SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing AZOBR_RS15915 FitnessBrowser__azobra:AZOBR_RS15915 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

7bbrA Crystal structure of the sugar acid binding protein dctpam from advenella mimigardefordensis strain dpn7t (see paper)
53% identity, 89% coverage: 26:325/337 of query aligns to 1:300/310 of 7bbrA

query
sites
7bbrA
Q
 
K
D
 
D
I
 
I
K
 
K
P
 
P
R
 
R
L
 
I
I
 
I
R
 
R
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
G
|
G
L
|
L
S
 
A
E
 
D
S
 
D
S
 
S
N
 
P
Q
 
T
G
 
G
R
 
K
A
 
A
V
 
S
K
 
A
F
 
H
F
 
F
V
 
A
E
 
E
D
 
V
M
 
V
A
 
S
K
 
K
R
 
L
S
 
S
G
 
D
G
 
G
K
 
K
L
 
M
K
 
K
V
 
V
K
 
K
G
 
T
F
 
F
A
 
G
D
 
N
A
 
G
S
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
P
D
|
D
I
 
E
Q
 
Q
M
 
L
Q
 
I
N
 
N
A
 
S
L
 
L
I
 
I
G
 
S
G
 
G
A
 
S
Q
 
G
E
 
E
M
 
I
M
 
T
V
 
F
G
 
V
S
|
S
T
 
T
A
 
A
T
 
P
L
 
I
V
 
A
G
 
S
I
 
L
V
 
I
K
 
P
D
 
E
F
 
F
A
 
G
V
 
V
F
 
F
D
 
D
L
 
L
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
N
 
D
N
 
N
E
 
E
Q
 
K
E
 
V
A
 
A
D
 
D
A
 
T
V
 
V
F
 
L
D
 
D
G
 
G
P
 
P
F
 
E
G
 
G
Q
 
K
K
 
K
L
 
L
A
 
L
A
 
D
K
 
K
L
 
L
N
 
P
D
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
L
V
 
I
G
 
G
L
 
L
V
 
N
Y
 
Y
W
 
W
E
 
E
N
|
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
N
 
N
L
 
I
T
 
T
N
 
N
S
 
S
K
 
R
R
 
H
P
 
E
V
 
I
E
 
S
K
 
K
V
 
L
E
 
D
D
 
D
L
 
I
K
 
G
G
 
G
I
 
I
K
 
K
L
 
L
R
|
R
V
 
V
M
|
M
Q
 
Q
N
 
N
P
 
Q
V
 
V
Y
 
A
I
 
L
D
 
S
M
 
V
F
 
F
N
 
K
G
 
G
F
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
A
 
A
V
 
I
P
 
P
L
 
M
S
 
P
F
|
F
S
 
T
E
 
E
L
 
L
F
 
F
T
 
T
A
 
A
M
 
L
E
 
E
T
 
T
G
 
K
T
 
T
V
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
V
 
L
T
 
S
T
 
T
I
 
I
Q
 
Q
S
 
T
S
 
S
K
 
K
F
 
F
Y
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
K
 
P
Y
 
Y
L
 
L
T
 
T
I
 
L
S
 
S
K
 
N
H
 
H
V
 
V
Y
 
Y
S
 
T
P
 
P
W
 
F
I
 
V
V
 
F
L
 
L
A
 
A
S
 
S
K
 
K
R
 
K
W
 
W
Y
 
F
D
 
D
G
 
Q
L
 
L
S
 
S
A
 
Q
D
 
D
E
 
E
R
 
K
K
 
D
I
 
V
I
 
I
N
 
T
E
 
Q
A
 
A
A
 
A
V
 
A
A
 
D
S
 
S
R
 
Q
D
 
A
F
 
F
E
 
Q
R
 
R
K
 
K
D
 
A
S
 
S
R
 
R
E
 
Q
A
 
G
S
 
N
K
 
E
Q
 
D
S
 
A
I
 
L
A
 
K
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
D
 
E
K
 
H
G
 
N
M
 
V
Q
 
K
I
 
V
N
 
A
E
 
E
L
 
F
S
 
S
D
 
T
A
 
E
E
 
E
L
 
R
G
 
E
R
 
K
M
 
I
R
 
R
E
 
E
M
 
K
V
 
V
K
 
A
P
 
P
A
 
I
M
 
V
D
 
E
K
 
S
F
 
L
A
 
K
A
 
A
D
 
K
G
 
I
G
 
G
A
 
K
D
 
E
L
 
T
L
 
V

7bcrA Crystal structure of the sugar acid binding protein dctpam from advenella mimigardefordensis strain dpn7t in complex with galactonate (see paper)
53% identity, 89% coverage: 27:325/337 of query aligns to 1:299/310 of 7bcrA

query
sites
7bcrA
D
 
D
I
 
I
K
 
K
P
 
P
R
 
R
L
 
I
I
 
I
R
 
R
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
G
|
G
L
|
L
S
 
A
E
 
D
S
 
D
S
 
S
N
 
P
Q
 
T
G
 
G
R
 
K
A
 
A
V
 
S
K
 
A
F
 
H
F
 
F
V
 
A
E
 
E
D
 
V
M
 
V
A
 
S
K
 
K
R
 
L
S
 
S
G
 
D
G
 
G
K
 
K
L
 
M
K
 
K
V
 
V
K
 
K
G
 
T
F
 
F
A
 
G
D
 
N
A
 
G
S
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
P
D
|
D
I
 
E
Q
 
Q
M
 
L
Q
 
I
N
 
N
A
 
S
L
 
L
I
 
I
G
 
S
G
 
G
A
 
S
Q
 
G
E
 
E
M
 
I
M
 
T
V
 
F
G
 
V
S
|
S
T
 
T
A
 
A
T
 
P
L
 
I
V
 
A
G
 
S
I
 
L
V
 
I
K
 
P
D
 
E
F
 
F
A
 
G
V
 
V
F
 
F
D
 
D
L
 
L
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
N
 
D
N
 
N
E
 
E
Q
 
K
E
 
V
A
 
A
D
 
D
A
 
T
V
 
V
F
 
L
D
 
D
G
 
G
P
 
P
F
 
E
G
 
G
Q
 
K
K
 
K
L
 
L
A
 
L
A
 
D
K
 
K
L
 
L
N
 
P
D
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
L
V
 
I
G
 
G
L
 
L
V
 
N
Y
 
Y
W
 
W
E
 
E
N
|
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
N
 
N
L
 
I
T
 
T
N
 
N
S
 
S
K
 
R
R
 
H
P
 
E
V
 
I
E
 
S
K
 
K
V
 
L
E
 
D
D
 
D
L
 
I
K
 
G
G
 
G
I
 
I
K
 
K
L
 
L
R
|
R
V
 
V
M
|
M
Q
 
Q
N
 
N
P
 
Q
V
 
V
Y
 
A
I
 
L
D
 
S
M
 
V
F
 
F
N
 
K
G
 
G
F
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
A
 
A
V
 
I
P
 
P
L
 
M
S
 
P
F
|
F
S
 
T
E
 
E
L
 
L
F
 
F
T
 
T
A
 
A
M
 
L
E
 
E
T
 
T
G
 
K
T
 
T
V
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
V
 
L
T
 
S
T
 
T
I
 
I
Q
 
Q
S
 
T
S
 
S
K
 
K
F
 
F
Y
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
K
 
P
Y
 
Y
L
 
L
T
 
T
I
 
L
S
 
S
K
 
N
H
 
H
V
 
V
Y
 
Y
S
 
T
P
 
P
W
x
F
I
 
V
V
 
F
L
 
L
A
 
A
S
 
S
K
 
K
R
 
K
W
 
W
Y
 
F
D
 
D
G
 
Q
L
 
L
S
 
S
A
 
Q
D
 
D
E
 
E
R
 
K
K
 
D
I
 
V
I
 
I
N
 
T
E
 
Q
A
 
A
A
 
A
V
 
A
A
 
D
S
 
S
R
 
Q
D
 
A
F
 
F
E
 
Q
R
 
R
K
 
K
D
 
A
S
 
S
R
 
R
E
 
Q
A
 
G
S
 
N
K
 
E
Q
 
D
S
 
A
I
 
L
A
 
K
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
D
 
E
K
 
H
G
 
N
M
 
V
Q
 
K
I
 
V
N
 
A
E
 
E
L
 
F
S
 
S
D
 
T
A
 
E
E
 
E
L
 
R
G
 
E
R
 
K
M
 
I
R
 
R
E
 
E
M
 
K
V
 
V
K
 
A
P
 
P
A
 
I
M
 
V
D
 
E
K
 
S
F
 
L
A
 
K
A
 
A
D
 
K
G
 
I
G
 
G
A
 
K
D
 
E
L
 
T
L
 
V

7bcpA Crystal structure of the sugar acid binding protein dctpam from advenella mimigardefordensis strain dpn7t in complex with gluconate (see paper)
53% identity, 89% coverage: 27:325/337 of query aligns to 1:299/310 of 7bcpA

query
sites
7bcpA
D
 
D
I
 
I
K
 
K
P
 
P
R
 
R
L
 
I
I
 
I
R
 
R
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
G
|
G
L
|
L
S
 
A
E
 
D
S
 
D
S
 
S
N
 
P
Q
 
T
G
 
G
R
 
K
A
 
A
V
 
S
K
 
A
F
 
H
F
 
F
V
 
A
E
 
E
D
 
V
M
 
V
A
 
S
K
 
K
R
 
L
S
 
S
G
 
D
G
 
G
K
 
K
L
 
M
K
 
K
V
 
V
K
 
K
G
 
T
F
 
F
A
 
G
D
 
N
A
 
G
S
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
P
D
|
D
I
 
E
Q
 
Q
M
 
L
Q
 
I
N
 
N
A
 
S
L
 
L
I
 
I
G
 
S
G
 
G
A
 
S
Q
 
G
E
 
E
M
 
I
M
 
T
V
x
F
G
 
V
S
|
S
T
 
T
A
 
A
T
 
P
L
 
I
V
 
A
G
 
S
I
 
L
V
 
I
K
 
P
D
 
E
F
 
F
A
 
G
V
 
V
F
 
F
D
 
D
L
 
L
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
N
 
D
N
 
N
E
 
E
Q
 
K
E
 
V
A
 
A
D
 
D
A
 
T
V
 
V
F
 
L
D
 
D
G
 
G
P
 
P
F
 
E
G
 
G
Q
 
K
K
 
K
L
 
L
A
 
L
A
 
D
K
 
K
L
 
L
N
 
P
D
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
L
V
 
I
G
 
G
L
 
L
V
 
N
Y
 
Y
W
 
W
E
 
E
N
|
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
N
 
N
L
 
I
T
 
T
N
 
N
S
 
S
K
 
R
R
 
H
P
 
E
V
 
I
E
 
S
K
 
K
V
 
L
E
 
D
D
 
D
L
 
I
K
 
G
G
 
G
I
 
I
K
 
K
L
 
L
R
|
R
V
 
V
M
|
M
Q
 
Q
N
 
N
P
 
Q
V
 
V
Y
 
A
I
 
L
D
 
S
M
 
V
F
 
F
N
 
K
G
 
G
F
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
A
 
A
V
 
I
P
 
P
L
 
M
S
 
P
F
|
F
S
 
T
E
 
E
L
 
L
F
 
F
T
 
T
A
 
A
M
 
L
E
 
E
T
 
T
G
 
K
T
 
T
V
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
V
 
L
T
 
S
T
 
T
I
 
I
Q
 
Q
S
 
T
S
 
S
K
 
K
F
 
F
Y
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
K
 
P
Y
 
Y
L
 
L
T
 
T
I
 
L
S
 
S
K
 
N
H
 
H
V
 
V
Y
 
Y
S
 
T
P
 
P
W
x
F
I
 
V
V
 
F
L
 
L
A
 
A
S
 
S
K
 
K
R
 
K
W
 
W
Y
 
F
D
 
D
G
 
Q
L
 
L
S
 
S
A
 
Q
D
 
D
E
 
E
R
 
K
K
 
D
I
 
V
I
 
I
N
 
T
E
 
Q
A
 
A
A
 
A
V
 
A
A
 
D
S
 
S
R
 
Q
D
 
A
F
 
F
E
 
Q
R
 
R
K
 
K
D
 
A
S
 
S
R
 
R
E
 
Q
A
 
G
S
 
N
K
 
E
Q
 
D
S
 
A
I
 
L
A
 
K
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
D
 
E
K
 
H
G
 
N
M
 
V
Q
 
K
I
 
V
N
 
A
E
 
E
L
 
F
S
 
S
D
 
T
A
 
E
E
 
E
L
 
R
G
 
E
R
 
K
M
 
I
R
 
R
E
 
E
M
 
K
V
 
V
K
 
A
P
 
P
A
 
I
M
 
V
D
 
E
K
 
S
F
 
L
A
 
K
A
 
A
D
 
K
G
 
I
G
 
G
A
 
K
D
 
E
L
 
T
L
 
V

7bcoA Crystal structure of the sugar acid binding protein dctpam from advenella mimigardefordensis strain dpn7t in complex with d-foconate (see paper)
53% identity, 89% coverage: 27:325/337 of query aligns to 1:299/310 of 7bcoA

query
sites
7bcoA
D
 
D
I
 
I
K
 
K
P
 
P
R
 
R
L
 
I
I
 
I
R
 
R
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
L
|
L
S
 
A
E
 
D
S
 
D
S
 
S
N
 
P
Q
 
T
G
 
G
R
 
K
A
 
A
V
 
S
K
 
A
F
 
H
F
 
F
V
 
A
E
 
E
D
 
V
M
 
V
A
 
S
K
 
K
R
 
L
S
 
S
G
 
D
G
 
G
K
 
K
L
 
M
K
 
K
V
 
V
K
 
K
G
 
T
F
 
F
A
 
G
D
 
N
A
 
G
S
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
P
D
|
D
I
 
E
Q
 
Q
M
 
L
Q
 
I
N
 
N
A
 
S
L
 
L
I
 
I
G
 
S
G
 
G
A
 
S
Q
 
G
E
 
E
M
 
I
M
 
T
V
 
F
G
 
V
S
|
S
T
 
T
A
 
A
T
 
P
L
 
I
V
 
A
G
 
S
I
 
L
V
 
I
K
 
P
D
 
E
F
 
F
A
 
G
V
 
V
F
 
F
D
 
D
L
 
L
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
N
 
D
N
 
N
E
 
E
Q
 
K
E
 
V
A
 
A
D
 
D
A
 
T
V
 
V
F
 
L
D
 
D
G
 
G
P
 
P
F
 
E
G
 
G
Q
 
K
K
 
K
L
 
L
A
 
L
A
 
D
K
 
K
L
 
L
N
 
P
D
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
L
V
 
I
G
 
G
L
 
L
V
 
N
Y
 
Y
W
 
W
E
 
E
N
|
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
N
 
N
L
 
I
T
 
T
N
 
N
S
 
S
K
 
R
R
 
H
P
 
E
V
 
I
E
 
S
K
 
K
V
 
L
E
 
D
D
 
D
L
 
I
K
 
G
G
 
G
I
 
I
K
 
K
L
 
L
R
|
R
V
 
V
M
|
M
Q
 
Q
N
 
N
P
 
Q
V
 
V
Y
 
A
I
 
L
D
 
S
M
 
V
F
 
F
N
 
K
G
 
G
F
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
A
 
A
V
 
I
P
 
P
L
 
M
S
 
P
F
|
F
S
 
T
E
 
E
L
 
L
F
 
F
T
 
T
A
 
A
M
 
L
E
 
E
T
 
T
G
 
K
T
 
T
V
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
V
 
L
T
 
S
T
 
T
I
 
I
Q
 
Q
S
 
T
S
 
S
K
 
K
F
 
F
Y
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
K
 
P
Y
 
Y
L
 
L
T
 
T
I
 
L
S
 
S
K
 
N
H
 
H
V
 
V
Y
 
Y
S
 
T
P
 
P
W
 
F
I
 
V
V
 
F
L
 
L
A
 
A
S
 
S
K
 
K
R
 
K
W
 
W
Y
 
F
D
 
D
G
 
Q
L
 
L
S
 
S
A
 
Q
D
 
D
E
 
E
R
 
K
K
 
D
I
 
V
I
 
I
N
 
T
E
 
Q
A
 
A
A
 
A
V
 
A
A
 
D
S
 
S
R
 
Q
D
 
A
F
 
F
E
 
Q
R
 
R
K
 
K
D
 
A
S
 
S
R
 
R
E
 
Q
A
 
G
S
 
N
K
 
E
Q
 
D
S
 
A
I
 
L
A
 
K
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
D
 
E
K
 
H
G
 
N
M
 
V
Q
 
K
I
 
V
N
 
A
E
 
E
L
 
F
S
 
S
D
 
T
A
 
E
E
 
E
L
 
R
G
 
E
R
 
K
M
 
I
R
 
R
E
 
E
M
 
K
V
 
V
K
 
A
P
 
P
A
 
I
M
 
V
D
 
E
K
 
S
F
 
L
A
 
K
A
 
A
D
 
K
G
 
I
G
 
G
A
 
K
D
 
E
L
 
T
L
 
V

7bcnA Crystal structure of the sugar acid binding protein dctpam from advenella mimigardefordensis strain dpn7t in complex with xylonic acid (see paper)
53% identity, 89% coverage: 27:325/337 of query aligns to 1:299/310 of 7bcnA

query
sites
7bcnA
D
 
D
I
 
I
K
 
K
P
 
P
R
 
R
L
 
I
I
 
I
R
 
R
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
S
 
A
E
 
D
S
 
D
S
 
S
N
 
P
Q
 
T
G
 
G
R
 
K
A
 
A
V
 
S
K
 
A
F
 
H
F
 
F
V
 
A
E
 
E
D
 
V
M
 
V
A
 
S
K
 
K
R
 
L
S
 
S
G
 
D
G
 
G
K
 
K
L
 
M
K
 
K
V
 
V
K
 
K
G
 
T
F
 
F
A
 
G
D
 
N
A
 
G
S
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
P
D
|
D
I
 
E
Q
 
Q
M
 
L
Q
 
I
N
 
N
A
 
S
L
 
L
I
 
I
G
 
S
G
 
G
A
 
S
Q
 
G
E
 
E
M
 
I
M
 
T
V
 
F
G
 
V
S
|
S
T
 
T
A
 
A
T
 
P
L
 
I
V
 
A
G
 
S
I
 
L
V
 
I
K
 
P
D
 
E
F
 
F
A
 
G
V
 
V
F
 
F
D
 
D
L
 
L
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
N
 
D
N
 
N
E
 
E
Q
 
K
E
 
V
A
 
A
D
 
D
A
 
T
V
 
V
F
 
L
D
 
D
G
 
G
P
 
P
F
 
E
G
 
G
Q
 
K
K
 
K
L
 
L
A
 
L
A
 
D
K
 
K
L
 
L
N
 
P
D
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
L
V
 
I
G
 
G
L
 
L
V
 
N
Y
 
Y
W
 
W
E
 
E
N
|
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
N
 
N
L
 
I
T
 
T
N
 
N
S
 
S
K
 
R
R
 
H
P
 
E
V
 
I
E
 
S
K
 
K
V
 
L
E
 
D
D
 
D
L
 
I
K
 
G
G
 
G
I
 
I
K
 
K
L
 
L
R
|
R
V
 
V
M
|
M
Q
 
Q
N
 
N
P
 
Q
V
 
V
Y
 
A
I
 
L
D
 
S
M
 
V
F
 
F
N
 
K
G
 
G
F
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
A
 
A
V
 
I
P
 
P
L
 
M
S
 
P
F
|
F
S
 
T
E
 
E
L
 
L
F
 
F
T
 
T
A
 
A
M
 
L
E
 
E
T
 
T
G
 
K
T
 
T
V
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
V
 
L
T
 
S
T
 
T
I
 
I
Q
 
Q
S
 
T
S
 
S
K
 
K
F
 
F
Y
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
K
 
P
Y
 
Y
L
 
L
T
 
T
I
 
L
S
 
S
K
 
N
H
 
H
V
 
V
Y
 
Y
S
 
T
P
 
P
W
x
F
I
 
V
V
 
F
L
 
L
A
 
A
S
 
S
K
 
K
R
 
K
W
 
W
Y
 
F
D
 
D
G
 
Q
L
 
L
S
 
S
A
 
Q
D
 
D
E
 
E
R
 
K
K
 
D
I
 
V
I
 
I
N
 
T
E
 
Q
A
 
A
A
 
A
V
 
A
A
 
D
S
 
S
R
 
Q
D
 
A
F
 
F
E
 
Q
R
 
R
K
 
K
D
 
A
S
 
S
R
 
R
E
 
Q
A
 
G
S
 
N
K
 
E
Q
 
D
S
 
A
I
 
L
A
 
K
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
D
 
E
K
 
H
G
 
N
M
 
V
Q
 
K
I
 
V
N
 
A
E
 
E
L
 
F
S
 
S
D
 
T
A
 
E
E
 
E
L
 
R
G
 
E
R
 
K
M
 
I
R
 
R
E
 
E
M
 
K
V
 
V
K
 
A
P
 
P
A
 
I
M
 
V
D
 
E
K
 
S
F
 
L
A
 
K
A
 
A
D
 
K
G
 
I
G
 
G
A
 
K
D
 
E
L
 
T
L
 
V

4pakA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from verminephrobacter eiseniae ef01-2 (veis_3954, target efi-510324) a nephridial symbiont of the earthworm eisenia foetida, bound to (r)- pantoic acid (see paper)
37% identity, 88% coverage: 33:329/337 of query aligns to 7:301/304 of 4pakA

query
sites
4pakA
I
 
M
R
 
R
F
 
I
G
 
N
Y
 
I
G
 
S
L
 
T
S
 
A
E
 
Q
S
 
N
S
 
S
N
 
H
Q
|
Q
G
 
G
R
 
V
A
 
A
V
 
I
K
 
D
F
 
T
F
 
F
V
 
A
E
 
K
D
 
E
M
 
V
A
 
E
K
 
K
R
 
R
S
 
T
G
 
G
G
 
G
K
 
R
L
 
Y
K
 
K
V
 
V
K
 
Q
G
 
T
F
 
F
A
 
Y
D
 
N
A
 
A
S
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
A
D
x
E
I
 
R
Q
 
E
M
 
S
Q
 
V
N
 
E
A
 
A
L
 
V
I
 
Q
G
 
L
G
 
G
A
 
T
Q
 
H
E
 
E
M
 
L
M
 
T
V
 
F
G
 
S
S
 
S
T
 
S
A
 
G
T
 
P
L
 
I
V
 
P
G
 
N
I
 
F
V
 
V
K
 
P
D
 
E
F
 
T
A
 
K
V
 
I
F
 
L
D
 
D
L
 
V
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
N
 
R
N
 
D
E
 
K
Q
 
A
E
 
H
A
 
A
D
 
R
A
 
A
V
 
V
F
 
L
D
 
D
G
 
G
P
 
P
F
 
I
G
 
G
Q
 
Q
K
 
E
L
 
L
A
 
L
A
 
T
K
 
R
L
 
F
N
 
D
D
 
G
K
 
K
G
 
G
L
 
F
V
 
K
G
 
A
L
 
L
V
 
A
Y
 
W
W
 
A
E
 
E
N
|
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
N
 
H
L
 
M
T
 
S
N
 
N
S
 
S
K
 
K
R
 
R
P
 
A
V
 
V
E
 
K
K
 
E
V
 
P
E
 
G
D
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
G
I
 
L
K
 
K
L
 
M
R
|
R
V
 
T
M
|
M
Q
 
E
N
 
N
P
 
P
V
 
V
Y
 
H
I
 
I
D
 
A
M
 
A
F
 
Y
N
 
K
G
 
G
F
 
F
G
 
G
A
 
I
N
 
V
A
 
T
V
 
T
P
 
P
L
 
M
S
 
A
F
|
F
S
 
S
E
 
E
L
 
V
F
 
F
T
 
T
A
 
A
M
 
L
E
 
Q
T
 
Q
G
 
G
T
 
T
V
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
V
 
L
T
 
S
T
x
V
I
 
I
Q
 
I
S
 
S
S
 
A
K
 
K
F
 
F
Y
 
D
E
 
Q
V
 
V
Q
 
Q
K
 
K
Y
 
H
L
 
L
T
 
T
I
 
L
S
 
T
K
 
G
H
 
H
V
 
V
Y
 
Y
S
 
S
P
 
P
W
 
A
I
 
L
V
 
F
L
 
L
A
 
M
S
 
N
K
 
K
R
 
A
W
 
L
Y
 
F
D
 
D
G
 
K
L
 
L
S
 
P
A
 
A
D
 
A
E
 
D
R
 
Q
K
 
Q
I
 
A
I
 
F
N
 
I
E
 
D
A
 
A
A
 
A
V
 
R
A
 
Q
S
 
G
R
 
A
D
 
K
F
 
L
E
 
N
R
 
R
K
 
A
D
 
R
S
 
V
R
 
D
E
 
E
A
 
D
S
 
D
K
 
A
Q
 
K
S
 
G
I
 
V
A
 
A
Y
 
D
L
 
L
K
 
R
D
 
A
K
 
K
G
 
G
M
 
M
Q
 
T
I
 
V
N
 
-
E
 
-
L
 
I
S
 
D
D
 
N
A
 
I
E
 
D
L
 
K
G
 
A
R
 
R
M
 
F
R
 
V
E
 
A
M
 
A
V
 
L
K
 
A
P
 
P
A
 
V
M
 
N
D
 
A
K
 
Q
F
 
F
A
 
E
A
 
K
D
 
Q
G
 
F
G
 
G
A
 
K
D
 
A
L
 
A
L
 
L
N
 
E
E
 
Q
L
 
I
Q
 
R

4pddA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from polaromonas sp js666 (bpro_0088, target efi-510167) bound to d- erythronate (see paper)
38% identity, 88% coverage: 32:329/337 of query aligns to 3:298/303 of 4pddA

query
sites
4pddA
L
 
I
I
 
L
R
 
K
F
 
I
G
 
G
Y
 
Y
G
x
T
L
 
P
S
 
P
E
 
K
S
 
D
S
 
S
N
 
H
Q
x
Y
G
 
G
R
 
V
A
 
G
V
 
A
K
 
T
F
 
T
F
 
F
V
 
C
E
 
D
D
 
E
M
 
V
A
 
E
K
 
K
R
 
G
S
 
T
G
 
Q
G
 
E
K
 
R
L
 
Y
K
 
K
V
 
C
K
 
Q
G
 
H
F
 
F
A
 
P
D
 
S
A
 
S
S
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
G
D
x
E
I
 
R
Q
 
E
M
 
M
Q
 
I
N
 
E
A
 
S
L
 
V
I
 
Q
G
 
L
G
 
G
A
 
T
Q
 
Q
E
 
D
M
 
L
M
 
V
V
 
N
G
 
T
S
 
S
T
 
T
A
 
G
T
 
P
L
 
L
V
 
G
G
 
N
I
 
F
V
 
V
K
 
P
D
 
E
F
 
T
A
 
R
V
 
I
F
 
V
D
 
D
L
 
I
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
N
 
R
N
 
D
E
 
Y
Q
 
E
E
 
H
A
 
A
D
 
R
A
 
K
V
 
V
F
 
M
D
 
D
G
 
G
P
 
A
F
 
I
G
 
G
Q
 
Q
K
 
D
L
 
L
A
 
L
A
 
K
K
 
K
L
 
M
N
 
Q
D
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
L
V
 
I
G
 
G
L
 
L
V
 
A
Y
 
W
W
 
T
E
 
E
N
|
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
N
 
H
L
 
M
T
 
T
N
 
N
S
 
S
K
 
K
R
 
R
P
 
P
V
 
I
E
 
L
K
 
Q
V
 
A
E
 
S
D
 
D
L
 
A
K
 
A
G
 
G
I
 
L
K
 
K
L
 
V
R
|
R
V
 
T
M
|
M
Q
 
E
N
 
N
P
 
K
V
 
V
Y
 
H
I
 
M
D
 
D
M
 
G
F
 
Y
N
 
K
G
 
T
F
 
F
G
 
G
A
 
L
N
 
L
A
 
P
V
 
T
P
 
P
L
 
M
S
 
A
F
|
F
S
 
P
E
 
E
L
 
L
F
 
F
T
 
T
A
 
A
M
 
L
E
 
Q
T
 
Q
G
 
G
T
 
T
V
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
V
 
I
T
 
P
T
 
V
I
 
I
Q
 
L
S
 
S
S
 
S
K
 
K
F
 
F
Y
 
S
E
 
Q
V
 
V
Q
 
Q
K
 
K
Y
 
H
L
 
L
T
 
S
I
 
L
S
 
T
K
 
G
H
 
H
V
 
V
Y
 
Y
S
 
S
P
 
P
W
 
A
I
 
V
V
 
L
L
 
I
A
 
L
S
 
S
K
 
S
R
 
R
W
 
V
Y
 
W
D
 
D
G
 
K
L
 
L
S
 
S
A
 
E
D
 
A
E
 
D
R
 
K
K
 
K
I
 
V
I
 
F
N
 
V
E
 
A
A
 
A
A
 
A
V
 
Q
A
 
K
S
 
A
R
 
T
D
 
V
F
 
A
E
 
Q
R
 
R
K
 
K
D
 
R
S
 
V
R
 
N
E
 
D
A
 
D
S
 
E
K
 
A
Q
 
N
S
 
G
I
 
I
A
 
T
Y
 
Q
L
 
L
K
 
K
D
 
K
K
 
D
G
 
G
M
 
M
Q
 
Q
I
 
V
N
 
V
E
 
E
L
 
K
S
 
V
D
 
D
A
 
G
E
 
E
L
 
-
G
 
-
R
 
S
M
 
F
R
 
R
E
 
K
M
 
A
V
 
V
K
 
A
P
 
P
A
 
A
M
 
Y
D
 
A
K
 
G
F
 
F
A
 
A
A
 
K
D
 
E
G
 
F
G
 
G
A
 
A
D
 
E
L
 
R
L
 
I
N
 
A
E
 
A
L
 
I
Q
 
Q

4p9kA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from verminephrobacter eiseniae ef01-2 (veis_3954, target efi-510324) a nephridial symbiont of the earthworm eisenia foetida, bound to d- erythronate with residual density suggestive of superposition with copurified alternative ligand. (see paper)
37% identity, 88% coverage: 33:329/337 of query aligns to 6:300/303 of 4p9kA

query
sites
4p9kA
I
 
M
R
 
R
F
 
I
G
 
N
Y
 
I
G
 
S
L
 
T
S
 
A
E
 
Q
S
 
N
S
 
S
N
 
H
Q
|
Q
G
 
G
R
 
V
A
 
A
V
 
I
K
 
D
F
 
T
F
 
F
V
 
A
E
 
K
D
 
E
M
 
V
A
 
E
K
 
K
R
 
R
S
 
T
G
 
G
G
 
G
K
 
R
L
 
Y
K
 
K
V
 
V
K
 
Q
G
 
T
F
 
F
A
 
Y
D
 
N
A
 
A
S
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
A
D
x
E
I
 
R
Q
 
E
M
 
S
Q
 
V
N
 
E
A
 
A
L
 
V
I
 
Q
G
 
L
G
 
G
A
 
T
Q
 
H
E
 
E
M
 
L
M
 
T
V
 
F
G
 
S
S
 
S
T
 
S
A
 
G
T
 
P
L
 
I
V
 
P
G
 
N
I
 
F
V
 
V
K
 
P
D
 
E
F
 
T
A
 
K
V
 
I
F
 
L
D
 
D
L
 
V
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
N
 
R
N
 
D
E
 
K
Q
 
A
E
 
H
A
 
A
D
 
R
A
 
A
V
 
V
F
 
L
D
 
D
G
 
G
P
 
P
F
 
I
G
 
G
Q
 
Q
K
 
E
L
 
L
A
 
L
A
 
T
K
 
R
L
 
F
N
 
D
D
 
G
K
 
K
G
 
G
L
 
F
V
 
K
G
 
A
L
 
L
V
 
A
Y
 
W
W
 
A
E
 
E
N
|
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
N
 
H
L
 
M
T
 
S
N
 
N
S
 
S
K
 
K
R
 
R
P
 
A
V
 
V
E
 
K
K
 
E
V
 
P
E
 
G
D
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
G
I
 
L
K
 
K
L
 
M
R
|
R
V
 
T
M
|
M
Q
 
E
N
 
N
P
 
P
V
 
V
Y
 
H
I
 
I
D
 
A
M
 
A
F
 
Y
N
 
K
G
 
G
F
 
F
G
 
G
A
 
I
N
 
V
A
 
T
V
 
T
P
 
P
L
 
M
S
 
A
F
|
F
S
 
S
E
 
E
L
 
V
F
 
F
T
 
T
A
 
A
M
 
L
E
 
Q
T
 
Q
G
 
G
T
 
T
V
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
V
 
L
T
 
S
T
 
V
I
 
I
Q
 
I
S
 
S
S
 
A
K
 
K
F
 
F
Y
 
D
E
 
Q
V
 
V
Q
 
Q
K
 
K
Y
 
H
L
 
L
T
 
T
I
 
L
S
 
T
K
 
G
H
 
H
V
 
V
Y
 
Y
S
 
S
P
 
P
W
 
A
I
 
L
V
 
F
L
 
L
A
 
M
S
 
N
K
 
K
R
 
A
W
 
L
Y
 
F
D
 
D
G
 
K
L
 
L
S
 
P
A
 
A
D
 
A
E
 
D
R
 
Q
K
 
Q
I
 
A
I
 
F
N
 
I
E
 
D
A
 
A
A
 
A
V
 
R
A
 
Q
S
 
G
R
 
A
D
 
K
F
 
L
E
 
N
R
 
R
K
 
A
D
 
R
S
 
V
R
 
D
E
 
E
A
 
D
S
 
D
K
 
A
Q
 
K
S
 
G
I
 
V
A
 
A
Y
 
D
L
 
L
K
 
R
D
 
A
K
 
K
G
 
G
M
 
M
Q
 
T
I
 
V
N
 
-
E
 
-
L
 
I
S
 
D
D
 
N
A
 
I
E
 
D
L
 
K
G
 
A
R
 
R
M
 
F
R
 
V
E
 
A
M
 
A
V
 
L
K
 
A
P
 
P
A
 
V
M
 
N
D
 
A
K
 
Q
F
 
F
A
 
E
A
 
K
D
 
Q
G
 
F
G
 
G
A
 
K
D
 
A
L
 
A
L
 
L
N
 
E
E
 
Q
L
 
I
Q
 
R

4pdhA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from polaromonas sp js666 (bpro_1871, target efi-510164) bound to d- erythronate (see paper)
42% identity, 78% coverage: 33:294/337 of query aligns to 4:265/301 of 4pdhA

query
sites
4pdhA
I
 
M
R
 
K
F
 
I
G
 
S
Y
 
I
G
 
S
L
 
T
S
 
S
E
 
Q
S
 
N
S
 
S
N
 
H
Q
|
Q
G
 
G
R
 
V
A
 
A
V
 
I
K
 
D
F
 
T
F
 
F
V
 
A
E
 
K
D
 
E
M
 
V
A
 
E
K
 
K
R
 
R
S
 
T
G
 
G
G
 
G
K
 
R
L
 
Y
K
 
K
V
 
V
K
 
Q
G
 
T
F
 
F
A
 
Y
D
 
S
A
 
G
S
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
G
D
x
E
I
 
R
Q
 
E
M
 
S
Q
 
I
N
 
E
A
 
A
L
 
V
I
 
Q
G
 
L
G
 
G
A
 
T
Q
 
Q
E
 
E
M
 
L
M
 
A
V
 
F
G
 
S
S
 
S
T
 
T
A
 
G
T
 
P
L
 
V
V
 
P
G
 
N
I
 
F
V
 
V
K
 
P
D
 
E
F
 
T
A
 
K
V
 
I
F
 
L
D
 
D
L
 
V
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
N
 
R
N
 
D
E
 
K
Q
 
A
E
 
H
A
 
A
D
 
R
A
 
A
V
 
V
F
 
L
D
 
D
G
 
G
P
 
P
F
 
I
G
 
G
Q
 
Q
K
 
D
L
 
L
A
 
L
A
 
G
K
 
K
L
 
F
N
 
D
D
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
F
V
 
K
G
 
A
L
 
L
V
 
A
Y
 
W
W
 
G
E
 
E
N
|
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
N
 
H
L
 
M
T
 
T
N
 
N
S
 
S
K
 
K
R
 
R
P
 
D
V
 
V
E
 
K
K
 
G
V
 
P
E
 
E
D
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
G
I
 
L
K
 
K
L
 
M
R
|
R
V
 
T
M
|
M
Q
 
E
N
 
N
P
 
P
V
 
V
Y
 
H
I
 
I
D
 
A
M
 
A
F
 
Y
N
 
K
G
 
G
F
 
F
G
 
G
A
 
I
N
 
I
A
 
T
V
 
T
P
 
P
L
 
M
S
 
A
F
|
F
S
 
P
E
 
E
L
 
V
F
 
F
T
 
T
A
 
A
M
 
L
E
 
Q
T
 
Q
G
 
G
T
 
T
V
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
V
 
L
T
 
S
T
 
V
I
 
I
Q
 
I
S
 
A
S
 
S
K
 
K
F
 
F
Y
 
D
E
 
Q
V
 
V
Q
 
Q
K
 
K
Y
 
H
L
 
L
T
 
S
I
 
L
S
 
T
K
 
G
H
 
H
V
 
V
Y
 
Y
S
 
S
P
 
P
W
 
C
I
 
I
V
 
W
L
 
V
A
 
M
S
 
N
K
 
K
R
 
A
W
 
V
Y
 
F
D
 
D
G
 
K
L
 
L
S
 
S
A
 
A
D
 
A
E
 
D
R
 
K
K
 
Q
I
 
A
I
 
F
N
 
L
E
 
D
A
 
A
A
 
A
V
 
K
A
 
E
S
 
G
R
 
T
D
 
K
F
 
A
E
 
N
R
 
R
K
 
A
D
 
R
S
 
V
R
 
D
E
 
E
A
 
D
S
 
D
K
 
A
Q
 
K
S
 
G
I
 
V
A
 
A
Y
 
D
L
 
L
K
 
R
D
 
A
K
 
K
G
 
G
M
 
M
Q
 
T
I
 
V

4nq8B Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from bordetella bronchispeptica (bb3421), target efi-510039, with density modeled as pantoate (see paper)
37% identity, 79% coverage: 33:297/337 of query aligns to 4:268/301 of 4nq8B

query
sites
4nq8B
I
 
L
R
 
K
F
 
M
G
 
A
Y
 
Y
G
 
A
L
 
L
S
 
S
E
 
T
S
 
S
S
 
S
N
 
H
Q
x
Y
G
 
G
R
 
A
A
 
G
V
 
A
K
 
E
F
 
A
F
 
F
V
 
A
E
 
K
D
 
S
M
 
I
A
 
E
K
 
G
R
 
A
S
 
S
G
 
G
G
 
G
K
 
K
L
 
Y
K
 
K
V
 
V
K
 
Q
G
 
Q
F
 
F
A
 
A
D
 
N
A
 
S
S
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
G
D
x
E
I
 
R
Q
 
E
M
 
V
Q
 
I
N
 
E
A
 
G
L
 
L
I
 
Q
G
 
I
G
 
G
A
 
T
Q
 
I
E
 
D
M
 
L
M
 
A
V
 
I
G
 
V
S
|
S
T
 
T
A
 
G
T
 
A
L
 
T
V
 
L
G
 
N
I
 
F
V
 
V
K
 
P
D
 
E
F
 
T
A
 
G
V
 
V
F
 
F
D
 
D
L
 
I
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
L
N
 
R
N
 
D
E
 
L
Q
 
P
E
 
H
A
 
A
D
 
R
A
 
A
V
 
V
F
 
L
D
 
D
G
 
S
P
 
K
F
 
I
G
 
G
Q
 
Q
K
 
D
L
 
M
A
 
L
A
 
A
K
 
K
L
 
F
N
 
P
D
 
D
K
 
R
G
 
G
L
 
I
V
 
I
G
 
A
L
 
L
V
 
A
Y
 
W
W
 
G
E
 
E
N
x
Q
G
 
G
F
 
F
R
|
R
N
 
H
L
 
L
T
 
T
N
 
N
S
 
N
K
 
V
R
 
R
P
 
P
V
 
V
E
 
K
K
 
T
V
 
P
E
 
A
D
 
D
L
 
A
K
 
K
G
 
G
I
 
L
K
 
K
L
 
I
R
|
R
V
 
T
M
x
T
Q
 
E
N
 
N
P
 
P
V
 
I
Y
 
H
I
 
I
D
 
T
M
 
A
F
 
F
N
 
R
G
 
Q
F
 
I
G
 
G
A
 
I
N
 
L
A
 
P
V
 
T
P
 
P
L
 
M
S
 
A
F
x
W
S
 
P
E
 
E
L
 
V
F
 
A
T
 
T
A
 
A
M
 
L
E
 
Q
T
 
Q
G
 
G
T
 
T
V
 
I
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
V
 
L
T
 
S
T
 
V
I
 
I
Q
 
T
S
 
S
S
 
A
K
 
K
F
 
L
Y
 
S
E
 
Q
V
 
L
Q
 
Q
K
 
K
Y
 
Y
L
 
L
T
 
S
I
 
L
S
 
T
K
 
G
H
 
H
V
 
V
Y
 
Y
S
 
G
P
 
P
W
 
A
I
 
L
V
 
V
L
 
L
A
 
M
S
 
S
K
 
A
R
 
N
W
 
V
Y
 
Y
D
 
N
G
 
G
L
 
L
S
 
S
A
 
D
D
 
A
E
 
E
R
 
K
K
 
A
I
 
S
I
 
F
N
 
K
E
 
A
A
 
A
A
 
G
V
 
K
A
 
D
S
 
S
R
 
A
D
 
Q
F
 
A
E
 
M
R
 
R
K
 
A
D
 
Y
S
 
V
R
 
D
E
 
N
A
 
I
S
 
E
K
 
Q
Q
 
T
S
 
G
I
 
V
A
 
E
Y
 
Q
L
 
L
K
 
K
D
 
K
K
 
E
G
 
G
M
 
M
Q
 
E
I
 
V
N
 
S
E
 
E
L
 
V

4xeqB Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from desulfovibrio vulgaris (deval_0042, target efi-510114) bound to copurified (r)-pantoic acid
35% identity, 80% coverage: 43:311/337 of query aligns to 14:279/304 of 4xeqB

query
sites
4xeqB
S
 
S
N
 
A
Q
|
Q
G
 
Y
R
 
V
A
 
C
V
 
A
K
 
E
F
 
R
F
 
F
V
 
A
E
 
Q
D
 
L
M
 
L
A
 
A
K
 
E
R
 
R
S
 
S
G
 
D
G
 
K
K
 
R
L
 
F
K
 
N
V
 
V
K
 
V
G
 
L
F
 
H
A
 
H
D
 
S
A
 
A
S
 
S
L
 
L
G
 
G
S
 
T
D
 
E
I
 
T
Q
 
D
M
 
I
Q
 
L
N
 
Q
A
 
Q
L
 
V
I
 
Q
G
 
L
G
 
G
A
 
A
Q
 
V
E
 
Q
M
 
M
M
 
A
V
 
I
G
 
V
S
x
T
T
 
T
A
 
G
T
 
T
L
 
L
V
 
D
G
 
A
I
 
F
V
 
V
K
 
P
D
 
E
F
 
M
A
 
A
V
 
A
F
 
L
D
 
D
L
 
F
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
N
 
T
N
 
D
E
 
T
Q
 
T
E
 
T
A
 
A
D
 
D
A
 
R
V
 
V
F
 
L
D
 
D
G
 
G
P
 
P
F
 
V
G
 
G
Q
 
R
K
 
G
L
 
L
A
 
L
A
 
D
K
 
R
L
 
L
N
 
S
D
 
T
K
 
A
G
 
G
L
 
F
V
 
K
G
 
G
L
 
L
V
 
H
Y
 
F
W
 
S
E
 
E
N
 
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
N
 
H
L
 
L
T
 
T
N
 
N
S
 
S
K
 
I
R
 
R
P
 
P
V
 
V
E
 
M
K
 
T
V
 
P
E
 
D
D
 
D
L
 
V
K
 
R
G
 
G
I
 
L
K
 
K
L
 
I
R
|
R
V
 
V
M
|
M
Q
 
E
N
 
S
P
 
Q
V
 
V
Y
 
H
I
 
R
D
 
E
M
 
L
F
 
W
N
 
R
G
 
T
F
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
A
 
P
V
 
T
P
 
P
L
 
M
S
 
G
F
x
W
S
 
P
E
 
-
L
 
I
F
 
Y
T
 
A
A
 
E
M
 
L
E
 
Q
T
 
Q
G
 
G
T
 
T
V
 
L
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
V
 
L
T
 
W
T
 
V
I
 
I
Q
 
A
S
 
E
S
 
Y
K
 
R
F
 
L
Y
 
N
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
K
 
K
Y
 
H
L
 
L
T
 
S
I
 
L
S
 
T
K
 
G
H
 
H
V
 
V
Y
 
Y
S
 
S
P
 
T
W
 
H
I
 
T
V
 
D
L
 
L
A
 
A
S
 
N
K
 
L
R
 
A
W
 
W
Y
 
F
D
 
E
G
 
A
L
 
L
S
 
P
A
 
A
D
 
N
E
 
D
R
 
R
K
 
R
I
 
L
I
 
L
N
 
A
E
 
S
A
 
C
A
 
M
V
 
Q
A
 
D
S
 
A
R
 
A
D
 
L
F
 
W
E
 
Q
R
 
R
K
 
T
D
 
W
S
 
S
R
 
R
E
 
Q
A
 
R
S
 
D
K
 
A
Q
 
A
S
 
Y
I
 
L
A
 
E
Y
 
Q
L
 
L
K
 
R
D
 
T
K
 
A
G
 
G
M
 
M
Q
 
Q
I
 
V
N
 
I
E
 
E
L
 
R
S
 
P
D
 
D
A
 
-
E
 
-
L
 
I
G
 
A
R
 
T
M
 
F
R
 
R
E
 
Q
M
 
R
V
 
V
K
 
Q
P
 
P

4n8yA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from bradyrhizobium sp. Btai1 b (bbta_0128), target efi-510056 (bbta_0128), complex with alpha/beta-d-galacturonate (see paper)
35% identity, 81% coverage: 48:319/337 of query aligns to 18:287/300 of 4n8yA

query
sites
4n8yA
A
 
A
V
 
V
K
 
K
F
 
F
F
 
M
V
 
G
E
 
K
D
 
Q
M
 
L
A
 
A
K
 
A
R
 
A
S
 
S
G
 
G
G
 
G
K
 
K
L
 
L
K
 
G
V
 
V
K
 
K
G
 
V
F
 
F
A
 
P
D
 
N
A
 
G
S
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
S
D
x
E
I
 
K
Q
 
D
M
 
T
Q
 
I
N
 
E
A
 
Q
L
 
L
I
 
K
G
 
I
G
 
G
A
 
A
Q
 
L
E
 
D
M
 
M
M
 
M
V
x
R
G
 
I
S
 
N
T
 
S
A
 
S
T
 
P
L
 
L
V
 
N
G
 
N
I
 
F
V
 
V
K
 
P
D
 
E
F
 
T
A
 
V
V
 
A
F
 
L
D
 
C
L
 
L
P
 
P
F
 
F
L
 
V
F
 
F
N
 
R
N
 
D
E
 
T
Q
 
Q
E
 
H
A
 
M
D
 
R
A
 
N
V
 
V
F
 
L
D
 
D
G
 
G
P
 
P
F
 
I
G
 
G
Q
 
D
K
 
E
L
 
I
A
 
L
A
 
A
K
 
A
L
 
M
N
 
E
D
 
P
K
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
V
G
 
G
L
 
L
V
 
A
Y
 
Y
W
 
Y
E
 
D
N
 
S
G
 
G
F
 
A
R
|
R
N
 
S
L
 
I
T
 
Y
N
 
T
S
 
V
K
 
K
R
 
A
P
 
P
V
 
V
E
 
K
K
 
S
V
 
L
E
 
A
D
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
G
I
 
L
K
 
K
L
 
I
R
|
R
V
 
V
M
x
Q
Q
 
Q
N
 
S
P
 
D
V
 
L
Y
 
W
I
 
V
D
 
G
M
 
M
F
 
I
N
 
Q
G
 
S
F
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
A
 
P
V
 
T
P
 
P
L
 
M
S
 
P
F
x
Y
S
 
G
E
 
E
L
 
V
F
 
Y
T
 
T
A
 
A
M
 
L
E
 
K
T
 
T
G
 
G
T
 
L
V
 
V
D
 
D
G
 
A
Q
 
A
E
 
E
N
|
N
P
 
N
V
 
W
T
 
P
T
x
S
I
 
Y
Q
 
E
S
 
S
S
 
S
K
 
R
F
 
H
Y
 
F
E
 
E
V
 
A
Q
 
A
K
 
K
Y
 
F
L
 
Y
T
 
N
I
 
I
S
 
T
K
 
E
H
 
H
V
 
S
Y
 
L
S
 
A
P
 
P
W
x
E
I
 
V
V
 
L
L
 
V
A
 
M
S
 
S
K
 
K
R
 
K
W
 
V
Y
 
W
D
 
D
G
 
T
L
 
L
S
 
S
A
 
K
D
 
E
E
 
D
R
 
Q
K
 
A
I
 
L
I
 
V
N
 
R
E
 
K
A
 
A
A
 
A
V
 
K
A
 
D
S
 
S
R
 
V
D
 
P
F
 
V
E
 
M
R
 
R
K
 
K
D
 
L
S
 
W
R
 
D
E
 
E
A
 
R
S
 
E
K
 
Q
Q
 
A
S
 
S
I
 
R
A
 
K
Y
 
A
L
 
V
K
 
E
D
 
A
K
 
A
G
 
G
M
 
V
Q
 
Q
I
 
V
N
 
V
E
 
T
L
 
V
S
 
A
D
 
N
A
 
K
E
 
Q
L
 
-
G
 
-
R
 
E
M
 
F
R
 
V
E
 
D
M
 
A
V
 
M
K
 
K
P
 
P
A
 
V
M
 
Y
D
 
Q
K
 
K
F
 
F
A
 
A
A
 
G
D
 
D

Sites not aligning to the query:

4p8bA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from ralstonia eutropha h16 (h16_a1328), target efi-510189, with bound (s)-2-hydroxy-2-methyl-3-oxobutanoate ((s)-2-acetolactate) (see paper)
33% identity, 86% coverage: 46:334/337 of query aligns to 18:313/314 of 4p8bA

query
sites
4p8bA
G
 
G
R
 
K
A
 
G
V
 
G
K
 
E
F
 
I
F
 
W
V
 
A
E
 
D
D
 
L
M
 
V
A
 
K
K
 
Q
R
 
R
S
 
T
G
 
N
G
 
G
K
 
R
L
 
I
K
 
N
V
 
I
K
 
K
G
 
L
F
 
Y
A
 
P
D
 
G
A
 
T
S
 
S
L
 
L
-
 
V
-
 
A
G
 
G
S
 
D
D
x
Q
I
 
T
Q
 
R
M
 
E
Q
 
F
N
 
S
A
 
A
L
 
I
I
 
R
G
 
Q
G
 
G
A
 
V
Q
 
I
E
 
D
M
 
M
M
 
A
V
 
V
G
 
G
S
 
S
T
 
T
A
 
I
T
 
N
L
 
W
V
 
S
G
 
P
I
 
Q
V
 
V
K
 
R
D
 
E
F
 
L
A
 
N
V
 
L
F
 
F
D
 
S
L
 
L
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
M
N
 
P
N
 
D
E
 
Y
Q
 
K
E
 
A
A
 
L
D
 
D
A
 
A
V
 
L
F
 
T
D
 
Q
G
 
G
P
 
E
F
 
V
G
 
G
Q
 
K
K
 
S
L
 
I
A
 
F
A
 
A
K
 
T
L
 
L
N
 
E
D
 
K
K
 
A
G
 
G
L
 
V
V
 
V
G
 
P
L
 
L
V
 
A
Y
 
W
W
 
G
E
 
E
N
 
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
N
 
E
L
 
V
T
 
S
N
 
N
S
 
S
K
 
K
R
 
R
P
 
E
V
 
I
E
 
R
K
 
K
V
 
P
E
 
E
D
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
G
I
 
M
K
 
K
L
 
L
R
|
R
V
 
V
M
 
V
Q
 
G
N
 
S
P
 
P
V
 
L
Y
 
Y
I
 
I
D
 
E
M
 
T
F
 
F
N
 
N
G
 
A
F
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
A
 
P
V
 
T
P
 
Q
L
 
M
S
 
S
F
 
W
S
 
A
E
 
D
L
 
A
F
 
Q
T
 
P
A
 
A
M
 
M
E
 
A
T
 
S
G
 
G
T
 
A
V
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
V
 
Q
T
 
S
T
 
V
I
 
F
Q
 
A
S
 
A
S
 
A
K
 
K
F
 
L
Y
 
Y
E
 
T
V
 
V
-
 
G
Q
 
Q
K
 
K
Y
 
F
L
 
V
T
 
T
I
 
T
S
 
W
K
 
G
H
 
Y
V
 
V
Y
 
A
S
 
D
P
 
P
W
 
L
I
 
I
V
 
F
L
 
V
A
 
V
S
 
N
K
 
K
R
 
Q
W
 
I
Y
 
W
D
 
E
G
 
S
L
 
W
S
 
T
A
 
P
D
 
A
E
 
D
R
 
R
K
 
E
I
 
I
I
 
V
N
 
K
E
 
Q
A
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
D
S
 
A
R
 
G
D
 
K
F
 
Q
E
 
E
-
 
I
-
 
A
-
 
L
-
 
A
R
 
R
K
 
K
D
 
G
S
 
L
R
 
A
E
 
E
A
 
P
S
 
G
K
 
A
Q
 
P
S
 
A
I
 
W
A
 
K
Y
 
D
L
 
M
K
 
E
D
 
A
K
 
H
G
 
G
M
 
V
Q
 
K
I
 
V
N
 
T
E
 
H
L
 
L
S
 
T
D
 
P
A
 
A
E
 
E
L
 
H
G
 
D
R
 
A
M
 
F
R
 
R
E
 
K
M
 
A
V
 
T
K
 
A
P
 
K
A
 
V
M
 
Y
D
 
D
K
 
K
F
 
W
A
 
K
A
 
K
D
 
Q
G
 
I
G
 
G
A
 
T
D
 
D
L
 
L
L
 
V
N
 
T
E
 
K
L
 
A
Q
 
E
G
 
G
E
 
A
I
 
I
S
 
A
K
 
K

Sites not aligning to the query:

4x8rA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from rhodobacter sphaeroides (rsph17029_2138, target efi-510205) with bound glucuronate
36% identity, 70% coverage: 49:283/337 of query aligns to 22:256/304 of 4x8rA

query
sites
4x8rA
V
 
V
K
 
K
F
 
F
F
 
M
V
 
A
E
 
E
D
 
R
M
 
A
A
 
K
K
 
E
R
 
L
S
 
S
G
 
N
G
 
G
K
 
R
L
 
I
K
 
C
V
 
I
K
 
E
G
 
V
F
 
F
A
 
P
D
 
S
A
 
S
S
 
Q
L
 
L
G
 
G
S
 
E
D
x
E
I
 
K
Q
 
D
M
 
T
Q
 
I
N
 
E
A
 
Q
L
 
T
I
 
Q
G
 
F
G
 
G
A
 
V
Q
 
I
E
 
D
M
 
M
M
 
V
V
x
R
G
 
A
S
 
S
T
 
F
A
 
G
T
 
S
L
 
F
V
 
N
G
 
D
I
 
I
V
 
V
K
 
P
D
 
E
F
 
A
A
 
Q
V
 
L
F
 
L
D
 
S
L
 
L
P
 
P
F
 
Y
L
 
L
F
 
F
N
 
R
N
 
S
E
 
E
Q
 
E
E
 
H
A
 
L
D
 
H
A
x
N
V
 
V
F
 
M
D
 
D
G
 
G
P
 
P
F
 
I
G
|
G
Q
 
D
K
 
E
L
 
L
A
 
A
A
 
K
K
 
A
L
 
F
N
x
E
D
 
A
K
 
K
G
 
D
L
 
L
V
 
I
G
 
A
L
 
V
V
 
A
Y
 
Y
W
 
Y
E
 
D
N
 
G
G
 
G
F
 
S
R
|
R
N
 
S
L
 
F
T
 
Y
N
 
N
S
 
S
K
 
Q
R
 
K
P
 
P
V
 
I
E
 
T
K
 
K
V
 
V
E
 
E
D
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
G
I
 
M
K
 
K
L
 
F
R
|
R
V
 
V
M
|
M
Q
 
Q
N
 
S
P
 
D
V
 
V
Y
 
F
I
 
V
D
 
D
M
 
M
F
 
M
N
 
S
G
 
A
F
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
A
 
A
V
 
T
P
 
P
L
 
M
S
 
P
F
x
Y
S
 
G
E
 
E
L
 
V
F
 
Y
T
 
S
A
 
S
M
 
I
E
 
Q
T
 
T
G
 
G
T
 
V
V
 
I
D
 
D
G
 
G
Q
 
A
E
 
E
N
|
N
P
 
N
V
 
W
T
 
P
T
x
S
I
 
Y
Q
 
D
S
 
S
S
 
S
K
 
G
F
 
H
Y
 
F
E
 
E
V
 
V
Q
 
A
K
 
K
Y
 
Y
L
 
Y
T
 
T
I
 
L
S
 
D
K
 
Q
H
 
H
V
 
L
Y
 
M
S
 
V
P
 
P
W
x
E
I
x
L
V
 
V
L
 
A
A
 
I
S
 
S
K
 
K
R
 
I
W
 
K
Y
 
W
D
 
D
G
 
A
L
 
L
S
 
S
A
 
P
D
 
E
E
 
D
R
 
Q
K
 
Q
I
 
V
I
 
L
N
 
R
E
 
Q
A
 
A
A
 
A
V
 
E
A
 
E
S
 
S
R
 
E
D
 
P
F
 
V
E
 
Q
R
 
R
K
 
K
D
 
L
S
 
W
R
 
A
E
 
E
A
 
Q
S
 
E
K
 
K
Q
 
A
S
 
S

Sites not aligning to the query:

4pf8A Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from sulfitobacter sp. Nas-14.1 (target efi-510299) with bound beta-d- galacturonate (see paper)
32% identity, 83% coverage: 47:326/337 of query aligns to 16:295/300 of 4pf8A

query
sites
4pf8A
R
 
H
A
 
G
V
 
M
K
 
E
F
 
A
F
 
F
V
 
M
E
 
E
D
 
E
M
 
V
A
 
T
K
 
E
R
 
K
S
 
T
G
 
G
G
 
G
K
 
E
L
 
I
K
 
K
V
 
G
K
 
K
G
 
V
F
 
F
A
 
H
D
 
A
A
 
G
S
 
V
L
 
L
G
 
G
S
 
S
D
x
Q
I
 
P
Q
 
D
M
 
A
Q
 
I
N
 
E
A
 
Q
L
 
L
I
 
R
G
 
L
G
 
G
A
 
I
Q
 
M
E
 
D
M
 
F
M
 
G
V
 
V
G
 
F
S
|
S
T
 
L
A
 
G
T
 
P
L
 
M
V
 
G
G
 
Q
I
 
A
V
 
V
K
 
P
D
 
A
F
 
T
A
 
N
V
 
V
F
 
V
D
 
S
L
 
L
P
 
P
F
 
F
L
 
V
F
 
F
N
 
K
N
 
S
E
 
V
Q
 
P
E
 
Q
A
 
M
D
 
Y
A
 
E
V
 
L
F
 
M
D
 
D
G
 
G
P
 
E
F
 
P
G
 
G
Q
 
A
K
 
A
L
 
L
A
 
G
A
 
K
K
 
A
L
 
L
N
 
E
D
 
E
K
 
K
G
 
G
L
 
I
V
 
V
G
 
A
L
 
L
V
 
G
Y
 
Y
W
 
Y
E
 
D
N
 
A
G
 
G
F
 
A
R
|
R
N
 
S
L
 
F
T
 
Y
N
 
N
S
 
S
K
 
V
R
 
K
P
 
P
V
 
I
E
 
N
K
 
T
V
 
P
E
 
E
D
 
D
L
 
V
K
 
Q
G
 
G
I
 
M
K
 
K
L
 
V
R
|
R
V
 
V
M
|
M
Q
 
N
N
 
N
P
 
D
V
 
L
Y
 
F
I
 
V
D
 
G
M
 
M
F
 
I
N
 
E
G
 
S
F
 
M
G
 
G
A
 
G
N
 
N
A
 
A
V
 
T
P
 
P
L
 
M
S
 
A
F
|
F
S
 
A
E
 
E
L
 
V
F
 
Y
T
 
Q
A
 
S
M
 
I
E
 
K
T
 
T
G
 
G
T
 
V
V
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
A
E
 
E
N
|
N
P
 
N
V
 
P
T
 
P
T
x
S
I
 
Y
Q
 
E
S
 
S
S
 
T
K
 
S
F
 
H
Y
 
F
E
 
E
V
 
V
Q
 
A
K
 
K
Y
 
Y
L
 
Y
T
 
S
I
 
L
S
 
T
K
 
Q
H
 
H
V
 
L
Y
 
I
S
 
I
P
 
P
W
x
E
I
 
C
V
 
L
L
 
C
A
 
M
S
 
S
K
 
K
R
 
K
W
 
T
Y
 
F
D
 
D
G
 
G
L
 
L
S
 
T
A
 
P
D
 
E
E
 
Q
R
 
Q
K
 
E
I
 
I
I
 
V
N
 
K
E
 
T
A
 
A
A
 
G
V
 
K
A
 
N
S
 
S
R
 
T
D
 
D
F
 
L
E
 
Q
R
 
R
K
 
K
D
 
L
S
 
W
R
 
G
E
 
E
A
 
R
S
 
E
K
 
A
Q
 
A
S
 
S
I
 
M
A
 
K
Y
 
I
L
 
I
K
 
M
D
 
D
K
 
G
G
 
G
M
 
V
Q
 
E
I
 
V
N
 
N
E
 
E
L
 
I
S
 
A
D
 
D
A
 
K
E
 
S
L
 
-
G
 
-
R
 
A
M
 
F
R
 
Q
E
 
E
M
 
A
V
 
M
K
 
V
P
 
P
A
 
V
M
 
Y
D
 
E
K
 
K
F
 
Y
A
 
L
A
 
A
D
 
A
G
 
N
G
 
P
-
 
E
-
 
M
A
 
T
D
 
D
L
 
L
L
 
V
N
 
N

Sites not aligning to the query:

P44542 Sialic acid-binding periplasmic protein SiaP; Extracytoplasmic solute receptor protein SiaP; N-acetylneuraminic-binding protein; Neu5Ac-binding protein from Haemophilus influenzae (strain ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd) (see 2 papers)
31% identity, 95% coverage: 1:321/337 of query aligns to 2:314/329 of P44542

query
sites
P44542
M
 
M
K
 
K
L
 
L
L
 
T
R
 
K
S
 
-
V
 
L
L
 
F
L
 
L
A
 
A
T
 
T
G
 
A
L
 
I
A
 
S
A
 
L
A
 
G
I
 
V
L
 
S
A
 
S
P
 
A
V
 
V
A
 
L
A
 
A
S
 
A
A
 
D
Q
 
Y
D
 
D
I
 
L
K
 
K
P
 
-
R
 
-
L
 
-
I
 
-
R
 
-
F
 
F
G
 
G
Y
 
M
G
x
N
L
 
A
S
 
G
E
 
T
S
 
S
S
 
S
N
 
N
Q
 
E
G
 
Y
R
 
K
A
 
A
V
 
A
K
 
E
F
 
M
F
 
F
V
 
A
E
 
K
D
 
E
M
 
V
A
 
K
K
 
E
R
 
K
S
 
S
G
 
Q
G
 
G
K
 
K
L
 
I
K
 
E
V
 
I
K
 
S
G
 
L
F
 
Y
A
 
P
D
 
S
A
 
S
S
 
Q
L
 
L
G
 
G
S
 
D
D
|
D
I
 
R
Q
 
A
M
 
M
Q
 
L
N
 
K
A
 
Q
L
 
L
I
 
K
G
 
D
G
 
G
A
 
S
Q
 
L
E
 
D
M
 
F
M
x
T
V
 
F
G
 
A
S
x
E
T
 
S
A
 
A
T
 
R
L
 
F
V
 
Q
G
 
L
I
 
F
V
 
Y
K
 
P
D
 
E
F
 
A
A
 
A
V
 
V
F
 
F
D
 
A
L
 
L
P
 
P
F
 
Y
L
 
V
F
 
I
N
 
S
N
 
N
E
 
Y
Q
 
N
E
 
V
A
 
A
D
 
Q
-
 
K
A
 
A
V
 
L
F
 
F
D
 
D
G
 
T
P
 
E
F
 
F
G
 
G
Q
 
K
K
 
D
L
 
L
A
 
I
A
 
K
K
 
K
L
 
M
N
 
D
-
 
K
D
 
D
K
 
L
G
 
G
L
 
V
V
 
T
G
 
L
L
 
L
V
 
S
Y
 
Q
W
 
A
E
 
Y
N
 
N
G
 
G
F
 
T
R
|
R
N
 
Q
L
 
-
T
 
T
N
 
T
S
 
S
K
 
N
R
 
R
P
 
A
V
 
I
E
 
N
K
 
S
V
 
I
E
 
A
D
 
D
L
 
M
K
 
K
G
 
G
I
 
L
K
 
K
L
 
L
R
|
R
V
 
V
M
 
P
Q
 
N
N
 
A
P
 
A
V
 
T
Y
 
N
I
 
L
D
 
A
M
 
Y
F
 
A
N
 
K
G
 
Y
F
 
V
G
 
G
A
 
A
N
 
S
A
 
P
V
 
T
P
 
P
L
 
M
S
 
A
F
 
F
S
 
S
E
 
E
L
 
V
F
 
Y
T
 
L
A
 
A
M
 
L
E
 
Q
T
 
T
G
 
N
T
 
A
V
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
V
 
L
T
 
A
T
 
A
I
 
V
Q
 
Q
S
 
A
S
 
Q
K
 
K
F
 
F
Y
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
K
 
K
Y
 
F
L
 
L
T
 
A
I
 
M
S
 
T
K
 
N
H
 
H
V
 
I
Y
 
L
S
 
N
P
 
D
W
 
Q
I
 
L
V
 
Y
L
 
L
A
 
V
S
 
S
K
 
N
R
 
E
W
 
T
Y
 
Y
D
 
K
G
 
E
L
 
L
S
 
P
A
 
E
D
 
D
E
 
L
R
 
Q
K
 
K
I
 
V
I
 
V
N
 
K
E
 
D
A
 
A
A
 
A
V
 
E
A
 
N
S
 
A
R
 
A
D
 
K
F
 
Y
E
 
H
R
 
T
K
 
K
D
 
L
S
 
F
R
 
V
E
 
D
A
 
G
S
 
E
K
 
K
Q
 
D
S
 
L
I
 
V
A
 
T
Y
 
F
L
 
F
K
 
E
D
 
K
K
 
Q
G
 
G
M
 
V
Q
 
K
I
 
I
N
 
-
E
 
-
L
 
-
S
 
T
D
 
H
A
 
P
E
 
D
L
 
L
G
 
V
R
 
P
M
 
F
R
 
K
E
 
E
M
 
S
V
 
M
K
 
K
P
 
P
A
 
Y
M
 
Y
D
 
A
K
 
E
F
 
F
A
 
V
A
 
K
D
 
Q
G
 
T
G
 
G

2v4cA Structure of sialic acid binding protein (siap) in the presence of kdn (see paper)
31% identity, 86% coverage: 33:321/337 of query aligns to 5:291/309 of 2v4cA

query
sites
2v4cA
I
 
L
R
 
K
F
 
F
G
 
G
Y
 
M
G
 
N
L
 
A
S
 
G
E
 
T
S
 
S
S
 
S
N
 
N
Q
 
E
G
 
Y
R
 
K
A
 
A
V
 
A
K
 
E
F
 
M
F
 
F
V
 
A
E
 
K
D
 
E
M
 
V
A
 
K
K
 
E
R
 
K
S
 
S
G
 
Q
G
 
G
K
 
K
L
 
I
K
 
E
V
 
I
K
 
S
G
 
L
F
 
Y
A
 
P
D
 
S
A
 
S
S
 
Q
L
 
L
G
 
G
S
 
D
D
|
D
I
 
R
Q
 
A
M
 
M
Q
 
L
N
 
K
A
 
Q
L
 
L
I
 
K
G
 
D
G
 
G
A
 
S
Q
 
L
E
 
D
M
 
F
M
 
T
V
 
F
G
 
A
S
x
E
T
 
S
A
 
A
T
 
R
L
 
F
V
 
Q
G
 
L
I
 
F
V
 
Y
K
 
P
D
 
E
F
 
A
A
 
A
V
 
V
F
 
F
D
 
A
L
 
L
P
 
P
F
 
Y
L
 
V
F
 
I
N
 
S
N
 
N
E
 
Y
Q
 
N
E
 
V
A
 
A
D
 
Q
-
 
K
A
 
A
V
 
L
F
 
F
D
 
D
G
 
T
P
 
E
F
 
F
G
 
G
Q
 
K
K
 
D
L
 
L
A
 
I
A
 
K
K
 
K
L
 
M
N
 
D
-
 
K
D
 
D
K
 
L
G
 
G
L
 
V
V
 
T
G
 
L
L
 
L
V
 
S
Y
 
Q
W
 
A
E
 
Y
N
 
N
G
 
G
F
 
T
R
|
R
N
 
Q
L
 
-
T
 
T
N
 
T
S
 
S
K
 
N
R
 
R
P
 
A
V
 
I
E
 
N
K
 
S
V
 
I
E
 
A
D
 
D
L
 
M
K
 
K
G
 
G
I
 
L
K
 
K
L
 
L
R
|
R
V
 
V
M
 
P
Q
 
N
N
 
A
P
 
A
V
 
T
Y
 
N
I
 
L
D
 
A
M
 
Y
F
 
A
N
 
K
G
 
Y
F
 
V
G
 
G
A
 
A
N
 
S
A
 
P
V
 
T
P
 
P
L
 
M
S
 
A
F
|
F
S
 
S
E
 
E
L
 
V
F
 
Y
T
 
L
A
 
A
M
 
L
E
 
Q
T
 
T
G
 
N
T
 
A
V
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
V
 
L
T
 
A
T
 
A
I
 
V
Q
 
Q
S
 
A
S
 
Q
K
 
K
F
 
F
Y
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
K
 
K
Y
 
F
L
 
L
T
 
A
I
 
M
S
 
T
K
 
N
H
 
H
V
 
I
Y
 
L
S
 
N
P
 
D
W
 
Q
I
 
L
V
 
Y
L
 
L
A
 
V
S
 
S
K
 
N
R
 
E
W
 
T
Y
 
Y
D
 
K
G
 
E
L
 
L
S
 
P
A
 
E
D
 
D
E
 
L
R
 
Q
K
 
K
I
 
V
I
 
V
N
 
K
E
 
D
A
 
A
A
 
A
V
 
E
A
 
N
S
 
A
R
 
A
D
 
K
F
 
Y
E
 
H
R
 
T
K
 
K
D
 
L
S
 
F
R
 
V
E
 
D
A
 
G
S
 
E
K
 
K
Q
 
D
S
 
L
I
 
V
A
 
T
Y
 
F
L
 
F
K
 
E
D
 
K
K
 
Q
G
 
G
M
 
V
Q
 
K
I
 
I
N
 
-
E
 
-
L
 
-
S
 
T
D
 
H
A
 
P
E
 
D
L
 
L
G
 
V
R
 
P
M
 
F
R
 
K
E
 
E
M
 
S
V
 
M
K
 
K
P
 
P
A
 
Y
M
 
Y
D
 
A
K
 
E
F
 
F
A
 
V
A
 
K
D
 
Q
G
 
T
G
 
G

2cexB Structure of a sialic acid binding protein (siap) in the presence of the sialic acid acid analogue neu5ac2en (see paper)
31% identity, 86% coverage: 33:321/337 of query aligns to 4:290/305 of 2cexB

query
sites
2cexB
I
 
L
R
 
K
F
 
F
G
 
G
Y
 
M
G
x
N
L
 
A
S
 
G
E
 
T
S
 
S
S
 
S
N
 
N
Q
 
E
G
 
Y
R
 
K
A
 
A
V
 
A
K
 
E
F
 
M
F
 
F
V
 
A
E
 
K
D
 
E
M
 
V
A
 
K
K
 
E
R
 
K
S
 
S
G
 
Q
G
 
G
K
 
K
L
 
I
K
 
E
V
 
I
K
 
S
G
 
L
F
 
Y
A
 
P
D
 
S
A
 
S
S
 
Q
L
 
L
G
 
G
S
 
D
D
 
D
I
 
R
Q
 
A
M
 
M
Q
 
L
N
 
K
A
 
Q
L
 
L
I
 
K
G
 
D
G
 
G
A
 
S
Q
 
L
E
 
D
M
 
F
M
 
T
V
 
F
G
 
A
S
x
E
T
 
S
A
 
A
T
 
R
L
 
F
V
 
Q
G
 
L
I
 
F
V
 
Y
K
 
P
D
 
E
F
 
A
A
 
A
V
 
V
F
 
F
D
 
A
L
 
L
P
 
P
F
 
Y
L
 
V
F
 
I
N
 
S
N
 
N
E
 
Y
Q
 
N
E
 
V
A
 
A
D
 
Q
-
 
K
A
 
A
V
 
L
F
 
F
D
 
D
G
 
T
P
 
E
F
 
F
G
 
G
Q
 
K
K
 
D
L
 
L
A
 
I
A
 
K
K
 
K
L
 
M
N
 
D
-
 
K
D
 
D
K
 
L
G
 
G
L
 
V
V
 
T
G
 
L
L
 
L
V
 
S
Y
 
Q
W
 
A
E
 
Y
N
 
N
G
 
G
F
 
T
R
 
R
N
 
Q
L
 
-
T
 
T
N
 
T
S
 
S
K
 
N
R
 
R
P
 
A
V
 
I
E
 
N
K
 
S
V
 
I
E
 
A
D
 
D
L
 
M
K
 
K
G
 
G
I
 
L
K
 
K
L
 
L
R
|
R
V
 
V
M
 
P
Q
 
N
N
 
A
P
 
A
V
 
T
Y
 
N
I
 
L
D
 
A
M
 
Y
F
 
A
N
 
K
G
 
Y
F
 
V
G
 
G
A
 
A
N
 
S
A
 
P
V
 
T
P
 
P
L
 
M
S
 
A
F
|
F
S
 
S
E
 
E
L
 
V
F
 
Y
T
 
L
A
 
A
M
 
L
E
 
Q
T
 
T
G
 
N
T
 
A
V
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
V
 
L
T
 
A
T
 
A
I
 
V
Q
 
Q
S
 
A
S
 
Q
K
 
K
F
 
F
Y
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
K
 
K
Y
 
F
L
 
L
T
 
A
I
 
M
S
 
T
K
 
N
H
 
H
V
 
I
Y
 
L
S
 
N
P
 
D
W
 
Q
I
 
L
V
 
Y
L
 
L
A
 
V
S
 
S
K
 
N
R
 
E
W
 
T
Y
 
Y
D
 
K
G
 
E
L
 
L
S
 
P
A
 
E
D
 
D
E
 
L
R
 
Q
K
 
K
I
 
V
I
 
V
N
 
K
E
 
D
A
 
A
A
 
A
V
 
E
A
 
N
S
 
A
R
 
A
D
 
K
F
 
Y
E
 
H
R
 
T
K
 
K
D
 
L
S
 
F
R
 
V
E
 
D
A
 
G
S
 
E
K
 
K
Q
 
D
S
 
L
I
 
V
A
 
T
Y
 
F
L
 
F
K
 
E
D
 
K
K
 
Q
G
 
G
M
 
V
Q
 
K
I
 
I
N
 
-
E
 
-
L
 
-
S
 
T
D
 
H
A
 
P
E
 
D
L
 
L
G
 
V
R
 
P
M
 
F
R
 
K
E
 
E
M
 
S
V
 
M
K
 
K
P
 
P
A
 
Y
M
 
Y
D
 
A
K
 
E
F
 
F
A
 
V
A
 
K
D
 
Q
G
 
T
G
 
G

Sites not aligning to the query:

2cexA Structure of a sialic acid binding protein (siap) in the presence of the sialic acid acid analogue neu5ac2en (see paper)
31% identity, 86% coverage: 33:321/337 of query aligns to 4:290/304 of 2cexA

query
sites
2cexA
I
 
L
R
 
K
F
 
F
G
 
G
Y
 
M
G
 
N
L
 
A
S
 
G
E
 
T
S
 
S
S
 
S
N
 
N
Q
 
E
G
 
Y
R
 
K
A
 
A
V
 
A
K
 
E
F
 
M
F
 
F
V
 
A
E
 
K
D
 
E
M
 
V
A
 
K
K
 
E
R
 
K
S
 
S
G
 
Q
G
 
G
K
 
K
L
 
I
K
 
E
V
 
I
K
 
S
G
 
L
F
 
Y
A
 
P
D
 
S
A
 
S
S
 
Q
L
 
L
G
 
G
S
 
D
D
 
D
I
 
R
Q
 
A
M
 
M
Q
 
L
N
 
K
A
 
Q
L
 
L
I
 
K
G
 
D
G
 
G
A
 
S
Q
 
L
E
 
D
M
 
F
M
 
T
V
 
F
G
 
A
S
 
E
T
 
S
A
 
A
T
 
R
L
 
F
V
 
Q
G
 
L
I
 
F
V
 
Y
K
 
P
D
 
E
F
 
A
A
 
A
V
 
V
F
 
F
D
 
A
L
 
L
P
 
P
F
 
Y
L
 
V
F
 
I
N
 
S
N
 
N
E
 
Y
Q
 
N
E
 
V
A
 
A
D
 
Q
-
 
K
A
 
A
V
 
L
F
 
F
D
 
D
G
 
T
P
 
E
F
 
F
G
 
G
Q
 
K
K
 
D
L
 
L
A
 
I
A
 
K
K
 
K
L
 
M
N
 
D
-
 
K
D
 
D
K
 
L
G
 
G
L
 
V
V
 
T
G
 
L
L
 
L
V
 
S
Y
 
Q
W
 
A
E
 
Y
N
 
N
G
 
G
F
 
T
R
 
R
N
 
Q
L
 
-
T
 
T
N
 
T
S
 
S
K
 
N
R
 
R
P
 
A
V
 
I
E
 
N
K
 
S
V
 
I
E
 
A
D
 
D
L
 
M
K
 
K
G
 
G
I
 
L
K
 
K
L
 
L
R
 
R
V
 
V
M
 
P
Q
 
N
N
 
A
P
 
A
V
 
T
Y
 
N
I
 
L
D
 
A
M
 
Y
F
 
A
N
 
K
G
 
Y
F
 
V
G
 
G
A
 
A
N
 
S
A
 
P
V
 
T
P
 
P
L
 
M
S
 
A
F
 
F
S
 
S
E
 
E
L
 
V
F
 
Y
T
 
L
A
 
A
M
 
L
E
 
Q
T
 
T
G
 
N
T
 
A
V
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
 
N
P
 
P
V
 
L
T
 
A
T
 
A
I
 
V
Q
 
Q
S
 
A
S
 
Q
K
 
K
F
 
F
Y
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
K
 
K
Y
 
F
L
 
L
T
 
A
I
 
M
S
 
T
K
 
N
H
 
H
V
 
I
Y
 
L
S
 
N
P
 
D
W
 
Q
I
 
L
V
 
Y
L
 
L
A
 
V
S
 
S
K
 
N
R
 
E
W
 
T
Y
 
Y
D
 
K
G
 
E
L
 
L
S
 
P
A
 
E
D
 
D
E
 
L
R
 
Q
K
 
K
I
 
V
I
 
V
N
 
K
E
 
D
A
 
A
A
 
A
V
 
E
A
 
N
S
 
A
R
 
A
D
 
K
F
 
Y
E
 
H
R
 
T
K
 
K
D
 
L
S
 
F
R
 
V
E
 
D
A
 
G
S
 
E
K
 
K
Q
 
D
S
 
L
I
 
V
A
 
T
Y
 
F
L
 
F
K
 
E
D
 
K
K
 
Q
G
 
G
M
 
V
Q
 
K
I
 
I
N
 
-
E
 
-
L
 
-
S
 
T
D
 
H
A
 
P
E
 
D
L
 
L
G
 
V
R
 
P
M
 
F
R
 
K
E
 
E
M
 
S
V
 
M
K
 
K
P
 
P
A
 
Y
M
 
Y
D
 
A
K
 
E
F
 
F
A
 
V
A
 
K
D
 
Q
G
 
T
G
 
G

Sites not aligning to the query:

3b50A Structure of h. Influenzae sialic acid binding protein bound to neu5ac. (see paper)
31% identity, 86% coverage: 33:321/337 of query aligns to 5:291/310 of 3b50A

query
sites
3b50A
I
 
L
R
 
K
F
 
F
G
 
G
Y
 
M
G
x
N
L
 
A
S
 
G
E
 
T
S
 
S
S
 
S
N
 
N
Q
 
E
G
 
Y
R
 
K
A
 
A
V
 
A
K
 
E
F
 
M
F
 
F
V
 
A
E
 
K
D
 
E
M
 
V
A
 
K
K
 
E
R
 
K
S
 
S
G
 
Q
G
 
G
K
 
K
L
 
I
K
 
E
V
 
I
K
 
S
G
 
L
F
 
Y
A
 
P
D
 
S
A
 
S
S
 
Q
L
 
L
G
 
G
S
 
D
D
|
D
I
 
R
Q
 
A
M
 
M
Q
 
L
N
 
K
A
 
Q
L
 
L
I
 
K
G
 
D
G
 
G
A
 
S
Q
 
L
E
 
D
M
 
F
M
 
T
V
x
F
G
 
A
S
x
E
T
 
S
A
 
A
T
x
R
L
 
F
V
 
Q
G
 
L
I
 
F
V
 
Y
K
 
P
D
 
E
F
 
A
A
 
A
V
 
V
F
 
F
D
 
A
L
 
L
P
 
P
F
 
Y
L
 
V
F
 
I
N
 
S
N
 
N
E
 
Y
Q
 
N
E
 
V
A
 
A
D
 
Q
-
 
K
A
 
A
V
 
L
F
 
F
D
 
D
G
 
T
P
 
E
F
 
F
G
 
G
Q
 
K
K
 
D
L
 
L
A
 
I
A
 
K
K
 
K
L
 
M
N
 
D
-
 
K
D
 
D
K
 
L
G
 
G
L
 
V
V
 
T
G
 
L
L
 
L
V
 
S
Y
 
Q
W
 
A
E
 
Y
N
 
N
G
 
G
F
 
T
R
|
R
N
 
Q
L
 
-
T
 
T
N
 
T
S
 
S
K
 
N
R
 
R
P
 
A
V
 
I
E
 
N
K
 
S
V
 
I
E
 
A
D
 
D
L
 
M
K
 
K
G
 
G
I
 
L
K
 
K
L
 
L
R
|
R
V
 
V
M
 
P
Q
 
N
N
 
A
P
 
A
V
 
T
Y
 
N
I
 
L
D
 
A
M
 
Y
F
 
A
N
 
K
G
 
Y
F
 
V
G
 
G
A
 
A
N
 
S
A
 
P
V
 
T
P
 
P
L
 
M
S
 
A
F
|
F
S
 
S
E
 
E
L
 
V
F
 
Y
T
 
L
A
 
A
M
 
L
E
 
Q
T
 
T
G
 
N
T
 
A
V
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
V
 
L
T
 
A
T
 
A
I
 
V
Q
 
Q
S
 
A
S
 
Q
K
 
K
F
 
F
Y
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
K
 
K
Y
 
F
L
 
L
T
 
A
I
 
M
S
 
T
K
 
N
H
 
H
V
 
I
Y
 
L
S
 
N
P
 
D
W
x
Q
I
 
L
V
 
Y
L
 
L
A
 
V
S
 
S
K
 
N
R
 
E
W
 
T
Y
 
Y
D
 
K
G
 
E
L
 
L
S
 
P
A
 
E
D
 
D
E
 
L
R
 
Q
K
 
K
I
 
V
I
 
V
N
 
K
E
 
D
A
 
A
A
 
A
V
 
E
A
 
N
S
 
A
R
 
A
D
 
K
F
 
Y
E
 
H
R
 
T
K
 
K
D
 
L
S
 
F
R
 
V
E
 
D
A
 
G
S
 
E
K
 
K
Q
 
D
S
 
L
I
 
V
A
 
T
Y
 
F
L
 
F
K
 
E
D
 
K
K
 
Q
G
 
G
M
 
V
Q
 
K
I
 
I
N
 
-
E
 
-
L
 
-
S
 
T
D
 
H
A
 
P
E
 
D
L
 
L
G
 
V
R
 
P
M
 
F
R
 
K
E
 
E
M
 
S
V
 
M
K
 
K
P
 
P
A
 
Y
M
 
Y
D
 
A
K
 
E
F
 
F
A
 
V
A
 
K
D
 
Q
G
 
T
G
 
G

Query Sequence

>AZOBR_RS15915 FitnessBrowser__azobra:AZOBR_RS15915
MKLLRSVLLATGLAAAILAPVAASAQDIKPRLIRFGYGLSESSNQGRAVKFFVEDMAKRS
GGKLKVKGFADASLGSDIQMQNALIGGAQEMMVGSTATLVGIVKDFAVFDLPFLFNNEQE
ADAVFDGPFGQKLAAKLNDKGLVGLVYWENGFRNLTNSKRPVEKVEDLKGIKLRVMQNPV
YIDMFNGFGANAVPLSFSELFTAMETGTVDGQENPVTTIQSSKFYEVQKYLTISKHVYSP
WIVLASKRWYDGLSADERKIINEAAVASRDFERKDSREASKQSIAYLKDKGMQINELSDA
ELGRMREMVKPAMDKFAADGGADLLNELQGEISKVRK

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory