SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing AO356_15595 FitnessBrowser__pseudo5_N2C3_1:AO356_15595 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

P15474 3-dehydroquinate dehydratase; 3-dehydroquinase; Type II DHQase; EC 4.2.1.10 from Streptomyces coelicolor (strain ATCC BAA-471 / A3(2) / M145) (see 2 papers)
58% identity, 94% coverage: 5:141/146 of query aligns to 10:147/157 of P15474

query
sites
P15474
V
 
I
L
 
M
V
 
I
L
 
L
N
 
N
G
 
G
P
 
P
N
 
N
L
 
L
N
 
N
L
 
L
L
 
L
G
 
G
T
 
Q
R
|
R
E
 
Q
P
 
P
A
 
E
T
 
I
Y
 
Y
G
 
G
H
 
S
E
 
D
T
 
T
L
 
L
A
 
A
D
 
D
I
 
V
S
 
E
A
 
A
L
 
L
C
 
C
G
 
V
R
 
K
A
 
A
A
 
A
E
 
A
E
 
A
F
 
H
G
 
G
L
 
G
A
 
T
V
 
V
E
 
D
F
 
F
R
 
R
Q
 
Q
T
 
S
N
 
N
Q
 
H
E
 
E
S
 
G
E
 
E
L
 
L
L
 
V
D
 
D
W
 
W
I
 
I
H
 
H
A
 
E
A
 
A
R
 
R
G
 
L
R
 
N
C
 
H
A
 
C
G
 
G
I
 
I
V
 
V
I
 
I
N
 
N
P
 
P
A
 
A
A
 
A
W
 
Y
T
 
S
H
 
H
T
 
T
S
 
S
V
 
V
A
 
A
I
 
I
R
 
L
D
 
D
A
 
A
L
 
L
V
 
N
A
 
T
S
 
C
E
 
D
-
 
G
V
 
L
P
 
P
V
 
V
I
 
V
E
 
E
V
 
V
H
 
H
L
 
I
S
 
S
N
 
N
V
 
I
H
 
H
A
 
Q
R
 
R
E
 
E
T
 
P
F
 
F
R
 
R
H
 
H
H
 
H
S
 
S
F
 
Y
V
 
V
S
 
S
S
 
Q
V
 
R
A
 
A
I
 
D
G
 
G
V
 
V
M
 
V
C
 
A
G
 
G
F
 
C
G
 
G
S
 
V
H
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
R
 
V
L
 
F
A
 
G
L
 
V
E
 
E
H
 
R
F
 
I
S
 
A

Sites not aligning to the query:

1v1jA Crystal structure of type ii dehydroquintae dehydratase from streptomyces coelicolor in complex with 3-fluoro (see paper)
58% identity, 94% coverage: 5:141/146 of query aligns to 9:146/150 of 1v1jA

query
sites
1v1jA
V
 
I
L
 
M
V
 
I
L
 
L
N
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
N
L
 
L
L
 
L
G
 
G
T
 
Q
R
|
R
E
 
Q
P
 
P
A
 
E
T
 
I
Y
|
Y
G
 
G
H
 
S
E
 
D
T
 
T
L
 
L
A
 
A
D
 
D
I
 
V
S
 
E
A
 
A
L
 
L
C
 
C
G
 
V
R
 
K
A
 
A
A
 
A
E
 
A
E
 
A
F
 
H
G
 
G
L
 
G
A
 
T
V
 
V
E
 
D
F
 
F
R
 
R
Q
 
Q
T
 
S
N
 
N
Q
 
H
E
 
E
S
 
G
E
 
E
L
 
L
L
 
V
D
 
D
W
 
W
I
 
I
H
 
H
A
 
E
A
 
A
R
 
R
G
 
L
R
 
N
C
 
H
A
 
C
G
 
G
I
 
I
V
 
V
I
 
I
N
|
N
P
 
P
A
|
A
A
|
A
W
 
Y
T
 
S
H
|
H
T
 
T
S
 
S
V
 
V
A
 
A
I
 
I
R
 
L
D
 
D
A
 
A
L
 
L
V
 
N
A
 
T
S
 
C
E
 
D
-
 
G
V
 
L
P
 
P
V
 
V
I
 
V
E
|
E
V
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
V
 
I
H
 
H
A
 
Q
R
|
R
E
 
E
T
 
P
F
 
F
R
|
R
H
 
H
H
 
H
S
 
S
F
 
Y
V
 
V
S
 
S
S
 
Q
V
 
R
A
 
A
I
 
D
G
 
G
V
 
V
M
 
V
C
 
A
G
 
G
F
 
C
G
 
G
S
 
V
H
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
R
 
V
L
 
F
A
 
G
L
 
V
E
 
E
H
 
R
F
 
I
S
 
A

2cjfA Type ii dehydroquinase inhibitor complex (see paper)
58% identity, 94% coverage: 5:141/146 of query aligns to 8:145/149 of 2cjfA

query
sites
2cjfA
V
 
I
L
 
M
V
 
I
L
 
L
N
 
N
G
 
G
P
 
P
N
|
N
L
|
L
N
 
N
L
|
L
L
|
L
G
 
G
T
 
Q
R
|
R
E
 
Q
P
 
P
A
 
E
T
 
I
Y
|
Y
G
 
G
H
 
S
E
 
D
T
 
T
L
 
L
A
 
A
D
 
D
I
 
V
S
 
E
A
 
A
L
 
L
C
 
C
G
 
V
R
 
K
A
 
A
A
 
A
E
 
A
E
 
A
F
 
H
G
 
G
L
 
G
A
 
T
V
 
V
E
 
D
F
 
F
R
 
R
Q
 
Q
T
 
S
N
 
N
Q
 
H
E
 
E
S
 
G
E
 
E
L
 
L
L
 
V
D
 
D
W
 
W
I
 
I
H
 
H
A
 
E
A
 
A
R
 
R
G
 
L
R
 
N
C
 
H
A
 
C
G
 
G
I
 
I
V
 
V
I
 
I
N
|
N
P
 
P
A
|
A
A
|
A
W
 
Y
T
 
S
H
|
H
T
 
T
S
 
S
V
 
V
A
 
A
I
 
I
R
 
L
D
 
D
A
 
A
L
 
L
V
 
N
A
 
T
S
 
C
E
 
D
-
 
G
V
 
L
P
 
P
V
 
V
I
 
V
E
 
E
V
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
V
 
I
H
 
H
A
 
Q
R
 
R
E
 
E
T
 
P
F
 
F
R
|
R
H
 
H
H
 
H
S
 
S
F
 
Y
V
 
V
S
 
S
S
 
Q
V
 
R
A
 
A
I
 
D
G
 
G
V
 
V
M
 
V
C
 
A
G
 
G
F
 
C
G
 
G
S
 
V
H
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
R
 
V
L
 
F
A
 
G
L
 
V
E
 
E
H
 
R
F
 
I
S
 
A

2bt4A Type ii dehydroquinase inhibitor complex (see paper)
58% identity, 94% coverage: 5:141/146 of query aligns to 8:145/149 of 2bt4A

query
sites
2bt4A
V
 
I
L
 
M
V
 
I
L
 
L
N
 
N
G
 
G
P
 
P
N
|
N
L
 
L
N
 
N
L
|
L
L
 
L
G
 
G
T
 
Q
R
|
R
E
 
Q
P
 
P
A
 
E
T
 
I
Y
|
Y
G
 
G
H
 
S
E
 
D
T
 
T
L
 
L
A
 
A
D
 
D
I
 
V
S
 
E
A
 
A
L
 
L
C
 
C
G
 
V
R
 
K
A
 
A
A
 
A
E
 
A
E
 
A
F
 
H
G
 
G
L
 
G
A
 
T
V
 
V
E
 
D
F
 
F
R
 
R
Q
 
Q
T
 
S
N
 
N
Q
 
H
E
 
E
S
 
G
E
 
E
L
 
L
L
 
V
D
 
D
W
 
W
I
 
I
H
 
H
A
 
E
A
 
A
R
 
R
G
 
L
R
 
N
C
 
H
A
 
C
G
 
G
I
 
I
V
 
V
I
 
I
N
|
N
P
 
P
A
|
A
A
|
A
W
 
Y
T
 
S
H
|
H
T
 
T
S
 
S
V
 
V
A
 
A
I
 
I
R
 
L
D
 
D
A
 
A
L
 
L
V
 
N
A
 
T
S
 
C
E
 
D
-
 
G
V
 
L
P
 
P
V
 
V
I
 
V
E
 
E
V
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
V
 
I
H
 
H
A
 
Q
R
 
R
E
 
E
T
 
P
F
 
F
R
|
R
H
 
H
H
 
H
S
 
S
F
 
Y
V
 
V
S
 
S
S
 
Q
V
 
R
A
 
A
I
 
D
G
 
G
V
 
V
M
 
V
C
 
A
G
 
G
F
 
C
G
 
G
S
 
V
H
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
R
 
V
L
 
F
A
 
G
L
 
V
E
 
E
H
 
R
F
 
I
S
 
A

1gu1A Crystal structure of type ii dehydroquinase from streptomyces coelicolor complexed with 2,3-anhydro-quinic acid (see paper)
58% identity, 94% coverage: 5:141/146 of query aligns to 8:145/149 of 1gu1A

query
sites
1gu1A
V
 
I
L
 
M
V
 
I
L
 
L
N
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
|
L
N
 
N
L
 
L
L
|
L
G
 
G
T
 
Q
R
|
R
E
 
Q
P
 
P
A
 
E
T
 
I
Y
|
Y
G
 
G
H
 
S
E
 
D
T
 
T
L
 
L
A
 
A
D
 
D
I
 
V
S
 
E
A
 
A
L
 
L
C
 
C
G
 
V
R
 
K
A
 
A
A
 
A
E
 
A
E
 
A
F
 
H
G
 
G
L
 
G
A
 
T
V
 
V
E
 
D
F
 
F
R
 
R
Q
 
Q
T
 
S
N
 
N
Q
 
H
E
 
E
S
 
G
E
 
E
L
 
L
L
 
V
D
 
D
W
 
W
I
 
I
H
 
H
A
 
E
A
 
A
R
 
R
G
 
L
R
 
N
C
 
H
A
 
C
G
 
G
I
 
I
V
 
V
I
 
I
N
|
N
P
 
P
A
|
A
A
|
A
W
 
Y
T
 
S
H
|
H
T
 
T
S
 
S
V
 
V
A
 
A
I
 
I
R
 
L
D
 
D
A
 
A
L
 
L
V
 
N
A
 
T
S
 
C
E
 
D
-
 
G
V
 
L
P
 
P
V
 
V
I
 
V
E
|
E
V
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
V
 
I
H
 
H
A
 
Q
R
|
R
E
 
E
T
 
P
F
 
F
R
|
R
H
 
H
H
 
H
S
 
S
F
 
Y
V
 
V
S
 
S
S
 
Q
V
 
R
A
 
A
I
 
D
G
 
G
V
 
V
M
 
V
C
 
A
G
 
G
F
 
C
G
 
G
S
 
V
H
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
R
 
V
L
 
F
A
 
G
L
 
V
E
 
E
H
 
R
F
 
I
S
 
A

1gtzA Structure of streptomyces coelicolor type ii dehydroquinase r23a mutant in complex with dehydroshikimate (see paper)
57% identity, 94% coverage: 5:141/146 of query aligns to 8:145/149 of 1gtzA

query
sites
1gtzA
V
 
I
L
 
M
V
 
I
L
 
L
N
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
N
L
 
L
L
 
L
G
 
G
T
 
Q
R
x
A
E
 
Q
P
 
P
A
 
E
T
 
I
Y
|
Y
G
 
G
H
 
S
E
 
D
T
 
T
L
 
L
A
 
A
D
 
D
I
 
V
S
 
E
A
 
A
L
 
L
C
 
C
G
 
V
R
 
K
A
 
A
A
 
A
E
 
A
E
 
A
F
 
H
G
 
G
L
 
G
A
 
T
V
 
V
E
 
D
F
 
F
R
 
R
Q
 
Q
T
 
S
N
 
N
Q
 
H
E
 
E
S
 
G
E
 
E
L
 
L
L
 
V
D
 
D
W
 
W
I
 
I
H
 
H
A
 
E
A
 
A
R
 
R
G
 
L
R
 
N
C
 
H
A
 
C
G
 
G
I
 
I
V
 
V
I
 
I
N
|
N
P
 
P
A
|
A
A
|
A
W
 
Y
T
 
S
H
|
H
T
 
T
S
 
S
V
 
V
A
 
A
I
 
I
R
 
L
D
 
D
A
 
A
L
 
L
V
 
N
A
 
T
S
 
C
E
 
D
-
 
G
V
 
L
P
 
P
V
 
V
I
 
V
E
|
E
V
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
V
 
I
H
 
H
A
 
Q
R
|
R
E
 
E
T
 
P
F
 
F
R
|
R
H
 
H
H
 
H
S
 
S
F
 
Y
V
 
V
S
 
S
S
 
Q
V
 
R
A
 
A
I
 
D
G
 
G
V
 
V
M
 
V
C
 
A
G
 
G
F
 
C
G
 
G
S
 
V
H
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
R
 
V
L
 
F
A
 
G
L
 
V
E
 
E
H
 
R
F
 
I
S
 
A

8idrC Crystal structure of apo-form of dehydroquinate dehydratase from corynebacterium glutamicum (see paper)
56% identity, 94% coverage: 2:138/146 of query aligns to 1:137/147 of 8idrC

query
sites
8idrC
P
 
P
P
 
G
I
 
K
V
 
I
L
 
L
V
 
L
L
 
L
N
 
N
G
 
G
P
 
P
N
 
N
L
 
L
N
 
N
L
 
M
L
 
L
G
 
G
T
 
K
R
 
R
E
 
E
P
 
P
A
 
D
T
 
I
Y
 
Y
G
 
G
H
 
H
E
 
D
T
 
T
L
 
L
A
 
E
D
 
D
I
 
V
S
 
V
A
 
A
L
 
L
C
 
A
G
 
T
R
 
A
A
 
E
A
 
A
E
 
A
E
 
K
F
 
H
G
 
G
L
 
L
A
 
E
V
 
V
E
 
E
F
 
A
R
 
L
Q
 
Q
T
 
S
N
 
N
Q
 
H
E
 
E
S
 
G
E
 
E
L
 
L
L
 
I
D
 
D
W
 
A
I
 
L
H
 
H
A
 
N
A
 
A
R
 
R
G
 
G
R
 
T
C
 
H
A
 
I
G
 
G
I
 
C
V
 
V
I
 
I
N
|
N
P
 
P
A
x
G
A
 
G
W
 
L
T
 
T
H
 
H
T
 
T
S
 
S
V
 
V
A
 
A
I
 
L
R
 
L
D
 
D
A
 
A
L
 
V
V
 
K
A
 
A
S
 
S
E
 
E
V
 
L
P
 
P
V
 
T
I
 
V
E
 
E
V
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
V
 
P
H
 
H
A
 
A
R
 
R
E
 
E
T
 
E
F
 
F
R
 
R
H
 
H
H
 
H
S
 
S
F
 
Y
V
 
I
S
 
S
S
 
L
V
 
A
A
 
A
I
 
V
G
 
S
V
 
V
M
 
I
C
 
A
G
 
G
F
 
A
G
 
G
S
 
I
H
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
R
 
R
L
 
F
A
 
A
L
 
V
E
 
D

8iduA Crystal structure of substrate bound-form dehydroquinate dehydratase from corynebacterium glutamicum (see paper)
55% identity, 94% coverage: 2:138/146 of query aligns to 1:137/145 of 8iduA

query
sites
8iduA
P
 
P
P
 
G
I
 
K
V
 
I
L
 
L
V
 
L
L
 
L
N
 
N
G
 
G
P
 
P
N
 
N
L
 
L
N
 
N
L
 
M
L
 
L
G
 
G
T
 
K
R
 
A
E
 
E
P
 
P
A
 
D
T
 
I
Y
|
Y
G
 
G
H
 
H
E
 
D
T
 
T
L
 
L
A
 
E
D
 
D
I
 
V
S
 
V
A
 
A
L
 
L
C
 
A
G
 
T
R
 
A
A
 
E
A
 
A
E
 
A
E
 
K
F
 
H
G
 
G
L
 
L
A
 
E
V
 
V
E
 
E
F
 
A
R
 
L
Q
 
Q
T
 
S
N
 
N
Q
 
H
E
 
E
S
 
G
E
 
E
L
 
L
L
 
I
D
 
D
W
 
A
I
 
L
H
 
H
A
 
N
A
 
A
R
 
R
G
 
G
R
 
T
C
 
H
A
 
I
G
 
G
I
 
C
V
 
V
I
 
I
N
|
N
P
 
P
A
x
G
A
x
G
W
 
L
T
 
T
H
|
H
T
 
T
S
 
S
V
 
V
A
 
A
I
 
L
R
 
L
D
 
D
A
 
A
L
 
V
V
 
K
A
 
A
S
 
S
E
 
E
V
 
L
P
 
P
V
 
T
I
 
V
E
 
E
V
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
V
 
P
H
 
H
A
 
A
R
 
R
E
 
E
T
 
E
F
 
F
R
|
R
H
 
H
H
 
H
S
 
S
F
 
Y
V
 
I
S
 
S
S
 
L
V
 
A
A
 
A
I
 
V
G
 
S
V
 
V
M
 
I
C
 
A
G
 
G
F
 
A
G
 
G
S
 
I
H
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
R
 
R
L
 
F
A
 
A
L
 
V
E
 
D

5ydbA Crystal structure of the complex of type ii dehydroquinate dehydratase from acinetobacter baumannii with dehydroquinic acid at 1.76 angstrom resolution
52% identity, 97% coverage: 5:145/146 of query aligns to 3:144/145 of 5ydbA

query
sites
5ydbA
V
 
I
L
 
L
V
 
V
L
 
I
N
 
H
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
N
L
 
L
L
 
L
G
 
G
T
 
K
R
|
R
E
 
E
P
 
P
A
 
E
T
 
V
Y
|
Y
G
 
G
H
 
H
E
 
L
T
 
T
L
 
L
A
 
D
D
 
N
I
 
I
S
 
N
A
 
R
L
 
Q
C
 
L
G
 
I
R
 
A
A
 
Q
A
 
A
E
 
E
E
 
Q
F
 
A
G
 
S
L
 
I
A
 
T
V
 
L
E
 
D
F
 
T
R
 
F
Q
 
Q
T
 
S
N
 
N
Q
 
W
E
 
E
S
 
G
E
 
A
L
 
I
L
 
V
D
 
D
W
 
R
I
 
I
H
 
H
A
 
Q
A
 
A
R
 
Q
G
 
T
R
 
E
C
 
G
A
 
V
G
 
K
-
 
L
I
 
I
V
 
I
I
 
I
N
|
N
P
 
P
A
|
A
A
|
A
W
 
L
T
 
T
H
|
H
T
 
T
S
 
S
V
 
V
A
 
A
I
 
L
R
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
L
V
 
L
A
 
G
S
 
V
E
 
A
V
 
I
P
 
P
V
 
F
I
 
I
E
|
E
V
 
V
H
|
H
L
|
L
S
|
S
N
 
N
V
 
V
H
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
T
 
A
F
 
F
R
|
R
H
 
H
H
 
H
S
 
S
F
 
Y
V
 
L
S
 
S
S
 
D
V
 
K
A
 
A
I
 
I
G
 
G
V
 
V
M
 
I
C
 
C
G
 
G
F
 
L
G
 
G
S
 
A
H
 
K
G
 
G
Y
 
Y
R
 
S
L
 
F
A
 
A
L
 
L
E
 
D
H
 
Y
F
 
A
S
 
I
Q
 
E
R
 
K
L
 
I
K
 
Q

5b6pB Structure of the dodecameric type-ii dehydrogenate dehydratase from acinetobacter baumannii at 2.00 a resolution (see paper)
52% identity, 97% coverage: 5:145/146 of query aligns to 3:144/145 of 5b6pB

query
sites
5b6pB
V
 
I
L
 
L
V
 
V
L
 
I
N
 
H
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
N
L
 
L
L
 
L
G
 
G
T
 
K
R
|
R
E
 
E
P
 
P
A
 
E
T
 
V
Y
|
Y
G
 
G
H
 
H
E
 
L
T
 
T
L
 
L
A
 
D
D
 
N
I
 
I
S
 
N
A
 
R
L
 
Q
C
 
L
G
 
I
R
 
A
A
 
Q
A
 
A
E
 
E
E
 
Q
F
 
A
G
 
S
L
 
I
A
 
T
V
 
L
E
 
D
F
 
T
R
 
F
Q
 
Q
T
 
S
N
 
N
Q
 
W
E
 
E
S
 
G
E
 
A
L
 
I
L
 
V
D
 
D
W
 
R
I
 
I
H
 
H
A
 
Q
A
 
A
R
 
Q
G
 
T
R
 
E
C
 
G
A
 
V
G
 
K
-
 
L
I
 
I
V
 
I
I
 
I
N
|
N
P
 
P
A
 
A
A
|
A
W
 
L
T
 
T
H
 
H
T
 
T
S
 
S
V
 
V
A
 
A
I
 
L
R
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
L
V
 
L
A
 
G
S
 
V
E
 
A
V
 
I
P
 
P
V
 
F
I
 
I
E
|
E
V
 
V
H
|
H
L
|
L
S
|
S
N
 
N
V
 
V
H
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
T
 
A
F
 
F
R
 
R
H
 
H
H
 
H
S
 
S
F
 
Y
V
 
L
S
 
S
S
 
D
V
 
K
A
 
A
I
 
I
G
 
G
V
 
V
M
 
I
C
 
C
G
 
G
F
 
L
G
 
G
S
 
A
H
 
K
G
 
G
Y
 
Y
R
 
S
L
 
F
A
 
A
L
 
L
E
 
D
H
 
Y
F
 
A
S
 
I
Q
 
E
R
 
K
L
 
I
K
 
Q

4cl0A Structure of the mycobacterium tuberculosis type ii dehydroquinase inhibited by a 3-dehydroquinic acid derivative
51% identity, 95% coverage: 4:142/146 of query aligns to 2:140/140 of 4cl0A

query
sites
4cl0A
I
 
I
V
 
V
L
 
N
V
 
V
L
 
I
N
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
G
L
 
R
L
 
L
G
 
G
T
 
R
R
|
R
E
 
E
P
 
P
A
 
A
T
 
V
Y
|
Y
G
 
G
H
 
G
E
 
T
T
 
T
L
 
H
A
 
D
D
 
E
I
 
L
S
 
V
A
 
A
L
 
L
C
 
I
G
 
E
R
 
R
A
 
E
A
 
A
E
 
A
E
 
E
F
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
K
V
 
A
E
 
V
F
 
V
R
 
R
Q
 
Q
T
 
S
N
 
D
Q
 
S
E
 
E
S
 
A
E
 
Q
L
 
L
L
 
L
D
 
D
W
 
W
I
 
I
H
 
H
A
 
Q
A
 
A
R
 
A
G
 
D
R
 
A
C
 
A
A
 
E
G
 
P
I
 
V
V
 
I
I
 
L
N
|
N
P
 
A
A
x
G
A
x
G
W
 
L
T
 
T
H
|
H
T
 
T
S
 
S
V
 
V
A
 
A
I
 
L
R
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
C
V
 
A
A
 
E
S
 
L
E
 
S
V
 
A
P
 
P
V
 
L
I
 
I
E
|
E
V
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
V
 
V
H
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
T
 
E
F
 
F
R
|
R
H
 
R
H
 
H
S
 
S
F
 
Y
V
 
L
S
 
S
S
 
P
V
 
I
A
 
A
I
 
T
G
 
G
V
 
V
M
 
I
C
 
V
G
 
G
F
 
L
G
 
G
S
 
I
H
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
R
 
L
L
 
L
A
 
A
L
 
L
E
 
R
H
 
Y
F
 
L
S
 
A
Q
 
E

4b6oA Structure of mycobacterium tuberculosis type ii dehydroquinase inhibited by (2s)-2-(4-methoxy)benzyl-3-dehydroquinic acid (see paper)
51% identity, 95% coverage: 4:142/146 of query aligns to 3:141/142 of 4b6oA

query
sites
4b6oA
I
 
I
V
 
V
L
 
N
V
 
V
L
 
I
N
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
G
L
 
R
L
 
L
G
 
G
T
 
R
R
|
R
E
 
E
P
 
P
A
 
A
T
 
V
Y
|
Y
G
 
G
H
 
G
E
 
T
T
 
T
L
 
H
A
 
D
D
 
E
I
 
L
S
 
V
A
 
A
L
 
L
C
 
I
G
 
E
R
 
R
A
 
E
A
 
A
E
 
A
E
 
E
F
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
K
V
 
A
E
 
V
F
 
V
R
 
R
Q
 
Q
T
 
S
N
 
D
Q
 
S
E
 
E
S
 
A
E
 
Q
L
 
L
L
 
L
D
 
D
W
 
W
I
 
I
H
 
H
A
 
Q
A
 
A
R
 
A
G
 
D
R
 
A
C
 
A
A
 
E
G
 
P
I
 
V
V
 
I
I
 
L
N
|
N
P
 
A
A
x
G
A
x
G
W
 
L
T
 
T
H
|
H
T
 
T
S
 
S
V
 
V
A
 
A
I
 
L
R
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
C
V
 
A
A
 
E
S
 
L
E
 
S
V
 
A
P
 
P
V
 
L
I
 
I
E
|
E
V
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
V
 
V
H
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
T
 
E
F
 
F
R
|
R
H
 
R
H
 
H
S
 
S
F
 
Y
V
 
L
S
 
S
S
 
P
V
 
I
A
 
A
I
 
T
G
 
G
V
 
V
M
 
I
C
 
V
G
 
G
F
 
L
G
 
G
S
 
I
H
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
R
 
L
L
 
L
A
 
A
L
 
L
E
 
R
H
 
Y
F
 
L
S
 
A
Q
 
E

3n59C Type ii dehydroquinase from mycobacterium tuberculosis complexed with 3-dehydroshikimate (see paper)
51% identity, 95% coverage: 4:142/146 of query aligns to 3:141/142 of 3n59C

query
sites
3n59C
I
 
I
V
 
V
L
 
N
V
 
V
L
 
I
N
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
G
L
 
R
L
 
L
G
 
G
T
 
R
R
|
R
E
 
E
P
 
P
A
 
A
T
 
V
Y
|
Y
G
 
G
H
 
G
E
 
T
T
 
T
L
 
H
A
 
D
D
 
E
I
 
L
S
 
V
A
 
A
L
 
L
C
 
I
G
 
E
R
 
R
A
 
E
A
 
A
E
 
A
E
 
E
F
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
K
V
 
A
E
 
V
F
 
V
R
 
R
Q
 
Q
T
 
S
N
 
D
Q
 
S
E
 
E
S
 
A
E
 
Q
L
 
L
L
 
L
D
 
D
W
 
W
I
 
I
H
 
H
A
 
Q
A
 
A
R
 
A
G
 
D
R
 
A
C
 
A
A
 
E
G
 
P
I
 
V
V
 
I
I
 
L
N
|
N
P
 
A
A
x
G
A
x
G
W
 
L
T
 
T
H
|
H
T
 
T
S
 
S
V
 
V
A
 
A
I
 
L
R
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
C
V
 
A
A
 
E
S
 
L
E
 
S
V
 
A
P
 
P
V
 
L
I
 
I
E
|
E
V
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
V
 
V
H
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
T
 
E
F
 
F
R
|
R
H
 
R
H
 
H
S
 
S
F
 
Y
V
 
L
S
 
S
S
 
P
V
 
I
A
 
A
I
 
T
G
 
G
V
 
V
M
 
I
C
 
V
G
 
G
F
 
L
G
 
G
S
 
I
H
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
R
 
L
L
 
L
A
 
A
L
 
L
E
 
R
H
 
Y
F
 
L
S
 
A
Q
 
E

3n8kM Type ii dehydroquinase from mycobacterium tuberculosis complexed with citrazinic acid (see paper)
51% identity, 95% coverage: 4:142/146 of query aligns to 11:149/151 of 3n8kM

query
sites
3n8kM
I
 
I
V
 
V
L
 
N
V
 
V
L
 
I
N
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
G
L
 
R
L
 
L
G
 
G
T
 
R
R
|
R
E
 
E
P
 
P
A
 
A
T
 
V
Y
|
Y
G
 
G
H
 
G
E
 
T
T
 
T
L
 
H
A
 
D
D
 
E
I
 
L
S
 
V
A
 
A
L
 
L
C
 
I
G
 
E
R
 
R
A
 
E
A
 
A
E
 
A
E
 
E
F
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
K
V
 
A
E
 
V
F
 
V
R
 
R
Q
 
Q
T
 
S
N
 
D
Q
 
S
E
 
E
S
 
A
E
 
Q
L
 
L
L
 
L
D
 
D
W
 
W
I
 
I
H
 
H
A
 
Q
A
 
A
R
 
A
G
 
D
R
 
A
C
 
A
A
 
E
G
 
P
I
 
V
V
 
I
I
 
L
N
|
N
P
 
A
A
x
G
A
x
G
W
 
L
T
 
T
H
|
H
T
 
T
S
 
S
V
 
V
A
 
A
I
 
L
R
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
C
V
 
A
A
 
E
S
 
L
E
 
S
V
 
A
P
 
P
V
 
L
I
 
I
E
|
E
V
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
V
 
V
H
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
T
 
E
F
 
F
R
|
R
H
 
R
H
 
H
S
 
S
F
 
Y
V
 
L
S
 
S
S
 
P
V
 
I
A
 
A
I
 
T
G
 
G
V
 
V
M
 
I
C
 
V
G
 
G
F
 
L
G
 
G
S
 
I
H
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
R
 
L
L
 
L
A
 
A
L
 
L
E
 
R
H
 
Y
F
 
L
S
 
A
Q
 
E

3n76A Crystal structure of 3-dehydroquinate dehydratase from mycobacterium tuberculosis in complex with compound 5 (see paper)
51% identity, 95% coverage: 4:142/146 of query aligns to 3:141/143 of 3n76A

query
sites
3n76A
I
 
I
V
 
V
L
 
N
V
 
V
L
 
I
N
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
G
L
x
R
L
 
L
G
 
G
T
 
R
R
|
R
E
 
E
P
 
P
A
 
A
T
 
V
Y
|
Y
G
 
G
H
 
G
E
 
T
T
 
T
L
 
H
A
 
D
D
 
E
I
 
L
S
 
V
A
 
A
L
 
L
C
 
I
G
 
E
R
 
R
A
 
E
A
 
A
E
 
A
E
 
E
F
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
K
V
 
A
E
 
V
F
 
V
R
 
R
Q
 
Q
T
 
S
N
 
D
Q
 
S
E
 
E
S
 
A
E
 
Q
L
 
L
L
 
L
D
 
D
W
 
W
I
 
I
H
 
H
A
 
Q
A
 
A
R
 
A
G
 
D
R
 
A
C
 
A
A
 
E
G
 
P
I
 
V
V
 
I
I
 
L
N
|
N
P
 
A
A
x
G
A
x
G
W
 
L
T
 
T
H
|
H
T
 
T
S
 
S
V
 
V
A
 
A
I
 
L
R
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
C
V
 
A
A
 
E
S
 
L
E
 
S
V
 
A
P
 
P
V
 
L
I
 
I
E
|
E
V
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
V
 
V
H
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
T
 
E
F
 
F
R
|
R
H
 
R
H
 
H
S
 
S
F
 
Y
V
 
L
S
 
S
S
 
P
V
 
I
A
 
A
I
 
T
G
 
G
V
 
V
M
 
I
C
 
V
G
 
G
F
 
L
G
 
G
S
 
I
H
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
R
 
L
L
 
L
A
 
A
L
 
L
E
 
R
H
 
Y
F
 
L
S
 
A
Q
 
E

4kiwA Design and structural analysis of aromatic inhibitors of type ii dehydroquinate dehydratase from mycobacterium tuberculosis - compound 49e [5-[(3-nitrobenzyl)amino]benzene-1,3-dicarboxylic acid] (see paper)
51% identity, 95% coverage: 4:142/146 of query aligns to 2:140/141 of 4kiwA

query
sites
4kiwA
I
 
I
V
 
V
L
 
N
V
 
V
L
 
I
N
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
|
L
N
 
G
L
x
R
L
|
L
G
 
G
T
 
R
R
|
R
E
 
E
P
 
P
A
 
A
T
 
V
Y
|
Y
G
 
G
H
 
G
E
 
T
T
 
T
L
 
H
A
 
D
D
 
E
I
 
L
S
 
V
A
 
A
L
 
L
C
 
I
G
 
E
R
 
R
A
 
E
A
 
A
E
 
A
E
 
E
F
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
K
V
 
A
E
 
V
F
 
V
R
 
R
Q
 
Q
T
 
S
N
 
D
Q
 
S
E
 
E
S
 
A
E
 
Q
L
 
L
L
 
L
D
 
D
W
 
W
I
 
I
H
 
H
A
 
Q
A
 
A
R
 
A
G
 
D
R
 
A
C
 
A
A
 
E
G
 
P
I
 
V
V
 
I
I
 
L
N
|
N
P
 
A
A
x
G
A
x
G
W
 
L
T
 
T
H
|
H
T
 
T
S
 
S
V
 
V
A
 
A
I
 
L
R
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
C
V
 
A
A
 
E
S
 
L
E
 
S
V
 
A
P
 
P
V
 
L
I
 
I
E
|
E
V
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
V
|
V
H
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
T
 
E
F
 
F
R
|
R
H
 
R
H
 
H
S
 
S
F
 
Y
V
 
L
S
 
S
S
 
P
V
 
I
A
 
A
I
 
T
G
 
G
V
 
V
M
 
I
C
 
V
G
 
G
F
 
L
G
 
G
S
 
I
H
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
R
 
L
L
 
L
A
 
A
L
 
L
E
 
R
H
 
Y
F
 
L
S
 
A
Q
 
E

4kiuA Design and structural analysis of aromatic inhibitors of type ii dehydroquinate dehydratase from mycobacterium tuberculosis - compound 49d [5-[(3-nitrobenzyl)oxy]benzene-1,3-dicarboxylic acid] (see paper)
51% identity, 95% coverage: 4:142/146 of query aligns to 2:140/141 of 4kiuA

query
sites
4kiuA
I
 
I
V
 
V
L
 
N
V
 
V
L
 
I
N
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
G
L
x
R
L
|
L
G
 
G
T
 
R
R
|
R
E
|
E
P
 
P
A
 
A
T
 
V
Y
|
Y
G
 
G
H
 
G
E
 
T
T
 
T
L
 
H
A
 
D
D
 
E
I
 
L
S
 
V
A
 
A
L
 
L
C
 
I
G
 
E
R
 
R
A
 
E
A
 
A
E
 
A
E
 
E
F
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
K
V
 
A
E
 
V
F
 
V
R
 
R
Q
 
Q
T
 
S
N
 
D
Q
 
S
E
 
E
S
 
A
E
 
Q
L
 
L
L
 
L
D
 
D
W
 
W
I
 
I
H
 
H
A
 
Q
A
 
A
R
 
A
G
 
D
R
 
A
C
 
A
A
 
E
G
 
P
I
 
V
V
 
I
I
 
L
N
|
N
P
 
A
A
x
G
A
x
G
W
 
L
T
 
T
H
|
H
T
 
T
S
 
S
V
 
V
A
 
A
I
 
L
R
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
C
V
 
A
A
 
E
S
 
L
E
 
S
V
 
A
P
 
P
V
 
L
I
 
I
E
|
E
V
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
V
 
V
H
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
T
 
E
F
 
F
R
|
R
H
 
R
H
 
H
S
 
S
F
 
Y
V
 
L
S
 
S
S
 
P
V
 
I
A
 
A
I
 
T
G
 
G
V
 
V
M
 
I
C
 
V
G
 
G
F
 
L
G
 
G
S
 
I
H
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
R
 
L
L
 
L
A
 
A
L
 
L
E
 
R
H
 
Y
F
 
L
S
 
A
Q
 
E

4ciwA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis type 2 dehydroquinase in complex with (1r,4r,5r)-1,4,5-trihydroxy-3-(2-hydroxy) ethylcyclohex-2-ene-1-carboxylic acid (see paper)
51% identity, 95% coverage: 4:142/146 of query aligns to 2:140/141 of 4ciwA

query
sites
4ciwA
I
 
I
V
 
V
L
 
N
V
 
V
L
 
I
N
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
G
L
 
R
L
 
L
G
 
G
T
 
R
R
|
R
E
 
E
P
 
P
A
 
A
T
 
V
Y
|
Y
G
 
G
H
 
G
E
 
T
T
 
T
L
 
H
A
 
D
D
 
E
I
 
L
S
 
V
A
 
A
L
 
L
C
 
I
G
 
E
R
 
R
A
 
E
A
 
A
E
 
A
E
 
E
F
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
K
V
 
A
E
 
V
F
 
V
R
 
R
Q
 
Q
T
 
S
N
 
D
Q
 
S
E
 
E
S
 
A
E
 
Q
L
 
L
L
 
L
D
 
D
W
 
W
I
 
I
H
 
H
A
 
Q
A
 
A
R
 
A
G
 
D
R
 
A
C
 
A
A
 
E
G
 
P
I
 
V
V
 
I
I
 
L
N
|
N
P
 
A
A
x
G
A
x
G
W
 
L
T
 
T
H
|
H
T
 
T
S
 
S
V
 
V
A
 
A
I
 
L
R
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
C
V
 
A
A
 
E
S
 
L
E
 
S
V
 
A
P
 
P
V
 
L
I
 
I
E
|
E
V
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
V
 
V
H
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
T
 
E
F
 
F
R
|
R
H
 
R
H
 
H
S
 
S
F
 
Y
V
 
L
S
 
S
S
 
P
V
 
I
A
 
A
I
 
T
G
 
G
V
 
V
M
 
I
C
 
V
G
 
G
F
 
L
G
 
G
S
 
I
H
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
R
 
L
L
 
L
A
 
A
L
 
L
E
 
R
H
 
Y
F
 
L
S
 
A
Q
 
E

3n87A Crystal structure of 3-dehydroquinate dehydratase from mycobacterium tuberculosis in complex with inhibitor 3 (see paper)
51% identity, 95% coverage: 4:142/146 of query aligns to 2:140/141 of 3n87A

query
sites
3n87A
I
 
I
V
 
V
L
 
N
V
 
V
L
 
I
N
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
G
L
 
R
L
 
L
G
 
G
T
 
R
R
|
R
E
 
E
P
 
P
A
 
A
T
 
V
Y
|
Y
G
 
G
H
 
G
E
 
T
T
 
T
L
 
H
A
 
D
D
 
E
I
 
L
S
 
V
A
 
A
L
 
L
C
 
I
G
 
E
R
 
R
A
 
E
A
 
A
E
 
A
E
 
E
F
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
K
V
 
A
E
 
V
F
 
V
R
 
R
Q
 
Q
T
 
S
N
 
D
Q
 
S
E
 
E
S
 
A
E
 
Q
L
 
L
L
 
L
D
 
D
W
 
W
I
 
I
H
 
H
A
 
Q
A
 
A
R
 
A
G
 
D
R
 
A
C
 
A
A
 
E
G
 
P
I
 
V
V
 
I
I
 
L
N
|
N
P
 
A
A
x
G
A
x
G
W
 
L
T
 
T
H
|
H
T
 
T
S
 
S
V
 
V
A
 
A
I
 
L
R
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
C
V
 
A
A
 
E
S
 
L
E
 
S
V
 
A
P
 
P
V
 
L
I
 
I
E
|
E
V
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
V
 
V
H
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
T
 
E
F
 
F
R
|
R
H
 
R
H
 
H
S
 
S
F
 
Y
V
 
L
S
 
S
S
 
P
V
 
I
A
 
A
I
 
T
G
 
G
V
 
V
M
 
I
C
 
V
G
 
G
F
 
L
G
 
G
S
 
I
H
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
R
 
L
L
 
L
A
 
A
L
 
L
E
 
R
H
 
Y
F
 
L
S
 
A
Q
 
E

3n86A Crystal structure of 3-dehydroquinate dehydratase from mycobacterium tuberculosis in complex with inhibitor 4 (see paper)
51% identity, 95% coverage: 4:142/146 of query aligns to 2:140/141 of 3n86A

query
sites
3n86A
I
 
I
V
 
V
L
 
N
V
 
V
L
 
I
N
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
G
L
x
R
L
 
L
G
 
G
T
 
R
R
|
R
E
|
E
P
 
P
A
 
A
T
 
V
Y
|
Y
G
 
G
H
 
G
E
 
T
T
 
T
L
 
H
A
 
D
D
 
E
I
 
L
S
 
V
A
 
A
L
 
L
C
 
I
G
 
E
R
 
R
A
 
E
A
 
A
E
 
A
E
 
E
F
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
K
V
 
A
E
 
V
F
 
V
R
 
R
Q
 
Q
T
 
S
N
 
D
Q
 
S
E
 
E
S
 
A
E
 
Q
L
 
L
L
 
L
D
 
D
W
 
W
I
 
I
H
 
H
A
 
Q
A
 
A
R
 
A
G
 
D
R
 
A
C
 
A
A
 
E
G
 
P
I
 
V
V
 
I
I
 
L
N
|
N
P
 
A
A
x
G
A
x
G
W
 
L
T
 
T
H
|
H
T
 
T
S
 
S
V
 
V
A
 
A
I
 
L
R
 
R
D
|
D
A
 
A
L
 
C
V
 
A
A
x
E
S
 
L
E
 
S
V
 
A
P
 
P
V
 
L
I
 
I
E
|
E
V
 
V
H
|
H
L
x
I
S
|
S
N
 
N
V
 
V
H
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
T
 
E
F
 
F
R
|
R
H
 
R
H
 
H
S
 
S
F
 
Y
V
 
L
S
 
S
S
 
P
V
 
I
A
 
A
I
 
T
G
 
G
V
 
V
M
 
I
C
 
V
G
 
G
F
 
L
G
 
G
S
 
I
H
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
R
 
L
L
 
L
A
 
A
L
 
L
E
 
R
H
 
Y
F
 
L
S
 
A
Q
 
E

Query Sequence

>AO356_15595 FitnessBrowser__pseudo5_N2C3_1:AO356_15595
MPPIVLVLNGPNLNLLGTREPATYGHETLADISALCGRAAEEFGLAVEFRQTNQESELLD
WIHAARGRCAGIVINPAAWTHTSVAIRDALVASEVPVIEVHLSNVHARETFRHHSFVSSV
AIGVMCGFGSHGYRLALEHFSQRLKG

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory