SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing AO353_11995 FitnessBrowser__pseudo3_N2E3:AO353_11995 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

3tqlA Structure of the amino acid abc transporter, periplasmic amino acid- binding protein from coxiella burnetii. (see paper)
44% identity, 88% coverage: 25:246/251 of query aligns to 2:225/225 of 3tqlA

query
sites
3tqlA
E
 
D
K
 
T
L
 
I
K
 
K
M
 
F
G
 
A
I
 
T
E
|
E
A
 
A
A
 
T
Y
|
Y
P
 
P
P
 
P
F
 
Y
N
 
V
N
 
Y
K
 
-
D
 
-
A
 
M
S
 
G
G
 
G
Q
 
Q
V
 
V
V
 
E
G
 
G
F
 
F
D
 
G
K
 
A
D
 
D
I
 
I
G
 
V
D
 
K
A
 
A
L
 
V
C
 
C
A
 
K
K
 
Q
M
 
M
R
 
Q
V
 
A
E
 
V
C
 
C
E
 
T
V
 
I
V
 
S
T
 
N
S
 
Q
D
 
P
W
|
W
D
 
D
G
 
S
I
 
L
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
N
 
K
A
 
L
K
 
G
K
 
K
F
 
F
D
 
D
F
 
A
L
 
L
V
 
F
S
x
G
S
x
G
L
 
M
S
x
N
I
 
I
T
 
T
E
 
T
E
 
A
R
|
R
K
 
Q
Q
 
K
A
 
E
V
 
V
D
 
D
F
 
F
T
 
T
D
 
D
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
Y
S
 
T
N
 
N
K
 
S
L
 
V
Q
x
S
F
 
F
I
 
I
A
 
A
P
 
D
K
 
K
N
 
N
V
 
T
D
 
P
L
 
L
K
 
T
T
 
L
D
 
S
K
 
K
D
 
Q
S
 
G
L
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
K
I
 
I
I
 
I
G
 
G
T
 
V
Q
 
Q
R
 
G
A
 
G
T
 
T
L
 
T
A
 
F
G
 
D
T
 
S
W
 
Y
L
 
L
E
 
Q
D
 
D
N
 
S
Y
 
F
G
 
G
N
 
N
D
 
S
V
 
I
T
 
T
I
 
I
K
 
Q
L
 
R
Y
 
Y
D
 
P
T
 
S
Q
 
E
E
 
E
N
 
D
A
 
A
Y
 
L
L
 
M
D
 
D
L
 
L
T
 
T
S
 
S
G
 
G
R
 
R
V
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
V
L
 
V
A
 
G
D
 
D
K
 
T
Y
 
P
A
 
L
N
 
I
Y
 
K
D
 
Q
W
 
W
L
 
L
K
 
K
S
 
Q
D
 
N
A
 
G
G
 
R
K
 
R
N
 
E
Y
 
Y
E
 
V
F
 
L
K
 
I
G
 
G
E
 
K
P
 
P
V
 
V
-
 
N
-
 
D
-
 
P
-
 
N
V
 
Y
A
 
F
S
 
G
D
 
K
K
 
G
I
 
V
G
 
G
I
 
I
A
 
A
V
 
V
R
 
K
K
 
K
G
 
G
Q
 
N
D
 
Q
E
 
A
L
 
L
R
 
L
N
 
L
K
 
K
L
 
L
N
 
N
A
 
K
A
 
A
L
 
L
K
 
A
E
 
A
I
 
I
V
 
K
S
 
A
D
 
N
G
 
G
T
 
V
Y
 
Y
K
 
A
K
 
A
I
 
I
N
 
V
D
 
Q
K
 
K
Y
 
Y
F
 
F

P02910 Histidine-binding periplasmic protein; HBP from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see 2 papers)
40% identity, 90% coverage: 25:251/251 of query aligns to 26:258/260 of P02910

query
sites
P02910
E
 
Q
K
 
K
L
 
I
K
 
R
M
 
I
G
 
G
I
 
T
E
 
D
A
 
P
A
 
T
Y
 
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
F
N
x
E
N
 
S
K
|
K
D
 
N
A
 
A
S
 
Q
G
 
G
Q
x
E
V
 
L
V
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
K
 
I
D
 
D
I
 
L
G
 
A
D
 
K
A
 
E
L
 
L
C
 
C
A
 
K
K
 
R
M
 
I
R
 
N
V
 
T
E
 
Q
C
 
C
E
 
T
V
 
F
V
 
V
T
 
E
S
 
N
D
 
P
W
 
L
D
 
D
G
 
A
I
 
L
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
N
 
K
A
 
A
K
 
K
K
 
K
F
 
I
D
 
D
F
 
A
L
 
I
V
 
M
S
 
S
S
 
S
L
 
L
S
 
S
I
 
I
T
 
T
E
 
E
E
 
K
R
 
R
K
 
Q
Q
 
Q
A
 
E
V
 
I
D
 
A
F
 
F
T
 
T
D
 
D
P
 
K
Y
 
L
Y
 
Y
S
 
A
N
 
A
K
 
D
L
 
S
Q
 
R
F
 
L
I
 
V
A
 
V
P
 
A
K
 
K
N
 
N
V
 
S
D
 
D
L
 
I
K
 
Q
T
 
P
D
 
T
K
 
V
D
 
A
S
 
S
L
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
K
I
 
R
I
 
V
G
 
G
T
 
V
Q
 
L
R
 
Q
A
 
G
T
 
T
L
 
T
A
 
Q
G
 
E
T
 
T
W
 
F
L
 
G
E
 
N
D
 
E
N
 
H
Y
 
W
G
 
A
-
 
P
N
 
K
D
 
G
V
 
I
T
 
E
I
 
I
K
 
V
L
 
S
Y
 
Y
D
 
Q
T
 
G
Q
 
Q
E
 
D
N
 
N
A
 
I
Y
 
Y
L
 
S
D
|
D
L
 
L
T
 
T
S
 
A
G
 
G
R
|
R
V
 
I
D
|
D
A
 
A
I
 
A
L
 
F
A
 
Q
D
 
D
K
 
E
Y
 
V
A
 
A
N
 
A
Y
 
S
D
 
E
-
 
G
W
 
F
L
 
L
K
 
K
S
 
Q
D
 
P
A
 
V
G
 
G
K
 
K
N
 
D
Y
 
Y
E
 
K
F
 
F
K
 
G
G
 
G
E
 
-
P
 
P
V
 
A
V
 
V
A
 
K
S
 
D
D
 
E
K
 
K
I
 
L
-
 
F
-
 
G
-
 
V
-
 
G
-
 
T
G
 
G
I
 
M
A
 
G
V
 
L
R
 
R
K
 
K
G
 
E
Q
 
D
D
 
N
E
 
E
L
 
L
R
 
R
N
 
E
K
 
A
L
 
L
N
 
N
A
 
K
A
 
A
L
 
F
K
 
A
E
 
E
I
 
M
V
 
R
S
 
A
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
K
 
E
K
 
K
I
 
L
N
 
A
D
 
K
K
 
K
Y
 
Y
F
 
F
P
 
D
F
 
F
S
 
D
I
 
V
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

1hslA Refined 1.89 angstroms structure of the histidine-binding protein complexed with histidine and its relationship with many other active transport(slash)chemosensory receptors (see paper)
40% identity, 90% coverage: 25:251/251 of query aligns to 4:236/238 of 1hslA

query
sites
1hslA
E
 
Q
K
 
K
L
 
I
K
 
R
M
 
I
G
 
G
I
 
T
E
 
D
A
 
P
A
 
T
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
F
N
 
E
N
 
S
K
 
K
D
 
N
A
 
A
S
 
Q
G
 
G
Q
 
E
V
 
L
V
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
K
 
I
D
 
D
I
 
L
G
 
A
D
 
K
A
 
E
L
 
L
C
 
C
A
 
K
K
 
R
M
 
I
R
 
N
V
 
T
E
 
Q
C
 
C
E
 
T
V
 
F
V
 
V
T
 
E
S
 
N
D
 
P
W
x
L
D
 
D
G
 
A
I
 
L
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
N
 
K
A
 
A
K
 
K
K
 
K
F
 
I
D
 
D
F
 
A
L
 
I
V
 
M
S
|
S
S
|
S
L
|
L
S
|
S
I
 
I
T
 
T
E
 
E
E
 
K
R
|
R
K
 
Q
Q
 
Q
A
 
E
V
 
I
D
 
A
F
 
F
T
 
T
D
 
D
P
 
K
Y
 
L
Y
 
Y
S
 
A
N
 
A
K
 
D
L
 
S
Q
 
R
F
 
L
I
 
V
A
 
V
P
 
A
K
 
K
N
 
N
V
 
S
D
 
D
L
 
I
K
 
Q
T
 
P
D
 
T
K
 
V
D
 
A
S
 
S
L
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
K
I
 
R
I
 
V
G
 
G
T
 
V
Q
 
L
R
 
Q
A
 
G
T
|
T
L
x
T
A
 
Q
G
 
E
T
 
T
W
 
F
L
 
G
E
 
N
D
 
E
N
 
H
Y
 
W
G
 
A
-
 
P
N
 
K
D
 
G
V
 
I
T
 
E
I
 
I
K
 
V
L
 
S
Y
 
Y
D
 
Q
T
 
G
Q
 
Q
E
 
D
N
 
N
A
 
I
Y
 
Y
L
 
S
D
 
D
L
 
L
T
 
T
S
 
A
G
 
G
R
 
R
V
 
I
D
 
D
A
 
A
I
 
A
L
 
F
A
 
Q
D
|
D
K
 
E
Y
 
V
A
 
A
N
 
A
Y
 
S
D
 
E
-
 
G
W
 
F
L
 
L
K
 
K
S
 
Q
D
 
P
A
 
V
G
 
G
K
 
K
N
 
D
Y
 
Y
E
 
K
F
 
F
K
 
G
G
 
G
E
 
-
P
 
P
V
 
A
V
 
V
A
 
K
S
 
D
D
 
E
K
 
K
I
 
L
-
 
F
-
 
G
-
 
V
-
 
G
-
 
T
G
 
G
I
 
M
A
 
G
V
 
L
R
 
R
K
 
K
G
 
E
Q
 
D
D
 
N
E
 
E
L
 
L
R
 
R
N
 
E
K
 
A
L
 
L
N
 
N
A
 
K
A
 
A
L
 
F
K
 
A
E
 
E
I
 
M
V
 
R
S
 
A
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
K
 
E
K
 
K
I
 
L
N
 
A
D
 
K
K
 
K
Y
 
Y
F
 
F
P
 
D
F
 
F
S
 
D
I
 
V
Y
 
Y

P02911 Lysine/arginine/ornithine-binding periplasmic protein; LAO-binding protein from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see 4 papers)
38% identity, 98% coverage: 5:251/251 of query aligns to 2:258/260 of P02911

query
sites
P02911
K
 
K
K
 
K
L
 
T
L
 
V
L
 
L
A
 
A
A
 
L
A
 
S
A
 
L
T
 
L
L
 
I
V
 
G
F
 
L
S
 
G
A
 
A
N
 
T
A
 
A
M
 
A
A
 
S
-
 
Y
-
 
A
-
 
A
-
 
L
A
 
P
E
 
Q
K
 
T
L
 
V
K
 
R
M
 
I
G
 
G
I
 
T
E
x
D
A
 
T
A
 
T
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
F
N
 
S
N
 
S
K
 
K
D
 
D
A
 
A
S
 
K
G
 
G
Q
 
E
V
 
F
V
 
I
G
 
G
F
 
F
D
|
D
K
 
I
D
 
D
I
 
L
G
 
G
D
 
N
A
 
E
L
 
M
C
|
C
A
 
K
K
 
R
M
 
M
R
 
Q
V
 
V
E
 
K
C
|
C
E
 
T
V
 
W
V
 
V
T
 
A
S
 
S
D
 
D
W
x
F
D
 
D
G
 
A
I
 
L
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
N
 
K
A
 
A
K
 
K
K
 
K
F
 
I
D
 
D
F
 
A
L
 
I
V
 
I
S
|
S
S
|
S
L
 
L
S
|
S
I
 
I
T
 
T
E
 
D
E
 
K
R
|
R
K
 
Q
Q
 
Q
A
 
E
V
 
I
D
 
A
F
 
F
T
 
S
D
 
D
P
 
K
Y
 
L
Y
 
Y
S
 
A
N
 
A
K
 
D
L
 
S
Q
 
R
F
 
L
I
 
I
A
 
A
P
 
A
K
 
K
N
 
G
V
 
S
D
 
P
L
 
I
K
 
Q
T
 
P
D
 
T
K
 
L
D
 
E
S
 
S
L
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
K
I
 
H
I
 
V
G
 
G
T
 
V
Q
x
L
R
 
Q
A
 
G
T
 
S
L
x
T
A
 
Q
G
 
E
T
 
A
W
 
Y
L
 
A
E
 
N
D
 
D
N
 
N
Y
 
W
G
 
R
N
 
T
-
 
K
D
 
G
V
 
V
T
 
D
I
 
V
K
 
V
L
 
A
Y
 
Y
D
 
A
T
 
N
Q
 
Q
E
 
D
N
 
L
A
 
I
Y
 
Y
L
 
S
D
 
D
L
 
L
T
 
T
S
 
A
G
 
G
R
 
R
V
 
L
D
 
D
A
 
A
I
 
A
L
 
L
A
 
Q
D
|
D
K
 
E
Y
 
V
A
 
A
N
 
A
Y
 
S
D
 
E
-
 
G
W
 
F
L
 
L
K
 
K
S
 
Q
D
 
P
A
 
A
G
 
G
K
 
K
N
 
E
Y
 
Y
E
 
A
F
 
F
K
 
A
G
 
G
E
 
P
P
 
S
V
 
V
-
 
K
-
 
D
-
 
K
-
 
K
V
 
Y
A
 
F
S
 
G
D
 
D
K
 
G
I
 
T
G
 
G
I
 
V
A
 
G
V
 
L
R
 
R
K
 
K
G
 
D
Q
 
D
D
 
T
E
 
E
L
 
L
R
 
K
N
 
A
K
 
A
L
 
F
N
 
D
A
 
K
A
 
A
L
 
L
K
 
T
E
 
E
I
 
L
V
 
R
S
 
Q
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
K
 
D
K
 
K
I
 
M
N
 
A
D
 
K
K
 
K
Y
 
Y
F
 
F
P
 
D
F
 
F
S
 
N
I
 
V
Y
 
Y

5owfA Structure of a lao-binding protein mutant with glutamine (see paper)
39% identity, 90% coverage: 25:251/251 of query aligns to 1:233/235 of 5owfA

query
sites
5owfA
E
 
Q
K
 
T
L
 
V
K
 
R
M
 
I
G
 
G
I
 
T
E
 
D
A
 
T
A
 
T
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
F
N
 
S
N
 
S
K
 
K
D
 
D
A
 
A
S
 
K
G
 
G
Q
 
E
V
 
F
V
 
I
G
 
G
F
 
F
D
 
D
K
 
I
D
 
D
I
 
L
G
 
G
D
 
N
A
 
E
L
 
M
C
 
C
A
 
K
K
 
R
M
 
M
R
 
Q
V
 
V
E
 
K
C
 
C
E
 
T
V
 
W
V
 
V
T
 
A
S
 
S
D
 
D
W
x
F
D
 
D
G
 
A
I
 
L
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
N
 
K
A
 
A
K
 
K
K
 
K
F
 
I
D
 
D
F
 
A
L
 
I
V
 
I
S
|
S
S
|
S
L
 
L
S
|
S
I
 
I
T
 
T
E
 
D
E
 
K
R
|
R
K
 
Q
Q
 
Q
A
 
E
V
 
I
D
 
A
F
 
F
T
 
S
D
 
D
P
 
K
Y
 
L
Y
 
Y
S
 
A
N
 
A
K
 
D
L
 
S
Q
 
R
F
 
L
I
 
I
A
 
A
P
 
A
K
 
K
N
 
G
V
 
S
D
 
P
L
 
I
K
 
Q
T
 
P
D
 
T
K
 
L
D
 
E
S
 
S
L
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
K
I
 
H
I
 
V
G
 
G
T
 
V
Q
x
K
R
 
Q
A
 
G
T
x
S
L
x
T
A
 
Q
G
 
E
T
 
A
W
 
Y
L
 
A
E
 
N
D
 
D
N
 
N
Y
 
W
G
 
R
N
 
T
-
 
K
D
 
G
V
 
V
T
 
D
I
 
V
K
 
V
L
 
A
Y
 
Y
D
 
A
T
 
N
Q
 
Q
E
 
D
N
 
L
A
 
I
Y
 
Y
L
 
S
D
 
D
L
 
L
T
 
T
S
 
A
G
 
G
R
 
R
V
 
L
D
 
D
A
 
A
I
 
A
L
 
L
A
 
Q
D
|
D
K
 
E
Y
 
V
A
 
A
N
 
A
Y
 
S
D
 
E
-
 
G
W
 
F
L
 
L
K
 
K
S
 
Q
D
 
P
A
 
A
G
 
G
K
 
K
N
 
E
Y
 
Y
E
 
A
F
 
F
K
 
A
G
 
G
E
 
P
P
 
S
V
 
V
-
 
K
-
 
D
-
 
K
-
 
K
V
 
Y
A
 
F
S
 
G
D
 
D
K
 
G
I
 
T
G
 
G
I
 
V
A
 
G
V
 
L
R
 
R
K
 
K
G
 
D
Q
 
D
D
 
T
E
 
E
L
 
L
R
 
K
N
 
A
K
 
A
L
 
F
N
 
D
A
 
K
A
 
A
L
 
L
K
 
T
E
 
E
I
 
L
V
 
R
S
 
Q
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
K
 
D
K
 
K
I
 
M
N
 
A
D
 
K
K
 
K
Y
 
Y
F
 
F
P
 
D
F
 
F
S
 
N
I
 
V
Y
 
Y

P0AEU0 Histidine-binding periplasmic protein; HBP from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
39% identity, 90% coverage: 25:251/251 of query aligns to 26:258/260 of P0AEU0

query
sites
P0AEU0
E
 
Q
K
 
N
L
 
I
K
 
R
M
 
I
G
 
G
I
 
T
E
 
D
A
 
P
A
 
T
Y
 
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
F
N
 
E
N
 
S
K
 
K
D
 
N
A
 
S
S
 
Q
G
 
G
Q
 
E
V
 
L
V
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
K
 
I
D
 
D
I
 
L
G
 
A
D
 
K
A
 
E
L
 
L
C
|
C
A
 
K
K
 
R
M
 
I
R
 
N
V
 
T
E
 
Q
C
|
C
E
 
T
V
 
F
V
 
V
T
 
E
S
 
N
D
 
P
W
 
L
D
 
D
G
 
A
I
 
L
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
N
 
K
A
 
A
K
 
K
K
 
K
F
 
I
D
 
D
F
 
A
L
 
I
V
 
M
S
|
S
S
|
S
L
 
L
S
|
S
I
 
I
T
 
T
E
 
E
E
 
K
R
|
R
K
 
Q
Q
 
Q
A
 
E
V
 
I
D
 
A
F
 
F
T
 
T
D
 
D
P
 
K
Y
 
L
Y
 
Y
S
 
A
N
 
A
K
 
D
L
 
S
Q
 
R
F
 
L
I
 
V
A
 
V
P
 
A
K
 
K
N
 
N
V
 
S
D
 
D
L
 
I
K
 
Q
T
 
P
D
 
T
K
 
V
D
 
E
S
 
S
L
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
K
I
 
R
I
 
V
G
 
G
T
 
V
Q
 
L
R
 
Q
A
 
G
T
 
T
L
x
T
A
 
Q
G
 
E
T
 
T
W
 
F
L
 
G
E
 
N
D
 
E
N
 
H
Y
 
W
G
 
A
-
 
P
N
 
K
D
 
G
V
 
I
T
 
E
I
 
I
K
 
V
L
 
S
Y
 
Y
D
 
Q
T
 
G
Q
 
Q
E
 
D
N
 
N
A
 
I
Y
 
Y
L
 
S
D
 
D
L
 
L
T
 
T
S
 
A
G
 
G
R
 
R
V
 
I
D
 
D
A
 
A
I
 
A
L
 
F
A
 
Q
D
|
D
K
 
E
Y
 
V
A
 
A
N
 
A
Y
 
S
D
 
E
-
 
G
W
 
F
L
 
L
K
 
K
S
 
Q
D
 
P
A
 
V
G
 
G
K
 
K
N
 
D
Y
 
Y
E
 
K
F
 
F
K
 
G
G
 
G
E
 
-
P
 
P
V
 
S
V
 
V
A
 
K
S
 
D
D
 
E
K
 
K
I
 
L
-
 
F
-
 
G
-
 
V
-
 
G
-
 
T
G
 
G
I
 
M
A
 
G
V
 
L
R
 
R
K
 
K
G
 
E
Q
 
D
D
 
N
E
 
E
L
 
L
R
 
R
N
 
E
K
 
A
L
 
L
N
 
N
A
 
K
A
 
A
L
 
F
K
 
A
E
 
E
I
 
M
V
 
R
S
 
A
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
K
 
E
K
 
K
I
 
L
N
 
A
D
 
K
K
 
K
Y
 
Y
F
 
F
P
 
D
F
 
F
S
 
D
I
 
V
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

1lstA Three-dimensional structures of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein with and without a ligand (see paper)
39% identity, 90% coverage: 25:251/251 of query aligns to 4:236/238 of 1lstA

query
sites
1lstA
E
 
Q
K
 
T
L
 
V
K
 
R
M
 
I
G
 
G
I
 
T
E
 
D
A
 
T
A
 
T
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
F
N
 
S
N
 
S
K
 
K
D
 
D
A
 
A
S
 
K
G
 
G
Q
 
E
V
 
F
V
 
I
G
 
G
F
 
F
D
 
D
K
 
I
D
 
D
I
 
L
G
 
G
D
 
N
A
 
E
L
 
M
C
 
C
A
 
K
K
 
R
M
 
M
R
 
Q
V
 
V
E
 
K
C
 
C
E
 
T
V
 
W
V
 
V
T
 
A
S
 
S
D
 
D
W
x
F
D
 
D
G
 
A
I
 
L
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
N
 
K
A
 
A
K
 
K
K
 
K
F
 
I
D
 
D
F
 
A
L
 
I
V
 
I
S
 
S
S
|
S
L
 
L
S
|
S
I
 
I
T
 
T
E
 
D
E
 
K
R
|
R
K
 
Q
Q
 
Q
A
 
E
V
 
I
D
 
A
F
 
F
T
 
S
D
 
D
P
 
K
Y
 
L
Y
 
Y
S
 
A
N
 
A
K
 
D
L
 
S
Q
 
R
F
 
L
I
 
I
A
 
A
P
 
A
K
 
K
N
 
G
V
 
S
D
 
P
L
 
I
K
 
Q
T
 
P
D
 
T
K
 
L
D
 
E
S
 
S
L
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
K
I
 
H
I
 
V
G
 
G
T
 
V
Q
x
L
R
 
Q
A
 
G
T
x
S
L
x
T
A
x
Q
G
 
E
T
 
A
W
 
Y
L
 
A
E
 
N
D
 
D
N
 
N
Y
 
W
G
 
R
N
 
T
-
 
K
D
 
G
V
 
V
T
 
D
I
 
V
K
 
V
L
 
A
Y
 
Y
D
 
A
T
 
N
Q
 
Q
E
 
D
N
 
L
A
 
I
Y
 
Y
L
 
S
D
 
D
L
 
L
T
 
T
S
 
A
G
 
G
R
 
R
V
 
L
D
 
D
A
 
A
I
 
A
L
 
L
A
 
Q
D
|
D
K
 
E
Y
 
V
A
 
A
N
 
A
Y
 
S
D
 
E
-
 
G
W
 
F
L
 
L
K
 
K
S
 
Q
D
 
P
A
 
A
G
 
G
K
 
K
N
 
E
Y
 
Y
E
 
A
F
 
F
K
 
A
G
 
G
E
 
P
P
 
S
V
 
V
-
 
K
-
 
D
-
 
K
-
 
K
V
 
Y
A
 
F
S
 
G
D
 
D
K
 
G
I
 
T
G
 
G
I
 
V
A
 
G
V
 
L
R
 
R
K
 
K
G
 
D
Q
 
D
D
 
T
E
 
E
L
 
L
R
 
K
N
 
A
K
 
A
L
 
F
N
 
D
A
 
K
A
 
A
L
 
L
K
 
T
E
 
E
I
 
L
V
 
R
S
 
Q
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
K
 
D
K
 
K
I
 
M
N
 
A
D
 
K
K
 
K
Y
 
Y
F
 
F
P
 
D
F
 
F
S
 
N
I
 
V
Y
 
Y

1lahE Structural bases for multiple ligand specificity of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein (see paper)
39% identity, 90% coverage: 25:251/251 of query aligns to 4:236/238 of 1lahE

query
sites
1lahE
E
 
Q
K
 
T
L
 
V
K
 
R
M
 
I
G
 
G
I
 
T
E
 
D
A
 
T
A
 
T
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
F
N
 
S
N
 
S
K
 
K
D
 
D
A
 
A
S
 
K
G
 
G
Q
 
E
V
 
F
V
 
I
G
 
G
F
 
F
D
 
D
K
 
I
D
 
D
I
 
L
G
 
G
D
 
N
A
 
E
L
 
M
C
 
C
A
 
K
K
 
R
M
 
M
R
 
Q
V
 
V
E
 
K
C
 
C
E
 
T
V
 
W
V
 
V
T
 
A
S
 
S
D
 
D
W
x
F
D
 
D
G
 
A
I
 
L
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
N
 
K
A
 
A
K
 
K
K
 
K
F
 
I
D
 
D
F
 
A
L
 
I
V
 
I
S
 
S
S
|
S
L
 
L
S
|
S
I
 
I
T
 
T
E
 
D
E
 
K
R
|
R
K
 
Q
Q
 
Q
A
 
E
V
 
I
D
 
A
F
 
F
T
 
S
D
 
D
P
 
K
Y
 
L
Y
 
Y
S
 
A
N
 
A
K
 
D
L
 
S
Q
 
R
F
 
L
I
 
I
A
 
A
P
 
A
K
 
K
N
 
G
V
 
S
D
 
P
L
 
I
K
 
Q
T
 
P
D
 
T
K
 
L
D
 
E
S
 
S
L
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
K
I
 
H
I
 
V
G
 
G
T
 
V
Q
 
L
R
 
Q
A
 
G
T
x
S
L
 
T
A
x
Q
G
 
E
T
 
A
W
 
Y
L
 
A
E
 
N
D
 
D
N
 
N
Y
 
W
G
 
R
N
 
T
-
 
K
D
 
G
V
 
V
T
 
D
I
 
V
K
 
V
L
 
A
Y
 
Y
D
 
A
T
 
N
Q
 
Q
E
 
D
N
 
L
A
 
I
Y
 
Y
L
 
S
D
 
D
L
 
L
T
 
T
S
 
A
G
 
G
R
 
R
V
 
L
D
 
D
A
 
A
I
 
A
L
 
L
A
 
Q
D
|
D
K
 
E
Y
 
V
A
 
A
N
 
A
Y
 
S
D
 
E
-
 
G
W
 
F
L
 
L
K
 
K
S
 
Q
D
 
P
A
 
A
G
 
G
K
 
K
N
 
E
Y
 
Y
E
 
A
F
 
F
K
 
A
G
 
G
E
 
P
P
 
S
V
 
V
-
 
K
-
 
D
-
 
K
-
 
K
V
 
Y
A
 
F
S
 
G
D
 
D
K
 
G
I
 
T
G
 
G
I
 
V
A
 
G
V
 
L
R
 
R
K
 
K
G
 
D
Q
 
D
D
 
T
E
 
E
L
 
L
R
 
K
N
 
A
K
 
A
L
 
F
N
 
D
A
 
K
A
 
A
L
 
L
K
 
T
E
 
E
I
 
L
V
 
R
S
 
Q
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
K
 
D
K
 
K
I
 
M
N
 
A
D
 
K
K
 
K
Y
 
Y
F
 
F
P
 
D
F
 
F
S
 
N
I
 
V
Y
 
Y

1lagE Structural bases for multiple ligand specificity of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein (see paper)
39% identity, 90% coverage: 25:251/251 of query aligns to 4:236/238 of 1lagE

query
sites
1lagE
E
 
Q
K
 
T
L
 
V
K
 
R
M
 
I
G
 
G
I
 
T
E
 
D
A
 
T
A
 
T
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
F
N
 
S
N
 
S
K
 
K
D
 
D
A
 
A
S
 
K
G
 
G
Q
 
E
V
 
F
V
 
I
G
 
G
F
 
F
D
 
D
K
 
I
D
 
D
I
 
L
G
 
G
D
 
N
A
 
E
L
 
M
C
 
C
A
 
K
K
 
R
M
 
M
R
 
Q
V
 
V
E
 
K
C
 
C
E
 
T
V
 
W
V
 
V
T
 
A
S
 
S
D
 
D
W
x
F
D
 
D
G
 
A
I
 
L
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
N
 
K
A
 
A
K
 
K
K
 
K
F
 
I
D
 
D
F
 
A
L
 
I
V
 
I
S
|
S
S
|
S
L
|
L
S
|
S
I
 
I
T
 
T
E
 
D
E
 
K
R
|
R
K
 
Q
Q
 
Q
A
 
E
V
 
I
D
 
A
F
 
F
T
 
S
D
 
D
P
 
K
Y
 
L
Y
 
Y
S
 
A
N
 
A
K
 
D
L
 
S
Q
 
R
F
 
L
I
 
I
A
 
A
P
 
A
K
 
K
N
 
G
V
 
S
D
 
P
L
 
I
K
 
Q
T
 
P
D
 
T
K
 
L
D
 
E
S
 
S
L
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
K
I
 
H
I
 
V
G
 
G
T
 
V
Q
x
L
R
 
Q
A
 
G
T
x
S
L
 
T
A
x
Q
G
 
E
T
 
A
W
 
Y
L
 
A
E
 
N
D
 
D
N
 
N
Y
 
W
G
 
R
N
 
T
-
 
K
D
 
G
V
 
V
T
 
D
I
 
V
K
 
V
L
 
A
Y
 
Y
D
 
A
T
 
N
Q
 
Q
E
 
D
N
 
L
A
 
I
Y
 
Y
L
 
S
D
 
D
L
 
L
T
 
T
S
 
A
G
 
G
R
 
R
V
 
L
D
 
D
A
 
A
I
 
A
L
 
L
A
 
Q
D
|
D
K
 
E
Y
 
V
A
 
A
N
 
A
Y
 
S
D
 
E
-
 
G
W
 
F
L
 
L
K
 
K
S
 
Q
D
 
P
A
 
A
G
 
G
K
 
K
N
 
E
Y
 
Y
E
 
A
F
 
F
K
 
A
G
 
G
E
 
P
P
 
S
V
 
V
-
 
K
-
 
D
-
 
K
-
 
K
V
 
Y
A
 
F
S
 
G
D
 
D
K
 
G
I
 
T
G
 
G
I
 
V
A
 
G
V
 
L
R
 
R
K
 
K
G
 
D
Q
 
D
D
 
T
E
 
E
L
 
L
R
 
K
N
 
A
K
 
A
L
 
F
N
 
D
A
 
K
A
 
A
L
 
L
K
 
T
E
 
E
I
 
L
V
 
R
S
 
Q
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
K
 
D
K
 
K
I
 
M
N
 
A
D
 
K
K
 
K
Y
 
Y
F
 
F
P
 
D
F
 
F
S
 
N
I
 
V
Y
 
Y

1lafE Structural bases for multiple ligand specificity of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein (see paper)
39% identity, 90% coverage: 25:251/251 of query aligns to 4:236/238 of 1lafE

query
sites
1lafE
E
 
Q
K
 
T
L
 
V
K
 
R
M
 
I
G
 
G
I
 
T
E
x
D
A
 
T
A
 
T
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
F
N
 
S
N
 
S
K
 
K
D
 
D
A
 
A
S
 
K
G
 
G
Q
 
E
V
 
F
V
 
I
G
 
G
F
 
F
D
 
D
K
 
I
D
 
D
I
 
L
G
 
G
D
 
N
A
 
E
L
 
M
C
 
C
A
 
K
K
 
R
M
 
M
R
 
Q
V
 
V
E
 
K
C
 
C
E
 
T
V
 
W
V
 
V
T
 
A
S
 
S
D
 
D
W
x
F
D
 
D
G
 
A
I
 
L
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
N
 
K
A
 
A
K
 
K
K
 
K
F
 
I
D
 
D
F
 
A
L
 
I
V
 
I
S
|
S
S
|
S
L
 
L
S
|
S
I
 
I
T
 
T
E
 
D
E
 
K
R
|
R
K
 
Q
Q
 
Q
A
 
E
V
 
I
D
 
A
F
 
F
T
 
S
D
 
D
P
 
K
Y
 
L
Y
 
Y
S
 
A
N
 
A
K
 
D
L
 
S
Q
 
R
F
 
L
I
 
I
A
 
A
P
 
A
K
 
K
N
 
G
V
 
S
D
 
P
L
 
I
K
 
Q
T
 
P
D
 
T
K
 
L
D
 
E
S
 
S
L
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
K
I
 
H
I
 
V
G
 
G
T
 
V
Q
x
L
R
 
Q
A
 
G
T
x
S
L
x
T
A
x
Q
G
 
E
T
 
A
W
 
Y
L
 
A
E
 
N
D
 
D
N
 
N
Y
 
W
G
 
R
N
 
T
-
 
K
D
 
G
V
 
V
T
 
D
I
 
V
K
 
V
L
 
A
Y
 
Y
D
 
A
T
 
N
Q
 
Q
E
 
D
N
 
L
A
 
I
Y
 
Y
L
 
S
D
 
D
L
 
L
T
 
T
S
 
A
G
 
G
R
 
R
V
 
L
D
 
D
A
 
A
I
 
A
L
 
L
A
 
Q
D
|
D
K
 
E
Y
 
V
A
 
A
N
 
A
Y
 
S
D
 
E
-
 
G
W
 
F
L
 
L
K
 
K
S
 
Q
D
 
P
A
 
A
G
 
G
K
 
K
N
 
E
Y
 
Y
E
 
A
F
 
F
K
 
A
G
 
G
E
 
P
P
 
S
V
 
V
-
 
K
-
 
D
-
 
K
-
 
K
V
 
Y
A
 
F
S
 
G
D
 
D
K
 
G
I
 
T
G
 
G
I
 
V
A
 
G
V
 
L
R
 
R
K
 
K
G
 
D
Q
 
D
D
 
T
E
 
E
L
 
L
R
 
K
N
 
A
K
 
A
L
 
F
N
 
D
A
 
K
A
 
A
L
 
L
K
 
T
E
 
E
I
 
L
V
 
R
S
 
Q
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
K
 
D
K
 
K
I
 
M
N
 
A
D
 
K
K
 
K
Y
 
Y
F
 
F
P
 
D
F
 
F
S
 
N
I
 
V
Y
 
Y

4zv2A An ancestral arginine-binding protein bound to glutamine (see paper)
39% identity, 88% coverage: 27:246/251 of query aligns to 6:223/225 of 4zv2A

query
sites
4zv2A
L
 
L
K
 
R
M
 
V
G
 
G
I
 
T
E
|
E
A
 
A
A
 
T
Y
x
F
P
 
P
P
 
P
F
 
F
N
 
G
N
 
F
K
 
K
D
 
D
A
 
E
S
 
N
G
 
G
Q
 
K
V
 
L
V
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
K
 
I
D
 
D
I
 
L
G
 
A
D
 
K
A
 
A
L
 
I
C
 
A
A
 
K
K
 
K
M
 
L
R
 
G
V
 
V
E
 
K
C
 
V
E
 
E
V
 
F
V
 
K
T
 
P
S
 
M
D
 
D
W
x
F
D
 
D
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
L
N
 
Q
A
 
S
K
 
G
K
 
K
F
 
I
D
 
D
F
 
V
L
 
V
V
 
I
S
 
A
S
x
G
L
x
M
S
x
T
I
 
I
T
 
T
E
 
E
E
 
E
R
|
R
K
 
K
Q
 
K
A
 
Q
V
 
V
D
 
D
F
 
F
T
 
S
D
 
D
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
F
S
 
E
N
 
A
K
 
G
L
 
Q
Q
 
A
F
 
I
I
 
V
A
 
V
P
 
K
K
 
K
N
 
G
V
 
N
D
 
D
L
 
S
K
 
I
T
 
K
D
 
S
K
 
L
D
 
E
S
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
K
I
 
K
I
 
V
G
 
G
T
 
V
Q
 
Q
R
 
L
A
 
G
T
x
S
L
x
T
A
 
S
G
 
E
T
 
Q
W
 
H
L
 
V
E
 
K
D
 
-
N
 
K
Y
 
V
G
 
A
N
 
A
D
 
G
V
 
V
T
 
K
I
 
V
K
 
K
L
 
K
Y
 
F
D
 
D
T
 
N
Q
 
F
E
 
S
N
 
E
A
 
A
Y
 
F
L
 
Q
D
 
E
L
 
L
T
 
K
S
 
S
G
 
G
R
 
R
V
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
V
L
 
V
A
 
T
D
|
D
K
 
N
Y
 
A
A
 
V
N
 
A
Y
 
L
D
 
A
W
 
Y
L
 
V
K
 
K
S
 
Q
D
 
N
A
 
P
G
 
N
K
 
A
N
 
G
Y
 
V
E
 
K
F
 
I
K
 
V
G
 
G
E
 
E
P
 
-
V
 
T
V
 
F
A
 
S
S
 
G
D
 
E
K
 
P
I
 
Y
G
 
G
I
 
I
A
 
A
V
 
V
R
 
R
K
 
K
G
 
G
Q
 
N
D
 
S
E
 
E
L
 
L
R
 
L
N
 
E
K
 
K
L
 
I
N
 
N
A
 
K
A
 
A
L
 
L
K
 
E
E
 
E
I
 
M
V
 
K
S
 
K
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
K
 
D
K
 
K
I
 
I
N
 
Y
D
 
E
K
 
K
Y
 
W
F
 
F

4zv1A An ancestral arginine-binding protein bound to arginine (see paper)
39% identity, 88% coverage: 27:246/251 of query aligns to 6:225/226 of 4zv1A

query
sites
4zv1A
L
 
L
K
 
R
M
 
V
G
 
G
I
 
T
E
|
E
A
 
A
A
 
T
Y
x
F
P
 
P
P
 
P
F
 
F
N
 
G
N
 
F
K
 
K
D
 
D
A
 
E
S
 
N
G
 
G
Q
 
K
V
 
L
V
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
K
 
I
D
 
D
I
 
L
G
 
A
D
 
K
A
 
A
L
 
I
C
 
A
A
 
K
K
 
K
M
 
L
R
 
G
V
 
V
E
 
K
C
 
V
E
 
E
V
 
F
V
 
K
T
 
P
S
 
M
D
 
D
W
x
F
D
 
D
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
L
N
 
Q
A
 
S
K
 
G
K
 
K
F
 
I
D
 
D
F
 
V
L
 
V
V
 
I
S
x
A
S
x
G
L
x
M
S
x
T
I
 
I
T
 
T
E
 
E
E
 
E
R
|
R
K
 
K
Q
 
K
A
 
Q
V
 
V
D
 
D
F
 
F
T
 
S
D
 
D
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
F
S
 
E
N
 
A
K
 
G
L
 
Q
Q
 
A
F
 
I
I
 
V
A
 
V
P
 
K
K
 
K
N
 
G
V
 
N
D
 
D
L
 
S
K
 
I
T
 
K
D
 
S
K
 
L
D
 
E
S
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
K
I
 
K
I
 
V
G
 
G
T
 
V
Q
|
Q
R
 
L
A
 
G
T
x
S
L
x
T
A
 
S
G
 
E
T
 
Q
W
 
H
L
 
V
E
 
K
D
 
K
N
 
V
Y
 
A
G
 
K
N
 
D
-
 
A
D
 
G
V
 
V
T
 
K
I
 
V
K
 
K
L
 
K
Y
 
F
D
 
D
T
 
N
Q
 
F
E
 
S
N
 
E
A
 
A
Y
 
F
L
 
Q
D
 
E
L
 
L
T
 
K
S
 
S
G
 
G
R
 
R
V
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
V
L
 
V
A
 
T
D
|
D
K
 
N
Y
 
A
A
 
V
N
 
A
Y
 
L
D
 
A
W
 
Y
L
 
V
K
 
K
S
 
Q
D
 
N
A
 
P
G
 
N
K
 
A
N
 
G
Y
 
V
E
 
K
F
 
I
K
 
V
G
 
G
E
 
E
P
 
-
V
 
T
V
 
F
A
 
S
S
 
G
D
 
E
K
 
P
I
 
Y
G
 
G
I
 
I
A
 
A
V
 
V
R
 
R
K
 
K
G
 
G
Q
 
N
D
 
S
E
 
E
L
 
L
R
 
L
N
 
E
K
 
K
L
 
I
N
 
N
A
 
K
A
 
A
L
 
L
K
 
E
E
 
E
I
 
M
V
 
K
S
 
K
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
K
 
D
K
 
K
I
 
I
N
 
Y
D
 
E
K
 
K
Y
 
W
F
 
F

8hqrA Crystal structure of the arginine-/lysine-binding protein sar11_1210 from 'candidatus pelagibacter ubique' htcc1062 bound to arginine
32% identity, 89% coverage: 25:248/251 of query aligns to 8:263/267 of 8hqrA

query
sites
8hqrA
E
 
D
K
 
K
L
 
I
K
 
K
M
 
I
G
 
G
I
 
T
E
|
E
A
 
G
A
 
A
Y
|
Y
P
 
P
P
 
P
F
 
W
N
 
N
N
 
S
K
 
K
D
 
D
A
 
A
S
 
S
G
 
G
Q
 
A
V
 
L
V
 
I
G
 
G
F
 
F
D
 
E
K
 
V
D
 
E
I
 
L
G
 
A
D
 
E
A
 
E
L
 
L
C
 
C
A
 
K
K
 
I
M
 
M
R
 
G
V
 
R
E
 
E
C
 
C
E
 
T
V
 
I
V
 
V
T
 
E
S
 
Q
D
 
D
W
|
W
D
 
D
G
 
G
I
 
M
I
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
L
N
 
L
A
 
M
K
 
R
K
 
K
F
 
F
D
 
D
F
 
A
L
 
I
V
 
M
S
x
A
S
x
G
L
 
M
S
|
S
I
 
I
T
 
T
E
 
A
E
 
E
R
|
R
K
 
Q
Q
 
K
A
 
T
V
 
I
D
 
T
F
 
F
T
 
S
D
 
Q
P
 
G
Y
 
Y
Y
 
A
-
 
D
-
x
E
-
 
V
-
 
A
-
 
A
-
 
L
-
 
A
-
 
V
-
 
M
-
 
K
-
 
G
S
 
S
N
 
S
K
 
L
L
 
E
Q
 
S
F
 
M
I
 
D
A
 
T
P
 
P
K
 
E
N
 
G
V
 
I
D
 
N
-
 
L
-
 
T
-
 
L
-
 
G
-
 
G
-
 
S
-
 
A
-
 
V
-
 
K
-
 
K
-
 
T
L
 
L
K
 
K
T
 
T
D
 
L
K
 
T
D
 
A
S
 
A
L
 
L
K
 
A
G
 
G
K
 
K
I
 
T
I
 
V
G
 
C
T
 
T
Q
|
Q
R
 
T
A
 
G
T
|
T
L
x
I
A
 
H
G
 
Q
T
 
N
W
 
F
L
 
L
E
 
E
D
 
S
N
 
G
Y
 
D
G
 
V
N
 
G
D
 
K
V
 
V
T
 
N
I
 
V
K
 
R
L
 
T
Y
 
Y
D
 
K
T
 
T
Q
 
Q
E
 
D
N
 
E
A
 
V
Y
 
N
L
 
L
D
 
D
L
 
L
T
 
T
S
 
S
G
 
G
R
 
R
V
 
C
D
 
D
A
 
V
I
 
A
L
 
L
A
 
A
D
 
A
K
 
A
Y
 
V
A
 
A
N
 
F
Y
 
T
D
 
D
W
 
Y
L
 
-
K
 
-
S
 
-
D
 
-
A
 
-
G
 
-
K
 
-
N
 
-
Y
 
A
E
 
D
F
 
K
K
 
S
G
 
G
E
 
K
P
 
P
V
 
V
V
 
V
A
 
L
-
 
V
-
 
G
-
 
P
-
 
T
-
 
F
-
 
S
-
 
G
-
 
G
-
 
A
-
 
F
S
 
G
D
 
N
K
 
G
I
 
V
G
 
G
I
 
V
A
 
G
V
 
I
R
 
R
K
 
Q
G
 
G
Q
 
G
D
 
D
E
 
D
-
 
A
-
 
I
-
 
G
-
 
T
-
 
R
-
 
D
-
 
A
-
 
K
L
 
L
R
 
L
N
 
K
K
 
D
L
 
F
N
 
N
A
 
K
A
 
A
L
 
I
K
 
N
E
 
T
I
 
A
V
 
R
S
 
K
D
 
Q
G
 
G
T
 
I
Y
 
I
K
 
S
K
 
K
I
 
L
N
 
A
D
 
I
K
 
K
Y
 
H
F
 
F
P
 
G
F
 
F

3vv5A Crystal structure of ttc0807 complexed with (s)-2-aminoethyl-l- cysteine (aec) (see paper)
34% identity, 88% coverage: 26:246/251 of query aligns to 14:230/237 of 3vv5A

query
sites
3vv5A
K
 
E
L
 
I
K
 
R
M
 
I
G
 
G
I
 
T
E
|
E
A
 
G
A
 
A
Y
x
F
P
 
P
P
 
P
F
 
F
N
|
N
N
 
Y
K
 
F
D
 
D
A
 
E
S
 
R
G
 
N
Q
 
Q
V
 
L
V
 
T
G
 
G
F
 
F
D
 
E
K
 
V
D
 
D
I
 
L
G
 
G
D
 
N
A
 
A
L
 
I
C
 
A
A
 
E
K
 
R
M
 
L
R
 
G
V
 
L
E
 
K
C
 
P
E
 
R
V
 
W
V
 
I
T
 
A
S
 
Q
D
 
S
W
x
F
D
 
D
G
 
T
I
 
L
I
 
L
P
 
I
A
 
Q
L
 
L
N
 
N
A
 
Q
K
 
G
K
 
R
F
 
F
D
 
D
F
 
F
L
 
V
V
 
I
S
x
A
S
|
S
L
 
H
S
x
G
I
 
I
T
 
T
E
 
E
E
 
E
R
|
R
K
 
A
Q
 
R
A
 
A
V
 
V
D
 
D
F
 
F
T
 
T
D
 
N
P
 
P
Y
 
H
Y
 
Y
S
 
C
N
 
T
K
 
G
L
 
G
Q
 
V
F
 
I
I
 
V
A
 
S
P
 
R
K
 
K
N
 
G
V
 
-
D
 
G
L
 
P
K
 
R
T
 
T
D
 
A
K
 
K
D
 
D
S
 
-
L
 
L
K
 
Q
G
 
G
K
 
K
I
 
V
I
 
V
G
 
G
T
 
V
Q
 
Q
R
 
V
A
 
G
T
|
T
L
 
-
A
 
-
G
 
-
T
|
T
W
x
Y
L
 
M
E
 
E
-
 
A
-
 
A
D
 
Q
N
 
K
Y
 
I
G
 
P
N
 
G
D
 
I
V
 
K
T
 
E
I
 
V
K
 
R
L
 
T
Y
 
Y
D
 
Q
T
 
R
Q
 
D
E
 
P
N
 
D
A
 
A
Y
 
L
L
 
Q
D
 
D
L
 
L
T
 
L
S
 
A
G
 
G
R
 
R
V
 
I
D
 
D
A
 
T
I
 
W
L
 
I
A
 
T
D
 
D
K
 
R
Y
 
F
A
 
V
N
 
A
Y
 
K
D
 
E
W
 
A
L
 
I
K
 
K
S
 
E
D
 
R
A
 
K
G
 
L
K
 
E
N
 
N
Y
 
T
E
 
L
F
 
Q
K
 
V
G
 
G
E
 
E
P
 
-
V
 
L
V
 
V
A
 
F
S
 
Q
D
 
E
K
 
R
I
 
V
G
 
A
I
 
M
A
 
A
V
 
V
R
 
A
K
 
K
G
 
G
Q
 
N
D
 
K
E
 
S
L
 
L
R
 
L
N
 
D
K
 
A
L
 
L
N
 
N
A
 
R
A
 
A
L
 
L
K
 
A
E
 
E
I
 
L
V
 
M
S
 
Q
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
K
 
A
K
 
R
I
 
I
N
 
S
D
 
Q
K
 
K
Y
 
W
F
 
F

3vvfA Crystal structure of ttc0807 complexed with arginine (see paper)
34% identity, 88% coverage: 26:246/251 of query aligns to 18:234/241 of 3vvfA

query
sites
3vvfA
K
 
E
L
 
I
K
 
R
M
 
I
G
 
G
I
 
T
E
|
E
A
 
G
A
 
A
Y
x
F
P
 
P
P
 
P
F
 
F
N
 
N
N
 
Y
K
 
F
D
 
D
A
 
E
S
 
R
G
 
N
Q
 
Q
V
 
L
V
 
T
G
 
G
F
 
F
D
 
E
K
 
V
D
 
D
I
 
L
G
 
G
D
 
N
A
 
A
L
 
I
C
 
A
A
 
E
K
 
R
M
 
L
R
 
G
V
 
L
E
 
K
C
 
P
E
 
R
V
 
W
V
 
I
T
 
A
S
 
Q
D
 
S
W
x
F
D
 
D
G
 
T
I
 
L
I
 
L
P
 
I
A
 
Q
L
 
L
N
 
N
A
 
Q
K
 
G
K
 
R
F
 
F
D
 
D
F
 
F
L
 
V
V
 
I
S
x
A
S
|
S
L
x
H
S
x
G
I
 
I
T
 
T
E
 
E
E
 
E
R
|
R
K
 
A
Q
 
R
A
 
A
V
 
V
D
 
D
F
 
F
T
 
T
D
 
N
P
 
P
Y
 
H
Y
 
Y
S
 
C
N
 
T
K
 
G
L
 
G
Q
 
V
F
 
I
I
 
V
A
 
S
P
 
R
K
 
K
N
 
G
V
 
-
D
 
G
L
 
P
K
 
R
T
 
T
D
 
A
K
 
K
D
 
D
S
 
-
L
 
L
K
 
Q
G
 
G
K
 
K
I
 
V
I
 
V
G
 
G
T
 
V
Q
|
Q
R
 
V
A
 
G
T
|
T
L
 
-
A
 
-
G
 
-
T
|
T
W
x
Y
L
 
M
E
 
E
-
 
A
-
 
A
D
 
Q
N
 
K
Y
 
I
G
 
P
N
 
G
D
 
I
V
 
K
T
 
E
I
 
V
K
 
R
L
 
T
Y
 
Y
D
 
Q
T
 
R
Q
 
D
E
 
P
N
 
D
A
 
A
Y
 
L
L
 
Q
D
 
D
L
 
L
T
 
L
S
 
A
G
 
G
R
 
R
V
 
I
D
 
D
A
 
T
I
 
W
L
 
I
A
 
T
D
 
D
K
 
R
Y
 
F
A
 
V
N
 
A
Y
 
K
D
 
E
W
 
A
L
 
I
K
 
K
S
 
E
D
 
R
A
 
K
G
 
L
K
 
E
N
 
N
Y
 
T
E
 
L
F
 
Q
K
 
V
G
 
G
E
 
E
P
 
-
V
 
L
V
 
V
A
 
F
S
 
Q
D
x
E
K
 
R
I
 
V
G
 
A
I
 
M
A
 
A
V
 
V
R
 
A
K
 
K
G
 
G
Q
 
N
D
 
K
E
 
S
L
 
L
R
 
L
N
 
D
K
 
A
L
 
L
N
 
N
A
 
R
A
 
A
L
 
L
K
 
A
E
 
E
I
 
L
V
 
M
S
 
Q
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
K
 
A
K
 
R
I
 
I
N
 
S
D
 
Q
K
 
K
Y
 
W
F
 
F

3vveA Crystal structure of ttc0807 complexed with lysine (see paper)
34% identity, 88% coverage: 26:246/251 of query aligns to 18:234/241 of 3vveA

query
sites
3vveA
K
 
E
L
 
I
K
 
R
M
 
I
G
 
G
I
 
T
E
|
E
A
 
G
A
 
A
Y
x
F
P
 
P
P
 
P
F
 
F
N
 
N
N
 
Y
K
 
F
D
 
D
A
 
E
S
 
R
G
 
N
Q
 
Q
V
 
L
V
 
T
G
 
G
F
 
F
D
 
E
K
 
V
D
 
D
I
 
L
G
 
G
D
 
N
A
 
A
L
 
I
C
 
A
A
 
E
K
 
R
M
 
L
R
 
G
V
 
L
E
 
K
C
 
P
E
 
R
V
 
W
V
 
I
T
 
A
S
 
Q
D
 
S
W
x
F
D
 
D
G
 
T
I
 
L
I
 
L
P
 
I
A
 
Q
L
 
L
N
 
N
A
 
Q
K
 
G
K
 
R
F
 
F
D
 
D
F
 
F
L
 
V
V
 
I
S
 
A
S
|
S
L
x
H
S
 
G
I
 
I
T
 
T
E
 
E
E
 
E
R
|
R
K
 
A
Q
 
R
A
 
A
V
 
V
D
 
D
F
 
F
T
 
T
D
 
N
P
 
P
Y
 
H
Y
 
Y
S
 
C
N
 
T
K
 
G
L
 
G
Q
 
V
F
 
I
I
 
V
A
 
S
P
 
R
K
 
K
N
 
G
V
 
-
D
 
G
L
 
P
K
 
R
T
 
T
D
 
A
K
 
K
D
 
D
S
 
-
L
 
L
K
 
Q
G
 
G
K
 
K
I
 
V
I
 
V
G
 
G
T
 
V
Q
|
Q
R
 
V
A
 
G
T
|
T
L
 
-
A
 
-
G
 
-
T
|
T
W
x
Y
L
 
M
E
 
E
-
 
A
-
 
A
D
 
Q
N
 
K
Y
 
I
G
 
P
N
 
G
D
 
I
V
 
K
T
 
E
I
 
V
K
 
R
L
 
T
Y
 
Y
D
 
Q
T
 
R
Q
 
D
E
 
P
N
 
D
A
 
A
Y
 
L
L
 
Q
D
 
D
L
 
L
T
 
L
S
 
A
G
 
G
R
 
R
V
 
I
D
 
D
A
 
T
I
 
W
L
 
I
A
 
T
D
 
D
K
 
R
Y
 
F
A
 
V
N
 
A
Y
 
K
D
 
E
W
 
A
L
 
I
K
 
K
S
 
E
D
 
R
A
 
K
G
 
L
K
 
E
N
 
N
Y
 
T
E
 
L
F
 
Q
K
 
V
G
 
G
E
 
E
P
 
-
V
 
L
V
 
V
A
 
F
S
 
Q
D
x
E
K
 
R
I
 
V
G
 
A
I
 
M
A
 
A
V
 
V
R
 
A
K
 
K
G
 
G
Q
 
N
D
 
K
E
 
S
L
 
L
R
 
L
N
 
D
K
 
A
L
 
L
N
 
N
A
 
R
A
 
A
L
 
L
K
 
A
E
 
E
I
 
L
V
 
M
S
 
Q
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
K
 
A
K
 
R
I
 
I
N
 
S
D
 
Q
K
 
K
Y
 
W
F
 
F

3vvdA Crystal structure of ttc0807 complexed with ornithine (see paper)
34% identity, 88% coverage: 26:246/251 of query aligns to 18:234/241 of 3vvdA

query
sites
3vvdA
K
 
E
L
 
I
K
 
R
M
 
I
G
 
G
I
 
T
E
|
E
A
 
G
A
 
A
Y
 
F
P
 
P
P
 
P
F
 
F
N
 
N
N
 
Y
K
 
F
D
 
D
A
 
E
S
 
R
G
 
N
Q
 
Q
V
 
L
V
 
T
G
 
G
F
 
F
D
 
E
K
 
V
D
 
D
I
 
L
G
 
G
D
 
N
A
 
A
L
 
I
C
 
A
A
 
E
K
 
R
M
 
L
R
 
G
V
 
L
E
 
K
C
 
P
E
 
R
V
 
W
V
 
I
T
 
A
S
 
Q
D
 
S
W
x
F
D
 
D
G
 
T
I
 
L
I
 
L
P
 
I
A
 
Q
L
 
L
N
 
N
A
 
Q
K
 
G
K
 
R
F
 
F
D
 
D
F
 
F
L
 
V
V
 
I
S
 
A
S
|
S
L
x
H
S
x
G
I
 
I
T
 
T
E
 
E
E
 
E
R
|
R
K
 
A
Q
 
R
A
 
A
V
 
V
D
 
D
F
 
F
T
 
T
D
 
N
P
 
P
Y
 
H
Y
 
Y
S
 
C
N
 
T
K
 
G
L
 
G
Q
 
V
F
 
I
I
 
V
A
 
S
P
 
R
K
 
K
N
 
G
V
 
-
D
 
G
L
 
P
K
 
R
T
 
T
D
 
A
K
 
K
D
 
D
S
 
-
L
 
L
K
 
Q
G
 
G
K
 
K
I
 
V
I
 
V
G
 
G
T
 
V
Q
|
Q
R
 
V
A
 
G
T
|
T
L
 
-
A
 
-
G
 
-
T
|
T
W
x
Y
L
 
M
E
 
E
-
 
A
-
 
A
D
 
Q
N
 
K
Y
 
I
G
 
P
N
 
G
D
 
I
V
 
K
T
 
E
I
 
V
K
 
R
L
 
T
Y
 
Y
D
 
Q
T
 
R
Q
 
D
E
 
P
N
 
D
A
 
A
Y
 
L
L
 
Q
D
 
D
L
 
L
T
 
L
S
 
A
G
 
G
R
 
R
V
 
I
D
 
D
A
 
T
I
 
W
L
 
I
A
 
T
D
 
D
K
 
R
Y
 
F
A
 
V
N
 
A
Y
 
K
D
 
E
W
 
A
L
 
I
K
 
K
S
 
E
D
 
R
A
 
K
G
 
L
K
 
E
N
 
N
Y
 
T
E
 
L
F
 
Q
K
 
V
G
 
G
E
 
E
P
 
-
V
 
L
V
 
V
A
 
F
S
 
Q
D
x
E
K
 
R
I
 
V
G
 
A
I
 
M
A
 
A
V
 
V
R
 
A
K
 
K
G
 
G
Q
 
N
D
 
K
E
 
S
L
 
L
R
 
L
N
 
D
K
 
A
L
 
L
N
 
N
A
 
R
A
 
A
L
 
L
K
 
A
E
 
E
I
 
L
V
 
M
S
 
Q
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
K
 
A
K
 
R
I
 
I
N
 
S
D
 
Q
K
 
K
Y
 
W
F
 
F

2y7iA Structural basis for high arginine specificity in salmonella typhimurium periplasmic binding protein stm4351. (see paper)
33% identity, 90% coverage: 21:246/251 of query aligns to 2:227/228 of 2y7iA

query
sites
2y7iA
A
 
S
M
 
V
A
 
S
A
 
A
E
 
R
K
 
T
L
 
L
K
x
H
M
 
F
G
 
G
I
 
T
E
 
S
A
 
A
A
 
T
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
Y
N
x
E
N
 
F
K
 
V
D
|
D
A
 
A
S
x
D
G
 
N
Q
 
K
V
 
I
V
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
K
 
I
D
 
D
I
 
V
G
 
A
D
 
N
A
 
A
L
 
V
C
 
C
A
 
K
K
 
E
M
 
M
R
 
Q
V
 
A
E
 
E
C
 
C
E
 
S
V
 
F
V
 
T
T
 
N
S
 
Q
D
 
S
W
x
F
D
|
D
G
 
S
I
 
L
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
N
 
R
A
 
F
K
 
K
K
 
K
F
 
F
D
|
D
F
 
A
L
 
V
V
 
I
S
x
A
S
x
G
L
 
M
S
x
D
I
 
M
T
 
T
E
 
P
E
 
K
R
|
R
K
 
E
Q
 
Q
A
 
Q
V
 
V
D
 
S
F
 
F
T
 
S
D
 
Q
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
Y
S
 
E
N
 
G
K
 
L
L
 
S
Q
 
A
F
 
V
I
 
V
A
 
V
P
 
T
K
 
R
N
 
K
V
 
G
D
 
A
L
 
Y
K
 
H
T
 
T
D
 
F
K
 
A
D
 
D
S
 
-
L
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
K
I
 
K
I
 
V
G
 
G
T
 
L
Q
x
E
R
 
N
A
 
G
T
|
T
L
x
T
A
 
H
G
 
Q
T
 
R
W
 
Y
L
 
L
E
 
Q
D
 
D
N
 
K
Y
 
-
G
 
Q
N
 
Q
D
 
A
V
 
I
T
 
T
I
 
P
K
 
V
L
 
A
Y
 
Y
D
|
D
T
 
S
Q
 
Y
E
 
L
N
 
N
A
 
A
Y
 
F
L
 
T
D
 
D
L
 
L
T
 
K
S
 
N
G
 
N
R
 
R
V
 
L
D
 
E
A
 
G
I
 
V
L
 
F
A
 
G
D
|
D
K
 
V
Y
 
A
A
 
A
N
 
I
Y
 
G
D
 
K
W
 
W
L
 
L
K
 
K
S
 
N
-
 
N
-
 
P
D
 
D
A
 
Y
G
 
A
K
 
I
N
 
M
Y
 
D
E
 
E
F
 
R
K
 
A
G
 
S
E
 
D
P
 
P
V
 
D
V
 
Y
A
 
Y
S
 
G
D
 
K
K
 
G
I
 
L
G
 
G
I
 
I
A
 
A
V
 
V
R
 
R
K
 
K
G
 
D
Q
 
N
D
 
D
E
 
A
L
 
L
R
 
L
N
 
Q
K
 
E
L
 
I
N
 
N
A
 
A
A
 
A
L
 
L
K
 
D
E
 
K
I
 
V
V
 
K
S
 
A
D
 
S
G
 
P
T
 
E
Y
 
Y
K
 
A
K
 
Q
I
 
M
N
 
Q
D
 
E
K
 
K
Y
 
W
F
 
F

5t0wA Crystal structure of the ancestral amino acid-binding protein anccdt- 1, a precursor of cyclohexadienyl dehydratase
36% identity, 90% coverage: 22:246/251 of query aligns to 7:228/229 of 5t0wA

query
sites
5t0wA
M
 
M
A
 
K
A
 
R
E
 
G
K
 
T
L
 
L
K
 
R
M
 
V
G
 
G
I
 
T
E
x
D
A
 
A
A
 
D
Y
|
Y
P
 
K
P
 
P
F
 
F
N
 
S
N
 
F
K
 
K
D
 
D
A
 
K
S
 
N
G
 
G
Q
 
Q
V
 
Y
V
 
T
G
 
G
F
 
F
D
 
D
K
 
I
D
 
D
I
 
L
G
 
A
D
 
K
A
 
A
L
 
L
C
 
A
A
 
K
K
 
E
M
 
L
R
 
G
V
 
V
E
 
K
C
 
V
E
 
E
V
 
F
V
 
V
T
 
P
S
 
T
D
 
T
W
|
W
D
 
D
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
L
N
 
Q
A
 
T
K
 
G
K
 
K
F
 
F
D
 
D
F
 
I
L
 
V
V
 
M
S
|
S
S
x
G
L
x
M
S
x
T
I
 
I
T
 
T
E
 
P
E
 
E
R
|
R
K
 
K
Q
 
K
A
 
K
V
 
V
D
 
D
F
 
F
T
 
S
D
 
D
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
M
S
 
T
N
 
A
K
 
G
L
 
Q
Q
 
T
F
 
I
I
 
L
A
 
V
P
 
K
K
 
K
-
 
D
N
 
N
V
 
A
D
 
D
-
 
K
L
 
I
K
 
K
T
 
S
D
 
F
K
 
E
D
 
D
S
 
L
L
 
N
K
 
K
G
 
P
K
 
D
I
 
V
-
 
K
-
 
V
-
 
A
-
 
V
-
x
Q
I
 
L
G
 
G
T
|
T
Q
x
T
R
 
S
A
 
E
T
 
Q
L
 
A
A
 
A
G
 
K
T
 
E
W
 
F
L
 
L
E
 
P
D
 
-
N
 
-
Y
 
-
G
 
-
N
 
-
D
 
K
V
 
A
T
 
K
I
 
I
K
 
R
L
 
T
Y
 
F
D
 
E
T
 
N
Q
 
N
E
 
A
N
 
E
A
 
A
Y
 
F
L
 
Q
D
 
E
L
 
V
T
 
V
S
 
S
G
 
G
R
 
R
V
 
A
D
 
D
A
 
A
I
 
M
L
 
V
A
 
T
D
|
D
K
 
S
-
 
P
-
 
V
-
 
A
-
 
A
-
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
N
 
K
Y
 
L
D
 
A
W
 
V
L
 
V
K
 
V
S
 
V
D
 
D
A
 
E
G
 
-
K
 
-
N
 
-
Y
 
-
E
 
P
F
 
F
K
 
T
G
 
H
E
 
E
P
 
P
V
 
-