SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 8501868 FitnessBrowser__Miya:8501868 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 7 hits to proteins with known functional sites (download)

P76014 PEP-dependent dihydroxyacetone kinase, ADP-binding subunit DhaL; EC 2.7.1.121 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
54% identity, 97% coverage: 1:204/210 of query aligns to 1:204/210 of P76014

query
sites
P76014
M
 
M
Q
 
S
I
 
L
T
 
S
R
 
R
D
 
T
H
 
Q
I
 
I
L
 
V
T
 
N
W
 
W
L
 
L
A
 
T
R
 
R
L
 
C
G
 
G
D
 
D
I
 
I
M
 
F
R
 
S
D
 
T
N
 
E
R
 
S
T
 
E
Y
 
Y
L
 
L
T
 
T
D
 
G
L
 
L
D
|
D
A
 
R
A
 
E
I
 
I
G
 
G
D
|
D
A
 
A
D
|
D
H
|
H
G
|
G
I
x
L
N
|
N
M
 
M
D
 
N
R
 
R
G
 
G
F
 
F
S
 
S
K
 
K
V
 
V
Q
 
V
E
 
E
K
 
K
L
 
L
P
 
P
A
 
A
F
 
I
A
 
A
D
 
D
K
 
K
D
 
D
I
 
I
G
 
G
A
 
F
I
 
I
L
 
L
K
 
K
D
 
N
T
 
T
G
 
G
M
 
M
L
 
T
L
 
L
L
 
L
S
 
S
T
 
S
V
 
V
G
 
G
G
 
G
A
|
A
S
|
S
G
 
G
P
 
P
L
 
L
Y
 
F
G
 
G
T
 
T
F
 
F
F
 
F
M
 
I
K
 
R
A
 
A
G
 
A
L
 
Q
A
 
A
V
 
T
A
 
Q
G
 
A
K
 
R
D
 
Q
T
 
S
L
 
L
D
 
T
A
 
L
P
 
E
D
 
E
V
 
L
Q
 
Y
A
 
Q
L
 
M
L
 
F
D
 
R
A
 
D
G
 
G
V
 
A
D
 
D
G
 
G
V
 
V
V
 
I
S
 
S
R
 
R
G
|
G
R
 
K
P
 
A
V
 
E
L
 
P
H
 
G
D
 
D
K
 
K
T
 
T
M
|
M
F
 
C
D
 
D
A
 
V
W
 
W
K
 
V
P
 
P
A
 
V
I
 
V
D
 
E
A
 
S
Y
 
L
R
 
R
D
 
Q
A
 
S
V
 
S
A
 
E
G
 
Q
G
 
N
A
 
L
D
 
S
L
 
V
L
 
P
A
 
V
G
 
A
L
 
L
D
 
E
A
 
A
A
 
A
V
 
S
A
 
S
A
 
I
A
 
A
E
 
E
D
 
S
G
 
A
M
 
A
R
 
Q
G
 
S
T
 
T
I
 
I
P
 
T
L
 
M
Q
 
Q
A
 
A
H
 
R
K
 
K
G
 
G
R
|
R
A
 
A
S
 
S
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
E
 
E
R
 
R
S
 
S
I
 
I
G
 
G
H
 
H
Q
 
Q
D
|
D
P
|
P
G
|
G
A
 
A
T
 
T
S
 
S
T
 
V
V
 
M
L
 
F
L
 
M
L
 
M
T
 
Q
A
 
M
L
 
L

4lrzA Crystal structure of the e.Coli dhar(n)-dhal complex (see paper)
54% identity, 96% coverage: 3:204/210 of query aligns to 4:205/211 of 4lrzA

query
sites
4lrzA
I
 
L
T
 
S
R
 
R
D
 
T
H
 
Q
I
 
I
L
 
V
T
 
N
W
 
W
L
 
L
A
 
T
R
 
R
L
 
C
G
 
G
D
 
D
I
 
I
M
 
F
R
 
S
D
 
T
N
 
E
R
 
S
T
 
E
Y
 
Y
L
 
L
T
 
T
D
 
G
L
 
L
D
|
D
A
 
R
A
 
E
I
 
I
G
 
G
D
|
D
A
 
A
D
|
D
H
|
H
G
 
G
I
 
L
N
 
N
M
 
M
D
 
N
R
 
R
G
 
G
F
 
F
S
 
S
K
 
K
V
 
V
Q
 
V
E
 
E
K
 
K
L
 
L
P
 
P
A
 
A
F
 
I
A
 
A
D
 
D
K
 
K
D
 
D
I
 
I
G
 
G
A
 
F
I
 
I
L
 
L
K
 
K
D
 
N
T
 
T
G
 
G
M
 
M
L
 
T
L
 
L
L
 
L
S
 
S
T
 
S
V
 
V
G
 
G
G
|
G
A
|
A
S
|
S
G
 
G
P
 
P
L
|
L
Y
 
F
G
 
G
T
 
T
F
 
F
F
 
F
M
 
I
K
 
R
A
 
A
G
 
A
L
 
Q
A
 
A
V
 
T
A
 
Q
G
 
A
K
 
R
D
 
Q
T
 
S
L
 
L
D
 
T
A
 
L
P
 
E
D
 
E
V
 
L
Q
 
Y
A
 
Q
L
 
M
L
 
F
D
 
R
A
 
D
G
 
G
V
 
A
D
 
D
G
 
G
V
 
V
V
 
I
S
 
S
R
 
R
G
|
G
R
 
K
P
 
A
V
 
E
L
 
P
H
 
G
D
 
D
K
 
K
T
|
T
M
|
M
F
 
C
D
 
D
A
 
V
W
 
W
K
 
V
P
 
P
A
 
V
I
 
V
D
 
E
A
 
S
Y
 
L
R
 
R
D
 
Q
A
 
S
V
 
S
A
 
E
G
 
Q
G
 
N
A
 
L
D
 
S
L
 
V
L
 
P
A
 
V
G
 
A
L
 
L
D
 
E
A
 
A
A
 
A
V
 
S
A
 
S
A
 
I
A
 
A
E
 
E
D
 
S
G
 
A
M
 
A
R
 
Q
G
 
S
T
 
T
I
 
I
P
 
T
L
 
M
Q
 
Q
A
 
A
H
 
R
K
 
K
G
|
G
R
 
R
A
 
A
S
 
S
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
E
 
E
R
 
R
S
 
S
I
 
I
G
 
G
H
 
H
Q
 
Q
D
|
D
P
|
P
G
|
G
A
 
A
T
 
T
S
 
S
T
 
V
V
 
M
L
 
F
L
 
M
L
 
M
T
 
Q
A
 
M
L
 
L

Q9CIV7 PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, ADP-binding subunit DhaL; EC 2.7.1.121 from Lactococcus lactis subsp. lactis (strain IL1403) (Streptococcus lactis) (see paper)
37% identity, 98% coverage: 3:208/210 of query aligns to 2:191/192 of Q9CIV7

query
sites
Q9CIV7
I
 
L
T
 
T
R
 
I
D
 
D
H
 
T
I
 
T
L
 
I
T
 
E
W
 
W
L
 
L
A
 
G
R
 
K
L
 
F
G
 
N
D
 
E
I
 
K
M
 
I
R
 
Q
D
 
E
N
 
N
R
 
K
T
 
A
Y
 
Y
L
 
L
T
 
S
D
 
E
L
 
L
D
|
D
A
 
G
A
 
P
I
 
I
G
 
G
D
|
D
A
 
G
D
|
D
H
|
H
G
|
G
I
x
A
N
|
N
M
 
M
D
 
A
R
 
R
G
 
G
F
 
M
S
 
S
K
 
E
V
 
T
Q
 
M
E
 
K
K
 
A
L
 
L
P
 
E
A
 
V
F
 
S
A
 
N
D
 
F
K
 
G
D
 
N
I
 
V
G
 
S
A
 
E
I
 
I
L
 
F
K
 
K
D
 
K
T
 
V
G
 
A
M
 
M
L
 
T
L
 
L
L
 
M
S
 
S
T
 
K
V
 
V
G
 
G
G
 
G
A
|
A
S
|
S
G
 
G
P
 
P
L
 
L
Y
 
Y
G
 
G
T
 
S
F
 
A
F
 
F
M
 
L
K
 
-
A
 
-
G
 
-
L
 
-
A
 
-
V
 
A
A
 
M
G
 
S
K
 
K
D
 
T
T
 
A
L
 
I
D
 
E
A
 
T
P
 
L
D
 
D
V
 
T
Q
 
S
A
 
E
L
 
L
L
 
I
D
 
Y
A
 
A
G
 
G
V
 
L
D
 
E
G
 
A
V
 
I
V
 
Q
S
 
K
R
|
R
G
|
G
R
 
K
P
 
A
V
 
Q
L
 
V
H
 
G
D
 
E
K
 
K
T
 
T
M
|
M
F
 
V
D
 
D
A
 
I
W
 
W
K
 
S
P
 
A
A
 
F
I
 
L
D
 
N
A
 
D
Y
 
L
R
 
Q
D
 
T
A
 
D
V
 
S
A
 
A
G
 
S
G
 
K
A
 
D
D
 
N
L
 
L
L
 
-
A
 
-
G
 
-
L
 
-
D
 
-
A
 
-
A
 
-
V
 
-
A
 
-
A
 
-
A
 
-
E
 
E
D
 
K
G
 
V
M
 
V
R
 
K
G
 
A
T
 
S
I
 
A
P
 
G
L
 
L
Q
 
L
A
 
A
H
 
T
K
 
K
G
 
G
R
|
R
A
 
A
S
 
S
Y
|
Y
L
 
L
G
 
G
E
 
E
R
 
R
S
 
S
I
 
I
G
 
G
H
 
H
Q
 
I
D
|
D
P
|
P
G
|
G
A
 
T
T
 
Q
S
 
S
T
 
S
V
 
A
L
 
Y
L
 
L
L
 
F
T
 
E
A
 
T
L
 
L
R
 
L
D
 
E
V
 
V
V
 
V

3cr3A Structure of a transient complex between dha-kinase subunits dham and dhal from lactococcus lactis (see paper)
37% identity, 98% coverage: 3:208/210 of query aligns to 2:191/192 of 3cr3A

query
sites
3cr3A
I
 
L
T
 
T
R
 
I
D
 
D
H
 
T
I
 
T
L
 
I
T
 
E
W
 
W
L
 
L
A
 
G
R
 
K
L
 
F
G
 
N
D
 
E
I
 
K
M
 
I
R
 
Q
D
 
E
N
 
N
R
 
K
T
 
A
Y
 
Y
L
 
L
T
 
S
D
 
E
L
 
L
D
|
D
A
 
G
A
 
P
I
 
I
G
 
G
D
|
D
A
 
G
D
|
D
H
|
H
G
 
G
I
 
A
N
|
N
M
 
M
D
 
A
R
 
R
G
 
G
F
 
M
S
 
S
K
 
E
V
 
T
Q
 
M
E
 
K
K
 
A
L
 
L
P
 
E
A
 
V
F
 
S
A
 
N
D
 
F
K
 
G
D
 
N
I
 
V
G
 
S
A
 
E
I
 
I
L
 
F
K
 
K
D
 
K
T
 
V
G
 
A
M
 
M
L
 
T
L
 
L
L
 
M
S
 
S
T
 
K
V
 
V
G
 
G
G
|
G
A
|
A
S
|
S
G
 
G
P
 
P
L
|
L
Y
 
Y
G
 
G
T
 
S
F
 
A
F
 
F
M
 
L
K
 
-
A
 
-
G
 
-
L
 
-
A
 
-
V
 
A
A
 
M
G
 
S
K
 
K
D
 
T
T
 
A
L
 
I
D
 
E
A
 
T
P
 
L
D
 
D
V
 
T
Q
 
S
A
 
E
L
 
L
L
 
I
D
 
Y
A
 
A
G
 
G
V
 
L
D
 
E
G
 
A
V
 
I
V
 
Q
S
 
K
R
 
R
G
|
G
R
 
K
P
x
A
V
 
Q
L
 
V
H
 
G
D
 
E
K
 
K
T
|
T
M
 
M
F
 
V
D
 
D
A
 
I
W
 
W
K
 
S
P
 
A
A
 
F
I
 
L
D
 
N
A
 
D
Y
 
L
R
 
Q
D
 
T
A
 
D
V
 
S
A
 
A
G
 
S
G
 
K
A
 
D
D
 
N
L
 
L
L
 
-
A
 
-
G
 
-
L
 
-
D
 
-
A
 
-
A
 
-
V
 
-
A
 
-
A
 
-
A
 
-
E
 
E
D
 
K
G
 
V
M
 
V
R
 
K
G
 
A
T
 
S
I
 
A
P
 
G
L
 
L
Q
 
L
A
 
A
H
 
T
K
 
K
G
 
G
R
 
R
A
 
A
S
 
S
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
E
 
E
R
 
R
S
 
S
I
 
I
G
 
G
H
 
H
Q
 
I
D
|
D
P
|
P
G
|
G
A
 
T
T
 
Q
S
 
S
T
 
S
V
 
A
L
 
Y
L
 
L
L
 
F
T
 
E
A
 
T
L
 
L
R
 
L
D
 
E
V
 
V
V
 
V

Q3LXA3 Triokinase/FMN cyclase; Bifunctional ATP-dependent dihydroxyacetone kinase/FAD-AMP lyase (cyclizing); EC 2.7.1.28; EC 2.7.1.29; EC 4.6.1.15 from Homo sapiens (Human) (see 4 papers)
32% identity, 87% coverage: 12:193/210 of query aligns to 378:558/575 of Q3LXA3

query
sites
Q3LXA3
L
 
L
A
 
E
R
 
R
L
 
V
G
 
C
D
 
S
I
 
T
M
 
L
R
 
L
D
 
G
N
 
L
R
 
E
T
 
E
Y
 
H
L
 
L
T
 
N
D
 
A
L
 
L
D
 
D
A
 
R
A
 
A
I
 
A
G
 
G
D
|
D
A
 
G
D
|
D
H
x
C
G
 
G
I
 
T
N
 
T
M
 
H
D
 
S
R
 
R
G
 
A
F
 
A
S
 
R
K
 
A
V
 
I
Q
 
Q
E
 
E
K
 
W
L
 
L
-
 
K
-
 
E
-
 
G
-
 
P
-
 
P
P
 
P
A
 
A
F
 
S
A
 
P
D
 
A
K
 
Q
D
 
L
I
 
L
G
 
S
A
 
K
I
 
L
L
 
S
K
 
V
D
 
L
T
 
L
G
 
-
M
 
-
L
 
-
L
 
-
L
 
L
S
 
E
T
 
K
V
 
M
G
 
G
G
|
G
A
x
S
S
 
S
G
 
G
P
 
A
L
 
L
Y
 
Y
G
 
G
T
 
L
F
 
F
F
 
L
M
 
T
K
 
A
A
 
A
G
 
A
L
 
Q
A
 
P
V
 
L
A
 
K
G
 
A
K
 
K
D
 
T
T
 
S
L
 
L
D
 
-
A
 
-
P
 
P
D
 
A
V
 
W
Q
 
S
A
 
A
L
 
A
L
 
M
D
 
D
A
 
A
G
 
G
V
 
L
D
 
E
G
 
A
V
 
M
V
 
Q
S
 
K
R
 
Y
G
 
G
R
 
K
P
 
A
V
 
A
L
 
P
H
 
G
D
 
D
K
 
R
T
 
T
M
 
M
F
 
L
D
 
D
A
 
S
W
 
L
K
 
W
P
 
A
A
 
A
I
 
G
D
 
Q
A
 
E
Y
 
L
R
 
Q
D
 
A
A
 
W
V
 
K
A
 
S
G
 
P
G
 
G
A
 
A
D
 
D
L
 
L
L
 
L
A
 
Q
G
 
V
L
 
L
D
 
T
A
 
K
A
 
A
V
 
V
A
 
K
A
 
S
A
 
A
E
 
E
D
 
A
G
 
A
M
 
A
R
 
E
G
 
A
T
 
T
I
 
K
P
 
N
L
 
M
Q
 
E
A
 
A
H
 
G
K
 
A
G
 
G
R
|
R
A
 
A
S
 
S
Y
 
Y
L
 
I
G
 
S
E
 
S
R
 
A
S
 
R
I
 
L
G
 
E
H
 
Q
Q
 
P
D
|
D
P
 
P
G
 
G

Sites not aligning to the query:

P45510 Dihydroxyacetone kinase; DHA kinase; Glycerone kinase; EC 2.7.1.29 from Citrobacter freundii (see 2 papers)
31% identity, 90% coverage: 19:206/210 of query aligns to 369:548/552 of P45510

query
sites
P45510
M
 
L
R
 
S
D
 
D
N
 
L
R
 
E
T
 
T
Y
 
H
L
 
L
T
 
N
D
 
A
L
 
L
D
|
D
A
 
A
A
 
K
I
 
V
G
 
G
D
|
D
A
x
G
D
|
D
H
x
T
G
 
G
I
 
S
N
 
T
M
 
F
D
 
A
R
 
A
G
 
A
F
 
A
S
 
R
K
 
E
V
 
I
-
 
A
-
 
S
-
 
L
-
 
L
-
 
H
Q
 
R
E
 
Q
K
 
Q
L
 
L
P
 
P
A
 
L
F
 
-
A
 
-
D
 
-
K
 
N
D
 
N
I
 
L
G
 
A
A
 
T
I
 
L
L
 
F
K
 
A
D
 
L
T
 
I
G
 
G
M
 
E
L
 
R
L
 
L
L
 
T
S
 
V
T
 
V
V
 
M
G
 
G
G
 
G
A
x
S
S
|
S
G
 
G
P
 
V
L
 
L
Y
 
M
G
 
S
T
 
I
F
 
F
F
 
F
M
 
T
K
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
Q
A
 
K
V
 
L
A
 
E
-
 
Q
G
 
G
K
 
A
D
 
N
T
 
V
L
 
V
D
 
E
A
 
A
P
 
-
D
 
-
V
 
-
Q
 
-
A
 
-
L
 
-
L
 
L
D
 
N
A
 
T
G
 
G
V
 
L
D
 
A
G
 
Q
V
 
M
V
 
K
S
 
F
R
 
Y
G
|
G
R
 
G
P
 
A
V
 
D
L
 
E
H
 
G
D
 
D
K
 
R
T
|
T
M
|
M
F
 
I
D
 
D
A
 
A
W
 
L
K
 
Q
P
 
P
A
 
A
I
 
L
D
 
T
A
 
S
Y
 
L
R
 
-
D
 
-
A
 
-
V
 
L
A
 
A
G
 
Q
G
 
P
A
 
K
D
 
N
L
 
L
L
 
Q
A
 
A
G
 
A
L
 
F
D
 
D
A
 
A
A
 
A
V
 
Q
A
 
A
A
 
G
A
 
A
E
 
E
D
 
-
G
 
-
M
 
-
R
 
R
G
 
T
T
 
C
I
 
L
P
 
S
L
 
S
Q
 
K
A
 
A
H
 
N
K
 
A
G
 
G
R
 
R
A
 
A
S
 
S
Y
 
Y
L
 
L
G
 
S
E
 
S
R
 
E
S
 
S
-
 
L
I
 
L
G
 
G
H
 
N
Q
 
M
D
|
D
P
|
P
G
|
G
A
 
A
T
 
Q
S
 
R
T
 
L
V
 
A
L
 
M
L
 
V
L
 
F
T
 
K
A
 
A
L
 
L
R
 
A
D
 
E

Sites not aligning to the query:

1un9A Crystal structure of the dihydroxyacetone kinase from c. Freundii in complex with amp-pnp and mg2+ (see paper)
23% identity, 90% coverage: 19:206/210 of query aligns to 369:535/537 of 1un9A

query
sites
1un9A
M
 
L
R
 
S
D
 
D
N
 
L
R
 
E
T
 
T
Y
 
H
L
 
L
T
 
N
D
 
A
L
 
L
D
|
D
A
 
A
A
 
K
I
 
V
G
 
G
D
|
D
A
 
G
D
|
D
H
x
T
G
 
G
I
 
S
N
x
T
M
 
F
D
 
A
R
 
A
G
 
A
F
 
A
S
 
R
K
 
E
V
 
I
-
 
A
-
 
S
-
 
L
-
 
L
-
 
H
Q
 
R
E
 
Q
K
 
Q
L
 
L
P
 
P
A
 
L
F
 
-
A
 
-
D
 
-
K
 
N
D
 
N
I
 
L
G
 
A
A
 
T
I
 
L
L
 
F
K
 
A
D
 
L
T
 
I
G
 
G
M
 
E
L
 
R
L
 
L
L
 
T
S
 
V
T
 
V
V
 
M
G
 
G
G
|
G
A
x
S
S
|
S
G
 
G
P
 
V
L
|
L
Y
 
M
G
 
S
T
 
I
F
 
F
F
 
F
M
 
T
K
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
Q
A
 
K
V
 
L
A
 
E
-
 
Q
G
 
G
K
 
A
D
 
N
T
 
V
L
 
V
D
 
E
A
 
A
P
 
-
D
 
-
V
 
-
Q
 
-
A
 
-
L
 
-
L
 
L
D
 
N
A
 
T
G
 
G
V
 
L
D
 
A
G
 
Q
V
 
M
V
 
K
S
 
F
R
 
Y
G
|
G
R
 
G
P
x
A
V
 
D
L
 
E
H
 
G
D
 
D
K
 
R
T
|
T
M
|
M
F
 
I
D
 
D
A
 
A
W
 
L
K
 
Q
P
 
P
A
 
A
I
 
L
D
 
-
A
 
-
Y
 
-
R
 
-
D
 
-
A
 
-
V
 
-
A
 
-
G
 
-
G
 
-
A
 
-
D
 
-
L
 
-
L
 
-
A
 
-
G
 
-
L
 
-
D
 
-
A
 
T
A
 
S
V
 
L
A
 
L
A
 
A
A
 
Q
E
 
P
D
 
K
G
 
N
M
 
L
R
 
Q
G
 
A
T
 
A
I
 
F
P
 
D
L
 
A
Q
 
A
A
 
Q
H
 
A
K
 
G
G
 
A
R
 
E
A
 
R
S
 
T
Y
 
C
L
 
L
G
 
S
E
 
S
R
 
K
S
 
A
I
 
L
G
 
G
H
 
N
Q
 
M
D
|
D
P
 
P
G
|
G
A
 
A
T
 
Q
S
 
A
T
 
L
V
 
A
L
 
M
L
 
V
L
 
F
T
 
K
A
 
A
L
 
L
R
 
A
D
 
E

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>8501868 FitnessBrowser__Miya:8501868
MQITRDHILTWLARLGDIMRDNRTYLTDLDAAIGDADHGINMDRGFSKVQEKLPAFADKD
IGAILKDTGMLLLSTVGGASGPLYGTFFMKAGLAVAGKDTLDAPDVQALLDAGVDGVVSR
GRPVLHDKTMFDAWKPAIDAYRDAVAGGADLLAGLDAAVAAAEDGMRGTIPLQAHKGRAS
YLGERSIGHQDPGATSTVLLLTALRDVVRG

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory