SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing AZOBR_RS13255 FitnessBrowser__azobra:AZOBR_RS13255 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 3 hits to proteins with known functional sites (download)

2a9gD Structure of c406a arginine deiminase in complex with l-arginine (see paper)
61% identity, 99% coverage: 2:407/409 of query aligns to 1:404/406 of 2a9gD

query
sites
2a9gD
S
 
T
E
 
K
V
 
L
G
 
G
V
 
V
H
 
H
S
 
S
E
 
E
V
 
A
G
 
G
K
 
K
L
 
L
R
 
R
T
 
K
V
 
V
L
 
M
V
 
V
C
 
C
R
 
S
P
 
P
S
 
G
L
 
L
A
 
A
H
 
H
Q
 
Q
R
 
R
L
 
L
T
 
T
P
 
P
G
 
S
N
 
N
C
 
C
H
 
D
D
 
E
L
 
L
L
|
L
F
 
F
D
 
D
D
 
D
V
 
V
I
 
I
W
 
W
V
 
V
H
 
N
E
 
Q
A
 
A
Q
 
K
K
 
R
D
 
D
H
 
H
H
 
F
D
 
D
L
 
F
V
 
V
L
 
T
K
 
K
M
 
M
E
 
R
E
 
E
R
 
R
G
 
G
V
 
I
E
 
D
V
 
V
L
 
L
D
 
E
L
 
M
H
 
H
D
 
N
L
 
L
L
 
L
A
 
T
Q
 
E
T
 
T
L
 
I
D
 
Q
D
 
N
P
 
P
Q
 
E
A
 
A
R
 
L
R
 
K
F
 
W
V
 
I
L
 
L
D
 
D
R
 
R
R
 
K
V
 
I
T
 
T
A
 
A
N
 
D
T
 
S
V
 
V
G
 
G
V
 
L
A
 
G
A
 
L
V
 
T
E
 
S
V
 
E
M
 
L
R
 
R
P
 
S
W
 
W
L
 
L
D
 
E
E
 
S
M
 
L
P
 
E
S
 
P
R
 
R
E
 
K
L
 
L
A
 
A
V
 
E
H
 
Y
L
 
L
I
 
I
G
 
G
G
 
G
I
 
V
A
 
A
I
 
A
S
 
D
D
 
D
L
 
L
P
 
P
D
 
A
N
 
S
T
 
E
V
 
G
S
 
A
V
 
N
L
 
I
L
 
L
N
 
K
-
 
M
-
 
Y
-
 
R
E
 
E
A
 
Y
F
 
L
G
 
G
G
 
H
T
 
S
D
 
S
F
 
F
V
 
L
L
 
L
P
 
P
P
 
P
I
 
L
P
 
P
N
|
N
T
 
T
L
 
Q
F
|
F
Q
 
T
R
 
R
D
|
D
P
 
T
S
 
T
C
 
C
W
 
W
I
 
I
Y
 
Y
N
 
G
G
 
G
V
 
V
T
 
T
C
 
L
N
 
N
P
 
P
M
 
M
F
 
Y
W
 
W
P
 
P
A
 
A
R
|
R
K
 
R
P
 
Q
E
 
E
T
 
T
L
 
L
L
 
L
Q
 
T
R
 
T
A
 
A
V
 
I
Y
 
Y
K
 
K
F
 
F
H
 
H
P
 
P
R
 
E
F
 
F
R
 
A
D
 
N
G
 
A
G
 
E
F
 
F
T
 
E
I
 
I
W
 
W
W
 
Y
G
 
G
D
 
D
S
 
P
D
 
D
E
 
K
D
 
D
F
 
H
T
 
G
G
 
S
A
 
S
S
 
T
L
 
L
E
 
E
G
 
G
G
|
G
D
 
D
V
 
V
M
 
M
P
 
P
I
 
I
G
 
G
K
 
N
G
 
G
V
 
V
V
 
V
L
 
L
I
 
I
G
 
G
M
 
M
G
 
G
E
 
E
R
|
R
T
 
S
N
 
S
R
 
R
Q
 
Q
A
 
A
V
 
I
G
 
G
Q
 
Q
V
 
V
T
 
A
R
 
Q
A
 
S
L
 
L
F
 
F
R
 
A
N
 
K
N
 
G
A
 
A
A
 
A
S
 
E
R
 
R
V
 
V
I
 
I
A
 
V
C
 
A
L
 
G
M
 
L
P
 
P
K
 
K
S
 
S
R
 
R
A
 
A
A
 
A
M
 
M
H
|
H
L
 
L
D
|
D
T
 
T
V
 
V
F
 
F
S
 
S
F
 
F
C
 
C
D
 
D
R
 
R
D
 
D
L
 
L
V
 
V
T
 
T
V
 
V
F
 
F
R
 
P
E
 
E
V
 
V
V
 
V
D
 
K
Q
 
E
I
 
I
R
 
V
C
 
P
Y
 
F
S
 
S
A
 
L
Y
 
R
P
 
P
L
 
-
D
 
D
D
 
P
E
 
S
G
 
S
R
 
P
F
 
Y
-
 
G
-
 
M
E
 
N
V
 
I
R
 
R
P
 
R
E
 
E
A
 
E
R
 
K
P
 
T
L
 
F
L
 
L
E
 
E
V
 
V
V
 
V
A
 
A
D
 
E
A
 
S
L
 
L
G
 
G
Y
 
L
S
 
K
R
 
K
L
 
L
R
 
R
I
 
V
V
 
V
G
 
E
T
 
T
G
 
G
G
 
G
N
 
-
A
 
-
Y
 
-
E
 
-
A
 
-
E
 
-
R
 
R
E
 
E
Q
 
Q
W
 
W
D
 
D
D
 
D
G
 
G
N
 
N
N
 
N
V
 
V
V
 
V
A
 
C
L
 
L
E
 
E
P
 
P
G
 
G
V
 
V
V
 
V
V
 
V
A
 
G
Y
 
Y
D
 
D
R
 
R
N
 
N
T
 
T
Y
 
Y
T
 
T
N
 
N
T
 
T
L
 
L
L
 
L
R
 
R
K
 
K
A
 
A
G
 
G
V
 
V
E
 
E
V
 
V
I
 
I
T
 
T
V
 
I
R
 
S
G
 
A
A
 
S
E
 
E
L
 
L
G
 
G
R
 
R
G
|
G
R
|
R
G
 
G
G
 
G
G
 
G
H
 
H
C
x
A
M
 
M
T
 
T
C
 
C
P
 
P
I
 
I
W
 
V
R
 
R
E
 
D
P
 
P

1s9rA Crystal structure of arginine deiminase covalently linked with a reaction intermediate (see paper)
31% identity, 99% coverage: 4:406/409 of query aligns to 10:405/409 of 1s9rA

query
sites
1s9rA
V
 
I
G
 
H
V
 
V
H
 
Y
S
 
S
E
 
E
V
 
I
G
 
G
K
 
E
L
 
L
R
 
E
T
 
S
V
 
V
L
 
L
V
 
V
C
 
H
R
 
E
P
 
P
S
 
G
L
 
R
A
 
E
H
 
I
Q
 
D
R
 
Y
L
 
I
T
 
T
P
 
P
G
 
A
N
 
R
C
 
L
H
 
D
D
 
E
L
 
L
L
|
L
F
 
F
D
 
S
D
 
A
V
 
I
I
 
L
W
 
E
V
 
S
H
 
H
E
 
D
A
 
A
Q
 
R
K
 
K
D
 
E
H
 
H
H
 
K
D
 
Q
L
 
F
V
 
V
L
 
A
K
 
E
M
 
L
E
 
K
E
 
A
R
 
N
G
 
D
V
 
I
E
 
N
V
 
V
L
 
V
D
 
E
L
 
L
H
 
I
D
 
D
L
 
L
L
 
V
A
 
A
Q
 
E
T
 
T
L
 
Y
D
 
D
-
 
L
D
 
A
P
 
S
Q
 
Q
A
 
E
R
 
A
R
 
K
F
 
D
V
 
K
L
 
L
D
 
I
R
 
E
R
 
E
V
 
F
T
 
L
A
 
E
N
 
D
T
 
S
V
 
E
G
 
P
V
 
V
A
 
L
A
 
S
V
 
E
E
 
E
-
 
H
-
 
K
-
 
V
V
 
V
M
 
V
R
 
R
P
 
N
W
 
F
L
 
L
D
 
K
-
 
A
E
 
K
M
 
K
P
 
T
S
 
S
R
 
R
E
 
E
L
 
L
A
 
V
V
 
E
H
 
I
L
 
M
I
 
M
G
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
T
I
 
K
S
 
Y
D
 
D
L
 
L
P
 
G
D
 
I
N
 
E
T
 
-
V
 
-
S
 
-
V
 
-
L
 
-
L
 
-
N
 
-
E
 
-
A
 
-
F
 
-
G
 
A
G
 
D
T
 
H
D
 
E
F
 
L
V
 
I
L
 
V
P
 
D
P
 
P
I
 
M
P
 
P
N
|
N
T
 
L
L
 
Y
F
|
F
Q
 
T
R
|
R
D
|
D
P
 
P
S
 
F
C
 
A
W
 
S
I
 
V
Y
 
G
N
 
N
G
 
G
V
 
V
T
 
T
C
 
I
N
 
H
P
 
Y
M
 
M
F
 
R
W
 
Y
P
 
K
A
 
V
R
|
R
K
 
Q
P
 
R
E
 
E
T
 
T
L
 
L
L
 
F
Q
 
S
R
 
R
A
 
F
V
 
V
Y
 
F
K
 
S
F
 
N
H
 
H
P
 
P
R
 
K
F
 
L
R
 
I
D
 
N
G
 
-
G
 
-
F
 
-
T
 
T
I
 
P
W
 
W
W
 
Y
G
 
Y
D
 
D
S
 
P
D
 
S
E
 
-
D
 
-
F
 
-
T
 
L
G
 
K
A
 
L
S
 
S
L
 
I
E
 
E
G
 
G
G
|
G
D
 
D
V
 
V
M
 
F
P
 
I
I
 
Y
G
 
N
K
 
N
G
 
D
V
 
T
V
 
L
L
 
V
I
 
V
G
 
G
M
 
V
G
 
S
E
 
E
R
|
R
T
 
T
N
 
D
R
 
L
Q
 
Q
A
 
T
V
 
V
G
 
T
Q
 
L
V
 
L
T
 
A
R
 
K
A
 
N
L
 
I
F
 
V
R
 
A
N
 
N
N
 
K
A
 
E
A
 
C
-
 
E
-
 
F
S
 
K
R
 
R
V
 
I
I
 
V
A
 
A
C
 
I
L
 
N
M
 
V
P
 
P
K
 
K
S
 
W
R
 
T
A
 
N
A
 
L
M
|
M
H
|
H
L
 
L
D
|
D
T
 
T
V
 
W
F
 
L
S
 
T
F
 
M
C
 
L
D
 
D
R
 
K
D
 
D
L
 
K
V
 
F
T
 
-
V
 
L
F
 
Y
R
 
S
E
 
P
V
 
I
V
 
A
D
 
N
Q
 
D
I
 
V
R
 
F
C
 
K
Y
 
F
S
 
W
A
 
D
Y
 
Y
P
 
D
L
 
L
D
 
V
D
 
N
E
 
G
G
 
G
R
 
A
F
 
-
E
 
E
V
 
P
R
 
Q
P
 
P
E
 
V
A
 
E
R
 
N
P
 
G
L
 
L
-
 
P
L
 
L
E
 
E
V
 
G
V
 
L
A
 
L
D
 
Q
A
 
S
L
 
I
G
 
I
Y
 
N
S
 
K
R
 
K
-
 
P
-
 
V
-
 
L
L
 
I
R
 
P
I
 
I
V
 
A
G
 
G
T
 
E
G
 
G
G
 
A
N
 
S
A
 
Q
Y
 
M
E
 
E
A
 
I
E
 
E
R
 
R
E
 
E
Q
 
T
W
 
H
D
 
F
D
 
D
G
 
G
N
 
T
N
 
N
V
 
Y
V
 
L
A
 
A
L
 
I
E
 
R
P
 
P
G
 
G
V
 
V
V
 
V
V
 
I
A
 
G
Y
 
Y
D
 
S
R
 
R
N
 
N
T
 
E
Y
 
K
T
 
T
N
 
N
T
 
A
L
 
A
L
 
L
R
 
E
K
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
I
E
 
K
V
 
V
I
 
L
T
 
P
V
 
F
R
 
H
G
 
G
A
 
N
E
 
Q
L
 
L
G
 
S
R
 
L
G
|
G
R
x
M
G
 
G
G
 
N
G
 
A
H
 
R
C
|
C
M
 
M
T
 
S
C
 
M
P
 
P
I
 
L
W
 
S
R
 
R
E
 
K

1lxyA Crystal structure of arginine deiminase covalently linked with l-citrulline (see paper)
31% identity, 99% coverage: 4:406/409 of query aligns to 10:405/409 of 1lxyA

query
sites
1lxyA
V
 
I
G
 
H
V
 
V
H
 
Y
S
 
S
E
 
E
V
 
I
G
 
G
K
 
E
L
 
L
R
 
E
T
 
S
V
 
V
L
 
L
V
 
V
C
 
H
R
 
E
P
 
P
S
 
G
L
 
R
A
 
E
H
 
I
Q
 
D
R
 
Y
L
 
I
T
 
T
P
 
P
G
 
A
N
 
R
C
 
L
H
 
D
D
 
E
L
 
L
L
|
L
F
 
F
D
 
S
D
 
A
V
 
I
I
 
L
W
 
E
V
 
S
H
 
H
E
 
D
A
 
A
Q
 
R
K
 
K
D
 
E
H
 
H
H
 
K
D
 
Q
L
 
F
V
 
V
L
 
A
K
 
E
M
 
L
E
 
K
E
 
A
R
 
N
G
 
D
V
 
I
E
 
N
V
 
V
L
 
V
D
 
E
L
 
L
H
 
I
D
 
D
L
 
L
L
 
V
A
 
A
Q
 
E
T
 
T
L
 
Y
D
 
D
-
 
L
D
 
A
P
 
S
Q
 
Q
A
 
E
R
 
A
R
 
K
F
 
D
V
 
K
L
 
L
D
 
I
R
 
E
R
 
E
V
 
F
T
 
L
A
 
E
N
 
D
T
 
S
V
 
E
G
 
P
V
 
V
A
 
L
A
 
S
V
 
E
E
 
E
-
 
H
-
 
K
-
 
V
V
 
V
M
 
V
R
 
R
P
 
N
W
 
F
L
 
L
D
 
K
-
 
A
E
 
K
M
 
K
P
 
T
S
 
S
R
 
R
E
 
E
L
 
L
A
 
V
V
 
E
H
 
I
L
 
M
I
 
M
G
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
T
I
 
K
S
 
Y
D
 
D
L
 
L
P
 
G
D
 
I
N
 
E
T
 
-
V
 
-
S
 
-
V
 
-
L
 
-
L
 
-
N
 
-
E
 
-
A
 
-
F
 
-
G
 
A
G
 
D
T
 
H
D
 
E
F
 
L
V
 
I
L
 
V
P
 
D
P
 
P
I
 
M
P
 
P
N
|
N
T
 
L
L
 
Y
F
|
F
Q
 
T
R
|
R
D
|
D
P
 
P
S
 
F
C
 
A
W
 
S
I
 
V
Y
 
G
N
 
N
G
 
G
V
 
V
T
 
T
C
 
I
N
 
H
P
 
Y
M
 
M
F
 
R
W
 
Y
P
 
K
A
 
V
R
|
R
K
 
Q
P
 
R
E
 
E
T
 
T
L
 
L
L
 
F
Q
 
S
R
 
R
A
 
F
V
 
V
Y
 
F
K
 
S
F
 
N
H
 
H
P
 
P
R
 
K
F
 
L
R
 
I
D
 
N
G
 
-
G
 
-
F
 
-
T
 
T
I
 
P
W
 
W
W
 
Y
G
 
Y
D
 
D
S
 
P
D
 
S
E
 
-
D
 
-
F
 
-
T
 
L
G
 
K
A
 
L
S
 
S
L
 
I
E
 
E
G
 
G
G
 
G
D
 
D
V
 
V
M
 
F
P
 
I
I
 
Y
G
 
N
K
 
N
G
 
D
V
 
T
V
 
L
L
 
V
I
 
V
G
 
G
M
 
V
G
 
S
E
 
E
R
|
R
T
 
T
N
 
D
R
 
L
Q
 
Q
A
 
T
V
 
V
G
 
T
Q
 
L
V
 
L
T
 
A
R
 
K
A
 
N
L
 
I
F
 
V
R
 
A
N
 
N
N
 
K
A
 
E
A
 
C
-
 
E
-
 
F
S
 
K
R
 
R
V
 
I
I
 
V
A
 
A
C
 
I
L
 
N
M
 
V
P
 
P
K
 
K
S
 
W
R
 
T
A
 
N
A
 
L
M
|
M
H
|
H
L
 
L
D
|
D
T
 
T
V
 
W
F
 
L
S
 
T
F
 
M
C
 
L
D
 
D
R
 
K
D
 
D
L
 
K
V
 
F
T
 
-
V
 
L
F
 
Y
R
 
S
E
 
P
V
 
I
V
 
A
D
 
N
Q
 
D
I
 
V
R
 
F
C
 
K
Y
 
F
S
 
W
A
 
D
Y
 
Y
P
 
D
L
 
L
D
 
V
D
 
N
E
 
G
G
 
G
R
 
A
F
 
-
E
 
E
V
 
P
R
 
Q
P
 
P
E
 
V
A
 
E
R
 
N
P
 
G
L
 
L
-
 
P
L
 
L
E
 
E
V
 
G
V
 
L
A
 
L
D
 
Q
A
 
S
L
 
I
G
 
I
Y
 
N
S
 
K
R
 
K
-
 
P
-
 
V
-
 
L
L
 
I
R
 
P
I
 
I
V
 
A
G
 
G
T
 
E
G
 
G
G
 
A
N
 
S
A
 
Q
Y
 
M
E
 
E
A
 
I
E
 
E
R
 
R
E
 
E
Q
 
T
W
 
H
D
 
F
D
 
D
G
 
G
N
 
T
N
 
N
V
 
Y
V
 
L
A
 
A
L
 
I
E
 
R
P
 
P
G
 
G
V
 
V
V
 
V
V
 
I
A
 
G
Y
 
Y
D
 
S
R
 
R
N
 
N
T
 
E
Y
 
K
T
 
T
N
 
N
T
 
A
L
 
A
L
 
L
R
 
E
K
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
I
E
 
K
V
 
V
I
 
L
T
 
P
V
 
F
R
 
H
G
 
G
A
 
N
E
 
Q
L
 
L
G
 
S
R
 
L
G
|
G
R
x
M
G
 
G
G
 
N
G
 
A
H
 
R
C
|
C
M
 
M
T
 
S
C
 
M
P
 
P
I
 
L
W
 
S
R
 
R
E
 
K

Query Sequence

>AZOBR_RS13255 FitnessBrowser__azobra:AZOBR_RS13255
MSEVGVHSEVGKLRTVLVCRPSLAHQRLTPGNCHDLLFDDVIWVHEAQKDHHDLVLKMEE
RGVEVLDLHDLLAQTLDDPQARRFVLDRRVTANTVGVAAVEVMRPWLDEMPSRELAVHLI
GGIAISDLPDNTVSVLLNEAFGGTDFVLPPIPNTLFQRDPSCWIYNGVTCNPMFWPARKP
ETLLQRAVYKFHPRFRDGGFTIWWGDSDEDFTGASLEGGDVMPIGKGVVLIGMGERTNRQ
AVGQVTRALFRNNAASRVIACLMPKSRAAMHLDTVFSFCDRDLVTVFREVVDQIRCYSAY
PLDDEGRFEVRPEARPLLEVVADALGYSRLRIVGTGGNAYEAEREQWDDGNNVVALEPGV
VVAYDRNTYTNTLLRKAGVEVITVRGAELGRGRGGGHCMTCPIWREPAY

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory