SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing AO356_01105 FitnessBrowser__pseudo5_N2C3_1:AO356_01105 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 5 hits to proteins with known functional sites (download)

Q88CC1 2-oxoadipate dioxygenase/decarboxylase; 2-hydroxyglutarate synthase; EC 1.13.11.93 from Pseudomonas putida (strain ATCC 47054 / DSM 6125 / CFBP 8728 / NCIMB 11950 / KT2440) (see paper)
69% identity, 100% coverage: 3:458/458 of query aligns to 6:461/464 of Q88CC1

query
sites
Q88CC1
F
 
F
V
 
V
S
 
S
P
 
P
D
 
D
L
 
S
I
 
I
R
 
R
Q
 
A
R
 
Q
F
 
F
S
 
S
R
 
A
A
 
A
M
 
M
S
 
S
D
 
L
M
 
M
Y
 
Y
R
 
K
D
 
Q
E
 
E
V
 
V
P
 
P
L
 
L
Y
 
Y
G
 
G
A
 
T
L
 
L
M
 
L
K
 
E
L
 
L
V
 
V
E
 
S
H
 
E
T
 
I
N
 
N
A
 
Q
Q
 
Q
V
 
V
L
 
M
S
 
A
E
 
Q
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
E
L
 
V
A
 
A
E
 
E
H
 
A
L
 
L
R
 
R
S
 
W
T
 
T
G
 
G
E
 
E
L
 
I
E
 
E
R
 
R
L
 
L
D
 
D
L
 
Q
E
 
E
R
 
R
H
|
H
G
 
G
A
 
A
I
 
I
R
|
R
V
 
V
G
 
G
T
 
T
A
 
A
A
 
E
E
 
E
L
 
L
A
 
A
T
 
T
L
 
I
G
 
A
R
 
R
L
 
L
F
 
F
A
 
A
V
 
V
M
 
M
G
 
G
M
 
M
Q
 
Q
P
 
P
V
 
V
G
 
G
Y
 
Y
Y
 
Y
D
 
D
L
 
L
T
 
S
P
 
S
A
 
A
G
 
G
V
 
V
P
 
P
V
 
V
H
 
H
S
 
S
T
 
T
A
 
A
F
 
F
R
 
R
A
 
A
V
 
V
H
 
H
E
 
E
S
 
Q
A
 
S
L
 
L
Q
 
H
V
 
V
S
 
S
P
 
P
F
 
F
R
 
R
V
 
V
F
 
F
T
 
T
S
 
S
L
 
L
L
 
L
R
 
R
L
 
L
E
 
E
L
 
L
I
 
I
E
 
D
N
 
N
S
 
P
E
 
Q
L
 
L
R
 
R
A
 
E
F
 
L
A
 
A
E
 
Q
S
 
S
V
 
I
L
 
L
A
 
A
K
 
K
R
 
R
Q
 
Q
I
 
I
F
 
F
T
 
T
P
 
S
G
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
E
L
 
L
I
 
I
D
 
A
L
 
Q
A
 
C
E
 
E
R
 
R
Q
 
E
G
 
G
G
 
G
L
 
L
T
 
D
Q
 
A
A
 
A
Q
 
D
A
 
A
E
 
E
D
 
T
F
 
F
V
 
V
L
 
Q
Q
 
E
A
 
A
L
 
L
E
 
H
T
 
T
F
 
F
R
 
R
W
 
W
H
 
H
H
 
Q
S
 
D
A
 
A
T
 
T
V
 
V
T
 
T
A
 
A
E
 
E
Q
 
Q
Y
 
Y
R
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
S
 
H
A
 
D
Q
 
Q
H
 
H
R
 
R
L
 
L
I
 
I
A
 
A
D
 
D
V
 
V
V
 
V
A
 
A
F
 
F
K
 
K
G
 
G
P
 
P
H
 
H
I
 
I
N
 
N
H
|
H
L
 
L
T
 
T
P
 
P
R
 
R
T
 
T
L
 
L
D
 
D
I
 
I
D
 
D
I
 
A
V
 
I
Q
 
Q
A
 
L
R
 
G
M
 
M
P
 
P
V
 
A
H
 
K
G
 
G
I
 
I
T
 
P
P
 
P
K
 
K
A
 
A
V
 
V
I
 
V
E
 
E
G
 
G
P
 
P
P
 
P
R
 
T
R
 
R
Q
 
R
C
 
H
P
 
P
I
 
I
L
 
L
L
 
L
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
S
 
S
F
 
F
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
Q
E
 
E
P
 
T
V
 
V
A
 
A
F
 
F
T
 
R
D
 
D
Q
 
Q
P
 
Q
Q
 
G
A
 
R
Q
 
E
G
 
G
S
 
S
H
 
H
S
 
T
A
 
A
R
 
R
F
 
F
G
 
G
E
 
E
I
 
I
E
 
E
Q
 
Q
R
 
R
G
 
G
A
 
A
A
 
A
L
 
L
T
 
T
P
 
P
K
 
K
G
 
G
R
 
R
A
 
Q
L
 
L
Y
 
Y
D
 
D
Q
 
K
L
 
L
L
 
L
N
 
D
A
 
A
A
 
T
R
 
R
D
 
V
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
G
F
 
A
P
 
P
N
 
A
E
 
E
A
 
A
N
 
N
A
 
A
E
 
E
R
 
R
Y
 
Y
N
 
M
A
 
A
L
 
L
M
 
L
T
 
Q
E
 
A
H
 
N
F
 
F
V
 
A
A
 
E
F
 
F
P
 
P
D
 
D
N
 
D
H
 
L
D
 
A
E
 
Q
L
 
M
R
 
R
Q
 
E
Q
 
Q
A
 
G
L
 
L
A
 
A
Y
 
Y
F
 
F
R
 
R
Y
 
Y
F
 
F
P
 
A
T
 
T
P
 
E
K
 
K
G
 
G
L
 
L
A
 
A
A
 
A
K
 
R
G
 
D
T
 
Q
L
 
E
E
 
G
P
 
R
A
 
P
A
 
T
S
 
T
L
 
L
E
 
Q
H
 
G
L
 
L
L
 
I
E
 
D
Q
 
A
Q
 
G
Y
 
H
L
 
V
R
 
H
A
 
F
E
 
E
P
 
A
L
 
L
V
 
V
Y
 
Y
E
 
E
D
 
D
F
 
F
L
 
L
P
 
P
V
|
V
S
 
S
A
 
A
A
 
A
G
 
G
I
 
I
F
 
F
Q
 
Q
S
 
S
N
 
N
L
 
L
G
 
G
D
 
D
A
 
D
A
 
A
Q
 
Q
S
 
A
H
 
E
Y
 
Y
A
 
G
G
 
S
Q
 
N
S
 
A
N
 
N
R
 
R
Q
 
E
A
 
A
F
 
F
E
 
E
A
 
A
A
 
A
L
 
L
G
 
G
R
 
L
A
 
Q
T
 
V
I
 
Q
D
 
D
E
 
E
L
 
L
G
 
A
L
 
L
Y
 
Y
A
 
A
Q
 
Q
T
 
S
Q
 
E
Q
 
R
R
 
R
S
 
S
I
 
L
D
 
Q
E
 
A
C
 
C
R
 
A
A
 
Q
A
 
A
L
 
L
G
 
N
V
 
L

6w1hA Crystal structure of the hydroxyglutarate synthase in complex with 2- oxoadipate from pseudomonas putida (see paper)
68% identity, 100% coverage: 3:458/458 of query aligns to 4:450/450 of 6w1hA

query
sites
6w1hA
F
 
F
V
 
V
S
 
S
P
 
P
D
 
D
L
 
S
I
 
I
R
 
R
Q
 
A
R
 
Q
F
 
F
S
 
S
R
 
A
A
 
A
M
 
M
S
 
S
D
 
L
M
 
M
Y
 
Y
R
 
K
D
 
Q
E
 
E
V
 
V
P
 
P
L
 
L
Y
 
Y
G
 
G
A
 
T
L
 
L
M
 
L
K
 
E
L
 
L
V
 
V
E
 
S
H
 
E
T
 
I
N
 
N
A
 
Q
Q
 
Q
V
 
V
L
 
M
S
 
A
E
 
Q
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
E
L
 
V
A
 
A
E
 
E
H
 
A
L
 
L
R
 
R
S
 
W
T
 
T
G
 
G
E
 
E
L
 
I
E
 
E
R
 
R
L
 
L
D
 
D
L
 
Q
E
 
E
R
 
R
H
|
H
G
 
G
A
 
A
I
 
I
R
|
R
V
 
V
G
 
G
T
 
T
A
 
A
A
 
E
E
 
E
L
 
L
A
 
A
T
 
T
L
 
I
G
 
A
R
 
R
L
 
L
F
 
F
A
 
A
V
 
V
M
 
M
G
 
G
M
 
M
Q
 
Q
P
 
P
V
 
V
G
 
G
Y
 
Y
Y
 
Y
D
 
D
L
 
L
T
 
S
P
 
S
A
 
A
G
 
G
V
 
V
P
 
P
V
 
V
H
 
H
S
 
S
T
 
T
A
 
A
F
 
F
R
 
R
A
 
A
V
 
V
H
 
H
E
 
E
S
 
Q
A
 
S
L
 
L
Q
 
H
V
 
V
S
 
S
P
 
P
F
 
F
R
 
R
V
 
V
F
|
F
T
 
T
S
 
S
L
 
L
L
 
L
R
 
R
L
 
L
E
 
E
L
 
L
I
 
I
E
 
D
N
 
N
S
 
P
E
 
Q
L
 
L
R
 
R
A
 
E
F
 
L
A
 
A
E
 
Q
S
 
S
V
 
I
L
 
L
A
 
A
K
 
K
R
 
R
Q
 
Q
I
 
I
F
 
F
T
 
T
P
 
S
G
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
E
L
 
L
I
 
I
D
 
A
L
 
Q
A
 
C
E
 
E
R
 
R
Q
 
E
G
 
G
G
 
G
L
 
L
T
 
D
Q
 
A
A
 
A
Q
 
D
A
 
A
E
 
E
D
 
T
F
 
F
V
 
V
L
 
Q
Q
 
E
A
 
A
L
 
L
E
 
H
T
 
T
F
 
F
R
 
R
W
 
W
H
 
H
H
 
Q
S
 
D
A
 
A
T
 
T
V
 
V
T
 
T
A
 
A
E
 
E
Q
 
Q
Y
 
Y
R
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
S
 
H
A
 
D
Q
 
Q
H
 
H
R
 
R
L
 
L
I
 
I
A
 
A
D
 
D
V
 
V
V
 
V
A
 
A
F
 
F
K
 
K
G
 
G
P
 
P
H
 
H
I
 
I
N
 
N
H
|
H
L
 
L
T
 
T
P
 
P
R
 
R
T
 
T
L
 
L
D
 
D
I
 
I
D
 
D
I
 
A
V
 
I
Q
 
Q
A
 
L
R
 
G
M
 
M
P
 
P
V
 
A
H
 
K
G
 
G
I
 
I
T
 
P
P
 
P
K
 
K
A
 
A
V
 
V
I
 
V
E
 
E
G
 
G
P
 
P
P
 
P
R
 
T
R
 
R
Q
 
R
C
 
H
P
 
P
I
 
I
L
 
L
L
 
L
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
S
 
S
F
 
F
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
Q
E
 
E
P
 
T
V
 
V
A
 
A
F
 
F
T
 
R
D
 
D
Q
 
Q
P
 
Q
Q
 
G
A
 
R
Q
 
E
G
 
G
S
 
S
H
 
H
S
 
T
A
 
A
R
 
R
F
 
F
G
 
G
E
 
E
I
 
I
E
 
E
Q
 
Q
R
 
R
G
 
G
A
 
A
A
 
A
L
 
L
T
 
T
P
 
P
K
 
K
G
 
G
R
 
R
A
 
Q
L
 
L
Y
 
Y
D
 
D
Q
 
K
L
 
L
L
 
L
N
 
D
A
 
A
A
 
T
R
 
R
D
 
V
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
G
F
 
A
P
 
P
N
 
A
E
 
E
A
 
A
N
 
N
A
 
A
E
 
E
R
 
R
Y
 
Y
N
 
M
A
 
A
L
 
L
M
 
L
T
 
Q
E
 
A
H
 
N
F
 
F
V
 
A
A
 
E
F
 
F
P
 
P
D
 
D
N
 
D
H
 
L
D
 
A
E
 
Q
L
 
M
R
 
R
Q
 
E
Q
 
Q
A
 
G
L
 
L
A
 
A
Y
 
Y
F
 
F
R
 
R
Y
 
Y
F
 
F
P
 
A
T
 
T
P
 
E
K
 
K
G
 
G
L
 
L
A
 
A
A
 
A
K
 
R
G
 
D
T
 
Q
L
 
E
E
 
G
P
 
R
A
 
P
A
 
T
S
 
T
L
 
L
E
 
Q
H
 
G
L
 
L
L
 
I
E
 
D
Q
 
A
Q
 
G
Y
 
H
L
 
V
R
 
H
A
 
F
E
 
E
P
 
A
L
 
L
V
 
V
Y
 
Y
E
 
E
D
 
D
F
|
F
L
 
L
P
|
P
V
|
V
S
|
S
A
 
A
A
 
A
G
 
G
I
 
I
F
 
F
Q
 
Q
S
 
S
N
 
N
L
 
L
G
 
G
D
 
N
A
 
A
A
 
-
Q
 
-
S
 
-
H
 
-
Y
 
-
A
 
-
G
 
-
Q
 
-
S
 
-
N
 
N
R
 
R
Q
 
E
A
 
A
F
 
F
E
 
E
A
 
A
A
 
A
L
 
L
G
 
G
R
 
L
A
 
Q
T
 
V
I
 
Q
D
 
D
E
 
E
L
 
L
G
 
A
L
 
L
Y
 
Y
A
 
A
Q
 
Q
T
 
S
Q
 
E
Q
 
R
R
 
R
S
 
S
I
 
L
D
 
Q
E
 
A
C
 
C
R
 
A
A
 
Q
A
 
A
L
 
L
G
 
N
V
 
L

2rjbA Crystal structure of uncharacterized protein ydcj (sf1787) from shigella flexneri which includes domain duf1338. Northeast structural genomics consortium target sfr276
54% identity, 98% coverage: 4:452/458 of query aligns to 4:416/418 of 2rjbA

query
sites
2rjbA
V
 
I
S
 
T
P
 
A
D
 
D
L
 
E
I
 
I
R
 
R
Q
 
E
R
 
Q
F
 
F
S
 
S
R
 
Q
A
 
A
M
 
M
S
 
S
D
 
A
M
 
M
Y
 
Y
R
 
Q
D
 
Q
E
 
E
V
 
V
P
 
P
L
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
A
 
T
L
 
L
M
 
L
K
 
E
L
 
L
V
 
V
E
 
A
H
 
D
T
 
V
N
 
N
A
 
L
Q
 
A
V
 
V
L
 
L
S
 
E
E
 
N
Q
 
N
P
 
P
Q
 
Q
L
 
L
A
 
H
E
 
E
H
 
K
L
 
M
R
 
V
S
 
N
T
 
A
G
 
D
E
 
E
L
 
L
E
 
A
R
 
R
L
 
L
D
 
N
L
 
V
E
 
E
R
 
R
H
|
H
G
 
G
A
 
A
I
 
I
R
 
R
V
 
V
G
 
G
T
 
T
A
 
A
A
 
Q
E
 
E
L
 
L
A
 
A
T
 
T
L
 
L
G
 
R
R
 
R
L
 
M
F
 
F
A
 
A
V
 
I
M
 
M
G
 
G
M
 
M
Q
 
Y
P
 
P
V
 
V
G
 
S
Y
 
Y
Y
 
Y
D
 
D
L
 
L
T
 
S
P
 
Q
A
 
A
G
 
G
V
 
V
P
 
P
V
 
V
H
 
H
S
 
S
T
 
T
A
 
A
F
 
F
R
 
R
A
 
P
V
 
I
H
 
D
E
 
D
S
 
A
A
 
S
L
 
L
Q
 
A
V
 
R
S
 
N
P
 
P
F
 
F
R
 
R
V
 
V
F
 
F
T
 
T
S
 
S
L
 
L
L
 
L
R
 
R
L
 
L
E
 
E
L
 
L
I
 
I
E
 
E
N
 
N
S
 
E
E
 
I
L
 
L
R
 
R
A
 
Q
F
 
K
A
 
A
E
 
A
S
 
E
V
 
I
L
 
L
A
 
R
K
 
Q
R
 
R
Q
 
D
I
 
I
F
 
F
T
 
T
P
 
P
G
 
R
A
 
C
L
 
R
A
 
Q
L
 
L
I
 
L
D
 
E
L
 
E
A
 
Y
E
 
E
R
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
G
 
G
L
 
F
T
 
N
Q
 
E
A
 
T
Q
 
Q
A
 
A
E
 
Q
D
 
E
F
 
F
V
 
V
L
 
Q
Q
 
E
A
 
A
L
 
L
E
 
E
T
 
T
F
 
F
R
 
R
W
 
W
H
 
H
H
 
Q
S
 
L
A
 
A
T
 
T
V
 
V
T
 
D
A
 
E
E
 
E
Q
 
T
Y
 
Y
R
 
R
Q
 
A
L
 
L
S
 
H
A
 
N
Q
 
E
H
 
H
R
 
R
L
 
L
I
 
I
A
 
A
D
 
D
V
 
V
V
 
V
A
 
C
F
 
F
K
 
P
G
 
G
P
 
C
H
 
H
I
 
I
N
 
N
H
|
H
L
 
L
T
 
T
P
 
P
R
 
R
T
 
T
L
 
L
D
 
D
I
 
I
D
 
D
I
 
R
V
 
V
Q
 
Q
A
 
S
R
 
M
M
 
M
P
 
P
V
 
E
H
 
C
G
 
G
I
 
I
T
 
E
P
 
P
K
 
K
A
 
I
V
 
L
I
 
I
E
 
E
G
 
G
P
 
P
P
 
P
R
 
R
R
 
R
Q
 
E
C
 
V
P
 
P
I
 
I
L
 
L
L
 
L
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
S
 
S
F
 
F
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
E
E
 
E
P
 
T
V
 
V
A
 
L
F
 
F
T
 
A
D
 
G
Q
 
-
P
 
-
Q
 
Q
A
 
K
Q
 
Q
G
 
G
S
 
T
H
 
H
S
 
T
A
 
A
R
 
R
F
 
F
G
 
G
E
|
E
I
 
I
E
 
E
Q
 
Q
R
 
R
G
 
G
A
 
V
A
 
A
L
 
L
T
 
T
P
 
P
K
 
K
G
 
G
R
 
R
A
 
Q
L
 
L
Y
 
Y
D
 
D
Q
 
D
L
 
L
L
 
L
N
 
R
A
 
N
A
 
A
R
 
-
D
 
-
A
 
-
L
 
-
G
 
-
A
 
-
F
 
-
P
 
-
N
 
-
E
 
-
A
 
-
N
 
-
A
 
-
E
 
-
R
 
-
Y
 
H
N
 
Q
A
 
M
L
 
H
M
 
L
T
 
Q
E
 
E
H
 
T
F
 
F
V
 
R
A
 
T
F
 
F
P
 
P
D
 
D
N
 
S
H
 
E
D
 
F
E
 
L
L
 
M
R
 
R
Q
 
Q
Q
 
Q
A
 
G
L
 
L
A
 
A
Y
 
W
F
 
F
R
 
R
Y
 
Y
F
 
R
P
 
L
T
 
T
P
 
P
K
 
S
G
 
G
L
 
E
A
 
A
A
 
H
K
 
R
G
 
Q
T
 
A
L
 
I
E
 
H
P
 
P
A
 
G
A
 
D
S
 
D
L
 
P
E
 
Q
H
 
P
L
 
L
L
 
I
E
 
E
Q
 
R
Q
 
G
Y
 
W
L
 
V
R
 
V
A
 
A
E
 
Q
P
 
P
L
 
I
V
 
T
Y
 
Y
E
 
E
D
 
D
F
 
F
L
 
L
P
 
P
V
 
V
S
 
S
A
 
N
A
 
A
G
 
-
I
 
-
F
 
-
Q
 
-
S
 
-
N
 
-
L
 
-
G
 
-
D
 
-
A
 
-
A
 
-
Q
 
-
S
 
-
H
 
-
Y
 
-
A
 
-
G
 
-
Q
 
-
S
 
-
N
 
S
R
 
R
Q
 
E
A
 
A
F
 
F
E
 
E
A
 
Q
A
 
A
L
 
L
G
 
G
R
 
C
A
 
P
T
 
V
I
 
L
D
 
D
E
 
E
L
 
F
G
 
Q
L
 
L
Y
 
Y
A
 
Q
Q
 
E
T
 
A
Q
 
E
Q
 
E
R
 
R
S
 
S
I
 
K
D
 
R
E
 
R
C
 
C

2rjbD Crystal structure of uncharacterized protein ydcj (sf1787) from shigella flexneri which includes domain duf1338. Northeast structural genomics consortium target sfr276
51% identity, 97% coverage: 4:446/458 of query aligns to 1:372/372 of 2rjbD

query
sites
2rjbD
V
 
I
S
 
T
P
 
A
D
 
D
L
 
E
I
 
I
R
 
R
Q
 
E
R
 
Q
F
 
F
S
 
S
R
 
Q
A
 
A
M
 
M
S
 
S
D
 
A
M
 
M
Y
 
Y
R
 
Q
D
 
Q
E
 
E
V
 
V
P
 
P
L
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
A
 
T
L
 
L
M
 
L
K
 
E
L
 
L
V
 
V
E
 
A
H
 
D
T
 
V
N
 
N
A
 
L
Q
 
A
V
 
V
L
 
L
S
 
E
E
 
N
Q
 
N
P
 
P
Q
 
Q
L
 
M
A
 
V
E
 
-
H
 
-
L
 
-
R
 
-
S
 
N
T
 
A
G
 
D
E
 
E
L
 
L
E
 
A
R
 
R
L
 
L
D
 
N
L
 
V
E
 
E
R
 
R
H
 
H
G
 
G
A
 
A
I
 
I
R
 
R
V
 
V
G
 
G
T
 
T
A
 
A
A
 
Q
E
 
E
L
 
L
A
 
A
T
 
T
L
 
L
G
 
R
R
 
R
L
 
M
F
 
F
A
 
A
V
 
I
M
 
M
G
 
G
M
 
M
Q
 
Y
P
 
P
V
 
V
G
 
S
Y
 
Y
Y
 
Y
D
 
D
L
 
L
T
 
S
P
 
Q
A
 
A
G
 
G
V
 
V
P
 
P
V
 
V
H
 
H
S
 
S
T
 
T
A
 
A
F
 
F
R
 
R
A
 
P
V
 
I
H
 
D
E
 
D
S
 
A
A
 
-
L
 
-
Q
 
-
V
 
-
S
 
S
P
 
P
F
 
F
R
 
R
V
 
V
F
 
F
T
 
T
S
 
S
L
 
L
L
 
L
R
 
R
L
 
L
E
 
E
L
 
L
I
 
-
E
 
-
N
 
-
S
 
-
E
 
-
L
 
-
R
 
R
A
 
Q
F
 
K
A
 
A
E
 
A
S
 
E
V
 
I
L
 
L
A
 
R
K
 
Q
R
 
R
Q
 
D
I
 
I
F
 
F
T
 
T
P
 
P
G
 
R
A
 
C
L
 
R
A
 
Q
L
 
L
I
 
L
D
 
E
L
 
E
A
 
Y
E
 
E
R
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
G
 
G
L
 
F
T
 
N
Q
 
E
A
 
T
Q
 
Q
A
 
A
E
 
Q
D
 
E
F
 
F
V
 
V
L
 
Q
Q
 
E
A
 
A
L
 
L
E
 
E
T
 
T
F
 
F
R
 
R
W
 
W
H
 
H
H
 
Q
S
 
L
A
 
A
T
 
T
V
 
V
T
 
D
A
 
E
E
 
E
Q
 
T
Y
 
Y
R
 
R
Q
 
A
L
 
L
S
 
H
A
 
N
Q
 
E
H
 
H
R
 
R
L
 
L
I
 
I
A
 
A
D
 
D
V
 
V
V
 
V
A
 
C
F
 
F
K
 
P
G
 
G
P
 
C
H
 
H
I
 
I
N
 
N
H
|
H
L
 
L
T
 
T
P
 
P
R
 
R
T
 
T
L
 
L
D
 
D
I
 
I
D
 
D
I
 
R
V
 
V
Q
 
Q
A
 
S
R
 
M
M
 
M
P
 
P
V
 
E
H
 
C
G
 
G
I
 
I
T
 
E
P
 
P
K
 
K
A
 
I
V
 
L
I
 
I
E
 
E
G
 
G
P
 
P
P
 
P
R
 
R
R
 
R
Q
 
E
C
 
V
P
 
P
I
 
I
L
 
L
L
 
L
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
S
 
S
F
 
F
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
E
E
 
E
P
 
T
V
 
V
A
 
L
F
 
F
T
 
A
D
 
G
Q
 
Q
P
 
-
Q
 
-
A
 
-
Q
 
-
G
 
-
S
 
T
H
 
H
S
 
T
A
 
A
R
 
R
F
 
F
G
 
G
E
|
E
I
 
I
E
 
E
Q
 
Q
R
 
R
G
 
G
A
 
V
A
 
A
L
 
L
T
 
T
P
 
P
K
 
K
G
 
G
R
 
R
A
 
Q
L
 
L
Y
 
Y
D
 
D
Q
 
D
L
 
L
L
 
L
N
 
R
A
 
N
A
 
A
R
 
G
D
 
T
A
 
G
L
 
Q
G
 
D
A
 
N
F
 
L
P
 
T
N
 
H
E
 
Q
A
 
M
N
 
H
A
 
-
E
 
-
R
 
-
Y
 
-
N
 
-
A
 
-
L
 
-
M
 
L
T
 
Q
E
 
E
H
 
T
F
 
F
V
 
R
A
 
T
F
 
F
P
 
P
D
 
D
N
 
S
H
 
E
D
 
F
E
 
L
L
 
M
R
 
R
Q
 
Q
Q
 
Q
A
 
G
L
 
L
A
 
A
Y
 
W
F
 
F
R
 
R
Y
 
Y
F
 
R
P
 
L
T
 
T
P
 
P
K
 
S
G
 
G
L
 
-
A
 
-
A
 
-
K
 
-
G
 
-
T
 
-
L
 
-
E
 
-
P
 
-
A
 
-
A
 
-
S
 
-
L
 
-
E
 
-
H
 
-
L
 
-
L
 
-
E
 
-
Q
 
-
Q
 
-
Y
 
-
L
 
-
R
 
-
A
 
-
E
 
E
P
 
P
L
 
I
V
 
T
Y
 
Y
E
 
E
D
 
D
F
 
F
L
 
L
P
 
P
V
 
V
S
 
S
A
 
S
A
 
-
G
 
-
I
 
-
F
 
-
Q
 
-
S
 
-
N
 
-
L
 
-
G
 
-
D
 
-
A
 
-
A
 
-
Q
 
-
S
 
-
H
 
-
Y
 
-
A
 
-
G
 
-
Q
 
-
S
 
-
N
 
-
R
 
R
Q
 
E
A
 
A
F
 
F
E
 
E
A
 
Q
A
 
A
L
 
L
G
 
G
R
 
C
A
 
P
T
 
V
I
 
L
D
 
D
E
 
E
L
 
F
G
 
Q
L
 
L
Y
 
Y
A
 
Q
Q
 
E
T
 
A
Q
 
E
Q
 
E

2rjbC Crystal structure of uncharacterized protein ydcj (sf1787) from shigella flexneri which includes domain duf1338. Northeast structural genomics consortium target sfr276
50% identity, 98% coverage: 4:452/458 of query aligns to 1:362/364 of 2rjbC

query
sites
2rjbC
V
 
I
S
 
T
P
 
A
D
 
D
L
 
E
I
 
I
R
 
R
Q
 
E
R
 
Q
F
 
F
S
 
S
R
 
Q
A
 
A
M
 
M
S
 
S
D
 
A
M
 
M
Y
 
Y
R
 
Q
D
 
Q
E
 
E
V
 
V
P
 
P
L
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
A
 
T
L
 
L
M
 
L
K
 
E
L
 
L
V
 
V
E
 
A
H
 
D
T
 
V
N
 
N
A
 
L
Q
 
A
V
 
V
L
 
L
S
 
E
E
 
-
Q
 
-
P
 
-
Q
 
-
L
 
-
A
 
-
E
 
-
H
 
-
L
 
-
R
 
-
S
 
-
T
 
-
G
 
N
E
 
N
L
 
L
E
 
A
R
 
R
L
 
L
D
 
N
L
 
V
E
 
E
R
 
R
H
|
H
G
 
G
A
 
A
I
 
I
R
 
R
V
 
V
G
 
G
T
 
T
A
 
A
A
 
Q
E
 
E
L
 
L
A
 
A
T
 
T
L
 
L
G
 
R
R
 
R
L
 
M
F
 
F
A
 
A
V
 
I
M
 
M
G
 
G
M
 
M
Q
 
Y
P
 
P
V
 
V
G
 
S
Y
 
Y
Y
 
Y
D
 
D
L
 
L
T
 
S
P
 
Q
A
 
A
G
 
G
V
 
V
P
 
P
V
 
V
H
 
H
S
 
S
T
 
T
A
 
A
F
 
F
R
 
R
A
 
P
V
 
I
H
 
D
E
 
D
S
 
A
A
 
S
L
 
L
Q
 
A
V
 
R
S
 
N
P
 
P
F
 
F
R
 
R
V
 
V
F
 
F
T
 
T
S
 
S
L
 
L
L
 
L
R
 
R
L
 
L
E
 
E
L
 
L
I
 
I
E
 
E
N
 
N
S
 
E
E
 
I
L
 
L
R
 
R
A
 
Q
F
 
K
A
 
A
E
 
A
S
 
E
V
 
I
L
 
L
A
 
R
K
 
Q
R
 
R
Q
 
D
I
 
I
F
 
F
T
 
T
P
 
P
G
 
R
A
 
C
L
 
R
A
 
Q
L
 
L
I
 
L
D
 
E
L
 
E
A
 
Y
E
 
E
R
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
G
 
G
L
 
F
T
 
N
Q
 
E
A
 
T
Q
 
Q
A
 
A
E
 
Q
D
 
E
F
 
F
V
 
V
L
 
Q
Q
 
E
A
 
A
L
 
L
E
 
E
T
 
T
F
 
F
R
 
R
W
 
W
H
 
H
H
 
Q
S
 
L
A
 
A
T
 
T
V
 
V
T
 
D
A
 
E
E
 
E
Q
 
T
Y
 
Y
R
 
R
Q
 
A
L
 
L
S
 
H
A
 
N
Q
 
E
H
 
H
R
 
R
L
 
L
I
 
I
A
 
A
D
 
D
V
 
V
V
 
V
A
 
C
F
 
F
K
 
P
G
 
G
P
 
C
H
 
H
I
 
I
N
 
N
H
|
H
L
 
L
T
 
T
P
 
P
R
 
R
T
 
T
L
 
L
D
 
D
I
 
I
D
 
D
I
 
R
V
 
V
Q
 
Q
A
 
S
R
 
M
M
 
M
P
 
P
V
 
E
H
 
C
G
 
G
I
 
I
T
 
E
P
 
P
K
 
K
A
 
I
V
 
L
I
 
I
E
 
E
G
 
G
P
 
P
P
 
P
R
 
R
R
 
R
Q
 
E
C
 
V
P
 
P
I
 
I
L
 
L
L
 
L
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
S
 
S
F
 
F
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
E
E
 
E
P
 
T
V
 
V
A
 
L
F
 
F
T
 
A
D
 
G
Q
 
-
P
 
-
Q
 
Q
A
 
K
Q
 
Q
G
 
G
S
 
T
H
 
H
S
 
T
A
 
A
R
 
R
F
 
F
G
 
G
E
|
E
I
 
I
E
 
E
Q
 
Q
R
 
R
G
 
G
A
 
V
A
 
A
L
 
L
T
 
T
P
 
P
K
 
K
G
 
G
R
 
R
A
 
Q
L
 
L
Y
 
Y
D
 
D
Q
 
D
L
 
L
L
 
L
N
 
-
A
 
-
A
 
-
R
 
-
D
 
-
A
 
-
L
 
-
G
 
-
A
 
-
F
 
-
P
 
-
N
 
-
E
 
-
A
 
-
N
 
-
A
 
-
E
 
-
R
 
R
Y
 
H
N
 
Q
A
 
M
L
 
H
M
 
L
T
 
Q
E
 
E
H
 
T
F
 
F
V
 
R
A
 
T
F
 
F
P
 
P
D
 
D
N
 
S
H
 
E
D
 
F
E
 
L
L
 
M
R
 
R
Q
 
Q
Q
 
Q
A
 
G
L
 
L
A
 
A
Y
 
W
F
 
F
R
 
-
Y
 
-
F
 
-
P
 
-
T
 
-
P
 
-
K
 
-
G
 
-
L
 
-
A
 
-
A
 
-
K
 
-
G
 
-
T
 
-
L
 
-
E
 
-
P
 
-
A
 
-
A
 
-
S
 
-
L
 
-
E
 
-
H
 
-
L
 
-
L
 
-
E
 
-
Q
 
-
Q
 
-
Y
 
-
L
 
-
R
 
-
A
 
-
E
 
-
P
 
-
L
 
-
V
 
T
Y
 
Y
E
 
E
D
 
D
F
 
F
L
 
L
P
 
P
V
 
V
S
 
S
A
 
S
A
 
-
G
 
-
I
 
-
F
 
-
Q
 
-
S
 
-
N
 
-
L
 
-
G
 
-
D
 
-
A
 
-
A
 
-
Q
 
-
S
 
-
H
 
-
Y
 
-
A
 
-
G
 
-
Q
 
-
S
 
-
N
 
-
R
 
R
Q
 
E
A
 
A
F
 
F
E
 
E
A
 
Q
A
 
A
L
 
L
G
 
G
R
 
C
A
 
P
T
 
V
I
 
L
D
 
D
E
 
E
L
 
F
G
 
Q
L
 
L
Y
 
Y
A
 
Q
Q
 
E
T
 
A
Q
 
E
Q
 
E
R
 
R
S
 
S
I
 
K
D
 
R
E
 
R
C
 
C

Query Sequence

>AO356_01105 FitnessBrowser__pseudo5_N2C3_1:AO356_01105
MSFVSPDLIRQRFSRAMSDMYRDEVPLYGALMKLVEHTNAQVLSEQPQLAEHLRSTGELE
RLDLERHGAIRVGTAAELATLGRLFAVMGMQPVGYYDLTPAGVPVHSTAFRAVHESALQV
SPFRVFTSLLRLELIENSELRAFAESVLAKRQIFTPGALALIDLAERQGGLTQAQAEDFV
LQALETFRWHHSATVTAEQYRQLSAQHRLIADVVAFKGPHINHLTPRTLDIDIVQARMPV
HGITPKAVIEGPPRRQCPILLRQTSFKALDEPVAFTDQPQAQGSHSARFGEIEQRGAALT
PKGRALYDQLLNAARDALGAFPNEANAERYNALMTEHFVAFPDNHDELRQQALAYFRYFP
TPKGLAAKGTLEPAASLEHLLEQQYLRAEPLVYEDFLPVSAAGIFQSNLGDAAQSHYAGQ
SNRQAFEAALGRATIDELGLYAQTQQRSIDECRAALGV

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory