SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 8500757 FitnessBrowser__Miya:8500757 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

P07821 Iron(3+)-hydroxamate import ATP-binding protein FhuC; Ferric hydroxamate uptake protein C; Ferrichrome transport ATP-binding protein FhuC; Iron(III)-hydroxamate import ATP-binding protein FhuC; EC 7.2.2.16 from Escherichia coli (strain K12) (see 2 papers)
36% identity, 69% coverage: 17:250/337 of query aligns to 26:260/265 of P07821

query
sites
P07821
V
 
L
L
 
L
R
 
H
D
 
P
V
 
L
S
 
S
L
 
L
S
 
T
V
 
F
P
 
P
P
 
A
G
 
G
E
 
K
L
 
V
V
 
T
G
 
G
L
 
L
L
 
I
G
 
G
P
 
H
N
 
N
G
 
G
S
 
S
G
 
G
K
|
K
T
 
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
L
 
K
V
 
M
L
 
L
S
 
G
G
 
R
V
 
H
L
 
Q
A
 
P
P
 
P
R
 
S
C
 
E
G
 
G
T
 
E
V
 
I
T
 
L
L
 
L
D
 
D
G
 
A
A
 
Q
P
 
P
L
 
L
H
 
E
R
 
S
L
 
W
R
 
S
P
 
S
R
 
K
E
 
A
R
 
F
A
 
A
R
 
R
R
 
K
I
 
V
A
 
A
A
 
Y
V
 
L
P
 
P
Q
 
Q
R
 
Q
P
 
L
E
 
P
H
 
P
I
 
A
P
 
E
D
 
G
Q
 
M
D
 
T
A
 
V
L
 
R
S
 
E
L
 
L
V
 
V
L
 
A
M
 
I
G
 
G
R
 
R
Y
 
Y
P
 
P
H
 
W
T
 
H
T
 
G
L
 
A
L
 
L
R
 
G
G
 
R
Y
 
F
G
 
G
P
 
A
D
 
A
D
 
D
H
 
R
A
 
E
A
 
K
A
 
V
L
 
E
A
 
E
A
 
A
L
 
I
R
 
S
D
 
L
T
 
V
G
 
G
C
 
L
A
 
K
H
 
P
L
 
L
A
 
A
A
 
H
R
 
R
G
 
L
A
 
V
R
 
D
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
L
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
A
L
 
W
L
 
I
A
 
A
R
 
M
A
 
L
L
 
V
A
 
A
Q
 
Q
G
 
D
A
 
S
D
 
R
T
 
C
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
|
D
E
|
E
A
 
P
T
 
T
A
 
S
G
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
I
A
 
A
R
 
H
A
 
Q
L
 
V
D
 
D
I
 
V
L
 
L
D
 
S
L
 
L
L
 
V
H
 
H
-
 
R
A
 
L
R
 
S
H
 
Q
R
 
E
A
 
R
G
 
G
A
 
L
R
 
T
I
 
V
V
 
I
A
 
A
A
 
V
V
 
L
H
 
H
D
 
D
L
 
I
N
 
N
L
 
M
A
 
A
A
 
A
L
 
R
Y
 
Y
C
 
C
S
 
D
R
 
Y
L
 
L
I
 
V
F
 
A
L
 
L
K
 
R
H
 
G
G
 
G
R
 
E
V
 
M
V
 
I
E
 
A
D
 
Q
G
 
G
P
 
T
V
 
P
E
 
A
Q
 
E
A
 
I
F
 
M
T
 
R
A
 
G
A
 
E
V
 
T
L
 
L
S
 
E
E
 
M
V
 
I
Y
 
Y
E
 
G
T
 
I
P
 
P
V
 
M
T
 
G
V
 
I
Q
 
L
P
 
P
H
 
H
P
 
P
V
 
A
T
 
G
G
 
A
T
 
A
P
 
P

6tejB Structure of apo irtab devoid sid in complex with sybody syb_nl5 (see paper)
37% identity, 67% coverage: 2:228/337 of query aligns to 331:554/585 of 6tejB

query
sites
6tejB
I
 
I
E
 
E
I
 
F
S
 
D
R
 
D
V
 
V
H
 
R
A
 
F
G
 
S
Y
|
Y
G
 
G
D
 
D
T
x
E
G
 
-
D
 
V
V
 
V
L
 
L
R
 
D
D
 
G
V
 
V
S
 
S
L
 
F
S
 
T
V
 
L
P
 
R
P
 
P
G
 
G
E
 
N
L
 
T
V
 
T
G
 
A
L
 
I
L
 
V
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
 
G
S
 
S
G
 
G
K
 
K
T
|
T
T
 
T
L
 
I
L
|
L
L
 
S
V
 
L
L
 
I
S
 
A
G
 
G
V
 
L
L
x
Q
A
 
Q
P
 
P
R
 
A
C
 
S
G
 
G
T
 
R
V
 
V
T
 
L
L
 
L
D
 
D
G
 
G
A
 
V
P
 
D
L
 
V
H
 
T
R
 
T
L
 
L
R
 
D
P
 
P
R
 
E
E
 
A
R
 
R
A
 
R
R
 
A
R
 
A
I
 
V
A
 
S
A
 
V
V
 
V
P
x
F
Q
 
Q
R
 
H
P
 
P
E
 
-
H
 
Y
I
 
L
P
 
F
D
 
D
Q
 
G
D
 
T
A
 
L
L
 
R
S
 
D
L
 
N
V
 
V
L
 
L
M
 
V
G
 
G
R
 
D
Y
 
-
P
 
P
H
 
E
T
 
A
T
 
D
L
 
-
L
 
-
R
 
-
G
 
-
Y
 
-
G
 
-
P
 
P
D
 
D
D
 
D
H
 
V
A
 
T
A
 
A
A
 
A
L
 
M
A
 
R
A
 
L
L
 
A
R
 
R
D
 
V
-
 
D
-
 
E
-
 
L
-
 
L
-
 
D
-
 
R
-
 
L
-
 
P
T
 
D
G
 
G
C
 
D
A
 
A
H
 
T
L
 
V
A
 
V
A
 
G
R
 
E
G
 
G
A
 
G
R
 
T
T
 
A
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
L
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
L
 
S
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
L
Q
 
K
G
 
P
A
 
A
D
 
P
T
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
V
D
 
D
E
 
E
A
 
A
T
 
T
A
 
S
G
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
N
A
 
A
R
 
N
A
 
E
L
 
A
D
 
A
I
 
V
L
 
V
D
 
D
L
 
A
L
 
L
H
 
T
A
 
A
R
 
D
H
 
P
R
 
R
A
 
P
G
 
R
A
 
T
R
 
R
I
 
V
V
 
I
A
 
V
A
 
A
V
 
-
H
 
H
D
 
R
L
 
L
N
 
A
L
 
-
A
 
S
A
 
I
L
 
R
Y
 
H
C
 
A
S
 
D
R
 
R
L
 
V
I
 
L
F
 
F
L
 
V
K
 
E
H
 
A
G
 
G
R
 
R
V
 
V
V
 
V
E
 
E
D
 
D
G
 
G
P
 
A
V
 
I
E
 
D
Q
 
E
A
 
L
F
 
L
T
 
A
A
 
A

4u00A Crystal structure of ttha1159 in complex with adp (see paper)
31% identity, 67% coverage: 1:227/337 of query aligns to 2:225/241 of 4u00A

query
sites
4u00A
M
 
I
I
 
I
E
 
R
I
 
I
S
 
R
R
 
N
V
 
L
H
 
H
A
 
K
G
 
W
Y
x
F
G
 
G
D
 
P
T
 
L
G
 
-
D
 
H
V
|
V
L
 
L
R
 
K
D
 
G
V
 
I
S
 
H
L
 
L
S
 
E
V
 
V
P
 
A
P
 
P
G
 
G
E
 
E
L
 
K
V
 
L
G
 
V
L
 
I
L
 
I
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
L
 
I
L
 
R
V
 
T
L
 
I
S
 
N
G
 
R
V
 
L
L
 
E
A
 
D
P
 
F
R
 
Q
C
 
E
G
 
G
T
 
E
V
 
V
T
 
V
L
 
V
D
 
D
G
 
G
A
 
L
P
 
S
L
 
V
H
 
K
R
 
D
L
 
D
R
 
R
P
 
A
-
 
L
R
 
R
E
 
E
R
 
I
A
 
R
R
 
R
R
 
E
I
 
V
A
 
G
A
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
R
 
Q
P
 
F
E
 
N
H
 
L
I
 
F
P
 
P
D
 
H
Q
 
M
D
 
T
A
 
V
L
 
L
S
 
E
L
 
N
V
 
V
L
 
T
M
 
L
G
 
A
-
 
P
-
 
M
-
 
R
-
 
V
-
 
R
R
 
R
Y
 
W
P
 
P
H
 
R
T
 
E
T
 
K
L
 
A
L
 
-
R
 
-
G
 
-
Y
 
-
G
 
-
P
 
-
D
 
-
D
 
-
H
 
E
A
 
K
A
 
K
A
 
A
L
 
L
A
 
E
A
 
L
L
 
L
R
 
E
D
 
R
T
 
V
G
 
G
C
 
I
A
 
L
H
 
D
L
 
Q
A
 
A
A
 
R
R
 
K
G
 
Y
A
 
P
R
 
A
T
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
L
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
L
 
A
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
M
G
 
E
A
 
P
D
 
K
T
 
I
L
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
A
 
P
T
 
T
A
 
S
G
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
P
A
 
E
R
 
M
A
 
V
L
 
G
D
 
E
I
 
V
L
 
L
D
 
D
L
 
V
L
 
M
H
 
R
A
 
D
R
 
L
H
 
A
R
 
Q
A
 
G
G
 
G
A
 
M
R
 
T
I
 
M
V
 
V
A
 
V
A
 
V
V
 
T
H
 
H
D
 
E
L
 
M
N
 
G
L
 
F
A
 
A
A
 
R
L
 
E
Y
 
V
C
 
A
S
 
D
R
 
R
L
 
V
I
 
V
F
 
F
L
 
M
K
 
D
H
 
G
G
 
G
R
 
Q
V
 
I
V
 
V
E
 
E
D
 
E
G
 
G
P
 
R
V
 
P
E
 
E
Q
 
E
A
 
I
F
 
F
T
 
T

2pclA Crystal structure of abc transporter with complex (aq_297) from aquifex aeolicus vf5
35% identity, 64% coverage: 4:217/337 of query aligns to 9:217/223 of 2pclA

query
sites
2pclA
I
 
I
S
 
K
R
 
K
V
 
V
H
 
I
A
 
R
G
 
G
Y
 
Y
G
 
-
D
 
-
T
 
-
G
 
-
D
 
E
V
 
I
L
 
L
R
 
K
D
 
G
V
 
I
S
 
S
L
 
L
S
 
S
V
 
V
P
 
K
P
 
K
G
 
G
E
 
E
L
 
F
V
 
V
G
 
S
L
 
I
L
 
I
G
 
G
P
 
A
N
 
S
G
 
G
S
 
S
G
 
G
K
 
K
T
 
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
L
 
Y
V
 
I
L
 
L
S
 
G
G
 
L
V
 
L
L
 
D
A
 
A
P
 
P
R
 
T
C
 
E
G
 
G
T
 
K
V
 
V
T
 
F
L
 
L
D
 
E
G
 
G
A
 
K
P
 
E
L
 
V
H
 
D
R
 
Y
L
 
T
R
 
N
P
 
E
R
 
K
E
 
E
-
 
L
-
 
S
-
 
L
-
 
L
R
 
R
A
 
N
R
 
R
R
 
K
I
 
L
A
 
G
A
 
F
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
R
 
F
P
 
H
E
 
Y
H
 
L
I
 
I
P
 
P
D
 
E
Q
 
L
D
 
T
A
 
A
L
 
L
S
 
E
L
 
N
V
 
V
L
 
I
M
 
V
G
 
-
R
 
-
Y
 
-
P
 
-
H
 
-
T
 
-
T
 
P
L
 
M
L
 
L
R
 
K
G
 
M
Y
 
G
G
 
K
P
 
P
D
 
K
D
 
K
H
 
E
A
 
A
A
 
K
A
 
E
L
 
R
A
 
G
A
 
E
-
 
Y
-
 
L
L
 
L
R
 
S
D
 
E
T
 
L
G
 
G
C
 
L
A
 
G
H
 
D
L
 
K
A
 
L
A
 
S
R
 
R
G
 
K
A
 
P
R
 
Y
T
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
L
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
L
 
A
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
N
G
 
E
A
 
P
D
 
I
T
 
L
L
 
L
L
 
F
L
 
A
D
 
D
E
|
E
A
x
P
T
|
T
A
 
G
G
 
N
L
 
L
D
 
D
V
 
S
A
 
A
R
 
N
A
 
T
L
 
K
D
 
R
I
 
V
L
 
M
D
 
D
L
 
I
L
 
F
H
 
L
A
 
K
R
 
I
H
 
N
R
 
E
A
 
G
G
 
G
A
 
T
R
 
S
I
 
I
V
 
V
A
 
M
A
 
V
V
x
T
H
 
H
D
 
E
L
 
R
N
 
E
L
 
L
A
 
A
A
 
E
L
 
L
Y
 
-
C
 
T
S
 
H
R
 
R
L
 
T
I
 
L
F
 
E
L
 
M
K
 
K
H
 
D
G
 
G
R
 
K
V
 
V
V
 
V

8hf7B Cryo-em structure of coma bound to its mature substrate csp peptide (see paper)
33% identity, 65% coverage: 4:221/337 of query aligns to 332:546/563 of 8hf7B

query
sites
8hf7B
I
 
F
S
 
K
R
 
Q
V
 
V
H
 
H
A
 
Y
G
 
K
Y
 
Y
G
 
G
D
 
Y
T
 
G
G
 
R
D
 
D
V
 
V
L
 
L
R
 
S
D
 
D
V
 
I
S
 
N
L
 
L
S
 
T
V
 
V
P
 
P
P
 
Q
G
 
G
E
 
S
L
 
K
V
 
V
G
 
A
L
 
F
L
 
V
G
 
G
P
 
I
N
 
S
G
 
G
S
 
S
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
L
 
L
L
 
A
L
 
K
V
 
M
L
 
M
S
 
V
G
 
N
V
 
F
L
 
Y
A
 
D
P
 
P
R
 
S
C
 
Q
G
 
G
T
 
E
V
 
I
T
 
S
L
 
L
D
 
G
G
 
G
A
 
V
P
 
N
L
 
L
H
 
N
R
 
Q
L
 
I
R
 
D
P
 
K
R
 
K
E
 
A
R
 
L
A
 
R
R
 
Q
R
 
Y
I
 
I
A
 
N
A
 
Y
V
 
L
P
 
P
Q
 
Q
R
 
Q
P
 
P
E
 
-
H
 
Y
I
 
V
P
 
F
D
 
N
Q
 
G
D
 
T
A
 
I
L
 
L
S
 
E
L
 
N
V
 
L
L
 
L
M
 
L
G
 
G
R
 
A
Y
 
K
P
 
E
H
 
G
T
 
T
T
 
T
-
 
Q
-
 
E
-
 
D
L
 
I
L
 
L
R
 
R
G
 
-
Y
 
-
G
 
-
P
 
-
D
 
-
D
 
-
H
 
-
A
 
A
A
 
V
A
 
E
L
 
L
A
 
A
A
 
E
L
 
I
R
 
R
D
 
E
-
 
D
-
 
I
-
 
E
-
 
R
-
 
M
-
 
P
-
 
L
T
 
N
G
 
Y
C
 
Q
A
 
T
H
 
E
L
 
L
A
 
T
A
 
S
R
 
D
G
 
G
A
 
A
R
 
-
T
 
G
L
 
I
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
L
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
I
L
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
L
Q
 
T
G
 
D
A
 
A
D
 
P
T
 
V
L
 
L
L
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
E
A
 
A
T
 
T
A
 
S
G
 
S
L
 
L
D
 
D
V
 
I
A
 
L
R
 
T
A
 
E
L
 
K
D
 
R
I
 
I
L
 
V
D
 
D
L
 
N
L
 
L
H
 
I
A
 
A
R
 
L
H
 
D
R
 
K
A
 
T
G
 
-
A
 
-
R
 
-
I
 
L
V
 
I
A
 
F
A
 
I
V
 
A
H
 
H
D
 
R
L
 
L
N
 
T
L
 
I
A
 
A
A
 
E
L
 
-
Y
 
R
C
 
T
S
 
E
R
 
K
L
 
V
I
 
V
F
 
V
L
 
L
K
 
D
H
 
Q
G
 
G
R
 
K
V
 
I
V
 
V
E
 
E
D
 
E
G
 
G
P
 
K

Sites not aligning to the query:

4ymuJ Crystal structure of an amino acid abc transporter complex with arginines and atps (see paper)
28% identity, 68% coverage: 1:229/337 of query aligns to 1:227/240 of 4ymuJ

query
sites
4ymuJ
M
 
M
I
 
I
E
 
F
I
 
V
S
 
N
R
 
D
V
 
V
H
 
Y
A
 
K
G
 
N
Y
x
F
G
 
G
D
 
S
T
 
L
G
 
-
D
 
E
V
|
V
L
 
L
R
 
K
D
 
G
V
 
V
S
 
T
L
 
L
S
 
K
V
 
V
P
 
N
P
 
K
G
 
G
E
 
E
L
 
V
V
 
V
G
 
V
L
 
I
L
 
I
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
L
 
R
V
 
C
L
 
I
S
 
N
G
 
L
V
 
L
L
 
E
A
 
E
P
 
P
R
 
T
C
 
K
G
 
G
T
 
E
V
 
V
T
 
F
L
 
I
D
 
D
G
 
G
A
 
V
P
 
K
L
 
I
H
 
N
-
 
N
-
 
G
R
 
K
L
 
V
R
 
N
P
 
I
R
 
N
E
 
K
R
 
V
A
 
R
R
 
Q
R
 
K
I
 
V
A
 
G
A
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
R
 
H
P
 
F
E
 
N
H
 
L
I
 
F
P
 
P
D
 
H
Q
 
L
D
 
T
A
 
A
L
 
I
S
 
E
L
 
N
V
 
I
L
 
T
M
 
L
G
 
A
R
 
P
Y
 
V
P
 
K
H
 
V
T
 
K
T
 
K
L
 
M
L
 
N
R
 
K
G
 
-
Y
 
-
G
 
-
P
 
K
D
 
E
D
 
A
H
 
E
A
 
E
A
 
L
A
 
A
L
 
V
A
 
D
A
 
L
L
 
L
R
 
A
D
 
K
T
 
V
G
 
G
C
 
L
A
 
L
H
 
D
L
 
K
A
 
K
A
 
D
R
 
Q
G
 
Y
A
 
P
R
 
I
T
 
K
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
L
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
L
L
 
A
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
M
G
 
Q
A
 
P
D
 
E
T
 
V
L
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
|
E
A
 
P
T
 
T
A
 
S
G
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
P
A
 
E
R
 
M
A
 
V
L
 
K
D
 
E
I
 
V
L
 
L
D
 
N
L
 
V
L
 
M
H
 
K
A
 
Q
R
 
L
H
 
A
R
 
N
A
 
E
G
 
G
A
 
M
R
 
T
I
 
M
V
 
V
A
 
V
A
 
V
V
 
T
H
|
H
D
 
E
L
 
M
N
 
G
L
 
F
A
 
A
A
 
R
L
 
E
Y
 
V
C
 
G
S
 
D
R
 
R
L
 
V
I
 
I
F
 
F
L
 
M
K
 
D
H
 
D
G
 
G
R
 
V
V
 
I
V
 
V
E
 
E
D
 
E
G
 
G
P
 
T
V
 
P
E
 
E
Q
 
E
A
 
I
F
 
F
T
 
Y
A
 
R
A
 
A

8hf4A Cryo-em structure of nucleotide-bound coma at outward-facing state with ec gate closed conformation (see paper)
32% identity, 65% coverage: 4:221/337 of query aligns to 332:546/563 of 8hf4A

query
sites
8hf4A
I
 
F
S
 
K
R
 
Q
V
 
V
H
 
H
A
 
Y
G
 
K
Y
|
Y
G
 
G
D
 
Y
T
 
G
G
 
R
D
 
D
V
 
V
L
 
L
R
 
S
D
 
D
V
 
I
S
 
N
L
 
L
S
 
T
V
 
V
P
 
P
P
 
Q
G
 
G
E
 
S
L
 
K
V
 
V
G
 
A
L
 
F
L
 
V
G
 
G
P
 
I
N
x
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
L
L
 
A
L
 
K
V
 
M
L
 
M
S
 
V
G
 
N
V
 
F
L
 
Y
A
 
D
P
 
P
R
 
S
C
 
Q
G
 
G
T
 
E
V
 
I
T
 
S
L
 
L
D
 
G
G
 
G
A
 
V
P
 
N
L
 
L
H
 
N
R
 
Q
L
 
I
R
 
D
P
 
K
R
 
K
E
 
A
R
 
L
A
 
R
R
 
Q
R
 
Y
I
 
I
A
 
N
A
 
Y
V
 
L
P
 
P
Q
|
Q
R
 
Q
P
 
P
E
 
-
H
 
Y
I
 
V
P
 
F
D
 
N
Q
 
G
D
 
T
A
 
I
L
 
L
S
 
E
L
 
N
V
 
L
L
 
L
M
 
L
G
 
G
R
 
A
Y
 
K
P
 
E
H
 
G
T
 
T
T
 
T
-
 
Q
-
 
E
-
 
D
L
 
I
L
 
L
R
 
R
G
 
-
Y
 
-
G
 
-
P
 
-
D
 
-
D
 
-
H
 
-
A
 
A
A
 
V
A
 
E
L
 
L
A
 
A
A
 
E
L
 
I
R
 
R
D
 
E
-
 
D
-
 
I
-
 
E
-
 
R
-
 
M
-
 
P
-
 
L
T
 
N
G
 
Y
C
 
Q
A
 
T
H
 
E
L
 
L
A
 
T
A
 
S
R
 
D
G
 
G
A
 
A
R
 
-
T
 
G
L
 
I
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
L
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
I
L
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
L
Q
 
T
G
 
D
A
 
A
D
 
P
T
 
V
L
 
I
L
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
E
A
 
A
T
 
T
A
 
S
G
 
S
L
 
L
D
 
D
V
 
I
A
 
L
R
 
T
A
 
E
L
 
K
D
 
R
I
 
I
L
 
V
D
 
D
L
 
N
L
 
L
H
 
I
A
 
A
R
 
L
H
 
D
R
 
K
A
 
T
G
 
-
A
 
-
R
 
-
I
 
L
V
 
I
A
 
F
A
 
I
V
 
A
H
 
H
D
 
R
L
 
L
N
 
T
L
 
I
A
 
A
A
 
E
L
 
-
Y
 
R
C
 
T
S
 
E
R
 
K
L
 
V
I
 
V
F
 
V
L
 
L
K
 
D
H
 
Q
G
 
G
R
 
K
V
 
I
V
 
V
E
 
E
D
 
E
G
 
G
P
 
K

8k7aA Cryo-em structure of nucleotide-bound coma e647q mutant with mg2+
32% identity, 65% coverage: 4:221/337 of query aligns to 332:546/563 of 8k7aA

query
sites
8k7aA
I
 
F
S
 
K
R
 
Q
V
 
V
H
 
H
A
 
Y
G
 
K
Y
|
Y
G
 
G
D
 
Y
T
 
G
G
 
R
D
 
D
V
 
V
L
 
L
R
 
S
D
 
D
V
 
I
S
 
N
L
 
L
S
 
T
V
 
V
P
 
P
P
 
Q
G
 
G
E
 
S
L
 
K
V
 
V
G
 
A
L
 
F
L
 
V
G
 
G
P
 
I
N
 
S
G
 
G
S
 
S
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
L
L
 
A
L
 
K
V
 
M
L
 
M
S
 
V
G
 
N
V
 
F
L
 
Y
A
 
D
P
 
P
R
 
S
C
 
Q
G
 
G
T
 
E
V
 
I
T
 
S
L
 
L
D
 
G
G
 
G
A
 
V
P
 
N
L
 
L
H
 
N
R
 
Q
L
 
I
R
 
D
P
 
K
R
 
K
E
 
A
R
 
L
A
 
R
R
 
Q
R
 
Y
I
 
I
A
 
N
A
 
Y
V
 
L
P
 
P
Q
|
Q
R
 
Q
P
 
P
E
 
-
H
 
Y
I
 
V
P
 
F
D
 
N
Q
 
G
D
 
T
A
 
I
L
 
L
S
 
E
L
 
N
V
 
L
L
 
L
M
 
L
G
 
G
R
 
A
Y
 
K
P
 
E
H
 
G
T
 
T
T
 
T
-
 
Q
-
 
E
-
 
D
L
 
I
L
 
L
R
 
R
G
 
-
Y
 
-
G
 
-
P
 
-
D
 
-
D
 
-
H
 
-
A
 
A
A
 
V
A
 
E
L
 
L
A
 
A
A
 
E
L
 
I
R
 
R
D
 
E
-
 
D
-
 
I
-
 
E
-
 
R
-
 
M
-
 
P
-
 
L
T
 
N
G
 
Y
C
 
Q
A
 
T
H
 
E
L
 
L
A
 
T
A
 
S
R
 
D
G
 
G
A
 
A
R
 
-
T
x
G
L
 
I
S
|
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
L
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
I
L
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
L
Q
 
T
G
 
D
A
 
A
D
 
P
T
 
V
L
 
I
L
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
A
 
A
T
 
T
A
 
S
G
 
S
L
 
L
D
 
D
V
 
I
A
 
L
R
 
T
A
 
E
L
 
K
D
 
R
I
 
I
L
 
V
D
 
D
L
 
N
L
 
L
H
 
I
A
 
A
R
 
L
H
 
D
R
 
K
A
 
T
G
 
-
A
 
-
R
 
-
I
 
L
V
 
I
A
 
F
A
 
I
V
 
A
H
 
H
D
 
R
L
 
L
N
 
T
L
 
I
A
 
A
A
 
E
L
 
-
Y
 
R
C
 
T
S
 
E
R
 
K
L
 
V
I
 
V
F
 
V
L
 
L
K
 
D
H
 
Q
G
 
G
R
 
K
V
 
I
V
 
V
E
 
E
D
 
E
G
 
G
P
 
K

8hf6A Cryo-em structure of nucleotide-bound coma e647q mutant (see paper)
32% identity, 65% coverage: 4:221/337 of query aligns to 332:546/563 of 8hf6A

query
sites
8hf6A
I
 
F
S
 
K
R
 
Q
V
 
V
H
 
H
A
 
Y
G
 
K
Y
|
Y
G
 
G
D
 
Y
T
 
G
G
 
R
D
 
D
V
|
V
L
 
L
R
 
S
D
 
D
V
 
I
S
 
N
L
 
L
S
 
T
V
 
V
P
 
P
P
 
Q
G
 
G
E
 
S
L
 
K
V
 
V
G
 
A
L
 
F
L
 
V
G
 
G
P
 
I
N
x
S
G
|
G
S
 
S
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
L
L
 
A
L
 
K
V
 
M
L
 
M
S
 
V
G
 
N
V
 
F
L
 
Y
A
 
D
P
 
P
R
 
S
C
 
Q
G
 
G
T
 
E
V
 
I
T
 
S
L
 
L
D
 
G
G
 
G
A
 
V
P
 
N
L
 
L
H
 
N
R
 
Q
L
 
I
R
 
D
P
 
K
R
 
K
E
 
A
R
 
L
A
 
R
R
 
Q
R
 
Y
I
 
I
A
 
N
A
 
Y
V
 
L
P
 
P
Q
|
Q
R
 
Q
P
 
P
E
 
-
H
 
Y
I
 
V
P
 
F
D
 
N
Q
 
G
D
 
T
A
 
I
L
 
L
S
 
E
L
 
N
V
 
L
L
 
L
M
 
L
G
 
G
R
 
A
Y
 
K
P
 
E
H
 
G
T
 
T
T
 
T
-
 
Q
-
 
E
-
 
D
L
 
I
L
 
L
R
 
R
G
 
-
Y
 
-
G
 
-
P
 
-
D
 
-
D
 
-
H
 
-
A
 
A
A
 
V
A
 
E
L
 
L
A
 
A
A
 
E
L
 
I
R
 
R
D
 
E
-
 
D
-
 
I
-
 
E
-
 
R
-
 
M
-
 
P
-
 
L
T
 
N
G
 
Y
C
 
Q
A
 
T
H
 
E
L
 
L
A
 
T
A
 
S
R
 
D
G
 
G
A
 
A
R
 
-
T
 
G
L
 
I
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
L
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
I
L
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
L
Q
 
T
G
 
D
A
 
A
D
 
P
T
 
V
L
 
I
L
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
A
 
A
T
 
T
A
 
S
G
 
S
L
 
L
D
 
D
V
 
I
A
 
L
R
 
T
A
 
E
L
 
K
D
 
R
I
 
I
L
 
V
D
 
D
L
 
N
L
 
L
H
 
I
A
 
A
R
 
L
H
 
D
R
 
K
A
 
T
G
 
-
A
 
-
R
 
-
I
 
L
V
 
I
A
 
F
A
 
I
V
 
A
H
 
H
D
 
R
L
 
L
N
 
T
L
 
I
A
 
A
A
 
E
L
 
-
Y
 
R
C
 
T
S
 
E
R
 
K
L
 
V
I
 
V
F
 
V
L
 
L
K
 
D
H
 
Q
G
 
G
R
 
K
V
 
I
V
 
V
E
 
E
D
 
E
G
 
G
P
 
K

7mdyC Lolcde nucleotide-bound
36% identity, 60% coverage: 16:216/337 of query aligns to 20:220/226 of 7mdyC

query
sites
7mdyC
D
 
D
V
 
V
L
 
L
R
 
H
D
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
F
S
 
S
V
 
V
P
 
G
P
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
M
V
 
M
G
 
A
L
 
I
L
 
V
G
 
G
P
 
S
N
 
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
L
 
H
V
 
L
L
 
L
S
 
G
G
 
G
V
 
L
L
 
D
A
 
T
P
 
P
R
 
T
C
 
S
G
 
G
T
 
D
V
 
V
T
 
I
L
 
F
D
 
N
G
 
G
A
 
Q
P
 
P
L
 
M
H
 
S
R
 
K
L
 
L
-
 
S
-
 
S
-
 
A
-
 
A
R
 
K
P
 
A
R
 
E
E
 
L
R
 
R
A
 
N
R
 
Q
R
 
K
I
 
L
A
 
G
A
 
F
V
 
I
P
 
Y
Q
|
Q
R
 
F
P
 
H
E
 
H
H
 
L
I
 
L
P
 
P
D
 
D
Q
 
F
D
 
T
A
 
A
L
 
L
S
 
E
L
 
N
V
 
V
L
 
A
M
 
M
G
 
-
R
 
-
Y
 
-
P
 
-
H
 
-
T
 
-
T
 
P
L
 
L
L
 
L
R
 
I
G
 
G
Y
 
K
G
 
K
P
 
K
-
 
P
-
 
A
D
 
E
D
 
I
H
 
N
A
 
S
A
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
E
A
 
M
L
 
L
R
 
K
D
 
A
T
 
V
G
 
G
C
 
L
A
 
D
H
 
H
L
 
R
A
 
A
A
 
N
R
x
H
G
 
R
A
 
P
R
 
S
T
x
E
L
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
E
 
E
L
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
L
 
A
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
V
Q
 
N
G
 
N
A
 
P
D
 
R
T
 
L
L
 
V
L
 
L
L
 
A
D
 
D
E
|
E
A
 
P
T
 
T
A
 
G
G
x
N
L
 
L
D
 
D
V
 
A
A
 
R
R
 
N
A
 
A
L
 
D
D
 
S
I
 
I
L
 
F
D
 
Q
L
 
L
L
 
L
H
 
G
A
 
E
R
 
L
H
 
N
R
 
R
-
 
L
A
 
Q
G
 
G
A
 
T
R
 
A
I
 
F
V
 
L
A
 
V
A
 
V
V
 
T
H
|
H
D
 
D
L
 
L
N
 
Q
L
 
L
A
 
A
A
 
K
L
 
-
Y
 
R
C
 
M
S
 
S
R
 
R
L
 
Q
I
 
L
F
 
E
L
 
M
K
 
R
H
 
D
G
 
G
R
 
R
V
 
L

Sites not aligning to the query:

P75957 Lipoprotein-releasing system ATP-binding protein LolD; EC 7.6.2.- from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
36% identity, 60% coverage: 16:216/337 of query aligns to 23:223/233 of P75957

query
sites
P75957
D
 
D
V
 
V
L
 
L
R
 
H
D
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
F
S
 
S
V
 
V
P
 
G
P
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
M
V
 
M
G
 
A
L
 
I
L
 
V
G
|
G
P
 
S
N
 
S
G
 
G
S
 
S
G
 
G
K
 
K
T
 
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
L
 
H
V
 
L
L
 
L
S
 
G
G
 
G
V
 
L
L
 
D
A
 
T
P
 
P
R
 
T
C
 
S
G
 
G
T
 
D
V
 
V
T
 
I
L
 
F
D
 
N
G
 
G
A
 
Q
P
 
P
L
 
M
H
 
S
R
 
K
L
 
L
-
 
S
-
 
S
-
 
A
-
 
A
R
 
K
P
 
A
R
 
E
E
 
L
R
 
R
A
 
N
R
 
Q
R
 
K
I
 
L
A
 
G
A
 
F
V
 
I
P
 
Y
Q
 
Q
R
 
F
P
 
H
E
 
H
H
 
L
I
 
L
P
 
P
D
 
D
Q
 
F
D
 
T
A
 
A
L
 
L
S
 
E
L
 
N
V
 
V
L
 
A
M
 
M
G
 
-
R
 
-
Y
 
-
P
 
-
H
 
-
T
 
-
T
 
P
L
 
L
L
 
L
R
 
I
G
 
G
Y
 
K
G
 
K
P
 
K
-
 
P
-
 
A
D
 
E
D
 
I
H
 
N
A
 
S
A
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
E
A
 
M
L
 
L
R
 
K
D
 
A
T
 
V
G
 
G
C
 
L
A
 
D
H
 
H
L
 
R
A
 
A
A
 
N
R
 
H
G
 
R
A
 
P
R
 
S
T
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
L
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
L
 
A
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
V
Q
 
N
G
 
N
A
 
P
D
 
R
T
 
L
L
 
V
L
 
L
L
 
A
D
 
D
E
 
E
A
 
P
T
 
T
A
 
G
G
 
N
L
 
L
D
 
D
V
 
A
A
 
R
R
 
N
A
 
A
L
 
D
D
 
S
I
 
I
L
 
F
D
 
Q
L
 
L
L
 
L
H
 
G
A
 
E
R
 
L
H
 
N
R
 
R
-
 
L
A
 
Q
G
 
G
A
 
T
R
 
A
I
 
F
V
 
L
A
 
V
A
 
V
V
 
T
H
 
H
D
 
D
L
 
L
N
 
Q
L
 
L
A
 
A
A
 
K
L
 
-
Y
 
R
C
 
M
S
 
S
R
 
R
L
 
Q
I
 
L
F
 
E
L
 
M
K
 
R
H
 
D
G
 
G
R
 
R
V
 
L

7arlD Lolcde in complex with lipoprotein and adp (see paper)
36% identity, 60% coverage: 16:216/337 of query aligns to 20:220/222 of 7arlD

query
sites
7arlD
D
 
D
V
 
V
L
 
L
R
 
H
D
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
F
S
 
S
V
 
V
P
 
G
P
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
M
V
 
M
G
 
A
L
 
I
L
 
V
G
 
G
P
 
S
N
 
S
G
|
G
S
 
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
L
 
H
V
 
L
L
 
L
S
 
G
G
 
G
V
 
L
L
 
D
A
 
T
P
 
P
R
 
T
C
 
S
G
 
G
T
 
D
V
 
V
T
 
I
L
 
F
D
 
N
G
 
G
A
 
Q
P
 
P
L
 
M
H
 
S
R
 
K
L
 
L
-
 
S
-
 
S
-
 
A
-
 
A
R
 
K
P
 
A
R
 
E
E
 
L
R
 
R
A
 
N
R
 
Q
R
 
K
I
 
L
A
 
G
A
 
F
V
 
I
P
 
Y
Q
 
Q
R
 
F
P
 
H
E
 
H
H
 
L
I
 
L
P
 
P
D
 
D
Q
 
F
D
 
T
A
 
A
L
 
L
S
 
E
L
 
N
V
 
V
L
 
A
M
 
M
G
 
-
R
 
-
Y
 
-
P
 
-
H
 
-
T
 
-
T
 
P
L
 
L
L
 
L
R
 
I
G
 
G
Y
 
K
G
 
K
P
 
K
-
 
P
-
 
A
D
 
E
D
 
I
H
 
N
A
 
S
A
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
E
A
 
M
L
 
L
R
 
K
D
 
A
T
 
V
G
 
G
C
 
L
A
 
D
H
 
H
L
 
R
A
 
A
A
 
N
R
 
H
G
 
R
A
 
P
R
 
S
T
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
L
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
L
 
A
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
V
Q
 
N
G
 
N
A
 
P
D
 
R
T
 
L
L
 
V
L
 
L
L
 
A
D
 
D
E
 
E
A
 
P
T
 
T
A
 
G
G
 
N
L
 
L
D
 
D
V
 
A
A
 
R
R
 
N
A
 
A
L
 
D
D
 
S
I
 
I
L
 
F
D
 
Q
L
 
L
L
 
L
H
 
G
A
 
E
R
 
L
H
 
N
R
 
R
-
 
L
A
 
Q
G
 
G
A
 
T
R
 
A
I
 
F
V
 
L
A
 
V
A
 
V
V
 
T
H
 
H
D
 
D
L
 
L
N
 
Q
L
 
L
A
 
A
A
 
K
L
 
-
Y
 
R
C
 
M
S
 
S
R
 
R
L
 
Q
I
 
L
F
 
E
L
 
M
K
 
R
H
 
D
G
 
G
R
 
R
V
 
L

5x40A Structure of a cbio dimer bound with amppcp (see paper)
37% identity, 64% coverage: 18:233/337 of query aligns to 21:230/280 of 5x40A

query
sites
5x40A
L
 
L
R
 
D
D
 
D
V
 
L
S
 
S
L
 
L
S
 
A
V
 
V
P
 
P
P
 
K
G
 
G
E
 
E
L
 
S
V
 
L
G
 
A
L
 
I
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
L
 
L
V
 
H
L
 
L
S
 
N
G
 
G
V
 
T
L
 
L
A
 
R
P
 
P
R
 
Q
C
 
S
G
 
G
T
 
R
V
 
V
T
 
L
L
 
L
D
 
G
G
 
G
A
 
T
P
 
A
L
 
T
H
 
G
R
 
H
L
 
S
R
 
R
P
 
K
R
 
D
E
 
L
R
 
T
A
 
G
-
 
W
-
 
R
R
 
R
R
 
R
I
 
V
A
 
G
A
 
L
V
 
V
P
 
L
Q
|
Q
R
 
D
P
 
A
E
 
-
H
 
-
I
 
-
P
 
-
D
 
D
Q
 
D
D
 
Q
A
 
L
L
 
F
S
 
A
L
 
T
V
 
T
L
 
V
M
 
F
G
 
E
R
 
D
Y
 
V
P
 
S
H
 
F
T
 
G
T
 
P
L
 
L
L
 
N
R
 
L
G
 
G
Y
 
L
G
 
S
P
 
E
D
 
A
D
 
E
H
 
A
A
 
R
A
 
A
-
 
R
-
 
V
-
 
E
-
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
-
D
 
-
T
 
-
G
 
S
C
 
I
A
 
S
H
 
D
L
 
L
A
 
R
A
 
D
R
 
R
G
 
P
A
 
T
R
x
H
T
x
M
L
|
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
E
x
Q
L
 
K
Q
 
R
R
 
R
V
 
V
L
 
A
L
 
I
A
 
A
R
 
G
A
 
A
L
 
V
A
 
A
Q
 
M
G
 
R
A
 
P
D
 
E
T
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
x
Q
A
 
P
T
 
T
A
 
A
G
 
G
L
 
L
D
 
D
V
 
L
A
 
A
R
 
G
A
 
T
L
 
E
D
 
Q
I
 
L
L
 
L
D
 
T
L
 
L
L
 
L
H
 
R
A
 
G
R
 
L
H
 
R
R
 
A
A
 
A
G
 
G
A
 
M
R
 
T
I
 
L
V
 
V
A
 
F
A
 
S
V
 
T
H
|
H
D
 
D
L
 
V
N
 
E
L
 
L
A
 
A
A
 
A
L
 
A
Y
 
L
C
 
A
S
 
D
R
 
R
L
 
V
I
 
A
F
 
L
L
 
F
K
 
R
H
 
T
G
 
G
R
 
R
V
 
V
V
 
L
E
 
A
D
 
E
G
 
G
P
 
A
V
 
A
E
 
E
Q
 
-
A
 
-
F
 
-
T
 
-
A
 
-
A
 
A
V
 
V
L
 
L
S
 
S
E
 
D

Sites not aligning to the query:

6mjpA Lptb(e163q)fgc from vibrio cholerae (see paper)
32% identity, 65% coverage: 17:235/337 of query aligns to 17:233/240 of 6mjpA

query
sites
6mjpA
V
 
V
L
 
V
R
 
S
D
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
S
 
Q
V
 
V
P
 
E
P
 
S
G
 
G
E
 
Q
L
 
I
V
 
V
G
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
 
G
S
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
L
 
S
L
 
F
L
 
Y
V
 
M
L
 
I
S
 
V
G
 
G
V
 
L
L
 
V
A
 
A
P
 
R
R
 
D
C
 
E
G
 
G
T
 
T
V
 
I
T
 
T
L
 
I
D
 
D
G
 
D
A
 
N
P
 
D
L
 
I
H
 
S
R
 
I
L
 
L
R
 
P
P
 
M
R
 
H
E
 
S
R
 
R
A
 
S
R
 
R
R
 
M
-
 
G
I
 
I
A
 
G
A
 
Y
V
 
L
P
 
P
Q
 
Q
R
 
E
P
 
A
E
 
S
-
 
I
-
 
F
-
 
R
H
 
K
I
 
L
P
 
S
D
 
V
Q
 
E
D
 
D
A
 
N
L
 
I
S
 
M
L
 
A
V
 
V
L
 
L
M
 
Q
G
 
T
R
 
R
Y
 
E
P
 
E
H
 
L
T
 
T
T
 
H
L
x
E
L
 
E
R
 
R
G
 
Q
Y
x
D
G
 
K
P
 
L
D
 
E
D
 
D
H
 
-
A
 
-
A
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
-
A
 
L
L
 
L
R
 
E
D
 
E
T
 
F
G
 
H
C
 
I
A
 
Q
H
 
H
L
 
I
A
 
R
A
 
K
R
 
S
G
 
A
A
 
G
R
 
M
T
 
A
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
L
 
R
Q
 
R
R
 
R
V
 
V
L
 
E
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
A
G
 
N
A
 
P
D
 
Q
T
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
A
 
P
T
 
F
A
 
A
G
 
G
L
 
V
D
 
D
V
 
P
A
 
I
R
 
S
A
 
V
L
 
I
D
 
D
I
 
I
L
 
K
D
 
K
L
 
I
L
 
I
-
 
E
H
 
H
A
 
L
R
 
R
H
 
D
R
 
R
A
 
-
G
 
G
A
 
L
R
 
G
I
 
V
V
 
L
A
 
I
A
 
T
V
 
D
H
 
H
D
 
N
L
 
V
N
 
R
L
 
E
A
 
T
A
 
L
L
 
D
Y
 
V
C
 
C
S
 
E
R
 
K
L
 
A
I
 
Y
F
 
I
L
 
V
K
 
S
H
 
Q
G
 
G
R
 
R
V
 
L
V
 
I
E
 
A
D
 
E
G
 
G
P
 
T
V
 
P
E
 
Q
Q
 
D
A
 
V
F
 
L
T
 
N
A
 
N
A
 
E
V
 
Q
L
 
V
S
 
K
E
 
Q
V
 
V
Y
 
Y

3d31A Modbc from methanosarcina acetivorans (see paper)
32% identity, 68% coverage: 1:230/337 of query aligns to 1:220/348 of 3d31A

query
sites
3d31A
M
 
M
I
 
I
E
 
E
I
 
I
S
 
E
R
 
S
V
 
L
H
 
S
A
 
R
G
 
K
Y
 
W
G
 
K
D
 
N
T
 
F
G
 
S
D
 
-
V
 
-
L
 
L
R
 
D
D
 
N
V
 
L
S
 
S
L
 
L
S
 
K
V
 
V
P
 
E
P
 
S
G
 
G
E
 
E
L
 
Y
V
 
F
G
 
V
L
 
I
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
T
G
 
G
S
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
L
L
 
F
L
 
L
L
 
E
V
 
L
L
 
I
S
 
A
G
 
G
V
 
F
L
 
H
A
 
V
P
 
P
R
 
D
C
 
S
G
 
G
T
 
R
V
 
I
T
 
L
L
 
L
D
 
D
G
 
G
A
 
K
P
 
D
L
 
V
H
 
T
R
 
D
L
 
L
R
 
S
P
 
P
R
 
E
E
 
K
R
 
H
A
 
D
R
 
-
R
 
-
I
 
I
A
 
A
A
 
F
V
 
V
P
 
Y
Q
 
Q
R
 
N
P
 
Y
E
 
S
H
 
L
I
 
F
P
 
P
D
 
H
Q
 
M
D
 
N
A
 
V
L
 
K
S
 
K
L
 
N
V
 
L
L
 
E
M
 
F
G
 
G
R
 
-
Y
 
-
P
 
-
H
 
-
T
 
-
T
 
-
L
 
-
L
 
M
R
 
R
G
 
M
Y
 
K
G
 
K
P
 
I
D
 
K
D
 
D
H
 
P
A
 
K
A
 
R
A
 
V
L
 
L
A
 
D
A
 
T
L
 
A
R
 
R
D
 
D
T
 
L
G
 
K
C
 
I
A
 
E
H
 
H
L
 
L
A
 
L
A
 
D
R
 
R
G
 
N
A
 
P
R
 
L
T
 
T
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
L
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
L
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
V
Q
 
T
G
 
N
A
 
P
D
 
K
T
 
I
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
A
 
P
T
 
L
A
 
S
G
 
A
L
 
L
D
 
D
-
 
P
-
 
R
-
 
T
V
 
Q
A
 
E
R
 
N
A
 
A
L
 
R
D
 
E
I
 
M
L
 
L
D
 
S
L
 
V
L
 
L
H
 
H
A
 
K
R
 
K
H
 
N
R
 
K
A
 
L
G
 
T
A
 
-
R
 
-
I
 
V
V
 
L
A
 
H
A
 
I
V
 
T
H
 
H
D
 
D
L
 
Q
N
 
T
L
 
E
A
 
A
A
 
R
L
 
I
Y
 
M
C
 
A
S
 
D
R
 
R
L
 
I
I
 
A
F
 
V
L
 
V
K
 
M
H
 
D
G
 
G
R
 
K
V
 
L
V
 
I
E
 
Q
D
 
V
G
 
G
P
 
K
V
 
P
E
 
E
Q
 
E
A
 
I
F
 
F
T
 
E
A
 
K
A
 
P
V
 
V

Sites not aligning to the query:

7v8iD Lolcd(e171q)e with bound amppnp in nanodiscs (see paper)
36% identity, 60% coverage: 16:216/337 of query aligns to 22:222/229 of 7v8iD

query
sites
7v8iD
D
 
D
V
|
V
L
 
L
R
 
H
D
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
F
S
 
S
V
 
V
P
 
G
P
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
M
V
 
M
G
 
A
L
 
I
L
 
V
G
 
G
P
 
S
N
x
S
G
|
G
S
 
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
L
 
H
V
 
L
L
 
L
S
 
G
G
 
G
V
 
L
L
 
D
A
 
T
P
 
P
R
 
T
C
 
S
G
 
G
T
 
D
V
 
V
T
 
I
L
 
F
D
 
N
G
 
G
A
 
Q
P
 
P
L
 
M
H
 
S
R
 
K
L
 
L
-
 
S
-
 
S
-
 
A
-
 
A
R
 
K
P
 
A
R
 
E
E
 
L
R
 
R
A
 
N
R
 
Q
R
 
K
I
 
L
A
 
G
A
 
F
V
 
I
P
 
Y
Q
|
Q
R
 
F
P
 
H
E
 
H
H
 
L
I
 
L
P
 
P
D
 
D
Q
 
F
D
 
T
A
 
A
L
 
L
S
 
E
L
 
N
V
 
V
L
 
A
M
 
M
G
 
-
R
 
-
Y
 
-
P
 
-
H
 
-
T
 
-
T
 
P
L
 
L
L
 
L
R
 
I
G
 
G
Y
 
K
G
 
K
P
 
K
-
 
P
-
 
A
D
 
E
D
 
I
H
 
N
A
 
S
A
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
E
A
 
M
L
 
L
R
 
K
D
 
A
T
 
V
G
 
G
C
 
L
A
 
D
H
 
H
L
x
R
A
 
A
A
 
N
R
x
H
G
 
R
A
 
P
R
 
S
T
x
E
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
E
|
E
L
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
L
 
A
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
V
Q
 
N
G
 
N
A
 
P
D
 
R
T
 
L
L
 
V
L
 
L
L
 
A
D
 
D
E
 
Q
A
 
P
T
 
T
A
 
G
G
 
N
L
 
L
D
 
D
V
 
A
A
 
R
R
 
N
A
 
A
L
 
D
D
 
S
I
 
I
L
 
F
D
 
Q
L
 
L
L
 
L
H
 
G
A
 
E
R
 
L
H
 
N
R
 
R
-
 
L
A
 
Q
G
 
G
A
 
T
R
 
A
I
 
F
V
 
L
A
 
V
A
 
V
V
 
T
H
|
H
D
 
D
L
 
L
N
 
Q
L
 
L
A
 
A
A
 
K
L
 
-
Y
 
R
C
 
M
S
 
S
R
 
R
L
 
Q
I
 
L
F
 
E
L
 
M
K
 
R
H
 
D
G
 
G
R
 
R
V
 
L

5ws4A Crystal structure of tripartite-type abc transporter macb from acinetobacter baumannii (see paper)
30% identity, 62% coverage: 14:221/337 of query aligns to 20:226/650 of 5ws4A

query
sites
5ws4A
T
 
T
G
 
I
D
 
Q
V
 
I
L
 
L
R
 
K
D
 
G
V
 
I
S
 
D
L
 
L
S
 
T
V
 
I
P
 
Y
P
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
L
V
 
V
G
 
A
L
 
I
L
 
V
G
 
G
P
 
Q
N
x
S
G
|
G
S
 
S
G
 
G
K
 
K
T
x
S
T
 
T
L
 
L
L
 
M
L
 
N
V
 
I
L
 
L
S
 
G
G
 
C
V
 
L
L
 
D
A
 
R
P
 
P
R
 
T
C
 
S
G
 
G
T
 
S
V
 
Y
T
 
K
L
 
V
D
 
N
G
 
G
A
 
Q
P
 
E
L
 
T
H
 
G
R
 
K
L
 
L
R
 
E
P
 
P
R
 
D
E
 
Q
-
 
L
-
 
A
-
 
Q
-
 
L
R
 
R
A
 
R
R
 
E
R
 
Y
I
 
F
A
 
G
A
 
F
V
 
I
P
 
F
Q
 
Q
R
 
R
P
 
Y
E
 
H
H
 
L
I
 
L
P
 
G
D
 
D
Q
 
L
D
 
S
A
 
A
L
 
-
S
 
-
L
 
-
V
 
-
L
 
-
M
 
E
G
 
G
R
 
N
Y
 
V
P
 
E
H
 
V
T
 
P
T
 
A
L
 
V
L
 
Y
R
 
A
G
 
G
Y
 
V
G
 
T
P
 
P
D
 
A
D
 
D
H
 
R
A
 
K
A
 
Q
-
 
R
A
 
A
L
 
T
A
 
A
A
 
L
L
 
L
R
 
T
D
 
E
T
 
L
G
 
G
C
 
L
A
 
G
H
 
T
L
 
K
A
 
T
A
 
Q
R
 
N
G
 
R
A
 
P
R
 
S
T
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
L
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
L
 
S
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
M
Q
 
N
G
 
G
A
 
G
D
 
D
T
 
V
L
 
I
L
 
L
L
 
A
D
 
D
E
 
E
A
 
P
T
 
T
A
 
G
G
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
S
A
 
H
R
 
S
A
 
G
L
 
V
D
 
E
I
 
V
L
 
M
D
 
R
L
 
I
L
 
L
H
 
R
A
 
E
R
 
L
H
 
N
R
 
A
A
 
A
G
 
G
A
 
H
R
 
T
I
 
I
V
 
I
A
 
L
A
 
V
V
 
T
H
 
H
D
 
D
L
 
M
N
 
Q
L
 
V
A
 
A
A
 
K
L
 
-
Y
 
N
C
 
A
S
 
T
R
 
R
L
 
I
I
 
I
F
 
E
L
 
I
K
 
S
H
 
D
G
 
G
R
 
E
V
 
I
V
 
I
E
 
S
D
 
D
G
 
R
P
 
P

8w6iD Cryo-em structure of escherichia coli str k12 ftsex complex with atp- gamma-s in peptidisc
32% identity, 64% coverage: 1:214/337 of query aligns to 1:213/219 of 8w6iD

query
sites
8w6iD
M
 
M
I
 
I
E
 
R
I
 
F
S
 
E
R
 
H
V
 
V
H
 
S
A
 
K
G
 
A
Y
|
Y
G
 
L
D
 
G
T
 
G
G
 
R
D
 
Q
V
 
A
L
 
L
R
 
Q
D
 
G
V
 
V
S
 
T
L
 
F
S
 
H
V
 
M
P
 
Q
P
 
P
G
 
G
E
 
E
L
 
M
V
 
A
G
 
F
L
 
L
L
 
T
G
 
G
P
 
H
N
x
S
G
|
G
S
x
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
L
 
K
V
 
L
L
 
I
S
 
C
G
 
G
V
 
I
L
 
E
A
 
R
P
 
P
R
 
S
C
 
A
G
 
G
T
 
K
V
 
I
T
 
W
L
 
F
D
 
S
G
 
G
A
 
H
P
 
D
L
 
I
H
 
T
R
 
R
L
 
L
R
 
K
P
 
N
R
 
R
E
 
E
-
 
V
-
 
P
-
 
F
R
 
L
A
 
R
R
 
R
R
 
Q
I
 
I
A
 
G
A
 
M
V
 
I
P
 
F
Q
|
Q
-
 
D
-
 
H
-
 
H
-
 
L
-
 
L
R
 
M
P
 
D
E
 
R
H
 
T
I
 
V
P
 
Y
D
 
D
Q
 
N
D
 
V
A
 
A
L
 
I
S
 
P
L
 
L
V
 
I
L
 
I
M
 
A
G
 
G
R
 
-
Y
 
-
P
 
-
H
 
-
T
 
-
T
 
-
L
 
-
L
 
-
R
 
-
G
 
A
Y
 
S
G
 
G
P
 
D
D
 
D
D
 
I
H
 
R
A
 
R
A
 
R
A
 
V
L
 
S
A
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
D
D
 
K
T
 
V
G
 
G
C
 
L
A
 
L
H
 
D
L
x
K
A
 
A
A
 
K
R
 
N
G
 
F
A
 
P
R
 
I
T
x
Q
L
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
E
|
E
L
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
L
 
G
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
V
A
 
V
Q
 
N
G
 
K
A
 
P
D
 
A
T
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
A
D
 
D
E
 
E
A
 
P
T
 
T
A
 
G
G
 
N
L
 
L
D
 
D
V
 
D
A
 
A
R
 
L
A
 
S
L
 
E
D
 
G
I
 
I
L
 
L
D
 
R
L
 
L
L
 
F
H
 
E
A
 
E
R
 
F
H
 
N
R
 
R
A
 
V
G
 
G
A
 
V
R
 
T
I
 
V
V
 
L
A
 
M
A
 
A
V
 
T
H
|
H
D
 
D
L
 
I
N
 
N
L
 
L
A
 
I
A
 
S
L
 
R
Y
 
R
C
 
S
S
 
Y
R
 
R
L
 
M
I
 
L
F
 
T
L
 
L
K
 
S
H
 
D
G
 
G

P0A9R7 Cell division ATP-binding protein FtsE from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
32% identity, 64% coverage: 1:216/337 of query aligns to 1:215/222 of P0A9R7

query
sites
P0A9R7
M
 
M
I
 
I
E
 
R
I
 
F
S
 
E
R
 
H
V
 
V
H
 
S
A
 
K
G
 
A
Y
 
Y
G
 
L
D
 
G
T
 
G
G
 
R
D
 
Q
V
 
A
L
 
L
R
 
Q
D
 
G
V
 
V
S
 
T
L
 
F
S
 
H
V
 
M
P
 
Q
P
 
P
G
 
G
E
 
E
L
 
M
V
 
A
G
 
F
L
 
L
L
 
T
G
 
G
P
 
H
N
 
S
G
 
G
S
 
A
G
 
G
K
|
K
T
 
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
L
 
K
V
 
L
L
 
I
S
x
C
G
 
G
V
 
I
L
 
E
A
 
R
P
 
P
R
 
S
C
 
A
G
 
G
T
 
K
V
 
I
T
 
W
L
 
F
D
 
S
G
 
G
A
 
H
P
 
D
L
 
I
H
 
T
R
 
R
L
 
L
R
 
K
P
 
N
R
 
R
E
 
E
-
 
V
-
 
P
-
 
F
R
 
L
A
 
R
R
 
R
R
 
Q
I
 
I
A
 
G
A
 
M
V
 
I
P
 
F
Q
 
Q
-
 
D
-
 
H
-
 
H
-
 
L
-
 
L
R
 
M
P
 
D
E
 
R
H
 
T
I
 
V
P
 
Y
D
 
D
Q
 
N
D
 
V
A
 
A
L
 
I
S
 
P
L
 
L
V
 
I
L
 
I
M
 
A
G
 
G
R
 
-
Y
 
-
P
 
-
H
 
-
T
 
-
T
 
-
L
 
-
L
 
-
R
 
-
G
 
A
Y
 
S
G
 
G
P
 
D
D
 
D
D
 
I
H
 
R
A
 
R
A
 
R
A
 
V
L
 
S
A
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
D
D
 
K
T
 
V
G
 
G
C
 
L
A
 
L
H
 
D
L
 
K
A
 
A
A
 
K
R
 
N
G
 
F
A
 
P
R
 
I
T
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
L
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
L
 
G
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
V
A
 
V
Q
 
N
G
 
K
A
 
P
D
 
A
T
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
A
D
 
D
E
 
E
A
 
P
T
 
T
A
 
G
G
 
N
L
 
L
D
 
D
V
 
D
A
 
A
R
 
L
A
 
S
L
 
E
D
 
G
I
 
I
L
 
L
D
 
R
L
 
L
L
 
F
H
 
E
A
 
E
R
 
F
H
 
N
R
 
R
A
 
V
G
 
G
A
 
V
R
 
T
I
 
V
V
 
L
A
 
M
A
 
A
V
 
T
H
 
H
D
 
D
L
 
I
N
 
N
L
 
L
A
 
I
A
 
S
L
 
R
Y
 
R
C
 
S
S
 
Y
R
 
R
L
 
M
I
 
L
F
 
T
L
 
L
K
 
S
H
 
D
G
 
G
R
 
H
V
 
L

Q9DC29 ATP-binding cassette sub-family B member 6; ABC-type heme transporter ABCB6; EC 7.6.2.5 from Mus musculus (Mouse) (see paper)
31% identity, 70% coverage: 2:236/337 of query aligns to 590:823/842 of Q9DC29

query
sites
Q9DC29
I
 
I
E
 
E
I
 
F
S
 
E
R
 
N
V
 
V
H
 
H
A
 
F
G
 
S
Y
 
Y
G
 
A
D
 
D
T
 
G
G
 
Q
D
 
E
V
 
T
L
 
L
R
 
Q
D
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
F
S
 
T
V
 
V
P
 
M
P
 
P
G
 
G
E
 
Q
L
 
T
V
 
V
G
 
A
L
 
L
L
 
V
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
 
G
S
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
S
T
 
T
L
 
I
L
 
L
L
 
R
V
 
L
L
 
L
S
 
F
G
 
R
V
 
F
L
 
Y
A
 
D
P
 
I
R
 
S
C
 
S
G
 
G
T
 
C
V
 
I
T
 
R
L
 
I
D
 
D
G
 
G
A
 
Q
P
 
D
L
 
I
H
 
S
R
 
Q
L
 
V
R
 
T
P
 
Q
R
 
I
E
 
S
R
 
L
A
 
R
R
 
S
R
 
H
I
 
I
A
 
G
A
 
V
V
 
V
P
 
P
Q
 
Q
R
 
D
P
 
T
E
 
V
H
 
L
I
 
F
P
 
N
D
 
D
Q
 
T
D
 
I
A
 
A
L
 
N
S
 
N
L
 
I
V
 
-
L
 
-
M
 
-
G
 
-
R
 
R
Y
 
Y
P
 
G
H
 
R
T
 
V
T
 
T
L
 
-
L
 
-
R
 
A
G
 
G
Y
 
D
G
 
S
P
 
E
D
 
V
D
 
E
H
 
A
A
 
A
A
 
A
A
 
Q
L
 
A
A
 
A
A
 
G
L
 
I
R
 
H
D
 
D
T
 
A
G
 
I
C
 
L
A
 
S
-
 
F
-
 
P
-
 
E
-
 
G
-
 
Y
-
 
E
-
 
T
H
 
Q
L
 
V
A
 
G
A
 
E
R
 
R
G
 
G
A
 
L
R
 
K
T
 
-
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
L
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
L
 
A
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
T
L
 
I
A
 
L
Q
 
K
G
 
A
A
 
P
D
 
D
T
 
I
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
A
 
A
T
 
T
A
 
S
G
 
A
L
 
L
D
 
D
V
 
T
A
 
S
R
 
N
A
 
E
L
 
R
D
 
A
I
 
I
L
 
Q
D
 
A
L
 
S
L
 
L
H
 
A
A
 
K
R
 
V
H
 
C
R
 
T
A
 
N
G
 
R
A
 
T
R
 
T
I
 
I
V
 
V
A
 
I
A
 
A
V
 
-
H
 
H
D
 
R
L
 
L
N
 
S
L
 
-
A
 
T
A
 
V
L
 
V
Y
 
N
C
 
A
S
 
D
R
 
Q
L
 
I
I
 
L
F
 
V
L
 
I
K
 
K
H
 
D
G
 
G
R
 
C
V
 
I
V
 
I
E
 
E
D
 
R
G
 
G
P
 
R
V
 
H
E
 
E
Q
 
A
A
 
L
F
 
L
T
 
S
-
 
R
A
 
G
A
 
G
V
 
V
L
 
Y
S
 
A
E
 
E
V
 
M
Y
 
W
E
 
Q

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>8500757 FitnessBrowser__Miya:8500757
MIEISRVHAGYGDTGDVLRDVSLSVPPGELVGLLGPNGSGKTTLLLVLSGVLAPRCGTVT
LDGAPLHRLRPRERARRIAAVPQRPEHIPDQDALSLVLMGRYPHTTLLRGYGPDDHAAAL
AALRDTGCAHLAARGARTLSGGELQRVLLARALAQGADTLLLDEATAGLDVARALDILDL
LHARHRAGARIVAAVHDLNLAALYCSRLIFLKHGRVVEDGPVEQAFTAAVLSEVYETPVT
VQPHPVTGTPQACYVPGAFRMDMRVGLPPNPMGAAQADPTKSKRSPYYHDAPLAEPALPL
SGFSGHAQPRPATPPARCGEPEISAQTAPLPTGTQDD

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory