SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing AZOBR_RS18075 FitnessBrowser__azobra:AZOBR_RS18075 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

4zv1A An ancestral arginine-binding protein bound to arginine (see paper)
36% identity, 84% coverage: 36:255/263 of query aligns to 3:225/226 of 4zv1A

query
sites
4zv1A
R
 
R
G
 
G
T
 
T
L
 
L
R
 
R
V
 
V
A
 
G
V
 
T
P
x
E
Q
 
A
D
 
T
F
|
F
P
 
P
P
 
P
F
 
F
G
 
G
S
 
F
V
 
K
G
 
D
P
 
E
D
 
N
M
 
G
A
 
K
P
 
L
L
 
V
G
 
G
Y
 
F
D
 
D
I
 
I
D
 
D
V
 
L
A
 
A
K
 
K
L
 
A
I
 
I
G
 
A
A
 
K
K
 
K
M
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
K
V
 
V
E
 
E
L
 
F
V
 
K
P
 
P
V
 
M
T
 
D
S
x
F
A
 
D
N
 
G
R
 
I
I
 
I
P
 
P
F
 
A
L
 
L
Q
 
Q
T
 
S
N
 
G
K
 
K
V
 
I
D
 
D
L
 
V
V
 
V
I
 
I
S
x
A
S
x
G
L
x
M
G
x
T
K
 
I
N
 
T
A
 
E
E
 
E
R
|
R
E
 
K
K
 
K
V
 
Q
I
 
V
D
 
D
F
 
F
T
 
S
D
 
D
A
 
P
Y
 
Y
A
 
F
P
 
E
F
 
A
F
 
G
N
 
Q
G
 
A
V
 
I
F
 
V
A
 
V
P
 
K
A
 
K
G
 
G
V
 
N
T
 
D
A
 
S
A
 
I
K
 
K
P
 
S
-
 
L
E
 
E
D
 
D
L
 
L
A
 
K
G
 
G
K
 
K
T
 
K
V
 
V
G
 
G
V
 
V
T
x
Q
R
 
L
G
 
G
A
x
S
I
x
T
E
 
S
D
 
E
L
 
Q
E
 
H
L
 
V
T
 
K
K
 
K
I
 
V
A
 
A
P
 
K
A
 
D
D
 
A
A
 
G
V
 
V
-
 
K
I
 
V
K
 
K
R
 
K
Y
 
F
E
 
D
D
 
N
N
 
F
N
 
S
G
 
E
T
 
A
I
 
F
S
 
Q
A
 
E
F
 
L
L
 
K
S
 
S
G
 
G
Q
 
R
V
 
V
E
 
D
V
 
A
V
 
V
A
 
V
T
 
T
G
x
D
N
 
N
V
 
A
V
 
V
A
 
A
A
 
L
A
 
A
I
 
Y
L
 
V
A
 
K
R
 
Q
N
 
N
P
 
P
P
 
N
K
 
A
R
 
G
P
 
V
E
 
K
L
 
I
-
 
V
K
 
G
F
 
E
L
 
T
I
 
F
K
 
S
N
 
G
S
 
E
P
 
P
C
 
Y
Y
 
G
I
 
I
G
 
A
L
 
V
S
 
R
K
 
K
E
 
G
Q
 
N
P
 
S
A
 
E
L
 
L
L
 
L
E
 
E
K
 
K
L
 
I
N
 
N
G
 
K
I
 
A
L
 
L
A
 
E
A
 
E
A
 
M
K
 
K
A
 
K
D
 
D
G
 
G
S
 
T
L
 
Y
N
 
D
A
 
K
I
 
I
A
 
Y
Q
 
E
K
 
K
W
 
W
L
 
F

4zv2A An ancestral arginine-binding protein bound to glutamine (see paper)
36% identity, 84% coverage: 36:255/263 of query aligns to 3:223/225 of 4zv2A

query
sites
4zv2A
R
 
R
G
 
G
T
 
T
L
 
L
R
 
R
V
 
V
A
 
G
V
 
T
P
x
E
Q
 
A
D
 
T
F
|
F
P
 
P
P
 
P
F
 
F
G
 
G
S
 
F
V
 
K
G
 
D
P
 
E
D
 
N
M
 
G
A
 
K
P
 
L
L
 
V
G
 
G
Y
 
F
D
 
D
I
 
I
D
 
D
V
 
L
A
 
A
K
 
K
L
 
A
I
 
I
G
 
A
A
 
K
K
 
K
M
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
K
V
 
V
E
 
E
L
 
F
V
 
K
P
 
P
V
 
M
T
 
D
S
x
F
A
 
D
N
 
G
R
 
I
I
 
I
P
 
P
F
 
A
L
 
L
Q
 
Q
T
 
S
N
 
G
K
 
K
V
 
I
D
 
D
L
 
V
V
 
V
I
 
I
S
 
A
S
x
G
L
x
M
G
x
T
K
 
I
N
 
T
A
 
E
E
 
E
R
|
R
E
 
K
K
 
K
V
 
Q
I
 
V
D
 
D
F
 
F
T
 
S
D
 
D
A
 
P
Y
 
Y
A
 
F
P
 
E
F
 
A
F
 
G
N
 
Q
G
 
A
V
 
I
F
 
V
A
 
V
P
 
K
A
 
K
G
 
G
V
 
N
T
 
D
A
 
S
A
 
I
K
 
K
P
 
S
-
 
L
E
 
E
D
 
D
L
 
L
A
 
K
G
 
G
K
 
K
T
 
K
V
 
V
G
 
G
V
 
V
T
 
Q
R
 
L
G
 
G
A
x
S
I
x
T
E
 
S
D
 
E
L
 
Q
E
 
H
L
 
V
T
 
K
K
 
K
I
 
V
A
 
A
P
 
-
A
 
A
D
 
G
A
 
V
V
 
K
I
 
V
K
 
K
R
 
K
Y
 
F
E
 
D
D
 
N
N
 
F
N
 
S
G
 
E
T
 
A
I
 
F
S
 
Q
A
 
E
F
 
L
L
 
K
S
 
S
G
 
G
Q
 
R
V
 
V
E
 
D
V
 
A
V
 
V
A
 
V
T
 
T
G
x
D
N
 
N
V
 
A
V
 
V
A
 
A
A
 
L
A
 
A
I
 
Y
L
 
V
A
 
K
R
 
Q
N
 
N
P
 
P
P
 
N
K
 
A
R
 
G
P
 
V
E
 
K
L
 
I
-
 
V
K
 
G
F
 
E
L
 
T
I
 
F
K
 
S
N
 
G
S
 
E
P
 
P
C
 
Y
Y
 
G
I
 
I
G
 
A
L
 
V
S
 
R
K
 
K
E
 
G
Q
 
N
P
 
S
A
 
E
L
 
L
L
 
L
E
 
E
K
 
K
L
 
I
N
 
N
G
 
K
I
 
A
L
 
L
A
 
E
A
 
E
A
 
M
K
 
K
A
 
K
D
 
D
G
 
G
S
 
T
L
 
Y
N
 
D
A
 
K
I
 
I
A
 
Y
Q
 
E
K
 
K
W
 
W
L
 
F

6svfA Crystal structure of the p235gk mutant of argbp from t. Maritima (see paper)
32% identity, 87% coverage: 29:256/263 of query aligns to 2:228/229 of 6svfA

query
sites
6svfA
A
 
A
L
 
I
Q
 
D
D
 
E
I
 
I
T
 
K
K
 
S
R
 
R
G
 
G
T
 
Y
L
 
L
R
 
L
V
 
V
A
 
G
V
 
L
P
 
S
Q
 
A
D
 
D
F
|
F
P
 
P
P
 
P
F
 
F
G
 
E
S
 
F
V
 
V
G
 
D
P
 
E
D
 
N
M
 
G
A
 
N
P
 
I
L
 
V
G
 
G
Y
 
F
D
 
D
I
 
V
D
 
D
V
 
L
A
 
A
K
 
K
L
 
E
I
 
I
G
 
A
A
 
R
K
 
R
M
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
E
V
 
L
E
 
K
L
 
I
V
 
V
P
 
D
V
 
M
T
 
T
S
x
F
A
 
D
N
 
G
R
 
L
I
 
I
P
 
P
F
 
S
L
 
L
Q
 
L
T
 
T
N
 
K
K
 
K
V
 
I
D
 
D
L
 
V
V
 
I
I
 
I
S
|
S
S
x
G
L
x
M
G
x
T
K
 
I
N
 
T
A
 
E
E
 
E
R
|
R
E
 
K
K
 
K
V
 
V
I
 
V
D
 
A
F
 
F
T
 
S
D
 
D
A
 
-
Y
 
-
A
 
-
P
 
P
F
 
Y
F
 
F
N
 
D
G
 
A
-
 
G
-
 
Q
-
 
V
-
 
I
-
 
V
V
 
V
F
 
R
A
 
K
P
 
D
A
 
S
G
 
D
V
 
F
T
 
R
A
 
P
A
 
K
K
 
T
P
 
Y
E
 
E
D
 
D
L
 
L
A
 
V
G
 
G
K
 
K
T
 
T
V
 
V
G
 
A
V
 
V
T
x
Q
R
 
I
G
 
G
A
x
T
I
x
T
E
 
G
D
 
D
L
 
I
E
 
E
L
 
V
T
 
S
K
 
K
I
 
Y
A
 
D
P
 
G
A
 
I
D
 
K
A
 
V
V
 
V
I
 
-
K
 
-
R
 
R
Y
 
F
E
 
D
D
 
K
N
 
F
N
 
T
G
 
D
T
 
A
I
 
F
S
 
L
A
 
E
F
 
L
L
 
K
S
 
R
G
 
G
Q
 
R
V
 
A
E
 
D
V
 
A
V
 
V
A
 
V
T
 
L
G
x
D
N
 
S
V
 
A
V
 
T
A
 
A
A
 
R
A
 
A
I
 
F
L
 
V
A
 
A
R
 
K
N
 
N
P
 
P
P
 
D
K
 
L
R
 
V
P
 
I
E
 
S
L
 
S
K
 
G
F
 
V
L
 
L
I
 
-
K
 
-
N
 
S
S
 
S
P
 
E
C
 
Q
Y
 
Y
-
 
G
I
 
I
G
 
A
L
 
V
S
 
R
K
 
K
E
 
E
Q
 
D
P
 
T
A
 
D
L
 
L
L
 
L
E
 
E
K
 
F
L
 
I
N
 
N
G
 
S
I
 
V
L
 
L
A
 
R
A
 
E
A
 
L
K
 
K
A
 
K
D
 
S
G
 
G
S
 
K
L
 
Y
N
 
D
A
 
V
I
 
L
A
 
I
Q
 
E
K
 
K
W
 
W
L
 
F
S
 
S

5t0wA Crystal structure of the ancestral amino acid-binding protein anccdt- 1, a precursor of cyclohexadienyl dehydratase
31% identity, 86% coverage: 29:255/263 of query aligns to 2:228/229 of 5t0wA

query
sites
5t0wA
A
 
T
L
 
L
Q
 
D
D
 
E
I
 
I
T
 
M
K
 
K
R
 
R
G
 
G
T
 
T
L
 
L
R
 
R
V
 
V
A
 
G
V
 
T
P
x
D
Q
 
A
D
 
D
F
x
Y
P
 
K
P
 
P
F
 
F
G
 
S
S
 
F
V
 
K
G
 
D
P
 
K
D
 
N
M
 
G
A
 
Q
P
 
Y
L
 
T
G
 
G
Y
 
F
D
 
D
I
 
I
D
 
D
V
 
L
A
 
A
K
 
K
L
 
A
I
 
L
G
 
A
A
 
K
K
 
E
M
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
K
V
 
V
E
 
E
L
 
F
V
 
V
P
 
P
V
 
T
T
 
T
S
x
W
A
 
D
N
 
G
R
 
I
I
 
I
P
 
P
F
 
A
L
 
L
Q
 
Q
T
 
T
N
 
G
K
 
K
V
 
F
D
 
D
L
 
I
V
 
V
I
 
M
S
|
S
S
x
G
L
x
M
G
x
T
K
 
I
N
 
T
A
 
P
E
 
E
R
|
R
E
 
K
K
 
K
V
 
K
I
 
V
D
 
D
F
 
F
T
 
S
D
 
D
A
 
P
Y
 
Y
A
 
-
P
 
-
F
 
-
F
 
-
N
 
-
G
 
-
V
 
-
F
 
-
A
 
M
P
 
T
A
 
A
G
 
G
V
 
Q
T
 
T
A
 
I
A
 
L
K
 
V
P
 
K
E
 
K
D
 
D
L
 
N
A
 
A
G
 
D
K
 
K
-
 
I
-
 
K
-
 
S
-
 
F
-
 
E
-
 
D
-
 
L
-
 
N
-
 
K
-
 
P
-
 
D
-
 
V
T
 
K
V
 
V
G
 
A
V
 
V
T
x
Q
R
 
L
G
 
G
A
x
T
I
x
T
E
 
S
D
 
E
L
 
Q
E
 
A
L
 
A
T
 
K
K
 
E
I
 
F
A
 
L
P
 
P
A
 
K
D
 
-
A
 
A
V
 
K
I
 
I
K
 
R
R
 
T
Y
 
F
E
 
E
D
 
N
N
 
N
N
 
A
G
 
E
T
 
A
I
 
F
S
 
Q
A
 
E
F
 
V
L
 
V
S
 
S
G
 
G
Q
 
R
V
 
A
E
 
D
V
 
A
V
 
M
A
 
V
T
 
T
G
x
D
N
 
S
V
 
P
V
 
V
A
 
A
A
 
A
-
 
Y
-
 
Y
-
 
A
-
 
K
-
 
L
A
 
A
I
 
V
L
 
V
A
 
V
R
 
V
N
 
D
P
 
E
P
 
P
K
 
-
R
 
-
P
 
-
E
 
-
L
 
-
K
 
-
F
 
-
L
 
-
I
 
F
K
 
T
N
 
H
S
 
E
P
 
P
C
 
L
Y
 
G
I
 
F
G
 
A
L
 
I
S
 
R
K
 
K
E
 
G
Q
 
D
P
 
P
A
 
E
L
 
L
L
 
L
E
 
N
K
 
W
L
 
V
N
 
N
G
 
N
I
 
W
L
 
L
A
 
K
A
 
Q
A
 
M
K
 
K
A
 
K
D
 
D
G
 
G
S
 
T
L
 
Y
N
 
D
A
 
K
I
 
L
A
 
Y
Q
 
E
K
 
K
W
 
W
L
 
F

2yjpA Crystal structure of the solute receptors for l-cysteine of neisseria gonorrhoeae (see paper)
30% identity, 85% coverage: 33:255/263 of query aligns to 7:231/247 of 2yjpA

query
sites
2yjpA
I
 
I
T
 
K
K
 
E
R
 
K
G
 
G
T
 
V
L
 
I
R
 
R
V
 
I
A
 
G
V
 
V
P
x
F
Q
 
G
D
 
D
F
x
K
P
 
P
P
 
P
F
 
F
G
 
G
S
 
Y
V
 
V
G
 
D
P
 
A
D
 
N
M
 
G
A
 
K
P
 
N
L
 
Q
G
 
G
Y
 
F
D
 
D
I
 
V
D
 
E
V
 
I
A
 
A
K
 
K
-
 
D
-
 
L
-
 
A
-
 
K
-
 
D
L
 
L
I
 
L
G
 
G
A
 
S
K
 
P
M
 
D
G
 
-
V
 
-
K
 
K
V
 
V
E
 
E
L
 
F
V
 
V
P
 
L
V
 
T
T
x
E
S
 
A
A
 
A
N
 
N
R
|
R
I
 
V
P
 
E
F
 
Y
L
 
V
Q
 
R
T
 
S
N
 
G
K
 
K
V
 
V
D
 
D
L
 
L
V
 
I
I
 
L
S
 
A
S
x
N
L
x
F
G
x
T
K
 
Q
N
 
T
A
 
P
E
 
E
R
|
R
E
 
A
K
 
E
V
 
A
I
 
V
D
 
D
F
 
F
T
 
A
D
 
D
A
 
P
Y
 
Y
A
 
M
P
 
K
F
 
V
F
 
A
N
 
L
G
 
G
V
 
V
F
 
V
A
 
S
P
 
P
A
 
K
G
 
N
V
 
K
T
 
P
A
 
I
A
 
T
K
 
D
P
 
M
E
 
A
D
 
Q
L
 
L
A
 
K
G
 
D
K
 
Q
T
 
T
V
 
L
G
 
L
V
 
V
T
 
N
R
 
K
G
 
G
A
x
T
I
x
T
E
 
A
D
 
D
L
 
A
E
 
F
L
 
F
T
 
T
K
 
K
I
 
S
A
x
H
P
 
P
A
x
E
D
 
V
A
 
K
V
 
L
I
 
L
K
 
K
R
 
-
Y
 
F
E
x
D
D
 
Q
N
 
N
N
 
T
G
 
E
T
 
T
I
 
F
S
 
D
A
 
A
F
 
L
L
 
K
S
 
D
G
 
G
Q
 
R
V
 
G
E
 
V
V
 
A
V
 
L
A
 
A
T
x
H
G
x
D
N
 
N
V
 
A
V
 
L
A
 
L
A
 
W
A
 
A
I
 
W
L
 
A
A
 
K
R
 
E
N
 
N
P
 
P
P
 
N
K
 
F
R
 
E
P
 
V
E
 
A
L
 
I
K
 
G
F
 
N
L
 
L
I
 
G
K
 
P
N
 
A
S
 
E
P
 
F
C
 
I
Y
 
A
I
 
P
G
 
A
L
 
V
S
 
Q
K
 
K
E
 
G
Q
 
N
P
 
A
A
 
D
L
 
L
L
 
L
E
 
N
K
 
W
L
 
V
N
 
N
G
 
G
I
 
E
L
 
I
A
 
A
A
 
A
A
 
M
K
 
K
A
 
K
D
 
D
G
 
G
S
 
R
L
 
L
N
 
K
A
 
A
I
 
A
A
 
Y
Q
 
E
K
 
K
W
 
T
L
 
L

5eyfB Crystal structure of solute-binding protein from enterococcus faecium with bound glutamate
30% identity, 88% coverage: 25:255/263 of query aligns to 1:234/243 of 5eyfB

query
sites
5eyfB
A
 
A
R
 
N
A
 
E
D
 
D
A
 
I
L
 
L
Q
 
E
D
 
R
I
 
S
T
 
K
K
 
S
R
 
T
G
 
N
T
 
E
L
 
I
R
 
I
V
 
W
A
 
G
V
 
V
P
 
K
Q
 
Y
D
 
D
F
 
T
P
 
R
P
 
L
F
 
F
G
 
G
S
 
M
V
 
M
G
 
D
P
 
I
D
 
E
M
 
S
A
 
R
P
 
T
L
 
V
-
 
Q
G
 
G
Y
 
F
D
 
D
I
 
V
D
 
D
V
 
I
A
 
A
K
 
K
L
 
A
I
 
I
G
 
T
A
 
K
K
 
K
M
 
I
-
 
L
-
 
G
-
 
D
G
 
N
V
 
G
K
 
K
V
 
T
E
 
E
L
 
F
V
 
V
P
 
E
V
 
V
T
 
T
S
|
S
A
 
K
N
 
T
R
|
R
I
 
I
P
 
P
F
 
L
L
 
L
Q
 
K
T
 
N
N
 
G
K
 
N
V
 
I
D
 
D
L
 
A
V
 
I
I
 
I
S
 
A
S
x
T
L
x
M
G
x
T
K
 
I
N
 
T
A
 
D
E
 
E
R
|
R
E
 
K
K
 
K
V
 
Q
I
 
V
D
 
D
F
 
F
T
 
S
D
 
D
A
 
V
Y
 
Y
A
 
F
P
 
D
F
 
A
F
 
G
N
 
Q
G
 
A
V
 
L
F
 
L
A
 
V
P
 
K
A
 
K
G
 
G
V
 
S
T
 
Q
A
 
I
A
 
K
K
 
S
P
 
V
E
 
D
D
 
D
L
 
L
-
 
N
A
 
A
G
 
S
K
 
T
T
 
T
V
 
V
G
 
L
V
 
A
T
 
V
R
 
K
G
 
G
A
x
S
I
x
T
E
 
S
D
 
A
L
 
A
E
 
N
L
 
I
T
 
R
K
 
Q
I
 
H
A
 
A
P
 
P
A
 
-
D
 
D
A
 
A
V
 
K
I
 
I
K
 
L
R
 
E
Y
 
L
E
 
E
D
 
N
N
x
Y
N
 
A
G
 
E
T
 
A
I
 
F
S
 
T
A
 
A
F
 
L
L
 
Q
S
 
S
G
 
G
Q
 
Q
V
 
G
E
 
D
V
 
A
V
 
M
A
 
T
T
 
T
G
x
D
N
 
N
V
 
A
V
 
I
A
 
L
A
 
L
A
 
G
I
 
I
L
 
A
A
 
D
R
 
E
N
 
N
P
 
P
P
 
E
K
 
Y
R
 
E
P
 
L
E
 
-
L
 
V
K
 
G
F
 
G
L
 
T
I
 
F
K
 
T
N
 
N
S
 
E
P
 
P
C
 
Y
Y
 
G
I
 
I
G
 
A
L
 
I
S
 
N
K
 
K
E
 
G
Q
 
Q
P
 
E
A
 
N
L
 
F
L
 
L
E
 
K
K
 
A
L
 
V
N
 
N
G
 
Q
I
 
A
L
 
L
A
 
E
A
 
E
A
 
M
K
 
H
A
 
A
D
 
D
G
 
G
S
 
T
L
 
Y
N
 
D
A
 
K
I
 
I
A
 
Y
Q
 
Q
K
 
K
W
 
W
L
 
F

1xt8B Crystal structure of cysteine-binding protein from campylobacter jejuni at 2.0 a resolution (see paper)
30% identity, 71% coverage: 28:213/263 of query aligns to 5:192/251 of 1xt8B

query
sites
1xt8B
D
 
N
A
 
S
L
 
L
Q
 
D
D
 
K
I
 
I
T
 
K
K
 
Q
R
 
N
G
 
G
T
 
V
L
 
V
R
 
R
V
 
I
A
 
G
V
 
V
P
x
F
Q
 
G
D
 
D
F
x
K
P
 
P
P
 
P
F
 
F
G
 
G
S
 
Y
V
 
V
G
 
D
P
 
E
D
 
K
M
 
G
A
 
N
P
 
N
L
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
D
 
D
I
 
I
D
 
A
V
 
L
A
 
A
K
 
K
L
 
R
I
 
I
G
 
A
A
 
K
K
 
E
M
 
L
-
 
F
-
 
G
-
 
D
G
 
E
V
 
N
K
 
K
V
 
V
E
 
Q
L
 
F
V
 
V
P
 
L
V
 
V
T
 
E
S
 
A
A
 
A
N
 
N
R
|
R
I
 
V
P
 
E
F
 
F
L
 
L
Q
 
K
T
 
S
N
 
N
K
 
K
V
 
V
D
 
D
L
 
I
V
 
I
I
 
L
S
 
A
S
x
N
L
 
F
G
x
T
K
 
Q
N
 
T
A
 
P
E
 
Q
R
|
R
E
 
A
K
 
E
V
 
Q
I
 
V
D
 
D
F
 
F
T
 
C
D
 
S
A
 
P
Y
 
Y
A
 
M
P
 
K
F
 
V
F
 
A
N
 
L
G
 
G
V
 
V
F
 
A
A
 
V
P
 
P
A
 
K
G
 
D
V
 
S
T
 
N
A
 
I
A
 
T
K
 
S
P
 
V
E
 
E
D
 
D
L
 
L
A
 
K
G
 
D
K
 
K
T
 
T
V
 
L
G
 
L
V
 
L
T
 
N
R
 
K
G
 
G
A
x
T
I
x
T
E
 
A
D
 
D
L
 
A
E
 
Y
L
 
F
T
 
T
K
 
Q
I
 
N
A
 
Y
P
 
P
A
 
N
D
 
I
A
 
K
V
 
T
I
 
L
K
 
K
R
 
-
Y
 
Y
E
 
D
D
 
Q
N
 
N
N
 
T
G
 
E
T
 
T
I
 
F
S
 
A
A
 
A
F
 
L
L
 
M
S
 
D
G
 
K
Q
 
R
V
 
G
E
 
D
V
 
A
V
 
L
A
 
S
T
x
H
G
x
D
N
 
N
V
 
T
V
 
L
A
 
L
A
 
F
A
 
A
I
 
W
L
 
V
A
 
K
R
 
D
N
 
H
P
 
P
P
 
D
K
 
F
R
 
K
P
 
M
E
 
G
L
 
I
K
 
K
F
 
E
L
 
L

3vv5A Crystal structure of ttc0807 complexed with (s)-2-aminoethyl-l- cysteine (aec) (see paper)
25% identity, 88% coverage: 29:259/263 of query aligns to 5:234/237 of 3vv5A

query
sites
3vv5A
A
 
S
L
 
F
Q
 
E
D
 
E
I
 
I
T
 
K
K
 
R
R
 
S
G
 
G
T
 
E
L
 
I
R
 
R
V
 
I
A
 
G
V
 
T
P
x
E
Q
 
G
D
 
A
F
|
F
P
 
P
P
 
P
F
 
F
G
x
N
S
 
Y
V
 
F
G
 
D
P
 
E
D
 
R
M
 
N
A
 
Q
P
 
L
L
 
T
G
 
G
Y
 
F
D
 
E
I
 
V
D
 
D
V
 
L
A
 
G
K
 
N
L
 
A
I
 
I
G
 
A
A
 
E
K
 
R
M
 
L
G
 
G
V
 
L
K
 
K
V
 
P
E
 
R
L
 
W
V
 
I
P
 
A
V
 
Q
T
 
S
S
x
F
A
 
D
N
 
T
R
 
L
I
 
L
P
 
I
F
 
Q
L
 
L
Q
 
N
T
 
Q
N
 
G
K
 
R
V
 
F
D
 
D
L
 
F
V
 
V
I
 
I
S
x
A
S
|
S
L
 
H
G
|
G
K
 
I
N
 
T
A
 
E
E
 
E
R
|
R
E
 
A
K
 
R
V
 
A
I
 
V
D
 
D
F
 
F
T
 
T
D
 
N
A
 
P
Y
 
H
A
 
-
P
 
-
F
 
-
F
 
-
N
 
-
G
 
-
V
 
-
F
 
Y
A
 
C
P
 
T
A
 
G
G
 
G
V
 
V
T
 
I
A
 
V
A
 
S
K
 
R
P
 
K
-
 
G
-
 
G
-
 
P
-
 
R
-
 
T
-
 
A
E
 
K
D
 
D
L
 
L
A
 
Q
G
 
G
K
 
K
T
 
V
V
 
V
G
 
G
V
 
V
T
 
Q
R
 
V
G
 
G
A
x
T
I
x
T
E
x
Y
D
 
-
L
 
M
E
 
E
L
 
A
T
 
A
K
 
Q
I
 
K
A
 
I
P
 
P
A
 
G
D
 
I
A
 
K
V
 
E
I
 
V
K
 
R
R
 
T
Y
 
Y
E
 
Q
D
 
R
N
 
D
N
 
P
G
 
D
T
 
A
I
 
L
S
 
Q
A
 
D
F
 
L
L
 
L
S
 
A
G
 
G
Q
 
R
V
 
I
E
 
D
V
 
T
V
 
W
A
 
I
T
 
T
G
 
D
N
 
R
V
 
F
V
 
V
A
 
A
-
 
K
A
 
E
A
 
A
I
 
I
L
 
K
A
 
E
R
 
R
N
 
K
P
 
L
P
 
E
K
 
N
R
 
T
P
 
L
E
 
Q
L
 
V
K
 
G
F
 
E
L
 
L
I
 
V
K
 
F
N
 
Q
S
 
E
P
 
R
C
 
V
Y
 
A
I
 
M
G
 
A
L
 
V
S
 
A
K
 
K
E
 
G
Q
 
N
P
 
K
A
 
S
L
 
L
L
 
L
E
 
D
K
 
A
L
 
L
N
 
N
G
 
R
I
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
E
A
 
L
K
 
M
A
 
Q
D
 
D
G
 
G
S
 
T
L
 
Y
N
 
A
A
 
R
I
 
I
A
 
S
Q
 
Q
K
 
K
W
 
W
L
 
F
S
 
G
A
 
E
D
 
D
L
 
V

3vvfA Crystal structure of ttc0807 complexed with arginine (see paper)
25% identity, 88% coverage: 29:259/263 of query aligns to 9:238/241 of 3vvfA

query
sites
3vvfA
A
 
S
L
 
F
Q
 
E
D
 
E
I
 
I
T
 
K
K
 
R
R
 
S
G
 
G
T
 
E
L
 
I
R
 
R
V
 
I
A
 
G
V
 
T
P
x
E
Q
 
G
D
 
A
F
|
F
P
 
P
P
 
P
F
 
F
G
 
N
S
 
Y
V
 
F
G
 
D
P
 
E
D
 
R
M
 
N
A
 
Q
P
 
L
L
 
T
G
 
G
Y
 
F
D
 
E
I
 
V
D
 
D
V
 
L
A
 
G
K
 
N
L
 
A
I
 
I
G
 
A
A
 
E
K
 
R
M
 
L
G
 
G
V
 
L
K
 
K
V
 
P
E
 
R
L
 
W
V
 
I
P
 
A
V
 
Q
T
 
S
S
x
F
A
 
D
N
 
T
R
 
L
I
 
L
P
 
I
F
 
Q
L
 
L
Q
 
N
T
 
Q
N
 
G
K
 
R
V
 
F
D
 
D
L
 
F
V
 
V
I
 
I
S
x
A
S
|
S
L
x
H
G
|
G
K
 
I
N
 
T
A
 
E
E
 
E
R
|
R
E
 
A
K
 
R
V
 
A
I
 
V
D
 
D
F
 
F
T
 
T
D
 
N
A
 
P
Y
 
H
A
 
-
P
 
-
F
 
-
F
 
-
N
 
-
G
 
-
V
 
-
F
 
Y
A
 
C
P
 
T
A
 
G
G
 
G
V
 
V
T
 
I
A
 
V
A
 
S
K
 
R
P
 
K
-
 
G
-
 
G
-
 
P
-
 
R
-
 
T
-
 
A
E
 
K
D
 
D
L
 
L
A
 
Q
G
 
G
K
 
K
T
 
V
V
 
V
G
 
G
V
 
V
T
x
Q
R
 
V
G
 
G
A
x
T
I
x
T
E
x
Y
D
 
-
L
 
M
E
 
E
L
 
A
T
 
A
K
 
Q
I
 
K
A
 
I
P
 
P
A
 
G
D
 
I
A
 
K
V
 
E
I
 
V
K
 
R
R
 
T
Y
 
Y
E
 
Q
D
 
R
N
 
D
N
 
P
G
 
D
T
 
A
I
 
L
S
 
Q
A
 
D
F
 
L
L
 
L
S
 
A
G
 
G
Q
 
R
V
 
I
E
 
D
V
 
T
V
 
W
A
 
I
T
 
T
G
 
D
N
 
R
V
 
F
V
 
V
A
 
A
-
 
K
A
 
E
A
 
A
I
 
I
L
 
K
A
 
E
R
 
R
N
 
K
P
 
L
P
 
E
K
 
N
R
 
T
P
 
L
E
 
Q
L
 
V
K
 
G
F
 
E
L
 
L
I
 
V
K
 
F
N
 
Q
S
x
E
P
 
R
C
 
V
Y
 
A
I
 
M
G
 
A
L
 
V
S
 
A
K
 
K
E
 
G
Q
 
N
P
 
K
A
 
S
L
 
L
L
 
L
E
 
D
K
 
A
L
 
L
N
 
N
G
 
R
I
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
E
A
 
L
K
 
M
A
 
Q
D
 
D
G
 
G
S
 
T
L
 
Y
N
 
A
A
 
R
I
 
I
A
 
S
Q
 
Q
K
 
K
W
 
W
L
 
F
S
 
G
A
 
E
D
 
D
L
 
V

3vveA Crystal structure of ttc0807 complexed with lysine (see paper)
25% identity, 88% coverage: 29:259/263 of query aligns to 9:238/241 of 3vveA

query
sites
3vveA
A
 
S
L
 
F
Q
 
E
D
 
E
I
 
I
T
 
K
K
 
R
R
 
S
G
 
G
T
 
E
L
 
I
R
 
R
V
 
I
A
 
G
V
 
T
P
x
E
Q
 
G
D
 
A
F
|
F
P
 
P
P
 
P
F
 
F
G
 
N
S
 
Y
V
 
F
G
 
D
P
 
E
D
 
R
M
 
N
A
 
Q
P
 
L
L
 
T
G
 
G
Y
 
F
D
 
E
I
 
V
D
 
D
V
 
L
A
 
G
K
 
N
L
 
A
I
 
I
G
 
A
A
 
E
K
 
R
M
 
L
G
 
G
V
 
L
K
 
K
V
 
P
E
 
R
L
 
W
V
 
I
P
 
A
V
 
Q
T
 
S
S
x
F
A
 
D
N
 
T
R
 
L
I
 
L
P
 
I
F
 
Q
L
 
L
Q
 
N
T
 
Q
N
 
G
K
 
R
V
 
F
D
 
D
L
 
F
V
 
V
I
 
I
S
 
A
S
|
S
L
x
H
G
 
G
K
 
I
N
 
T
A
 
E
E
 
E
R
|
R
E
 
A
K
 
R
V
 
A
I
 
V
D
 
D
F
 
F
T
 
T
D
 
N
A
 
P
Y
 
H
A
 
-
P
 
-
F
 
-
F
 
-
N
 
-
G
 
-
V
 
-
F
 
Y
A
 
C
P
 
T
A
 
G
G
 
G
V
 
V
T
 
I
A
 
V
A
 
S
K
 
R
P
 
K
-
 
G
-
 
G
-
 
P
-
 
R
-
 
T
-
 
A
E
 
K
D
 
D
L
 
L
A
 
Q
G
 
G
K
 
K
T
 
V
V
 
V
G
 
G
V
 
V
T
x
Q
R
 
V
G
 
G
A
x
T
I
x
T
E
x
Y
D
 
-
L
 
M
E
 
E
L
 
A
T
 
A
K
 
Q
I
 
K
A
 
I
P
 
P
A
 
G
D
 
I
A
 
K
V
 
E
I
 
V
K
 
R
R
 
T
Y
 
Y
E
 
Q
D
 
R
N
 
D
N
 
P
G
 
D
T
 
A
I
 
L
S
 
Q
A
 
D
F
 
L
L
 
L
S
 
A
G
 
G
Q
 
R
V
 
I
E
 
D
V
 
T
V
 
W
A
 
I
T
 
T
G
 
D
N
 
R
V
 
F
V
 
V
A
 
A
-
 
K
A
 
E
A
 
A
I
 
I
L
 
K
A
 
E
R
 
R
N
 
K
P
 
L
P
 
E
K
 
N
R
 
T
P
 
L
E
 
Q
L
 
V
K
 
G
F
 
E
L
 
L
I
 
V
K
 
F
N
 
Q
S
x
E
P
 
R
C
 
V
Y
 
A
I
 
M
G
 
A
L
 
V
S
 
A
K
 
K
E
 
G
Q
 
N
P
 
K
A
 
S
L
 
L
L
 
L
E
 
D
K
 
A
L
 
L
N
 
N
G
 
R
I
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
E
A
 
L
K
 
M
A
 
Q
D
 
D
G
 
G
S
 
T
L
 
Y
N
 
A
A
 
R
I
 
I
A
 
S
Q
 
Q
K
 
K
W
 
W
L
 
F
S
 
G
A
 
E
D
 
D
L
 
V

3vvdA Crystal structure of ttc0807 complexed with ornithine (see paper)
25% identity, 88% coverage: 29:259/263 of query aligns to 9:238/241 of 3vvdA

query
sites
3vvdA
A
 
S
L
 
F
Q
 
E
D
 
E
I
 
I
T
 
K
K
 
R
R
 
S
G
 
G
T
 
E
L
 
I
R
 
R
V
 
I
A
 
G
V
 
T
P
x
E
Q
 
G
D
 
A
F
 
F
P
 
P
P
 
P
F
 
F
G
 
N
S
 
Y
V
 
F
G
 
D
P
 
E
D
 
R
M
 
N
A
 
Q
P
 
L
L
 
T
G
 
G
Y
 
F
D
 
E
I
 
V
D
 
D
V
 
L
A
 
G
K
 
N
L
 
A
I
 
I
G
 
A
A
 
E
K
 
R
M
 
L
G
 
G
V
 
L
K
 
K
V
 
P
E
 
R
L
 
W
V
 
I
P
 
A
V
 
Q
T
 
S
S
x
F
A
 
D
N
 
T
R
 
L
I
 
L
P
 
I
F
 
Q
L
 
L
Q
 
N
T
 
Q
N
 
G
K
 
R
V
 
F
D
 
D
L
 
F
V
 
V
I
 
I
S
 
A
S
|
S
L
x
H
G
|
G
K
 
I
N
 
T
A
 
E
E
 
E
R
|
R
E
 
A
K
 
R
V
 
A
I
 
V
D
 
D
F
 
F
T
 
T
D
 
N
A
 
P
Y
 
H
A
 
-
P
 
-
F
 
-
F
 
-
N
 
-
G
 
-
V
 
-
F
 
Y
A
 
C
P
 
T
A
 
G
G
 
G
V
 
V
T
 
I
A
 
V
A
 
S
K
 
R
P
 
K
-
 
G
-
 
G
-
 
P
-
 
R
-
 
T
-
 
A
E
 
K
D
 
D
L
 
L
A
 
Q
G
 
G
K
 
K
T
 
V
V
 
V
G
 
G
V
 
V
T
x
Q
R
 
V
G
 
G
A
x
T
I
x
T
E
x
Y
D
 
-
L
 
M
E
 
E
L
 
A
T
 
A
K
 
Q
I
 
K
A
 
I
P
 
P
A
 
G
D
 
I
A
 
K
V
 
E
I
 
V
K
 
R
R
 
T
Y
 
Y
E
 
Q
D
 
R
N
 
D
N
 
P
G
 
D
T
 
A
I
 
L
S
 
Q
A
 
D
F
 
L
L
 
L
S
 
A
G
 
G
Q
 
R
V
 
I
E
 
D
V
 
T
V
 
W
A
 
I
T
 
T
G
 
D
N
 
R
V
 
F
V
 
V
A
 
A
-
 
K
A
 
E
A
 
A
I
 
I
L
 
K
A
 
E
R
 
R
N
 
K
P
 
L
P
 
E
K
 
N
R
 
T
P
 
L
E
 
Q
L
 
V
K
 
G
F
 
E
L
 
L
I
 
V
K
 
F
N
 
Q
S
x
E
P
 
R
C
 
V
Y
 
A
I
 
M
G
 
A
L
 
V
S
 
A
K
 
K
E
 
G
Q
 
N
P
 
K
A
 
S
L
 
L
L
 
L
E
 
D
K
 
A
L
 
L
N
 
N
G
 
R
I
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
E
A
 
L
K
 
M
A
 
Q
D
 
D
G
 
G
S
 
T
L
 
Y
N
 
A
A
 
R
I
 
I
A
 
S
Q
 
Q
K
 
K
W
 
W
L
 
F
S
 
G
A
 
E
D
 
D
L
 
V

4i62A 1.05 angstrom crystal structure of an amino acid abc transporter substrate-binding protein abpa from streptococcus pneumoniae canada mdr_19a bound to l-arginine
29% identity, 87% coverage: 33:261/263 of query aligns to 4:237/237 of 4i62A

query
sites
4i62A
I
 
I
T
 
K
K
 
S
R
 
K
G
 
G
T
 
K
L
 
L
R
 
V
V
 
V
A
 
A
V
 
L
P
x
N
Q
 
P
D
 
D
F
|
F
P
 
A
P
 
P
F
 
F
G
 
E
S
 
Y
-
 
Q
-
 
K
-
 
V
V
 
V
G
 
D
P
 
G
D
 
K
M
 
N
A
 
Q
P
 
I
L
 
V
G
 
G
Y
 
S
D
 
D
I
 
I
D
 
E
V
 
L
A
 
A
K
 
K
L
 
A
I
 
I
G
 
A
A
 
T
K
 
E
M
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
E
V
 
L
E
 
E
L
 
L
V
 
S
P
 
P
V
 
M
T
 
S
S
x
F
A
 
D
N
 
N
R
 
V
I
 
L
P
 
A
F
 
S
L
 
V
Q
 
Q
T
 
S
N
 
G
K
 
K
V
 
A
D
 
D
L
 
L
V
 
A
I
 
I
S
|
S
S
x
G
L
x
V
G
x
S
K
 
K
N
 
T
A
 
D
E
 
E
R
|
R
E
 
S
K
 
K
V
 
V
I
 
F
D
 
D
F
 
F
T
 
S
D
 
T
A
 
P
Y
 
Y
A
 
Y
P
 
T
F
 
A
F
 
K
N
 
N
G
 
K
V
 
L
F
 
I
A
 
V
P
 
K
A
 
K
G
 
S
-
 
D
-
 
L
V
 
A
T
 
T
A
 
Y
A
 
Q
K
 
S
P
 
V
E
 
N
D
 
D
L
 
L
A
 
A
G
 
Q
K
 
K
T
 
K
V
 
V
G
 
G
V
 
A
T
x
Q
R
 
K
G
 
G
A
x
S
I
|
I
E
x
Q
D
 
E
L
 
T
E
 
-
L
 
M
T
 
A
K
 
K
I
 
D
A
 
L
P
 
L
A
 
Q
D
 
N
A
 
S
V
 
S
I
 
L
K
 
V
R
 
S
Y
 
L
E
 
P
D
 
K
N
 
N
N
 
G
G
 
N
T
 
L
I
 
I
S
 
T
A
 
D
F
 
L
L
 
K
S
 
S
G
 
G
Q
 
Q
V
 
V
E
 
D
V
 
A
V
 
V
A
 
I
T
 
F
G
x
E
N
 
E
V
 
P
V
 
V
A
 
A
A
 
K
A
 
G
I
 
F
L
 
V
A
 
E
R
 
N
N
 
N
P
 
P
P
 
D
-
 
L
K
 
A
R
 
I
P
 
A
E
 
D
L
 
L
K
 
N
F
 
F
L
 
E
I
 
K
K
 
Q
N
 
D
S
 
D
P
 
S
C
 
Y
Y
 
A
I
 
V
G
 
A
L
 
M
S
 
K
K
 
K
E
 
D
Q
 
S
P
 
K
A
 
E
L
 
L
L
 
K
E
 
E
K
 
A
L
 
V
N
 
D
G
 
K
I
 
T
L
 
I
A
 
Q
A
 
K
A
 
L
K
 
K
A
 
E
D
 
S
G
 
G
S
 
E
L
 
L
N
 
D
A
 
K
I
 
L
A
 
I
Q
 
E
K
 
D
W
 
A
L
 
F
S
 
K
A
 
A
D
 
S
L
 
I
P
 
E
K
 
K

6h20A Glnh bound to asn, mycobacterium tuberculosis (see paper)
27% identity, 89% coverage: 22:256/263 of query aligns to 35:272/287 of 6h20A

query
sites
6h20A
A
 
A
P
 
T
A
 
K
A
 
A
R
 
E
A
 
A
D
 
D
A
 
A
-
 
A
L
 
V
Q
 
A
D
 
D
I
 
I
T
 
R
K
 
A
R
 
R
G
 
G
T
 
R
L
 
L
R
 
I
V
 
V
A
 
G
V
 
L
P
 
D
Q
 
I
D
 
G
F
 
S
P
 
N
P
 
L
F
 
F
G
 
S
S
 
F
V
 
R
G
 
D
P
 
P
D
 
I
M
 
T
A
 
G
P
 
E
L
 
I
-
 
T
G
 
G
Y
 
F
D
 
D
I
 
V
D
 
D
V
 
I
A
 
A
K
 
G
L
 
E
I
 
V
G
 
A
A
 
R
K
 
D
M
 
I
-
 
F
G
 
G
V
 
V
-
 
P
-
 
S
K
 
H
V
 
V
E
 
E
L
 
Y
V
 
R
P
 
I
V
 
L
T
 
S
S
 
A
A
 
A
N
 
E
R
|
R
I
 
V
P
 
T
F
 
A
L
 
L
Q
 
Q
T
 
K
N
 
S
K
 
Q
V
 
V
D
 
D
L
 
I
V
 
V
I
 
V
S
 
K
S
x
T
L
 
M
G
x
S
K
 
I
N
 
T
A
 
C
E
 
E
R
|
R
E
 
R
K
 
K
V
 
L
I
 
V
D
 
N
F
 
F
T
 
S
D
 
T
A
 
V
Y
 
Y
A
 
L
P
 
D
F
 
A
F
 
N
N
 
Q
G
 
R
V
 
I
F
 
L
A
 
A
P
 
P
A
 
R
G
 
D
V
 
S
T
 
P
A
 
I
A
 
T
K
 
K
P
 
V
E
 
S
D
 
D
L
 
L
A
 
S
G
 
G
K
 
K
T
 
R
V
 
V
G
 
C
V
 
V
T
 
A
R
 
R
G
 
G
A
x
T
I
x
T
E
 
S
D
 
L
L
 
R
E
 
R
L
 
I
T
 
R
K
 
E
I
 
I
A
 
A
P
 
P
A
 
P
D
 
P
A
 
V
V
 
I
I
 
V
K
 
S
-
 
V
-
 
V
R
 
N
Y
x
W
E
 
A
D
 
D
N
 
-
N
 
-
G
 
-
T
 
C
I
 
L
S
 
V
A
 
A
F
 
L
L
 
Q
S
 
Q
G
 
R
Q
 
E
V
 
I
E
 
D
V
 
A
V
 
V
A
 
S
T
 
T
G
x
D
N
 
D
V
 
T
V
 
I
A
 
L
A
 
A
A
 
G
I
 
L
L
 
V
A
 
E
R
 
E
N
 
D
P
 
P
P
 
Y
K
 
L
R
 
H
-
 
I
-
 
V
-
 
G
P
 
P
E
 
D
L
 
M
K
 
-
F
 
-
L
 
-
I
 
-
K
 
A
N
 
D
S
 
Q
P
 
P
C
 
Y
Y
 
G
I
 
V
G
 
G
L
 
I
S
 
N
K
 
L
E
 
D
Q
 
N
P
 
T
A
 
G
L
 
L
L
 
V
E
 
R
K
 
F
L
 
V
N
 
N
G
 
G
I
 
T
L
 
L
A
 
E
A
 
R
A
 
I
K
 
R
A
 
N
D
 
D
G
 
G
S
 
T
L
 
W
N
 
N
A
 
T
I
 
L
A
 
Y
Q
 
R
K
 
K
W
 
W
L
 
L
S
 
T

6h1uA Glnh bound to asp, mycobacterium tuberculosis (see paper)
27% identity, 89% coverage: 22:256/263 of query aligns to 35:272/287 of 6h1uA

query
sites
6h1uA
A
 
A
P
 
T
A
 
K
A
 
A
R
 
E
A
 
A
D
 
D
A
 
A
-
 
A
L
 
V
Q
 
A
D
 
D
I
 
I
T
 
R
K
 
A
R
 
R
G
 
G
T
 
R
L
 
L
R
 
I
V
 
V
A
 
G
V
 
L
P
 
D
Q
 
I
D
 
G
F
 
S
P
 
N
P
 
L
F
 
F
G
 
S
S
 
F
V
 
R
G
 
D
P
 
P
D
 
I
M
 
T
A
 
G
P
 
E
L
 
I
-
 
T
G
 
G
Y
 
F
D
 
D
I
 
V
D
 
D
V
 
I
A
 
A
K
 
G
L
 
E
I
 
V
G
 
A
A
 
R
K
 
D
M
 
I
-
 
F
G
 
G
V
 
V
-
 
P
-
 
S
K
 
H
V
 
V
E
 
E
L
 
Y
V
 
R
P
 
I
V
 
L
T
 
S
S
 
A
A
 
A
N
 
E
R
|
R
I
 
V
P
 
T
F
 
A
L
 
L
Q
 
Q
T
 
K
N
 
S
K
 
Q
V
 
V
D
 
D
L
 
I
V
 
V
I
 
V
S
 
K
S
x
T
L
 
M
G
x
S
K
 
I
N
 
T
A
 
C
E
 
E
R
|
R
E
 
R
K
 
K
V
 
L
I
 
V
D
 
N
F
 
F
T
 
S
D
 
T
A
 
V
Y
 
Y
A
 
L
P
 
D
F
 
A
F
 
N
N
 
Q
G
 
R
V
 
I
F
 
L
A
 
A
P
 
P
A
 
R
G
 
D
V
 
S
T
 
P
A
 
I
A
 
T
K
 
K
P
 
V
E
 
S
D
 
D
L
 
L
A
 
S
G
 
G
K
 
K
T
 
R
V
 
V
G
 
C
V
 
V
T
 
A
R
 
R
G
 
G
A
x
T
I
x
T
E
 
S
D
 
L
L
 
R
E
 
R
L
 
I
T
 
R
K
 
E
I
 
I
A
 
A
P
 
P
A
 
P
D
 
P
A
 
V
V
 
I
I
 
V
K
 
S
-
 
V
-
 
V
R
 
N
Y
x
W
E
 
A
D
 
D
N
 
-
N
 
-
G
 
-
T
 
C
I
 
L
S
 
V
A
 
A
F
 
L
L
 
Q
S
 
Q
G
 
R
Q
 
E
V
 
I
E
 
D
V
 
A
V
 
V
A
 
S
T
 
T
G
x
D
N
 
D
V
 
T
V
x
I
A
 
L
A
 
A
A
 
G
I
 
L
L
 
V
A
 
E
R
 
E
N
 
D
P
 
P
P
 
Y
K
 
L
R
 
H
-
 
I
-
 
V
-
 
G
P
 
P
E
 
D
L
 
M
K
 
-
F
 
-
L
 
-
I
 
-
K
 
A
N
 
D
S
 
Q
P
 
P
C
 
Y
Y
 
G
I
 
V
G
 
G
L
 
I
S
 
N
K
 
L
E
 
D
Q
 
N
P
 
T
A
 
G
L
 
L
L
 
V
E
 
R
K
 
F
L
 
V
N
 
N
G
 
G
I
 
T
L
 
L
A
 
E
A
 
R
A
 
I
K
 
R
A
 
N
D
 
D
G
 
G
S
 
T
L
 
W
N
 
N
A
 
T
I
 
L
A
 
Y
Q
 
R
K
 
K
W
 
W
L
 
L
S
 
T

6h2tA Glnh bound to glu, mycobacterium tuberculosis (see paper)
27% identity, 89% coverage: 22:256/263 of query aligns to 36:273/288 of 6h2tA

query
sites
6h2tA
A
 
A
P
 
T
A
 
K
A
 
A
R
 
E
A
 
A
D
 
D
A
 
A
-
 
A
L
 
V
Q
 
A
D
 
D
I
 
I
T
 
R
K
 
A
R
 
R
G
 
G
T
 
R
L
 
L
R
 
I
V
 
V
A
 
G
V
 
L
P
 
D
Q
 
I
D
 
G
F
 
S
P
 
N
P
 
L
F
 
F
G
 
S
S
 
F
V
 
R
G
 
D
P
 
P
D
 
I
M
 
T
A
 
G
P
 
E
L
 
I
-
 
T
G
 
G
Y
 
F
D
 
D
I
 
V
D
 
D
V
 
I
A
 
A
K
 
G
L
 
E
I
 
V
G
 
A
A
 
R
K
 
D
M
 
I
-
 
F
G
 
G
V
 
V
-
 
P
-
 
S
K
 
H
V
 
V
E
 
E
L
 
Y
V
 
R
P
 
I
V
 
L
T
 
S
S
 
A
A
 
A
N
 
E
R
|
R
I
 
V
P
 
T
F
 
A
L
 
L
Q
 
Q
T
 
K
N
 
S
K
 
Q
V
 
V
D
 
D
L
 
I
V
 
V
I
 
V
S
 
K
S
x
T
L
 
M
G
x
S
K
 
I
N
 
T
A
 
C
E
 
E
R
|
R
E
 
R
K
 
K
V
 
L
I
 
V
D
 
N
F
 
F
T
 
S
D
 
T
A
 
V
Y
 
Y
A
 
L
P
 
D
F
 
A
F
 
N
N
 
Q
G
 
R
V
 
I
F
 
L
A
 
A
P
 
P
A
 
R
G
 
D
V
 
S
T
 
P
A
 
I
A
 
T
K
 
K
P
 
V
E
 
S
D
 
D
L
 
L
A
 
S
G
 
G
K
 
K
T
 
R
V
 
V
G
 
C
V
 
V
T
 
A
R
 
R
G
 
G
A
x
T
I
x
T
E
 
S
D
 
L
L
 
R
E
 
R
L
 
I
T
 
R
K
 
E
I
 
I
A
 
A
P
 
P
A
 
P
D
 
P
A
 
V
V
 
I
I
 
V
K
 
S
-
 
V
-
 
V
R
 
N
Y
x
W
E
 
A
D
 
D
N
 
-
N
 
-
G
 
-
T
 
C
I
 
L
S
 
V
A
 
A
F
 
L
L
 
Q
S
 
Q
G
 
R
Q
 
E
V
 
I
E
 
D
V
 
A
V
 
V
A
 
S
T
 
T
G
x
D
N
 
D
V
 
T
V
 
I
A
 
L
A
 
A
A
 
G
I
 
L
L
 
V
A
 
E
R
 
E
N
 
D
P
 
-
P
 
-
K
 
-
R
 
-
P
 
P
E
 
Y
L
 
L
K
 
H
F
 
I
L
 
V
-
 
G
-
 
P
-
 
D
I
 
M
K
 
A
N
 
D
S
 
Q
P
 
P
C
 
Y
Y
 
G
I
 
V
G
 
G
L
 
I
S
 
N
K
 
L
E
 
D
Q
 
N
P
 
T
A
 
G
L
 
L
L
 
V
E
 
R
K
 
F
L
 
V
N
 
N
G
 
G
I
 
T
L
 
L
A
 
E
A
 
R
A
 
I
K
 
R
A
 
N
D
 
D
G
 
G
S
 
T
L
 
W
N
 
N
A
 
T
I
 
L
A
 
Y
Q
 
R
K
 
K
W
 
W
L
 
L
S
 
T

4ymxA Crystal structure of the substrate binding protein of an amino acid abc transporter (see paper)
27% identity, 83% coverage: 37:255/263 of query aligns to 1:222/224 of 4ymxA

query
sites
4ymxA
G
 
G
T
 
V
L
 
I
R
 
V
V
 
M
A
 
G
V
 
T
P
x
S
Q
 
A
D
|
D
F
|
F
P
 
P
P
 
P
F
 
F
-
 
E
-
 
F
-
 
H
G
 
K
S
 
V
V
 
E
G
 
G
P
 
G
D
 
K
M
 
D
A
 
E
P
 
I
L
 
V
G
 
G
Y
 
F
D
 
D
I
 
I
D
 
D
V
 
I
A
 
A
K
 
N
L
 
A
I
 
I
G
 
A
A
 
K
K
 
K
M
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
K
V
 
L
E
 
E
L
 
I
V
 
K
P
 
D
V
 
M
T
 
D
S
x
F
A
 
K
N
 
G
R
 
L
I
 
I
P
 
P
F
 
A
L
 
L
Q
 
Q
T
 
A
N
 
G
K
 
R
V
 
V
D
 
D
L
 
M
V
 
V
I
 
I
S
x
A
S
x
G
L
x
M
G
x
T
K
 
P
N
 
T
A
 
A
E
 
E
R
|
R
E
 
K
K
 
K
V
 
S
I
 
V
D
 
D
F
 
F
T
 
S
D
 
D
A
 
L
Y
 
Y
A
 
Y
P
 
D
F
 
S
F
 
R
N
 
Q
G
 
V
V
 
V
F
 
V
A
 
V
P
 
K
A
 
N
G
 
D
V
 
S
T
 
P
A
 
I
A
 
S
K
 
K
P
 
F
E
 
D
D
 
D
L
 
L
A
 
K
G
 
V
K
 
K
T
 
T
V
 
I
G
 
A
V
 
V
T
x
Q
R
 
I
G
 
G
A
x
T
I
x
T
E
 
S
D
 
E
L
 
-
E
 
E
L
 
A
T
 
A
K
 
K
I
 
K
A
 
I
P
 
P
A
 
-
D
 
N
A
 
V
V
 
K
I
 
L
K
 
K
R
 
Q
Y
 
L
E
 
N
D
 
R
N
 
V
N
 
S
G
 
D
T
 
E
I
 
F
S
 
M
A
 
D
F
 
L
L
 
Q
S
 
N
G
 
G
Q
 
R
V
 
C
E
 
D
V
 
A
V
 
I
A
 
V
T
 
V
G
x
E
N
 
D
V
 
T
V
 
V
A
 
A
A
 
K
A
 
A
I
 
Y
L
 
L
A
 
K
R
 
E
N
 
Y
P
 
K
P
 
D
K
 
M
R
 
K
P
 
I
E
 
L
L
 
Y
K
 
M
F
 
D
L
 
E
I
 
I
K
 
N
N
 
N
-
 
V
-
 
E
S
 
N
P
 
G
C
 
S
Y
 
A
I
 
V
G
 
A
L
 
V
S
 
A
K
 
K
E
 
G
Q
 
N
P
 
K
A
 
S
L
 
L
L
 
L
E
 
D
K
 
V
L
 
V
N
 
N
G
 
E
I
 
V
L
 
I
A
 
K
A
 
E
A
 
L
K
 
K
A
 
Q
D
 
S
G
 
G
S
 
E
L
 
Y
N
 
D
A
 
K
I
 
L
A
 
V
Q
 
D
K
 
K
W
 
W
L
 
F

P0AEU0 Histidine-binding periplasmic protein; HBP from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
28% identity, 84% coverage: 38:259/263 of query aligns to 27:257/260 of P0AEU0

query
sites
P0AEU0
T
 
N
L
 
I
R
 
R
V
 
I
A
 
G
V
 
T
P
 
D
Q
 
P
D
 
T
F
 
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
F
G
 
E
S
 
S
V
 
K
G
 
N
P
 
S
D
 
Q
M
 
G
A
 
E
P
 
L
L
 
V
G
 
G
Y
 
F
D
 
D
I
 
I
D
 
D
V
 
L
A
 
A
K
 
K
L
 
E
I
 
L
G
x
C
A
 
K
K
 
R
M
 
I
G
 
N
V
 
T
K
 
Q
V
x
C
E
 
T
L
 
F
V
 
V
P
 
E
V
 
N
T
 
P
S
 
L
A
 
D
N
 
A
R
 
L
I
 
I
P
 
P
F
 
S
L
 
L
Q
 
K
T
 
A
N
 
K
K
 
K
V
 
I
D
 
D
L
 
A
V
 
I
I
 
M
S
|
S
S
|
S
L
 
L
G
x
S
K
 
I
N
 
T
A
 
E
E
 
K
R
|
R
E
 
Q
K
 
Q
V
 
E
I
 
I
D
 
A
F
 
F
T
 
T
D
 
D
A
 
K
-
 
L
Y
 
Y
A
 
A
P
 
A
F
 
D
F
 
S
N
 
R
G
 
L
V
 
V
F
 
V
A
 
A
P
 
K
A
 
N
G
 
S
V
 
D
T
 
I
A
 
Q
A
 
P
K
 
T
P
 
V
E
 
E
D
 
S
L
 
L
A
 
K
G
 
G
K
 
K
T
 
R
V
 
V
G
 
G
V
 
V
T
 
L
R
 
Q
G
 
G
A
 
T
I
x
T
-
 
Q
E
 
E
D
 
T
L
 
F
E
 
G
L
 
N
T
 
E
K
 
H
I
 
W
A
 
A
P
 
P
A
 
K
D
 
G
A
 
I
V
 
E
I
 
I
K
 
V
R
 
S
Y
 
Y
E
 
Q
D
 
G
N
 
Q
N
 
D
G
 
N
T
 
I
I
 
Y
S
 
S
A
 
D
F
 
L
L
 
T
S
 
A
G
 
G
Q
 
R
V
 
I
E
 
D
V
 
A
V
 
A
A
 
F
T
 
Q
G
x
D
N
 
E
V
 
V
V
 
A
A
 
A
A
 
S
A
 
E
I
 
G
L
 
F
A
 
L
R
 
K
N
 
Q
P
 
P
P
 
V
K
 
G
R
 
K
P
 
-
E
 
D
L
 
Y
K
 
K
F
 
F
-
 
G
-
 
G
-
 
P
L
 
S
I
 
V
K
 
K
N
 
D
S
 
E
P
 
K
C
 
L
Y
 
F
-
 
G
-
 
V
-
 
G
-
 
T
-
 
G
I
 
M
G
 
G
L
 
L
S
 
R
K
 
K
E
 
E
Q
 
D
P
 
N
A
 
E
L
 
L
L
 
R
E
 
E
K
 
A
L
 
L
N
 
N
G
 
K
I
 
A
L
 
F
A
 
A
A
 
E
A
 
M
K
 
R
A
 
A
D
 
D
G
 
G
S
 
T
L
 
Y
N
 
E
A
 
K
I
 
L
A
 
A
Q
 
K
K
 
K
W
 
Y
L
 
F
S
 
D
A
 
F
D
 
D
L
 
V

Sites not aligning to the query:

7a99B Crystal structure of the phe57trp mutant of the arginine-bound form of domain 1 from tmargbp (see paper)
40% identity, 35% coverage: 29:120/263 of query aligns to 1:92/130 of 7a99B

query
sites
7a99B
A
 
A
L
 
I
Q
 
D
D
 
E
I
 
I
T
 
K
K
 
S
R
 
R
G
 
G
T
 
Y
L
 
L
R
 
L
V
 
V
A
 
G
V
 
L
P
 
S
Q
 
A
D
|
D
F
|
F
P
 
P
P
 
P
F
 
F
G
x
E
S
 
F
V
 
V
G
 
D
P
 
E
D
 
N
M
 
G
A
 
N
P
 
I
L
 
V
G
 
G
Y
 
F
D
 
D
I
 
V
D
 
D
V
 
L
A
 
A
K
 
K
L
 
E
I
 
I
G
 
A
A
 
R
K
 
R
M
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
E
V
 
L
E
 
K
L
 
I
V
 
V
P
 
D
V
 
M
T
 
T
S
x
W
A
 
D
N
 
G
R
 
L
I
 
I
P
 
P
F
 
S
L
 
L
Q
 
L
T
 
T
N
 
K
K
 
K
V
 
I
D
 
D
L
 
V
V
 
I
I
 
I
S
|
S
S
x
G
L
x
M
G
x
T
K
 
I
N
 
T
A
 
E
E
 
E
R
|
R
E
 
K
K
 
K
V
 
V
I
 
V
D
 
A
F
 
F
T
 
S
D
 
D
A
 
P
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

5lomB Crystal structure of the pbp soca from agrobacterium tumefaciens c58 in complex with dfg at 1.5 a resolution (see paper)
27% identity, 85% coverage: 38:261/263 of query aligns to 13:243/250 of 5lomB

query
sites
5lomB
T
 
T
L
 
I
R
 
S
V
 
V
A
 
G
V
 
T
P
 
M
Q
 
G
D
 
D
F
 
A
P
 
K
P
 
P
F
 
Y
G
 
A
S
 
F
V
 
T
G
 
T
P
 
A
D
 
D
M
 
G
A
 
N
P
 
F
L
 
T
G
 
G
Y
 
F
D
 
D
I
 
I
D
 
E
V
 
L
A
 
F
K
 
L
L
 
N
I
 
V
G
 
A
A
 
G
K
 
R
M
 
L
G
 
G
V
 
F
K
 
K
V
 
K
E
 
E
L
 
Q
V
 
V
P
 
V
V
 
F
T
 
T
S
 
G
A
 
Q
N
 
E
R
x
F
-
 
S
-
 
A
-
 
L
I
 
M
P
 
P
F
 
S
L
 
V
Q
 
A
T
 
N
N
 
G
K
 
R
V
 
F
D
 
D
L
 
V
V
 
A
I
 
A
S
x
A
S
x
A
L
 
I
G
|
G
K
 
T
N
 
T
A
 
A
E
 
K
R
|
R
E
 
K
K
 
E
V
 
T
I
 
V
D
 
D
F
 
F
T
 
S
D
 
D
A
 
G
Y
 
Y
-
 
L
A
|
A
P
x
G
F
 
F
F
 
L
N
 
S
G
 
V
V
 
L
F
 
T
A
 
S
P
 
E
A
 
A
G
 
G
V
 
I
T
 
T
A
 
D
A
 
A
K
 
A
P
 
-
E
 
-
D
 
G
L
 
L
A
 
K
G
 
G
K
 
K
T
 
R
V
 
L
G
 
G
V
 
V
T
 
V
R
 
Q
G
 
G
A
x
T
I
x
L
E
x
Q
D
 
E
L
 
I
E
 
Y
L
 
A
T
 
E
K
 
K
-
 
N
I
 
F
A
 
A
P
 
G
A
 
T
D
 
D
A
 
L
V
 
V
I
 
-
K
 
-
R
 
K
Y
 
F
E
 
P
D
 
D
N
 
N
N
 
N
G
 
S
T
 
A
I
 
V
S
 
S
A
 
A
F
 
L
L
 
N
S
 
N
G
 
G
Q
 
T
V
 
V
E
 
D
V
 
A
V
 
H
A
 
F
T
 
L
G
x
D
N
 
F
V
 
E
V
 
A
A
 
A
A
 
K
A
 
D
I
 
Y
L
 
S
A
 
A
R
 
R
N
 
Y
P
 
P
P
 
A
K
 
L
R
 
K
P
 
I
E
 
A
L
 
V
K
 
N
F
 
I
L
 
P
I
x
S
K
 
F
N
 
D
S
x
A
P
 
P
C
 
A
Y
 
G
I
 
F
G
 
V
L
 
I
S
 
R
K
 
K
E
 
G
Q
 
N
P
 
D
A
 
A
L
 
L
L
 
R
E
 
N
K
 
A
L
 
L
N
 
D
G
 
K
I
 
G
L
 
L
A
 
K
A
 
E
A
 
A
K
 
M
A
 
Q
D
 
D
G
 
G
S
 
T
L
 
W
N
 
K
A
 
K
I
 
L
A
 
H
Q
 
E
K
 
K
W
 
W
L
 
F
-
 
P
-
 
G
-
 
T
-
 
P
-
 
M
-
 
P
S
 
A
A
 
A
D
 
Y
L
 
L
P
 
P
K
 
K

P02910 Histidine-binding periplasmic protein; HBP from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see 2 papers)
27% identity, 84% coverage: 39:259/263 of query aligns to 28:257/260 of P02910

query
sites
P02910
L
 
I
R
 
R
V
 
I
A
 
G
V
 
T
P
 
D
Q
 
P
D
 
T
F
 
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
F
G
x
E
S
 
S
V
x
K
G
 
N
P
 
A
D
 
Q
M
 
G
A
x
E
P
 
L
L
 
V
G
 
G
Y
 
F
D
 
D
I
 
I
D
 
D
V
 
L
A
 
A
K
 
K
L
 
E
I
 
L
G
 
C
A
 
K
K
 
R
M
 
I
G
 
N
V
 
T
K
 
Q
V
 
C
E
 
T
L
 
F
V
 
V
P
 
E
V
 
N
T
 
P
S
 
L
A
 
D
N
 
A
R
 
L
I
 
I
P
 
P
F
 
S
L
 
L
Q
 
K
T
 
A
N
 
K
K
 
K
V
 
I
D
 
D
L
 
A
V
 
I
I
 
M
S
 
S
S
 
S
L
 
L
G
 
S
K
 
I
N
 
T
A
 
E
E
 
K
R
 
R
E
 
Q
K
 
Q
V
 
E
I
 
I
D
 
A
F
 
F
T
 
T
D
 
D
A
 
K
-
 
L
Y
 
Y
A
 
A
P
 
A
F
 
D
F
 
S
N
 
R
G
 
L
V
 
V
F
 
V
A
 
A
P
 
K
A
 
N
G
 
S
V
 
D
T
 
I
A
 
Q
A
 
P
K
 
T
P
 
V
E
 
A
D
 
S
L
 
L
A
 
K
G
 
G
K
 
K
T
 
R
V
 
V
G
 
G
V
 
V
T
 
L
R
 
Q
G
 
G
A
 
T
I
 
T
-
 
Q
E
 
E
D
 
T
L
 
F
E
 
G
L
 
N
T
 
E
K
 
H
I
 
W
A
 
A
P
 
P
A
 
K
D
 
G
A
 
I
V
 
E
I
 
I
K
 
V
R
 
S
Y
 
Y
E
 
Q
D
 
G
N
 
Q
N
 
D
G
 
N
T
 
I
I
 
Y
S
 
S
A
x
D
F
 
L
L
 
T
S
 
A
G
 
G
Q
x
R
V
 
I
E
x
D
V
 
A
V
 
A
A
 
F
T
 
Q
G
 
D
N
 
E
V
 
V
V
 
A
A
 
A
A
 
S
A
 
E
I
 
G
L
 
F
A
 
L
R
 
K
N
 
Q
P
 
P
P
 
V
K
 
G
R
 
K
P
 
-
E
 
D
L
 
Y
K
 
K
F
 
F
-
 
G
-
 
G
-
 
P
L
 
A
I
 
V
K
 
K
N
 
D
S
 
E
P
 
K
C
 
L
Y
 
F
-
 
G
-
 
V
-
 
G
-
 
T
-
 
G
I
 
M
G
 
G
L
 
L
S
 
R
K
 
K
E
 
E
Q
 
D
P
 
N
A
 
E
L
 
L
L
 
R
E
 
E
K
 
A
L
 
L
N
 
N
G
 
K
I
 
A
L
 
F
A
 
A
A
 
E
A
 
M
K
 
R
A
 
A
D
 
D
G
 
G
S
 
T
L
 
Y
N
 
E
A
 
K
I
 
L
A
 
A
Q
 
K
K
 
K
W
 
Y
L
 
F
S
 
D
A
 
F
D
 
D
L
 
V

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>AZOBR_RS18075 FitnessBrowser__azobra:AZOBR_RS18075
MKRRTLLALAVAAVAGLSIAQAPAARADALQDITKRGTLRVAVPQDFPPFGSVGPDMAPL
GYDIDVAKLIGAKMGVKVELVPVTSANRIPFLQTNKVDLVISSLGKNAEREKVIDFTDAY
APFFNGVFAPAGVTAAKPEDLAGKTVGVTRGAIEDLELTKIAPADAVIKRYEDNNGTISA
FLSGQVEVVATGNVVAAAILARNPPKRPELKFLIKNSPCYIGLSKEQPALLEKLNGILAA
AKADGSLNAIAQKWLSADLPKDL

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory