SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing AO353_08065 FitnessBrowser__pseudo3_N2E3:AO353_08065 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 13 hits to proteins with known functional sites (download)

7cyxA Crystal strcuture of glycine oxidase from bacillus cereus atcc 14579 (see paper)
23% identity, 97% coverage: 5:404/413 of query aligns to 4:354/363 of 7cyxA

query
sites
7cyxA
V
 
V
C
 
A
I
 
I
I
|
I
G
|
G
G
 
G
G
|
G
V
|
V
I
|
I
G
 
G
L
 
S
T
 
S
T
 
V
A
 
A
Y
 
H
A
 
F
L
 
L
V
 
A
R
 
E
D
 
R
G
 
G
F
 
H
E
 
K
V
 
V
T
 
A
V
 
I
V
|
V
E
|
E
A
 
-
R
x
K
D
 
Q
S
 
S
L
 
I
G
 
A
S
 
S
E
|
E
T
x
A
S
|
S
F
 
K
A
 
A
N
x
A
G
 
A
G
|
G
Q
x
L
L
 
L
S
 
G
Y
 
V
R
 
A
Y
 
Y
V
 
-
A
 
N
P
 
P
L
 
L
A
 
F
D
 
E
A
 
L
G
 
A
V
 
R
P
 
E
L
 
S
Q
 
R
A
 
A
I
 
I
G
 
F
W
 
P
M
 
Q
L
 
L
R
 
A
G
 
-
D
 
-
S
 
A
P
 
V
L
 
L
K
 
R
L
 
E
R
 
K
M
 
T
R
 
G
F
 
V
D
 
D
P
 
I
A
 
G
Q
 
Y
W
 
E
R
 
E
W
 
-
M
 
-
A
 
-
S
 
-
F
 
-
L
 
K
G
 
G
A
 
I
C
 
Y
R
 
R
T
 
I
S
 
A
V
 
Q
N
 
N
R
 
E
Q
 
D
N
 
E
A
 
K
A
 
E
H
 
R
L
 
I
L
 
L
R
 
H
L
 
I
A
 
-
L
 
-
L
 
-
S
 
-
Q
 
-
T
 
-
T
 
-
L
 
-
Q
 
M
G
 
D
W
 
W
R
 
Q
E
 
Q
E
 
K
D
 
T
S
 
G
L
 
E
D
 
D
G
 
S
F
 
Y
N
 
-
W
 
-
R
 
-
R
 
-
N
 
-
G
 
-
K
 
-
L
 
-
V
 
-
T
 
-
F
 
-
R
 
-
Q
 
-
A
 
F
A
 
L
S
 
T
F
 
G
E
 
D
H
 
H
A
 
V
R
 
R
N
 
E
S
 
K
L
 
-
V
 
-
D
 
-
P
 
-
Q
 
-
Q
 
-
Q
 
-
Q
 
-
V
 
-
L
 
-
S
 
-
P
 
-
T
 
-
E
 
-
S
 
-
A
 
-
R
 
-
L
 
-
E
 
E
P
 
P
A
 
Y
L
 
L
A
 
S
D
 
E
A
 
S
A
 
-
F
 
I
V
 
I
G
 
G
A
 
A
I
 
V
Y
 
Y
T
 
Y
P
 
P
D
 
K
E
 
-
E
 
-
V
 
-
G
 
-
D
 
D
C
 
G
H
 
H
A
 
V
F
 
I
C
 
A
Q
 
P
Q
 
E
L
 
L
M
 
T
K
 
K
R
 
A
L
 
F
K
 
A
A
 
H
S
 
S
G
 
A
L
 
A
-
 
I
-
 
S
-
 
G
C
 
A
E
 
D
F
 
I
R
 
Y
L
 
E
G
 
Q
R
 
T
A
 
E
V
|
V
T
 
F
G
 
D
I
 
I
R
 
R
H
 
I
V
 
E
D
 
N
G
 
N
A
 
K
V
 
V
S
 
T
A
 
G
I
 
V
E
 
I
L
 
T
A
 
S
D
 
E
E
 
G
V
 
I
L
 
V
P
 
T
V
 
C
E
 
E
Q
 
K
L
 
V
V
 
V
I
 
I
A
 
A
A
x
G
G
|
G
H
 
S
R
x
W
S
 
S
-
 
T
P
 
K
L
 
L
L
 
L
A
 
S
L
 
Y
P
 
F
G
 
H
V
 
R
H
 
D
L
 
W
P
 
G
L
 
T
Y
 
Y
P
 
P
L
 
V
K
 
K
G
 
G
Y
 
E
S
 
V
L
 
V
T
 
A
V
 
V
P
 
R
I
 
S
G
 
R
A
 
K
E
 
Q
H
 
L
-
 
L
R
 
K
A
 
A
P
 
P
D
 
I
L
 
F
S
 
Q
I
 
-
T
 
-
D
 
-
Y
 
-
D
 
E
R
 
R
K
 
F
I
 
Y
V
 
I
Y
 
T
A
 
P
R
 
K
I
 
R
G
 
G
E
 
G
Q
 
R
L
 
Y
R
 
V
V
 
I
A
 
G
A
 
A
M
 
T
V
 
M
D
 
K
I
 
P
V
 
H
G
 
T
F
 
F
D
 
N
P
 
K
A
 
T
P
 
V
D
 
Q
P
 
P
K
 
E
R
 
S
L
 
I
A
 
T
L
 
S
I
 
I
K
 
L
R
 
E
Q
 
R
A
 
A
C
 
Y
D
 
T
T
 
I
F
 
L
P
 
P
N
 
A
A
 
L
G
 
K
T
 
E
Y
 
A
D
 
E
A
 
W
A
 
E
V
 
S
E
 
T
W
 
W
A
 
A
G
|
G
M
 
L
R
|
R
P
|
P
A
 
Q
T
 
S
P
 
N
S
 
H
G
 
E
V
 
A
P
 
P
L
 
Y
L
 
M
G
 
G
A
 
E
-
 
H
T
 
E
A
 
E
Y
 
I
R
 
K
N
 
G
L
 
L
W
 
Y
L
 
A
N
 
C
L
 
T
G
 
G
H
 
H
G
x
Y
A
x
R
L
x
N
G
|
G
F
x
I
T
 
L
L
 
L
A
 
S
C
 
P
G
 
I
S
 
S
A
 
G
R
 
Q
V
 
Y
L
 
M
S
 
A
E
 
D
L
 
L
I
 
I
-
 
E
-
 
G
G
 
K
Q
 
Q
R
 
E
N
 
N
P
 
H
S
 
L
I
 
L
D
 
D

Q9AGP8 Dimethylglycine oxidase; DMGO; EC 1.5.3.10 from Arthrobacter globiformis (see 2 papers)
26% identity, 59% coverage: 162:405/413 of query aligns to 115:385/830 of Q9AGP8

query
sites
Q9AGP8
Q
 
E
Q
 
G
Q
 
R
V
 
L
L
 
L
S
 
S
P
 
P
T
 
A
E
 
E
S
 
C
A
 
Q
R
 
E
L
 
L
E
 
Y
P
 
P
A
 
L
L
 
L
A
 
D
D
 
G
A
 
E
A
 
N
F
 
I
V
 
L
G
 
G
A
 
G
I
 
L
Y
 
H
T
 
V
P
 
P
D
 
S
E
 
D
E
 
G
V
 
L
G
 
A
D
 
S
C
 
A
H
 
A
A
 
R
F
 
A
C
 
V
Q
 
Q
Q
 
L
L
 
L
M
 
I
K
 
K
R
 
R
L
 
T
K
 
E
A
 
S
S
 
A
G
 
G
L
 
V
C
 
T
E
 
-
F
 
Y
R
 
R
L
 
G
G
 
S
R
 
T
A
 
T
V
|
V
T
 
T
G
 
G
I
 
I
R
 
E
H
 
Q
V
 
S
D
 
G
G
 
G
A
 
R
V
 
V
S
 
T
A
 
G
I
 
V
E
 
Q
L
 
T
A
 
A
D
 
D
E
 
G
V
 
V
L
 
I
P
 
P
V
 
A
E
 
D
Q
 
I
L
 
V
V
 
V
I
 
S
A
 
C
A
 
A
G
 
G
H
 
F
-
 
W
R
 
G
S
 
A
P
 
K
L
 
I
L
 
G
A
 
A
L
 
M
P
 
I
G
 
G
V
 
M
H
 
A
L
 
V
P
 
P
L
 
L
Y
 
L
P
 
P
L
 
L
-
 
A
K
x
H
G
 
Q
Y
 
Y
S
 
V
L
 
K
T
 
T
V
 
T
P
 
P
I
 
V
G
 
P
A
 
A
E
 
Q
H
 
Q
-
 
G
-
 
R
-
 
N
-
 
D
-
 
Q
-
 
P
-
 
N
-
 
G
-
 
A
R
 
R
A
 
L
P
 
P
D
 
I
L
 
L
S
 
R
I
 
H
T
 
Q
D
 
D
Y
 
Q
D
 
D
R
 
-
K
 
-
I
 
L
V
x
Y
Y
 
Y
A
 
R
R
 
E
I
 
H
G
 
G
E
 
D
Q
 
R
L
 
Y
R
 
G
V
 
I
A
 
G
A
 
S
M
 
Y
-
 
A
-
 
H
-
 
R
-
 
P
-
 
M
-
 
P
-
 
V
-
 
D
V
 
V
D
 
D
I
 
T
V
 
L
G
 
G
F
 
-
D
 
A
P
 
Y
A
 
A
P
 
P
D
 
E
-
 
T
-
 
V
-
 
S
-
 
E
-
 
H
-
 
H
-
 
M
P
 
P
K
 
S
R
 
R
L
 
L
A
 
D
L
 
F
I
 
T
K
 
L
R
 
E
Q
 
D
A
 
F
C
 
L
D
 
P
T
 
A
F
 
W
P
 
E
N
 
A
A
 
T
G
 
K
T
 
Q
Y
 
L
-
 
L
-
 
P
-
 
A
-
 
L
-
 
A
D
 
D
A
 
S
A
 
E
V
 
I
E
 
E
-
 
D
-
 
G
W
 
F
A
 
N
G
 
G
M
 
I
R
 
F
P
 
S
A
 
F
T
 
T
P
 
P
S
 
D
G
 
G
V
 
G
P
 
P
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
E
T
 
S
A
 
-
Y
 
-
R
 
K
N
 
E
L
 
L
W
 
D
L
 
G
N
 
F
L
 
Y
G
 
V
H
 
A
G
 
E
A
 
A
L
x
V
G
x
W
F
x
V
T
|
T
L
 
H
A
 
S
C
 
A
G
 
G
S
 
V
A
 
A
R
 
K
V
 
A
L
 
M
S
 
A
E
 
E
L
 
L
I
 
L
G
 
T
Q
 
T
R
 
G
N
 
R
P
 
S
S
 
E
I
 
T
D
 
D
L
 
L

Sites not aligning to the query:

3gsiA Crystal structure of d552a dimethylglycine oxidase mutant of arthrobacter globiformis in complex with tetrahydrofolate (see paper)
26% identity, 59% coverage: 162:405/413 of query aligns to 112:382/827 of 3gsiA

query
sites
3gsiA
Q
 
E
Q
 
G
Q
 
R
V
 
L
L
 
L
S
 
S
P
 
P
T
 
A
E
 
E
S
 
C
A
 
Q
R
 
E
L
 
L
E
 
Y
P
 
P
A
 
L
L
 
L
A
 
D
D
 
G
A
 
E
A
 
N
F
 
I
V
 
L
G
 
G
A
 
G
I
 
L
Y
 
H
T
 
V
P
 
P
D
 
S
E
 
D
E
 
G
V
 
L
G
 
A
D
 
S
C
 
A
H
 
A
A
 
R
F
 
A
C
 
V
Q
 
Q
Q
 
L
L
 
L
M
 
I
K
 
K
R
 
R
L
 
T
K
 
E
A
 
S
S
 
A
G
 
G
L
 
V
C
 
T
E
 
-
F
 
Y
R
 
R
L
 
G
G
 
S
R
 
T
A
x
T
V
|
V
T
 
T
G
 
G
I
 
I
R
 
E
H
 
Q
V
 
S
D
 
G
G
 
G
A
 
R
V
 
V
S
 
T
A
 
G
I
 
V
E
 
Q
L
 
T
A
 
A
D
 
D
E
 
G
V
 
V
L
 
I
P
 
P
V
 
A
E
 
D
Q
 
I
L
 
V
V
 
V
I
 
S
A
 
C
A
|
A
G
|
G
H
 
F
-
x
W
R
 
G
S
 
A
P
 
K
L
 
I
L
 
G
A
 
A
L
 
M
P
 
I
G
 
G
V
 
M
H
 
A
L
 
V
P
 
P
L
 
L
Y
 
L
P
 
P
L
 
L
-
 
A
K
x
H
G
 
Q
Y
 
Y
S
 
V
L
 
K
T
 
T
V
 
T
P
 
P
I
 
V
G
 
P
A
 
A
E
 
Q
H
 
Q
-
 
G
-
 
R
-
 
N
-
 
D
-
 
Q
-
 
P
-
 
N
-
 
G
-
 
A
R
 
R
A
 
L
P
 
P
D
 
I
L
 
L
S
 
R
I
 
H
T
 
Q
D
 
D
Y
 
Q
D
|
D
R
 
-
K
 
-
I
 
L
V
x
Y
Y
 
Y
A
 
R
R
 
E
I
 
H
G
 
G
E
 
D
Q
 
R
L
 
Y
R
 
G
V
 
I
A
 
G
A
 
S
M
 
Y
-
 
A
-
 
H
-
 
R
-
 
P
-
 
M
-
 
P
-
 
V
-
 
D
V
 
V
D
 
D
I
 
T
V
 
L
G
 
G
F
 
-
D
 
A
P
 
Y
A
 
A
P
 
P
D
 
E
-
 
T
-
 
V
-
 
S
-
 
E
-
 
H
-
 
H
-
 
M
P
 
P
K
 
S
R
 
R
L
 
L
A
 
D
L
 
F
I
 
T
K
 
L
R
 
E
Q
 
D
A
 
F
C
 
L
D
 
P
T
 
A
F
 
W
P
 
E
N
 
A
A
 
T
G
 
K
T
 
Q
Y
 
L
-
 
L
-
 
P
-
 
A
-
 
L
-
 
A
D
 
D
A
 
S
A
 
E
V
 
I
E
 
E
-
 
D
-
 
G
W
 
F
A
 
N
G
|
G
M
x
I
R
x
F
P
 
S
A
 
F
T
 
T
P
 
P
S
 
D
G
 
G
V
 
G
P
 
P
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
E
T
 
S
A
 
-
Y
 
-
R
 
K
N
 
E
L
 
L
W
 
D
L
 
G
N
 
F
L
 
Y
G
 
V
H
 
A
G
 
E
A
 
A
L
x
V
G
x
W
F
x
V
T
|
T
L
 
H
A
 
S
C
 
A
G
 
G
S
 
V
A
 
A
R
 
K
V
 
A
L
 
M
S
 
A
E
 
E
L
 
L
I
 
L
G
 
T
Q
 
T
R
 
G
N
 
R
P
 
S
S
 
E
I
 
T
D
 
D
L
 
L

Sites not aligning to the query:

1pj6A Crystal structure of dimethylglycine oxidase of arthrobacter globiformis in complex with folic acid (see paper)
26% identity, 59% coverage: 162:405/413 of query aligns to 113:383/828 of 1pj6A

query
sites
1pj6A
Q
 
E
Q
 
G
Q
 
R
V
 
L
L
 
L
S
 
S
P
 
P
T
 
A
E
 
E
S
 
C
A
 
Q
R
 
E
L
 
L
E
 
Y
P
 
P
A
 
L
L
 
L
A
 
D
D
 
G
A
 
E
A
 
N
F
 
I
V
 
L
G
 
G
A
 
G
I
 
L
Y
 
H
T
 
V
P
 
P
D
 
S
E
 
D
E
 
G
V
 
L
G
 
A
D
 
S
C
 
A
H
 
A
A
 
R
F
 
A
C
 
V
Q
 
Q
Q
 
L
L
 
L
M
 
I
K
 
K
R
 
R
L
 
T
K
 
E
A
 
S
S
 
A
G
 
G
L
 
V
C
 
T
E
 
-
F
 
Y
R
 
R
L
 
G
G
 
S
R
 
T
A
 
T
V
|
V
T
 
T
G
 
G
I
 
I
R
 
E
H
 
Q
V
 
S
D
 
G
G
 
G
A
 
R
V
 
V
S
 
T
A
 
G
I
 
V
E
 
Q
L
 
T
A
 
A
D
 
D
E
 
G
V
 
V
L
 
I
P
 
P
V
 
A
E
 
D
Q
 
I
L
 
V
V
 
V
I
 
S
A
 
C
A
|
A
G
|
G
H
 
F
-
x
W
R
 
G
S
 
A
P
 
K
L
 
I
L
 
G
A
 
A
L
 
M
P
 
I
G
 
G
V
 
M
H
 
A
L
 
V
P
 
P
L
 
L
Y
 
L
P
 
P
L
 
L
-
 
A
K
x
H
G
 
Q
Y
 
Y
S
 
V
L
 
K
T
 
T
V
 
T
P
 
P
I
 
V
G
 
P
A
 
A
E
 
Q
H
 
Q
-
 
G
-
 
R
-
 
N
-
 
D
-
 
Q
-
 
P
-
 
N
-
 
G
-
 
A
R
 
R
A
 
L
P
 
P
D
 
I
L
 
L
S
 
R
I
 
H
T
 
Q
D
 
D
Y
 
Q
D
 
D
R
 
-
K
 
-
I
 
L
V
x
Y
Y
 
Y
A
 
R
R
 
E
I
 
H
G
 
G
E
 
D
Q
 
R
L
 
Y
R
 
G
V
 
I
A
 
G
A
 
S
M
 
Y
-
 
A
-
 
H
-
 
R
-
 
P
-
 
M
-
 
P
-
 
V
-
 
D
V
 
V
D
 
D
I
 
T
V
 
L
G
 
G
F
 
-
D
 
A
P
 
Y
A
 
A
P
 
P
D
 
E
-
 
T
-
 
V
-
 
S
-
 
E
-
 
H
-
 
H
-
 
M
P
 
P
K
 
S
R
 
R
L
 
L
A
 
D
L
 
F
I
 
T
K
 
L
R
 
E
Q
 
D
A
 
F
C
 
L
D
 
P
T
 
A
F
 
W
P
 
E
N
 
A
A
 
T
G
 
K
T
 
Q
Y
 
L
-
 
L
-
 
P
-
 
A
-
 
L
-
 
A
D
 
D
A
 
S
A
 
E
V
 
I
E
 
E
-
 
D
-
 
G
W
 
F
A
 
N
G
|
G
M
x
I
R
 
F
P
 
S
A
 
F
T
 
T
P
 
P
S
 
D
G
 
G
V
 
G
P
 
P
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
E
T
 
S
A
 
-
Y
 
-
R
 
K
N
 
E
L
 
L
W
 
D
L
 
G
N
 
F
L
 
Y
G
 
V
H
 
A
G
 
E
A
 
A
L
x
V
G
x
W
F
x
V
T
|
T
L
 
H
A
 
S
C
 
A
G
 
G
S
 
V
A
 
A
R
 
K
V
 
A
L
 
M
S
 
A
E
 
E
L
 
L
I
 
L
G
 
T
Q
 
T
R
 
G
N
 
R
P
 
S
S
 
E
I
 
T
D
 
D
L
 
L

Sites not aligning to the query:

1pj7A Structure of dimethylglycine oxidase of arthrobacter globiformis in complex with folinic acid (see paper)
26% identity, 59% coverage: 162:405/413 of query aligns to 112:382/827 of 1pj7A

query
sites
1pj7A
Q
 
E
Q
 
G
Q
 
R
V
 
L
L
 
L
S
 
S
P
 
P
T
 
A
E
 
E
S
 
C
A
 
Q
R
 
E
L
 
L
E
 
Y
P
 
P
A
 
L
L
 
L
A
 
D
D
 
G
A
 
E
A
 
N
F
 
I
V
 
L
G
 
G
A
 
G
I
 
L
Y
 
H
T
 
V
P
 
P
D
 
S
E
 
D
E
 
G
V
 
L
G
 
A
D
 
S
C
 
A
H
 
A
A
 
R
F
 
A
C
 
V
Q
 
Q
Q
 
L
L
 
L
M
 
I
K
 
K
R
 
R
L
 
T
K
 
E
A
 
S
S
 
A
G
 
G
L
 
V
C
 
T
E
 
-
F
 
Y
R
 
R
L
 
G
G
 
S
R
 
T
A
x
T
V
|
V
T
 
T
G
 
G
I
 
I
R
 
E
H
 
Q
V
 
S
D
 
G
G
 
G
A
 
R
V
 
V
S
 
T
A
 
G
I
 
V
E
 
Q
L
 
T
A
 
A
D
 
D
E
 
G
V
 
V
L
 
I
P
 
P
V
 
A
E
 
D
Q
 
I
L
 
V
V
 
V
I
 
S
A
 
C
A
|
A
G
|
G
H
 
F
-
x
W
R
 
G
S
 
A
P
 
K
L
 
I
L
 
G
A
 
A
L
 
M
P
 
I
G
 
G
V
 
M
H
 
A
L
 
V
P
 
P
L
 
L
Y
 
L
P
 
P
L
 
L
-
 
A
K
x
H
G
 
Q
Y
 
Y
S
 
V
L
 
K
T
 
T
V
 
T
P
 
P
I
 
V
G
 
P
A
 
A
E
 
Q
H
 
Q
-
 
G
-
 
R
-
 
N
-
 
D
-
 
Q
-
 
P
-
 
N
-
 
G
-
 
A
R
 
R
A
 
L
P
 
P
D
 
I
L
 
L
S
 
R
I
 
H
T
 
Q
D
 
D
Y
 
Q
D
 
D
R
 
-
K
 
-
I
 
L
V
x
Y
Y
 
Y
A
 
R
R
 
E
I
 
H
G
 
G
E
 
D
Q
 
R
L
 
Y
R
 
G
V
 
I
A
 
G
A
 
S
M
 
Y
-
 
A
-
 
H
-
 
R
-
 
P
-
 
M
-
 
P
-
 
V
-
 
D
V
 
V
D
 
D
I
 
T
V
 
L
G
 
G
F
 
-
D
 
A
P
 
Y
A
 
A
P
 
P
D
 
E
-
 
T
-
 
V
-
 
S
-
 
E
-
 
H
-
 
H
-
 
M
P
 
P
K
 
S
R
 
R
L
 
L
A
 
D
L
 
F
I
 
T
K
 
L
R
 
E
Q
 
D
A
 
F
C
 
L
D
 
P
T
 
A
F
 
W
P
 
E
N
 
A
A
 
T
G
 
K
T
 
Q
Y
 
L
-
 
L
-
 
P
-
 
A
-
 
L
-
 
A
D
 
D
A
 
S
A
 
E
V
 
I
E
 
E
-
 
D
-
 
G
W
 
F
A
 
N
G
 
G
M
x
I
R
 
F
P
 
S
A
 
F
T
 
T
P
 
P
S
 
D
G
 
G
V
 
G
P
 
P
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
E
T
 
S
A
 
-
Y
 
-
R
 
K
N
 
E
L
 
L
W
 
D
L
 
G
N
 
F
L
 
Y
G
 
V
H
 
A
G
 
E
A
 
A
L
x
V
G
x
W
F
x
V
T
|
T
L
 
H
A
 
S
C
 
A
G
 
G
S
 
V
A
 
A
R
 
K
V
 
A
L
 
M
S
 
A
E
 
E
L
 
L
I
 
L
G
 
T
Q
 
T
R
 
G
N
 
R
P
 
S
S
 
E
I
 
T
D
 
D
L
 
L

Sites not aligning to the query:

Q5L2C2 Glycine oxidase; GO; GOX; GOXK; EC 1.4.3.19 from Geobacillus kaustophilus (strain HTA426)
25% identity, 60% coverage: 164:409/413 of query aligns to 123:366/377 of Q5L2C2

query
sites
Q5L2C2
Q
 
Q
V
 
W
L
 
L
S
 
T
P
 
K
T
 
G
E
 
E
S
 
A
A
 
L
R
 
E
L
 
M
E
 
E
P
 
P
A
 
R
L
 
L
A
 
A
D
 
A
A
 
E
A
 
A
F
 
L
V
 
A
G
 
G
A
 
A
I
 
M
Y
 
Y
T
 
I
P
 
P
D
 
G
E
 
D
E
 
G
V
 
Q
G
 
V
D
 
S
C
 
A
H
 
P
A
 
D
F
 
L
C
 
A
Q
 
A
Q
 
A
L
 
L
M
 
A
K
 
Y
R
 
A
L
 
A
K
 
A
A
 
S
S
 
A
G
 
G
L
 
A
C
 
C
E
 
L
F
 
Y
R
 
E
L
 
Y
G
 
T
R
 
E
A
 
-
V
|
V
T
 
F
G
 
D
I
 
I
R
 
R
H
 
S
V
 
-
D
 
D
G
 
S
A
 
S
V
 
G
S
 
H
A
 
V
I
 
L
E
 
D
L
 
T
A
 
T
D
 
G
E
 
G
V
 
T
L
 
F
P
 
A
V
 
A
E
 
E
Q
 
A
L
 
V
V
 
V
I
 
I
A
 
A
A
 
S
G
 
G
H
 
A
R
 
W
S
 
A
P
 
A
L
 
R
L
 
L
-
 
G
A
 
A
L
 
R
P
 
V
G
 
G
V
 
L
H
 
S
L
 
L
P
 
S
L
 
V
Y
 
Y
P
 
P
L
 
V
K
 
K
G
 
G
Y
 
E
S
 
C
L
 
V
T
 
M
V
 
V
-
 
R
-
 
A
P
 
P
I
 
V
G
 
-
A
 
-
E
 
-
H
 
-
R
 
-
A
 
-
P
 
P
D
 
L
L
 
L
S
 
Q
I
 
T
T
 
T
D
 
V
Y
 
F
D
 
A
R
 
K
K
 
N
I
 
G
V
 
C
Y
 
Y
A
 
I
-
 
V
-
 
P
R
 
K
I
 
S
G
 
G
E
 
N
Q
 
R
L
 
L
R
 
L
V
 
I
A
 
G
A
 
A
M
 
T
V
 
S
D
 
T
I
 
P
V
 
G
G
 
T
F
 
F
D
 
D
P
 
R
A
 
R
P
 
V
D
 
S
P
 
A
K
 
G
R
 
G
L
 
V
A
 
M
L
 
N
I
 
L
K
 
L
R
 
H
Q
 
R
A
 
A
C
 
A
D
 
H
T
 
L
F
 
V
P
 
P
N
 
D
A
 
I
G
 
E
T
 
Q
Y
 
A
D
 
E
A
 
W
A
 
V
V
 
A
E
 
S
W
 
W
A
 
S
G
 
G
M
 
I
R
|
R
P
 
P
A
 
Q
T
 
T
P
 
E
S
 
D
G
 
G
V
 
L
P
 
P
L
 
Y
L
 
L
G
 
G
A
 
E
T
 
H
-
 
P
A
 
E
Y
 
R
R
 
R
N
 
G
L
 
L
W
 
F
L
 
V
N
 
A
L
 
A
G
 
G
H
|
H
G
x
Y
A
x
R
L
x
N
G
|
G
F
x
I
T
x
L
L
 
L
A
 
S
C
 
P
G
 
L
S
 
T
A
 
G
R
 
L
V
 
L
L
 
V
S
 
A
E
 
D
L
 
L
I
 
V
G
 
E
Q
 
R
R
 
K
N
 
E
P
 
T
S
 
A
I
 
F
D
 
D
L
 
L
Q
 
A
G
 
P
F
 
F
T
 
S

Sites not aligning to the query:

4yshA Crystal structure of glycine oxidase from geobacillus kaustophilus
25% identity, 60% coverage: 164:409/413 of query aligns to 122:364/370 of 4yshA

query
sites
4yshA
Q
 
Q
V
 
W
L
 
L
S
 
T
P
 
K
T
 
G
E
 
E
S
 
A
A
 
L
R
 
E
L
 
M
E
 
E
P
 
P
A
 
R
L
 
L
A
 
A
D
 
E
A
 
A
A
 
-
F
 
L
V
 
A
G
 
G
A
 
A
I
 
M
Y
 
Y
T
 
I
P
 
P
D
 
G
E
 
D
E
 
G
V
 
Q
G
 
V
D
 
S
C
 
A
H
 
P
A
 
D
F
 
L
C
 
A
Q
 
A
Q
 
A
L
 
L
M
 
A
K
 
Y
R
 
A
L
 
A
K
 
A
A
 
S
S
 
A
G
 
G
L
 
A
C
 
C
E
 
L
F
 
Y
R
 
E
L
 
Y
G
 
T
R
 
E
A
 
-
V
|
V
T
 
F
G
 
D
I
 
I
R
 
R
H
 
S
V
 
-
D
 
D
G
 
S
A
 
S
V
 
G
S
 
H
A
 
V
I
 
L
E
 
D
L
 
T
A
 
T
D
 
G
E
 
G
V
 
T
L
 
F
P
 
A
V
 
A
E
 
E
Q
 
A
L
 
V
V
 
V
I
 
I
A
 
A
A
x
S
G
|
G
H
 
A
R
x
W
S
 
A
P
 
A
L
 
R
L
 
L
-
 
G
A
 
A
L
 
R
P
 
V
G
 
G
V
 
L
H
 
S
L
 
L
P
 
S
L
 
V
Y
 
Y
P
 
P
L
 
V
K
 
K
G
 
G
Y
 
E
S
 
C
L
 
V
T
 
M
V
 
V
-
 
R
-
 
A
P
 
P
I
 
V
G
 
-
A
 
-
E
 
-
H
 
-
R
 
-
A
 
-
P
 
P
D
 
L
L
 
L
S
 
Q
I
 
T
T
 
T
D
 
V
Y
 
F
D
 
A
R
 
K
K
 
N
I
 
G
V
 
C
Y
 
Y
A
 
I
-
 
V
-
 
P
R
 
K
I
 
S
G
 
G
E
 
N
Q
 
R
L
 
L
R
 
L
V
x
I
A
 
G
A
 
A
M
 
T
V
 
S
D
 
T
I
 
P
V
 
G
G
 
T
F
 
F
D
 
D
P
 
R
A
 
R
P
 
V
D
 
S
P
 
A
K
 
G
R
 
G
L
 
V
A
 
M
L
 
N
I
x
L
K
 
L
R
 
H
Q
 
R
A
 
A
C
 
A
D
 
H
T
 
L
F
 
V
P
 
P
N
 
D
A
 
I
G
 
E
T
 
Q
Y
 
A
D
 
E
A
 
W
A
 
V
V
 
A
E
 
S
W
 
W
A
 
S
G
|
G
M
 
I
R
|
R
P
 
P
A
 
Q
T
 
T
P
 
E
S
 
D
G
 
G
V
 
L
P
 
P
L
 
Y
L
 
L
G
 
G
A
 
E
T
 
H
-
 
P
A
 
E
Y
 
R
R
 
R
N
 
G
L
 
L
W
 
F
L
 
V
N
 
A
L
 
A
G
 
G
H
|
H
G
 
Y
A
x
R
L
x
N
G
|
G
F
x
I
T
x
L
L
 
L
A
 
S
C
 
P
G
 
L
S
 
T
A
 
G
R
 
L
V
 
L
L
 
V
S
 
A
E
 
D
L
 
L
I
 
V
G
 
E
Q
 
R
R
 
K
N
 
E
P
 
T
S
 
A
I
 
F
D
 
D
L
 
L
Q
 
A
G
 
P
F
 
F
T
 
S

Sites not aligning to the query:

4yshB Crystal structure of glycine oxidase from geobacillus kaustophilus
25% identity, 60% coverage: 164:409/413 of query aligns to 122:364/368 of 4yshB

query
sites
4yshB
Q
 
Q
V
 
W
L
 
L
S
 
T
P
 
K
T
 
G
E
 
E
S
 
A
A
 
L
R
 
E
L
 
M
E
 
E
P
 
P
A
 
R
L
 
L
A
 
A
D
 
E
A
 
A
A
 
-
F
 
L
V
 
A
G
 
G
A
 
A
I
 
M
Y
 
Y
T
 
I
P
 
P
D
 
G
E
 
D
E
 
G
V
 
Q
G
 
V
D
 
S
C
 
A
H
 
P
A
 
D
F
 
L
C
 
A
Q
 
A
Q
 
A
L
 
L
M
 
A
K
 
Y
R
 
A
L
 
A
K
 
A
A
 
S
S
 
A
G
 
G
L
 
A
C
 
C
E
 
L
F
 
Y
R
 
E
L
 
Y
G
 
T
R
 
E
A
 
-
V
|
V
T
 
F
G
 
D
I
 
I
R
 
R
H
 
S
V
 
-
D
 
D
G
 
S
A
 
S
V
 
G
S
 
H
A
 
V
I
 
L
E
 
D
L
 
T
A
 
T
D
 
G
E
 
G
V
 
T
L
 
F
P
 
A
V
 
A
E
 
E
Q
 
A
L
 
V
V
 
V
I
 
I
A
 
A
A
x
S
G
 
G
H
 
A
R
x
W
S
 
A
P
 
A
L
 
R
L
 
L
-
 
G
A
 
A
L
 
R
P
 
V
G
 
G
V
 
L
H
 
S
L
 
L
P
 
S
L
 
V
Y
 
Y
P
 
P
L
 
V
K
 
K
G
 
G
Y
 
E
S
 
C
L
 
V
T
 
M
V
 
V
-
 
R
-
 
A
P
 
P
I
 
V
G
 
-
A
 
-
E
 
-
H
 
-
R
 
-
A
 
-
P
 
P
D
 
L
L
 
L
S
 
Q
I
 
T
T
 
T
D
 
V
Y
 
F
D
 
A
R
 
K
K
 
N
I
x
G
V
 
C
Y
|
Y
A
 
I
-
 
V
-
 
P
R
 
K
I
 
S
G
 
G
E
 
N
Q
 
R
L
 
L
R
 
L
V
x
I
A
 
G
A
|
A
M
 
T
V
 
S
D
 
T
I
 
P
V
 
G
G
 
T
F
 
F
D
 
D
P
 
R
A
 
R
P
 
V
D
 
S
P
 
A
K
 
G
R
 
G
L
 
V
A
 
M
L
 
N
I
x
L
K
 
L
R
 
H
Q
 
R
A
 
A
C
 
A
D
 
H
T
 
L
F
 
V
P
 
P
N
 
D
A
 
I
G
 
E
T
 
Q
Y
 
A
D
 
E
A
 
W
A
 
V
V
 
A
E
 
S
W
 
W
A
 
S
G
|
G
M
 
I
R
|
R
P
 
P
A
 
Q
T
 
T
P
 
E
S
 
D
G
 
G
V
 
L
P
 
P
L
 
Y
L
 
L
G
 
G
A
 
E
T
 
H
-
 
P
A
 
E
Y
 
R
R
 
R
N
 
G
L
 
L
W
 
F
L
 
V
N
 
A
L
 
A
G
 
G
H
|
H
G
 
Y
A
x
R
L
x
N
G
|
G
F
x
I
T
x
L
L
 
L
A
 
S
C
 
P
G
 
L
S
 
T
A
 
G
R
 
L
V
 
L
L
 
V
S
 
A
E
 
D
L
 
L
I
 
V
G
 
E
Q
 
R
R
 
K
N
 
E
P
 
T
S
 
A
I
 
F
D
 
D
L
 
L
Q
 
A
G
 
P
F
 
F
T
 
S

Sites not aligning to the query:

6j39A Crystal structure of cmis2 with inhibitor (see paper)
30% identity, 38% coverage: 245:403/413 of query aligns to 197:359/368 of 6j39A

query
sites
6j39A
E
 
D
Q
 
R
L
 
V
V
 
V
I
 
L
A
 
S
A
|
A
G
 
G
-
 
C
-
x
W
-
 
T
H
 
H
R
 
R
S
 
-
P
 
-
L
 
L
L
 
A
A
 
G
L
 
L
P
 
P
G
 
A
V
 
G
H
 
A
L
 
V
P
 
P
-
 
E
L
 
I
Y
 
A
P
 
P
L
 
A
K
 
K
G
 
G
Y
 
Q
S
x
I
L
 
L
T
 
R
V
 
L
P
 
R
I
 
S
G
 
A
A
 
A
E
 
P
H
 
F
-
 
L
R
 
R
A
 
R
P
 
A
D
 
T
L
x
R
S
 
A
I
 
V
T
 
T
D
 
R
Y
 
G
D
 
S
R
 
G
K
 
V
I
x
Y
V
 
L
Y
 
V
A
 
P
R
 
R
I
 
T
G
 
D
E
 
G
Q
 
E
L
 
L
R
 
V
V
 
V
A
 
G
A
 
A
M
 
T
V
x
Y
D
 
E
I
 
E
V
 
R
G
 
D
F
 
Y
D
 
D
P
 
T
A
 
T
P
 
V
D
 
T
P
 
A
K
 
G
R
 
G
L
 
V
A
 
A
L
 
E
I
 
L
K
 
L
R
 
G
Q
 
K
A
 
V
C
 
L
D
 
A
T
 
V
F
 
L
P
 
P
N
 
G
A
 
A
G
 
A
T
 
E
Y
 
L
D
 
E
A
 
L
A
 
A
V
 
E
E
 
T
W
 
A
A
 
A
G
 
G
M
 
L
R
|
R
P
 
P
A
 
G
T
 
S
P
 
P
S
 
D
G
 
G
V
 
L
P
 
P
L
 
V
L
 
L
G
 
G
A
 
W
T
 
T
A
 
A
Y
 
V
R
 
P
N
 
N
L
 
L
W
 
L
L
 
V
N
 
A
L
 
T
G
 
G
H
 
H
G
x
S
A
x
R
L
x
I
G
|
G
F
x
V
T
x
Q
L
 
L
A
 
A
C
 
P
G
 
I
S
 
T
A
 
A
R
 
D
V
 
V
L
 
M
S
 
G
E
 
E
-
 
M
L
 
L
I
 
V
G
 
T
Q
 
G
R
 
R
N
 
T
P
 
P
S
 
E
I
 
V

Sites not aligning to the query:

6j38A Crystal structure of cmis2 (see paper)
30% identity, 38% coverage: 245:403/413 of query aligns to 197:359/368 of 6j38A

query
sites
6j38A
E
 
D
Q
 
R
L
 
V
V
 
V
I
 
L
A
 
S
A
|
A
G
 
G
-
 
C
-
x
W
-
 
T
H
 
H
R
 
R
S
 
-
P
 
-
L
 
L
L
 
A
A
 
G
L
 
L
P
 
P
G
 
A
V
 
G
H
 
A
L
 
V
P
 
P
-
 
E
L
 
I
Y
 
A
P
 
P
L
 
A
K
 
K
G
|
G
Y
 
Q
S
 
I
L
 
L
T
 
R
V
 
L
P
 
R
I
 
S
G
 
A
A
 
A
E
 
P
H
 
F
-
 
L
R
 
R
A
 
R
P
 
A
D
 
T
L
 
R
S
 
A
I
 
V
T
 
T
D
 
R
Y
 
G
D
 
S
R
 
G
K
 
V
I
 
Y
V
 
L
Y
 
V
A
 
P
R
 
R
I
 
T
G
 
D
E
 
G
Q
 
E
L
 
L
R
 
V
V
 
V
A
 
G
A
 
A
M
 
T
V
 
Y
D
 
E
I
 
E
V
 
R
G
 
D
F
 
Y
D
 
D
P
 
T
A
 
T
P
 
V
D
 
T
P
 
A
K
 
G
R
 
G
L
 
V
A
 
A
L
 
E
I
 
L
K
 
L
R
 
G
Q
 
K
A
 
V
C
 
L
D
 
A
T
 
V
F
 
L
P
 
P
N
 
G
A
 
A
G
 
A
T
 
E
Y
 
L
D
 
E
A
 
L
A
 
A
V
 
E
E
 
T
W
 
A
A
 
A
G
|
G
M
 
L
R
|
R
P
 
P
A
 
G
T
 
S
P
 
P
S
 
D
G
 
G
V
 
L
P
 
P
L
 
V
L
 
L
G
 
G
A
 
W
T
 
T
A
 
A
Y
 
V
R
 
P
N
 
N
L
 
L
W
 
L
L
 
V
N
 
A
L
 
T
G
 
G
H
 
H
G
x
S
A
x
R
L
x
I
G
|
G
F
x
V
T
x
Q
L
 
L
A
 
A
C
 
P
G
 
I
S
 
T
A
 
A
R
 
D
V
 
V
L
 
M
S
 
G
E
 
E
-
 
M
L
 
L
I
 
V
G
 
T
Q
 
G
R
 
R
N
 
T
P
 
P
S
 
E
I
 
V

Sites not aligning to the query:

4x9mA Oxidized l-alpha-glycerophosphate oxidase from mycoplasma pneumoniae with fad bound (see paper)
53% identity, 10% coverage: 5:47/413 of query aligns to 6:48/384 of 4x9mA

query
sites
4x9mA
V
 
V
C
 
L
I
 
I
I
 
V
G
|
G
G
 
G
G
|
G
V
 
V
I
|
I
G
 
G
L
 
C
T
 
A
T
 
T
A
 
A
Y
 
Y
A
 
E
L
 
L
V
 
S
R
 
Q
D
 
Y
G
 
K
F
 
L
E
 
K
V
 
V
T
 
T
V
 
L
V
 
V
E
|
E
A
x
K
R
 
H
D
 
H
S
 
Y
L
 
L
G
 
A
S
 
Q
E
|
E
T
|
T
S
|
S
F
 
H
A
|
A
N
|
N
G
x
S
G
 
G

Sites not aligning to the query:

P75063 Glycerol 3-phosphate oxidase; GlpO; L-alpha-glycerophosphate oxidase; EC 1.1.3.21 from Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129 / Subtype 1) (Mycoplasmoides pneumoniae) (see paper)
53% identity, 10% coverage: 5:47/413 of query aligns to 6:48/384 of P75063

query
sites
P75063
V
 
V
C
 
L
I
 
I
I
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
V
 
V
I
|
I
G
 
G
L
 
C
T
 
A
T
 
T
A
 
A
Y
 
Y
A
 
E
L
 
L
V
 
S
R
 
Q
D
 
Y
G
 
K
F
 
L
E
 
K
V
 
V
T
 
T
V
 
L
V
 
V
E
|
E
A
 
K
R
 
H
D
 
H
S
 
Y
L
 
L
G
 
A
S
 
Q
E
 
E
T
|
T
S
|
S
F
 
H
A
 
A
N
 
N
G
x
S
G
|
G

Sites not aligning to the query:

S5FMM4 Glycine oxidase; GO; BliGO; EC 1.4.3.19 from Bacillus licheniformis (see paper)
26% identity, 56% coverage: 166:396/413 of query aligns to 120:346/369 of S5FMM4

query
sites
S5FMM4
L
 
L
S
 
E
P
 
A
T
 
D
E
 
E
S
 
V
A
 
Y
R
 
K
L
 
L
E
 
E
P
 
P
A
 
N
L
 
-
A
 
A
D
 
G
A
 
K
A
 
G
F
 
I
V
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
N
Y
 
F
T
 
I
P
 
R
D
 
D
E
 
D
E
 
V
V
 
H
G
 
V
D
 
E
C
 
P
H
 
A
A
 
A
F
 
V
C
 
C
Q
 
R
Q
 
A
L
 
F
M
 
A
K
 
R
R
 
G
L
 
A
K
 
R
A
 
M
S
 
L
G
 
G
L
 
A
C
 
D
E
 
V
F
 
F
R
 
E
L
 
Y
G
 
-
R
 
T
A
 
P
V
 
V
T
 
L
G
 
S
I
 
I
R
 
E
H
 
S
V
 
E
D
 
A
G
 
G
A
 
A
V
 
V
S
 
R
A
 
-
I
 
V
E
 
T
L
 
S
A
 
A
D
 
S
E
 
G
V
 
T
L
 
A
P
 
E
V
 
A
E
 
E
Q
 
H
L
 
A
V
 
V
I
 
I
A
 
A
A
x
S
G
 
G
H
 
V
R
 
W
S
 
S
-
 
G
P
 
A
L
 
L
L
 
F
A
 
K
L
 
Q
P
 
I
G
 
G
V
 
L
H
 
D
L
 
K
P
 
R
L
 
F
Y
 
Y
P
 
P
L
 
V
K
 
K
G
 
G
Y
 
E
S
 
C
L
 
L
T
 
S
V
 
V
P
 
-
I
 
-
G
 
-
A
 
-
E
 
W
H
 
N
R
 
D
A
 
G
P
 
I
D
 
S
L
 
L
S
 
T
I
 
R
T
 
T
D
 
L
Y
 
Y
-
 
H
D
 
D
R
 
H
K
 
C
I
 
Y
V
 
I
Y
 
V
A
 
P
R
 
R
I
 
H
G
 
S
E
 
G
Q
 
R
L
 
L
R
 
V
V
 
V
A
 
G
A
 
A
M
 
T
V
 
M
D
 
K
I
 
P
V
 
G
G
 
D
F
 
W
D
 
N
P
 
E
A
 
Q
P
 
P
D
 
E
P
 
L
K
 
G
R
 
G
L
 
I
A
 
E
L
 
E
I
 
L
K
 
I
R
 
R
Q
 
K
A
 
A
C
 
K
D
 
S
T
 
M
F
 
L
P
 
P
N
 
G
A
 
I
G
 
E
T
 
S
Y
 
M
D
 
K
A
 
I
A
 
D
V
 
Q
E
 
C
W
 
W
A
 
A
G
 
G
M
 
L
R
 
R
P
 
P
A
 
E
T
 
T
P
 
G
S
 
D
G
 
G
V
 
N
P
 
P
L
 
Y
L
 
I
G
 
G
A
 
R
T
 
H
A
 
P
Y
 
E
R
 
N
N
 
D
-
 
R
L
 
I
W
 
L
L
 
F
N
 
A
L
 
A
G
 
G
H
 
H
G
 
F
A
 
R
L
 
N
G
 
G
F
x
I
T
 
L
L
 
L
A
 
A
C
 
P
G
 
A
S
 
T
A
 
G
R
 
E
V
 
M
L
x
M
S
 
A
E
 
D
L
 
M
I
 
I

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>AO353_08065 FitnessBrowser__pseudo3_N2E3:AO353_08065
MAQRVCIIGGGVIGLTTAYALVRDGFEVTVVEARDSLGSETSFANGGQLSYRYVAPLADA
GVPLQAIGWMLRGDSPLKLRMRFDPAQWRWMASFLGACRTSVNRQNAAHLLRLALLSQTT
LQGWREEDSLDGFNWRRNGKLVTFRQAASFEHARNSLVDPQQQQVLSPTESARLEPALAD
AAFVGAIYTPDEEVGDCHAFCQQLMKRLKASGLCEFRLGRAVTGIRHVDGAVSAIELADE
VLPVEQLVIAAGHRSPLLALPGVHLPLYPLKGYSLTVPIGAEHRAPDLSITDYDRKIVYA
RIGEQLRVAAMVDIVGFDPAPDPKRLALIKRQACDTFPNAGTYDAAVEWAGMRPATPSGV
PLLGATAYRNLWLNLGHGALGFTLACGSARVLSELIGQRNPSIDLQGFTHRAA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory