SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 6936791 FitnessBrowser__SB2B:6936791 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 13 hits to proteins with known functional sites (download)

5c2xB Crystal structure of deoxyribose-phosphate aldolase from colwellia psychrerythraea (tetragonal form) (see paper)
66% identity, 95% coverage: 2:245/257 of query aligns to 1:244/246 of 5c2xB

query
sites
5c2xB
S
 
S
D
 
D
L
 
I
K
 
K
K
 
A
A
 
V
A
 
A
Q
 
Q
R
 
R
A
 
A
I
 
L
E
 
S
L
 
L
M
 
M
D
 
D
L
 
L
T
 
T
T
 
S
L
 
L
N
 
T
D
 
N
D
 
T
D
 
E
T
 
T
A
 
D
E
 
Q
K
 
E
V
 
I
I
 
I
E
 
D
L
 
L
C
 
C
K
 
R
K
 
Q
A
 
A
V
 
K
T
 
S
P
 
P
A
 
A
G
 
G
H
 
E
T
 
T
A
 
A
A
 
A
I
 
I
C
 
C
I
 
I
Y
 
F
P
 
P
R
 
R
F
 
F
I
 
I
P
 
P
I
 
V
A
 
A
R
 
K
K
 
K
T
 
A
L
 
L
I
 
K
E
 
A
L
 
Q
D
 
Q
A
 
T
E
 
P
D
 
H
I
 
I
Q
 
K
I
 
I
A
 
A
T
 
T
V
 
V
T
 
T
N
 
N
F
 
F
P
 
P
H
 
Q
G
 
G
N
 
N
D
 
D
D
 
D
I
 
L
A
 
D
I
 
I
A
 
A
V
 
L
L
 
A
E
 
E
T
 
T
R
|
R
A
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
A
 
A
D
 
D
E
 
E
V
 
V
D
|
D
V
 
L
V
 
V
F
 
F
P
 
P
Y
 
Y
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
I
E
 
Q
G
 
G
D
 
N
E
 
E
T
 
T
V
 
I
G
 
G
F
 
F
E
 
D
L
 
M
V
 
V
K
 
K
A
 
V
C
 
C
K
 
K
E
 
Q
A
|
A
C
 
C
G
 
S
D
 
G
D
 
N
V
 
A
L
 
K
L
 
L
K
 
K
V
 
V
I
 
I
I
 
I
E
 
E
S
 
T
G
 
G
E
 
E
L
 
L
K
 
K
D
 
S
P
 
E
A
 
E
L
 
L
I
 
I
R
 
R
K
 
K
A
 
A
S
 
S
E
 
E
I
 
I
S
 
A
I
 
I
D
 
N
A
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
F
 
F
I
 
I
K
|
K
T
 
T
S
 
S
T
 
T
G
 
G
K
 
K
V
 
V
P
 
A
V
 
I
N
 
N
A
 
A
T
 
T
L
 
P
E
 
E
A
 
A
A
 
A
E
 
K
I
 
V
M
 
M
L
 
L
T
 
T
V
 
V
I
 
I
A
 
K
E
 
N
K
 
K
N
 
N
R
 
T
A
 
A
V
 
V
G
 
G
F
 
F
K
|
K
P
 
P
A
 
A
G
 
G
G
 
G
V
 
V
R
 
R
D
 
N
A
 
A
A
 
D
A
 
D
A
 
A
A
 
A
E
 
I
F
 
Y
L
 
L
G
 
D
T
 
L
A
 
A
A
 
D
R
 
N
I
 
I
L
 
L
G
 
G
E
 
N
D
 
E
W
 
W
V
 
A
T
 
D
P
 
A
R
 
N
T
 
H
F
 
F
R
 
R
F
 
F
G
 
G
A
 
A
S
 
S
S
 
S
L
 
L
L
 
L
S
 
I
S
 
S
L
 
L
L
 
L
H
 
D
T
 
T
L
 
L

P0A6L0 Deoxyribose-phosphate aldolase; DERA; 2-deoxy-D-ribose 5-phosphate aldolase; Phosphodeoxyriboaldolase; Deoxyriboaldolase; EC 4.1.2.4 from Escherichia coli (strain K12) (see 2 papers)
68% identity, 91% coverage: 1:233/257 of query aligns to 1:236/259 of P0A6L0

query
sites
P0A6L0
M
 
M
S
 
T
D
 
D
L
 
L
K
 
K
K
 
A
A
 
S
A
 
S
Q
 
L
R
 
R
A
 
A
I
 
L
E
 
K
L
 
L
M
 
M
D
 
D
L
 
L
T
 
T
T
 
T
L
 
L
N
 
N
D
 
D
D
 
D
D
 
D
T
 
T
A
 
D
E
 
E
K
 
K
V
 
V
I
 
I
E
 
A
L
 
L
C
 
C
K
 
H
K
 
Q
A
 
A
V
 
K
T
 
T
P
 
P
A
 
V
G
 
G
H
 
N
T
 
T
A
 
A
A
 
A
I
 
I
C
|
C
I
 
I
Y
 
Y
P
 
P
R
 
R
F
 
F
I
 
I
P
 
P
I
 
I
A
 
A
R
 
R
K
 
K
T
 
T
L
 
L
I
 
K
E
 
E
L
 
Q
D
 
G
A
 
T
E
 
P
D
 
E
I
 
I
Q
 
R
I
 
I
A
 
A
T
 
T
V
 
V
T
 
T
N
 
N
F
 
F
P
 
P
H
 
H
G
 
G
N
 
N
D
 
D
D
 
D
I
 
I
A
 
D
I
 
I
A
 
A
V
 
L
L
 
A
E
 
E
T
 
T
R
 
R
A
 
A
A
 
A
V
 
I
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
A
 
A
D
 
D
E
 
E
V
 
V
D
|
D
V
 
V
V
 
V
F
 
F
P
 
P
Y
 
Y
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
M
E
 
A
G
 
G
D
 
N
E
 
E
T
 
Q
V
 
V
G
 
G
F
 
F
E
 
D
L
 
L
V
 
V
-
 
K
K
 
A
A
 
C
C
 
K
K
 
E
E
 
A
A
 
C
C
 
A
G
 
A
D
 
A
D
 
N
V
 
V
L
 
L
L
 
L
K
|
K
V
 
V
I
 
I
I
 
I
E
 
E
S
 
T
G
 
G
E
 
E
L
 
L
K
 
K
D
 
D
P
 
E
A
 
A
L
 
L
I
 
I
R
 
R
K
 
K
A
 
A
S
 
S
E
 
E
I
 
I
S
 
S
I
 
I
D
 
K
A
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
F
 
F
I
 
I
K
|
K
T
 
T
S
 
S
T
 
T
G
 
G
K
 
K
V
 
V
P
 
A
V
 
V
N
 
N
A
 
A
T
 
T
L
 
P
E
 
E
A
 
S
A
 
A
E
 
R
I
 
I
M
 
M
L
 
M
T
 
E
V
 
V
I
 
I
A
 
R
E
 
D
K
 
M
N
 
G
-
 
V
-
 
E
R
 
K
A
 
T
V
 
V
G
 
G
F
 
F
K
|
K
P
 
P
A
 
A
G
 
G
G
 
G
V
 
V
R
 
R
D
 
T
A
 
A
A
 
E
A
 
D
A
 
A
A
 
Q
E
 
K
F
 
Y
L
 
L
G
 
A
T
 
I
A
 
A
A
 
D
R
 
E
I
 
L
L
 
F
G
 
G
E
 
A
D
 
D
W
 
W
V
 
A
T
 
D
P
 
A
R
 
R
T
 
H
F
 
Y
R
 
R
F
 
F
G
 
G

Sites not aligning to the query:

1jcjA Observation of covalent intermediates in an enzyme mechanism at atomic resolution (see paper)
68% identity, 91% coverage: 1:233/257 of query aligns to 2:237/252 of 1jcjA

query
sites
1jcjA
M
 
M
S
 
T
D
 
D
L
 
L
K
 
K
K
 
A
A
 
S
A
 
S
Q
 
L
R
 
R
A
 
A
I
 
L
E
 
K
L
 
L
M
 
M
D
 
D
L
 
L
T
|
T
T
 
T
L
|
L
N
 
N
D
 
D
D
 
D
D
 
D
T
 
T
A
 
D
E
 
E
K
 
K
V
 
V
I
 
I
E
 
A
L
 
L
C
 
C
K
 
H
K
 
Q
A
 
A
V
 
K
T
 
T
P
 
P
A
 
V
G
 
G
H
 
N
T
 
T
A
 
A
A
 
A
I
 
I
C
 
C
I
 
I
Y
 
Y
P
 
P
R
 
R
F
 
F
I
 
I
P
 
P
I
 
I
A
 
A
R
 
R
K
 
K
T
 
T
L
 
L
I
 
K
E
 
E
L
 
Q
D
 
G
A
 
T
E
 
P
D
 
E
I
 
I
Q
 
R
I
 
I
A
 
A
T
 
T
V
 
V
T
 
T
N
 
N
F
 
F
P
 
P
H
 
H
G
 
G
N
 
N
D
 
D
D
 
D
I
 
I
A
 
D
I
 
I
A
 
A
V
 
L
L
 
A
E
 
E
T
 
T
R
 
R
A
 
A
A
 
A
V
 
I
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
A
 
A
D
 
D
E
 
E
V
 
V
D
|
D
V
 
V
V
 
V
F
 
F
P
 
P
Y
 
Y
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
M
E
 
A
G
 
G
D
 
N
E
 
E
T
 
Q
V
 
V
G
 
G
F
 
F
E
 
D
L
 
L
V
 
V
-
 
K
K
 
A
A
 
C
C
 
K
K
 
E
E
 
A
A
 
C
C
 
A
G
 
A
D
 
A
D
 
N
V
 
V
L
 
L
L
 
L
K
 
K
V
 
V
I
 
I
I
 
I
E
 
E
S
 
T
G
 
G
E
 
E
L
 
L
K
 
K
D
 
D
P
 
E
A
 
A
L
 
L
I
 
I
R
 
R
K
 
K
A
 
A
S
 
S
E
 
E
I
 
I
S
 
S
I
 
I
D
 
K
A
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
F
 
F
I
 
I
K
|
K
T
 
T
S
 
S
T
|
T
G
|
G
K
 
K
V
 
V
P
 
A
V
 
V
N
 
N
A
 
A
T
 
T
L
 
P
E
 
E
A
 
S
A
 
A
E
 
R
I
 
I
M
 
M
L
 
M
T
 
E
V
 
V
I
 
I
A
 
R
E
 
D
K
 
M
N
 
G
-
 
V
-
 
E
R
 
K
A
 
T
V
 
V
G
 
G
F
 
F
K
x
L
P
 
P
A
 
A
G
|
G
G
|
G
V
 
V
R
 
R
D
 
T
A
 
A
A
 
E
A
 
D
A
 
A
A
 
Q
E
 
K
F
 
Y
L
 
L
G
 
A
T
 
I
A
 
A
A
 
D
R
 
E
I
 
L
L
 
F
G
 
G
E
 
A
D
 
D
W
 
W
V
 
A
T
 
D
P
 
A
R
 
R
T
 
H
F
 
Y
R
 
R
F
 
F
G
|
G

Sites not aligning to the query:

6z9iB Escherichia coli d-2-deoxyribose-5-phosphate aldolase - n21k mutant complex with reaction products (see paper)
68% identity, 90% coverage: 3:233/257 of query aligns to 1:234/248 of 6z9iB

query
sites
6z9iB
D
 
D
L
 
L
K
 
K
K
 
A
A
 
S
A
 
S
Q
 
L
R
 
R
A
 
A
I
 
L
E
 
K
L
 
L
M
 
M
D
 
D
L
 
L
T
|
T
T
 
T
L
|
L
N
 
K
D
 
D
D
 
D
D
 
D
T
 
T
A
 
D
E
 
E
K
 
K
V
 
V
I
 
I
E
 
A
L
 
L
C
 
C
K
 
H
K
 
Q
A
 
A
V
 
K
T
 
T
P
 
P
A
 
V
G
 
G
H
 
N
T
 
T
A
 
A
A
 
A
I
 
I
C
 
C
I
 
I
Y
 
Y
P
 
P
R
 
R
F
 
F
I
 
I
P
 
P
I
 
I
A
 
A
R
 
R
K
 
K
T
 
T
L
 
L
I
 
K
E
 
E
L
 
Q
D
 
G
A
 
T
E
 
P
D
 
E
I
 
I
Q
 
R
I
 
I
A
 
A
T
 
T
V
 
V
T
 
T
N
 
N
F
 
F
P
 
P
H
 
H
G
 
G
N
 
N
D
 
D
D
 
D
I
 
I
A
 
D
I
 
I
A
 
A
V
 
L
L
 
A
E
 
E
T
 
T
R
 
R
A
 
A
A
 
A
V
 
I
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
A
 
A
D
 
D
E
 
E
V
 
V
D
 
D
V
 
V
V
 
V
F
 
F
P
 
P
Y
 
Y
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
M
E
 
A
G
 
G
D
 
N
E
 
E
T
 
Q
V
 
V
G
 
G
F
 
F
E
 
D
L
 
L
V
 
V
-
 
K
K
 
A
A
 
C
C
 
K
K
 
E
E
 
A
A
 
C
C
 
A
G
 
A
D
 
A
D
 
N
V
 
V
L
 
L
L
 
L
K
 
K
V
 
V
I
 
I
I
 
I
E
 
E
S
 
T
G
 
G
E
 
E
L
 
L
K
 
K
D
 
D
P
 
E
A
 
A
L
 
L
I
 
I
R
 
R
K
 
K
A
 
A
S
 
S
E
 
E
I
 
I
S
 
S
I
 
I
D
 
K
A
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
F
 
F
I
 
I
K
|
K
T
 
T
S
 
S
T
|
T
G
|
G
K
 
K
V
 
V
P
 
A
V
 
V
N
 
N
A
 
A
T
 
T
L
 
P
E
 
E
A
 
S
A
 
A
E
 
R
I
 
I
M
 
M
L
 
M
T
 
E
V
 
V
I
 
I
A
 
R
E
 
D
K
 
M
N
 
G
-
 
V
-
 
E
R
 
K
A
 
T
V
 
V
G
 
G
F
 
F
K
 
K
P
 
P
A
 
A
G
|
G
G
|
G
V
 
V
R
|
R
D
 
T
A
 
A
A
 
E
A
 
D
A
 
A
A
 
Q
E
 
K
F
 
Y
L
 
L
G
 
A
T
 
I
A
 
A
A
 
D
R
 
E
I
 
L
L
 
F
G
 
G
E
 
A
D
 
D
W
 
W
V
 
A
T
 
D
P
 
A
R
 
R
T
 
H
F
 
Y
R
 
R
F
 
F
G
|
G

Sites not aligning to the query:

5el1A Crystal structure of deoxyribose-phosphate aldolase from escherichia coli (k58e-y96w mutant) after acetaldehyde treatment (see paper)
68% identity, 90% coverage: 3:233/257 of query aligns to 1:234/248 of 5el1A

query
sites
5el1A
D
 
D
L
 
L
K
 
K
K
 
A
A
 
S
A
 
S
Q
 
L
R
 
R
A
 
A
I
 
L
E
 
K
L
 
L
M
 
M
D
|
D
L
 
L
T
|
T
T
 
T
L
|
L
N
 
N
D
 
D
D
 
D
D
 
D
T
 
T
A
 
D
E
 
E
K
 
K
V
 
V
I
 
I
E
 
A
L
 
L
C
 
C
K
 
H
K
 
Q
A
 
A
V
 
K
T
 
T
P
 
P
A
 
V
G
 
G
H
 
N
T
 
T
A
 
A
A
 
A
I
 
I
C
|
C
I
 
I
Y
 
Y
P
 
P
R
 
R
F
 
F
I
 
I
P
 
P
I
 
I
A
 
A
R
 
R
K
 
E
T
 
T
L
 
L
I
 
K
E
 
E
L
 
Q
D
 
G
A
 
T
E
 
P
D
 
E
I
 
I
Q
 
R
I
 
I
A
 
A
T
 
T
V
 
V
T
 
T
N
 
N
F
 
F
P
 
P
H
 
H
G
 
G
N
 
N
D
 
D
D
 
D
I
 
I
A
 
D
I
 
I
A
 
A
V
 
L
L
 
A
E
 
E
T
 
T
R
 
R
A
 
A
A
 
A
V
 
I
A
 
A
Y
 
W
G
 
G
A
 
A
D
 
D
E
 
E
V
 
V
D
|
D
V
 
V
V
 
V
F
 
F
P
 
P
Y
 
Y
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
M
E
 
A
G
 
G
D
 
N
E
 
E
T
 
Q
V
 
V
G
 
G
F
 
F
E
 
D
L
 
L
V
 
V
-
 
K
K
 
A
A
 
C
C
 
K
K
 
E
E
 
A
A
 
C
C
 
A
G
 
A
D
 
A
D
 
N
V
 
V
L
 
L
L
 
L
K
 
K
V
 
V
I
 
I
I
 
I
E
 
E
S
 
T
G
 
G
E
 
E
L
 
L
K
 
K
D
 
D
P
 
E
A
 
A
L
 
L
I
 
I
R
 
R
K
 
K
A
 
A
S
 
S
E
 
E
I
 
I
S
 
S
I
 
I
D
 
K
A
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
F
 
F
I
 
I
K
|
K
T
 
T
S
 
S
T
|
T
G
 
G
K
 
K
V
 
V
P
 
A
V
 
V
N
 
N
A
 
A
T
 
T
L
 
P
E
 
E
A
 
S
A
 
A
E
 
R
I
 
I
M
 
M
L
 
M
T
 
E
V
 
V
I
 
I
A
 
R
E
 
D
K
 
M
N
 
G
-
 
V
-
 
E
R
 
K
A
 
T
V
 
V
G
 
G
F
 
F
K
|
K
P
 
P
A
 
A
G
 
G
G
 
G
V
 
V
R
 
R
D
 
T
A
 
A
A
 
E
A
 
D
A
 
A
A
 
Q
E
 
K
F
 
Y
L
 
L
G
 
A
T
 
I
A
 
A
A
 
D
R
 
E
I
 
L
L
 
F
G
 
G
E
 
A
D
 
D
W
 
W
V
 
A
T
 
D
P
 
A
R
 
R
T
 
H
F
 
Y
R
 
R
F
 
F
G
 
G

Sites not aligning to the query:

5ekyA Crystal structure of deoxyribose-phosphate aldolase from escherichia coli (k58e-y96w mutant) (see paper)
68% identity, 90% coverage: 3:233/257 of query aligns to 1:234/248 of 5ekyA

query
sites
5ekyA
D
 
D
L
 
L
K
 
K
K
 
A
A
 
S
A
 
S
Q
 
L
R
 
R
A
 
A
I
 
L
E
 
K
L
 
L
M
 
M
D
 
D
L
 
L
T
|
T
T
 
T
L
|
L
N
 
N
D
 
D
D
 
D
D
 
D
T
 
T
A
 
D
E
 
E
K
 
K
V
 
V
I
 
I
E
 
A
L
 
L
C
 
C
K
 
H
K
 
Q
A
 
A
V
 
K
T
 
T
P
 
P
A
 
V
G
 
G
H
 
N
T
 
T
A
 
A
A
 
A
I
 
I
C
 
C
I
 
I
Y
 
Y
P
 
P
R
 
R
F
 
F
I
 
I
P
 
P
I
 
I
A
 
A
R
 
R
K
 
E
T
 
T
L
 
L
I
 
K
E
 
E
L
 
Q
D
 
G
A
 
T
E
 
P
D
 
E
I
 
I
Q
 
R
I
 
I
A
 
A
T
 
T
V
 
V
T
 
T
N
 
N
F
 
F
P
 
P
H
 
H
G
 
G
N
 
N
D
 
D
D
 
D
I
 
I
A
 
D
I
 
I
A
 
A
V
 
L
L
 
A
E
 
E
T
 
T
R
 
R
A
 
A
A
 
A
V
 
I
A
 
A
Y
 
W
G
 
G
A
 
A
D
 
D
E
 
E
V
 
V
D
|
D
V
 
V
V
 
V
F
 
F
P
 
P
Y
 
Y
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
M
E
 
A
G
 
G
D
 
N
E
 
E
T
 
Q
V
 
V
G
 
G
F
 
F
E
 
D
L
 
L
V
 
V
-
 
K
K
 
A
A
 
C
C
 
K
K
 
E
E
 
A
A
 
C
C
 
A
G
 
A
D
 
A
D
 
N
V
 
V
L
 
L
L
 
L
K
 
K
V
 
V
I
 
I
I
 
I
E
 
E
S
 
T
G
 
G
E
 
E
L
 
L
K
 
K
D
 
D
P
 
E
A
 
A
L
 
L
I
 
I
R
 
R
K
 
K
A
 
A
S
 
S
E
 
E
I
 
I
S
 
S
I
 
I
D
 
K
A
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
F
 
F
I
 
I
K
|
K
T
 
T
S
|
S
T
|
T
G
|
G
K
 
K
V
 
V
P
 
A
V
 
V
N
 
N
A
 
A
T
 
T
L
 
P
E
 
E
A
 
S
A
 
A
E
 
R
I
 
I
M
 
M
L
 
M
T
 
E
V
 
V
I
 
I
A
 
R
E
 
D
K
 
M
N
 
G
-
 
V
-
 
E
R
 
K
A
 
T
V
 
V
G
 
G
F
 
F
K
|
K
P
 
P
A
|
A
G
|
G
G
 
G
V
 
V
R
 
R
D
 
T
A
 
A
A
 
E
A
 
D
A
 
A
A
 
Q
E
 
K
F
 
Y
L
 
L
G
 
A
T
 
I
A
 
A
A
 
D
R
 
E
I
 
L
L
 
F
G
 
G
E
 
A
D
 
D
W
 
W
V
 
A
T
 
D
P
 
A
R
 
R
T
 
H
F
 
Y
R
 
R
F
 
F
G
 
G

Sites not aligning to the query:

7p76A Re-engineered 2-deoxy-d-ribose-5-phosphate aldolase catalysing asymmetric michael addition reactions, schiff base complex with cinnamaldehyde (see paper)
65% identity, 94% coverage: 4:245/257 of query aligns to 1:245/247 of 7p76A

query
sites
7p76A
L
 
L
K
 
K
K
 
A
A
 
S
A
 
S
Q
 
L
R
 
R
A
 
A
I
 
L
E
 
K
L
 
L
M
 
M
D
 
D
L
 
L
T
 
S
T
 
T
L
 
L
N
 
N
D
 
G
D
 
D
D
 
Y
T
 
T
A
 
D
E
 
E
K
 
K
V
 
V
I
 
I
E
 
A
L
 
L
C
 
C
K
 
H
K
 
Q
A
 
A
V
 
K
T
 
T
P
 
P
A
 
V
G
 
G
H
 
N
T
 
T
A
 
A
A
 
A
I
 
I
C
x
S
I
|
I
Y
|
Y
P
 
P
R
 
R
F
 
S
I
 
I
P
 
P
I
 
I
A
 
A
R
 
R
K
 
K
T
 
T
L
 
L
I
 
K
E
 
E
L
 
Q
D
 
G
A
 
T
E
 
P
D
 
E
I
 
I
Q
 
R
I
 
I
A
 
A
T
 
T
V
|
V
T
 
T
N
 
N
F
|
F
P
 
P
H
 
H
G
 
G
N
 
N
D
 
D
D
 
D
I
 
I
A
 
E
I
 
I
A
 
A
V
 
L
L
 
A
E
 
E
T
 
T
R
 
R
A
 
A
A
 
A
V
 
I
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
A
 
A
D
 
D
E
 
E
V
 
V
D
|
D
V
 
V
V
 
V
F
 
F
P
 
P
Y
 
Y
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
M
E
 
A
G
 
G
D
 
N
E
 
E
T
 
Q
V
 
V
G
 
G
F
 
F
E
 
D
L
 
L
V
 
V
-
 
K
K
 
A
A
 
C
C
 
K
K
 
E
E
 
A
A
 
C
C
 
A
G
 
A
D
 
A
D
 
N
V
 
V
L
 
L
L
 
L
K
 
K
V
 
V
I
 
I
I
 
I
E
 
E
S
 
S
G
 
G
E
 
E
L
 
L
K
 
K
D
 
D
P
 
E
A
 
A
L
 
L
I
 
I
R
 
R
K
 
K
A
 
A
S
 
S
E
 
E
I
 
I
S
 
S
I
 
I
D
 
K
A
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
F
 
F
I
 
I
K
|
K
T
 
T
S
 
S
T
 
T
G
 
G
K
 
L
V
 
V
P
 
A
V
 
V
N
 
N
A
 
A
T
 
T
L
 
P
E
 
E
A
 
S
A
 
A
E
 
R
I
 
I
M
 
M
L
 
M
T
 
E
V
 
V
I
 
I
A
 
R
E
 
D
K
 
M
N
 
G
-
 
V
-
 
E
R
 
K
A
 
S
V
 
V
G
 
G
F
 
F
K
 
K
P
 
V
A
 
T
G
 
G
G
 
G
V
 
A
R
 
R
D
 
T
A
 
A
A
 
E
A
 
D
A
 
A
A
 
Q
E
 
K
F
 
Y
L
 
L
G
 
A
T
 
I
A
 
A
A
 
D
R
 
E
I
 
L
L
 
F
G
 
G
E
 
A
D
 
D
W
 
W
V
 
A
T
 
D
P
 
A
R
 
R
T
 
H
F
 
Y
R
 
R
F
 
F
G
 
G
A
 
A
S
 
S
S
 
G
L
 
L
L
 
L
S
 
A
S
 
S
L
 
L
L
 
L
H
 
K
T
 
A
L
 
L

3q2dA Optimization of the in silico designed kemp eliminase ke70 by computational design and directed evolution (see paper)
60% identity, 90% coverage: 2:233/257 of query aligns to 1:232/246 of 3q2dA

query
sites
3q2dA
S
 
T
D
 
D
L
 
L
K
 
K
K
 
A
A
 
S
A
 
S
Q
 
L
R
 
R
A
 
A
I
 
L
E
 
K
L
 
L
M
 
M
D
x
H
L
 
L
T
 
A
T
 
T
L
 
-
N
 
-
D
 
-
D
 
S
D
 
D
T
 
T
A
 
D
E
 
E
K
 
N
V
 
V
I
 
I
E
 
A
L
 
L
C
 
C
K
 
H
K
 
Q
A
 
A
V
 
K
T
 
T
P
 
P
A
 
V
G
 
G
H
 
N
T
 
T
A
 
D
A
 
A
I
 
I
C
x
F
I
 
I
Y
 
Y
P
 
P
R
 
R
F
 
F
I
 
I
P
 
P
I
 
I
A
 
A
R
 
R
K
 
K
T
 
T
L
 
L
I
 
K
E
 
E
L
 
Q
D
 
G
A
 
T
E
 
P
D
 
E
I
 
I
Q
 
R
I
 
I
A
x
C
T
 
T
V
 
S
T
 
T
N
 
N
F
 
F
P
 
P
H
 
H
G
 
G
N
 
N
D
 
D
D
 
D
I
 
I
A
 
D
I
 
I
A
 
A
V
 
L
L
 
A
E
 
E
T
 
T
R
 
R
A
 
A
A
 
A
V
 
I
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
A
 
A
D
 
D
E
x
S
V
 
V
D
x
A
V
 
V
V
 
V
F
 
F
P
 
P
Y
 
Y
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
M
E
 
A
G
 
G
D
 
N
E
 
E
T
 
Q
V
 
V
G
 
G
F
 
F
E
 
D
L
 
L
V
 
V
-
 
K
K
 
A
A
 
C
C
 
K
K
 
E
E
 
A
A
 
C
C
 
A
G
 
A
D
 
A
D
 
N
V
 
V
L
 
L
L
 
L
K
x
A
V
 
V
I
 
I
I
 
I
E
 
E
S
 
T
G
 
G
E
 
E
L
 
L
K
 
K
D
 
D
P
 
E
A
 
A
L
 
L
I
 
I
R
 
R
K
 
K
A
 
A
S
 
S
E
 
E
I
 
I
S
 
S
I
 
I
D
 
K
A
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
F
 
N
I
 
I
K
 
V
T
 
T
S
 
S
T
 
T
G
 
G
K
 
K
V
 
V
P
 
A
V
 
V
N
 
G
A
 
A
T
 
T
L
 
P
E
 
E
A
 
S
A
 
A
E
 
R
I
 
I
M
 
M
L
 
M
T
 
E
V
 
V
I
 
I
A
 
R
E
 
D
K
 
M
N
 
G
-
 
V
-
 
E
R
 
K
A
 
T
V
 
V
G
 
G
F
 
F
K
x
I
P
 
P
A
x
V
G
 
G
G
 
G
V
 
V
R
 
R
D
 
T
A
 
A
A
 
E
A
 
D
A
 
A
A
 
Q
E
 
K
F
 
Y
L
 
L
G
 
A
T
 
I
A
 
A
A
 
D
R
 
E
I
 
L
L
 
F
G
 
G
E
 
A
D
 
D
W
 
W
V
 
A
T
 
D
P
 
A
R
 
R
T
 
H
F
 
Y
R
 
A
F
 
F
G
|
G

Q9Y315 Deoxyribose-phosphate aldolase; DERA; 2-deoxy-D-ribose 5-phosphate aldolase; Phosphodeoxyriboaldolase; Deoxyriboaldolase; EC 4.1.2.4 from Homo sapiens (Human) (see paper)
37% identity, 90% coverage: 10:241/257 of query aligns to 49:297/318 of Q9Y315

query
sites
Q9Y315
R
 
K
A
 
A
I
 
V
E
 
T
L
 
F
M
 
I
D
 
D
L
 
L
T
 
T
T
 
T
L
 
L
N
 
S
D
 
G
D
 
D
D
 
D
T
 
T
A
 
S
E
 
S
K
 
N
V
 
I
I
 
Q
E
 
R
L
 
L
C
 
C
K
 
Y
K
 
K
A
 
A
V
 
K
T
 
Y
P
 
P
A
 
I
G
 
R
H
 
E
-
 
D
-
 
L
-
 
L
-
 
K
-
 
A
-
 
L
-
 
N
-
 
M
-
 
H
-
 
D
-
 
K
-
 
G
-
 
I
-
 
T
T
 
T
A
 
A
A
 
A
I
 
V
C
 
C
I
 
V
Y
 
Y
P
 
P
R
 
A
F
 
R
I
 
V
P
 
C
I
 
D
A
 
A
R
 
V
K
 
K
T
 
A
L
 
L
I
 
-
E
 
K
L
 
A
D
 
A
A
 
G
E
 
C
D
 
N
I
 
I
Q
 
P
I
 
V
A
 
A
T
 
S
V
 
V
T
 
A
-
 
A
N
 
G
F
 
F
P
 
P
H
 
A
G
 
G
N
 
Q
D
 
T
D
 
H
I
 
L
A
 
K
I
 
T
A
 
R
V
 
L
L
 
E
E
 
E
T
 
I
R
 
R
A
 
L
A
 
A
V
 
V
A
 
E
Y
 
D
G
 
G
A
 
A
D
 
T
E
 
E
V
 
I
D
 
D
V
 
V
V
 
V
F
 
I
P
 
N
Y
 
R
R
 
S
A
 
L
L
 
V
M
 
L
E
 
T
G
 
G
D
 
Q
E
 
W
T
 
E
V
 
A
G
 
L
F
 
Y
E
 
D
L
 
E
V
 
I
K
 
R
A
 
Q
C
 
F
K
 
R
E
 
K
A
 
A
C
 
C
G
 
G
D
 
E
D
 
-
V
 
A
L
 
H
L
 
L
K
 
K
V
 
T
I
 
I
I
 
L
E
 
A
S
 
T
G
 
G
E
 
E
L
 
L
K
 
G
D
 
T
P
 
L
A
 
T
L
 
N
I
 
V
R
 
Y
K
 
K
A
 
A
S
 
S
E
 
M
I
 
I
S
 
A
I
 
M
D
 
M
A
 
A
G
 
G
A
 
S
D
 
D
F
 
F
I
 
I
K
|
K
T
 
T
S
 
S
T
 
T
G
 
G
K
 
K
V
 
E
P
 
T
V
 
V
N
 
N
A
 
A
T
 
T
L
 
F
E
 
P
A
 
V
A
 
A
E
 
I
I
 
V
M
 
M
L
 
L
T
 
R
V
 
A
I
 
I
-
 
R
-
 
D
-
 
F
-
 
F
A
 
W
E
 
K
K
 
T
N
 
G
R
 
N
A
 
K
V
 
I
G
 
G
F
 
F
K
|
K
P
 
P
A
 
A
G
 
G
G
 
G
V
 
I
R
 
R
D
 
S
A
 
A
A
 
K
A
 
D
A
 
S
A
 
L
E
 
A
F
 
W
L
 
L
G
 
S
T
 
L
A
 
V
A
 
K
R
 
E
I
 
E
L
 
L
G
 
G
E
 
D
D
 
E
W
 
W
V
 
L
T
 
K
P
 
P
R
 
E
T
 
L
F
 
F
R
 
R
F
 
I
G
 
G
A
 
A
S
 
S
S
 
T
L
 
L
L
 
L
S
 
S
S
 
D
L
 
I

1ub3A Crystal structure of tetrameric structure of aldolase from thermus thermophilus hb8 (see paper)
37% identity, 68% coverage: 46:221/257 of query aligns to 35:202/211 of 1ub3A

query
sites
1ub3A
I
 
L
C
 
C
I
 
I
Y
 
P
P
 
P
R
 
S
F
 
Y
I
 
V
P
 
A
I
 
W
A
 
V
R
 
R
K
 
A
T
 
-
L
 
-
I
 
-
E
 
R
L
 
Y
D
 
P
A
 
H
E
 
A
D
 
P
I
 
F
Q
 
R
I
 
L
A
 
V
T
 
T
V
|
V
T
 
V
N
 
G
F
 
F
P
 
P
H
 
L
G
 
G
N
 
Y
D
 
Q
D
 
E
I
 
K
A
 
E
I
 
V
A
 
K
V
 
A
L
 
L
E
 
E
T
 
A
R
 
A
A
 
L
A
 
A
V
 
C
A
 
A
Y
 
R
G
 
G
A
 
A
D
 
D
E
 
E
V
 
V
D
|
D
V
 
M
V
 
V
F
 
L
P
 
H
Y
 
L
R
 
G
A
 
R
L
 
A
M
 
K
E
 
A
G
 
G
D
 
D
E
 
L
T
 
D
V
 
Y
G
 
L
F
 
E
E
 
A
L
 
E
V
 
V
K
 
R
A
 
A
C
 
V
K
 
R
E
 
E
A
 
A
C
 
V
G
 
P
D
 
Q
D
 
A
V
 
V
L
 
L
L
 
-
K
 
K
V
 
V
I
 
I
I
 
L
E
 
E
S
 
T
G
 
G
E
 
Y
L
 
F
K
 
-
D
 
S
P
 
P
A
 
E
L
 
E
I
 
I
R
 
A
K
 
R
A
 
L
S
 
A
E
 
E
I
 
A
S
 
A
I
 
I
D
 
R
A
 
G
G
 
G
A
 
A
D
 
D
F
 
F
I
 
L
K
|
K
T
 
T
S
 
S
T
|
T
G
|
G
K
 
F
V
 
G
P
 
P
V
 
R
N
 
G
A
 
A
T
 
S
L
 
L
E
 
E
A
 
-
A
 
-
E
 
D
I
 
V
M
 
A
L
 
L
T
 
L
V
 
V
I
 
R
A
 
V
E
 
A
K
 
Q
N
 
G
R
 
R
A
 
A
V
 
Q
G
 
-
F
 
V
K
|
K
P
 
A
A
 
A
G
|
G
G
|
G
V
 
I
R
|
R
D
 
D
A
 
R
A
 
E
A
 
T
A
 
A
A
 
L
E
 
R
F
 
M
L
 
L
G
 
K
T
 
A
A
 
G
A
 
A
R
 
S
I
 
R
L
 
L
G
|
G

Sites not aligning to the query:

Q4ZMV1 Deoxyribose-phosphate aldolase; DERA; 2-deoxy-D-ribose 5-phosphate aldolase; Phosphodeoxyriboaldolase; Deoxyriboaldolase; EC 4.1.2.4 from Pseudomonas syringae pv. syringae (strain B728a) (see paper)
32% identity, 86% coverage: 1:221/257 of query aligns to 1:209/226 of Q4ZMV1

query
sites
Q4ZMV1
M
 
M
S
 
N
D
 
S
L
 
L
K
 
E
K
 
P
A
 
A
A
 
A
Q
 
L
R
 
-
A
 
-
I
 
A
E
 
Q
L
 
A
M
 
I
D
 
D
L
 
H
T
|
T
T
 
L
L
 
L
N
 
A
D
 
A
D
 
D
D
 
A
T
 
S
A
 
R
E
 
E
K
 
Q
V
 
I
I
 
A
E
 
T
L
 
L
C
 
C
K
 
A
K
 
E
A
 
A
V
 
R
T
 
E
P
 
H
A
 
G
G
 
F
H
 
Y
T
 
S
A
 
-
A
 
-
I
 
V
C
 
C
I
 
V
Y
 
N
P
 
S
R
 
S
F
 
Q
I
 
V
P
 
P
I
 
F
A
 
A
R
 
A
K
 
R
T
 
-
L
 
-
I
 
-
E
 
Q
L
 
L
D
 
A
A
 
G
E
 
S
D
 
A
I
 
V
Q
 
K
I
 
V
A
 
C
T
 
A
V
|
V
T
 
V
N
 
G
F
|
F
P
 
P
H
 
L
G
 
G
N
 
A
D
 
G
D
 
L
I
 
S
A
 
A
I
 
S
A
 
K
V
 
A
L
 
S
E
 
E
T
 
A
R
 
A
A
 
L
A
 
T
V
 
I
A
 
A
Y
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
Q
E
 
E
V
 
I
D
 
D
V
 
M
V
 
V
F
 
L
P
 
N
Y
 
I
R
 
G
A
 
W
L
 
L
M
 
K
E
 
D
G
 
G
-
 
L
-
 
F
D
 
D
E
 
E
T
 
V
V
 
-
G
 
-
F
 
R
E
 
D
L
 
D
V
 
I
K
 
A
A
 
A
C
 
V
K
 
L
E
 
Q
A
 
A
C
 
C
G
 
G
D
 
K
D
 
-
V
 
V
L
 
P
L
 
L
K
 
K
V
 
V
I
 
I
I
 
L
E
 
E
S
 
T
G
 
C
E
 
L
L
 
L
K
 
D
D
 
E
P
 
A
A
 
Q
L
 
K
I
 
V
R
 
R
K
 
-
A
 
A
S
 
C
E
 
E
I
 
I
S
 
C
I
 
R
D
 
E
A
 
L
G
 
G
A
 
V
D
 
A
F
 
F
I
 
V
K
 
K
T
 
T
S
 
S
T
 
T
G
 
G
K
 
F
V
 
S
P
 
R
V
 
S
N
 
G
A
 
A
T
 
T
L
 
L
E
 
E
A
 
D
A
 
V
E
 
A
I
 
L
M
 
M
L
 
R
T
 
R
V
 
V
I
 
V
A
 
G
E
 
P
K
 
D
N
 
-
R
 
-
A
 
-
V
 
I
G
 
G
F
 
V
K
 
K
P
 
A
A
x
S
G
|
G
G
 
G
V
 
V
R
 
R
D
 
D
A
 
V
A
 
A
A
 
T
A
 
A
A
 
R
E
 
A
F
 
M
L
 
I
G
 
E
T
 
A
A
 
G
A
 
A
R
 
T
I
 
R
L
 
L
G
 
G

3qyqA 1.8 angstrom resolution crystal structure of a putative deoxyribose- phosphate aldolase from toxoplasma gondii me49 (see paper)
27% identity, 93% coverage: 12:250/257 of query aligns to 17:271/273 of 3qyqA

query
sites
3qyqA
I
 
L
E
 
N
L
 
F
M
 
F
D
 
E
L
 
V
T
 
A
T
x
A
L
 
L
N
 
T
D
 
D
D
x
G
D
x
E
T
 
T
A
 
N
E
 
E
K
x
S
V
 
V
I
 
A
E
 
A
L
x
V
C
 
C
K
 
K
K
 
I
A
 
A
V
 
A
T
 
K
-
 
D
P
 
P
A
 
A
G
 
-
H
 
-
T
 
I
A
 
V
A
 
G
I
 
V
C
 
S
I
 
V
Y
 
R
P
 
P
R
 
A
F
 
F
I
 
V
P
 
R
I
 
F
A
 
I
R
 
R
K
 
Q
T
 
E
L
 
L
I
 
V
E
 
K
L
 
S
D
 
A
A
 
P
E
 
E
-
 
V
-
 
A
D
 
G
I
 
I
Q
 
K
I
 
V
A
 
C
T
 
A
V
 
A
T
 
V
N
 
N
F
 
F
P
 
P
H
x
E
G
 
G
N
 
T
D
 
G
D
 
T
I
 
P
A
 
D
I
 
T
A
 
V
V
 
S
L
 
L
E
 
E
T
 
A
R
 
V
A
 
G
A
 
A
V
 
L
A
 
K
Y
 
D
G
 
G
A
 
A
D
 
D
E
 
E
V
 
I
D
x
E
V
 
C
V
 
L
F
 
I
P
 
D
Y
x
W
R
|
R
A
 
R
L
 
M
M
 
N
E
 
E
-
 
N
-
 
V
-
 
A
-
 
D
G
 
G
D
 
E
E
 
S
T
 
R
V
 
I
G
 
R
F
 
L
E
 
-
L
 
L
V
 
V
K
 
S
A
 
E
C
 
V
K
 
K
E
 
K
A
 
V
C
 
V
G
 
G
D
 
P
D
 
K
V
 
T
L
 
L
L
 
-
K
 
K
V
 
V
I
 
V
I
 
L
E
 
S
S
 
G
G
 
G
E
|
E
L
 
L
K
 
Q
D
 
G
P
 
G
A
 
D
L
 
I
I
 
I
R
 
S
K
 
R
A
 
A
S
 
A
E
 
V
I
 
A
S
 
A
I
 
L
D
 
E
A
 
G
G
 
G
A
 
A
D
 
D
F
 
F
I
 
L
K
x
Q
T
 
T
S
 
S
T
 
S
G
 
G
K
 
L
V
 
G
P
 
A
V
 
T
N
 
H
A
 
A
T
 
T
L
 
M
E
 
F
A
 
T
A
 
V
E
 
H
I
 
L
M
 
I
L
 
S
T
 
I
V
 
A
I
 
L
A
 
R
E
 
E
K
 
Y
N
 
M
-
 
V
-
 
R
-
 
E
-
 
N
-
 
E
-
 
R
-
 
I
-
 
R
-
 
V
-
 
E
-
 
G
-
 
V
R
 
R
A
 
C
V
 
I
G
 
G
F
 
I
K
|
K
P
 
I
A
 
E
G
 
V
G
 
G
V
 
D
R
 
V
D
 
H
A
 
M
A
 
A
A
 
E
A
 
T
A
 
A
E
 
D
F
 
F
L
 
L
G
 
M
T
 
Q
A
 
M
A
 
I
R
 
F
I
 
E
L
 
N
G
 
G
E
 
P
D
 
R
W
 
S
V
 
I
T
 
V
P
 
R
R
 
D
T
 
K
F
 
F
R
 
R
F
 
V
G
 
G
A
 
G
S
 
G
-
x
F
S
x
N
L
 
L
L
 
L
S
 
K
S
 
E
L
 
L
L
 
R
H
 
D
T
 
C
L
 
Y
E
 
E
L
 
S
A
 
W
D
 
D
A
 
S

3ngjD Crystal structure of a putative deoxyribose-phosphate aldolase from entamoeba histolytica
30% identity, 81% coverage: 13:221/257 of query aligns to 12:210/222 of 3ngjD

query
sites
3ngjD
E
 
K
L
 
Y
M
 
I
D
 
D
L
 
H
T
 
T
T
 
L
L
 
L
N
 
K
D
 
A
D
 
D
D
 
A
T
 
T
A
 
E
E
 
E
K
 
Q
V
 
I
I
 
R
E
 
K
L
 
L
C
 
C
K
 
S
K
 
E
A
 
A
V
 
A
T
 
E
P
 
Y
A
 
-
G
 
-
H
 
K
T
 
F
A
 
A
A
 
S
I
 
V
C
|
C
I
 
V
Y
 
N
P
 
P
R
 
T
F
 
W
I
 
V
P
 
P
I
 
L
A
 
C
R
 
A
K
 
E
T
 
L
L
 
L
I
 
-
E
 
-
L
 
-
D
 
K
A
 
G
E
 
T
D
 
G
I
 
V
Q
 
K
I
 
V
A
x
C
T
|
T
V
 
V
T
 
I
N
 
G
F
 
F
P
 
P
H
 
L
G
 
G
N
 
A
D
 
T
D
 
P
I
 
S
A
 
E
I
 
V
A
 
K
V
 
A
L
 
Y
E
 
E
T
 
T
R
 
K
A
 
V
A
 
A
V
 
V
A
 
E
Y
 
Q
G
 
G
A
 
A
D
 
E
E
 
E
V
 
V
D
|
D
V
 
M
V
 
V
F
 
I
P
 
N
Y
 
I
R
 
G
A
 
M
L
 
V
M
 
K
E
 
A
G
 
K
D
 
K
E
 
Y
T
 
D
V
 
D
G
 
V
F
 
E
E
 
K
L
 
D
V
 
V
K
 
K
A
 
A
C
 
V
K
 
V
E
 
D
A
 
A
C
 
S
G
 
G
D
 
-
D
 
K
V
 
A
L
 
L
L
 
T
K
 
K
V
 
V
I
 
I
I
 
I
E
 
E
S
 
C
G
 
C
E
 
Y
L
 
L
K
 
T
D
 
N
P
 
E
A
 
E
L
 
K
I
 
V
R
 
-
K
 
E
A
 
V
S
 
C
E
 
K
I
 
R
S
 
C
I
 
V
D
 
A
A
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
E
F
 
Y
I
 
V
K
|
K
T
 
T
S
 
S
T
 
T
G
 
G
K
 
F
V
 
G
P
 
T
V
 
H
N
 
G
A
 
A
T
 
T
L
 
P
E
 
E
A
 
D
A
 
V
E
 
K
I
 
L
M
 
M
L
 
K
T
 
D
V
 
T
I
 
V
A
 
G
E
 
D
K
 
K
N
 
A
R
 
L
A
 
-
V
 
-
G
 
-
F
 
V
K
|
K
P
 
A
A
 
A
G
 
G
G
 
G
V
 
I
R
 
R
D
 
T
A
 
F
A
x
D
A
 
D
A
 
A
A
 
M
E
 
K
F
 
M
L
 
I
G
 
N
T
 
N
A
 
G
A
 
A
R
 
S
I
 
R
L
 
I
G
 
G

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>6936791 FitnessBrowser__SB2B:6936791
MSDLKKAAQRAIELMDLTTLNDDDTAEKVIELCKKAVTPAGHTAAICIYPRFIPIARKTL
IELDAEDIQIATVTNFPHGNDDIAIAVLETRAAVAYGADEVDVVFPYRALMEGDETVGFE
LVKACKEACGDDVLLKVIIESGELKDPALIRKASEISIDAGADFIKTSTGKVPVNATLEA
AEIMLTVIAEKNRAVGFKPAGGVRDAAAAAEFLGTAARILGEDWVTPRTFRFGASSLLSS
LLHTLELADAPKGAQGY

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory