SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing AO353_05950 FitnessBrowser__pseudo3_N2E3:AO353_05950 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

O85673 Anthranilate 1,2-dioxygenase large subunit; EC 1.14.12.1 from Acinetobacter baylyi (strain ATCC 33305 / BD413 / ADP1) (see 2 papers)
75% identity, 99% coverage: 5:462/462 of query aligns to 4:460/471 of O85673

query
sites
O85673
K
 
R
N
 
N
V
 
L
E
 
A
Q
 
E
W
 
W
K
 
Q
A
 
N
F
 
F
I
 
V
E
 
Q
G
 
G
C
 
C
L
 
I
D
 
D
F
 
F
R
 
R
P
 
P
A
 
N
E
 
D
G
 
G
V
 
V
F
 
Y
R
 
R
I
 
I
A
 
A
R
 
R
D
 
D
I
 
M
F
 
F
T
 
T
E
 
E
P
 
P
Q
 
E
L
 
L
F
 
F
D
 
E
L
 
L
E
 
E
M
|
M
E
 
E
L
 
L
I
 
I
F
 
F
E
 
E
K
 
K
N
 
V
W
 
W
I
 
I
Y
 
Y
A
 
A
C
 
C
H
 
H
E
 
E
S
 
S
E
 
E
L
 
I
A
 
P
N
 
N
N
 
N
H
 
N
D
 
D
F
 
F
I
 
V
T
 
T
M
 
V
R
 
Q
A
 
I
G
 
G
R
 
R
Q
 
Q
P
 
P
M
 
M
I
 
I
I
 
V
T
 
S
R
 
R
D
 
D
G
 
G
D
 
K
G
 
G
Q
 
E
L
 
L
N
 
H
A
 
A
L
 
M
I
 
V
N
 
N
A
 
A
C
 
C
Q
 
E
H
 
H
R
 
R
G
 
G
T
 
A
T
 
T
L
 
L
T
 
T
R
 
R
V
 
V
G
 
A
K
 
K
G
 
G
N
 
N
Q
 
Q
S
 
S
T
 
V
F
 
F
T
 
T
C
 
C
P
 
P
F
 
F
H
 
H
A
 
A
W
 
W
C
 
C
Y
 
Y
K
 
K
S
 
S
D
 
D
G
 
G
R
 
R
L
 
L
V
 
V
K
 
K
V
 
V
K
 
K
A
 
A
P
 
P
G
 
G
E
 
E
Y
 
Y
P
 
C
E
 
E
G
 
D
F
 
F
D
 
D
K
 
K
A
 
S
T
 
S
R
 
R
G
 
G
L
 
L
K
 
K
K
 
Q
A
 
G
R
 
R
I
 
I
Q
 
A
S
 
S
Y
 
Y
K
 
R
G
 
G
F
 
F
V
 
V
F
 
F
I
 
V
S
 
S
L
 
L
D
 
D
V
 
T
H
 
Q
G
 
A
D
 
T
N
 
D
S
 
S
L
 
L
E
 
E
D
 
D
F
 
F
L
 
L
G
 
G
D
 
D
A
 
A
K
 
K
V
 
V
F
 
F
F
 
L
D
 
D
M
 
L
M
 
M
V
 
V
A
 
D
Q
 
Q
S
 
S
P
 
P
T
 
T
G
 
G
E
 
E
L
 
L
E
 
E
V
 
V
L
 
L
P
 
Q
G
 
G
K
 
K
S
 
S
A
 
A
Y
 
Y
T
 
T
Y
 
F
D
 
A
G
 
G
N
 
N
W
 
W
K
 
K
L
 
L
Q
 
Q
N
 
N
E
 
E
N
 
N
G
 
G
L
 
L
D
|
D
G
 
G
Y
 
Y
H
 
H
V
 
V
S
 
S
T
 
T
V
 
V
H
 
H
Y
 
Y
N
 
N
Y
 
Y
V
 
V
A
 
S
T
 
T
V
 
V
Q
 
Q
H
 
H
R
 
R
Q
 
Q
Q
 
Q
V
 
V
D
 
N
S
 
A
K
 
A
N
 
K
G
 
G
T
 
D
R
 
E
A
 
L
S
 
D
G
 
-
T
 
T
L
 
L
D
 
D
Y
 
Y
S
 
S
K
 
K
L
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
D
 
D
A
 
S
N
 
E
T
 
T
D
 
D
D
 
D
G
 
G
W
 
W
F
 
F
A
 
S
F
 
F
N
 
K
N
 
N
G
 
G
H
 
H
S
 
S
V
 
V
L
 
L
F
 
F
S
 
S
D
 
D
M
 
M
P
 
P
N
 
N
P
 
P
T
 
T
V
 
V
R
 
R
S
 
P
G
 
G
Y
 
Y
A
 
N
T
 
T
I
 
V
M
 
M
P
 
P
R
 
Y
L
 
L
I
 
V
E
 
E
E
 
K
H
 
F
G
 
G
Q
 
E
E
 
K
K
 
R
A
 
A
E
 
E
W
 
W
M
 
A
M
 
M
H
 
H
R
 
R
L
 
L
R
 
R
N
 
N
L
 
L
N
 
N
I
 
L
Y
 
Y
P
 
P
S
 
S
L
 
L
F
 
F
F
 
F
L
 
M
D
 
D
Q
 
Q
I
 
I
S
 
S
S
 
S
Q
 
Q
L
 
L
R
 
R
I
 
I
I
 
I
R
 
R
P
 
P
V
 
V
A
 
A
W
 
W
N
 
N
K
 
K
T
 
T
E
 
E
I
 
V
I
 
I
S
 
S
Q
 
Q
C
 
C
L
 
I
G
 
G
V
 
V
K
 
K
N
 
G
E
 
E
S
 
S
D
 
S
A
 
E
D
 
A
R
 
R
E
 
R
N
 
N
R
 
R
I
 
I
R
 
R
Q
 
Q
F
 
F
E
 
E
D
 
D
F
 
F
F
 
F
N
 
N
V
 
V
S
 
S
G
 
G
L
 
L
G
 
G
T
 
T
P
 
P
D
 
D
D
 
D
L
 
L
V
 
V
E
 
E
F
 
F
R
 
R
E
 
E
A
 
Q
Q
 
Q
R
 
K
G
 
G
F
 
F
Q
 
Q
A
 
G
R
 
R
L
 
I
E
 
E
R
 
R
W
 
W
S
 
S
D
 
D
I
 
I
S
 
S
R
 
R
G
 
G
S
 
Y
H
 
H
Q
 
Q
W
 
W
A
 
T
T
 
Y
G
 
G
A
 
P
T
 
T
P
 
Q
N
 
N
S
 
S
E
 
Q
A
 
D
I
 
L
G
 
G
I
 
I
A
 
E
P
 
P
A
 
V
M
 
I
T
 
T
G
 
G
T
 
R
E
 
E
F
 
F
T
 
T
H
 
H
E
 
E
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
V
 
V
N
 
N
Q
 
Q
H
 
H
S
 
G
N
 
Q
W
 
W
Q
 
Q
K
 
R
F
 
L
L
 
I
L
 
L
D
 
D
G
 
G
L
 
L
D
 
N
A
 
K
K
 
K
S
 
A
L
 
L
K
 
K
L
 
M
R
 
H
E
 
D
V
 
V

8h2tB Cryo-em structure of iadd/e dioxygenase bound with iaa
28% identity, 82% coverage: 28:404/462 of query aligns to 17:398/435 of 8h2tB

query
sites
8h2tB
R
 
R
I
 
V
A
 
H
R
 
R
D
 
D
I
 
L
F
 
Y
T
 
T
E
 
S
P
 
Q
Q
 
E
L
 
L
F
 
F
D
 
E
L
 
L
E
 
E
M
 
Q
E
 
E
L
 
H
I
 
F
F
 
F
E
 
A
K
 
N
N
 
T
W
 
W
I
 
N
Y
 
Y
A
 
V
C
 
G
H
 
H
E
 
E
S
 
S
E
 
Q
L
 
L
A
 
P
N
 
K
N
 
P
H
 
G
D
 
D
F
 
W
I
 
I
T
 
S
M
 
N
R
 
E
A
 
I
G
 
A
R
 
G
Q
 
R
P
 
P
M
 
L
I
 
I
I
 
V
T
 
A
R
 
R
D
 
H
G
 
S
D
 
D
G
 
G
Q
 
S
L
 
V
N
 
R
A
 
A
L
 
M
I
 
M
N
 
N
A
 
R
C
|
C
Q
 
A
H
|
H
R
x
K
G
 
G
T
 
S
T
 
R
L
 
L
T
 
V
R
 
N
V
 
G
G
 
P
K
 
C
G
 
G
N
 
N
Q
 
T
S
 
G
T
 
K
-
 
F
F
 
F
T
 
R
C
|
C
P
 
P
F
 
Y
H
|
H
A
 
A
W
|
W
C
 
T
Y
 
F
K
 
K
S
 
T
D
 
D
G
 
G
R
 
S
L
 
L
V
 
L
K
 
A
V
 
I
K
 
P
A
 
L
P
 
K
G
 
T
E
 
G
Y
 
Y
P
 
E
E
 
N
G
 
T
F
 
A
-
 
L
-
 
H
-
 
E
D
 
C
K
 
E
A
 
S
T
 
A
R
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
T
K
 
T
A
 
L
R
 
R
-
 
Y
I
 
V
Q
 
R
S
 
S
Y
 
H
K
 
R
G
 
G
F
 
F
V
 
I
F
 
F
I
 
V
S
 
K
L
 
I
D
 
S
V
 
D
H
 
A
G
 
G
D
 
P
N
 
D
S
 
-
L
 
F
E
 
D
D
 
D
F
 
Y
L
 
F
G
 
G
D
 
D
A
 
S
K
 
L
V
 
S
F
 
S
F
 
I
D
 
D
M
 
N
M
 
M
V
 
A
A
 
D
Q
 
R
S
 
S
P
 
P
T
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
L
E
 
E
V
 
I
L
 
A
P
 
G
G
 
G
K
 
C
S
 
L
A
 
R
Y
 
F
T
 
M
Y
 
H
D
 
Q
G
 
C
N
 
N
W
 
W
K
 
K
L
 
M
Q
 
F
N
 
V
E
 
E
N
|
N
G
x
L
L
 
N
D
|
D
G
 
T
Y
 
M
H
|
H
V
x
P
S
 
M
T
 
V
V
 
A
H
|
H
Y
 
E
N
 
S
Y
 
S
V
 
A
A
 
G
T
 
T
V
 
A
Q
 
K
H
 
R
R
 
M
Q
 
W
Q
 
A
V
 
D
D
 
K
S
 
P
K
 
E
N
 
D
G
 
E
T
 
P
R
 
K
A
 
P
S
 
M
G
 
A
T
 
V
L
 
E
D
 
Q
Y
 
F
S
 
A
K
 
P
L
x
F
G
 
M
A
 
S
G
 
D
D
 
Y
A
 
K
N
 
F
T
 
F
D
 
E
D
 
D
-
 
M
G
 
G
W
 
I
F
 
R
A
 
T
F
 
Y
N
 
D
N
 
N
G
 
G
H
 
H
S
 
S
-
 
F
-
 
T
-
 
G
V
 
V
L
 
H
F
 
F
S
 
S
D
 
-
M
 
-
P
 
-
N
 
-
P
 
-
T
 
-
V
 
I
R
 
H
S
 
S
G
 
K
Y
 
Y
A
 
K
T
 
A
I
 
I
M
 
P
P
 
A
-
 
Y
-
 
D
-
 
D
R
 
A
L
 
M
I
 
K
E
 
A
E
 
R
H
 
Y
G
 
G
Q
 
E
E
 
A
K
 
K
A
 
T
E
 
A
W
 
Q
M
 
I
M
 
L
H
 
G
R
 
M
L
 
A
R
 
R
-
 
H
N
 
N
L
 
T
N
 
V
I
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
S
 
N
L
 
L
F
 
T
F
 
I
L
x
K
D
 
G
Q
 
A
I
 
I
S
 
Q
S
 
A
Q
 
-
L
 
I
R
 
R
I
 
V
I
 
V
R
 
K
P
 
P
V
 
I
A
 
S
W
 
A
N
 
D
K
 
R
T
 
T
E
 
L
I
 
I
I
 
E
S
 
S
Q
 
W
C
 
T
L
 
F
G
 
R
V
 
L
K
 
K
N
 
G
E
 
-
S
 
A
D
 
P
A
 
P
D
 
E
R
 
L
E
 
L
N
 
Q
R
 
R
I
 
T
R
 
T
Q
 
M
F
x
Y
E
 
N
D
 
R
F
 
L
F
 
I
N
 
N
-
 
S
-
 
P
V
 
F
S
 
S
G
 
V
L
 
V
G
 
G
T
 
H
P
 
-
D
 
D
D
|
D
L
 
L
V
 
Q
E
 
A
F
 
Y
R
 
R
E
 
G
A
 
M
Q
 
Q
R
 
A
G
 
G
F
 
L
Q
 
H
A
 
A
R
 
S
L
 
G
E
 
N
R
 
E
W
 
W
S
 
V
D
 
S
I
 
L
S
 
H
R
 
R

7ylsB Structure of a bacteria protein complex
28% identity, 82% coverage: 28:404/462 of query aligns to 18:399/436 of 7ylsB

query
sites
7ylsB
R
 
R
I
 
V
A
 
H
R
 
R
D
 
D
I
 
L
F
 
Y
T
 
T
E
 
S
P
 
Q
Q
 
E
L
 
L
F
 
F
D
 
E
L
 
L
E
 
E
M
 
Q
E
 
E
L
 
H
I
 
F
F
 
F
E
 
A
K
 
N
N
 
T
W
 
W
I
 
N
Y
 
Y
A
 
V
C
 
G
H
 
H
E
 
E
S
 
S
E
 
Q
L
 
L
A
 
P
N
 
K
N
 
P
H
 
G
D
 
D
F
 
W
I
 
I
T
 
S
M
 
N
R
 
E
A
 
I
G
 
A
R
 
G
Q
 
R
P
 
P
M
 
L
I
 
I
I
 
V
T
 
A
R
 
R
D
 
H
G
 
S
D
 
D
G
 
G
Q
 
S
L
 
V
N
 
R
A
 
A
L
 
M
I
 
M
N
 
N
A
 
R
C
|
C
Q
 
A
H
|
H
R
x
K
G
 
G
T
x
S
T
 
R
L
 
L
T
 
V
R
 
N
V
 
G
G
 
P
K
 
C
G
 
G
N
 
N
Q
 
T
S
 
G
T
 
K
-
 
F
F
 
F
T
 
R
C
|
C
P
 
P
F
 
Y
H
|
H
A
 
A
W
|
W
C
 
T
Y
 
F
K
 
K
S
 
T
D
 
D
G
 
G
R
 
S
L
 
L
V
 
L
K
 
A
V
 
I
K
 
P
A
 
L
P
 
K
G
 
T
E
 
G
Y
 
Y
P
 
E
E
 
N
G
 
T
F
 
A
-
 
L
-
 
H
-
 
E
D
 
C
K
 
E
A
 
S
T
 
A
R
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
T
K
 
T
A
 
L
R
 
R
-
 
Y
I
 
V
Q
 
R
S
 
S
Y
 
H
K
 
R
G
 
G
F
 
F
V
 
I
F
 
F
I
 
V
S
 
K
L
 
I
D
 
S
V
 
D
H
 
A
G
 
G
D
 
P
N
 
D
S
 
-
L
 
F
E
 
D
D
 
D
F
 
Y
L
 
F
G
 
G
D
 
D
A
 
S
K
 
L
V
 
S
F
 
S
F
 
I
D
 
D
M
 
N
M
 
M
V
 
A
A
 
D
Q
 
R
S
 
S
P
 
P
T
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
L
E
 
E
V
 
I
L
 
A
P
 
G
G
 
G
K
 
C
S
 
L
A
 
R
Y
 
F
T
 
M
Y
 
H
D
 
Q
G
 
C
N
 
N
W
 
W
K
 
K
L
 
M
Q
 
F
N
 
V
E
 
E
N
 
N
G
 
L
L
 
N
D
 
D
G
 
T
Y
 
M
H
|
H
V
 
P
S
 
M
T
 
V
V
 
A
H
|
H
Y
 
E
N
 
S
Y
 
S
V
 
A
A
 
G
T
 
T
V
 
A
Q
 
K
H
 
R
R
 
M
Q
 
W
Q
 
A
V
 
D
D
 
K
S
 
P
K
 
E
N
 
D
G
 
E
T
 
P
R
 
K
A
 
P
S
 
M
G
 
A
T
 
V
L
 
E
D
 
Q
Y
 
F
S
 
A
K
 
P
L
 
F
G
 
M
A
 
S
G
 
D
D
 
Y
A
 
K
N
 
F
T
 
F
D
 
E
D
 
D
-
 
M
G
 
G
W
 
I
F
 
R
A
 
T
F
 
Y
N
 
D
N
 
N
G
 
G
H
 
H
S
 
S
-
 
F
-
 
T
-
 
G
V
 
V
L
 
H
F
 
F
S
 
S
D
 
-
M
 
-
P
 
-
N
 
-
P
 
-
T
 
-
V
 
I
R
 
H
S
 
S
G
 
K
Y
 
Y
A
 
K
T
 
A
I
 
I
M
 
P
P
 
A
-
 
Y
-
 
D
-
 
D
R
 
A
L
 
M
I
 
K
E
 
A
E
 
R
H
 
Y
G
 
G
Q
 
E
E
 
A
K
 
K
A
 
T
E
 
A
W
 
Q
M
 
I
M
 
L
H
 
G
R
 
M
L
 
A
R
 
R
-
 
H
N
 
N
L
 
T
N
 
V
I
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
S
 
N
L
 
L
F
 
T
F
 
I
L
 
K
D
 
G
Q
 
A
I
 
I
S
 
Q
S
 
A
Q
 
-
L
 
I
R
 
R
I
 
V
I
 
V
R
 
K
P
 
P
V
 
I
A
 
S
W
 
A
N
 
D
K
 
R
T
 
T
E
 
L
I
 
I
I
 
E
S
 
S
Q
 
W
C
 
T
L
 
F
G
 
R
V
 
L
K
 
K
N
 
G
E
 
-
S
 
A
D
 
P
A
 
P
D
 
E
R
 
L
E
 
L
N
 
Q
R
 
R
I
 
T
R
 
T
Q
 
M
F
 
Y
E
 
N
D
 
R
F
 
L
F
 
I
N
 
N
-
 
S
-
 
P
V
 
F
S
 
S
G
 
V
L
 
V
G
 
G
T
 
H
P
 
-
D
 
D
D
|
D
L
 
L
V
 
Q
E
 
A
F
 
Y
R
 
R
E
 
G
A
 
M
Q
 
Q
R
 
A
G
 
G
F
 
L
Q
 
H
A
 
A
R
 
S
L
 
G
E
 
N
R
 
E
W
 
W
S
 
V
D
 
S
I
 
L
S
 
H
R
 
R

2yflA Crystal structure of biphenyl dioxygenase variant rr41 with 2-chloro dibenzofuran (see paper)
28% identity, 79% coverage: 33:395/462 of query aligns to 22:379/433 of 2yflA

query
sites
2yflA
I
 
I
F
 
Y
T
 
A
E
 
D
P
 
Q
Q
 
S
L
 
L
F
 
Y
D
 
E
L
 
L
E
 
E
M
 
L
E
 
E
L
 
R
I
 
V
F
 
F
E
 
G
K
 
R
N
 
S
W
 
W
I
 
L
Y
 
L
A
 
L
C
 
G
H
 
H
E
 
E
S
 
S
E
 
H
L
 
V
A
 
P
N
 
E
N
 
T
H
 
G
D
 
D
F
 
F
I
 
L
T
 
A
M
 
T
R
 
Y
A
 
M
G
 
G
R
 
E
Q
 
D
P
 
P
M
 
V
I
 
V
I
 
M
T
 
V
R
 
R
D
 
Q
G
 
K
D
 
D
G
 
K
Q
 
S
L
 
I
N
 
K
A
 
V
L
 
F
I
 
L
N
 
N
A
 
Q
C
|
C
Q
 
R
H
|
H
R
|
R
G
 
G
T
 
M
T
 
R
L
 
I
T
 
C
R
 
R
V
 
S
G
 
D
K
 
A
G
 
G
N
 
N
Q
 
A
S
 
K
T
 
A
F
 
F
T
 
T
C
|
C
P
 
S
F
x
Y
H
|
H
A
 
G
W
|
W
C
 
A
Y
 
Y
K
 
D
S
 
I
D
 
A
G
 
G
R
 
K
L
 
L
V
 
V
K
 
N
V
 
V
K
 
-
A
 
-
P
 
P
G
 
F
E
 
E
Y
 
K
P
 
E
E
 
A
G
 
F
F
 
F
D
 
D
K
 
K
A
 
A
T
 
E
R
 
W
G
 
G
L
 
P
K
 
L
K
 
Q
A
 
A
R
 
R
I
 
V
Q
 
A
S
 
T
Y
 
Y
K
 
K
G
 
G
F
 
L
V
 
V
F
 
F
I
 
A
S
 
N
L
 
W
D
 
D
V
 
V
H
 
Q
G
 
A
D
 
P
N
 
D
S
 
-
L
 
L
E
 
E
D
 
T
F
 
Y
L
 
L
G
 
G
D
 
D
A
 
A
K
 
R
V
 
P
F
 
Y
F
 
M
D
 
D
M
 
V
M
 
M
V
 
L
A
 
D
Q
 
R
S
 
T
P
 
P
T
 
A
G
 
G
E
 
T
L
 
V
E
 
-
V
 
A
L
 
I
P
 
G
G
 
G
K
 
M
S
 
Q
A
 
K
Y
 
W
T
 
V
Y
 
I
D
 
P
G
 
C
N
 
N
W
 
W
K
 
K
L
 
F
Q
 
A
N
 
A
E
 
E
N
x
Q
G
 
F
L
 
C
-
 
S
D
|
D
G
x
M
Y
 
Y
H
|
H
V
 
A
S
 
G
T
 
T
V
 
T
H
 
T
Y
x
H
N
 
L
Y
 
S
V
 
G
A
 
I
T
 
L
V
 
A
Q
 
G
H
 
I
R
 
P
Q
 
P
Q
 
E
V
 
M
D
 
D
S
 
L
K
 
-
N
 
-
G
 
-
T
 
S
R
 
Q
A
 
A
S
 
Q
G
 
I
T
 
P
L
 
T
D
 
K
Y
 
G
S
 
N
K
 
Q
L
 
F
G
 
R
A
 
A
G
 
A
D
 
W
A
 
G
N
 
G
T
 
H
D
 
G
D
 
S
G
 
G
W
 
W
F
 
Y
A
 
V
F
 
D
N
 
E
N
 
P
G
 
G
H
x
S
S
 
-
V
 
-
L
 
L
F
 
L
S
 
A
D
 
V
M
 
M
P
 
-
N
 
G
P
 
P
T
 
K
V
 
V
R
 
T
S
 
Q
G
 
Y
Y
 
W
A
 
T
T
 
E
I
 
G
M
 
P
P
 
A
R
 
A
L
 
E
I
 
L
E
 
A
E
 
E
H
 
Q
G
 
R
Q
 
L
E
 
G
K
 
H
A
 
T
E
 
G
W
 
M
M
 
P
M
 
V
H
 
R
R
 
R
L
 
M
-
 
V
-
 
G
R
 
Q
N
x
H
L
 
M
N
 
T
I
 
I
Y
 
F
P
 
P
S
 
T
L
 
C
F
 
S
F
 
F
L
|
L
D
 
P
Q
 
A
I
 
M
S
 
-
S
 
N
Q
 
Q
L
 
I
R
 
R
I
 
V
I
 
W
R
 
H
P
 
P
V
 
R
A
 
G
W
 
P
N
 
N
K
 
E
T
 
I
E
 
E
I
 
V
I
 
W
S
 
A
Q
 
F
C
 
T
L
 
L
G
 
V
V
 
D
K
 
A
N
 
D
E
 
A
S
 
P
D
 
A
A
 
E
D
 
I
R
 
K
E
 
E
N
 
E
R
 
Y
I
 
R
R
 
R
Q
 
H
F
 
N
E
 
I
D
 
R
F
 
N
F
|
F
N
 
S
V
 
A
S
 
G
G
 
G
L
 
V
G
 
F
T
 
E
P
 
Q
D
 
D
D
|
D
-
 
G
-
 
E
-
 
N
L
 
W
V
 
V
E
 
E
F
 
I
R
 
Q
E
 
K
A
 
G
Q
 
L
R
 
R
G
 
G
F
 
Y
Q
 
K
A
 
A
R
 
K

2yfjA Crystal structure of biphenyl dioxygenase variant rr41 with dibenzofuran (see paper)
28% identity, 79% coverage: 33:395/462 of query aligns to 22:379/433 of 2yfjA

query
sites
2yfjA
I
 
I
F
 
Y
T
 
A
E
 
D
P
 
Q
Q
 
S
L
 
L
F
 
Y
D
 
E
L
 
L
E
 
E
M
 
L
E
 
E
L
 
R
I
 
V
F
 
F
E
 
G
K
 
R
N
 
S
W
 
W
I
 
L
Y
 
L
A
 
L
C
 
G
H
 
H
E
 
E
S
 
S
E
 
H
L
 
V
A
 
P
N
 
E
N
 
T
H
 
G
D
 
D
F
 
F
I
 
L
T
 
A
M
 
T
R
 
Y
A
 
M
G
 
G
R
 
E
Q
 
D
P
 
P
M
 
V
I
 
V
I
 
M
T
 
V
R
 
R
D
 
Q
G
 
K
D
 
D
G
 
K
Q
 
S
L
 
I
N
 
K
A
 
V
L
 
F
I
 
L
N
 
N
A
 
Q
C
|
C
Q
 
R
H
|
H
R
|
R
G
 
G
T
 
M
T
 
R
L
 
I
T
 
C
R
 
R
V
 
S
G
 
D
K
 
A
G
 
G
N
 
N
Q
 
A
S
 
K
T
 
A
F
 
F
T
 
T
C
|
C
P
 
S
F
x
Y
H
|
H
A
 
G
W
|
W
C
 
A
Y
 
Y
K
 
D
S
 
I
D
 
A
G
 
G
R
 
K
L
 
L
V
 
V
K
 
N
V
 
V
K
 
-
A
 
-
P
 
P
G
 
F
E
 
E
Y
 
K
P
 
E
E
 
A
G
 
F
F
 
F
D
 
D
K
 
K
A
 
A
T
 
E
R
 
W
G
 
G
L
 
P
K
 
L
K
 
Q
A
 
A
R
 
R
I
 
V
Q
 
A
S
 
T
Y
 
Y
K
 
K
G
 
G
F
 
L
V
 
V
F
 
F
I
 
A
S
 
N
L
 
W
D
 
D
V
 
V
H
 
Q
G
 
A
D
 
P
N
 
D
S
 
-
L
 
L
E
 
E
D
 
T
F
 
Y
L
 
L
G
 
G
D
 
D
A
 
A
K
 
R
V
 
P
F
 
Y
F
 
M
D
 
D
M
 
V
M
 
M
V
 
L
A
 
D
Q
 
R
S
 
T
P
 
P
T
 
A
G
 
G
E
 
T
L
 
V
E
 
-
V
 
A
L
 
I
P
 
G
G
 
G
K
 
M
S
 
Q
A
 
K
Y
 
W
T
 
V
Y
 
I
D
 
P
G
 
C
N
 
N
W
 
W
K
 
K
L
 
F
Q
 
A
N
 
A
E
 
E
N
x
Q
G
x
F
L
 
C
-
 
S
D
|
D
G
x
M
Y
 
Y
H
|
H
V
x
A
S
 
G
T
 
T
V
 
T
H
 
T
Y
x
H
N
 
L
Y
 
S
V
 
G
A
 
I
T
 
L
V
 
A
Q
 
G
H
 
I
R
 
P
Q
 
P
Q
 
E
V
 
M
D
 
D
S
 
L
K
 
-
N
 
-
G
 
-
T
 
S
R
 
Q
A
 
A
S
 
Q
G
 
I
T
 
P
L
 
T
D
 
K
Y
 
G
S
 
N
K
 
Q
L
 
F
G
 
R
A
 
A
G
 
A
D
 
W
A
 
G
N
 
G
T
 
H
D
 
G
D
 
S
G
 
G
W
 
W
F
 
Y
A
 
V
F
 
D
N
 
E
N
 
P
G
 
G
H
 
S
S
 
-
V
 
-
L
 
L
F
 
L
S
 
A
D
 
V
M
 
M
P
 
-
N
 
G
P
 
P
T
 
K
V
 
V
R
 
T
S
 
Q
G
 
Y
Y
 
W
A
 
T
T
 
E
I
 
G
M
 
P
P
 
A
R
 
A
L
 
E
I
 
L
E
 
A
E
 
E
H
 
Q
G
 
R
Q
 
L
E
 
G
K
 
H
A
 
T
E
 
G
W
 
M
M
 
P
M
 
V
H
 
R
R
 
R
L
 
M
-
 
V
-
 
G
R
 
Q
N
x
H
L
 
M
N
 
T
I
 
I
Y
 
F
P
 
P
S
 
T
L
 
C
F
 
S
F
 
F
L
|
L
D
 
P
Q
 
A
I
 
M
S
 
-
S
 
N
Q
 
Q
L
 
I
R
 
R
I
 
V
I
 
W
R
 
H
P
 
P
V
 
R
A
 
G
W
 
P
N
 
N
K
 
E
T
 
I
E
 
E
I
 
V
I
 
W
S
 
A
Q
 
F
C
 
T
L
 
L
G
 
V
V
 
D
K
 
A
N
 
D
E
 
A
S
 
P
D
 
A
A
 
E
D
 
I
R
 
K
E
 
E
N
 
E
R
 
Y
I
 
R
R
 
R
Q
 
H
F
 
N
E
 
I
D
 
R
F
 
N
F
 
F
N
 
S
V
 
A
S
 
G
G
 
G
L
 
V
G
x
F
T
 
E
P
 
Q
D
 
D
D
|
D
-
 
G
-
 
E
-
 
N
L
 
W
V
 
V
E
 
E
F
 
I
R
 
Q
E
 
K
A
 
G
Q
 
L
R
 
R
G
 
G
F
 
Y
Q
 
K
A
 
A
R
 
K

2xshA Crystal structure of p4 variant of biphenyl dioxygenase from burkholderia xenovorans lb400 in complex with 2,6 di chlorobiphenyl (see paper)
28% identity, 79% coverage: 33:395/462 of query aligns to 22:379/433 of 2xshA

query
sites
2xshA
I
 
I
F
 
Y
T
 
A
E
 
D
P
 
Q
Q
 
S
L
 
L
F
 
Y
D
 
E
L
 
L
E
 
E
M
 
L
E
 
E
L
 
R
I
 
V
F
 
F
E
 
G
K
 
R
N
 
S
W
 
W
I
 
L
Y
 
L
A
 
L
C
 
G
H
 
H
E
 
E
S
 
S
E
 
H
L
 
V
A
 
P
N
 
E
N
 
T
H
 
G
D
 
D
F
 
F
I
 
L
T
 
A
M
 
T
R
 
Y
A
 
M
G
 
G
R
 
E
Q
 
D
P
 
P
M
 
V
I
 
V
I
 
M
T
 
V
R
 
R
D
 
Q
G
 
K
D
 
D
G
 
K
Q
 
S
L
 
I
N
 
K
A
 
V
L
 
F
I
 
L
N
 
N
A
 
Q
C
|
C
Q
 
R
H
|
H
R
|
R
G
 
G
T
 
M
T
 
R
L
 
I
T
 
C
R
 
R
V
 
S
G
 
D
K
 
A
G
 
G
N
 
N
Q
 
A
S
 
K
T
 
A
F
 
F
T
 
T
C
|
C
P
 
S
F
x
Y
H
|
H
A
 
G
W
|
W
C
 
A
Y
 
Y
K
 
D
S
 
I
D
 
A
G
 
G
R
 
K
L
 
L
V
 
V
K
 
N
V
 
V
K
 
-
A
 
-
P
 
P
G
 
F
E
 
E
Y
 
K
P
 
E
E
 
A
G
 
F
F
 
F
D
 
D
K
 
K
A
 
A
T
 
E
R
 
W
G
 
G
L
 
P
K
 
L
K
 
Q
A
 
A
R
 
R
I
 
V
Q
 
A
S
 
T
Y
 
Y
K
 
K
G
 
G
F
 
L
V
 
V
F
 
F
I
 
A
S
 
N
L
 
W
D
 
D
V
 
V
H
 
Q
G
 
A
D
 
P
N
 
D
S
 
-
L
 
L
E
 
E
D
 
T
F
 
Y
L
 
L
G
 
G
D
 
D
A
 
A
K
 
R
V
 
P
F
 
Y
F
 
M
D
 
D
M
 
V
M
 
M
V
 
L
A
 
D
Q
 
R
S
 
T
P
 
P
T
 
A
G
 
G
E
 
T
L
 
V
E
 
-
V
 
A
L
 
I
P
 
G
G
 
G
K
 
M
S
 
Q
A
 
K
Y
 
W
T
 
V
Y
 
I
D
 
P
G
 
C
N
 
N
W
 
W
K
 
K
L
 
F
Q
 
A
N
 
A
E
 
E
N
x
Q
G
x
F
L
 
C
-
 
S
D
|
D
G
x
M
Y
 
Y
H
|
H
V
 
A
S
 
G
T
 
T
V
 
T
H
 
T
Y
x
H
N
 
L
Y
 
S
V
 
G
A
 
I
T
 
L
V
 
A
Q
 
G
H
 
I
R
 
P
Q
 
P
Q
 
E
V
 
M
D
 
D
S
 
L
K
 
-
N
 
-
G
 
-
T
 
S
R
 
Q
A
 
A
S
 
Q
G
 
I
T
 
P
L
 
T
D
 
K
Y
 
G
S
 
N
K
 
Q
L
 
F
G
 
R
A
 
A
G
 
A
D
 
W
A
 
G
N
 
G
T
 
H
D
 
G
D
 
S
G
 
G
W
 
W
F
 
Y
A
 
V
F
 
D
N
 
E
N
 
P
G
 
G
H
 
S
S
 
-
V
 
-
L
 
L
F
 
L
S
 
A
D
 
V
M
 
M
P
 
-
N
 
G
P
 
P
T
 
K
V
 
V
R
 
T
S
 
Q
G
 
Y
Y
 
W
A
 
T
T
 
E
I
 
G
M
 
P
P
 
A
R
 
A
L
 
E
I
 
L
E
 
A
E
 
E
H
 
Q
G
 
R
Q
 
L
E
 
G
K
 
H
A
 
T
E
 
G
W
 
M
M
 
P
M
 
V
H
 
R
R
 
R
L
 
M
-
 
V
-
 
G
R
x
Q
N
x
H
L
 
M
N
 
T
I
 
I
Y
 
F
P
 
P
S
 
T
L
 
C
F
 
S
F
 
F
L
|
L
D
 
P
Q
 
A
I
 
M
S
 
N
S
 
N
Q
 
-
L
 
I
R
 
R
I
 
I
I
 
W
R
 
H
P
 
P
V
 
R
A
 
G
W
 
P
N
 
N
K
 
E
T
 
I
E
 
E
I
 
V
I
 
W
S
 
A
Q
 
F
C
 
T
L
 
L
G
 
V
V
 
D
K
 
A
N
 
D
E
 
A
S
 
P
D
 
A
A
 
E
D
 
I
R
 
K
E
 
E
N
 
E
R
 
Y
I
 
R
R
 
R
Q
 
H
F
 
N
E
 
I
D
 
R
F
 
N
F
 
F
N
 
S
V
 
A
S
 
G
G
 
G
L
 
V
G
x
F
T
 
E
P
 
Q
D
 
D
D
|
D
-
 
G
-
 
E
-
 
N
L
 
W
V
 
V
E
 
E
F
 
I
R
 
Q
E
 
K
A
 
G
Q
 
L
R
 
R
G
 
G
F
 
Y
Q
 
K
A
 
A
R
 
K

3en1A Crystal structure of toluene 2,3-dioxygenase (see paper)
29% identity, 80% coverage: 28:395/462 of query aligns to 16:377/424 of 3en1A

query
sites
3en1A
R
 
R
I
 
I
A
 
D
R
 
P
D
 
R
I
 
I
F
 
Y
T
 
T
E
 
D
P
 
E
Q
 
D
L
 
L
F
 
Y
D
 
Q
L
 
L
E
 
E
M
 
L
E
 
E
L
 
R
I
 
V
F
 
F
E
 
A
K
 
R
N
 
S
W
 
W
I
 
L
Y
 
L
A
 
L
C
 
G
H
 
H
E
 
E
S
 
T
E
 
Q
L
 
I
A
 
R
N
 
K
N
 
P
H
 
G
D
 
D
F
 
Y
I
 
I
T
 
T
M
 
T
R
 
Y
A
 
M
G
 
G
R
 
E
Q
 
D
P
 
P
M
 
V
I
 
V
I
 
V
T
 
V
R
 
R
D
 
Q
G
 
K
D
 
D
G
 
A
Q
 
S
L
 
I
N
 
A
A
 
V
L
 
F
I
 
L
N
 
N
A
 
Q
C
|
C
Q
 
R
H
|
H
R
|
R
G
 
G
T
 
M
T
 
R
L
 
I
T
 
C
R
 
R
V
 
A
G
 
D
K
 
A
G
 
G
N
 
N
Q
 
A
S
 
K
T
 
A
F
 
F
T
 
T
C
|
C
P
 
S
F
x
Y
H
|
H
A
 
G
W
|
W
C
 
A
Y
 
Y
K
 
D
S
 
T
D
 
A
G
 
G
R
 
N
L
 
L
V
 
V
K
 
N
V
 
V
K
 
P
A
 
Y
P
 
E
G
 
A
E
 
E
Y
 
S
P
 
F
E
 
A
G
 
C
F
 
L
D
 
N
K
 
K
A
 
K
T
 
E
R
 
W
G
 
S
L
 
P
K
 
L
K
 
K
A
 
A
R
 
R
I
 
V
Q
 
E
S
 
T
Y
 
Y
K
 
K
G
 
G
F
 
L
V
 
I
F
 
F
I
 
A
S
 
N
L
 
W
D
 
D
V
 
E
H
 
N
G
 
A
D
 
V
N
 
D
S
 
-
L
 
L
E
 
D
D
 
T
F
 
Y
L
 
L
G
 
G
D
 
E
A
 
A
K
 
K
V
 
F
F
 
Y
F
 
M
D
 
D
M
 
H
M
 
M
V
 
L
A
 
D
Q
 
R
S
 
T
P
 
E
T
 
A
G
 
G
E
 
-
L
 
T
E
 
E
V
 
A
L
 
I
P
 
P
G
 
G
K
 
V
S
 
Q
A
 
K
Y
 
W
T
 
V
Y
 
I
D
 
P
G
 
C
N
 
N
W
 
W
K
 
K
L
 
F
Q
 
A
N
 
A
E
 
E
N
x
Q
G
x
F
L
 
C
-
 
S
D
|
D
G
 
M
Y
 
Y
H
|
H
V
 
A
-
 
G
S
 
T
T
 
T
V
 
S
H
|
H
Y
 
L
N
 
S
Y
 
G
V
 
I
A
 
L
T
 
A
V
 
G
Q
 
L
H
 
P
R
 
E
Q
 
E
Q
 
M
V
 
A
D
 
D
S
 
L
K
 
A
N
 
P
G
 
P
T
 
T
-
 
V
-
 
G
-
 
K
-
 
Q
-
 
Y
R
 
R
A
 
A
S
 
S
G
 
W
T
 
G
L
 
G
D
 
H
Y
 
G
S
 
S
K
 
G
L
 
F
G
 
Y
A
 
V
G
 
G
D
 
D
A
 
P
N
 
N
T
 
-
D
 
-
D
 
-
G
 
-
W
 
-
F
 
-
A
 
-
F
 
-
N
 
-
N
 
-
G
 
-
H
 
-
S
 
-
V
 
-
L
 
L
F
 
M
S
 
L
D
 
A
M
 
I
P
 
M
N
 
G
P
 
P
T
 
K
V
 
V
R
 
T
S
 
S
G
 
-
Y
 
Y
A
 
W
T
 
T
I
 
E
M
 
G
P
 
P
-
 
A
-
 
S
-
 
E
R
 
K
L
 
A
I
 
A
E
 
E
E
 
R
H
 
L
G
 
G
Q
 
S
-
 
V
E
 
E
K
 
R
A
 
G
E
 
S
W
 
K
M
 
L
M
 
M
H
 
-
R
 
-
L
 
V
R
 
E
N
x
H
L
 
M
N
 
T
I
 
V
Y
 
F
P
 
P
S
 
T
L
 
C
F
 
S
F
 
F
L
 
L
D
 
P
Q
 
G
I
 
I
S
 
N
S
 
T
Q
 
-
L
 
V
R
 
R
I
 
T
I
 
W
R
 
H
P
 
P
V
 
R
A
 
G
W
 
P
N
 
N
K
 
E
T
 
V
E
 
E
I
 
V
I
 
W
S
 
A
Q
 
F
C
 
T
L
 
V
G
 
V
V
 
D
K
 
A
N
 
D
E
 
A
S
 
P
D
 
D
A
 
D
D
 
I
R
 
K
E
 
E
N
 
E
R
 
F
I
 
R
R
 
R
Q
 
Q
F
 
T
E
 
L
D
 
R
F
 
T
F
 
F
N
 
S
V
 
A
S
 
G
G
 
G
L
 
V
G
 
F
T
 
E
P
 
Q
D
 
D
D
|
D
-
 
G
-
 
E
-
 
N
L
 
W
V
 
V
E
 
E
F
 
I
R
 
Q
E
 
H
A
 
I
Q
 
L
R
 
R
G
 
G
F
 
H
Q
 
K
A
 
A
R
 
R

2xrxA Crystal structure of biphenyl dioxygenase in complex with biphenyl from burkholderia xenovorans lb400 (see paper)
28% identity, 79% coverage: 33:395/462 of query aligns to 22:378/432 of 2xrxA

query
sites
2xrxA
I
 
I
F
 
Y
T
 
A
E
 
D
P
 
Q
Q
 
S
L
 
L
F
 
Y
D
 
E
L
 
L
E
 
E
M
 
L
E
 
E
L
 
R
I
 
V
F
 
F
E
 
G
K
 
R
N
 
S
W
 
W
I
 
L
Y
 
L
A
 
L
C
 
G
H
 
H
E
 
E
S
 
S
E
 
H
L
 
V
A
 
P
N
 
E
N
 
T
H
 
G
D
 
D
F
 
F
I
 
L
T
 
A
M
 
T
R
 
Y
A
 
M
G
 
G
R
 
E
Q
 
D
P
 
P
M
 
V
I
 
V
I
 
M
T
 
V
R
 
R
D
 
Q
G
 
K
D
 
D
G
 
K
Q
 
S
L
 
I
N
 
K
A
 
V
L
 
F
I
 
L
N
 
N
A
 
Q
C
|
C
Q
 
R
H
|
H
R
|
R
G
 
G
T
 
M
T
 
R
L
 
I
T
 
C
R
 
R
V
 
S
G
 
D
K
 
A
G
 
G
N
 
N
Q
 
A
S
 
K
T
 
A
F
 
F
T
 
T
C
|
C
P
 
S
F
x
Y
H
|
H
A
 
G
W
|
W
C
 
A
Y
 
Y
K
 
D
S
 
I
D
 
A
G
 
G
R
 
K
L
 
L
V
 
V
K
 
N
V
 
V
K
 
-
A
 
-
P
 
P
G
 
F
E
 
E
Y
 
-
P
 
K
E
 
E
G
 
A
F
 
F
D
 
D
K
 
K
A
 
A
T
 
E
R
 
W
G
 
G
L
 
P
K
 
L
K
 
Q
A
 
A
R
 
R
I
 
V
Q
 
A
S
 
T
Y
 
Y
K
 
K
G
 
G
F
 
L
V
 
V
F
 
F
I
 
A
S
 
N
L
 
W
D
 
D
V
 
V
H
 
Q
G
 
A
D
 
P
N
 
D
S
 
-
L
 
L
E
 
E
D
 
T
F
 
Y
L
 
L
G
 
G
D
 
D
A
 
A
K
 
R
V
 
P
F
 
Y
F
 
M
D
 
D
M
 
V
M
 
M
V
 
L
A
 
D
Q
 
R
S
 
T
P
 
P
T
 
A
G
 
G
E
 
T
L
 
V
E
 
-
V
 
A
L
 
I
P
 
G
G
 
G
K
 
M
S
 
Q
A
 
K
Y
 
W
T
 
V
Y
 
I
D
 
P
G
 
C
N
 
N
W
 
W
K
 
K
L
 
F
Q
 
A
N
 
A
E
 
E
N
x
Q
G
x
F
L
 
C
-
 
S
D
|
D
G
 
M
Y
 
Y
H
|
H
V
 
A
S
 
G
T
 
T
V
 
T
H
 
T
Y
x
H
N
 
L
Y
 
S
V
 
G
A
 
I
T
 
L
V
 
A
Q
 
G
H
 
I
R
 
P
Q
 
P
Q
 
E
V
 
M
D
 
D
S
 
L
K
 
-
N
 
-
G
 
-
T
 
S
R
 
Q
A
 
A
S
 
Q
G
 
I
T
 
P
L
 
T
D
 
K
Y
 
G
S
 
N
K
 
Q
L
 
F
G
 
R
A
 
A
G
 
A
D
 
W
A
 
G
N
 
G
T
 
H
D
 
G
D
 
S
G
 
G
W
 
W
F
 
Y
A
 
V
F
 
D
N
 
E
N
 
P
G
 
G
H
 
S
S
 
-
V
 
-
L
 
L
F
 
L
S
 
A
D
 
V
M
 
M
P
 
-
N
 
G
P
 
P
T
 
K
V
 
V
R
 
T
S
 
Q
G
 
Y
Y
 
W
A
 
T
T
 
E
I
 
G
M
 
P
P
 
A
R
 
A
L
 
E
I
 
L
E
 
A
E
 
E
H
 
Q
G
 
R
Q
 
L
E
 
G
K
 
H
A
 
T
E
 
G
W
 
M
M
 
P
M
 
V
H
 
R
R
 
R
L
 
M
-
 
V
-
 
G
R
 
Q
N
x
H
L
 
M
N
 
T
I
 
I
Y
 
F
P
 
P
S
 
T
L
 
C
F
 
S
F
 
F
L
|
L
D
 
P
Q
 
T
I
x
F
S
 
N
S
 
N
Q
 
-
L
 
I
R
 
R
I
 
I
I
 
W
R
 
H
P
 
P
V
 
R
A
 
G
W
 
P
N
 
N
K
 
E
T
 
I
E
 
E
I
 
V
I
 
W
S
 
A
Q
 
F
C
 
T
L
 
L
G
 
V
V
 
D
K
 
A
N
 
D
E
 
A
S
 
P
D
 
A
A
 
E
D
 
I
R
 
K
E
 
E
N
 
E
R
 
Y
I
 
R
R
 
R
Q
 
H
F
 
N
E
 
I
D
 
R
F
 
N
F
 
F
N
 
S
V
 
A
S
 
G
G
 
G
L
 
V
G
x
F
T
 
E
P
 
Q
D
 
D
D
|
D
-
 
G
-
 
E
-
 
N
L
 
W
V
 
V
E
 
E
F
 
I
R
 
Q
E
 
K
A
 
G
Q
 
L
R
 
R
G
 
G
F
 
Y
Q
 
K
A
 
A
R
 
K

5aeuA Crystal structure of ii9 variant of biphenyl dioxygenase from burkholderia xenovorans lb400 (see paper)
28% identity, 79% coverage: 33:395/462 of query aligns to 22:379/433 of 5aeuA

query
sites
5aeuA
I
 
I
F
 
Y
T
 
A
E
 
D
P
 
Q
Q
 
S
L
 
L
F
 
Y
D
 
E
L
 
L
E
 
E
M
 
L
E
 
E
L
 
R
I
 
V
F
 
F
E
 
G
K
 
R
N
 
S
W
 
W
I
 
L
Y
 
L
A
 
L
C
 
G
H
 
H
E
 
E
S
 
S
E
 
H
L
 
V
A
 
P
N
 
E
N
 
T
H
 
G
D
 
D
F
 
F
I
 
L
T
 
A
M
 
T
R
 
Y
A
 
M
G
 
G
R
 
E
Q
 
D
P
 
P
M
 
V
I
 
V
I
 
M
T
 
V
R
 
R
D
 
Q
G
 
K
D
 
D
G
 
K
Q
 
S
L
 
I
N
 
K
A
 
V
L
 
F
I
 
L
N
 
N
A
 
Q
C
|
C
Q
 
R
H
|
H
R
|
R
G
 
G
T
x
M
T
 
R
L
 
I
T
 
C
R
 
R
V
 
S
G
 
D
K
 
A
G
 
G
N
 
N
Q
 
A
S
 
K
T
 
A
F
 
F
T
 
T
C
|
C
P
 
S
F
x
Y
H
|
H
A
 
G
W
|
W
C
 
A
Y
 
Y
K
 
D
S
 
I
D
 
A
G
 
G
R
 
K
L
 
L
V
 
V
K
 
N
V
 
V
K
 
-
A
 
-
P
 
P
G
 
F
E
 
E
Y
 
K
P
 
E
E
 
A
G
 
F
F
 
F
D
 
D
K
 
K
A
 
A
T
 
E
R
 
W
G
 
G
L
 
P
K
 
L
K
 
Q
A
 
A
R
 
R
I
 
V
Q
 
A
S
 
T
Y
 
Y
K
 
K
G
 
G
F
 
L
V
 
V
F
 
F
I
 
A
S
 
N
L
 
W
D
 
D
V
 
V
H
 
Q
G
 
A
D
 
P
N
 
D
S
 
-
L
 
L
E
 
E
D
 
T
F
 
Y
L
 
L
G
 
G
D
 
D
A
 
A
K
 
R
V
 
P
F
 
Y
F
 
M
D
 
D
M
 
V
M
 
M
V
 
L
A
 
D
Q
 
R
S
 
T
P
 
P
T
 
A
G
 
G
E
 
T
L
 
V
E
 
-
V
 
A
L
 
I
P
 
G
G
 
G
K
 
M
S
 
Q
A
 
K
Y
 
W
T
 
V
Y
 
I
D
 
P
G
 
C
N
 
N
W
 
W
K
 
K
L
 
F
Q
 
A
N
 
A
E
 
E
N
 
Q
G
 
F
L
 
C
-
 
S
D
|
D
G
 
M
Y
 
Y
H
|
H
V
 
A
S
 
G
T
 
T
V
 
T
H
 
T
Y
x
H
N
 
L
Y
 
S
V
 
G
A
 
I
T
 
L
V
 
A
Q
 
G
H
 
I
R
 
P
Q
 
P
Q
 
E
V
 
M
D
 
D
S
 
L
K
 
-
N
 
-
G
 
-
T
 
S
R
 
Q
A
 
A
S
 
Q
G
 
I
T
 
P
L
 
T
D
 
K
Y
 
G
S
 
N
K
 
Q
L
 
F
G
 
R
A
 
A
G
 
A
D
 
W
A
 
G
N
 
G
T
 
H
D
 
G
D
 
S
G
 
G
W
 
W
F
 
Y
A
 
V
F
 
D
N
 
E
N
 
P
G
 
G
H
 
S
S
 
-
V
 
-
L
 
L
F
 
L
S
 
A
D
 
V
M
 
M
P
 
-
N
 
G
P
 
P
T
 
K
V
 
V
R
 
T
S
 
Q
G
 
Y
Y
 
W
A
 
T
T
 
E
I
 
G
M
 
P
P
 
A
R
 
A
L
 
E
I
 
L
E
 
A
E
 
E
H
 
Q
G
 
R
Q
 
L
E
 
G
K
 
H
A
 
T
E
 
G
W
 
M
M
 
P
M
 
V
H
 
R
R
 
R
L
 
M
-
 
V
-
 
G
R
 
Q
N
 
H
L
 
M
N
 
T
I
 
I
Y
 
F
P
 
P
S
 
T
L
 
C
F
 
S
F
 
F
L
 
L
D
 
P
Q
 
G
I
 
I
S
 
N
S
 
T
Q
 
-
L
 
I
R
 
R
I
 
T
I
 
W
R
 
H
P
 
P
V
 
R
A
 
G
W
 
P
N
 
N
K
 
E
T
 
I
E
 
E
I
 
V
I
 
W
S
 
A
Q
 
F
C
 
T
L
 
L
G
 
V
V
 
D
K
 
A
N
 
D
E
 
A
S
 
P
D
 
A
A
 
E
D
 
I
R
 
K
E
 
E
N
 
E
R
 
Y
I
 
R
R
 
R
Q
 
H
F
 
N
E
 
I
D
 
R
F
 
N
F
 
F
N
 
S
V
 
A
S
 
G
G
 
G
L
 
V
G
 
F
T
 
E
P
 
Q
D
 
D
D
|
D
-
 
G
-
 
E
-
 
N
L
 
W
V
 
V
E
 
E
F
 
I
R
 
Q
E
 
K
A
 
G
Q
 
L
R
 
R
G
 
G
F
 
Y
Q
 
K
A
 
A
R
 
K

Q53122 Biphenyl 2,3-dioxygenase subunit alpha; Biphenyl dioxygenase system, oxygenase component subunit alpha; BDO, oxygenase component subunit alpha; Rieske dioxygenase; Terminal oxygenase component of biphenyl dioxygenase, large subunit; EC 1.14.12.18 from Rhodococcus jostii (strain RHA1) (see paper)
27% identity, 80% coverage: 28:395/462 of query aligns to 32:395/460 of Q53122

query
sites
Q53122
R
 
R
I
 
L
A
 
D
R
 
P
D
 
R
I
 
I
F
 
Y
T
 
T
E
 
D
P
 
E
Q
 
A
L
 
L
F
 
Y
D
 
E
L
 
Q
E
 
E
M
 
L
E
 
E
L
 
R
I
 
I
F
 
F
E
 
G
K
 
R
N
 
S
W
 
W
I
 
L
Y
 
L
A
 
M
C
 
G
H
 
H
E
 
E
S
 
T
E
 
Q
L
 
I
A
 
P
N
 
K
N
 
A
H
 
G
D
 
D
F
 
F
I
 
M
T
 
T
M
 
N
R
 
Y
A
 
M
G
 
G
R
 
E
Q
 
D
P
 
P
M
 
V
I
 
M
I
 
V
T
 
V
R
 
R
D
 
Q
G
 
K
D
 
N
G
 
G
Q
 
E
L
 
I
N
 
R
A
 
V
L
 
F
I
 
L
N
 
N
A
 
Q
C
|
C
Q
 
R
H
|
H
R
 
R
G
 
G
T
 
M
T
 
R
L
 
I
T
 
C
R
 
R
V
 
A
G
 
D
K
 
G
G
 
G
N
 
N
Q
 
A
S
 
K
T
 
S
F
 
F
T
 
T
C
|
C
P
 
S
F
 
Y
H
|
H
A
 
G
W
 
W
C
 
A
Y
 
Y
K
 
D
S
 
T
D
 
G
G
 
G
R
 
N
L
 
L
V
 
V
K
 
S
V
 
V
K
 
P
A
 
F
P
 
E
G
 
E
E
 
Q
Y
 
A
P
 
F
E
 
P
G
 
G
F
 
L
D
 
R
K
 
K
A
 
E
T
 
D
R
 
W
G
 
G
L
 
P
K
 
L
K
 
Q
A
 
A
R
 
R
I
 
V
Q
 
E
S
 
T
Y
 
Y
K
 
K
G
 
G
F
 
L
V
 
I
F
 
F
I
 
A
S
 
N
L
 
W
D
 
D
V
 
A
H
 
D
G
 
A
D
 
P
N
 
D
S
 
-
L
 
L
E
 
D
D
 
T
F
 
Y
L
 
L
G
 
G
D
 
E
A
 
A
K
 
K
V
 
F
F
 
Y
F
 
M
D
 
D
M
 
H
M
 
M
V
 
L
A
 
D
Q
 
R
S
 
T
P
 
E
T
 
A
G
 
G
E
 
-
L
 
T
E
 
E
V
 
A
L
 
I
P
 
P
G
 
G
K
 
I
S
 
Q
A
 
K
Y
 
W
T
 
V
Y
 
I
D
 
P
G
 
C
N
 
N
W
 
W
K
 
K
L
 
F
Q
 
A
N
 
A
E
 
E
N
x
Q
G
x
F
L
x
C
-
x
S
D
|
D
G
x
M
Y
|
Y
H
|
H
V
x
A
S
x
G
T
|
T
V
x
T
H
x
S
Y
x
H
N
 
L
Y
 
S
V
 
G
A
 
I
T
 
L
V
 
A
Q
 
G
H
 
L
R
 
P
Q
 
D
Q
 
G
V
 
V
D
 
D
S
 
L
K
 
S
N
 
E
G
 
L
T
 
A
R
 
P
A
 
P
S
 
T
G
 
E
T
 
G
L
 
I
D
 
Q
Y
 
Y
S
 
R
K
 
A
L
 
T
G
 
W
A
 
G
G
 
G
D
 
H
A
 
G
N
 
S
T
 
-
D
 
-
D
 
-
G
 
-
W
 
-
F
 
-
A
 
G
F
 
F
N
 
Y
N
 
I
G
 
G
H
 
D
S
 
P
V
 
N
L
 
L
F
 
L
S
 
L
D
 
A
M
 
I
P
 
M
N
 
G
P
 
P
T
 
K
V
 
V
R
 
-
S
 
T
G
 
E
Y
 
Y
A
 
W
T
 
T
I
 
Q
M
 
G
P
 
P
-
 
A
-
 
A
-
 
E
R
 
K
L
 
A
I
 
S
E
 
E
E
 
R
H
 
L
G
 
G
Q
 
S
-
 
T
E
 
E
K
 
R
A
 
G
E
 
Q
W
 
Q
M
 
L
M
 
M
H
 
-
R
 
-
L
 
A
R
 
Q
N
 
H
L
 
M
N
 
T
I
 
I
Y
 
F
P
 
P
S
 
T
L
 
C
F
 
S
F
 
F
L
 
L
D
 
P
Q
 
G
I
 
I
S
 
N
S
 
T
Q
 
-
L
 
I
R
 
R
I
 
A
I
 
W
R
 
H
P
 
P
V
 
R
A
 
G
W
 
P
N
 
N
K
 
E
T
 
I
E
 
E
I
 
V
I
 
W
S
 
A
Q
 
F
C
 
T
L
 
V
G
 
V
V
 
D
K
 
A
N
 
D
E
 
A
S
 
P
D
 
E
A
 
E
D
 
M
R
 
K
E
 
E
N
 
E
R
 
Y
I
 
R
R
 
Q
Q
 
Q
F
 
T
E
 
L
D
 
R
F
 
T
F
 
F
N
 
S
V
 
A
S
 
G
G
 
G
L
 
V
G
 
F
T
 
E
P
 
Q
D
 
D
D
|
D
-
 
G
-
 
E
-
 
N
L
 
W
V
 
V
E
 
E
F
 
I
R
 
Q
E
 
Q
A
 
V
Q
 
L
R
 
R
G
 
G
F
 
H
Q
 
K
A
 
A
R
 
R

2b24A Crystal structure of naphthalene 1,2-dioxygenase from rhodococcus sp. Bound to indole (see paper)
36% identity, 44% coverage: 29:230/462 of query aligns to 23:225/440 of 2b24A

query
sites
2b24A
I
 
V
A
 
P
R
 
A
D
 
A
I
 
I
F
 
I
T
 
N
E
 
D
P
 
P
Q
 
E
L
 
V
F
 
H
D
 
D
L
 
V
E
 
E
M
 
R
E
 
E
L
 
R
I
 
I
F
 
F
E
 
G
K
 
H
N
 
A
W
 
W
I
 
V
Y
 
F
A
 
L
C
 
A
H
 
H
E
 
E
S
 
S
E
 
E
L
 
I
A
 
P
N
 
E
N
 
R
H
 
G
D
 
D
F
 
Y
I
 
V
T
 
V
M
 
R
R
 
Y
A
 
I
G
 
S
R
 
E
Q
 
D
P
 
Q
M
 
F
I
 
I
I
 
V
T
 
C
R
 
R
D
 
D
G
 
E
D
 
G
G
 
G
Q
 
E
L
 
I
N
 
R
A
 
G
L
 
H
I
 
L
N
 
N
A
 
A
C
|
C
Q
 
R
H
|
H
R
|
R
G
 
G
T
 
M
T
 
Q
L
 
V
T
 
C
R
 
R
V
 
A
G
 
E
K
 
M
G
 
G
N
 
N
Q
 
T
S
 
S
T
 
H
F
 
F
T
 
R
C
|
C
P
 
P
F
x
Y
H
|
H
A
 
G
W
|
W
C
 
T
Y
 
Y
K
 
S
S
 
N
D
 
T
G
 
G
R
 
S
L
 
L
V
 
V
K
 
G
V
 
V
K
 
-
A
 
-
P
 
-
G
 
-
E
 
-
Y
 
-
P
 
P
E
 
A
G
 
G
F
 
K
D
 
D
K
 
A
A
 
Y
T
 
G
R
 
N
G
 
Q
L
 
L
K
 
K
K
 
K
A
 
S
-
 
D
-
 
W
-
 
N
-
 
L
-
 
R
-
 
P
-
 
M
-
 
P
R
 
N
I
 
L
Q
 
A
S
 
S
Y
 
Y
K
 
K
G
 
G
F
 
L
V
 
I
F
 
F
I
 
G
S
 
S
L
 
L
D
 
D
V
 
P
H
 
H
G
 
A
D
 
D
N
 
-
S
 
S
L
 
L
E
 
E
D
 
D
F
 
Y
L
 
L
G
 
G
D
 
D
A
 
L
K
 
K
V
 
F
F
 
Y
F
 
L
D
 
D
M
 
I
M
 
V
V
 
L
A
 
D
Q
 
R
S
 
S
P
 
D
T
 
A
G
 
G
E
 
-
L
 
L
E
 
Q
V
 
V
L
 
V
P
 
G
G
 
A
K
 
P
S
 
Q
A
 
R
Y
 
W
T
 
V
Y
 
I
D
 
D
G
 
A
N
 
N
W
 
W
K
 
K
L
 
L
Q
 
G
N
 
A
E
 
D
N
 
N
G
 
F
L
 
V
-
 
G
D
|
D
G
 
A
Y
 
Y
H
|
H
V
 
T
S
 
M
T
 
M
V
 
T
H
|
H
Y
 
R
N
 
S
Y
 
M
V
 
V

Sites not aligning to the query:

2b1xA Crystal structure of naphthalene 1,2-dioxygenase from rhodococcus sp. (see paper)
36% identity, 44% coverage: 29:230/462 of query aligns to 23:225/441 of 2b1xA

query
sites
2b1xA
I
 
V
A
 
P
R
 
A
D
 
A
I
 
I
F
 
I
T
 
N
E
 
D
P
 
P
Q
 
E
L
 
V
F
 
H
D
 
D
L
 
V
E
 
E
M
 
R
E
 
E
L
 
R
I
 
I
F
 
F
E
 
G
K
 
H
N
 
A
W
 
W
I
 
V
Y
 
F
A
 
L
C
 
A
H
 
H
E
 
E
S
 
S
E
 
E
L
 
I
A
 
P
N
 
E
N
 
R
H
 
G
D
 
D
F
 
Y
I
 
V
T
 
V
M
 
R
R
 
Y
A
 
I
G
 
S
R
 
E
Q
 
D
P
 
Q
M
 
F
I
 
I
I
 
V
T
 
C
R
 
R
D
 
D
G
 
E
D
 
G
G
 
G
Q
 
E
L
 
I
N
 
R
A
 
G
L
 
H
I
 
L
N
 
N
A
 
A
C
|
C
Q
 
R
H
|
H
R
|
R
G
 
G
T
 
M
T
 
Q
L
 
V
T
 
C
R
 
R
V
 
A
G
 
E
K
 
M
G
 
G
N
 
N
Q
 
T
S
 
S
T
 
H
F
 
F
T
 
R
C
|
C
P
 
P
F
x
Y
H
|
H
A
 
G
W
|
W
C
 
T
Y
 
Y
K
 
S
S
 
N
D
 
T
G
 
G
R
 
S
L
 
L
V
 
V
K
 
G
V
 
V
K
 
-
A
 
-
P
 
-
G
 
-
E
 
-
Y
 
-
P
 
P
E
 
A
G
 
G
F
 
K
D
 
D
K
 
A
A
 
Y
T
 
G
R
 
N
G
 
Q
L
 
L
K
 
K
K
 
K
A
 
S
-
 
D
-
 
W
-
 
N
-
 
L
-
 
R
-
 
P
-
 
M
-
 
P
R
 
N
I
 
L
Q
 
A
S
 
S
Y
 
Y
K
 
K
G
 
G
F
 
L
V
 
I
F
 
F
I
 
G
S
 
S
L
 
L
D
 
D
V
 
P
H
 
H
G
 
A
D
 
D
N
 
-
S
 
S
L
 
L
E
 
E
D
 
D
F
 
Y
L
 
L
G
 
G
D
 
D
A
 
L
K
 
K
V
 
F
F
 
Y
F
 
L
D
 
D
M
 
I
M
 
V
V
 
L
A
 
D
Q
 
R
S
 
S
P
 
D
T
 
A
G
 
G
E
 
-
L
 
L
E
 
Q
V
 
V
L
 
V
P
 
G
G
 
A
K
 
P
S
 
Q
A
 
R
Y
 
W
T
 
V
Y
 
I
D
 
D
G
 
A
N
 
N
W
 
W
K
 
K
L
 
L
Q
 
G
N
 
A
E
 
D
N
 
N
G
 
F
L
 
V
-
 
G
D
|
D
G
 
A
Y
 
Y
H
|
H
V
 
T
S
 
M
T
 
M
V
 
T
H
|
H
Y
 
R
N
 
S
Y
 
M
V
 
V

Sites not aligning to the query:

1uliC Biphenyl dioxygenase (bpha1a2) derived from rhodococcus sp. Strain rha1 (see paper)
27% identity, 80% coverage: 28:395/462 of query aligns to 16:367/425 of 1uliC

query
sites
1uliC
R
 
R
I
 
L
A
 
D
R
 
P
D
 
R
I
 
I
F
 
Y
T
 
T
E
 
D
P
 
E
Q
 
A
L
 
L
F
 
Y
D
 
E
L
 
Q
E
 
E
M
 
L
E
 
E
L
 
R
I
 
I
F
 
F
E
 
G
K
 
R
N
 
S
W
 
W
I
 
L
Y
 
L
A
 
M
C
 
G
H
 
H
E
 
E
S
 
T
E
 
Q
L
 
I
A
 
P
N
 
K
N
 
A
H
 
G
D
 
D
F
 
F
I
 
M
T
 
T
M
 
N
R
 
Y
A
 
M
G
 
G
R
 
E
Q
 
D
P
 
P
M
 
V
I
 
M
I
 
V
T
 
V
R
 
R
D
 
Q
G
 
K
D
 
N
G
 
G
Q
 
E
L
 
I
N
 
R
A
 
V
L
 
F
I
 
L
N
 
N
A
 
Q
C
|
C
Q
 
R
H
|
H
R
|
R
G
 
G
T
 
M
T
 
R
L
 
I
T
 
C
R
 
R
V
 
A
G
 
D
K
 
G
G
 
G
N
 
N
Q
 
A
S
 
K
T
 
S
F
 
F
T
 
T
C
|
C
P
 
S
F
x
Y
H
|
H
A
 
G
W
|
W
C
 
A
Y
 
Y
K
 
D
S
 
T
D
 
G
G
 
G
R
 
N
L
 
L
V
 
V
K
 
S
V
 
V
K
 
P
A
 
F
P
 
E
G
 
E
E
 
Q
Y
 
A
P
 
F
E
 
P
G
 
G
F
 
L
D
 
R
K
 
K
A
 
E
T
 
D
R
 
W
G
 
G
L
 
P
K
 
L
K
 
Q