SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing AO353_04920 FitnessBrowser__pseudo3_N2E3:AO353_04920 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

6i8wB Crystal structure of a membrane phospholipase a, a novel bacterial virulence factor (see paper)
28% identity, 84% coverage: 36:288/300 of query aligns to 65:305/310 of 6i8wB

query
sites
6i8wB
L
 
L
L
 
L
L
 
L
I
 
I
H
 
H
G
 
G
F
 
F
P
 
G
T
 
A
A
 
D
S
 
K
W
 
D
D
x
N
W
 
W
H
 
L
Y
 
R
L
 
F
W
 
A
Q
 
R
P
 
P
L
 
L
T
 
T
Q
 
E
R
 
R
Y
 
Y
R
 
H
V
 
V
I
 
V
A
 
A
C
 
L
D
 
D
M
 
L
L
 
P
G
 
G
F
 
F
G
 
G
D
 
D
S
 
S
A
 
S
K
 
K
P
 
P
L
 
Q
D
 
Q
H
 
A
E
 
S
Y
 
Y
C
 
D
L
 
V
L
 
G
E
 
T
Q
 
Q
A
 
A
D
 
E
L
 
R
Q
 
V
Q
 
A
A
 
N
L
 
F
L
 
A
D
 
A
Y
 
A
L
 
I
G
 
G
V
 
V
R
 
R
Q
 
R
P
 
-
V
 
L
H
 
H
L
 
L
L
 
A
A
 
G
H
 
N
D
 
S
Y
 
M
G
 
G
D
 
G
S
 
H
V
 
I
A
 
A
Q
 
A
E
 
L
L
 
Y
L
 
A
A
 
A
R
 
R
H
 
H
N
 
P
E
 
E
A
 
Q
R
 
V
V
 
L
E
 
S
I
 
L
G
 
-
S
 
-
C
 
A
V
 
L
F
 
I
L
 
D
N
 
N
G
 
A
G
 
G
L
 
V
F
 
M
P
 
P
E
 
-
T
 
A
H
 
R
Q
 
K
P
 
S
V
 
E
L
 
L
M
 
F
Q
 
E
K
 
D
L
 
L
L
 
E
L
 
R
S
 
G
P
 
E
L
 
N
G
 
P
W
 
L
M
 
V
I
 
V
G
 
R
R
 
Q
A
 
P
F
 
E
S
 
D
R
 
F
D
 
Q
G
 
K
L
 
L
V
 
L
K
 
D
S
 
F
F
 
V
R
 
F
Q
 
V
I
 
Q
F
 
Q
G
 
P
P
 
P
R
 
L
T
 
P
R
 
A
P
 
P
S
 
L
E
 
K
S
 
R
E
 
Y
L
 
L
D
 
G
D
 
E
F
 
-
W
 
R
S
 
A
L
 
V
I
 
A
D
 
A
N
 
S
N
 
A
R
 
F
G
 
N
T
 
A
R
 
Q
I
 
I
M
 
F
H
 
E
K
 
Q
L
 
L
I
 
R
N
 
-
Y
 
-
I
 
-
P
 
-
Q
 
Q
R
 
R
R
 
Y
I
 
I
Q
 
P
R
 
L
D
 
E
R
 
P
W
 
E
V
 
L
K
 
P
A
 
K
M
 
I
Q
 
E
A
 
A
G
 
P
T
 
T
V
 
L
A
 
-
M
 
-
R
 
-
V
 
L
I
 
L
D
 
W
G
 
G
E
 
D
V
 
R
D
 
D
P
 
R
V
 
V
S
 
L
G
 
D
A
 
V
H
 
S
M
 
S
V
 
I
E
 
E
R
 
V
Y
 
M
R
 
R
Q
 
P
L
 
L
I
 
L
P
 
K
N
 
R
P
 
P
D
 
S
T
 
V
V
 
V
L
 
I
L
 
M
H
 
E
G
 
N
I
 
C
G
 
G
H
 
H
Y
 
V
P
 
P
Q
 
M
I
 
V
E
 
E
A
 
R
P
 
P
I
 
E
Q
 
E
V
 
T
L
 
A
K
 
Q
H
 
H
Y
 
Y
L
 
Q
A
 
A
F
 
F
R
 
L
D
 
D

Sites not aligning to the query:

4c6hA Haloalkane dehalogenase with 1-hexanol (see paper)
32% identity, 38% coverage: 11:125/300 of query aligns to 4:121/291 of 4c6hA

query
sites
4c6hA
W
 
F
R
 
R
K
 
D
R
 
K
G
 
K
Q
 
K
S
 
F
F
 
A
V
 
T
F
 
V
R
 
H
G
 
G
Q
 
K
T
 
Q
I
 
M
R
 
A
Y
 
Y
W
 
I
V
 
E
A
 
E
G
 
G
Q
 
T
G
 
G
E
 
D
P
 
P
L
 
I
L
 
V
L
 
F
I
 
L
H
 
H
G
 
G
F
x
N
P
 
P
T
 
M
A
 
S
S
 
S
W
 
Y
D
 
L
W
 
W
H
 
R
Y
 
N
L
 
I
W
 
M
Q
 
P
P
 
H
L
 
L
T
 
A
Q
 
G
R
 
K
Y
 
G
R
 
R
V
 
L
I
 
I
A
 
A
C
 
P
D
 
D
M
 
L
L
 
I
G
 
G
F
 
M
G
 
G
D
 
D
S
 
S
A
 
D
K
 
K
P
 
-
L
 
L
D
 
D
H
 
N
-
 
S
-
 
G
-
 
P
-
 
D
E
 
S
Y
 
Y
C
 
T
L
 
F
L
 
A
E
 
E
Q
 
H
A
 
C
D
 
T
L
 
Y
Q
 
L
Q
 
F
A
 
A
L
 
L
L
 
L
D
 
E
Y
 
Q
L
 
L
G
 
G
V
 
V
R
 
T
Q
 
E
P
 
N
V
 
V
H
 
T
L
 
L
L
 
V
A
 
I
H
 
H
D
|
D
Y
x
W
G
 
G
D
 
S
S
 
G
V
 
L
A
 
G
Q
 
F
E
 
H
L
 
W
L
 
A
A
 
H
R
 
T
H
 
H
N
 
S
E
 
D
A
 
A

Sites not aligning to the query:

6kxhB Alp1u_y247f mutant in complex with fluostatin c (see paper)
40% identity, 36% coverage: 22:129/300 of query aligns to 27:132/294 of 6kxhB

query
sites
6kxhB
G
 
G
Q
 
V
T
 
R
I
 
L
R
 
H
Y
 
Y
W
 
V
V
 
S
A
 
G
G
 
G
Q
 
H
G
 
G
E
 
E
P
 
P
L
 
L
L
 
L
L
 
L
I
 
V
H
 
P
G
 
G
F
 
W
P
 
P
T
 
Q
A
 
T
S
 
W
W
 
W
D
 
A
W
 
Y
H
 
R
Y
 
K
L
 
V
W
 
M
Q
 
P
P
 
Q
L
 
L
T
 
A
Q
 
R
R
 
R
Y
 
Y
R
 
H
V
 
V
I
 
I
A
 
A
C
 
V
D
 
D
M
 
L
L
 
R
G
 
G
F
 
M
G
 
G
D
 
G
S
 
S
A
 
D
K
 
K
P
 
P
L
 
A
D
 
G
H
 
G
E
 
Y
Y
 
D
C
 
K
L
 
K
L
 
T
E
 
M
Q
 
A
A
 
A
D
 
D
L
 
L
Q
 
-
Q
 
H
A
 
A
L
 
L
L
 
V
D
 
R
Y
 
G
L
 
L
G
 
G
V
 
H
R
 
R
Q
 
Q
P
 
-
V
 
V
H
 
N
L
 
V
L
 
A
A
 
G
H
 
H
D
|
D
Y
 
I
G
 
G
D
 
S
S
 
M
V
 
V
A
 
A
Q
 
F
E
 
A
L
 
F
L
 
A
A
 
A
R
 
N
H
 
H
N
 
P
E
 
E
A
 
A
R
 
T
V
 
R
E
 
K
I
 
V

Sites not aligning to the query:

5w15D Crystal structure of an alpha/beta hydrolase fold protein from burkholderia ambifaria.
40% identity, 32% coverage: 18:114/300 of query aligns to 11:105/270 of 5w15D

query
sites
5w15D
F
 
F
V
 
N
F
 
F
R
 
E
G
 
G
Q
 
H
T
 
R
I
 
I
R
 
A
Y
 
W
W
 
G
V
 
T
A
 
L
G
 
G
Q
 
E
G
 
G
E
 
P
P
 
P
L
 
L
L
 
V
L
 
L
I
 
V
H
 
H
G
 
G
F
x
T
P
 
P
T
 
F
A
 
S
S
 
S
W
 
Q
D
 
V
W
 
W
H
 
R
Y
 
R
L
 
I
W
 
A
Q
 
P
P
 
W
L
 
L
T
 
A
Q
 
R
R
 
R
Y
 
H
R
 
R
V
 
V
I
 
F
A
 
F
C
 
Y
D
 
D
M
 
L
L
 
L
G
 
G
F
 
Y
G
 
G
D
 
Q
S
 
S
A
 
D
K
 
M
P
 
P
L
 
-
D
 
D
H
 
A
E
 
D
Y
 
V
C
 
S
L
 
L
L
 
G
E
 
R
Q
 
Q
A
 
N
D
 
V
L
 
L
Q
 
F
Q
 
G
A
 
A
L
 
L
L
 
L
D
 
D
Y
x
E
L
x
W
G
 
K
V
 
I
R
 
S
Q
 
R
P
 
P
V
 
-
H
 
R
L
 
V
L
 
L
A
 
A
H
|
H
D
|
D
Y
|
Y
G
 
G
D
 
G
S
 
A
V
 
T

Sites not aligning to the query:

1d07A Hydrolytic haloalkane dehalogenase linb from sphingomonas paucimobilis ut26 with 1,3-propanediol, a product of debromidation of dibrompropane, at 2.0a resolution (see paper)
35% identity, 35% coverage: 20:124/300 of query aligns to 13:120/293 of 1d07A

query
sites
1d07A
F
 
I
R
 
K
G
 
G
Q
 
R
T
 
R
I
 
M
R
 
A
Y
 
Y
W
 
I
V
 
D
A
 
E
G
 
G
Q
 
T
G
 
G
E
 
D
P
 
P
L
 
I
L
 
L
L
 
F
I
 
Q
H
 
H
G
 
G
F
x
N
P
 
P
T
 
T
A
 
S
S
 
S
W
 
Y
D
 
L
W
 
W
H
 
R
Y
 
N
L
 
I
W
 
M
Q
 
P
P
 
H
L
 
C
T
 
A
Q
 
G
R
 
L
Y
 
G
R
 
R
V
 
L
I
 
I
A
 
A
C
 
C
D
 
D
M
 
L
L
 
I
G
 
G
F
 
M
G
 
G
D
 
D
S
 
S
A
 
D
K
 
K
P
 
-
L
 
L
D
 
D
-
 
P
-
 
S
-
 
G
-
 
P
H
 
E
E
 
R
Y
 
Y
C
 
A
L
 
Y
L
 
A
E
 
E
Q
 
H
A
 
R
D
 
D
L
 
Y
Q
 
L
Q
 
D
A
 
A
L
 
L
L
 
W
D
 
E
Y
 
A
L
 
L
G
 
D
V
 
L
R
 
G
Q
 
D
P
 
R
V
 
V
H
 
V
L
 
L
L
 
V
A
 
V
H
 
H
D
|
D
Y
x
W
G
 
G
D
 
S
S
 
A
V
 
L
A
 
G
Q
 
F
E
 
D
L
 
W
L
 
A
A
 
R
R
 
R
H
 
H
N
 
R
E
 
E

Sites not aligning to the query:

1k6eA Complex of hydrolytic haloalkane dehalogenase linb from sphingomonas paucimobilis ut26 with 1,2-propanediol (product of dehalogenation of 1,2-dibromopropane) at 1.85a (see paper)
35% identity, 35% coverage: 20:124/300 of query aligns to 15:122/295 of 1k6eA

query
sites
1k6eA
F
 
I
R
 
K
G
 
G
Q
 
R
T
 
R
I
 
M
R
 
A
Y
 
Y
W
 
I
V
 
D
A
 
E
G
 
G
Q
 
T
G
 
G
E
 
D
P
 
P
L
 
I
L
 
L
L
 
F
I
 
Q
H
 
H
G
 
G
F
x
N
P
 
P
T
 
T
A
 
S
S
 
S
W
 
Y
D
 
L
W
 
W
H
 
R
Y
 
N
L
 
I
W
 
M
Q
 
P
P
 
H
L
 
C
T
 
A
Q
 
G
R
 
L
Y
 
G
R
 
R
V
 
L
I
 
I
A
 
A
C
 
C
D
 
D
M
 
L
L
 
I
G
 
G
F
 
M
G
 
G
D
 
D
S
 
S
A
 
D
K
 
K
P
 
-
L
 
L
D
 
D
-
 
P
-
 
S
-
 
G
-
 
P
H
 
E
E
 
R
Y
 
Y
C
 
A
L
 
Y
L
 
A
E
 
E
Q
 
H
A
 
R
D
 
D
L
 
Y
Q
 
L
Q
 
D
A
 
A
L
 
L
L
 
W
D
 
E
Y
 
A
L
 
L
G
 
D
V
 
L
R
 
G
Q
 
D
P
 
R
V
 
V
H
 
V
L
 
L
L
 
V
A
 
V
H
 
H
D
|
D
Y
x
W
G
 
G
D
 
S
S
 
A
V
 
L
A
 
G
Q
 
F
E
 
D
L
 
W
L
 
A
A
 
R
R
 
R
H
 
H
N
 
R
E
 
E

Sites not aligning to the query:

1k63A Complex of hydrolytic haloalkane dehalogenase linb from sphingomonas paucimobilis with ut26 2-bromo-2-propene-1-ol at 1.8a resolution (see paper)
35% identity, 35% coverage: 20:124/300 of query aligns to 15:122/295 of 1k63A

query
sites
1k63A
F
 
I
R
 
K
G
 
G
Q
 
R
T
 
R
I
 
M
R
 
A
Y
 
Y
W
 
I
V
 
D
A
 
E
G
 
G
Q
 
T
G
 
G
E
 
D
P
 
P
L
 
I
L
 
L
L
 
F
I
 
Q
H
 
H
G
 
G
F
x
N
P
 
P
T
 
T
A
 
S
S
 
S
W
 
Y
D
 
L
W
 
W
H
 
R
Y
 
N
L
 
I
W
 
M
Q
 
P
P
 
H
L
 
C
T
 
A
Q
 
G
R
 
L
Y
 
G
R
 
R
V
 
L
I
 
I
A
 
A
C
 
C
D
 
D
M
 
L
L
 
I
G
 
G
F
 
M
G
 
G
D
 
D
S
 
S
A
 
D
K
 
K
P
 
-
L
 
L
D
 
D
-
 
P
-
 
S
-
 
G
-
 
P
H
 
E
E
 
R
Y
 
Y
C
 
A
L
 
Y
L
 
A
E
 
E
Q
 
H
A
 
R
D
 
D
L
 
Y
Q
 
L
Q
 
D
A
 
A
L
 
L
L
 
W
D
 
E
Y
 
A
L
 
L
G
 
D
V
 
L
R
 
G
Q
 
D
P
 
R
V
 
V
H
 
V
L
 
L
L
 
V
A
 
V
H
 
H
D
|
D
Y
x
W
G
 
G
D
 
S
S
 
A
V
 
L
A
 
G
Q
 
F
E
 
D
L
 
W
L
 
A
A
 
R
R
 
R
H
 
H
N
 
R
E
 
E

Sites not aligning to the query:

D4Z2G1 Haloalkane dehalogenase; 1,3,4,6-tetrachloro-1,4-cyclohexadiene halidohydrolase; 1,4-TCDN halidohydrolase; EC 3.8.1.5 from Sphingobium indicum (strain DSM 16413 / CCM 7287 / MTCC 6362 / UT26 / NBRC 101211 / UT26S) (Sphingobium japonicum) (see 6 papers)
35% identity, 35% coverage: 20:124/300 of query aligns to 16:123/296 of D4Z2G1

query
sites
D4Z2G1
F
 
I
R
 
K
G
 
G
Q
 
R
T
 
R
I
 
M
R
 
A
Y
 
Y
W
 
I
V
 
D
A
 
E
G
 
G
Q
 
T
G
 
G
E
 
D
P
 
P
L
 
I
L
 
L
L
 
F
I
 
Q
H
 
H
G
 
G
F
x
N
P
 
P
T
 
T
A
 
S
S
 
S
W
 
Y
D
 
L
W
 
W
H
 
R
Y
 
N
L
 
I
W
 
M
Q
 
P
P
 
H
L
 
C
T
 
A
Q
 
G
R
 
L
Y
 
G
R
 
R
V
 
L
I
 
I
A
 
A
C
 
C
D
 
D
M
 
L
L
 
I
G
 
G
F
 
M
G
 
G
D
 
D
S
 
S
A
 
D
K
 
K
P
 
-
L
 
L
D
 
D
-
 
P
-
 
S
-
 
G
-
 
P
H
 
E
E
 
R
Y
 
Y
C
 
A
L
 
Y
L
 
A
E
 
E
Q
 
H
A
 
R
D
 
D
L
 
Y
Q
 
L
Q
 
D
A
 
A
L
 
L
L
 
W
D
 
E
Y
 
A
L
 
L
G
 
D
V
 
L
R
 
G
Q
 
D
P
 
R
V
 
V
H
 
V
L
 
L
L
 
V
A
 
V
H
 
H
D
|
D
Y
x
W
G
 
G
D
 
S
S
 
A
V
 
L
A
 
G
Q
 
F
E
 
D
L
 
W
L
 
A
A
 
R
R
 
R
H
 
H
N
 
R
E
 
E

Sites not aligning to the query:

1g5fA Structure of linb complexed with 1,2-dichloroethane (see paper)
35% identity, 35% coverage: 20:124/300 of query aligns to 14:121/294 of 1g5fA

query
sites
1g5fA
F
 
I
R
 
K
G
 
G
Q
 
R
T
 
R
I
 
M
R
 
A
Y
 
Y
W
 
I
V
 
D
A
 
E
G
 
G
Q
 
T
G
 
G
E
 
D
P
 
P
L
 
I
L
 
L
L
 
F
I
 
Q
H
 
H
G
 
G
F
x
N
P
 
P
T
 
T
A
 
S
S
 
S
W
 
Y
D
 
L
W
 
W
H
 
R
Y
 
N
L
 
I
W
 
M
Q
 
P
P
 
H
L
 
C
T
 
A
Q
 
G
R
 
L
Y
 
G
R
 
R
V
 
L
I
 
I
A
 
A
C
 
C
D
 
D
M
 
L
L
 
I
G
 
G
F
 
M
G
 
G
D
 
D
S
 
S
A
 
D
K
 
K
P
 
-
L
 
L
D
 
D
-
 
P
-
 
S
-
 
G
-
 
P
H
 
E
E
 
R
Y
 
Y
C
 
A
L
 
Y
L
 
A
E
 
E
Q
 
H
A
 
R
D
 
D
L
 
Y
Q
 
L
Q
 
D
A
 
A
L
 
L
L
 
W
D
 
E
Y
 
A
L
 
L
G
 
D
V
 
L
R
 
G
Q
 
D
P
 
R
V
 
V
H
 
V
L
 
L
L
 
V
A
 
V
H
 
H
D
|
D
Y
x
W
G
 
G
D
 
S
S
 
A
V
 
L
A
 
G
Q
 
F
E
 
D
L
 
W
L
 
A
A
 
R
R
 
R
H
 
H
N
 
R
E
 
E

Sites not aligning to the query:

1g4hA Linb complexed with butan-1-ol (see paper)
35% identity, 35% coverage: 20:124/300 of query aligns to 14:121/294 of 1g4hA

query
sites
1g4hA
F
 
I
R
 
K
G
 
G
Q
 
R
T
 
R
I
 
M
R
 
A
Y
 
Y
W
 
I
V
 
D
A
 
E
G
 
G
Q
 
T
G
 
G
E
 
D
P
 
P
L
 
I
L
 
L
L
 
F
I
 
Q
H
 
H
G
 
G
F
x
N
P
 
P
T
 
T
A
 
S
S
 
S
W
 
Y
D
 
L
W
 
W
H
 
R
Y
 
N
L
 
I
W
 
M
Q
 
P
P
 
H
L
 
C
T
 
A
Q
 
G
R
 
L
Y
 
G
R
 
R
V
 
L
I
 
I
A
 
A
C
 
C
D
 
D
M
 
L
L
 
I
G
 
G
F
 
M
G
 
G
D
 
D
S
 
S
A
 
D
K
 
K
P
 
-
L
 
L
D
 
D
-
 
P
-
 
S
-
 
G
-
 
P
H
 
E
E
 
R
Y
 
Y
C
 
A
L
 
Y
L
 
A
E
 
E
Q
 
H
A
 
R
D
 
D
L
 
Y
Q
 
L
Q
 
D
A
 
A
L
 
L
L
 
W
D
 
E
Y
 
A
L
 
L
G
 
D
V
 
L
R
 
G
Q
 
D
P
 
R
V
 
V
H
 
V
L
 
L
L
 
V
A
 
V
H
 
H
D
|
D
Y
x
W
G
 
G
D
 
S
S
 
A
V
 
L
A
 
G
Q
 
F
E
 
D
L
 
W
L
 
A
A
 
R
R
 
R
H
 
H
N
 
R
E
 
E

Sites not aligning to the query:

1g42A Structure of 1,3,4,6-tetrachloro-1,4-cyclohexadiene hydrolase (linb) from sphingomonas paucimobilis complexed with 1,2-dichloropropane (see paper)
35% identity, 35% coverage: 20:124/300 of query aligns to 14:121/294 of 1g42A

query
sites
1g42A
F
 
I
R
 
K
G
 
G
Q
 
R
T
 
R
I
 
M
R
 
A
Y
 
Y
W
 
I
V
 
D
A
 
E
G
 
G
Q
 
T
G
|
G
E
x
D
P
 
P
L
 
I
L
 
L
L
 
F
I
 
Q
H
 
H
G
 
G
F
x
N
P
 
P
T
 
T
A
 
S
S
 
S
W
 
Y
D
 
L
W
 
W
H
 
R
Y
 
N
L
 
I
W
 
M
Q
 
P
P
 
H
L
 
C
T
 
A
Q
 
G
R
 
L
Y
 
G
R
 
R
V
 
L
I
 
I
A
 
A
C
 
C
D
 
D
M
 
L
L
 
I
G
 
G
F
 
M
G
 
G
D
 
D
S
 
S
A
 
D
K
 
K
P
 
-
L
 
L
D
 
D
-
 
P
-
 
S
-
 
G
-
 
P
H
 
E
E
 
R
Y
 
Y
C
 
A
L
 
Y
L
 
A
E
 
E
Q
 
H
A
 
R
D
 
D
L
 
Y
Q
 
L
Q
 
D
A
 
A
L
 
L
L
 
W
D
 
E
Y
 
A
L
 
L
G
 
D
V
 
L
R
 
G
Q
 
D
P
 
R
V
 
V
H
 
V
L
 
L
L
 
V
A
 
V
H
 
H
D
|
D
Y
x
W
G
 
G
D
 
S
S
 
A
V
 
L
A
 
G
Q
 
F
E
 
D
L
 
W
L
 
A
A
 
R
R
 
R
H
 
H
N
 
R
E
 
E

Sites not aligning to the query:

Q9AQM4 2-hydroxy-6-oxo-6-(2'-aminophenyl)hexa-2,4-dienoic acid hydrolase; HOPDA; EC 3.7.1.13 from Metapseudomonas resinovorans (Pseudomonas resinovorans) (see paper)
24% identity, 88% coverage: 22:286/300 of query aligns to 25:278/290 of Q9AQM4

query
sites
Q9AQM4
G
 
G
Q
 
V
T
 
E
I
 
T
R
 
R
Y
 
Y
W
 
L
V
 
E
A
 
A
G
 
G
Q
 
K
G
 
G
E
 
Q
P
 
P
L
 
V
L
 
I
L
 
L
I
 
I
H
 
H
G
 
G
F
 
G
P
 
G
T
 
A
A
 
G
S
 
A
W
 
E
-
 
S
-
 
E
-
 
G
D
 
N
W
 
W
H
 
R
Y
 
N
L
 
V
W
 
I
Q
 
P
P
 
I
L
 
L
T
 
A
Q
 
R
R
 
H
Y
 
Y
R
 
R
V
 
V
I
 
I
A
 
A
C
 
M
D
 
D
M
 
M
L
 
L
G
 
G
F
 
F
G
 
G
D
 
K
S
 
T
A
 
A
K
 
K
P
 
P
L
 
-
D
 
D
H
 
I
E
 
E
Y
 
Y
C
 
T
L
 
Q
L
 
D
E
 
R
Q
 
R
A
 
I
D
 
R
L
 
H
Q
 
L
Q
 
H
A
 
D
L
 
F
L
 
I
D
 
K
Y
 
A
L
 
M
G
 
N
V
 
F
R
 
D
Q
 
G
P
 
K
V
 
V
H
 
S
L
 
I
L
 
V
A
 
G
H
 
N
D
x
S
Y
 
M
G
 
G
D
 
G
S
 
A
V
 
T
A
 
G
Q
 
L
E
 
G
L
 
V
L
 
S
A
 
V
R
 
L
H
 
H
N
 
S
E
 
E
-
 
L
-
 
V
-
 
N
A
 
A
R
 
L
V
 
V
E
 
L
I
 
M
G
 
G
S
 
S
C
 
A
V
 
-
F
 
-
L
 
-
N
 
-
G
 
-
G
 
G
L
 
L
F
 
V
P
 
V
E
 
E
T
 
I
H
 
H
Q
 
E
P
 
D
V
 
-
L
 
-
M
 
-
Q
 
-
K
 
-
L
 
-
L
 
-
L
 
L
S
 
R
P
 
P
L
 
I
G
 
-
W
 
-
M
 
-
I
 
I
G
 
N
R
 
Y
A
 
D
F
 
F
S
 
T
R
 
R
D
 
E
G
 
G
L
 
M
V
 
V
K
 
H
S
 
L
F
 
V
R
 
K
Q
 
A
I
 
L
F
 
T
G
 
N
P
 
D
R
 
G
T
 
F
R
 
K
P
 
I
S
 
D
E
 
D
S
 
A
E
 
M
L
 
I
D
 
N
D
 
S
F
 
R
W
 
Y
S
 
T
L
 
Y
I
 
A
D
 
T
N
 
D
N
 
E
R
 
A
G
 
T
T
 
R
R
 
K
I
 
A
M
 
Y
H
 
V
K
 
A
L
 
T
I
 
M
N
 
Q
Y
 
W
I
 
I
P
 
R
Q
 
E
R
 
Q
R
 
G
-
 
G
-
 
L
I
 
F
Q
 
Y
R
 
D
D
 
P
R
 
E
W
 
F
V
 
I
K
 
R
A
 
K
M
 
V
Q
 
P
A
 
V
G
 
P
T
 
T
V
 
L
A
 
V
M
 
V
R
 
H
V
 
G
I
 
K
D
 
D
G
 
D
E
 
K
V
 
V
D
 
V
P
 
P
V
 
V
S
 
E
G
 
T
A
 
A
H
 
Y
M
 
-
V
 
-
E
 
-
R
 
K
Y
 
F
R
 
L
Q
 
D
L
 
L
I
 
I
P
 
D
N
 
D
P
 
S
D
 
W
T
 
G
V
 
Y
L
 
I
L
 
I
H
 
P
G
 
H
I
 
C
G
 
G
H
 
H
Y
 
W
P
 
A
Q
 
M
I
 
I
E
 
E
A
 
H
P
 
P
I
 
E
Q
 
D
V
 
F
L
 
A
K
 
N
H
 
A
Y
 
T
L
 
L
A
 
S
F
 
F

4k2aC Crystal structure of haloalkane dehalogenase dbea from bradyrhizobium elkani usda94 (see paper)
36% identity, 33% coverage: 22:121/300 of query aligns to 11:110/299 of 4k2aC

query
sites
4k2aC
G
 
G
Q
 
S
T
 
T
I
 
M
R
 
A
Y
 
Y
W
 
R
V
 
E
A
 
T
G
 
G
Q
 
R
G
 
S
E
 
D
P
 
A
-
 
P
-
 
H
L
 
V
L
 
L
L
 
F
I
 
L
H
 
H
G
 
G
F
x
N
P
 
P
T
 
T
A
x
S
S
 
S
W
 
Y
D
 
I
W
 
W
H
 
R
Y
 
N
L
 
I
W
 
M
Q
 
P
P
 
L
L
 
V
T
 
A
Q
 
P
R
 
V
Y
 
G
R
 
H
V
 
C
I
 
I
A
 
A
C
 
P
D
 
D
M
 
L
L
 
I
G
 
G
F
 
Y
G
 
G
D
 
Q
S
 
S
A
 
G
K
 
K
P
 
P
L
 
-
D
 
D
H
 
I
E
 
S
Y
 
Y
C
 
R
L
 
F
L
 
F
E
 
D
Q
 
Q
A
 
A
D
 
D
L
 
Y
Q
 
L
Q
 
D
A
 
A
L
 
L
L
 
I
D
 
D
Y
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
I
R
 
A
Q
 
S
P
 
-
V
 
A
H
 
Y
L
 
L
L
 
V
A
 
A
H
x
Q
D
|
D
Y
x
W
G
 
G
D
 
T
S
 
A
V
 
L
A
 
A
Q
 
F
E
 
H
L
 
L
L
 
A
A
 
A
R
 
R

Sites not aligning to the query:

2d0dA Crystal structure of a meta-cleavage product hydrolase (cumd) a129v mutant (see paper)
30% identity, 37% coverage: 15:124/300 of query aligns to 5:116/271 of 2d0dA

query
sites
2d0dA
G
 
G
Q
 
K
S
 
S
F
 
I
V
 
L
F
 
A
R
 
A
G
 
G
Q
 
V
T
 
L
I
 
T
R
 
N
Y
 
Y
W
 
H
V
 
D
A
 
V
G
 
G
Q
 
E
G
 
G
E
 
Q
P
 
P
L
 
V
L
 
I
L
 
L
I
 
I
H
 
H
G
 
G
F
x
S
P
x
G
-
 
P
-
x
G
-
 
V
T
 
S
A
 
A
S
 
Y
W
 
A
D
 
N
W
 
W
H
 
R
Y
 
L
L
 
T
W
 
I
Q
 
P
P
 
A
L
 
L
T
 
S
Q
 
K
R
 
F
Y
 
Y
R
 
R
V
 
V
I
 
I
A
 
A
C
 
P
D
 
D
M
 
M
L
 
V
G
 
G
F
 
F
G
 
G
D
 
F
S
 
T
A
 
D
K
 
R
P
 
P
L
 
E
D
 
N
H
 
Y
E
 
N
Y
 
Y
C
 
S
L
 
K
L
 
D
E
 
S
Q
 
W
A
 
V
D
 
D
L
 
H
Q
 
I
Q
 
I
A
 
G
L
 
I
L
 
M
D
 
D
Y
 
A
L
 
L
G
 
E
V
 
I
R
 
-
Q
 
E
P
 
K
V
 
A
H
 
H
L
 
I
L
 
V
A
 
G
H
x
N
D
x
S
Y
x
F
G
 
G
D
 
G
S
 
G
V
 
L
A
 
A
Q
 
I
E
 
A
L
 
T
L
 
A
A
 
L
R
 
R
H
 
Y
N
 
S
E
 
E

Sites not aligning to the query:

1iunB Meta-cleavage product hydrolase from pseudomonas fluorescens ip01 (cumd) s103a mutant hexagonal (see paper)
30% identity, 37% coverage: 15:124/300 of query aligns to 6:117/276 of 1iunB

query
sites
1iunB
G
 
G
Q
 
K
S
 
S
F
 
I
V
 
L
F
 
A
R
 
A
G
 
G
Q
 
V
T
 
L
I
 
T
R
 
N
Y
 
Y
W
 
H
V
 
D
A
 
V
G
 
G
Q
 
E
G
 
G
E
 
Q
P
 
P
L
 
V
L
 
I
L
 
L
I
 
I
H
 
H
G
 
G
F
x
S
P
x
G
-
 
P
-
x
G
-
 
V
T
 
S
A
 
A
S
 
Y
W
 
A
D
 
N
W
 
W
H
 
R
Y
 
L
L
 
T
W
 
I
Q
 
P
P
 
A
L
 
L
T
 
S
Q
 
K
R
 
F
Y
 
Y
R
 
R
V
 
V
I
 
I
A
 
A
C
 
P
D
 
D
M
 
M
L
 
V
G
 
G
F
 
F
G
 
G
D
 
F
S
 
T
A
 
D
K
 
R
P
 
P
L
 
E
D
 
N
H
 
Y
E
 
N
Y
 
Y
C
 
S
L
 
K
L
 
D
E
 
S
Q
 
W
A
 
V
D
 
D
L
 
H
Q
 
I
Q
 
I
A
 
G
L
 
I
L
 
M
D
 
D
Y
 
A
L
 
L
G
 
E
V
 
I
R
 
E
Q
 
K
P
 
-
V
 
A
H
 
H
L
 
I
L
 
V
A
 
G
H
x
N
D
x
A
Y
x
F
G
 
G
D
 
G
S
 
G
V
 
L
A
 
A
Q
 
I
E
 
A
L
 
T
L
 
A
A
 
L
R
 
R
H
 
Y
N
 
S
E
 
E

Sites not aligning to the query:

1ukaA Crystal structure of a meta-cleavage product hydrolase (cumd) complexed with (s)-2-methylbutyrate (see paper)
30% identity, 37% coverage: 15:124/300 of query aligns to 5:116/271 of 1ukaA

query
sites
1ukaA
G
 
G
Q
 
K
S
 
S
F
 
I
V
 
L
F
 
A
R
 
A
G
 
G
Q
 
V
T
 
L
I
 
T
R
 
N
Y
 
Y
W
 
H
V
 
D
A
 
V
G
 
G
Q
 
E
G
 
G
E
 
Q
P
 
P
L
 
V
L
 
I
L
 
L
I
 
I
H
 
H
G
 
G
F
x
S
P
x
G
-
 
P
-
x
G
-
 
V
T
 
S
A
 
A
S
 
Y
W
 
A
D
 
N
W
 
W
H
 
R
Y
 
L
L
 
T
W
 
I
Q
 
P
P
 
A
L
 
L
T
 
S
Q
 
K
R
 
F
Y
 
Y
R
 
R
V
 
V
I
 
I
A
 
A
C
 
P
D
 
D
M
 
M
L
 
V
G
 
G
F
 
F
G
 
G
D
 
F
S
 
T
A
 
D
K
 
R
P
 
P
L
 
E
D
 
N
H
 
Y
E
 
N
Y
 
Y
C
 
S
L
 
K
L
 
D
E
 
S
Q
 
W
A
 
V
D
 
D
L
 
H
Q
 
I
Q
 
I
A
 
G
L
 
I
L
 
M
D
 
D
Y
 
A
L
 
L
G
 
E
V
 
I
R
 
-
Q
 
E
P
 
K
V
 
A
H
 
H
L
 
I
L
 
V
A
 
G
H
x
N
D
x
A
Y
x
F
G
 
G
D
 
G
S
 
G
V
 
L
A
 
A
Q
 
I
E
 
A
L
 
T
L
 
A
A
 
L
R
 
R
H
 
Y
N
 
S
E
 
E

Sites not aligning to the query:

1uk9A Crystal structure of a meta-cleavage product hydrolase (cumd) complexed with isovalerate (see paper)
30% identity, 37% coverage: 15:124/300 of query aligns to 5:116/271 of 1uk9A

query
sites
1uk9A
G
 
G
Q
 
K
S
 
S
F
 
I
V
 
L
F
 
A
R
 
A
G
 
G
Q
 
V
T
 
L
I
 
T
R
 
N
Y
 
Y
W
 
H
V
 
D
A
 
V
G
 
G
Q
 
E
G
 
G
E
 
Q
P
 
P
L
 
V
L
 
I
L
 
L
I
 
I
H
 
H
G
 
G
F
x
S
P
x
G
-
 
P
-
x
G
-
 
V
T
 
S
A
 
A
S
 
Y
W
 
A
D
 
N
W
 
W
H
 
R
Y
 
L
L
 
T
W
 
I
Q
 
P
P
 
A
L
 
L
T
 
S
Q
 
K
R
 
F
Y
 
Y
R
 
R
V
 
V
I
 
I
A
 
A
C
 
P
D
 
D
M
 
M
L
 
V
G
 
G
F
 
F
G
 
G
D
 
F
S
 
T
A
 
D
K
 
R
P
 
P
L
 
E
D
 
N
H
 
Y
E
 
N
Y
 
Y
C
 
S
L
 
K
L
 
D
E
 
S
Q
 
W
A
 
V
D
 
D
L
 
H
Q
 
I
Q
 
I
A
 
G
L
 
I
L
 
M
D
 
D
Y
 
A
L
 
L
G
 
E
V
 
I
R
 
-
Q
 
E
P
 
K
V
 
A
H
 
H
L
 
I
L
 
V
A
 
G
H
x
N
D
x
A
Y
x
F
G
 
G
D
 
G
S
 
G
V
 
L
A
 
A
Q
 
I
E
 
A
L
 
T
L
 
A
A
 
L
R
 
R
H
 
Y
N
 
S
E
 
E

Sites not aligning to the query:

1uk8A Crystal structure of a meta-cleavage product hydrolase (cumd) complexed with n-valerate (see paper)
30% identity, 37% coverage: 15:124/300 of query aligns to 5:116/271 of 1uk8A

query
sites
1uk8A
G
 
G
Q
 
K
S
 
S
F
 
I
V
 
L
F
 
A
R
 
A
G
 
G
Q
 
V
T
 
L
I
 
T
R
 
N
Y
 
Y
W
 
H
V
 
D
A
 
V
G
 
G
Q
 
E
G
 
G
E
 
Q
P
 
P
L
 
V
L
 
I
L
 
L
I
 
I
H
 
H
G
 
G
F
x
S
P
x
G
-
 
P
-
x
G
-
 
V
T
 
S
A
 
A
S
 
Y
W
 
A
D
 
N
W
 
W
H
 
R
Y
 
L
L
 
T
W
 
I
Q
 
P
P
 
A
L
 
L
T
 
S
Q
 
K
R
 
F
Y
 
Y
R
 
R
V
 
V
I
 
I
A
 
A
C
 
P
D
 
D
M
 
M
L
 
V
G
 
G
F
 
F
G
 
G
D
 
F
S
 
T
A
 
D
K
 
R
P
 
P
L
 
E
D
 
N
H
 
Y
E
 
N
Y
 
Y
C
 
S
L
 
K
L
 
D
E
 
S
Q
 
W
A
 
V
D
 
D
L
 
H
Q
 
I
Q
 
I
A
 
G
L
 
I
L
 
M
D
 
D
Y
 
A
L
 
L
G
 
E
V
 
I
R
 
-
Q
 
E
P
 
K
V
 
A
H
 
H
L
 
I
L
 
V
A
 
G
H
x
N
D
x
A
Y
x
F
G
 
G
D
 
G
S
 
G
V
 
L
A
 
A
Q
 
I
E
 
A
L
 
T
L
 
A
A
 
L
R
 
R
H
 
Y
N
 
S
E
 
E

Sites not aligning to the query:

1uk7A Crystal structure of a meta-cleavage product hydrolase (cumd) complexed with n-butyrate (see paper)
30% identity, 37% coverage: 15:124/300 of query aligns to 5:116/271 of 1uk7A

query
sites
1uk7A
G
 
G
Q
 
K
S
 
S
F
 
I
V
 
L
F
 
A
R
 
A
G
 
G
Q
 
V
T
 
L
I
 
T
R
 
N
Y
 
Y
W
 
H
V
 
D
A
 
V
G
 
G
Q
 
E
G
 
G
E
 
Q
P
 
P
L
 
V
L
 
I
L
 
L
I
 
I
H
 
H
G
 
G
F
x
S
P
x
G
-
 
P
-
x
G
-
 
V
T
 
S
A
 
A
S
 
Y
W
 
A
D
 
N
W
 
W
H
 
R
Y
 
L
L
 
T
W
 
I
Q
 
P
P
 
A
L
 
L
T
 
S
Q
 
K
R
 
F
Y
 
Y
R
 
R
V
 
V
I
 
I
A
 
A
C
 
P
D
 
D
M
 
M
L
 
V
G
 
G
F
 
F
G
 
G
D
 
F
S
 
T
A
 
D
K
 
R
P
 
P
L
 
E
D
 
N
H
 
Y
E
 
N
Y
 
Y
C
 
S
L
 
K
L
 
D
E
 
S
Q
 
W
A
 
V
D
 
D
L
 
H
Q
 
I
Q
 
I
A
 
G
L
 
I
L
 
M
D
 
D
Y
 
A
L
 
L
G
 
E
V
 
I
R
 
-
Q
 
E
P
 
K
V
 
A
H
 
H
L
 
I
L
 
V
A
 
G
H
x
N
D
x
A
Y
x
F
G
 
G
D
 
G
S
 
G
V
 
L
A
 
A
Q
 
I
E
 
A
L
 
T
L
 
A
A
 
L
R
 
R
H
 
Y
N
 
S
E
 
E

Sites not aligning to the query:

1iupA Meta-cleavage product hydrolase from pseudomonas fluorescens ip01 (cumd) s103a mutant complexed with isobutyrates (see paper)
30% identity, 37% coverage: 15:124/300 of query aligns to 5:116/271 of 1iupA

query
sites
1iupA
G
 
G
Q
 
K
S
 
S
F
 
I
V
 
L
F
 
A
R
 
A
G
 
G
Q
 
V
T
 
L
I
 
T
R
 
N
Y
 
Y
W
 
H
V
 
D
A
 
V
G
 
G
Q
 
E
G
 
G
E
 
Q
P
 
P
L
 
V
L
 
I
L
 
L
I
 
I
H
 
H
G
 
G
F
x
S
P
x
G
-
 
P
-
x
G
-
 
V
T
 
S
A
 
A
S
 
Y
W
x
A
D
x
N
W
 
W
H
 
R
Y
 
L
L
 
T
W
 
I
Q
 
P
P
 
A
L
 
L
T
 
S
Q
 
K
R
 
F
Y
 
Y
R
 
R
V
 
V
I
 
I
A
 
A
C
 
P
D
 
D
M
 
M
L
 
V
G
 
G
F
 
F
G
 
G
D
 
F
S
 
T
A
 
D
K
 
R
P
 
P
L
 
E
D
 
N
H
 
Y
E
 
N
Y
|
Y
C
 
S
L
 
K
L
 
D
E
 
S
Q
x
W
A
 
V
D
 
D
L
 
H
Q
 
I
Q
 
I
A
 
G
L
 
I
L
 
M
D
 
D
Y
 
A
L
 
L
G
 
E
V
 
I
R
 
-
Q
 
E
P
 
K
V
 
A
H
 
H
L
 
I
L
 
V
A
 
G
H
x
N
D
x
A
Y
x
F
G
 
G
D
 
G
S
 
G
V
 
L
A
 
A
Q
 
I
E
 
A
L
 
T
L
 
A
A
 
L
R
 
R
H
 
Y
N
 
S
E
 
E

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>AO353_04920 FitnessBrowser__pseudo3_N2E3:AO353_04920
MPLSEIPLCVWRKRGQSFVFRGQTIRYWVAGQGEPLLLIHGFPTASWDWHYLWQPLTQRY
RVIACDMLGFGDSAKPLDHEYCLLEQADLQQALLDYLGVRQPVHLLAHDYGDSVAQELLA
RHNEARVEIGSCVFLNGGLFPETHQPVLMQKLLLSPLGWMIGRAFSRDGLVKSFRQIFGP
RTRPSESELDDFWSLIDNNRGTRIMHKLINYIPQRRIQRDRWVKAMQAGTVAMRVIDGEV
DPVSGAHMVERYRQLIPNPDTVLLHGIGHYPQIEAPIQVLKHYLAFRDQLDPPALKTACS

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory