SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing AO356_00965 AO356_00965 sugar ABC transporter ATP-binding protein to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

P04983 Ribose import ATP-binding protein RbsA; EC 7.5.2.7 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
41% identity, 95% coverage: 8:497/517 of query aligns to 3:491/501 of P04983

query
sites
P04983
A
 
A
V
 
L
L
 
L
C
 
Q
V
 
L
S
 
K
G
 
G
I
 
I
G
 
D
K
 
K
T
 
A
Y
 
F
-
 
P
A
 
G
Q
 
V
P
 
K
V
 
A
L
 
L
T
 
S
D
 
G
I
 
A
N
 
A
L
 
L
T
 
N
L
 
V
M
 
Y
R
 
P
G
 
G
E
 
R
V
 
V
L
 
M
A
 
A
L
 
L
T
 
V
G
 
G
E
 
E
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
|
K
S
 
S
T
 
T
L
 
M
S
 
M
K
 
K
I
 
V
I
 
L
G
 
T
G
 
G
L
 
I
V
 
Y
T
 
T
P
 
R
T
 
D
T
 
A
G
 
G
Q
 
T
M
 
L
Q
 
L
F
 
W
Q
 
L
G
 
G
Q
 
K
D
 
E
Y
 
T
R
 
T
P
 
F
G
 
T
S
 
G
R
 
P
T
 
K
Q
 
S
A
 
S
E
 
Q
E
 
E
L
 
A
G
 
G
V
 
I
R
 
G
M
 
I
V
 
I
M
 
H
Q
 
Q
E
 
E
L
 
L
N
 
N
L
 
L
L
 
I
P
 
P
T
 
Q
L
 
L
S
 
T
V
 
I
A
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
I
F
 
F
L
 
L
D
 
G
-
 
R
N
 
E
L
 
F
P
 
V
S
 
N
H
 
R
G
 
F
G
 
G
W
 
K
I
 
I
S
 
D
R
 
W
K
 
K
Q
 
T
L
 
M
R
 
Y
K
 
A
A
 
E
A
 
A
I
 
D
E
 
K
A
 
L
M
 
L
A
 
A
Q
 
K
V
 
L
G
 
N
L
 
L
D
 
-
A
 
R
I
 
F
D
 
K
P
 
S
D
 
D
T
 
K
L
 
L
V
 
V
G
 
G
E
 
D
L
 
L
G
 
S
I
 
I
G
 
G
H
 
D
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
M
V
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
K
N
 
V
L
 
L
I
 
S
G
 
F
D
 
E
C
 
S
H
 
K
V
 
V
L
 
I
I
 
I
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
A
 
D
M
 
A
L
 
L
T
 
T
A
 
D
R
 
T
E
 
E
V
 
T
E
 
E
M
 
S
L
 
L
F
 
F
E
 
R
Q
 
V
I
 
I
T
 
R
R
 
E
L
 
L
Q
 
K
A
 
S
R
 
Q
G
 
G
V
 
R
A
 
G
I
 
I
I
 
V
Y
 
Y
I
 
I
S
 
S
H
 
H
R
 
R
L
 
M
E
 
K
E
 
E
L
 
I
A
 
F
R
 
E
V
 
I
A
 
C
Q
 
D
R
 
D
I
 
V
A
 
T
V
 
V
L
 
F
R
 
R
D
 
D
G
 
G
N
 
Q
L
 
F
V
 
I
C
 
A
V
 
E
E
 
R
P
 
E
M
 
V
A
 
A
N
 
S
Y
 
L
D
 
T
S
 
E
E
 
D
Q
 
S
L
 
L
V
 
I
T
 
E
L
 
M
M
 
M
V
 
V
G
 
G
R
 
R
E
 
K
L
 
L
G
 
E
E
 
D
-
 
Q
-
 
Y
-
 
P
H
 
H
I
 
L
D
 
D
L
 
K
G
 
A
P
 
P
R
 
-
Q
 
-
I
 
-
G
 
G
A
 
D
P
 
I
A
 
R
L
 
L
T
 
K
V
 
V
K
 
D
G
 
N
L
 
L
T
 
C
R
 
-
S
 
G
D
 
P
K
 
G
V
 
V
R
 
N
D
 
D
V
 
V
S
 
S
F
 
F
E
 
T
V
 
L
R
 
R
S
 
K
G
 
G
E
 
E
I
 
I
F
 
L
G
 
G
I
 
V
S
 
S
G
 
G
L
 
L
I
 
M
G
 
G
A
 
A
G
 
G
R
 
R
T
 
T
E
 
E
L
 
L
L
 
M
R
 
K
L
 
V
I
 
L
F
 
Y
G
 
G
A
 
A
D
 
L
P
 
P
A
 
R
D
 
T
S
 
S
G
 
G
T
 
Y
V
 
V
A
 
T
L
 
L
G
 
-
S
 
-
P
 
D
A
 
G
R
 
H
V
 
E
V
 
V
S
 
V
I
 
T
R
 
R
S
 
S
P
 
P
S
 
Q
D
 
D
A
 
G
V
 
L
A
 
A
H
 
N
G
 
G
I
 
I
A
 
V
L
 
Y
I
 
I
T
 
S
E
 
E
D
 
D
R
 
R
K
 
K
G
 
R
E
 
D
G
 
G
L
 
L
L
 
V
L
 
L
T
 
G
Q
 
M
S
 
S
I
 
V
A
 
K
A
 
E
N
 
N
I
 
M
A
 
S
L
 
L
G
 
T
N
 
A
M
 
L
P
 
R
E
 
Y
I
 
F
S
 
S
S
 
R
A
 
A
G
 
G
L
 
-
V
 
-
N
 
-
G
 
G
S
 
S
A
 
L
E
 
K
L
 
H
A
 
A
L
 
D
A
 
E
Q
 
Q
R
 
Q
Q
 
A
V
 
V
-
 
S
D
 
D
A
 
F
M
 
I
R
 
R
-
 
L
-
 
F
-
 
N
I
 
V
R
 
K
S
 
T
S
 
P
S
 
S
P
 
M
T
 
E
Q
 
Q
L
 
A
V
 
I
S
 
G
E
 
L
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
N
 
N
Q
 
Q
Q
 
Q
K
 
K
V
 
V
V
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
W
 
G
L
 
L
E
 
M
R
 
T
D
 
R
C
 
P
A
 
K
V
 
V
M
 
L
L
 
I
F
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
R
 
R
G
 
G
I
 
V
D
 
D
V
 
V
G
 
G
A
 
A
K
 
K
F
 
K
D
 
E
I
 
I
Y
 
Y
A
 
Q
L
 
L
L
 
I
G
 
N
E
 
Q
L
 
F
T
 
K
R
 
A
Q
 
D
G
 
G
K
 
L
A
 
S
L
 
I
V
 
I
V
 
L
V
 
V
S
 
S
S
 
S
D
 
E
L
 
M
R
 
P
E
 
E
L
 
V
M
 
L
L
 
G
I
 
M
C
 
S
D
 
D
R
 
R
I
 
I
G
 
I
V
 
V
L
 
M
S
 
H
A
 
E
G
 
G
R
 
H
L
 
L
I
 
S
D
 
G
T
 
E
F
 
F
E
 
T
R
 
R
D
 
E
S
 
Q
W
 
A
T
 
T
Q
 
Q
D
 
E
D
 
V
L
 
L
L
 
M
A
 
A
A
 
A
A
 
A

1oxvD Crystal structure of glcv, the abc-atpase of the glucose abc transporter from sulfolobus solfataricus (see paper)
31% identity, 46% coverage: 9:248/517 of query aligns to 6:243/353 of 1oxvD

query
sites
1oxvD
V
 
V
L
 
K
C
 
N
V
 
V
S
 
S
G
 
K
I
 
V
G
x
F
K
 
K
T
 
K
Y
 
G
A
 
K
Q
x
V
P
 
V
V
x
A
L
 
L
T
 
D
D
 
N
I
 
V
N
 
N
L
 
I
T
 
N
L
 
I
M
 
E
R
 
N
G
 
G
E
 
E
V
 
R
L
 
F
A
 
G
L
 
I
T
 
L
G
 
G
E
x
P
N
x
S
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
F
S
 
M
K
 
R
I
 
I
I
 
I
G
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
D
T
 
V
P
 
P
T
 
S
T
 
T
G
 
G
Q
 
E
M
 
L
Q
 
Y
F
 
F
Q
 
D
G
 
D
Q
 
R
D
 
L
Y
 
V
R
 
A
P
 
S
G
 
N
S
 
G
R
 
K
-
 
L
-
 
I
T
 
V
Q
 
P
A
 
P
E
 
E
E
 
D
L
 
R
G
 
K
V
 
I
R
 
G
M
 
M
V
 
V
M
 
F
Q
|
Q
E
 
T
L
 
W
N
 
A
L
 
L
L
 
Y
P
 
P
T
 
N
L
 
L
S
 
T
V
 
A
A
 
F
E
 
E
N
 
N
L
 
I
F
 
-
L
 
-
D
 
-
N
 
A
L
 
F
P
 
P
S
 
L
H
 
T
G
 
N
G
 
M
W
 
K
I
 
M
S
 
S
R
 
K
K
 
E
Q
 
E
L
 
I
R
 
R
K
 
K
A
 
R
A
 
V
I
 
E
E
 
E
A
 
V
M
 
A
A
 
K
Q
 
I
V
 
L
G
 
D
L
 
I
D
 
H
A
 
H
I
 
V
D
 
-
P
 
L
D
 
N
T
 
H
L
 
F
V
 
P
G
 
R
E
 
E
L
 
L
G
 
S
I
 
G
G
 
G
H
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
V
 
V
E
 
A
I
 
L
A
 
A
R
 
R
N
 
A
L
 
L
I
 
V
G
 
K
D
 
D
C
 
P
H
 
S
V
 
L
L
 
L
I
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
F
A
 
S
M
 
N
L
 
L
T
 
D
A
 
A
R
 
R
E
 
M
V
 
R
E
 
D
M
 
S
L
 
A
F
 
R
E
 
A
Q
 
L
I
 
V
T
 
K
R
 
E
L
 
V
Q
 
Q
A
 
S
R
 
R
-
 
L
G
 
G
V
 
V
A
 
T
I
 
L
I
 
L
Y
 
V
I
 
V
S
 
S
H
 
H
R
 
D
L
 
P
E
 
A
E
 
D
L
 
I
A
 
F
R
 
A
V
 
I
A
 
A
Q
 
D
R
 
R
I
 
V
A
 
G
V
 
V
L
 
L
R
 
V
D
 
K
G
 
G
N
 
K
L
 
L
V
 
V
C
 
Q
V
 
V
-
 
G
E
 
K
P
 
P
M
 
E
A
 
D
N
 
L
Y
 
Y
D
 
D
S
 
N
E
 
P
Q
 
-
L
 
-
V
 
V
T
 
S
L
 
I
M
 
Q
V
 
V
G
 
A
R
 
S
E
 
L
L
 
I
G
 
G
E
 
E

1oxvA Crystal structure of glcv, the abc-atpase of the glucose abc transporter from sulfolobus solfataricus (see paper)
31% identity, 46% coverage: 9:248/517 of query aligns to 6:243/353 of 1oxvA

query
sites
1oxvA
V
 
V
L
 
K
C
 
N
V
 
V
S
 
S
G
 
K
I
 
V
G
x
F
K
 
K
T
 
K
Y
 
G
A
 
K
Q
x
V
P
 
V
V
x
A
L
 
L
T
 
D
D
 
N
I
 
V
N
 
N
L
 
I
T
 
N
L
 
I
M
 
E
R
 
N
G
 
G
E
 
E
V
 
R
L
 
F
A
 
G
L
 
I
T
 
L
G
 
G
E
x
P
N
x
S
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
F
S
 
M
K
 
R
I
 
I
I
 
I
G
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
D
T
 
V
P
 
P
T
 
S
T
 
T
G
 
G
Q
 
E
M
 
L
Q
 
Y
F
 
F
Q
 
D
G
 
D
Q
 
R
D
 
L
Y
 
V
R
 
A
P
 
S
G
 
N
S
 
G
R
 
K
-
 
L
-
 
I
T
 
V
Q
 
P
A
 
P
E
 
E
E
 
D
L
 
R
G
 
K
V
 
I
R
 
G
M
 
M
V
 
V
M
 
F
Q
 
Q
E
 
T
L
 
W
N
 
A
L
 
L
L
 
Y
P
 
P
T
 
N
L
 
L
S
 
T
V
 
A
A
 
F
E
 
E
N
 
N
L
 
I
F
 
-
L
 
-
D
 
-
N
 
A
L
 
F
P
 
P
S
 
L
H
 
T
G
 
N
G
 
M
W
 
K
I
 
M
S
 
S
R
 
K
K
 
E
Q
 
E
L
 
I
R
 
R
K
 
K
A
 
R
A
 
V
I
 
E
E
 
E
A
 
V
M
 
A
A
 
K
Q
 
I
V
 
L
G
 
D
L
 
I
D
 
H
A
 
H
I
 
V
D
 
-
P
 
L
D
 
N
T
 
H
L
 
F
V
 
P
G
 
R
E
 
E
L
 
L
G
 
S
I
 
G
G
 
G
H
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
V
 
V
E
 
A
I
 
L
A
 
A
R
 
R
N
 
A
L
 
L
I
 
V
G
 
K
D
 
D
C
 
P
H
 
S
V
 
L
L
 
L
I
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
F
A
 
S
M
 
N
L
 
L
T
 
D
A
 
A
R
 
R
E
 
M
V
 
R
E
 
D
M
 
S
L
 
A
F
 
R
E
 
A
Q
 
L
I
 
V
T
 
K
R
 
E
L
 
V
Q
 
Q
A
 
S
R
 
R
-
 
L
G
 
G
V
 
V
A
 
T
I
 
L
I
 
L
Y
 
V
I
 
V
S
 
S
H
 
H
R
 
D
L
 
P
E
 
A
E
 
D
L
 
I
A
 
F
R
 
A
V
 
I
A
 
A
Q
 
D
R
 
R
I
 
V
A
 
G
V
 
V
L
 
L
R
 
V
D
 
K
G
 
G
N
 
K
L
 
L
V
 
V
C
 
Q
V
 
V
-
 
G
E
 
K
P
 
P
M
 
E
A
 
D
N
 
L
Y
 
Y
D
 
D
S
 
N
E
 
P
Q
 
-
L
 
-
V
 
V
T
 
S
L
 
I
M
 
Q
V
 
V
G
 
A
R
 
S
E
 
L
L
 
I
G
 
G
E
 
E

1oxuA Crystal structure of glcv, the abc-atpase of the glucose abc transporter from sulfolobus solfataricus (see paper)
31% identity, 46% coverage: 9:248/517 of query aligns to 6:243/353 of 1oxuA

query
sites
1oxuA
V
 
V
L
 
K
C
 
N
V
 
V
S
 
S
G
 
K
I
 
V
G
x
F
K
 
K
T
 
K
Y
 
G
A
 
K
Q
 
V
P
 
V
V
x
A
L
 
L
T
 
D
D
 
N
I
 
V
N
 
N
L
 
I
T
 
N
L
 
I
M
 
E
R
 
N
G
 
G
E
 
E
V
 
R
L
 
F
A
 
G
L
 
I
T
 
L
G
 
G
E
 
P
N
x
S
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
F
S
 
M
K
 
R
I
 
I
I
 
I
G
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
D
T
 
V
P
 
P
T
 
S
T
 
T
G
 
G
Q
 
E
M
 
L
Q
 
Y
F
 
F
Q
 
D
G
 
D
Q
 
R
D
 
L
Y
 
V
R
 
A
P
 
S
G
 
N
S
 
G
R
 
K
-
 
L
-
 
I
T
 
V
Q
 
P
A
 
P
E
 
E
E
 
D
L
 
R
G
 
K
V
 
I
R
 
G
M
 
M
V
 
V
M
 
F
Q
 
Q
E
 
T
L
 
W
N
 
A
L
 
L
L
 
Y
P
 
P
T
 
N
L
 
L
S
 
T
V
 
A
A
 
F
E
 
E
N
 
N
L
 
I
F
 
-
L
 
-
D
 
-
N
 
A
L
 
F
P
 
P
S
 
L
H
 
T
G
 
N
G
 
M
W
 
K
I
 
M
S
 
S
R
 
K
K
 
E
Q
 
E
L
 
I
R
 
R
K
 
K
A
 
R
A
 
V
I
 
E
E
 
E
A
 
V
M
 
A
A
 
K
Q
 
I
V
 
L
G
 
D
L
 
I
D
 
H
A
 
H
I
 
V
D
 
-
P
 
L
D
 
N
T
 
H
L
 
F
V
 
P
G
 
R
E
 
E
L
 
L
G
 
S
I
 
G
G
 
G
H
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
V
 
V
E
 
A
I
 
L
A
 
A
R
 
R
N
 
A
L
 
L
I
 
V
G
 
K
D
 
D
C
 
P
H
 
S
V
 
L
L
 
L
I
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
A
 
S
M
 
N
L
 
L
T
 
D
A
 
A
R
 
R
E
 
M
V
 
R
E
 
D
M
 
S
L
 
A
F
 
R
E
 
A
Q
 
L
I
 
V
T
 
K
R
 
E
L
 
V
Q
 
Q
A
 
S
R
 
R
-
 
L
G
 
G
V
 
V
A
 
T
I
 
L
I
 
L
Y
 
V
I
 
V
S
 
S
H
 
H
R
 
D
L
 
P
E
 
A
E
 
D
L
 
I
A
 
F
R
 
A
V
 
I
A
 
A
Q
 
D
R
 
R
I
 
V
A
 
G
V
 
V
L
 
L
R
 
V
D
 
K
G
 
G
N
 
K
L
 
L
V
 
V
C
 
Q
V
 
V
-
 
G
E
 
K
P
 
P
M
 
E
A
 
D
N
 
L
Y
 
Y
D
 
D
S
 
N
E
 
P
Q
 
-
L
 
-
V
 
V
T
 
S
L
 
I
M
 
Q
V
 
V
G
 
A
R
 
S
E
 
L
L
 
I
G
 
G
E
 
E

Q97UY8 Glucose import ATP-binding protein GlcV; EC 7.5.2.- from Saccharolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2) (Sulfolobus solfataricus) (see paper)
31% identity, 46% coverage: 9:248/517 of query aligns to 6:243/353 of Q97UY8

query
sites
Q97UY8
V
 
V
L
 
K
C
 
N
V
 
V
S
 
S
G
 
K
I
 
V
G
 
F
K
 
K
T
 
K
Y
 
G
A
 
K
Q
 
V
P
 
V
V
 
A
L
 
L
T
 
D
D
 
N
I
 
V
N
 
N
L
 
I
T
 
N
L
 
I
M
 
E
R
 
N
G
 
G
E
 
E
V
 
R
L
 
F
A
 
G
L
 
I
T
 
L
G
 
G
E
 
P
N
 
S
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
L
 
F
S
 
M
K
 
R
I
 
I
I
 
I
G
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
D
T
 
V
P
 
P
T
 
S
T
 
T
G
 
G
Q
 
E
M
 
L
Q
 
Y
F
 
F
Q
 
D
G
 
D
Q
 
R
D
 
L
Y
 
V
R
 
A
P
 
S
G
 
N
S
 
G
R
 
K
-
 
L
-
 
I
T
 
V
Q
 
P
A
 
P
E
 
E
E
 
D
L
 
R
G
 
K
V
 
I
R
 
G
M
 
M
V
 
V
M
 
F
Q
 
Q
E
 
T
L
 
W
N
 
A
L
 
L
L
 
Y
P
 
P
T
 
N
L
 
L
S
 
T
V
 
A
A
 
F
E
 
E
N
 
N
L
 
I
F
 
-
L
 
-
D
 
-
N
 
A
L
 
F
P
 
P
S
 
L
H
 
T
G
 
N
G
 
M
W
 
K
I
 
M
S
 
S
R
 
K
K
 
E
Q
 
E
L
 
I
R
 
R
K
 
K
A
 
R
A
 
V
I
 
E
E
 
E
A
 
V
M
 
A
A
 
K
Q
 
I
V
 
L
G
 
D
L
 
I
D
 
H
A
 
H
I
 
V
D
 
-
P
 
L
D
 
N
T
 
H
L
 
F
V
 
P
G
 
R
E
 
E
L
 
L
G
x
S
I
 
G
G
|
G
H
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
V
 
V
E
 
A
I
 
L
A
 
A
R
 
R
N
 
A
L
 
L
I
 
V
G
 
K
D
 
D
C
 
P
H
 
S
V
 
L
L
 
L
I
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
F
A
 
S
M
 
N
L
 
L
T
 
D
A
 
A
R
 
R
E
 
M
V
 
R
E
 
D
M
 
S
L
 
A
F
 
R
E
 
A
Q
 
L
I
 
V
T
 
K
R
 
E
L
 
V
Q
 
Q
A
 
S
R
 
R
-
 
L
G
 
G
V
 
V
A
 
T
I
 
L
I
 
L
Y
 
V
I
 
V
S
 
S
H
 
H
R
 
D
L
 
P
E
 
A
E
 
D
L
 
I
A
 
F
R
 
A
V
 
I
A
 
A
Q
 
D
R
 
R
I
 
V
A
 
G
V
 
V
L
 
L
R
 
V
D
 
K
G
 
G
N
 
K
L
 
L
V
 
V
C
 
Q
V
 
V
-
 
G
E
 
K
P
 
P
M
 
E
A
 
D
N
 
L
Y
 
Y
D
 
D
S
 
N
E
 
P
Q
 
-
L
 
-
V
 
V
T
 
S
L
 
I
M
 
Q
V
 
V
G
 
A
R
 
S
E
 
L
L
 
I
G
 
G
E
 
E

1f3oA Crystal structure of mj0796 atp-binding cassette (see paper)
29% identity, 41% coverage: 9:221/517 of query aligns to 1:221/232 of 1f3oA

query
sites
1f3oA
V
 
M
L
 
I
C
 
K
V
 
L
S
 
K
G
 
N
I
 
V
G
 
T
K
 
K
T
 
T
Y
|
Y
A
 
K
Q
 
M
-
 
G
-
 
E
-
 
E
-
 
I
-
 
I
P
 
Y
V
x
A
L
 
L
T
 
K
D
 
N
I
 
V
N
 
N
L
 
L
T
 
N
L
 
I
M
 
K
R
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
F
L
 
V
A
 
S
L
 
I
T
 
M
G
 
G
E
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
M
S
 
L
K
 
N
I
 
I
I
 
I
G
 
G
G
 
C
L
 
L
V
 
D
T
 
K
P
 
P
T
 
T
T
 
E
G
 
G
Q
 
E
M
 
V
-
 
Y
-
 
I
-
 
D
Q
 
N
F
 
I
Q
 
K
G
 
T
Q
 
N
D
 
D
Y
 
L
R
 
D
P
 
D
G
 
D
S
 
E
R
 
L
T
 
T
Q
 
K
A
 
I
E
 
R
E
 
R
L
 
D
G
 
K
V
 
I
R
 
G
M
 
F
V
 
V
M
 
F
Q
 
Q
E
 
Q
L
 
F
N
 
N
L
 
L
L
 
I
P
 
P
T
 
L
L
 
L
S
 
T
V
 
A
A
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
V
F
 
E
L
 
L
D
 
P
N
 
L
L
 
I
P
 
F
S
 
K
H
 
Y
G
 
R
G
 
G
W
 
A
I
 
M
S
 
S
R
 
G
K
 
E
Q
 
E
L
 
R
R
 
R
K
 
K
A
 
R
A
 
A
I
 
L
E
 
E
A
 
C
M
 
L
A
 
K
Q
 
M
V
 
A
G
 
E
L
 
L
D
 
E
A
 
E
I
 
R
D
 
F
P
 
A
D
 
N
T
 
H
L
 
K
V
 
P
G
 
N
E
 
Q
L
 
L
G
 
S
I
 
G
G
 
G
H
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
V
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
N
 
A
L
 
L
I
 
A
G
 
N
D
 
N
C
 
P
H
 
P
V
 
I
L
 
I
I
 
L
L
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
A
 
G
M
 
A
L
 
L
T
 
D
A
 
S
R
 
K
E
 
T
V
 
G
E
 
E
M
 
K
L
 
I
F
 
M
E
 
Q
Q
 
L
I
 
L
T
 
K
R
 
K
L
 
L
Q
 
N
A
 
E
R
 
E
-
 
D
G
 
G
V
 
K
A
 
T
I
 
V
I
 
V
Y
 
V
I
 
V
S
 
T
H
 
H
R
 
D
L
 
I
E
 
-
E
 
N
L
 
V
A
 
A
R
 
R
V
 
F
A
 
G
Q
 
E
R
 
R
I
 
I
A
 
I
V
 
Y
L
 
L
R
 
K
D
 
D
G
 
G

7arlD Lolcde in complex with lipoprotein and adp (see paper)
33% identity, 39% coverage: 23:225/517 of query aligns to 21:222/222 of 7arlD

query
sites
7arlD
V
 
V
L
 
L
T
 
H
D
 
N
I
 
V
N
 
S
L
 
F
T
 
S
L
 
V
M
 
G
R
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
M
L
 
M
A
 
A
L
 
I
T
 
V
G
 
G
E
 
S
N
 
S
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
S
 
L
K
 
H
I
 
L
I
 
L
G
 
G
G
 
G
L
 
L
V
 
D
T
 
T
P
 
P
T
 
T
T
 
S
G
 
G
Q
 
D
M
 
V
Q
 
I
F
 
F
Q
 
N
G
 
G
Q
 
Q
D
 
P
Y
 
M
R
 
S
P
 
K
G
 
L
S
 
S
R
 
S
T
 
A
Q
 
A
A
 
K
E
 
A
E
 
E
L
 
L
-
 
R
-
 
N
-
 
Q
G
 
K
V
 
L
R
 
G
M
 
F
V
 
I
M
 
Y
Q
 
Q
E
 
F
L
 
H
N
 
H
L
 
L
L
 
L
P
 
P
T
 
D
L
 
F
S
 
T
V
 
A
A
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
V
F
 
-
L
 
-
D
 
-
N
 
A
L
 
M
P
 
P
S
 
L
H
 
L
G
 
I
G
 
G
W
 
K
I
 
K
S
 
K
R
 
P
K
 
A
Q
 
E
L
 
I
R
 
N
K
 
S
A
 
R
A
 
A
I
 
L
E
 
E
A
 
M
M
 
L
A
 
K
Q
 
A
V
 
V
G
 
G
L
 
L
D
 
D
A
 
H
I
 
-
D
 
R
P
 
A
D
 
N
T
 
H
L
 
R
V
 
P
G
 
S
E
 
E
L
 
L
G
 
S
I
 
G
G
 
G
H
 
E
Q
 
R
Q
 
Q
M
 
R
V
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
N
 
A
L
 
L
I
 
V
G
 
N
D
 
N
C
 
P
H
 
R
V
 
L
L
 
V
I
 
L
L
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
A
 
G
M
 
N
L
 
L
T
 
D
A
 
A
R
 
R
E
 
N
V
 
A
E
 
D
M
 
S
L
 
I
F
 
F
E
 
Q
-
 
L
-
 
L
-
 
G
Q
 
E
I
 
L
T
 
N
R
 
R
L
 
L
Q
 
Q
A
 
-
R
 
-
G
 
G
V
 
T
A
 
A
I
 
F
I
 
L
Y
 
V
I
 
V
S
 
T
H
 
H
R
 
D
L
 
L
E
 
-
E
 
Q
L
 
L
A
 
A
R
 
K
V
 
R
A
 
M
Q
 
S
R
 
R
I
 
Q
A
 
L
V
 
E
L
 
M
R
 
R
D
 
D
G
 
G
N
 
R
L
 
L
V
 
T
C
 
A

Sites not aligning to the query:

P75957 Lipoprotein-releasing system ATP-binding protein LolD; EC 7.6.2.- from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
33% identity, 39% coverage: 23:225/517 of query aligns to 24:225/233 of P75957

query
sites
P75957
V
 
V
L
 
L
T
 
H
D
 
N
I
 
V
N
 
S
L
 
F
T
 
S
L
 
V
M
 
G
R
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
M
L
 
M
A
 
A
L
 
I
T
 
V
G
|
G
E
 
S
N
 
S
G
 
G
A
 
S
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
S
 
L
K
 
H
I
 
L
I
 
L
G
 
G
G
 
G
L
 
L
V
 
D
T
 
T
P
 
P
T
 
T
T
 
S
G
 
G
Q
 
D
M
 
V
Q
 
I
F
 
F
Q
 
N
G
 
G
Q
 
Q
D
 
P
Y
 
M
R
 
S
P
 
K
G
 
L
S
 
S
R
 
S
T
 
A
Q
 
A
A
 
K
E
 
A
E
 
E
L
 
L
-
 
R
-
 
N
-
 
Q
G
 
K
V
 
L
R
 
G
M
 
F
V
 
I
M
 
Y
Q
 
Q
E
 
F
L
 
H
N
 
H
L
 
L
L
 
L
P
 
P
T
 
D
L
 
F
S
 
T
V
 
A
A
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
V
F
 
A
L
 
-
D
 
-
N
 
-
L
 
M
P
 
P
S
 
L
H
 
L
G
 
I
G
 
G
W
 
K
I
 
K
S
 
K
R
 
P
K
 
A
Q
 
E
L
 
I
R
 
N
K
 
S
A
 
R
A
 
A
I
 
L
E
 
E
A
 
M
M
 
L
A
 
K
Q
 
A
V
 
V
G
 
G
L
 
L
D
 
D
A
 
H
I
 
-
D
 
R
P
 
A
D
 
N
T
 
H
L
 
R
V
 
P
G
 
S
E
 
E
L
 
L
G
 
S
I
 
G
G
 
G
H
 
E
Q
 
R
Q
 
Q
M
 
R
V
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
N
 
A
L
 
L
I
 
V
G
 
N
D
 
N
C
 
P
H
 
R
V
 
L
L
 
V
I
 
L
L
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
A
 
G
M
 
N
L
 
L
T
 
D
A
 
A
R
 
R
E
 
N
V
 
A
E
 
D
M
 
S
L
 
I
F
 
F
E
 
Q
-
 
L
-
 
L
-
 
G
Q
 
E
I
 
L
T
 
N
R
 
R
L
 
L
Q
 
Q
A
 
-
R
 
-
G
 
G
V
 
T
A
 
A
I
 
F
I
 
L
Y
 
V
I
 
V
S
 
T
H
 
H
R
 
D
L
 
L
E
 
-
E
 
Q
L
 
L
A
 
A
R
 
K
V
 
R
A
 
M
Q
 
S
R
 
R
I
 
Q
A
 
L
V
 
E
L
 
M
R
 
R
D
 
D
G
 
G
N
 
R
L
 
L
V
 
T
C
 
A

7mdyC Lolcde nucleotide-bound
33% identity, 39% coverage: 23:225/517 of query aligns to 21:222/226 of 7mdyC

query
sites
7mdyC
V
|
V
L
 
L
T
 
H
D
 
N
I
 
V
N
 
S
L
 
F
T
 
S
L
 
V
M
 
G
R
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
M
L
 
M
A
 
A
L
 
I
T
 
V
G
 
G
E
x
S
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
S
 
L
K
 
H
I
 
L
I
 
L
G
 
G
G
 
G
L
 
L
V
 
D
T
 
T
P
 
P
T
 
T
T
 
S
G
 
G
Q
 
D
M
 
V
Q
 
I
F
 
F
Q
 
N
G
 
G
Q
 
Q
D
 
P
Y
 
M
R
 
S
P
 
K
G
 
L
S
 
S
R
 
S
T
 
A
Q
 
A
A
 
K
E
 
A
E
 
E
L
 
L
-
 
R
-
 
N
-
 
Q
G
 
K
V
 
L
R
 
G
M
 
F
V
 
I
M
 
Y
Q
|
Q
E
 
F
L
 
H
N
 
H
L
 
L
L
 
L
P
 
P
T
 
D
L
 
F
S
 
T
V
 
A
A
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
V
F
 
-
L
 
-
D
 
-
N
 
A
L
 
M
P
 
P
S
 
L
H
 
L
G
 
I
G
 
G
W
 
K
I
 
K
S
 
K
R
 
P
K
 
A
Q
 
E
L
 
I
R
 
N
K
 
S
A
 
R
A
 
A
I
 
L
E
 
E
A
 
M
M
 
L
A
 
K
Q
 
A
V
 
V
G
 
G
L
 
L
D
 
D
A
 
H
I
 
-
D
x
R
P
 
A
D
 
N
T
x
H
L
 
R
V
 
P
G
 
S
E
|
E
L
 
L
G
x
S
I
x
G
G
|
G
H
x
E
Q
 
R
Q
 
Q
M
 
R
V
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
N
 
A
L
 
L
I
 
V
G
 
N
D
 
N
C
 
P
H
 
R
V
 
L
L
 
V
I
 
L
L
 
A
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
T
A
 
G
M
x
N
L
 
L
T
 
D
A
 
A
R
 
R
E
 
N
V
 
A
E
 
D
M
 
S
L
 
I
F
 
F
E
 
Q
-
 
L
-
 
L
-
 
G
Q
 
E
I
 
L
T
 
N
R
 
R
L
 
L
Q
 
Q
A
 
-
R
 
-
G
 
G
V
 
T
A
 
A
I
 
F
I
 
L
Y
 
V
I
 
V
S
 
T
H
|
H
R
 
D
L
 
L
E
 
-
E
 
Q
L
 
L
A
 
A
R
 
K
V
 
R
A
 
M
Q
 
S
R
 
R
I
 
Q
A
 
L
V
 
E
L
 
M
R
 
R
D
 
D
G
 
G
N
 
R
L
 
L
V
 
T
C
 
A

Sites not aligning to the query:

1l2tA Dimeric structure of mj0796, a bacterial abc transporter cassette (see paper)
28% identity, 41% coverage: 9:221/517 of query aligns to 1:221/230 of 1l2tA

query
sites
1l2tA
V
 
M
L
 
I
C
 
K
V
 
L
S
 
K
G
 
N
I
 
V
G
 
T
K
 
K
T
 
T
Y
|
Y
A
 
K
Q
x
M
-
 
G
-
 
E
-
 
E
-
 
I
-
x
I
P
 
Y
V
x
A
L
 
L
T
 
K
D
 
N
I
 
V
N
 
N
L
 
L
T
 
N
L
 
I
M
 
K
R
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
F
L
 
V
A
 
S
L
 
I
T
 
M
G
 
G
E
x
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
M
S
 
L
K
 
N
I
 
I
I
 
I
G
 
G
G
 
C
L
 
L
V
 
D
T
 
K
P
 
P
T
 
T
T
 
E
G
 
G
Q
 
E
M
 
V
-
 
Y
-
 
I
-
 
D
Q
 
N
F
 
I
Q
 
K
G
 
T
Q
 
N
D
 
D
Y
 
L
R
 
D
P
 
D
G
 
D
S
 
E
R
 
L
T
 
T
Q
 
K
A
 
I
E
 
R
E
 
R
L
 
D
G
 
K
V
 
I
R
 
G
M
 
F
V
 
V
M
 
F
Q
 
Q
E
 
Q
L
 
F
N
 
N
L
 
L
L
 
I
P
 
P
T
 
L
L
 
L
S
 
T
V
 
A
A
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
V
F
 
E
L
 
L
D
 
P
N
 
L
L
 
I
P
 
F
S
 
K
H
 
Y
G
 
R
G
 
G
W
 
A
I
 
M
S
 
S
R
 
G
K
 
E
Q
 
E
L
 
R
R
 
R
K
 
K
A
 
R
A
 
A
I
 
L
E
 
E
A
 
C
M
 
L
A
 
K
Q
 
M
V
 
A
G
 
E
L
 
L
D
 
E
A
 
E
I
 
R
D
x
F
P
 
A
D
 
N
T
x
H
L
 
K
V
 
P
G
 
N
E
x
Q
L
 
L
G
x
S
I
x
G
G
|
G
H
x
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
V
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
N
 
A
L
 
L
I
 
A
G
 
N
D
 
N
C
 
P
H
 
P
V
 
I
L
 
I
I
 
L
L
 
A
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
T
 
T
A
 
G
M
x
A
L
 
L
T
 
D
A
 
S
R
 
K
E
 
T
V
 
G
E
 
E
M
 
K
L
 
I
F
 
M
E
 
Q
Q
 
L
I
 
L
T
 
K
R
 
K
L
 
L
Q
 
N
A
 
E
R
 
E
-
 
D
G
 
G
V
 
K
A
 
T
I
 
V
I
 
V
Y
 
V
I
 
V
S
 
T
H
|
H
R
 
D
L
 
I
E
 
-
E
 
N
L
 
V
A
 
A
R
 
R
V
 
F
A
 
G
Q
 
E
R
 
R
I
 
I
A
 
I
V
 
Y
L
 
L
R
 
K
D
 
D
G
 
G

7v8iD Lolcd(e171q)e with bound amppnp in nanodiscs
33% identity, 39% coverage: 23:225/517 of query aligns to 23:224/229 of 7v8iD

query
sites
7v8iD
V
|
V
L
 
L
T
 
H
D
 
N
I
 
V
N
 
S
L
 
F
T
 
S
L
 
V
M
 
G
R
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
M
L
 
M
A
 
A
L
 
I
T
 
V
G
 
G
E
 
S
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
S
 
L
K
 
H
I
 
L
I
 
L
G
 
G
G
 
G
L
 
L
V
 
D
T
 
T
P
 
P
T
 
T
T
 
S
G
 
G
Q
 
D
M
 
V
Q
 
I
F
 
F
Q
 
N
G
 
G
Q
 
Q
D
 
P
Y
 
M
R
 
S
P
 
K
G
 
L
S
 
S
R
 
S
T
 
A
Q
 
A
A
 
K
E
 
A
E
 
E
L
 
L
-
 
R
-
 
N
-
 
Q
G
 
K
V
 
L
R
 
G
M
 
F
V
 
I
M
 
Y
Q
|
Q
E
 
F
L
 
H
N
 
H
L
 
L
L
 
L
P
 
P
T
 
D
L
 
F
S
 
T
V
 
A
A
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
V
F
 
A
L
 
-
D
 
-
N
 
-
L
 
M
P
 
P
S
 
L
H
 
L
G
 
I
G
 
G
W
 
K
I
 
K
S
 
K
R
 
P
K
 
A
Q
 
E
L
 
I
R
 
N
K
 
S
A
 
R
A
 
A
I
 
L
E
 
E
A
 
M
M
 
L
A
 
K
Q
 
A
V
 
V
G
 
G
L
 
L
D
 
D
A
 
H
I
 
-
D
x
R
P
 
A
D
 
N
T
x
H
L
 
R
V
 
P
G
 
S
E
|
E
L
|
L
G
x
S
I
x
G
G
|
G
H
x
E
Q
 
R
Q
 
Q
M
 
R
V
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
N
 
A
L
 
L
I
 
V
G
 
N
D
 
N
C
 
P
H
 
R
V
 
L
L
 
V
I
 
L
L
 
A
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
T
 
T
A
 
G
M
x
N
L
 
L
T
 
D
A
 
A
R
 
R
E
 
N
V
 
A
E
 
D
M
 
S
L
 
I
F
 
F
E
 
Q
-
 
L
-
 
L
-
 
G
Q
 
E
I
 
L
T
 
N
R
 
R
L
 
L
Q
 
Q
A
 
-
R
 
-
G
 
G
V
 
T
A
 
A
I
 
F
I
 
L
Y
 
V
I
 
V
S
 
T
H
|
H
R
 
D
L
 
L
E
 
-
E
 
Q
L
 
L
A
 
A
R
 
K
V
 
R
A
 
M
Q
 
S
R
 
R
I
 
Q
A
 
L
V
 
E
L
 
M
R
 
R
D
 
D
G
 
G
N
 
R
L
 
L
V
 
T
C
 
A

5xu1B Structure of a non-canonical abc transporter from streptococcus pneumoniae r6 (see paper)
33% identity, 38% coverage: 23:221/517 of query aligns to 22:218/226 of 5xu1B

query
sites
5xu1B
V
 
V
L
 
L
T
 
K
D
 
N
I
 
I
N
 
N
L
 
L
T
 
E
L
 
V
M
 
N
R
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
F
L
 
V
A
 
A
L
 
I
T
 
M
G
 
G
E
 
P
N
 
S
G
 
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
 
T
L
 
L
S
 
M
K
 
N
I
 
T
I
 
I
G
 
G
G
 
M
L
 
L
V
 
D
T
 
T
P
 
P
T
 
T
T
 
S
G
 
G
Q
 
E
M
 
Y
Q
 
Y
F
 
L
Q
 
E
G
 
G
Q
 
Q
D
 
E
Y
 
V
-
 
A
-
 
G
-
 
L
-
 
G
-
 
E
R
 
K
P
 
Q
G
 
L
S
 
A
R
 
K
T
 
V
Q
 
R
A
 
N
E
 
Q
E
 
Q
L
 
I
G
 
G
V
 
-
R
 
-
M
 
F
V
 
V
M
 
F
Q
 
Q
E
 
Q
L
 
F
N
 
F
L
 
L
L
 
L
P
 
S
T
 
K
L
 
L
S
 
N
V
 
A
A
 
L
E
 
Q
N
 
N
L
 
V
F
 
-
L
 
-
D
 
-
N
 
E
L
 
L
P
 
P
S
 
L
H
 
I
G
 
Y
G
 
A
W
 
G
I
 
V
S
 
S
R
 
S
K
 
S
Q
 
K
L
 
R
R
 
R
K
 
K
A
 
L
A
 
A
I
 
E
E
 
E
A
 
Y
M
 
L
A
 
D
Q
 
K
V
 
V
G
 
E
L
 
L
D
 
T
A
 
E
I
 
-
D
 
R
P
 
S
D
 
H
T
 
H
L
 
L
V
 
P
G
 
S
E
 
E
L
 
L
G
 
S
I
 
G
G
 
G
H
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
M
 
R
V
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
N
 
A
L
 
L
I
 
V
G
 
N
D
 
N
C
 
P
H
 
S
V
 
I
L
 
I
I
 
L
L
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
A
 
G
M
 
A
L
 
L
T
 
D
A
 
T
R
 
K
E
 
T
V
 
G
E
 
N
M
 
Q
L
 
I
F
 
M
E
 
Q
Q
 
L
I
 
L
T
 
V
R
 
D
L
 
L
Q
 
N
A
 
K
R
 
E
G
 
G
V
 
K
A
 
T
I
 
I
I
 
I
Y
 
M
I
 
V
S
 
T
H
 
H
R
 
E
L
 
-
E
 
P
E
 
E
L
 
I
A
 
A
R
 
A
V
 
Y
A
 
A
Q
 
K
R
 
R
I
 
Q
A
 
I
V
 
V
L
 
I
R
 
R
D
 
D
G
 
G

5lilA Structure of aggregatibacter actinomycetemcomitans macb bound to atpys (p21) (see paper)
32% identity, 39% coverage: 23:225/517 of query aligns to 22:222/615 of 5lilA

query
sites
5lilA
V
|
V
L
 
L
T
 
K
D
 
D
I
 
I
N
 
S
L
 
L
T
 
S
L
 
I
M
 
E
R
 
R
G
 
G
E
 
D
V
 
F
L
 
V
A
 
A
L
 
I
T
 
M
G
 
G
E
 
Q
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
S
 
M
K
 
N
I
 
I
I
 
I
G
 
G
G
 
C
L
 
L
V
 
D
T
 
T
P
 
A
T
 
T
T
 
G
G
 
G
Q
 
S
M
 
S
Q
 
K
F
 
I
Q
 
D
G
 
G
Q
 
K
D
 
E
Y
 
T
R
 
I
P
 
E
G
 
L
S
 
T
R
 
N
T
 
D
Q
 
Q
A
 
L
E
 
S
E
 
D
L
 
L
G
 
R
V
 
S
R
 
Q
-
 
K
-
 
F
-
 
G
M
 
F
V
 
I
M
 
F
Q
|
Q
E
 
R
L
 
Y
N
 
N
L
 
L
L
 
L
P
 
S
T
 
S
L
 
L
S
 
T
V
 
A
A
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
V
F
 
-
L
 
-
D
 
-
N
 
A
L
 
L
P
 
P
S
 
A
H
 
I
G
 
Y
G
 
A
W
 
G
I
 
M
S
 
P
R
 
Q
K
 
S
Q
 
Q
L
 
R
R
 
L
K
 
E
A
 
R
A
 
A
I
 
K
E
 
Q
A
 
L
M
 
L
A
 
E
Q
 
K
V
 
L
G
 
G
L
 
L
D
 
G
-
 
D
-
x
K
-
 
W
A
 
Q
I
x
N
D
 
K
P
 
P
D
 
N
T
x
Q
L
|
L
V
x
S
G
|
G
E
 
-
L
 
-
G
 
-
I
 
-
G
|
G
H
x
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
V
 
V
E
 
S
I
 
I
A
 
A
R
 
R
N
 
A
L
 
L
I
 
M
G
 
N
D
 
G
C
 
G
H
 
E
V
 
I
L
 
I
I
 
L
L
 
A
D
|
D
E
x
Q
P
 
P
T
 
T
A
 
G
M
x
A
L
 
L
T
 
D
A
 
S
R
 
H
E
 
S
V
 
G
E
 
E
M
 
N
L
 
V
F
 
M
E
 
E
Q
 
I
I
 
L
T
 
R
R
 
Q
L
 
L
Q
 
H
A
 
E
R
 
E
G
 
G
V
 
H
A
 
T
I
 
I
I
 
I
Y
 
M
I
 
V
S
 
T
H
|
H
R
 
D
L
 
-
E
 
K
E
 
H
L
 
I
A
 
A
R
 
A
V
 
S
A
 
A
Q
 
N
R
 
R
I
 
I
A
 
I
V
 
E
L
 
I
R
 
K
D
 
D
G
 
G
N
 
E
L
 
I
V
 
I
C
 
S

Sites not aligning to the query:

5lj7A Structure of aggregatibacter actinomycetemcomitans macb bound to atp (p21) (see paper)
32% identity, 39% coverage: 23:225/517 of query aligns to 22:222/592 of 5lj7A

query
sites
5lj7A
V
|
V
L
 
L
T
 
K
D
 
D
I
 
I
N
 
S
L
 
L
T
 
S
L
 
I
M
 
E
R
 
R
G
 
G
E
 
D
V
 
F
L
 
V
A
 
A
L
 
I
T
 
M
G
 
G
E
 
Q
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
S
 
M
K
 
N
I
 
I
I
 
I
G
 
G
G
 
C
L
 
L
V
 
D
T
 
T
P
 
A
T
 
T
T
 
G
G
 
G
Q
 
S
M
 
S
Q
 
K
F
 
I
Q
 
D
G
 
G
Q
 
K
D
 
E
Y
 
T
R
 
I
P
 
E
G
 
L
S
 
T
R
 
N
T
 
D
Q
 
Q
A
 
L
E
 
S
E
 
D
L
 
L
G
 
R
V
 
S
R
 
Q
-
 
K
-
 
F
-
 
G
M
 
F
V
 
I
M
 
F
Q
|
Q
E
 
R
L
 
Y
N
 
N
L
 
L
L
 
L
P
 
S
T
 
S
L
 
L
S
 
T
V
 
A
A
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
V
F
 
-
L
 
-
D
 
-
N
 
A
L
 
L
P
 
P
S
 
A
H
 
I
G
 
Y
G
 
A
W
 
G
I
 
M
S
 
P
R
 
Q
K
 
S
Q
 
Q
L
 
R
R
 
L
K
 
E
A
 
R
A
 
A
I
 
K
E
 
Q
A
 
L
M
 
L
A
 
E
Q
 
K
V
 
L
G
 
G
L
 
L
D
 
G
-
 
D
-
x
K
-
 
W
A
 
Q
I
 
N
D
 
K
P
 
P
D
x
N
T
x
Q
L
|
L
V
x
S
G
|
G
E
 
-
L
 
-
G
 
-
I
 
-
G
|
G
H
x
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
V
 
V
E
 
S
I
 
I
A
 
A
R
 
R
N
 
A
L
 
L
I
 
M
G
 
N
D
 
G
C
 
G
H
 
E
V
 
I
L
 
I
I
 
L
L
 
A
D
|
D
E
x
Q
P
 
P
T
 
T
A
 
G
M
x
A
L
 
L
T
 
D
A
 
S
R
 
H
E
 
S
V
 
G
E
 
E
M
 
N
L
 
V
F
 
M
E
 
E
Q
 
I
I
 
L
T
 
R
R
 
Q
L
 
L
Q
 
H
A
 
E
R
 
E
G
 
G
V
 
H
A
 
T
I
 
I
I
 
I
Y
 
M
I
 
V
S
 
T
H
|
H
R
 
D
L
 
-
E
 
K
E
 
H
L
 
I
A
 
A
R
 
A
V
 
S
A
 
A
Q
 
N
R
 
R
I
 
I
A
 
I
V
 
E
L
 
I
R
 
K
D
 
D
G
 
G
N
 
E
L
 
I
V
 
I
C
 
S

Sites not aligning to the query:

2awnB Crystal structure of the adp-mg-bound e. Coli malk (crystallized with atp-mg) (see paper)
34% identity, 46% coverage: 8:243/517 of query aligns to 1:234/374 of 2awnB

query
sites
2awnB
A
 
A
V
 
S
L
 
V
C
 
Q
V
 
L
S
 
Q
G
 
N
I
 
V
G
 
T
K
 
K
T
 
A
Y
x
W
A
 
G
Q
 
E
P
 
V
V
 
V
L
x
V
T
 
S
-
 
K
D
 
D
I
 
I
N
 
N
L
 
L
T
 
D
L
 
I
M
 
H
R
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
F
L
 
V
A
 
V
L
 
F
T
 
V
G
 
G
E
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
S
 
L
K
 
R
I
 
M
I
 
I
G
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
E
T
 
T
P
 
I
T
 
T
T
 
S
G
 
G
Q
 
D
M
 
L
Q
 
-
F
 
F
Q
 
I
G
 
G
Q
 
E
D
 
-
Y
 
-
R
 
K
P
 
R
G
 
M
S
 
N
R
 
D
T
 
T
Q
 
P
A
 
P
E
 
A
E
 
E
L
 
R
G
 
G
V
 
V
R
 
G
M
 
M
V
 
V
M
 
F
Q
 
Q
E
 
S
L
 
Y
N
 
A
L
 
L
L
 
Y
P
 
P
T
 
H
L
 
L
S
 
S
V
 
V
A
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
M
-
 
S
F
 
F
L
 
G
D
 
L
N
 
K
L
 
L
P
 
A
S
 
G
H
 
A
G
 
K
G
 
K
W
 
E
I
 
V
S
 
I
R
 
N
K
 
Q
Q
 
R
L
 
V
R
 
N
K
 
Q
A
 
V
A
 
A
I
 
-
E
 
E
A
 
V
M
 
L
A
 
Q
Q
 
L
V
 
A
G
 
H
L
 
L
D
 
L
A
 
D
I
 
R
D
 
K
P
 
P
D
 
K
T
 
A
L
 
L
V
 
S
G
 
G
E
 
-
L
 
-
G
 
-
I
 
-
G
 
G
H
 
Q
Q
 
R
Q
 
Q
M
 
R
V
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
G
R
 
R
N
 
T
L
 
L
I
 
V
G
 
A
D
 
E
C
 
P
H
 
S
V
 
V
L
 
F
I
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
L
A
 
S
M
 
N
L
 
L
-
 
D
T
 
A
A
 
A
R
 
L
E
 
R
V
 
V
E
 
Q
M
 
M
L
 
R
F
 
I
E
 
E
Q
 
-
I
 
I
T
 
S
R
 
R
L
 
L
Q
 
H
A
 
K
R
 
R
-
 
L
G
 
G
V
 
R
A
 
T
I
 
M
I
 
I
Y
 
Y
I
 
V
S
 
T
H
 
H
R
 
D
L
 
Q
E
 
V
E
 
E
L
 
A
A
 
M
R
 
T
V
 
L
A
 
A
Q
 
D
R
 
K
I
 
I
A
 
V
V
 
V
L
 
L
R
 
D
D
 
A
G
 
G
N
 
R
L
 
V
V
 
A
C
 
Q
V
 
V
-
 
G
E
 
K
P
 
P
-
 
L
-
 
E
M
 
L
A
 
Y
N
 
H
Y
 
Y
D
 
P
S
 
A
E
 
D
Q
 
R
L
 
F
V
 
V
T
 
A
L
 
G
M
 
F
V
 
I
G
 
G

2awoA Crystal structure of the adp-mg-bound e. Coli malk (crystallized with adp-mg) (see paper)
34% identity, 46% coverage: 8:243/517 of query aligns to 1:234/372 of 2awoA

query
sites
2awoA
A
 
A
V
 
S
L
 
V
C
 
Q
V
 
L
S
 
Q
G
 
N
I
 
V
G
 
T
K
 
K
T
 
A
Y
x
W
A
 
G
Q
 
E
P
 
V
V
 
V
L
x
V
T
 
S
-
 
K
D
 
D
I
 
I
N
 
N
L
 
L
T
 
D
L
 
I
M
 
H
R
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
F
L
 
V
A
 
V
L
 
F
T
 
V
G
 
G
E
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
S
 
L
K
 
R
I
 
M
I
 
I
G
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
E
T
 
T
P
 
I
T
 
T
T
 
S
G
 
G
Q
 
D
M
 
L
Q
 
-
F
 
F
Q
 
I
G
 
G
Q
 
E
D
 
-
Y
 
-
R
 
K
P
 
R
G
 
M
S
 
N
R
 
D
T
 
T
Q
 
P
A
 
P
E
 
A
E
 
E
L
 
R
G
 
G
V
 
V
R
 
G
M
 
M
V
 
V
M
 
F
Q
 
Q
E
 
S
L
 
Y
N
 
A
L
 
L
L
 
Y
P
 
P
T
 
H
L
 
L
S
 
S
V
 
V
A
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
M
-
 
S
F
 
F
L
 
G
D
 
L
N
 
K
L
 
L
P
 
A
S
 
G
H
 
A
G
 
K
G
 
K
W
 
E
I
 
V
S
 
I
R
 
N
K
 
Q
Q
 
R
L
 
V
R
 
N
K
 
Q
A
 
V
A
 
A
I
 
-
E
 
E
A
 
V
M
 
L
A
 
Q
Q
 
L
V
 
A
G
 
H
L
 
L
D
 
L
A
 
D
I
 
R
D
 
K
P
 
P
D
 
K
T
 
A
L
 
L
V
 
S
G
 
G
E
 
-
L
 
-
G
 
-
I
 
-
G
 
G
H
 
Q
Q
 
R
Q
 
Q
M
 
R
V
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
G
R
 
R
N
 
T
L
 
L
I
 
V
G
 
A
D
 
E
C
 
P
H
 
S
V
 
V
L
 
F
I
 
L
L
 
L
D
|
D
E
 
E
P
 
P
T
 
L
A
 
S
M
 
N
L
 
L
-
 
D
T
 
A
A
 
A
R
 
L
E
 
R
V
 
V
E
 
Q
M
 
M
L
 
R
F
 
I
E
 
E
Q
 
-
I
 
I
T
 
S
R
 
R
L
 
L
Q
 
H
A
 
K
R
 
R
-
 
L
G
 
G
V
 
R
A
 
T
I
 
M
I
 
I
Y
 
Y
I
 
V
S
 
T
H
 
H
R
 
D
L
 
Q
E
 
V
E
 
E
L
 
A
A
 
M
R
 
T
V
 
L
A
 
A
Q
 
D
R
 
K
I
 
I
A
 
V
V
 
V
L
 
L
R
 
D
D
 
A
G
 
G
N
 
R
L
 
V
V
 
A
C
 
Q
V
 
V
-
 
G
E
 
K
P
 
P
-
 
L
-
 
E
M
 
L
A
 
Y
N
 
H
Y
 
Y
D
 
P
S
 
A
E
 
D
Q
 
R
L
 
F
V
 
V
T
 
A
L
 
G
M
 
F
V
 
I
G
 
G

3puyA Crystal structure of an outward-facing mbp-maltose transporter complex bound to amp-pnp after crystal soaking of the pretranslocation state (see paper)
34% identity, 46% coverage: 8:243/517 of query aligns to 1:234/371 of 3puyA

query
sites
3puyA
A
 
A
V
 
S
L
 
V
C
 
Q
V
 
L
S
 
Q
G
 
N
I
 
V
G
 
T
K
 
K
T
 
A
Y
x
W
A
 
G
Q
 
E
P
 
V
V
 
V
L
x
V
T
 
S
-
 
K
D
 
D
I
 
I
N
 
N
L
 
L
T
 
D
L
 
I
M
 
H
R
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
F
L
 
V
A
 
V
L
 
F
T
 
V
G
 
G
E
x
P
N
x
S
G
|
G
A
x
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
S
 
L
K
 
R
I
 
M
I
 
I
G
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
E
T
 
T
P
 
I
T
 
T
T
 
S
G
 
G
Q
 
D
M
 
L
Q
 
-
F
 
F
Q
 
I
G
 
G
Q
 
E
D
 
-
Y
 
-
R
 
K
P
 
R
G
 
M
S
 
N
R
 
D
T
 
T
Q
 
P
A
 
P
E
 
A
E
 
E
L
 
R
G
 
G
V
 
V
R
 
G
M
 
M
V
 
V
M
 
F
Q
|
Q
E
 
S
L
 
Y
N
 
A
L
 
L
L
 
Y
P
 
P
T
 
H
L
 
L
S
 
S
V
 
V
A
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
M
-
 
S
F
 
F
L
 
G
D
 
L
N
 
K
L
 
L
P
 
A
S
 
G
H
 
A
G
 
K
G
 
K
W
 
E
I
 
V
S
 
I
R
 
N
K
 
Q
Q
 
R
L
 
V
R
 
N
K
 
Q
A
 
V
A
 
A
I
 
-
E
 
E
A
 
V
M
 
L
A
 
Q
Q
 
L
V
 
A
G
 
H
L
 
L
D
 
L
A
 
D
I
x
R
D
 
K
P
 
P
D
 
K
T
x
A
L
 
L
V
x
S
G
|
G
E
 
-
L
 
-
G
 
-
I
 
-
G
|
G
H
x
Q
Q
 
R
Q
 
Q
M
 
R
V
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
G
R
 
R
N
 
T
L
 
L
I
 
V
G
 
A
D
 
E
C
 
P
H
 
S
V
 
V
L
 
F
I
 
L
L
 
L
D
|
D
E
|
E
P
 
P
T
 
L
A
 
S
M
 
N
L
 
L
-
 
D
T
 
A
A
 
A
R
 
L
E
 
R
V
 
V
E
 
Q
M
 
M
L
 
R
F
 
I
E
 
E
Q
 
-
I
 
I
T
 
S
R
 
R
L
 
L
Q
 
H
A
 
K
R
 
R
-
 
L
G
 
G
V
 
R
A
 
T
I
 
M
I
 
I
Y
 
Y
I
 
V
S
 
T
H
|
H
R
 
D
L
 
Q
E
 
V
E
 
E
L
 
A
A
 
M
R
 
T
V
 
L
A
 
A
Q
 
D
R
 
K
I
 
I
A
 
V
V
 
V
L
 
L
R
 
D
D
 
A
G
 
G
N
 
R
L
 
V
V
 
A
C
 
Q
V
 
V
-
 
G
E
 
K
P
 
P
-
 
L
-
 
E
M
 
L
A
 
Y
N
 
H
Y
 
Y
D
 
P
S
 
A
E
 
D
Q
 
R
L
 
F
V
 
V
T
 
A
L
 
G
M
 
F
V
 
I
G
 
G

3puxA Crystal structure of an outward-facing mbp-maltose transporter complex bound to adp-bef3 (see paper)
34% identity, 46% coverage: 8:243/517 of query aligns to 1:234/371 of 3puxA

query
sites
3puxA
A
 
A
V
 
S
L
 
V
C
 
Q
V
 
L
S
 
Q
G
 
N
I
 
V
G
 
T
K
 
K
T
 
A
Y
x
W
A
 
G
Q
 
E
P
 
V
V
 
V
L
x
V
T
 
S
-
 
K
D
 
D
I
 
I
N
 
N
L
 
L
T
 
D
L
 
I
M
 
H
R
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
F
L
 
V
A
 
V
L
 
F
T
 
V
G
 
G
E
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
S
 
L
K
 
R
I
 
M
I
 
I
G
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
E
T
 
T
P
 
I
T
 
T
T
 
S
G
 
G
Q
 
D
M
 
L
Q
 
-
F
 
F
Q
 
I
G
 
G
Q
 
E
D
 
-
Y
 
-
R
 
K
P
 
R
G
 
M
S
 
N
R
 
D
T
 
T
Q
 
P
A
 
P
E
 
A
E
 
E
L
 
R
G
 
G
V
 
V
R
 
G
M
 
M
V
 
V
M
 
F
Q
|
Q
E
 
S
L
 
Y
N
 
A
L
 
L
L
 
Y
P
 
P
T
 
H
L
 
L
S
 
S
V
 
V
A
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
M
-
 
S
F
 
F
L
 
G
D
 
L
N
 
K
L
 
L
P
 
A
S
 
G
H
 
A
G
 
K
G
 
K
W
 
E
I
 
V
S
 
I
R
 
N
K
 
Q
Q
 
R
L
 
V
R
 
N
K
 
Q
A
 
V
A
 
A
I
 
-
E
 
E
A
 
V
M
 
L
A
 
Q
Q
 
L
V
 
A
G
 
H
L
 
L
D
 
L
A
 
D
I
x
R
D
 
K
P
 
P
D
 
K
T
x
A
L
|
L
V
x
S
G
|
G
E
 
-
L
 
-
G
 
-
I
 
-
G
|
G
H
x
Q
Q
 
R
Q
 
Q
M
 
R
V
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
G
R
 
R
N
 
T
L
 
L
I
 
V
G
 
A
D
 
E
C
 
P
H
 
S
V
 
V
L
 
F
I
 
L
L
 
L
D
|
D
E
|
E
P
 
P
T
 
L
A
 
S
M
 
N
L
 
L
-
 
D
T
 
A
A
 
A
R
 
L
E
 
R
V
 
V
E
 
Q
M
 
M
L
 
R
F
 
I
E
 
E
Q
 
-
I
 
I
T
 
S
R
 
R
L
 
L
Q
 
H
A
 
K
R
 
R
-
 
L
G
 
G
V
 
R
A
 
T
I
 
M
I
 
I
Y
 
Y
I
 
V
S
 
T
H
|
H
R
 
D
L
 
Q
E
 
V
E
 
E
L
 
A
A
 
M
R
 
T
V
 
L
A
 
A
Q
 
D
R
 
K
I
 
I
A
 
V
V
 
V
L
 
L
R
 
D
D
 
A
G
 
G