SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing AO356_10235 FitnessBrowser__pseudo5_N2C3_1:AO356_10235 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

4zv2A An ancestral arginine-binding protein bound to glutamine (see paper)
46% identity, 83% coverage: 40:260/266 of query aligns to 4:223/225 of 4zv2A

query
sites
4zv2A
G
 
G
E
 
T
I
 
L
K
 
R
I
 
V
G
 
G
L
 
T
E
|
E
G
 
A
T
 
T
Y
x
F
P
 
P
P
 
P
F
 
F
S
 
G
F
 
F
V
 
K
D
 
D
D
 
E
S
 
N
G
 
G
K
 
K
L
 
L
T
 
V
G
 
G
F
 
F
E
 
D
V
 
I
E
 
D
F
 
L
S
 
A
E
 
K
A
 
A
L
 
I
A
 
A
K
 
K
E
 
K
L
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
K
V
 
V
K
 
E
L
 
F
Q
 
K
T
 
P
T
 
M
P
 
D
W
x
F
A
 
D
G
 
G
I
 
I
L
 
I
A
 
P
A
 
A
L
 
L
E
 
Q
S
 
S
K
 
G
R
 
K
L
 
I
D
 
D
A
 
V
V
 
V
V
 
I
N
 
A
Q
x
G
V
x
M
T
|
T
I
 
I
S
 
T
E
 
E
E
 
E
R
|
R
K
 
K
K
 
K
K
 
Q
Y
 
V
D
 
D
F
 
F
S
 
S
E
 
D
P
 
P
Y
 
Y
T
 
F
V
 
E
S
 
A
G
 
G
I
 
-
Q
 
Q
A
 
A
L
 
I
V
 
V
L
 
V
T
 
K
K
 
K
K
 
G
A
 
N
D
 
D
E
 
-
L
 
-
N
 
S
I
 
I
K
 
K
K
 
S
A
 
L
A
 
E
D
 
D
L
 
L
D
 
K
G
 
G
K
 
K
K
 
K
V
 
V
G
 
G
V
 
V
G
 
Q
L
 
L
G
 
G
T
x
S
N
x
T
Y
 
S
E
 
E
Q
 
Q
W
 
H
V
 
V
K
 
K
A
 
K
E
 
V
V
 
A
P
 
A
G
 
G
A
 
V
Q
 
K
V
 
V
K
 
K
T
 
K
Y
 
F
D
 
D
D
 
N
D
 
F
P
 
S
T
 
E
K
 
A
F
 
F
Q
 
Q
D
 
E
L
 
L
R
 
K
V
 
S
G
 
G
R
 
R
I
 
V
D
 
D
T
 
A
I
 
V
L
 
V
I
 
T
D
|
D
R
 
N
L
 
A
A
 
V
A
 
A
L
 
L
E
 
A
Y
 
Y
A
 
V
K
 
K
K
 
Q
A
 
N
K
 
P
D
 
N
T
 
A
T
 
G
V
 
V
-
 
K
-
 
I
T
 
V
S
 
G
E
 
E
A
 
T
F
 
F
S
 
S
R
 
G
Q
 
E
E
 
P
A
 
Y
G
 
G
I
 
I
A
 
A
L
 
V
R
 
R
K
 
K
G
 
G
E
 
N
P
 
S
E
 
E
L
 
L
L
 
L
A
 
E
A
 
K
V
 
I
N
 
N
K
 
K
A
 
A
I
 
L
E
 
E
K
 
E
L
 
M
R
 
K
A
 
K
D
 
D
G
 
G
T
 
T
L
 
Y
K
 
D
K
 
K
L
 
I
S
 
Y
E
 
E
K
 
K
Y
 
W
F
 
F

4zv1A An ancestral arginine-binding protein bound to arginine (see paper)
46% identity, 83% coverage: 40:260/266 of query aligns to 4:225/226 of 4zv1A

query
sites
4zv1A
G
 
G
E
 
T
I
 
L
K
 
R
I
 
V
G
 
G
L
 
T
E
|
E
G
 
A
T
 
T
Y
x
F
P
 
P
P
 
P
F
 
F
S
 
G
F
 
F
V
 
K
D
 
D
D
 
E
S
 
N
G
 
G
K
 
K
L
 
L
T
 
V
G
 
G
F
 
F
E
 
D
V
 
I
E
 
D
F
 
L
S
 
A
E
 
K
A
 
A
L
 
I
A
 
A
K
 
K
E
 
K
L
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
K
V
 
V
K
 
E
L
 
F
Q
 
K
T
 
P
T
 
M
P
 
D
W
x
F
A
 
D
G
 
G
I
 
I
L
 
I
A
 
P
A
 
A
L
 
L
E
 
Q
S
 
S
K
 
G
R
 
K
L
 
I
D
 
D
A
 
V
V
 
V
V
 
I
N
x
A
Q
x
G
V
x
M
T
|
T
I
 
I
S
 
T
E
 
E
E
 
E
R
|
R
K
 
K
K
 
K
K
 
Q
Y
 
V
D
 
D
F
 
F
S
 
S
E
 
D
P
 
P
Y
 
Y
T
 
F
V
 
E
S
 
A
G
 
G
I
 
-
Q
 
Q
A
 
A
L
 
I
V
 
V
L
 
V
T
 
K
K
 
K
K
 
G
A
 
N
D
 
D
E
 
-
L
 
-
N
 
S
I
 
I
K
 
K
K
 
S
A
 
L
A
 
E
D
 
D
L
 
L
D
 
K
G
 
G
K
 
K
K
 
K
V
 
V
G
 
G
V
 
V
G
x
Q
L
 
L
G
 
G
T
x
S
N
x
T
Y
 
S
E
 
E
Q
 
Q
W
 
H
V
 
V
K
 
K
-
 
K
-
 
V
A
 
A
E
 
K
V
 
D
P
 
A
G
 
G
A
 
V
Q
 
K
V
 
V
K
 
K
T
 
K
Y
 
F
D
 
D
D
 
N
D
 
F
P
 
S
T
 
E
K
 
A
F
 
F
Q
 
Q
D
 
E
L
 
L
R
 
K
V
 
S
G
 
G
R
 
R
I
 
V
D
 
D
T
 
A
I
 
V
L
 
V
I
 
T
D
|
D
R
 
N
L
 
A
A
 
V
A
 
A
L
 
L
E
 
A
Y
 
Y
A
 
V
K
 
K
K
 
Q
A
 
N
K
 
P
D
 
N
T
 
A
T
 
G
V
 
V
-
 
K
-
 
I
T
 
V
S
 
G
E
 
E
A
 
T
F
 
F
S
 
S
R
 
G
Q
 
E
E
 
P
A
 
Y
G
 
G
I
 
I
A
 
A
L
 
V
R
 
R
K
 
K
G
 
G
E
 
N
P
 
S
E
 
E
L
 
L
L
 
L
A
 
E
A
 
K
V
 
I
N
 
N
K
 
K
A
 
A
I
 
L
E
 
E
K
 
E
L
 
M
R
 
K
A
 
K
D
 
D
G
 
G
T
 
T
L
 
Y
K
 
D
K
 
K
L
 
I
S
 
Y
E
 
E
K
 
K
Y
 
W
F
 
F

5t0wA Crystal structure of the ancestral amino acid-binding protein anccdt- 1, a precursor of cyclohexadienyl dehydratase
43% identity, 86% coverage: 33:260/266 of query aligns to 3:228/229 of 5t0wA

query
sites
5t0wA
L
 
L
Q
 
D
K
 
E
I
 
I
K
 
M
D
 
K
A
 
R
G
 
G
E
 
T
I
 
L
K
 
R
I
 
V
G
 
G
L
 
T
E
x
D
G
 
A
T
 
D
Y
|
Y
P
 
K
P
 
P
F
 
F
S
 
S
F
 
F
V
 
K
D
 
D
D
 
K
S
 
N
G
 
G
K
 
Q
L
 
Y
T
 
T
G
 
G
F
 
F
E
 
D
V
 
I
E
 
D
F
 
L
S
 
A
E
 
K
A
 
A
L
 
L
A
 
A
K
 
K
E
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
K
V
 
V
K
 
E
L
 
F
Q
 
V
T
 
P
T
 
T
P
 
T
W
|
W
A
 
D
G
 
G
I
 
I
L
 
I
A
 
P
A
 
A
L
 
L
E
 
Q
S
 
T
K
 
G
R
 
K
L
 
F
D
 
D
A
 
I
V
 
V
V
 
M
N
x
S
Q
x
G
V
x
M
T
|
T
I
 
I
S
 
T
E
 
P
E
 
E
R
|
R
K
 
K
K
 
K
K
 
K
Y
 
V
D
 
D
F
 
F
S
 
S
E
 
D
P
 
P
Y
 
Y
T
 
M
V
 
T
S
 
A
G
 
G
I
 
Q
Q
 
T
A
 
I
L
 
L
V
 
V
L
 
K
T
 
K
K
 
D
K
 
N
A
 
A
D
 
D
E
 
K
L
 
-
N
 
-
I
 
I
K
 
K
K
 
S
A
 
F
A
 
E
D
 
D
L
 
L
D
 
N
G
 
K
K
 
P
-
 
D
-
 
V
K
 
K
V
 
V
G
 
A
V
 
V
G
x
Q
L
 
L
G
 
G
T
|
T
N
x
T
Y
 
S
E
 
E
Q
 
Q
W
 
A
V
 
A
K
 
K
A
 
E
E
 
F
V
 
L
P
 
P
G
 
K
A
 
A
Q
 
K
V
 
I
K
 
R
T
 
T
Y
 
F
D
 
E
D
 
N
D
 
N
P
 
A
T
 
E
K
 
A
F
 
F
Q
 
Q
D
 
E
L
 
V
R
 
V
V
 
S
G
 
G
R
 
R
I
 
A
D
 
D
T
 
A
I
 
M
L
 
V
I
 
T
D
|
D
R
 
S
L
 
P
A
 
V
A
 
A
L
 
A
E
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
K
 
K
K
 
L
A
 
A
K
 
-
D
 
-
T
 
V
T
 
V
V
 
V
T
 
V
S
 
D
E
 
E
A
 
P
F
 
F
S
 
T
R
 
H
Q
 
E
E
 
P
A
 
L
G
 
G
I
 
F
A
 
A
L
 
I
R
 
R
K
 
K
G
 
G
E
 
D
P
 
P
E
 
E
L
 
L
L
 
L
A
 
N
A
 
W
V
 
V
N
 
N
K
 
N
A
 
W
I
 
L
E
 
K
K
 
Q
L
 
M
R
 
K
A
 
K
D
 
D
G
 
G
T
 
T
L
 
Y
K
 
D
K
 
K
L
 
L
S
 
Y
E
 
E
K
 
K
Y
 
W
F
 
F

2ylnA Crystal structure of the l-cystine solute receptor of neisseria gonorrhoeae in the closed conformation (see paper)
39% identity, 90% coverage: 27:265/266 of query aligns to 1:238/240 of 2ylnA

query
sites
2ylnA
A
 
A
V
 
I
A
 
S
G
 
G
E
 
S
Q
 
L
L
 
I
Q
 
E
K
 
R
I
 
I
K
 
N
D
 
N
A
 
K
G
 
G
E
 
T
I
 
V
K
 
T
I
 
V
G
 
G
L
 
T
E
|
E
G
 
G
T
 
T
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
F
S
 
T
F
 
Y
V
 
H
D
 
D
D
 
K
S
 
D
G
 
G
K
 
K
L
 
L
T
 
T
G
 
G
F
 
Y
E
 
D
V
 
V
E
 
E
F
 
V
S
 
T
E
 
R
A
 
A
L
 
V
A
 
A
K
 
E
E
 
K
L
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
K
V
 
V
K
 
E
L
 
F
Q
 
K
T
 
E
T
 
T
P
 
Q
W
|
W
A
 
D
G
 
S
I
 
M
L
 
M
A
 
A
A
 
G
L
 
L
E
 
K
S
 
A
K
 
G
R
 
R
L
 
F
D
 
D
A
 
V
V
 
V
V
 
A
N
|
N
Q
 
Q
V
 
V
T
 
G
I
 
L
-
 
T
S
 
S
E
 
P
E
 
E
R
|
R
K
 
Q
K
 
A
K
 
T
Y
 
F
D
 
D
F
 
K
S
 
S
E
 
E
P
 
P
Y
 
Y
T
 
S
V
 
W
S
 
S
G
 
G
I
 
-
Q
 
-
A
 
-
L
 
A
V
 
V
L
 
L
T
 
V
K
 
A
K
 
H
A
 
N
D
 
D
E
 
S
L
 
-
N
 
N
I
 
I
K
 
K
K
 
S
A
 
I
A
 
A
D
 
D
L
 
I
D
 
K
G
 
G
K
 
V
K
 
K
V
 
T
G
 
A
V
 
Q
G
x
S
L
 
L
G
 
T
T
x
S
N
|
N
Y
 
Y
E
 
G
Q
 
E
W
 
-
V
 
-
K
 
K
A
 
A
E
 
K
V
 
A
P
 
A
G
 
G
A
 
A
Q
 
Q
V
 
L
K
 
V
T
 
P
Y
 
V
D
 
D
D
x
G
D
x
L
P
 
A
T
 
Q
K
 
S
F
 
L
Q
 
T
D
 
L
L
 
I
R
 
E
V
 
Q
G
 
K
R
 
R
I
 
A
D
 
D
T
 
A
I
 
T
L
 
L
I
x
N
D
 
D
R
 
E
L
 
L
A
 
A
A
 
V
L
 
L
E
 
D
Y
 
Y
A
 
L
K
 
K
K
 
K
A
 
N
K
 
P
D
 
N
T
 
A
T
 
G
V
 
V
-
 
K
-
 
I
-
 
V
-
 
W
T
 
S
S
 
A
E
 
P
A
 
A
F
 
D
S
 
E
R
 
K
Q
 
V
E
 
G
A
 
S
G
 
G
I
 
L
A
 
I
L
 
V
R
 
N
K
 
K
G
 
G
E
 
N
P
 
D
E
 
E
L
 
A
L
 
V
A
 
A
A
 
K
V
 
F
N
 
S
K
 
T
A
 
A
I
 
I
E
 
N
K
 
E
L
 
L
R
 
K
A
 
A
D
 
D
G
 
G
T
 
T
L
 
L
K
 
K
K
 
K
L
 
L
S
 
G
E
 
E
K
 
Q
Y
 
F
F
 
F
S
 
G
A
 
K
D
 
D
V
 
I
T
 
S

3vvfA Crystal structure of ttc0807 complexed with arginine (see paper)
38% identity, 87% coverage: 33:264/266 of query aligns to 10:238/241 of 3vvfA

query
sites
3vvfA
L
 
F
Q
 
E
K
 
E
I
 
I
K
 
K
D
 
R
A
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
I
K
 
R
I
 
I
G
 
G
L
 
T
E
|
E
G
 
G
T
 
A
Y
x
F
P
 
P
P
 
P
F
 
F
S
 
N
F
 
Y
V
 
F
D
 
D
D
 
E
S
 
R
G
 
N
K
 
Q
L
 
L
T
 
T
G
 
G
F
 
F
E
 
E
V
 
V
E
 
D
F
 
L
S
 
G
E
 
N
A
 
A
L
 
I
A
 
A
K
 
E
E
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
L
K
 
K
V
 
P
K
 
R
L
 
W
Q
 
I
T
 
A
T
 
Q
P
 
S
W
x
F
A
 
D
G
 
T
I
 
L
L
 
L
A
 
I
A
 
Q
L
 
L
E
 
N
S
 
Q
K
 
G
R
 
R
L
 
F
D
 
D
A
 
F
V
 
V
V
 
I
N
x
A
Q
x
S
V
x
H
T
x
G
I
 
I
S
 
T
E
 
E
E
 
E
R
|
R
K
 
A
K
 
R
K
 
A
Y
 
V
D
 
D
F
 
F
S
 
T
E
 
N
P
 
P
Y
 
H
T
 
Y
V
 
C
S
 
T
G
 
G
I
 
-
Q
 
-
A
 
G
L
 
V
V
 
I
L
 
V
T
 
S
K
 
R
K
 
K
A
 
G
D
 
G
E
 
P
L
 
-
N
 
-
I
 
-
K
 
R
K
 
T
A
 
A
A
 
K
D
 
D
L
 
L
D
 
Q
G
 
G
K
 
K
K
 
V
V
 
V
G
 
G
V
 
V
G
x
Q
L
 
V
G
 
G
T
|
T
N
x
T
Y
|
Y
E
 
M
Q
 
E
W
 
-
V
 
A
K
 
A
A
 
Q
E
 
K
V
 
I
P
 
P
G
 
G
-
 
I
A
 
K
Q
 
E
V
 
V
K
 
R
T
 
T
Y
 
Y
D
 
Q
D
 
R
D
 
D
P
 
P
T
 
D
K
 
A
F
 
L
Q
 
Q
D
 
D
L
 
L
R
 
L
V
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
I
D
 
D
T
 
T
I
 
W
L
 
I
I
 
T
D
 
D
R
 
R
L
 
F
A
 
V
A
 
A
L
 
K
E
 
E
Y
 
A
A
 
I
K
 
K
K
 
E
A
 
R
K
 
K
-
 
L
-
 
E
D
 
N
T
 
T
T
 
L
V
 
Q
T
 
V
S
 
G
E
 
E
A
 
L
F
 
V
S
 
F
R
 
Q
Q
x
E
E
 
R
A
 
V
G
 
A
I
 
M
A
 
A
L
 
V
R
 
A
K
 
K
G
 
G
E
 
N
P
 
K
E
 
S
L
 
L
L
 
L
A
 
D
A
 
A
V
 
L
N
 
N
K
 
R
A
 
A
I
 
L
E
 
A
K
 
E
L
 
L
R
 
M
A
 
Q
D
 
D
G
 
G
T
 
T
L
 
Y
K
 
A
K
 
R
L
 
I
S
 
S
E
 
Q
K
 
K
Y
 
W
F
 
F
S
 
G
A
 
E
D
 
D
V
 
V

3vveA Crystal structure of ttc0807 complexed with lysine (see paper)
38% identity, 87% coverage: 33:264/266 of query aligns to 10:238/241 of 3vveA

query
sites
3vveA
L
 
F
Q
 
E
K
 
E
I
 
I
K
 
K
D
 
R
A
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
I
K
 
R
I
 
I
G
 
G
L
 
T
E
|
E
G
 
G
T
 
A
Y
x
F
P
 
P
P
 
P
F
 
F
S
 
N
F
 
Y
V
 
F
D
 
D
D
 
E
S
 
R
G
 
N
K
 
Q
L
 
L
T
 
T
G
 
G
F
 
F
E
 
E
V
 
V
E
 
D
F
 
L
S
 
G
E
 
N
A
 
A
L
 
I
A
 
A
K
 
E
E
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
L
K
 
K
V
 
P
K
 
R
L
 
W
Q
 
I
T
 
A
T
 
Q
P
 
S
W
x
F
A
 
D
G
 
T
I
 
L
L
 
L
A
 
I
A
 
Q
L
 
L
E
 
N
S
 
Q
K
 
G
R
 
R
L
 
F
D
 
D
A
 
F
V
 
V
V
 
I
N
 
A
Q
x
S
V
x
H
T
 
G
I
 
I
S
 
T
E
 
E
E
 
E
R
|
R
K
 
A
K
 
R
K
 
A
Y
 
V
D
 
D
F
 
F
S
 
T
E
 
N
P
 
P
Y
 
H
T
 
Y
V
 
C
S
 
T
G
 
G
I
 
-
Q
 
-
A
 
G
L
 
V
V
 
I
L
 
V
T
 
S
K
 
R
K
 
K
A
 
G
D
 
G
E
 
P
L
 
-
N
 
-
I
 
-
K
 
R
K
 
T
A
 
A
A
 
K
D
 
D
L
 
L
D
 
Q
G
 
G
K
 
K
K
 
V
V
 
V
G
 
G
V
 
V
G
x
Q
L
 
V
G
 
G
T
|
T
N
x
T
Y
|
Y
E
 
M
Q
 
E
W
 
-
V
 
A
K
 
A
A
 
Q
E
 
K
V
 
I
P
 
P
G
 
G
-
 
I
A
 
K
Q
 
E
V
 
V
K
 
R
T
 
T
Y
 
Y
D
 
Q
D
 
R
D
 
D
P
 
P
T
 
D
K
 
A
F
 
L
Q
 
Q
D
 
D
L
 
L
R
 
L
V
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
I
D
 
D
T
 
T
I
 
W
L
 
I
I
 
T
D
 
D
R
 
R
L
 
F
A
 
V
A
 
A
L
 
K
E
 
E
Y
 
A
A
 
I
K
 
K
K
 
E
A
 
R
K
 
K
-
 
L
-
 
E
D
 
N
T
 
T
T
 
L
V
 
Q
T
 
V
S
 
G
E
 
E
A
 
L
F
 
V
S
 
F
R
 
Q
Q
x
E
E
 
R
A
 
V
G
 
A
I
 
M
A
 
A
L
 
V
R
 
A
K
 
K
G
 
G
E
 
N
P
 
K
E
 
S
L
 
L
L
 
L
A
 
D
A
 
A
V
 
L
N
 
N
K
 
R
A
 
A
I
 
L
E
 
A
K
 
E
L
 
L
R
 
M
A
 
Q
D
 
D
G
 
G
T
 
T
L
 
Y
K
 
A
K
 
R
L
 
I
S
 
S
E
 
Q
K
 
K
Y
 
W
F
 
F
S
 
G
A
 
E
D
 
D
V
 
V

3vvdA Crystal structure of ttc0807 complexed with ornithine (see paper)
38% identity, 87% coverage: 33:264/266 of query aligns to 10:238/241 of 3vvdA

query
sites
3vvdA
L
 
F
Q
 
E
K
 
E
I
 
I
K
 
K
D
 
R
A
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
I
K
 
R
I
 
I
G
 
G
L
 
T
E
|
E
G
 
G
T
 
A
Y
 
F
P
 
P
P
 
P
F
 
F
S
 
N
F
 
Y
V
 
F
D
 
D
D
 
E
S
 
R
G
 
N
K
 
Q
L
 
L
T
 
T
G
 
G
F
 
F
E
 
E
V
 
V
E
 
D
F
 
L
S
 
G
E
 
N
A
 
A
L
 
I
A
 
A
K
 
E
E
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
L
K
 
K
V
 
P
K
 
R
L
 
W
Q
 
I
T
 
A
T
 
Q
P
 
S
W
x
F
A
 
D
G
 
T
I
 
L
L
 
L
A
 
I
A
 
Q
L
 
L
E
 
N
S
 
Q
K
 
G
R
 
R
L
 
F
D
 
D
A
 
F
V
 
V
V
 
I
N
 
A
Q
x
S
V
x
H
T
x
G
I
 
I
S
 
T
E
 
E
E
 
E
R
|
R
K
 
A
K
 
R
K
 
A
Y
 
V
D
 
D
F
 
F
S
 
T
E
 
N
P
 
P
Y
 
H
T
 
Y
V
 
C
S
 
T
G
 
G
I
 
-
Q
 
-
A
 
G
L
 
V
V
 
I
L
 
V
T
 
S
K
 
R
K
 
K
A
 
G
D
 
G
E
 
P
L
 
-
N
 
-
I
 
-
K
 
R
K
 
T
A
 
A
A
 
K
D
 
D
L
 
L
D
 
Q
G
 
G
K
 
K
K
 
V
V
 
V
G
 
G
V
 
V
G
x
Q
L
 
V
G
 
G
T
|
T
N
x
T
Y
|
Y
E
 
M
Q
 
E
W
 
-
V
 
A
K
 
A
A
 
Q
E
 
K
V
 
I
P
 
P
G
 
G
-
 
I
A
 
K
Q
 
E
V
 
V
K
 
R
T
 
T
Y
 
Y
D
 
Q
D
 
R
D
 
D
P
 
P
T
 
D
K
 
A
F
 
L
Q
 
Q
D
 
D
L
 
L
R
 
L
V
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
I
D
 
D
T
 
T
I
 
W
L
 
I
I
 
T
D
 
D
R
 
R
L
 
F
A
 
V
A
 
A
L
 
K
E
 
E
Y
 
A
A
 
I
K
 
K
K
 
E
A
 
R
K
 
K
-
 
L
-
 
E
D
 
N
T
 
T
T
 
L
V
 
Q
T
 
V
S
 
G
E
 
E
A
 
L
F
 
V
S
 
F
R
 
Q
Q
x
E
E
 
R
A
 
V
G
 
A
I
 
M
A
 
A
L
 
V
R
 
A
K
 
K
G
 
G
E
 
N
P
 
K
E
 
S
L
 
L
L
 
L
A
 
D
A
 
A
V
 
L
N
 
N
K
 
R
A
 
A
I
 
L
E
 
A
K
 
E
L
 
L
R
 
M
A
 
Q
D
 
D
G
 
G
T
 
T
L
 
Y
K
 
A
K
 
R
L
 
I
S
 
S
E
 
Q
K
 
K
Y
 
W
F
 
F
S
 
G
A
 
E
D
 
D
V
 
V

3vv5A Crystal structure of ttc0807 complexed with (s)-2-aminoethyl-l- cysteine (aec) (see paper)
38% identity, 87% coverage: 33:264/266 of query aligns to 6:234/237 of 3vv5A

query
sites
3vv5A
L
 
F
Q
 
E
K
 
E
I
 
I
K
 
K
D
 
R
A
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
I
K
 
R
I
 
I
G
 
G
L
 
T
E
|
E
G
 
G
T
 
A
Y
x
F
P
 
P
P
 
P
F
 
F
S
x
N
F
 
Y
V
 
F
D
 
D
D
 
E
S
 
R
G
 
N
K
 
Q
L
 
L
T
 
T
G
 
G
F
 
F
E
 
E
V
 
V
E
 
D
F
 
L
S
 
G
E
 
N
A
 
A
L
 
I
A
 
A
K
 
E
E
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
L
K
 
K
V
 
P
K
 
R
L
 
W
Q
 
I
T
 
A
T
 
Q
P
 
S
W
x
F
A
 
D
G
 
T
I
 
L
L
 
L
A
 
I
A
 
Q
L
 
L
E
 
N
S
 
Q
K
 
G
R
 
R
L
 
F
D
 
D
A
 
F
V
 
V
V
 
I
N
x
A
Q
x
S
V
 
H
T
x
G
I
 
I
S
 
T
E
 
E
E
 
E
R
|
R
K
 
A
K
 
R
K
 
A
Y
 
V
D
 
D
F
 
F
S
 
T
E
 
N
P
 
P
Y
 
H
T
 
Y
V
 
C
S
 
T
G
 
G
I
 
-
Q
 
-
A
 
G
L
 
V
V
 
I
L
 
V
T
 
S
K
 
R
K
 
K
A
 
G
D
 
G
E
 
P
L
 
-
N
 
-
I
 
-
K
 
R
K
 
T
A
 
A
A
 
K
D
 
D
L
 
L
D
 
Q
G
 
G
K
 
K
K
 
V
V
 
V
G
 
G
V
 
V
G
 
Q
L
 
V
G
 
G
T
|
T
N
x
T
Y
|
Y
E
 
M
Q
 
E
W
 
-
V
 
A
K
 
A
A
 
Q
E
 
K
V
 
I
P
 
P
G
 
G
-
 
I
A
 
K
Q
 
E
V
 
V
K
 
R
T
 
T
Y
 
Y
D
 
Q
D
 
R
D
 
D
P
 
P
T
 
D
K
 
A
F
 
L
Q
 
Q
D
 
D
L
 
L
R
 
L
V
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
I
D
 
D
T
 
T
I
 
W
L
 
I
I
 
T
D
 
D
R
 
R
L
 
F
A
 
V
A
 
A
L
 
K
E
 
E
Y
 
A
A
 
I
K
 
K
K
 
E
A
 
R
K
 
K
-
 
L
-
 
E
D
 
N
T
 
T
T
 
L
V
 
Q
T
 
V
S
 
G
E
 
E
A
 
L
F
 
V
S
 
F
R
 
Q
Q
 
E
E
 
R
A
 
V
G
 
A
I
 
M
A
 
A
L
 
V
R
 
A
K
 
K
G
 
G
E
 
N
P
 
K
E
 
S
L
 
L
L
 
L
A
 
D
A
 
A
V
 
L
N
 
N
K
 
R
A
 
A
I
 
L
E
 
A
K
 
E
L
 
L
R
 
M
A
 
Q
D
 
D
G
 
G
T
 
T
L
 
Y
K
 
A
K
 
R
L
 
I
S
 
S
E
 
Q
K
 
K
Y
 
W
F
 
F
S
 
G
A
 
E
D
 
D
V
 
V

6svfA Crystal structure of the p235gk mutant of argbp from t. Maritima (see paper)
34% identity, 86% coverage: 33:261/266 of query aligns to 3:228/229 of 6svfA

query
sites
6svfA
L
 
I
Q
 
D
K
 
E
I
 
I
K
 
K
D
 
S
A
 
R
G
 
G
E
 
Y
I
 
L
K
 
L
I
 
V
G
 
G
L
 
L
E
 
S
G
 
A
T
 
D
Y
x
F
P
 
P
P
 
P
F
 
F
S
 
E
F
 
F
V
 
V
D
 
D
D
 
E
S
 
N
G
 
G
K
 
N
L
 
I
T
 
V
G
 
G
F
 
F
E
 
D
V
 
V
E
 
D
F
 
L
S
 
A
E
 
K
A
 
E
L
 
I
A
 
A
K
 
R
E
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
E
V
 
L
K
 
K
L
 
I
Q
 
V
T
 
D
T
 
M
P
 
T
W
x
F
A
 
D
G
 
G
I
 
L
L
 
I
A
 
P
A
 
S
L
 
L
E
 
L
S
 
T
K
 
K
R
 
K
L
 
I
D
 
D
A
 
V
V
 
I
V
 
I
N
x
S
Q
x
G
V
x
M
T
|
T
I
 
I
S
 
T
E
 
E
E
 
E
R
|
R
K
 
K
K
 
K
K
 
V
Y
 
V
D
 
A
F
 
F
S
 
S
E
 
D
P
 
P
Y
 
Y
T
 
F
V
 
D
S
 
A
G
 
G
I
 
-
Q
 
Q
A
 
V
L
 
I
V
 
V
L
 
V
T
 
R
K
 
K
K
 
D
A
 
S
D
 
D
E
 
-
L
 
F
N
 
R
I
 
P
K
 
K
K
 
T
A
 
Y
A
 
E
D
 
D
L
 
L
D
 
V
G
 
G
K
 
K
K
 
T
V
 
V
G
 
A
V
 
V
G
x
Q
L
 
I
G
 
G
T
|
T
N
x
T
Y
 
G
E
 
D
Q
 
I
W
 
E
V
 
V
K
 
-
A
 
S
E
 
K
V
 
Y
P
 
D
G
 
G
A
 
I
Q
 
K
V
 
V
K
 
V
T
 
R
Y
 
F
D
 
D
D
 
K
D
 
F
P
 
T
T
 
D
K
 
A
F
 
F
Q
 
L
D
 
E
L
 
L
R
 
K
V
 
R
G
 
G
R
 
R
I
 
A
D
 
D
T
 
A
I
 
V
L
 
V
I
 
L
D
|
D
R
 
S
L
 
A
A
 
T
A
 
A
L
 
R
E
 
A
Y
 
F
A
 
V
K
 
A
K
 
K
A
 
N
K
 
P
D
 
D
T
 
L
T
 
V
V
 
I
T
 
S
S
 
S
E
 
G
A
 
V
F
 
L
S
 
S
R
 
S
Q
 
E
E
 
Q
A
 
Y
G
 
G
I
 
I
A
 
A
L
 
V
R
 
R
K
 
K
G
 
E
E
 
D
P
 
T
E
 
D
L
 
L
L
 
L
A
 
E
A
 
F
V
 
I
N
 
N
K
 
S
A
 
V
I
 
L
E
 
R
K
 
E
L
 
L
R
 
K
A
 
K
D
 
S
G
 
G
T
 
K
L
 
Y
K
 
D
K
 
V
L
 
L
S
 
I
E
 
E
K
 
K
Y
 
W
F
 
F
S
 
S

3k4uE Crystal structure of putative binding component of abc transporter from wolinella succinogenes dsm 1740 complexed with lysine
33% identity, 83% coverage: 40:260/266 of query aligns to 4:226/234 of 3k4uE

query
sites
3k4uE
G
 
G
E
 
E
I
 
L
K
 
R
I
 
V
G
 
G
L
 
L
E
|
E
G
 
P
T
 
G
Y
|
Y
P
 
L
P
 
P
F
 
F
S
 
E
F
 
M
V
 
K
D
 
D
D
 
K
S
 
K
G
 
G
K
 
N
L
 
V
T
 
I
G
 
G
F
 
F
E
 
D
V
 
V
E
 
D
F
 
L
S
 
A
E
 
R
A
 
E
L
 
M
A
 
A
K
 
K
E
 
A
L
 
M
G
 
G
V
 
V
K
 
K
V
 
L
K
 
K
L
 
L
Q
 
V
T
 
P
T
 
T
P
 
S
W
|
W
A
 
D
G
 
G
I
 
L
L
 
I
A
 
P
A
 
G
L
 
L
E
 
V
S
 
T
K
 
E
R
 
K
L
 
F
D
 
D
A
 
I
V
 
I
V
 
I
N
 
S
Q
x
G
V
 
M
T
|
T
I
 
I
S
 
S
E
 
Q
E
 
E
R
|
R
K
 
N
K
 
L
K
 
R
Y
 
V
D
 
N
F
 
F
S
 
V
E
 
E
P
 
P
Y
 
Y
T
 
I
V
 
V
S
 
V
G
 
G
I
 
-
Q
 
Q
A
 
S
L
 
L
V
 
-
L
 
L
T
 
V
K
 
K
K
 
K
A
 
G
D
 
L
E
 
E
L
 
K
N
 
G
I
 
V
K
 
K
K
 
S
A
 
Y
A
 
K
D
 
D
L
 
L
D
 
D
G
 
K
K
 
P
K
 
E
V
 
L
G
 
T
V
 
L
-
 
V
-
 
T
G
x
K
L
 
F
G
 
G
T
x
V
N
x
S
Y
 
A
E
 
E
Q
 
Y
W
 
A
V
 
A
K
 
K
A
 
R
E
 
L
V
 
F
P
 
K
G
 
N
A
 
A
Q
 
K
V
 
L
K
 
K
T
 
T
Y
 
Y
D
 
D
D
 
T
D
x
E
P
 
A
T
 
E
K
 
A
F
 
V
Q
 
Q
D
 
E
L
 
V
R
 
L
V
 
N
G
 
G
R
 
K
I
 
A
D
 
D
T
 
M
I
 
F
L
 
I
I
 
F
D
|
D
R
 
L
L
 
P
A
 
F
A
 
N
L
 
V
E
 
A
Y
 
F
-
 
M
A
 
A
K
 
Q
K
 
K
A
 
G
K
 
Q
-
 
G
-
 
Y
-
 
L
-
 
V
-
 
H
-
 
L
D
 
D
T
 
T
T
 
S
V
 
L
T
 
T
S
 
Y
E
 
E
A
 
P
F
 
L
S
 
-
R
 
-
Q
 
-
E
 
-
A
 
-
G
 
G
I
 
W
A
 
A
L
 
I
R
 
K
K
 
K
G
 
G
E
 
D
P
 
P
E
 
D
L
 
F
L
 
L
A
 
N
A
 
W
V
 
L
N
 
N
K
 
H
A
 
F
I
 
L
E
 
A
K
 
Q
L
 
I
R
 
K
A
 
H
D
 
D
G
 
G
T
 
S
L
 
Y
K
 
D
K
 
E
L
 
L
S
 
Y
E
 
E
K
 
R
Y
 
W
F
 
F

5ovzA High resolution structure of the pbp noct in complex with nopaline (see paper)
30% identity, 86% coverage: 38:265/266 of query aligns to 1:254/259 of 5ovzA

query
sites
5ovzA
D
 
D
A
 
Y
G
 
K
E
 
S
I
 
I
K
 
T
I
 
I
G
 
A
L
 
T
E
|
E
G
 
G
T
 
S
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
Y
S
 
N
F
 
F
V
 
K
D
 
D
D
 
A
S
 
G
G
 
G
K
 
K
L
 
L
T
 
I
G
 
G
F
 
F
E
 
D
V
 
I
E
 
D
F
 
L
S
 
G
E
 
N
A
 
D
L
 
L
A
 
C
K
 
K
E
 
R
L
 
M
G
 
N
V
 
I
K
 
E
V
 
C
K
 
K
L
 
F
Q
 
V
T
 
E
T
 
Q
P
 
A
W
|
W
A
 
D
G
 
G
I
 
I
L
 
I
A
 
P
A
 
S
L
 
L
E
 
T
S
 
A
K
 
G
R
 
R
L
 
Y
D
 
D
A
 
A
V
 
I
V
 
M
N
x
A
Q
x
A
V
 
M
T
x
G
I
 
I
S
 
Q
E
 
P
E
 
A
R
|
R
K
 
E
K
 
K
K
 
V
Y
 
I
D
 
A
F
 
F
S
 
S
E
 
R
P
 
P
Y
 
Y
T
 
L
V
 
L
S
 
T
G
 
P
I
x
M
-
 
T
-
 
F
-
 
L
-
 
T
-
 
T
-
 
A
-
 
D
-
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
L
-
 
K
-
 
T
Q
 
Q
A
 
V
L
 
A
V
 
I
L
 
E
T
 
N
K
 
L
K
 
P
A
 
L
D
 
D
E
 
N
L
 
I
N
 
T
I
 
P
K
 
E
K
 
Q
A
 
K
A
 
A
D
 
E
L
 
L
D
 
D
-
 
K
-
 
F
-
 
T
-
 
K
-
 
I
-
 
F
-
 
E
G
 
G
K
 
V
K
 
K
V
 
F
G
 
G
V
 
V
G
x
Q
L
 
A
G
 
G
T
|
T
N
x
S
Y
x
H
E
 
E
Q
 
A
W
 
F
V
 
M
K
 
K
A
 
Q
E
 
M
V
 
M
P
 
P
G
 
S
A
 
V
Q
 
Q
V
 
I
K
 
S
T
 
T
Y
 
Y
D
 
D
D
 
T
D
 
I
P
 
D
T
 
N
K
 
V
F
 
V
Q
 
M
D
 
D
L
 
L
R
 
K
V
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
I
D
 
D
T
 
A
I
 
-
L
 
-
I
 
-
D
 
-
R
 
S
L
 
L
A
 
A
A
x
S
L
 
V
E
 
S
Y
 
F
A
 
L
K
 
K
K
 
P
A
 
L
K
 
T
D
 
D
T
 
K
T
 
P
-
 
D
-
 
N
-
 
K
-
 
D
-
 
L
-
 
K
-
 
M
-
 
F
-
 
G
-
 
P
-
 
R
V
 
M
T
 
T
S
 
G
E
 
G
A
 
L
F
 
F
S
 
G
R
 
K
Q
 
G
E
 
-
A
x
V
G
 
G
I
 
V
A
 
G
L
 
I
R
 
R
K
 
K
G
 
E
E
 
D
P
 
A
E
 
D
L
 
L
L
 
K
A
 
A
A
 
L
V
 
F
N
 
D
K
 
K
A
 
A
I
 
I
E
 
D
K
 
A
L
 
A
R
 
I
A
 
A
D
 
D
G
 
G
T
 
T
L
 
V
K
 
Q
K
 
K
L
 
L
S
 
S
E
 
Q
K
 
Q
Y
 
W
F
 
F
S
 
G
A
 
Y
D
 
D
V
 
A
T
 
S

5otaA Structure of the periplasmic binding protein (pbp) noct from agrobacterium tumefaciens c58 in complex with octopinic acid (see paper)
30% identity, 84% coverage: 42:265/266 of query aligns to 4:253/254 of 5otaA

query
sites
5otaA
I
 
I
K
 
T
I
 
I
G
 
A
L
 
T
E
|
E
G
 
G
T
 
S
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
Y
S
 
N
F
 
F
V
 
K
D
 
D
D
 
A
S
 
G
G
 
G
K
 
K
L
 
L
T
 
I
G
 
G
F
 
F
E
 
D
V
 
I
E
 
D
F
 
L
S
 
G
E
 
N
A
 
D
L
 
L
A
 
C
K
 
K
E
 
R
L
 
M
G
 
N
V
 
I
K
 
E
V
 
C
K
 
K
L
 
F
Q
 
V
T
 
E
T
 
Q
P
 
A
W
|
W
A
 
D
G
 
G
I
 
I
L
 
I
A
 
P
A
 
S
L
 
L
E
 
T
S
 
A
K
 
G
R
 
R
L
 
Y
D
 
D
A
 
A
V
 
I
V
 
M
N
 
A
Q
x
A
V
 
M
T
x
G
I
 
I
S
 
Q
E
 
P
E
 
A
R
|
R
K
 
E
K
 
K
K
 
V
Y
 
I
D
 
A
F
 
F
S
 
S
E
 
R
P
 
P
Y
 
Y
T
 
L
V
 
L
S
 
T
G
 
P
I
x
M
-
 
T
-
 
F
-
 
L
-
 
T
-
 
T
-
 
A
-
 
D
-
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
L
-
 
K
-
 
T
Q
 
Q
A
 
V
L
 
A
V
 
I
L
 
E
T
 
N
K
 
L
K
 
P
A
 
L
D
 
D
E
 
N
L
 
I
N
 
T
I
 
P
K
 
E
K
 
Q
A
 
K
A
 
A
D
 
E
L
 
L
D
 
D
-
 
K
-
 
F
-
 
T
-
 
K
-
 
I
-
 
F
-
 
E
G
 
G
K
 
V
K
 
K
V
 
F
G
 
G
V
 
V
G
x
Q
L
 
A
G
 
G
T
|
T
N
x
S
Y
x
H
E
 
E
Q
 
A
W
 
F
V
 
M
K
 
K
A
 
Q
E
 
M
V
 
M
P
 
P
G
 
S
A
 
V
Q
 
Q
V
 
I
K
 
S
T
 
T
Y
 
Y
D
 
D
D
 
T
D
 
I
P
 
D
T
 
N
K
 
V
F
 
V
Q
 
M
D
 
D
L
 
L
R
 
K
V
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
I
D
 
D
T
 
A
I
 
-
L
 
-
I
 
-
D
 
-
R
 
S
L
 
L
A
 
A
A
x
S
L
 
V
E
 
S
Y
 
F
A
 
L
K
 
K
K
 
P
A
 
L
K
 
T
D
 
D
-
 
K
-
 
P
-
 
D
-
 
N
-
 
K
-
 
D
-
 
L
-
 
K
-
 
M
-
 
F
-
 
G
T
 
P
T
 
R
V
 
M
T
 
T
S
 
G
E
 
G
A
 
L
F
 
F
S
 
G
R
 
K
Q
 
G
E
 
-
A
 
V
G
 
G
I
 
V
A
 
G
L
 
I
R
 
R
K
 
K
G
 
E
E
 
D
P
 
A
E
 
D
L
 
L
L
 
K
A
 
A
A
 
L
V
 
F
N
 
D
K
 
K
A
 
A
I
 
I
E
 
D
K
 
A
L
 
A
R
 
I
A
 
A
D
 
D
G
 
G
T
 
T
L
 
V
K
 
Q
K
 
K
L
 
L
S
 
S
E
 
Q
K
 
Q
Y
 
W
F
 
F
S
 
G
A
 
Y
D
 
D
V
 
A
T
 
S

5ot9A Structure of the periplasmic binding protein (pbp) noct from a.Tumefaciens c58 in complex with histopine. (see paper)
30% identity, 84% coverage: 42:265/266 of query aligns to 4:253/254 of 5ot9A

query
sites
5ot9A
I
 
I
K
 
T
I
 
I
G
 
A
L
 
T
E
|
E
G
 
G
T
 
S
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
Y
S
 
N
F
 
F
V
 
K
D
 
D
D
 
A
S
 
G
G
 
G
K
 
K
L
 
L
T
 
I
G
 
G
F
 
F
E
 
D
V
 
I
E
 
D
F
 
L
S
 
G
E
 
N
A
 
D
L
 
L
A
 
C
K
 
K
E
 
R
L
 
M
G
 
N
V
 
I
K
 
E
V
 
C
K
 
K
L
 
F
Q
 
V
T
 
E
T
 
Q
P
 
A
W
|
W
A
 
D
G
 
G
I
 
I
L
 
I
A
 
P
A
 
S
L
 
L
E
 
T
S
 
A
K
 
G
R
 
R
L
 
Y
D
 
D
A
 
A
V
 
I
V
 
M
N
x
A
Q
x
A
V
 
M
T
 
G
I
 
I
S
 
Q
E
 
P
E
 
A
R
|
R
K
 
E
K
 
K
K
 
V
Y
 
I
D
 
A
F
 
F
S
 
S
E
 
R
P
 
P
Y
 
Y
T
 
L
V
 
L
S
 
T
G
 
P
I
x
M
-
 
T
-
 
F
-
 
L
-
 
T
-
 
T
-
 
A
-
 
D
-
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
L
-
 
K
-
 
T
Q
 
Q
A
 
V
L
 
A
V
 
I
L
 
E
T
 
N
K
 
L
K
 
P
A
 
L
D
 
D
E
 
N
L
 
I
N
 
T
I
 
P
K
 
E
K
 
Q
A
 
K
A
 
A
D
 
E
L
 
L
D
 
D
-
 
K
-
 
F
-
 
T
-
 
K
-
 
I
-
 
F
-
 
E
G
 
G
K
 
V
K
 
K
V
 
F
G
 
G
V
 
V
G
x
Q
L
 
A
G
 
G
T
|
T
N
x
S
Y
x
H
E
 
E
Q
 
A
W
 
F
V
 
M
K
 
K
A
 
Q
E
 
M
V
 
M
P
 
P
G
 
S
A
 
V
Q
 
Q
V
 
I
K
 
S
T
 
T
Y
 
Y
D
 
D
D
 
T
D
 
I
P
 
D
T
 
N
K
 
V
F
 
V
Q
 
M
D
 
D
L
 
L
R
 
K
V
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
I
D
 
D
T
 
A
I
 
-
L
 
-
I
 
-
D
 
-
R
 
S
L
 
L
A
 
A
A
x
S
L
 
V
E
 
S
Y
 
F
A
 
L
K
 
K
K
 
P
A
 
L
K
 
T
D
 
D
-
 
K
-
 
P
-
 
D
-
 
N
-
 
K
-
 
D
-
 
L
-
 
K
-
 
M
-
 
F
-
 
G
T
 
P
T
 
R
V
 
M
T
 
T
S
 
G
E
 
G
A
 
L
F
 
F
S
 
G
R
 
K
Q
 
G
E
 
-
A
 
V
G
 
G
I
 
V
A
 
G
L
 
I
R
 
R
K
 
K
G
 
E
E
 
D
P
 
A
E
 
D
L
 
L
L
 
K
A
 
A
A
 
L
V
 
F
N
 
D
K
 
K
A
 
A
I
 
I
E
 
D
K
 
A
L
 
A
R
 
I
A
 
A
D
 
D
G
 
G
T
 
T
L
 
V
K
 
Q
K
 
K
L
 
L
S
 
S
E
 
Q
K
 
Q
Y
 
W
F
 
F
S
 
G
A
 
Y
D
 
D
V
 
A
T
 
S

4powA Structure of the pbp noct in complex with pyronopaline (see paper)
30% identity, 84% coverage: 42:265/266 of query aligns to 4:253/254 of 4powA

query
sites
4powA
I
 
I
K
 
T
I
 
I
G
 
A
L
 
T
E
|
E
G
 
G
T
 
S
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
Y
S
 
N
F
 
F
V
 
K
D
 
D
D
 
A
S
 
G
G
 
G
K
 
K
L
 
L
T
 
I
G
 
G
F
 
F
E
 
D
V
 
I
E
 
D
F
 
L
S
 
G
E
 
N
A
 
D
L
 
L
A
 
C
K
 
K
E
 
R
L
 
M
G
 
N
V
 
I
K
 
E
V
 
C
K
 
K
L
 
F
Q
 
V
T
 
E
T
 
Q
P
 
A
W
|
W
A
 
D
G
 
G
I
 
I
L
 
I
A
 
P
A
 
S
L
 
L
E
 
T
S
 
A
K
 
G
R
 
R
L
 
Y
D
 
D
A
 
A
V
 
I
V
 
M
N
x
A
Q
x
A
V
 
M
T
x
G
I
 
I
S
 
Q
E
 
P
E
 
A
R
|
R
K
 
E
K
 
K
K
 
V
Y
 
I
D
 
A
F
 
F
S
 
S
E
 
R
P
 
P
Y
 
Y
T
 
L
V
 
L
S
 
T
G
 
P
I
x
M
-
 
T
-
 
F
-
 
L
-
 
T
-
 
T
-
 
A
-
 
D
-
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
L
-
 
K
-
 
T
Q
 
Q
A
 
V
L
 
A
V
 
I
L
 
E
T
 
N
K
 
L
K
 
P
A
 
L
D
 
D
E
 
N
L
 
I
N
 
T
I
 
P
K
 
E
K
 
Q
A
 
K
A
 
A
D
 
E
L
 
L
D
 
D
-
 
K
-
 
F
-
 
T
-
 
K
-
 
I
-
 
F
-
 
E
G
 
G
K
 
V
K
 
K
V
 
F
G
 
G
V
 
V
G
x
Q
L
 
A
G
 
G
T
|
T
N
x
S
Y
x
H
E
 
E
Q
 
A
W
 
F
V
 
M
K
 
K
A
 
Q
E
 
M
V
 
M
P
 
P
G
 
S
A
 
V
Q
 
Q
V
 
I
K
 
S
T
 
T
Y
 
Y
D
 
D
D
 
T
D
 
I
P
 
D
T
 
N
K
 
V
F
 
V
Q
 
M
D
 
D
L
 
L
R
 
K
V
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
I
D
 
D
T
 
A
I
 
-
L
 
-
I
 
-
D
 
-
R
 
S
L
 
L
A
 
A
A
x
S
L
 
V
E
 
S
Y
 
F
A
 
L
K
 
K
K
 
P
A
 
L
K
 
T
D
 
D
-
 
K
-
 
P
-
 
D
-
 
N
-
 
K
-
 
D
-
 
L
-
 
K
-
 
M
-
 
F
-
 
G
T
 
P
T
 
R
V
 
M
T
 
T
S
 
G
E
 
G
A
 
L
F
 
F
S
 
G
R
 
K
Q
 
G
E
 
-
A
 
V
G
 
G
I
 
V
A
 
G
L
 
I
R
 
R
K
 
K
G
 
E
E
 
D
P
 
A
E
 
D
L
 
L
L
 
K
A
 
A
A
 
L
V
 
F
N
 
D
K
 
K
A
 
A
I
 
I
E
 
D
K
 
A
L
 
A
R
 
I
A
 
A
D
 
D
G
 
G
T
 
T
L
 
V
K
 
Q
K
 
K
L
 
L
S
 
S
E
 
Q
K
 
Q
Y
 
W
F
 
F
S
 
G
A
 
Y
D
 
D
V
 
A
T
 
S

5otcA Structure of the periplasmic binding protein (pbp) noct from agrobacterium tumefaciens c58 in complex with noroctopinic acid. (see paper)
30% identity, 84% coverage: 42:265/266 of query aligns to 4:253/256 of 5otcA

query
sites
5otcA
I
 
I
K
 
T
I
 
I
G
 
A
L
 
T
E
|
E
G
 
G
T
 
S
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
Y
S
 
N
F
 
F
V
 
K
D
 
D
D
 
A
S
 
G
G
 
G
K
 
K
L
 
L
T
 
I
G
 
G
F
 
F
E
 
D
V
 
I
E
 
D
F
 
L
S
 
G
E
 
N
A
 
D
L
 
L
A
 
C
K
 
K
E
 
R
L
 
M
G
 
N
V
 
I
K
 
E
V
 
C
K
 
K
L
 
F
Q
 
V
T
 
E
T
 
Q
P
 
A
W
|
W
A
 
D
G
 
G
I
 
I
L
 
I
A
 
P
A
 
S
L
 
L
E
 
T
S
 
A
K
 
G
R
 
R
L
 
Y
D
 
D
A
 
A
V
 
I
V
 
M
N
 
A
Q
x
A
V
 
M
T
x
G
I
 
I
S
 
Q
E
 
P
E
 
A
R
|
R
K
 
E
K
 
K
K
 
V
Y
 
I
D
 
A
F
 
F
S
 
S
E
 
R
P
 
P
Y
 
Y
T
 
L
V
 
L
S
 
T
G
 
P
I
 
M
-
 
T
-
 
F
-
 
L
-
 
T
-
 
T
-
 
A
-
 
D
-
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
L
-
 
K
-
 
T
Q
 
Q
A
 
V
L
 
A
V
 
I
L
 
E
T
 
N
K
 
L
K
 
P
A
 
L
D
 
D
E
 
N
L
 
I
N
 
T
I
 
P
K
 
E
K
 
Q
A
 
K
A
 
A
D
 
E
L
 
L
D
 
D
-
 
K
-
 
F
-
 
T
-
 
K
-
 
I
-
 
F
-
 
E
G
 
G
K
 
V
K
 
K
V
 
F
G
 
G
V
 
V
G
x
Q
L
 
A
G
 
G
T
|
T
N
x
S
Y
x
H
E
 
E
Q
 
A
W
 
F
V
 
M
K
 
K
A
 
Q
E
 
M
V
 
M
P
 
P
G
 
S
A
 
V
Q
 
Q
V
 
I
K
 
S
T
 
T
Y
 
Y
D
 
D
D
 
T
D
 
I
P
 
D
T
 
N
K
 
V
F
 
V
Q
 
M
D
 
D
L
 
L
R
 
K
V
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
I
D
 
D
T
 
A
I
 
-
L
 
-
I
 
-
D
 
-
R
 
S
L
 
L
A
 
A
A
x
S
L
 
V
E
 
S
Y
 
F
A
 
L
K
 
K
K
 
P
A
 
L
K
 
T
D
 
D
T
 
K
T
 
P
-
 
D
-
 
N
-
 
K
-
 
D
-
 
L
-
 
K
-
 
M
-
 
F
-
 
G
-
 
P
-
 
R
V
 
M
T
 
T
S
 
G
E
 
G
A
 
L
F
 
F
S
 
G
R
 
K
Q
 
G
E
 
-
A
 
V
G
 
G
I
 
V
A
 
G
L
 
I
R
 
R
K
 
K
G
 
E
E
 
D
P
 
A
E
 
D
L
 
L
L
 
K
A
 
A
A
 
L
V
 
F
N
 
D
K
 
K
A
 
A
I
 
I
E
 
D
K
 
A
L
 
A
R
 
I
A
 
A
D
 
D
G
 
G
T
 
T
L
 
V
K
 
Q
K
 
K
L
 
L
S
 
S
E
 
Q
K
 
Q
Y
 
W
F
 
F
S
 
G
A
 
Y
D
 
D
V
 
A
T
 
S

5itoA Structure of the periplasmic binding protein m117n-noct from a. Tumefaciens in complex with octopine (see paper)
30% identity, 86% coverage: 38:265/266 of query aligns to 1:254/255 of 5itoA

query
sites
5itoA
D
 
D
A
 
Y
G
 
K
E
 
S
I
 
I
K
 
T
I
 
I
G
 
A
L
 
T
E
|
E
G
 
G
T
 
S
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
Y
S
 
N
F
 
F
V
 
K
D
 
D
D
 
A
S
 
G
G
 
G
K
 
K
L
 
L
T
 
I
G
 
G
F
 
F
E
 
D
V
 
I
E
 
D
F
 
L
S
 
G
E
 
N
A
 
D
L
 
L
A
 
C
K
 
K
E
 
R
L
 
M
G
 
N
V
 
I
K
 
E
V
 
C
K
 
K
L
 
F
Q
 
V
T
 
E
T
 
Q
P
 
A
W
|
W
A
 
D
G
 
G
I
 
I
L
 
I
A
 
P
A
 
S
L
 
L
E
 
T
S
 
A
K
 
G
R
 
R
L
 
Y
D
 
D
A
 
A
V
 
I
V
 
M
N
x
A
Q
x
A
V
 
M
T
x
G
I
 
I
S
 
Q
E
 
P
E
 
A
R
|
R
K
 
E
K
 
K
K
 
V
Y
 
I
D
 
A
F
 
F
S
 
S
E
 
R
P
 
P
Y
 
Y
T
 
L
V
 
L
S
 
T
G
 
P
-
 
N
-
 
T
-
 
F
-
 
L
-
 
T
-
 
T
-
 
A
-
 
D
-
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
L
-
 
K
I
 
T
Q
 
Q
A
 
V
L
 
A
V
 
I
L
 
E
T
 
N
K
 
L
K
 
P
A
 
L
D
 
D
E
 
N
L
 
I
N
 
T
I
 
P
K
 
E
K
 
Q
A
 
K
A
 
A
D
 
E
L
 
L
D
 
D
-
 
K
-
 
F
-
 
T
-
 
K
-
 
I
-
 
F
-
 
E
G
 
G
K
 
V
K
 
K
V
 
F
G
 
G
V
 
V
G
x
Q
L
 
A
G
 
G
T
|
T
N
x
S
Y
x
H
E
 
E
Q
 
A
W
 
F
V
 
M
K
 
K
A
 
Q
E
 
M
V
 
M
P
 
P
G
 
S
A
 
V
Q
 
Q
V
 
I
K
 
S
T
 
T
Y
 
Y
D
 
D
D
 
T
D
 
I
P
 
D
T
 
N
K
 
V
F
 
V
Q
 
M
D
 
D
L
 
L
R
 
K
V
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
I
D
 
D
T
 
A
I
 
-
L
 
-
I
 
-
D
 
-
R
 
S
L
 
L
A
 
A
A
x
S
L
 
V
E
 
S
Y
 
F
A
 
L
K
 
K
K
 
P
A
 
L
K
 
T
D
 
D
T
 
K
T
 
P
-
 
D
-
 
N
-
 
K
-
 
D
-
 
L
-
 
K
-
 
M
-
 
F
-
 
G
-
 
P
-
 
R
V
 
M
T
 
T
S
 
G
E
 
G
A
 
L
F
 
F
S
 
G
R
 
K
Q
 
G
E
 
-
A
 
V
G
 
G
I
 
V
A
 
G
L
 
I
R
 
R
K
 
K
G
 
E
E
 
D
P
 
A
E
 
D
L
 
L
L
 
K
A
 
A
A
 
L
V
 
F
N
 
D
K
 
K
A
 
A
I
 
I
E
 
D
K
 
A
L
 
A
R
 
I
A
 
A
D
 
D
G
 
G
T
 
T
L
 
V
K
 
Q
K
 
K
L
 
L
S
 
S
E
 
Q
K
 
Q
Y
 
W
F
 
F
S
 
G
A
 
Y
D
 
D
V
 
A
T
 
S

4ymxA Crystal structure of the substrate binding protein of an amino acid abc transporter (see paper)
33% identity, 83% coverage: 40:260/266 of query aligns to 1:222/224 of 4ymxA

query
sites
4ymxA
G
 
G
E
 
V
I
 
I
K
 
V
I
 
M
G
 
G
L
 
T
E
x
S
G
 
A
T
x
D
Y
x
F
P
 
P
P
 
P
F
 
F
S
 
E
F
 
F
V
 
H
D
 
K
D
 
V
S
 
E
G
 
G
-
 
G
-
 
K
-
 
D
K
 
E
L
 
I
T
 
V
G
 
G
F
 
F
E
 
D
V
 
I
E
 
D
F
 
I
S
 
A
E
 
N
A
 
A
L
 
I
A
 
A
K
 
K
E
 
K
L
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
K
V
 
L
K
 
E
L
 
I
Q
 
K
T
 
D
T
 
M
P
 
D
W
x
F
A
 
K
G
 
G
I
 
L
L
 
I
A
 
P
A
 
A
L
 
L
E
 
Q
S
 
A
K
 
G
R
 
R
L
 
V
D
 
D
A
 
M
V
 
V
V
 
I
N
x
A
Q
x
G
V
x
M
T
|
T
I
 
P
S
 
T
E
 
A
E
 
E
R
|
R
K
 
K
K
 
K
K
 
S
Y
 
V
D
 
D
F
 
F
S
 
S
E
 
D
P
 
L
Y
 
Y
T
 
Y
V
 
D
S
 
S
G
 
-
I
 
-
Q
 
R
A
 
Q
L
 
V
V
 
V
L
 
V
T
 
V
K
 
K
K
 
-
A
 
-
D
 
N
E
 
D
L
 
S
N
 
P
I
 
I
K
 
S
K
 
K
A
 
F
A
 
D
D
 
D
L
 
L
D
 
K
G
 
V
K
 
K
K
 
T
V
 
I
G
 
A
V
 
V
G
x
Q
L
 
I
G
 
G
T
|
T
N
x
T
Y
 
S
E
 
E
Q
 
E
W
 
A
V
 
A
K
 
K
A
 
-
E
 
K
V
 
I
P
 
P
G
 
N
A
 
V
Q
 
K
V
 
L
K
 
K
T
 
Q
Y
 
L
D
 
N
D
 
R
D
 
V
P
 
S
T
 
D
K
 
E
F
 
F
Q
 
M
D
 
D
L
 
L
R
 
Q
V
 
N
G
 
G
R
 
R
I
 
C
D
 
D
T
 
A
I
 
I
L
 
V
I
 
V
D
x
E
R
 
D
L
 
T
A
 
V
A
 
A
L
 
K
E
 
A
Y
 
Y
A
 
L
K
 
K
K
 
E
A
 
Y
K
 
K
D
 
D
T
 
M
T
 
K
V
 
I
T
 
L
-
 
Y
S
 
M
E
 
D
A
 
E
F
 
I
S
 
N
R
 
N
Q
 
V
E
 
E
A
 
N
G
 
G
-
 
S
-
 
A
I
 
V
A
 
A
L
 
V
R
 
A
K
 
K
G
 
G
E
 
N
P
 
K
E
 
S
L
 
L
L
 
L
A
 
D
A
 
V
V
 
V
N
 
N
K
 
E
A
 
V
I
 
I
E
 
K
K
 
E
L
 
L
R
 
K
A
 
Q
D
 
S
G
 
G
T
 
E
L
 
Y
K
 
D
K
 
K
L
 
L
S
 
V
E
 
D
K
 
K
Y
 
W
F
 
F

2y7iA Structural basis for high arginine specificity in salmonella typhimurium periplasmic binding protein stm4351. (see paper)
29% identity, 84% coverage: 39:261/266 of query aligns to 5:228/228 of 2y7iA

query
sites
2y7iA
A
 
A
G
 
R
E
 
T
I
 
L
K
x
H
I
 
F
G
 
G
L
 
T
E
 
S
G
 
A
T
 
T
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
Y
S
x
E
F
 
F
V
 
V
D
|
D
D
 
A
S
x
D
G
 
N
K
 
K
L
 
I
T
 
V
G
 
G
F
 
F
E
 
D
V
 
I
E
 
D
F
 
V
S
 
A
E
 
N
A
 
A
L
 
V
A
 
C
K
 
K
E
 
E
L
 
M
G
 
Q
V
 
A
K
 
E
V
 
C
K
 
S
L
 
F
Q
 
T
T
 
N
T
 
Q
P
 
S
W
x
F
A
x
D
G
 
S
I
 
L
L
 
I
A
 
P
A
 
S
L
 
L
E
 
R
S
 
F
K
 
K
R
 
K
L
 
F
D
|
D
A
 
A
V
 
V
V
 
I
N
x
A
Q
x
G
V
 
M
T
x
D
I
 
M
S
 
T
E
 
P
E
 
K
R
|
R
K
 
E
K
 
Q
K
 
Q
Y
 
V
D
 
S
F
 
F
S
 
S
E
 
Q
P
 
P
Y
 
Y
T
 
-
V
 
Y
S
 
E
G
 
G
I
 
L
Q
 
S
A
 
A
L
 
V
V
 
V
L
 
V
T
 
T
K
 
R
K
 
K
A
 
G
D
 
-
E
 
-
L
 
-
N
 
A
I
 
Y
K
 
H
K
 
T
A
 
F
A
 
A
D
 
D
L
 
L
D
 
K
G
 
G
K
 
K
K
 
K
V
 
V
G
 
G
V
 
L
G
x
E
L
 
N
G
 
G
T
|
T
N
x
T
Y
 
H
E
 
Q
Q
 
R
W
 
Y
V
 
L
K
 
Q
A
 
D
E
 
K
V
 
Q
P
 
Q
G
 
A
A
 
I
Q
 
T
V
 
P
K
 
V
T
 
A
Y
 
Y
D
|
D
D
 
S
D
 
Y
P
 
L
T
 
N
K
 
A
F
 
F
Q
 
T
D
 
D
L
 
L
R
 
K
V
 
N
G
 
N
R
 
R
I
 
L
D
 
E
T
 
G
I
 
V
L
 
F
I
 
G
D
|
D
R
 
V
L
 
A
A
 
A
A
 
I
L
 
G
E
 
K
Y
 
W
A
 
L
K
 
K
K
 
N
A
 
N
K
 
P
D
 
D
T
 
Y
T
 
A
V
 
I
T
 
M
S
 
D
E
 
E
A
 
R
F
 
A
S
 
S
R
 
D
Q
 
P
E
 
D
A
 
Y
-
 
Y
-
 
G
-
 
K
-
 
G
-
 
L
G
 
G
I
 
I
A
 
A
L
 
V
R
 
R
K
 
K
G
 
D
E
 
N
P
 
D
E
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
Q
A
 
E
V
 
I
N
 
N
K
 
A
A
 
A
I
 
L
E
 
D
K
 
K
L
 
V
R
 
K
A
 
A
D
 
S
G
 
P
T
 
E
L
 
Y
K
 
A
K
 
Q
L
 
M
S
 
Q
E
 
E
K
 
K
Y
 
W
F
 
F
S
 
T

8eyzA Engineered glutamine binding protein bound to gln and a cobaloxime ligand (see paper)
32% identity, 82% coverage: 44:260/266 of query aligns to 7:221/226 of 8eyzA

query
sites
8eyzA
I
 
V
G
 
A
L
 
T
E
x
D
G
 
T
T
 
A
Y
x
F
P
 
V
P
 
P
F
 
F
S
 
E
F
 
F
V
 
-
D
 
-
D
 
K
S
 
Q
G
 
G
K
 
D
L
 
I
-
 
Y
T
 
V
G
 
G
F
 
F
E
 
D
V
 
V
E
 
D
F
 
L
S
 
W
E
 
A
A
 
A
L
 
I
A
 
A
K
 
K
E
 
E
L
 
L
G
 
K
V
 
L
K
 
D
V
 
Y
K
 
E
L
 
L
Q
 
K
T
 
P
T
 
M
P
 
D
W
x
F
A
 
S
G
 
G
I
 
I
L
 
I
A
 
P
A
 
A
L
 
L
E
 
Q
S
 
T
K
 
K
R
 
N
L