SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 8499235 DvMF_0015 peptidase C26 (RefSeq) to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 5 hits to proteins with known functional sites (download)

7d53A Spua mutant - h221n with glu (see paper)
33% identity, 75% coverage: 30:185/207 of query aligns to 26:222/249 of 7d53A

query
sites
7d53A
R
 
K
F
 
Y
L
 
L
A
 
R
V
 
A
A
 
V
L
 
V
P
 
N
G
 
G
A
 
A
A
 
G
W
 
G
L
 
L
P
 
P
M
 
L
-
 
I
-
 
I
P
 
P
N
 
A
A
 
L
G
 
G
D
 
E
D
 
S
A
 
I
V
 
D
R
 
Q
L
 
A
A
 
A
D
 
L
A
 
L
F
 
D
A
 
S
V
 
V
N
 
D
G
 
G
L
 
L
V
 
L
L
 
F
T
 
T
G
|
G
G
x
S
-
x
P
-
x
S
-
x
N
-
 
V
-
 
E
-
 
P
-
 
R
-
 
H
-
 
Y
-
 
S
-
 
G
-
 
P
-
 
A
D
 
S
D
 
E
W
 
P
G
 
G
V
 
T
F
 
L
-
 
H
-
 
D
S
 
S
E
 
D
R
 
R
D
 
D
A
 
A
T
 
T
E
 
T
A
 
L
A
 
P
L
 
L
F
 
V
R
 
R
W
 
A
A
 
A
M
 
I
A
 
D
R
 
A
D
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
V
L
 
L
G
 
G
V
 
I
C
|
C
R
|
R
G
 
G
A
 
F
Q
|
Q
V
 
E
I
 
M
N
 
N
R
 
V
M
 
A
L
 
F
G
 
G
G
 
G
S
 
S
-
 
L
-
 
H
A
 
Q
R
 
K
V
 
V
T
 
H
D
 
E
G
 
V
A
 
G
V
 
T
H
 
F
A
 
M
G
 
D
T
x
H
R
 
R
H
 
E
P
 
P
L
 
A
T
 
D
E
 
Q
-
 
P
-
 
L
R
 
E
Q
 
V
D
 
Q
W
 
Y
T
 
A
P
 
P
E
 
R
-
x
H
-
 
A
-
 
M
-
 
H
-
 
V
-
 
Q
-
 
P
-
 
G
-
 
G
-
 
V
-
 
L
-
 
A
-
 
G
-
 
I
-
 
G
-
 
L
-
 
P
-
 
S
-
 
E
-
 
F
D
 
Q
V
 
V
N
 
N
S
|
S
Y
x
I
H
|
H
R
x
G
L
x
Q
V
 
G
L
 
V
D
 
D
R
 
R
D
 
-
M
 
-
L
 
L
A
 
A
P
 
P
G
 
G
L
 
L
A
 
R
S
 
V
A
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
A
P
 
P
D
 
D
G
 
G
T
 
L
V
 
V
E
|
E
A
 
A
F
 
I
H
 
S
L
 
V
P
 
E
G
 
G
R
 
A
R
 
K
-
 
A
-
 
F
V
 
A
V
 
L
G
 
G
V
 
V
L
 
Q
W
 
W
H
 
N
P
 
P
E
 
E

O33341 Putative glutamine amidotransferase Rv2859c; EC 2.4.2.- from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see paper)
40% identity, 54% coverage: 77:187/207 of query aligns to 155:281/308 of O33341

query
sites
O33341
R
 
R
D
 
D
A
 
A
T
 
W
E
 
E
A
 
F
A
 
A
L
 
L
F
 
L
R
 
R
W
 
G
A
 
A
M
 
L
A
 
Q
R
 
R
D
 
G
I
 
M
P
 
P
V
 
V
L
 
L
G
 
G
V
 
I
C
 
C
R
 
R
G
 
G
A
 
T
Q
 
Q
V
 
V
I
 
L
N
 
N
R
 
V
M
 
A
L
 
L
G
 
G
G
 
G
S
 
T
-
 
L
-
 
H
A
 
Q
R
 
H
V
 
L
T
 
P
D
 
D
G
 
I
A
 
L
V
 
G
H
 
H
A
 
S
G
 
G
-
 
H
-
 
R
-
 
A
-
 
G
-
 
N
-
 
G
-
 
V
-
 
F
T
 
T
R
 
R
H
 
L
P
 
P
L
 
V
-
 
H
-
 
T
-
 
A
-
 
S
-
 
G
T
 
T
E
 
R
R
 
L
Q
 
A
D
 
E
W
 
L
T
 
I
P
 
G
E
 
E
-
 
S
-
 
A
D
 
D
V
 
V
N
 
P
S
 
C
Y
 
Y
H
 
H
R
 
H
L
 
Q
V
 
A
L
 
I
D
 
D
R
 
Q
D
 
-
M
 
-
L
 
V
A
 
G
P
 
E
G
 
G
L
 
L
A
 
V
S
 
V
A
 
S
A
 
A
L
 
V
A
 
D
P
 
V
D
 
D
G
 
G
T
 
V
V
 
I
E
 
E
A
 
A
F
 
L
H
 
E
L
 
L
P
 
P
G
 
G
R
 
D
R
 
T
-
 
F
V
 
V
V
 
L
G
 
A
V
 
V
L
 
Q
W
 
W
H
 
H
P
 
P
E
 
E
R
 
K
E
 
S

Sites not aligning to the query:

7d50B Spua mutant - h221n with glutamyl-thioester (see paper)
33% identity, 75% coverage: 30:185/207 of query aligns to 32:228/255 of 7d50B

query
sites
7d50B
R
 
K
F
 
Y
L
 
L
A
 
R
V
 
A
A
 
V
L
 
V
P
 
N
G
 
G
A
 
A
A
 
G
W
 
G
L
 
L
P
 
P
M
 
L
-
 
I
-
 
I
P
 
P
N
 
A
A
 
L
G
 
G
D
 
E
D
 
S
A
 
I
V
 
D
R
 
Q
L
 
A
A
 
A
D
 
L
A
 
L
F
 
D
A
 
S
V
 
V
N
 
D
G
 
G
L
 
L
V
 
L
L
 
F
T
 
T
G
 
G
G
 
S
-
 
P
-
 
S
-
 
N
-
 
V
-
 
E
-
 
P
-
 
R
-
 
H
-
 
Y
-
 
S
-
 
G
-
 
P
-
 
A
D
 
S
D
 
E
W
 
P
G
 
G
V
 
T
F
 
L
-
 
H
-
 
D
S
 
S
E
 
D
R
 
R
D
 
D
A
 
A
T
 
T
E
 
T
A
 
L
A
 
P
L
 
L
F
 
V
R
 
R
W
 
A
A
 
A
M
 
I
A
 
D
R
 
A
D
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
V
L
 
L
G
 
G
V
 
I
C
 
C
R
 
R
G
 
G
A
 
F
Q
 
Q
V
 
E
I
 
M
N
 
N
R
 
V
M
 
A
L
 
F
G
 
G
G
 
G
S
 
S
-
 
L
-
 
H
A
 
Q
R
 
K
V
 
V
T
 
H
D
 
E
G
 
V
A
 
G
V
 
T
H
 
F
A
 
M
G
 
D
T
x
H
R
 
R
H
 
E
P
 
P
L
 
A
T
 
D
E
 
Q
-
 
P
-
 
L
R
 
E
Q
 
V
D
 
Q
W
 
Y
T
 
A
P
 
P
E
 
R
-
x
H
-
 
A
-
 
M
-
 
H
-
 
V
-
 
Q
-
 
P
-
 
G
-
 
G
-
 
V
-
 
L
-
 
A
-
 
G
-
 
I
-
 
G
-
 
L
-
 
P
-
 
S
-
 
E
-
 
F
D
 
Q
V
 
V
N
 
N
S
|
S
Y
 
I
H
|
H
R
 
G
L
 
Q
V
 
G
L
 
V
D
 
D
R
 
R
D
 
-
M
 
-
L
 
L
A
 
A
P
 
P
G
 
G
L
 
L
A
 
R
S
 
V
A
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
A
P
 
P
D
 
D
G
 
G
T
 
L
V
 
V
E
|
E
A
 
A
F
 
I
H
 
S
L
 
V
P
 
E
G
 
G
R
 
A
R
 
K
-
 
A
-
 
F
V
 
A
V
 
L
G
 
G
V
 
V
L
 
Q
W
 
W
H
 
N
P
 
P
E
 
E

7d4rB Spua native structure (see paper)
33% identity, 75% coverage: 30:185/207 of query aligns to 24:190/215 of 7d4rB

query
sites
7d4rB
R
 
K
F
 
Y
L
 
L
A
 
R
V
 
A
A
 
V
L
 
V
P
 
N
G
 
G
A
 
A
A
 
G
W
 
G
L
 
L
P
 
P
M
 
L
-
 
I
-
 
I
P
 
P
N
 
A
A
 
L
G
 
G
D
 
E
D
 
S
A
 
I
V
 
D
R
 
Q
L
 
A
A
 
A
D
 
L
A
 
L
F
 
D
A
 
S
V
 
V
N
 
D
G
 
G
L
 
L
V
 
L
L
 
F
T
 
T
G
 
G
G
 
-
D
 
-
D
 
-
W
 
-
G
 
-
V
 
-
F
 
-
S
 
-
E
 
-
R
 
-
D
 
-
A
 
-
T
 
-
E
 
-
A
 
-
A
 
P
L
 
L
F
 
V
R
 
R
W
 
A
A
 
A
M
 
I
A
 
D
R
 
A
D
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
V
L
 
L
G
 
G
V
 
I
C
 
C
R
 
R
G
 
G
A
 
F
Q
 
Q
V
 
E
I
 
M
N
 
N
R
 
V
M
 
A
L
 
F
G
 
G
G
 
G
S
 
S
-
 
L
-
 
H
A
 
Q
R
 
K
V
 
V
T
 
H
D
 
E
G
 
V
A
 
G
V
 
T
H
 
F
A
 
M
G
 
D
T
x
H
R
 
R
H
 
E
P
 
P
L
 
A
T
 
D
E
 
Q
-
 
P
-
 
L
R
 
E
Q
 
V
D
 
Q
W
 
Y
T
 
A
P
 
P
E
 
R
-
x
H
-
 
A
-
 
M
-
 
H
-
 
V
-
 
Q
-
 
P
-
 
G
-
 
G
-
 
V
-
 
L
-
 
A
-
 
G
-
 
I
-
 
G
-
 
L
-
 
P
-
 
S
-
 
E
-
 
F
D
 
Q
V
 
V
N
 
N
S
|
S
Y
 
I
H
|
H
R
 
G
L
 
Q
V
 
G
L
 
V
D
 
D
R
 
R
D
 
-
M
 
-
L
 
L
A
 
A
P
 
P
G
 
G
L
 
L
A
 
R
S
 
V
A
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
A
P
 
P
D
 
D
G
 
G
T
 
L
V
 
V
E
|
E
A
 
A
F
 
I
H
 
S
L
 
V
P
 
E
G
 
G
R
 
A
R
 
K
-
 
A
-
 
F
V
 
A
V
 
L
G
 
G
V
 
V
L
 
Q
W
 
W
H
 
H
P
 
P
E
 
E

3fijA Crystal structure of a uncharacterized protein lin1909
31% identity, 61% coverage: 60:185/207 of query aligns to 42:200/224 of 3fijA

query
sites
3fijA
V
 
V
N
 
D
G
 
G
L
 
L
V
 
L
L
 
L
T
 
T
G
 
G
G
 
G
D
 
Q
D
 
D
W
 
I
-
 
T
-
 
P
-
 
Q
-
 
L
-
 
Y
-
 
L
-
 
E
-
 
E
-
 
P
-
 
S
-
 
Q
-
 
E
-
 
I
-
 
G
G
 
A
V
 
Y
F
 
F
S
 
P
E
 
P
R
 
R
D
 
D
A
 
S
T
 
Y
E
 
E
A
 
I
A
 
A
L
 
L
F
 
V
R
 
R
W
 
A
A
 
A
M
 
L
A
 
D
R
 
A
D
 
G
I
 
K
P
 
P
V
 
I
L
 
F
G
 
A
V
 
I
C
 
C
R
 
R
G
 
G
A
 
M
Q
 
Q
V
 
L
I
 
V
N
 
N
R
 
V
M
 
A
L
 
L
G
 
G
G
 
G
S
 
T
-
 
L
-
 
Y
-
 
Q
-
 
D
-
 
I
A
 
S
R
 
Q
V
 
V
T
 
E
D
 
T
G
 
K
A
 
A
V
 
L
-
 
Q
-
x
H
-
 
L
-
 
Q
-
 
R
-
 
V
-
 
D
-
 
E
-
 
Q
-
 
L
-
 
G
-
 
S
H
|
H
A
 
T
G
 
I
T
 
D
R
 
I
H
 
E
P
 
P
L
 
T
T
 
S
E
 
E
R
 
L
Q
 
A
D
 
K
W
 
H
T
 
H
P
 
P
E
 
N
D
 
K
-
 
K
-
 
L
V
 
V
N
 
N
S
|
S
Y
 
L
H
|
H
R
 
H
L
 
Q
V
 
F
L
 
I
D
 
K
R
 
K
D
 
-
M
 
-
L
 
L
A
 
A
P
 
P
G
 
S
L
 
F
A
 
K
S
 
V
A
 
T
A
 
A
L
 
R
A
 
T
P
 
A
D
 
D
G
 
G
T
 
M
V
 
I
E
|
E
A
 
A
F
 
V
-
 
E
-
 
G
-
 
D
H
 
N
L
 
L
P
 
P
G
 
S
R
 
-
R
 
W
V
 
Y
V
 
L
G
 
G
V
 
V
L
 
Q
W
 
W
H
 
H
P
 
P
E
 
E

Query Sequence

>8499235 DvMF_0015 peptidase C26 (RefSeq)
MNARLALTMRVTEAPGHAERRDALAQDWGRFLAVALPGAAWLPMPNAGDDAVRLADAFAV
NGLVLTGGDDWGVFSERDATEAALFRWAMARDIPVLGVCRGAQVINRMLGGSARVTDGAV
HAGTRHPLTERQDWTPEDVNSYHRLVLDRDMLAPGLASAALAPDGTVEAFHLPGRRVVGV
LWHPEREHPYGACDVALMQRLFTPEQI

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory