SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing AO353_05305 AO353_05305 5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

4ur8A Crystal structure of keto-deoxy-d-galactarate dehydratase complexed with 2-oxoadipic acid (see paper)
52% identity, 98% coverage: 1:297/303 of query aligns to 1:296/304 of 4ur8A

query
sites
4ur8A
M
 
M
N
 
D
P
 
P
Q
 
E
E
 
Q
L
 
I
K
 
K
S
 
T
I
 
A
L
 
L
S
 
G
S
 
S
G
 
G
L
 
L
L
 
L
S
 
S
F
|
F
P
 
P
V
 
V
T
 
T
D
 
H
F
 
F
N
 
D
A
 
A
Q
 
E
G
 
G
D
 
R
F
 
F
H
 
A
R
 
A
A
 
D
G
 
S
Y
 
Y
I
 
R
K
 
E
R
 
H
L
 
V
E
 
E
W
 
W
L
 
L
A
 
A
P
 
G
Y
 
Y
G
 
K
A
 
A
S
 
P
A
 
V
L
 
L
F
 
F
A
 
A
A
 
A
G
|
G
G
|
G
T
|
T
G
 
G
E
 
E
F
 
F
F
 
F
S
 
S
L
 
L
A
 
K
A
 
P
S
 
D
E
 
E
Y
 
I
S
 
P
E
 
T
V
 
I
I
 
V
K
 
A
T
 
A
A
 
A
V
 
K
D
 
E
T
 
V
C
 
-
A
 
A
S
 
G
S
 
E
V
 
T
P
 
A
I
 
I
L
 
V
A
 
S
G
 
G
V
 
C
G
 
G
G
 
Y
S
 
G
T
 
T
R
 
E
Q
 
I
A
 
A
I
 
V
E
 
D
Y
 
I
A
 
A
Q
 
R
E
 
S
A
 
V
E
 
E
R
 
K
L
 
V
G
 
G
A
 
A
K
 
D
G
 
G
L
 
I
L
 
L
L
 
L
L
 
L
P
 
P
H
 
H
Y
 
Y
L
|
L
T
 
I
E
 
D
A
 
A
S
 
P
Q
 
Q
D
 
E
G
 
G
V
 
L
A
 
Y
A
 
A
H
 
H
V
 
I
E
 
K
A
 
K
V
 
V
C
 
C
K
 
Q
S
 
S
V
 
V
K
 
G
I
 
I
G
 
G
V
 
V
I
 
M
V
 
V
Y
|
Y
N
 
N
R
 
R
N
 
D
V
 
N
C
 
S
R
 
V
L
 
L
T
 
Q
A
 
A
P
 
D
L
 
T
L
 
L
E
 
A
R
 
R
L
 
L
A
 
C
E
 
D
R
 
E
C
 
C
P
 
P
N
 
N
L
 
L
I
 
V
G
 
G
Y
 
F
K
|
K
D
 
D
G
 
G
L
 
T
G
 
G
D
 
D
I
 
I
E
 
G
L
 
L
M
 
V
V
 
R
S
 
Q
I
 
I
R
 
T
R
 
A
R
 
K
L
 
M
G
 
G
D
 
D
R
 
R
F
 
L
S
 
M
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
G
|
G
L
 
M
P
 
P
T
 
T
A
 
A
E
 
E
V
 
L
Y
 
F
A
 
A
A
 
E
A
 
A
Y
 
Y
K
 
L
A
 
G
L
 
A
G
 
G
V
 
F
P
 
T
V
 
T
Y
 
Y
S
|
S
S
 
S
A
 
A
V
 
V
F
 
F
N
 
N
F
 
F
L
 
V
P
 
P
K
 
G
M
 
L
A
 
A
M
 
N
D
 
E
F
 
F
Y
 
Y
H
 
A
A
 
A
I
 
L
A
 
R
R
 
A
D
 
G
D
 
E
H
 
R
A
 
A
T
 
T
V
 
C
G
 
E
K
 
R
L
 
I
I
 
L
D
 
V
D
 
D
F
 
F
F
 
F
L
 
Y
P
 
P
Y
 
F
L
 
M
D
 
A
I
 
I
R
 
R
N
 
N
R
 
R
K
 
A
A
 
K
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
V
 
V
S
 
S
I
 
A
V
 
V
K
 
K
A
 
A
G
 
G
A
 
V
K
 
R
I
 
L
A
 
Q
G
 
G
Y
 
F
D
 
N
A
 
A
G
 
G
P
 
P
V
 
V
R
 
R
T
 
A
P
 
P
L
 
L
T
 
K
D
 
D
L
 
L
T
 
T
P
 
N
E
 
E
E
 
E
F
 
I
E
 
G
M
 
M
L
 
L
A
 
E
A
 
A
L
 
L
M
 
I

5hwnB Crystal structure of keto-deoxy-d-galactarate dehydratase complexed with pyruvate (see paper)
52% identity, 98% coverage: 1:297/303 of query aligns to 1:296/310 of 5hwnB

query
sites
5hwnB
M
 
M
N
 
D
P
 
P
Q
 
E
E
 
Q
L
 
I
K
 
K
S
 
T
I
 
A
L
 
L
S
 
G
S
 
S
G
 
G
L
 
L
L
 
L
S
 
S
F
|
F
P
 
P
V
 
V
T
 
T
D
 
H
F
 
F
N
 
D
A
 
A
Q
 
E
G
 
G
D
 
R
F
 
F
H
 
A
R
 
A
A
 
D
G
 
S
Y
 
Y
I
 
R
K
 
E
R
 
H
L
 
V
E
 
E
W
 
W
L
 
L
A
 
A
P
 
G
Y
 
Y
G
 
K
A
 
A
S
 
P
A
 
V
L
 
L
F
 
F
A
 
A
A
 
A
G
|
G
G
|
G
T
|
T
G
 
G
E
 
E
F
 
F
F
 
F
S
 
S
L
 
L
A
 
K
A
 
P
S
 
D
E
 
E
Y
 
I
S
 
P
E
 
T
V
 
I
I
 
V
K
 
A
T
 
A
A
 
A
V
 
K
D
 
E
T
 
V
C
 
-
A
 
A
S
 
G
S
 
E
V
 
T
P
 
A
I
 
I
L
 
V
A
 
S
G
 
G
V
 
C
G
 
G
G
 
Y
S
 
G
T
 
T
R
 
E
Q
 
I
A
 
A
I
 
V
E
 
D
Y
 
I
A
 
A
Q
 
R
E
 
S
A
 
V
E
 
E
R
 
K
L
 
V
G
 
G
A
 
A
K
 
D
G
 
G
L
 
I
L
 
L
L
 
L
L
 
L
P
 
P
H
 
H
Y
 
Y
L
|
L
T
 
I
E
 
D
A
 
A
S
 
P
Q
 
Q
D
 
E
G
 
G
V
 
L
A
 
Y
A
 
A
H
 
H
V
 
I
E
 
K
A
 
K
V
 
V
C
 
C
K
 
Q
S
 
S
V
 
V
K
 
G
I
 
I
G
 
G
V
 
V
I
 
M
V
 
V
Y
|
Y
N
 
N
R
 
R
N
 
D
V
 
N
C
 
S
R
 
V
L
 
L
T
 
Q
A
 
A
P
 
D
L
 
T
L
 
L
E
 
A
R
 
R
L
 
L
A
 
C
E
 
D
R
 
E
C
 
C
P
 
P
N
 
N
L
 
L
I
 
V
G
 
G
Y
 
F
K
|
K
D
 
D
G
 
G
L
 
T
G
 
G
D
 
D
I
 
I
E
 
G
L
 
L
M
 
V
V
 
R
S
 
Q
I
 
I
R
 
T
R
 
A
R
 
K
L
 
M
G
 
G
D
 
D
R
 
R
F
 
L
S
 
M
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
G
 
G
L
 
M
P
 
P
T
 
T
A
 
A
E
 
E
V
 
L
Y
 
F
A
 
A
A
 
E
A
 
A
Y
 
Y
K
 
L
A
 
G
L
 
A
G
 
G
V
 
F
P
 
T
V
 
T
Y
 
Y
S
|
S
S
 
S
A
 
A
V
 
V
F
 
F
N
 
N
F
 
F
L
 
V
P
 
P
K
 
G
M
 
L
A
 
A
M
 
N
D
 
E
F
 
F
Y
 
Y
H
 
A
A
 
A
I
 
L
A
 
R
R
 
A
D
 
G
D
 
E
H
 
R
A
 
A
T
 
T
V
 
C
G
 
E
K
 
R
L
 
I
I
 
L
D
 
V
D
 
D
F
 
F
F
 
F
L
 
Y
P
 
P
Y
 
F
L
 
M
D
 
A
I
 
I
R
 
R
N
 
N
R
 
R
K
 
A
A
 
K
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
V
 
V
S
 
S
I
 
A
V
 
V
K
 
K
A
 
A
G
 
G
A
 
V
K
 
R
I
 
L
A
 
Q
G
 
G
Y
 
F
D
 
N
A
 
A
G
 
G
P
 
P
V
 
V
R
 
R
T
 
A
P
 
P
L
 
L
T
 
K
D
 
D
L
 
L
T
 
T
P
 
N
E
 
E
E
 
E
F
 
I
E
 
G
M
 
M
L
 
L
A
 
E
A
 
A
L
 
L
M
 
I

Q07607 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase; HTPA synthase; Protein MosA; EC 4.3.3.7 from Rhizobium meliloti (Ensifer meliloti) (Sinorhizobium meliloti) (see paper)
30% identity, 87% coverage: 37:301/303 of query aligns to 27:289/292 of Q07607

query
sites
Q07607
L
 
V
E
 
E
W
 
W
L
 
Q
A
 
I
P
 
E
Y
 
E
G
 
G
A
 
S
S
 
F
A
 
G
L
 
L
F
 
V
A
 
P
A
 
C
G
 
G
G
 
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
F
 
S
F
 
P
S
 
T
L
 
L
A
 
S
A
 
K
S
 
S
E
 
E
Y
 
H
S
 
E
E
 
Q
V
 
V
I
 
V
K
 
E
T
 
I
A
 
T
V
 
I
D
 
K
T
 
T
C
 
A
A
 
N
S
 
G
S
 
R
V
 
V
P
 
P
I
 
V
L
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
A
G
 
G
-
 
S
G
 
N
S
 
S
T
 
T
R
 
A
Q
 
E
A
 
A
I
 
I
E
 
A
Y
 
F
A
 
V
Q
 
R
E
 
H
A
 
A
E
 
Q
R
 
N
L
 
A
G
 
G
A
 
A
K
 
D
G
 
G
L
 
V
L
 
L
L
 
I
L
 
V
P
 
S
H
 
P
Y
 
Y
L
 
Y
T
 
N
E
 
K
A
 
P
S
 
T
Q
 
Q
D
 
E
G
 
G
V
 
I
A
 
Y
A
 
Q
H
 
H
V
 
F
E
 
K
A
 
A
V
 
I
C
 
D
K
 
A
S
 
A
V
 
S
K
 
T
I
 
I
G
 
P
V
 
I
I
 
I
V
 
V
Y
 
Y
N
 
N
-
 
I
-
 
P
-
 
G
R
 
R
N
 
S
V
 
A
C
 
I
R
 
E
L
 
I
T
 
H
A
 
V
P
 
E
L
 
T
L
 
L
E
 
A
R
 
R
L
 
I
A
 
F
E
 
E
R
 
D
C
 
C
P
 
P
N
 
N
L
 
V
I
 
K
G
 
G
Y
 
V
K
|
K
D
 
D
G
 
A
L
 
T
G
 
G
D
 
N
I
 
L
E
 
L
L
 
R
M
 
P
V
 
S
S
 
L
I
 
E
R
 
R
R
 
M
R
 
A
L
 
C
G
 
G
D
 
E
R
 
D
F
 
F
S
 
N
Y
 
L
L
 
L
G
 
T
G
 
G
L
 
-
P
 
-
T
 
-
A
 
E
E
 
D
V
 
G
Y
 
T
A
 
A
A
 
L
A
 
G
Y
 
Y
K
 
M
A
 
A
L
 
H
G
 
G
V
 
G
P
 
H
V
 
G
Y
 
C
S
 
I
S
 
S
A
 
V
V
 
T
F
 
A
N
 
N
F
 
V
L
 
A
P
 
P
K
 
A
M
 
L
A
 
C
M
 
A
D
 
D
F
 
F
Y
 
Q
H
 
Q
A
 
A
I
 
C
A
 
L
R
 
N
D
 
G
D
 
D
H
 
F
A
 
A
T
 
A
V
 
A
G
 
L
K
 
K
L
 
L
I
 
-
D
 
Q
D
 
D
F
 
R
F
 
L
L
 
M
P
 
P
-
 
L
-
 
H
-
 
R
-
 
A
-
 
L
Y
 
F
L
 
L
D
 
E
I
 
T
R
 
N
N
 
P
R
 
A
K
 
G
A
 
A
G
 
K
Y
 
Y
A
 
A
V
 
L
S
 
Q
I
 
R
V
 
L
K
 
-
A
 
-
G
 
-
A
 
-
K
 
-
I
 
-
A
 
-
G
 
G
Y
 
R
D
 
M
A
 
R
G
 
G
P
 
D
V
 
L
R
 
R
T
 
L
P
 
P
L
 
L
T
 
V
D
 
T
L
 
I
T
 
S
P
 
P
E
 
S
E
 
F
F
 
Q
E
 
E
M
 
E
L
 
I
A
 
D
A
 
D
L
 
A
M
 
M
D
 
R
K
 
H
Q
 
A
G
 
G

7mjfA Crystal structure of candidatus liberibacter solanacearum dihydrodipicolinate synthase with pyruvate and succinic semi-aldehyde bound in active site
28% identity, 75% coverage: 19:246/303 of query aligns to 10:238/296 of 7mjfA

query
sites
7mjfA
V
 
I
T
 
T
D
 
P
F
 
F
N
 
T
A
 
K
Q
 
D
G
 
N
D
 
L
F
 
I
H
 
D
R
 
E
A
 
D
G
 
S
Y
 
F
I
 
V
K
 
D
R
 
H
L
 
I
E
 
E
W
 
W
L
 
Q
A
 
I
P
 
S
Y
 
E
G
 
G
A
 
S
S
 
S
A
 
G
L
 
L
F
 
V
A
 
P
A
 
A
G
|
G
G
x
T
T
|
T
G
 
G
E
 
E
F
 
S
F
 
S
S
 
T
L
 
L
A
 
S
A
 
Y
S
 
E
E
 
E
Y
 
H
S
 
C
E
 
R
V
 
V
I
 
V
K
 
E
T
 
L
A
 
C
V
 
V
D
 
K
T
 
T
C
 
A
A
 
A
S
 
G
S
 
R
V
 
V
P
 
P
I
 
V
L
 
M
A
 
A
G
 
G
V
 
A
G
 
G
-
 
S
G
 
N
S
 
N
T
 
T
R
 
K
Q
 
E
A
 
S
I
 
I
E
 
E
Y
 
L
A
 
A
Q
 
Q
E
 
Y
A
 
A
E
 
Q
R
 
N
L
 
T
G
 
G
A
 
A
K
 
D
G
 
A
L
 
L
L
 
L
L
 
V
L
 
V
P
 
V
H
 
P
Y
 
Y
L
 
Y
T
 
N
E
 
K
A
 
P
S
 
N
Q
 
K
D
 
K
G
 
G
V
 
L
A
 
L
A
 
A
H
 
H
V
 
F
E
 
G
A
 
S
V
 
I
C
 
A
K
 
N
S
 
A
V
 
V
K
 
S
I
 
L
G
 
P
V
 
I
I
 
Y
V
 
I
Y
|
Y
N
 
N
-
x
N
-
 
P
-
 
S
R
|
R
N
 
T
V
 
V
C
 
I
R
 
E
L
 
M
T
 
D
A
 
V
P
 
D
L
 
T
L
 
M
E
 
A
R
 
E
L
 
L
A
 
V
E
 
K
R
 
T
C
 
Y
P
 
S
N
 
N
L
 
I
I
 
V
G
 
G
Y
 
V
K
|
K
D
 
D
G
 
A
L
 
T
G
 
G
D
 
R
I
 
I
E
 
E
L
 
L
M
 
A
V
 
S
S
 
G
I
 
Q
R
 
R
R
 
I
R
 
A
L
 
C
G
 
G
D
 
S
R
 
D
F
 
F
S
 
I
Y
 
Q
L
 
L
G
 
S
G
|
G
L
 
D
P
 
D
T
 
S
A
 
S
E
 
A
V
 
L
Y
 
G
A
 
F
A
 
N
A
 
V
Y
 
H
K
 
G
A
 
G
L
 
V
G
 
G
V
 
C
P
 
-
V
 
-
Y
 
-
S
x
I
S
 
S
A
x
V
V
 
T
F
 
A
N
 
N
F
 
V
L
 
A
P
 
P
K
 
R
M
 
I
A
 
C
M
 
A
D
 
E
F
 
F
Y
 
Q
H
 
K
A
 
A
I
 
I
A
 
S
R
 
E
D
 
G
D
 
D
H
 
Y
A
 
R
T
 
Q
V
 
A
G
 
L
K
 
E
L
 
Y
I
 
Q
D
 
D
D
 
K
F
 
L
F
 
F

Sites not aligning to the query:

7lvlA Dihydrodipicolinate synthase bound with allosteric inhibitor (s)- lysine from candidatus liberibacter solanacearum
28% identity, 75% coverage: 19:246/303 of query aligns to 10:238/296 of 7lvlA

query
sites
7lvlA
V
 
I
T
 
T
D
 
P
F
 
F
N
 
T
A
 
K
Q
 
D
G
 
N
D
 
L
F
 
I
H
 
D
R
 
E
A
 
D
G
 
S
Y
 
F
I
 
V
K
 
D
R
 
H
L
 
I
E
 
E
W
 
W
L
 
Q
A
 
I
P
 
S
Y
 
E
G
 
G
A
 
S
S
 
S
A
 
G
L
 
L
F
 
V
A
 
P
A
 
A
G
 
G
G
x
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
F
x
S
F
x
S
S
 
T
L
|
L
A
x
S
A
 
Y
S
 
E
E
 
E
Y
x
H
S
 
C
E
 
R
V
 
V
I
 
V
K
 
E
T
 
L
A
 
C
V
 
V
D
 
K
T
 
T
C
 
A
A
 
A
S
 
G
S
 
R
V
 
V
P
 
P
I
 
V
L
 
M
A
 
A
G
 
G
V
 
A
G
 
G
-
 
S
G
x
N
S
 
N
T
 
T
R
 
K
Q
x
E
A
 
S
I
 
I
E
 
E
Y
 
L
A
 
A
Q
 
Q
E
 
Y
A
 
A
E
 
Q
R
 
N
L
 
T
G
 
G
A
 
A
K
 
D
G
 
A
L
 
L
L
 
L
L
 
V
L
 
V
P
 
V
H
 
P
Y
|
Y
L
x
Y
T
 
N
E
 
K
A
 
P
S
 
N
Q
 
K
D
 
K
G
 
G
V
 
L
A
 
L
A
 
A
H
 
H
V
 
F
E
 
G
A
 
S
V
 
I
C
 
A
K
 
N
S
 
A
V
 
V
K
 
S
I
 
L
G
 
P
V
 
I
I
 
Y
V
 
I
Y
|
Y
N
 
N
-
 
N
-
 
P
-
 
S
R
|
R
N
 
T
V
 
V
C
 
I
R
 
E
L
 
M
T
 
D
A
 
V
P
 
D
L
 
T
L
 
M
E
 
A
R
 
E
L
 
L
A
 
V
E
 
K
R
 
T
C
 
Y
P
 
S
N
 
N
L
 
I
I
 
V
G
 
G
Y
 
V
K
|
K
D
 
D
G
 
A
L
 
T
G
 
G
D
 
R
I
 
I
E
 
E
L
 
L
M
 
A
V
 
S
S
 
G
I
 
Q
R
 
R
R
 
I
R
 
A
L
 
C
G
 
G
D
 
S
R
 
D
F
 
F
S
 
I
Y
 
Q
L
 
L
G
 
S
G
 
G
L
 
D
P
 
D
T
 
S
A
 
S
E
 
A
V
 
L
Y
 
G
A
 
F
A
 
N
A
 
V
Y
 
H
K
 
G
A
 
G
L
 
V
G
 
G
V
 
C
P
 
-
V
 
-
Y
 
-
S
x
I
S
 
S
A
 
V
V
 
T
F
 
A
N
 
N
F
 
V
L
 
A
P
 
P
K
 
R
M
 
I
A
 
C
M
 
A
D
 
E
F
 
F
Y
 
Q
H
 
K
A
 
A
I
 
I
A
 
S
R
 
E
D
 
G
D
 
D
H
 
Y
A
 
R
T
 
Q
V
 
A
G
 
L
K
 
E
L
 
Y
I
 
Q
D
 
D
D
 
K
F
 
L
F
 
F

Q8UGL3 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase; HTPA synthase; EC 4.3.3.7 from Agrobacterium fabrum (strain C58 / ATCC 33970) (Agrobacterium tumefaciens (strain C58)) (see paper)
29% identity, 72% coverage: 19:236/303 of query aligns to 10:228/294 of Q8UGL3

query
sites
Q8UGL3
V
 
I
T
 
T
D
 
P
F
 
F
N
 
T
A
 
D
Q
 
N
G
 
G
D
 
S
F
 
V
H
 
D
R
 
E
A
 
K
G
 
A
Y
 
F
I
 
A
K
 
A
R
 
H
L
 
V
E
 
E
W
 
W
L
 
Q
A
 
I
P
 
A
Y
 
E
G
 
G
A
 
S
S
 
N
A
 
G
L
 
L
F
 
V
A
 
P
A
 
V
G
 
G
G
 
T
T
|
T
G
 
G
E
 
E
F
 
S
F
x
P
S
 
T
L
 
L
A
 
S
A
 
H
S
 
D
E
 
E
Y
x
H
S
 
K
E
 
R
V
 
V
I
 
V
K
 
E
T
 
L
A
 
C
V
 
I
D
 
E
T
 
V
C
 
A
A
 
A
S
 
K
S
 
R
V
 
V
P
 
P
I
 
V
L
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
A
G
 
G
-
 
S
G
x
N
S
 
N
T
 
T
R
 
D
Q
x
E
A
 
A
I
 
I
E
 
E
Y
 
L
A
 
A
Q
 
L
E
 
H
A
 
A
E
 
Q
R
 
E
L
 
A
G
 
G
A
 
A
K
 
D
G
 
A
L
 
L
L
 
L
L
 
V
L
 
V
P
 
T
H
 
P
Y
|
Y
L
 
Y
T
 
N
E
 
K
A
 
P
S
 
T
Q
 
Q
D
 
K
G
 
G
V
 
L
A
 
F
A
 
A
H
 
H
V
 
F
E
 
S
A
 
A
V
 
V
C
 
A
K
 
E
S
 
A
V
 
V
K
 
K
I
 
L
G
 
P
V
 
I
I
 
V
V
 
I
Y
 
Y
N
 
N
-
 
I
-
 
P
-
 
P
R
 
R
N
 
S
V
 
V
C
 
V
R
 
D
L
 
M
T
 
S
A
 
P
P
 
E
L
 
T
L
 
M
E
 
G
R
 
A
L
 
L
A
 
V
E
 
K
R
 
A
C
 
H
P
 
K
N
 
N
L
 
I
I
 
I
G
 
G
Y
 
V
K
|
K
D
 
D
G
 
A
L
 
T
G
 
G
D
 
K
I
 
L
E
 
D
L
 
R
M
 
V
V
 
S
S
 
E
I
 
Q
R
 
R
R
 
I
R
 
S
L
 
C
G
 
G
D
 
K
R
 
D
F
 
F
S
 
V
Y
 
Q
L
 
L
G
 
S
G
 
G
L
 
-
P
 
-
T
 
-
A
 
E
E
 
D
V
 
G
Y
 
T
A
 
A
A
 
L
A
 
G
Y
 
F
K
 
N
A
 
A
L
 
H
G
 
G
V
 
G
P
 
V
V
 
G
Y
 
C
S
 
I
S
 
S
A
 
V
V
 
T
F
 
A
N
 
N
F
 
V
L
 
A
P
 
P
K
 
R
M
 
L
A
 
C
M
 
S
D
 
E
F
 
F
Y
 
Q
H
 
A
A
 
A
I
 
M
A
 
L
R
 
A
D
 
G
D
 
D
H
 
Y
A
 
A

4i7wA Agrobacterium tumefaciens dhdps with lysine and pyruvate
28% identity, 72% coverage: 19:236/303 of query aligns to 10:228/294 of 4i7wA

query
sites
4i7wA
V
 
I
T
 
T
D
 
P
F
 
F
N
 
T
A
 
D
Q
 
N
G
 
G
D
 
A
F
 
V
H
 
D
R
 
E
A
 
Q
G
 
A
Y
 
F
I
 
A
K
 
A
R
 
H
L
 
V
E
 
E
W
 
W
L
 
Q
A
 
I
P
 
A
Y
 
E
G
 
G
A
 
S
S
 
N
A
 
G
L
 
L
F
 
V
A
 
P
A
 
V
G
 
G
G
x
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
F
x
S
F
x
P
S
 
T
L
|
L
A
x
S
A
x
H
S
 
D
E
 
E
Y
x
H
S
 
K
E
 
R
V
 
V
I
 
V
K
 
E
T
 
L
A
 
C
V
 
I
D
 
E
T
 
V
C
 
A
A
 
A
S
 
K
S
 
R
V
 
V
P
 
P
I
 
V
L
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
A
G
 
G
-
 
S
G
x
N
S
 
N
T
 
T
R
 
D
Q
x
E
A
 
A
I
 
I
E
 
E
Y
 
L
A
 
A
Q
 
L
E
 
H
A
 
A
E
 
Q
R
 
D
L
 
A
G
 
G
A
 
A
K
 
D
G
 
A
L
 
L
L
 
L
L
 
V
L
 
V
P
 
T
H
 
P
Y
|
Y
L
x
Y
T
 
N
E
 
K
A
 
P
S
 
T
Q
 
Q
D
 
K
G
 
G
V
 
L
A
 
F
A
 
A
H
 
H
V
 
F
E
 
S
A
 
A
V
 
V
C
 
A
K
 
E
S
 
A
V
 
V
K
 
K
I
 
L
G
 
P
V
 
I
I
 
V
V
 
I
Y
|
Y
N
 
N
-
 
I
-
 
P
-
 
P
R
|
R
N
 
S
V
 
V
C
 
V
R
 
D
L
 
M
T
 
S
A
 
P
P
 
E
L
 
T
L
 
M
E
 
G
R
 
A
L
 
L
A
 
V
E
 
K
R
 
A
C
 
H
P
 
K
N
 
N
L
 
I
I
 
V
G
 
G
Y
 
V
K
|
K
D
 
D
G
 
A
L
 
T
G
 
G
D
 
K
I
 
L
E
 
D
L
 
R
M
 
V
V
 
S
S
 
E
I
 
Q
R
 
R
R
 
I
R
 
S
L
 
C
G
 
G
D
 
K
R
 
D
F
 
F
S
 
I
Y
 
Q
L
 
L
G
 
S
G
 
G
L
 
E
P
 
D
T
 
S
A
 
T
E
 
A
V
 
L
Y
 
G
A
 
F
A
 
N
A
 
A
Y
 
H
K
 
G
A
 
G
L
 
V
G
 
G
V
 
C
P
x
I
V
 
S
Y
 
V
S
 
S
S
 
A
A
 
-
V
 
-
F
 
-
N
 
N
F
 
V
L
 
A
P
 
P
K
 
R
M
 
L
A
 
C
M
 
S
D
 
E
F
 
F
Y
 
Q
H
 
A
A
 
A
I
 
M
A
 
L
R
 
A
D
 
G
D
 
D
H
 
Y
A
 
A

4dxvA Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii complexed with mg and cl ions at 1.80 a resolution
33% identity, 66% coverage: 35:235/303 of query aligns to 26:227/291 of 4dxvA

query
sites
4dxvA
K
 
K
R
 
L
L
 
V
E
 
E
W
 
W
L
 
H
A
 
I
P
 
E
Y
 
Q
G
 
G
A
 
T
S
 
N
A
 
S
L
 
I
F
 
V
A
 
A
A
 
V
G
 
G
G
x
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
F
 
A
F
 
S
S
 
T
L
 
L
A
 
S
A
 
M
S
 
E
E
 
E
Y
 
H
S
 
T
E
 
Q
V
 
V
I
 
I
K
 
K
T
 
E
A
 
I
V
 
I
D
 
R
T
 
V
C
 
A
A
 
N
S
 
K
S
 
R
V
 
I
P
 
P
I
 
I
L
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
T
G
 
G
-
 
A
G
 
N
S
 
S
T
 
T
R
 
R
Q
 
E
A
 
A
I
 
I
E
 
E
Y
 
L
A
 
T
Q
 
K
E
 
A
A
 
A
E
 
K
R
 
D
L
 
L
G
 
G
A
 
A
K
 
D
G
 
A
L
 
A
L
 
L
L
 
L
L
 
V
P
x
T
H
 
P
Y
 
Y
L
x
Y
T
 
N
E
 
K
A
 
P
S
 
T
Q
 
Q
D
 
E
G
 
G
V
 
L
A
 
Y
A
 
Q
H
 
H
V
 
Y
E
 
K
A
 
A
V
 
I
C
 
A
K
 
E
S
 
A
V
 
V
K
 
E
I
 
L
G
 
P
V
 
L
I
 
I
V
 
L
Y
|
Y
N
|
N
-
x
V
-
x
P
-
 
G
R
|
R
N
x
T
V
 
G
C
 
V
R
 
D
L
 
L
T
 
S
A
 
N
P
 
D
L
 
T
L
 
A
E
 
V
R
 
R
L
 
L
A
 
A
E
 
E
R
 
-
C
 
I
P
 
P
N
 
N
L
 
I
I
 
V
G
 
G
Y
 
I
K
|
K
D
 
D
G
 
A
L
 
T
G
 
G
D
 
D
I
 
V
E
 
P
L
 
R
M
 
G
V
 
K
S
 
A
I
 
L
R
 
I
R
 
D
R
 
A
L
 
L
G
 
N
D
 
G
R
 
K
F
 
M
S
 
A
Y
 
V
L
 
Y
G
 
S
G
 
G
L
 
-
P
 
-
T
 
-
A
 
D
E
 
D
V
 
E
Y
 
T
A
 
A
A
 
W
A
 
E
Y
 
L
K
 
M
A
 
L
L
 
L
G
 
G
V
 
A
P
 
D
V
 
G
Y
 
N
S
x
I
S
 
S
A
 
V
V
 
T
F
 
A
N
 
N
F
 
I
L
 
A
P
 
P
K
 
K
-
 
A
M
 
M
A
 
S
M
 
E
D
 
V
F
 
C
Y
 
A
H
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
K
D
 
D
D
 
E
H
 
Q

3u8gA Crystal structure of the complex of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii with oxalic acid at 1.80 a resolution
33% identity, 66% coverage: 35:235/303 of query aligns to 26:227/291 of 3u8gA

query
sites
3u8gA
K
 
K
R
 
L
L
 
V
E
 
E
W
 
W
L
 
H
A
 
I
P
 
E
Y
 
Q
G
 
G
A
 
T
S
 
N
A
 
S
L
 
I
F
x
V
A
 
A
A
 
V
G
|
G
G
x
T
T
|
T
G
 
G
E
 
E
F
 
A
F
 
S
S
 
T
L
 
L
A
 
S
A
 
M
S
 
E
E
 
E
Y
 
H
S
 
T
E
 
Q
V
 
V
I
 
I
K
 
K
T
 
E
A
 
I
V
 
I
D
 
R
T
 
V
C
 
A
A
 
N
S
 
K
S
 
R
V
 
I
P
 
P
I
 
I
L
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
T
G
 
G
-
 
A
G
 
N
S
 
S
T
 
T
R
 
R
Q
 
E
A
 
A
I
 
I
E
 
E
Y
 
L
A
 
T
Q
 
K
E
 
A
A
 
A
E
 
K
R
 
D
L
 
L
G
 
G
A
 
A
K
 
D
G
 
A
L
 
A
L
|
L
L
 
L
L
 
V
P
 
T
H
 
P
Y
 
Y
L
x
Y
T
 
N
E
 
K
A
 
P
S
 
T
Q
 
Q
D
 
E
G
 
G
V
 
L
A
 
Y
A
 
Q
H
 
H
V
 
Y
E
 
K
A
 
A
V
 
I
C
 
A
K
 
E
S
 
A
V
 
V
K
 
E
I
 
L
G
 
P
V
 
L
I
 
I
V
 
L
Y
|
Y
N
 
N
-
 
V
-
 
P
-
 
G
R
|
R
N
 
T
V
 
G
C
 
V
R
 
D
L
 
L
T
 
S
A
 
N
P
 
D
L
 
T
L
 
A
E
 
V
R
 
R
L
 
L
A
 
A
E
 
E
R
 
-
C
 
I
P
 
P
N
 
N
L
 
I
I
 
V
G
 
G
Y
 
I
K
|
K
D
 
D
G
 
A
L
 
T
G
 
G
D
 
D
I
 
V
E
 
P
L
 
R
M
 
G
V
 
K
S
 
A
I
 
L
R
 
I
R
 
D
R
 
A
L
 
L
G
 
N
D
 
G
R
 
K
F
 
M
S
 
A
Y
 
V
L
 
Y
G
 
S
G
 
G
L
 
-
P
 
-
T
 
-
A
 
D
E
 
D
V
 
E
Y
 
T
A
 
A
A
 
W
A
 
E
Y
 
L
K
 
M
A
 
L
L
 
L
G
 
G
V
 
A
P
 
D
V
 
G
Y
 
N
S
x
I
S
 
S
A
 
V
V
 
T
F
 
A
N
 
N
F
 
I
L
 
A
P
 
P
K
 
K
-
 
A
M
 
M
A
 
S
M
 
E
D
 
V
F
 
C
Y
 
A
H
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
K
D
 
D
D
 
E
H
 
Q

Sites not aligning to the query:

3tdfA Crystal structure of the complex of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii with 2-ketobutanoic acid at 1.99 a resolution
33% identity, 66% coverage: 35:235/303 of query aligns to 26:227/291 of 3tdfA

query
sites
3tdfA
K
 
K
R
 
L
L
 
V
E
 
E
W
 
W
L
 
H
A
 
I
P
 
E
Y
 
Q
G
 
G
A
 
T
S
 
N
A
 
S
L
 
I
F
 
V
A
 
A
A
 
V
G
|
G
G
x
T
T
|
T
G
 
G
E
 
E
F
 
A
F
 
S
S
 
T
L
 
L
A
 
S
A
 
M
S
 
E
E
 
E
Y
 
H
S
 
T
E
 
Q
V
 
V
I
 
I
K
 
K
T
 
E
A
 
I
V
 
I
D
 
R
T
 
V
C
 
A
A
 
N
S
 
K
S
 
R
V
 
I
P
 
P
I
 
I
L
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
T
G
 
G
-
 
A
G
 
N
S
 
S
T
 
T
R
 
R
Q
 
E
A
 
A
I
 
I
E
 
E
Y
 
L
A
 
T
Q
 
K
E
 
A
A
 
A
E
 
K
R
 
D
L
 
L
G
 
G
A
 
A
K
 
D
G
 
A
L
 
A
L
 
L
L
 
L
L
 
V
P
 
T
H
 
P
Y
 
Y
L
x
Y
T
 
N
E
 
K
A
 
P
S
 
T
Q
 
Q
D
 
E
G
 
G
V
 
L
A
 
Y
A
 
Q
H
 
H
V
 
Y
E
 
K
A
 
A
V
 
I
C
 
A
K
 
E
S
 
A
V
 
V
K
 
E
I
 
L
G
 
P
V
 
L
I
 
I
V
 
L
Y
|
Y
N
 
N
-
 
V
-
 
P
-
 
G
R
|
R
N
 
T
V
 
G
C
 
V
R
 
D
L
 
L
T
 
S
A
 
N
P
 
D
L
 
T
L
 
A
E
 
V
R
 
R
L
 
L
A
 
A
E
 
E
R
 
-
C
 
I
P
 
P
N
 
N
L
 
I
I
 
V
G
 
G
Y
 
I
K
|
K
D
 
D
G
 
A
L
 
T
G
 
G
D
 
D
I
 
V
E
 
P
L
 
R
M
 
G
V
 
K
S
 
A
I
 
L
R
 
I
R
 
D
R
 
A
L
 
L
G
 
N
D
 
G
R
 
K
F
 
M
S
 
A
Y
 
V
L
 
Y
G
 
S
G
 
G
L
 
-
P
 
-
T
 
-
A
 
D
E
 
D
V
 
E
Y
 
T
A
 
A
A
 
W
A
 
E
Y
 
L
K
 
M
A
 
L
L
 
L
G
 
G
V
 
A
P
 
D
V
 
G
Y
 
N
S
x
I
S
 
S
A
 
V
V
 
T
F
 
A
N
 
N
F
 
I
L
 
A
P
 
P
K
 
K
-
 
A
M
 
M
A
 
S
M
 
E
D
 
V
F
 
C
Y
 
A
H
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
K
D
 
D
D
 
E
H
 
Q

Sites not aligning to the query:

3tceA Crystal structure of the complex of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii with 5-hydroxylysine at 2.6 a resolution
33% identity, 66% coverage: 35:235/303 of query aligns to 26:227/291 of 3tceA

query
sites
3tceA
K
 
K
R
 
L
L
 
V
E
 
E
W
 
W
L
 
H
A
 
I
P
 
E
Y
 
Q
G
 
G
A
 
T
S
 
N
A
 
S
L
 
I
F
 
V
A
 
A
A
 
V
G
 
G
G
x
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
F
x
A
F
x
S
S
 
T
L
|
L
A
x
S
A
x
M
S
 
E
E
 
E
Y
x
H
S
 
T
E
 
Q
V
 
V
I
 
I
K
 
K
T
 
E
A
 
I
V
 
I
D
 
R
T
 
V
C
 
A
A
 
N
S
 
K
S
 
R
V
 
I
P
 
P
I
 
I
L
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
T
G
 
G
-
 
A
G
 
N
S
 
S
T
 
T
R
 
R
Q
 
E
A
 
A
I
 
I
E
 
E
Y
 
L
A
 
T
Q
 
K
E
 
A
A
 
A
E
 
K
R
 
D
L
 
L
G
 
G
A
 
A
K
 
D
G
 
A
L
 
A
L
 
L
L
 
L
L
 
V
P
 
T
H
 
P
Y
|
Y
L
x
Y
T
 
N
E
 
K
A
 
P
S
 
T
Q
 
Q
D
 
E
G
 
G
V
 
L
A
 
Y
A
 
Q
H
 
H
V
 
Y
E
 
K
A
 
A
V
 
I
C
 
A
K
 
E
S
 
A
V
 
V
K
 
E
I
 
L
G
 
P
V
 
L
I
 
I
V
 
L
Y
|
Y
N
 
N
-
 
V
-
 
P
-
 
G
R
|
R
N
 
T
V
 
G
C
 
V
R
 
D
L
 
L
T
 
S
A
 
N
P
 
D
L
 
T
L
 
A
E
 
V
R
 
R
L
 
L
A
 
A
E
 
E
R
 
-
C
 
I
P
 
P
N
 
N
L
 
I
I
 
V
G
 
G
Y
 
I
K
|
K
D
 
D
G
 
A
L
 
T
G
 
G
D
 
D
I
 
V
E
 
P
L
 
R
M
 
G
V
 
K
S
 
A
I
 
L
R
 
I
R
 
D
R
 
A
L
 
L
G
 
N
D
 
G
R
 
K
F
 
M
S
 
A
Y
 
V
L
 
Y
G
 
S
G
 
G
L
 
-
P
 
-
T
 
-
A
 
D
E
 
D
V
 
E
Y
 
T
A
 
A
A
 
W
A
 
E
Y
 
L
K
 
M
A
 
L
L
 
L
G
 
G
V
 
A
P
 
D
V
 
G
Y
 
N
S
x
I
S
 
S
A
 
V
V
 
T
F
 
A
N
 
N
F
 
I
L
 
A
P
 
P
K
 
K
-
 
A
M
 
M
A
 
S
M
 
E
D
 
V
F
 
C
Y
 
A
H
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
K
D
 
D
D
 
E
H
 
Q

3rk8A Crystal structure of the chloride inhibited dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii complexed with pyruvate at 1.8 a resolution
33% identity, 66% coverage: 35:235/303 of query aligns to 26:227/291 of 3rk8A

query
sites
3rk8A
K
 
K
R
 
L
L
 
V
E
 
E
W
 
W
L
 
H
A
 
I
P
 
E
Y
 
Q
G
 
G
A
 
T
S
 
N
A
 
S
L
 
I
F
 
V
A
 
A
A
 
V
G
 
G
G
x
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
F
 
A
F
 
S
S
 
T
L
 
L
A
 
S
A
 
M
S
 
E
E
 
E
Y
 
H
S
 
T
E
 
Q
V
 
V
I
 
I
K
 
K
T
 
E
A
 
I
V
 
I
D
 
R
T
 
V
C
 
A
A
 
N
S
 
K
S
 
R
V
 
I
P
 
P
I
 
I
L
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
T
G
 
G
-
 
A
G
 
N
S
 
S
T
 
T
R
 
R
Q
 
E
A
 
A
I
 
I
E
 
E
Y
 
L
A
 
T
Q
 
K
E
 
A
A
 
A
E
 
K
R
 
D
L
 
L
G
 
G
A
 
A
K
 
D
G
 
A
L
 
A
L
 
L
L
 
L
L
 
V
P
 
T
H
 
P
Y
 
Y
L
x
Y
T
 
N
E
 
K
A
 
P
S
 
T
Q
 
Q
D
 
E
G
 
G
V
 
L
A
 
Y
A
 
Q
H
 
H
V
 
Y
E
 
K
A
 
A
V
 
I
C
 
A
K
 
E
S
 
A
V
 
V
K
 
E
I
 
L
G
 
P
V
 
L
I
 
I
V
 
L
Y
|
Y
N
 
N
-
 
V
-
 
P
-
 
G
R
|
R
N
 
T
V
 
G
C
 
V
R
 
D
L
 
L
T
 
S
A
 
N
P
 
D
L
 
T
L
 
A
E
 
V
R
 
R
L
 
L
A
 
A
E
 
E
R
 
-
C
 
I
P
 
P
N
 
N
L
 
I
I
 
V
G
 
G
Y
 
I
K
|
K
D
 
D
G
 
A
L
 
T
G
 
G
D
 
D
I
 
V
E
 
P
L
 
R
M
 
G
V
 
K
S
 
A
I
 
L
R
 
I
R
 
D
R
 
A
L
 
L
G
 
N
D
 
G
R
 
K
F
 
M
S
 
A
Y
 
V
L
 
Y
G
 
S
G
|
G
L
 
-
P
 
-
T
 
-
A
 
D
E
 
D
V
 
E
Y
 
T
A
 
A
A
 
W
A
 
E
Y
 
L
K
 
M
A
 
L
L
 
L
G
 
G
V
 
A
P
 
D
V
 
G
Y
 
N
S
x
I
S
 
S
A
 
V
V
 
T
F
 
A
N
 
N
F
 
I
L
 
A
P
 
P
K
 
K
-
 
A
M
 
M
A
 
S
M
 
E
D
 
V
F
 
C
Y
 
A
H
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
K
D
 
D
D
 
E
H
 
Q

Sites not aligning to the query:

3pueB Crystal structure of the complex of dhydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii with lysine at 2.6a resolution
33% identity, 66% coverage: 35:235/303 of query aligns to 26:227/291 of 3pueB

query
sites
3pueB
K
 
K
R
 
L
L
 
V
E
 
E
W
 
W
L
 
H
A
 
I
P
 
E
Y
 
Q
G
 
G
A
 
T
S
 
N
A
 
S
L
 
I
F
 
V
A
 
A
A
 
V
G
 
G
G
x
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
F
 
A
F
 
S
S
 
T
L
 
L
A
 
S
A
 
M
S
 
E
E
 
E
Y
 
H
S
 
T
E
 
Q
V
 
V
I
 
I
K
 
K
T
 
E
A
 
I
V
 
I
D
 
R
T
 
V
C
 
A
A
 
N
S
 
K
S
 
R
V
 
I
P
 
P
I
 
I
L
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
T
G
 
G
-
 
A
G
 
N
S
 
S
T
 
T
R
 
R
Q
 
E
A
 
A
I
 
I
E
 
E
Y
 
L
A
 
T
Q
 
K
E
 
A
A
 
A
E
 
K
R
 
D
L
 
L
G
 
G
A
 
A
K
 
D
G
 
A
L
 
A
L
 
L
L
 
L
L
 
V
P
 
T
H
 
P
Y
 
Y
L
x
Y
T
 
N
E
 
K
A
 
P
S
 
T
Q
 
Q
D
 
E
G
 
G
V
 
L
A
 
Y
A
 
Q
H
 
H
V
 
Y
E
 
K
A
 
A
V
 
I
C
 
A
K
 
E
S
 
A
V
 
V
K
 
E
I
 
L
G
 
P
V
 
L
I
 
I
V
 
L
Y
|
Y
N
 
N
-
 
V
-
 
P
-
 
G
R
|
R
N
 
T
V
 
G
C
 
V
R
 
D
L
 
L
T
 
S
A
 
N
P
 
D
L
 
T
L
 
A
E
 
V
R
 
R
L
 
L
A
 
A
E
 
E
R
 
-
C
 
I
P
 
P
N
 
N
L
 
I
I
 
V
G
 
G
Y
 
I
K
|
K
D
 
D
G
 
A
L
 
T
G
 
G
D
 
D
I
 
V
E
 
P
L
 
R
M
 
G
V
 
K
S
 
A
I
 
L
R
 
I
R
 
D
R
 
A
L
 
L
G
 
N
D
 
G
R
 
K
F
 
M
S
 
A
Y
 
V
L
 
Y
G
 
S
G
 
G
L
 
-
P
 
-
T
 
-
A
 
D
E
 
D
V
 
E
Y
 
T
A
 
A
A
 
W
A
 
E
Y
 
L
K
 
M
A
 
L
L
 
L
G
 
G
V
 
A
P
 
D
V
 
G
Y
 
N
S
x
I
S
 
S
A
 
V
V
 
T
F
 
A
N
 
N
F
 
I
L
 
A
P
 
P
K
 
K
-
 
A
M
 
M
A
 
S
M
 
E
D
 
V
F
 
C
Y
 
A
H
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
K
D
 
D
D
 
E
H
 
Q

Sites not aligning to the query:

3na8A Crystal structure of a putative dihydrodipicolinate synthetase from pseudomonas aeruginosa
27% identity, 95% coverage: 13:299/303 of query aligns to 5:289/291 of 3na8A

query
sites
3na8A
G
 
G
L
 
I
L
 
I
S
 
G
F
 
Y
P
 
T
V
 
I
T
 
T
D
 
P
F
 
F
N
 
A
A
 
A
Q
 
D
G
 
G
D
 
G
F
 
L
H
 
D
R
 
L
A
 
P
G
 
A
Y
 
L
I
 
G
K
 
R
R
 
S
L
 
I
E
 
E
W
 
R
L
 
L
A
 
I
P
 
D
Y
 
G
G
 
G
A
 
V
S
 
H
A
 
A
L
 
I
F
 
A
A
 
P
A
 
L
G
 
G
G
x
S
T
 
T
G
 
G
E
 
E
F
 
G
F
 
A
S
 
Y
L
 
L
A
 
S
A
 
D
S
 
P
E
 
E
Y
 
W
S
 
D
E
 
E
V
 
V
I
 
V
K
 
D
T
 
F
A
 
T
V
 
L
D
 
K
T
 
T
C
 
V
A
 
A
S
 
H
S
 
R
V
 
V
P
 
P
I
 
T
L
 
I
A
 
V
G
 
S
V
 
V
G
 
S
G
 
D
-
 
L
S
 
T
T
 
T
R
 
A
Q
 
K
A
 
T
I
 
V
E
 
R
Y
 
R
A
 
A
Q
 
Q
E
 
F
A
 
A
E
 
E
R
 
S
L
 
L
G
 
G
A
 
A
K
 
E
G
 
A
L
 
V
L
 
M
L
 
V
L
 
L
P
 
P
H
 
I
Y
 
S
L
x
Y
T
 
W
E
 
K
A
 
L
S
 
N
Q
 
E
D
 
A
G
 
E
V
 
V
A
 
F
A
 
Q
H
 
H
V
 
Y
E
 
R
A
 
A
V
 
V
C
 
G
K
 
E
S
 
A
V
 
I
K
 
G
I
 
V
G
 
P
V
 
V
I
 
M
V
 
L
Y
|
Y
N
 
N
R
 
N
-
 
P
-
 
G
-
x
T
N
 
S
V
 
G
C
 
I
R
 
D
L
 
M
T
 
S
A
 
V
P
 
E
L
 
L
L
 
I
E
 
L
R
 
R
L
 
I
A
x
V
E
 
R
R
 
E
C
x
V
P
x
D
N
 
N
L
x
V
I
 
T
G
 
M
Y
 
V
K
|
K
D
 
E
G
 
S
L
 
T
G
 
G
D
 
D
I
 
I
E
 
Q
L
 
R
M
 
M
V
 
H
S
 
K
I
 
L
R
 
R
R
 
L
R
 
L
L
 
G
G
 
E
D
 
G
R
 
R
F
 
V
S
 
P
Y
 
F
L
 
Y
G
 
N
G
 
G
L
 
C
-
 
N
P
 
P
T
 
L
A
 
A
-
 
L
E
 
E
V
 
A
Y
 
F
A
 
V
A
 
A
A
 
G
Y
 
A
K
 
K
A
 
G
L
 
-
G
 
-
V
 
-
P
 
-
V
 
-
Y
 
W
S
x
C
S
 
S
A
 
A
V
 
A
F
 
P
N
 
N
F
 
L
L
 
I
P
 
P
K
 
T
M
 
L
A
 
N
M
 
G
D
 
Q
F
 
L
Y
 
Y
H
 
Q
A
 
A
I
 
V
A
 
L
R
 
D
D
 
G
D
 
D
H
 
L
A
 
E
T
 
K
V
 
A
G
 
R
K
 
A
L
 
L
I
 
-
D
 
-
D
 
-
F
 
F
F
 
Y
-
 
R
-
 
Q
L
 
L
P
 
P
Y
 
L
L
 
L
D
 
D
I
 
F
R
 
I
N
 
L
R
 
R
K
 
R
A
 
G
G
 
-
Y
 
-
A
 
L
V
 
P
S
 
T
I
 
T
V
 
I
K
 
K
A
 
A
G
 
G
A
 
L
K
 
G
I
 
L
A
 
S
G
 
G
Y
 
L
D
 
E
A
 
V
G
 
G
P
 
A
V
 
P
R
 
R
T
 
L
P
 
P
L
 
V
T
 
Q
D
 
A
L
 
L
T
 
D
P
 
T
E
 
E
E
 
G
F
 
C
E
 
R
M
 
Y
L
 
L
A
 
Q
A
 
G
L
 
L
M
 
L
D
 
E
K
 
E

3s8hA Structure of dihydrodipicolinate synthase complexed with 3- hydroxypropanoic acid(hpa)at 2.70 a resolution
30% identity, 93% coverage: 19:301/303 of query aligns to 10:289/292 of 3s8hA

query
sites
3s8hA
V
 
V
T
 
T
D
 
P
F
 
F
N
 
D
A
 
A
Q
 
Q
G
 
G
D
 
R
F
 
L
H
 
D
R
 
W
A
 
D
G
 
S
Y
 
L
I
 
A
K
 
K
R
 
L
L
 
V
E
 
D
W
 
F
L
 
H
A
 
L
P
 
Q
Y
 
D
G
 
G
A
 
T
S
 
N
A
 
A
L
 
I
F
x
V
A
 
A
A
 
V
G
|
G
G
x
T
T
|
T
G
|
G
E
 
E
F
 
S
F
 
A
S
 
T
L
 
L
A
 
D
A
 
V
S
 
E
E
 
E
Y
 
H
S
 
I
E
 
Q
V
 
V
I
 
V
K
 
R
T
 
R
A
 
V
V
 
V
D
 
D
T
 
Q
C
 
V
A
 
K
S
 
G
S
 
R
V
 
I
P
 
P
I
 
V
L
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
T
G
 
G
-
 
A
G
 
N
S
 
S
T
 
T
R
 
R
Q
 
E
A
 
A
I
 
V
E
 
A
Y
 
L
A
 
T
Q
 
E
E
 
A
A
 
A
E
 
K
R
 
S
L
 
G
G
 
G
A
 
A
K
 
D
G
 
A
L
 
C
L
|
L
L
 
L
L
 
V
P
 
T
H
 
P
Y
 
Y
L
x
Y
T
 
N
E
 
K
A
 
P
S
 
T
Q
 
Q
D
 
E
G
 
G
V
 
M
A
 
Y
A
 
Q
H
 
H
V
 
F
E
 
R
A
 
H
V
 
I
C
 
A
K
 
E
S
 
A
V
 
V
K
 
A
I
 
I
G
 
P
V
 
Q
I
 
I
V
 
L
Y
|
Y
N
 
N
-
 
V
-
 
P
-
 
G
R
|
R
N
 
T
V
 
S
C
 
C
R
 
D
L
 
M
T
 
L
A
 
P
P
 
E
L
 
T
L
 
V
E
 
E
R
 
R
L
 
L
A
 
S
E
 
-
R
 
K
C
 
V
P
 
P
N
 
N
L
 
I
I
 
I
G
 
G
Y
 
I
K
|
K
D
 
E
G
 
A
L
 
T
G
 
G
D
 
D
I
 
L
E
 
Q
L
 
R
M
 
A
V
 
K
S
 
E
I
 
V
R
 
I
R
 
E
R
 
R
L
 
V
G
 
G
D
 
K
R
 
D
F
 
F
S
 
L
Y
 
V
L
 
Y
G
 
S
G
 
G
L
 
-
P
 
-
T
 
-
A
 
D
E
 
D
V
 
A
Y
 
T
A
 
A
A
 
V
A
 
E
Y
 
L
K
 
M
A
 
L
L
 
L
G
 
G
V
 
G
P
 
K
V
 
G
Y
 
N
S
x
I
S
 
S
A
 
V
V
 
T
F
 
A
N
 
N
F
 
V
L
 
A
P
 
P
K
 
R
M
 
-
A
 
A
M
 
M
D
 
S
F
 
D
Y
 
L
H
 
C
A
 
A
I
 
A
A
 
A
R
 
M
D
 
R
D
 
G
H
 
D
A
 
A
T
 
A
V
 
A
G
 
A
K
 
R
L
 
A
I
 
I
D
 
N
D
 
D
F
 
R
F
 
L
L
 
M
P
 
P
Y
 
L
L
 
-
D
 
-
I
 
-
R
 
-
N
 
-
R
 
H
K
 
K
A
 
A
G
 
L
Y
 
F
A
 
I
V
 
E
S
 
S
-
 
N
-
 
P
-
 
I
I
 
P
V
 
V
K
 
K
A
 
W
G
 
A
A
 
L
K
 
H
I
 
E
A
 
M
G
 
G
Y
 
L
D
 
I
A
 
P
G
 
E
P
 
G
V
 
I
R
 
R
T
 
L
P
 
P
L
 
L
T
 
T
D
 
W
L
 
L
T
 
S
P
 
P
E
 
H
E
 
C
F
 
H
E
 
D
M
 
P
L
 
L
A
 
R
A
 
Q
L
 
A
M
 
M
D
 
R
K
 
Q
Q
 
T
G
 
G

Sites not aligning to the query:

3puoA Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase from pseudomonas aeruginosa(psdhdps)complexed with l-lysine at 2.65a resolution (see paper)
30% identity, 93% coverage: 19:301/303 of query aligns to 10:289/292 of 3puoA

query
sites
3puoA
V
 
V
T
 
T
D
 
P
F
 
F
N
 
D
A
 
A
Q
 
Q
G
 
G
D
 
R
F
 
L
H
 
D
R
 
W
A
 
D
G
 
S
Y
 
L
I
 
A
K
 
K
R
 
L
L
 
V
E
 
D
W
 
F
L
 
H
A
 
L
P
 
Q
Y
 
D
G
 
G
A
 
T
S
 
N
A
 
A
L
 
I
F
 
V
A
 
A
A
 
V
G
 
G
G
x
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
F
x
S
F
x
A
S
 
T
L
|
L
A
x
D
A
x
V
S
 
E
E
 
E
Y
x
H
S
 
I
E
 
Q
V
 
V
I
 
V
K
 
R
T
 
R
A
 
V
V
 
V
D
 
D
T
 
Q
C
 
V
A
 
K
S
 
G
S
 
R
V
 
I
P
 
P
I
 
V
L
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
T
G
 
G
-
 
A
G
x
N
S
 
S
T
 
T
R
 
R
Q
x
E
A
 
A
I
 
V
E
 
A
Y
 
L
A
 
T
Q
 
E
E
 
A
A
 
A
E
 
K
R
 
S
L
 
G
G
 
G
A
 
A
K
 
D
G
 
A
L
 
C
L
 
L
L
 
L
L
 
V
P
 
T
H
 
P
Y
|
Y
L
x
Y
T
 
N
E
 
K
A
 
P
S
 
T
Q
 
Q
D
 
E
G
 
G
V
 
M
A
 
Y
A
 
Q
H
 
H
V
 
F
E
 
R
A
 
H
V
 
I
C
 
A
K
 
E
S
 
A
V
 
V
K
 
A
I
 
I
G
 
P
V
 
Q
I
 
I
V
 
L
Y
|
Y
N
 
N
-
 
V
-
 
P
-
 
G
R
|
R
N
 
T
V
 
S
C
 
C
R
 
D
L
 
M
T
 
L
A
 
P
P
 
E
L
 
T
L
 
V
E
 
E
R
 
R
L
 
L
A
 
S
E
 
-
R
 
K
C
 
V
P
 
P
N
 
N
L
 
I
I
 
I
G
 
G
Y
 
I
K
|
K
D
 
E
G
 
A
L
 
T
G
 
G
D
 
D
I
 
L
E
 
Q
L
 
R
M
 
A
V
 
K
S
 
E
I
 
V
R
 
I
R
 
E
R
 
R
L
 
V
G
 
G
D
 
K
R
 
D
F
 
F
S
 
L
Y
 
V
L
 
Y
G
 
S
G
 
G
L
 
-
P
 
-
T
 
-
A
 
D
E
 
D
V
 
A
Y
 
T
A
 
A
A
 
V
A
 
E
Y
 
L
K
 
M
A
 
L
L
 
L
G
 
G
V
 
G
P
 
K
V
 
G
Y
 
N
S
x
I
S
 
S
A
 
V
V
 
T
F
 
A
N
 
N
F
 
V
L
 
A
P
 
P
K
 
R
M
 
-
A
 
A
M
 
M
D
 
S
F
 
D
Y
 
L
H
 
C
A
 
A
I
 
A
A
 
A
R
 
M
D
 
R
D
 
G
H
 
D
A
 
A
T
 
A
V
 
A
G
 
A
K
 
R
L
 
A
I
 
I
D
 
N
D
 
D
F
 
R
F
 
L
L
 
M
P
 
P
Y
 
L
L
 
-
D
 
-
I
 
-
R
 
-
N
 
-
R
 
H
K
 
K
A
 
A
G
 
L
Y
 
F
A
 
I
V
 
E
S
 
S
-
 
N
-
 
P
-
 
I
I
 
P
V
 
V
K
 
K
A
 
W
G
 
A
A
 
L
K
 
H
I
 
E
A
 
M
G
 
G
Y
 
L
D
 
I
A
 
P
G
 
E
P
 
G
V
x
I
R
|
R
T
x
L
P
 
P
L
|
L
T
|
T
D
 
W
L
 
L
T
 
S
P
 
P
E
 
H
E
 
C
F
 
H
E
 
D
M
 
P
L
 
L
A
 
R
A
 
Q
L
 
A
M
 
M
D
 
R
K
 
Q
Q
 
T
G
 
G

4pfmA Shewanella benthica dhdps with lysine and pyruvate
27% identity, 89% coverage: 19:288/303 of query aligns to 11:278/295 of 4pfmA

query
sites
4pfmA
V
 
I
T
 
T
D
 
P
F
 
L
N
 
N
A
 
S
Q
 
D
G
 
G
D
 
T
F
 
V
H
 
D
R
 
Y
A
 
T
G
 
S
Y
 
L
I
 
E
K
 
K
R
 
L
L
 
V
E
 
E
W
 
Y
L
 
H
A
 
I
P
 
T
Y
 
E
G
 
G
A
 
T
S
 
D
A
 
A
L
 
I
F
 
V
A
 
A
A
 
V
G
 
G
G
x
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
F
x
S
F
x
A
S
x
T
L
|
L
A
x
P
A
x
I
S
 
S
E
 
E
Y
x
H
S
 
I
E
 
A
V
 
V
I
 
V
K
 
G
T
 
Q
A
 
T
V
 
V
D
 
K
T
 
F
C
 
A
A
 
S
S
 
G
S
 
R
V
 
I
P
 
P
I
 
V
L
 
I
A
 
G
G
 
G
V
 
N
G
 
G
G
 
A
S
x
N
-
 
A
T
 
T
R
 
A
Q
x
E
A
 
A
I
 
I
E
 
E
Y
 
L
A
 
T
Q
 
K
E
 
A
A
 
Q
E
 
N
R
 
K
L
 
L
G
 
G
A
 
V
K
 
A
G
 
A
L
 
M
L
 
L
L
 
G
L
 
V
P
 
T
H
 
P
Y
|
Y
L
x
Y
T
 
N
E
 
K
A
 
P
S
 
S
Q
 
P
D
 
K
G
 
G
V
 
L
A
 
I
A
 
A
H
 
H
V
 
Y
E
 
T
A
 
A
V
 
V
C
 
A
K
 
A
S
 
S
V
 
T
K
 
D
I
 
I
G
 
P
V
 
Q
I
 
I
V
 
L
Y
|
Y
N
 
N
-
 
V
-
 
P
-
 
G
R
|
R
N
 
T
V
 
A
C
 
V
R
 
D
L
 
M
T
 
L
A
 
P
P
 
E
L
 
T
L
 
I
E
 
A
R
 
Q
L
 
L
A
 
V
E
 
E
R
 
-
C
 
V
P
 
P
N
 
N
L
 
I
I
 
I
G
 
G
Y
 
V
K
|
K
D
 
D
G
 
A
L
 
T
G
 
G
D
 
D
I
 
V
E
 
A
L
 
R
M
 
V
V
 
K
S
 
Q
I
 
L
R
 
R
R
 
D
R
 
L
L
 
C
G
 
G
D
 
N
R
 
D
F
 
F
S
 
L
Y
 
L
L
 
Y
G
 
S
G
 
G
L
 
-
P
 
-
T
 
-
A
 
D
E
 
D
V
 
A
Y
 
T
A
 
A
A
 
R
A
 
E
Y
 
F
K
 
L
A
 
T
L
 
L
G
 
G
V
 
G
P
 
D
V
 
G
Y
 
V
S
x
I
S
 
S
A
 
V
V
 
A
F
 
N
N
 
N
F
 
I
L
 
V
P
 
P
K
 
K
-
 
L
-
 
F
-
 
K
-
 
L
-
 
M
-
 
C
-
 
D
-
 
A
-
 
A
M
 
L
A
 
A
M
 
G
D
 
D
F
 
T
Y
 
Q
H
 
A
A
 
A
I
 
M
A
 
A
R
 
A
D
 
E
D
 
D
H
 
Q
A
 
-
T
 
-
V
 
I
G
 
K
K
 
G
L
 
L
I
 
F
D
 
S
D
 
A
F
 
L
F
 
F
L
 
C
P
 
E
Y
 
A
L
 
N
D
 
P
I
 
I
R
 
P
N
 
V
R
 
K
K
 
W
A
 
A
G
 
A
Y
 
H
A
 
K
V
 
M
S
 
G
I
 
L
V
 
I
K
 
S
A
 
-
G
 
-
A
 
-
K
 
-
I
 
-
A
 
-
G
 
-
Y
 
-
D
 
-
A
 
Q
G
 
G
P
 
D
V
 
I
R
 
R
T
 
L
P
 
P
L
 
L
T
 
T
D
 
E
L
 
L
T
 
S
P
 
T
E
 
E

5ud6C Crystal structure of dhdps from cyanidioschyzon merolae with lysine bound
28% identity, 86% coverage: 40:301/303 of query aligns to 34:296/299 of 5ud6C

query
sites
5ud6C
L
 
L
A
 
A
P
 
E
Y
 
N
G
 
G
A
 
S
S
 
D
A
 
A
L
 
I
F
 
I
A
 
V
A
|
A
G
 
G
G
x
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
F
x
S
F
x
A
S
 
T
L
|
L
A
 
T
A
x
W
S
 
S
E
 
E
Y
x
E
S
 
Y
E
 
E
-
 
L
-
 
F
-
 
R
V
 
V
I
 
V
K
 
K
T
 
S
A
 
A
V
 
V
D
 
-
T
 
-
C
 
A
A
 
G
S
 
T
S
 
K
V
 
C
P
 
R
I
 
V
L
 
I
A
 
A
G
|
G
V
 
A
G
 
G
-
 
S
G
x
N
S
 
S
T
 
T
R
 
E
Q
x
E
A
 
A
I
 
I
E
 
E
Y
 
A
A
 
T
Q
 
K
E
 
K
A
 
S
E
 
A
R
 
K
L
 
L
G
 
G
A
 
L
K
 
D
G
 
G
L
 
T
L
 
L
L
 
Q
L
 
V
P
 
V
H
 
P
Y
|
Y
L
x
Y
T
 
N
E
 
K
A
 
P
S
 
P
Q
 
Q
D
 
Q
G
 
G
V
 
I
A
 
M
A
 
A
H
 
H
V
 
F
E
 
R
A
 
A
V
 
I
C
 
A
K
 
N
S
 
A
V
 
A
-
 
P
K
 
D
I
 
L
G
 
P
V
 
M
I
 
M
V
 
L
Y
|
Y
N
 
N
-
 
I
-
 
P
-
 
G
R
|
R
N
 
T
V
 
G
C
 
I
R
 
N
L
 
M
T
 
T
A
 
A
P
 
E
L
 
T
L
 
S
E
 
I
R
 
K
L
 
L
A
 
A
E
 
E
R
 
M
C
 
C
P
 
P
N
 
N
L
 
I
I
 
V
G
 
A
Y
 
L
K
|
K
D
 
E
G
 
A
L
 
S
G
 
G
D
 
N
I
 
L
E
 
E
L
 
Q
M
 
F
V
 
A
S
 
R
I
 
I
R
 
R
R
 
R
R
 
A
L
 
T
G
 
S
D
 
P
R
 
D
F
 
F
S
 
A
Y
 
L
L
 
Y
G
 
S
G
 
G
L
 
-
P
 
-
T
 
-
A
 
-
E
 
-
V
 
-
Y
 
-
A
 
-
A
 
-
A
 
-
Y
 
D
K
 
D
A
 
A
L
 
L
G
 
T
V
 
L
P
 
P
V
 
L
Y
 
L
S
 
S
S
 
L
A
 
G
V
 
-
F
 
G
N
 
N
F
 
G
L
 
V
P
x
V
K
 
S
M
 
V
A
 
A
M
 
S
D
 
H
F