
A
T
 
T
L
 
L
A
 
A
I
 
I
V
 
V
P
 
P
G
 
G
D
 
D
P
 
P
E
 
D
R
 
R
V
 
V
K
 
E
R
 
K
I
 
I
A
 
A
E
 
A
L
 
L
M
 
M
D
 
D
N
 
K
P
 
P
T
 
V
F
 
K
L
 
L
A
 
A
S
 
S
H
 
H
R
 
R
E
 
E
Y
 
F
T
 
T
S
 
T
Y
 
W
L
 
R
A
 
A
Y
 
E
I
 
L
D
 
D
G
 
G
K
 
K
P
 
P
L
 
V
V
 
I
I
 
V
C
 
C
S
 
S
T
 
T
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
 
G
P
 
P
S
 
S
T
 
T
S
 
S
I
 
I
A
 
A
V
 
V
E
 
E
E
 
E
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
I
 
I
D
 
R
T
 
T
F
 
F
L
 
L
R
 
R
V
 
I
G
 
G
T
 
T
T
 
T
G
 
G
A
 
A
I
 
I
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
H
V
 
I
N
 
N
V
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
V
I
 
L
V
 
V
T
 
T
Q
 
T
A
 
A
S
 
S
V
 
V
R
 
R
L
 
L
D
 
D
G
 
G
A
 
A
S
 
S
L
 
L
H
 
H
F
 
F
A
 
A
P
 
P
M
 
L
E
 
E
F
 
F
P
 
P
A
 
A
V
 
V
A
 
A
N
 
D
F
 
F
E
 
E
C
 
C
T
 
T
T
 
T
A
 
A
M
 
L
V
 
V
A
 
E
A
 
A
S
 
A
R
 
K
E
 
S
A
 
I
G
 
G
L
 
A
E
 
T
P
 
T
H
 
H
I
 
V
G
 
G
I
 
V
T
 
T
A
 
A
S
 
S
S
 
S
D
 
D
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
R
 
R
Y
 
Y
D
 
D
T
 
T
V
 
Y
T
 
S
G
 
G
R
 
R
V
 
V
T
 
V
R
 
R
R
 
H
F
 
F
A
 
K
G
 
G
S
 
S
M
 
M
K
 
E
E
 
E
W
 
W
Q
 
Q
D
 
A
M
 
M
G
 
G
V
 
V
L
 
M
N
 
N
Y
 
Y
E
 
E
M
 
M
E
 
E
S
 
S
S
 
A
T
 
T
L
 
L
F
 
L
T
 
T
M
 
M
C
 
C
A
 
A
T
 
S
Q
 
Q
G
 
G
W
 
L
R
 
R
A
 
A
A
 
G
C
 
M
V
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
V
N
 
N
R
 
R
T
 
T
Q
 
Q
Q
 
Q
E
 
E
I
 
I
P
 
P
D
 
N
E
 
A
A
 
E
T
 
T
M
 
M
K
 
K
Q
 
Q
T
 
T
E
 
E
T
 
S
S
 
H
A
 
A
V
 
V
S
 
K
I
 
I
V
 
V
V
 
V
A
 
E
A
 
A
A
 
A
K
 
R
K
 
R
L
 
L
L
 
L

Sites not aligning to the query:

1tgyA Structure of e. Coli uridine phosphorylase complexed with uracil and ribose 1-phosphate
76% identity, 99% coverage: 2:251/252 of query aligns to 1:250/250 of 1tgyA

query
sites
1tgyA
S
 
S
D
 
D
V
 
V
F
 
F
H
|
H
L
 
L
G
 
G
L
 
L
T
 
T
K
 
K
E
 
N
M
 
D
L
 
L
D
 
Q
G
 
G
A
 
A
T
 
T
L
 
L
A
 
A
I
 
I
V
 
V
P
 
P
G
|
G
D
 
D
P
 
P
E
 
D
R
|
R
V
 
V
K
 
E
R
 
K
I
 
I
A
 
A
E
 
A
L
 
L
M
 
M
D
 
D
N
 
K
P
 
P
T
 
V
F
 
K
L
 
L
A
 
A
S
 
S
H
 
H
R
|
R
E
 
E
Y
 
F
T
 
T
S
 
T
Y
 
W
L
 
R
A
 
A
Y
 
E
I
 
L
D
 
D
G
 
G
K
 
K
P
 
P
L
 
V
V
 
I
I
 
V
C
 
C
S
 
S
T
 
T
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
 
G
P
 
P
S
 
S
T
 
T
S
 
S
I
 
I
A
 
A
V
 
V
E
 
E
E
|
E
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
I
 
I
D
 
R
T
 
T
F
 
F
L
 
L
R
|
R
V
 
I
G
 
G
T
|
T
T
 
T
G
|
G
A
 
A
I
 
I
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
H
V
 
I
N
 
N
V
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
V
I
 
L
V
 
V
T
 
T
Q
 
T
A
 
A
S
 
S
V
 
V
R
 
R
L
 
L
D
 
D
G
 
G
A
 
A
S
 
S
L
 
L
H
 
H
F
 
F
A
 
A
P
 
P
M
 
L
E
 
E
F
 
F
P
 
P
A
 
A
V
 
V
A
 
A
N
 
D
F
 
F
E
 
E
C
 
C
T
 
T
T
 
T
A
 
A
M
 
L
V
 
V
A
 
E
A
 
A
S
 
A
R
 
K
E
 
S
A
 
I
G
 
G
L
 
A
E
 
T
P
 
T
H
 
H
I
 
V
G
 
G
I
 
V
T
 
T
A
 
A
S
 
S
S
 
S
D
 
D
T
 
T
F
|
F
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
Q
|
Q
E
 
E
R
|
R
Y
 
Y
D
 
D
T
 
T
V
 
Y
T
 
S
G
 
G
R
 
R
V
 
V
T
 
V
R
 
R
R
 
H
F
 
F
A
 
K
G
 
G
S
 
S
M
 
M
K
 
E
E
 
E
W
 
W
Q
 
Q
D
 
A
M
 
M
G
 
G
V
 
V
L
 
M
N
 
N
Y
 
Y
E
 
E
M
|
M
E
|
E
S
 
S
S
 
A
T
 
T
L
 
L
F
 
L
T
 
T
M
 
M
C
 
C
A
 
A
T
 
S
Q
 
Q
G
 
G
W
 
L
R
 
R
A
 
A
A
 
G
C
 
M
V
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
V
I
|
I
V
|
V
N
 
N
R
|
R
T
 
T
Q
 
Q
Q
 
Q
E
 
E
I
 
I
P
 
P
D
 
N
E
 
A
A
 
E
T
 
T
M
|
M
K
 
K
Q
 
Q
T
 
T
E
 
E
T
 
S
S
 
H
A
 
A
V
 
V
S
 
K
I
 
I
V
 
V
V
 
V
A
 
E
A
 
A
A
 
A
K
 
R
K
 
R
L
 
L
L
 
L

1rxcJ E. Coli uridine phosphorylase: 5-fluorouracil ribose-1-phosphate complex (see paper)
76% identity, 99% coverage: 2:251/252 of query aligns to 1:250/250 of 1rxcJ

query
sites
1rxcJ
S
 
S
D
 
D
V
 
V
F
 
F
H
|
H
L
 
L
G
 
G
L
 
L
T
 
T
K
 
K
E
 
N
M
 
D
L
 
L
D
 
Q
G
 
G
A
 
A
T
 
T
L
 
L
A
 
A
I
 
I
V
 
V
P
 
P
G
|
G
D
 
D
P
 
P
E
 
D
R
|
R
V
 
V
K
 
E
R
 
K
I
 
I
A
 
A
E
 
A
L
 
L
M
 
M
D
 
D
N
 
K
P
 
P
T
 
V
F
 
K
L
 
L
A
 
A
S
 
S
H
 
H
R
|
R
E
|
E
Y
 
F
T
 
T
S
 
T
Y
 
W
L
 
R
A
 
A
Y
 
E
I
 
L
D
 
D
G
 
G
K
 
K
P
 
P
L
 
V
V
 
I
I
 
V
C
 
C
S
 
S
T
 
T
G
|
G
I
|
I
G
 
G
G
 
G
P
 
P
S
|
S
T
 
T
S
 
S
I
 
I
A
 
A
V
 
V
E
 
E
E
|
E
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
I
 
I
D
 
R
T
 
T
F
 
F
L
 
L
R
|
R
V
 
I
G
|
G
T
|
T
T
|
T
G
|
G
A
 
A
I
 
I
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
H
V
 
I
N
 
N
V
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
V
I
 
L
V
 
V
T
 
T
Q
 
T
A
 
A
S
 
S
V
 
V
R
 
R
L
 
L
D
 
D
G
 
G
A
 
A
S
 
S
L
 
L
H
 
H
F
 
F
A
 
A
P
 
P
M
 
L
E
 
E
F
 
F
P
 
P
A
 
A
V
 
V
A
 
A
N
 
D
F
 
F
E
 
E
C
 
C
T
 
T
T
 
T
A
 
A
M
 
L
V
 
V
A
 
E
A
 
A
S
 
A
R
 
K
E
 
S
A
 
I
G
 
G
L
 
A
E
 
T
P
 
T
H
 
H
I
 
V
G
 
G
I
 
V
T
 
T
A
 
A
S
 
S
S
 
S
D
 
D
T
 
T
F
|
F
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
Q
|
Q
E
 
E
R
|
R
Y
 
Y
D
 
D
T
 
T
V
 
Y
T
 
S
G
 
G
R
 
R
V
 
V
T
 
V
R
 
R
R
 
H
F
 
F
A
 
K
G
 
G
S
 
S
M
 
M
K
 
E
E
 
E
W
 
W
Q
 
Q
D
 
A
M
 
M
G
 
G
V
 
V
L
 
M
N
 
N
Y
 
Y
E
|
E
M
|
M
E
|
E
S
 
S
S
 
A
T
 
T
L
 
L
F
 
L
T
 
T
M
 
M
C
 
C
A
 
A
T
 
S
Q
 
Q
G
 
G
W
 
L
R
 
R
A
 
A
A
 
G
C
 
M
V
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
V
I
|
I
V
|
V
N
 
N
R
|
R
T
 
T
Q
 
Q
Q
 
Q
E
 
E
I
 
I
P
 
P
D
 
N
E
 
A
A
 
E
T
 
T
M
|
M
K
 
K
Q
 
Q
T
 
T
E
 
E
T
 
S
S
 
H
A
 
A
V
 
V
S
 
K
I
 
I
V
 
V
V
 
V
A
 
E
A
 
A
A
 
A
K
 
R
K
 
R
L
 
L
L
 
L

1rxcB E. Coli uridine phosphorylase: 5-fluorouracil ribose-1-phosphate complex (see paper)
76% identity, 99% coverage: 2:251/252 of query aligns to 1:250/250 of 1rxcB

query
sites
1rxcB
S
 
S
D
 
D
V
 
V
F
 
F
H
|
H
L
 
L
G
 
G
L
 
L
T
 
T
K
 
K
E
 
N
M
 
D
L
 
L
D
 
Q
G
 
G
A
 
A
T
 
T
L
 
L
A
 
A
I
 
I
V
 
V
P
 
P
G
|
G
D
 
D
P
 
P
E
 
D
R
|
R
V
 
V
K
 
E
R
 
K
I
 
I
A
 
A
E
 
A
L
 
L
M
 
M
D
 
D
N
 
K
P
 
P
T
 
V
F
 
K
L
 
L
A
 
A
S
 
S
H
 
H
R
|
R
E
|
E
Y
 
F
T
 
T
S
 
T
Y
 
W
L
 
R
A
 
A
Y
 
E
I
 
L
D
 
D
G
 
G
K
 
K
P
 
P
L
 
V
V
 
I
I
 
V
C
 
C
S
 
S
T
 
T
G
|
G
I
|
I
G
 
G
G
 
G
P
 
P
S
|
S
T
 
T
S
 
S
I
 
I
A
 
A
V
 
V
E
 
E
E
|
E
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
I
 
I
D
 
R
T
 
T
F
 
F
L
 
L
R
|
R
V
 
I
G
 
G
T
|
T
T
|
T
G
|
G
A
 
A
I
 
I
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
H
V
 
I
N
 
N
V
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
V
I
 
L
V
 
V
T
 
T
Q
 
T
A
 
A
S
 
S
V
 
V
R
 
R
L
 
L
D
 
D
G
 
G
A
 
A
S
 
S
L
 
L
H
 
H
F
 
F
A
 
A
P
 
P
M
 
L
E
 
E
F
 
F
P
 
P
A
 
A
V
 
V
A
 
A
N
 
D
F
 
F
E
 
E
C
 
C
T
 
T
T
 
T
A
 
A
M
 
L
V
 
V
A
 
E
A
 
A
S
 
A
R
 
K
E
 
S
A
 
I
G
 
G
L
 
A
E
 
T
P
 
T
H
 
H
I
 
V
G
 
G
I
 
V
T
 
T
A
 
A
S
 
S
S
 
S
D
 
D
T
 
T
F
|
F
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
Q
|
Q
E
 
E
R
|
R
Y
 
Y
D
 
D
T
 
T
V
 
Y
T
 
S
G
 
G
R
 
R
V
 
V
T
 
V
R
 
R
R
 
H
F
 
F
A
 
K
G
 
G
S
 
S
M
 
M
K
 
E
E
 
E
W
 
W
Q
 
Q
D
 
A
M
 
M
G
 
G
V
 
V
L
 
M
N
 
N
Y
 
Y
E
|
E
M
|
M
E
|
E
S
 
S
S
 
A
T
 
T
L
 
L
F
 
L
T
 
T
M
 
M
C
 
C
A
 
A
T
 
S
Q
 
Q
G
 
G
W
 
L
R
 
R
A
 
A
A
 
G
C
 
M
V
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
V
I
|
I
V
|
V
N
 
N
R
|
R
T
 
T
Q
 
Q
Q
 
Q
E
 
E
I
 
I
P
 
P
D
 
N
E
 
A
A
 
E
T
 
T
M
|
M
K
 
K
Q
 
Q
T
 
T
E
 
E
T
 
S
S
 
H
A
 
A
V
 
V
S
 
K
I
 
I
V
 
V
V
 
V
A
 
E
A
 
A
A
 
A
K
 
R
K
 
R
L
 
L
L
 
L

2hwuA Crystal structure of the uridine phosphorylase from salmonella typhimurium in complex with uridine and phosphate ion at 2.91a resolution
76% identity, 99% coverage: 2:251/252 of query aligns to 4:253/253 of 2hwuA

query
sites
2hwuA
S
 
S
D
 
D
V
 
V
F
 
F
H
 
H
L
 
L
G
 
G
L
 
L
T
 
T
K
 
K
E
 
N
M
 
D
L
 
L
D
 
Q
G
 
G
A
 
A
T
 
Q
L
 
L
A
 
A
I
 
I
V
 
V
P
 
P
G
 
G
D
 
D
P
 
P
E
 
E
R
|
R
V
 
V
K
 
E
R
 
K
I
 
I
A
 
A
E
 
A
L
 
L
M
 
M
D
 
D
N
 
K
P
 
P
T
 
V
F
 
K
L
 
L
A
 
A
S
 
S
H
 
H
R
|
R
E
 
E
Y
 
F
T
 
T
S
 
S
Y
 
W
L
 
R
A
 
A
Y
 
E
I
 
L
D
 
D
G
 
G
K
 
K
P
 
A
L
 
V
V
 
I
I
 
V
C
 
C
S
 
S
T
 
T
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
 
G
P
 
P
S
 
S
T
 
T
S
 
S
I
 
I
A
 
A
V
 
V
E
 
E
E
 
E
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
I
 
I
D
 
R
T
 
T
F
 
F
L
 
L
R
|
R
V
 
I
G
 
G
T
|
T
T
|
T
G
|
G
A
 
A
I
 
I
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
H
V
 
I
N
 
N
V
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
V
I
 
L
V
 
V
T
 
T
Q
 
T
A
 
A
S
 
S
V
 
V
R
 
R
L
 
L
D
 
D
G
 
G
A
 
A
S
 
S
L
 
L
H
 
H
F
 
F
A
 
A
P
 
P
M
 
M
E
 
E
F
 
F
P
 
P
A
 
A
V
 
V
A
 
A
N
 
D
F
 
F
E
 
A
C
 
C
T
 
T
T
 
T
A
 
A
M
 
L
V
 
V
A
 
E
A
 
A
S
 
A
R
 
K
E
 
S
A
 
I
G
 
G
L
 
A
E
 
T
P
 
T
H
 
H
I
 
V
G
 
G
I
 
V
T
 
T
A
 
A
S
 
S
S
 
S
D
 
D
T
 
T
F
|
F
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
Q
|
Q
E
 
E
R
|
R
Y
 
Y
D
 
D
T
 
T
V
 
Y
T
 
S
G
 
G
R
 
R
V
 
V
T
 
V
R
 
R
R
 
R
F
 
F
A
 
K
G
 
G
S
 
S
M
 
M
K
 
E
E
 
E
W
 
W
Q
 
Q
D
 
A
M
 
M
G
 
G
V
 
V
L
 
M
N
 
N
Y
 
Y
E
|
E
M
|
M
E
|
E
S
 
S
S
 
A
T
 
T
L
 
L
F
 
L
T
 
T
M
 
M
C
 
C
A
 
A
T
 
S
Q
 
Q
G
 
G
W
 
L
R
 
R
A
 
A
A
 
G
C
 
M
V
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
V
I
|
I
V
|
V
N
 
N
R
 
R
T
 
T
Q
 
Q
Q
 
Q
E
 
E
I
 
I
P
 
P
D
 
N
E
 
A
A
 
E
T
 
T
M
 
M
K
 
K
Q
 
Q
T
 
T
E
 
E
T
 
S
S
 
H
A
 
A
V
 
V
S
 
K
I
 
I
V
 
V
V
 
V
A
 
E
A
 
A
A
 
A
K
 
R
K
 
R
L
 
L
L
 
L

2hn9A Crystal structure of the uridine phosphorylase from salmonella typhimurium in complex with thymine and phosphate ion at 2.12a resolution
76% identity, 99% coverage: 2:251/252 of query aligns to 4:253/253 of 2hn9A

query
sites
2hn9A
S
 
S
D
 
D
V
 
V
F
 
F
H
 
H
L
 
L
G
 
G
L
 
L
T
 
T
K
 
K
E
 
N
M
 
D
L
 
L
D
 
Q
G
 
G
A
 
A
T
 
Q
L
 
L
A
 
A
I
 
I
V
 
V
P
 
P
G
 
G
D
 
D
P
 
P
E
 
E
R
|
R
V
 
V
K
 
E
R
 
K
I
 
I
A
 
A
E
 
A
L
 
L
M
 
M
D
 
D
N
 
K
P
 
P
T
 
V
F
 
K
L
 
L
A
 
A
S
 
S
H
 
H
R
|
R
E
 
E
Y
 
F
T
 
T
S
 
S
Y
 
W
L
 
R
A
 
A
Y
 
E
I
 
L
D
 
D
G
 
G
K
 
K
P
 
A
L
 
V
V
 
I
I
 
V
C
 
C
S
 
S
T
 
T
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
 
G
P
 
P
S
 
S
T
 
T
S
 
S
I
 
I
A
 
A
V
 
V
E
 
E
E
 
E
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
I
 
I
D
 
R
T
 
T
F
 
F
L
 
L
R
|
R
V
 
I
G
 
G
T
 
T
T
 
T
G
|
G
A
 
A
I
 
I
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
H
V
 
I
N
 
N
V
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
V
I
 
L
V
 
V
T
 
T
Q
 
T
A
 
A
S
 
S
V
 
V
R
 
R
L
 
L
D
 
D
G
 
G
A
 
A
S
 
S
L
 
L
H
 
H
F
 
F
A
 
A
P
 
P
M
 
M
E
 
E
F
 
F
P
 
P
A
 
A
V
 
V
A
 
A
N
 
D
F
 
F
E
 
A
C
 
C
T
 
T
T
 
T
A
 
A
M
 
L
V
 
V
A
 
E
A
 
A
S
 
A
R
 
K
E
 
S
A
 
I
G
 
G
L
 
A
E
 
T
P
 
T
H
 
H
I
 
V
G
 
G
I
 
V
T
 
T
A
 
A
S
 
S
S
 
S
D
 
D
T
 
T
F
|
F
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
Q
|
Q
E
 
E
R
|
R
Y
 
Y
D
 
D
T
 
T
V
 
Y
T
 
S
G
 
G
R
 
R
V
 
V
T
 
V
R
 
R
R
 
R
F
 
F
A
 
K
G
 
G
S
 
S
M
 
M
K
 
E
E
 
E
W
 
W
Q
 
Q
D
 
A
M
 
M
G
 
G
V
 
V
L
 
M
N
 
N
Y
 
Y
E
 
E
M
 
M
E
 
E
S
 
S
S
 
A
T
 
T
L
 
L
F
 
L
T
 
T
M
 
M
C
 
C
A
 
A
T
 
S
Q
 
Q
G
 
G
W
 
L
R
 
R
A
 
A
A
 
G
C
 
M
V
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
V
I
|
I
V
|
V
N
 
N
R
 
R
T
 
T
Q
 
Q
Q
 
Q
E
 
E
I
 
I
P
 
P
D
 
N
E
 
A
A
 
E
T
 
T
M
 
M
K
 
K
Q
 
Q
T
 
T
E
 
E
T
 
S
S
 
H
A
 
A
V
 
V
S
 
K
I
 
I
V
 
V
V
 
V
A
 
E
A
 
A
A
 
A
K
 
R
K
 
R
L
 
L
L
 
L

5efoB X-ray structure uridine phosphorylase from vibrio cholerae in complex with cytidine and cytosine at 1.63a.
75% identity, 98% coverage: 4:251/252 of query aligns to 5:252/253 of 5efoB

query
sites
5efoB
V
 
V
F
 
F
H
|
H
L
 
L
G
 
G
L
 
V
T
 
T
K
 
E
E
 
A
M
 
D
L
 
L
D
 
N
G
 
G
A
 
A
T
 
T
L
 
L
A
 
A
I
 
I
V
 
I
P
 
P
G
|
G
D
 
D
P
 
P
E
 
A
R
|
R
V
 
V
K
 
Q
R
 
K
I
 
I
A
 
A
E
 
E
L
 
L
M
 
M
D
 
D
N
 
N
P
 
P
T
 
V
F
 
F
L
 
L
A
 
A
S
 
S
H
 
H
R
|
R
E
 
E
Y
 
Y
T
 
T
S
 
V
Y
 
Y
L
 
R
A
 
A
Y
 
E
I
 
L
D
 
D
G
 
G
K
 
Q
P
 
S
L
 
V
V
 
V
I
 
V
C
 
C
S
 
S
T
 
T
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
 
G
P
 
P
S
 
S
T
 
T
S
 
S
I
 
I
A
 
A
V
 
V
E
 
E
E
|
E
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
I
 
V
D
 
R
T
 
T
F
 
F
L
 
L
R
|
R
V
 
V
G
 
G
T
|
T
T
|
T
G
|
G
A
 
A
I
 
I
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
H
V
 
V
N
 
N
V
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
M
I
 
I
V
 
V
T
 
T
Q
 
T
A
 
G
S
 
S
V
 
V
R
 
R
L
 
L
D
 
D
G
 
G
A
 
A
S
 
S
L
 
L
H
 
H
F
 
F
A
 
A
P
 
P
M
 
M
E
 
E
F
 
F
P
 
P
A
 
A
V
 
V
A
 
P
N
 
D
F
 
F
E
 
D
C
 
V
T
 
A
T
 
T
A
 
A
M
 
M
V
 
K
A
 
A
A
 
A
S
 
A
R
 
Q
E
 
E
A
 
S
G
 
G
L
 
A
E
 
T
P
 
V
H
 
H
I
 
M
G
 
G
I
 
V
T
 
T
A
 
A
S
 
S
S
 
S
D
 
D
T
 
T
F
|
F
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
Q
|
Q
E
 
E
R
|
R
Y
 
Y
D
 
D
T
 
T
V
 
F
T
 
T
G
 
G
R
 
R
V
 
V
T
 
V
R
 
R
R
 
R
F
 
F
A
 
Q
G
 
G
S
 
S
M
 
M
K
 
K
E
 
E
W
 
W
Q
 
Q
D
 
D
M
 
M
G
 
G
V
 
V
L
 
L
N
 
N
Y
 
F
E
 
E
M
 
M
E
 
E
S
 
S
S
 
A
T
 
T
L
 
L
F
 
L
T
 
T
M
 
M
C
 
C
A
 
A
T
 
S
Q
 
S
G
 
G
W
 
L
R
 
K
A
 
A
A
 
G
C
 
C
V
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
V
I
|
I
V
x
I
N
 
N
R
|
R
T
 
T
Q
 
Q
Q
 
K
E
 
E
I
 
I
P
 
P
D
 
D
E
 
H
A
 
A
T
 
T
M
x
L
K
 
K
Q
 
E
T
 
T
E
 
E
T
 
A
S
 
R
A
 
S
V
 
I
S
 
K
I
 
V
V
 
V
V
 
V
A
 
E
A
 
A
A
 
A
K
 
R
K
 
K
L
 
M
L
 
L

6rcaA X-ray structure uridine phosphorylase from vibrio cholerae in complex with 2.2'-anhydrouridine at 1.34 a
75% identity, 98% coverage: 4:251/252 of query aligns to 3:250/251 of 6rcaA

query
sites
6rcaA
V
 
V
F
 
F
H
|
H
L
 
L
G
 
G
L
 
V
T
 
T
K
 
E
E
 
A
M
 
D
L
 
L
D
 
N
G
 
G
A
 
A
T
 
T
L
 
L
A
 
A
I
 
I
V
 
I
P
 
P
G
|
G
D
 
D
P
 
P
E
 
A
R
|
R
V
 
V
K
 
Q
R
 
K
I
 
I
A
 
A
E
 
E
L
 
L
M
 
M
D
 
D
N
 
N
P
 
P
T
 
V
F
 
F
L
 
L
A
 
A
S
 
S
H
 
H
R
|
R
E
 
E
Y
 
Y
T
 
T
S
 
V
Y
 
Y
L
 
R
A
 
A
Y
 
E
I
 
L
D
 
D
G
 
G
K
 
Q
P
 
S
L
 
V
V
 
V
I
 
V
C
 
C
S
 
S
T
 
T
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
 
G
P
 
P
S
 
S
T
 
T
S
 
S
I
 
I
A
 
A
V
 
V
E
 
E
E
|
E
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
I
 
V
D
 
R
T
 
T
F
 
F
L
 
L
R
|
R
V
 
V
G
 
G
T
|
T
T
 
T
G
 
G
A
 
A
I
 
I
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
H
V
 
V
N
 
N
V
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
M
I
 
I
V
 
V
T
 
T
Q
 
T
A
 
G
S
 
S
V
 
V
R
 
R
L
 
L
D
 
D
G
 
G
A
 
A
S
 
S
L
 
L
H
 
H
F
 
F
A
 
A
P
 
P
M
 
M
E
 
E
F
 
F
P
 
P
A
 
A
V
 
V
A
 
P
N
 
D
F
 
F
E
 
D
C
 
V
T
 
A
T
 
T
A
 
A
M
 
M
V
 
K
A
 
A
A
 
A
S
 
A
R
 
Q
E
 
E
A
 
S
G
 
G
L
 
A
E
 
T
P
 
V
H
 
H
I
 
M
G
 
G
I
 
V
T
 
T
A
 
A
S
 
S
S
 
S
D
 
D
T
 
T
F
|
F
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
Q
|
Q
E
 
E
R
|
R
Y
 
Y
D
 
D
T
 
T
V
 
F
T
 
T
G
 
G
R
 
R
V
 
V
T
 
V
R
 
R
R
 
R
F
 
F
A
 
Q
G
 
G
S
 
S
M
 
M
K
 
K
E
 
E
W
 
W
Q
 
Q
D
 
D
M
 
M
G
 
G
V
 
V
L
 
L
N
 
N
Y
 
F
E
|
E
M
|
M
E
|
E
S
 
S
S
 
A
T
 
T
L
 
L
F
 
L
T
 
T
M
 
M
C
 
C
A
 
A
T
 
S
Q
 
S
G
 
G
W
 
L
R
 
K
A
 
A
A
 
G
C
 
C
V
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
V
I
|
I
V
x
I
N
 
N
R
|
R
T
 
T
Q
 
Q
Q
 
K
E
 
E
I
 
I
P
 
P
D
 
D
E
 
H
A
 
A
T
 
T
M
x
L
K
 
K
Q
 
E
T
 
T
E
 
E
T
 
A
S
 
R
A
 
S
V
 
I
S
 
K
I
 
V
V
 
V
V
 
V
A
 
E
A
 
A
A
 
A
K
 
R
K
 
K
L
 
M
L
 
L

5efoE X-ray structure uridine phosphorylase from vibrio cholerae in complex with cytidine and cytosine at 1.63a.
75% identity, 98% coverage: 4:251/252 of query aligns to 3:250/251 of 5efoE

query
sites
5efoE
V
 
V
F
 
F
H
|
H
L
 
L
G
 
G
L
 
V
T
 
T
K
 
E
E
 
A
M
 
D
L
 
L
D
 
N
G
 
G
A
 
A
T
 
T
L
 
L
A
 
A
I
 
I
V
 
I
P
 
P
G
|
G
D
 
D
P
 
P
E
 
A
R
|
R
V
 
V
K
 
Q
R
 
K
I
 
I
A
 
A
E
 
E
L
 
L
M
 
M
D
 
D
N
 
N
P
 
P
T
 
V
F
 
F
L
 
L
A
 
A
S
 
S
H
 
H
R
|
R
E
 
E
Y
 
Y
T
 
T
S
 
V
Y
 
Y
L
 
R
A
 
A
Y
 
E
I
 
L
D
 
D
G
 
G
K
 
Q
P
 
S
L
 
V
V
 
V
I
 
V
C
 
C
S
 
S
T
 
T
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
 
G
P
 
P
S
 
S
T
 
T
S
 
S
I
 
I
A
 
A
V
 
V
E
 
E
E
|
E
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
I
 
V
D
 
R
T
 
T
F
 
F
L
 
L
R
|
R
V
 
V
G
 
G
T
|
T
T
|
T
G
|
G
A
 
A
I
 
I
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
H
V
 
V
N
 
N
V
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
M
I
 
I
V
 
V
T
 
T
Q
 
T
A
 
G
S
 
S
V
 
V
R
 
R
L
 
L
D
 
D
G
 
G
A
 
A
S
 
S
L
 
L
H
 
H
F
 
F
A
 
A
P
 
P
M
 
M
E
 
E
F
 
F
P
 
P
A
 
A
V
 
V
A
 
P
N
 
D
F
 
F
E
 
D
C
 
V
T
 
A
T
 
T
A
 
A
M
 
M
V
 
K
A
 
A
A
 
A
S
 
A
R
 
Q
E
 
E
A
 
S
G
 
G
L
 
A
E
 
T
P
 
V
H
 
H
I
 
M
G
 
G
I
 
V
T
 
T
A
 
A
S
 
S
S
 
S
D
 
D
T
 
T
F
|
F
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
Q
|
Q
E
 
E
R
|
R
Y
 
Y
D
 
D
T
 
T
V
 
F
T
 
T
G
 
G
R
 
R
V
 
V
T
 
V
R
 
R
R
 
R
F
 
F
A
 
Q
G
 
G
S
 
S
M
 
M
K
 
K
E
 
E
W
 
W
Q
 
Q
D
 
D
M
 
M
G
 
G
V
 
V
L
 
L
N
 
N
Y
 
F
E
|
E
M
|
M
E
|
E
S
 
S
S
 
A
T
 
T
L
 
L
F
 
L
T
 
T
M
 
M
C
 
C
A
 
A
T
 
S
Q
 
S
G
 
G
W
 
L
R
 
K
A
 
A
A
 
G
C
 
C
V
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
V
I
|
I
V
x
I
N
 
N
R
|
R
T
 
T
Q
 
Q
Q
 
K
E
 
E
I
 
I
P
 
P
D
 
D
E
 
H
A
 
A
T
 
T
M
x
L
K
 
K
Q
 
E
T
 
T
E
 
E
T
 
A
S
 
R
A
 
S
V
 
I
S
 
K
I
 
V
V
 
V
V
 
V
A
 
E
A
 
A
A
 
A
K
 
R
K
 
K
L
 
M
L
 
L

5c80A X-ray structure uridine phosphorylase from vibrio cholerae in complex with uridine at 2.24 a resolution
75% identity, 98% coverage: 4:251/252 of query aligns to 3:250/251 of 5c80A

query
sites
5c80A
V
 
V
F
 
F
H
|
H
L
 
L
G
 
G
L
 
V
T
 
T
K
 
E
E
 
A
M
 
D
L
 
L
D
 
N
G
 
G
A
 
A
T
 
T
L
 
L
A
 
A
I
 
I
V
 
I
P
 
P
G
|
G
D
 
D
P
 
P
E
 
A
R
|
R
V
 
V
K
 
Q
R
 
K
I
 
I
A
 
A
E
 
E
L
 
L
M
 
M
D
 
D
N
 
N
P
 
P
T
 
V
F
 
F
L
 
L
A
 
A
S
 
S
H
 
H
R
|
R
E
 
E
Y
 
Y
T
 
T
S
 
V
Y
 
Y
L
 
R
A
 
A
Y
 
E
I
 
L
D
 
D
G
 
G
K
 
Q
P
 
S
L
 
V
V
 
V
I
 
V
C
 
C
S
 
S
T
 
T
G
 
G
I
|
I
G
 
G
G
 
G
P
 
P
S
 
S
T
 
T
S
 
S
I
 
I
A
 
A
V
 
V
E
 
E
E
|
E
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
I
 
V
D
 
R
T
 
T
F
 
F
L
 
L
R
|
R
V
 
V
G
 
G
T
|
T
T
|
T
G
|
G
A
 
A
I
 
I
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
H
V
 
V
N
 
N
V
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
M
I
 
I
V
 
V
T
 
T
Q
 
T
A
 
G
S
 
S
V
 
V
R
 
R
L
 
L
D
 
D
G
 
G
A
 
A
S
 
S
L
 
L
H
 
H
F
 
F
A
 
A
P
 
P
M
 
M
E
 
E
F
 
F
P
 
P
A
 
A
V
 
V
A
 
P
N
 
D
F
 
F
E
 
D
C
 
V
T
 
A
T
 
T
A
 
A
M
 
M
V
 
K
A
 
A
A
 
A
S
 
A
R
 
Q
E
 
E
A
 
S
G
 
G
L
 
A
E
 
T
P
 
V
H
 
H
I
 
M
G
 
G
I
 
V
T
 
T
A
 
A
S
 
S
S
 
S
D
 
D
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
Q
|
Q
E
 
E
R
|
R
Y
 
Y
D
 
D
T
 
T
V
 
F
T
 
T
G
 
G
R
 
R
V
 
V
T
 
V
R
 
R
R
 
R
F
 
F
A
 
Q
G
 
G
S
 
S
M
 
M
K
 
K
E
 
E
W
 
W
Q
 
Q
D
 
D
M
 
M
G
 
G
V
 
V
L
 
L
N
 
N
Y
 
F
E
 
E
M
|
M
E
|
E
S
 
S
S
 
A
T
 
T
L
 
L
F
 
L
T
 
T
M
 
M
C
 
C
A
 
A
T
 
S
Q
 
S
G
 
G
W
 
L
R
 
K
A
 
A
A
 
G
C
 
C
V
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
V
I
|
I
V
x
I
N
 
N
R
|
R
T
 
T
Q
 
Q
Q
 
K
E
 
E
I
 
I
P
 
P
D
 
D
E
 
H
A
 
A
T
 
T
M
x
L
K
 
K
Q
 
E
T
 
T
E
 
E
T
 
A
S
 
R
A
 
S
V
 
I
S
 
K
I
 
V
V
 
V
V
 
V
A
 
E
A
 
A
A
 
A
K
 
R
K
 
K
L
 
M
L
 
L

4k6oA X-ray structure uridine phosphorylase from vibrio cholerae in complex with 6-methyluracil at 1.17 a resolution (see paper)
75% identity, 98% coverage: 4:251/252 of query aligns to 4:251/252 of 4k6oA

query
sites
4k6oA
V
 
V
F
 
F
H
|
H
L
 
L
G
 
G
L
 
V
T
 
T
K
 
E
E
 
A
M
 
D
L
 
L
D
 
N
G
 
G
A
 
A
T
 
T
L
 
L
A
 
A
I
 
I
V
 
I
P
 
P
G
|
G
D
 
D
P
 
P
E
 
A
R
|
R
V
 
V
K
 
Q
R
 
K
I
 
I
A
 
A
E
 
E
L
 
L
M
 
M
D
 
D
N
 
N
P
 
P
T
 
V
F
 
F
L
 
L
A
 
A
S
 
S
H
 
H
R
|
R
E
 
E
Y
 
Y
T
 
T
S
 
V
Y
 
Y
L
 
R
A
 
A
Y
 
E
I
 
L
D
 
D
G
 
G
K
 
Q
P
 
S
L
 
V
V
 
V
I
 
V
C
 
C
S
 
S
T
 
T
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
 
G
P
 
P
S
 
S
T
 
T
S
 
S
I
 
I
A
 
A
V
 
V
E
 
E
E
|
E
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
I
 
V
D
 
R
T
 
T
F
 
F
L
 
L
R
|
R
V
 
V
G
 
G
T
|
T
T
|
T
G
|
G
A
 
A
I
 
I
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
H
V
 
V
N
 
N
V
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
M
I
 
I
V
 
V
T
 
T
Q
 
T
A
 
G
S
 
S
V
 
V
R
 
R
L
 
L
D
 
D
G
 
G
A
 
A
S
 
S
L
 
L
H
 
H
F
 
F
A
 
A
P
 
P
M
 
M
E
 
E
F
 
F
P
 
P
A
 
A
V
 
V
A
 
P
N
 
D
F
 
F
E
 
D
C
 
V
T
 
A
T
 
T
A
 
A
M
 
M
V
 
K
A
 
A
A
 
A
S
 
A
R
 
Q
E
 
E
A
 
S
G
 
G
L
 
A
E
 
T
P
 
V
H
 
H
I
 
M
G
 
G
I
 
V
T
 
T
A
 
A
S
 
S
S
 
S
D
 
D
T
 
T
F
|
F
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
Q
|
Q
E
 
E
R
|
R
Y
 
Y
D
 
D
T
 
T
V
 
F
T
 
T
G
 
G
R
 
R
V
 
V
T
 
V
R
 
R
R
 
R
F
 
F
A
 
Q
G
 
G
S
 
S
M
 
M
K
 
K
E
 
E
W
 
W
Q
 
Q
D
 
D
M
 
M
G
 
G
V
 
V
L
 
L
N
 
N
Y
 
F
E
 
E
M
 
M
E
 
E
S
 
S
S
 
A
T
 
T
L
 
L
F
 
L
T
 
T
M
 
M
C
 
C
A
 
A
T
 
S
Q
 
S
G
 
G
W
 
L
R
 
K
A
 
A
A
 
G
C
 
C
V
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
V
I
|
I
V
x
I
N
 
N
R
|
R
T
 
T
Q
 
Q
Q
 
K
E
 
E
I
 
I
P
 
P
D
 
D
E
 
H
A
 
A
T
 
T
M
x
L
K
 
K
Q
 
E
T
 
T
E
 
E
T
 
A
S
 
R
A
 
S
V
 
I
S
 
K
I
 
V
V
 
V
V
 
V
A
 
E
A
 
A
A
 
A
K
 
R
K
 
K
L
 
M
L
 
L

1rxsB E. Coli uridine phosphorylase: 2'-deoxyuridine phosphate complex (see paper)
75% identity, 99% coverage: 2:251/252 of query aligns to 1:246/246 of 1rxsB

query
sites
1rxsB
S
 
S
D
 
D
V
 
V
F
 
F
H
|
H
L
 
L
G
 
G
L
 
L
T
 
T
K
 
K
E
 
N
M
 
D
L
 
L
D
 
Q
G
 
G
A
 
A
T
 
T
L
 
L
A
 
A
I
 
I
V
 
V
P
 
P
G
 
G
D
 
D
P
 
P
E
 
D
R
|
R
V
 
V
K
 
E
R
 
K
I
 
I
A
 
A
E
 
A
L
 
L
M
 
M
D
 
D
N
 
K
P
 
P
T
 
V
F
 
K
L
 
L
A
 
A
S
 
S
H
 
H
R
|
R
E
|
E
Y
 
F
T
 
T
S
 
T
Y
 
W
L
 
R
A
 
A
Y
 
E
I
 
L
D
 
D
G
 
G
K
 
K
P
 
P
L
 
V
V
 
I
I
 
V
C
 
C
S
 
S
T
 
T
G
|
G
I
|
I
G
 
G
G
 
G
P
 
P
S
|
S
T
 
T
S
 
S
I
 
I
A
 
A
V
 
V
E
 
E
E
|
E
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
I
 
I
D
 
R
T
 
T
F
 
F
L
 
L
R
|
R
V
 
I
G
 
G
T
|
T
T
|
T
G
|
G
A
 
A
I
 
I
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
H
V
 
I
N
 
N
V
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
V
I
 
L
V
 
V
T
 
T
Q
 
T
A
 
A
S
 
S
V
 
V
R
 
R
L
 
L
D
 
D
G
 
G
A
 
A
S
 
S
L
 
L
H
 
H
F
 
F
A
 
A
P
 
P
M
 
L
E
 
E
F
 
F
P
 
P
A
 
A
V
 
V
A
 
A
N
 
D
F
 
F
E
 
E
C
 
C
T
 
T
T
 
T
A
 
A
M
 
L
V
 
V
A
 
E
A
 
A
S
 
A
R
 
K
E
 
S
A
 
I
G
 
G
L
 
A
E
 
T
P
 
T
H
 
H
I
 
V
G
 
G
I
 
V
T
 
T
A
 
A
S
 
S
S
 
S
D
 
D
T
 
T
F
|
F
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
Q
|
Q
E
 
E
R
|
R
Y
 
Y
D
 
D
T
 
T
V
 
Y
T
 
S
G
 
G
R
 
R
V
 
V
T
 
V
R
|
R
R
x
H
F
 
F
A
 
K
G
 
G
S
 
S
M
 
M
K
 
E
E
 
E
W
 
W
Q
 
Q
D
 
A
M
 
M
G
 
G
V
 
V
L
 
M
N
 
N
Y
 
Y
E
 
E
M
|
M
E
|
E
S
 
S
S
 
A
T
 
T
L
 
L
F
 
L
T
 
T
M
 
M
C
 
C
A
 
A
T
 
S
Q
 
Q
G
 
G
W
 
L
R
 
R
A
 
A
A
 
G
C
 
M
V
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
V
I
|
I
V
|
V
N
 
N
R
|
R
T
 
T
Q
 
Q
Q
 
Q
E
 
E
I
 
I
P
 
P
D
 
-
E
 
-
A
 
-
T
 
-
M
 
M
K
 
K
Q
 
Q
T
 
T
E
 
E
T
 
S
S
 
H
A
 
A
V
 
V
S
 
K
I
 
I
V
 
V
V
 
V
A
 
E
A
 
A
A
 
A
K
 
R
K
 
R
L
 
L
L
 
L

1rxcA E. Coli uridine phosphorylase: 5-fluorouracil ribose-1-phosphate complex (see paper)
75% identity, 99% coverage: 2:251/252 of query aligns to 1:246/246 of 1rxcA

query
sites
1rxcA
S
 
S
D
 
D
V
 
V
F
 
F
H
|
H
L
 
L
G
 
G
L
 
L
T
 
T
K
 
K
E
 
N
M
 
D
L
 
L
D
 
Q
G
 
G
A
 
A
T
 
T
L
 
L
A
 
A
I
 
I
V
 
V
P
 
P
G
|
G
D
 
D
P
 
P
E
 
D
R
|
R
V
 
V
K
 
E
R
 
K
I
 
I
A
 
A
E
 
A
L
 
L
M
 
M
D
 
D
N
 
K
P
 
P
T
 
V
F
 
K
L
 
L
A
 
A
S
 
S
H
 
H
R
|
R
E
|
E
Y
 
F
T
 
T
S
 
T
Y
 
W
L
 
R
A
 
A
Y
 
E
I
 
L
D
 
D
G
 
G
K
 
K
P
 
P
L
 
V
V
 
I
I
 
V
C
 
C
S
 
S
T
 
T
G
|
G
I
|
I
G
 
G
G
 
G
P
 
P
S
|
S
T
 
T
S
 
S
I
 
I
A
 
A
V
 
V
E
 
E
E
|
E
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
I
 
I
D
 
R
T
 
T
F
 
F
L
 
L
R
|
R
V
 
I
G
 
G
T
|
T
T
 
T
G
 
G
A
 
A
I
 
I
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
H
V
 
I
N
 
N
V
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
V
I
 
L
V
 
V
T
 
T
Q
 
T
A
 
A
S
 
S
V
 
V
R
 
R
L
 
L
D
 
D
G
 
G
A
 
A
S
 
S
L
 
L
H
 
H
F
 
F
A
 
A
P
 
P
M
 
L
E
 
E
F
 
F
P
 
P
A
 
A
V
 
V
A
 
A
N
 
D
F
 
F
E
 
E
C
 
C
T
 
T
T
 
T
A
 
A
M
 
L
V
 
V
A
 
E
A
 
A
S
 
A
R
 
K
E
 
S
A
 
I
G
 
G
L
 
A
E
 
T
P
 
T
H
 
H
I
 
V
G
 
G
I
 
V
T
 
T
A
 
A
S
 
S
S
 
S
D
 
D
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
R
|
R
Y
 
Y
D
 
D
T
 
T
V
 
Y
T
 
S
G
 
G
R
 
R
V
 
V
T
 
V
R
 
R
R
 
H
F
 
F
A
 
K
G
 
G
S
 
S
M
 
M
K
 
E
E
 
E
W
 
W
Q
 
Q
D
 
A
M
 
M
G
 
G
V
 
V
L
 
M
N
 
N
Y
 
Y
E
 
E
M
 
M
E
 
E
S
 
S
S
 
A
T
 
T
L
 
L
F
 
L
T
 
T
M
 
M
C
 
C
A
 
A
T
 
S
Q
 
Q
G
 
G
W
 
L
R
 
R
A
 
A
A
 
G
C
 
M
V
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
V
I
|
I
V
|
V
N
 
N
R
|
R
T
 
T
Q
 
Q
Q
 
Q
E
 
E
I
 
I
P
 
P
D
 
N
E
 
-
A
 
-
T
 
-
M
 
-
K
 
K
Q
 
Q
T
 
T
E
 
E
T
 
S
S
 
H
A
 
A
V
 
V
S
 
K
I
 
I
V
 
V
V
 
V
A
 
E
A
 
A
A
 
A
K
 
R
K
 
R
L
 
L
L
 
L

1u1gA Structure of e. Coli uridine phosphorylase complexed to 5-(m- (benzyloxy)benzyl)barbituric acid (bbba) (see paper)
74% identity, 99% coverage: 2:251/252 of query aligns to 1:245/245 of 1u1gA

query
sites
1u1gA
S
 
S
D
 
D
V
 
V
F
 
F
H
|
H
L
 
L
G
 
G
L
 
L
T
 
T
K
 
K
E
 
N
M
 
D
L
 
L
D
 
Q
G
 
G
A
 
A
T
 
T
L
 
L
A
 
A
I
 
I
V
 
V
P
 
P
G
|
G
D
 
D
P
 
P
E
 
D
R
|
R
V
 
V
K
 
E
R
 
K
I
 
I
A
 
A
E
 
A
L
 
L
M
 
M
D
 
D
N
 
K
P
 
P
T
 
V
F
 
K
L
 
L
A
 
A
S
 
S
H
 
H
R
|
R
E
 
E
Y
 
F
T
 
T
S
 
T
Y
 
W
L
 
R
A
 
A
Y
 
E
I
 
L
D
 
D
G
 
G
K
 
K
P
 
P
L
 
V
V
 
I
I
 
V
C
 
C
S
 
S
T
 
T
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
 
G
P
 
P
S
 
S
T
 
T
S
 
S
I
 
I
A
 
A
V
 
V
E
 
E
E
|
E
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
I
 
I
D
 
R
T
 
T
F
 
F
L
 
L
R
|
R
V
 
I
G
 
G
T
|
T
T
|
T
G
 
G
A
 
A
I
 
I
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
H
V
 
I
N
 
N
V
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
V
I
 
L
V
 
V
T
 
T
Q
 
T
A
 
A
S
 
S
V
 
V
R
 
R
L
 
L
D
 
D
G
 
G
A
 
A
S
 
S
L
 
L
H
 
H
F
 
F
A
 
A
P
 
P
M
 
L
E
 
E
F
 
F
P
 
P
A
 
A
V
 
V
A
 
A
N
 
D
F
 
F
E
 
E
C
 
C
T
 
T
T
 
T
A
 
A
M
 
L
V
 
V
A
 
E
A
 
A
S
 
A
R
 
K
E
 
S
A
 
I
G
 
G
L
 
A
E
 
T
P
 
T
H
 
H
I
 
V
G
 
G
I
 
V
T
 
T
A
 
A
S
 
S
S
 
S
D
 
D
T
 
T
F
|
F
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
Q
|
Q
E
 
E
R
|
R
Y
 
Y
D
 
D
T
 
T
V
 
Y
T
 
S
G
 
G
R
 
R
V
 
V
T
 
V
R
 
R
R
 
H
F
 
F
A
 
K
G
 
G
S
 
S
M
 
M
K
 
E
E
 
E
W
 
W
Q
 
Q
D
 
A
M
 
M
G
 
G
V
 
V
L
 
M
N
 
N
Y
 
Y
E
 
E
M
|
M
E
 
E
S
 
S
S
 
A
T
 
T
L
 
L
F
 
L
T
 
T
M
 
M
C
 
C
A
 
A
T
 
S
Q
 
Q
G
 
G
W
 
L
R
 
R
A
 
A
A
 
G
C
 
M
V
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
V
I
|
I
V
|
V
N
 
N
R
|
R
T
 
T
Q
 
Q
Q
 
A
E
 
E
I
 
-
P
 
-
D
 
-
E
 
-
A
 
-
T
 
T
M
|
M
K
 
K
Q
 
Q
T
 
T
E
 
E
T
 
S
S
 
H
A
 
A
V
 
V
S
 
K
I
 
I
V
 
V
V
 
V
A
 
E
A
 
A
A
 
A
K
 
R
K
 
R
L
 
L
L
 
L

Query Sequence

>5210964 Shew_3390 uridine phosphorylase (RefSeq)
MSDVFHLGLTKEMLDGATLAIVPGDPERVKRIAELMDNPTFLASHREYTSYLAYIDGKPL
VICSTGIGGPSTSIAVEELAQLGIDTFLRVGTTGAIQPQVNVGDVIVTQASVRLDGASLH
FAPMEFPAVANFECTTAMVAASREAGLEPHIGITASSDTFYPGQERYDTVTGRVTRRFAG
SMKEWQDMGVLNYEMESSTLFTMCATQGWRAACVAGVIVNRTQQEIPDEATMKQTETSAV
SIVVAAAKKLLA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory