SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing AO353_10880 FitnessBrowser__pseudo3_N2E3:AO353_10880 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 13 hits to proteins with known functional sites (download)

4qhqA The structure of a nutrient binding protein from burkholderia cenocepacia bound to methionine
49% identity, 92% coverage: 22:257/257 of query aligns to 2:241/241 of 4qhqA

query
sites
4qhqA
L
 
I
T
 
K
V
 
V
A
 
G
A
 
T
T
 
V
P
 
A
V
 
G
P
 
P
H
 
D
A
 
S
E
 
E
I
 
V
L
 
W
E
 
Q
F
 
V
V
 
V
-
 
Q
K
 
K
P
 
V
A
 
A
L
 
K
A
 
E
K
 
K
E
 
E
G
 
G
V
 
L
D
 
N
L
 
V
K
 
K
V
 
V
K
 
I
V
 
E
F
 
F
T
 
N
D
 
D
Y
|
Y
V
 
V
Q
 
Q
P
 
P
N
 
N
V
 
A
Q
 
A
V
 
L
A
 
D
E
 
S
K
 
G
R
 
D
L
 
L
D
 
D
A
 
A
N
 
N
F
 
S
F
|
F
Q
|
Q
H
|
H
Q
 
Q
P
 
P
Y
|
Y
L
 
L
D
 
D
E
 
S
F
 
Q
N
 
V
K
 
K
A
 
Q
K
 
R
G
 
G
T
 
Y
H
 
K
L
 
I
V
 
V
S
 
S
V
 
A
A
 
G
G
 
L
V
 
T
H
 
Y
L
 
I
E
x
S
P
 
P
L
 
I
G
 
G
A
 
V
Y
 
Y
S
 
S
N
 
K
K
 
K
Y
 
F
K
 
K
T
 
S
L
 
L
A
 
K
E
 
D
L
 
L
P
 
P
G
 
Q
G
 
G
A
 
A
N
 
K
V
 
L
V
 
A
I
 
V
P
 
P
N
 
N
D
 
D
A
 
P
T
 
S
N
|
N
G
 
E
G
 
N
R
|
R
A
 
A
L
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
E
 
Q
K
 
T
A
 
Q
G
 
G
L
 
V
I
 
I
K
 
K
L
 
L
K
 
K
-
 
A
-
 
G
-
 
A
D
 
G
S
 
T
K
 
G
N
 
G
I
 
N
L
 
N
S
 
A
T
 
T
V
 
V
K
 
L
D
 
D
I
 
I
T
 
A
E
 
E
N
 
N
T
 
P
K
 
K
D
 
K
L
 
L
K
 
K
F
 
I
R
 
S
E
 
E
L
 
L
E
 
D
A
 
A
A
 
A
T
 
Q
I
 
L
P
 
P
R
 
R
V
 
V
L
 
L
T
 
S
Q
 
D
V
 
V
D
 
D
L
 
A
A
 
A
L
 
V
I
 
I
N
|
N
T
 
T
N
|
N
Y
 
Y
A
 
A
L
 
L
E
 
A
A
 
A
K
 
N
L
 
L
D
 
Q
P
 
P
S
 
T
K
 
K
D
 
D
A
 
A
L
 
I
V
 
A
I
 
L
E
 
E
G
 
S
K
 
L
D
 
T
S
 
S
P
 
P
Y
 
Y
V
 
A
N
|
N
I
 
L
L
 
I
V
 
A
A
 
V
R
 
R
A
 
A
D
 
K
D
 
D
K
 
K
D
 
D
S
 
Q
D
 
P
A
 
W
M
 
V
K
 
K
K
 
K
L
 
L
V
 
V
A
 
K
A
 
A
L
 
Y
H
 
Q
S
 
S
P
 
P
E
 
E
V
 
V
K
 
K
A
 
E
F
 
F
I
 
I
L
 
K
E
 
K
K
 
Q
Y
 
F
K
 
K
G
 
G
A
 
S
V
 
M
L
 
V
P
 
A
A
 
S
F
 
F

4ib2A Crystal structure of a putative lipoprotein (rumgna_00858) from ruminococcus gnavus atcc 29149 at 1.76 a resolution
47% identity, 94% coverage: 15:255/257 of query aligns to 1:245/247 of 4ib2A

query
sites
4ib2A
S
 
S
A
 
S
Q
 
E
A
 
D
A
 
A
E
 
K
T
 
T
L
 
I
T
 
K
V
 
V
A
 
A
A
 
A
T
 
S
P
 
A
V
 
T
P
 
P
H
|
H
A
 
A
E
 
E
I
 
I
L
 
L
E
 
E
F
 
Q
V
 
A
K
 
K
P
 
S
A
 
I
L
 
L
A
 
K
K
 
K
E
 
E
G
 
G
V
 
Y
D
 
Q
L
 
L
K
 
E
V
 
V
K
 
T
V
 
V
F
 
F
T
 
D
D
 
D
Y
|
Y
V
 
V
Q
 
Q
P
 
P
N
 
N
V
 
E
Q
 
V
V
 
V
A
 
E
E
 
S
K
 
G
R
 
E
L
 
F
D
 
D
A
 
A
N
 
N
F
 
Y
F
|
F
Q
|
Q
H
|
H
Q
 
V
P
 
P
Y
|
Y
L
 
L
D
 
E
E
 
S
F
 
F
N
 
N
K
 
E
A
 
E
K
 
K
G
 
G
T
 
T
H
 
H
L
 
L
V
 
V
S
 
D
V
 
A
A
 
G
G
 
D
V
 
I
H
 
H
L
 
Y
E
|
E
P
 
P
L
 
F
G
 
G
A
 
I
Y
 
Y
S
 
P
N
 
G
K
 
T
Y
 
K
K
 
K
T
 
S
L
 
L
A
 
D
E
 
E
L
 
I
P
 
S
G
 
E
G
 
G
A
 
D
N
 
K
V
 
I
V
 
A
I
 
V
P
 
P
N
 
N
D
 
D
A
 
T
T
 
T
N
|
N
G
 
E
G
 
A
R
|
R
A
 
A
L
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
E
 
Q
K
 
D
A
 
N
G
 
G
L
 
I
I
 
I
K
 
T
L
 
L
K
 
K
D
 
D
S
 
G
K
 
A
N
 
G
I
 
L
L
 
N
S
 
A
T
 
T
V
 
V
K
 
N
D
 
D
I
 
I
T
 
E
E
 
E
N
 
N
T
 
P
K
 
Y
D
 
N
L
 
V
K
 
E
F
 
I
R
 
V
E
 
E
L
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
A
T
 
Q
I
 
V
P
 
A
R
 
R
V
 
V
L
 
T
T
 
G
Q
 
E
V
 
T
D
 
A
L
 
Y
A
 
V
L
 
V
I
 
L
N
|
N
T
 
G
N
|
N
Y
 
Y
A
 
A
L
 
L
E
 
E
A
 
A
K
 
G
L
 
Y
D
 
S
P
 
V
S
 
A
K
 
K
D
 
D
A
 
A
L
 
L
V
 
A
I
 
Y
E
 
E
G
 
K
K
 
S
D
 
D
S
 
S
P
 
E
-
 
A
-
 
A
-
 
K
-
 
T
Y
 
Y
V
 
V
N
|
N
I
 
I
L
 
I
V
 
A
A
 
V
R
 
K
A
 
E
D
 
G
D
 
N
K
 
E
D
 
K
S
 
E
D
 
E
A
 
K
M
 
I
K
 
Q
K
 
A
L
 
L
V
 
V
A
 
K
A
 
A
L
 
L
H
 
K
S
 
S
P
 
D
E
 
E
V
 
I
K
 
K
A
 
E
F
 
Y
I
 
I
L
 
E
E
 
K
K
 
T
Y
 
Y
K
 
D
G
 
G
A
 
A
V
 
V
L
 
I
P
 
P

4yahX Crystal structure of the methionine binding protein, metq (see paper)
50% identity, 79% coverage: 39:241/257 of query aligns to 23:227/245 of 4yahX

query
sites
4yahX
K
 
K
P
 
V
A
 
A
L
 
K
A
 
D
K
 
K
E
 
Y
G
 
G
V
 
L
D
 
D
L
 
V
K
 
E
V
 
L
K
 
V
V
 
T
F
 
F
T
 
N
D
 
D
Y
|
Y
V
 
V
Q
 
L
P
 
P
N
 
N
V
 
E
Q
 
A
V
 
L
A
 
S
E
 
K
K
 
G
R
 
D
L
 
I
D
 
D
A
 
A
N
 
N
F
 
A
F
|
F
Q
|
Q
H
|
H
Q
 
K
P
 
P
Y
|
Y
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
F
 
Q
N
 
L
K
 
K
A
 
D
K
 
R
G
 
G
T
 
Y
H
 
K
L
 
L
V
 
V
S
 
A
V
 
V
A
 
G
G
 
N
V
 
T
H
 
F
L
 
V
E
x
Y
P
 
P
L
 
I
G
 
A
A
 
G
Y
 
Y
S
 
S
N
 
K
K
 
K
Y
 
I
K
 
K
T
 
S
L
 
L
A
 
D
E
 
E
L
 
L
P
 
Q
G
 
D
G
 
G
A
 
S
N
 
Q
V
 
V
V
 
A
I
 
V
P
 
P
N
 
N
D
 
D
A
 
P
T
 
T
N
|
N
G
 
L
G
 
G
R
|
R
A
 
S
L
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
E
 
Q
K
 
K
A
 
V
G
 
G
L
 
L
I
 
I
K
 
K
L
 
L
K
 
K
D
 
D
S
 
G
K
 
V
N
 
G
I
 
L
L
 
L
S
 
P
T
 
T
V
 
V
K
 
L
D
 
D
I
 
V
T
 
V
E
 
E
N
 
N
T
 
P
K
 
K
D
 
N
L
 
L
K
 
K
F
 
I
R
 
V
E
 
E
L
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
P
T
 
Q
I
 
L
P
 
P
R
 
R
V
 
S
L
 
L
-
 
D
-
 
D
T
 
A
Q
 
Q
V
 
I
D
 
A
L
 
L
A
 
A
L
 
V
I
 
I
N
|
N
T
 
T
N
x
T
Y
 
Y
A
 
A
L
 
S
E
 
Q
A
 
I
K
 
G
L
 
L
D
 
T
P
 
P
S
 
A
K
 
K
D
 
D
A
 
G
L
 
I
V
 
F
I
 
V
E
 
E
G
 
D
K
 
K
D
 
E
S
 
S
P
 
P
Y
 
Y
V
 
V
N
|
N
I
 
L
L
 
I
V
 
V
A
 
T
R
 
R
A
 
E
D
 
D
D
 
N
K
 
K
D
 
D
S
 
A
D
 
E
A
 
N
M
 
V
K
 
K
K
 
K
L
 
F
V
 
V
A
 
Q
A
 
A
L
 
Y
H
 
Q
S
 
S
P
 
D
E
 
E
V
 
V

Sites not aligning to the query:

1xs5A The crystal structure of lipoprotein tp32 from treponema pallidum (see paper)
39% identity, 92% coverage: 20:256/257 of query aligns to 3:240/240 of 1xs5A

query
sites
1xs5A
E
 
E
T
 
T
L
 
V
T
 
G
V
 
V
A
 
G
A
 
V
T
 
L
P
 
S
V
 
E
P
 
P
H
|
H
A
 
A
E
 
R
I
 
L
L
 
L
E
 
E
F
 
I
V
 
A
K
 
K
P
 
E
A
 
E
L
 
V
A
 
K
K
 
K
E
 
Q
G
 
H
V
 
I
D
 
E
L
 
L
K
 
R
V
 
I
K
 
V
V
 
E
F
 
F
T
 
T
D
 
N
Y
|
Y
V
 
V
Q
 
A
P
 
L
N
 
N
V
 
E
Q
 
A
V
 
V
A
 
M
E
 
R
K
 
G
R
 
D
L
 
I
D
 
L
A
 
M
N
 
N
F
 
F
F
|
F
Q
|
Q
H
|
H
Q
 
V
P
 
P
Y
x
H
L
 
M
D
 
Q
E
 
Q
F
 
F
N
 
N
K
 
Q
A
 
E
K
 
H
G
 
N
T
 
G
H
 
D
L
 
L
V
 
V
S
 
S
V
 
V
A
 
G
G
 
N
V
 
V
H
 
H
L
 
V
E
|
E
P
 
P
L
 
L
G
 
A
A
 
L
Y
 
Y
S
 
S
N
 
R
K
 
T
Y
 
Y
K
 
R
T
 
H
L
 
V
A
 
S
E
 
D
L
 
F
P
 
P
G
 
A
G
 
G
A
 
A
N
 
V
V
 
I
V
 
A
I
 
I
P
 
P
N
 
N
D
 
D
A
 
S
T
 
S
N
|
N
G
 
E
G
 
A
R
|
R
A
 
A
L
 
L
L
 
R
L
 
L
L
 
L
E
 
E
K
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
F
I
 
I
K
 
R
L
 
M
K
 
R
D
 
A
S
 
G
K
 
S
N
 
G
I
 
L
L
 
F
S
 
A
T
 
T
V
 
V
K
 
E
D
 
D
I
 
V
T
 
Q
E
 
Q
N
 
N
T
 
V
K
 
R
D
 
N
L
 
V
K
 
V
F
 
L
R
 
Q
E
 
E
L
 
V
E
 
E
A
 
S
A
 
A
T
 
L
I
 
L
P
 
P
R
 
R
V
 
V
L
 
F
T
 
D
Q
 
Q
V
 
V
D
 
D
L
 
G
A
 
A
L
 
V
I
 
I
N
|
N
T
 
G
N
|
N
Y
 
Y
A
 
A
L
 
I
E
 
M
A
 
A
K
 
G
L
 
L
D
 
S
P
 
A
S
 
R
K
 
R
D
 
D
A
 
G
L
 
L
V
 
A
I
 
V
E
 
E
G
 
P
K
 
D
D
 
A
S
 
S
P
 
A
Y
 
Y
V
 
A
N
|
N
I
 
V
L
 
L
V
 
V
A
 
V
R
 
K
A
 
R
D
 
G
D
 
N
K
 
E
D
 
A
S
 
D
D
 
A
A
 
R
M
 
V
K
 
Q
K
 
A
L
 
V
V
 
L
A
 
R
A
 
A
L
 
L
H
 
C
S
 
G
P
 
G
E
 
R
V
 
V
K
 
R
A
 
T
F
 
Y
I
 
L
L
 
K
E
 
E
K
 
R
Y
 
Y
K
 
K
G
 
G
A
 
G
-
 
E
V
 
V
L
 
A
P
 
P
A
 
A

3tqwA Structure of a abc transporter, periplasmic substrate-binding protein from coxiella burnetii (see paper)
44% identity, 88% coverage: 30:256/257 of query aligns to 10:235/235 of 3tqwA

query
sites
3tqwA
P
 
P
H
x
E
A
 
T
E
 
Q
I
 
L
L
 
M
E
 
E
F
 
V
V
 
A
K
 
K
P
 
Q
-
 
V
A
 
A
L
 
L
A
 
N
K
 
R
E
 
Y
G
 
G
V
 
L
D
 
H
L
 
V
K
 
N
V
 
I
K
 
I
V
 
T
F
 
F
T
 
S
D
 
D
Y
|
Y
V
 
N
Q
 
T
P
 
P
N
 
N
V
 
E
Q
 
A
V
 
L
A
 
A
E
 
D
K
 
G
R
 
S
L
 
V
D
 
D
A
 
A
N
 
N
F
 
M
F
|
F
Q
|
Q
H
|
H
Q
 
L
P
 
P
Y
|
Y
L
 
L
D
 
K
E
 
A
F
 
Q
N
 
I
K
 
E
A
 
M
K
 
R
G
 
G
T
 
Y
H
 
K
L
 
I
V
 
V
S
 
S
V
 
I
A
 
G
G
 
K
V
 
T
H
 
F
L
 
V
E
x
Y
P
 
P
L
 
M
G
 
G
A
 
L
Y
 
Y
S
 
S
N
 
K
K
 
K
Y
 
I
K
 
T
T
 
A
L
 
L
A
 
T
E
 
Q
L
 
L
P
 
K
G
 
T
G
 
G
A
 
A
N
 
K
V
 
I
V
 
A
I
 
V
P
 
P
N
 
S
D
 
D
A
 
P
T
 
S
N
|
N
G
 
E
G
 
A
R
|
R
A
 
A
L
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
E
 
E
K
 
K
A
 
A
G
 
Q
L
 
L
I
 
I
K
 
Q
L
 
L
K
 
K
D
 
T
S
 
H
K
 
I
N
 
N
I
 
-
L
 
-
S
 
A
T
 
T
V
 
P
K
 
M
D
 
D
I
 
I
T
 
A
E
 
S
N
 
N
T
 
P
K
 
K
D
 
K
L
 
L
K
 
K
F
 
I
R
 
V
E
 
E
L
 
L
E
 
D
A
 
A
A
 
A
T
 
Q
I
 
L
P
 
S
R
 
R
V
 
S
L
 
L
T
 
G
Q
 
D
V
 
V
D
 
D
L
 
L
A
 
A
L
 
A
I
 
I
N
|
N
T
 
T
N
|
N
Y
 
Y
A
 
A
L
 
I
E
 
P
A
 
A
K
 
G
L
 
L
D
 
S
P
 
P
S
 
S
K
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
L
V
 
L
I
 
T
E
 
E
G
 
G
K
 
P
D
 
N
S
 
S
P
 
P
Y
 
Y
V
 
A
N
|
N
I
 
V
L
 
V
V
 
A
A
 
V
R
 
R
A
 
E
D
 
D
D
 
D
K
 
K
D
 
N
S
 
D
D
 
P
A
 
R
M
 
L
K
 
K
K
 
Q
L
 
L
V
 
V
A
 
S
A
 
A
L
 
L
H
 
H
S
 
S
P
 
P
E
 
A
V
 
V
K
 
L
A
 
S
F
 
A
I
 
A
L
 
K
E
 
K
K
 
I
Y
 
F
K
 
G
G
 
D
A
 
G
V
 
A
L
 
I
P
 
P
A
 
A

P04846 Lipoprotein 28 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
44% identity, 85% coverage: 39:257/257 of query aligns to 52:272/272 of P04846

query
sites
P04846
K
 
K
P
 
V
A
 
A
L
 
K
A
 
E
K
 
K
E
 
Y
G
 
G
V
 
L
D
 
D
L
 
V
K
 
E
V
 
L
K
 
V
V
 
G
F
 
F
T
 
S
D
 
G
Y
 
S
V
 
L
Q
 
L
P
 
P
N
 
N
V
 
D
Q
 
A
V
 
T
A
 
N
E
 
H
K
 
G
R
 
E
L
 
L
D
 
D
A
 
A
N
 
N
F
 
V
F
 
F
Q
 
Q
H
 
H
Q
 
R
P
 
P
Y
 
F
L
 
L
D
 
E
E
 
Q
F
 
D
N
 
N
K
 
Q
A
 
A
K
 
H
G
 
G
T
 
Y
H
 
K
L
 
L
V
 
V
S
 
A
V
 
V
A
 
G
G
 
N
V
 
T
H
 
F
L
 
V
E
 
F
P
 
P
L
 
M
G
 
A
A
 
G
Y
 
Y
S
 
S
N
 
K
K
 
K
Y
 
I
K
 
K
T
 
T
L
 
V
A
 
A
E
 
Q
L
 
I
P
 
K
G
 
E
G
 
G
A
 
A
N
 
T
V
 
V
V
 
A
I
 
I
P
 
P
N
 
N
D
 
D
A
 
P
T
 
T
N
 
N
G
 
L
G
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
E
 
Q
K
 
K
A
 
E
G
 
K
L
 
L
I
 
I
K
 
T
L
 
L
K
 
K
D
 
E
S
 
G
K
 
K
N
 
G
I
 
L
L
 
L
S
 
P
T
 
T
V
 
A
K
 
L
D
 
D
I
 
I
T
 
T
E
 
D
N
 
N
T
 
P
K
 
R
D
 
H
L
 
L
K
 
Q
F
 
I
R
 
M
E
 
E
L
 
L
E
 
E
A
 
G
A
 
A
T
 
Q
I
 
L
P
 
P
R
 
R
V
 
V
L
 
L
T
 
D
-
 
D
-
 
P
Q
 
K
V
 
V
D
 
D
L
 
V
A
 
A
L
 
I
I
 
I
N
 
S
T
 
T
N
 
T
Y
 
Y
A
 
I
L
 
Q
E
 
Q
A
 
T
K
 
G
L
 
L
D
 
S
P
 
P
S
 
V
K
 
H
D
 
D
A
 
S
L
 
V
V
 
F
I
 
I
E
 
E
G
 
D
K
 
K
D
 
N
S
 
S
P
 
P
Y
 
Y
V
 
V
N
 
N
I
 
I
L
 
L
V
 
V
A
 
A
R
 
R
A
 
E
D
 
D
D
 
N
K
 
K
D
 
N
S
 
A
D
 
E
A
 
N
M
 
V
K
 
K
K
 
E
L
 
F
V
 
L
A
 
Q
A
 
S
L
 
Y
H
 
Q
S
 
S
P
 
P
E
 
E
V
 
V
K
 
A
A
 
K
F
 
A
I
 
A
L
 
E
E
 
T
K
 
I
Y
 
F
K
 
N
G
 
G
A
 
G
V
 
A
L
 
V
P
 
P
A
 
G
F
 
W

Sites not aligning to the query:

3k2dA Crystal structure of immunogenic lipoprotein a from vibrio vulnificus (see paper)
42% identity, 82% coverage: 39:250/257 of query aligns to 26:237/237 of 3k2dA

query
sites
3k2dA
K
 
K
P
 
V
A
 
A
L
 
K
A
 
E
K
 
K
E
 
Y
G
 
G
V
 
L
D
 
D
L
 
V
K
 
E
V
 
L
K
 
V
V
 
T
F
 
F
T
 
T
D
 
D
Y
|
Y
V
 
V
Q
 
T
P
 
P
N
 
N
V
 
A
Q
 
A
V
 
L
A
 
D
E
 
D
K
 
G
R
 
S
L
 
I
D
 
D
A
 
M
N
 
N
F
 
A
F
|
F
Q
|
Q
H
|
H
Q
 
K
P
 
P
Y
|
Y
L
 
L
D
 
D
E
 
R
F
 
Q
N
 
V
K
 
E
A
 
D
K
 
R
G
 
D
T
 
Y
H
 
K
L
 
L
V
 
T
S
 
I
V
 
A
A
 
G
G
 
N
V
 
T
H
 
F
L
 
V
E
x
Y
P
 
P
L
 
I
G
 
A
A
 
G
Y
 
Y
S
 
S
N
 
K
K
 
Q
Y
 
V
K
 
K
T
 
S
L
 
V
A
 
A
E
 
A
L
 
L
P
 
A
G
 
D
G
 
G
A
 
V
N
 
R
V
 
I
V
 
A
I
 
V
P
 
P
N
 
N
D
 
D
A
 
P
T
 
T
N
|
N
G
 
L
G
 
G
R
|
R
A
 
S
L
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
E
 
E
K
 
Q
A
 
Q
G
 
G
L
 
L
I
 
I
K
 
K
L
 
L
K
 
R
D
 
P
S
 
E
K
 
V
N
 
G
I
 
L
L
 
L
S
 
A
T
 
T
V
 
V
K
 
R
D
 
D
I
 
I
T
 
V
E
 
E
N
 
N
T
 
P
K
 
K
D
 
N
L
 
I
K
 
T
F
 
I
R
 
M
E
 
E
L
 
L
E
 
D
A
 
A
A
 
A
T
 
Q
I
 
L
P
 
P
R
 
R
V
 
S
L
 
L
T
 
D
Q
 
D
V
 
V
D
 
A
L
 
L
A
 
S
L
 
I
I
 
I
N
|
N
T
 
T
N
x
T
Y
 
Y
A
 
A
L
 
S
E
 
S
A
 
I
K
 
N
L
 
L
D
 
T
P
 
P
S
 
E
K
 
K
D
 
D
A
 
G
L
 
V
V
 
F
I
 
V
E
 
E
G
 
D
K
 
K
D
 
E
S
 
S
P
 
P
Y
 
Y
V
 
V
N
|
N
I
 
L
L
 
I
V
 
V
A
 
A
R
 
R
A
 
Q
D
 
D
D
 
N
K
 
V
D
 
Q
S
 
N
D
 
E
A
 
N
M
 
V
K
 
Q
K
 
N
L
 
F
V
 
V
A
 
K
A
 
A
L
 
Y
H
 
Q
S
 
T
P
 
E
E
 
E
V
 
V
K
 
Y
A
 
T
F
 
A
I
 
A
L
 
K
E
 
E
K
 
I
Y
 
F
K
 
K

6jf1A Crystal structure of the substrate binding protein of a methionine transporter from streptococcus pneumoniae (see paper)
42% identity, 88% coverage: 33:257/257 of query aligns to 30:260/260 of 6jf1A

query
sites
6jf1A
E
 
K
I
 
I
L
 
Q
E
 
E
F
 
L
V
 
V
K
 
K
P
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
-
K
 
K
E
 
D
G
 
G
V
 
I
D
 
T
L
 
L
K
 
E
V
 
F
K
 
T
V
x
E
F
 
F
T
 
T
D
 
D
Y
|
Y
V
 
S
Q
 
Q
P
 
P
N
 
N
V
 
K
Q
 
A
V
 
T
A
 
A
E
 
D
K
 
G
R
 
E
L
 
V
D
 
D
A
 
L
N
 
N
F
 
A
F
|
F
Q
|
Q
H
|
H
Q
 
Y
P
 
N
Y
x
F
L
 
L
D
 
N
E
 
N
F
 
W
N
 
N
K
 
K
A
 
E
K
 
N
G
 
G
T
 
K
H
 
D
L
 
L
V
 
V
S
 
A
V
 
I
A
 
A
G
 
D
V
 
T
H
x
Y
L
 
I
E
 
S
P
 
P
L
 
I
G
 
R
A
 
L
Y
 
Y
S
 
S
-
 
G
-
 
L
-
 
N
-
 
G
-
 
S
-
 
A
N
 
N
K
 
K
Y
 
Y
K
 
T
T
 
K
L
 
V
A
 
E
E
 
D
L
 
I
P
 
P
G
 
A
G
 
N
A
 
G
N
 
E
V
 
I
V
 
A
I
 
V
P
 
P
N
|
N
D
 
D
A
 
A
T
 
T
N
|
N
G
x
E
G
 
S
R
|
R
A
 
A
L
 
L
L
 
Y
L
 
L
L
 
L
E
 
Q
K
 
S
A
 
A
G
 
G
L
 
L
I
 
I
K
 
K
L
 
L
K
 
D
D
 
V
S
 
S
K
 
G
N
 
T
I
 
A
L
 
L
S
 
A
T
 
T
V
 
V
K
 
A
D
 
N
I
 
I
T
 
K
E
 
E
N
 
N
T
 
P
K
 
K
D
 
N
L
 
L
K
 
K
F
 
I
R
 
T
E
|
E
L
 
L
E
 
D
A
 
A
A
 
S
T
 
Q
I
 
T
P
 
A
R
 
R
V
 
S
L
 
L
T
 
S
Q
 
S
V
 
V
D
 
D
L
 
A
A
 
A
L
 
V
I
 
V
N
|
N
T
x
N
N
x
T
Y
 
F
A
 
V
L
 
T
E
 
E
A
 
A
K
 
K
L
 
L
D
 
D
P
 
Y
S
 
K
K
 
K
D
 
-
A
 
S
L
 
L
V
 
F
I
 
K
E
 
E
G
 
Q
K
 
A
D
 
D
S
 
N
P
 
S
-
 
K
-
 
Q
Y
 
W
V
 
Y
N
|
N
I
 
I
L
 
I
V
 
V
A
 
A
R
 
K
A
 
K
D
 
D
D
 
W
K
 
E
D
 
T
S
 
S
-
 
P
-
 
K
-
 
A
D
 
D
A
 
A
M
 
I
K
 
K
K
 
K
L
 
V
V
 
I
A
 
A
A
 
A
L
 
Y
H
 
H
S
 
T
P
 
D
E
 
D
V
 
V
K
 
K
A
 
K
F
 
V
I
 
I
L
 
E
E
 
E
K
 
S
Y
 
S
K
 
D
G
 
G
A
 
L
V
 
D
L
 
Q
P
 
P
A
 
V
F
 
W

Sites not aligning to the query:

4oteB Crystal structure of a putative lipoprotein (cd630_1653) from clostridium difficile 630 at 2.20 a resolution
39% identity, 92% coverage: 22:257/257 of query aligns to 6:240/240 of 4oteB

query
sites
4oteB
L
 
I
T
 
V
V
 
V
A
 
G
A
 
A
T
 
T
P
 
L
V
 
V
P
 
P
H
 
G
A
 
G
E
 
E
I
 
L
L
 
L
E
 
E
F
 
E
V
 
L
K
 
K
P
 
P
A
 
L
L
 
I
A
 
K
K
 
E
E
 
K
G
 
G
V
 
Y
D
 
T
L
 
L
K
 
E
V
 
V
K
 
K
V
 
N
F
 
F
T
x
D
D
|
D
Y
 
Y
V
 
I
Q
 
L
P
 
P
N
 
N
V
 
E
Q
 
A
V
 
L
A
 
N
E
 
N
K
 
G
R
 
E
L
 
I
D
 
D
A
 
A
N
 
N
F
 
L
F
 
F
Q
 
Q
H
 
H
Q
 
E
P
 
P
Y
 
Y
L
 
L
D
 
K
E
 
E
F
 
A
N
 
V
K
 
K
A
 
A
K
 
K
G
 
G
T
 
Y
H
 
K
L
 
I
V
 
M
S
 
A
V
 
G
A
 
K
G
 
K
V
 
L
H
 
Y
L
 
V
E
 
C
P
 
P
L
 
A
G
 
I
A
 
L
Y
 
Y
S
 
S
N
 
Y
K
 
K
Y
 
I
K
 
K
T
 
S
L
 
V
A
 
D
E
 
E
L
 
F
P
 
K
G
 
K
G
 
G
A
 
D
N
 
T
V
 
I
V
 
A
I
 
I
P
 
S
N
 
N
D
 
N
A
 
P
T
 
S
N
 
S
G
 
C
G
 
S
R
 
K
A
 
N
L
 
L
L
 
R
L
 
Y
L
 
L
E
 
E
K
 
S
A
 
I
G
 
G
L
 
L
I
 
L
K
 
T
L
 
L
K
 
P
D
 
K
S
 
G
K
 
D
N
 
G
I
 
L
L
 
V
S
 
S
T
 
P
V
 
-
K
 
K
D
 
D
I
 
I
T
 
I
E
 
E
N
 
N
T
 
P
K
 
K
D
 
G
L
 
I
K
 
Q
F
 
F
R
 
K
E
 
E
L
 
L
E
 
D
A
 
I
A
 
A
T
 
Q
I
 
I
P
 
P
R
 
S
V
 
S
L
 
L
T
 
P
Q
 
D
V
 
V
D
 
T
L
 
A
A
 
A
L
 
F
I
 
I
N
 
D
T
 
T
N
 
T
Y
 
Y
A
 
A
L
 
V
E
 
P
A
 
A
K
 
G
L
 
L
D
 
D
P
 
A
S
 
K
K
 
K
D
 
N
A
 
G
L
 
I
V
 
Y
I
 
T
E
 
A
G
 
P
K
 
I
D
 
N
S
 
D
P
 
E
Y
 
Y
V
 
A
N
 
N
I
 
L
L
 
L
V
 
A
A
 
F
R
 
R
A
 
T
D
 
E
D
 
D
K
 
K
D
 
D
S
 
S
D
 
E
A
 
K
M
 
I
K
 
K
K
 
V
L
 
L
V
 
Q
A
 
D
A
 
V
L
 
L
H
 
T
S
 
S
P
 
D
E
 
K
V
 
A
K
 
R
A
 
S
F
 
L
I
 
I
L
 
E
E
 
E
K
 
K
Y
 
Y
K
 
K
G
 
G
A
 
I
V
 
V
L
 
I
P
 
P
A
 
T
F
 
F

3gxaC Crystal structure of gna1946 (see paper)
42% identity, 87% coverage: 34:256/257 of query aligns to 16:237/244 of 3gxaC

query
sites
3gxaC
I
 
V
L
 
K
E
 
E
F
 
Q
V
 
I
K
 
Q
P
 
P
A
 
E
L
 
L
A
 
E
K
 
K
E
 
K
G
 
G
V
 
Y
D
 
T
L
 
V
K
 
K
V
 
L
K
 
V
V
 
E
F
 
F
T
 
T
D
 
D
Y
|
Y
V
 
V
Q
 
R
P
 
P
N
 
N
V
 
L
Q
 
A
V
 
L
A
 
A
E
 
E
K
 
G
R
 
E
L
 
L
D
 
D
A
 
I
N
 
N
F
 
V
F
|
F
Q
|
Q
H
|
H
Q
 
K
P
 
P
Y
|
Y
L
 
L
D
 
D
E
 
D
F
 
F
N
 
K
K
 
K
A
 
E
K
 
H
G
 
N
T
 
L
H
 
D
L
 
I
V
 
T
S
 
E
V
 
V
A
 
F
G
 
Q
V
 
V
H
 
P
L
 
T
E
 
A
P
 
P
L
 
L
G
 
G
A
 
L
Y
 
Y
S
 
P
N
 
G
K
 
K
Y
 
L
K
 
K
T
 
S
L
 
L
A
 
E
E
 
E
L
 
V
P
 
K
G
 
D
G
 
G
A
 
S
N
 
T
V
 
V
V
 
S
I
 
A
P
 
P
N
 
N
D
 
D
A
 
P
T
 
S
N
|
N
G
 
F
G
 
A
R
|
R
A
 
V
L
 
L
L
 
V
L
 
M
L
 
L
E
 
D
K
 
E
A
 
L
G
 
G
L
 
W
I
 
I
K
 
K
L
 
L
K
 
K
D
 
D
S
 
G
K
 
I
N
 
N
I
 
P
L
 
L
S
 
T
T
 
A
V
 
S
K
 
K
-
 
A
D
 
D
I
 
I
T
 
A
E
 
E
N
 
N
T
 
L
K
 
K
D
 
N
L
 
I
K
 
K
F
 
I
R
 
V
E
 
E
L
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
A
T
 
Q
I
 
L
P
 
P
R
 
R
V
 
S
L
 
R
T
 
A
Q
 
D
V
 
V
D
 
D
L
 
F
A
 
A
L
 
V
I
 
V
N
|
N
T
 
G
N
|
N
Y
 
Y
A
 
A
L
 
I
E
 
S
A
 
S
K
 
G
L
 
M
D
 
K
P
 
L
S
 
T
K
 
-
D
 
E
A
 
A
L
 
L
V
 
F
I
 
Q
E
 
E
G
 
-
K
 
P
D
 
S
S
 
F
P
 
A
Y
 
Y
V
 
V
N
|
N
I
 
W
L
 
S
V
 
A
A
 
V
R
 
K
A
 
T
D
 
A
D
 
D
K
 
K
D
 
D
S
 
S
D
 
Q
A
 
W
M
 
L
K
 
K
K
 
D
L
 
V
V
 
T
A
 
E
A
 
A
L
 
Y
H
 
N
S
 
S
P
 
D
E
 
A
V
 
F
K
 
K
A
 
A
F
 
Y
I
 
A
L
 
H
E
 
K
K
 
R
Y
 
F
K
 
E
G
 
G
A
 
Y
V
 
K
L
 
S
P
 
P
A
 
A

6dzxA Crystal structure of the n. Meningitides methionine-binding protein in its d-methionine bound conformation. (see paper)
41% identity, 87% coverage: 34:256/257 of query aligns to 15:236/240 of 6dzxA

query
sites
6dzxA
I
 
V
L
 
K
E
 
E
F
 
Q
V
 
I
K
 
Q
P
 
A
A
 
E
L
 
L
A
 
E
K
 
K
E
 
K
G
 
G
V
 
Y
D
 
T
L
 
V
K
 
K
V
 
L
K
 
V
V
 
E
F
 
F
T
 
T
D
 
D
Y
|
Y
V
 
V
Q
 
R
P
 
P
N
 
N
V
 
L
Q
 
A
V
 
L
A
 
A
E
 
E
K
 
G
R
 
E
L
 
L
D
 
D
A
 
I
N
 
N
F
 
V
F
|
F
Q
|
Q
H
|
H
Q
 
K
P
 
P
Y
|
Y
L
 
L
D
 
D
E
 
D
F
 
F
N
 
K
K
 
K
A
 
E
K
 
H
G
 
N
T
 
L
H
 
D
L
 
I
V
 
T
S
 
E
V
 
V
A
 
F
G
 
Q
V
 
V
H
 
P
L
 
T
E
 
A
P
 
P
L
 
L
G
 
G
A
 
L
Y
 
Y
S
 
P
N
 
G
K
 
K
Y
 
L
K
 
K
T
 
S
L
 
L
A
 
E
E
 
E
L
 
V
P
 
K
G
 
D
G
 
G
A
 
S
N
 
T
V
 
V
V
 
S
I
 
A
P
 
P
N
 
N
D
 
D
A
 
P
T
 
S
N
|
N
G
 
F
G
 
A
R
|
R
A
 
V
L
 
L
L
 
V
L
 
M
L
 
L
E
 
D
K
 
E
A
 
L
G
 
G
L
 
W
I
 
I
K
 
K
L
 
L
K
 
K
D
 
D
S
 
G
K
 
I
N
 
N
I
 
P
L
 
L
S
 
T
T
 
A
V
 
S
K
 
K
-
 
A
D
 
D
I
 
I
T
 
A
E
 
E
N
 
N
T
 
L
K
 
K
D
 
N
L
 
I
K
 
K
F
 
I
R
 
V
E
 
E
L
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
A
T
 
Q
I
 
L
P
 
P
R
 
R
V
 
S
L
 
R
T
 
A
Q
 
D
V
 
V
D
 
D
L
 
F
A
 
A
L
 
V
I
 
V
N
|
N
T
 
G
N
|
N
Y
 
Y
A
 
A
L
 
I
E
 
S
A
 
S
K
 
G
L
 
M
D
 
K
P
 
L
S
 
T
K
 
-
D
 
E
A
 
A
L
 
L
V
 
F
I
 
Q
E
 
E
G
 
-
K
 
P
D
 
S
S
 
F
P
 
A
Y
 
Y
V
 
V
N
|
N
I
 
W
L
 
S
V
 
A
A
 
V
R
 
K
A
 
T
D
 
A
D
 
D
K
 
K
D
 
D
S
 
S
D
 
Q
A
 
W
M
 
L
K
 
K
K
 
D
L
 
V
V
 
T
A
 
E
A
 
A
L
 
Y
H
 
N
S
 
S
P
 
D
E
 
A
V
 
F
K
 
K
A
 
A
F
 
Y
I
 
A
L
 
H
E
 
K
K
 
R
Y
 
F
K
 
E
G
 
G
A
 
Y
V
 
K
L
 
S
P
 
P
A
 
A

1p99A 1.7a crystal structure of protein pg110 from staphylococcus aureus (see paper)
41% identity, 86% coverage: 35:255/257 of query aligns to 14:239/255 of 1p99A

query
sites
1p99A
L
 
W
E
 
E
F
 
K
V
 
V
K
 
K
P
 
E
A
 
L
L
 
A
A
 
K
K
 
K
E
 
D
G
 
D
V
 
I
D
 
D
L
 
V
K
 
E
V
 
I
K
 
K
V
 
H
F
 
F
T
 
S
D
 
D
Y
|
Y
V
 
N
Q
 
L
P
 
P
N
 
N
V
 
K
Q
 
A
V
 
L
A
 
N
E
 
D
K
 
G
R
 
D
L
 
I
D
 
D
A
 
M
N
 
N
F
 
A
F
|
F
Q
|
Q
H
|
H
Q
 
F
P
 
A
Y
x
F
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
F
 
Y
N
 
K
K
 
K
A
 
A
-
 
H
K
 
K
G
 
G
T
 
T
H
 
K
L
 
I
V
 
S
S
 
A
V
 
L
A
 
S
G
 
T
V
 
T
H
 
V
L
 
L
E
x
A
P
 
P
L
 
L
G
 
G
A
 
I
Y
 
Y
S
 
S
N
 
D
K
 
K
Y
 
I
K
 
K
T
 
D
L
 
V
A
 
K
E
 
K
L
 
V
P
 
K
G
 
D
G
 
G
A
 
A
N
 
K
V
 
V
V
 
V
I
 
I
P
 
P
N
 
N
D
 
D
A
 
V
T
 
S
N
|
N
G
 
Q
G
 
A
R
|
R
A
 
A
L
 
L
L
 
K
L
 
L
L
 
L
E
 
E
K
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
L
I
 
I
K
 
K
L
 
L
K
 
K
D
 
K
S
 
D
K
 
F
N
 
G
I
 
L
L
 
A
S
 
G
T
 
T
V
 
V
K
 
K
D
 
D
I
 
I
T
 
T
E
 
S
N
 
N
T
 
P
K
 
K
D
 
H
L
 
L
K
 
K
F
 
I
R
 
T
E
 
A
L
 
V
E
 
D
A
 
A
A
 
Q
T
 
Q
I
 
T
P
 
A
R
 
R
V
 
A
L
 
L
T
 
S
Q
 
D
V
 
V
D
 
D
L
 
I
A
 
A
L
 
V
I
 
I
N
|
N
T
x
N
N
x
G
Y
 
V
A
 
A
L
 
T
E
 
K
A
 
A
K
 
G
L
 
K
D
 
D
P
 
P
S
 
K
K
 
N
D
 
D
A
 
P
L
 
I
V
 
F
I
 
L
E
 
E
G
 
K
K
 
S
D
 
N
S
 
S
-
 
D
-
 
A
-
 
V
-
 
K
P
 
P
Y
 
Y
V
 
I
N
|
N
I
 
I
L
 
V
V
 
A
A
 
V
R
 
N
A
 
D
D
 
K
D
 
D
K
 
L
D
 
D
S
 
N
D
 
K
A
 
T
M
 
Y
K
 
A
K
 
K
L
 
I
V
 
V
A
 
E
A
 
L
L
 
Y
H
 
H
S
 
S
P
 
K
E
 
E
V
 
A
K
 
Q
A
 
K
F
 
A
I
 
L
L
 
Q
E
 
E
K
 
D
Y
 
V
K
 
K
G
 
D
A
 
G
V
x
E
L
 
K
P
 
P

Sites not aligning to the query:

4ntlA Crystal structure of a lipoprotein, yaec family (ef3198) from enterococcus faecalis v583 at 1.80 a resolution
36% identity, 92% coverage: 22:257/257 of query aligns to 4:242/242 of 4ntlA

query
sites
4ntlA
L
 
I
T
 
T
V
 
V
A
 
A
A
 
V
T
 
Q
P
 
L
V
x
E
P
 
S
H
 
S
A
 
K
E
x
D
I
 
I
L
 
L
E
 
E
F
 
I
V
 
A
K
 
K
P
 
K
A
 
E
L
 
A
A
 
E
K
 
K
E
 
K
G
 
G
V
 
Y
D
 
K
L
 
I
K
 
N
V
 
I
K
 
M
V
 
E
F
 
V
T
 
S
D
 
D
Y
 
N
V
 
V
Q
 
A
P
 
Y
N
 
N
V
x
D
Q
 
A
V
 
V
A
 
Q
E
x
H
K
 
D
R
x
E
L
 
A
D
 
D
A
 
A
N
 
N
F
 
F
F
 
A
Q
 
Q
H
 
H
Q
 
Q
P
 
P
Y
 
F
L
 
M
D
 
E
E
 
M
F
 
F
N
 
N
K
 
K
A
 
E
K
 
K
G
 
K
T
 
A
H
 
D
L
 
L
V
 
V
S
 
A
V
 
V
A
 
Q
G
 
P
V
 
I
H
 
Y
L
 
Y
E
 
F
P
 
A
L
 
G
G
 
G
A
 
F
Y
 
Y
S
 
S
N
 
K
K
 
E
Y
 
Y
K
 
Q
T
 
D
L
 
A
A
 
K
E
 
D
L
 
L
P
 
P
G
 
E
G
 
N
A
 
A
N
 
K
V
 
V
V
 
G
I
 
I
P
 
P
N
 
S
D
 
D
A
 
P
T
 
T
N
 
N
G
 
E
G
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
L
 
A
L
 
I
L
 
L
E
 
N
K
 
A
A
 
N
G
 
G
L
 
V
I
 
I
K
 
K
L
 
L
K
 
K
D
 
E
S
 
G
K
 
V
N
 
G
I
 
F
L
 
N
S
 
G
T
 
T
V
 
V
K
 
A
D
 
D
I
 
V
T
 
V
E
 
E
N
 
N
T
 
P
K
 
K
D
 
N
L
 
I
K
 
T
F
 
F
R
 
E
E
 
S
L
 
I
E
 
D
A
 
L
A
 
L
T
 
N
I
 
L
P
 
A
R
 
K
V
 
A
L
 
Y
T
 
D
Q
 
E
V
 
K
D
 
D
L
 
I
A
 
A
L
 
M
I
 
V
N
 
-
T
 
-
N
 
-
Y
 
F
A
 
C
L
 
Y
E
 
P
A
 
A
K
 
Y
L
 
L
D
 
E
P
 
P
-
 
A
-
 
G
-
 
L
-
 
T
S
 
T
K
 
K
D
 
D
A
 
A
L
 
I
V
 
L
I
 
L
E
 
E
G
 
D
K
 
K
D
 
E
S
 
A
P
 
S
-
 
K
-
 
H
Y
 
Y
V
 
A
N
 
L
I
 
Q
L
 
V
V
 
V
A
 
T
R
 
R
A
 
K
D
 
G
D
 
E
K
 
K
D
 
D
S
 
S
D
 
E
A
 
K
M
 
I
K
 
K
K
 
V
L
 
L
V
 
K
A
 
E
A
 
A
L
 
M
H
 
T
S
 
T
P
 
K
E
 
E
V
 
V
K
 
A
A
 
E
F
 
Y
I
 
I
L
 
K
E
 
K
K
 
N
Y
 
S
K
 
K
G
 
G
A
 
A
V
 
N
L
 
I
P
 
P
A
 
A
F
 
F

Query Sequence

>AO353_10880 FitnessBrowser__pseudo3_N2E3:AO353_10880
MKKLLVAFAAVAALSAQAAETLTVAATPVPHAEILEFVKPALAKEGVDLKVKVFTDYVQP
NVQVAEKRLDANFFQHQPYLDEFNKAKGTHLVSVAGVHLEPLGAYSNKYKTLAELPGGAN
VVIPNDATNGGRALLLLEKAGLIKLKDSKNILSTVKDITENTKDLKFRELEAATIPRVLT
QVDLALINTNYALEAKLDPSKDALVIEGKDSPYVNILVARADDKDSDAMKKLVAALHSPE
VKAFILEKYKGAVLPAF

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory