SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing AO356_28390 FitnessBrowser__pseudo5_N2C3_1:AO356_28390 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1g9xB Characterization of the twinning structure of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
32% identity, 96% coverage: 9:257/260 of query aligns to 4:253/253 of 1g9xB

query
sites
1g9xB
L
 
I
L
 
L
E
 
R
L
 
T
E
 
E
H
 
N
I
 
I
S
 
V
L
 
K
S
 
Y
F
|
F
K
 
G
G
 
E
V
x
F
K
 
K
A
 
A
V
 
L
T
 
D
D
 
G
I
 
V
S
 
S
F
 
I
R
 
S
V
 
V
V
 
C
A
 
K
G
 
G
E
 
D
I
 
V
C
 
T
A
 
L
L
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
S
x
T
L
 
L
L
 
I
N
 
N
V
 
V
I
 
I
S
 
T
G
 
G
V
 
F
Y
 
L
Q
 
K
A
 
A
Q
 
D
D
 
E
G
 
G
H
 
R
I
 
V
R
 
Y
F
 
F
D
 
E
R
 
N
Q
 
K
E
 
D
R
 
I
R
 
T
R
 
N
M
 
K
R
 
E
P
 
P
H
 
A
D
 
E
V
 
L
A
 
Y
V
 
H
R
 
Y
G
 
G
I
 
I
A
 
V
R
 
R
T
 
T
F
 
F
Q
 
Q
N
 
T
I
 
P
A
 
Q
L
 
P
F
 
L
K
 
K
G
 
E
M
 
M
S
 
T
V
 
V
L
 
L
D
 
E
N
 
N
V
 
L
L
 
L
T
 
I
G
 
G
R
 
E
N
 
I
L
 
N
K
 
P
R
 
G
R
 
E
S
 
S
T
 
P
W
 
L
I
 
-
E
 
-
Q
 
N
A
 
S
L
 
L
R
 
F
I
 
Y
G
 
K
R
 
K
A
 
W
R
 
I
A
 
P
E
 
K
D
 
E
D
 
E
R
 
E
Q
 
M
R
 
V
E
 
E
A
 
K
A
 
A
E
 
F
R
 
K
V
 
I
I
 
L
A
 
E
F
 
F
L
 
L
H
 
K
L
 
L
Q
 
S
P
 
H
W
 
L
R
 
Y
D
 
D
V
 
R
L
 
K
V
 
A
G
 
G
T
 
E
L
 
L
P
 
S
Y
 
G
G
 
G
L
 
Q
Q
 
M
K
 
K
R
 
L
V
 
V
E
 
E
L
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
M
A
 
T
E
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
M
L
 
I
L
 
V
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
M
 
I
A
 
A
G
 
G
M
 
V
N
 
A
A
 
P
D
 
G
E
 
L
K
 
A
Q
 
H
Q
 
D
M
 
I
S
 
F
R
 
N
F
 
H
I
 
V
V
 
L
D
 
E
I
 
L
N
 
K
R
 
A
E
 
K
L
 
-
G
 
G
T
 
I
T
 
T
V
 
F
V
 
L
L
 
I
I
 
I
E
 
E
H
 
H
D
 
R
I
 
L
G
 
D
V
 
I
V
 
V
M
 
L
D
 
N
I
 
Y
S
 
I
D
 
D
H
 
H
V
 
L
V
 
Y
V
 
V
L
 
M
D
 
F
Y
 
N
G
 
G
R
 
Q
K
 
I
I
 
I
G
 
A
D
 
E
G
 
G
S
 
R
P
 
G
E
 
E
-
 
E
-
 
E
-
 
I
-
 
K
D
 
N
V
 
V
R
 
L
Q
 
S
N
 
D
P
 
P
E
 
K
V
 
V
I
 
V
S
 
E
A
 
I
Y
 
Y
L
 
I
G
 
G

1g6hA Crystal structure of the adp conformation of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
32% identity, 96% coverage: 9:257/260 of query aligns to 4:253/254 of 1g6hA

query
sites
1g6hA
L
 
I
L
 
L
E
 
R
L
 
T
E
 
E
H
 
N
I
 
I
S
 
V
L
 
K
S
 
Y
F
|
F
K
 
G
G
 
E
V
x
F
K
 
K
A
 
A
V
 
L
T
 
D
D
 
G
I
 
V
S
 
S
F
 
I
R
 
S
V
 
V
V
 
N
A
 
K
G
 
G
E
 
D
I
 
V
C
 
T
A
 
L
L
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
S
x
T
L
 
L
L
 
I
N
 
N
V
 
V
I
 
I
S
 
T
G
 
G
V
 
F
Y
 
L
Q
 
K
A
 
A
Q
 
D
D
 
E
G
 
G
H
 
R
I
 
V
R
 
Y
F
 
F
D
 
E
R
 
N
Q
 
K
E
 
D
R
 
I
R
 
T
R
 
N
M
 
K
R
 
E
P
 
P
H
 
A
D
 
E
V
 
L
A
 
Y
V
 
H
R
 
Y
G
 
G
I
 
I
A
 
V
R
 
R
T
 
T
F
 
F
Q
 
Q
N
 
T
I
 
P
A
 
Q
L
 
P
F
 
L
K
 
K
G
 
E
M
 
M
S
 
T
V
 
V
L
 
L
D
 
E
N
 
N
V
 
L
L
 
L
T
 
I
G
 
G
R
 
E
N
 
I
L
 
C
K
 
P
R
 
G
R
 
E
S
 
S
T
 
P
W
 
L
I
 
-
E
 
-
Q
 
N
A
 
S
L
 
L
R
 
F
I
 
Y
G
 
K
R
 
K
A
 
W
R
 
I
A
 
P
E
 
K
D
 
E
D
 
E
R
 
E
Q
 
M
R
 
V
E
 
E
A
 
K
A
 
A
E
 
F
R
 
K
V
 
I
I
 
L
A
 
E
F
 
F
L
 
L
H
 
K
L
 
L
Q
 
S
P
 
H
W
 
L
R
 
Y
D
 
D
V
 
R
L
 
K
V
 
A
G
 
G
T
 
E
L
 
L
P
 
S
Y
 
G
G
 
G
L
 
Q
Q
 
M
K
 
K
R
 
L
V
 
V
E
 
E
L
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
M
A
 
T
E
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
M
L
 
I
L
 
V
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
M
 
I
A
 
A
G
 
G
M
 
V
N
 
A
A
 
P
D
 
G
E
 
L
K
 
A
Q
 
H
Q
 
D
M
 
I
S
 
F
R
 
N
F
 
H
I
 
V
V
 
L
D
 
E
I
 
L
N
 
K
R
 
A
E
 
K
L
 
-
G
 
G
T
 
I
T
 
T
V
 
F
V
 
L
L
 
I
I
 
I
E
 
E
H
 
H
D
 
R
I
 
L
G
 
D
V
 
I
V
 
V
M
 
L
D
 
N
I
 
Y
S
 
I
D
 
D
H
 
H
V
 
L
V
 
Y
V
 
V
L
 
M
D
 
F
Y
 
N
G
 
G
R
 
Q
K
 
I
I
 
I
G
 
A
D
 
E
G
 
G
S
 
R
P
 
G
E
 
E
-
 
E
-
 
E
-
 
I
-
 
K
D
 
N
V
 
V
R
 
L
Q
 
S
N
 
D
P
 
P
E
 
K
V
 
V
I
 
V
S
 
E
A
 
I
Y
 
Y
L
 
I
G
 
G

6mjpA Lptb(e163q)fgc from vibrio cholerae (see paper)
30% identity, 96% coverage: 9:257/260 of query aligns to 2:235/240 of 6mjpA

query
sites
6mjpA
L
 
I
L
 
L
E
 
K
L
 
A
E
 
Q
H
 
H
I
 
L
S
 
A
L
 
K
S
 
S
F
 
Y
K
 
K
G
 
K
V
 
R
K
 
K
A
 
V
V
 
V
T
 
S
D
 
D
I
 
V
S
 
S
F
 
L
R
 
Q
V
 
V
V
 
E
A
 
S
G
 
G
E
 
Q
I
 
I
C
 
V
A
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
S
 
T
L
 
S
L
 
F
N
 
Y
V
 
M
I
 
I
S
 
V
G
 
G
V
 
L
Y
 
V
Q
 
A
A
 
R
Q
 
D
D
 
E
G
 
G
H
 
T
I
 
I
R
 
T
F
 
I
D
 
D
R
 
D
Q
 
N
E
 
D
R
 
I
R
 
S
R
 
I
M
 
L
R
 
P
P
 
M
H
 
H
D
 
S
V
 
R
A
 
S
V
 
R
R
 
M
G
 
G
I
 
I
A
 
G
R
 
Y
T
 
L
F
 
P
Q
 
Q
N
 
E
I
 
A
A
 
S
L
 
I
F
 
F
K
 
R
G
 
K
M
 
L
S
 
S
V
 
V
L
 
E
D
 
D
N
 
N
V
 
I
L
 
M
T
 
-
G
 
-
R
 
-
N
 
-
L
 
-
K
 
-
R
 
-
R
 
-
S
 
-
T
 
-
W
 
-
I
 
-
E
 
-
Q
 
-
A
 
A
L
 
V
R
 
L
I
 
Q
G
 
T
R
 
R
A
 
E
R
 
E
A
 
L
E
 
T
D
 
H
D
x
E
R
 
E
Q
 
R
R
 
Q
E
x
D
A
 
K
A
 
L
E
 
E
R
 
D
V
 
L
I
 
L
A
 
E
F
 
E
L
 
F
H
 
H
L
 
I
Q
 
Q
P
 
H
W
 
I
R
 
R
D
 
K
V
 
S
L
 
A
V
 
G
G
 
M
T
 
A
L
 
L
P
 
S
Y
 
G
G
 
G
L
 
E
Q
 
R
K
 
R
R
 
R
V
 
V
E
 
E
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
N
P
 
P
R
 
Q
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
M
 
F
A
 
A
G
 
G
M
 
V
N
 
D
A
 
P
D
 
I
E
 
S
K
 
V
Q
 
I
Q
 
D
M
 
I
S
 
K
R
 
K
F
 
I
I
 
I
V
 
E
D
 
H
I
 
L
N
 
-
R
 
R
E
 
D
L
 
R
G
 
G
T
 
L
T
 
G
V
 
V
V
 
L
L
 
I
I
 
T
E
 
D
H
 
H
D
 
N
I
 
V
G
 
R
V
 
E
V
 
T
M
 
L
D
 
D
I
 
V
S
 
C
D
 
E
H
 
K
V
 
A
V
 
Y
V
 
I
L
 
V
D
 
S
Y
 
Q
G
 
G
R
 
R
K
 
L
I
 
I
G
 
A
D
 
E
G
 
G
S
 
T
P
 
P
E
 
Q
D
 
D
V
 
V
R
 
L
Q
 
N
N
 
N
P
 
E
E
 
Q
V
 
V
I
 
K
S
 
Q
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6mhzA Vanadate trapped cryo-em structure of e.Coli lptb2fg transporter (see paper)
30% identity, 95% coverage: 10:257/260 of query aligns to 3:235/235 of 6mhzA

query
sites
6mhzA
L
 
L
E
 
T
L
 
A
E
 
K
H
 
N
I
 
L
S
 
A
L
 
K
S
 
A
F
x
Y
K
 
K
G
 
G
V
 
R
K
 
R
A
 
V
V
 
V
T
 
E
D
 
D
I
 
V
S
 
S
F
 
L
R
 
T
V
 
V
V
 
N
A
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
I
C
 
V
A
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
S
x
T
L
 
T
L
 
F
N
 
Y
V
 
M
I
 
V
S
 
V
G
 
G
V
 
I
Y
 
V
Q
 
P
A
 
R
Q
 
D
D
 
A
G
 
G
H
 
N
I
 
I
R
 
I
F
 
I
D
 
D
R
 
D
Q
 
D
E
 
D
R
 
I
R
 
S
R
 
L
M
 
L
R
 
P
P
 
L
H
 
H
D
 
A
V
 
R
A
 
A
V
 
R
R
 
R
G
 
G
I
 
I
A
 
G
R
 
Y
T
 
L
F
 
P
Q
|
Q
N
 
E
I
 
A
A
 
S
L
 
I
F
 
F
K
 
R
G
 
R
M
 
L
S
 
S
V
 
V
L
 
Y
D
 
D
N
 
N
V
 
L
L
 
M
T
 
A
G
 
V
R
 
L
N
 
Q
L
 
I
K
 
R
R
 
D
R
 
D
S
 
L
T
 
S
W
 
-
I
 
-
E
 
-
Q
 
-
A
 
-
L
 
-
R
 
-
I
 
-
G
 
-
R
 
-
A
 
A
R
 
E
A
 
Q
E
 
R
D
 
E
D
 
D
R
 
R
Q
 
A
R
 
N
E
 
E
A
 
L
A
 
M
E
 
E
R
 
E
V
 
-
I
 
-
A
 
-
F
 
-
L
 
F
H
 
H
L
 
I
Q
 
E
P
 
H
W
 
L
R
 
R
D
 
D
V
 
S
L
 
M
V
 
G
G
 
Q
T
x
S
L
 
L
P
x
S
Y
x
G
G
|
G
L
 
E
Q
 
R
K
 
R
R
 
R
V
 
V
E
 
E
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
M
 
F
A
 
A
G
|
G
M
 
V
N
 
D
A
 
P
D
 
I
E
 
S
K
 
V
Q
 
I
Q
 
D
M
 
I
S
 
K
R
 
R
F
 
I
I
 
I
V
 
E
D
 
H
I
 
L
N
 
-
R
 
R
E
 
D
L
 
S
G
 
G
T
 
L
T
 
G
V
 
V
V
 
L
L
 
I
I
 
T
E
 
D
H
|
H
D
 
N
I
 
V
G
 
R
V
 
E
V
 
T
M
 
L
D
 
A
I
 
V
S
 
C
D
 
E
H
 
R
V
 
A
V
 
Y
V
 
I
L
 
V
D
 
S
Y
 
Q
G
 
G
R
 
H
K
 
L
I
 
I
G
 
A
D
 
H
G
 
G
S
 
T
P
 
P
E
 
T
D
 
E
V
 
I
R
 
L
Q
 
Q
N
 
D
P
 
E
E
 
H
V
 
V
I
 
K
S
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6s8nB Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with lipopolysaccharide (see paper)
30% identity, 95% coverage: 10:257/260 of query aligns to 3:235/238 of 6s8nB

query
sites
6s8nB
L
 
L
E
 
T
L
 
A
E
 
K
H
 
N
I
 
L
S
 
A
L
 
K
S
 
A
F
 
Y
K
 
K
G
 
G
V
 
R
K
 
R
A
 
V
V
 
V
T
 
E
D
 
D
I
 
V
S
 
S
F
 
L
R
 
T
V
 
V
V
 
N
A
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
I
C
 
V
A
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
S
 
T
L
 
T
L
 
F
N
 
Y
V
 
M
I
 
V
S
 
V
G
 
G
V
 
I
Y
 
V
Q
 
P
A
 
R
Q
 
D
D
 
A
G
 
G
H
 
N
I
 
I
R
 
I
F
 
I
D
 
D
R
 
D
Q
 
D
E
 
D
R
 
I
R
 
S
R
 
L
M
 
L
R
 
P
P
 
L
H
 
H
D
 
A
V
 
R
A
 
A
V
 
R
R
 
R
G
 
G
I
 
I
A
 
G
R
 
Y
T
 
L
F
 
P
Q
 
Q
N
 
E
I
 
A
A
 
S
L
 
I
F
 
F
K
x
R
G
 
R
M
 
L
S
 
S
V
 
V
L
 
Y
D
 
D
N
 
N
V
 
L
L
 
M
T
 
A
G
 
V
R
 
L
N
 
Q
L
 
I
K
 
R
R
 
D
R
 
D
S
 
L
T
 
S
W
 
-
I
 
-
E
 
-
Q
 
-
A
 
-
L
 
-
R
 
-
I
 
-
G
 
-
R
 
-
A
 
A
R
 
E
A
 
Q
E
 
R
D
 
E
D
 
D
R
 
R
Q
 
A
R
 
N
E
 
E
A
 
L
A
 
M
E
 
E
R
 
E
V
 
-
I
 
-
A
 
-
F
 
-
L
 
F
H
 
H
L
 
I
Q
 
E
P
 
H
W
 
L
R
 
R
D
 
D
V
 
S
L
x
M
V
x
G
G
x
Q
T
 
S
L
 
L
P
 
S
Y
 
G
G
 
G
L
 
E
Q
 
R
K
 
R
R
 
R
V
 
V
E
 
E
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
M
 
F
A
 
A
G
 
G
M
 
V
N
 
D
A
 
P
D
 
I
E
 
S
K
 
V
Q
 
I
Q
 
D
M
 
I
S
 
K
R
 
R
F
 
I
I
 
I
V
 
E
D
 
H
I
 
L
N
 
-
R
 
R
E
 
D
L
 
S
G
 
G
T
 
L
T
 
G
V
 
V
V
 
L
L
 
I
I
 
T
E
 
D
H
 
H
D
 
N
I
 
V
G
 
R
V
 
E
V
 
T
M
 
L
D
 
A
I
 
V
S
 
C
D
 
E
H
 
R
V
 
A
V
 
Y
V
 
I
L
 
V
D
 
S
Y
 
Q
G
 
G
R
 
H
K
 
L
I
 
I
G
 
A
D
 
H
G
 
G
S
 
T
P
 
P
E
 
T
D
 
E
V
 
I
R
 
L
Q
 
Q
N
 
D
P
 
E
E
 
H
V
 
V
I
 
K
S
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6s8gA Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with amp-pnp (see paper)
30% identity, 95% coverage: 10:257/260 of query aligns to 3:235/238 of 6s8gA

query
sites
6s8gA
L
 
L
E
 
T
L
 
A
E
 
K
H
 
N
I
 
L
S
 
A
L
 
K
S
 
A
F
x
Y
K
 
K
G
 
G
V
x
R
K
 
R
A
 
V
V
 
V
T
 
E
D
 
D
I
 
V
S
 
S
F
 
L
R
 
T
V
 
V
V
 
N
A
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
I
C
 
V
A
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
 
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
S
x
T
L
 
T
L
 
F
N
 
Y
V
 
M
I
 
V
S
 
V
G
 
G
V
 
I
Y
 
V
Q
 
P
A
 
R
Q
 
D
D
 
A
G
 
G
H
 
N
I
 
I
R
 
I
F
 
I
D
 
D
R
 
D
Q
 
D
E
 
D
R
 
I
R
 
S
R
 
L
M
 
L
R
 
P
P
 
L
H
 
H
D
 
A
V
 
R
A
 
A
V
 
R
R
 
R
G
 
G
I
 
I
A
 
G
R
 
Y
T
 
L
F
 
P
Q
|
Q
N
 
E
I
 
A
A
 
S
L
 
I
F
 
F
K
 
R
G
 
R
M
 
L
S
 
S
V
 
V
L
 
Y
D
 
D
N
 
N
V
 
L
L
 
M
T
 
A
G
 
V
R
 
L
N
 
Q
L
 
I
K
 
R
R
 
D
R
 
D
S
 
L
T
 
S
W
 
-
I
 
-
E
 
-
Q
 
-
A
 
-
L
 
-
R
 
-
I
 
-
G
 
-
R
 
-
A
 
A
R
 
E
A
 
Q
E
 
R
D
 
E
D
 
D
R
 
R
Q
 
A
R
 
N
E
 
E
A
 
L
A
 
M
E
 
E
R
 
E
V
 
-
I
 
-
A
 
-
F
 
-
L
 
F
H
 
H
L
 
I
Q
 
E
P
 
H
W
 
L
R
 
R
D
 
D
V
 
S
L
 
M
V
 
G
G
 
Q
T
x
S
L
 
L
P
x
S
Y
 
G
G
 
G
L
x
E
Q
 
R
K
 
R
R
 
R
V
 
V
E
 
E
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
M
 
F
A
 
A
G
 
G
M
 
V
N
 
D
A
 
P
D
 
I
E
 
S
K
 
V
Q
 
I
Q
 
D
M
 
I
S
 
K
R
 
R
F
 
I
I
 
I
V
 
E
D
 
H
I
 
L
N
 
-
R
 
R
E
 
D
L
 
S
G
 
G
T
 
L
T
 
G
V
 
V
V
 
L
L
 
I
I
 
T
E
 
D
H
 
H
D
 
N
I
 
V
G
 
R
V
 
E
V
 
T
M
 
L
D
 
A
I
 
V
S
 
C
D
 
E
H
 
R
V
 
A
V
 
Y
V
 
I
L
 
V
D
 
S
Y
 
Q
G
 
G
R
 
H
K
 
L
I
 
I
G
 
A
D
 
H
G
 
G
S
 
T
P
 
P
E
 
T
D
 
E
V
 
I
R
 
L
Q
 
Q
N
 
D
P
 
E
E
 
H
V
 
V
I
 
K
S
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6mbnA Lptb e163q in complex with atp (see paper)
30% identity, 95% coverage: 10:257/260 of query aligns to 4:236/241 of 6mbnA

query
sites
6mbnA
L
 
L
E
 
T
L
 
A
E
 
K
H
 
N
I
 
L
S
 
A
L
 
K
S
 
A
F
x
Y
K
 
K
G
 
G
V
x
R
K
 
R
A
x
V
V
 
V
T
 
E
D
 
D
I
 
V
S
 
S
F
 
L
R
 
T
V
 
V
V
 
N
A
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
I
C
 
V
A
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
S
x
T
L
 
T
L
 
F
N
 
Y
V
 
M
I
 
V
S
 
V
G
 
G
V
 
I
Y
 
V
Q
 
P
A
 
R
Q
 
D
D
 
A
G
 
G
H
 
N
I
 
I
R
 
I
F
 
I
D
 
D
R
 
D
Q
 
D
E
 
D
R
 
I
R
 
S
R
 
L
M
 
L
R
 
P
P
 
L
H
 
H
D
 
A
V
 
R
A
 
A
V
 
R
R
 
R
G
 
G
I
 
I
A
 
G
R
 
Y
T
 
L
F
 
P
Q
 
Q
N
 
E
I
 
A
A
 
S
L
 
I
F
 
F
K
 
R
G
 
R
M
 
L
S
 
S
V
 
V
L
 
Y
D
 
D
N
 
N
V
 
L
L
 
M
T
 
A
G
 
V
R
 
L
N
 
Q
L
 
I
K
 
R
R
 
D
R
 
D
S
 
L
T
 
S
W
 
-
I
 
-
E
 
-
Q
 
-
A
 
-
L
 
-
R
 
-
I
 
-
G
 
-
R
 
-
A
 
A
R
 
E
A
 
Q
E
 
R
D
 
E
D
 
D
R
 
R
Q
 
A
R
 
N
E
 
E
A
 
L
A
 
M
E
 
E
R
 
E
V
 
-
I
 
-
A
 
-
F
 
-
L
 
F
H
 
H
L
 
I
Q
 
E
P
 
H
W
 
L
R
 
R
D
 
D
V
 
S
L
 
M
V
 
G
G
 
Q
T
 
S
L
 
L
P
 
S
Y
 
G
G
 
G
L
 
E
Q
 
R
K
 
R
R
 
R
V
 
V
E
 
E
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
M
 
F
A
 
A
G
 
G
M
 
V
N
 
D
A
 
P
D
 
I
E
 
S
K
 
V
Q
 
I
Q
 
D
M
 
I
S
 
K
R
 
R
F
 
I
I
 
I
V
 
E
D
 
H
I
 
L
N
 
-
R
 
R
E
 
D
L
 
S
G
 
G
T
 
L
T
 
G
V
 
V
V
 
L
L
 
I
I
 
T
E
 
D
H
|
H
D
 
N
I
 
V
G
 
R
V
 
E
V
 
T
M
 
L
D
 
A
I
 
V
S
 
C
D
 
E
H
 
R
V
 
A
V
 
Y
V
 
I
L
 
V
D
 
S
Y
 
Q
G
 
G
R
 
H
K
 
L
I
 
I
G
 
A
D
 
H
G
 
G
S
 
T
P
 
P
E
 
T
D
 
E
V
 
I
R
 
L
Q
 
Q
N
 
D
P
 
E
E
 
H
V
 
V
I
 
K
S
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6b89A E. Coli lptb in complex with adp and novobiocin (see paper)
30% identity, 95% coverage: 10:256/260 of query aligns to 3:234/234 of 6b89A

query
sites
6b89A
L
 
L
E
 
T
L
 
A
E
 
K
H
 
N
I
 
L
S
 
A
L
 
K
S
 
A
F
x
Y
K
 
K
G
 
G
V
x
R
K
 
R
A
x
V
V
 
V
T
 
E
D
 
D
I
 
V
S
 
S
F
 
L
R
 
T
V
 
V
V
 
N
A
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
I
C
 
V
A
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
S
x
T
L
 
T
L
 
F
N
 
Y
V
 
M
I
 
V
S
 
V
G
 
G
V
 
I
Y
 
V
Q
 
P
A
 
R
Q
 
D
D
 
A
G
 
G
H
 
N
I
 
I
R
 
I
F
 
I
D
 
D
R
 
D
Q
 
D
E
 
D
R
 
I
R
 
S
R
 
L
M
 
L
R
 
P
P
x
L
H
|
H
D
 
A
V
 
R
A
 
A
V
 
R
R
 
R
G
 
G
I
 
I
A
 
G
R
 
Y
T
 
L
F
x
P
Q
|
Q
N
 
E
I
x
A
A
x
S
L
 
I
F
|
F
K
x
R
G
x
R
M
x
L
S
 
S
V
 
V
L
 
Y
D
 
D
N
 
N
V
 
L
L
 
M
T
 
A
G
x
V
R
 
L
N
 
Q
L
 
I
K
 
R
R
 
D
R
 
D
S
 
L
T
 
S
W
 
-
I
 
-
E
 
-
Q
 
-
A
 
-
L
 
-
R
 
-
I
 
-
G
 
-
R
 
-
A
 
A
R
 
E
A
 
Q
E
 
R
D
 
E
D
 
D
R
 
R
Q
 
A
R
 
N
E
 
E
A
 
L
A
 
M
E
 
E
R
 
E
V
 
-
I
 
-
A
 
-
F
 
-
L
 
F
H
 
H
L
 
I
Q
 
E
P
 
H
W
 
L
R
 
R
D
 
D
V
 
S
L
 
M
V
 
G
G
x
Q
T
 
S
L
 
L
P
 
S
Y
 
G
G
 
G
L
 
E
Q
 
R
K
 
R
R
 
R
V
 
V
E
 
E
L
 
I
A
 
A
R
|
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
M
 
F
A
 
A
G
 
G
M
 
V
N
 
D
A
 
P
D
 
I
E
 
S
K
 
V
Q
 
I
Q
 
D
M
 
I
S
 
K
R
 
R
F
 
I
I
 
I
V
 
E
D
 
H
I
 
L
N
 
-
R
 
R
E
 
D
L
 
S
G
 
G
T
 
L
T
 
G
V
 
V
V
 
L
L
 
I
I
 
T
E
 
D
H
 
H
D
 
N
I
 
V
G
 
R
V
 
E
V
 
T
M
 
L
D
 
A
I
 
V
S
 
C
D
 
E
H
 
R
V
 
A
V
 
Y
V
 
I
L
 
V
D
 
S
Y
 
Q
G
 
G
R
 
H
K
 
L
I
 
I
G
 
A
D
 
H
G
 
G
S
 
T
P
 
P
E
 
T
D
 
E
V
 
I
R
 
L
Q
 
Q
N
 
D
P
 
E
E
 
H
V
 
V
I
 
K
S
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L

4p31A Crystal structure of a selenomethionine derivative of e. Coli lptb in complex with adp-magensium (see paper)
30% identity, 95% coverage: 10:256/260 of query aligns to 3:234/234 of 4p31A

query
sites
4p31A
L
 
L
E
 
T
L
 
A
E
 
K
H
 
N
I
 
L
S
 
A
L
 
K
S
 
A
F
x
Y
K
 
K
G
 
G
V
x
R
K
 
R
A
x
V
V
 
V
T
 
E
D
 
D
I
 
V
S
 
S
F
 
L
R
 
T
V
 
V
V
 
N
A
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
I
C
 
V
A
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
S
x
T
L
 
T
L
 
F
N
 
Y
V
 
M
I
 
V
S
 
V
G
 
G
V
 
I
Y
 
V
Q
 
P
A
 
R
Q
 
D
D
 
A
G
 
G
H
 
N
I
 
I
R
 
I
F
 
I
D
 
D
R
 
D
Q
 
D
E
 
D
R
 
I
R
 
S
R
 
L
M
 
L
R
 
P
P
 
L
H
 
H
D
 
A
V
 
R
A
 
A
V
 
R
R
 
R
G
 
G
I
 
I
A
 
G
R
 
Y
T
 
L
F
 
P
Q
|
Q
N
 
E
I
 
A
A
 
S
L
 
I
F
 
F
K
 
R
G
 
R
M
 
L
S
 
S
V
 
V
L
 
Y
D
 
D
N
 
N
V
 
L
L
 
M
T
 
A
G
 
V
R
 
L
N
 
Q
L
 
I
K
 
R
R
 
D
R
 
D
S
 
L
T
 
S
W
 
-
I
 
-
E
 
-
Q
 
-
A
 
-
L
 
-
R
 
-
I
 
-
G
 
-
R
 
-
A
 
A
R
 
E
A
 
Q
E
 
R
D
 
E
D
 
D
R
 
R
Q
 
A
R
 
N
E
 
E
A
 
L
A
 
M
E
 
E
R
 
E
V
 
-
I
 
-
A
 
-
F
 
-
L
 
F
H
 
H
L
 
I
Q
 
E
P
 
H
W
 
L
R
 
R
D
 
D
V
 
S
L
 
M
V
 
G
G
 
Q
T
 
S
L
 
L
P
 
S
Y
 
G
G
 
G
L
 
E
Q
 
R
K
 
R
R
 
R
V
 
V
E
 
E
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
M
 
F
A
 
A
G
 
G
M
 
V
N
 
D
A
 
P
D
 
I
E
 
S
K
 
V
Q
 
I
Q
 
D
M
 
I
S
 
K
R
 
R
F
 
I
I
 
I
V
 
E
D
 
H
I
 
L
N
 
-
R
 
R
E
 
D
L
 
S
G
 
G
T
 
L
T
 
G
V
 
V
V
 
L
L
 
I
I
 
T
E
 
D
H
 
H
D
 
N
I
 
V
G
 
R
V
 
E
V
 
T
M
 
L
D
 
A
I
 
V
S
 
C
D
 
E
H
 
R
V
 
A
V
 
Y
V
 
I
L
 
V
D
 
S
Y
 
Q
G
 
G
R
 
H
K
 
L
I
 
I
G
 
A
D
 
H
G
 
G
S
 
T
P
 
P
E
 
T
D
 
E
V
 
I
R
 
L
Q
 
Q
N
 
D
P
 
E
E
 
H
V
 
V
I
 
K
S
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L

6b8bA E. Coli lptb in complex with adp and a novobiocin derivative (see paper)
30% identity, 95% coverage: 10:255/260 of query aligns to 3:233/233 of 6b8bA

query
sites
6b8bA
L
 
L
E
 
T
L
 
A
E
 
K
H
 
N
I
 
L
S
 
A
L
 
K
S
 
A
F
x
Y
K
 
K
G
 
G
V
x
R
K
 
R
A
x
V
V
 
V
T
 
E
D
 
D
I
 
V
S
 
S
F
 
L
R
 
T
V
 
V
V
 
N
A
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
I
C
 
V
A
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
S
x
T
L
 
T
L
 
F
N
 
Y
V
 
M
I
 
V
S
 
V
G
 
G
V
 
I
Y
 
V
Q
 
P
A
 
R
Q
 
D
D
 
A
G
 
G
H
 
N
I
 
I
R
 
I
F
 
I
D
 
D
R
 
D
Q
 
D
E
 
D
R
 
I
R
 
S
R
 
L
M
 
L
R
 
P
P
 
L
H
 
H
D
 
A
V
 
R
A
 
A
V
 
R
R
 
R
G
 
G
I
 
I
A
 
G
R
 
Y
T
 
L
F
 
P
Q
 
Q
N
 
E
I
 
A
A
 
S
L
 
I
F
|
F
K
x
R
G
x
R
M
 
L
S
 
S
V
 
V
L
 
Y
D
 
D
N
 
N
V
 
L
L
 
M
T
 
A
G
 
V
R
 
L
N
 
Q
L
 
I
K
 
R
R
 
D
R
 
D
S
 
L
T
 
S
W
 
-
I
 
-
E
 
-
Q
 
-
A
 
-
L
 
-
R
 
-
I
 
-
G
 
-
R
 
-
A
 
A
R
 
E
A
 
Q
E
 
R
D
 
E
D
 
D
R
 
R
Q
 
A
R
 
N
E
 
E
A
 
L
A
 
M
E
 
E
R
 
E
V
 
-
I
 
-
A
 
-
F
 
-
L
 
F
H
 
H
L
 
I
Q
 
E
P
 
H
W
 
L
R
 
R
D
 
D
V
 
S
L
 
M
V
 
G
G
 
Q
T
 
S
L
 
L
P
 
S
Y
 
G
G
 
G
L
 
E
Q
 
R
K
 
R
R
 
R
V
 
V
E
 
E
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
M
 
F
A
 
A
G
 
G
M
 
V
N
 
D
A
 
P
D
 
I
E
 
S
K
 
V
Q
 
I
Q
 
D
M
 
I
S
 
K
R
 
R
F
 
I
I
 
I
V
 
E
D
 
H
I
 
L
N
 
-
R
 
R
E
 
D
L
 
S
G
 
G
T
 
L
T
 
G
V
 
V
V
 
L
L
 
I
I
 
T
E
 
D
H
 
H
D
 
N
I
 
V
G
 
R
V
 
E
V
 
T
M
 
L
D
 
A
I
 
V
S
 
C
D
 
E
H
 
R
V
 
A
V
 
Y
V
 
I
L
 
V
D
 
S
Y
 
Q
G
 
G
R
 
H
K
 
L
I
 
I
G
 
A
D
 
H
G
 
G
S
 
T
P
 
P
E
 
T
D
 
E
V
 
I
R
 
L
Q
 
Q
N
 
D
P
 
E
E
 
H
V
 
V
I
 
K
S
 
R
A
 
V
Y
 
Y

P69874 Spermidine/putrescine import ATP-binding protein PotA; EC 7.6.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
28% identity, 98% coverage: 4:257/260 of query aligns to 12:249/378 of P69874

query
sites
P69874
T
 
S
A
 
S
I
 
L
T
 
S
H
 
P
L
 
L
L
 
V
E
 
Q
L
 
L
E
 
A
H
 
G
I
 
I
S
 
R
L
 
K
S
x
C
F
|
F
K
 
D
G
 
G
V
 
K
K
 
E
A
 
V
V
 
I
T
 
P
D
 
Q
I
 
L
S
 
D
F
 
L
R
 
T
V
 
I
V
 
N
A
 
N
G
 
G
E
 
E
I
x
F
C
 
L
A
 
T
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
 
G
A
x
C
G
 
G
K
 
K
S
 
T
S
 
T
L
 
V
L
|
L
N
 
R
V
 
L
I
 
I
S
 
A
G
 
G
V
 
L
Y
 
E
Q
 
T
A
 
V
Q
 
D
D
 
S
G
 
G
H
 
R
I
 
I
R
 
M
F
x
L
D
 
D
R
 
N
Q
 
E
E
 
D
R
 
I
R
 
T
R
 
H
M
 
V
R
 
P
P
 
A
H
 
E
D
 
N
V
 
-
A
 
-
V
 
-
R
 
R
G
 
Y
I
 
V
A
 
N
R
 
T
T
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
S
I
 
Y
A
 
A
L
 
L
F
 
F
K
 
P
G
 
H
M
 
M
S
 
T
V
 
V
L
 
F
D
 
E
N
 
N
V
 
V
L
 
A
T
 
F
G
 
G
R
 
-
N
 
-
L
 
-
K
 
-
R
 
-
R
 
-
S
 
-
T
 
-
W
 
-
I
 
-
E
 
-
Q
 
-
A
 
-
L
 
L
R
 
R
I
 
M
G
 
Q
R
 
K
A
 
T
R
 
P
A
 
A
E
 
A
D
 
E
D
 
I
R
 
T
Q
 
P
R
 
R
E
 
-
A
 
-
A
 
V
E
 
M
R
 
E
V
 
A
I
 
L
A
 
R
F
 
M
L
x
V
H
 
Q
L
 
L
Q
 
E
P
 
T
W
 
F
R
 
A
D
 
Q
V
 
R
L
 
K
V
 
P
G
 
H
T
 
Q
L
 
L
P
 
S
Y
 
G
G
 
G
L
 
Q
Q
 
Q
K
 
Q
R
 
R
V
 
V
E
 
A
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
V
A
 
V
A
 
N
E
 
K
P
 
P
R
 
R
L
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
|
D
E
 
E
P
 
S
M
 
L
A
 
S
G
 
A
M
 
L
N
 
D
A
 
Y
D
 
K
E
 
L
K
 
R
Q
 
K
Q
 
Q
M
 
M
S
 
Q
R
 
N
F
 
E
I
 
L
V
 
K
D
 
A
I
 
L
N
 
Q
R
 
R
E
 
K
L
 
L
G
 
G
T
 
I
T
 
T
V
 
F
V
 
V
L
 
F
I
 
V
E
 
T
H
 
H
D
 
D
I
 
Q
G
 
E
V
 
E
V
 
A
M
 
L
D
 
T
I
 
M
S
 
S
D
 
D
H
 
R
V
 
I
V
 
V
V
 
V
L
 
M
D
 
R
Y
 
D
G
 
G
R
 
R
K
 
I
I
 
E
G
 
Q
D
 
D
G
 
G
S
 
T
P
 
P
E
 
R
D
 
E
V
 
I
R
 
Y
Q
 
E
N
 
E
P
 
P
E
 
K
-
 
N
-
 
L
V
 
F
I
 
V
S
 
A
A
 
G
Y
 
F
L
 
I
G
 
G

Sites not aligning to the query:

P9WQI3 Trehalose import ATP-binding protein SugC; MtbSugC; Nucleotide-binding domain of SugABC transporter; NBD of SugABC transporter; SugABC transporter ATPase SugC; EC 7.5.2.- from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see paper)
30% identity, 95% coverage: 12:258/260 of query aligns to 6:237/393 of P9WQI3

query
sites
P9WQI3
L
 
L
E
 
D
H
 
H
I
 
V
S
 
N
L
 
K
S
 
S
F
 
Y
K
 
P
-
 
D
G
 
G
V
 
H
K
 
T
A
 
A
V
 
V
T
 
R
D
 
D
I
 
L
S
 
N
F
 
L
R
 
T
V
 
I
V
 
A
A
 
D
G
 
G
E
 
E
I
 
F
C
 
L
A
 
I
L
 
L
I
 
V
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
 
G
A
 
C
G
 
G
K
 
K
S
 
T
S
 
T
L
 
T
L
 
L
N
 
N
V
 
M
I
 
I
S
 
A
G
 
G
V
 
L
Y
 
E
Q
 
D
A
 
I
Q
 
S
D
 
S
G
 
G
H
 
E
I
 
L
R
 
R
F
 
I
D
 
A
R
 
G
Q
 
E
E
 
R
R
 
V
R
 
N
R
 
E
M
 
K
R
 
A
P
 
P
H
 
K
D
 
D
V
 
-
A
 
-
V
 
-
R
 
R
G
 
D
I
 
I
A
 
A
R
 
M
T
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
S
I
 
Y
A
 
A
L
 
L
F
 
Y
K
 
P
G
 
H
M
 
M
S
 
T
V
 
V
L
 
R
D
 
Q
N
 
N
V
 
-
L
 
-
T
 
-
G
 
-
R
 
-
N
 
-
L
 
-
K
 
-
R
 
-
R
 
-
S
 
-
T
 
-
W
 
-
I
 
I
E
 
A
Q
 
F
A
 
P
L
 
L
R
 
T
I
 
L
G
 
A
R
 
K
A
 
M
R
 
R
A
 
K
E
 
A
D
 
D
D
 
I
R
 
A
Q
 
Q
R
 
K
E
 
-
A
 
-
A
 
V
E
 
S
R
 
E
V
 
T
I
 
A
A
 
K
F
 
I
L
 
L
H
 
D
L
 
L
Q
 
T
P
 
N
W
 
L
R
 
L
D
 
D
V
 
R
L
 
K
V
 
P
G
 
S
T
 
Q
L
 
L
P
 
S
Y
 
G
G
 
G
L
 
Q
Q
 
R
K
 
Q
R
 
R
V
 
V
E
 
A
L
 
M
A
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
I
A
 
V
A
 
R
E
 
H
P
 
P
R
 
K
L
 
A
L
 
F
L
 
L
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
M
 
L
A
 
S
G
 
N
M
 
L
N
 
D
A
 
A
D
 
K
E
 
L
K
 
R
Q
 
V
Q
 
Q
M
 
M
S
 
R
R
 
G
F
 
E
I
 
I
V
 
A
D
 
Q
I
 
L
N
 
Q
R
 
R
E
 
R
L
 
L
G
 
G
T
 
T
T
 
T
V
 
T
V
 
V
L
 
Y
I
 
V
E
 
T
H
|
H
D
 
D
I
 
Q
G
 
T
V
 
E
V
 
A
M
 
M
D
 
T
I
 
L
S
 
G
D
 
D
H
 
R
V
 
V
V
 
V
V
 
V
L
 
M
D
 
Y
Y
 
G
G
 
G
R
 
I
K
 
A
I
 
Q
G
 
Q
D
 
I
G
 
G
S
 
T
P
 
P
E
 
E
D
 
E
V
 
L
R
 
Y
Q
 
E
N
 
R
P
 
P
E
 
A
-
 
N
-
 
L
V
 
F
I
 
V
S
 
A
A
 
G
Y
 
F
L
 
I
G
 
G
T
 
S

2awnB Crystal structure of the adp-mg-bound e. Coli malk (crystallized with atp-mg) (see paper)
29% identity, 96% coverage: 10:258/260 of query aligns to 3:235/374 of 2awnB

query
sites
2awnB
L
 
V
E
 
Q
L
 
L
E
 
Q
H
 
N
I
 
V
S
 
T
L
 
K
S
 
A
F
x
W
K
 
G
G
 
E
V
 
V
K
 
V
A
x
V
V
 
S
T
 
K
D
 
D
I
 
I
S
 
N
F
 
L
R
 
D
V
 
I
V
 
H
A
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
F
C
 
V
A
 
V
L
 
F
I
 
V
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
 
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
S
x
T
L
 
L
L
 
L
N
 
R
V
 
M
I
 
I
S
 
A
G
 
G
V
 
L
Y
 
E
Q
 
T
A
 
I
Q
 
T
D
 
S
G
 
G
H
 
D
I
 
L
R
 
F
F
 
I
D
 
G
R
 
E
Q
 
-
E
 
-
R
 
-
R
 
K
R
 
R
M
 
M
R
 
N
P
 
D
H
 
T
D
 
P
V
 
P
A
 
A
V
 
E
R
 
R
G
 
G
I
 
V
A
 
G
R
 
M
T
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
S
I
 
Y
A
 
A
L
 
L
F
 
Y
K
 
P
G
 
H
M
 
L
S
 
S
V
 
V
L
 
A
D
 
E
N
 
N
V
 
M
L
 
S
T
 
F
G
 
G
R
 
-
N
 
-
L
 
-
K
 
-
R
 
-
R
 
-
S
 
-
T
 
-
W
 
-
I
 
-
E
 
-
Q
 
-
A
 
-
L
 
L
R
 
K
I
 
L
G
 
A
R
 
G
A
 
A
R
 
K
A
 
K
E
 
E
D
 
V
D
 
I
R
 
N
Q
 
Q
R
 
R
E
 
-
A
 
-
A
 
V
E
 
N
R
 
Q
V
 
V
I
 
A
A
 
E
F
 
V
L
 
L
H
 
Q
L
 
L
Q
 
A
P
 
H
W
 
L
R
 
L
D
 
D
V
 
R
L
 
K
V
 
P
G
 
K
T
 
A
L
 
L
P
 
S
Y
 
G
G
 
G
L
 
Q
Q
 
R
K
 
Q
R
 
R
V
 
V
E
 
A
L
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
T
L
 
L
A
 
V
A
 
A
E
 
E
P
 
P
R
 
S
L
 
V
L
 
F
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
M
 
L
A
 
S
G
 
N
M
 
L
N
 
D
A
 
A
D
 
A
E
 
L
K
 
R
Q
 
V
Q
 
Q
M
 
M
S
 
R
R
 
I
F
 
E
I
 
I
V
 
S
D
 
R
I
 
L
N
 
H
R
 
K
E
 
R
L
 
L
G
 
G
T
 
R
T
 
T
V
 
M
V
 
I
L
 
Y
I
 
V
E
 
T
H
 
H
D
 
D
I
 
Q
G
 
V
V
 
E
V
 
A
M
 
M
D
 
T
I
 
L
S
 
A
D
 
D
H
 
K
V
 
I
V
 
V
V
 
V
L
 
L
D
 
D
Y
 
A
G
 
G
R
 
R
K
 
V
I
 
A
G
 
Q
D
 
V
G
 
G
S
 
K
P
 
P
E
 
L
D
 
E
V
 
L
R
 
Y
Q
 
H
N
 
Y
P
 
P
-
 
A
-
 
D
E
 
R
V
 
F
I
 
V
S
 
A
A
 
G
Y
 
F
L
 
I
G
 
G
T
 
S

1q12A Crystal structure of the atp-bound e. Coli malk (see paper)
29% identity, 96% coverage: 10:258/260 of query aligns to 1:233/367 of 1q12A

query
sites
1q12A
L
 
V
E
 
Q
L
 
L
E
 
Q
H
 
N
I
 
V
S
 
T
L
 
K
S
 
A
F
x
W
K
 
G
G
 
E
V
 
V
K
 
V
A
 
V
V
 
S
T
 
K
D
 
D
I
 
I
S
 
N
F
 
L
R
 
D
V
 
I
V
 
H
A
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
F
C
 
V
A
 
V
L
 
F
I
 
V
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
S
x
T
L
 
L
L
 
L
N
 
R
V
 
M
I
 
I
S
 
A
G
 
G
V
 
L
Y
 
E
Q
 
T
A
 
I
Q
 
T
D
 
S
G
 
G
H
 
D
I
 
L
R
 
F
F
 
I
D
 
G
R
 
E
Q
 
-
E
 
-
R
 
-
R
 
K
R
 
R
M
 
M
R
 
N
P
 
D
H
 
T
D
 
P
V
 
P
A
 
A
V
 
E
R
 
R
G
 
G
I
 
V
A
 
G
R
 
M
T
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
S
I
 
Y
A
 
A
L
 
L
F
 
Y
K
 
P
G
 
H
M
 
L
S
 
S
V
 
V
L
 
A
D
 
E
N
 
N
V
 
M
L
 
S
T
 
F
G
 
G
R
 
-
N
 
-
L
 
-
K
 
-
R
 
-
R
 
-
S
 
-
T
 
-
W
 
-
I
 
-
E
 
-
Q
 
-
A
 
-
L
 
L
R
 
K
I
 
L
G
 
A
R
 
G
A
 
A
R
 
K
A
 
K
E
 
E
D
 
V
D
 
I
R
 
N
Q
 
Q
R
 
R
E
 
-
A
 
-
A
 
V
E
 
N
R
 
Q
V
 
V
I
 
A
A
 
E
F
 
V
L
 
L
H
 
Q
L
 
L
Q
 
A
P
 
H
W
 
L
R
 
L
D
 
D
V
x
R
L
 
K
V
 
P
G
 
K
T
x
A
L
 
L
P
x
S
Y
 
G
G
|
G
L
x
Q
Q
 
R
K
 
Q
R
 
R
V
 
V
E
 
A
L
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
T
L
 
L
A
 
V
A
 
A
E
 
E
P
 
P
R
 
S
L
 
V
L
 
F
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
M
 
L
A
 
S
G
 
N
M
 
L
N
 
D
A
 
A
D
 
A
E
 
L
K
 
R
Q
 
V
Q
 
Q
M
 
M
S
 
R
R
 
I
F
 
E
I
 
I
V
 
S
D
 
R
I
 
L
N
 
H
R
 
K
E
 
R
L
 
L
G
 
G
T
 
R
T
 
T
V
 
M
V
 
I
L
 
Y
I
 
V
E
 
T
H
 
H
D
 
D
I
 
Q
G
 
V
V
 
E
V
 
A
M
 
M
D
 
T
I
 
L
S
 
A
D
 
D
H
 
K
V
 
I
V
 
V
V
 
V
L
 
L
D
 
D
Y
 
A
G
 
G
R
 
R
K
 
V
I
 
A
G
 
Q
D
 
V
G
 
G
S
 
K
P
 
P
E
 
L
D
 
E
V
 
L
R
 
Y
Q
 
H
N
 
Y
P
 
P
-
 
A
-
 
D
E
 
R
V
 
F
I
 
V
S
 
A
A
 
G
Y
 
F
L
 
I
G
 
G
T
 
S

P68187 Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK; EC 7.5.2.1 from Escherichia coli (strain K12) (see 5 papers)
29% identity, 96% coverage: 10:258/260 of query aligns to 4:236/371 of P68187

query
sites
P68187
L
 
V
E
 
Q
L
 
L
E
 
Q
H
 
N
I
 
V
S
 
T
L
 
K
S
 
A
F
 
W
K
 
G
G
 
E
V
 
V
K
 
V
A
 
V
V
 
S
T
 
K
D
 
D
I
 
I
S
 
N
F
 
L
R
 
D
V
 
I
V
 
H
A
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
F
C
 
V
A
 
V
L
 
F
I
 
V
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
 
G
A
 
C
G
 
G
K
 
K
S
 
S
S
 
T
L
 
L
L
 
L
N
 
R
V
 
M
I
 
I
S
 
A
G
 
G
V
 
L
Y
 
E
Q
 
T
A
 
I
Q
 
T
D
 
S
G
 
G
H
 
D
I
 
L
R
 
F
F
 
I
D
 
G
R
 
E
Q
 
-
E
 
-
R
 
-
R
 
K
R
 
R
M
 
M
R
 
N
P
 
D
H
 
T
D
 
P
V
 
P
A
 
A
V
 
E
R
 
R
G
 
G
I
 
V
A
 
G
R
 
M
T
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
S
I
 
Y
A
|
A
L
 
L
F
 
Y
K
 
P
G
 
H
M
 
L
S
 
S
V
 
V
L
 
A
D
 
E
N
 
N
V
 
M
L
 
S
T
 
F
G
 
G
R
 
-
N
 
-
L
 
-
K
 
-
R
 
-
R
 
-
S
 
-
T
 
-
W
 
-
I
 
-
E
 
-
Q
 
-
A
 
-
L
 
L
R
 
K
I
 
L
G
 
A
R
 
G
A
 
A
R
x
K
A
 
K
E
 
E
D
 
V
D
 
I
R
 
N
Q
 
Q
R
 
R
E
 
-
A
 
-
A
x
V
E
 
N
R
 
Q
V
|
V
I
 
A
A
x
E
F
 
V
L
 
L
H
 
Q
L
 
L
Q
x
A
P
 
H
W
 
L
R
 
L
D
 
D
V
 
R
L
 
K
V
 
P
G
 
K
T
 
A
L
 
L
P
 
S
Y
 
G
G
|
G
L
 
Q
Q
 
R
K
 
Q
R
 
R
V
 
V
E
 
A
L
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
T
L
 
L
A
 
V
A
 
A
E
 
E
P
 
P
R
 
S
L
 
V
L
 
F
L
 
L
L
 
L
D
|
D
E
 
E
P
 
P
M
 
L
A
 
S
G
 
N
M
 
L
N
 
D
A
 
A
D
 
A
E
 
L
K
 
R
Q
 
V
Q
 
Q
M
 
M
S
 
R
R
 
I
F
 
E
I
 
I
V
 
S
D
 
R
I
 
L
N
 
H
R
 
K
E
 
R
L
 
L
G
 
G
T
 
R
T
 
T
V
 
M
V
 
I
L
 
Y
I
 
V
E
 
T
H
 
H
D
 
D
I
 
Q
G
 
V
V
 
E
V
 
A
M
 
M
D
 
T
I
 
L
S
 
A
D
 
D
H
 
K
V
 
I
V
 
V
V
 
V
L
 
L
D
 
D
Y
 
A
G
 
G
R
 
R
K
 
V
I
 
A
G
 
Q
D
 
V
G
 
G
S
 
K
P
 
P
E
 
L
D
 
E
V
 
L
R
 
Y
Q
 
H
N
 
Y
P
 
P
-
 
A
-
 
D
E
x
R
V
 
F
I
 
V
S
 
A
A
 
G
Y
 
F
L
 
I
G
 
G
T
 
S

Sites not aligning to the query:

3puyA Crystal structure of an outward-facing mbp-maltose transporter complex bound to amp-pnp after crystal soaking of the pretranslocation state (see paper)
29% identity, 96% coverage: 10:258/260 of query aligns to 3:235/371 of 3puyA

query
sites
3puyA
L
 
V
E
 
Q
L
 
L
E
 
Q
H
 
N
I
 
V
S
 
T
L
 
K
S
 
A
F
x
W
K
 
G
G
 
E
V
 
V
K
 
V
A
 
V
V
 
S
T
 
K
D
 
D
I
 
I
S
 
N
F
 
L
R
 
D
V
 
I
V
 
H
A
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
F
C
 
V
A
 
V
L
 
F
I
 
V
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
S
x
T
L
 
L
L
 
L
N
 
R
V
 
M
I
 
I
S
 
A
G
 
G
V
 
L
Y
 
E
Q
 
T
A
 
I
Q
 
T
D
 
S
G
 
G
H
 
D
I
 
L
R
 
F
F
 
I
D
 
G
R
 
E
Q
 
-
E
 
-
R
 
-
R
 
K
R
 
R
M
 
M
R
 
N
P
 
D
H
 
T
D
 
P
V
 
P
A
 
A
V
 
E
R
 
R
G
 
G
I
 
V
A
 
G
R
 
M
T
 
V
F
 
F
Q
|
Q
N
 
S
I
 
Y
A
 
A
L
 
L
F
 
Y
K
 
P
G
 
H
M
 
L
S
 
S
V
 
V
L
 
A
D
 
E
N
 
N
V
 
M
L
 
S
T
 
F
G
 
G
R
 
-
N
 
-
L
 
-
K
 
-
R
 
-
R
 
-
S
 
-
T
 
-
W
 
-
I
 
-
E
 
-
Q
 
-
A
 
-
L
 
L
R
 
K
I
 
L
G
 
A
R
 
G
A
 
A
R
 
K
A
 
K
E
 
E
D
 
V
D
 
I
R
 
N
Q
 
Q
R
 
R
E
 
-
A
 
-
A
 
V
E
 
N
R
 
Q
V
 
V
I
 
A
A
 
E
F
 
V
L
 
L
H
 
Q
L
 
L
Q
 
A
P
 
H
W
 
L
R
 
L
D
 
D
V
x
R
L
 
K
V
 
P
G
 
K
T
x
A
L
 
L
P
x
S
Y
 
G
G
|
G
L
x
Q
Q
 
R
K
 
Q
R
 
R
V
 
V
E
 
A
L
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
T
L
 
L
A
 
V
A
 
A
E
 
E
P
 
P
R
 
S
L
 
V
L
 
F
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
M
 
L
A
 
S
G
 
N
M
 
L
N
 
D
A
 
A
D
 
A
E
 
L
K
 
R
Q
 
V
Q
 
Q
M
 
M
S
 
R
R
 
I
F
 
E
I
 
I
V
 
S
D
 
R
I
 
L
N
 
H
R
 
K
E
 
R
L
 
L
G
 
G
T
 
R
T
 
T
V
 
M
V
 
I
L
 
Y
I
 
V
E
 
T
H
|
H
D
 
D
I
 
Q
G
 
V
V
 
E
V
 
A
M
 
M
D
 
T
I
 
L
S
 
A
D
 
D
H
 
K
V
 
I
V
 
V
V
 
V
L
 
L
D
 
D
Y
 
A
G
 
G
R
 
R
K
 
V
I
 
A
G
 
Q
D
 
V
G
 
G
S
 
K
P
 
P
E
 
L
D
 
E
V
 
L
R
 
Y
Q
 
H
N
 
Y
P
 
P
-
 
A
-
 
D
E
 
R
V
 
F
I
 
V
S
 
A
A
 
G
Y
 
F
L
 
I
G
 
G
T
 
S

3puxA Crystal structure of an outward-facing mbp-maltose transporter complex bound to adp-bef3 (see paper)
29% identity, 96% coverage: 10:258/260 of query aligns to 3:235/371 of 3puxA

query
sites
3puxA
L
 
V
E
 
Q
L
 
L
E
 
Q
H
 
N
I
 
V
S
 
T
L
 
K
S
 
A
F
x
W
K
 
G
G
 
E
V
 
V
K
 
V
A
 
V
V
 
S
T
 
K
D
 
D
I
 
I
S
 
N
F
 
L
R
 
D
V
 
I
V
 
H
A
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
F
C
 
V
A
 
V
L
 
F
I
 
V
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
S
x
T
L
 
L
L
 
L
N
 
R
V
 
M
I
 
I
S
 
A
G
 
G
V
 
L
Y
 
E
Q
 
T
A
 
I
Q
 
T
D
 
S
G
 
G
H
 
D
I
 
L
R
 
F
F
 
I
D
 
G
R
 
E
Q
 
-
E
 
-
R
 
-
R
 
K
R
 
R
M
 
M
R
 
N
P
 
D
H
 
T
D
 
P
V
 
P
A
 
A
V
 
E
R
 
R
G
 
G
I
 
V
A
 
G
R
 
M
T
 
V
F
 
F
Q
|
Q
N
 
S
I
 
Y
A
 
A
L
 
L
F
 
Y
K
 
P
G
 
H
M
 
L
S
 
S
V
 
V
L
 
A
D
 
E
N
 
N
V
 
M
L
 
S
T
 
F
G
 
G
R
 
-
N
 
-
L
 
-
K
 
-
R
 
-
R
 
-
S
 
-
T
 
-
W
 
-
I
 
-
E
 
-
Q
 
-
A
 
-
L
 
L
R
 
K
I
 
L
G
 
A
R
 
G
A
 
A
R
 
K
A
 
K
E
 
E
D
 
V
D
 
I
R
 
N
Q
 
Q
R
 
R
E
 
-
A
 
-
A
 
V
E
 
N
R
 
Q
V
 
V
I
 
A
A
 
E
F
 
V
L
 
L
H
 
Q
L
 
L
Q
 
A
P
 
H
W
 
L
R
 
L
D
 
D
V
x
R
L
 
K
V
 
P
G
 
K
T
 
A
L
 
L
P
x
S
Y
 
G
G
|
G
L
x
Q
Q
 
R
K
 
Q
R
 
R
V
 
V
E
 
A
L
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
T
L
 
L
A
 
V
A
 
A
E
 
E
P
 
P
R
 
S
L
 
V
L
 
F
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
M
 
L
A
 
S
G
 
N
M
 
L
N
 
D
A
 
A
D
 
A
E
 
L
K
 
R
Q
 
V
Q
 
Q
M
 
M
S
 
R
R
 
I
F
 
E
I
 
I
V
 
S
D
 
R
I
 
L
N
 
H
R
 
K
E
 
R
L
 
L
G
 
G
T
 
R
T
 
T
V
 
M
V
 
I
L
 
Y
I
 
V
E
 
T
H
|
H
D
 
D
I
 
Q
G
 
V
V
 
E
V
 
A
M
 
M
D
 
T
I
 
L
S
 
A
D
 
D
H
 
K
V
 
I
V
 
V
V
 
V
L
 
L
D
 
D
Y
 
A
G
 
G
R
 
R
K
 
V
I
 
A
G
 
Q
D
 
V
G
 
G
S
 
K
P
 
P
E
 
L
D
 
E
V
 
L
R
 
Y
Q
 
H
N
 
Y
P
 
P
-
 
A
-
 
D
E
 
R
V
 
F
I
 
V
S
 
A
A
 
G
Y
 
F
L
 
I
G
 
G
T
 
S

3puwA Crystal structure of an outward-facing mbp-maltose transporter complex bound to adp-alf4 (see paper)
29% identity, 96% coverage: 10:258/260 of query aligns to 3:235/371 of 3puwA

query
sites
3puwA
L
 
V
E
 
Q
L
 
L
E
 
Q
H
 
N
I
 
V
S
 
T
L
 
K
S
 
A
F
x
W
K
 
G
G
 
E
V
 
V
K
 
V
A
x
V
V
 
S
T
 
K
D
 
D
I
 
I
S
 
N
F
 
L
R
 
D
V
 
I
V
 
H
A
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
F
C
 
V
A
 
V
L
 
F
I
 
V
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
S
x
T
L
 
L
L
 
L
N
 
R
V
 
M
I
 
I
S
 
A
G
 
G
V
 
L
Y
 
E
Q
 
T
A
 
I
Q
 
T
D
 
S
G
 
G
H
 
D
I
 
L
R
 
F
F
 
I
D
 
G
R
 
E
Q
 
-
E
 
-
R
 
-
R
 
K
R
 
R
M
 
M
R
 
N
P
 
D
H
 
T
D
 
P
V
 
P
A
 
A
V
 
E
R
 
R
G
 
G
I
 
V
A
 
G
R
 
M
T
 
V
F
 
F
Q
|
Q
N
 
S
I
 
Y
A
 
A
L
 
L
F
 
Y
K
 
P
G
 
H
M
 
L
S
 
S
V
 
V
L
 
A
D
 
E
N
 
N
V
 
M
L
 
S
T
 
F
G
 
G
R
 
-
N
 
-
L
 
-
K
 
-
R
 
-
R
 
-
S
 
-
T
 
-
W
 
-
I
 
-
E
 
-
Q
 
-
A
 
-
L
 
L
R
 
K
I
 
L
G
 
A
R
 
G
A
 
A
R
 
K
A
 
K
E
 
E
D
 
V
D
 
I
R
 
N
Q
 
Q
R
 
R
E
 
-
A
 
-
A
 
V
E
 
N
R
 
Q
V
 
V
I
 
A
A
 
E
F
 
V
L
 
L
H
 
Q
L
 
L
Q
 
A
P
 
H
W
 
L
R
 
L
D
 
D
V
x
R
L
 
K
V
 
P
G
 
K
T
x
A
L
 
L
P
x
S
Y
x
G
G
|
G
L
x
Q
Q
 
R
K
 
Q
R
 
R
V
 
V
E
 
A
L
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
T
L
 
L
A
 
V
A
 
A
E
 
E
P
 
P