SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing AO356_28505 FitnessBrowser__pseudo5_N2C3_1:AO356_28505 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

3ma0A Closed liganded crystal structure of xylose binding protein from escherichia coli (see paper)
62% identity, 91% coverage: 28:330/333 of query aligns to 4:307/313 of 3ma0A

query
sites
3ma0A
K
 
K
I
 
I
G
 
G
F
 
M
S
 
A
I
 
I
D
 
D
D
 
D
L
 
L
R
 
R
L
|
L
E
 
E
R
|
R
W
 
W
S
 
Q
R
 
K
D
 
D
R
 
R
D
 
D
Y
 
I
F
 
F
V
 
V
A
 
K
A
 
K
A
 
A
E
 
E
K
 
S
L
 
L
D
 
G
A
 
A
K
 
K
V
 
V
F
 
F
V
 
V
Q
 
Q
S
 
S
A
 
A
D
 
N
A
 
G
N
 
N
E
 
E
Q
 
E
K
 
T
Q
 
Q
I
 
M
S
 
S
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
N
 
N
L
 
M
I
 
I
S
 
N
R
 
R
G
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
V
I
 
L
V
 
V
I
 
I
V
 
I
P
 
P
F
 
Y
N
 
N
A
 
G
T
 
Q
V
 
V
L
 
L
T
 
S
N
 
N
A
 
V
V
 
V
A
 
K
E
 
E
A
 
A
K
 
K
K
 
Q
A
 
E
G
 
G
I
 
I
K
 
K
V
 
V
V
 
L
S
 
A
Y
 
Y
D
|
D
R
|
R
L
 
M
I
 
I
L
 
N
N
 
D
A
 
A
D
 
D
I
 
I
D
 
D
A
 
F
Y
 
Y
I
 
I
S
 
S
F
 
F
D
 
D
N
 
N
E
 
E
K
 
K
V
 
V
G
 
G
E
 
E
M
 
L
Q
 
Q
A
 
A
S
 
K
G
 
A
V
 
L
L
 
V
K
 
D
A
 
I
A
 
V
P
 
P
K
 
Q
G
 
G
N
 
N
Y
 
Y
F
 
F
L
 
L
L
 
M
G
 
G
G
 
G
A
 
S
P
 
P
T
 
V
D
|
D
N
 
N
N
|
N
A
 
A
K
 
K
V
 
L
L
 
F
R
 
R
E
 
A
G
 
G
Q
 
Q
M
 
M
K
 
K
V
 
V
L
 
L
Q
 
K
P
 
P
A
 
Y
I
 
V
D
 
D
K
 
S
G
 
G
D
 
K
I
 
I
K
 
K
I
 
V
V
 
V
G
 
G
Q
 
D
Q
 
Q
W
 
W
V
 
V
K
 
D
E
 
G
W
|
W
N
 
L
P
 
P
T
 
E
E
 
N
A
 
A
L
 
L
S
 
K
I
 
I
V
 
M
E
 
E
N
 
N
A
 
A
L
 
L
T
 
T
R
 
A
N
 
N
N
 
N
N
 
N
K
 
K
I
 
I
D
 
D
G
 
A
I
 
V
V
 
V
A
 
A
S
 
S
N
|
N
D
 
D
A
 
A
T
 
T
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
I
 
I
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
A
 
S
A
 
A
Q
 
Q
K
 
G
M
 
L
A
 
S
G
 
G
K
 
K
V
 
V
P
 
A
I
 
I
S
 
S
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
A
 
A
D
 
D
L
 
L
A
 
A
A
 
G
V
 
I
K
 
K
R
 
R
V
 
I
I
 
A
D
 
A
G
 
G
T
 
T
Q
 
Q
T
 
T
M
 
M
T
 
T
V
 
V
Y
 
Y
K
|
K
P
 
P
L
 
I
K
 
T
L
 
L
I
 
L
A
 
A
S
 
N
E
 
T
A
 
A
A
 
A
K
 
E
L
 
I
S
 
A
V
 
V
Q
 
E
L
 
L
A
 
G
R
 
N
N
 
G
E
 
Q
K
 
E
P
 
P
T
 
K
F
 
A
S
 
D
S
 
T
Q
 
T
Y
 
L
D
 
N
N
 
N
G
 
G
S
 
L
K
 
K
K
 
D
V
 
V
D
 
P
T
 
S
I
 
R
L
 
L
L
 
L
T
 
T
P
 
P
T
 
I
P
 
D
L
 
V
T
 
N
K
 
K
D
 
N
N
 
N
I
 
I
-
 
K
D
 
D
L
 
T
L
 
V
E
 
I
K
 
K
D
 
D
G
 
G
F
 
F
Y
 
H
T
 
K
K
 
E
A
 
S
Q
 
E
I
 
L

4ywhA Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from actinobacillus succinogenes 130z (asuc_0499, target efi-511068) with bound d-xylose
62% identity, 91% coverage: 29:330/333 of query aligns to 6:308/310 of 4ywhA

query
sites
4ywhA
I
 
I
G
 
G
F
 
M
S
 
S
I
 
I
D
 
D
D
 
D
L
 
L
R
 
R
L
|
L
E
 
E
R
|
R
W
 
W
S
 
Q
R
 
K
D
 
D
R
 
R
D
 
D
Y
 
I
F
 
F
V
 
V
A
 
K
A
 
K
A
 
A
E
 
E
K
 
S
L
 
L
D
 
G
A
 
A
K
 
K
V
 
V
F
 
L
V
 
V
Q
 
Q
S
 
S
A
 
A
D
 
N
A
 
G
N
 
D
E
 
D
Q
 
S
K
 
A
Q
 
Q
I
 
I
S
 
S
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
N
 
N
L
 
M
I
 
L
S
 
N
R
 
K
G
 
N
V
 
V
D
 
D
V
 
V
I
 
L
V
 
V
I
 
I
V
 
I
P
 
P
F
 
H
N
 
N
A
 
G
T
 
D
V
 
V
L
 
L
T
 
S
N
 
N
A
 
V
V
 
I
A
 
S
E
 
E
A
 
A
K
 
K
K
 
K
A
 
E
G
 
G
I
 
V
K
 
K
V
 
V
V
 
L
S
 
A
Y
 
Y
D
|
D
R
|
R
L
 
L
I
 
I
L
 
N
N
 
N
A
 
A
D
 
D
I
 
L
D
 
D
A
 
F
Y
 
Y
I
 
V
S
 
S
F
 
F
D
 
D
N
 
N
E
 
E
K
 
K
V
 
V
G
 
G
E
 
E
M
 
L
Q
 
Q
A
 
A
S
 
D
G
 
A
V
 
I
L
 
I
K
 
K
A
 
E
A
 
K
P
 
P
K
 
E
G
 
G
N
 
N
Y
 
Y
F
 
F
L
 
L
L
 
M
G
 
G
G
 
G
A
 
S
P
 
P
T
 
V
D
|
D
N
 
N
N
|
N
A
 
A
K
 
K
V
 
L
L
 
F
R
 
R
E
 
K
G
 
G
Q
 
Q
M
 
M
K
 
K
V
 
V
L
 
L
Q
 
Q
P
 
P
A
 
L
I
 
I
D
 
D
K
 
S
G
 
G
D
 
K
I
 
I
K
 
K
I
 
V
V
 
V
G
 
G
Q
 
D
Q
 
Q
W
 
W
V
 
V
K
 
D
E
 
S
W
|
W
N
 
L
P
 
A
T
 
E
E
 
K
A
 
A
L
 
L
S
 
Q
I
 
I
V
 
M
E
 
E
N
 
N
A
 
A
L
 
L
T
 
T
R
 
A
N
 
N
N
 
K
N
 
N
K
 
N
I
 
I
D
 
D
G
 
A
I
 
V
V
 
V
A
 
A
S
 
S
N
|
N
D
 
D
A
 
A
T
 
T
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
I
 
I
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
A
 
S
A
 
A
Q
 
Q
K
 
G
M
 
L
A
 
S
G
 
G
K
 
K
V
 
V
P
 
A
I
 
I
S
 
S
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
A
 
A
D
 
D
L
 
L
A
 
A
A
 
A
V
 
I
K
 
K
R
 
R
V
 
I
I
 
V
D
 
E
G
 
G
T
 
T
Q
 
Q
T
 
T
M
 
M
T
 
T
V
 
V
Y
 
Y
K
|
K
P
 
P
L
 
I
K
 
T
L
 
N
I
 
L
A
 
A
S
 
D
E
 
K
A
 
A
A
 
A
K
 
E
L
 
L
S
 
S
V
 
V
Q
 
A
L
 
L
A
 
G
R
 
K
N
 
E
E
 
E
K
 
K
P
 
L
T
 
E
F
 
P
S
 
N
S
 
A
Q
 
K
Y
 
L
D
 
N
N
 
N
G
 
G
S
 
L
K
 
K
K
 
E
V
 
V
D
 
D
T
 
A
I
 
Y
L
 
L
L
 
L
T
 
D
P
 
P
T
 
I
P
 
V
L
 
V
T
 
T
K
 
K
D
 
D
N
 
N
I
 
I
D
 
D
-
 
S
L
 
T
L
 
V
E
 
I
K
 
K
D
 
D
G
 
G
F
 
F
Y
 
H
T
 
S
K
 
K
A
 
E
Q
 
A
I
 
V

4wwhA Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from mycobacterium smegmatis (msmeg_1704, target efi- 510967) with bound d-galactose
34% identity, 92% coverage: 25:330/333 of query aligns to 1:328/329 of 4wwhA

query
sites
4wwhA
A
 
A
H
 
K
P
 
G
K
 
T
I
 
V
G
 
G
F
 
I
S
 
A
I
 
M
D
 
P
D
 
T
L
 
K
R
 
S
L
 
S
E
 
E
R
|
R
W
 
W
S
 
V
R
 
A
D
 
D
R
 
G
D
 
Q
Y
 
N
F
 
M
V
 
V
A
 
D
A
 
Q
A
 
F
E
 
K
K
 
A
L
 
F
D
 
G
A
 
Y
K
 
D
V
 
T
F
 
D
V
 
L
Q
 
Q
S
 
Y
A
 
G
D
 
D
A
 
D
N
 
V
E
 
V
Q
 
Q
K
 
N
Q
 
Q
I
 
V
S
 
S
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
N
 
N
L
 
M
I
 
I
S
 
T
R
 
K
G
 
G
V
 
V
D
 
K
V
 
L
I
 
L
V
 
V
I
 
I
V
 
A
P
 
P
F
 
I
N
 
D
A
 
G
T
 
S
V
 
S
L
 
L
T
 
T
N
 
N
A
 
T
V
 
L
A
 
Q
E
 
H
A
 
A
K
 
A
K
 
D
A
 
L
G
 
K
I
 
I
K
 
P
V
 
V
V
 
I
S
 
S
Y
 
Y
D
|
D
R
|
R
L
 
L
I
 
I
L
 
K
N
 
G
A
 
T
-
 
P
D
 
N
I
 
V
D
 
D
A
 
Y
Y
 
Y
I
 
A
S
 
T
F
 
F
D
 
D
N
 
N
E
 
T
K
 
K
V
 
V
G
 
G
E
 
V
M
 
L
Q
 
Q
A
 
A
S
 
N
-
 
Y
-
 
I
-
 
V
-
 
D
-
 
T
-
 
L
G
 
G
V
 
V
L
 
A
K
 
D
A
 
G
A
 
K
P
 
G
K
 
P
G
 
F
N
 
N
Y
 
L
F
 
E
L
 
L
L
 
F
G
 
A
G
 
G
A
 
S
P
 
P
T
 
D
D
|
D
N
 
N
N
|
N
A
 
A
K
 
T
V
 
Y
L
 
F
R
 
F
E
 
Q
G
 
G
Q
 
A
M
 
M
K
 
S
V
 
V
L
 
L
Q
 
Q
P
 
P
A
 
Y
I
 
I
D
 
D
K
 
S
G
 
G
D
 
K
I
 
L
K
 
V
I
 
V
V
 
K
G
 
S
Q
 
G
Q
 
Q
W
 
T
V
 
T
K
 
F
E
 
D
-
 
Q
-
 
I
-
 
A
-
 
T
-
 
L
-
 
R
W
|
W
N
 
D
P
 
G
T
 
G
E
 
L
A
 
A
L
 
Q
S
 
S
I
 
R
V
 
M
E
 
D
N
 
N
A
 
L
L
 
L
T
 
S
R
 
Q
-
 
A
-
 
Y
N
 
T
N
 
S
N
 
G
K
 
R
I
 
V
D
 
D
G
 
A
I
 
V
V
 
L
A
 
S
S
 
P
N
 
Y
D
 
D
A
 
G
T
 
I
A
 
S
G
 
R
G
 
G
A
 
V
I
 
I
Q
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
K
A
 
S
Q
 
A
-
 
G
-
 
Y
-
 
G
K
 
N
M
 
A
A
 
A
G
 
K
K
 
P
V
 
L
P
 
P
I
 
I
-
 
V
S
 
T
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
A
 
A
D
 
E
L
 
L
A
 
A
A
 
S
V
 
V
K
 
K
R
 
S
V
 
I
I
 
V
D
 
A
G
 
G
T
 
E
Q
 
Q
T
 
T
M
 
Q
T
 
T
V
 
V
Y
 
F
K
|
K
P
 
D
L
 
T
K
 
R
L
 
E
I
 
L
A
 
A
S
 
K
E
 
A
A
 
A
A
 
V
K
 
Q
L
 
E
S
 
A
V
 
D
Q
 
A
L
 
V
A
 
L
R
 
T
N
 
G
E
 
G
K
 
T
P
 
P
T
 
Q
F
 
V
-
 
N
-
 
D
S
 
T
S
 
E
Q
 
T
Y
 
Y
D
 
D
N
 
N
G
 
G
S
 
V
K
 
K
K
 
V
V
 
V
D
 
P
T
 
S
I
 
Y
L
 
L
L
 
L
T
 
D
P
 
P
T
 
V
P
 
S
L
 
V
T
 
D
K
 
K
D
 
S
N
 
N
I
 
Y
-
 
K
D
 
K
L
 
V
L
 
L
E
 
I
K
 
D
D
 
S
G
 
G
F
 
Y
Y
 
Y
T
 
T
K
 
E
A
 
T
Q
 
Q
I
 
V

3uugA Crystal structure of the periplasmic sugar binding protein chve (see paper)
34% identity, 86% coverage: 40:327/333 of query aligns to 16:324/329 of 3uugA

query
sites
3uugA
R
|
R
W
 
W
S
 
I
R
 
D
D
 
D
R
 
G
D
 
N
Y
 
N
F
 
I
V
 
V
A
 
K
A
 
Q
A
 
L
E
 
Q
K
 
E
L
 
A
D
 
G
A
 
Y
K
 
K
V
 
T
F
 
D
V
 
L
Q
 
Q
S
 
Y
A
 
A
D
 
D
A
 
D
N
 
D
E
 
I
Q
 
P
K
 
N
Q
 
Q
I
 
L
S
 
S
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
N
 
N
L
 
M
I
 
V
S
 
T
R
 
K
G
 
G
V
 
V
D
 
K
V
 
V
I
 
L
V
 
V
I
 
I
V
 
A
P
 
S
F
 
I
N
 
D
A
 
G
T
 
T
V
 
T
L
 
L
T
 
S
N
 
D
A
 
V
V
 
L
A
 
K
E
 
Q
A
 
A
K
 
G
K
 
E
A
 
Q
G
 
G
I
 
I
K
 
K
V
 
V
V
 
I
S
 
A
Y
 
Y
D
|
D
R
|
R
L
 
L
I
 
I
L
 
R
N
 
N
A
 
S
-
 
G
D
 
D
I
 
V
D
 
S
A
 
Y
Y
 
Y
I
 
A
S
 
T
F
 
F
D
 
D
N
 
N
E
 
F
K
 
Q
V
 
V
G
 
G
E
 
V
M
 
L
Q
 
Q
A
 
A
S
 
T
G
 
S
V
 
I
-
 
T
-
 
D
-
 
K
-
 
L
-
 
G
L
 
L
K
 
K
A
 
D
A
 
G
P
 
-
K
 
K
G
 
G
-
 
P
-
 
F
N
 
N
Y
 
I
F
 
E
L
 
L
L
 
F
G
 
G
G
 
G
A
 
S
P
 
P
T
 
D
D
|
D
N
 
N
N
|
N
A
 
A
K
 
F
V
 
F
L
 
F
R
 
Y
E
 
D
G
 
G
Q
 
A
M
 
M
K
 
S
V
 
V
L
 
L
Q
 
K
P
 
P
A
 
Y
I
 
I
D
 
D
K
 
S
G
 
G
D
 
K
I
 
L
K
 
V
I
 
V
-
 
K
V
 
S
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
M
W
 
G
V
 
M
K
 
D
E
 
K
-
 
V
-
 
G
-
 
T
-
 
L
-
 
R
W
|
W
N
 
D
P
 
P
T
 
A
E
 
T
A
 
A
L
 
Q
S
 
A
I
 
R
V
 
M
E
 
D
N
 
N
A
 
L
L
 
L
T
 
S
-
 
A
-
 
Y
R
 
Y
N
 
T
N
 
D
N
 
A
K
 
K
I
 
V
D
 
D
G
 
A
I
 
V
V
 
L
A
 
S
S
 
P
N
x
Y
D
 
D
A
 
G
T
 
L
A
 
S
G
 
I
G
 
G
A
 
I
I
 
I
Q
 
S
A
 
S
L
 
L
A
 
K
A
 
G
Q
 
V
K
 
G
M
 
Y
A
 
G
G
 
T
K
 
K
-
 
D
-
 
Q
-
 
P
V
 
L
P
 
P
-
 
V
I
 
V
S
 
S
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
A
 
A
D
 
E
L
 
V
A
 
P
A
 
S
V
 
V
K
 
K
R
 
S
V
 
I
I
 
I
D
 
A
G
 
G
T
 
E
Q
 
Q
T
 
Y
M
 
S
T
 
T
V
 
I
Y
 
F
K
|
K
P
 
D
L
 
T
K
 
R
L
 
E
I
 
L
A
 
A
S
 
K
E
 
V
A
 
T
A
 
V
K
 
N
L
 
M
S
 
V
V
 
N
Q
 
A
L
 
V
A
 
M
R
 
E
N
 
G
E
 
K
K
 
E
P
 
P
T
 
E
F
 
V
-
 
N
-
 
D
S
 
T
S
 
K
Q
 
T
Y
 
Y
D
 
E
N
 
N
G
 
G
S
 
V
K
 
K
K
 
V
V
 
V
D
 
P
T
 
S
I
 
Y
L
 
L
L
 
L
T
 
K
P
 
P
T
 
V
P
 
A
L
 
V
T
 
T
K
 
K
D
 
E
N
 
N
I
 
Y
D
 
K
L
 
Q
L
 
V
E
 
L
K
 
V
D
 
D
G
 
G
F
 
G
Y
 
Y
T
 
Y
K
 
K

3urmA Crystal structure of the periplasmic sugar binding protein chve (see paper)
34% identity, 86% coverage: 40:327/333 of query aligns to 16:324/329 of 3urmA

query
sites
3urmA
R
|
R
W
 
W
S
 
I
R
 
D
D
 
D
R
 
G
D
 
N
Y
 
N
F
 
I
V
 
V
A
 
K
A
 
Q
A
 
L
E
 
Q
K
 
E
L
 
A
D
 
G
A
 
Y
K
 
K
V
 
T
F
 
D
V
 
L
Q
 
Q
S
 
Y
A
 
A
D
 
D
A
 
D
N
 
D
E
 
I
Q
 
P
K
 
N
Q
 
Q
I
 
L
S
 
S
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
N
 
N
L
 
M
I
 
V
S
 
T
R
 
K
G
 
G
V
 
V
D
 
K
V
 
V
I
 
L
V
 
V
I
 
I
V
 
A
P
 
S
F
 
I
N
 
D
A
 
G
T
 
T
V
 
T
L
 
L
T
 
S
N
 
D
A
 
V
V
 
L
A
 
K
E
 
Q
A
 
A
K
 
G
K
 
E
A
 
Q
G
 
G
I
 
I
K
 
K
V
 
V
V
 
I
S
 
A
Y
 
Y
D
|
D
R
|
R
L
 
L
I
 
I
L
 
R
N
 
N
A
 
S
-
 
G
D
 
D
I
 
V
D
 
S
A
 
Y
Y
 
Y
I
 
A
S
 
T
F
 
F
D
 
D
N
 
N
E
 
F
K
 
Q
V
 
V
G
 
G
E
 
V
M
 
L
Q
 
Q
A
 
A
S
 
T
G
 
S
V
 
I
-
 
T
-
 
D
-
 
K
-
 
L
-
 
G
L
 
L
K
 
K
A
 
D
A
 
G
P
 
-
K
 
K
G
 
G
-
 
P
-
 
F
N
 
N
Y
 
I
F
 
E
L
 
L
L
 
F
G
 
G
G
 
G
A
 
S
P
 
P
T
 
D
D
|
D
N
 
N
N
|
N
A
 
A
K
 
F
V
 
F
L
 
F
R
 
Y
E
 
D
G
 
G
Q
 
A
M
 
M
K
 
S
V
 
V
L
 
L
Q
 
K
P
 
P
A
 
Y
I
 
I
D
 
D
K
 
S
G
 
G
D
 
K
I
 
L
K
 
V
I
 
V
-
 
K
V
 
S
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
M
W
 
G
V
 
M
K
 
D
E
 
K
-
 
V
-
 
G
-
 
T
-
 
L
-
 
R
W
|
W
N
 
D
P
 
P
T
 
A
E
 
T
A
 
A
L
 
Q
S
 
A
I
 
R
V
 
M
E
 
D
N
 
N
A
 
L
L
 
L
T
 
S
-
 
A
-
 
Y
R
 
Y
N
 
T
N
 
D
N
 
A
K
 
K
I
 
V
D
 
D
G
 
A
I
 
V
V
 
L
A
 
S
S
 
P
N
 
Y
D
 
D
A
 
G
T
 
L
A
 
S
G
 
I
G
 
G
A
 
I
I
 
I
Q
 
S
A
 
S
L
 
L
A
 
K
A
 
G
Q
 
V
K
 
G
M
 
Y
A
 
G
G
 
T
K
 
K
-
 
D
-
 
Q
-
 
P
V
 
L
P
 
P
-
 
V
I
 
V
S
 
S
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
A
 
A
D
 
E
L
 
V
A
 
P
A
 
S
V
 
V
K
 
K
R
 
S
V
 
I
I
 
I
D
 
A
G
 
G
T
 
E
Q
 
Q
T
 
Y
M
 
S
T
 
T
V
 
I
Y
 
F
K
|
K
P
 
D
L
 
T
K
 
R
L
 
E
I
 
L
A
 
A
S
 
K
E
 
V
A
 
T
A
 
V
K
 
N
L
 
M
S
 
V
V
 
N
Q
 
A
L
 
V
A
 
M
R
 
E
N
 
G
E
 
K
K
 
E
P
 
P
T
 
E
F
 
V
-
 
N
-
 
D
S
 
T
S
 
K
Q
 
T
Y
 
Y
D
 
E
N
 
N
G
 
G
S
 
V
K
 
K
K
 
V
V
 
V
D
 
P
T
 
S
I
 
Y
L
 
L
L
 
L
T
 
K
P
 
P
T
 
V
P
 
A
L
 
V
T
 
T
K
 
K
D
 
E
N
 
N
I
 
Y
D
 
K
L
 
Q
L
 
V
E
 
L
K
 
V
D
 
D
G
 
G
F
 
G
Y
 
Y
T
 
Y
K
 
K

4ys6A Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from clostridium phytofermentans (cphy_1585, target efi- 511156) with bound beta-d-glucose
34% identity, 91% coverage: 29:330/333 of query aligns to 3:323/324 of 4ys6A

query
sites
4ys6A
I
 
V
G
 
G
F
 
V
S
 
A
I
 
M
D
 
P
D
 
T
L
 
K
R
 
D
L
 
L
E
 
Q
R
|
R
W
|
W
S
 
N
R
 
Q
D
 
D
R
 
G
D
 
S
Y
 
N
F
 
M
V
 
E
A
 
K
A
 
Q
A
 
L
E
 
K
K
 
D
L
 
A
D
 
G
A
 
Y
K
 
E
V
 
V
F
 
D
V
 
L
Q
 
Q
S
 
Y
A
 
A
D
 
S
A
 
N
N
 
D
E
 
V
Q
 
Q
K
 
T
Q
 
Q
I
 
V
S
 
S
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
N
 
N
L
 
M
I
 
I
S
 
S
R
 
N
G
 
G
V
 
C
D
 
K
V
 
L
I
 
L
V
 
V
I
 
I
V
 
A
P
 
S
F
 
I
N
 
E
A
 
G
T
 
D
V
 
S
L
 
L
T
 
G
N
 
T
A
 
V
V
 
L
A
 
A
E
 
Q
A
 
A
K
 
K
K
 
K
A
 
K
G
 
G
I
 
I
K
 
S
V
 
V
V
 
I
S
 
A
Y
 
Y
D
|
D
R
|
R
L
 
L
I
 
I
L
 
M
N
 
N
A
 
S
D
 
D
-
 
A
I
 
V
D
 
S
A
 
Y
Y
 
Y
I
 
A
S
 
T
F
 
F
D
 
D
N
 
N
E
 
Y
K
 
M
V
 
V
G
 
G
E
 
T
M
 
K
Q
 
Q
A
 
G
S
 
E
G
 
Y
V
 
I
-
 
K
-
 
E
-
 
K
-
 
L
-
 
N
L
 
L
K
 
E
A
 
T
A
 
A
P
 
-
K
 
K
G
 
G
-
 
P
-
 
F
N
 
N
Y
 
L
F
 
E
L
 
I
L
 
F
G
 
T
G
 
G
A
 
D
P
 
P
T
 
G
D
|
D
N
 
N
N
|
N
A
 
A
K
 
R
V
 
F
L
 
F
R
 
Y
E
 
G
G
 
G
Q
 
A
M
 
M
K
 
D
V
 
V
L
 
L
Q
 
K
P
 
P
A
 
Y
I
 
V
D
 
D
K
 
G
G
 
G
D
 
V
I
 
L
-
 
V
-
 
V
-
 
K
-
 
S
-
 
G
-
 
S
-
 
V
-
 
A
-
 
F
-
 
E
K
 
K
I
 
V
V
 
A
G
 
T
Q
 
A
Q
 
G
W
|
W
V
 
S
K
 
T
E
 
E
W
 
T
N
 
A
P
 
Q
T
 
N
E
 
R
A
 
M
L
 
D
S
 
A
I
 
I
V
 
I
E
 
A
N
 
-
A
 
S
L
 
Y
T
 
Y
R
 
A
N
 
D
N
 
G
N
 
T
K
 
K
I
 
L
D
 
D
G
 
A
I
 
V
V
 
L
A
 
C
S
 
S
N
|
N
D
 
D
A
 
S
T
 
T
A
 
A
G
 
L
G
 
G
A
 
V
I
 
T
Q
 
N
A
 
A
L
 
L
A
 
T
A
 
A
Q
 
S
K
 
-
M
 
Y
A
 
K
G
 
G
K
 
E
V
 
W
P
 
P
I
 
I
-
 
V
S
 
T
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
A
 
C
D
 
D
L
 
I
A
 
A
A
 
N
V
 
V
K
 
K
R
 
N
V
 
M
I
 
L
D
 
D
G
 
G
T
 
K
Q
 
Q
T
 
S
M
 
M
T
 
S
V
 
I
Y
 
F
K
|
K
P
 
D
L
 
T
K
 
R
L
 
T
I
 
L
A
 
A
S
 
S
E
 
Q
A
 
V
A
 
V
K
 
K
L
 
M
S
 
V
V
 
D
Q
 
A
L
 
I
A
 
M
R
 
K
-
 
G
N
 
G
E
 
E
K
 
A
P
 
P
T
 
V
F
 
N
S
 
D
S
 
T
Q
 
K
-
 
S
Y
 
Y
D
 
D
N
 
N
G
 
G
S
 
N
K
 
G
K
 
I
V
 
V
D
 
P
T
 
S
I
 
Y
L
 
L
L
 
C
T
 
E
P
 
P
T
 
V
P
 
F
L
 
A
T
 
D
K
 
A
D
 
T
N
 
N
I
 
Y
-
 
K
D
 
E
L
 
L
L
 
L
E
 
I
K
 
D
D
 
S
G
 
G
F
 
Y
Y
 
Y
T
 
T
K
 
E
A
 
D
Q
 
Q
I
 
L

4rxuA Crystal structure of carbohydrate transporter solute binding protein caur_1924 from chloroflexus aurantiacus, target efi-511158, in complex with d-glucose
33% identity, 86% coverage: 40:326/333 of query aligns to 17:332/340 of 4rxuA

query
sites
4rxuA
R
|
R
W
 
W
S
 
I
R
 
Q
D
 
D
R
 
E
D
 
T
Y
 
R
F
 
F
V
 
R
A
 
E
A
 
A
A
 
L
E
 
Q
K
 
Q
L
 
A
D
 
G
A
 
Y
K
 
Q
V
 
V
F
 
E
V
 
I
Q
 
L
S
 
F
A
 
S
D
 
Q
A
 
G
N
 
S
E
 
S
Q
 
A
K
 
K
Q
 
E
I
 
K
S
 
E
Q
 
N
I
 
V
E
 
E
N
 
A
L
 
L
I
 
I
S
 
A
R
 
K
G
 
G
V
 
I
D
 
K
V
 
V
I
 
L
V
 
I
I
 
I
V
 
C
P
 
P
F
 
H
N
 
D
A
 
G
T
 
T
V
 
A
L
 
A
T
 
A
N
 
A
A
 
A
V
 
A
A
 
E
E
 
A
A
 
A
K
 
R
K
 
A
A
 
A
G
 
G
I
 
V
K
 
K
V
 
V
V
 
I
S
 
S
Y
 
Y
D
|
D
R
|
R
L
 
L
I
 
I
L
 
R
N
 
E
A
 
T
D
 
D
-
 
A
I
 
V
D
 
D
A
 
Y
Y
 
Y
I
 
V
S
 
T
F
 
F
D
 
D
N
 
S
E
 
I
K
 
A
V
 
V
G
 
G
E
 
A
M
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
S
 
Q
G
 
Y
V
 
L
L
 
V
-
 
D
K
 
H
A
 
A
A
 
S
P
 
G
K
 
T
G
 
G
N
 
N
-
 
P
Y
 
L
F
 
Y
L
 
L
L
 
Y
G
 
A
G
 
G
A
 
A
P
 
A
T
 
S
D
|
D
N
 
N
N
|
N
A
 
A
K
 
F
V
 
L
L
 
F
R
 
F
E
 
E
G
 
G
Q
 
A
M
 
W
K
 
K
V
 
V
L
 
L
Q
 
Q
P
 
P
A
 
K
I
 
I
D
 
A
K
 
D
G
 
G
D
 
T
I
 
F
-
 
V
-
 
I
-
 
K
-
 
N
-
 
S
-
 
S
-
 
E
-
 
A
-
 
V
-
 
A
-
 
L
-
 
Q
-
 
N
-
 
K
-
 
L
-
 
D
-
 
L
-
 
T
-
 
R
-
 
D
-
 
E
-
 
M
-
 
A
K
 
K
I
 
I
V
 
I
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
V
W
 
-
V
 
T
K
 
T
E
 
N
W
|
W
N
 
D
P
 
F
T
 
N
E
 
T
A
 
A
L
 
K
S
 
N
I
 
L
V
 
A
E
 
E
N
 
A
A
 
N
L
 
L
T
 
T
R
 
A
N
 
A
N
 
T
N
 
A
K
 
A
I
 
D
D
 
K
G
 
G
-
 
K
-
 
V
-
 
Y
I
 
I
V
 
L
A
 
A
S
 
P
N
|
N
D
 
D
A
 
G
T
 
T
A
 
A
G
 
R
G
 
A
A
 
I
I
 
A
Q
 
D
A
 
A
L
 
F
A
 
A
A
 
A
Q
 
D
K
 
K
M
 
D
A
 
V
G
 
T
K
 
E
V
 
Y
P
 
F
I
 
V
S
 
T
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
A
 
A
D
 
E
L
 
K
A
 
A
A
 
S
V
 
V
K
 
Q
R
 
Y
V
 
I
I
 
I
D
 
D
G
 
G
T
 
R
Q
 
Q
T
 
S
M
 
M
T
 
T
V
 
V
Y
 
F
K
|
K
P
 
D
L
 
V
K
 
R
L
 
T
I
 
L
A
 
V
S
 
Q
E
 
D
A
 
A
A
 
I
K
 
K
L
 
A
S
 
A
V
 
V
Q
 
A
L
 
L
A
 
L
R
 
Q
N
 
D
E
 
Q
K
 
Q
P
 
P
T
 
E
F
 
A
S
 
R
S
 
G
Q
 
T
Y
 
Y
D
 
N
N
 
N
G
 
G
S
 
K
K
 
K
K
 
D
V
 
V
D
 
P
T
 
A
I
 
I
L
 
Q
L
 
S
T
 
P
P
 
V
T
 
V
P
 
T
L
 
V
T
 
T
K
 
R
D
 
D
N
 
N
I
 
V
D
 
R
-
 
A
L
 
A
L
 
L
E
 
I
K
 
D
D
 
S
G
 
G
F
 
Y
Y
 
Y
T
 
S

Sites not aligning to the query:

6ruxA P46, an immunodominant surface protein from mycoplasma hyopneumoniae (see paper)
32% identity, 70% coverage: 86:317/333 of query aligns to 70:370/373 of 6ruxA

query
sites
6ruxA
I
 
F
V
 
I
I
 
I
V
 
A
P
 
P
F
 
E
N
 
N
A
 
G
T
 
S
V
 
G
L
 
V
T
 
G
N
 
T
A
 
A
V
 
V
A
 
N
E
 
T
A
 
I
K
 
A
K
 
D
A
 
K
G
 
G
I
 
I
K
 
P
V
 
I
V
 
V
S
 
A
Y
 
Y
D
 
D
R
 
R
L
 
L
I
 
I
L
 
T
N
 
G
A
 
S
D
 
D
-
 
K
I
 
Y
D
 
D
A
 
W
Y
 
Y
I
 
V
S
 
S
F
 
F
D
 
D
N
 
N
E
 
E
K
 
K
V
 
V
G
 
G
E
 
E
M
 
L
Q
 
Q
-
 
G
-
 
L
-
 
S
-
 
L
A
 
A
S
 
A
G
 
G
V
 
L
L
 
L
-
 
G
-
 
K
-
 
E
-
 
D
-
 
G
-
 
A
-
 
F
-
 
D
-
 
S
-
 
I
-
 
D
-
 
Q
-
 
M
-
 
N
-
 
E
-
 
Y
-
 
L
-
 
K
K
 
S
A
 
H
A
 
M
P
 
P
K
 
Q
G
 
E
-
 
T
-
 
I
N
 
S
Y
 
F
F
 
Y
L
 
T
L
 
I
G
 
A
G
 
G
A
 
S
P
 
Q
T
 
D
D
|
D
N
 
N
N
 
N
A
 
S
K
 
Q
V
 
Y
L
 
F
R
 
Y
E
 
N
G
 
G
Q
 
A
M
 
M
K
 
K
V
 
V
L
 
L
Q
 
K
P
 
E
A
 
L
I
 
M
D
 
K
K
 
N
G
 
S
D
 
Q
I
 
N
K
 
K
I
 
I
V
 
I
-
 
D
-
 
L
-
 
S
-
 
P
-
 
E
G
 
G
Q
 
E
Q
 
N
-
 
A
-
 
V
W
 
Y
V
 
V
K
 
P
E
 
G
W
|
W
N
 
N
P
 
Y
T
 
G
E
 
T
A
 
A
L
 
G
S
 
Q
I
 
R
V
 
I
E
 
Q
N
 
S
A
 
F
L
 
L
T
 
T
R
 
I
N
 
N
-
 
K
-
 
D
-
 
P
-
 
A
-
 
G
N
 
G
N
 
N
K
 
K
I
 
I
D
 
K
-
 
A
-
 
V
-
 
G
-
 
S
-
 
K
-
 
P
-
 
A
-
 
S
-
 
I
-
 
F
-
 
K
G
 
G
I
 
F
V
 
L
A
 
A
S
 
P
N
|
N
D
 
D
A
 
-
T
 
-
A
 
-
G
 
G
G
 
M
A
 
A
I
 
E
Q
 
Q
A
 
A
L
 
I
A
 
T
A
 
K
Q
 
L
K
 
K
M
 
L
A
 
E
G
 
G
-
 
F
-
 
D
-
 
T
-
 
Q
K
 
K
V
 
I
P
 
F
I
 
V
S
 
T
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
A
 
Y
D
 
N
L
 
D
A
 
K
A
 
A
V
 
K
K
 
T
R
 
F
V
 
I
I
 
K
D
 
D
G
 
G
T
 
D
Q
 
Q
T
 
N
M
 
M
T
 
T
V
 
I
Y
 
Y
K
 
K
P
 
P
L
 
D
K
 
K
L
 
V
I
 
L
A
 
G
S
 
K
E
 
V
A
 
A
A
 
V
K
 
E
-
 
V
L
 
L
S
 
R
V
 
V
Q
 
L
L
 
I
A
 
A
R
 
K
N
 
K
E
 
N
K
 
K
-
 
A
-
 
S
-
 
R
-
 
S
-
 
E
-
 
V
-
 
E
-
 
N
-
 
E
-
 
L
-
 
K
-
 
A
-
 
K
-
 
L
P
 
P
T
 
N
F
 
I
S
 
S
S
 
F
Q
 
K
Y
 
Y
D
 
D
N
 
N
G
 
Q
S
 
T
K
 
Y
K
 
K
V
 
V
-
 
Q
-
 
G
-
 
K
-
 
N
-
 
I
D
 
N
T
 
T
I
 
I
L
 
L
L
 
V
T
 
S
P
 
P
T
 
V
P
 
I
L
 
V
T
 
T
K
 
K
D
 
A
N
 
N
I
 
V
D
 
D

6s3tA P46, an immunodominant surface protein from mycoplasma hyopneumoniae (see paper)
32% identity, 70% coverage: 86:317/333 of query aligns to 72:372/374 of 6s3tA

query
sites
6s3tA
I
 
F
V
 
I
I
 
I
V
 
A
P
 
P
F
 
E
N
 
N
A
 
G
T
 
S
V
 
G
L
 
V
T
 
G
N
 
T
A
 
A
V
 
V
A
 
N
E
 
T
A
 
I
K
 
A
K
 
D
A
 
K
G
 
G
I
 
I
K
 
P
V
 
I
V
 
V
S
 
A
Y
 
Y
D
|
D
R
|
R
L
 
L
I
 
I
L
 
T
N
 
G
A
 
S
D
 
D
-
 
K
I
 
Y
D
 
D
A
 
W
Y
 
Y
I
 
V
S
 
S
F
 
F
D
 
D
N
 
N
E
 
E
K
 
K
V
 
V
G
 
G
E
 
E
M
 
L
Q
 
Q
-
 
G
-
 
L
-
 
S
-
 
L
A
 
A
S
 
A
G
 
G
V
 
L
L
 
L
-
 
G
-
 
K
-
 
E
-
 
D
-
 
G
-
 
A
-
 
F
-
 
D
-
 
S
-
 
I
-
 
D
-
 
Q
-
 
M
-
 
N
-
 
E
-
 
Y
-
 
L
-
 
K
K
 
S
A
 
H
A
 
M
P
 
P
K
 
Q
G
 
E
-
 
T
-
 
I
N
 
S
Y
 
F
F
 
Y
L
 
T
L
 
I
G
 
A
G
 
G
A
 
S
P
 
Q
T
 
D
D
|
D
N
 
N
N
 
N
A
 
S
K
 
Q
V
 
Y
L
 
F
R
 
Y
E
 
N
G
 
G
Q
 
A
M
 
M
K
 
K
V
 
V
L
 
L
Q
 
K
P
 
E
A
 
L
I
 
M
D
 
K
K
 
N
G
 
S
D
 
Q
I
 
N
K
 
K
I
 
I
V
 
I
-
 
D
-
 
L
-
 
S
-
 
P
-
 
E
G
 
G
Q
 
E
Q
 
N
-
 
A
-
 
V
W
 
Y
V
 
V
K
 
P
E
 
G
W
 
W
N
 
N
P
 
Y
T
 
G
E
 
T
A
 
A
L
 
G
S
 
Q
I
 
R
V
 
I
E
 
Q
N
 
S
A
 
F
L
 
L
T
 
T
R
 
I
N
 
N
-
 
K
-
 
D
-
 
P
-
 
A
-
 
G
N
 
G
N
 
N
K
 
K
I
 
I
D
 
K
-
 
A
-
 
V
-
 
G
-
 
S
-
 
K
-
 
P
-
 
A
-
 
S
-
 
I
-
 
F
-
 
K
G
 
G
I
 
F
V
 
L
A
 
A
S
 
P
N
 
N
D
 
D
A
 
-
T
 
-
A
 
-
G
 
G
G
 
M
A
 
A
I
 
E
Q
 
Q
A
 
A
L
 
I
A
 
T
A
 
K
Q
 
L
K
 
K
M
 
L
A
 
E
G
 
G
-
 
F
-
 
D
-
 
T
-
 
Q
K
 
K
V
 
I
P
 
F
I
 
V
S
 
T
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
A
 
Y
D
 
N
L
 
D
A
 
K
A
 
A
V
 
K
K
 
T
R
 
F
V
 
I
I
 
K
D
 
D
G
 
G
T
 
D
Q
 
Q
T
 
N
M
 
M
T
 
T
V
 
I
Y
 
Y
K
|
K
P
 
P
L
 
D
K
 
K
L
 
V
I
 
L
A
 
G
S
 
K
E
 
V
A
 
A
A
 
V
K
 
E
-
 
V
L
 
L
S
 
R
V
 
V
Q
 
L
L
 
I
A
 
A
R
 
K
N
 
K
E
 
N
K
 
K
-
 
A
-
 
S
-
 
R
-
 
S
-
 
E
-
 
V
-
 
E
-
 
N
-
 
E
-
 
L
-
 
K
-
 
A
-
 
K
-
 
L
P
 
P
T
 
N
F
 
I
S
 
S
S
 
F
Q
 
K
Y
 
Y
D
 
D
N
 
N
G
 
Q
S
 
T
K
 
Y
K
 
K
V
 
V
-
 
Q
-
 
G
-
 
K
-
 
N
-
 
I
D
 
N
T
 
T
I
 
I
L
 
L
L
 
V
T
 
S
P
 
P
T
 
V
P
 
I
L
 
V
T
 
T
K
 
K
D
 
A
N
 
N
I
 
V
D
 
D

Sites not aligning to the query:

2ioyA Crystal structure of thermoanaerobacter tengcongensis ribose binding protein (see paper)
33% identity, 72% coverage: 52:290/333 of query aligns to 26:260/274 of 2ioyA

query
sites
2ioyA
A
 
A
E
 
K
K
 
E
L
 
L
D
 
G
A
 
Y
K
 
K
V
 
I
F
 
I
V
 
V
Q
 
E
S
 
D
A
 
S
D
 
Q
A
 
N
N
 
D
E
 
S
Q
 
S
K
 
K
Q
 
E
I
 
L
S
 
S
Q
 
N
I
 
V
E
 
E
N
 
D
L
 
L
I
 
I
S
 
Q
R
 
Q
G
 
K
V
 
V
D
 
D
V
 
V
I
 
L
V
 
L
I
 
I
V
 
N
P
 
P
F
 
V
N
 
D
A
 
S
T
 
D
V
 
A
L
 
V
T
 
V
N
 
T
A
 
A
V
 
I
A
 
K
E
 
E
A
 
A
K
 
N
K
 
S
A
 
K
G
 
N
I
 
I
K
 
P
V
 
V
V
 
I
S
 
T
Y
 
I
D
|
D
R
|
R
L
 
S
I
 
A
L
 
N
N
 
G
A
 
G
D
 
D
I
 
V
D
 
V
A
 
C
Y
 
H
I
 
I
S
 
A
F
 
S
D
 
D
N
 
N
E
 
V
K
 
K
V
 
G
G
 
G
E
 
E
M
 
M
Q
 
A
A
 
A
S
 
E
G
 
F
V
 
I
L
 
A
K
 
K
A
 
A
A
 
L
P
 
K
-
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
Y
 
V
F
 
V
L
 
E
L
 
L
G
 
E
G
 
G
A
 
I
P
 
P
T
 
G
D
 
A
N
 
S
N
x
A
A
 
A
K
 
R
V
 
D
L
x
R
R
 
G
E
 
K
G
 
G
Q
 
-
M
 
-
K
 
-
V
 
-
L
 
F
Q
 
D
P
 
E
A
 
A
I
 
I
D
 
A
K
 
K
-
 
Y
G
 
P
D
 
D
I
 
I
K
 
K
I
 
I
V
 
V
G
 
A
Q
 
K
Q
 
Q
W
 
A
V
 
A
K
 
-
E
 
D
W
x
F
N
 
D
P
 
R
T
 
S
E
 
K
A
 
G
L
 
L
S
 
S
I
 
V
V
 
M
E
 
E
N
 
N
A
 
I
L
 
L
T
 
-
R
 
Q
N
 
A
N
 
Q
N
 
P
K
 
K
I
 
I
D
 
D
G
 
A
I
 
V
V
 
F
A
 
A
S
 
Q
N
|
N
D
 
D
A
 
E
T
 
M
A
 
A
G
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
I
Q
 
K
A
 
A
L
 
I
A
 
E
A
 
A
Q
 
A
K
 
N
M
 
R
A
 
Q
G
 
G
K
 
-
V
 
I
P
 
I
I
 
V
S
 
V
G
 
G
Q
 
F
D
|
D
A
 
G
D
 
T
L
 
E
A
 
D
A
 
A
V
 
L
K
 
K
R
 
A
V
 
I
I
 
K
D
 
E
G
 
G
T
 
K
Q
 
M
T
 
A
M
 
A
T
 
T
V
 
I
Y
 
A
K
x
Q
P
 
Q
L
 
P
K
 
A
L
 
L
I
 
M
A
 
G
S
 
S
E
 
L
A
 
G
A
 
V
K
 
E
L
 
M
S
 
A
V
 
D
Q
 
K
L
 
Y
A
 
L
R
 
K
N
 
G
E
 
E
K
 
K
-
 
I
P
 
P
T
 
N
F
 
F

Sites not aligning to the query:

5dteB Crystal structure of an abc transporter periplasmic solute binding protein (ipr025997) from actinobacillus succinogenes 130z(asuc_0081, target efi-511065) with bound d-allose
32% identity, 79% coverage: 27:289/333 of query aligns to 3:270/287 of 5dteB

query
sites
5dteB
P
 
P
K
 
Q
I
 
I
G
 
A
F
 
L
S
 
L
I
 
M
D
x
K
D
 
T
L
 
L
R
 
S
L
x
N
E
 
E
R
x
Y
W
 
F
S
 
I
R
 
S
D
 
M
R
 
R
D
 
Q
Y
 
G
F
 
A
V
 
E
A
 
E
A
 
T
A
 
A
E
 
K
K
 
Q
L
 
K
D
 
D
A
 
I
K
 
D
V
 
L
F
 
I
V
 
V
Q
 
Q
S
 
V
A
 
A
-
 
E
-
 
K
-
 
E
D
 
D
A
 
S
N
 
T
E
 
E
Q
 
Q
K
 
-
Q
 
L
I
 
V
S
 
G
Q
 
L
I
 
V
E
 
E
N
 
N
L
 
M
I
 
I
S
 
A
R
 
K
G
 
K
V
 
V
D
 
D
V
 
A
I
 
I
V
 
I
I
 
V
V
 
T
P
 
P
F
 
N
N
 
D
A
 
S
T
 
I
V
 
A
L
 
F
T
 
I
N
 
P
A
 
A
V
 
F
A
 
Q
E
 
K
A
 
A
K
 
E
K
 
K
A
 
A
G
 
G
I
 
I
K
 
P
V
 
I
V
 
I
S
 
D
Y
 
L
D
|
D
-
 
V
R
 
R
L
 
L
I
 
D
L
 
A
N
 
K
A
 
A
D
 
A
I
 
E
D
 
A
A
 
A
-
 
G
-
 
L
-
 
K
-
 
F
-
 
N
Y
 
Y
I
 
V
S
 
G
F
 
V
D
 
D
N
 
N
E
 
F
K
 
N
V
 
G
G
 
G
E
 
Y
M
 
L
Q
 
E
A
 
A
S
 
K
G
 
N
V
 
L
L
 
A
K
 
E
A
 
A
-
 
I
A
 
G
P
 
K
K
 
K
G
 
G
N
 
N
Y
 
V
F
 
A
L
 
I
L
 
L
G
 
E
G
 
G
A
 
I
P
 
P
T
 
G
D
 
V
N
 
D
N
|
N
A
 
G
K
 
E
V
 
Q
L
x
R
R
 
K
E
 
G
G
 
G
Q
 
A
M
 
L
K
 
K
V
 
A
L
 
F
Q
 
A
P
 
-
A
 
-
I
 
-
D
 
E
K
 
Y
G
 
P
D
 
D
I
 
I
K
 
K
I
 
I
V
 
V
G
 
A
Q
 
S
Q
 
Q
W
 
S
V
 
A
K
 
N
E
 
-
W
|
W
N
 
E
P
 
T
T
 
E
E
 
Q
A
 
A
L
 
L
S
 
N
I
 
V
V
 
T
E
 
T
N
 
N
A
 
I
L
 
L
T
 
T
R
 
A
N
 
N
N
 
P
N
 
N
K
 
-
I
 
I
D
 
N
G
 
G
I
 
I
V
 
F
A
 
A
S
 
A
N
 
N
D
 
D
A
 
N
T
 
M
A
 
A
G
 
I
G
 
G
A
 
A
I
 
V
Q
 
T
A
 
A
L
 
V
A
 
E
A
 
N
Q
 
A
K
 
G
M
 
L
A
 
A
G
 
G
K
 
K
V
 
V
P
 
L
I
 
V
S
 
S
G
 
G
Q
 
Y
D
|
D
A
 
G
D
 
I
L
 
P
A
 
L
A
 
A
V
 
I
K
 
E
R
 
Y
V
 
V
I
 
K
D
 
Q
G
 
G
T
 
K
Q
 
M
T
 
Q
M
 
N
T
 
T
V
 
I
Y
 
D
K
x
Q
-
 
L
P
 
P
L
 
K
K
 
K
L
 
Q
I
 
V
A
 
A
S
 
I
E
 
A
A
 
I
A
 
E
K
 
H
L
 
A
S
 
L
V
 
K
Q
 
Q
L
 
I
A
 
N
R
 
K
N
 
Q
E
 
E
K
 
I
P
 
P
T
 
S

4ry9B Crystal structure of carbohydrate transporter solute binding protein veis_2079 from verminephrobacter eiseniae ef01-2, target efi-511009, a complex with d-talitol
27% identity, 87% coverage: 28:317/333 of query aligns to 4:288/297 of 4ry9B

query
sites
4ry9B
K
 
K
I
 
I
G
 
G
F
 
V
S
 
S
I
 
M
D
x
K
D
 
T
L
 
L
R
 
S
L
 
A
E
 
P
R
x
Y
W
x
F
S
 
A
R
 
A
D
 
Q
R
 
M
D
 
E
Y
 
A
F
 
A
V
 
K
A
 
A
A
 
R
A
 
G
E
 
K
K
 
E
L
 
L
D
 
G
A
 
Y
K
 
E
V
 
V
F
 
L
V
 
A
Q
 
T
S
 
D
A
 
A
D
 
Q
A
 
G
N
 
K
E
 
L
Q
 
Q
K
 
K
Q
 
Q
I
 
I
S
 
S
Q
 
D
I
 
V
E
 
E
N
 
D
L
 
L
I
 
V
S
 
T
R
 
R
G
 
G
V
 
V
D
 
K
V
 
L
I
 
L
V
 
I
I
 
I
V
 
N
P
 
P
F
 
A
N
x
D
A
x
S
T
 
E
V
 
G
L
 
L
T
 
V
N
 
N
A
 
A
V
 
V
A
 
N
E
 
N
A
 
A
K
 
S
K
 
A
A
 
N
G
 
G
I
 
V
K
 
K
V
 
V
V
 
V
S
 
-
Y
 
-
D
 
-
R
 
-
L
 
-
I
 
V
L
 
I
N
x
D
A
x
S
D
x
T
I
 
L
D
 
N
A
 
P
Y
 
R
I
 
A
S
 
N
F
 
F
D
 
-
N
 
-
E
 
-
K
 
-
V
 
V
G
 
T
E
 
Q
M
 
V
Q
 
Q
A
 
S
S
 
S
G
 
N
V
 
S
L
 
I
K
 
N
A
 
G
A
 
A
P
 
L
K
 
V
G
 
G
N
 
H
Y
 
W
F
 
V
-
 
I
-
 
E
-
 
E
-
 
V
-
 
G
-
 
N
-
 
K
-
 
S
-
 
L
-
 
K
-
 
I
-
 
A
L
 
L
L
 
L
G
 
S
G
 
G
A
 
-
P
 
-
T
 
-
D
 
E
N
 
K
N
 
G
A
x
N
K
x
P
V
 
V
L
 
G
R
 
Q
E
 
E
G
x
R
Q
 
R
M
 
L
K
 
G
V
 
V
L
 
L
Q
 
S
P
 
G
A
 
I
I
 
I
D
 
E
-
 
A
-
 
Q
-
 
L
-
 
R
-
 
K
-
 
F
-
 
G
K
 
K
G
 
A
D
 
D
I
 
L
K
 
T
I
 
V
V
 
V
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
G
W
 
W
V
 
-
K
 
G
E
 
H
W
|
W
N
 
N
P
 
D
T
 
E
E
 
G
A
 
G
L
 
L
S
 
K
I
 
A
V
 
M
E
 
E
N
 
D
A
 
L
L
 
L
T
 
V
R
 
A
N
 
N
N
 
K
N
 
D
K
 
-
I
 
I
D
 
N
G
 
M
I
 
V
V
 
L
A
 
G
S
 
E
N
|
N
D
 
D
A
 
S
T
 
M
A
 
V
G
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
R
Q
 
R
A
 
A
L
 
I
A
 
E
A
 
S
Q
 
A
K
 
G
M
 
R
A
 
T
G
 
G
K
 
I
V
 
L
P
 
L
I
 
V
S
 
A
G
 
A
Q
 
A
D
|
D
A
 
A
D
 
Q
L
 
K
A
 
E
A
 
A
V
 
L
K
 
A
R
 
L
V
 
I
I
 
K
D
 
Q
G
 
G
T
 
K
Q
 
Y
T
 
G
M
 
V
T
 
T
V
 
G
Y
 
L
K
 
N
P
 
D
L
 
P
K
 
A
L
 
L
I
 
V
A
 
A
S
 
R
E
 
T
A
 
A
A
 
I
K
 
D
L
 
L
S
 
G
V
 
V
Q
 
K
L
 
V
A
 
V
R
 
K
N
 
G
E
 
E
K
 
V
P
 
K
T
 
D
F
 
V
S
 
P
S
 
K
Q
 
Q
Y
 
-
D
 
-
N
 
-
G
 
-
S
 
-
K
 
-
K
 
-
V
 
-
D
 
-
T
 
-
I
 
T
L
 
L
L
 
T
T
 
T
P
 
P
T
 
A
P
 
A
L
 
I
T
 
T
K
 
K
D
 
G
N
 
N
I
 
V
D
 
D

4ry9A Crystal structure of carbohydrate transporter solute binding protein veis_2079 from verminephrobacter eiseniae ef01-2, target efi-511009, a complex with d-talitol
27% identity, 87% coverage: 28:317/333 of query aligns to 4:288/297 of 4ry9A

query
sites
4ry9A
K
 
K
I
 
I
G
 
G
F
 
V
S
 
S
I
 
M
D
x
K
D
 
T
L
 
L
R
 
S
L
 
A
E
 
P
R
x
Y
W
x
F
S
 
A
R
 
A
D
 
Q
R
 
M
D
 
E
Y
 
A
F
 
A
V
 
K
A
 
A
A
 
R
A
 
G
E
 
K
K
 
E
L
 
L
D
 
G
A
 
Y
K
 
E
V
 
V
F
 
L
V
 
A
Q
 
T
S
 
D
A
 
A
D
 
Q
A
 
G
N
 
K
E
 
L
Q
 
Q
K
 
K
Q
 
Q
I
 
I
S
 
S
Q
 
D
I
 
V
E
 
E
N
 
D
L
 
L
I
 
V
S
 
T
R
 
R
G
 
G
V
 
V
D
 
K
V
 
L
I
 
L
V
 
I
I
 
I
V
 
N
P
 
P
F
 
A
N
 
D
A
 
S
T
 
E
V
 
G
L
 
L
T
 
V
N
 
N
A
 
A
V
 
V
A
 
N
E
 
N
A
 
A
K
 
S
K
 
A
A
 
N
G
 
G
I
 
V
K
 
K
V
 
V
V
 
V
S
 
-
Y
 
-
D
 
-
R
 
-
L
 
-
I
 
V
L
 
I
N
x
D
A
x
S
D
 
T
I
 
L
D
 
N
A
 
P
Y
 
R
I
 
A
S
 
N
F
 
F
D
 
-
N
 
-
E
 
-
K
 
-
V
 
V
G
 
T
E
 
Q
M
 
V
Q
 
Q
A
 
S
S
 
S
G
 
N
V
 
S
L
 
I
K
 
N
A
 
G
A
 
A
P
 
L
K
 
V
G
 
G
N
 
H
Y
 
W
F
 
V
-
 
I
-
 
E
-
 
E
-
 
V
-
 
G
-
 
N
-
 
K
-
 
S
-
 
L
-
 
K
-
 
I
-
 
A
L
 
L
L
 
L
G
 
S
G
 
G
A
 
-
P
 
-
T
 
-
D
 
E
N
 
K
N
 
G
A
x
N
K
 
P
V
 
V
L
 
G
R
 
Q
E
 
E
G
x
R
Q
 
R
M
 
L
K
 
G
V
 
V
L
 
L
Q
 
S
P
 
G
A
 
I
I
 
I
D
 
E
-
 
A
-
 
Q
-
 
L
-
 
R
-
 
K
-
 
F
-
 
G
K
 
K
G
 
A
D
 
D
I
 
L
K
 
T
I
 
V
V
 
V
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
G
W
 
W
V
 
-
K
 
G
E
 
H
W
|
W
N
 
N
P
 
D
T
 
E
E
 
G
A
 
G
L
 
L
S
 
K
I
 
A
V
 
M
E
 
E
N
 
D
A
 
L
L
 
L
T
 
V
R
 
A
N
 
N
N
 
K
N
 
D
K
 
-
I
 
I
D
 
N
G
 
M
I
 
V
V
 
L
A
 
G
S
 
E
N
|
N
D
 
D
A
 
S
T
 
M
A
 
V
G
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
R
Q
 
R
A
 
A
L
 
I
A
 
E
A
 
S
Q
 
A
K
 
G
M
 
R
A
 
T
G
 
G
K
 
I
V
 
L
P
 
L
I
 
V
S
 
A
G
 
A
Q
 
A
D
|
D
A
 
A
D
 
Q
L
 
K
A
 
E
A
 
A
V
 
L
K
 
A
R
 
L
V
 
I
I
 
K
D
 
Q
G
 
G
T
 
K
Q
 
Y
T
 
G
M
 
V
T
 
T
V
 
G
Y
 
L
K
 
N
P
 
D
L
 
P
K
 
A
L
 
L
I
 
V
A
 
A
S
 
R
E
 
T
A
 
A
A
 
I
K
 
D
L
 
L
S
 
G
V
 
V
Q
 
K
L
 
V
A
 
V
R
 
K
N
 
G
E
 
E
K
 
V
P
 
K
T
 
D
F
 
V
S
 
P
S
 
K
Q
 
Q
Y
 
-
D
 
-
N
 
-
G
 
-
S
 
-
K
 
-
K
 
-
V
 
-
D
 
-
T
 
-
I
 
T
L
 
L
L
 
T
T
 
T
P
 
P
T
 
A
P
 
A
L
 
I
T
 
T
K
 
K
D
 
G
N
 
N
I
 
V
D
 
D

4yo7A Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from bacillus halodurans c-125 (bh2323, target efi- 511484) with bound myo-inositol
29% identity, 80% coverage: 22:286/333 of query aligns to 2:263/287 of 4yo7A

query
sites
4yo7A
A
 
G
D
 
D
A
 
S
A
 
G
H
 
Q
P
 
K
K
 
V
I
 
I
G
 
G
F
 
V
S
 
S
I
 
I
D
 
S
D
 
N
L
 
L
R
x
D
L
 
-
E
 
E
R
 
F
W
 
L
S
 
T
R
 
Y
D
 
M
R
 
Q
D
 
D
Y
 
A
F
 
M
-
 
K
V
 
E
A
 
E
A
 
A
A
 
A
E
 
N
K
 
Y
L
 
P
D
 
D
A
 
F
K
 
E
V
 
F
F
 
I
V
 
F
Q
 
S
S
 
D
A
 
A
D
 
Q
A
 
N
N
 
D
E
 
S
Q
 
T
K
 
Q
Q
 
Q
I
 
M
S
 
A
Q
 
Q
I
 
V
E
 
E
N
 
N
L
 
F
I
 
I
S
 
S
R
 
R
G
 
N
V
 
V
D
 
D
V
 
A
I
 
I
V
 
I
I
 
V
V
 
N
P
 
P
F
 
V
N
 
D
A
 
T
T
 
T
V
 
S
L
 
A
T
 
V
N
 
D
A
 
I
V
 
V
A
 
N
E
 
M
A
 
V
K
 
N
K
 
D
A
 
A
G
 
G
I
 
I
K
 
P
V
 
I
V
 
I
S
 
I
Y
 
A
D
x
N
R
|
R
L
 
T
I
 
F
L
 
D
N
 
G
A
 
V
D
 
D
-
 
Q
I
 
A
D
 
T
A
 
A
Y
 
F
I
 
V
S
 
G
F
 
S
D
 
E
N
 
S
E
 
I
K
 
Q
V
 
S
G
 
G
E
 
L
M
 
L
Q
 
Q
A
 
M
S
 
E
G
 
E
V
 
V
L
 
A
K
 
K
A
 
L
A
 
L
P
 
N
-
 
N
K
 
E
G
 
G
N
 
N
Y
 
I
F
 
A
L
 
I
L
 
M
G
 
D
G
 
G
A
 
-
P
 
E
T
 
L
D
 
G
N
 
H
N
 
E
A
 
A
K
 
Q
V
 
I
L
 
M
R
|
R
-
 
T
E
 
E
G
 
G
Q
 
N
M
 
K
K
 
Q
V
 
I
L
 
I
Q
 
E
P
 
-
A
 
-
I
 
-
D
 
E
K
 
H
G
 
D
D
 
G
I
 
L
K
 
E
I
 
V
V
 
V
G
 
L
Q
 
Q
Q
 
G
W
 
T
V
 
A
K
 
K
E
 
-
W
 
F
N
 
D
P
 
R
T
 
S
E
 
E
A
 
G
L
 
M
S
 
R
I
 
L
V
 
M
E
 
E
N
 
N
A
 
W
L
 
L
T
 
-
R
 
N
N
 
S
N
 
G
N
 
T
K
 
E
I
 
I
D
 
D
G
 
A
I
 
V
V
 
V
A
 
A
S
 
N
N
|
N
D
 
D
A
 
E
T
 
M
A
 
A
G
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
I
Q
 
L
A
 
A
L
 
L
A
 
E
A
 
A
Q
 
V
K
 
G
M
 
K
A
x
L
G
 
D
K
 
D
V
|
V
P
 
I
I
 
V
S
 
A
G
 
G
Q
 
I
D
|
D
A
 
A
D
 
T
L
 
P
A
 
A
A
 
A
V
 
L
K
 
E
R
 
A
V
 
M
I
 
K
D
 
E
G
 
G
T
 
K
Q
 
L
T
 
D
M
 
V
T
 
T
V
 
V
Y
 
F
K
x
Q
P
 
D
L
 
A
K
 
K
L
 
G
I
 
Q
A
 
G
S
 
A
E
 
T
A
 
S
A
 
V
K
 
K
L
 
V
S
 
A
V
 
V
Q
 
Q
L
 
A
A
 
A
R
 
N
N
 
G
E
 
E

4rxmB Crystal structure of periplasmic abc transporter solute binding protein a7jw62 from mannheimia haemolytica phl213, target efi-511105, in complex with myo-inositol
30% identity, 74% coverage: 49:294/333 of query aligns to 25:269/288 of 4rxmB

query
sites
4rxmB
V
 
V
A
 
E
A
 
T
A
 
S
E
 
K
K
 
K
L
 
L
D
 
E
A
 
I
K
 
K
V
 
L
F
 
Q
V
 
V
Q
 
L
S
 
D
A
 
G
D
 
Q
A
 
S
N
 
S
E
 
S
Q
 
T
K
 
K
Q
 
Q
I
 
A
S
 
S
Q
 
D
I
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
A
I
 
I
S
 
T
R
 
R
G
 
G
V
 
A
D
 
K
V
 
G
I
 
I
V
 
I
I
 
I
V
 
S
P
 
P
F
 
N
N
 
D
A
 
V
T
 
N
V
 
A
L
 
I
T
 
S
N
 
G
A
 
A
V
 
V
A
 
E
E
 
E
A
 
I
K
 
I
K
 
K
A
 
E
G
 
K
I
 
I
K
 
P
V
 
A
V
 
A
S
 
T
Y
 
L
D
|
D
R
|
R
L
 
K
I
 
V
L
 
E
N
 
S
A
 
S
D
 
K
I
 
P
D
 
V
A
 
P
Y
 
H
I
 
F
S
 
G
F
 
A
D
 
N
N
 
N
E
 
Y
K
 
T
V
 
G
G
 
G
E
 
Q
M
 
E
Q
 
V
A
 
A
S
 
K
G
 
A
V
 
V
L
 
K
K
 
A
A
 
K
A
 
Y
P
 
P
K
 
N
G
 
G
-
 
A
N
 
K
Y
 
I
F
 
I
L
 
L
L
 
L
G
 
T
G
 
G
A
 
Q
P
 
P
T
 
G
D
 
S
N
 
T
N
x
S
A
 
N
K
 
I
V
 
E
L
x
R
R
 
T
E
 
K
G
 
G
Q
 
I
M
 
R
K
 
D
V
 
E
L
 
L
Q
 
A
P
 
A
A
 
G
I
 
G
D
 
D
K
 
K
G
 
-
D
 
-
I
 
Y
K
 
K
I
 
I
V
 
V
G
 
V
Q
 
D
Q
 
Q
W
 
-
V
 
T
K
 
G
E
 
N
W
|
W
N
 
L
P
 
R
T
 
S
E
 
E
A
 
G
L
 
L
S
 
R
I
 
I
V
 
I
E
 
E
N
 
S
A
 
V
L
 
L
T
 
P
R
 
T
N
x
L
N
x
K
N
x
E
K
 
K
I
 
P
D
 
E
G
 
V
I
 
I
V
 
I
A
 
S
S
 
A
N
|
N
D
 
D
A
 
D
T
 
M
A
 
A
G
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
I
Q
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
R
A
 
S
Q
 
Q
K
 
G
M
 
L
-
 
K
A
 
A
G
 
G
K
 
D
V
 
I
P
 
L
I
 
V
S
 
T
G
 
G
Q
 
F
D
|
D
A
 
S
D
 
T
L
 
P
A
 
E
A
 
A
V
 
L
K
 
A
R
 
R
V
 
V
I
 
K
D
 
D
G
 
G
T
 
W
Q
 
L
T
 
Y
M
 
L
T
 
T
V
 
A
Y
 
D
K
x
Q
P
 
R
L
 
P
K
 
S
L
 
F
I
 
A
A
 
V
S
 
S
E
 
T
A
 
A
A
 
L
K
 
E
L
 
Q
S
 
V
V
 
V
Q
 
G
L
 
N
A
 
I
R
 
R
N
 
E
E
 
S
K
 
K
P
 
E
T
 
V
F
 
S
S
 
G
S
 
A
Q
 
D
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

4rxmA Crystal structure of periplasmic abc transporter solute binding protein a7jw62 from mannheimia haemolytica phl213, target efi-511105, in complex with myo-inositol
30% identity, 74% coverage: 49:294/333 of query aligns to 27:271/291 of 4rxmA

query
sites
4rxmA
V
 
V
A
 
E
A
 
T
A
 
S
E
 
K
K
 
K
L
 
L
D
x
E
A
x
I
K
 
K
V
 
L
F
 
Q
V
 
V
Q
 
L
S
 
D
A
 
G
D
 
Q
A
 
S
N
 
S
E
 
S
Q
 
T
K
 
K
Q
 
Q
I
 
A
S
 
S
Q
 
D
I
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
A
I
 
I
S
 
T
R
 
R
G
 
G
V
 
A
D
 
K
V
 
G
I
 
I
V
 
I
I
 
I
V
 
S
P
 
P
F
 
N
N
 
D
A
 
V
T
 
N
V
 
A
L
 
I
T
 
S
N
 
G
A
 
A
V
 
V
A
 
E
E
 
E
A
 
I
K
 
I
K
 
K
A
 
E
G
 
K
I
 
I
K
 
P
V
 
A
V
 
A
S
 
T
Y
 
L
D
|
D
R
|
R
L
 
K
I
 
V
L
 
E
N
 
S
A
 
S
D
 
K
I
 
P
D
 
V
A
 
P
Y
 
H
I
 
F
S
 
G
F
 
A
D
 
N
N
 
N
E
 
Y
K
 
T
V
 
G
G
 
G
E
 
Q
M
 
E
Q
 
V
A
 
A
S
 
K
G
 
A
V
 
V
L
 
K
K
 
A
A
 
K
A
 
Y
P
 
P
K
 
N
G
 
G
-
 
A
N
 
K
Y
 
I
F
 
I
L
 
L
L
 
L
G
 
T
G
 
G
A
 
Q
P
 
P
T
 
G
D
 
S
N
 
T
N
x
S
A
 
N
K
 
I
V
 
E
L
x
R
R
 
T
E
 
K
G
 
G
Q
 
I
M
 
R
K
 
D
V
 
E
L
 
L
Q
 
A
P
 
A
A
 
G
I
 
G
D
 
D
K
 
K
G
 
-
D
 
-
I
 
Y
K
 
K
I
 
I
V
 
V
G
 
V
Q