SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 642683369 IMG__ChlphaBS1_FD:642683369 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 3 hits to proteins with known functional sites (download)

7wxiA Gpr domain of drosophila p5cs filament with glutamate and atpgammas (see paper)
34% identity, 98% coverage: 10:417/417 of query aligns to 7:412/430 of 7wxiA

query
sites
7wxiA
E
 
E
K
 
N
V
 
A
R
 
R
E
 
T
A
 
G
S
 
S
R
 
R
K
 
Q
L
 
M
C
 
Q
T
 
A
L
 
L
S
 
T
D
 
P
S
 
A
D
 
Q
I
 
R
N
 
A
S
 
S
L
 
A
L
 
V
N
 
N
D
 
T
L
 
L
A
 
A
N
 
D
R
 
L
I
 
L
P
 
V
G
 
S
N
 
R
S
 
E
Q
 
K
T
 
F
I
 
I
L
 
L
E
 
D
A
 
A
N
 
N
Q
 
A
K
 
K
D
 
D
L
 
L
D
 
A
R
 
E
M
 
A
D
 
Q
P
 
K
N
 
S
-
 
G
-
 
L
-
 
A
D
 
K
P
 
P
K
 
L
Y
 
L
D
 
S
R
 
R
L
 
L
L
 
S
L
 
L
S
 
N
T
 
P
S
 
A
R
 
K
L
 
L
E
 
K
S
 
N
I
 
L
A
 
S
S
 
V
D
 
G
I
 
L
R
 
K
N
 
Q
V
 
I
A
 
A
E
 
E
-
 
D
L
 
S
P
 
H
T
 
K
P
 
N
V
 
V
G
 
G
R
 
R
I
 
V
L
 
L
E
 
R
K
 
R
R
 
T
T
 
R
L
 
L
P
 
A
N
 
D
G
 
Q
L
 
L
A
 
E
L
 
L
K
 
K
K
 
Q
T
 
V
T
 
T
V
 
V
P
 
P
L
 
I
G
 
G
V
 
V
V
 
L
G
 
L
I
 
V
I
 
I
Y
 
F
E
 
E
S
 
S
R
 
R
P
 
P
N
 
D
V
 
S
T
 
L
F
 
P
D
 
Q
V
 
V
F
 
A
A
 
A
L
 
L
C
 
A
L
 
M
K
 
A
S
 
S
G
 
A
N
 
N
A
 
G
T
 
L
V
 
L
L
 
L
K
 
K
G
 
G
G
 
G
S
 
K
D
 
E
A
 
A
M
 
A
Y
 
H
S
 
S
N
 
N
M
 
K
A
 
A
I
 
L
V
 
M
D
 
E
L
 
L
I
 
V
R
 
K
E
 
E
V
 
A
L
 
L
V
 
A
R
 
-
N
 
-
N
 
T
V
 
V
N
 
G
P
 
A
D
 
E
T
 
H
L
 
A
Y
 
V
L
 
S
L
 
L
P
 
V
S
 
S
D
 
T
R
 
R
E
 
E
A
 
E
A
 
I
G
 
S
I
 
D
M
 
L
L
 
L
N
 
S
A
 
M
V
 
E
G
 
N
Y
 
H
I
 
I
D
 
D
V
 
L
I
 
I
I
 
I
P
 
P
R
 
R
G
 
G
S
 
S
Q
 
S
Q
 
D
L
 
L
I
 
V
-
 
R
D
 
S
F
 
I
A
 
Q
R
 
Q
K
 
Q
S
 
S
S
 
L
S
 
H
V
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
L
E
 
G
T
 
H
G
 
A
A
 
E
G
 
G
I
 
V
V
 
C
H
 
H
T
 
V
Y
 
Y
F
 
I
D
 
D
L
 
R
S
 
D
G
 
A
D
 
D
L
 
L
Q
 
E
M
 
K
G
 
A
K
 
L
E
 
R
I
 
I
V
 
A
F
 
R
N
 
D
A
 
A
K
 
K
T
 
C
R
 
D
R
 
Y
P
 
P
S
 
A
V
 
A
C
 
C
N
 
N
A
 
A
L
 
M
D
 
E
T
 
T
L
 
L
L
 
L
I
 
I
H
 
H
R
 
E
E
 
D
R
 
L
L
 
M
D
 
S
D
 
G
-
 
A
-
 
I
L
 
F
A
 
G
S
 
D
I
 
V
A
 
C
E
 
N
P
 
M
L
 
L
A
 
K
E
 
R
K
 
E
K
 
G
V
 
V
I
 
K
I
 
I
F
 
Y
A
 
A
D
 
G
K
 
P
D
 
R
A
 
L
Y
 
N
P
 
Q
A
 
Q
L
 
L
L
 
T
S
 
F
R
 
G
Y
 
P
P
 
P
S
 
A
E
 
A
L
 
-
L
 
-
Q
 
-
K
 
-
A
 
-
E
 
-
E
 
-
K
 
K
H
 
S
F
 
L
G
 
K
T
 
H
E
 
E
F
 
Y
L
 
G
S
 
A
L
 
L
K
 
E
M
 
C
S
 
C
V
 
I
K
 
E
T
 
V
V
 
V
D
 
P
S
 
S
L
 
L
E
 
D
D
 
E
A
 
A
L
 
I
K
 
N
H
 
H
I
 
I
A
 
H
R
 
T
F
 
Y
S
 
G
S
 
S
M
 
S
H
 
H
S
 
T
E
 
D
A
 
V
V
 
I
I
 
V
A
 
T
S
 
E
D
 
N
A
 
D
V
 
A
V
 
A
K
 
A
D
 
R
E
 
Q
F
 
F
L
 
L
K
 
G
R
 
S
V
 
V
D
 
D
A
 
S
A
 
A
V
 
C
V
 
V
Y
 
F
A
 
H
N
 
N
T
 
A
S
 
S
T
 
S
A
x
R
F
 
F
T
 
A
D
|
D
G
 
G
A
 
F
Q
 
R
F
 
F
G
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
E
 
E
I
 
V
G
 
G
I
 
I
S
 
S
T
 
T
Q
 
A
K
 
R
L
 
I
H
 
H
A
 
A
R
 
R
G
 
G
P
 
P
M
 
V
A
 
G
L
 
V
Q
 
E
E
 
G
L
 
L
T
 
L
S
 
T
Y
 
T
K
 
K
W
 
W
V
 
I
I
 
L
E
 
E
G
 
G
D
 
Q
G
 
D
Q
 
H
T
 
A
R
 
A
A
 
A

7wxgA Gpr domain closed form of drosophila p5cs filament with glutamate, atp, and NADPH (see paper)
34% identity, 98% coverage: 10:417/417 of query aligns to 7:412/430 of 7wxgA

query
sites
7wxgA
E
 
E
K
 
N
V
 
A
R
 
R
E
 
T
A
 
G
S
 
S
R
 
R
K
 
Q
L
 
M
C
 
Q
T
 
A
L
 
L
S
 
T
D
 
P
S
 
A
D
 
Q
I
 
R
N
 
A
S
 
S
L
 
A
L
 
V
N
 
N
D
 
T
L
 
L
A
 
A
N
 
D
R
 
L
I
 
L
P
 
V
G
 
S
N
 
R
S
 
E
Q
 
K
T
 
F
I
 
I
L
 
L
E
 
D
A
 
A
N
 
N
Q
 
A
K
 
K
D
 
D
L
 
L
D
 
A
R
 
E
M
 
A
D
 
Q
P
 
K
N
 
S
-
 
G
-
 
L
-
 
A
D
 
K
P
 
P
K
 
L
Y
 
L
D
 
S
R
 
R
L
 
L
L
 
S
L
 
L
S
 
N
T
 
P
S
 
A
R
 
K
L
 
L
E
 
K
S
 
N
I
 
L
A
 
S
S
 
V
D
 
G
I
 
L
R
 
K
N
 
Q
V
 
I
A
 
A
E
 
E
-
 
D
L
 
S
P
 
H
T
 
K
P
 
N
V
 
V
G
 
G
R
 
R
I
 
V
L
 
L
E
 
R
K
 
R
R
 
T
T
 
R
L
 
L
P
 
A
N
 
D
G
 
Q
L
 
L
A
 
E
L
 
L
K
 
K
K
 
Q
T
 
V
T
 
T
V
 
V
P
 
P
L
 
I
G
 
G
V
 
V
V
 
L
G
 
L
I
 
V
I
 
I
Y
 
F
E
|
E
S
 
S
R
 
R
P
 
P
N
 
D
V
 
S
T
 
L
F
 
P
D
 
Q
V
 
V
F
 
A
A
 
A
L
 
L
C
 
A
L
 
M
K
 
A
S
 
S
G
 
A
N
 
N
A
 
G
T
 
L
V
 
L
L
 
L
K
 
K
G
 
G
G
 
G
S
 
K
D
 
E
A
 
A
M
 
A
Y
 
H
S
 
S
N
 
N
M
 
K
A
 
A
I
 
L
V
 
M
D
 
E
L
 
L
I
 
V
R
 
K
E
 
E
V
 
A
L
 
L
V
 
A
R
 
-
N
 
-
N
 
T
V
 
V
N
 
G
P
 
A
D
 
E
T
 
H
L
 
A
Y
 
V
L
 
S
L
 
L
P
 
V
S
 
S
D
 
T
R
|
R
E
 
E
A
 
E
A
 
I
G
 
S
I
 
D
M
 
L
L
 
L
N
 
S
A
 
M
V
 
E
G
 
N
Y
 
H
I
 
I
D
 
D
V
 
L
I
 
I
I
 
I
P
 
P
R
 
R
G
|
G
S
|
S
Q
x
S
Q
 
D
L
|
L
I
 
V
-
 
R
D
 
S
F
 
I
A
 
Q
R
 
Q
K
 
Q
S
 
S
S
 
L
S
 
H
V
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
L
E
 
G
T
 
H
G
 
A
A
 
E
G
|
G
I
 
V
V
 
C
H
 
H
T
 
V
Y
 
Y
F
 
I
D
 
D
L
 
R
S
 
D
G
 
A
D
 
D
L
 
L
Q
 
E
M
 
K
G
 
A
K
 
L
E
 
R
I
 
I
V
 
A
F
 
R
N
 
D
A
 
A
K
 
K
T
 
C
R
 
D
R
 
Y
P
 
P
S
 
A
V
 
A
C
 
C
N
 
N
A
 
A
L
 
M
D
 
E
T
 
T
L
 
L
L
 
L
I
 
I
H
 
H
R
 
E
E
 
D
R
 
L
L
 
M
D
 
S
D
 
G
-
 
A
-
 
I
L
 
F
A
 
G
S
 
D
I
 
V
A
 
C
E
 
N
P
 
M
L
 
L
A
 
K
E
 
R
K
 
E
K
 
G
V
 
V
I
 
K
I
 
I
F
 
Y
A
 
A
D
 
G
K
 
P
D
 
R
A
 
L
Y
 
N
P
 
Q
A
 
Q
L
 
L
L
 
T
S
 
F
R
 
G
Y
 
P
P
 
P
S
 
A
E
 
A
L
 
-
L
 
-
Q
 
-
K
 
-
A
 
-
E
 
-
E
 
-
K
 
K
H
 
S
F
 
L
G
 
K
T
 
H
E
|
E
F
 
Y
L
 
G
S
 
A
L
 
L
K
 
E
M
 
C
S
 
C
V
 
I
K
 
E
T
 
V
V
 
V
D
 
P
S
 
S
L
 
L
E
 
D
D
 
E
A
 
A
L
 
I
K
 
N
H
 
H
I
 
I
A
 
H
R
 
T
F
 
Y
S
 
G
S
 
S
M
 
S
H
 
H
S
 
T
E
 
D
A
 
V
V
 
I
I
 
V
A
 
T
S
 
E
D
 
N
A
 
D
V
 
A
V
 
A
K
 
A
D
 
R
E
 
Q
F
 
F
L
 
L
K
 
G
R
 
S
V
 
V
D
 
D
A
 
S
A
 
A
V
 
C
V
 
V
Y
 
F
A
 
H
N
 
N
T
 
A
S
 
S
T
 
S
A
 
R
F
 
F
T
 
A
D
 
D
G
 
G
A
 
F
Q
 
R
F
 
F
G
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
E
 
E
I
 
V
G
 
G
I
 
I
S
 
S
T
 
T
Q
 
A
K
 
R
L
 
I
H
 
H
A
 
A
R
 
R
G
 
G
P
 
P
M
 
V
A
 
G
L
 
V
Q
 
E
E
 
G
L
 
L
T
 
L
S
 
T
Y
 
T
K
 
K
W
 
W
V
 
I
I
 
L
E
 
E
G
 
G
D
 
Q
G
 
D
Q
 
H
T
 
A
R
 
A
A
 
A

4jbeB 1.95 angstrom crystal structure of gamma-glutamyl phosphate reductase from saccharomonospora viridis.
28% identity, 95% coverage: 13:409/417 of query aligns to 16:407/412 of 4jbeB

query
sites
4jbeB
R
 
K
E
 
S
A
 
A
S
 
A
R
 
P
K
 
S
L
 
L
C
 
S
T
 
G
L
 
A
S
 
P
D
 
D
S
 
T
D
 
A
I
 
I
N
 
D
S
 
A
L
 
A
L
 
L
N
 
E
D
 
S
L
 
M
A
 
A
N
 
D
R
 
R
I
 
L
P
 
L
G
 
A
N
 
H
S
 
R
Q
 
D
T
 
A
I
 
V
L
 
L
E
 
A
A
 
A
N
 
N
Q
 
A
K
 
E
D
 
D
L
 
I
D
 
A
R
 
K
M
 
A
D
 
E
P
 
A
N
 
G
D
 
G
P
 
M
K
 
S
-
 
A
-
 
G
-
 
L
Y
 
L
D
 
D
R
 
R
L
 
L
L
 
T
L
 
I
S
 
T
T
 
E
S
 
S
R
 
R
L
 
L
E
 
T
S
 
D
I
 
M
A
 
A
S
 
D
D
 
Q
I
 
L
R
 
R
N
 
L
V
 
L
A
 
A
E
 
G
L
 
A
P
 
P
T
 
H
P
 
P
V
 
-
G
 
Q
R
 
R
I
 
T
L
 
V
E
 
E
K
 
L
R
 
S
T
 
T
L
 
L
P
 
D
N
 
G
G
 
G
L
 
L
A
 
R
L
 
L
K
 
V
K
 
E
T
 
R
T
 
R
V
 
R
P
 
P
L
 
V
G
 
G
V
 
V
V
 
I
G
 
G
I
 
A
I
 
N
Y
 
Y
E
 
E
S
 
A
R
 
R
P
 
P
N
 
N
V
 
V
T
 
T
F
 
V
D
 
D
V
 
V
F
 
A
A
 
S
L
 
Q
C
 
L
L
 
V
K
 
K
S
 
S
G
 
R
N
 
N
A
 
A
T
 
G
V
 
V
L
 
L
K
 
R
G
 
T
G
 
G
S
 
S
D
 
A
A
 
A
M
 
L
Y
 
K
S
 
S
N
 
A
M
 
Q
A
 
R
I
 
L
V
 
L
D
 
E
-
 
V
L
 
V
I
 
I
R
 
R
E
 
P
V
 
A
L
 
L
V
 
T
R
 
D
N
 
S
N
 
G
V
 
I
N
 
D
P
 
A
D
 
N
T
 
V
L
 
V
Y
 
Q
L
 
L
L
 
V
P
 
P
-
 
R
S
 
P
D
 
E
R
 
R
E
 
E
A
 
A
A
 
A
G
 
G
I
 
A
M
 
L
L
 
V
N
 
R
A
 
L
V
 
P
G
 
D
Y
 
L
I
 
V
D
 
P
V
 
L
I
 
V
I
 
I
P
 
L
R
 
R
G
 
G
S
 
S
Q
 
G
Q
 
E
-
 
S
-
 
T
-
 
R
-
 
A
-
 
L
L
 
A
I
 
L
D
 
E
F
 
A
A
 
A
R
 
Q
K
 
H
S
 
G
S
 
V
S
 
R
V
 
T
P
 
L
V
 
A
I
 
H
E
 
A
T
 
D
G
 
G
A
 
G
G
 
G
I
 
V
V
 
L
H
 
-
T
 
-
Y
 
Y
F
 
V
D
 
D
L
 
E
S
 
K
G
 
A
D
|
D
L
 
R
Q
x
D
M
 
T
G
 
V
K
 
R
E
 
S
I
 
L
V
 
V
F
 
V
N
 
N
A
 
S
K
 
L
T
 
D
R
 
R
R
 
L
P
 
-
S
 
G
V
 
V
C
 
C
N
 
N
A
 
R
L
 
L
D
 
N
T
 
L
L
 
L
L
 
L
I
 
I
H
 
H
R
 
D
E
x
A
R
 
V
L
 
Y
D
 
E
D
x
E
L
 
F
A
 
W
S
 
P
-
 
V
I
 
V
A
 
S
E
|
E
P
 
A
L
 
L
A
 
A
E
|
E
K
 
R
K
 
G
V
 
V
I
 
-
I
 
-
F
 
-
A
 
-
D
 
-
K
 
-
D
 
-
A
 
-
Y
 
S
P
 
P
A
 
S
L
 
L
L
 
-
S
 
-
R
 
-
Y
 
-
P
 
-
S
 
-
E
 
-
L
 
-
L
 
-
Q
 
-
K
 
P
A
 
P
E
 
Y
E
 
D
K
 
H
H
 
P
F
 
I
G
 
G
T
 
Y
E
 
E
F
 
W
L
 
A
-
 
L
-
 
D
-
 
S
-
 
E
-
 
R
S
 
E
L
 
A
K
 
T
M
 
V
S
 
T
V
 
V
K
 
A
T
 
R
V
 
V
D
 
D
S
 
G
L
 
V
E
 
A
D
 
E
A
 
A
L
 
V
K
 
R
H
 
I
I
 
A
A
 
N
R
 
E
F
 
E
S
 
T
S
 
S
M
 
G
H
 
L
S
 
A
E
 
A
A
 
G
V
 
I
I
 
A
A
 
T
S
 
E
D
 
D
A
 
A
V
 
R
V
 
A
K
 
A
D
 
E
E
 
E
F
 
F
L
 
F
K
 
D
R
 
G
V
 
Y
D
 
Q
A
 
G
A
 
T
V
 
G
V
 
V
Y
 
F
A
 
W
N
 
N
T
 
A
S
 
P
T
 
T
A
 
R
F
 
L
T
 
L
D
 
D
G
 
G
A
 
F
Q
 
K
F
 
L
G
 
L
L
 
G
G
 
V
A
 
P
E
 
E
I
 
T
G
 
G
I
 
I
S
 
N
T
 
L
Q
 
D
K
 
K
L
 
V
H
 
P
A
 
G
-
 
P
R
 
R
G
 
G
P
 
P
M
 
V
A
 
T
L
 
Y
Q
 
P
E
 
D
L
 
L
T
 
Y
S
 
V
Y
 
R
K
 
Q
W
 
Y
V
 
A
I
 
V

Query Sequence

>642683369 IMG__ChlphaBS1_FD:642683369
MKETIYKQLEKVREASRKLCTLSDSDINSLLNDLANRIPGNSQTILEANQKDLDRMDPND
PKYDRLLLSTSRLESIASDIRNVAELPTPVGRILEKRTLPNGLALKKTTVPLGVVGIIYE
SRPNVTFDVFALCLKSGNATVLKGGSDAMYSNMAIVDLIREVLVRNNVNPDTLYLLPSDR
EAAGIMLNAVGYIDVIIPRGSQQLIDFARKSSSVPVIETGAGIVHTYFDLSGDLQMGKEI
VFNAKTRRPSVCNALDTLLIHRERLDDLASIAEPLAEKKVIIFADKDAYPALLSRYPSEL
LQKAEEKHFGTEFLSLKMSVKTVDSLEDALKHIARFSSMHSEAVIASDAVVKDEFLKRVD
AAVVYANTSTAFTDGAQFGLGAEIGISTQKLHARGPMALQELTSYKWVIEGDGQTRA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory