SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 8499436 DvMF_0208 EAL domain protein (RefSeq) to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

Q55434 Phytochrome-like protein cph2; Bacteriophytochrome cph2 from Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (see paper)
41% identity, 32% coverage: 494:734/762 of query aligns to 609:850/1276 of Q55434

query
sites
Q55434
S
 
T
L
 
L
A
 
E
N
 
S
D
 
D
L
 
L
A
 
R
A
 
Q
A
 
A
L
 
L
A
 
T
R
 
-
N
 
N
G
 
Q
E
 
E
V
 
F
F
 
V
L
 
L
E
 
Y
Y
 
F
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
Q
I
 
V
R
 
A
M
 
L
D
 
D
-
 
T
G
 
G
R
 
K
A
 
L
H
 
L
G
 
G
A
 
V
E
 
E
A
 
A
L
 
L
L
 
V
R
 
R
W
 
W
H
 
Q
H
 
H
P
 
P
A
 
R
Y
 
L
G
 
G
R
 
Q
I
 
V
A
 
A
P
 
P
P
 
D
I
 
V
T
 
F
V
 
I
A
 
P
L
 
L
A
 
A
E
 
E
D
 
E
T
 
L
G
 
G
I
 
L
I
 
I
D
 
N
R
 
H
L
 
L
G
 
G
M
 
Q
F
 
W
V
 
V
L
 
L
H
 
E
R
 
T
A
 
A
C
 
C
A
 
A
R
 
T
R
 
H
V
 
Q
A
 
H
W
 
F
T
 
F
G
 
R
E
 
E
V
 
T
P
 
G
D
 
R
G
 
R
F
 
L
V
 
R
M
 
M
S
 
A
V
 
V
N
 
N
V
 
I
A
 
S
P
 
A
R
 
R
Q
 
Q
L
 
F
Q
 
Q
N
 
D
P
 
E
R
 
K
F
 
W
D
 
L
R
 
N
D
 
S
V
 
V
L
 
L
A
 
E
V
 
C
L
 
L
A
 
K
R
 
R
T
 
T
G
 
G
L
 
M
A
 
P
P
 
P
H
 
E
L
 
D
L
 
L
E
 
E
L
 
L
E
 
E
L
 
I
T
 
T
E
 
E
S
 
S
T
 
L
V
 
M
L
 
M
L
 
E
P
 
D
D
 
I
A
 
K
R
 
G
T
 
T
V
 
V
A
 
V
A
 
L
L
 
L
R
 
H
R
 
R
L
 
L
R
 
R
A
 
E
A
 
E
G
 
G
V
 
V
R
 
Q
V
 
V
A
 
A
I
 
I
D
 
D
D
 
D
F
 
F
G
 
G
M
 
T
G
 
G
H
 
Y
A
 
S
S
 
S
L
 
L
R
 
S
Y
 
I
L
 
L
R
 
K
D
 
Q
F
 
L
P
 
P
V
 
I
D
 
H
T
 
R
V
 
L
K
 
K
I
 
I
D
 
D
R
 
K
S
 
S
-
 
F
L
 
V
T
 
N
E
 
D
A
 
L
S
 
L
H
 
N
G
 
E
D
 
G
V
 
A
N
 
D
E
 
T
H
 
A
I
 
I
V
 
I
R
 
Q
S
 
Y
I
 
V
V
 
I
E
 
D
L
 
L
A
 
A
R
 
N
S
 
G
L
 
L
D
 
N
I
 
L
T
 
E
T
 
T
L
 
V
V
 
A
E
 
E
G
 
G
V
 
I
E
 
E
R
 
S
R
 
E
E
 
A
Q
 
Q
F
 
L
E
 
Q
R
 
R
F
 
L
V
 
Q
E
 
K
L
 
M
G
 
G
C
 
C
L
 
H
V
 
L
F
 
G
Q
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
L
 
F
F
 
L
S
 
T
R
 
R
P
 
P
V
 
L
R
 
P
A
 
A

Sites not aligning to the query:

4rnhA Pamora tandem diguanylate cyclase - phosphodiesterase, c-di-gmp complex (see paper)
40% identity, 32% coverage: 494:736/762 of query aligns to 174:417/423 of 4rnhA

query
sites
4rnhA
S
 
E
L
 
L
A
 
E
N
 
S
D
 
D
L
 
L
A
 
R
A
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
E
R
 
L
N
 
-
G
 
G
E
 
E
V
 
F
F
 
V
L
 
L
E
 
H
Y
 
Y
Q
|
Q
P
 
P
Q
 
Q
I
 
F
R
 
T
M
 
G
D
 
D
G
 
G
R
 
R
A
 
R
-
 
L
H
 
T
G
 
G
A
 
A
E
|
E
A
 
A
L
|
L
L
|
L
R
|
R
W
 
W
H
 
Q
H
 
H
P
 
P
A
 
R
Y
 
R
G
 
G
R
 
L
I
 
V
A
 
P
P
|
P
P
 
S
I
 
E
T
 
F
V
 
I
A
 
P
L
 
V
A
 
L
E
 
E
D
 
E
T
 
I
G
 
G
I
 
L
I
 
V
D
 
A
R
 
Q
L
 
V
G
 
G
M
 
D
F
 
W
V
 
L
L
 
L
H
 
A
R
 
E
A
 
A
C
 
C
A
 
K
R
 
Q
R
 
L
V
 
R
A
 
S
W
 
W
T
 
H
G
 
K
E
 
A
V
 
K
P
 
V
D
 
R
G
 
V
F
 
P
V
 
K
M
 
V
S
 
S
V
 
V
N
|
N
V
 
L
A
 
S
P
 
A
R
 
R
Q
 
Q
L
 
F
Q
 
A
N
 
D
P
 
G
R
 
Q
F
 
L
D
 
G
R
 
E
D
 
R
V
 
I
L
 
A
A
 
A
V
 
I
L
 
L
A
 
Y
R
 
E
T
 
T
G
 
G
L
 
I
A
 
P
P
 
P
H
 
A
L
 
C
L
 
L
E
 
E
L
 
L
E
|
E
L
 
L
T
 
T
E
 
E
S
 
S
T
 
I
V
 
L
L
 
M
L
 
S
P
 
D
D
 
V
A
 
A
R
 
E
T
 
A
V
 
M
A
 
Q
A
 
I
L
 
L
R
 
S
R
 
G
L
 
L
R
 
K
A
 
R
A
 
L
G
 
G
V
 
L
R
 
A
V
 
I
A
 
A
I
 
V
D
|
D
D
 
D
F
 
F
G
 
G
M
 
T
G
 
G
H
 
Y
A
 
S
S
 
S
L
 
L
R
 
N
Y
 
Y
L
 
L
R
 
K
D
 
Q
F
 
F
P
 
P
V
 
I
D
 
D
T
 
V
V
 
L
K
 
K
I
 
I
D
 
D
R
|
R
S
 
S
L
 
F
T
 
V
E
 
D
A
 
G
-
 
L
S
 
P
H
 
H
G
 
G
D
 
E
V
 
Q
N
 
D
E
 
A
H
 
Q
I
 
I
V
 
A
R
 
R
S
 
A
I
 
I
V
 
I
E
 
A
L
 
M
A
 
A
R
 
H
S
 
S
L
 
L
D
 
N
I
 
L
T
 
M
T
 
V
L
 
I
V
 
A
E
 
E
G
|
G
V
 
V
E
|
E
R
 
S
R
 
Q
E
 
A
Q
 
Q
F
 
L
E
 
D
R
 
F
F
 
L
V
 
R
E
 
E
L
 
H
G
 
G
C
 
C
L
 
D
V
 
E
F
 
V
Q
 
Q
G
|
G
Y
|
Y
L
 
L
F
 
F
S
 
G
R
 
R
P
 
P
V
 
M
R
 
P
A
 
A
V
 
E
Q
 
Q

8arvA Structure of the eal domain of bifa from pseudomonas aeruginosa (see paper)
42% identity, 32% coverage: 494:734/762 of query aligns to 1:242/255 of 8arvA

query
sites
8arvA
S
 
E
L
 
L
A
 
E
N
 
K
D
 
D
L
 
L
A
 
R
A
 
D
A
 
A
L
 
L
A
 
Q
R
 
R
N
 
H
G
 
-
E
 
E
V
 
L
F
 
H
L
 
L
E
 
V
Y
 
Y
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
Q
I
 
V
R
 
D
M
 
Y
-
 
R
D
 
D
G
 
H
R
 
R
A
 
V
H
 
V
G
 
G
A
 
V
E
|
E
A
 
A
L
 
L
L
 
L
R
 
R
W
 
W
H
 
Q
H
 
H
P
 
P
A
 
L
Y
 
H
G
 
G
R
 
F
I
 
V
A
 
P
P
 
P
P
 
D
I
 
L
T
 
F
V
 
I
A
 
P
L
 
L
A
 
A
E
 
E
D
 
Q
T
 
N
G
 
G
I
 
S
I
 
I
D
 
F
R
 
S
L
 
I
G
 
G
M
 
E
F
 
W
V
 
V
L
 
L
H
 
D
R
 
Q
A
 
A
C
 
C
A
 
R
R
 
Q
R
 
L
V
 
R
A
 
E
W
 
W
T
 
H
G
 
D
E
 
Q
V
 
G
P
 
F
D
 
D
G
 
D
F
 
L
V
 
R
M
 
M
S
 
A
V
 
V
N
|
N
V
 
L
A
 
S
P
 
T
R
 
V
Q
 
Q
L
 
L
Q
 
H
N
 
H
P
 
N
R
 
A
F
 
L
D
 
P
R
 
R
D
 
V
V
 
V
L
 
S
A
 
N
V
 
L
L
 
L
A
 
Q
R
 
V
T
 
Y
G
 
R
L
 
L
A
 
P
P
 
A
H
 
R
L
 
S
L
 
L
E
 
E
L
 
L
E
|
E
L
 
V
T
 
T
E
 
E
S
 
-
T
 
T
V
 
G
L
 
L
L
 
M
P
 
E
D
 
D
A
 
I
R
 
S
T
 
T
V
 
A
A
 
A
A
 
Q
-
 
H
L
 
L
R
 
L
R
 
S
L
 
L
R
 
R
A
 
R
A
 
A
G
 
G
V
 
A
R
 
L
V
 
I
A
 
A
I
 
I
D
|
D
D
 
D
F
 
F
G
 
G
M
 
T
G
 
G
H
 
Y
A
 
S
S
 
S
L
 
L
R
 
S
Y
 
Y
L
 
L
R
 
K
D
 
S
F
 
L
P
 
P
V
 
L
D
 
D
T
 
K
V
 
I
K
 
K
I
 
I
D
 
D
R
 
K
S
 
S
L
 
F
T
 
V
E
 
Q
A
 
D
S
 
L
H
 
L
G
 
Q
D
 
D
V
 
E
N
 
D
E
 
D
-
 
A
H
 
T
I
 
I
V
 
V
R
 
R
S
 
A
I
 
I
V
 
I
E
 
Q
L
 
L
A
 
G
R
 
K
S
 
S
L
 
L
D
 
G
I
 
M
T
 
Q
T
 
V
L
 
I
V
 
A
E
 
E
G
 
G
V
 
V
E
 
E
R
 
T
R
 
A
E
 
E
Q
 
Q
F
 
E
E
 
A
R
 
Y
F
 
I
V
 
I
E
 
A
L
 
E
G
 
G
C
 
C
L
 
N
V
 
E
F
 
G
Q
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
L
 
L
F
 
Y
S
 
S
R
 
K
P
 
P
V
 
L
R
 
P
A
 
A

5m3cB Structure of the hybrid domain (ggdef-eal) of pa0575 from pseudomonas aeruginosa pao1 at 2.8 ang. With gtp and ca2+ bound to the active site of the ggdef domain (see paper)
40% identity, 32% coverage: 494:734/762 of query aligns to 174:415/426 of 5m3cB

query
sites
5m3cB
S
 
A
L
 
L
A
 
E
N
 
T
D
 
E
L
 
L
A
 
R
A
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
E
R
 
R
N
 
D
G
 
-
E
 
E
V
 
L
F
 
Q
L
 
L
E
 
Y
Y
 
Y
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
K
I
 
L
R
 
S
M
 
L
D
 
E
-
 
S
G
 
G
R
 
L
A
 
L
H
 
V
G
 
G
A
 
A
E
|
E
A
 
A
L
 
L
L
 
V
R
 
R
W
 
W
H
 
Y
H
 
H
P
 
P
A
 
L
Y
 
F
G
 
G
R
 
E
I
 
I
A
 
S
P
 
P
P
 
E
I
 
R
T
 
F
V
 
I
A
 
P
L
 
L
A
 
A
E
 
E
D
 
D
T
 
C
G
 
G
I
 
L
I
 
I
D
 
L
R
 
P
L
 
L
G
 
G
M
 
D
F
 
W
V
 
V
L
 
L
H
 
E
R
 
H
A
 
A
C
 
C
A
 
Q
R
 
Q
R
 
M
V
 
G
A
 
E
W
 
W
T
 
Q
G
 
K
-
 
L
E
 
H
V
 
A
P
 
P
D
 
F
G
 
G
F
 
-
V
 
P
M
 
L
S
 
S
V
 
V
N
|
N
V
 
L
A
 
A
P
 
G
R
 
A
Q
 
Q
L
 
L
Q
 
G
N
 
Q
P
 
P
R
 
Q
F
 
L
D
 
I
R
 
E
D
 
R
V
 
L
L
 
E
A
 
Q
V
 
L
L
 
L
A
 
E
R
 
Q
T
 
S
G
 
G
L
 
L
A
 
E
P
 
P
H
 
S
L
 
R
L
 
L
E
 
Q
L
 
L
E
|
E
L
 
I
T
 
T
E
 
E
S
 
S
T
 
F
V
 
I
L
 
M
L
 
N
P
 
Q
D
 
T
A
 
E
R
 
E
T
 
A
V
 
L
A
 
A
A
 
V
L
 
L
R
 
H
R
 
G
L
 
L
R
 
K
A
 
R
A
 
L
G
 
G
V
 
V
R
 
Q
V
 
L
A
 
A
I
 
I
D
|
D
D
 
D
F
 
F
G
 
G
M
 
T
G
 
G
H
 
Y
A
 
S
S
 
S
L
 
L
R
 
S
Y
 
Y
L
 
L
R
 
K
D
 
R
F
 
L
P
 
P
V
 
L
D
 
D
T
 
I
V
 
L
K
 
K
I
 
I
D
 
D
R
 
K
S
 
S
L
 
F
T
 
I
E
 
R
A
 
G
S
 
L
H
 
P
G
 
D
D
 
D
V
 
P
N
 
H
E
 
D
-
 
A
H
 
A
I
 
I
V
 
T
R
 
R
S
 
A
I
 
I
V
 
I
E
 
A
L
 
L
A
 
G
R
 
R
S
 
S
L
 
M
D
 
Q
I
 
L
T
 
T
T
 
V
L
 
I
V
 
A
E
 
E
G
 
G
V
 
V
E
 
E
R
 
T
R
 
E
E
 
G
Q
 
Q
F
 
Q
E
 
S
R
 
F
F
 
L
V
 
T
E
 
H
L
 
E
G
 
G
C
 
C
L
 
E
V
 
Q
F
 
I
Q
 
Q
G
 
G
Y
 
F
L
 
V
F
 
L
S
 
S
R
 
P
P
 
P
V
 
L
R
 
P
A
 
A

Sites not aligning to the query:

3n3tB Crystal structure of putative diguanylate cyclase/phosphodiesterase complex with cyclic di-gmp (see paper)
40% identity, 31% coverage: 494:731/762 of query aligns to 5:245/261 of 3n3tB

query
sites
3n3tB
S
 
T
L
 
L
A
 
D
N
 
T
D
 
R
L
 
L
A
 
R
A
 
Q
A
 
A
L
 
L
A
 
E
R
 
R
N
 
N
G
 
-
E
 
E
V
 
L
F
 
V
L
 
L
E
 
H
Y
 
Y
Q
|
Q
P
 
P
Q
 
I
I
 
V
R
 
E
M
 
L
-
 
A
D
 
S
G
 
G
R
 
R
A
 
I
H
 
V
G
 
G
A
 
G
E
|
E
A
 
A
L
|
L
L
x
V
R
|
R
W
 
W
H
 
E
H
 
D
P
 
P
A
 
E
Y
 
R
G
 
G
R
 
L
I
 
V
A
 
M
P
|
P
P
 
S
I
 
A
T
 
F
V
 
I
A
 
P
L
 
A
A
 
A
E
 
E
D
 
D
T
 
T
G
 
G
I
 
L
I
 
I
D
 
V
R
 
A
L
 
L
G
 
S
M
 
D
F
 
W
V
 
V
L
 
L
H
 
E
R
 
A
A
 
C
C
 
C
A
 
T
R
 
Q
R
 
L
V
 
R
A
 
A
W
 
W
T
 
Q
-
 
Q
-
 
Q
G
 
G
E
 
R
V
 
A
P
 
A
D
 
D
G
 
D
F
 
L
V
 
T
M
 
L
S
 
S
V
 
V
N
|
N
V
 
I
A
 
S
P
 
T
R
 
R
Q
 
Q
L
 
F
Q
 
E
N
 
G
P
 
E
R
 
H
F
 
L
D
 
T
R
 
R
D
 
A
V
 
V
L
 
D
A
 
R
V
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
R
T
 
S
G
 
G
L
 
L
A
 
R
P
 
P
H
 
D
L
 
C
L
 
L
E
 
E
L
 
L
E
|
E
L
 
I
T
 
T
E
 
E
S
 
N
T
 
V
V
 
M
L
 
L
L
 
V
P
 
M
D
 
T
A
 
D
R
 
E
T
 
V
V
 
R
A
 
T
A
 
C
L
 
L
R
 
D
R
 
A
L
 
L
R
 
R
A
 
A
A
 
R
G
 
G
V
 
V
R
 
R
V
 
L
A
 
A
I
 
L
D
|
D
D
|
D
F
 
F
G
 
G
M
 
T
G
 
G
H
 
Y
A
 
S
S
 
S
L
 
L
R
 
S
Y
 
Y
L
 
L
R
 
S
D
 
Q
F
 
L
P
 
P
V
 
F
D
 
H
T
 
G
V
 
L
K
 
K
I
 
I
D
 
D
R
x
Q
S
 
S
L
 
F
T
 
V
E
 
R
A
 
K
S
 
I
H
 
P
G
 
A
D
 
H
V
 
P
N
 
S
E
 
E
-
 
T
H
 
Q
I
 
I
V
 
V
R
 
T
S
 
T
I
 
I
V
 
L
E
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
R
S
 
G
L
 
L
D
 
G
I
 
M
T
 
E
T
 
V
L
 
V
V
 
A
E
|
E
G
|
G
V
 
I
E
|
E
R
 
T
R
 
A
E
 
Q
Q
 
Q
F
 
Y
E
 
A
R
 
F
F
 
L
V
 
R
E
 
D
L
 
R
G
 
G
C
 
C
L
 
E
V
 
F
F
 
G
Q
 
Q
G
|
G
Y
x
N
L
 
L
F
 
M
S
 
S
R
 
T
P
 
P

5m1tA Pamucr phosphodiesterase, c-di-gmp complex (see paper)
39% identity, 32% coverage: 494:738/762 of query aligns to 2:247/247 of 5m1tA

query
sites
5m1tA
S
 
Q
L
 
L
A
 
L
N
 
H
D
 
D
L
 
L
A
 
R
A
 
Q
A
 
A
L
 
L
A
 
E
R
 
R
N
 
R
G
 
-
E
 
Q
V
 
L
F
 
V
L
 
L
E
 
H
Y
 
Y
Q
|
Q
P
 
P
Q
 
K
I
 
V
R
 
L
M
 
A
-
 
P
D
 
N
G
 
G
R
 
P
A
 
M
H
 
I
G
 
G
A
 
V
E
|
E
A
 
A
L
|
L
L
 
L
R
|
R
W
 
W
H
 
E
H
 
H
P
 
P
A
 
Q
Y
 
H
G
 
G
R
 
L
I
 
I
A
 
T
P
|
P
P
 
G
I
 
Q
T
 
F
V
x
L
A
 
P
L
 
L
A
 
A
E
 
E
D
 
K
T
 
T
G
 
G
I
 
L
I
 
I
D
 
V
R
 
Q
L
 
I
G
 
G
M
 
E
F
 
W
V
|
V
L
 
L
H
 
D
R
 
E
A
 
A
C
 
C
A
 
R
R
 
Q
R
 
M
V
 
R
A
 
L
W
 
W
T
 
L
G
 
D
E
 
G
V
 
G
P
 
H
D
 
A
G
 
D
F
 
W
V
 
N
M
 
I
S
 
A
V
 
V
N
|
N
V
 
L
A
 
S
P
 
A
R
 
L
Q
 
Q
L
 
F
Q
 
A
N
 
H
P
 
A
R
 
G
F
 
L
D
 
V
R
 
D
D
 
S
V
 
V
L
 
R
A
 
N
V
 
A
L
 
L
A
 
L
R
 
R
T
 
H
G
 
S
L
 
L
A
 
E
P
 
P
H
 
S
L
 
H
L
 
L
E
 
I
L
 
L
E
|
E
L
 
V
T
 
T
E
 
E
S
 
S
T
 
T
V
 
A
L
 
M
L
 
R
P
 
D
D
 
A
A
 
D
R
 
A
T
 
S
V
 
L
A
 
V
A
 
I
L
 
L
R
 
E
R
 
Q
L
 
L
R
 
S
A
 
A
A
 
M
G
 
G
V
 
V
R
 
G
V
 
I
A
 
S
I
 
I
D
|
D
D
|
D
F
 
F
G
 
G
M
 
T
G
 
G
H
 
Y
A
 
S
S
 
S
L
 
L
R
 
L
Y
 
Y
L
 
L
R
 
K
D
 
R
F
 
L
P
 
P
V
 
A
D
 
S
T
 
E
V
 
L
K
 
K
I
 
I
D
 
D
R
|
R
S
 
G
-
 
F
L
 
I
T
 
N
E
 
E
A
 
L
S
 
A
H
 
H
G
 
D
D
 
S
V
 
D
N
 
D
E
 
A
H
 
A
I
 
I
V
 
V
R
 
S
S
 
A
I
 
I
V
 
V
E
 
A
L
 
L
A
 
G
R
 
R
S
 
T
L
 
L
D
 
N
I
 
L
T
 
K
T
 
I
L
 
V
V
 
A
E
|
E
G
|
G
V
 
V
E
|
E
R
 
T
R
 
E
E
 
A
Q
 
Q
F
 
Q
E
 
E
R
 
F
F
 
L
V
 
T
E
 
R
L
 
L
G
 
G
C
 
C
L
 
N
V
 
S
F
 
L
Q
 
Q
G
|
G
Y
x
F
L
 
L
F
 
L
S
 
G
R
 
R
P
 
P
V
 
M
R
 
P
A
 
A
V
 
E
Q
 
Q
C
 
L
L
 
L

3qnqD Crystal structure of the transporter chbc, the iic component from the n,n'-diacetylchitobiose-specific phosphotransferase system (see paper)
27% identity, 54% coverage: 46:454/762 of query aligns to 10:424/436 of 3qnqD

query
sites
3qnqD
V
 
V
T
 
A
E
 
G
R
 
K
V
 
V
A
 
A
D
 
E
Q
 
Q
P
 
R
V
 
H
V
 
L
I
 
L
A
 
A
V
 
I
Q
 
R
R
x
D
A
 
G
L
 
L
A
 
V
L
 
L
V
 
T
L
 
M
P
|
P
L
 
F
V
 
L
T
 
I
V
 
I
G
 
G
A
 
S
F
 
I
A
 
F
L
 
L
M
 
I
V
 
I
R
 
S
H
 
T
T
 
L
P
 
P
F
 
I
P
 
P
L
 
G
L
 
Y
R
 
S
A
 
E
A
 
F
L
 
M
D
 
A
A
 
S
L
 
L
F
 
F
G
 
G
P
 
K
A
 
N
W
 
W
I
 
N
T
 
V
M
 
A
G
 
L
D
 
G
A
 
Y
L
 
P
V
 
V
S
 
S
G
 
A
T
 
T
F
 
F
G
 
N
I
 
I
A
 
M
S
 
A
L
 
L
A
 
I
V
 
A
L
 
V
C
 
F
A
 
G
F
 
I
S
 
A
G
 
Y
T
x
R
M
 
L
A
 
G
M
 
E
V
 
Y
Y
 
Y
N
 
K
Q
 
-
R
 
-
R
 
-
G
 
-
G
 
-
Q
 
-
F
 
-
V
 
V
S
 
D
P
 
A
V
 
L
M
 
A
S
 
S
A
 
G
I
 
A
V
 
L
V
 
S
L
 
L
A
 
V
C
 
T
F
 
F
F
 
L
V
 
L
V
 
A
T
 
T
-
 
P
-
 
F
N
 
Q
P
 
V
A
 
A
S
 
Y
D
 
I
M
 
M
P
 
P
-
 
G
W
 
T
R
 
K
D
 
E
M
 
S
F
 
I
S
 
L
M
 
V
D
 
D
-
 
G
-
 
V
-
 
I
-
 
P
-
 
A
-
 
A
-
 
L
-
 
M
-
 
G
-
 
S
R
 
Q
G
 
G
L
 
L
L
 
F
L
 
V
A
 
A
F
 
M
M
 
I
V
 
I
S
 
A
V
 
I
G
 
I
G
 
S
A
 
T
W
 
E
L
 
I
F
 
Y
L
 
-
R
 
R
L
 
F
S
 
L
D
 
V
V
 
Q
K
 
K
R
 
K
L
 
M
Q
 
I
L
 
I
P
 
K
L
 
M
E
 
P
A
 
E
V
 
T
G
 
V
H
 
P
D
x
P
P
 
A
V
 
V
V
 
T
R
|
R
D
 
S
I
 
F
L
 
A
T
 
A
V
 
L
M
 
I
P
 
P
A
 
-
G
 
G
M
 
F
L
 
I
T
 
V
I
 
V
V
 
T
A
 
V
F
 
V
G
 
W
L
 
I
L
 
I
R
 
R
V
 
L
G
 
I
L
 
F
V
 
E
D
 
H
S
 
T
G
 
T
I
 
F
P
 
G
D
 
S
L
 
I
H
 
H
G
 
N
A
 
V
L
 
V
R
 
G
S
 
K
G
 
L
M
 
L
T
 
Q
R
 
E
P
 
P
F
 
L
I
 
S
E
 
I
G
 
L
G
 
G
N
 
A
T
 
S
L
 
L
G
 
W
L
 
G
G
 
A
L
 
V
L
 
I
Y
 
A
T
 
V
G
 
I
L
 
L
S
 
V
Q
 
H
V
 
V
L
 
L
W
 
W
F
 
A
F
 
C
G
 
G
A
 
I
H
 
H
G
 
G
P
 
A
N
 
T
L
 
I
L
 
V
F
 
G
P
 
G
I
 
V
E
 
M
D
 
S
A
 
P
I
 
I
F
 
W
A
 
L
P
 
S
A
 
L
G
 
M
A
 
D
A
 
Q
N
 
N
A
 
R
A
 
I
A
 
A
L
 
F
A
 
Q
T
 
A
G
 
G
Q
 
Q
V
 
D
P
 
V
P
 
P
F
 
N
V
 
T
L
 
I
T
 
T
K
 
A
T
 
Q
F
 
F
F
 
F
D
 
D
V
 
L
F
 
W
T
 
I
R
 
Y
M
 
M
G
 
G
G
 
G
S
 
S
G
 
G
S
 
A
T
 
T
L
 
L
C
 
A
L
 
L
I
 
V
A
 
V
A
 
G
I
 
M
L
 
L
Y
 
L
A
 
F
S
 
A
R
 
R
D
 
S
S
 
Q
G
 
Q
T
 
L
R
 
K
R
 
S
L
 
L
A
 
G
L
 
R
V
 
L
A
 
S
L
 
I
L
 
A
P
 
P
A
 
G
L
 
I
C
 
F
N
 
N
V
 
I
N
 
N
E
 
E
P
 
M
L
 
V
L
 
T
F
 
F
G
 
G
L
 
M
P
 
P
L
 
I
V
 
V
M
 
M
N
 
N
P
 
P
V
 
L
Y
 
L
L
 
L
I
 
I
P
 
P
F
 
F
L
 
I
L
 
V
V
 
V
P
 
P
L
 
V
A
 
V
Q
 
L
T
 
T
A
 
I
A
 
V
A
 
S
H
 
Y
A
 
F
A
 
A
T
 
M
L
 
E
L
 
W
H
 
G
L
 
L
V
 
V
P
 
A
Y
 
R
-
 
P
T
 
S
L
 
G
P
 
A
D
 
A
V
 
V
V
 
T
W
 
W
T
 
T
T
 
T
P
 
P
P
 
I
L
 
L
L
 
F
N
 
S
G
 
G
Y
 
Y
A
 
L
A
 
G
T
 
S
-
 
G
G
 
G
S
 
K
V
 
I
A
 
S
G
 
G
S
 
V
L
 
I
M
 
L
Q
 
Q
A
 
L
L
 
V
N
 
N
L
 
F
G
 
A
L
 
L
G
 
A
V
 
F
A
 
V
L
 
I
Y
 
Y
L
 
L
P
 
P
F
 
F
V
 
L
R
 
K
A
 
I
S
 
W
D
 
D
A
 
K
L
 
Q
R
 
K

P76129 Oxygen sensor protein DosP; Direct oxygen-sensing phosphodiesterase; Direct oxygen sensor protein; Ec DOS; Heme-regulated cyclic di-GMP phosphodiesterase; EC 3.1.4.52 from Escherichia coli (strain K12) (see 6 papers)
34% identity, 32% coverage: 499:744/762 of query aligns to 544:790/799 of P76129

query
sites
P76129
L
 
L
A
 
G
A
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
K
R
 
E
-
 
A
-
 
I
-
 
S
N
 
N
G
 
N
E
 
Q
V
 
L
F
 
K
L
 
L
E
 
V
Y
 
Y
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
Q
I
 
I
R
 
F
M
 
A
D
 
E
-
 
T
G
 
G
R
 
E
A
 
L
H
 
Y
G
 
G
A
 
I
E
 
E
A
 
A
L
 
L
L
 
A
R
 
R
W
 
W
H
|
H
H
 
D
P
 
P
A
 
L
Y
x
H
G
 
G
R
 
H
I
 
V
A
 
P
P
 
P
P
 
S
I
 
R
T
 
F
V
 
I
A
 
P
L
 
L
A
 
A
E
 
E
D
 
E
T
 
I
G
 
G
I
 
E
I
 
I
D
 
E
R
 
N
L
 
I
G
 
G
M
 
R
F
 
W
V
 
V
L
 
I
H
 
A
R
 
E
A
 
A
C
 
C
A
 
R
R
 
Q
R
 
L
V
 
A
A
 
E
W
 
W
T
 
R
G
 
S
E
 
Q
V
 
N
P
 
I
D
 
H
G
 
I
F
 
P
V
 
A
M
 
L
S
 
S
V
 
V
N
 
N
V
 
L
A
 
S
P
 
A
R
 
L
Q
 
H
L
 
F
Q
 
R
N
 
S
P
 
N
R
 
Q
F
 
L
D
 
P
R
 
N
D
 
Q
V
 
V
L
 
S
A
 
D
V
 
A
L
 
M
A
 
H
R
 
A
T
 
W
G
 
G
L
 
I
A
 
D
P
 
G
H
 
H
L
 
Q
L
 
L
E
 
T
L
 
V
E
 
E
L
 
I
T
 
T
E
 
E
S
 
S
T
 
M
V
 
M
L
 
M
L
 
E
P
 
H
D
 
D
A
 
T
R
 
E
T
 
I
V
 
F
A
 
K
A
 
R
L
 
I
R
 
Q
R
 
I
L
 
L
R
 
R
A
 
D
A
 
M
G
 
G
V
 
V
R
 
G
V
 
L
A
 
S
I
 
V
D
 
D
D
 
D
F
 
F
G
 
G
M
 
T
G
 
G
H
 
F
A
 
S
S
 
G
L
 
L
R
 
S
Y
 
R
L
 
L
R
 
V
D
 
S
F
 
L
P
 
P
V
 
V
D
 
T
T
 
E
V
 
I
K
 
K
I
 
I
D
 
D
R
 
K
S
 
S
L
 
F
T
 
V
E
 
D
A
 
R
S
 
C
H
 
-
G
 
-
D
 
-
V
 
L
N
 
T
E
 
E
H
 
K
-
 
R
-
 
I
-
 
L
-
 
A
I
 
L
V
 
L
R
 
E
S
 
A
I
 
I
V
 
T
E
 
S
L
 
I
A
 
G
R
 
Q
S
 
S
L
 
L
D
 
N
I
 
L
T
 
T
T
 
V
L
 
V
V
 
A
E
 
E
G
 
G
V
 
V
E
 
E
R
 
T
R
 
K
E
 
E
Q
 
Q
F
 
F
E
 
E
R
 
M
F
 
L
V
 
R
E
 
K
L
 
I
G
 
H
C
 
C
L
 
R
V
 
V
F
 
I
Q
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
L
 
F
F
 
F
S
 
S
R
 
R
P
 
P
V
 
L
R
 
P
A
 
A
V
 
-
Q
 
-
C
 
-
L
 
-
E
 
E
V
 
E
V
 
I
S
 
P
G
 
G
W
 
W

Sites not aligning to the query:

Q9HX69 Cyclic di-GMP phosphodiesterase RocR; c-di-GMP PDE; Response regulator RocR; EC 3.1.4.52 from Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (see 3 papers)
36% identity, 31% coverage: 506:743/762 of query aligns to 153:391/392 of Q9HX69

query
sites
Q9HX69
N
 
N
G
 
G
E
 
E
V
 
F
F
 
E
L
 
A
E
 
Y
Y
 
Y
Q
|
Q
P
 
P
Q
 
K
I
 
V
R
 
A
M
 
L
D
 
D
G
 
G
R
 
G
A
 
G
H
 
L
-
 
I
G
 
G
A
 
A
E
|
E
A
 
V
L
 
L
L
 
A
R
|
R
W
 
W
H
 
N
H
 
H
P
 
P
A
 
H
Y
 
L
G
 
G
R
 
V
I
 
L
A
 
P
P
 
P
P
 
S
I
 
H
T
 
F
V
 
L
A
 
Y
L
 
V
A
 
M
E
 
E
D
 
T
T
 
Y
G
 
N
I
 
L
I
 
V
D
 
D
R
 
K
L
 
L
-
 
F
-
 
W
G
 
Q
M
 
L
F
 
F
V
 
S
L
 
Q
H
 
G
R
 
L
A
 
A
C
 
T
A
 
R
R
 
R
R
 
K
V
 
L
A
 
A
W
 
Q
T
 
L
G
 
G
E
 
Q
V
 
P
P
 
I
D
 
N
G
 
-
F
 
-
V
 
-
M
 
L
S
 
A
V
 
F
N
|
N
V
 
V
A
 
H
P
 
P
R
 
S
Q
 
Q
L
 
L
Q
 
G
N
 
S
P
 
R
R
 
A
F
 
L
D
 
A
R
 
E
D
 
N
V
 
I
L
 
S
A
 
A
V
 
L
L
 
L
A
 
T
R
 
E
T
 
F
G
 
H
L
 
L
A
 
P
P
 
P
H
 
S
L
 
S
L
 
V
E
 
M
L
 
F
E
|
E
L
 
I
T
|
T
E
|
E
S
 
T
T
 
G
V
 
L
L
 
I
L
 
S
P
 
A
D
 
P
A
 
A
R
 
S
T
 
S
V
 
L
A
 
E
A
 
N
L
 
L
R
 
V
R
 
R
L
 
L
R
|
R
A
 
I
A
 
M
G
 
G
V
 
C
R
 
G
V
 
L
A
 
A
I
 
M
D
|
D
D
|
D
F
|
F
G
 
G
M
 
A
G
 
G
H
 
Y
A
x
S
S
 
S
L
 
L
R
 
D
Y
 
R
L
 
L
R
 
C
D
 
E
F
 
F
P
 
P
V
 
F
D
 
S
T
 
Q
V
 
I
K
|
K
I
 
L
D
|
D
R
 
R
S
 
T
L
 
F
T
 
V
E
 
Q
A
 
K
S
 
M
H
 
K
G
 
T
D
 
Q
V
 
P
N
 
R
E
 
S
-
 
C
H
 
A
I
 
V
V
 
I
R
 
S
S
 
S
I
 
V
V
 
V
E
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
Q
S
 
A
L
 
L
D
 
G
I
 
I
T
 
S
T
 
L
L
 
V
V
 
V
E
|
E
G
 
G
V
 
V
E
|
E
R
 
S
R
 
D
E
 
E
Q
 
Q
F
 
R
E
 
V
R
 
R
F
 
L
V
 
I
E
 
E
L
 
L
G
 
G
C
 
C
L
 
S
V
 
I
F
 
A
Q
|
Q
G
 
G
Y
 
Y
L
 
L
F
 
F
S
 
A
R
 
R
P
 
P
V
 
M
R
 
P
A
 
E
V
 
Q
Q
 
H
C
 
F
L
 
L
E
 
D
V
 
Y
V
 
C
S
 
S
G
 
G

Sites not aligning to the query:

3sy8B Crystal structure of the response regulator rocr (see paper)
35% identity, 31% coverage: 506:743/762 of query aligns to 153:391/392 of 3sy8B

query
sites
3sy8B
N
 
N
G
 
G
E
 
E
V
 
F
F
 
E
L
 
A
E
 
Y
Y
 
Y
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
K
I
 
V
R
 
A
M
 
L
D
 
D
G
 
G
R
 
G
A
 
G
H
 
L
-
 
I
G
 
G
A
 
A
E
|
E
A
 
V
L
 
L
L
 
A
R
 
R
W
 
W
H
 
N
H
 
H
P
 
P
A
 
H
Y
 
L
G
 
G
R
 
V
I
 
L
A
 
P
P
 
P
P
 
S
I
 
H
T
 
F
V
 
L
A
 
Y
L
 
V
A
 
M
E
 
E
D
 
T
T
 
Y
G
 
N
I
 
L
I
 
V
D
 
D
R
 
K
L
 
L
-
 
F
-
 
W
G
 
Q
M
 
L
F
 
F
V
 
S
L
 
Q
H
 
G
R
 
L
A
 
A
C
 
T
A
 
R
R
 
R
R
 
K
V
 
L
A
 
A
W
 
Q
T
 
L
G
 
G
E
 
Q
V
 
P
P
 
I
D
 
N
G
 
-
F
 
-
V
 
-
M
 
L
S
 
A
V
 
F
N
|
N
V
 
V
A
 
H
P
 
P
R
 
S
Q
 
Q
L
 
L
Q
 
G
N
 
S
P
 
R
R
 
A
F
 
L
D
 
A
R
 
E
D
 
N
V
 
I
L
 
S
A
 
A
V
 
L
L
 
L
A
 
T
R
 
E
T
 
F
G
 
H
L
 
L
A
 
P
P
 
P
H
 
S
L
 
S
L
 
V
E
 
M
L
 
F
E
|
E
L
 
I
T
 
T
E
 
E
S
 
T
T
 
G
V
 
L
L
 
I
L
 
S
P
 
A
D
 
P
A
 
A
R
 
S
T
 
S
V
 
L
A
 
E
A
 
N
L
 
L
R
 
V
R
 
R
L
 
L
R
 
W
A
 
I
A
 
M
G
 
G
V
 
C
R
 
G
V
 
L
A
 
A
I
 
M
D
|
D
D
 
D
F
 
F
G
 
G
M
 
A
G
 
G
H
 
Y
A
 
S
S
 
S
L
 
L
R
 
D
Y
 
R
L
 
L
R
 
C
D
 
E
F
 
F
P
 
P
V
 
F
D
 
S
T
 
Q
V
 
I
K
 
K
I
 
L
D
 
D
R
 
R
S
 
T
L
 
F
T
 
V
E
 
Q
A
 
K
S
 
M
H
 
K
G
 
T
D
 
Q
V
 
P
N
 
R
E
 
S
-
 
C
H
 
A
I
 
V
V
 
I
R
 
S
S
 
S
I
 
V
V
 
V
E
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
Q
S
 
A
L
 
L
D
 
G
I
 
I
T
 
S
T
 
L
L
 
V
V
 
V
E
 
E
G
 
G
V
 
V
E
 
E
R
 
S
R
 
D
E
 
E
Q
 
Q
F
 
R
E
 
V
R
 
R
F
 
L
V
 
I
E
 
E
L
 
L
G
 
G
C
 
C
L
 
S
V
 
I
F
 
A
Q
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
L
 
L
F
 
F
S
 
A
R
 
R
P
 
P
V
 
M
R
 
P
A
 
E
V
 
Q
Q
 
H
C
 
F
L
 
L
E
 
D
V
 
Y
V
 
C
S
 
S
G
 
G

3sy8D Crystal structure of the response regulator rocr (see paper)
35% identity, 32% coverage: 506:747/762 of query aligns to 126:368/371 of 3sy8D

query
sites
3sy8D
N
 
N
G
 
G
E
 
E
V
 
F
F
 
E
L
 
A
E
 
Y
Y
 
Y
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
K
I
 
V
R
 
A
M
 
L
D
 
D
G
 
G
R
 
G
A
 
G
H
 
L
-
 
I
G
 
G
A
 
A
E
|
E
A
 
V
L
 
L
L
 
A
R
 
R
W
 
W
H
 
N
H
 
H
P
 
P
A
 
H
Y
 
L
G
 
G
R
 
V
I
 
L
A
 
P
P
 
P
P
 
S
I
 
H
T
 
F
V
 
L
A
 
Y
L
 
V
A
 
M
E
 
E
D
 
T
T
 
Y
G
 
N
I
 
L
I
 
V
D
 
D
R
 
K
L
 
L
-
 
F
-
 
W
G
 
Q
M
 
L
F
 
F
V
 
S
L
 
Q
H
 
G
R
 
L
A
 
A
C
 
T
A
 
R
R
 
R
R
 
K
V
 
L
A
 
A
W
 
Q
T
 
L
G
 
G
E
 
Q
V
 
P
P
 
I
D
 
N
G
 
-
F
 
-
V
 
-
M
 
L
S
 
A
V
 
F
N
|
N
V
 
V
A
 
H
P
 
P
R
 
S
Q
 
Q
L
 
L
Q
 
G
N
 
S
P
 
R
R
 
A
F
 
L
D
 
A
R
 
E
D
 
N
V
 
I
L
 
S
A
 
A
V
 
L
L
 
L
A
 
T
R
 
E
T
 
F
G
 
H
L
 
L
A
 
P
P
 
P
H
 
S
L
 
S
L
 
V
E
 
M
L
 
F
E
|
E
L
 
I
T
 
T
E
 
E
S
 
T
T
 
G
V
 
L
L
 
I
L
 
S
P
 
A
D
 
P
A
 
A
R
 
S
T
 
S
V
 
L
A
 
E
A
 
N
L
 
L
R
 
V
R
 
R
L
 
L
R
 
W
A
 
I
A
 
M
G
 
G
V
 
C
R
 
G
V
 
L
A
 
A
I
 
M
D
|
D
D
 
D
F
 
F
G
 
G
M
 
A
G
 
G
H
 
Y
A
 
S
S
 
S
L
 
L
R
 
D
Y
 
R
L
 
L
R
 
C
D
 
E
F
 
F
P
 
P
V
 
F
D
 
S
T
 
Q
V
 
I
K
 
K
I
 
L
D
 
D
R
 
R
S
 
T
L
 
F
T
 
V
E
 
Q
A
 
K
S
 
M
H
 
K
G
 
T
D
 
Q
V
 
P
N
 
R
E
 
S
-
 
C
H
 
A
I
 
V
V
 
I
R
 
S
S
 
S
I
 
V
V
 
V
E
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
Q
S
 
A
L
 
L
D
 
G
I
 
I
T
 
S
T
 
L
L
 
V
V
 
V
E
 
E
G
 
G
V
 
V
E
 
E
R
 
S
R
 
D
E
 
E
Q
 
Q
F
 
R
E
 
V
R
 
R
F
 
L
V
 
I
E
 
E
L
 
L
G
 
G
C
 
C
L
 
S
V
 
I
F
 
A
Q
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
L
 
L
F
 
F
S
 
A
R
 
R
P
 
P
V
 
M
R
 
P
A
 
E
V
 
Q
Q
 
H
C
 
F
L
 
L
E
 
D
V
 
Y
V
 
C
S
 
S
G
 
G
W
 
S
G
 
L
G
 
E
H
 
H

6hq7A Structure of eal enzyme bd1971 - cgmp bound form (see paper)
32% identity, 33% coverage: 480:732/762 of query aligns to 102:366/377 of 6hq7A

query
sites
6hq7A
K
 
K
C
x
R
I
x
L
D
 
R
R
|
R
P
 
P
G
 
G
E
 
-
Q
 
G
G
 
S
R
 
R
I
 
I
A
 
S
S
 
S
S
 
A
L
 
L
-
 
D
-
 
Q
-
 
I
-
 
K
-
 
L
A
 
E
N
 
N
D
 
Q
L
 
I
A
 
F
A
 
Q
A
 
A
L
 
F
A
 
-
R
 
Q
N
 
N
G
 
K
E
 
E
V
 
F
F
 
E
L
 
L
E
 
F
Y
 
Y
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
I
I
 
V
R
 
N
M
 
L
D
 
K
G
 
N
R
 
K
A
 
T
-
 
I
H
 
T
G
 
G
A
 
C
E
|
E
A
 
A
L
 
L
L
 
L
R
 
R
W
 
W
H
 
N
H
 
S
P
 
P
A
 
Q
Y
 
H
G
 
G
R
 
L
I
 
V
A
 
S
P
 
P
P
 
N
I
 
L
T
 
F
V
 
I
A
 
D
L
 
I
A
 
I
E
 
E
D
 
N
T
 
S
G
 
S
I
 
M
I
 
V
D
 
I
R
 
P
L
 
I
G
 
G
M
 
H
F
 
W
V
 
I
L
 
I
H
 
N
R
 
Q
A
 
A
C
 
L
A
 
K
R
 
D
-
 
L
-
 
R
-
 
T
-
 
I
-
 
Q
-
 
D
-
 
Q
-
 
L
R
 
R
V
 
L
A
 
N
W
 
K
T
 
K
G
 
E
E
 
R
V
 
M
P
 
A
D
 
D
G
 
D
F
 
F
V
 
M
M
 
M
S
 
S
V
 
I
N
 
N
V
 
I
A
 
S
P
 
G
R
 
R
Q
 
Q
L
 
F
Q
 
T
N
 
H
P
 
S
R
 
D
F
 
F
D
 
V
R
 
N
D
 
N
V
 
L
L
 
E
A
 
D
V
 
L
L
 
R
A
 
E
R
 
K
T
 
H
G
 
D
L
 
L
A
 
H
P
 
T
H
 
Q
L
 
N
L
 
I
E
 
K
L
 
L
E
|
E
L
 
M
T
 
T
E
 
E
S
 
R
T
 
-
V
 
I
L
 
M
L
 
M
P
 
D
D
 
G
A
 
A
R
 
I
T
 
A
V
 
I
A
 
D
A
 
A
L
 
L
R
 
N
R
 
Q
L
 
C
R
 
R
A
 
S
A
 
L
G
 
G
V
 
Y
R
 
A
V
 
I
A
 
S
I
 
I
D
|
D
D
 
D
F
 
F
G
 
G
M
 
T
G
 
G
H
 
F
A
 
S
S
 
G
L
 
L
R
 
Q
Y
 
Y
L
 
L
R
 
T
D
 
Q
F
 
M
P
 
P
V
 
I
D
 
S
T
 
F
V
 
L
K
 
K
I
 
I
D
 
D
R
 
R
S
 
S
L
 
F
T
 
V
E
 
M
A
 
K
S
 
I
H
 
L
G
 
S
D
 
D
-
 
P
V
 
K
N
 
S
E
 
K
H
 
A
I
 
V
V
 
V
R
 
S
S
 
S
I
 
I
V
 
I
E
 
H
L
 
L
A
 
A
R
 
H
S
 
A
L
 
M
D
 
D
I
 
I
T
 
E
T
 
V
L
 
I
V
 
A
E
 
E
G
 
G
V
 
I
E
 
E
R
 
H
R
 
H
E
 
E
Q
 
E
F
 
A
E
 
L
R
 
V
F
 
L
V
 
E
E
 
T
L
 
L
G
 
G
C
 
A
L
 
R
V
 
F
F
 
G
Q
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
L
 
L
F
 
F
S
 
S
R
 
K
P
 
P
V
 
V

Sites not aligning to the query:

4hjfA Eal domain of phosphodiesterase pdea in complex with c-di-gmp and ca++
35% identity, 32% coverage: 494:740/762 of query aligns to 6:254/263 of 4hjfA

query
sites
4hjfA
S
 
A
L
 
L
A
 
E
N
 
A
D
 
D
L
 
L
A
 
R
A
 
G
A
 
A
L
 
I
A
 
G
R
 
R
N
 
-
G
 
G
E
 
E
V
 
I
F
 
T
L
 
P
E
 
Y
Y
 
F
Q
|
Q
P
 
P
Q
 
I
I
 
V
R
 
R
M
 
L
D
 
S
-
 
T
G
 
G
R
 
A
A
 
L
H
 
S
G
 
G
A
 
F
E
|
E
A
 
A
L
|
L
L
x
A
R
|
R
W
 
W
H
 
I
H
 
H
P
 
P
A
 
R
Y
 
R
G
 
G
R
 
M
I
 
L
A
 
P
P
|
P
P
 
D
I
 
E
T
 
F
V
x
L
A
 
P
L
 
L
A
 
I
E
 
E
D
 
E
T
 
M
G
 
G
I
 
L
I
 
M
D
 
S
R
 
E
L
 
L
G
 
G
M
 
A
F
 
H
V
x
M
L
 
M
H
 
H
R
 
A
A
 
A
C
 
A
A
 
Q
R
 
Q
R
 
L
V
 
S
A
 
T
W
 
W
T
 
R
G
 
A
E
 
A
V
 
H
P
 
P
-
 
A
-
 
M
D
 
G
G
 
N
F
 
L
V
 
T
M
 
V
S
 
S
V
 
V
N
|
N
V
 
L
A
x
S
P
 
T
R
 
G
Q
 
E
L
 
I
Q
 
D
N
 
R
P
 
P
R
 
G
F
 
L
D
 
V
R
 
A
D
 
D
V
 
V
L
 
A
A
 
E
V
 
T
L
 
L
A
 
R
R
 
V
T
 
N
G
 
R
L
 
L
A
 
P
P
 
R
H
 
G
L
 
A
L
 
L
E
 
K
L
 
L
E
|
E
L
 
V
T
 
T
E
 
E
S
 
S
T
 
D
V
 
I
L
 
M
L
 
R
P
 
D
D
 
P
A
 
E
R
 
R
T
 
A
V
 
A
A
 
V
A
 
I
L
 
L
R
 
K
R
 
T
L
 
L
R
 
R
A
 
D
A
 
A
G
 
G
V
 
A
R
 
G
V
 
L
A
 
A
I
 
L
D
|
D
D
 
D
F
 
F
G
 
G
M
 
T
G
 
G
H
 
F
A
 
S
S
 
S
L
 
L
R
 
S
Y
 
Y
L
 
L
R
 
T
D
 
R
F
 
L
P
 
P
V
 
F
D
 
D
T
 
T
V
 
L
K
 
K
I
 
I
D
 
D
R
|
R
S
 
Y
L
 
F
T
 
V
E
 
R
A
 
T
S
 
M
H
 
G
G
 
N
D
 
N
V
 
A
N
 
G
E
 
S
-
 
A
H
 
K
I
 
I
V
 
V
R
 
R
S
 
S
I
 
V
V
 
V
E
 
K
L
 
L
A
 
G
R
 
Q
S
 
D
L
 
L
D
 
D
I
 
L
T
 
E
T
 
V
L
 
V
V
 
A
E
|
E
G
|
G
V
 
V
E
|
E
R
 
N
R
 
A
E
 
E
Q
 
M
F
 
A
E
 
H
R
 
A
F
 
L
V
 
Q
E
 
S
L
 
L
G
 
G
C
 
C
L
 
D
V
 
Y
F
 
G
Q
 
Q
G
|
G
Y
x
F
L
 
G
F
 
Y
S
 
A
R
 
-
P
 
P
V
 
A
R
 
L
A
 
S
V
 
P
Q
 
Q
C
 
E
L
 
A
E
 
E
V
 
V

3u2eA Eal domain of phosphodiesterase pdea in complex with 5'-pgpg and mg++
35% identity, 32% coverage: 494:740/762 of query aligns to 4:252/260 of 3u2eA

query
sites
3u2eA
S
 
A
L
 
L
A
 
E
N
 
A
D
 
D
L
 
L
A
 
R
A
 
G
A
 
A
L
 
I
A
 
G
R
 
R
N
 
-
G
 
G
E
 
E
V
 
I
F
 
T
L
 
P
E
 
Y
Y
 
F
Q
|
Q
P
 
P
Q
 
I
I
 
V
R
 
R
M
 
L
D
 
S
-
 
T
G
 
G
R
 
A
A
 
L
H
 
S
G
 
G
A
 
F
E
|
E
A
 
A
L
|
L
L
x
A
R
|
R
W
 
W
H
 
I
H
 
H
P
 
P
A
 
R
Y
 
R
G
 
G
R
 
M
I
 
L
A
 
P
P
|
P
P
 
D
I
 
E
T
 
F
V
x
L
A
 
P
L
 
L
A
 
I
E
 
E
D
 
E
T
 
M
G
 
G
I
 
L
I
 
M
D
 
S
R
 
E
L
 
L
G
 
G
M
 
A
F
 
H
V
x
M
L
 
M
H
 
H
R
 
A
A
 
A
C
 
A
A
 
Q
R
 
Q
R
 
L
V
 
S
A
 
T
W
 
W
T
 
R
G
 
A
E
 
A
V
 
H
P
 
P
-
 
A
-
 
M
D
 
G
G
 
N
F
 
L
V
 
T
M
 
V
S
 
S
V
 
V
N
|
N
V
 
L
A
x
S
P
 
T
R
 
G
Q
 
E
L
 
I
Q
 
D
N
 
R
P
 
P
R
 
G
F
 
L
D
 
V
R
 
A
D
 
D
V
 
V
L
 
A
A
 
E
V
 
T
L
 
L
A
 
R
R
 
V
T
 
N
G
 
R
L
 
L
A
 
P
P
 
R
H
 
G
L
 
A
L
 
L
E
 
K
L
 
L
E
|
E
L
 
V
T
 
T
E
 
E
S
 
S
T
 
D
V
 
I
L
 
M
L
 
R
P
 
D
D
 
P
A
 
E
R
 
R
T
 
A
V
 
A
A
 
V
A
 
I
L
 
L
R
 
K
R
 
T
L
 
L
R
 
R
A
 
D
A
 
A
G
 
G
V
 
A
R
 
G
V
 
L
A
 
A
I
 
L
D
|
D
D
|
D
F
 
F
G
 
G
M
 
T
G
 
G
H
 
F
A
 
S
S
 
S
L
 
L
R
 
S
Y
 
Y
L
 
L
R
 
T
D
 
R
F
 
L
P
 
P
V
 
F
D
 
D
T
 
T
V
 
L
K
 
K
I
 
I
D
 
D
R
|
R
S
 
Y
L
 
F
T
 
V
E
 
R
A
 
T
S
 
M
H
 
G
G
 
N
D
 
N
V
 
A
N
 
G
E
 
S
-
 
A
H
 
K
I
 
I
V
 
V
R
 
R
S
 
S
I
 
V
V
 
V
E
 
K
L
 
L
A
 
G
R
 
Q
S
 
D
L
 
L
D
 
D
I
 
L
T
 
E
T
 
V
L
 
V
V
 
A
E
|
E
G
 
G
V
 
V
E
|
E
R
 
N
R
 
A
E
 
E
Q
 
M
F
 
A
E
 
H
R
 
A
F
 
L
V
 
Q
E
 
S
L
 
L
G
 
G
C
 
C
L
 
D
V
 
Y
F
 
G
Q
 
Q
G
|
G
Y
x
F
L
 
G
F
 
Y
S
 
A
R
 
-
P
 
P
V
 
A
R
 
L
A
 
S
V
 
P
Q
 
Q
C
 
E
L
 
A
E
 
E
V
 
V

6hq5A Structure of eal enzyme bd1971 - camp and cyclic-di-gmp bound form (see paper)
31% identity, 31% coverage: 494:732/762 of query aligns to 119:365/376 of 6hq5A

query
sites
6hq5A
S
 
K
L
 
L
A
 
E
N
 
N
D
 
Q
L
 
I
A
 
F
A
 
Q
A
 
A
L
 
F
A
 
-
R
 
Q
N
 
N
G
 
K
E
 
E
V
 
F
F
 
E
L
 
L
E
 
F
Y
 
Y
Q
|
Q
P
 
P
Q
 
I
I
 
V
R
 
N
M
 
L
D
 
K
G
 
N
R
 
K
A
 
T
-
 
I
H
 
T
G
 
G
A
 
C
E
|
E
A
 
A
L
|
L
L
 
L
R
|
R
W
 
W
H
 
N
H
 
S
P
 
P
A
 
Q
Y
 
H
G
 
G
R
 
L
I
 
V
A
 
S
P
 
P
P
 
N
I
 
L
T
 
F
V
 
I
A
 
D
L
 
I
A
 
I
E
 
E
D
 
N
T
 
S
G
 
S
I
 
M
I
 
V
D
 
I
R
 
P
L
 
I
G
 
G
M
 
H
F
 
W
V
 
I
L
 
I
H
 
N
R
 
Q
A
 
A
C
 
L
A
 
K
R
 
D
-
 
L
-
 
R
-
 
T
-
 
I
-
 
Q
-
 
D
-
 
Q
-
 
L
R
 
R
V
 
L
A
 
N
W
 
K
T
 
K
G
 
E
E
 
R
V
 
M
P
 
A
D
 
D
G
 
D
F
 
F
V
 
M
M
 
M
S
 
S
V
 
I
N
|
N
V
 
I
A
 
S
P
 
G
R
 
R
Q
 
Q
L
 
F
Q
 
T
N
 
H
P
 
S
R
 
D
F
 
F
D
 
V
R
 
N
D
 
N
V
 
L
L
 
E
A
 
D
V
 
L
L
 
R
A
 
E
R
 
K
T
 
H
G
 
D
L
 
L
A
 
H
P
 
T
H
 
Q
L
 
N
L
 
I
E
 
K
L
 
L
E
|
E
L
 
M
T
 
T
E
 
E
S
 
R
T
 
-
V
 
I
L
 
M
L
 
M
P
 
D
D
 
G
A
 
A
R
 
I
T
 
A
V
 
I
A
 
D
A
 
A
L
 
L
R
 
N
R
 
Q
L
 
C
R
 
R
A
 
S
A
 
L
G
 
G
V
 
Y
R
 
A
V
 
I
A
 
S
I
 
I
D
|
D
D
|
D
F
 
F
G
 
G
M
 
T
G
 
G
H
 
F
A
 
S
S
 
G
L
 
L
R
 
Q
Y
 
Y
L
 
L
R
 
T
D
 
Q
F
 
M
P
 
P
V
 
I
D
 
S
T
 
F
V
 
L
K
 
K
I
 
I
D
|
D
R
|
R
S
 
S
L
 
F
T
 
V
E
 
M
A
 
K
S
 
I
H
 
L
G
 
S
D
 
D
-
 
P
V
 
K
N
 
S
E
 
K
H
 
A
I
 
V
V
 
V
R
 
S
S
 
S
I
 
I
V
 
I
E
 
H
L
 
L
A
 
A
R
 
H
S
 
A
L
 
M
D
 
D
I
 
I
T
 
E
T
 
V
L
 
I
V
 
A
E
|
E
G
|
G
V
 
I
E
|
E
R
 
H
R
 
H
E
 
E
Q
 
E
F
 
A
E
 
L
R
 
V
F
 
L
V
 
E
E
 
T
L
 
L
G
 
G
C
 
A
L
 
R
V
 
F
F
 
G
Q
 
Q
G
|
G
Y
|
Y
L
 
L
F
 
F
S
 
S
R
 
K
P
 
P
V
 
V

Sites not aligning to the query:

4lj3A Crystal structure of the eal domain of c-di-gmp specific phosphodiesterase yaha in complex with substratE C-di-gmp and ca++ (see paper)
35% identity, 29% coverage: 512:732/762 of query aligns to 18:244/256 of 4lj3A

query
sites
4lj3A
E
 
E
Y
 
F
Q
 
K
P
 
P
Q
 
W
I
 
I
R
x
Q
-
 
P
-
x
V
-
 
F
-
 
C
-
 
A
M
 
Q
D
 
T
G
 
G
R
 
V
A
 
L
H
x
T
G
|
G
A
 
C
E
|
E
A
 
V
L
|
L
L
x
V
R
|
R
W
 
W
H
 
E
H
 
H
P
 
P
A
 
Q
Y
 
T
G
 
G
R
 
I
I
 
I
A
 
P
P
|
P
P
 
D
I
 
Q
T
 
F
V
 
I
A
 
P
L
 
L
A
 
A
E
 
E
D
 
S
T
 
S
G
 
G
I
 
L
I
 
I
D
 
V
R
 
I
L
 
M
G
 
T
M
 
R
F
 
Q
V
 
L
L
 
M
H
 
K
R
 
Q
A
 
T
C
 
A
A
 
D
R
 
I
R
 
L
V
 
M
A
 
P
W
 
V
T
 
K
G
 
H
E
 
L
V
 
L
P
 
P
D
 
D
G
 
N
F
 
F
V
x
H
M
 
I
S
 
G
V
 
I
N
|
N
V
 
V
A
 
S
P
 
A
R
 
G
Q
 
C
L
 
F
Q
 
L
N
 
A
P
 
A
R
 
G
F
 
F
D
 
E
R
 
K
D
 
E
V
 
C
L
 
L
A
 
N
V
 
L
L
 
V
A
 
N
R
 
K
T
 
L
G
 
G
L
 
N
A
 
D
P
 
K
H
 
I
L
 
K
L
 
L
E
 
V
L
 
L
E
|
E
L
 
L
T
 
T
E
 
E
S
 
R
T
 
N
V
 
P
L
 
I
-
 
P
-
 
V
L
 
T
P
 
P
D
 
E
A
 
A
R
 
R
T
 
-
V
 
-
A
 
A
A
 
I
L
 
F
R
 
D
R
 
S
L
 
L
R
 
H
A
 
Q
A
 
H
G
 
N
V
 
I
R
 
T
V
 
F
A
 
A
I
 
L
D
|
D
D
|
D
F
 
F
G
 
G
M
 
T
G
 
G
H
 
Y
A
 
A
S
 
T
L
 
Y
R
 
R
Y
 
Y
L
 
L
R
 
Q
D
 
A
F
 
F
P
 
P
V
 
V
D
 
D
T
x
F
V
 
I
K
 
K
I
 
I
D
 
D
R
x
K
S
 
S
L
 
F
T
 
V
E
 
Q
-
 
M
A
 
A
S
 
S
H
 
V
G
 
D
D
 
E
V
 
I
N
 
S
E
 
G
H
 
H
I
 
I
V
 
V
R
 
D
S
 
N
I
 
I
V
 
V
E
 
E
L
 
L
A
 
A
R
 
R
S
 
K
L
 
P
D
 
G
I
 
L
T
 
S
T
 
I
L
 
V
V
 
A
E
|
E
G
|
G
V
 
V
E
|
E
R
 
T
R
 
Q
E
 
E
Q
 
Q
F
 
A
E
 
D
R
 
L
F
 
M
V
 
I
E
 
G
L
 
K
G
 
G
C
 
V
L
 
H
V
x
F
F
 
L
Q
 
Q
G
|
G
Y
|
Y
L
 
L
F
 
Y
S
 
S
R
 
P
P
|
P
V
 
V

Q9I0R8 Cyclic di-GMP phosphodiesterase PA2567; c-di-GMP PDE; EC 3.1.4.52 from Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (see paper)
34% identity, 32% coverage: 492:732/762 of query aligns to 335:576/587 of Q9I0R8

query
sites
Q9I0R8
A
 
A
S
 
F
S
 
T
L
 
L
A
 
L
N
 
T
D
 
S
L
 
L
A
 
S
A
 
Q
A
 
A
L
 
I
A
 
G
R
 
T
N
 
E
G
 
E
E
 
G
V
 
F
F
 
H
L
 
L
E
 
V
Y
 
Y
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
K
I
 
I
R
 
D
M
 
L
-
 
P
D
 
T
G
 
G
R
 
R
A
 
C
H
 
T
G
 
G
A
 
V
E
 
E
A
 
A
L
 
L
L
 
L
R
 
R
W
 
W
H
 
R
H
 
H
P
 
P
A
 
Q
Y
 
L
G
 
G
R
 
F
I
 
V
A
 
S
P
 
P
P
 
A
I
 
E
T
 
F
V
 
V
A
 
P
L
 
L
A
 
A
E
 
E
D
 
K
T
 
T
G
 
A
I
 
L
I
 
M
D
 
R
R
 
P
L
 
L
G
 
S
M
 
D
F
 
W
V
 
V
L
 
L
H
 
R
R
 
H
A
 
A
C
 
M
A
 
A
R
 
Q
R
 
L
V
 
A
A
 
Q
W
 
W
T
 
N
G
 
A
-
 
R
E
 
N
V
 
I
P
 
P
D
 
-
G
 
-
F
 
L
V
 
R
M
 
L
S
 
A
V
 
I
N
 
N
V
 
V
A
 
S
P
 
A
R
 
S
Q
 
D
L
 
M
Q
 
E
N
 
D
P
 
S
R
 
S
F
 
F
D
 
L
R
 
E
D
 
E
V
 
A
L
 
V
A
 
R
V
 
L
L
 
A
A
 
K
R
 
T
T
 
Y
G
 
D
L
 
I
A
 
D
P
 
L
H
 
S
L
 
A
L
 
L
E
 
E
L
 
L
E
 
E
L
 
F
T
 
T
E
|
E
S
 
S
T
 
-
V
 
V
L
 
L
L
 
I
P
 
R
D
 
D
A
 
A
R
 
S
T
 
A
V
 
V
A
 
G
A
 
S
-
 
V
L
 
L
R
 
L