SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing AO353_17105 AO353_17105 ABC transporter ATP-binding protein to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1ji0A Crystal structure analysis of the abc transporter from thermotoga maritima
51% identity, 100% coverage: 1:232/233 of query aligns to 6:238/240 of 1ji0A

query
sites
1ji0A
M
 
V
L
 
L
Q
 
E
F
 
V
E
 
Q
N
 
S
V
 
L
S
 
H
T
 
V
F
 
Y
Y
|
Y
G
 
G
K
 
A
I
 
I
Q
 
H
A
 
A
L
 
I
H
 
K
G
 
G
V
 
I
N
 
D
V
 
L
E
 
K
V
 
V
R
 
P
Q
 
R
G
 
G
E
 
Q
I
 
I
V
 
V
T
 
T
L
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
A
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
L
 
L
M
 
S
T
 
A
L
 
I
C
 
A
G
 
G
S
 
L
P
 
V
Q
 
R
A
 
A
H
 
Q
S
 
K
G
 
G
S
 
K
I
 
I
R
 
I
Y
 
F
M
 
N
G
 
G
E
 
Q
E
 
D
L
 
I
V
 
T
G
 
N
Q
 
K
D
 
P
S
 
A
A
 
H
R
 
V
I
 
I
M
 
N
R
 
R
K
 
M
S
 
G
I
 
I
A
 
A
V
 
L
V
 
V
P
 
P
E
|
E
G
 
G
R
 
R
R
 
R
V
 
I
F
 
F
A
 
P
R
 
E
L
 
L
T
 
T
V
 
V
E
 
Y
E
 
E
N
 
N
L
 
L
A
 
M
M
 
M
G
 
G
G
 
A
F
 
Y
F
 
N
-
 
R
T
 
K
E
 
D
K
 
K
G
 
E
D
 
G
Y
 
I
Q
 
K
E
 
R
Q
 
D
M
 
L
D
 
E
K
 
W
V
 
I
L
 
F
G
 
S
L
 
L
F
 
F
P
 
P
R
 
R
L
 
L
K
 
K
E
 
E
R
 
R
F
 
L
N
 
K
Q
 
Q
R
 
L
G
 
G
G
 
G
T
 
T
M
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
M
L
 
L
A
 
A
I
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
M
S
 
S
K
 
R
P
 
P
K
 
K
L
 
L
L
 
L
L
 
M
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
S
L
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
A
P
 
P
I
 
I
I
 
L
I
 
V
Q
 
S
Q
 
E
I
 
V
F
 
F
D
 
E
I
 
V
I
 
I
E
 
Q
Q
 
K
L
 
I
R
 
N
K
 
Q
D
 
E
G
 
G
V
 
T
T
 
T
V
 
I
F
 
L
L
 
L
V
 
V
E
 
E
Q
 
Q
N
 
N
A
 
A
N
 
L
Q
 
G
A
 
A
L
 
L
K
 
K
V
 
V
A
 
A
D
 
H
R
 
Y
A
 
G
Y
 
Y
V
 
V
L
 
L
E
 
E
N
 
T
G
 
G
R
 
Q
V
 
I
V
 
V
M
 
L
Q
 
E
G
 
G
T
 
K
G
 
A
A
 
S
A
 
E
L
 
L
L
 
L
S
 
D
D
 
N
P
 
E
K
 
M
V
 
V
R
 
R
D
 
K
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

1g6hA Crystal structure of the adp conformation of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
30% identity, 100% coverage: 1:232/233 of query aligns to 4:253/254 of 1g6hA

query
sites
1g6hA
M
 
I
L
 
L
Q
 
R
F
 
T
E
 
E
N
 
N
V
 
I
S
 
V
T
 
K
F
 
Y
Y
x
F
G
 
G
K
 
E
I
x
F
Q
 
K
A
 
A
L
 
L
H
 
D
G
 
G
V
 
V
N
 
S
V
 
I
E
 
S
V
 
V
R
 
N
Q
 
K
G
 
G
E
 
D
I
 
V
V
 
T
T
 
L
L
 
I
I
 
I
G
 
G
A
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
I
M
 
N
T
 
V
L
 
I
C
 
T
G
 
G
S
 
F
P
 
L
Q
 
K
A
 
A
H
 
D
S
 
E
G
 
G
S
 
R
I
 
V
R
 
Y
Y
 
F
M
 
E
G
 
N
E
 
K
E
 
D
L
 
I
V
 
T
G
 
N
Q
 
K
D
 
E
S
 
P
A
 
A
R
 
E
I
 
L
M
 
Y
R
 
H
K
 
Y
S
 
G
I
 
I
A
 
V
V
 
R
V
 
T
P
 
F
E
 
Q
G
 
T
R
 
P
R
 
Q
V
 
P
F
 
L
A
 
K
R
 
E
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
L
A
 
L
M
 
I
G
 
G
-
 
E
-
 
I
-
 
C
-
 
P
-
 
G
-
 
E
-
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
N
G
 
S
F
 
L
F
 
F
T
 
Y
E
 
K
K
 
K
G
 
W
-
 
I
-
 
P
D
 
K
Y
 
E
Q
 
E
E
 
E
Q
 
M
M
 
V
D
 
E
K
 
K
V
 
A
L
 
F
G
 
K
L
 
I
-
 
L
-
 
E
F
 
F
P
 
L
R
 
K
L
 
L
K
 
S
E
 
H
R
 
L
F
 
Y
N
 
D
Q
 
R
R
 
K
G
 
A
G
 
G
T
 
E
M
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
M
Q
 
K
M
 
L
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
M
S
 
T
K
 
N
P
 
P
K
 
K
L
 
M
L
 
I
L
 
V
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
I
L
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
A
P
 
P
I
 
G
I
 
L
I
 
A
Q
 
H
Q
 
D
I
 
I
F
 
F
D
 
N
I
 
H
I
 
V
E
 
L
Q
 
E
L
 
L
R
 
K
K
 
A
D
 
K
G
 
G
V
 
I
T
 
T
V
 
F
F
 
L
L
 
I
V
 
I
E
 
E
Q
 
H
N
 
R
A
 
L
N
 
D
Q
 
I
A
 
V
L
 
L
K
 
N
V
 
Y
A
 
I
D
 
D
R
 
H
A
 
L
Y
 
Y
V
 
V
L
 
M
E
 
F
N
 
N
G
 
G
R
 
Q
V
 
I
V
 
I
M
 
A
Q
 
E
G
 
G
T
 
R
G
 
G
A
 
E
A
 
E
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
N
L
 
V
L
 
L
S
 
S
D
 
D
P
 
P
K
 
K
V
 
V
R
 
V
D
 
E
A
 
I
Y
 
Y
L
 
I
G
 
G

1g9xB Characterization of the twinning structure of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
30% identity, 100% coverage: 1:232/233 of query aligns to 4:253/253 of 1g9xB

query
sites
1g9xB
M
 
I
L
 
L
Q
 
R
F
 
T
E
 
E
N
 
N
V
 
I
S
 
V
T
 
K
F
 
Y
Y
x
F
G
 
G
K
 
E
I
x
F
Q
 
K
A
 
A
L
 
L
H
 
D
G
 
G
V
 
V
N
 
S
V
 
I
E
 
S
V
 
V
R
 
C
Q
 
K
G
 
G
E
 
D
I
 
V
V
 
T
T
 
L
L
 
I
I
 
I
G
 
G
A
 
P
N
 
N
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
I
M
 
N
T
 
V
L
 
I
C
 
T
G
 
G
S
 
F
P
 
L
Q
 
K
A
 
A
H
 
D
S
 
E
G
 
G
S
 
R
I
 
V
R
 
Y
Y
 
F
M
 
E
G
 
N
E
 
K
E
 
D
L
 
I
V
 
T
G
 
N
Q
 
K
D
 
E
S
 
P
A
 
A
R
 
E
I
 
L
M
 
Y
R
 
H
K
 
Y
S
 
G
I
 
I
A
 
V
V
 
R
V
 
T
P
 
F
E
 
Q
G
 
T
R
 
P
R
 
Q
V
 
P
F
 
L
A
 
K
R
 
E
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
L
A
 
L
M
 
I
G
 
G
-
 
E
-
 
I
-
 
N
-
 
P
-
 
G
-
 
E
-
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
N
G
 
S
F
 
L
F
 
F
T
 
Y
E
 
K
K
 
K
G
 
W
-
 
I
-
 
P
D
 
K
Y
 
E
Q
 
E
E
 
E
Q
 
M
M
 
V
D
 
E
K
 
K
V
 
A
L
 
F
G
 
K
L
 
I
-
 
L
-
 
E
F
 
F
P
 
L
R
 
K
L
 
L
K
 
S
E
 
H
R
 
L
F
 
Y
N
 
D
Q
 
R
R
 
K
G
 
A
G
 
G
T
 
E
M
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
M
Q
 
K
M
 
L
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
M
S
 
T
K
 
N
P
 
P
K
 
K
L
 
M
L
 
I
L
 
V
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
I
L
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
A
P
 
P
I
 
G
I
 
L
I
 
A
Q
 
H
Q
 
D
I
 
I
F
 
F
D
 
N
I
 
H
I
 
V
E
 
L
Q
 
E
L
 
L
R
 
K
K
 
A
D
 
K
G
 
G
V
 
I
T
 
T
V
 
F
F
 
L
L
 
I
V
 
I
E
 
E
Q
 
H
N
 
R
A
 
L
N
 
D
Q
 
I
A
 
V
L
 
L
K
 
N
V
 
Y
A
 
I
D
 
D
R
 
H
A
 
L
Y
 
Y
V
 
V
L
 
M
E
 
F
N
 
N
G
 
G
R
 
Q
V
 
I
V
 
I
M
 
A
Q
 
E
G
 
G
T
 
R
G
 
G
A
 
E
A
 
E
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
N
L
 
V
L
 
L
S
 
S
D
 
D
P
 
P
K
 
K
V
 
V
R
 
V
D
 
E
A
 
I
Y
 
Y
L
 
I
G
 
G

6mjpA Lptb(e163q)fgc from vibrio cholerae (see paper)
30% identity, 100% coverage: 1:232/233 of query aligns to 2:235/240 of 6mjpA

query
sites
6mjpA
M
 
I
L
 
L
Q
 
K
F
 
A
E
 
Q
N
 
H
V
 
L
S
 
A
T
 
K
F
 
S
Y
 
Y
G
 
K
K
 
K
I
 
R
Q
 
K
A
 
V
L
 
V
H
 
S
G
 
D
V
 
V
N
 
S
V
 
L
E
 
Q
V
 
V
R
 
E
Q
 
S
G
 
G
E
 
Q
I
 
I
V
 
V
T
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
A
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
L
 
S
L
 
F
M
 
Y
T
 
M
L
 
I
C
 
V
G
 
G
S
 
L
P
 
V
Q
 
A
A
 
R
H
 
D
S
 
E
G
 
G
S
 
T
I
 
I
R
 
T
Y
 
I
M
 
D
G
 
D
E
 
N
E
 
D
L
 
I
V
 
S
G
 
I
Q
 
L
D
 
P
S
 
M
A
 
H
R
 
S
I
 
R
M
 
S
R
 
R
K
 
M
S
 
G
I
 
I
A
 
G
V
 
Y
V
 
L
P
 
P
E
 
Q
G
 
E
R
 
A
R
 
S
V
 
I
F
 
F
A
 
R
R
 
K
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
E
E
 
D
N
 
N
L
 
I
A
 
M
M
 
A
G
 
V
G
 
L
F
 
Q
F
 
T
T
 
R
E
 
E
K
 
E
G
 
L
D
 
T
Y
 
H
Q
x
E
E
 
E
Q
 
R
M
 
Q
D
|
D
K
 
K
V
 
L
L
 
E
G
 
D
L
 
L
F
 
L
P
 
E
R
 
E
L
 
F
K
 
H
E
 
I
R
 
Q
F
 
H
N
 
I
Q
 
R
R
 
K
-
 
S
-
 
A
G
 
G
G
 
M
T
 
A
M
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
S
 
A
K
 
N
P
 
P
K
 
Q
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
S
 
F
L
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
I
 
I
I
 
S
I
 
V
Q
 
I
Q
 
D
I
 
I
F
 
K
D
 
K
I
 
I
I
 
I
E
 
E
Q
 
H
L
 
L
R
 
R
K
 
D
D
 
R
G
 
G
V
 
L
T
 
G
V
 
V
F
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
N
 
R
Q
 
E
A
 
T
L
 
L
K
 
D
V
 
V
A
 
C
D
 
E
R
 
K
A
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
E
 
S
N
 
Q
G
 
G
R
 
R
V
 
L
V
 
I
M
 
A
Q
 
E
G
 
G
T
 
T
G
 
P
A
 
Q
A
 
D
L
 
V
L
 
L
S
 
N
D
 
N
P
 
E
K
 
Q
V
 
V
R
 
K
D
 
Q
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6mhzA Vanadate trapped cryo-em structure of e.Coli lptb2fg transporter (see paper)
31% identity, 99% coverage: 2:232/233 of query aligns to 3:235/235 of 6mhzA

query
sites
6mhzA
L
 
L
Q
 
T
F
 
A
E
 
K
N
 
N
V
 
L
S
 
A
T
 
K
F
 
A
Y
|
Y
G
 
K
K
 
G
I
 
R
Q
 
R
A
 
V
L
 
V
H
 
E
G
 
D
V
 
V
N
 
S
V
 
L
E
 
T
V
 
V
R
 
N
Q
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
T
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
A
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
L
 
F
M
 
Y
T
 
M
L
 
V
C
 
V
G
 
G
S
 
I
P
 
V
Q
 
P
A
 
R
H
 
D
S
 
A
G
 
G
S
 
N
I
 
I
R
 
I
Y
 
I
M
 
D
G
 
D
E
 
D
E
 
D
L
 
I
V
 
S
G
 
L
Q
 
L
D
 
P
S
 
L
A
 
H
R
 
A
I
 
R
M
 
A
R
 
R
K
 
R
S
 
G
I
 
I
A
 
G
V
 
Y
V
 
L
P
 
P
E
x
Q
G
 
E
R
 
A
R
 
S
V
 
I
F
 
F
A
 
R
R
 
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
A
 
M
M
 
A
G
 
V
G
 
L
F
 
Q
F
 
I
T
 
R
E
 
D
K
 
D
G
 
L
D
 
S
Y
 
A
Q
 
E
E
 
Q
Q
 
R
M
 
E
D
 
D
K
 
R
V
 
A
L
 
N
G
 
E
L
 
L
F
 
M
P
 
E
-
 
E
-
 
F
R
 
H
L
 
I
K
 
E
E
 
H
R
 
L
F
 
R
N
 
D
Q
 
S
R
 
M
G
 
G
G
 
Q
T
x
S
M
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
S
 
A
K
 
N
P
 
P
K
 
K
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
F
L
 
A
G
|
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
I
 
I
I
 
S
I
 
V
Q
 
I
Q
 
D
I
 
I
F
 
K
D
 
R
I
 
I
I
 
I
E
 
E
Q
 
H
L
 
L
R
 
R
K
 
D
D
 
S
G
 
G
V
 
L
T
 
G
V
 
V
F
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
x
H
N
 
N
A
 
V
N
 
R
Q
 
E
A
 
T
L
 
L
K
 
A
V
 
V
A
 
C
D
 
E
R
 
R
A
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
E
 
S
N
 
Q
G
 
G
R
 
H
V
 
L
V
 
I
M
 
A
Q
 
H
G
 
G
T
 
T
G
 
P
A
 
T
A
 
E
L
 
I
L
 
L
S
 
Q
D
 
D
P
 
E
K
 
H
V
 
V
R
 
K
D
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6s8nB Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with lipopolysaccharide (see paper)
31% identity, 99% coverage: 2:232/233 of query aligns to 3:235/238 of 6s8nB

query
sites
6s8nB
L
 
L
Q
 
T
F
 
A
E
 
K
N
 
N
V
 
L
S
 
A
T
 
K
F
 
A
Y
 
Y
G
 
K
K
 
G
I
 
R
Q
 
R
A
 
V
L
 
V
H
 
E
G
 
D
V
 
V
N
 
S
V
 
L
E
 
T
V
 
V
R
 
N
Q
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
T
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
A
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
L
 
T
L
 
F
M
 
Y
T
 
M
L
 
V
C
 
V
G
 
G
S
 
I
P
 
V
Q
 
P
A
 
R
H
 
D
S
 
A
G
 
G
S
 
N
I
 
I
R
 
I
Y
 
I
M
 
D
G
 
D
E
 
D
E
 
D
L
 
I
V
 
S
G
 
L
Q
 
L
D
 
P
S
 
L
A
 
H
R
 
A
I
 
R
M
 
A
R
 
R
K
 
R
S
 
G
I
 
I
A
 
G
V
 
Y
V
 
L
P
 
P
E
 
Q
G
 
E
R
 
A
R
 
S
V
 
I
F
 
F
A
x
R
R
 
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
A
 
M
M
 
A
G
 
V
G
 
L
F
 
Q
F
 
I
T
 
R
E
 
D
K
 
D
G
 
L
D
 
S
Y
 
A
Q
 
E
E
 
Q
Q
 
R
M
 
E
D
 
D
K
 
R
V
 
A
L
 
N
G
 
E
L
 
L
F
 
M
P
 
E
-
 
E
-
 
F
R
 
H
L
 
I
K
 
E
E
 
H
R
 
L
F
 
R
N
 
D
Q
 
S
R
x
M
G
|
G
G
x
Q
T
 
S
M
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
S
 
A
K
 
N
P
 
P
K
 
K
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
L
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
I
 
I
I
 
S
I
 
V
Q
 
I
Q
 
D
I
 
I
F
 
K
D
 
R
I
 
I
I
 
I
E
 
E
Q
 
H
L
 
L
R
 
R
K
 
D
D
 
S
G
 
G
V
 
L
T
 
G
V
 
V
F
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
N
 
R
Q
 
E
A
 
T
L
 
L
K
 
A
V
 
V
A
 
C
D
 
E
R
 
R
A
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
E
 
S
N
 
Q
G
 
G
R
 
H
V
 
L
V
 
I
M
 
A
Q
 
H
G
 
G
T
 
T
G
 
P
A
 
T
A
 
E
L
 
I
L
 
L
S
 
Q
D
 
D
P
 
E
K
 
H
V
 
V
R
 
K
D
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6s8gA Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with amp-pnp (see paper)
31% identity, 99% coverage: 2:232/233 of query aligns to 3:235/238 of 6s8gA

query
sites
6s8gA
L
 
L
Q
 
T
F
 
A
E
 
K
N
 
N
V
 
L
S
 
A
T
 
K
F
 
A
Y
|
Y
G
 
K
K
 
G
I
x
R
Q
 
R
A
 
V
L
 
V
H
 
E
G
 
D
V
 
V
N
 
S
V
 
L
E
 
T
V
 
V
R
 
N
Q
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
T
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
A
 
P
N
|
N
G
 
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
L
 
F
M
 
Y
T
 
M
L
 
V
C
 
V
G
 
G
S
 
I
P
 
V
Q
 
P
A
 
R
H
 
D
S
 
A
G
 
G
S
 
N
I
 
I
R
 
I
Y
 
I
M
 
D
G
 
D
E
 
D
E
 
D
L
 
I
V
 
S
G
 
L
Q
 
L
D
 
P
S
 
L
A
 
H
R
 
A
I
 
R
M
 
A
R
 
R
K
 
R
S
 
G
I
 
I
A
 
G
V
 
Y
V
 
L
P
 
P
E
x
Q
G
 
E
R
 
A
R
 
S
V
 
I
F
 
F
A
 
R
R
 
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
A
 
M
M
 
A
G
 
V
G
 
L
F
 
Q
F
 
I
T
 
R
E
 
D
K
 
D
G
 
L
D
 
S
Y
 
A
Q
 
E
E
 
Q
Q
 
R
M
 
E
D
 
D
K
 
R
V
 
A
L
 
N
G
 
E
L
 
L
F
 
M
P
 
E
-
 
E
-
 
F
R
 
H
L
 
I
K
 
E
E
 
H
R
 
L
F
 
R
N
 
D
Q
 
S
R
 
M
G
 
G
G
 
Q
T
x
S
M
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
E
|
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
S
 
A
K
 
N
P
 
P
K
 
K
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
L
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
I
 
I
I
 
S
I
 
V
Q
 
I
Q
 
D
I
 
I
F
 
K
D
 
R
I
 
I
I
 
I
E
 
E
Q
 
H
L
 
L
R
 
R
K
 
D
D
 
S
G
 
G
V
 
L
T
 
G
V
 
V
F
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
N
 
R
Q
 
E
A
 
T
L
 
L
K
 
A
V
 
V
A
 
C
D
 
E
R
 
R
A
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
E
 
S
N
 
Q
G
 
G
R
 
H
V
 
L
V
 
I
M
 
A
Q
 
H
G
 
G
T
 
T
G
 
P
A
 
T
A
 
E
L
 
I
L
 
L
S
 
Q
D
 
D
P
 
E
K
 
H
V
 
V
R
 
K
D
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

4u00A Crystal structure of ttha1159 in complex with adp (see paper)
28% identity, 97% coverage: 1:225/233 of query aligns to 2:228/241 of 4u00A

query
sites
4u00A
M
 
I
L
 
I
Q
 
R
F
 
I
E
 
R
N
 
N
V
 
L
S
 
H
T
 
K
F
 
W
Y
x
F
G
 
G
K
 
P
I
 
L
Q
 
H
A
x
V
L
 
L
H
 
K
G
 
G
V
 
I
N
 
H
V
 
L
E
 
E
V
 
V
R
 
A
Q
 
P
G
 
G
E
 
E
I
 
K
V
 
L
T
 
V
L
 
I
I
 
I
G
 
G
A
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
I
M
 
R
T
 
T
L
 
I
C
 
N
G
 
R
S
 
L
P
 
E
Q
 
D
A
 
F
H
 
Q
S
 
E
G
 
G
S
 
E
I
 
V
R
 
V
Y
 
V
M
 
D
G
 
G
E
 
L
E
 
S
L
 
V
V
 
K
G
 
D
Q
 
D
D
 
R
S
 
A
A
 
L
R
 
R
I
 
E
M
 
I
R
 
R
K
 
R
S
 
E
I
 
V
A
 
G
V
 
M
V
 
V
P
 
F
E
 
Q
G
 
Q
R
 
F
R
 
N
V
 
L
F
 
F
A
 
P
R
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
V
A
 
T
M
 
L
G
 
A
G
 
P
F
 
M
F
 
R
T
 
V
E
 
R
K
 
R
G
 
W
D
 
P
Y
 
R
Q
 
E
E
 
K
Q
 
A
M
 
E
D
 
K
K
 
K
V
 
A
L
 
L
G
 
E
L
 
L
F
 
L
P
 
E
R
 
R
-
 
V
-
 
G
L
 
I
K
 
L
E
 
D
R
 
Q
F
 
A
N
 
R
Q
 
K
R
 
Y
G
 
P
G
 
A
T
 
Q
M
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
S
 
M
K
 
E
P
 
P
K
 
K
L
 
I
L
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
L
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
I
 
E
I
 
M
I
 
V
Q
 
G
Q
 
E
I
 
V
F
 
L
D
 
D
I
 
V
I
 
M
E
 
R
Q
 
D
L
 
L
R
 
A
K
 
Q
D
 
G
G
 
G
V
 
M
T
 
T
V
 
M
F
 
V
L
 
V
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
E
A
 
M
N
 
G
Q
 
F
A
 
A
L
 
R
K
 
E
V
 
V
A
 
A
D
 
D
R
 
R
A
 
V
Y
 
V
V
 
F
L
 
M
E
 
D
N
 
G
G
 
G
R
 
Q
V
 
I
V
 
V
M
 
E
Q
 
E
G
 
G
T
 
R
G
 
P
A
 
E
A
 
E
L
 
I
L
 
F
S
 
T
D
 
R
P
 
P
K
 
K

6mbnA Lptb e163q in complex with atp (see paper)
31% identity, 99% coverage: 2:232/233 of query aligns to 4:236/241 of 6mbnA

query
sites
6mbnA
L
 
L
Q
 
T
F
 
A
E
 
K
N
 
N
V
 
L
S
 
A
T
 
K
F
 
A
Y
|
Y
G
 
K
K
 
G
I
x
R
Q
 
R
A
x
V
L
 
V
H
 
E
G
 
D
V
 
V
N
 
S
V
 
L
E
 
T
V
 
V
R
 
N
Q
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
T
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
A
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
L
 
F
M
 
Y
T
 
M
L
 
V
C
 
V
G
 
G
S
 
I
P
 
V
Q
 
P
A
 
R
H
 
D
S
 
A
G
 
G
S
 
N
I
 
I
R
 
I
Y
 
I
M
 
D
G
 
D
E
 
D
E
 
D
L
 
I
V
 
S
G
 
L
Q
 
L
D
 
P
S
 
L
A
 
H
R
 
A
I
 
R
M
 
A
R
 
R
K
 
R
S
 
G
I
 
I
A
 
G
V
 
Y
V
 
L
P
 
P
E
 
Q
G
 
E
R
 
A
R
 
S
V
 
I
F
 
F
A
 
R
R
 
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
A
 
M
M
 
A
G
 
V
G
 
L
F
 
Q
F
 
I
T
 
R
E
 
D
K
 
D
G
 
L
D
 
S
Y
 
A
Q
 
E
E
 
Q
Q
 
R
M
 
E
D
 
D
K
 
R
V
 
A
L
 
N
G
 
E
L
 
L
F
 
M
P
 
E
-
 
E
-
 
F
R
 
H
L
 
I
K
 
E
E
 
H
R
 
L
F
 
R
N
 
D
Q
 
S
R
 
M
G
 
G
G
 
Q
T
 
S
M
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
S
 
A
K
 
N
P
 
P
K
 
K
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
S
 
F
L
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
I
 
I
I
 
S
I
 
V
Q
 
I
Q
 
D
I
 
I
F
 
K
D
 
R
I
 
I
I
 
I
E
 
E
Q
 
H
L
 
L
R
 
R
K
 
D
D
 
S
G
 
G
V
 
L
T
 
G
V
 
V
F
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
x
H
N
 
N
A
 
V
N
 
R
Q
 
E
A
 
T
L
 
L
K
 
A
V
 
V
A
 
C
D
 
E
R
 
R
A
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
E
 
S
N
 
Q
G
 
G
R
 
H
V
 
L
V
 
I
M
 
A
Q
 
H
G
 
G
T
 
T
G
 
P
A
 
T
A
 
E
L
 
I
L
 
L
S
 
Q
D
 
D
P
 
E
K
 
H
V
 
V
R
 
K
D
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6b89A E. Coli lptb in complex with adp and novobiocin (see paper)
31% identity, 99% coverage: 2:231/233 of query aligns to 3:234/234 of 6b89A

query
sites
6b89A
L
 
L
Q
 
T
F
 
A
E
 
K
N
 
N
V
 
L
S
 
A
T
 
K
F
 
A
Y
|
Y
G
 
K
K
 
G
I
x
R
Q
 
R
A
x
V
L
 
V
H
 
E
G
 
D
V
 
V
N
 
S
V
 
L
E
 
T
V
 
V
R
 
N
Q
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
T
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
A
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
L
 
F
M
 
Y
T
 
M
L
 
V
C
 
V
G
 
G
S
 
I
P
 
V
Q
 
P
A
 
R
H
 
D
S
 
A
G
 
G
S
 
N
I
 
I
R
 
I
Y
 
I
M
 
D
G
 
D
E
 
D
E
 
D
L
 
I
V
 
S
G
 
L
Q
 
L
D
 
P
S
x
L
A
x
H
R
 
A
I
 
R
M
 
A
R
 
R
K
 
R
S
 
G
I
 
I
A
 
G
V
 
Y
V
 
L
P
|
P
E
x
Q
G
 
E
R
x
A
R
x
S
V
 
I
F
|
F
A
x
R
R
|
R
L
|
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
A
 
M
M
 
A
G
x
V
G
 
L
F
 
Q
F
 
I
T
 
R
E
 
D
K
 
D
G
 
L
D
 
S
Y
 
A
Q
 
E
E
 
Q
Q
 
R
M
 
E
D
 
D
K
 
R
V
 
A
L
 
N
G
 
E
L
 
L
F
 
M
P
 
E
-
 
E
-
 
F
R
 
H
L
 
I
K
 
E
E
 
H
R
 
L
F
 
R
N
 
D
Q
 
S
R
 
M
G
 
G
G
x
Q
T
 
S
M
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
|
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
S
 
A
K
 
N
P
 
P
K
 
K
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
L
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
I
 
I
I
 
S
I
 
V
Q
 
I
Q
 
D
I
 
I
F
 
K
D
 
R
I
 
I
I
 
I
E
 
E
Q
 
H
L
 
L
R
 
R
K
 
D
D
 
S
G
 
G
V
 
L
T
 
G
V
 
V
F
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
N
 
R
Q
 
E
A
 
T
L
 
L
K
 
A
V
 
V
A
 
C
D
 
E
R
 
R
A
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
E
 
S
N
 
Q
G
 
G
R
 
H
V
 
L
V
 
I
M
 
A
Q
 
H
G
 
G
T
 
T
G
 
P
A
 
T
A
 
E
L
 
I
L
 
L
S
 
Q
D
 
D
P
 
E
K
 
H
V
 
V
R
 
K
D
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L

4p31A Crystal structure of a selenomethionine derivative of e. Coli lptb in complex with adp-magensium (see paper)
31% identity, 99% coverage: 2:231/233 of query aligns to 3:234/234 of 4p31A

query
sites
4p31A
L
 
L
Q
 
T
F
 
A
E
 
K
N
 
N
V
 
L
S
 
A
T
 
K
F
 
A
Y
|
Y
G
 
K
K
 
G
I
x
R
Q
 
R
A
x
V
L
 
V
H
 
E
G
 
D
V
 
V
N
 
S
V
 
L
E
 
T
V
 
V
R
 
N
Q
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
T
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
A
 
P
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
L
 
F
M
 
Y
T
 
M
L
 
V
C
 
V
G
 
G
S
 
I
P
 
V
Q
 
P
A
 
R
H
 
D
S
 
A
G
 
G
S
 
N
I
 
I
R
 
I
Y
 
I
M
 
D
G
 
D
E
 
D
E
 
D
L
 
I
V
 
S
G
 
L
Q
 
L
D
 
P
S
 
L
A
 
H
R
 
A
I
 
R
M
 
A
R
 
R
K
 
R
S
 
G
I
 
I
A
 
G
V
 
Y
V
 
L
P
 
P
E
x
Q
G
 
E
R
 
A
R
 
S
V
 
I
F
 
F
A
 
R
R
 
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
A
 
M
M
 
A
G
 
V
G
 
L
F
 
Q
F
 
I
T
 
R
E
 
D
K
 
D
G
 
L
D
 
S
Y
 
A
Q
 
E
E
 
Q
Q
 
R
M
 
E
D
 
D
K
 
R
V
 
A
L
 
N
G
 
E
L
 
L
F
 
M
P
 
E
-
 
E
-
 
F
R
 
H
L
 
I
K
 
E
E
 
H
R
 
L
F
 
R
N
 
D
Q
 
S
R
 
M
G
 
G
G
 
Q
T
 
S
M
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
S
 
A
K
 
N
P
 
P
K
 
K
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
L
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
I
 
I
I
 
S
I
 
V
Q
 
I
Q
 
D
I
 
I
F
 
K
D
 
R
I
 
I
I
 
I
E
 
E
Q
 
H
L
 
L
R
 
R
K
 
D
D
 
S
G
 
G
V
 
L
T
 
G
V
 
V
F
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
N
 
R
Q
 
E
A
 
T
L
 
L
K
 
A
V
 
V
A
 
C
D
 
E
R
 
R
A
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
E
 
S
N
 
Q
G
 
G
R
 
H
V
 
L
V
 
I
M
 
A
Q
 
H
G
 
G
T
 
T
G
 
P
A
 
T
A
 
E
L
 
I
L
 
L
S
 
Q
D
 
D
P
 
E
K
 
H
V
 
V
R
 
K
D
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L

6b8bA E. Coli lptb in complex with adp and a novobiocin derivative (see paper)
31% identity, 98% coverage: 2:230/233 of query aligns to 3:233/233 of 6b8bA

query
sites
6b8bA
L
 
L
Q
 
T
F
 
A
E
 
K
N
 
N
V
 
L
S
 
A
T
 
K
F
 
A
Y
|
Y
G
 
K
K
 
G
I
x
R
Q
 
R
A
x
V
L
 
V
H
 
E
G
 
D
V
 
V
N
 
S
V
 
L
E
 
T
V
 
V
R
 
N
Q
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
T
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
A
 
P
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
L
 
F
M
 
Y
T
 
M
L
 
V
C
 
V
G
 
G
S
 
I
P
 
V
Q
 
P
A
 
R
H
 
D
S
 
A
G
 
G
S
 
N
I
 
I
R
 
I
Y
 
I
M
 
D
G
 
D
E
 
D
E
 
D
L
 
I
V
 
S
G
 
L
Q
 
L
D
 
P
S
 
L
A
 
H
R
 
A
I
 
R
M
 
A
R
 
R
K
 
R
S
 
G
I
 
I
A
 
G
V
 
Y
V
 
L
P
 
P
E
 
Q
G
 
E
R
 
A
R
 
S
V
 
I
F
|
F
A
x
R
R
|
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
A
 
M
M
 
A
G
 
V
G
 
L
F
 
Q
F
 
I
T
 
R
E
 
D
K
 
D
G
 
L
D
 
S
Y
 
A
Q
 
E
E
 
Q
Q
 
R
M
 
E
D
 
D
K
 
R
V
 
A
L
 
N
G
 
E
L
 
L
F
 
M
P
 
E
-
 
E
-
 
F
R
 
H
L
 
I
K
 
E
E
 
H
R
 
L
F
 
R
N
 
D
Q
 
S
R
 
M
G
 
G
G
 
Q
T
 
S
M
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
S
 
A
K
 
N
P
 
P
K
 
K
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
L
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
I
 
I
I
 
S
I
 
V
Q
 
I
Q
 
D
I
 
I
F
 
K
D
 
R
I
 
I
I
 
I
E
 
E
Q
 
H
L
 
L
R
 
R
K
 
D
D
 
S
G
 
G
V
 
L
T
 
G
V
 
V
F
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
N
 
R
Q
 
E
A
 
T
L
 
L
K
 
A
V
 
V
A
 
C
D
 
E
R
 
R
A
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
E
 
S
N
 
Q
G
 
G
R
 
H
V
 
L
V
 
I
M
 
A
Q
 
H
G
 
G
T
 
T
G
 
P
A
 
T
A
 
E
L
 
I
L
 
L
S
 
Q
D
 
D
P
 
E
K
 
H
V
 
V
R
 
K
D
 
R
A
 
V
Y
 
Y

3c4jA Abc protein artp in complex with atp-gamma-s
29% identity, 97% coverage: 1:225/233 of query aligns to 3:230/242 of 3c4jA

query
sites
3c4jA
M
 
M
L
 
I
Q
 
D
F
 
V
E
 
H
N
 
Q
V
 
L
S
 
K
T
 
K
F
 
S
Y
x
F
G
 
G
K
 
S
I
 
L
Q
 
E
A
x
V
L
 
L
H
 
K
G
 
G
V
 
I
N
 
N
V
 
V
E
 
H
V
 
I
R
 
R
Q
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
V
V
 
V
T
 
V
L
 
V
I
 
I
G
 
G
A
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
F
L
 
L
M
 
R
T
 
C
L
 
L
C
 
N
G
 
L
S
 
L
P
 
E
Q
 
D
A
 
F
H
 
D
S
 
E
G
 
G
S
 
E
I
 
I
R
 
I
Y
 
I
M
 
D
G
 
G
E
 
I
E
 
N
L
 
L
V
 
K
G
 
A
Q
 
K
D
 
D
S
 
T
A
 
N
-
 
L
R
 
N
I
 
K
M
 
V
R
 
R
K
 
E
S
 
E
I
 
V
A
 
G
V
 
M
V
 
V
P
 
F
E
 
Q
G
 
R
R
 
F
R
 
N
V
 
L
F
 
F
A
 
P
R
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
N
N
 
N
L
 
I
A
 
T
M
 
L
G
 
A
G
 
P
F
 
M
F
 
K
T
 
V
E
 
R
K
 
K
G
 
W
D
 
P
Y
 
R
Q
 
E
E
 
K
Q
 
A
M
 
E
D
 
A
K
 
K
V
 
A
L
 
M
G
 
E
L
 
L
F
 
L
P
 
D
R
 
K
-
 
V
-
 
G
L
 
L
K
 
K
E
 
D
R
 
K
F
 
A
N
 
H
Q
 
A
R
 
Y
G
 
P
G
 
D
T
 
S
M
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
A
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
S
 
M
K
 
E
P
 
P
K
 
K
L
 
I
L
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
L
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
I
 
E
I
 
M
I
 
V
Q
 
G
Q
 
E
I
 
V
F
 
L
D
 
S
I
 
V
I
 
M
E
 
K
Q
 
Q
L
 
L
R
 
A
K
 
N
D
 
E
G
 
G
V
 
M
T
 
T
V
 
M
F
 
V
L
 
V
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
E
A
 
M
N
 
G
Q
 
F
A
 
A
L
 
R
K
 
E
V
 
V
A
 
G
D
 
D
R
 
R
A
 
V
Y
 
L
V
 
F
L
 
M
E
 
D
N
 
G
G
 
G
R
 
Y
V
 
I
V
 
I
M
 
E
Q
 
E
G
 
G
T
 
K
G
 
P
A
 
E
A
 
D
L
 
L
L
 
F
S
 
D
D
 
R
P
 
P
K
 
Q

3c41J Abc protein artp in complex with amp-pnp/mg2+
29% identity, 97% coverage: 1:225/233 of query aligns to 3:230/242 of 3c41J

query
sites
3c41J
M
 
M
L
 
I
Q
 
D
F
 
V
E
 
H
N
 
Q
V
 
L
S
 
K
T
 
K
F
 
S
Y
x
F
G
 
G
K
 
S
I
 
L
Q
 
E
A
x
V
L
 
L
H
 
K
G
 
G
V
 
I
N
 
N
V
 
V
E
 
H
V
 
I
R
 
R
Q
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
V
V
 
V
T
 
V
L
 
V
I
 
I
G
 
G
A
 
P
N
x
S
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
F
L
 
L
M
 
R
T
 
C
L
 
L
C
 
N
G
 
L
S
 
L
P
 
E
Q
 
D
A
 
F
H
 
D
S
 
E
G
 
G
S
 
E
I
 
I
R
 
I
Y
 
I
M
 
D
G
 
G
E
 
I
E
 
N
L
 
L
V
 
K
G
 
A
Q
 
K
D
 
D
S
 
T
A
 
N
-
 
L
R
 
N
I
 
K
M
 
V
R
 
R
K
 
E
S
 
E
I
 
V
A
 
G
V
 
M
V
 
V
P
 
F
E
 
Q
G
 
R
R
 
F
R
 
N
V
 
L
F
 
F
A
 
P
R
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
N
N
 
N
L
 
I
A
 
T
M
 
L
G
 
A
G
 
P
F
 
M
F
 
K
T
 
V
E
 
R
K
 
K
G
 
W
D
 
P
Y
 
R
Q
 
E
E
 
K
Q
 
A
M
 
E
D
 
A
K
 
K
V
 
A
L
 
M
G
 
E
L
 
L
F
 
L
P
 
D
R
 
K
-
 
V
-
 
G
L
 
L
K
 
K
E
 
D
R
 
K
F
 
A
N
 
H
Q
 
A
R
 
Y
G
 
P
G
 
D
T
 
S
M
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
A
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
S
 
M
K
 
E
P
 
P
K
 
K
L
 
I
L
 
M
L
 
L
L
 
F
D
|
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
L
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
I
 
E
I
 
M
I
 
V
Q
 
G
Q
 
E
I
 
V
F
 
L
D
 
S
I
 
V
I
 
M
E
 
K
Q
 
Q
L
 
L
R
 
A
K
 
N
D
 
E
G
 
G
V
 
M
T
 
T
V
 
M
F
 
V
L
 
V
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
E
A
 
M
N
 
G
Q
 
F
A
 
A
L
 
R
K
 
E
V
 
V
A
 
G
D
 
D
R
 
R
A
 
V
Y
 
L
V
 
F
L
 
M
E
 
D
N
 
G
G
 
G
R
 
Y
V
 
I
V
 
I
M
 
E
Q
 
E
G
 
G
T
 
K
G
 
P
A
 
E
A
 
D
L
 
L
L
 
F
S
 
D
D
 
R
P
 
P
K
 
Q

2olkA Abc protein artp in complex with adp-beta-s
29% identity, 97% coverage: 1:225/233 of query aligns to 3:230/242 of 2olkA

query
sites
2olkA
M
 
M
L
 
I
Q
 
D
F
 
V
E
 
H
N
 
Q
V
 
L
S
 
K
T
 
K
F
 
S
Y
x
F
G
 
G
K
 
S
I
 
L
Q
 
E
A
x
V
L
 
L
H
 
K
G
 
G
V
 
I
N
 
N
V
 
V
E
 
H
V
 
I
R
 
R
Q
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
V
V
 
V
T
 
V
L
 
V
I
 
I
G
 
G
A
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
F
L
 
L
M
 
R
T
 
C
L
 
L
C
 
N
G
 
L
S
 
L
P
 
E
Q
 
D
A
 
F
H
 
D
S
 
E
G
 
G
S
 
E
I
 
I
R
 
I
Y
 
I
M
 
D
G
 
G
E
 
I
E
 
N
L
 
L
V
 
K
G
 
A
Q
 
K
D
 
D
S
 
T
A
 
N
-
 
L
R
 
N
I
 
K
M
 
V
R
 
R
K
 
E
S
 
E
I
 
V
A
 
G
V
 
M
V
 
V
P
 
F
E
 
Q
G
 
R
R
 
F
R
 
N
V
 
L
F
 
F
A
 
P
R
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
N
N
 
N
L
 
I
A
 
T
M
 
L
G
 
A
G
 
P
F
 
M
F
 
K
T
 
V
E
 
R
K
 
K
G
 
W
D
 
P
Y
 
R
Q
 
E
E
 
K
Q
 
A
M
 
E
D
 
A
K
 
K
V
 
A
L
 
M
G
 
E
L
 
L
F
 
L
P
 
D
R
 
K
-
 
V
-
 
G
L
 
L
K
 
K
E
 
D
R
 
K
F
 
A
N
 
H
Q
 
A
R
 
Y
G
 
P
G
 
D
T
 
S
M
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
A
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
S
 
M
K
 
E
P
 
P
K
 
K
L
 
I
L
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
L
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
I
 
E
I
 
M
I
 
V
Q
 
G
Q
 
E
I
 
V
F
 
L
D
 
S
I
 
V
I
 
M
E
 
K
Q
 
Q
L
 
L
R
 
A
K
 
N
D
 
E
G
 
G
V
 
M
T
 
T
V
 
M
F
 
V
L
 
V
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
E
A
 
M
N
 
G
Q
 
F
A
 
A
L
 
R
K
 
E
V
 
V
A
 
G
D
 
D
R
 
R
A
 
V
Y
 
L
V
 
F
L
 
M
E
 
D
N
 
G
G
 
G
R
 
Y
V
 
I
V
 
I
M
 
E
Q
 
E
G
 
G
T
 
K
G
 
P
A
 
E
A
 
D
L
 
L
L
 
F
S
 
D
D
 
R
P
 
P
K
 
Q

2oljA Abc protein artp in complex with adp/mg2+
29% identity, 97% coverage: 1:225/233 of query aligns to 3:230/242 of 2oljA

query
sites
2oljA
M
 
M
L
 
I
Q
 
D
F
 
V
E
 
H
N
 
Q
V
 
L
S
 
K
T
 
K
F
 
S
Y
x
F
G
 
G
K
 
S
I
 
L
Q
 
E
A
x
V
L
 
L
H
 
K
G
 
G
V
 
I
N
 
N
V
 
V
E
 
H
V
 
I
R
 
R
Q
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
V
V
 
V
T
 
V
L
 
V
I
 
I
G
 
G
A
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
F
L
 
L
M
 
R
T
 
C
L
 
L
C
 
N
G
 
L
S
 
L
P
 
E
Q
 
D
A
 
F
H
 
D
S
 
E
G
 
G
S
 
E
I
 
I
R
 
I
Y
 
I
M
 
D
G
 
G
E
 
I
E
 
N
L
 
L
V
 
K
G
 
A
Q
 
K
D
 
D
S
 
T
A
 
N
-
 
L
R
 
N
I
 
K
M
 
V
R
 
R
K
 
E
S
 
E
I
 
V
A
 
G
V
 
M
V
 
V
P
 
F
E
 
Q
G
 
R
R
 
F
R
 
N
V
 
L
F
 
F
A
 
P
R
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
N
N
 
N
L
 
I
A
 
T
M
 
L
G
 
A
G
 
P
F
 
M
F
 
K
T
 
V
E
 
R
K
 
K
G
 
W
D
 
P
Y
 
R
Q
 
E
E
 
K
Q
 
A
M
 
E
D
 
A
K
 
K
V
 
A
L
 
M
G
 
E
L
 
L
F
 
L
P
 
D
R
 
K
-
 
V
-
 
G
L
 
L
K
 
K
E
 
D
R
 
K
F
 
A
N
 
H
Q
 
A
R
 
Y
G
 
P
G
 
D
T
 
S
M
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
A
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
S
 
M
K
 
E
P
 
P
K
 
K
L
 
I
L
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
L
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
I
 
E
I
 
M
I
 
V
Q
 
G
Q
 
E
I
 
V
F
 
L
D
 
S
I
 
V
I
 
M
E
 
K
Q
 
Q
L
 
L
R
 
A
K
 
N
D
 
E
G
 
G
V
 
M
T
 
T
V
 
M
F
 
V
L
 
V
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
E
A
 
M
N
 
G
Q
 
F
A
 
A
L
 
R
K
 
E
V
 
V
A
 
G
D
 
D
R
 
R
A
 
V
Y
 
L
V
 
F
L
 
M
E
 
D
N
 
G
G
 
G
R
 
Y
V
 
I
V
 
I
M
 
E
Q
 
E
G
 
G
T
 
K
G
 
P
A
 
E
A
 
D
L
 
L
L
 
F
S
 
D
D
 
R
P
 
P
K
 
Q

P0AAH0 Phosphate import ATP-binding protein PstB; ABC phosphate transporter; Phosphate-transporting ATPase; EC 7.3.2.1 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
30% identity, 100% coverage: 2:233/233 of query aligns to 11:254/257 of P0AAH0

query
sites
P0AAH0
L
 
I
Q
 
Q
F
 
V
E
 
R
N
 
N
V
 
L
S
 
N
T
 
F
F
 
Y
Y
 
Y
G
 
G
K
 
K
I
 
F
Q
 
H
A
 
A
L
 
L
H
 
K
G
 
N
V
 
I
N
 
N
V
 
L
E
 
D
V
 
I
R
 
A
Q
 
K
G
 
N
E
 
Q
I
 
V
V
 
T
T
 
A
L
 
F
I
 
I
G
 
G
A
 
P
N
 
S
G
 
G
A
 
C
G
|
G
K
|
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
M
 
R
T
 
T
L
 
F
C
 
N
G
 
K
-
 
M
-
 
F
-
 
E
-
 
L
-
 
Y
S
 
P
P
 
E
Q
 
Q
A
 
R
H
 
A
S
 
E
G
 
G
S
 
E
I
 
I
R
 
L
Y
 
L
M
 
D
G
 
G
E
 
D
E
 
N
L
 
I
V
 
L
-
 
T
-
 
N
G
 
S
Q
 
Q
D
 
D
S
 
I
A
 
A
R
 
-
I
 
L
M
 
L
R
 
R
K
 
A
S
 
K
I
 
V
A
 
G
V
 
M
V
 
V
P
 
F
E
 
Q
G
 
K
R
 
P
R
 
T
V
 
P
F
 
F
A
 
P
R
 
-
L
 
M
T
 
S
V
 
I
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
I
A
 
A
M
 
F
G
 
G
G
 
V
F
 
R
F
 
L
T
 
F
E
 
E
K
 
K
-
 
L
-
 
S
-
 
R
G
 
A
D
 
D
Y
 
M
Q
 
D
E
 
E
Q
 
R
M
 
V
D
 
Q
K
 
W
V
 
A
L
 
L
-
 
T
-
 
K
-
 
A
G
 
A
L
 
L
F
 
W
P
 
N
R
 
E
L
 
T
K
 
K
E
 
D
R
 
K
F
 
L
N
 
H
Q
 
Q
R
 
S
G
 
G
G
 
Y
T
 
S
M
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
L
 
L
A
 
C
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
G
L
 
I
M
 
A
S
 
I
K
 
R
P
 
P
K
 
E
L
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
C
L
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
I
 
I
I
 
S
I
 
T
Q
 
G
Q
 
R
I
 
I
F
 
E
D
 
E
I
 
L
I
 
I
E
 
T
Q
 
E
L
 
L
R
 
K
K
 
Q
D
 
D
G
 
-
V
 
Y
T
 
T
V
 
V
F
 
V
L
 
I
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
N
A
 
M
N
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
L
 
A
K
 
R
V
 
C
A
 
S
D
 
D
R
 
H
A
 
T
Y
 
A
V
 
F
L
 
M
E
 
Y
N
 
L
G
 
G
R
 
E
V
 
L
V
 
I
M
 
E
Q
 
F
G
 
S
T
 
N
G
 
T
A
 
D
A
 
D
L
 
L
L
 
F
S
 
T
D
 
K
P
 
P
-
 
A
-
 
K
K
 
K
V
 
Q
R
 
T
D
 
E
A
 
D
Y
 
Y
L
 
I
G
 
T
G
 
G

Sites not aligning to the query:

4ymuJ Crystal structure of an amino acid abc transporter complex with arginines and atps (see paper)
29% identity, 93% coverage: 1:216/233 of query aligns to 1:219/240 of 4ymuJ

query
sites
4ymuJ
M
 
M
L
 
I
Q
 
F
F
 
V
E
 
N
N
 
D
V
 
V
S
 
Y
T
 
K
F
 
N
Y
x
F
G
 
G
K
 
S
I
 
L
Q
 
E
A
x
V
L
 
L
H
 
K
G
 
G
V
 
V
N
 
T
V
 
L
E
 
K
V
 
V
R
 
N
Q
 
K
G
 
G
E
 
E
I
 
V
V
 
V
T
 
V
L
 
I
I
 
I
G
 
G
A
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
M
 
R
T
 
C
L
 
I
C
 
N
G
 
L
S
 
L
P
 
E
Q
 
E
A
 
P
H
 
T
S
 
K
G
 
G
S
 
E
I
 
V
R
 
F
Y
 
I
M
 
D
G
 
G
E
 
V
E
 
K
L
 
I
V
 
N
-
 
N
G
 
G
Q
 
K
D
 
V
S
 
N
A
 
I
R
 
N
I
 
K
M
 
V
R
 
R
K
 
Q
S
 
K
I
 
V
A
 
G
V
 
M
V
 
V
P
 
F
E
 
Q
G
 
H
R
 
F
R
 
N
V
 
L
F
 
F
A
 
P
R
 
H
L
 
L
T
 
T
V
 
A
E
 
I
E
 
E
N
 
N
L
 
I
A
 
T
M
 
L
G
 
A
G
 
P
F
 
V
F
 
K
T
 
V
E
 
K
K
 
K
G
 
M
D
 
N
Y
 
K
Q
 
K
E
 
E
Q
 
A
M
 
E
D
 
E
K
 
L
V
 
A
L
 
V
G
 
D
L
 
L
F
 
L
P
 
A
R
 
K
-
 
V
-
 
G
L
 
L
K
 
L
E
 
D
R
 
K
F
 
K
N
 
D
Q
 
Q
R
 
Y
G
 
P
G
 
I
T
 
K
M
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
M
 
R
L
 
L
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
S
 
M
K
 
Q
P
 
P
K
 
E
L
 
V
L
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
T
L
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
I
 
E
I
 
M
I
 
V
Q
 
K
Q
 
E
I
 
V
F
 
L
D
 
N
I
 
V
I
 
M
E
 
K
Q
 
Q
L
 
L
R
 
A
K
 
N
D
 
E
G
 
G
V
 
M
T
 
T
V
 
M
F
 
V
L
 
V
V
 
V
E
 
T
Q
x
H
N
 
E
A
 
M
N
 
G
Q
 
F
A
 
A
L
 
R
K
 
E
V
 
V
A
 
G
D
 
D
R
 
R
A
 
V
Y
 
I
V
 
F
L
 
M
E
 
D
N
 
D
G
 
G
R
 
V
V
 
I
V
 
V
M
 
E
Q
 
E
G
 
G
T
 
T

6z67B Ftse structure of streptococcus pneumoniae in complex with amppnp at 2.4 a resolution (see paper)
32% identity, 88% coverage: 7:212/233 of query aligns to 10:218/229 of 6z67B

query
sites
6z67B
V
 
V
S
 
K
T
 
K
F
x
Y
Y
 
D
G
 
N
K
x
G
I
 
T
Q
 
T
A
|
A
L
 
L
H
 
R
G
 
G
V
 
V
N
 
S
V
 
V
E
 
S
V
 
V
R
 
Q
Q
 
P
G
 
G
E
 
E
I
 
F
V
 
A
T
 
Y
L
 
I
I
 
V
G
 
G
A
 
P
N
x
S
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
F
L
 
I
M
 
R
T
 
S
L
 
L
C
 
Y
G
 
R
S
 
E
P
 
V
Q
 
K
A
 
I
H
 
D
S
 
K
G
 
G
S
 
S
I
 
L
R
 
S
Y
 
V
M
 
A
G
 
G
E
 
F
E
 
N
L
 
L
V
 
V
G
 
K
-
 
I
-
 
K
Q
 
K
D
 
K
S
 
D
A
 
V
R
 
P
I
 
L
M
 
L
R
 
R
K
 
R
S
 
S
I
 
V
A
 
G
V
 
V
V
 
V
P
 
F
E
 
Q
G
 
D
R
 
Y
R
 
K
V
 
L
F
 
L
A
 
P
R
 
K
L
 
K
T
 
T
V
 
V
E
 
Y
E
 
E
N
 
N
L
 
I
A
 
A
-
 
Y
-
 
A
M
 
M
G
 
E
G
 
V
F
 
I
F
 
G
T
 
E
E
 
N
K
 
R
G
 
R
D
 
N
Y
 
I
Q
 
K
E
 
R
Q
 
R
M
 
V
D
 
M
K
 
E
V
 
V
L
 
L
G
 
D
L
 
L
F
 
V
P
 
G
R
 
-
L
 
L
K
 
K
E
 
H
R
 
K
F
 
V
N
 
R
Q
 
S
R
 
F
G
 
P
G
 
N
T
 
E
M
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
L
 
I
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
I
M
 
V
S
 
N
K
 
N
P
 
P
K
 
K
L
 
V
L
 
L
L
 
I
L
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
L
 
G
G
 
N
L
 
L
A
 
D
P
 
P
I
 
D
I
 
N
I
 
S
Q
 
W
Q
 
E
I
 
I
F
 
M
D
 
N
I
 
L
I
 
L
E
 
E
Q
 
R
L
 
I
R
 
N
K
 
L
D
 
Q
G
 
G
V
 
T
T
 
T
V
 
I
F
 
L
L
 
M
V
 
A
E
 
T
Q
 
H
N
 
N
A
 
S
N
 
Q
Q
 
I
A
 
V
L
 
N
K
 
T
V
 
L
A
 
R
D
 
H
R
 
R
A
 
V
Y
 
I
V
 
A
L
 
I
E
 
E
N
 
N
G
 
G
R
 
R
V
 
V
V
 
V

6z4wA Ftse structure from streptococcus pneumoniae in complex with adp (space group p 1) (see paper)
32% identity, 88% coverage: 7:212/233 of query aligns to 10:218/230 of 6z4wA

query
sites
6z4wA
V
 
V
S
 
K
T
 
K
F
x
Y
Y
 
D
G
 
N
K
 
G
I
x
T
Q
 
T
A
|
A
L
 
L
H
 
R
G
 
G
V
 
V
N
 
S
V
 
V
E
 
S
V
 
V
R
 
Q
Q
 
P
G
 
G
E
 
E
I
 
F
V
 
A
T
 
Y
L
 
I
I
 
V
G
 
G
A
 
P
N
 
S
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
F
L
 
I
M
 
R
T
 
S
L
 
L
C
 
Y
G
 
R
S
 
E
P
 
V
Q
 
K
A
 
I
H
 
D
S
 
K
G
 
G
S
 
S
I
 
L
R
 
S
Y
 
V
M
 
A
G
 
G
E
 
F
E
 
N
L
 
L
V
 
V
G
 
K
-
 
I
-
 
K
Q
 
K
D
 
K
S
 
D
A
 
V
R
 
P
I
 
L
M
 
L
R
 
R
K
 
R
S
 
S
I
 
V
A
 
G
V
 
V
V
 
V
P
 
F
E
 
Q
G
 
D
R
 
Y
R
 
K
V
 
L
F
 
L
A
 
P
R
 
K
L
 
K
T
 
T
V
 
V
E
 
Y
E
 
E
N
 
N
L
 
I
A
 
A
-
 
Y
-
 
A
M
 
M
G
 
E
G
 
V
F
 
I
F
 
G
T
 
E
E
 
N
K
 
R
G
 
R
D
 
N
Y
 
I
Q
 
K
E
 
R
Q
 
R
M
 
V
D
 
M
K
 
E
V
 
V
L
 
L
G
 
D
L
 
L
F
 
V
P
 
G
R
 
-
L
 
L
K
 
K
E
 
H
R
 
K
F
 
V
N
 
R
Q
 
S
R
 
F
G
 
P
G
 
N
T
 
E
M
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
L
 
I
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
I
M
 
V
S
 
N
K
 
N
P
 
P
K
 
K
L
 
V
L
 
L
L
 
I
L
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
L
 
G
G
 
N
L
 
L
A
 
D
P
 
P
I
 
D
I
 
N
I
 
S
Q
 
W
Q
 
E
I
 
I
F
 
M
D
 
N
I
 
L
I
 
L
E
 
E
Q
 
R
L
 
I
R
 
N
K
 
L
D
 
Q
G
 
G
V
 
T
T
 
T
V
 
I
F
 
L
L
 
M
V
 
A
E
 
T
Q
 
H
N
 
N
A
 
S
N
 
Q
Q
 
I
A
 
V
L
 
N
K
 
T
V
 
L
A
 
R
D
 
H
R
 
R
A
 
V
Y
 
I
V
 
A
L
 
I
E
 
E
N
 
N
G
 
G
R
 
R
V
 
V
V
 
V

Query Sequence

>AO353_17105 AO353_17105 ABC transporter ATP-binding protein
MLQFENVSTFYGKIQALHGVNVEVRQGEIVTLIGANGAGKSTLLMTLCGSPQAHSGSIRY
MGEELVGQDSARIMRKSIAVVPEGRRVFARLTVEENLAMGGFFTEKGDYQEQMDKVLGLF
PRLKERFNQRGGTMSGGEQQMLAIGRALMSKPKLLLLDEPSLGLAPIIIQQIFDIIEQLR
KDGVTVFLVEQNANQALKVADRAYVLENGRVVMQGTGAALLSDPKVRDAYLGG

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory