SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 7023157 Shewana3_0391 diaminopimelate epimerase (RefSeq) to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 9 hits to proteins with known functional sites (download)

P0A6K1 Diaminopimelate epimerase; DAP epimerase; PLP-independent amino acid racemase; EC 5.1.1.7 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
69% identity, 100% coverage: 2:275/275 of query aligns to 1:274/274 of P0A6K1

query
sites
P0A6K1
I
 
M
Q
 
Q
F
 
F
T
 
S
K
 
K
M
 
M
H
 
H
G
 
G
L
 
L
G
 
G
N
 
N
D
 
D
F
 
F
M
 
M
V
 
V
V
 
V
D
 
D
G
 
A
V
 
V
T
 
T
Q
 
Q
N
 
N
V
 
V
F
 
F
F
 
F
S
 
S
P
 
P
E
 
E
Q
 
L
I
 
I
R
 
R
R
 
R
L
 
L
A
 
A
D
 
D
R
 
R
N
 
H
F
 
L
G
 
G
I
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
L
 
V
V
 
V
E
 
E
P
 
P
P
 
P
Y
 
Y
D
 
D
P
 
P
D
 
E
L
 
L
D
 
D
F
 
F
H
 
H
Y
 
Y
R
 
R
I
 
I
F
 
F
N
 
N
A
 
A
D
 
D
G
 
G
G
 
S
E
 
E
V
 
V
E
 
A
N
 
Q
C
 
C
G
 
G
N
 
N
G
 
G
A
 
A
R
 
R
C
 
C
F
 
F
A
 
A
R
 
R
F
 
F
V
 
V
R
 
R
N
 
L
K
 
K
G
 
G
L
 
L
T
 
T
N
 
N
K
 
K
N
 
R
K
 
D
I
 
I
R
 
R
V
 
V
S
 
S
T
 
T
S
 
A
A
 
N
G
 
G
K
 
R
M
 
M
T
 
V
L
 
L
R
 
T
L
 
V
E
 
T
R
 
D
D
 
D
G
 
D
T
 
L
V
 
V
T
 
R
V
 
V
N
 
N
M
 
M
G
 
G
V
 
E
P
 
P
V
 
N
L
 
F
D
 
E
P
 
P
S
 
S
Q
 
A
I
 
V
P
 
P
F
 
F
K
 
R
A
 
A
K
 
N
K
 
K
A
 
A
E
 
E
K
 
K
T
 
T
Y
 
Y
L
 
I
L
 
M
Q
 
R
T
 
A
P
 
A
Q
 
E
Q
 
Q
T
 
T
F
 
I
L
 
L
C
 
C
G
 
G
A
 
V
A
 
V
S
 
S
M
 
M
G
 
G
N
 
N
P
 
P
H
 
H
C
 
C
V
 
V
L
 
I
D
 
Q
V
 
V
E
 
D
D
 
D
V
 
V
A
 
D
N
 
T
A
 
A
N
 
A
V
 
V
A
 
E
E
 
T
I
 
L
G
 
G
A
 
P
L
 
V
L
 
L
T
 
E
K
 
S
H
 
H
E
 
E
R
 
R
F
 
F
P
 
P
R
 
E
G
 
R
V
 
A
N
 
N
V
 
I
G
 
G
F
 
F
M
 
M
Q
 
Q
V
 
V
V
 
V
N
 
K
S
 
R
G
 
E
H
 
H
I
 
I
K
 
R
L
 
L
R
 
R
V
 
V
Y
 
Y
E
 
E
R
 
R
G
 
G
A
 
A
A
 
G
E
 
E
T
 
T
L
 
Q
A
 
A
C
 
C
G
 
G
T
 
S
G
 
G
A
 
A
C
 
C
A
 
A
A
 
A
V
 
V
V
 
A
V
 
V
G
 
G
Q
 
I
I
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
K
 
L
L
 
L
D
 
A
Q
 
E
Q
 
E
V
 
V
R
 
R
V
 
V
D
 
E
L
 
L
P
 
P
G
 
G
G
 
G
T
 
R
L
 
L
T
 
D
I
 
I
N
 
A
W
 
W
E
 
K
G
 
G
E
 
P
G
 
G
K
 
H
P
 
P
L
 
L
W
 
Y
M
 
M
T
 
T
G
 
G
P
 
P
A
 
A
Q
 
V
H
 
H
V
 
V
Y
|
Y
D
 
D
G
 
G
Q
 
F
I
 
I
Q
 
H
L
 
L

2gkjA Crystal structure of diaminopimelate epimerase in complex with an irreversible inhibitor dl-azidap (see paper)
68% identity, 100% coverage: 2:275/275 of query aligns to 1:274/274 of 2gkjA

query
sites
2gkjA
I
 
M
Q
 
Q
F
 
F
T
 
S
K
 
K
M
 
M
H
 
H
G
 
G
L
 
L
G
 
G
N
|
N
D
 
D
F
 
F
M
 
V
V
 
V
V
 
V
D
 
D
G
 
G
V
 
V
T
 
T
Q
 
Q
N
 
N
V
 
V
F
 
F
F
 
F
S
 
T
P
 
P
E
 
E
Q
 
T
I
 
I
R
 
R
R
 
R
L
 
L
A
 
A
D
 
N
R
 
R
N
 
H
F
 
C
G
 
G
I
 
I
G
 
G
F
 
F
D
 
D
Q
|
Q
L
 
L
L
 
L
L
 
I
V
 
V
E
 
E
P
 
A
P
 
P
Y
 
Y
D
 
D
P
 
P
D
 
E
L
 
L
D
 
D
F
 
F
H
 
H
Y
 
Y
R
 
R
I
 
I
F
 
F
N
|
N
A
 
A
D
 
D
G
 
G
G
 
S
E
 
E
V
|
V
E
 
S
N
x
Q
C
|
C
G
|
G
N
|
N
G
 
G
A
 
A
R
 
R
C
 
C
F
 
F
A
 
A
R
 
R
F
 
F
V
 
V
R
 
T
N
 
L
K
 
K
G
 
G
L
 
L
T
 
T
N
 
N
K
 
K
N
 
K
K
 
D
I
 
I
R
 
S
V
 
V
S
 
S
T
 
T
S
 
Q
A
 
K
G
 
G
K
 
N
M
 
M
T
 
V
L
 
L
R
 
T
L
 
V
E
 
K
R
 
D
D
 
D
G
 
N
T
 
Q
V
 
I
T
 
R
V
 
V
N
 
N
M
 
M
G
 
G
V
 
E
P
 
P
V
 
I
L
 
W
D
 
E
P
 
P
S
 
A
Q
 
K
I
 
I
P
 
P
F
 
F
K
 
T
A
 
A
K
 
N
K
 
K
A
 
F
E
 
E
K
 
K
T
 
N
Y
 
Y
L
 
I
L
 
L
Q
 
R
T
 
T
P
 
D
Q
 
I
Q
 
Q
T
 
T
F
 
V
L
 
L
C
 
C
G
 
G
A
 
A
A
 
V
S
 
S
M
 
M
G
 
G
N
|
N
P
 
P
H
|
H
C
 
C
V
 
V
L
 
V
D
 
Q
V
 
V
E
 
D
D
 
D
V
 
I
A
 
Q
N
 
T
A
 
A
N
 
N
V
 
V
A
 
E
E
 
Q
I
 
L
G
 
G
A
 
P
L
 
L
L
 
L
T
 
E
K
 
S
H
 
H
E
 
E
R
 
R
F
 
F
P
 
P
R
 
E
G
 
R
V
 
V
N
|
N
V
 
A
G
 
G
F
 
F
M
 
M
Q
 
Q
V
 
I
V
 
I
N
 
N
S
 
K
G
 
E
H
 
H
I
 
I
K
 
K
L
 
L
R
 
R
V
 
V
Y
 
Y
E
|
E
R
|
R
G
 
G
A
 
A
A
 
G
E
 
E
T
 
T
L
 
Q
A
 
A
C
|
C
G
|
G
T
x
S
G
|
G
A
 
A
C
 
C
A
 
A
A
 
A
V
 
V
V
 
A
V
 
V
G
 
G
Q
 
I
I
 
M
Q
 
Q
G
 
G
K
 
L
L
 
L
D
 
N
Q
 
N
Q
 
N
V
 
V
R
 
Q
V
 
V
D
 
D
L
 
L
P
 
P
G
 
G
G
 
G
T
 
S
L
 
L
T
 
M
I
 
I
N
 
E
W
 
W
E
 
N
G
 
G
E
 
V
G
 
G
K
 
H
P
 
P
L
 
L
W
 
Y
M
 
M
T
 
T
G
 
G
P
 
E
A
 
A
Q
 
T
H
 
H
V
 
I
Y
 
Y
D
 
D
G
 
G
Q
 
F
I
 
I
Q
 
T
L
 
L

2gkeA Crystal structure of diaminopimelate epimerase in complex with an irreversible inhibitor ll-azidap (see paper)
68% identity, 100% coverage: 2:275/275 of query aligns to 1:274/274 of 2gkeA

query
sites
2gkeA
I
 
M
Q
 
Q
F
 
F
T
 
S
K
 
K
M
 
M
H
 
H
G
 
G
L
 
L
G
 
G
N
|
N
D
 
D
F
|
F
M
 
V
V
 
V
V
 
V
D
 
D
G
 
G
V
 
V
T
 
T
Q
 
Q
N
 
N
V
 
V
F
 
F
F
 
F
S
 
T
P
 
P
E
 
E
Q
 
T
I
 
I
R
 
R
R
 
R
L
 
L
A
 
A
D
 
N
R
 
R
N
 
H
F
 
C
G
 
G
I
 
I
G
 
G
F
 
F
D
 
D
Q
|
Q
L
 
L
L
 
L
L
 
I
V
 
V
E
 
E
P
 
A
P
 
P
Y
 
Y
D
 
D
P
 
P
D
 
E
L
 
L
D
 
D
F
 
F
H
 
H
Y
 
Y
R
 
R
I
 
I
F
 
F
N
|
N
A
 
A
D
 
D
G
 
G
G
 
S
E
 
E
V
|
V
E
 
S
N
x
Q
C
|
C
G
|
G
N
|
N
G
 
G
A
 
A
R
 
R
C
 
C
F
 
F
A
 
A
R
 
R
F
 
F
V
 
V
R
 
T
N
 
L
K
 
K
G
 
G
L
 
L
T
 
T
N
 
N
K
 
K
N
 
K
K
 
D
I
 
I
R
 
S
V
 
V
S
 
S
T
 
T
S
 
Q
A
 
K
G
 
G
K
 
N
M
 
M
T
 
V
L
 
L
R
 
T
L
 
V
E
 
K
R
 
D
D
 
D
G
 
N
T
 
Q
V
 
I
T
 
R
V
 
V
N
 
N
M
 
M
G
 
G
V
 
E
P
 
P
V
 
I
L
 
W
D
 
E
P
 
P
S
 
A
Q
 
K
I
 
I
P
 
P
F
 
F
K
 
T
A
 
A
K
 
N
K
 
K
A
 
F
E
 
E
K
 
K
T
 
N
Y
 
Y
L
 
I
L
 
L
Q
 
R
T
 
T
P
 
D
Q
 
I
Q
 
Q
T
 
T
F
 
V
L
 
L
C
 
C
G
 
G
A
 
A
A
 
V
S
 
S
M
 
M
G
 
G
N
|
N
P
 
P
H
|
H
C
 
C
V
 
V
L
 
V
D
 
Q
V
 
V
E
 
D
D
 
D
V
 
I
A
 
Q
N
 
T
A
 
A
N
 
N
V
 
V
A
 
E
E
 
Q
I
 
L
G
 
G
A
 
P
L
 
L
L
 
L
T
 
E
K
 
S
H
 
H
E
 
E
R
 
R
F
 
F
P
 
P
R
 
E
G
 
R
V
 
V
N
|
N
V
 
A
G
 
G
F
 
F
M
 
M
Q
 
Q
V
 
I
V
 
I
N
 
N
S
 
K
G
 
E
H
 
H
I
 
I
K
 
K
L
 
L
R
 
R
V
 
V
Y
 
Y
E
|
E
R
|
R
G
 
G
A
 
A
A
 
G
E
 
E
T
 
T
L
 
Q
A
 
A
C
|
C
G
|
G
T
x
S
G
|
G
A
 
A
C
 
C
A
 
A
A
 
A
V
 
V
V
 
A
V
 
V
G
 
G
Q
 
I
I
 
M
Q
 
Q
G
 
G
K
 
L
L
 
L
D
 
N
Q
 
N
Q
 
N
V
 
V
R
 
Q
V
 
V
D
 
D
L
 
L
P
 
P
G
 
G
G
 
G
T
 
S
L
 
L
T
 
M
I
 
I
N
 
E
W
 
W
E
 
N
G
 
G
E
 
V
G
 
G
K
 
H
P
 
P
L
 
L
W
 
Y
M
 
M
T
 
T
G
 
G
P
 
E
A
 
A
Q
 
T
H
 
H
V
 
I
Y
 
Y
D
 
D
G
 
G
Q
 
F
I
 
I
Q
 
T
L
 
L

P44859 Diaminopimelate epimerase; DAP epimerase; PLP-independent amino acid racemase; EC 5.1.1.7 from Haemophilus influenzae (strain ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd) (see 2 papers)
68% identity, 100% coverage: 2:275/275 of query aligns to 1:274/274 of P44859

query
sites
P44859
I
 
M
Q
 
Q
F
 
F
T
 
S
K
 
K
M
 
M
H
 
H
G
 
G
L
 
L
G
 
G
N
|
N
D
 
D
F
 
F
M
 
V
V
 
V
V
 
V
D
 
D
G
 
G
V
 
V
T
 
T
Q
 
Q
N
 
N
V
 
V
F
 
F
F
 
F
S
 
T
P
 
P
E
 
E
Q
 
T
I
 
I
R
 
R
R
 
R
L
 
L
A
 
A
D
 
N
R
 
R
N
 
H
F
 
C
G
 
G
I
 
I
G
 
G
F
 
F
D
 
D
Q
|
Q
L
 
L
L
 
L
L
 
I
V
 
V
E
 
E
P
 
A
P
 
P
Y
 
Y
D
 
D
P
 
P
D
 
E
L
 
L
D
 
D
F
 
F
H
 
H
Y
 
Y
R
 
R
I
 
I
F
 
F
N
|
N
A
 
A
D
 
D
G
 
G
G
 
S
E
 
E
V
 
V
E
 
S
N
 
Q
C
|
C
G
|
G
N
|
N
G
 
G
A
 
A
R
 
R
C
 
C
F
 
F
A
 
A
R
 
R
F
 
F
V
 
V
R
 
T
N
 
L
K
 
K
G
 
G
L
 
L
T
 
T
N
 
N
K
 
K
N
 
K
K
 
D
I
 
I
R
 
S
V
 
V
S
 
S
T
 
T
S
 
Q
A
 
K
G
 
G
K
 
N
M
 
M
T
 
V
L
 
L
R
 
T
L
 
V
E
 
K
R
 
D
D
 
D
G
 
N
T
 
Q
V
 
I
T
 
R
V
 
V
N
 
N
M
 
M
G
 
G
V
 
E
P
 
P
V
 
I
L
 
W
D
 
E
P
 
P
S
 
A
Q
 
K
I
 
I
P
 
P
F
 
F
K
 
T
A
 
A
K
 
N
K
 
K
A
 
F
E
 
E
K
 
K
T
 
N
Y
 
Y
L
 
I
L
 
L
Q
 
R
T
 
T
P
 
D
Q
 
I
Q
 
Q
T
 
T
F
 
V
L
 
L
C
 
C
G
 
G
A
 
A
A
 
V
S
 
S
M
 
M
G
 
G
N
|
N
P
 
P
H
 
H
C
 
C
V
 
V
L
 
V
D
 
Q
V
 
V
E
 
D
D
 
D
V
 
I
A
 
Q
N
 
T
A
 
A
N
 
N
V
 
V
A
 
E
E
 
Q
I
 
L
G
 
G
A
 
P
L
 
L
L
 
L
T
 
E
K
 
S
H
 
H
E
 
E
R
 
R
F
 
F
P
 
P
R
 
E
G
 
R
V
 
V
N
|
N
V
 
A
G
 
G
F
 
F
M
 
M
Q
 
Q
V
 
I
V
 
I
N
 
N
S
 
K
G
 
E
H
 
H
I
 
I
K
 
K
L
 
L
R
 
R
V
 
V
Y
 
Y
E
|
E
R
|
R
G
 
G
A
 
A
A
 
G
E
 
E
T
 
T
L
 
Q
A
 
A
C
|
C
G
|
G
T
x
S
G
 
G
A
 
A
C
 
C
A
 
A
A
 
A
V
 
V
V
 
A
V
 
V
G
 
G
Q
 
I
I
 
M
Q
 
Q
G
 
G
K
 
L
L
 
L
D
 
N
Q
 
N
Q
 
N
V
 
V
R
 
Q
V
 
V
D
 
D
L
 
L
P
 
P
G
 
G
G
 
G
T
 
S
L
 
L
T
 
M
I
 
I
N
 
E
W
 
W
E
 
N
G
 
G
E
 
V
G
 
G
K
 
H
P
 
P
L
 
L
W
 
Y
M
 
M
T
 
T
G
 
G
P
 
E
A
 
A
Q
 
T
H
 
H
V
 
I
Y
 
Y
D
 
D
G
 
G
Q
 
F
I
 
I
Q
 
T
L
 
L

3ejxD Crystal structure of diaminopimelate epimerase from arabidopsis thaliana in complex with ll-azidap (see paper)
41% identity, 100% coverage: 1:275/275 of query aligns to 16:301/301 of 3ejxD

query
sites
3ejxD
M
 
V
I
 
L
Q
 
H
F
 
F
T
 
V
K
 
K
M
 
Y
H
 
H
G
 
G
L
 
L
G
 
G
N
|
N
D
 
D
F
|
F
M
 
I
V
 
L
V
 
V
D
 
D
G
 
N
V
 
R
-
 
D
T
 
S
Q
 
S
N
 
E
V
 
P
F
 
K
F
 
I
S
 
T
P
 
Q
E
 
E
Q
 
Q
I
 
A
R
 
A
R
 
K
L
 
L
A
 
C
D
 
D
R
 
R
N
 
N
F
 
F
G
 
G
I
 
V
G
 
G
F
 
A
D
 
D
Q
 
G
L
 
V
L
 
I
L
 
F
V
 
A
E
 
M
P
 
P
P
 
G
Y
 
V
D
 
N
P
 
-
D
 
G
L
 
T
D
 
D
F
 
Y
H
 
A
Y
 
M
R
 
R
I
 
I
F
 
F
N
|
N
A
 
S
D
 
D
G
 
G
G
 
S
E
 
E
V
x
P
E
 
E
N
x
M
C
|
C
G
|
G
N
|
N
G
 
G
A
 
V
R
 
R
C
 
C
F
 
F
A
 
A
R
 
R
F
 
F
V
 
I
R
 
A
N
 
E
-
 
L
K
 
E
G
 
N
L
 
L
T
 
Q
N
 
G
K
 
K
N
 
H
K
 
S
I
 
F
R
 
T
V
 
I
S
 
H
T
 
T
S
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
L
M
 
I
T
 
V
L
 
P
R
 
E
L
 
I
E
 
Q
R
 
D
D
 
D
G
 
G
T
 
Q
V
 
V
T
 
K
V
 
V
N
 
D
M
 
M
G
 
G
V
 
T
P
 
P
V
 
I
L
 
L
D
 
K
P
 
A
S
 
Q
Q
 
D
I
 
V
P
 
P
F
 
T
K
 
K
A
 
L
K
 
S
K
 
G
-
 
N
-
 
K
-
 
G
-
 
E
-
 
A
-
 
V
A
 
V
E
 
E
K
 
A
T
 
E
Y
 
L
L
 
V
L
 
V
Q
 
D
T
 
G
P
 
V
Q
 
S
Q
 
W
T
 
N
F
 
V
L
 
T
C
 
C
G
 
-
A
 
-
A
 
V
S
 
S
M
 
M
G
 
G
N
|
N
P
 
P
H
|
H
C
 
C
V
 
I
-
 
T
-
 
F
-
 
G
-
 
K
-
 
K
-
 
G
-
 
G
-
 
P
-
 
N
L
 
L
D
 
K
V
 
V
E
 
D
D
 
D
V
 
L
A
 
-
N
 
-
A
 
-
N
 
N
V
 
L
A
 
P
E
 
E
I
 
I
G
 
G
A
 
P
L
 
K
L
 
F
T
 
E
K
 
H
H
 
H
E
 
E
R
 
M
F
 
F
P
 
P
R
 
A
G
 
R
V
 
T
N
|
N
V
 
T
G
 
E
F
 
F
M
 
V
Q
 
E
V
 
V
V
 
L
N
 
S
S
 
R
G
 
S
H
 
H
I
 
L
K
 
K
L
 
M
R
 
R
V
 
V
Y
 
W
E
|
E
R
|
R
G
 
G
A
 
A
A
 
G
E
 
A
T
 
T
L
 
L
A
 
A
C
|
C
G
|
G
T
|
T
G
|
G
A
 
A
C
 
C
A
 
A
A
 
L
V
 
V
V
 
V
V
 
A
G
 
A
Q
 
V
I
 
L
Q
 
E
G
 
G
K
 
R
L
 
A
D
 
D
Q
 
R
Q
 
K
V
 
C
R
 
T
V
 
V
D
 
D
L
 
L
P
 
P
G
 
G
G
 
G
T
 
P
L
 
L
T
 
E
I
 
I
N
 
E
W
 
W
E
 
K
G
 
Q
E
 
E
G
 
D
K
 
N
P
 
H
L
 
I
W
 
Y
M
 
M
T
 
T
G
 
G
P
 
P
A
 
A
Q
 
E
H
 
A
V
 
V
Y
 
F
D
 
Y
G
 
G
Q
 
S
I
 
A
Q
 
L
L
 
L

3ekmA Crystal structure of diaminopimelate epimerase form arabidopsis thaliana in complex with irreversible inhibitor dl-azidap (see paper)
41% identity, 100% coverage: 1:275/275 of query aligns to 2:287/287 of 3ekmA

query
sites
3ekmA
M
 
V
I
 
L
Q
 
H
F
 
F
T
 
V
K
 
K
M
 
Y
H
 
H
G
 
G
L
 
L
G
 
G
N
|
N
D
 
D
F
|
F
M
 
I
V
 
L
V
 
V
D
 
D
G
 
N
V
 
R
-
 
D
T
 
S
Q
 
S
N
 
E
V
 
P
F
 
K
F
 
I
S
 
T
P
 
Q
E
 
E
Q
 
Q
I
 
A
R
 
A
R
 
K
L
 
L
A
 
C
D
 
D
R
 
R
N
 
N
F
 
F
G
 
G
I
 
V
G
 
G
F
 
A
D
 
D
Q
 
G
L
 
V
L
 
I
L
 
F
V
 
A
E
 
M
P
 
P
P
 
G
Y
 
V
D
 
N
P
 
-
D
 
G
L
 
T
D
 
D
F
 
Y
H
 
A
Y
 
M
R
 
R
I
 
I
F
 
F
N
|
N
A
 
S
D
 
D
G
 
G
G
 
S
E
 
E
V
x
P
E
 
E
N
x
M
C
|
C
G
|
G
N
|
N
G
 
G
A
 
V
R
 
R
C
 
C
F
 
F
A
 
A
R
 
R
F
 
F
V
 
I
R
 
A
N
 
E
-
 
L
K
 
E
G
 
N
L
 
L
T
 
Q
N
 
G
K
 
K
N
 
H
K
 
S
I
 
F
R
 
T
V
 
I
S
 
H
T
 
T
S
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
L
M
 
I
T
 
V
L
 
P
R
 
E
L
 
I
E
 
Q
R
 
D
D
 
D
G
 
G
T
 
Q
V
 
V
T
 
K
V
 
V
N
 
D
M
 
M
G
 
G
V
 
T
P
 
P
V
 
I
L
 
L
D
 
K
P
 
A
S
 
Q
Q
 
D
I
 
V
P
 
P
F
 
T
K
 
K
A
 
L
K
 
S
K
 
G
-
 
N
-
 
K
-
 
G
-
 
E
-
 
A
-
 
V
A
 
V
E
 
E
K
 
A
T
 
E
Y
 
L
L
 
V
L
 
V
Q
 
D
T
 
G
P
 
V
Q
 
S
Q
 
W
T
 
N
F
 
V
L
 
T
C
 
C
G
 
-
A
 
-
A
 
V
S
 
S
M
 
M
G
 
G
N
|
N
P
 
P
H
|
H
C
 
C
V
 
I
-
 
T
-
 
F
-
 
G
-
 
K
-
 
K
-
 
G
-
 
G
-
 
P
-
 
N
L
 
L
D
 
K
V
 
V
E
 
D
D
 
D
V
 
L
A
 
-
N
 
-
A
 
-
N
 
N
V
 
L
A
 
P
E
 
E
I
 
I
G
 
G
A
 
P
L
 
K
L
 
F
T
 
E
K
 
H
H
 
H
E
 
E
R
 
M
F
 
F
P
 
P
R
 
A
G
 
R
V
 
T
N
|
N
V
 
T
G
 
E
F
 
F
M
 
V
Q
 
E
V
 
V
V
 
L
N
 
S
S
 
R
G
 
S
H
 
H
I
 
L
K
 
K
L
 
M
R
 
R
V
 
V
Y
 
W
E
|
E
R
|
R
G
 
G
A
 
A
A
 
G
E
 
A
T
 
T
L
 
L
A
 
A
C
|
C
G
|
G
T
|
T
G
|
G
A
 
A
C
 
C
A
 
A
A
 
L
V
 
V
V
 
V
V
 
A
G
 
A
Q
 
V
I
 
L
Q
 
E
G
 
G
K
 
R
L
 
A
D
 
D
Q
 
R
Q
 
K
V
 
C
R
 
T
V
 
V
D
 
D
L
 
L
P
 
P
G
 
G
G
 
G
T
 
P
L
 
L
T
 
E
I
 
I
N
 
E
W
 
W
E
 
K
G
 
Q
E
 
E
G
 
D
K
 
N
P
 
H
L
 
I
W
 
Y
M
 
M
T
 
T
G
 
G
P
 
P
A
 
A
Q
 
E
H
 
A
V
 
V
Y
 
F
D
 
Y
G
 
G
Q
 
S
I
 
A
Q
 
L
L
 
L

Q8NP73 Diaminopimelate epimerase; DAP epimerase; PLP-independent amino acid racemase; EC 5.1.1.7 from Corynebacterium glutamicum (strain ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025)
31% identity, 100% coverage: 2:275/275 of query aligns to 5:277/277 of Q8NP73

query
sites
Q8NP73
I
 
I
Q
 
P
F
 
F
T
 
A
K
 
K
M
 
G
H
 
H
G
 
A
L
 
T
G
 
E
N
|
N
D
 
D
F
 
F
M
 
I
V
 
I
V
 
I
D
 
P
G
 
D
V
 
E
T
 
D
Q
 
A
N
 
R
V
 
L
F
 
D
F
 
L
S
 
T
P
 
P
E
 
E
Q
 
M
I
 
V
R
 
V
R
 
T
L
 
L
A
 
C
D
 
D
R
 
R
N
 
R
F
 
A
G
 
G
I
 
I
G
 
G
F
 
A
D
 
D
Q
 
G
L
 
I
L
 
L
L
 
R
V
 
V
-
 
V
-
 
K
-
 
A
-
 
A
-
 
D
-
 
V
-
 
E
E
 
G
P
 
S
P
 
T
Y
 
V
D
 
D
P
 
P
D
 
S
L
 
L
D
 
W
F
 
F
-
 
M
H
 
D
Y
 
Y
R
 
R
I
 
-
F
 
-
N
 
N
A
 
A
D
 
D
G
 
G
G
 
S
E
 
L
V
 
A
E
 
E
N
 
M
C
 
C
G
|
G
N
|
N
G
 
G
A
 
V
R
 
R
C
 
L
F
 
F
A
 
A
R
 
H
F
 
W
V
 
L
R
 
Y
N
 
S
K
 
R
G
 
G
L
 
L
T
 
V
N
 
D
K
 
N
N
 
T
K
 
S
I
 
F
R
 
D
V
 
I
S
 
G
T
 
T
S
 
R
A
 
A
G
 
G
K
 
V
M
 
R
T
 
H
L
 
V
R
 
D
L
 
I
-
 
L
-
 
Q
-
 
A
-
 
D
E
 
Q
R
 
H
D
 
S
G
 
A
T
 
Q
V
 
V
T
 
R
V
 
V
N
 
D
M
 
M
G
 
G
V
 
I
P
 
P
V
 
-
L
 
-
D
 
-
P
 
-
S
 
-
Q
 
-
I
 
-
P
 
-
F
 
-
K
 
-
A
 
-
K
 
-
K
 
D
A
 
V
E
 
T
K
 
G
T
 
L
Y
 
S
L
 
T
L
 
C
Q
 
D
T
 
I
P
 
N
Q
 
G
Q
 
Q
T
 
V
F
 
F
L
 
A
C
 
G
G
 
L
A
 
G
A
 
V
S
 
D
M
 
M
G
 
G
N
|
N
P
 
P
H
 
H
C
 
L
V
 
A
L
 
C
D
 
V
V
 
V
E
 
P
D
 
G
V
 
L
A
 
S
N
 
A
A
 
S
N
 
A
V
 
L
A
 
A
-
 
D
-
 
M
E
 
E
I
 
L
G
 
R
A
 
A
L
 
P
L
 
T
T
 
F
K
 
D
H
 
Q
E
 
E
R
 
F
F
 
F
P
 
P
R
 
H
G
 
G
V
 
V
N
|
N
V
 
V
G
 
E
F
 
I
M
 
V
Q
 
T
V
 
E
V
 
L
N
 
E
S
 
D
G
 
D
H
 
A
I
 
V
K
 
S
L
 
M
R
 
R
V
 
V
Y
 
W
E
|
E
R
|
R
G
 
G
A
 
V
A
 
G
E
 
E
T
 
T
L
 
R
A
 
S
C
 
C
G
|
G
T
|
T
G
 
G
A
 
T
C
 
V
A
 
A
A
 
A
V
 
A
V
 
C
V
 
A
G
 
A
Q
 
L
I
 
A
Q
 
D
G
 
A
K
 
G
L
 
L
D
 
G
Q
 
E
-
 
G
Q
 
T
V
 
V
R
 
K
V
 
V
D
 
C
L
 
V
P
 
P
G
 
G
G
 
G
T
 
E
L
 
V
T
 
E
I
 
V
N
 
Q
W
 
I
E
 
F
G
 
D
E
 
D
G
 
G
K
 
S
P
 
T
L
 
L
W
 
-
M
 
-
T
 
T
G
 
G
P
 
P
A
 
S
Q
 
A
H
 
I
V
 
I
Y
 
A
D
 
L
G
 
G
Q
 
E
I
 
V
Q
 
Q
L
 
I

5m47A Crystal structure of dapf from corynebacterium glutamicum in complex with d,l-diaminopimelate (see paper)
31% identity, 100% coverage: 2:275/275 of query aligns to 5:277/280 of 5m47A

query
sites
5m47A
I
 
I
Q
 
P
F
 
F
T
 
A
K
 
K
M
 
G
H
 
H
G
 
A
L
 
T
G
 
E
N
|
N
D
 
D
F
 
F
M
 
I
V
 
I
V
 
I
D
 
P
G
 
D
V
 
E
T
 
D
Q
 
A
N
 
R
V
 
L
F
 
D
F
 
L
S
 
T
P
 
P
E
 
E
Q
 
M
I
 
V
R
 
V
R
 
T
L
 
L
A
 
C
D
 
D
R
 
R
N
 
R
F
 
A
G
 
G
I
 
I
G
 
G
F
 
A
D
 
D
Q
 
G
L
 
I
L
 
L
L
 
R
V
 
V
-
 
V
-
 
K
-
 
A
-
 
A
-
 
D
-
 
V
-
 
E
E
 
G
P
 
S
P
 
T
Y
 
V
D
 
D
P
 
P
D
 
S
L
 
L
D
 
W
F
 
F
-
 
M
H
 
D
Y
|
Y
R
 
R
I
 
-
F
 
-
N
|
N
A
 
A
D
 
D
G
 
G
G
 
S
E
 
L
V
x
A
E
 
E
N
x
M
C
|
C
G
|
G
N
|
N
G
 
G
A
 
V
R
 
R
C
 
L
F
 
F
A
 
A
R
 
H
F
 
W
V
 
L
R
 
Y
N
 
S
K
 
R
G
 
G
L
 
L
T
 
V
N
 
D
K
 
N
N
 
T
K
 
S
I
 
F
R
 
D
V
 
I
S
 
G
T
 
T
S
 
R
A
 
A
G
 
G
K
 
V
M
 
R
T
 
H
L
 
V
R
 
D
L
 
I
-
 
L
-
 
Q
-
 
A
-
 
D
E
 
Q
R
 
H
D
 
S
G
 
A
T
 
Q
V
 
V
T
 
R
V
 
V
N
 
D
M
 
M
G
 
G
V
 
I
P
 
P
V
 
-
L
 
-
D
 
-
P
 
-
S
 
-
Q
 
-
I
 
-
P
 
-
F
 
-
K
 
-
A
 
-
K
 
-
K
 
D
A
 
V
E
 
T
K
 
G
T
 
L
Y
 
S
L
 
T
L
 
C
Q
 
D
T
 
I
P
 
N
Q
 
G
Q
 
Q
T
 
V
F
 
F
L
 
A
C
 
G
G
 
L
A
 
G
A
 
V
S
 
D
M
 
M
G
 
G
N
|
N
P
 
P
H
|
H
C
 
L
V
 
A
L
 
C
D
 
V
V
 
V
E
 
P
D
 
G
V
 
L
A
 
S
N
 
A
A
 
S
N
 
A
V
 
L
A
 
A
-
 
D
-
 
M
E
 
E
I
 
L
G
 
R
A
 
A
L
 
P
L
 
T
T
 
F
K
 
D
H
 
Q
E
 
E
R
 
F
F
 
F
P
 
P
R
 
H
G
 
G
V
 
V
N
|
N
V
 
V
G
 
E
F
 
I
M
 
V
Q
 
T
V
 
E
V
 
L
N
 
E
S
 
D
G
 
D
H
 
A
I
 
V
K
 
S
L
 
M
R
 
R
V
 
V
Y
 
W
E
|
E
R
|
R
G
 
G
A
 
V
A
 
G
E
 
E
T
 
T
L
 
R
A
 
S
C
|
C
G
|
G
T
|
T
G
|
G
A
 
T
C
 
V
A
 
A
A
 
A
V
 
A
V
 
C
V
 
A
G
 
A
Q
 
L
I
 
A
Q
 
D
G
 
A
K
 
G
L
 
L
D
 
G
Q
 
E
-
 
G
Q
 
T
V
 
V
R
 
K
V
 
V
D
 
C
L
 
V
P
 
P
G
 
G
G
 
G
T
 
E
L
 
V
T
 
E
I
 
V
N
 
Q
W
 
I
E
 
F
G
 
D
E
 
D
G
 
G
K
 
S
P
 
T
L
 
L
W
 
-
M
 
-
T
 
T
G
 
G
P
 
P
A
 
S
Q
 
A
H
 
I
V
 
I
Y
 
A
D
 
L
G
 
G
Q
 
E
I
 
V
Q
 
Q
L
 
I

P9WP19 Diaminopimelate epimerase; DAP epimerase; PLP-independent amino acid racemase; EC 5.1.1.7 from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see paper)
29% identity, 90% coverage: 4:251/275 of query aligns to 3:260/289 of P9WP19

query
sites
P9WP19
F
 
F
T
 
A
K
 
K
M
 
G
H
 
H
G
 
G
L
 
T
G
 
Q
N
 
N
D
 
D
F
 
F
M
 
V
V
 
L
V
 
L
D
 
P
G
 
D
V
 
V
T
 
D
Q
 
A
N
 
E
V
 
L
F
 
V
F
 
L
S
 
T
P
 
A
E
 
A
Q
 
R
I
 
V
R
 
A
R
 
A
L
 
L
A
 
C
D
 
D
R
 
R
N
 
R
F
 
K
G
 
G
I
 
L
G
 
G
F
 
A
D
 
D
Q
 
G
L
 
V
L
 
L
L
 
R
V
 
V
E
 
T
-
 
T
-
 
A
-
 
G
-
 
A
-
 
A
-
 
Q
-
 
A
-
 
V
-
 
G
-
 
V
-
 
L
-
 
D
-
 
S
-
 
L
P
 
P
P
 
E
Y
 
G
D
 
V
P
 
R
D
 
V
L
 
T
D
 
D
F
 
W
H
 
Y
Y
 
M
R
 
D
I
 
Y
F
 
R
N
 
N
A
 
A
D
 
D
G
 
G
G
 
S
E
 
A
V
 
A
E
 
Q
N
 
M
C
|
C
G
 
G
N
 
N
G
 
G
A
 
V
R
 
R
C
 
V
F
 
F
A
 
A
R
 
H
F
 
Y
V
 
L
R
 
R
N
 
A
K
 
S
G
 
G
L
 
L
T
 
E
N
 
V
K
 
R
N
 
D
K
 
E
I
 
F
R
 
V
V
 
V
S
 
G
T
 
S
S
 
L
A
 
A
G
 
G
K
 
P
M
 
R
T
 
P
L
 
V
R
 
T
L
 
C
E
 
H
R
 
H
-
 
V
-
 
E
-
 
A
-
 
A
D
 
Y
G
 
A
T
 
D
V
 
V
T
 
S
V
 
V
N
 
D
M
 
M
G
 
G
V
 
-
P
 
-
V
 
-
L
 
-
D
 
-
P
 
-
S
 
-
Q
 
-
I
 
-
P
 
-
F
 
-
K
 
K
A
 
A
K
 
N
K
 
R
A
 
L
E
 
G
K
 
A
T
 
G
Y
 
E
L
 
A
L
 
V
Q
 
V
T
 
G
P
 
G
Q
 
R
Q
 
R
T
 
-
F
 
F
L
 
H
C
 
G
G
 
L
A
 
A
A
 
V
S
 
D
M
 
V
G
 
G
N
 
N
P
 
P
H
 
H
-
 
L
-
 
A
C
 
C
V
 
V
L
 
D
D
 
S
V
 
Q
E
 
L
D
 
T
V
 
V
A
 
D
N
 
G
A
 
L
N
 
A
V
 
A
A
 
L
E
 
D
I
 
V
G
 
G
A
 
A
L
 
P
L
 
V
T
 
S
-
 
F
K
 
D
H
 
G
E
 
A
R
 
Q
F
 
F
P
 
P
R
 
D
G
 
G
V
 
V
N
 
N
V
 
V
G
 
E
F
 
V
M
 
L
Q
 
T
V
 
A
V
 
P
N
 
V
S
 
D
G
 
G
H
 
A
I
 
V
K
 
W
L
 
M
R
 
R
V
 
V
Y
 
H
E
 
E
R
 
R
G
 
G
A
 
V
A
 
G
E
 
E
T
 
T
L
 
R
A
 
S
C
|
C
G
 
G
T
 
T
G
 
G
A
 
T
-
 
V
C
 
A
A
 
A
A
 
A
V
 
V
V
 
A
V
 
A
G
 
L
Q
 
A
I
 
A
Q
 
V
G
 
G
K
 
S
L
 
P
D
 
T
Q
 
G
Q
 
T
V
 
L
R
 
T
V
 
V
D
 
H
L
 
V
P
 
P
G
 
G
G
 
G
T
 
E
L
 
V
T
 
V
I
 
V
N
 
T

Query Sequence

>7023157 Shewana3_0391 diaminopimelate epimerase (RefSeq)
MIQFTKMHGLGNDFMVVDGVTQNVFFSPEQIRRLADRNFGIGFDQLLLVEPPYDPDLDFH
YRIFNADGGEVENCGNGARCFARFVRNKGLTNKNKIRVSTSAGKMTLRLERDGTVTVNMG
VPVLDPSQIPFKAKKAEKTYLLQTPQQTFLCGAASMGNPHCVLDVEDVANANVAEIGALL
TKHERFPRGVNVGFMQVVNSGHIKLRVYERGAAETLACGTGACAAVVVGQIQGKLDQQVR
VDLPGGTLTINWEGEGKPLWMTGPAQHVYDGQIQL

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory