SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 8502446 DvMF_3152 extracellular solute-binding protein family 3 (RefSeq) to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

5eyfB Crystal structure of solute-binding protein from enterococcus faecium with bound glutamate
41% identity, 86% coverage: 25:257/271 of query aligns to 6:239/243 of 5eyfB

query
sites
5eyfB
I
 
L
E
 
E
D
 
R
I
 
S
K
 
K
A
 
S
R
 
T
G
 
N
A
 
E
L
 
I
V
 
I
C
 
W
G
 
G
V
 
V
K
 
K
D
 
Y
S
 
D
T
 
T
V
 
R
P
 
L
F
 
F
G
 
G
Y
 
M
I
 
M
D
 
D
E
 
I
Q
 
E
S
 
S
K
 
R
Q
 
T
I
 
V
V
 
Q
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
V
D
 
D
I
 
I
C
 
A
K
 
K
A
 
A
V
 
I
A
 
T
D
 
K
K
 
K
L
 
I
-
 
L
-
 
G
-
 
D
G
 
N
V
 
G
K
 
K
L
 
T
E
 
E
L
 
F
K
 
V
T
 
E
V
 
V
T
 
T
S
|
S
A
 
K
T
 
T
R
|
R
I
 
I
P
 
P
M
 
L
L
 
L
T
 
K
Q
 
N
G
 
G
S
 
N
V
 
I
D
 
D
M
 
A
V
 
I
A
 
I
A
 
A
T
|
T
M
|
M
T
|
T
H
 
I
K
 
T
F
 
D
E
 
E
R
|
R
D
 
K
D
 
K
V
 
Q
I
 
V
D
 
D
F
 
F
S
 
S
I
 
D
T
 
V
Y
 
Y
F
 
F
M
 
D
D
 
A
G
 
G
Q
 
Q
K
 
A
L
 
L
L
 
L
V
 
V
K
 
K
K
 
K
G
 
G
G
 
S
G
 
Q
V
 
I
K
 
K
S
 
S
A
 
V
A
 
D
D
 
D
L
 
L
K
 
N
G
 
A
K
 
S
K
 
T
V
 
T
A
 
V
T
 
L
A
 
A
-
 
V
K
 
K
G
 
G
S
|
S
T
|
T
S
 
S
E
 
A
K
 
A
N
 
N
I
 
I
K
 
R
A
 
Q
A
 
H
Q
 
A
P
 
P
E
 
D
A
 
A
T
 
K
V
 
I
V
 
L
S
 
E
F
 
L
D
 
E
E
 
N
Y
|
Y
P
 
A
Q
 
E
A
 
A
F
 
F
L
 
T
A
 
A
L
 
L
K
 
Q
Q
 
S
G
 
G
K
 
Q
A
 
G
E
 
D
A
 
A
V
 
M
T
 
T
T
 
T
D
|
D
S
 
N
T
 
A
I
 
I
L
 
L
L
 
L
G
 
G
L
 
I
R
 
A
N
 
D
S
 
E
D
 
N
P
 
P
E
 
E
P
 
-
D
 
-
K
 
-
W
 
Y
E
 
E
I
 
L
V
 
V
G
 
G
D
 
G
Y
 
T
I
 
F
S
 
T
P
 
N
E
 
E
P
 
P
Y
 
Y
G
 
G
L
 
I
G
 
A
L
 
I
A
 
N
E
 
K
N
 
G
D
 
Q
S
 
E
K
 
N
F
 
F
R
 
L
D
 
K
L
 
A
V
 
V
N
 
N
R
 
Q
T
 
A
L
 
L
V
 
E
D
 
E
L
 
M
W
 
H
N
 
A
S
 
D
G
 
G
E
 
T
Y
 
Y
V
 
D
K
 
K
L
 
I
Y
 
Y
D
 
Q
K
 
K
W
 
W
F
 
F
G
 
P
K
 
N
D
 
E
T
 
T
K
 
E

4zv2A An ancestral arginine-binding protein bound to glutamine (see paper)
43% identity, 83% coverage: 31:254/271 of query aligns to 3:225/225 of 4zv2A

query
sites
4zv2A
R
 
R
G
 
G
A
 
T
L
 
L
V
 
R
C
 
V
G
 
G
V
 
T
K
x
E
D
 
A
S
 
T
T
x
F
V
 
P
P
 
P
F
 
F
G
 
G
Y
 
F
I
 
K
D
 
D
E
 
E
Q
 
N
S
 
G
K
 
K
Q
 
-
I
 
L
V
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
I
D
 
D
I
 
L
C
 
A
K
 
K
A
 
A
V
 
I
A
 
A
D
 
K
K
 
K
L
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
K
L
 
V
E
 
E
L
 
F
K
 
K
T
 
P
V
 
M
T
 
D
S
x
F
A
 
D
T
 
G
R
 
I
I
 
I
P
 
P
M
 
A
L
 
L
T
 
Q
Q
 
S
G
 
G
S
 
K
V
 
I
D
 
D
M
 
V
V
 
V
A
 
I
A
 
A
T
x
G
M
|
M
T
|
T
H
 
I
K
 
T
F
 
E
E
 
E
R
|
R
D
 
K
D
 
K
V
 
Q
I
 
V
D
 
D
F
 
F
S
 
S
I
 
D
T
 
P
Y
 
Y
F
 
F
M
 
E
D
 
A
G
 
G
Q
 
Q
K
 
A
L
 
I
L
 
V
V
 
V
K
 
K
K
 
K
G
 
G
G
 
N
-
 
D
G
 
S
V
 
I
K
 
K
S
 
S
A
 
L
A
 
E
D
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
K
K
 
K
V
 
V
A
 
G
T
 
V
A
 
Q
K
 
L
G
 
G
S
|
S
T
|
T
S
 
S
E
 
E
K
 
Q
N
 
H
I
 
V
K
 
K
A
 
K
A
 
V
Q
 
A
P
 
A
E
 
G
A
 
V
T
 
K
V
 
V
V
 
K
S
 
K
F
 
F
D
 
D
E
 
N
Y
 
F
P
 
S
Q
 
E
A
 
A
F
 
F
L
 
Q
A
 
E
L
 
L
K
 
K
Q
 
S
G
 
G
K
 
R
A
 
V
E
 
D
A
 
A
V
 
V
T
 
V
T
 
T
D
|
D
S
 
N
T
 
A
I
 
V
L
 
A
L
 
L
G
 
A
L
 
Y
R
 
V
N
 
K
S
 
Q
D
 
N
P
 
P
E
 
N
P
 
A
D
 
G
K
 
-
W
 
V
E
 
K
I
 
I
V
 
V
G
 
G
D
 
E
Y
 
T
I
 
F
S
 
S
P
 
G
E
 
E
P
 
P
Y
 
Y
G
 
G
L
 
I
G
 
A
L
 
V
A
 
R
E
 
K
N
 
G
D
 
N
S
 
S
K
 
E
F
 
L
R
 
L
D
 
E
L
 
K
V
 
I
N
 
N
R
 
K
T
 
A
L
 
L
V
 
E
D
 
E
L
 
M
W
 
K
N
 
K
S
 
D
G
 
G
E
 
T
Y
 
Y
V
 
D
K
 
K
L
 
I
Y
 
Y
D
 
E
K
 
K
W
 
W
F
 
F
G
 
G
K
 
E

4zv1A An ancestral arginine-binding protein bound to arginine (see paper)
43% identity, 82% coverage: 31:253/271 of query aligns to 3:226/226 of 4zv1A

query
sites
4zv1A
R
 
R
G
 
G
A
 
T
L
 
L
V
 
R
C
 
V
G
 
G
V
 
T
K
x
E
D
 
A
S
 
T
T
x
F
V
 
P
P
 
P
F
 
F
G
 
G
Y
 
F
I
 
K
D
 
D
E
 
E
Q
 
N
S
 
G
K
 
K
Q
 
-
I
 
L
V
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
I
D
 
D
I
 
L
C
 
A
K
 
K
A
 
A
V
 
I
A
 
A
D
 
K
K
 
K
L
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
K
L
 
V
E
 
E
L
 
F
K
 
K
T
 
P
V
 
M
T
 
D
S
x
F
A
 
D
T
 
G
R
 
I
I
 
I
P
 
P
M
 
A
L
 
L
T
 
Q
Q
 
S
G
 
G
S
 
K
V
 
I
D
 
D
M
 
V
V
 
V
A
 
I
A
|
A
T
x
G
M
|
M
T
|
T
H
 
I
K
 
T
F
 
E
E
 
E
R
|
R
D
 
K
D
 
K
V
 
Q
I
 
V
D
 
D
F
 
F
S
 
S
I
 
D
T
 
P
Y
 
Y
F
 
F
M
 
E
D
 
A
G
 
G
Q
 
Q
K
 
A
L
 
I
L
 
V
V
 
V
K
 
K
K
 
K
G
 
G
G
 
N
-
 
D
G
 
S
V
 
I
K
 
K
S
 
S
A
 
L
A
 
E
D
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
K
K
 
K
V
 
V
A
 
G
T
 
V
A
x
Q
K
 
L
G
 
G
S
|
S
T
|
T
S
 
S
E
 
E
K
 
Q
N
 
H
I
 
V
K
 
K
A
 
K
A
 
V
Q
 
A
P
 
K
E
 
D
A
 
A
-
 
G
-
 
V
T
 
K
V
 
V
V
 
K
S
 
K
F
 
F
D
 
D
E
 
N
Y
 
F
P
 
S
Q
 
E
A
 
A
F
 
F
L
 
Q
A
 
E
L
 
L
K
 
K
Q
 
S
G
 
G
K
 
R
A
 
V
E
 
D
A
 
A
V
 
V
T
 
V
T
 
T
D
|
D
S
 
N
T
 
A
I
 
V
L
 
A
L
 
L
G
 
A
L
 
Y
R
 
V
N
 
K
S
 
Q
D
 
N
P
 
P
E
 
N
P
 
A
D
 
G
K
 
-
W
 
V
E
 
K
I
 
I
V
 
V
G
 
G
D
 
E
Y
 
T
I
 
F
S
 
S
P
 
G
E
 
E
P
 
P
Y
 
Y
G
 
G
L
 
I
G
 
A
L
 
V
A
 
R
E
 
K
N
 
G
D
 
N
S
 
S
K
 
E
F
 
L
R
 
L
D
 
E
L
 
K
V
 
I
N
 
N
R
 
K
T
 
A
L
 
L
V
 
E
D
 
E
L
 
M
W
 
K
N
 
K
S
 
D
G
 
G
E
 
T
Y
 
Y
V
 
D
K
 
K
L
 
I
Y
 
Y
D
 
E
K
 
K
W
 
W
F
 
F
G
 
G

2vhaA Debp (see paper)
37% identity, 86% coverage: 20:252/271 of query aligns to 3:245/276 of 2vhaA

query
sites
2vhaA
A
 
A
H
 
A
A
 
G
G
 
S
K
 
T
I
 
L
E
 
D
D
 
K
I
 
I
K
 
A
A
 
K
R
 
N
G
 
G
A
 
V
L
 
I
V
 
V
C
 
V
G
 
G
V
 
H
K
x
R
D
 
E
S
 
S
T
 
S
V
 
V
P
 
P
F
 
F
G
 
S
Y
 
Y
I
 
Y
D
 
D
E
 
N
Q
 
Q
S
 
Q
K
 
K
Q
 
-
I
 
V
V
 
V
G
 
G
F
 
Y
D
 
S
I
 
Q
D
 
D
-
 
Y
-
 
S
-
 
N
-
 
A
I
 
I
C
 
V
K
 
E
A
 
A
V
 
V
A
 
K
D
 
K
K
 
K
L
 
L
G
 
N
-
 
K
-
 
P
-
 
D
V
 
L
K
 
Q
L
 
V
E
 
K
L
 
L
K
 
I
T
 
P
V
 
I
T
 
T
S
|
S
A
 
Q
T
 
N
R
|
R
I
 
I
P
 
P
M
 
L
L
 
L
T
 
Q
Q
 
N
G
 
G
S
 
T
V
 
F
D
 
D
M
 
F
V
 
E
A
 
C
A
 
G
T
x
S
M
x
T
T
|
T
H
 
N
K
 
N
F
 
V
E
 
E
R
|
R
D
 
Q
D
 
K
V
 
Q
I
 
A
D
 
A
F
 
F
S
 
S
I
 
D
T
 
T
Y
 
I
F
 
F
M
 
V
D
 
V
G
 
G
Q
 
T
K
 
R
L
 
L
L
 
L
V
 
T
K
 
K
K
 
K
G
 
G
G
 
G
G
 
D
V
 
I
K
 
K
S
 
D
A
 
F
A
 
A
D
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
K
K
 
A
V
 
V
A
 
V
T
 
V
A
 
T
K
 
S
G
 
G
S
x
T
T
|
T
S
 
S
E
 
E
K
 
V
N
 
L
I
 
L
K
 
N
A
 
K
A
 
L
Q
 
N
P
 
E
E
 
E
A
 
Q
-
 
K
-
 
M
-
 
N
-
 
M
T
 
R
V
 
I
V
 
I
S
 
S
F
 
A
D
 
K
E
 
D
Y
x
H
P
 
G
Q
 
D
A
 
S
F
 
F
L
 
R
A
 
T
L
 
L
K
 
E
Q
 
S
G
 
G
K
 
R
A
 
A
E
 
V
A
 
A
V
 
F
T
 
M
T
x
M
D
|
D
S
 
D
T
 
A
I
 
L
L
 
L
L
 
A
G
 
G
L
 
E
R
 
R
N
 
A
S
 
K
D
 
A
P
 
K
E
 
K
P
 
P
D
 
D
K
 
N
W
 
W
E
 
D
I
 
I
V
 
V
G
 
G
D
 
K
Y
 
P
I
 
Q
S
 
S
P
 
Q
E
 
E
P
 
A
Y
 
Y
G
 
G
L
 
C
G
 
M
L
 
L
A
 
R
E
 
K
N
 
D
D
 
D
S
 
P
K
 
Q
F
 
F
R
 
K
D
 
K
L
 
L
V
 
M
N
 
D
R
 
D
T
 
T
L
 
I
V
 
A
D
 
Q
L
 
V
W
 
Q
N
 
T
S
 
S
G
 
G
E
 
E
Y
 
A
V
 
E
K
 
K
L
 
W
Y
 
F
D
 
D
K
 
K
W
 
W
F
 
F

2ia4B Crystal structure of novel amino acid binding protein from shigella flexneri
37% identity, 86% coverage: 20:252/271 of query aligns to 4:246/278 of 2ia4B

query
sites
2ia4B
A
 
A
H
 
A
A
 
G
G
 
S
K
 
T
I
 
L
E
 
D
D
 
K
I
 
I
K
 
A
A
 
K
R
 
N
G
 
G
A
 
V
L
 
I
V
 
V
C
 
V
G
 
G
V
 
H
K
x
R
D
 
E
S
 
S
T
 
S
V
 
V
P
 
P
F
 
F
G
 
S
Y
 
Y
I
 
Y
D
 
D
E
 
N
Q
 
Q
S
 
Q
K
 
K
Q
 
-
I
 
V
V
 
V
G
 
G
F
 
Y
D
 
S
I
 
Q
D
 
D
-
 
Y
-
 
S
-
 
N
-
 
A
I
 
I
C
 
V
K
 
E
A
 
A
V
 
V
A
 
K
D
 
K
K
 
K
L
 
L
G
 
N
-
 
K
-
 
P
-
 
D
V
 
L
K
 
Q
L
 
V
E
 
K
L
 
L
K
 
I
T
 
P
V
 
I
T
 
T
S
|
S
A
 
Q
T
 
N
R
|
R
I
 
I
P
 
P
M
 
L
L
 
L
T
 
Q
Q
 
N
G
 
G
S
 
T
V
 
F
D
 
D
M
 
F
V
 
E
A
 
C
A
 
G
T
x
S
M
x
T
T
|
T
H
 
N
K
 
N
F
 
V
E
 
E
R
|
R
D
 
Q
D
 
K
V
 
Q
I
 
A
D
 
A
F
 
F
S
 
S
I
 
D
T
 
T
Y
 
I
F
 
F
M
 
V
D
 
V
G
 
G
Q
 
T
K
 
R
L
 
L
L
 
L
V
 
T
K
 
K
K
 
K
G
 
G
G
 
G
G
 
D
V
 
I
K
 
K
S
 
D
A
 
F
A
 
A
D
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
K
K
 
A
V
 
V
A
 
V
T
 
V
A
 
T
K
 
S
G
 
G
S
x
T
T
|
T
S
 
S
E
 
E
K
 
V
N
 
L
I
 
L
K
 
N
A
 
K
A
 
L
Q
 
N
P
 
E
E
 
E
A
 
Q
-
 
K
-
 
M
-
 
N
-
 
M
T
 
R
V
 
I
V
 
I
S
 
S
F
 
A
D
 
K
E
 
D
Y
x
H
P
 
G
Q
 
D
A
 
S
F
 
F
L
 
R
A
 
T
L
 
L
K
 
E
Q
 
S
G
 
G
K
 
R
A
 
A
E
 
V
A
 
A
V
 
F
T
 
M
T
x
M
D
|
D
S
 
D
T
 
A
I
 
L
L
 
L
L
 
A
G
 
G
L
 
E
R
 
R
N
 
A
S
 
K
D
 
A
P
 
K
E
 
K
P
 
P
D
 
D
K
 
N
W
 
W
E
 
D
I
 
I
V
 
V
G
 
G
D
 
K
Y
 
P
I
 
Q
S
 
S
P
 
Q
E
 
E
P
 
A
Y
 
Y
G
 
G
L
 
C
G
 
M
L
 
L
A
 
R
E
 
K
N
 
D
D
 
D
S
 
P
K
 
Q
F
 
F
R
 
K
D
 
K
L
 
L
V
 
M
N
 
D
R
 
D
T
 
T
L
 
I
V
 
A
D
 
Q
L
 
V
W
 
Q
N
 
T
S
 
S
G
 
G
E
 
E
Y
 
A
V
 
E
K
 
K
L
 
W
Y
 
F
D
 
D
K
 
K
W
 
W
F
 
F

8ovoA X-ray structure of the sf-iglusnfr-s72a in complex with l-aspartate
36% identity, 86% coverage: 20:252/271 of query aligns to 1:243/503 of 8ovoA

query
sites
8ovoA
A
 
A
H
 
A
A
 
G
G
 
S
K
 
T
I
 
L
E
 
D
D
 
K
I
 
I
K
 
A
A
 
K
R
 
N
G
 
G
A
 
V
L
 
I
V
 
V
C
 
V
G
 
G
V
 
H
K
x
R
D
 
E
S
 
S
T
 
S
V
 
V
P
 
P
F
 
F
G
 
S
Y
 
Y
I
 
Y
D
 
D
E
 
N
Q
 
Q
S
 
Q
K
 
K
Q
 
-
I
 
V
V
 
V
G
 
G
F
 
Y
D
 
S
I
 
Q
D
 
D
-
 
Y
-
 
S
-
 
N
-
 
A
I
 
I
C
 
V
K
 
E
A
 
A
V
 
V
A
 
K
D
 
K
K
 
K
L
 
L
G
 
N
-
 
K
-
 
P
-
 
D
V
 
L
K
 
Q
L
 
V
E
 
K
L
 
L
K
 
I
T
 
P
V
 
I
T
 
T
S
 
A
A
 
Q
T
 
N
R
|
R
I
 
I
P
 
P
M
 
L
L
 
L
T
 
Q
Q
 
N
G
 
G
S
 
T
V
 
F
D
 
D
M
 
F
V
 
E
A
 
C
A
 
G
T
x
S
M
 
T
T
|
T
H
 
N
K
 
N
F
 
V
E
 
E
R
|
R
D
 
Q
D
 
K
V
 
Q
I
 
A
D
 
A
F
 
F
S
 
S
I
 
D
T
 
T
Y
 
I
F
 
F
M
 
V
D
 
V
G
 
G
Q
 
T
K
 
R
L
 
L
L
 
L
V
 
T
K
 
K
K
 
K
G
 
G
G
 
G
G
 
D
V
 
I
K
 
K
S
 
D
A
 
F
A
 
A
D
 
N
L
 
L
K
 
K
G
 
D
K
 
K
K
 
A
V
 
V
A
 
V
T
 
V
A
 
T
K
 
S
G
 
G
S
x
T
T
|
T
S
 
S
E
 
E
K
 
V
N
 
L
I
 
L
K
 
N
A
 
K
A
 
L
Q
 
N
P
 
E
E
 
E
A
 
Q
-
 
K
-
 
M
-
 
N
-
 
M
T
 
R
V
 
I
V
 
I
S
 
S
F
 
A
D
 
K
E
 
D
Y
x
H
P
 
G
Q
 
D
A
 
S
F
 
F
L
 
R
A
 
T
L
 
L
K
 
E
Q
 
S
G
 
G
K
 
R
A
 
A
E
 
V
A
 
A
V
 
F
T
 
M
T
 
M
D
|
D
S
 
D
T
 
V
I
 
L
L
 
L
L
 
A
G
 
G
L
 
E
R
 
R
N
 
A
S
 
K
D
 
A
P
 
K
E
 
K
P
 
P
D
 
D
K
 
N
W
 
W
E
 
E
I
 
I
V
 
V
G
 
G
D
 
K
Y
 
P
I
 
Q
S
 
S
P
 
Q
E
 
E
P
 
A
Y
 
Y
G
 
G
L
 
C
G
 
M
L
 
L
A
 
R
E
 
K
N
 
D
D
 
D
S
 
P
K
 
Q
F
 
F
R
 
K
D
 
K
L
 
L
V
 
M
N
 
D
R
 
D
T
 
T
L
 
I
V
 
A
D
 
Q
L
 
V
W
 
Q
N
 
T
S
 
S
G
 
G
E
 
E
Y
 
A
V
 
E
K
 
K
L
 
W
Y
 
F
D
 
D
K
 
K
W
 
W
F
 
F

6h20A Glnh bound to asn, mycobacterium tuberculosis (see paper)
35% identity, 84% coverage: 25:252/271 of query aligns to 44:271/287 of 6h20A

query
sites
6h20A
I
 
V
E
 
A
D
 
D
I
 
I
K
 
R
A
 
A
R
 
R
G
 
G
A
 
R
L
 
L
V
 
I
C
 
V
G
 
G
V
 
L
K
 
D
D
 
I
S
 
G
T
 
S
V
 
N
P
 
L
F
 
F
G
 
S
Y
 
F
I
 
R
D
 
D
E
 
P
Q
 
I
S
 
T
K
 
G
Q
 
E
I
 
I
V
 
T
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
V
D
 
D
I
 
I
C
 
A
K
 
G
A
 
E
V
 
V
A
 
A
-
 
R
D
 
D
K
 
I
L
 
F
G
 
G
V
 
V
-
 
P
-
 
S
K
 
H
L
 
V
E
 
E
L
 
Y
K
 
R
T
 
I
V
 
L
T
 
S
S
 
A
A
 
A
T
 
E
R
|
R
I
 
V
P
 
T
M
 
A
L
 
L
T
 
Q
Q
 
K
G
 
S
S
 
Q
V
 
V
D
 
D
M
 
I
V
 
V
A
 
V
A
 
K
T
|
T
M
 
M
T
x
S
H
 
I
K
 
T
F
 
C
E
 
E
R
|
R
D
 
R
D
 
K
V
 
L
I
 
V
D
 
N
F
 
F
S
 
S
I
 
T
T
 
V
Y
 
Y
F
 
L
M
 
D
D
 
A
G
 
N
Q
 
Q
K
 
R
L
 
I
L
 
L
V
 
A
K
 
P
K
 
R
G
 
D
G
 
S
G
 
P
V
 
I
K
 
T
S
 
K
A
 
V
A
 
S
D
 
D
L
 
L
K
 
S
G
 
G
K
 
K
K
 
R
V
 
V
A
 
C
T
 
V
A
 
A
K
 
R
G
 
G
S
x
T
T
|
T
S
 
S
E
 
L
K
 
R
N
 
R
I
 
I
K
 
R
A
 
E
A
 
I
Q
 
A
P
 
P
E
 
P
A
 
P
T
 
V
V
 
I
V
 
V
S
 
S
F
 
V
D
 
V
E
 
N
Y
x
W
P
 
A
Q
 
D
A
 
C
F
 
L
L
 
V
A
 
A
L
 
L
K
 
Q
Q
 
Q
G
 
R
K
 
E
A
 
I
E
 
D
A
 
A
V
 
V
T
 
S
T
 
T
D
|
D
S
 
D
T
 
T
I
 
I
L
 
L
L
 
A
G
 
G
L
 
L
R
 
V
N
 
E
S
 
E
D
 
D
P
 
P
E
 
-
P
 
-
D
 
-
K
 
Y
W
 
L
E
 
H
I
 
I
V
 
V
G
 
G
D
 
P
Y
 
D
I
 
M
S
 
A
P
 
D
E
 
Q
P
 
P
Y
 
Y
G
 
G
L
 
V
G
 
G
L
 
I
A
 
N
E
 
L
N
 
D
D
 
N
S
 
T
K
 
G
F
 
L
R
 
V
D
 
R
L
 
F
V
 
V
N
 
N
R
 
G
T
 
T
L
 
L
V
 
E
D
 
R
L
 
I
W
 
R
N
 
N
S
 
D
G
 
G
E
 
T
Y
 
W
V
 
N
K
 
T
L
 
L
Y
 
Y
D
 
R
K
 
K
W
 
W
F
 
L

6h1uA Glnh bound to asp, mycobacterium tuberculosis (see paper)
35% identity, 84% coverage: 25:252/271 of query aligns to 44:271/287 of 6h1uA

query
sites
6h1uA
I
 
V
E
 
A
D
 
D
I
 
I
K
 
R
A
 
A
R
 
R
G
 
G
A
 
R
L
 
L
V
 
I
C
 
V
G
 
G
V
 
L
K
 
D
D
 
I
S
 
G
T
 
S
V
 
N
P
 
L
F
 
F
G
 
S
Y
 
F
I
 
R
D
 
D
E
 
P
Q
 
I
S
 
T
K
 
G
Q
 
E
I
 
I
V
 
T
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
V
D
 
D
I
 
I
C
 
A
K
 
G
A
 
E
V
 
V
A
 
A
-
 
R
D
 
D
K
 
I
L
 
F
G
 
G
V
 
V
-
 
P
-
 
S
K
 
H
L
 
V
E
 
E
L
 
Y
K
 
R
T
 
I
V
 
L
T
 
S
S
 
A
A
 
A
T
 
E
R
|
R
I
 
V
P
 
T
M
 
A
L
 
L
T
 
Q
Q
 
K
G
 
S
S
 
Q
V
 
V
D
 
D
M
 
I
V
 
V
A
 
V
A
 
K
T
|
T
M
 
M
T
x
S
H
 
I
K
 
T
F
 
C
E
 
E
R
|
R
D
 
R
D
 
K
V
 
L
I
 
V
D
 
N
F
 
F
S
 
S
I
 
T
T
 
V
Y
 
Y
F
 
L
M
 
D
D
 
A
G
 
N
Q
 
Q
K
 
R
L
 
I
L
 
L
V
 
A
K
 
P
K
 
R
G
 
D
G
 
S
G
 
P
V
 
I
K
 
T
S
 
K
A
 
V
A
 
S
D
 
D
L
 
L
K
 
S
G
 
G
K
 
K
K
 
R
V
 
V
A
 
C
T
 
V
A
 
A
K
 
R
G
 
G
S
x
T
T
|
T
S
 
S
E
 
L
K
 
R
N
 
R
I
 
I
K
 
R
A
 
E
A
 
I
Q
 
A
P
 
P
E
 
P
A
 
P
T
 
V
V
 
I
V
 
V
S
 
S
F
 
V
D
 
V
E
 
N
Y
x
W
P
 
A
Q
 
D
A
 
C
F
 
L
L
 
V
A
 
A
L
 
L
K
 
Q
Q
 
Q
G
 
R
K
 
E
A
 
I
E
 
D
A
 
A
V
 
V
T
 
S
T
 
T
D
|
D
S
 
D
T
 
T
I
|
I
L
 
L
L
 
A
G
 
G
L
 
L
R
 
V
N
 
E
S
 
E
D
 
D
P
 
P
E
 
-
P
 
-
D
 
-
K
 
Y
W
 
L
E
 
H
I
 
I
V
 
V
G
 
G
D
 
P
Y
 
D
I
 
M
S
 
A
P
 
D
E
 
Q
P
 
P
Y
 
Y
G
 
G
L
 
V
G
 
G
L
 
I
A
 
N
E
 
L
N
 
D
D
 
N
S
 
T
K
 
G
F
 
L
R
 
V
D
 
R
L
 
F
V
 
V
N
 
N
R
 
G
T
 
T
L
 
L
V
 
E
D
 
R
L
 
I
W
 
R
N
 
N
S
 
D
G
 
G
E
 
T
Y
 
W
V
 
N
K
 
T
L
 
L
Y
 
Y
D
 
R
K
 
K
W
 
W
F
 
L

6h2tA Glnh bound to glu, mycobacterium tuberculosis (see paper)
35% identity, 84% coverage: 25:252/271 of query aligns to 45:272/288 of 6h2tA

query
sites
6h2tA
I
 
V
E
 
A
D
 
D
I
 
I
K
 
R
A
 
A
R
 
R
G
 
G
A
 
R
L
 
L
V
 
I
C
 
V
G
 
G
V
 
L
K
 
D
D
 
I
S
 
G
T
 
S
V
 
N
P
 
L
F
 
F
G
 
S
Y
 
F
I
 
R
D
 
D
E
 
P
Q
 
I
S
 
T
K
 
G
Q
 
E
I
 
I
V
 
T
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
V
D
 
D
I
 
I
C
 
A
K
 
G
A
 
E
V
 
V
A
 
A
-
 
R
D
 
D
K
 
I
L
 
F
G
 
G
V
 
V
-
 
P
-
 
S
K
 
H
L
 
V
E
 
E
L
 
Y
K
 
R
T
 
I
V
 
L
T
 
S
S
 
A
A
 
A
T
 
E
R
|
R
I
 
V
P
 
T
M
 
A
L
 
L
T
 
Q
Q
 
K
G
 
S
S
 
Q
V
 
V
D
 
D
M
 
I
V
 
V
A
 
V
A
 
K
T
|
T
M
 
M
T
x
S
H
 
I
K
 
T
F
 
C
E
 
E
R
|
R
D
 
R
D
 
K
V
 
L
I
 
V
D
 
N
F
 
F
S
 
S
I
 
T
T
 
V
Y
 
Y
F
 
L
M
 
D
D
 
A
G
 
N
Q
 
Q
K
 
R
L
 
I
L
 
L
V
 
A
K
 
P
K
 
R
G
 
D
G
 
S
G
 
P
V
 
I
K
 
T
S
 
K
A
 
V
A
 
S
D
 
D
L
 
L
K
 
S
G
 
G
K
 
K
K
 
R
V
 
V
A
 
C
T
 
V
A
 
A
K
 
R
G
 
G
S
x
T
T
|
T
S
 
S
E
 
L
K
 
R
N
 
R
I
 
I
K
 
R
A
 
E
A
 
I
Q
 
A
P
 
P
E
 
P
A
 
P
T
 
V
V
 
I
V
 
V
S
 
S
F
 
V
D
 
V
E
 
N
Y
x
W
P
 
A
Q
 
D
A
 
C
F
 
L
L
 
V
A
 
A
L
 
L
K
 
Q
Q
 
Q
G
 
R
K
 
E
A
 
I
E
 
D
A
 
A
V
 
V
T
 
S
T
 
T
D
|
D
S
 
D
T
 
T
I
 
I
L
 
L
L
 
A
G
 
G
L
 
L
R
 
V
N
 
E
S
 
E
D
 
D
P
 
P
E
 
-
P
 
-
D
 
-
K
 
Y
W
 
L
E
 
H
I
 
I
V
 
V
G
 
G
D
 
P
Y
 
D
I
 
M
S
 
A
P
 
D
E
 
Q
P
 
P
Y
 
Y
G
 
G
L
 
V
G
 
G
L
 
I
A
 
N
E
 
L
N
 
D
D
 
N
S
 
T
K
 
G
F
 
L
R
 
V
D
 
R
L
 
F
V
 
V
N
 
N
R
 
G
T
 
T
L
 
L
V
 
E
D
 
R
L
 
I
W
 
R
N
 
N
S
 
D
G
 
G
E
 
T
Y
 
W
V
 
N
K
 
T
L
 
L
Y
 
Y
D
 
R
K
 
K
W
 
W
F
 
L

6svfA Crystal structure of the p235gk mutant of argbp from t. Maritima (see paper)
36% identity, 85% coverage: 25:254/271 of query aligns to 3:229/229 of 6svfA

query
sites
6svfA
I
 
I
E
 
D
D
 
E
I
 
I
K
 
K
A
 
S
R
 
R
G
 
G
A
 
Y
L
 
L
V
 
L
C
 
V
G
 
G
V
 
L
K
 
S
D
 
A
S
 
D
T
x
F
V
 
P
P
 
P
F
 
F
G
 
E
Y
 
F
I
 
V
D
 
D
E
 
E
Q
 
N
S
 
G
K
 
-
Q
 
N
I
 
I
V
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
V
D
 
D
I
 
L
C
 
A
K
 
K
A
 
E
V
 
I
A
 
A
D
 
R
K
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
E
L
 
L
E
 
K
L
 
I
K
 
V
T
 
D
V
 
M
T
 
T
S
x
F
A
 
D
T
 
G
R
 
L
I
 
I
P
 
P
M
 
S
L
 
L
T
 
L
Q
 
T
G
 
K
S
 
K
V
 
I
D
 
D
M
 
V
V
 
I
A
 
I
A
x
S
T
x
G
M
|
M
T
|
T
H
 
I
K
 
T
F
 
E
E
 
E
R
|
R
D
 
K
D
 
K
V
 
V
I
 
V
D
 
A
F
 
F
S
 
S
I
 
D
T
 
P
Y
 
Y
F
 
F
M
 
D
D
 
A
G
 
G
Q
 
Q
K
 
V
L
 
I
L
 
V
V
 
V
K
 
R
K
 
K
G
 
D
G
 
S
G
 
D
V
 
F
-
 
R
-
 
P
K
 
K
S
 
T
A
 
Y
A
 
E
D
 
D
L
 
L
K
 
V
G
 
G
K
 
K
K
 
T
V
 
V
A
 
A
T
 
V
A
x
Q
K
 
I
G
 
G
S
x
T
T
|
T
S
 
G
E
 
-
K
 
-
N
 
D
I
 
I
K
 
E
A
 
V
A
 
S
Q
 
K
P
 
Y
E
 
D
A
 
G
T
 
I
-
 
K
V
 
V
V
 
V
S
 
R
F
 
F
D
 
D
E
 
K
Y
 
F
P
 
T
Q
 
D
A
 
A
F
 
F
L
 
L
A
 
E
L
 
L
K
 
K
Q
 
R
G
 
G
K
 
R
A
 
A
E
 
D
A
 
A
V
 
V
T
 
V
T
 
L
D
|
D
S
 
S
T
 
A
I
 
T
L
 
A
L
 
R
G
 
A
L
 
F
R
 
V
N
 
A
S
 
K
D
 
N
P
 
P
E
 
D
P
 
-
D
 
-
K
 
-
W
 
L
E
 
V
I
 
I
V
 
S
G
 
S
D
 
G
Y
 
V
I
 
L
S
 
S
P
 
S
E
 
E
P
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
L
 
I
G
 
A
L
 
V
A
 
R
E
 
K
N
 
E
D
 
D
S
 
T
K
 
D
F
 
L
R
 
L
D
 
E
L
 
F
V
 
I
N
 
N
R
 
S
T
 
V
L
 
L
V
 
R
D
 
E
L
 
L
W
 
K
N
 
K
S
 
S
G
 
G
E
 
K
Y
 
Y
V
 
D
K
 
V
L
 
L
Y
 
I
D
 
E
K
 
K
W
 
W
F
 
F
G
 
S
K
 
E

5t0wA Crystal structure of the ancestral amino acid-binding protein anccdt- 1, a precursor of cyclohexadienyl dehydratase
35% identity, 84% coverage: 25:252/271 of query aligns to 3:228/229 of 5t0wA

query
sites
5t0wA
I
 
L
E
 
D
D
 
E
I
 
I
K
 
M
A
 
K
R
 
R
G
 
G
A
 
T
L
 
L
V
 
R
C
 
V
G
 
G
V
 
T
K
x
D
D
 
A
S
 
D
T
x
Y
V
 
K
P
 
P
F
 
F
G
 
S
Y
 
F
I
 
K
D
 
D
E
 
K
Q
 
N
S
 
G
K
 
-
Q
 
Q
I
 
Y
V
 
T
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
I
D
 
D
I
 
L
C
 
A
K
 
K
A
 
A
V
 
L
A
 
A
D
 
K
K
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
K
L
 
V
E
 
E
L
 
F
K
 
V
T
 
P
V
 
T
T
 
T
S
x
W
A
 
D
T
 
G
R
 
I
I
 
I
P
 
P
M
 
A
L
 
L
T
 
Q
Q
 
T
G
 
G
S
 
K
V
 
F
D
 
D
M
 
I
V
 
V
A
 
M
A
x
S
T
x
G
M
|
M
T
|
T
H
 
I
K
 
T
F
 
P
E
 
E
R
|
R
D
 
K
D
 
K
V
 
K
I
 
V
D
 
D
F
 
F
S
 
S
I
 
D
T
 
P
Y
 
Y
F
 
M
M
 
T
D
 
A
G
 
G
Q
 
Q
K
 
T
L
 
I
L
 
L
V
 
V
K
 
K
K
 
K
G
 
D
G
 
N
G
 
A
-
 
D
-
 
K
V
 
I
K
 
K
S
 
S
A
 
F
A
 
E
D
 
D
L
 
L
K
 
N
G
 
K
K
 
P
-
 
D
-
 
V
K
 
K
V
 
V
A
 
A
T
 
V
A
x
Q
K
 
L
G
 
G
S
x
T
T
|
T
S
 
S
E
 
E
K
 
Q
N
 
A
I
 
A
K
 
K
A
 
E
A
 
F
Q
 
L
P
 
P
E
 
K
A
 
A
T
 
K
V
 
I
V
 
R
S
 
T
F
 
F
D
 
E
E
 
N
Y
 
N
P
 
A
Q
 
E
A
 
A
F
 
F
L
 
Q
A
 
E
L
 
V
K
 
V
Q
 
S
G
 
G
K
 
R
A
 
A
E
 
D
A
 
A
V
 
M
T
 
V
T
 
T
D
|
D
S
 
S
T
 
P
I
 
V
L
 
A
L
 
A
G
 
Y
L
 
Y
R
 
A
N
 
K
S
 
L
D
 
-
P
 
-
E
 
-
P
 
-
D
 
-
K
 
A
W
 
V
E
 
V
I
 
V
V
 
V
G
 
D
D
 
E
Y
 
P
I
 
F
S
 
T
P
 
H
E
 
E
P
 
P
Y
 
L
G
 
G
L
 
F
G
 
A
L
 
I
A
 
R
E
 
K
N
 
G
D
 
D
S
 
P
K
 
E
F
 
L
R
 
L
D
 
N
L
 
W
V
 
V
N
 
N
R
 
N
T
 
W
L
 
L
V
 
K
D
 
Q
L
 
M
W
 
K
N
 
K
S
 
D
G
 
G
E
 
T
Y
 
Y
V
 
D
K
 
K
L
 
L
Y
 
Y
D
 
E
K
 
K
W
 
W
F
 
F

2v25A Structure of the campylobacter jejuni antigen peb1a, an aspartate and glutamate receptor with bound aspartate (see paper)
35% identity, 85% coverage: 23:251/271 of query aligns to 1:229/231 of 2v25A

query
sites
2v25A
G
 
G
K
 
K
I
 
L
E
 
E
D
 
S
I
 
I
K
 
K
A
 
S
R
 
K
G
 
G
A
 
Q
L
 
L
V
 
I
C
 
V
G
 
G
V
 
V
K
|
K
D
 
N
S
 
D
T
 
V
V
 
P
P
 
H
F
 
Y
G
 
A
Y
 
L
I
 
L
D
 
D
E
 
Q
Q
 
A
S
 
T
K
 
G
Q
 
E
I
 
I
V
 
K
G
 
G
F
 
F
D
 
E
I
 
V
D
 
D
I
 
V
C
 
A
K
 
K
A
 
L
V
 
L
A
 
A
D
 
K
K
 
S
L
 
I
-
 
L
-
 
G
-
 
D
G
 
D
V
 
K
K
 
K
L
 
I
E
 
K
L
 
L
K
 
V
T
 
A
V
 
V
T
 
N
S
 
A
A
 
K
T
 
T
R
|
R
I
 
G
P
 
P
M
 
L
L
 
L
T
 
D
Q
 
N
G
 
G
S
 
S
V
 
V
D
 
D
M
 
A
V
 
V
A
 
I
A
 
A
T
|
T
M
 
F
T
|
T
H
 
I
K
 
T
F
 
P
E
 
E
R
|
R
D
 
K
D
 
R
V
 
I
I
 
Y
D
 
N
F
 
F
S
 
S
I
 
E
T
 
P
Y
 
Y
F
 
Y
M
 
Q
D
 
D
G
 
A
Q
 
I
K
 
G
L
 
L
L
 
L
V
 
V
K
 
L
K
 
K
G
 
E
G
 
K
G
 
K
V
 
Y
K
 
K
S
 
S
A
 
L
A
 
A
D
 
D
L
 
M
K
 
K
G
 
G
K
 
A
K
 
N
V
 
I
A
 
G
T
 
V
A
 
A
K
 
Q
G
 
A
S
x
A
T
|
T
S
 
T
E
 
K
K
 
K
N
 
A
I
 
I
-
 
G
K
 
E
A
 
A
A
 
A
Q
 
K
P
 
K
E
 
I
A
 
G
T
 
I
V
 
D
V
 
V
S
 
K
F
 
F
D
 
S
E
 
E
-
 
F
-
 
P
-
 
D
Y
|
Y
P
 
P
Q
 
S
A
 
I
F
 
K
L
 
A
A
 
A
L
 
L
K
 
D
Q
 
A
G
 
K
K
 
R
A
 
V
E
 
D
A
 
A
V
 
F
T
 
S
T
 
V
D
|
D
S
 
K
T
 
S
I
|
I
L
 
L
L
 
L
G
 
G
L
 
Y
R
 
V
N
 
D
S
 
-
D
 
-
P
 
-
E
 
-
P
 
-
D
 
D
K
 
K
W
 
S
E
 
E
I
 
I
V
 
L
G
 
P
D
 
D
Y
 
S
I
 
F
S
 
E
P
 
P
E
 
Q
P
 
S
Y
 
Y
G
 
G
L
 
I
G
 
V
L
 
T
A
 
K
E
 
K
N
 
D
D
 
D
S
 
P
K
 
A
F
 
F
R
 
A
D
 
K
L
 
Y
V
 
V
N
 
D
R
 
D
T
 
F
L
 
V
V
 
K
D
 
E
L
 
H
W
 
K
N
 
N
S
 
-
G
 
-
E
 
E
Y
 
I
V
 
D
K
 
A
L
 
L
Y
 
A
D
 
K
K
 
K
W
 
W

4z9nB Abc transporter / periplasmic binding protein from brucella ovis with glutathione bound
32% identity, 83% coverage: 21:244/271 of query aligns to 4:237/324 of 4z9nB

query
sites
4z9nB
H
 
H
A
 
A
G
 
D
K
 
T
I
 
L
E
 
S
D
 
D
I
 
V
K
 
K
A
 
A
R
 
K
G
 
G
A
 
F
L
 
L
V
 
Q
C
 
C
G
 
G
V
 
V
K
x
N
D
x
T
S
 
G
T
 
L
V
 
L
P
 
G
F
 
F
G
 
A
Y
 
S
I
 
P
D
 
N
E
 
D
Q
 
K
S
 
G
K
 
-
Q
 
E
I
 
W
V
 
S
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
V
D
 
D
I
 
Y
C
 
C
K
 
R
A
 
A
V
 
V
A
 
A
D
 
S
K
 
A
L
 
I
-
 
F
-
 
G
-
 
D
G
 
P
V
 
T
K
 
K
L
 
V
E
 
K
L
 
F
K
 
T
T
 
P
V
 
L
T
x
N
S
x
A
A
 
K
T
 
E
R
|
R
I
 
F
P
 
T
M
 
A
L
 
L
T
 
Q
Q
 
S
G
 
G
S
 
E
V
 
V
D
 
D
M
 
V
V
 
L
A
 
I
A
x
R
T
x
N
M
x
T
T
|
T
H
 
W
K
 
T
F
 
I
E
 
S
R
|
R
D
 
D
D
 
T
V
 
S
I
 
L
-
 
G
-
 
L
D
 
D
F
 
F
S
 
A
I
 
G
T
 
I
Y
 
N
F
 
Y
M
 
Y
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
K
 
G
L
 
F
L
 
M
V
 
I
-
 
N
-
 
S
K
 
K
K
 
K
G
 
L
G
 
A
G
 
G
V
 
I
K
 
N
S
 
S
A
 
A
A
 
L
D
 
Q
L
 
L
K
 
S
G
 
G
K
 
A
K
 
S
V
 
I
A
 
C
T
 
V
A
x
Q
K
 
A
G
 
G
S
x
T
T
|
T
S
 
T
E
 
E
K
 
L
N
 
N
I
 
M
-
 
A
-
 
D
-
 
Y
-
 
F
K
 
R
A
 
A
A
 
N
Q
 
K
P
 
M
E
 
E
A
 
Y
T
 
N
V
 
P
V
 
V
S
 
V
F
 
F
D
 
E
E
 
K
Y
x
I
P
 
E
Q
 
E
A
 
A
F
 
N
L
 
A
A
 
A
L
 
Y
K
 
D
Q
 
S
G
 
G
K
 
R
A
 
C
E
 
D
A
 
A
V
 
Y
T
 
T
T
|
T
D
|
D
S
 
Q
T
 
S
I
 
S
L
 
L
L
 
Y
G
 
G
L
 
V
R
 
R
N
 
L
S
 
A
D
 
L
P
 
A
E
 
N
P
 
P
D
 
D
K
 
D
W
 
H
E
 
V
I
 
I
V
 
L
G
 
P
D
 
E
Y
 
I
I
 
I
S
 
S
P
 
K
E
 
E
P
 
P
Y
 
F
G
 
G
L
 
L
G
 
T
L
 
V
A
 
R
E
 
Q
N
 
G
D
 
D
S
 
A
K
 
R
F
 
W
R
 
A
D
 
D
L
 
V
V
 
V
N
 
R
R
 
W
T
 
T
L
 
H
V
 
N
D
 
A
L
 
L
W
 
L
N
 
N
S
 
A
G
 
E
E
 
E
Y
 
Y

4ymxA Crystal structure of the substrate binding protein of an amino acid abc transporter (see paper)
35% identity, 82% coverage: 32:252/271 of query aligns to 1:222/224 of 4ymxA

query
sites
4ymxA
G
 
G
A
 
V
L
 
I
V
 
V
C
 
M
G
 
G
V
 
T
K
x
S
D
 
A
S
x
D
T
x
F
V
 
P
P
 
P
F
 
F
G
 
E
Y
 
F
-
 
H
-
 
K
I
 
V
D
 
E
E
 
G
Q
 
G
S
 
K
K
 
D
Q
 
E
I
 
I
V
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
I
D
 
D
I
 
I
C
 
A
K
 
N
A
 
A
V
 
I
A
 
A
D
 
K
K
 
K
L
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
K
L
 
L
E
 
E
L
 
I
K
 
K
T
 
D
V
 
M
T
 
D
S
x
F
A
 
K
T
 
G
R
 
L
I
 
I
P
 
P
M
 
A
L
 
L
T
 
Q
Q
 
A
G
 
G
S
 
R
V
 
V
D
 
D
M
 
M
V
 
V
A
 
I
A
|
A
T
x
G
M
|
M
T
|
T
H
 
P
K
 
T
F
 
A
E
 
E
R
|
R
D
 
K
D
 
K
V
 
S
I
 
V
D
 
D
F
 
F
S
 
S
I
 
D
T
 
L
Y
 
Y
F
 
Y
M
 
D
D
 
S
G
 
R
Q
 
Q
K
 
V
L
 
V
L
 
V
V
 
V
K
 
K
K
 
N
G
 
D
G
 
S
G
 
P
V
 
I
K
 
S
S
 
K
A
 
F
A
 
D
D
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
V
K
 
K
K
 
T
V
 
I
A
 
A
T
 
V
A
x
Q
K
 
I
G
 
G
S
x
T
T
|
T
S
 
S
E
 
E
K
 
E
N
 
A
I
 
A
K
 
K
A
 
K
A
 
I
Q
 
-
P
 
P
E
 
N
A
 
V
T
 
K
V
 
L
V
 
K
S
 
Q
F
 
L
D
 
N
E
 
R
Y
 
V
P
 
S
Q
 
D
A
 
E
F
 
F
L
 
M
A
 
D
L
 
L
K
 
Q
Q
 
N
G
 
G
K
 
R
A
 
C
E
 
D
A
 
A
V
 
I
T
 
V
T
 
V
D
x
E
S
 
D
T
 
T
I
 
V
L
 
A
L
 
K
G
 
A
L
 
Y
R
 
L
N
 
K
S
 
E
D
 
-
P
 
-
E
 
Y
P
 
K
D
 
D
K
 
M
W
 
K
E
 
I
I
 
L
V
 
Y
G
 
M
D
 
D
Y
 
E
I
 
I
S
 
N
P
 
N
E
 
V
P
 
E
Y
 
N
G
 
G
-
 
S
-
 
A
L
 
V
G
 
A
L
 
V
A
 
A
E
 
K
N
 
G
D
 
N
S
 
K
K
 
S
F
 
L
R
 
L
D
 
D
L
 
V
V
 
V
N
 
N
R
 
E
T
 
V
L
 
I
V
 
K
D
 
E
L
 
L
W
 
K
N
 
Q
S
 
S
G
 
G
E
 
E
Y
 
Y
V
 
D
K
 
K
L
 
L
Y
 
V
D
 
D
K
 
K
W
 
W
F
 
F

8eyzA Engineered glutamine binding protein bound to gln and a cobaloxime ligand (see paper)
33% identity, 83% coverage: 34:257/271 of query aligns to 5:226/226 of 8eyzA

query
sites
8eyzA
L
 
L
V
 
V
C
 
V
G
 
A
V
 
T
K
x
D
D
 
T
S
 
A
T
x
F
V
 
V
P
 
P
F
 
F
G
 
E
Y
 
F
I
 
-
D
 
-
E
 
K
Q
 
Q
S
 
G
K
 
D
Q
 
I
I
 
Y
V
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
V
D
 
D
I
 
L
C
 
W
K
 
A
A
 
A
V
 
I
A
 
A
D
 
K
K
 
E
L
 
L
G
 
K
V
 
L
K
 
D
L
 
Y
E
 
E
L
 
L
K
 
K
T
 
P
V
 
M
T
 
D
S
x
F
A
 
S
T
 
G
R
 
I
I
 
I
P
 
P
M
 
A
L
 
L
T
 
Q
Q
 
T
G
 
K
S
 
N
V
 
V
D
 
D
M
 
L
V
 
A
A
 
L
A
|
A
T
x
G
M
 
I
T
|
T
H
 
I
K
x
C
F
 
D
E
 
E
R
|
R
D
 
K
D
 
K
V
 
A
I
 
I
D
 
D
F
 
F
S
 
S
I
 
D
T
 
G
Y
 
Y
F
 
Y
M
 
K
D
 
S
G
 
G
Q
 
L
K
 
L
L
 
V
L
 
M
V
 
V
K
 
K
K
 
A
G
 
N
G
 
N
G
 
N
-
 
D
V
 
V
K
 
K
S
 
S
A
 
V
A
 
K
D
 
D
L
 
L
K
 
D
G
 
G
K
 
K
K
 
V
V
 
V
A
 
A
T
 
V
A
 
K
K
 
S
G
 
G
S
 
T
T
x
G
S
 
S
E
 
V
K
x
D
N
 
Y
I
 
A
K
 
K
A
 
A
A
 
N
Q
 
I
P
 
K
E
 
T
A
 
K
T
 
D
V
 
L
V
 
R
S
 
Q
F
 
F
D
 
P
E
 
N
Y
 
I
P
 
D
Q
 
N
A
 
A
F
 
Y
L
 
M
A
 
E
L
 
L
K
 
G
Q
 
T
G
 
N
K
 
R
A
 
A
E
 
D
A
 
A
V
 
V
T
 
L
T
 
H
D
|
D
S
 
T
-
 
P
T
 
N
I
 
I
L
 
L
L
 
Y
G
 
F
L
 
I
R
 
K
N
 
T
S
 
A
D
 
G
P
 
-
E
 
-
P
 
N
D
 
G
K
 
Q
W
 
F
E
 
K
I
 
A
V
 
V
G
 
G
D
 
D
Y
 
S
I
 
L
S
 
E
P
 
A
E
 
Q
P
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
L
 
I
G
 
A
L
 
F
A
 
P
E
 
K
N
 
G
D
 
S
S
 
D
K
 
E
F
 
L
R
 
R
D
 
D
L
 
K
V
 
V
N
 
N
R
 
G
T
 
A
L
 
L
V
 
K
D
 
T
L
 
L
W
 
R
N
 
E
S
 
N
G
 
G
E
 
T
Y
 
Y
V
 
N
K
 
E
L
 
I
Y
 
Y
D
 
K
K
 
K
W
 
W
F
 
F
G
 
G
K
 
T
D
 
E
T
 
P
K
 
K

2q2cA Crystal structures of the arginine-, lysine-, histidine-binding protein artj from the thermophilic bacterium geobacillus stearothermophilus (see paper)
33% identity, 83% coverage: 34:257/271 of query aligns to 3:225/231 of 2q2cA

query
sites
2q2cA
L
 
V
V
 
V
C
 
V
G
 
G
V
 
T
K
 
D
D
 
A
S
 
A
T
x
F
V
 
A
P
 
P
F
 
F
G
 
E
Y
 
Y
I
 
M
D
 
-
E
 
-
Q
 
Q
S
 
K
K
 
G
Q
 
K
I
 
I
V
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
V
D
 
D
I
 
L
C
 
L
K
 
D
A
 
A
V
 
V
A
 
M
D
 
K
K
 
A
L
 
A
G
 
G
V
 
L
K
 
D
L
 
Y
E
 
E
L
 
L
K
 
K
T
 
N
V
 
I
T
 
G
S
x
W
A
 
D
T
 
P
R
 
L
I
 
F
P
 
A
M
 
S
L
 
L
T
 
Q
Q
 
S
G
 
K
S
 
E
V
 
V
D
 
D
M
 
M
V
 
G
A
 
I
A
x
S
T
x
G
M
x
I
T
|
T
H
 
I
K
 
T
F
 
D
E
 
E
R
|
R
D
 
K
D
 
Q
V
 
S
I
 
Y
D
 
D
F
 
F
S
 
S
I
 
D
T
 
P
Y
 
Y
F
 
F
M
 
E
D
 
A
G
 
T
Q
 
Q
K
 
V
L
 
I
L
 
L
V
 
V
K
 
K
K
 
Q
G
 
G
G
 
S
G
 
P
V
 
V
K
 
K
S
 
N
A
 
A
A
 
L
D
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
K
K
 
T
V
 
I
A
 
G
T
 
V
A
x
Q
K
 
N
G
 
A
S
x
T
T
|
T
S
 
G
E
 
Q
K
 
E
N
 
A
I
 
A
-
 
E
K
 
K
A
 
L
A
 
F
Q
 
G
P
 
K
E
 
G
A
 
P
T
 
H
V
 
I
V
 
K
S
 
K
F
 
F
D
 
E
E
 
T
Y
 
T
P
 
V
Q
 
V
A
 
A
F
 
I
L
 
M
A
 
E
L
 
L
K
 
L
Q
 
N
G
 
G
K
 
G
A
 
V
E
 
D
A
 
A
V
 
V
T
 
I
T
 
T
D
|
D
S
 
N
T
 
A
I
 
V
L
 
A
L
 
N
G
 
E
L
 
Y
R
 
V
N
 
K
S
 
N
D
 
N
P
 
P
E
 
N
P
 
-
D
 
K
K
 
K
W
 
L
E
 
Q
I
 
V
V
 
I
G
 
E
D
 
D
-
 
P
-
 
K
Y
 
N
I
 
F
S
 
A
P
 
S
E
 
E
P
 
Y
Y
 
Y
G
 
G
L
 
M
G
 
I
L
 
F
A
 
P
E
 
K
N
 
N
D
 
-
S
 
S
K
 
E
F
 
L
R
 
K
D
 
A
L
 
K
V
 
V
N
 
D
R
 
E
T
 
A
L
 
L
V
 
K
D
 
N
L
 
V
W
 
I
N
 
N
S
 
S
G
 
G
E
 
K
Y
 
Y
V
 
T
K
 
E
L
 
I
Y
 
Y
D
 
K
K
 
K
W
 
W
F
 
F
G
 
G
K
 
K
D
 
E
T
 
P
K
 
K

3vv5A Crystal structure of ttc0807 complexed with (s)-2-aminoethyl-l- cysteine (aec) (see paper)
28% identity, 86% coverage: 25:257/271 of query aligns to 6:235/237 of 3vv5A

query
sites
3vv5A
I
 
F
E
 
E
D
 
E
I
 
I
K
 
K
A
 
R
R
 
S
G
 
G
A
 
E
L
 
I
V
 
R
C
 
I
G
 
G
V
 
T
K
x
E
D
 
G
S
 
A
T
x
F
V
 
P
P
 
P
F
 
F
G
x
N
Y
 
Y
I
 
F
D
 
D
E
 
E
Q
 
R
S
 
N
K
 
-
Q
 
Q
I
 
L
V
 
T
G
 
G
F
 
F
D
 
E
I
 
V
D
 
D
I
 
L
C
 
G
K
 
N
A
 
A
V
 
I
A
 
A
D
 
E
K
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
L
K
 
K
L
 
P
E
 
R
L
 
W
K
 
I
T
 
A
V
 
Q
T
 
S
S
x
F
A
 
D
T
 
T
R
 
L
I
 
L
P
 
I
M
 
Q
L
 
L
T
 
N
Q
 
Q
G
 
G
S
 
R
V
 
F
D
 
D
M
 
F
V
 
V
A
 
I
A
|
A
T
x
S
M
 
H
T
x
G
H
 
I
K
 
T
F
 
E
E
 
E
R
|
R
D
 
A
D
 
R
V
 
A
I
 
V
D
 
D
F
 
F
S
 
T
I
 
N
T
 
P
Y
 
H
F
 
Y
M
 
C
D
 
T
G
 
G
Q
 
-
K
 
G
L
 
V
L
 
I
V
 
V
K
 
S
K
 
R
G
 
K
G
 
G
G
 
G
V
 
P
K
 
R
S
 
T
A
 
A
A
 
K
D
 
D
L
 
L
K
 
Q
G
 
G
K
 
K
K
 
V
V
 
V
A
 
G
T
 
V
A
 
Q
K
 
V
G
 
G
S
x
T
T
|
T
S
x
Y
E
 
M
K
 
E
N
 
A
I
 
A
K
 
Q
A
 
K
A
 
I
Q
 
P
P
 
G
E
 
I
A
 
K
T
 
E
V
 
V
V
 
R
S
 
T
F
 
Y
D
 
Q
E
 
R
Y
 
D
P
 
P
Q
 
D
A
 
A
F
 
L
L
 
Q
A
 
D
L
 
L
K
 
L
Q
 
A
G
 
G
K
 
R
A
 
I
E
 
D
A
 
T
V
 
W
T
 
I
T
 
T
D
 
D
S
 
R
T
 
F
I
 
V
L
 
A
L
 
K
G
 
E
L
 
A
R
 
I
N
 
K
S
 
E
D
 
R
P
 
K
E
 
L
P
 
E
D
 
N
K
 
T
W
 
L
E
 
Q
I
 
-
V
 
V
G
 
G
D
 
E
Y
 
L
I
 
V
S
 
F
P
 
Q
E
 
E
P
 
R
Y
 
V
G
 
A
L
 
M
G
 
A
L
 
V
A
 
A
E
 
K
N
 
G
D
 
N
S
 
K
K
 
S
F
 
L
R
 
L
D
 
D
L
 
A
V
 
L
N
 
N
R
 
R
T
 
A
L
 
L
V
 
A
D
 
E
L
 
L
W
 
M
N
 
Q
S
 
D
G
 
G
E
 
T
Y
 
Y
V
 
A
K
 
R
L
 
I
Y
 
S
D
 
Q
K
 
K
W
 
W
F
 
F
G
 
G
K
 
E
D
 
D
T
 
V
K
 
R

3vvfA Crystal structure of ttc0807 complexed with arginine (see paper)
27% identity, 89% coverage: 17:257/271 of query aligns to 2:239/241 of 3vvfA

query
sites
3vvfA
G
 
G
T
 
S
M
 
E
A
 
F
H
 
Q
A
 
V
G
 
R
K
 
S
I
 
F
E
 
E
D
 
E
I
 
I
K
 
K
A
 
R
R
 
S
G
 
G
A
 
E
L
 
I
V
 
R
C
 
I
G
 
G
V
 
T
K
x
E
D
 
G
S
 
A
T
x
F
V
 
P
P
 
P
F
 
F
G
 
N
Y
 
Y
I
 
F
D
 
D
E
 
E
Q
 
R
S
 
N
K
 
-
Q
 
Q
I
 
L
V
 
T
G
 
G
F
 
F
D
 
E
I
 
V
D
 
D
I
 
L
C
 
G
K
 
N
A
 
A
V
 
I
A
 
A
D
 
E
K
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
L
K
 
K
L
 
P
E
 
R
L
 
W
K
 
I
T
 
A
V
 
Q
T
 
S
S
x
F
A
 
D
T
 
T
R
 
L
I
 
L
P
 
I
M
 
Q
L
 
L
T
 
N
Q
 
Q
G
 
G
S
 
R
V
 
F
D
 
D
M
 
F
V
 
V
A
 
I
A
|
A
T
x
S
M
x
H
T
x
G
H
 
I
K
 
T
F
 
E
E
 
E
R
|
R
D
 
A
D
 
R
V
 
A
I
 
V
D
 
D
F
 
F
S
 
T
I
 
N
T
 
P
Y
 
H
F
 
Y
M
 
C
D
 
T
G
 
G
Q
 
-
K
 
G
L
 
V
L
 
I
V
 
V
K
 
S
K
 
R
G
 
K
G
 
G
G
 
G
V
 
P
K
 
R
S
 
T
A
 
A
A
 
K
D
 
D
L
 
L
K
 
Q
G
 
G
K
 
K
K
 
V
V
 
V
A
 
G
T
 
V
A
x
Q
K
 
V
G
 
G
S
x
T
T
|
T
S
x
Y
E
 
M
K
 
E
N
 
A
I
 
A
K
 
Q
A
 
K
A
 
I
Q
 
P
P
 
G
E
 
I
A
 
K
T
 
E
V
 
V
V
 
R
S
 
T
F
 
Y
D
 
Q
E
 
R
Y
 
D
P
 
P
Q
 
D
A
 
A
F
 
L
L
 
Q
A
 
D
L
 
L
K
 
L
Q
 
A
G
 
G
K
 
R
A
 
I
E
 
D
A
 
T
V
 
W
T
 
I
T
 
T
D
 
D
S
 
R
T
 
F
I
 
V
L
 
A
L
 
K
G
 
E
L
 
A
R
 
I
N
 
K
S
 
E
D
 
R
P
 
K
E
 
L
P
 
E
D
 
N
K
 
T
W
 
L
E
 
Q
I
 
-
V
 
V
G
 
G
D
 
E
Y
 
L
I
 
V
S
 
F
P
 
Q
E
|
E
P
 
R
Y
 
V
G
 
A
L
 
M
G
 
A
L
 
V
A
 
A
E
 
K
N
 
G
D
 
N
S
 
K
K
 
S
F
 
L
R
 
L
D
 
D
L
 
A
V
 
L
N
 
N
R
 
R
T
 
A
L
 
L
V
 
A
D
 
E
L
 
L
W
 
M
N
 
Q
S
 
D
G
 
G
E
 
T
Y
 
Y
V
 
A
K
 
R
L
 
I
Y
 
S
D
 
Q
K
 
K
W
 
W
F
 
F
G
 
G
K
 
E
D
 
D
T
 
V
K
 
R

3vveA Crystal structure of ttc0807 complexed with lysine (see paper)
27% identity, 89% coverage: 17:257/271 of query aligns to 2:239/241 of 3vveA

query
sites
3vveA
G
 
G
T
 
S
M
 
E
A
 
F
H
 
Q
A
 
V
G
 
R
K
 
S
I
 
F
E
 
E
D
 
E
I
 
I
K
 
K
A
 
R
R
 
S
G
 
G
A
 
E
L
 
I
V
 
R
C
 
I
G
 
G
V
 
T
K
x
E
D
 
G
S
 
A
T
x
F
V
 
P
P
 
P
F
 
F
G
 
N
Y
 
Y
I
 
F
D
 
D
E
 
E
Q
 
R
S
 
N
K
 
-
Q
 
Q
I
 
L
V
 
T
G
 
G
F
 
F
D
 
E
I
 
V
D
 
D
I
 
L
C
 
G
K
 
N
A
 
A
V
 
I
A
 
A
D
 
E
K
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
L
K
 
K
L
 
P
E
 
R
L
 
W
K
 
I
T
 
A
V
 
Q
T
 
S
S
x
F
A
 
D
T
 
T
R
 
L
I
 
L
P
 
I
M
 
Q
L
 
L
T
 
N
Q
 
Q
G
 
G
S
 
R
V
 
F
D
 
D
M
 
F
V
 
V
A
 
I
A
 
A
T
x
S
M
x
H
T
 
G
H
 
I
K
 
T
F
 
E
E
 
E
R
|
R
D
 
A
D
 
R
V
 
A
I
 
V
D
 
D
F
 
F
S
 
T
I
 
N
T
 
P
Y
 
H
F
 
Y
M
 
C
D
 
T
G
 
G
Q
 
-
K
 
G
L
 
V
L
 
I
V
 
V
K
 
S
K
 
R
G
 
K
G
 
G
G
 
G
V
 
P
K
 
R
S
 
T
A
 
A
A
 
K
D
 
D
L
 
L
K
 
Q
G
 
G
K
 
K
K
 
V
V
 
V
A
 
G
T
 
V
A
x
Q
K
 
V
G
 
G
S
x
T
T
|
T
S
x
Y
E
 
M
K
 
E
N
 
A
I
 
A
K
 
Q
A
 
K
A
 
I
Q
 
P
P
 
G
E
 
I
A
 
K
T
 
E
V
 
V
V
 
R
S
 
T
F
 
Y
D
 
Q
E
 
R
Y
 
D
P
 
P
Q
 
D
A
 
A
F
 
L
L
 
Q
A
 
D
L
 
L
K
 
L
Q
 
A
G
 
G
K
 
R
A
 
I
E
 
D
A
 
T
V
 
W
T
 
I
T
 
T
D
 
D
S
 
R
T
 
F
I
 
V
L
 
A
L
 
K
G
 
E
L
 
A
R