SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing AO353_27065 AO353_27065 cytochrome C oxidase Cbb3 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 3 hits to proteins with known functional sites (download)

Q47945 Alcohol dehydrogenase (quinone), cytochrome c subunit; ADH; Alcohol dehydrogenase (quinone), subunit II; Cytochrome c-553; Cytochrome c553; Ethanol:Q2 reductase; G3-ADH subunit II; Quinohemoprotein-cytochrome c complex; Ubiquinol oxidase; EC 1.1.5.5 from Gluconobacter oxydans (strain 621H) (Gluconobacter suboxydans) (see paper)
37% identity, 99% coverage: 3:411/415 of query aligns to 9:441/478 of Q47945

query
sites
Q47945
R
|
R
L
|
L
L
x
V
S
|
S
S
x
E
L
x
M
-
x
K
-
x
Q
G
|
G
T
x
W
A
x
K
V
x
L
G
x
A
L
x
A
A
|
A
V
x
I
S
x
G
L
|
L
M
|
M
A
|
A
I
x
V
Q
x
S
-
x
F
-
x
G
-
x
A
-
x
A
Q
x
H
A
|
A
Q
|
Q
A
 
D
A
 
A
D
 
D
Q
 
E
Q
 
A
Q
 
L
I
 
I
K
 
K
R
 
R
G
 
G
E
 
E
Y
 
Y
L
 
V
A
 
A
R
 
R
A
 
L
A
 
S
D
 
D
C
 
C
M
 
I
A
 
A
C
 
C
H
 
H
T
 
T
A
 
A
P
 
L
G
 
H
G
 
G
A
 
Q
P
 
P
Y
 
Y
A
 
A
G
 
G
G
 
G
L
 
L
P
 
E
I
 
I
V
 
K
S
 
S
P
 
P
F
 
I
G
 
G
T
 
T
I
 
I
Y
 
Y
G
 
S
T
 
T
N
 
N
I
 
I
T
 
T
P
 
P
D
 
D
K
 
P
D
 
E
H
 
H
G
 
G
I
 
I
G
 
G
Q
 
N
Y
 
Y
S
 
T
D
 
L
D
 
E
E
 
D
F
 
F
F
 
T
A
 
K
A
 
A
L
 
L
T
 
R
E
 
K
G
 
G
K
 
I
R
 
R
R
 
K
D
 
D
G
 
G
A
 
A
N
 
T
L
 
V
Y
 
Y
P
 
P
A
 
A
M
 
M
P
 
P
Y
 
Y
T
 
P
S
 
E
Y
 
F
H
 
A
L
 
R
M
 
L
P
 
S
R
 
D
E
 
D
D
 
D
S
 
I
D
 
R
A
 
A
I
 
M
H
 
Y
A
 
A
-
 
F
Y
 
F
L
 
M
Q
 
H
T
 
G
V
 
V
A
 
K
P
 
P
I
 
V
N
 
A
R
 
L
A
 
Q
A
 
N
P
 
K
V
 
A
T
 
P
R
 
D
L
 
I
S
 
S
F
 
W
P
 
P
F
 
L
N
 
S
V
 
M
R
 
R
L
 
W
G
 
P
L
 
L
M
 
G
G
 
M
W
 
W
N
 
R
M
 
A
L
 
M
Y
 
F
G
 
V
K
 
P
D
 
-
V
 
-
K
 
S
L
 
M
T
 
T
P
 
P
A
 
G
E
 
V
G
 
D
K
 
K
S
 
S
-
 
I
-
 
S
-
 
D
E
 
P
D
 
E
W
 
V
K
 
A
R
 
R
G
 
G
Q
 
E
Y
 
Y
L
 
L
V
 
V
D
 
N
V
 
G
L
 
P
G
 
G
H
 
H
C
 
C
G
 
G
E
 
E
C
 
C
H
 
H
T
 
T
P
 
P
R
 
R
G
 
G
L
 
F
P
 
G
-
 
M
-
 
Q
-
 
V
-
 
K
-
 
A
-
 
Y
G
 
G
A
 
T
M
 
A
Q
 
G
Q
 
G
D
 
N
K
 
A
R
 
Y
L
 
L
T
 
A
G
 
G
G
 
G
L
 
A
-
 
P
L
 
I
N
 
D
G
 
N
Y
 
W
L
 
I
A
 
A
P
 
P
S
 
S
L
 
L
L
 
R
A
 
S
N
 
N
D
 
S
L
 
D
A
 
T
A
 
G
R
 
L
G
 
G
-
 
R
W
 
W
T
 
S
H
 
E
Q
 
D
D
 
D
L
 
I
S
 
V
S
 
T
F
 
F
L
 
L
K
 
K
H
 
S
G
 
G
M
 
R
S
 
I
A
 
D
Q
 
H
G
 
S
T
 
A
M
 
V
F
 
F
N
 
G
E
 
G
M
 
M
F
 
A
P
 
D
V
 
V
F
 
V
H
 
A
N
 
Y
S
 
S
T
 
T
Q
 
Q
N
 
H
L
 
W
N
 
S
E
 
D
P
 
D
D
 
D
L
 
L
A
 
R
S
 
A
M
 
T
A
 
A
T
 
K
F
 
Y
L
 
L
L
 
K
G
 
S
D
 
M
P
 
P
P
 
A
-
 
V
P
 
P
Q
 
E
A
 
G
R
 
K
V
 
N
L
 
L
S
 
G
E
 
Q
-
 
D
-
 
D
-
 
G
-
 
Q
-
 
T
V
 
T
P
 
A
L
 
L
D
 
L
K
 
N
M
 
K
T
 
G
E
 
G
S
 
Q
A
 
G
R
 
N
R
 
A
G
 
G
R
 
A
Q
 
E
D
 
V
Y
 
Y
L
 
L
N
 
H
V
 
N
C
 
C
A
 
A
G
 
I
C
 
C
H
 
H
G
 
M
V
 
N
N
 
D
G
 
G
E
 
T
G
 
G
K
 
V
P
 
N
H
 
R
I
 
M
A
 
F
V
 
P
A
 
P
M
 
L
Q
 
A
G
 
G
N
 
N
T
 
P
T
 
V
L
 
V
R
 
I
L
 
T
E
 
D
D
 
D
P
 
P
R
 
T
N
 
S
L
 
L
L
 
A
R
 
N
V
 
V
I
 
V
E
 
A
D
 
F
G
 
G
I
 
G
G
 
I
E
 
L
Q
 
P
K
 
P
F
 
T
A
 
N
G
 
S
F
 
A
E
 
P
R
 
S
M
 
A
Q
 
V
P
 
A
M
 
M
P
 
P
G
 
G
F
 
F
A
 
K
D
 
N
K
 
H
L
 
L
S
 
S
N
 
D
Q
 
Q
Q
 
E
M
 
M
T
 
A
D
 
D
L
 
V
I
 
V
S
 
N
Y
 
F
L
 
M
R
 
R
Q
 
K
A
 
G
W
 
W
G
 
G
G
 
N
Q
 
N
-
 
A
P
 
P
A
 
G
D
 
T
L
 
V
L
 
S
I
 
A
G
 
S
Q
 
D
I
 
I
E
 
Q
Q
 
K
L
 
L
K
 
R
A
 
T
D
 
T
-
 
G
A
 
A
P
 
P
V
 
V
E
 
S

Sites not aligning to the query:

7w2jC Cryo-em structure of membrane-bound fructose dehydrogenase from gluconobacter japonicus
36% identity, 90% coverage: 32:406/415 of query aligns to 1:387/418 of 7w2jC

query
sites
7w2jC
I
 
I
K
 
S
R
 
R
G
 
G
E
 
H
Y
 
Y
L
 
L
A
 
A
R
 
I
A
 
A
A
 
A
D
 
D
C
|
C
M
 
A
A
 
A
C
|
C
H
|
H
T
 
T
-
 
N
A
 
G
P
 
R
G
 
D
G
 
G
A
 
Q
P
 
F
Y
 
L
A
 
A
G
 
G
G
 
G
L
 
Y
P
 
A
I
 
I
V
 
S
S
 
S
P
 
P
F
 
M
G
 
G
T
 
N
I
|
I
Y
 
Y
G
x
S
T
|
T
N
|
N
I
|
I
T
 
T
P
 
P
D
 
S
K
 
K
D
 
T
H
 
H
G
 
G
I
|
I
G
 
G
Q
 
N
Y
|
Y
S
 
T
D
 
L
D
 
E
E
 
Q
F
|
F
F
 
S
A
 
K
A
|
A
L
 
L
T
 
R
E
 
H
G
 
G
K
 
I
R
 
R
R
 
A
D
 
D
G
 
G
A
 
A
N
 
Q
L
|
L
Y
|
Y
P
 
P
A
|
A
M
|
M
P
|
P
Y
 
Y
T
 
D
S
 
A
Y
|
Y
H
 
N
L
 
R
M
 
L
P
 
T
R
 
D
E
 
E
D
 
D
S
 
V
D
 
K
A
 
S
I
 
L
H
 
Y
A
 
A
Y
 
Y
L
 
I
Q
 
M
T
 
T
-
 
E
V
 
V
A
 
K
P
 
P
I
 
V
N
 
D
R
 
A
A
 
P
A
 
S
P
 
P
V
 
K
T
 
T
R
 
Q
L
 
L
S
 
P
F
 
F
P
 
P
F
 
F
N
 
S
V
 
I
R
|
R
L
 
A
G
 
S
L
 
L
M
 
G
G
 
I
W
 
W
N
 
K
M
 
I
-
 
A
-
 
A
-
 
R
L
 
I
Y
 
E
G
 
G
K
 
K
D
 
P
V
 
Y
K
 
V
L
 
F
T
 
D
P
 
-
A
 
-
E
 
H
G
 
T
K
 
H
S
 
N
E
 
D
D
 
D
W
 
W
K
 
N
R
 
R
G
 
G
Q
 
R
Y
 
Y
L
 
L
V
 
V
D
 
D
V
 
E
L
 
L
G
 
A
H
|
H
C
|
C
G
 
G
E
 
E
C
|
C
H
|
H
T
 
T
P
 
P
R
 
R
G
 
N
L
 
F
P
 
L
G
 
L
A
 
A
M
 
P
Q
 
N
Q
 
Q
D
 
S
K
 
A
R
 
Y
L
 
L
T
 
A
G
 
G
G
 
A
L
 
D
L
 
I
N
 
G
G
 
S
Y
x
W
L
x
R
A
|
A
P
|
P
S
 
N
L
x
I
L
 
T
A
 
N
N
 
A
D
 
P
L
 
Q
A
 
S
A
 
G
R
 
I
G
 
G
-
 
S
W
|
W
T
 
S
H
 
D
Q
 
Q
D
 
D
L
 
L
S
 
F
S
 
Q
F
x
Y
L
|
L
K
 
K
H
 
T
G
 
G
M
 
K
S
 
T
A
 
A
Q
 
H
G
 
A
T
x
R
M
 
A
F
 
A
N
 
G
E
x
P
M
|
M
F
 
A
P
 
E
V
 
A
F
 
I
H
 
E
N
 
H
S
 
S
T
x
L
Q
 
Q
N
 
Y
L
 
L
N
 
P
E
 
D
P
 
A
D
 
D
L
 
I
A
 
S
S
 
A
M
 
I
A
 
V
T
 
T
F
 
Y
L
 
L
L
 
R
G
 
S
D
 
V
P
 
P
P
 
-
P
 
-
Q
 
-
A
 
A
R
 
K
V
 
A
L
 
E
S
 
S
E
 
G
V
 
Q
P
 
T
L
 
V
D
 
A
K
 
N
M
 
F
T
 
E
E
 
H
S
 
A
A
 
G
R
 
R
-
 
P
-
 
S
-
 
S
-
 
Y
-
 
S
-
 
V
-
 
T
-
 
T
R
 
D
G
 
G
R
 
A
Q
 
A
D
 
L
Y
 
Y
L
 
E
N
 
A
V
|
V
C
|
C
A
 
A
G
 
S
C
|
C
H
|
H
G
 
Q
V
 
S
N
 
D
G
 
G
E
 
K
G
 
G
-
 
S
K
 
K
P
 
D
H
 
G
I
x
Y
A
x
Y
V
x
P
A
 
S
M
x
L
Q
 
V
G
 
G
N
|
N
T
|
T
T
|
T
L
 
T
R
 
G
L
x
Q
E
 
L
D
 
N
P
 
P
R
 
N
N
x
D
L
|
L
L
 
I
R
 
A
V
x
S
I
|
I
E
 
L
D
 
Y
G
 
G
I
x
V
G
 
-
E
 
D
Q
x
R
K
 
T
F
 
T
A
 
D
G
 
N
F
 
H
E
 
E
R
x
I
M
 
L
Q
x
M
P
|
P
M
 
A
P
x
F
G
 
G
-
 
P
-
 
D
-
 
S
F
 
L
A
 
V
D
 
Q
K
 
P
L
 
L
S
 
T
N
 
D
Q
 
E
Q
 
Q
M
 
I
T
 
A
D
 
T
L
 
I
I
 
A
S
 
D
Y
 
Y
L
 
V
R
 
L
Q
 
S
A
 
H
W
 
F
G
 
G
G
 
N
Q
 
A
P
 
Q
A
 
A
D
 
T
L
 
V
L
 
S
I
 
A
G
 
D
Q
 
A
I
 
V
E
 
K
Q
 
Q
L
 
V
K
 
R
A
 
A

8hddB Complex structure of catalytic, small, and a partial electron transfer subunits from burkholderia cepacia fad glucose dehydrogenase
30% identity, 24% coverage: 308:405/415 of query aligns to 26:121/121 of 8hddB

query
sites
8hddB
Y
 
Y
L
 
L
N
 
G
V
x
N
C
|
C
A
 
A
G
 
T
C
|
C
H
|
H
G
 
Q
V
 
M
N
 
Q
G
 
G
E
 
K
G
 
G
K
 
T
P
 
P
H
 
D
-
 
G
I
x
Y
A
x
Y
V
x
P
A
 
S
M
 
L
Q
 
F
G
 
H
N
 
N
T
 
S
T
|
T
L
 
V
R
 
G
L
 
A
E
 
S
D
 
N
P
 
P
R
 
S
N
 
N
L
 
L
L
 
V
R
 
Q
V
|
V
I
|
I
E
 
L
D
 
N
G
 
G
I
 
V
G
 
-
E
 
-
Q
 
Q
K
x
R
F
 
K
A
 
I
G
 
G
F
 
S
E
 
E
R
 
D
M
x
I
Q
 
G
P
 
-
M
|
M
P
|
P
G
 
A
F
|
F
A
 
R
D
 
Y
K
 
D
L
 
L
S
 
N
N
 
D
Q
 
A
Q
 
Q
M
 
I
T
 
A
D
 
A
L
 
L
I
 
T
S
 
N
Y
 
Y
L
 
V
R
 
T
Q
 
A
A
 
Q
W
 
F
G
 
G
G
 
N
Q
 
P
P
 
A
A
 
A
D
 
K
L
 
V
L
 
T
I
 
E
G
 
Q
Q
 
D
I
 
V
E
 
A
Q
 
K
L
 
L
K
 
R

Query Sequence

>AO353_27065 AO353_27065 cytochrome C oxidase Cbb3
MKRLLSSLGTAVGLAVSLMAIQQAQAADQQQIKRGEYLARAADCMACHTAPGGAPYAGGL
PIVSPFGTIYGTNITPDKDHGIGQYSDDEFFAALTEGKRRDGANLYPAMPYTSYHLMPRE
DSDAIHAYLQTVAPINRAAPVTRLSFPFNVRLGLMGWNMLYGKDVKLTPAEGKSEDWKRG
QYLVDVLGHCGECHTPRGLPGAMQQDKRLTGGLLNGYLAPSLLANDLAARGWTHQDLSSF
LKHGMSAQGTMFNEMFPVFHNSTQNLNEPDLASMATFLLGDPPPQARVLSEVPLDKMTES
ARRGRQDYLNVCAGCHGVNGEGKPHIAVAMQGNTTLRLEDPRNLLRVIEDGIGEQKFAGF
ERMQPMPGFADKLSNQQMTDLISYLRQAWGGQPADLLIGQIEQLKADAPVEHKAH

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory