SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing AZOBR_RS17960 FitnessBrowser__azobra:AZOBR_RS17960 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

P07821 Iron(3+)-hydroxamate import ATP-binding protein FhuC; Ferric hydroxamate uptake protein C; Ferrichrome transport ATP-binding protein FhuC; Iron(III)-hydroxamate import ATP-binding protein FhuC; EC 7.2.2.16 from Escherichia coli (strain K12) (see 2 papers)
58% identity, 98% coverage: 4:262/263 of query aligns to 6:264/265 of P07821

query
sites
P07821
D
 
N
Q
 
H
T
 
S
Q
 
D
P
 
T
L
 
T
Y
 
F
D
 
A
L
 
L
A
 
R
G
 
N
V
 
I
S
 
S
F
 
F
S
 
R
V
 
V
A
 
P
G
 
G
R
 
R
A
 
T
I
 
L
L
 
L
S
 
H
G
 
P
L
 
L
S
 
S
L
 
L
R
 
T
L
 
F
E
 
P
Q
 
A
G
 
G
R
 
K
I
 
V
Y
 
T
G
 
G
L
 
L
V
 
I
G
 
G
P
 
H
N
 
N
G
 
G
S
 
S
G
 
G
K
|
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
I
 
L
R
 
K
L
 
M
L
 
L
A
 
G
R
 
R
Q
 
H
Q
 
Q
P
 
P
P
 
P
G
 
S
G
 
E
G
 
G
T
 
E
I
 
I
R
 
L
C
 
L
L
 
D
G
 
A
T
 
Q
D
 
P
L
 
L
A
 
E
R
 
S
I
 
W
G
 
S
D
 
S
R
 
K
D
 
A
F
 
F
A
 
A
R
 
R
T
 
K
V
 
V
A
 
A
Y
 
Y
M
 
L
P
 
P
Q
 
Q
F
 
Q
T
 
L
P
 
P
P
 
P
A
 
A
E
 
E
G
 
G
M
 
M
T
 
T
V
 
V
R
 
R
E
 
E
L
 
L
V
 
V
A
 
A
L
 
I
G
 
G
R
 
R
F
 
Y
P
 
P
W
 
W
H
 
H
G
 
G
A
 
A
L
 
L
G
 
G
R
 
R
F
 
F
G
 
G
A
 
A
E
 
A
D
 
D
A
 
R
A
 
E
K
 
K
V
 
V
A
 
E
E
 
E
A
 
A
I
 
I
A
 
S
E
 
L
T
 
V
H
 
G
L
 
L
D
 
K
A
 
P
F
 
L
A
 
A
D
 
H
R
 
R
L
 
L
V
 
V
D
 
D
S
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
A
W
 
W
L
 
I
A
 
A
M
 
M
M
 
L
L
 
V
A
 
A
Q
 
Q
D
 
D
T
 
S
R
 
R
C
 
C
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
|
D
E
|
E
P
 
P
T
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
I
A
 
A
S
 
H
Q
 
Q
V
 
V
E
 
D
L
 
V
L
 
L
G
 
S
L
 
L
V
 
V
R
 
H
R
 
R
L
 
L
S
 
S
R
 
Q
A
 
E
R
 
R
G
 
G
I
 
L
G
 
T
A
 
V
V
 
I
I
 
A
V
 
V
L
 
L
H
 
H
D
 
D
I
 
I
N
 
N
M
 
M
A
 
A
A
 
A
S
 
R
V
 
Y
C
 
C
D
 
D
E
 
Y
I
 
L
L
 
V
A
 
A
M
 
L
R
 
R
N
 
G
G
 
G
A
 
E
L
 
M
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
P
 
P
D
 
A
A
 
E
I
 
I
M
 
M
T
 
R
G
 
G
E
 
E
T
 
T
L
 
L
G
 
E
A
 
M
I
 
I
Y
 
Y
H
 
G
L
 
I
A
 
P
M
 
M
T
 
G
T
 
I
V
 
L
P
 
P
H
 
H
P
 
P
V
 
A
T
 
G
G
 
A
K
 
A
P
 
P
I
 
V
G
 
S
C
 
F
V
 
V

P69874 Spermidine/putrescine import ATP-binding protein PotA; EC 7.6.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
34% identity, 88% coverage: 2:233/263 of query aligns to 10:235/378 of P69874

query
sites
P69874
S
 
Q
P
 
P
D
 
S
Q
 
S
T
 
L
Q
 
S
P
 
P
L
 
L
Y
 
V
D
 
Q
L
 
L
A
 
A
G
 
G
V
 
I
S
 
R
F
 
K
S
x
C
V
x
F
A
 
D
G
 
G
R
 
K
A
 
E
I
 
V
L
 
I
S
 
P
G
 
Q
L
 
L
S
 
D
L
 
L
R
 
T
L
 
I
E
 
N
Q
 
N
G
 
G
R
 
E
I
x
F
Y
 
L
G
 
T
L
 
L
V
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
 
G
S
x
C
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
L
 
V
I
x
L
R
 
R
L
 
L
L
 
I
A
 
A
R
 
G
Q
 
L
Q
 
E
P
 
T
P
 
V
G
 
D
G
 
S
G
 
G
T
 
R
I
 
I
R
 
M
C
x
L
L
 
D
G
 
N
T
 
E
D
 
D
L
 
I
A
 
T
R
 
H
I
 
V
-
 
P
G
 
A
D
 
E
R
 
N
D
 
R
F
 
Y
A
 
V
R
 
N
T
 
T
V
 
V
A
 
F
Y
 
Q
M
 
S
P
 
Y
Q
 
A
F
 
L
T
 
F
P
 
P
P
 
-
A
 
-
E
 
-
G
 
H
M
 
M
T
 
T
V
 
V
R
 
F
E
 
E
L
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
F
G
 
G
-
 
L
R
 
R
F
 
M
P
 
Q
W
 
K
H
 
T
G
 
P
A
 
A
L
 
-
G
 
-
R
 
-
F
 
-
G
 
-
A
 
A
E
 
E
D
 
I
A
 
T
A
 
P
K
 
R
V
 
V
A
 
M
E
 
E
A
 
A
I
 
L
A
 
R
E
 
M
T
x
V
H
 
Q
L
 
L
D
 
E
A
 
T
F
 
F
A
 
A
D
 
Q
R
 
R
L
 
K
V
 
P
D
 
H
S
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
W
 
A
L
 
I
A
 
A
M
 
R
M
 
A
L
 
V
A
 
V
Q
 
N
D
 
K
T
 
P
R
 
R
C
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
|
D
E
 
E
P
 
S
T
 
L
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
Y
A
 
K
S
 
L
Q
 
R
V
 
K
E
 
Q
L
 
M
L
 
Q
G
 
N
L
 
E
V
 
L
R
 
K
R
 
A
L
 
L
S
 
Q
R
 
R
A
 
K
R
 
L
G
 
G
I
 
I
G
 
T
A
 
F
V
 
V
I
 
F
V
 
V
L
 
T
H
 
H
D
 
D
I
 
Q
N
 
E
M
 
E
A
 
A
A
 
L
S
 
T
V
 
M
C
 
S
D
 
D
E
 
R
I
 
I
L
 
V
A
 
V
M
 
M
R
 
R
N
 
D
G
 
G
A
 
R
L
 
I
I
 
E
A
 
Q
Q
 
D
G
 
G
T
 
T
P
 
P
D
 
R
A
 
E
I
 
I

Sites not aligning to the query:

6mjpA Lptb(e163q)fgc from vibrio cholerae (see paper)
30% identity, 86% coverage: 18:243/263 of query aligns to 11:233/240 of 6mjpA

query
sites
6mjpA
S
 
S
V
 
Y
A
 
K
G
 
K
R
 
R
A
 
K
I
 
V
L
 
V
S
 
S
G
 
D
L
 
V
S
 
S
L
 
L
R
 
Q
L
 
V
E
 
E
Q
 
S
G
 
G
R
 
Q
I
 
I
Y
 
V
G
 
G
L
 
L
V
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
 
G
S
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
-
 
S
-
 
F
-
 
Y
-
 
M
L
 
I
I
 
V
R
 
G
L
 
L
L
 
V
A
 
A
R
 
R
Q
 
D
Q
 
E
P
 
-
P
 
-
G
 
-
G
 
-
G
 
G
T
 
T
I
 
I
R
 
T
C
 
I
L
 
D
G
 
D
T
 
N
D
 
D
L
 
I
A
 
S
R
 
I
I
 
L
G
 
P
D
 
M
R
 
H
D
 
S
F
 
R
A
 
S
R
 
R
T
 
M
-
 
G
V
 
I
A
 
G
Y
 
Y
M
 
L
P
 
P
Q
 
Q
F
 
E
T
 
A
P
 
S
P
 
I
A
 
F
E
 
R
G
 
K
M
 
L
T
 
S
V
 
V
R
 
E
E
 
D
L
 
N
V
 
I
A
 
-
L
 
M
G
 
A
R
 
V
F
 
L
P
 
Q
W
 
T
H
 
R
G
 
E
A
 
E
L
 
L
G
 
T
R
 
H
F
x
E
G
 
E
A
 
R
E
 
Q
D
|
D
A
 
-
A
 
-
K
 
K
V
 
L
A
 
E
E
 
D
A
 
L
I
 
L
A
 
E
E
 
E
T
 
F
H
 
H
L
 
I
D
 
Q
A
 
H
F
 
I
A
 
R
D
 
K
R
 
S
L
 
A
V
 
G
D
 
M
S
 
A
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
Q
 
R
R
 
R
V
 
V
W
 
E
L
 
I
A
 
A
M
 
R
M
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
A
D
 
N
T
 
P
R
 
Q
C
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
T
 
F
S
 
A
A
 
G
L
 
V
D
 
D
I
 
P
A
 
I
S
 
S
Q
 
V
V
 
I
E
 
D
L
 
I
L
 
K
G
 
K
L
 
I
V
 
I
R
 
E
R
 
H
L
 
L
S
 
-
R
 
R
A
 
D
R
 
R
G
 
G
I
 
L
G
 
G
A
 
V
V
 
L
I
 
I
V
 
T
L
 
D
H
 
H
D
 
N
I
 
V
N
 
R
M
 
E
A
 
T
A
 
L
S
 
D
V
 
V
C
 
C
D
 
E
E
 
K
I
 
A
L
 
Y
A
 
I
M
 
V
R
 
S
N
 
Q
G
 
G
A
 
R
L
 
L
I
 
I
A
 
A
Q
 
E
G
 
G
T
 
T
P
 
P
D
 
Q
A
 
D
I
 
V
M
 
L
T
 
N
G
 
N
E
 
E
T
 
Q
L
 
V
G
 
K
A
 
Q
I
 
V
Y
 
Y

7chaI Cryo-em structure of p.Aeruginosa mlafebd with amppnp (see paper)
32% identity, 85% coverage: 11:233/263 of query aligns to 5:227/262 of 7chaI

query
sites
7chaI
D
 
E
L
 
L
A
 
K
G
 
G
V
 
L
S
 
T
F
 
F
S
 
K
V
x
R
A
 
G
G
 
S
R
 
R
A
 
A
I
 
I
L
 
F
S
 
D
G
 
N
L
 
I
S
 
D
L
 
V
R
 
R
L
 
I
E
 
P
Q
 
R
G
 
G
R
 
K
I
 
V
Y
 
T
G
 
G
L
 
I
V
 
M
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
S
x
C
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
L
I
 
L
R
 
R
L
 
L
L
 
I
A
 
A
R
 
S
Q
 
Q
Q
 
L
P
 
R
P
 
P
G
 
S
G
 
K
G
 
G
T
 
E
I
 
V
R
 
W
C
 
V
L
 
N
G
 
G
T
 
Q
D
 
N
L
 
L
A
 
P
R
 
Q
I
 
L
-
 
S
-
 
R
G
 
G
D
 
D
-
 
L
R
 
F
D
 
D
F
 
M
A
 
R
R
 
K
T
 
Q
V
 
F
A
 
G
Y
 
V
M
 
L
P
 
F
Q
 
Q
F
 
S
T
 
G
P
 
A
P
 
L
A
 
F
E
 
T
G
 
D
M
 
L
T
 
D
V
 
V
R
 
F
E
 
E
L
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
-
G
 
-
R
 
-
F
 
F
P
 
P
W
 
L
H
 
-
G
 
-
A
 
-
L
 
-
G
 
-
R
 
R
F
 
V
G
 
H
A
 
T
E
 
Q
D
 
L
A
 
P
A
 
E
K
 
E
V
 
M
A
 
I
E
 
R
A
 
D
I
 
I
A
 
V
E
 
L
T
 
M
H
 
K
L
 
L
D
 
Q
A
 
A
F
 
V
A
 
G
D
 
L
R
 
R
-
 
G
-
 
A
-
 
V
-
 
E
-
 
L
L
 
M
V
 
P
D
 
D
S
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
M
R
 
K
Q
 
R
R
 
R
V
 
V
W
 
A
L
 
L
A
 
A
M
 
R
M
 
A
L
 
I
A
 
A
Q
 
L
D
 
D
T
 
P
R
 
Q
C
 
I
L
 
L
L
 
L
L
 
Y
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
S
 
V
A
 
G
L
 
Q
D
 
D
I
 
P
A
 
I
S
 
A
Q
 
M
V
 
G
E
 
V
L
 
L
L
 
V
G
 
R
L
 
L
V
 
I
R
 
R
R
 
L
L
 
L
S
 
N
R
 
D
A
 
A
R
 
L
G
 
G
I
 
I
G
 
T
A
 
S
V
 
I
I
 
V
V
 
V
L
 
S
H
 
H
D
 
D
I
 
L
N
 
A
M
 
E
A
 
T
A
 
A
S
 
S
V
 
I
C
 
A
D
 
D
E
 
Y
I
 
I
L
 
Y
A
 
I
M
 
V
R
 
G
N
 
D
G
 
G
A
 
R
L
 
V
I
 
L
A
 
G
Q
 
H
G
 
G
T
 
T
P
 
P
D
 
D
A
 
V
I
 
L

6b8bA E. Coli lptb in complex with adp and a novobiocin derivative (see paper)
31% identity, 85% coverage: 21:243/263 of query aligns to 14:233/233 of 6b8bA

query
sites
6b8bA
G
 
G
R
|
R
A
 
R
I
x
V
L
 
V
S
 
E
G
 
D
L
 
V
S
 
S
L
 
L
R
 
T
L
 
V
E
 
N
Q
 
S
G
 
G
R
 
E
I
 
I
Y
 
V
G
 
G
L
 
L
V
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
I
 
F
R
 
Y
L
 
M
L
 
V
A
 
V
R
 
G
Q
 
I
Q
 
V
P
 
P
P
 
R
G
 
D
G
 
A
G
 
G
T
 
N
I
 
I
R
 
I
C
 
I
L
 
D
G
 
D
T
 
D
D
 
D
L
 
I
A
 
S
R
 
L
I
 
L
G
 
P
D
 
L
R
 
H
D
 
A
F
 
R
A
 
A
R
 
R
T
 
R
-
 
G
V
 
I
A
 
G
Y
 
Y
M
 
L
P
 
P
Q
 
Q
F
 
E
T
 
A
P
 
S
P
 
I
A
x
F
E
x
R
G
x
R
M
 
L
T
 
S
V
 
V
R
 
Y
E
 
D
L
 
N
V
 
L
A
 
-
L
 
M
G
 
A
R
 
V
F
 
L
P
 
Q
W
 
I
H
 
R
G
 
D
A
 
D
L
 
L
G
 
S
R
 
A
F
 
E
G
 
Q
A
 
R
E
 
E
D
 
D
A
 
R
A
 
A
K
 
N
V
 
-
A
 
-
E
 
E
A
 
L
I
 
M
A
 
E
E
 
E
T
 
F
H
 
H
L
 
I
D
 
E
A
 
H
F
 
L
A
 
R
D
 
D
R
 
S
L
 
M
V
 
G
D
 
Q
S
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
Q
 
R
R
 
R
V
 
V
W
 
E
L
 
I
A
 
A
M
 
R
M
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
A
D
 
N
T
 
P
R
 
K
C
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
S
 
A
A
 
G
L
 
V
D
 
D
I
 
P
A
 
I
S
 
S
Q
 
V
V
 
I
E
 
D
L
 
I
L
 
K
G
 
R
L
 
I
V
 
I
R
 
E
R
 
H
L
 
L
S
 
-
R
 
R
A
 
D
R
 
S
G
 
G
I
 
L
G
 
G
A
 
V
V
 
L
I
 
I
V
 
T
L
 
D
H
 
H
D
 
N
I
 
V
N
 
R
M
 
E
A
 
T
A
 
L
S
 
A
V
 
V
C
 
C
D
 
E
E
 
R
I
 
A
L
 
Y
A
 
I
M
 
V
R
 
S
N
 
Q
G
 
G
A
 
H
L
 
L
I
 
I
A
 
A
Q
 
H
G
 
G
T
 
T
P
 
P
D
 
T
A
 
E
I
 
I
M
 
L
T
 
Q
G
 
D
E
 
E
T
 
H
L
 
V
G
 
K
A
 
R
I
 
V
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

6mhzA Vanadate trapped cryo-em structure of e.Coli lptb2fg transporter (see paper)
31% identity, 85% coverage: 21:243/263 of query aligns to 14:233/235 of 6mhzA

query
sites
6mhzA
G
 
G
R
 
R
A
 
R
I
 
V
L
 
V
S
 
E
G
 
D
L
 
V
S
 
S
L
 
L
R
 
T
L
 
V
E
 
N
Q
 
S
G
 
G
R
 
E
I
 
I
Y
 
V
G
 
G
L
 
L
V
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
I
 
F
R
 
Y
L
 
M
L
 
V
A
 
V
R
 
G
Q
 
I
Q
 
V
P
 
P
P
 
R
G
 
D
G
 
A
G
 
G
T
 
N
I
 
I
R
 
I
C
 
I
L
 
D
G
 
D
T
 
D
D
 
D
L
 
I
A
 
S
R
 
L
I
 
L
G
 
P
D
 
L
R
 
H
D
 
A
F
 
R
A
 
A
R
 
R
T
 
R
-
 
G
V
 
I
A
 
G
Y
 
Y
M
 
L
P
 
P
Q
|
Q
F
 
E
T
 
A
P
 
S
P
 
I
A
 
F
E
 
R
G
 
R
M
 
L
T
 
S
V
 
V
R
 
Y
E
 
D
L
 
N
V
 
L
A
 
-
L
 
M
G
 
A
R
 
V
F
 
L
P
 
Q
W
 
I
H
 
R
G
 
D
A
 
D
L
 
L
G
 
S
R
 
A
F
 
E
G
 
Q
A
 
R
E
 
E
D
 
D
A
 
R
A
 
A
K
 
N
V
 
-
A
 
-
E
 
E
A
 
L
I
 
M
A
 
E
E
 
E
T
 
F
H
 
H
L
 
I
D
 
E
A
 
H
F
 
L
A
 
R
D
 
D
R
 
S
L
 
M
V
 
G
D
 
Q
S
|
S
L
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
E
 
E
R
 
R
Q
 
R
R
 
R
V
 
V
W
 
E
L
 
I
A
 
A
M
 
R
M
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
A
D
 
N
T
 
P
R
 
K
C
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
F
S
 
A
A
x
G
L
 
V
D
 
D
I
 
P
A
 
I
S
 
S
Q
 
V
V
 
I
E
 
D
L
 
I
L
 
K
G
 
R
L
 
I
V
 
I
R
 
E
R
 
H
L
 
L
S
 
-
R
 
R
A
 
D
R
 
S
G
 
G
I
 
L
G
 
G
A
 
V
V
 
L
I
 
I
V
 
T
L
 
D
H
|
H
D
 
N
I
 
V
N
 
R
M
 
E
A
 
T
A
 
L
S
 
A
V
 
V
C
 
C
D
 
E
E
 
R
I
 
A
L
 
Y
A
 
I
M
 
V
R
 
S
N
 
Q
G
 
G
A
 
H
L
 
L
I
 
I
A
 
A
Q
 
H
G
 
G
T
 
T
P
 
P
D
 
T
A
 
E
I
 
I
M
 
L
T
 
Q
G
 
D
E
 
E
T
 
H
L
 
V
G
 
K
A
 
R
I
 
V
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

6s8nB Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with lipopolysaccharide (see paper)
31% identity, 85% coverage: 21:243/263 of query aligns to 14:233/238 of 6s8nB

query
sites
6s8nB
G
 
G
R
 
R
A
 
R
I
 
V
L
 
V
S
 
E
G
 
D
L
 
V
S
 
S
L
 
L
R
 
T
L
 
V
E
 
N
Q
 
S
G
 
G
R
 
E
I
 
I
Y
 
V
G
 
G
L
 
L
V
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
 
G
S
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
L
 
T
I
 
F
R
 
Y
L
 
M
L
 
V
A
 
V
R
 
G
Q
 
I
Q
 
V
P
 
P
P
 
R
G
 
D
G
 
A
G
 
G
T
 
N
I
 
I
R
 
I
C
 
I
L
 
D
G
 
D
T
 
D
D
 
D
L
 
I
A
 
S
R
 
L
I
 
L
G
 
P
D
 
L
R
 
H
D
 
A
F
 
R
A
 
A
R
 
R
T
 
R
-
 
G
V
 
I
A
 
G
Y
 
Y
M
 
L
P
 
P
Q
 
Q
F
 
E
T
 
A
P
 
S
P
 
I
A
 
F
E
x
R
G
 
R
M
 
L
T
 
S
V
 
V
R
 
Y
E
 
D
L
 
N
V
 
L
A
 
-
L
 
M
G
 
A
R
 
V
F
 
L
P
 
Q
W
 
I
H
 
R
G
 
D
A
 
D
L
 
L
G
 
S
R
 
A
F
 
E
G
 
Q
A
 
R
E
 
E
D
 
D
A
 
R
A
 
A
K
 
N
V
 
-
A
 
-
E
 
E
A
 
L
I
 
M
A
 
E
E
 
E
T
 
F
H
 
H
L
 
I
D
 
E
A
 
H
F
 
L
A
 
R
D
 
D
R
 
S
L
x
M
V
x
G
D
x
Q
S
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
Q
 
R
R
 
R
V
 
V
W
 
E
L
 
I
A
 
A
M
 
R
M
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
A
D
 
N
T
 
P
R
 
K
C
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
S
 
A
A
 
G
L
 
V
D
 
D
I
 
P
A
 
I
S
 
S
Q
 
V
V
 
I
E
 
D
L
 
I
L
 
K
G
 
R
L
 
I
V
 
I
R
 
E
R
 
H
L
 
L
S
 
-
R
 
R
A
 
D
R
 
S
G
 
G
I
 
L
G
 
G
A
 
V
V
 
L
I
 
I
V
 
T
L
 
D
H
 
H
D
 
N
I
 
V
N
 
R
M
 
E
A
 
T
A
 
L
S
 
A
V
 
V
C
 
C
D
 
E
E
 
R
I
 
A
L
 
Y
A
 
I
M
 
V
R
 
S
N
 
Q
G
 
G
A
 
H
L
 
L
I
 
I
A
 
A
Q
 
H
G
 
G
T
 
T
P
 
P
D
 
T
A
 
E
I
 
I
M
 
L
T
 
Q
G
 
D
E
 
E
T
 
H
L
 
V
G
 
K
A
 
R
I
 
V
Y
 
Y

6s8gA Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with amp-pnp (see paper)
31% identity, 85% coverage: 21:243/263 of query aligns to 14:233/238 of 6s8gA

query
sites
6s8gA
G
 
G
R
|
R
A
 
R
I
 
V
L
 
V
S
 
E
G
 
D
L
 
V
S
 
S
L
 
L
R
 
T
L
 
V
E
 
N
Q
 
S
G
 
G
R
 
E
I
 
I
Y
 
V
G
 
G
L
 
L
V
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
 
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
I
 
F
R
 
Y
L
 
M
L
 
V
A
 
V
R
 
G
Q
 
I
Q
 
V
P
 
P
P
 
R
G
 
D
G
 
A
G
 
G
T
 
N
I
 
I
R
 
I
C
 
I
L
 
D
G
 
D
T
 
D
D
 
D
L
 
I
A
 
S
R
 
L
I
 
L
G
 
P
D
 
L
R
 
H
D
 
A
F
 
R
A
 
A
R
 
R
T
 
R
-
 
G
V
 
I
A
 
G
Y
 
Y
M
 
L
P
 
P
Q
|
Q
F
 
E
T
 
A
P
 
S
P
 
I
A
 
F
E
 
R
G
 
R
M
 
L
T
 
S
V
 
V
R
 
Y
E
 
D
L
 
N
V
 
L
A
 
-
L
 
M
G
 
A
R
 
V
F
 
L
P
 
Q
W
 
I
H
 
R
G
 
D
A
 
D
L
 
L
G
 
S
R
 
A
F
 
E
G
 
Q
A
 
R
E
 
E
D
 
D
A
 
R
A
 
A
K
 
N
V
 
-
A
 
-
E
 
E
A
 
L
I
 
M
A
 
E
E
 
E
T
 
F
H
 
H
L
 
I
D
 
E
A
 
H
F
 
L
A
 
R
D
 
D
R
 
S
L
 
M
V
 
G
D
 
Q
S
|
S
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
E
|
E
R
 
R
Q
 
R
R
 
R
V
 
V
W
 
E
L
 
I
A
 
A
M
 
R
M
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
A
D
 
N
T
 
P
R
 
K
C
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
S
 
A
A
 
G
L
 
V
D
 
D
I
 
P
A
 
I
S
 
S
Q
 
V
V
 
I
E
 
D
L
 
I
L
 
K
G
 
R
L
 
I
V
 
I
R
 
E
R
 
H
L
 
L
S
 
-
R
 
R
A
 
D
R
 
S
G
 
G
I
 
L
G
 
G
A
 
V
V
 
L
I
 
I
V
 
T
L
 
D
H
 
H
D
 
N
I
 
V
N
 
R
M
 
E
A
 
T
A
 
L
S
 
A
V
 
V
C
 
C
D
 
E
E
 
R
I
 
A
L
 
Y
A
 
I
M
 
V
R
 
S
N
 
Q
G
 
G
A
 
H
L
 
L
I
 
I
A
 
A
Q
 
H
G
 
G
T
 
T
P
 
P
D
 
T
A
 
E
I
 
I
M
 
L
T
 
Q
G
 
D
E
 
E
T
 
H
L
 
V
G
 
K
A
 
R
I
 
V
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

6b89A E. Coli lptb in complex with adp and novobiocin (see paper)
31% identity, 85% coverage: 21:243/263 of query aligns to 14:233/234 of 6b89A

query
sites
6b89A
G
 
G
R
|
R
A
 
R
I
x
V
L
 
V
S
 
E
G
 
D
L
 
V
S
 
S
L
 
L
R
 
T
L
 
V
E
 
N
Q
 
S
G
 
G
R
 
E
I
 
I
Y
 
V
G
 
G
L
 
L
V
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
I
 
F
R
 
Y
L
 
M
L
 
V
A
 
V
R
 
G
Q
 
I
Q
 
V
P
 
P
P
 
R
G
 
D
G
 
A
G
 
G
T
 
N
I
 
I
R
 
I
C
 
I
L
 
D
G
 
D
T
 
D
D
 
D
L
 
I
A
 
S
R
 
L
I
 
L
G
 
P
D
x
L
R
x
H
D
 
A
F
 
R
A
 
A
R
 
R
T
 
R
-
 
G
V
 
I
A
 
G
Y
 
Y
M
 
L
P
|
P
Q
|
Q
F
 
E
T
x
A
P
x
S
P
 
I
A
x
F
E
x
R
G
x
R
M
x
L
T
 
S
V
 
V
R
 
Y
E
 
D
L
 
N
V
 
L
A
 
-
L
 
M
G
 
A
R
x
V
F
 
L
P
 
Q
W
 
I
H
 
R
G
 
D
A
 
D
L
 
L
G
 
S
R
 
A
F
 
E
G
 
Q
A
 
R
E
 
E
D
 
D
A
 
R
A
 
A
K
 
N
V
 
-
A
 
-
E
 
E
A
 
L
I
 
M
A
 
E
E
 
E
T
 
F
H
 
H
L
 
I
D
 
E
A
 
H
F
 
L
A
 
R
D
 
D
R
 
S
L
 
M
V
 
G
D
x
Q
S
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
Q
 
R
R
 
R
V
 
V
W
 
E
L
 
I
A
 
A
M
x
R
M
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
A
D
 
N
T
 
P
R
 
K
C
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
S
 
A
A
 
G
L
 
V
D
 
D
I
 
P
A
 
I
S
 
S
Q
 
V
V
 
I
E
 
D
L
 
I
L
 
K
G
 
R
L
 
I
V
 
I
R
 
E
R
 
H
L
 
L
S
 
-
R
 
R
A
 
D
R
 
S
G
 
G
I
 
L
G
 
G
A
 
V
V
 
L
I
 
I
V
 
T
L
 
D
H
 
H
D
 
N
I
 
V
N
 
R
M
 
E
A
 
T
A
 
L
S
 
A
V
 
V
C
 
C
D
 
E
E
 
R
I
 
A
L
 
Y
A
 
I
M
 
V
R
 
S
N
 
Q
G
 
G
A
 
H
L
 
L
I
 
I
A
 
A
Q
 
H
G
 
G
T
 
T
P
 
P
D
 
T
A
 
E
I
 
I
M
 
L
T
 
Q
G
 
D
E
 
E
T
 
H
L
 
V
G
 
K
A
 
R
I
 
V
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

4p31A Crystal structure of a selenomethionine derivative of e. Coli lptb in complex with adp-magensium (see paper)
31% identity, 85% coverage: 21:243/263 of query aligns to 14:233/234 of 4p31A

query
sites
4p31A
G
 
G
R
|
R
A
 
R
I
x
V
L
 
V
S
 
E
G
 
D
L
 
V
S
 
S
L
 
L
R
 
T
L
 
V
E
 
N
Q
 
S
G
 
G
R
 
E
I
 
I
Y
 
V
G
 
G
L
 
L
V
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
I
 
F
R
 
Y
L
 
M
L
 
V
A
 
V
R
 
G
Q
 
I
Q
 
V
P
 
P
P
 
R
G
 
D
G
 
A
G
 
G
T
 
N
I
 
I
R
 
I
C
 
I
L
 
D
G
 
D
T
 
D
D
 
D
L
 
I
A
 
S
R
 
L
I
 
L
G
 
P
D
 
L
R
 
H
D
 
A
F
 
R
A
 
A
R
 
R
T
 
R
-
 
G
V
 
I
A
 
G
Y
 
Y
M
 
L
P
 
P
Q
|
Q
F
 
E
T
 
A
P
 
S
P
 
I
A
 
F
E
 
R
G
 
R
M
 
L
T
 
S
V
 
V
R
 
Y
E
 
D
L
 
N
V
 
L
A
 
-
L
 
M
G
 
A
R
 
V
F
 
L
P
 
Q
W
 
I
H
 
R
G
 
D
A
 
D
L
 
L
G
 
S
R
 
A
F
 
E
G
 
Q
A
 
R
E
 
E
D
 
D
A
 
R
A
 
A
K
 
N
V
 
-
A
 
-
E
 
E
A
 
L
I
 
M
A
 
E
E
 
E
T
 
F
H
 
H
L
 
I
D
 
E
A
 
H
F
 
L
A
 
R
D
 
D
R
 
S
L
 
M
V
 
G
D
 
Q
S
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
Q
 
R
R
 
R
V
 
V
W
 
E
L
 
I
A
 
A
M
 
R
M
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
A
D
 
N
T
 
P
R
 
K
C
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
S
 
A
A
 
G
L
 
V
D
 
D
I
 
P
A
 
I
S
 
S
Q
 
V
V
 
I
E
 
D
L
 
I
L
 
K
G
 
R
L
 
I
V
 
I
R
 
E
R
 
H
L
 
L
S
 
-
R
 
R
A
 
D
R
 
S
G
 
G
I
 
L
G
 
G
A
 
V
V
 
L
I
 
I
V
 
T
L
 
D
H
 
H
D
 
N
I
 
V
N
 
R
M
 
E
A
 
T
A
 
L
S
 
A
V
 
V
C
 
C
D
 
E
E
 
R
I
 
A
L
 
Y
A
 
I
M
 
V
R
 
S
N
 
Q
G
 
G
A
 
H
L
 
L
I
 
I
A
 
A
Q
 
H
G
 
G
T
 
T
P
 
P
D
 
T
A
 
E
I
 
I
M
 
L
T
 
Q
G
 
D
E
 
E
T
 
H
L
 
V
G
 
K
A
 
R
I
 
V
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

6mbnA Lptb e163q in complex with atp (see paper)
32% identity, 85% coverage: 21:243/263 of query aligns to 15:234/241 of 6mbnA

query
sites
6mbnA
G
 
G
R
|
R
A
 
R
I
x
V
L
 
V
S
 
E
G
 
D
L
 
V
S
 
S
L
 
L
R
 
T
L
 
V
E
 
N
Q
 
S
G
 
G
R
 
E
I
 
I
Y
 
V
G
 
G
L
 
L
V
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
I
 
F
R
 
Y
L
 
M
L
 
V
A
 
V
R
 
G
Q
 
I
Q
 
V
P
 
P
P
 
R
G
 
D
G
 
A
G
 
G
T
 
N
I
 
I
R
 
I
C
 
I
L
 
D
G
 
D
T
 
D
D
 
D
L
 
I
A
 
S
R
 
L
I
 
L
G
 
P
D
 
L
R
 
H
D
 
A
F
 
R
A
 
A
R
 
R
T
 
R
-
 
G
V
 
I
A
 
G
Y
 
Y
M
 
L
P
 
P
Q
 
Q
F
 
E
T
 
A
P
 
S
P
 
I
A
 
F
E
 
R
G
 
R
M
 
L
T
 
S
V
 
V
R
 
Y
E
 
D
-
 
N
L
 
L
V
 
M
A
 
A
L
 
V
G
 
-
R
 
-
F
 
L
P
 
Q
W
 
I
H
 
R
G
 
D
A
 
D
L
 
L
G
 
S
R
 
A
F
 
E
G
 
Q
A
 
R
E
 
E
D
 
D
A
 
R
A
 
A
K
 
N
V
 
-
A
 
-
E
 
E
A
 
L
I
 
M
A
 
E
E
 
E
T
 
F
H
 
H
L
 
I
D
 
E
A
 
H
F
 
L
A
 
R
D
 
D
R
 
S
L
 
M
V
 
G
D
 
Q
S
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
Q
 
R
R
 
R
V
 
V
W
 
E
L
 
I
A
 
A
M
 
R
M
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
A
D
 
N
T
 
P
R
 
K
C
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
T
 
F
S
 
A
A
 
G
L
 
V
D
 
D
I
 
P
A
 
I
S
 
S
Q
 
V
V
 
I
E
 
D
L
 
I
L
 
K
G
 
R
L
 
I
V
 
I
R
 
E
R
 
H
L
 
L
S
 
-
R
 
R
A
 
D
R
 
S
G
 
G
I
 
L
G
 
G
A
 
V
V
 
L
I
 
I
V
 
T
L
 
D
H
|
H
D
 
N
I
 
V
N
 
R
M
 
E
A
 
T
A
 
L
S
 
A
V
 
V
C
 
C
D
 
E
E
 
R
I
 
A
L
 
Y
A
 
I
M
 
V
R
 
S
N
 
Q
G
 
G
A
 
H
L
 
L
I
 
I
A
 
A
Q
 
H
G
 
G
T
 
T
P
 
P
D
 
T
A
 
E
I
 
I
M
 
L
T
 
Q
G
 
D
E
 
E
T
 
H
L
 
V
G
 
K
A
 
R
I
 
V
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

P04983 Ribose import ATP-binding protein RbsA; EC 7.5.2.7 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
30% identity, 84% coverage: 7:227/263 of query aligns to 2:222/501 of P04983

query
sites
P04983
Q
 
E
P
 
A
L
 
L
Y
 
L
D
 
Q
L
 
L
A
 
K
G
 
G
V
 
I
S
 
D
F
 
K
S
 
A
V
 
F
A
 
P
G
 
G
R
 
V
A
 
K
I
 
A
L
 
L
S
 
S
G
 
G
L
 
A
S
 
A
L
 
L
R
 
N
L
 
V
E
 
Y
Q
 
P
G
 
G
R
 
R
I
 
V
Y
 
M
G
 
A
L
 
L
V
 
V
G
 
G
P
 
E
N
 
N
G
 
G
S
 
A
G
 
G
K
|
K
S
 
S
T
 
T
L
 
M
I
 
M
R
 
K
L
 
V
L
 
L
A
 
T
R
 
G
Q
 
I
Q
 
Y
P
 
T
P
 
R
G
 
D
G
 
A
G
 
G
T
 
T
I
 
L
R
 
L
C
 
W
L
 
L
G
 
G
T
 
K
D
 
E
L
 
T
A
 
T
R
 
F
I
 
T
G
 
G
D
 
P
R
 
K
D
 
S
F
 
S
A
 
Q
R
 
E
T
 
A
-
 
G
V
 
I
A
 
G
Y
 
I
M
 
I
P
 
H
Q
 
Q
F
 
E
T
 
L
P
 
N
P
 
L
A
 
I
E
 
P
G
 
Q
M
 
L
T
 
T
V
 
I
R
 
A
E
 
E
L
 
N
V
 
I
A
 
F
L
 
L
G
 
G
R
 
R
F
 
-
P
 
-
W
 
-
H
 
-
G
 
E
A
 
F
L
 
V
G
 
N
R
 
R
F
 
F
G
 
G
A
 
K
E
 
I
D
 
D
-
 
W
-
 
K
-
 
T
-
 
M
A
 
Y
A
 
A
K
 
E
V
 
A
A
 
D
E
 
K
A
 
L
I
 
L
A
 
A
E
 
K
T
 
L
H
 
N
L
 
L
D
 
R
A
 
F
F
 
K
A
 
S
D
 
D
R
 
K
L
 
L
V
 
V
D
 
G
S
 
D
L
 
L
S
 
S
G
 
I
G
 
G
E
 
D
R
 
Q
Q
 
Q
R
 
M
V
 
V
W
 
E
L
 
I
A
 
A
M
 
K
M
 
V
L
 
L
A
 
S
Q
 
F
D
 
E
T
 
S
R
 
K
C
 
V
L
 
I
L
 
I
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
S
 
D
A
 
A
L
 
L
D
 
T
I
 
D
A
 
T
S
 
E
Q
 
T
V
 
E
E
 
S
L
 
L
L
 
F
G
 
R
L
 
V
V
 
I
R
 
R
R
 
E
L
 
L
S
 
-
R
 
K
A
 
S
R
 
Q
G
 
G
I
 
R
G
 
G
A
 
I
V
 
V
I
 
Y
V
 
I
L
 
S
H
 
H
D
 
R
I
 
M
N
 
K
M
 
E
A
 
I
A
 
F
S
 
E
V
 
I
C
 
C
D
 
D
E
 
D
I
 
V
L
 
T
A
 
V
M
 
F
R
 
R
N
 
D
G
 
G
A
 
Q
L
 
F
I
 
I
A
 
A
Q
 
E

8bmsA Cryo-em structure of the mutant solitary ecf module 2eq in msp2n2 lipid nanodiscs in the atpase closed and atp-bound conformation (see paper)
32% identity, 84% coverage: 15:234/263 of query aligns to 10:228/278 of 8bmsA

query
sites
8bmsA
V
 
V
S
 
T
F
|
F
S
 
T
V
 
D
A
 
S
G
 
P
R
 
R
A
 
P
I
 
A
L
 
L
S
 
S
G
 
D
L
 
L
S
 
S
L
 
F
R
 
A
L
 
I
E
 
E
Q
 
R
G
 
G
R
 
S
I
 
W
Y
 
T
G
 
A
L
 
L
V
 
I
G
 
G
P
 
H
N
|
N
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
V
I
 
S
R
 
K
L
 
L
L
 
I
A
 
N
R
 
G
Q
 
L
Q
 
L
P
 
A
P
 
P
G
 
D
G
 
D
G
 
L
T
 
D
I
 
K
R
 
S
C
 
S
L
 
I
G
 
T
T
 
V
D
 
D
L
 
G
A
 
V
R
 
K
I
 
L
G
 
G
D
 
-
R
 
-
D
 
-
F
 
-
A
 
A
R
 
D
T
 
T
V
 
V
A
 
W
Y
 
E
M
 
V
P
 
R
Q
 
E
-
 
K
-
 
V
-
 
G
-
 
I
-
 
V
F
 
F
T
x
Q
P
 
N
P
 
P
A
 
D
E
 
N
-
 
Q
-
 
F
-
 
V
G
 
G
M
 
A
T
 
T
V
 
V
R
 
S
E
 
D
L
 
D
V
 
V
A
 
A
L
 
F
G
 
G
R
 
L
F
 
E
P
 
-
W
 
-
H
 
N
G
 
R
A
 
A
L
 
V
G
 
P
R
 
R
F
 
-
G
 
-
A
 
P
E
 
E
D
 
M
A
 
L
A
 
K
K
 
I
V
 
V
A
 
A
E
 
Q
A
 
A
I
 
V
A
 
A
E
 
D
T
 
V
H
 
G
L
 
M
D
 
A
A
 
D
F
x
Y
A
 
A
D
 
D
R
 
S
L
 
E
V
 
P
D
 
S
S
x
N
L
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
E
x
Q
R
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
W
 
A
L
 
I
A
 
A
M
 
G
M
 
I
L
 
L
A
 
A
Q
 
V
D
 
K
T
 
P
R
 
Q
C
 
V
L
 
I
L
 
I
L
 
L
D
 
D
E
x
Q
P
 
S
T
 
T
S
 
S
A
 
M
L
 
L
D
 
D
I
 
P
A
 
E
S
 
G
Q
 
K
V
 
E
E
 
Q
L
 
I
L
 
L
G
 
D
L
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
K
L
 
I
S
 
K
R
 
E
A
 
D
R
 
N
G
 
N
I
 
L
G
 
T
A
 
V
V
 
I
I
 
S
V
 
I
L
 
T
H
|
H
D
 
D
I
 
L
N
 
E
M
 
E
A
 
A
A
 
A
S
 
G
V
 
-
C
 
A
D
 
D
E
 
Q
I
 
V
L
 
L
A
 
V
M
 
L
R
 
D
N
 
D
G
 
G
A
 
Q
L
 
L
I
 
L
A
 
D
Q
 
Q
G
 
G
T
 
K
P
 
P
D
 
E
A
 
E
I
 
I
M
 
F

5l22B Prtd t1ss abc transporter (see paper)
34% identity, 80% coverage: 24:234/263 of query aligns to 329:536/540 of 5l22B

query
sites
5l22B
I
x
V
L
 
L
S
 
R
G
 
N
L
 
I
S
 
N
L
 
M
R
 
R
L
 
I
E
 
L
Q
 
P
G
 
G
R
 
E
I
 
F
Y
 
V
G
 
A
L
 
I
V
 
I
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
 
G
S
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
x
S
L
 
L
I
 
V
R
 
R
L
 
T
L
 
I
A
 
L
R
 
G
Q
 
I
Q
 
W
P
 
L
P
 
P
G
 
V
G
 
H
G
 
G
T
 
T
I
 
V
R
 
E
C
 
I
L
 
D
G
 
G
T
 
A
D
 
D
L
 
L
A
 
K
R
 
Q
I
 
-
G
 
W
D
 
D
R
 
R
D
 
D
-
 
Y
F
 
F
A
 
G
R
 
K
T
 
F
V
 
V
A
 
G
Y
 
Y
M
 
L
P
 
P
Q
|
Q
F
 
D
T
 
I
P
 
E
P
 
L
A
 
F
E
 
E
G
 
G
M
 
-
T
 
T
V
 
V
R
 
A
E
 
E
L
 
N
V
 
I
A
 
A
L
 
-
G
 
-
R
 
-
F
 
-
P
 
-
W
 
-
H
 
-
G
 
-
A
 
-
L
 
-
G
 
-
R
 
R
F
 
F
G
 
G
A
 
E
E
 
L
D
 
D
A
 
S
A
 
E
K
 
K
V
 
I
A
 
I
E
 
E
A
 
A
I
 
A
A
 
K
E
 
L
T
 
S
H
 
G
L
 
A
D
 
H
A
 
D
F
 
V
A
 
I
D
 
I
R
 
K
L
 
L
V
 
P
D
 
D
-
 
G
-
 
Y
-
 
D
-
 
T
-
 
Y
-
 
I
-
 
G
-
 
P
-
 
G
-
 
G
-
x
I
S
x
T
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
I
W
 
A
L
 
L
A
 
A
M
 
R
M
 
A
L
 
L
A
 
Y
Q
 
G
D
 
N
T
 
P
R
 
R
C
 
I
L
 
V
L
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
D
S
 
S
A
 
N
L
 
L
D
 
D
I
 
E
A
 
Q
S
 
G
Q
 
E
V
 
Q
E
 
A
L
 
L
L
 
Y
G
 
N
L
 
A
V
 
L
R
 
I
R
 
E
L
 
L
S
 
K
R
 
K
A
 
-
R
 
R
G
 
K
I
 
V
G
 
T
A
 
T
V
 
I
I
 
I
V
 
V
L
 
S
H
 
H
D
 
R
I
 
I
N
 
R
M
 
L
A
 
-
A
 
L
S
 
N
V
 
L
C
 
V
D
 
D
E
 
K
I
 
I
L
 
A
A
 
I
M
 
M
R
 
Q
N
 
D
G
 
G
A
 
T
L
 
L
I
 
K
A
 
A
Q
 
F
G
 
G
T
 
K
P
 
A
D
 
D
A
 
I
I
 
I
M
 
I

Sites not aligning to the query:

5d3mA Folate ecf transporter: amppnp bound state (see paper)
32% identity, 86% coverage: 10:234/263 of query aligns to 8:231/280 of 5d3mA

query
sites
5d3mA
Y
 
F
D
 
D
L
 
H
A
 
V
G
 
T
V
x
F
S
 
T
F
 
Y
S
 
P
V
 
D
A
 
S
G
 
P
R
 
R
A
 
P
I
 
A
L
 
L
S
 
S
G
 
D
L
 
L
S
 
S
L
 
F
R
 
A
L
 
I
E
 
E
Q
 
R
G
 
G
R
 
S
I
 
W
Y
 
T
G
 
A
L
 
L
V
 
I
G
 
G
P
 
H
N
|
N
G
|
G
S
 
S
G
 
G
K
|
K
S
|
S
T
 
T
L
 
V
I
 
S
R
 
K
L
 
L
L
 
I
A
 
N
R
 
G
Q
 
L
Q
 
L
P
 
A
P
 
P
G
 
D
G
 
D
G
 
L
T
 
D
I
 
K
R
 
S
C
 
S
L
 
I
G
 
T
T
 
V
D
 
D
L
 
G
A
 
V
R
 
K
I
 
L
G
 
G
D
 
-
R
 
-
D
 
-
F
 
-
A
 
A
R
 
D
T
 
T
V
 
V
A
 
W
Y
 
E
M
 
V
P
 
R
Q
 
E
-
 
K
-
 
V
-
 
G
-
 
I
-
 
V
F
 
F
T
 
Q
P
 
N
P
 
P
A
 
D
E
 
N
-
 
Q
-
 
F
-
 
V
G
 
G
M
 
A
T
 
T
V
 
V
R
 
S
E
 
D
L
 
D
V
 
V
A
 
A
L
 
F
G
 
G
R
 
L
F
 
E
P
 
-
W
 
-
H
 
N
G
 
R
A
 
A
L
 
V
G
 
P
R
 
R
F
 
-
G
 
-
A
 
P
E
 
E
D
 
M
A
 
L
A
 
K
K
 
I
V
 
V
A
 
A
E
 
Q
A
 
A
I
 
V
A
 
A
E
 
D
T
 
V
H
 
G
L
 
M
D
 
A
A
 
D
F
 
Y
A
 
A
D
 
D
R
 
S
L
 
E
V
 
P
D
 
S
S
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
W
 
A
L
 
I
A
 
A
M
 
G
M
 
I
L
 
L
A
 
A
Q
 
V
D
 
K
T
 
P
R
 
Q
C
 
V
L
 
I
L
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
S
T
 
T
S
 
S
A
 
M
L
 
L
D
 
D
I
 
P
A
 
E
S
 
G
Q
 
K
V
 
E
E
 
Q
L
 
I
L
 
L
G
 
D
L
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
K
L
 
I
S
 
K
R
 
E
A
 
D
R
 
N
G
 
N
I
 
L
G
 
T
A
 
V
V
 
I
I
 
S
V
 
I
L
 
T
H
 
H
D
 
D
I
 
L
N
 
E
M
 
E
A
 
A
A
 
A
S
 
G
V
 
-
C
 
A
D
 
D
E
 
Q
I
 
V
L
 
L
A
 
V
M
 
L
R
 
D
N
 
D
G
 
G
A
 
Q
L
 
L
I
 
L
A
 
D
Q
 
Q
G
 
G
T
 
K
P
 
P
D
 
E
A
 
E
I
 
I
M
 
F

P30750 Methionine import ATP-binding protein MetN; EC 7.4.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
31% identity, 80% coverage: 25:235/263 of query aligns to 21:230/343 of P30750

query
sites
P30750
L
 
L
S
 
N
G
 
N
L
 
V
S
 
S
L
 
L
R
 
H
L
 
V
E
 
P
Q
 
A
G
 
G
R
 
Q
I
 
I
Y
 
Y
G
 
G
L
 
V
V
 
I
G
 
G
P
 
A
N
x
S
G
|
G
S
x
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
I
 
I
R
 
R
L
 
C
L
 
V
A
 
N
R
 
L
Q
 
L
Q
 
E
P
 
R
P
 
P
G
 
T
G
 
E
G
 
G
T
 
S
I
 
V
R
 
L
C
 
V
L
 
D
G
 
G
T
 
Q
D
 
E
L
 
L
A
 
T
R
 
T
I
 
L
G
 
S
D
 
E
R
 
S
D
 
E
F
 
L
A
 
T
-
 
K
-
 
A
-
 
R
R
 
R
T
 
Q
V
 
I
A
 
G
Y
 
M
M
 
I
P
 
F
Q
 
Q
F
 
H
T
 
F
P
 
N
P
 
L
A
 
L
E
 
S
G
 
S
M
 
R
T
 
T
V
 
V
R
 
F
E
 
G
L
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
L
G
 
-
R
 
-
F
 
-
P
 
P
W
 
L
H
 
E
G
 
-
A
 
-
L
 
L
G
 
D
R
 
N
F
 
T
G
 
P
A
 
K
E
 
D
D
 
E
A
 
V
A
 
K
K
 
R
-
 
R
V
 
V
A
 
T
E
 
E
A
 
L
I
 
L
A
 
S
E
 
L
T
 
V
H
 
G
L
 
L
D
 
G
A
 
D
F
 
K
A
 
H
D
 
D
R
 
S
L
 
Y
V
 
P
D
 
S
S
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
W
 
A
L
 
I
A
 
A
M
 
R
M
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
S
D
 
N
T
 
P
R
 
K
C
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
C
D
 
D
E
|
E
P
 
A
T
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
P
A
 
A
S
 
T
Q
 
T
V
 
R
E
 
S
L
 
I
L
 
L
G
 
E
L
 
L
V
 
L
R
 
K
R
 
D
L
 
I
S
 
N
R
 
R
A
 
R
R
 
L
G
 
G
I
 
L
G
 
T
A
 
I
V
 
L
I
 
L
V
 
I
L
 
T
H
 
H
D
 
E
I
 
M
N
 
D
M
 
V
A
 
V
A
 
K
S
 
R
V
 
I
C
 
C
D
 
D
E
 
C
I
 
V
L
 
A
A
 
V
M
 
I
R
 
S
N
 
N
G
 
G
A
 
E
L
 
L
I
 
I
A
 
E
Q
 
Q
G
 
D
T
 
T
P
 
V
D
 
S
A
 
E
I
 
V
M
 
F
T
 
S

Sites not aligning to the query:

4ymuJ Crystal structure of an amino acid abc transporter complex with arginines and atps (see paper)
29% identity, 80% coverage: 24:234/263 of query aligns to 16:224/240 of 4ymuJ

query
sites
4ymuJ
I
x
V
L
 
L
S
 
K
G
 
G
L
 
V
S
 
T
L
 
L
R
 
K
L
 
V
E
 
N
Q
 
K
G
 
G
R
 
E
I
 
V
Y
 
V
G
 
V
L
 
I
V
 
I
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
I
 
L
R
 
R
L
 
C
L
 
I
A
 
N
R
 
L
Q
 
L
Q
 
E
P
 
E
P
 
P
G
 
T
G
 
K
G
 
G
T
 
E
I
 
V
R
 
F
C
 
I
L
 
D
G
 
G
T
 
V
D
 
K
L
 
I
-
 
N
-
 
N
A
 
G
R
 
K
I
 
V
G
 
N
D
 
I
R
 
N
D
 
K
F
 
V
A
 
R
R
 
Q
T
 
K
V
 
V
A
 
G
Y
 
M
M
 
V
P
 
F
Q
 
Q
F
 
H
T
 
F
P
 
N
P
 
L
A
 
F
E
 
P
G
 
H
M
 
L
T
 
T
V
 
A
R
 
I
E
 
E
L
 
N
V
 
I
A
 
T
L
 
L
G
 
A
R
 
P
F
 
V
P
 
K
W
 
V
H
 
K
G
 
-
A
 
K
L
 
M
G
 
N
R
 
K
F
 
K
G
 
E
A
 
A
E
 
E
D
 
E
A
 
L
A
 
A
K
 
-
V
 
-
A
 
V
E
 
D
A
 
L
I
 
L
A
 
A
E
 
K
T
 
V
H
 
G
L
 
L
D
 
L
A
 
D
F
 
K
A
 
K
D
 
D
R
 
Q
L
 
Y
V
 
P
D
 
I
S
 
K
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
L
W
 
A
L
 
I
A
 
A
M
 
R
M
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
M
D
 
Q
T
 
P
R
 
E
C
 
V
L
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
P
A
 
E
S
 
M
Q
 
V
V
 
K
E
 
E
L
 
V
L
 
L
G
 
N
L
 
V
V
 
M
R
 
K
R
 
Q
L
 
L
S
 
A
R
 
N
A
 
-
R
 
E
G
 
G
I
 
M
G
 
T
A
 
M
V
 
V
I
 
V
V
 
V
L
 
T
H
|
H
D
 
E
I
 
M
N
 
G
M
 
F
A
 
A
A
 
R
S
 
E
V
 
V
C
 
G
D
 
D
E
 
R
I
 
V
L
 
I
A
 
F
M
 
M
R
 
D
N
 
D
G
 
G
A
 
V
L
 
I
I
 
V
A
 
E
Q
 
E
G
 
G
T
 
T
P
 
P
D
 
E
A
 
E
I
 
I
M
 
F

Sites not aligning to the query:

6cvlD Crystal structure of the escherichia coli atpgs-bound metni methionine abc transporter in complex with its metq binding protein (see paper)
30% identity, 80% coverage: 25:235/263 of query aligns to 22:231/344 of 6cvlD

query
sites
6cvlD
L
 
L
S
 
N
G
 
N
L
 
V
S
 
S
L
 
L
R
 
H
L
 
V
E
 
P
Q
 
A
G
 
G
R
 
Q
I
 
I
Y
 
Y
G
 
G
L
 
V
V
 
I
G
 
G
P
 
A
N
x
S
G
|
G
S
x
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
I
 
I
R
 
R
L
 
C
L
 
V
A
 
N
R
 
L
Q
 
L
Q
 
E
P
 
R
P
 
P
G
 
T
G
 
E
G
 
G
T
 
S
I
 
V
R
 
L
C
 
V
L
 
D
G
 
G
T
 
Q
D
 
E
L
 
L
A
 
T
R
 
T
I
 
L
G
 
S
D
 
E
R
 
S
D
 
E
F
 
L
A
 
T
-
 
K
-
 
A
-
 
R
R
 
R
T
 
Q
V
 
I
A
 
G
Y
 
M
M
 
I
P
 
F
Q
 
Q
F
 
H
T
 
F
P
 
N
P
 
L
A
 
L
E
 
S
G
 
S
M
 
R
T
 
T
V
 
V
R
 
F
E
 
G
L
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
L
G
 
-
R
 
-
F
 
-
P
 
P
W
 
L
H
 
E
G
 
-
A
 
-
L
 
L
G
 
D
R
 
N
F
 
T
G
 
P
A
 
K
E
 
D
D
 
E
A
 
V
A
 
K
K
 
R
-
 
R
V
 
V
A
 
T
E
 
E
A
 
L
I
 
L
A
 
S
E
 
L
T
 
V
H
 
G
L
 
L
D
 
G
A
 
D
F
 
K
A
 
H
D
 
D
R
 
S
L
 
Y
V
 
P
D
 
S
S
x
N
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
E
x
Q
R
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
W
 
A
L
 
I
A
 
A
M
 
R
M
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
S
D
 
N
T
 
P
R
 
K
C
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
C
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
T
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
P
A
 
A
S
 
T
Q
 
T
V
 
R
E
 
S
L
 
I
L
 
L
G
 
E
L
 
L
V
 
L
R
 
K
R
 
D
L
 
I
S
 
N
R
 
R
A
 
R
R
 
L
G
 
G
I
 
L
G
 
T
A
 
I
V
 
L
I
 
L
V
 
I
L
 
T
H
|
H
D
 
E
I
 
M
N
 
D
M
 
V
A
 
V
A
 
K
S
 
R
V
 
I
C
 
C
D
 
D
E
 
C
I
 
V
L
 
A
A
 
V
M
 
I
R
 
S
N
 
N
G
 
G
A
 
E
L
 
L
I
 
I
A
 
E
Q
 
Q
G
 
D
T
 
T
P
 
V
D
 
S
A
 
E
I
 
V
M
 
F
T
 
S

Sites not aligning to the query:

3tuzC Inward facing conformations of the metni methionine abc transporter: cy5 semet soak crystal form (see paper)
30% identity, 83% coverage: 17:235/263 of query aligns to 12:231/344 of 3tuzC

query
sites
3tuzC
F
|
F
S
 
H
V
x
Q
A
 
G
G
 
T
R
 
R
A
 
T
I
 
I
-
 
Q
-
 
A
L
 
L
S
 
N
G
 
N
L
 
V
S
 
S
L
 
L
R
 
H
L
 
V
E
 
P
Q
 
A
G
 
G
R
 
Q
I
 
I
Y
 
Y
G
 
G
L
 
V
V
 
I
G
 
G
P
 
A
N
 
S
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
I
 
I
R
 
R
L
 
C
L
 
V
A
 
N
R
 
L
Q
 
L
Q
 
E
P
 
R
P
 
P
G
 
T
G
 
E
G
 
G
T
 
S
I
 
V
R
 
L
C
 
V
L
 
D
G
 
G
T
 
Q
D
 
E
L
 
L
A
 
T
R
 
T
I
 
L
G
 
S
D
 
E
R
 
S
D
 
E
F
 
L
A
 
T
-
 
K
-
 
A
-
 
R
R
 
R
T
 
Q
V
 
I
A
 
G
Y
 
M
M
 
I
P
 
F
Q
 
Q
F
 
H
T
 
F
P
 
N
P
 
L
A
 
L
E
 
S
G
 
S
M
 
R
T
 
T
V
 
V
R
 
F
E
 
G
L
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
L
G
 
-
R
 
-
F
 
-
P
 
P
W
 
L
H
 
E
G
 
-
A
 
-
L
 
L
G
 
D
R
 
N
F
 
T
G
 
P
A
 
K
E
 
D
D
 
E
A
 
V
A
 
K
K
 
R
-
 
R
V
 
V
A
 
T
E
 
E
A
 
L
I
 
L
A
 
S
E
 
L
T
 
V
H
 
G
L
 
L
D
 
G
A
 
D
F
 
K
A
 
H
D
 
D
R
 
S
L
 
Y
V
 
P
D
 
S
S
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
W
 
A
L
 
I
A
 
A
M
 
R
M
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
S
D
 
N
T
 
P
R
 
K
C
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
C
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
T
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
P
A
 
A
S
 
T
Q
 
T
V
 
R
E
 
S
L
 
I
L
 
L
G
 
E
L
 
L
V
 
L
R
 
K
R
 
D
L
 
I
S
 
N
R
 
R
A
 
R
R
 
L
G
 
G
I
 
L
G
 
T
A
 
I
V
 
L
I
 
L
V
 
I
L
 
T
H
 
H
D
 
E
I
 
M
N
 
D
M
 
V
A
 
V
A
 
K
S
 
R
V
 
I
C
 
C
D
 
D
E
 
C
I
 
V
L
 
A
A
 
V
M
 
I
R
 
S
N
 
N
G
 
G
A
 
E
L
 
L
I
 
I
A
 
E
Q
 
Q
G
 
D
T
 
T
P
 
V
D
 
S
A
 
E
I
 
V
M
 
F
T
 
S

Sites not aligning to the query:

3tuiC Inward facing conformations of the metni methionine abc transporter: cy5 native crystal form (see paper)
30% identity, 83% coverage: 17:235/263 of query aligns to 12:231/344 of 3tuiC

query
sites
3tuiC
F
|
F
S
 
H
V
 
Q
A
 
G
G
 
T
R
 
R
A
 
T
I
 
I
-
 
Q
-
 
A
L
 
L
S
 
N
G
 
N
L
 
V
S
 
S
L
 
L
R
 
H
L
 
V
E
 
P
Q
 
A
G
 
G
R
 
Q
I
 
I
Y
 
Y
G
 
G
L
 
V
V
 
I
G
 
G
P
 
A
N
 
S
G
|
G
S
x
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
I
 
I
R
 
R
L
 
C
L
 
V
A
 
N
R
 
L
Q
 
L
Q
 
E
P
 
R
P
 
P
G
 
T
G
 
E
G
 
G
T
 
S
I
 
V
R
 
L
C
 
V
L
 
D
G
 
G
T
 
Q
D
 
E
L
 
L
A
 
T
R
 
T
I
 
L
G
 
S
D
 
E
R
 
S
D
 
E
F
 
L
A
 
T
-
 
K
-
 
A
-
 
R
R
 
R
T
 
Q
V
 
I
A
 
G
Y
 
M
M
 
I
P
 
F
Q
 
Q
F
 
H
T
 
F
P
 
N
P
 
L
A
 
L
E
 
S
G
 
S
M
 
R
T
 
T
V
 
V
R
 
F
E
 
G
L
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
L
G
 
-
R
 
-
F
 
-
P
 
P
W
 
L
H
 
E
G
 
-
A
 
-
L
 
L
G
 
D
R
 
N
F
 
T
G
 
P
A
 
K
E
 
D
D
 
E
A
 
V
A
 
K
K
 
R
-
 
R
V
 
V
A
 
T
E
 
E
A
 
L
I
 
L
A
 
S
E
 
L
T
 
V
H
 
G
L
 
L
D
 
G
A
 
D
F
 
K
A
 
H
D
 
D
R
 
S
L
 
Y
V
 
P
D
 
S
S
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
W
 
A
L
 
I
A
 
A
M
 
R
M
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
S
D
 
N
T
 
P
R
 
K
C
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
C
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
T
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
P
A
 
A
S
 
T
Q
 
T
V
 
R
E
 
S
L
 
I
L
 
L
G
 
E
L
 
L
V
 
L
R
 
K
R
 
D
L
 
I
S
 
N
R
 
R
A
 
R
R
 
L
G
 
G
I
 
L
G
 
T
A
 
I
V
 
L
I
 
L
V
 
I
L
 
T
H
 
H
D
 
E
I
 
M
N
 
D
M
 
V
A
 
V
A
 
K
S
 
R
V
 
I
C
 
C
D
 
D
E
 
C
I
 
V
L
 
A
A
 
V
M
 
I
R
 
S
N
 
N
G
 
G
A
 
E
L
 
L
I
 
I
A
 
E
Q
 
Q
G
 
D
T
 
T
P
 
V
D
 
S
A
 
E
I
 
V
M
 
F
T
 
S

Query Sequence

>AZOBR_RS17960 FitnessBrowser__azobra:AZOBR_RS17960
MSPDQTQPLYDLAGVSFSVAGRAILSGLSLRLEQGRIYGLVGPNGSGKSTLIRLLARQQP
PGGGTIRCLGTDLARIGDRDFARTVAYMPQFTPPAEGMTVRELVALGRFPWHGALGRFGA
EDAAKVAEAIAETHLDAFADRLVDSLSGGERQRVWLAMMLAQDTRCLLLDEPTSALDIAS
QVELLGLVRRLSRARGIGAVIVLHDINMAASVCDEILAMRNGALIAQGTPDAIMTGETLG
AIYHLAMTTVPHPVTGKPIGCVL

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory