SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing AZOBR_RS25485 FitnessBrowser__azobra:AZOBR_RS25485 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1ji0A Crystal structure analysis of the abc transporter from thermotoga maritima
48% identity, 97% coverage: 1:230/238 of query aligns to 6:237/240 of 1ji0A

query
sites
1ji0A
M
 
V
L
 
L
E
 
E
I
 
V
Q
 
Q
D
 
S
L
 
L
V
 
H
T
 
V
A
 
Y
Y
|
Y
D
 
G
G
 
A
I
 
I
R
 
H
A
 
A
L
 
I
R
 
K
G
 
G
V
 
I
T
 
D
L
 
L
T
 
K
V
 
V
P
 
P
A
 
R
G
 
G
A
 
Q
M
 
I
V
 
V
A
 
T
L
 
L
I
 
I
G
 
G
P
 
A
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
L
 
L
N
 
S
S
 
A
V
 
I
S
 
A
G
 
G
V
 
L
V
 
V
T
 
R
P
 
A
A
 
Q
S
 
K
G
 
G
R
 
K
I
 
I
R
 
I
F
 
F
D
 
N
G
 
G
A
 
Q
E
 
D
I
 
I
A
 
T
G
 
N
L
 
K
P
 
P
A
 
A
H
 
H
R
 
V
V
 
I
A
 
N
R
 
R
R
 
M
G
 
G
L
 
I
L
 
A
Q
 
L
V
 
V
P
 
P
E
|
E
G
 
G
R
 
R
Q
 
R
I
 
I
L
 
F
G
 
P
P
 
E
L
 
L
S
 
T
V
 
V
E
 
Y
E
 
E
N
 
N
L
 
L
R
 
M
L
 
M
G
 
G
R
 
A
L
 
Y
A
 
N
A
 
R
G
 
K
T
 
D
R
 
K
G
 
E
-
 
G
-
 
I
T
 
K
A
 
R
D
 
D
I
 
L
D
 
E
E
 
W
V
 
I
Y
 
F
A
 
S
L
 
L
F
 
F
P
 
P
I
 
R
L
 
L
A
 
K
E
 
E
R
 
R
R
 
L
R
 
K
Q
 
Q
E
 
L
G
 
G
G
 
G
S
 
T
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
M
L
 
L
A
 
A
I
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
M
G
 
S
R
 
R
P
 
P
R
 
K
L
 
L
L
 
L
M
 
M
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
S
L
 
L
G
 
G
L
 
L
S
 
A
P
 
P
L
 
I
M
 
L
A
 
V
A
 
S
Q
 
E
V
 
V
F
 
F
A
 
E
A
 
V
L
 
I
E
 
Q
T
 
K
L
 
I
R
 
N
R
 
Q
S
 
E
G
 
G
L
 
T
T
 
T
I
 
I
L
 
L
L
 
L
V
 
V
E
 
E
Q
 
Q
N
 
N
A
 
A
R
 
L
R
 
G
A
 
A
L
 
L
D
 
K
A
 
V
T
 
A
G
 
H
H
 
Y
A
 
G
Y
 
Y
V
 
V
L
 
L
E
 
E
Q
 
T
G
 
G
R
 
Q
I
 
I
V
 
V
H
 
L
Q
 
E
G
 
G
P
 
K
S
 
A
G
 
S
A
 
E
L
 
L
A
 
L
R
 
D
D
 
N
P
 
E
A
 
M
V
 
V
V
 
R
R
 
K
H
 
A
Y
 
Y
L
 
L

1g6hA Crystal structure of the adp conformation of mj1267, an atp- binding cassette of an abc transporter (see paper)
29% identity, 97% coverage: 1:230/238 of query aligns to 4:252/254 of 1g6hA

query
sites
1g6hA
M
 
I
L
 
L
E
 
R
I
 
T
Q
 
E
D
 
N
L
 
I
V
 
V
T
 
K
A
 
Y
Y
x
F
D
 
G
G
 
E
I
x
F
R
 
K
A
 
A
L
 
L
R
 
D
G
 
G
V
 
V
T
 
S
L
 
I
T
 
S
V
 
V
P
 
N
A
 
K
G
 
G
A
 
D
M
 
V
V
 
T
A
 
L
L
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
I
N
 
N
S
 
V
V
 
I
S
 
T
G
 
G
V
 
F
V
 
L
T
 
K
P
 
A
A
 
D
S
 
E
G
 
G
R
 
R
I
 
V
R
 
Y
F
 
F
D
 
E
G
 
N
A
 
K
E
 
D
I
 
I
A
 
T
G
 
N
L
 
K
P
 
E
A
 
P
H
 
A
R
 
E
V
 
L
A
 
Y
R
 
H
R
 
Y
G
 
G
L
 
I
L
 
V
Q
 
R
V
 
T
P
 
F
E
 
Q
G
 
T
R
 
P
Q
 
Q
I
 
P
L
 
L
G
 
K
P
 
E
L
 
M
S
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
L
R
 
L
L
 
I
G
 
G
R
 
E
L
 
I
A
 
C
A
 
P
G
 
G
T
 
E
-
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
N
-
 
S
-
 
L
-
 
F
-
 
Y
-
 
K
-
 
K
-
 
W
-
 
I
-
 
P
R
 
K
G
 
E
T
 
E
A
 
E
D
 
M
I
 
V
D
 
E
E
 
K
V
 
A
Y
 
F
A
 
K
L
 
I
-
 
L
-
 
E
F
 
F
P
 
L
I
 
K
L
 
L
A
 
S
E
 
H
R
 
L
R
 
Y
R
 
D
Q
 
R
E
 
K
G
 
A
G
 
G
S
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
M
Q
 
K
M
 
L
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
M
G
 
T
R
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
M
L
 
I
M
 
V
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
I
L
 
A
G
 
G
L
 
V
S
 
A
P
 
P
L
 
G
M
 
L
A
 
A
A
 
H
Q
 
D
V
 
I
F
 
F
A
 
N
A
 
H
L
 
V
E
 
L
T
 
E
L
 
L
R
 
K
R
 
A
S
 
K
G
 
G
L
 
I
T
 
T
I
 
F
L
 
L
L
 
I
V
 
I
E
 
E
Q
 
H
N
 
R
A
 
L
R
 
D
R
 
I
A
 
V
L
 
L
D
 
N
A
 
Y
T
 
I
G
 
D
H
 
H
A
 
L
Y
 
Y
V
 
V
L
 
M
E
 
F
Q
 
N
G
 
G
R
 
Q
I
 
I
V
 
I
H
 
A
Q
 
E
G
 
G
-
 
R
-
 
G
-
 
E
-
 
E
P
 
E
S
 
I
G
 
K
A
 
N
L
 
V
A
 
L
R
 
S
D
 
D
P
 
P
A
 
K
V
 
V
V
 
V
R
 
E
H
 
I
Y
 
Y
L
 
I

1g9xB Characterization of the twinning structure of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
29% identity, 97% coverage: 1:230/238 of query aligns to 4:252/253 of 1g9xB

query
sites
1g9xB
M
 
I
L
 
L
E
 
R
I
 
T
Q
 
E
D
 
N
L
 
I
V
 
V
T
 
K
A
 
Y
Y
x
F
D
 
G
G
 
E
I
x
F
R
 
K
A
 
A
L
 
L
R
 
D
G
 
G
V
 
V
T
 
S
L
 
I
T
 
S
V
 
V
P
 
C
A
 
K
G
 
G
A
 
D
M
 
V
V
 
T
A
 
L
L
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
I
N
 
N
S
 
V
V
 
I
S
 
T
G
 
G
V
 
F
V
 
L
T
 
K
P
 
A
A
 
D
S
 
E
G
 
G
R
 
R
I
 
V
R
 
Y
F
 
F
D
 
E
G
 
N
A
 
K
E
 
D
I
 
I
A
 
T
G
 
N
L
 
K
P
 
E
A
 
P
H
 
A
R
 
E
V
 
L
A
 
Y
R
 
H
R
 
Y
G
 
G
L
 
I
L
 
V
Q
 
R
V
 
T
P
 
F
E
 
Q
G
 
T
R
 
P
Q
 
Q
I
 
P
L
 
L
G
 
K
P
 
E
L
 
M
S
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
L
R
 
L
L
 
I
G
 
G
R
 
E
L
 
I
A
 
N
A
 
P
G
 
G
T
 
E
-
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
N
-
 
S
-
 
L
-
 
F
-
 
Y
-
 
K
-
 
K
-
 
W
-
 
I
-
 
P
R
 
K
G
 
E
T
 
E
A
 
E
D
 
M
I
 
V
D
 
E
E
 
K
V
 
A
Y
 
F
A
 
K
L
 
I
-
 
L
-
 
E
F
 
F
P
 
L
I
 
K
L
 
L
A
 
S
E
 
H
R
 
L
R
 
Y
R
 
D
Q
 
R
E
 
K
G
 
A
G
 
G
S
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
M
Q
 
K
M
 
L
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
M
G
 
T
R
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
M
L
 
I
M
 
V
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
I
L
 
A
G
 
G
L
 
V
S
 
A
P
 
P
L
 
G
M
 
L
A
 
A
A
 
H
Q
 
D
V
 
I
F
 
F
A
 
N
A
 
H
L
 
V
E
 
L
T
 
E
L
 
L
R
 
K
R
 
A
S
 
K
G
 
G
L
 
I
T
 
T
I
 
F
L
 
L
L
 
I
V
 
I
E
 
E
Q
 
H
N
 
R
A
 
L
R
 
D
R
 
I
A
 
V
L
 
L
D
 
N
A
 
Y
T
 
I
G
 
D
H
 
H
A
 
L
Y
 
Y
V
 
V
L
 
M
E
 
F
Q
 
N
G
 
G
R
 
Q
I
 
I
V
 
I
H
 
A
Q
 
E
G
 
G
-
 
R
-
 
G
-
 
E
-
 
E
P
 
E
S
 
I
G
 
K
A
 
N
L
 
V
A
 
L
R
 
S
D
 
D
P
 
P
A
 
K
V
 
V
V
 
V
R
 
E
H
 
I
Y
 
Y
L
 
I

6s8nB Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with lipopolysaccharide (see paper)
37% identity, 98% coverage: 2:235/238 of query aligns to 3:238/238 of 6s8nB

query
sites
6s8nB
L
 
L
E
 
T
I
 
A
Q
 
K
D
 
N
L
 
L
V
 
A
T
 
K
A
 
A
Y
 
Y
D
 
K
G
 
G
I
 
R
R
 
R
A
 
V
L
 
V
R
 
E
G
 
D
V
 
V
T
 
S
L
 
L
T
 
T
V
 
V
P
 
N
A
 
S
G
 
G
A
 
E
M
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
L
 
T
L
 
F
N
 
Y
S
 
M
V
 
V
S
 
V
G
 
G
V
 
I
V
 
V
T
 
P
P
 
R
A
 
D
S
 
A
G
 
G
R
 
N
I
 
I
R
 
I
F
 
I
D
 
D
G
 
D
A
 
D
E
 
D
I
 
I
A
 
S
G
 
L
L
 
L
P
 
P
A
 
L
H
 
H
R
 
A
V
 
R
A
 
A
R
 
R
R
 
R
G
 
G
L
 
I
L
 
G
Q
 
Y
V
 
L
P
 
P
E
 
Q
G
 
E
R
 
A
Q
 
S
I
 
I
L
 
F
G
x
R
P
 
R
L
 
L
S
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
R
 
M
L
 
A
-
 
V
-
 
L
-
 
Q
-
 
I
-
 
R
G
 
D
R
 
D
L
 
L
A
 
S
A
 
A
G
 
E
T
 
Q
R
 
R
G
 
E
T
 
D
A
 
R
D
 
-
I
 
A
D
 
N
E
 
E
V
 
L
Y
 
M
A
 
E
L
 
E
F
 
F
P
 
H
I
 
I
L
 
-
A
 
E
E
 
H
R
 
L
R
 
R
R
 
D
Q
 
S
E
x
M
G
|
G
G
x
Q
S
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
G
 
A
R
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
L
 
I
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
L
 
A
G
 
G
L
 
V
S
 
D
P
 
P
L
 
I
M
 
S
A
 
V
A
 
I
Q
 
D
V
 
I
F
 
K
A
 
R
A
 
I
L
 
I
E
 
E
T
 
H
L
 
L
R
 
R
R
 
D
S
 
S
G
 
G
L
 
L
T
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
R
 
R
R
 
E
A
 
T
L
 
L
D
 
A
A
 
V
T
 
C
G
 
E
H
 
R
A
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
E
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
H
I
 
L
V
 
I
H
 
A
Q
 
H
G
 
G
P
 
T
S
 
P
G
 
T
A
 
E
L
 
I
A
 
L
R
 
Q
D
 
D
P
 
E
A
 
H
V
 
V
V
 
K
R
 
R
H
 
V
Y
 
Y
L
 
L
P
 
-
G
 
G
D
 
E
D
 
D
L
 
F

6s8gA Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with amp-pnp (see paper)
37% identity, 98% coverage: 2:235/238 of query aligns to 3:238/238 of 6s8gA

query
sites
6s8gA
L
 
L
E
 
T
I
 
A
Q
 
K
D
 
N
L
 
L
V
 
A
T
 
K
A
 
A
Y
|
Y
D
 
K
G
 
G
I
x
R
R
 
R
A
 
V
L
 
V
R
 
E
G
 
D
V
 
V
T
 
S
L
 
L
T
 
T
V
 
V
P
 
N
A
 
S
G
 
G
A
 
E
M
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
 
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
L
 
F
N
 
Y
S
 
M
V
 
V
S
 
V
G
 
G
V
 
I
V
 
V
T
 
P
P
 
R
A
 
D
S
 
A
G
 
G
R
 
N
I
 
I
R
 
I
F
 
I
D
 
D
G
 
D
A
 
D
E
 
D
I
 
I
A
 
S
G
 
L
L
 
L
P
 
P
A
 
L
H
 
H
R
 
A
V
 
R
A
 
A
R
 
R
R
 
R
G
 
G
L
 
I
L
 
G
Q
 
Y
V
 
L
P
 
P
E
x
Q
G
 
E
R
 
A
Q
 
S
I
 
I
L
 
F
G
 
R
P
 
R
L
 
L
S
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
R
 
M
L
 
A
-
 
V
-
 
L
-
 
Q
-
 
I
-
 
R
G
 
D
R
 
D
L
 
L
A
 
S
A
 
A
G
 
E
T
 
Q
R
 
R
G
 
E
T
 
D
A
 
R
D
 
-
I
 
A
D
 
N
E
 
E
V
 
L
Y
 
M
A
 
E
L
 
E
F
 
F
P
 
H
I
 
I
L
 
-
A
 
E
E
 
H
R
 
L
R
 
R
R
 
D
Q
 
S
E
 
M
G
 
G
G
 
Q
S
|
S
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
Q
x
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
G
 
A
R
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
L
 
I
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
L
 
A
G
 
G
L
 
V
S
 
D
P
 
P
L
 
I
M
 
S
A
 
V
A
 
I
Q
 
D
V
 
I
F
 
K
A
 
R
A
 
I
L
 
I
E
 
E
T
 
H
L
 
L
R
 
R
R
 
D
S
 
S
G
 
G
L
 
L
T
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
R
 
R
R
 
E
A
 
T
L
 
L
D
 
A
A
 
V
T
 
C
G
 
E
H
 
R
A
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
E
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
H
I
 
L
V
 
I
H
 
A
Q
 
H
G
 
G
P
 
T
S
 
P
G
 
T
A
 
E
L
 
I
A
 
L
R
 
Q
D
 
D
P
 
E
A
 
H
V
 
V
V
 
K
R
 
R
H
 
V
Y
 
Y
L
 
L
P
 
-
G
 
G
D
 
E
D
 
D
L
 
F

6mjpA Lptb(e163q)fgc from vibrio cholerae (see paper)
32% identity, 97% coverage: 1:230/238 of query aligns to 2:234/240 of 6mjpA

query
sites
6mjpA
M
 
I
L
 
L
E
 
K
I
 
A
Q
 
Q
D
 
H
L
 
L
V
 
A
T
 
K
A
 
S
Y
 
Y
D
 
K
G
 
K
I
 
R
R
 
K
A
 
V
L
 
V
R
 
S
G
 
D
V
 
V
T
 
S
L
 
L
T
 
Q
V
 
V
P
 
E
A
 
S
G
 
G
A
 
Q
M
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
L
 
S
L
 
F
N
 
Y
S
 
M
V
 
I
S
 
V
G
 
G
V
 
L
V
 
V
T
 
A
P
 
R
A
 
D
S
 
E
G
 
G
R
 
T
I
 
I
R
 
T
F
 
I
D
 
D
G
 
D
A
 
N
E
 
D
I
 
I
A
 
S
G
 
I
L
 
L
P
 
P
A
 
M
H
 
H
R
 
S
V
 
R
A
 
S
R
 
R
R
 
M
G
 
G
L
 
I
L
 
G
Q
 
Y
V
 
L
P
 
P
E
 
Q
G
 
E
R
 
A
Q
 
S
I
 
I
L
 
F
G
 
R
P
 
K
L
 
L
S
 
S
V
 
V
E
 
E
E
 
D
N
 
N
L
 
I
R
 
-
L
 
M
G
 
A
R
 
V
L
 
L
A
 
Q
A
 
T
G
 
R
T
 
E
R
 
E
G
 
L
T
 
T
A
 
H
D
x
E
-
 
E
-
 
R
-
 
Q
-
x
D
-
 
K
I
 
L
D
 
E
E
 
D
V
 
L
Y
 
L
A
 
E
L
 
E
F
 
F
P
 
H
I
 
I
L
 
-
A
 
Q
E
 
H
R
 
I
R
 
R
R
 
K
Q
 
S
E
 
A
G
 
G
G
 
M
S
 
A
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
G
 
A
R
 
N
P
 
P
R
 
Q
L
 
F
L
 
I
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
S
 
F
L
 
A
G
 
G
L
 
V
S
 
D
P
 
P
L
 
I
M
 
S
A
 
V
A
 
I
Q
 
D
V
 
I
F
 
K
A
 
K
A
 
I
L
 
I
E
 
E
T
 
H
L
 
L
R
 
R
R
 
D
S
 
R
G
 
G
L
 
L
T
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
R
 
R
R
 
E
A
 
T
L
 
L
D
 
D
A
 
V
T
 
C
G
 
E
H
 
K
A
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
E
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
R
I
 
L
V
 
I
H
 
A
Q
 
E
G
 
G
P
 
T
S
 
P
G
 
Q
A
 
D
L
 
V
A
 
L
R
 
N
D
 
N
P
 
E
A
 
Q
V
 
V
V
 
K
R
 
Q
H
 
V
Y
 
Y
L
 
L

6b89A E. Coli lptb in complex with adp and novobiocin (see paper)
37% identity, 96% coverage: 2:230/238 of query aligns to 3:234/234 of 6b89A

query
sites
6b89A
L
 
L
E
 
T
I
 
A
Q
 
K
D
 
N
L
 
L
V
 
A
T
 
K
A
 
A
Y
|
Y
D
 
K
G
 
G
I
x
R
R
 
R
A
x
V
L
 
V
R
 
E
G
 
D
V
 
V
T
 
S
L
 
L
T
 
T
V
 
V
P
 
N
A
 
S
G
 
G
A
 
E
M
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
L
 
F
N
 
Y
S
 
M
V
 
V
S
 
V
G
 
G
V
 
I
V
 
V
T
 
P
P
 
R
A
 
D
S
 
A
G
 
G
R
 
N
I
 
I
R
 
I
F
 
I
D
 
D
G
 
D
A
 
D
E
 
D
I
 
I
A
 
S
G
 
L
L
 
L
P
 
P
A
x
L
H
|
H
R
 
A
V
 
R
A
 
A
R
 
R
R
 
R
G
 
G
L
 
I
L
 
G
Q
 
Y
V
 
L
P
|
P
E
x
Q
G
 
E
R
x
A
Q
x
S
I
 
I
L
x
F
G
x
R
P
x
R
L
|
L
S
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
R
 
M
L
 
A
-
x
V
-
 
L
-
 
Q
-
 
I
-
 
R
G
 
D
R
 
D
L
 
L
A
 
S
A
 
A
G
 
E
T
 
Q
R
 
R
G
 
E
T
 
D
A
 
R
D
 
-
I
 
A
D
 
N
E
 
E
V
 
L
Y
 
M
A
 
E
L
 
E
F
 
F
P
 
H
I
 
I
L
 
-
A
 
E
E
 
H
R
 
L
R
 
R
R
 
D
Q
 
S
E
 
M
G
 
G
G
x
Q
S
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
|
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
G
 
A
R
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
L
 
I
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
L
 
A
G
 
G
L
 
V
S
 
D
P
 
P
L
 
I
M
 
S
A
 
V
A
 
I
Q
 
D
V
 
I
F
 
K
A
 
R
A
 
I
L
 
I
E
 
E
T
 
H
L
 
L
R
 
R
R
 
D
S
 
S
G
 
G
L
 
L
T
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
R
 
R
R
 
E
A
 
T
L
 
L
D
 
A
A
 
V
T
 
C
G
 
E
H
 
R
A
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
E
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
H
I
 
L
V
 
I
H
 
A
Q
 
H
G
 
G
P
 
T
S
 
P
G
 
T
A
 
E
L
 
I
A
 
L
R
 
Q
D
 
D
P
 
E
A
 
H
V
 
V
V
 
K
R
 
R
H
 
V
Y
 
Y
L
 
L

4p31A Crystal structure of a selenomethionine derivative of e. Coli lptb in complex with adp-magensium (see paper)
37% identity, 96% coverage: 2:230/238 of query aligns to 3:234/234 of 4p31A

query
sites
4p31A
L
 
L
E
 
T
I
 
A
Q
 
K
D
 
N
L
 
L
V
 
A
T
 
K
A
 
A
Y
|
Y
D
 
K
G
 
G
I
x
R
R
 
R
A
x
V
L
 
V
R
 
E
G
 
D
V
 
V
T
 
S
L
 
L
T
 
T
V
 
V
P
 
N
A
 
S
G
 
G
A
 
E
M
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
L
 
F
N
 
Y
S
 
M
V
 
V
S
 
V
G
 
G
V
 
I
V
 
V
T
 
P
P
 
R
A
 
D
S
 
A
G
 
G
R
 
N
I
 
I
R
 
I
F
 
I
D
 
D
G
 
D
A
 
D
E
 
D
I
 
I
A
 
S
G
 
L
L
 
L
P
 
P
A
 
L
H
 
H
R
 
A
V
 
R
A
 
A
R
 
R
R
 
R
G
 
G
L
 
I
L
 
G
Q
 
Y
V
 
L
P
 
P
E
x
Q
G
 
E
R
 
A
Q
 
S
I
 
I
L
 
F
G
 
R
P
 
R
L
 
L
S
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
R
 
M
L
 
A
-
 
V
-
 
L
-
 
Q
-
 
I
-
 
R
G
 
D
R
 
D
L
 
L
A
 
S
A
 
A
G
 
E
T
 
Q
R
 
R
G
 
E
T
 
D
A
 
R
D
 
-
I
 
A
D
 
N
E
 
E
V
 
L
Y
 
M
A
 
E
L
 
E
F
 
F
P
 
H
I
 
I
L
 
-
A
 
E
E
 
H
R
 
L
R
 
R
R
 
D
Q
 
S
E
 
M
G
 
G
G
 
Q
S
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
G
 
A
R
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
L
 
I
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
L
 
A
G
 
G
L
 
V
S
 
D
P
 
P
L
 
I
M
 
S
A
 
V
A
 
I
Q
 
D
V
 
I
F
 
K
A
 
R
A
 
I
L
 
I
E
 
E
T
 
H
L
 
L
R
 
R
R
 
D
S
 
S
G
 
G
L
 
L
T
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
R
 
R
R
 
E
A
 
T
L
 
L
D
 
A
A
 
V
T
 
C
G
 
E
H
 
R
A
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
E
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
H
I
 
L
V
 
I
H
 
A
Q
 
H
G
 
G
P
 
T
S
 
P
G
 
T
A
 
E
L
 
I
A
 
L
R
 
Q
D
 
D
P
 
E
A
 
H
V
 
V
V
 
K
R
 
R
H
 
V
Y
 
Y
L
 
L

6mhzA Vanadate trapped cryo-em structure of e.Coli lptb2fg transporter (see paper)
37% identity, 96% coverage: 2:230/238 of query aligns to 3:234/235 of 6mhzA

query
sites
6mhzA
L
 
L
E
 
T
I
 
A
Q
 
K
D
 
N
L
 
L
V
 
A
T
 
K
A
 
A
Y
|
Y
D
 
K
G
 
G
I
 
R
R
 
R
A
 
V
L
 
V
R
 
E
G
 
D
V
 
V
T
 
S
L
 
L
T
 
T
V
 
V
P
 
N
A
 
S
G
 
G
A
 
E
M
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
L
 
F
N
 
Y
S
 
M
V
 
V
S
 
V
G
 
G
V
 
I
V
 
V
T
 
P
P
 
R
A
 
D
S
 
A
G
 
G
R
 
N
I
 
I
R
 
I
F
 
I
D
 
D
G
 
D
A
 
D
E
 
D
I
 
I
A
 
S
G
 
L
L
 
L
P
 
P
A
 
L
H
 
H
R
 
A
V
 
R
A
 
A
R
 
R
R
 
R
G
 
G
L
 
I
L
 
G
Q
 
Y
V
 
L
P
 
P
E
x
Q
G
 
E
R
 
A
Q
 
S
I
 
I
L
 
F
G
 
R
P
 
R
L
 
L
S
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
R
 
M
L
 
A
-
 
V
-
 
L
-
 
Q
-
 
I
-
 
R
G
 
D
R
 
D
L
 
L
A
 
S
A
 
A
G
 
E
T
 
Q
R
 
R
G
 
E
T
 
D
A
 
R
D
 
-
I
 
A
D
 
N
E
 
E
V
 
L
Y
 
M
A
 
E
L
 
E
F
 
F
P
 
H
I
 
I
L
 
-
A
 
E
E
 
H
R
 
L
R
 
R
R
 
D
Q
 
S
E
 
M
G
 
G
G
 
Q
S
|
S
L
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
Q
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
G
 
A
R
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
L
 
I
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
F
L
 
A
G
|
G
L
 
V
S
 
D
P
 
P
L
 
I
M
 
S
A
 
V
A
 
I
Q
 
D
V
 
I
F
 
K
A
 
R
A
 
I
L
 
I
E
 
E
T
 
H
L
 
L
R
 
R
R
 
D
S
 
S
G
 
G
L
 
L
T
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
x
H
N
 
N
A
 
V
R
 
R
R
 
E
A
 
T
L
 
L
D
 
A
A
 
V
T
 
C
G
 
E
H
 
R
A
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
E
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
H
I
 
L
V
 
I
H
 
A
Q
 
H
G
 
G
P
 
T
S
 
P
G
 
T
A
 
E
L
 
I
A
 
L
R
 
Q
D
 
D
P
 
E
A
 
H
V
 
V
V
 
K
R
 
R
H
 
V
Y
 
Y
L
 
L

6mbnA Lptb e163q in complex with atp (see paper)
36% identity, 98% coverage: 2:235/238 of query aligns to 4:239/241 of 6mbnA

query
sites
6mbnA
L
 
L
E
 
T
I
 
A
Q
 
K
D
 
N
L
 
L
V
 
A
T
 
K
A
 
A
Y
|
Y
D
 
K
G
 
G
I
x
R
R
 
R
A
x
V
L
 
V
R
 
E
G
 
D
V
 
V
T
 
S
L
 
L
T
 
T
V
 
V
P
 
N
A
 
S
G
 
G
A
 
E
M
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
L
 
F
N
 
Y
S
 
M
V
 
V
S
 
V
G
 
G
V
 
I
V
 
V
T
 
P
P
 
R
A
 
D
S
 
A
G
 
G
R
 
N
I
 
I
R
 
I
F
 
I
D
 
D
G
 
D
A
 
D
E
 
D
I
 
I
A
 
S
G
 
L
L
 
L
P
 
P
A
 
L
H
 
H
R
 
A
V
 
R
A
 
A
R
 
R
R
 
R
G
 
G
L
 
I
L
 
G
Q
 
Y
V
 
L
P
 
P
E
 
Q
G
 
E
R
 
A
Q
 
S
I
 
I
L
 
F
G
 
R
P
 
R
L
 
L
S
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
R
 
M
L
 
A
-
 
V
-
 
L
-
 
Q
-
 
I
-
 
R
G
 
D
R
 
D
L
 
L
A
 
S
A
 
A
G
 
E
T
 
Q
R
 
R
G
 
E
T
 
D
A
 
R
D
 
-
I
 
A
D
 
N
E
 
E
V
 
L
Y
 
M
A
 
E
L
 
E
F
 
F
P
 
H
I
 
I
L
 
-
A
 
E
E
 
H
R
 
L
R
 
R
R
 
D
Q
 
S
E
 
M
G
 
G
G
 
Q
S
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
G
 
A
R
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
L
 
I
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
S
 
F
L
 
A
G
 
G
L
 
V
S
 
D
P
 
P
L
 
I
M
 
S
A
 
V
A
 
I
Q
 
D
V
 
I
F
 
K
A
 
R
A
 
I
L
 
I
E
 
E
T
 
H
L
 
L
R
 
R
R
 
D
S
 
S
G
 
G
L
 
L
T
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
x
H
N
 
N
A
 
V
R
 
R
R
 
E
A
 
T
L
 
L
D
 
A
A
 
V
T
 
C
G
 
E
H
 
R
A
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
E
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
H
I
 
L
V
 
I
H
 
A
Q
 
H
G
 
G
P
 
T
S
 
P
G
 
T
A
 
E
L
 
I
A
 
L
R
 
Q
D
 
D
P
 
E
A
 
H
V
 
V
V
 
K
R
 
R
H
 
V
Y
 
Y
L
 
L
P
 
-
G
 
G
D
 
E
D
 
D
L
 
F

6b8bA E. Coli lptb in complex with adp and a novobiocin derivative (see paper)
36% identity, 96% coverage: 2:229/238 of query aligns to 3:233/233 of 6b8bA

query
sites
6b8bA
L
 
L
E
 
T
I
 
A
Q
 
K
D
 
N
L
 
L
V
 
A
T
 
K
A
 
A
Y
|
Y
D
 
K
G
 
G
I
x
R
R
 
R
A
x
V
L
 
V
R
 
E
G
 
D
V
 
V
T
 
S
L
 
L
T
 
T
V
 
V
P
 
N
A
 
S
G
 
G
A
 
E
M
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
L
 
F
N
 
Y
S
 
M
V
 
V
S
 
V
G
 
G
V
 
I
V
 
V
T
 
P
P
 
R
A
 
D
S
 
A
G
 
G
R
 
N
I
 
I
R
 
I
F
 
I
D
 
D
G
 
D
A
 
D
E
 
D
I
 
I
A
 
S
G
 
L
L
 
L
P
 
P
A
 
L
H
 
H
R
 
A
V
 
R
A
 
A
R
 
R
R
 
R
G
 
G
L
 
I
L
 
G
Q
 
Y
V
 
L
P
 
P
E
 
Q
G
 
E
R
 
A
Q
 
S
I
 
I
L
x
F
G
x
R
P
x
R
L
 
L
S
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
R
 
M
L
 
A
-
 
V
-
 
L
-
 
Q
-
 
I
-
 
R
G
 
D
R
 
D
L
 
L
A
 
S
A
 
A
G
 
E
T
 
Q
R
 
R
G
 
E
T
 
D
A
 
R
D
 
-
I
 
A
D
 
N
E
 
E
V
 
L
Y
 
M
A
 
E
L
 
E
F
 
F
P
 
H
I
 
I
L
 
-
A
 
E
E
 
H
R
 
L
R
 
R
R
 
D
Q
 
S
E
 
M
G
 
G
G
 
Q
S
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
G
 
A
R
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
L
 
I
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
L
 
A
G
 
G
L
 
V
S
 
D
P
 
P
L
 
I
M
 
S
A
 
V
A
 
I
Q
 
D
V
 
I
F
 
K
A
 
R
A
 
I
L
 
I
E
 
E
T
 
H
L
 
L
R
 
R
R
 
D
S
 
S
G
 
G
L
 
L
T
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
R
 
R
R
 
E
A
 
T
L
 
L
D
 
A
A
 
V
T
 
C
G
 
E
H
 
R
A
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
E
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
H
I
 
L
V
 
I
H
 
A
Q
 
H
G
 
G
P
 
T
S
 
P
G
 
T
A
 
E
L
 
I
A
 
L
R
 
Q
D
 
D
P
 
E
A
 
H
V
 
V
V
 
K
R
 
R
H
 
V
Y
 
Y

4ymuJ Crystal structure of an amino acid abc transporter complex with arginines and atps (see paper)
30% identity, 90% coverage: 1:214/238 of query aligns to 1:218/240 of 4ymuJ

query
sites
4ymuJ
M
 
M
L
 
I
E
 
F
I
 
V
Q
 
N
D
 
D
L
 
V
V
 
Y
T
 
K
A
 
N
Y
x
F
D
 
G
G
 
S
I
 
L
R
 
E
A
x
V
L
 
L
R
 
K
G
 
G
V
 
V
T
 
T
L
 
L
T
 
K
V
 
V
P
 
N
A
 
K
G
 
G
A
 
E
M
 
V
V
 
V
A
 
V
L
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
N
 
R
S
 
C
V
 
I
S
 
N
G
 
L
V
 
L
V
 
E
T
 
E
P
 
P
A
 
T
S
 
K
G
 
G
R
 
E
I
 
V
R
 
F
F
 
I
D
 
D
G
 
G
A
 
V
E
 
K
I
 
I
A
 
N
-
 
N
G
 
G
L
 
K
P
 
V
A
 
N
H
 
I
R
 
N
V
 
K
A
 
V
R
 
R
R
 
Q
G
 
K
L
 
V
L
 
G
Q
 
M
V
 
V
P
 
F
E
 
Q
G
 
H
R
 
F
Q
 
N
I
 
L
L
 
F
G
 
P
P
 
H
L
 
L
S
 
T
V
 
A
E
 
I
E
 
E
N
 
N
L
 
I
R
 
T
L
 
L
G
 
A
R
 
P
L
 
V
A
 
K
A
 
V
G
 
K
T
 
K
R
 
M
G
 
N
T
 
K
A
 
K
D
 
E
I
 
A
D
 
E
E
 
E
-
 
L
-
 
A
V
 
V
Y
 
D
A
 
L
L
 
L
F
 
A
P
 
K
I
 
V
-
 
G
L
 
L
A
 
L
E
 
D
R
 
K
R
 
K
R
 
D
Q
 
Q
E
 
Y
G
 
P
G
 
I
S
 
K
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
M
 
R
L
 
L
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
G
 
M
R
 
Q
P
 
P
R
 
E
L
 
V
L
 
M
M
 
L
L
 
F
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
T
L
 
S
G
 
A
L
 
L
S
 
D
P
 
P
L
 
E
M
 
M
A
 
V
A
 
K
Q
 
E
V
 
V
F
 
L
A
 
N
A
 
V
L
 
M
E
 
K
T
 
Q
L
 
L
R
 
A
R
 
N
S
 
E
G
 
G
L
 
M
T
 
T
I
 
M
L
 
V
L
 
V
V
 
V
E
 
T
Q
x
H
N
 
E
A
 
M
R
 
G
R
 
F
A
 
A
L
 
R
D
 
E
A
 
V
T
 
G
G
 
D
H
 
R
A
 
V
Y
 
I
V
 
F
L
 
M
E
 
D
Q
 
D
G
 
G
R
 
V
I
 
I
V
 
V
H
 
E
Q
 
E
G
 
G

6z4wA Ftse structure from streptococcus pneumoniae in complex with adp (space group p 1) (see paper)
30% identity, 93% coverage: 1:222/238 of query aligns to 3:229/230 of 6z4wA

query
sites
6z4wA
M
 
I
L
 
I
E
 
E
I
 
M
Q
 
R
D
 
D
L
 
V
V
 
V
T
 
K
A
 
K
Y
|
Y
D
 
D
-
 
N
G
 
G
I
x
T
R
 
T
A
|
A
L
 
L
R
 
R
G
 
G
V
 
V
T
 
S
L
 
V
T
 
S
V
 
V
P
 
Q
A
 
P
G
 
G
A
 
E
M
 
F
V
 
A
A
 
Y
L
 
I
I
 
V
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
F
L
 
I
N
 
R
S
 
S
V
 
L
S
 
Y
G
 
R
V
 
E
V
 
V
T
 
K
P
 
I
A
 
D
S
 
K
G
 
G
R
 
S
I
 
L
R
 
S
F
 
V
D
 
A
G
 
G
A
 
F
E
 
N
I
 
L
A
 
V
G
 
K
L
 
I
P
 
K
A
 
K
H
 
K
R
 
D
V
 
V
A
 
P
-
 
L
-
 
L
R
 
R
R
 
R
G
 
S
L
 
V
L
 
G
Q
 
V
V
 
V
P
 
F
E
 
Q
G
 
D
R
 
Y
Q
 
K
I
 
L
L
 
L
G
 
P
P
 
K
L
 
K
S
 
T
V
 
V
E
 
Y
E
 
E
N
 
N
L
 
I
R
 
A
L
 
Y
G
 
A
R
 
M
L
 
E
A
 
V
A
 
I
G
 
G
T
 
E
R
 
N
G
 
R
T
 
R
A
 
N
D
 
I
I
 
K
D
 
R
E
 
R
V
 
V
Y
 
M
A
 
E
L
 
V
F
 
L
P
 
D
I
 
L
-
 
V
-
 
G
L
 
L
A
 
K
E
 
H
R
 
K
R
 
V
R
 
R
Q
 
S
E
 
F
G
 
P
G
 
N
S
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
L
 
I
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
I
M
 
V
G
 
N
R
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
V
L
 
L
M
 
I
L
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
L
 
G
G
 
N
L
 
L
S
 
D
P
 
P
L
 
D
M
 
N
A
 
S
A
 
W
Q
 
E
V
 
I
F
 
M
A
 
N
A
 
L
L
 
L
E
 
E
T
 
R
L
 
I
R
 
N
R
 
L
S
 
Q
G
 
G
L
 
T
T
 
T
I
 
I
L
 
L
L
 
M
V
 
A
E
 
T
Q
 
H
N
 
N
A
 
S
R
 
Q
R
 
I
A
 
V
L
 
N
D
 
T
A
 
L
T
 
R
G
 
H
H
 
R
A
 
V
Y
 
I
V
 
A
L
 
I
E
 
E
Q
 
N
G
 
G
R
 
R
I
 
V
V
 
V
H
 
R
Q
 
D
G
 
E
P
 
S
S
 
K
G
 
G
A
 
E
L
 
Y
A
 
G
R
 
Y
D
 
D

6z67B Ftse structure of streptococcus pneumoniae in complex with amppnp at 2.4 a resolution (see paper)
30% identity, 93% coverage: 1:222/238 of query aligns to 3:229/229 of 6z67B

query
sites
6z67B
M
 
I
L
 
I
E
 
E
I
 
M
Q
 
R
D
 
D
L
 
V
V
 
V
T
 
K
A
 
K
Y
|
Y
D
 
D
-
 
N
G
|
G
I
 
T
R
 
T
A
|
A
L
 
L
R
 
R
G
 
G
V
 
V
T
 
S
L
 
V
T
 
S
V
 
V
P
 
Q
A
 
P
G
 
G
A
 
E
M
 
F
V
 
A
A
 
Y
L
 
I
I
 
V
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
F
L
 
I
N
 
R
S
 
S
V
 
L
S
 
Y
G
 
R
V
 
E
V
 
V
T
 
K
P
 
I
A
 
D
S
 
K
G
 
G
R
 
S
I
 
L
R
 
S
F
 
V
D
 
A
G
 
G
A
 
F
E
 
N
I
 
L
A
 
V
G
 
K
L
 
I
P
 
K
A
 
K
H
 
K
R
 
D
V
 
V
A
 
P
-
 
L
-
 
L
R
 
R
R
 
R
G
 
S
L
 
V
L
 
G
Q
 
V
V
 
V
P
 
F
E
 
Q
G
 
D
R
 
Y
Q
 
K
I
 
L
L
 
L
G
 
P
P
 
K
L
 
K
S
 
T
V
 
V
E
 
Y
E
 
E
N
 
N
L
 
I
R
 
A
L
 
Y
G
 
A
R
 
M
L
 
E
A
 
V
A
 
I
G
 
G
T
 
E
R
 
N
G
 
R
T
 
R
A
 
N
D
 
I
I
 
K
D
 
R
E
 
R
V
 
V
Y
 
M
A
 
E
L
 
V
F
 
L
P
 
D
I
 
L
-
 
V
-
 
G
L
 
L
A
 
K
E
 
H
R
 
K
R
 
V
R
 
R
Q
 
S
E
 
F
G
 
P
G
 
N
S
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
L
 
I
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
I
M
 
V
G
 
N
R
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
V
L
 
L
M
 
I
L
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
L
 
G
G
 
N
L
 
L
S
 
D
P
 
P
L
 
D
M
 
N
A
 
S
A
 
W
Q
 
E
V
 
I
F
 
M
A
 
N
A
 
L
L
 
L
E
 
E
T
 
R
L
 
I
R
 
N
R
 
L
S
 
Q
G
 
G
L
 
T
T
 
T
I
 
I
L
 
L
L
 
M
V
 
A
E
 
T
Q
 
H
N
 
N
A
 
S
R
 
Q
R
 
I
A
 
V
L
 
N
D
 
T
A
 
L
T
 
R
G
 
H
H
 
R
A
 
V
Y
 
I
V
 
A
L
 
I
E
 
E
Q
 
N
G
 
G
R
 
R
I
 
V
V
 
V
H
 
R
Q
 
D
G
 
E
P
 
S
S
 
K
G
 
G
A
 
E
L
 
Y
A
 
G
R
 
Y
D
 
D

P69874 Spermidine/putrescine import ATP-binding protein PotA; EC 7.6.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
31% identity, 90% coverage: 10:224/238 of query aligns to 26:240/378 of P69874

query
sites
P69874
A
x
C
Y
x
F
D
 
D
G
 
G
I
 
K
R
 
E
A
 
V
L
 
I
R
 
P
G
 
Q
V
 
L
T
 
D
L
 
L
T
 
T
V
 
I
P
 
N
A
 
N
G
 
G
A
 
E
M
x
F
V
 
L
A
 
T
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
 
G
A
x
C
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
L
 
V
L
|
L
N
 
R
S
 
L
V
 
I
S
 
A
G
 
G
V
 
L
V
 
E
T
 
T
P
 
V
A
 
D
S
 
S
G
 
G
R
 
R
I
 
I
R
 
M
F
x
L
D
 
D
G
 
N
A
 
E
E
 
D
I
 
I
A
 
T
G
 
H
L
 
V
P
 
P
A
 
A
H
 
E
R
 
-
V
 
-
A
 
-
R
 
N
R
 
R
G
 
Y
L
 
V
L
 
N
Q
 
T
V
 
V
P
 
F
E
 
Q
G
 
S
R
 
Y
Q
 
A
I
 
L
L
 
F
G
 
P
P
 
H
L
 
M
S
 
T
V
 
V
E
 
F
E
 
E
N
 
N
L
 
V
R
 
A
L
 
F
G
 
G
R
 
L
L
 
R
A
 
M
A
 
Q
G
 
K
T
 
T
R
 
P
G
 
A
-
 
A
-
 
E
-
 
I
T
 
T
A
 
P
D
 
R
I
 
V
D
 
M
E
 
E
V
 
A
Y
 
L
A
 
R
L
 
M
F
x
V
P
 
Q
I
 
L
-
 
E
-
 
T
L
 
F
A
 
A
E
 
Q
R
 
R
R
 
K
R
 
P
Q
 
H
E
 
Q
G
 
-
G
 
-
S
 
-
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
V
M
 
V
G
 
N
R
 
K
P
 
P
R
 
R
L
 
L
L
 
L
M
 
L
L
 
L
D
|
D
E
 
E
P
 
S
S
 
L
L
 
S
G
 
A
L
 
L
S
 
D
P
 
Y
L
 
K
M
 
L
A
 
R
A
 
K
Q
 
Q
V
 
M
F
 
Q
A
 
N
A
 
E
L
 
L
E
 
K
T
 
A
L
 
L
R
 
Q
R
 
R
S
 
K
-
 
L
G
 
G
L
 
I
T
 
T
I
 
F
L
 
V
L
 
F
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
D
A
 
Q
R
 
E
R
 
E
A
 
A
L
 
L
D
 
T
A
 
M
T
 
S
G
 
D
H
 
R
A
 
I
Y
 
V
V
 
V
L
 
M
E
 
R
Q
 
D
G
 
G
R
 
R
I
 
I
V
 
E
H
 
Q
Q
 
D
G
 
G
P
 
T
S
 
P
G
 
R
A
 
E
L
 
I
A
 
Y
R
 
E
D
 
E
P
 
P
A
 
K

Sites not aligning to the query:

5xu1B Structure of a non-canonical abc transporter from streptococcus pneumoniae r6 (see paper)
34% identity, 74% coverage: 14:188/238 of query aligns to 20:199/226 of 5xu1B

query
sites
5xu1B
I
 
L
R
 
Q
A
 
V
L
 
L
R
 
K
G
 
N
V
 
I
T
 
N
L
 
L
T
 
E
V
 
V
P
 
N
A
 
E
G
 
G
A
 
E
M
 
F
V
 
V
A
 
A
L
 
I
I
 
M
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
 
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
 
T
L
 
L
L
 
M
N
 
N
S
 
T
V
 
I
S
 
G
G
 
M
V
 
L
V
 
D
T
 
T
P
 
P
A
 
T
S
 
S
G
 
G
R
 
E
I
 
Y
R
 
Y
F
 
L
D
 
E
G
 
G
A
 
Q
E
 
E
I
 
V
A
 
A
G
 
G
L
 
L
P
 
G
A
 
E
H
 
K
R
 
Q
V
 
L
A
 
A
R
 
K
R
 
V
G
 
R
L
 
N
L
 
Q
Q
 
Q
V
 
I
P
 
G
E
 
F
G
 
V
R
 
F
Q
 
Q
-
 
Q
-
 
F
-
 
F
I
 
L
L
 
L
G
 
S
P
 
K
L
 
L
S
 
N
V
 
A
E
 
L
E
 
Q
N
 
N
L
 
V
R
 
E
L
 
L
G
 
P
R
 
L
L
 
I
A
 
Y
A
 
A
G
 
G
T
 
V
R
 
S
G
 
S
T
 
S
A
 
K
-
 
R
-
 
R
D
 
K
I
 
L
D
 
A
E
 
E
V
 
E
Y
 
Y
A
 
L
L
 
D
F
 
K
P
 
V
I
 
E
L
 
L
A
 
T
E
 
E
R
 
R
R
 
S
R
 
H
Q
 
H
E
 
L
G
 
P
G
 
S
S
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
V
G
 
N
R
 
N
P
 
P
R
 
S
L
 
I
L
 
I
M
 
L
L
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
L
 
G
G
 
A
L
 
L
S
 
D
P
 
T
L
 
K
M
 
T
A
 
G
A
 
N
Q
 
Q
V
 
I
F
 
M
A
 
Q
A
 
L
L
 
L
E
 
V
T
 
D
L
 
L
R
 
N
R
 
K
S
 
E
G
 
G
L
 
K
T
 
T
I
 
I
L
 
I
L
 
M
V
 
V

P0AAH0 Phosphate import ATP-binding protein PstB; ABC phosphate transporter; Phosphate-transporting ATPase; EC 7.3.2.1 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
28% identity, 94% coverage: 2:224/238 of query aligns to 11:244/257 of P0AAH0

query
sites
P0AAH0
L
 
I
E
 
Q
I
 
V
Q
 
R
D
 
N
L
 
L
V
 
N
T
 
F
A
 
Y
Y
 
Y
D
 
G
G
 
K
I
 
F
R
 
H
A
 
A
L
 
L
R
 
K
G
 
N
V
 
I
T
 
N
L
 
L
T
 
D
V
 
I
P
 
A
A
 
K
G
 
N
A
 
Q
M
 
V
V
 
T
A
 
A
L
 
F
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
 
G
A
 
C
G
|
G
K
|
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
N
 
R
S
 
T
V
 
F
S
 
N
G
 
K
V
 
M
V
 
F
T
 
E
-
 
L
-
 
Y
-
 
P
-
 
E
-
 
Q
P
 
R
A
 
A
S
 
E
G
 
G
R
 
E
I
 
I
R
 
L
F
 
L
D
 
D
G
 
G
A
 
D
E
 
N
I
 
I
A
 
L
G
 
T
L
 
N
P
 
S
A
 
Q
H
 
D
R
 
I
V
 
A
A
 
L
R
 
L
R
 
R
G
 
A
L
 
K
L
 
V
Q
 
G
V
 
M
P
 
V
E
 
F
G
 
Q
R
 
K
Q
 
P
I
 
T
L
 
P
G
 
F
P
 
P
L
 
M
S
 
S
V
 
I
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
I
R
 
A
L
 
F
G
 
G
R
 
V
L
 
R
A
 
L
A
 
F
G
 
E
T
 
K
R
 
L
G
 
S
T
 
R
A
 
A
D
 
D
I
 
M
D
 
D
E
 
E
-
 
R
-
 
V
-
 
Q
-
 
W
-
 
A
-
 
L
-
 
T
V
 
K
Y
 
A
A
 
A
L
 
L
F
 
W
P
 
N
I
 
E
L
 
T
A
 
K
E
 
D
R
 
K
R
 
L
R
 
H
Q
 
Q
E
 
S
G
 
G
G
 
Y
S
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
L
 
L
A
 
C
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
G
L
 
I
M
 
A
G
 
I
R
 
R
P
 
P
R
 
E
L
 
V
L
 
L
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
C
L
 
S
G
 
A
L
 
L
S
 
D
P
 
P
L
 
I
M
 
S
A
 
T
A
 
G
Q
 
R
V
 
I
F
 
E
A
 
E
A
 
L
L
 
I
E
 
T
T
 
E
L
 
L
R
 
K
R
 
Q
S
 
D
G
 
-
L
 
Y
T
 
T
I
 
V
L
 
V
L
 
I
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
N
A
 
M
R
 
Q
R
 
Q
A
 
A
L
 
A
D
 
R
A
 
C
T
 
S
G
 
D
H
 
H
A
 
T
Y
 
A
V
 
F
L
 
M
E
 
Y
Q
 
L
G
 
G
R
 
E
I
 
L
V
 
I
H
 
E
Q
 
F
G
 
S
P
 
N
S
 
T
G
 
D
A
 
D
L
 
L
A
 
F
R
 
T
D
 
K
P
 
P
A
 
A

Sites not aligning to the query:

4u00A Crystal structure of ttha1159 in complex with adp (see paper)
28% identity, 93% coverage: 1:221/238 of query aligns to 2:226/241 of 4u00A

query
sites
4u00A
M
 
I
L
 
I
E
 
R
I
 
I
Q
 
R
D
 
N
L
 
L
V
 
H
T
 
K
A
 
W
Y
x
F
D
 
G
G
 
P
I
 
L
R
 
H
A
x
V
L
 
L
R
 
K
G
 
G
V
 
I
T
 
H
L
 
L
T
 
E
V
 
V
P
 
A
A
 
P
G
 
G
A
 
E
M
 
K
V
 
L
A
 
V
L
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
I
N
 
R
S
 
T
V
 
I
S
 
N
G
 
R
V
 
L
V
 
E
T
 
D
P
 
F
A
 
Q
S
 
E
G
 
G
R
 
E
I
 
V
R
 
V
F
 
V
D
 
D
G
 
G
A
 
L
E
 
S
I
 
V
A
 
K
G
 
D
L
 
D
P
 
R
A
 
A
H
 
L
R
 
R
V
 
E
A
 
I
R
 
R
R
 
R
G
 
E
L
 
V
L
 
G
Q
 
M
V
 
V
P
 
F
E
 
Q
G
 
Q
R
 
F
Q
 
N
I
 
L
L
 
F
G
 
P
P
 
H
L
 
M
S
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
V
R
 
T
L
 
L
G
 
A
-
 
P
-
 
M
R
 
R
L
 
V
A
 
R
A
 
R
G
 
W
T
 
P
R
 
R
G
 
E
T
 
K
A
 
A
D
 
E
I
 
K
D
 
K
E
 
A
V
 
L
Y
 
E
A
 
L
L
 
L
F
 
E
P
 
R
I
 
V
-
 
G
L
 
I
A
 
L
E
 
D
R
 
Q
R
 
A
R
 
R
Q
 
K
E
 
Y
G
 
P
G
 
A
S
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
G
 
M
R
 
E
P
 
P
R
 
K
L
 
I
L
 
M
M
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
L
 
S
G
 
A
L
 
L
S
 
D
P
 
P
L
 
E
M
 
M
A
 
V
A
 
G
Q
 
E
V
 
V
F
 
L
A
 
D
A
 
V
L
 
M
E
 
R
T
 
D
L
 
L
R
 
A
R
 
Q
S
 
G
G
 
G
L
 
M
T
 
T
I
 
M
L
 
V
L
 
V
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
E
A
 
M
R
 
G
R
 
F
A
 
A
L
 
R
D
 
E
A
 
V
T
 
A
G
 
D
H
 
R
A
 
V
Y
 
V
V
 
F
L
 
M
E
 
D
Q
 
G
G
 
G
R
 
Q
I
 
I
V
 
V
H
 
E
Q
 
E
G
 
G
-
 
R
P
 
P
S
 
E
G
 
E
A
 
I
L
 
F
A
 
T
R
 
R

P04983 Ribose import ATP-binding protein RbsA; EC 7.5.2.7 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
26% identity, 95% coverage: 1:225/238 of query aligns to 4:234/501 of P04983

query
sites
P04983
M
 
L
L
 
L
E
 
Q
I
 
L
Q
 
K
D
 
G
L
 
I
V
 
D
T
 
K
A
 
A
Y
 
F
D
 
P
G
 
G
I
 
V
R
 
K
A
 
A
L
 
L
R
 
S
G
 
G
V
 
A
T
 
A
L
 
L
T
 
N
V
 
V
P
 
Y
A
 
P
G
 
G
A
 
R
M
 
V
V
 
M
A
 
A
L
 
L
I
 
V
G
 
G
P
 
E
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
|
K
S
 
S
T
 
T
L
 
M
L
 
M
N
 
K
S
 
V
V
 
L
S
 
T
G
 
G
V
 
I
V
 
Y
T
 
T
P
 
R
A
 
D
S
 
A
G
 
G
R
 
T
I
 
L
R
 
L
F
 
W
D
 
L
G
 
G
A
 
K
E
 
E
I
 
T
A
 
T
G
 
F
L
 
T
P
 
G
A
 
P
H
 
K
R
 
S
V
 
S
A
 
Q
R
 
E
R
 
A
G
 
G
L
 
I
L
 
G
Q
 
I
V
 
I
P
 
H
E
 
Q
G
 
E
R
 
L
Q
 
N
I
 
L
L
 
I
G
 
P
P
 
Q
L
 
L
S
 
T
V
 
I
E
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
I
R
 
F
L
 
L
G
 
G
R
 
R
L
 
E
A
 
F
A
 
V
G
 
N
T
 
R
R
 
F
G
 
G
T
 
K
A
 
I
D
 
D
I
 
W
D
 
K
E
 
T
V
 
M
Y
 
Y
A
 
A
-
 
E
-
 
A
-
 
D
-
 
K
L
 
L
F
 
L
P
 
A
I
 
K
L
 
L
A
 
N
E
 
L
R
 
R
R
 
F
R
 
K
Q
 
S
E
 
D
G
 
K
-
 
L
-
 
V
G
 
G
S
 
D
L
 
L
S
 
S
G
 
I
G
 
G
Q
 
D
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
M
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
K
A
 
V
L
 
L
M
 
S
G
 
F
R
 
E
P
 
S
R
 
K
L
 
V
L
 
I
M
 
I
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
L
 
D
G
 
A
L
 
L
S
 
T
P
 
D
L
 
T
M
 
E
A
 
T
A
 
E
Q
 
S
V
 
L
F
 
F
A
 
R
A
 
V
L
 
I
E
 
R
T
 
E
L
 
L
R
 
K
R
 
S
S
 
Q
G
 
G
L
 
R
T
 
G
I
 
I
L
 
V
L
 
Y
V
 
I
E
 
S
Q
 
H
N
 
R
A
 
M
R
 
K
R
 
E
A
 
I
L
 
F
D
 
E
A
 
I
T
 
C
G
 
D
H
 
D
A
 
V
Y
 
T
V
 
V
L
 
F
E
 
R
Q
 
D
G
 
G
R
 
Q
I
 
F
V
 
I
H
 
A
Q
 
E
G
 
R
P
 
E
S
 
V
G
 
A
A
 
S
L
 
L
A
 
T
R
 
E
D
 
D
P
 
S
A
 
L
V
 
I

P0A9R7 Cell division ATP-binding protein FtsE from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
32% identity, 80% coverage: 1:191/238 of query aligns to 1:196/222 of P0A9R7

query
sites
P0A9R7
M
 
M
L
 
I
E
 
R
I
 
F
Q
 
E
D
 
H
L
 
V
V
 
S
T
 
K
A
 
A
Y
 
Y
D
 
L
G
 
G
I
 
G
R
 
R
-
 
Q
A
 
A
L
 
L
R
 
Q
G
 
G
V
 
V
T
 
T
L
 
F
T
 
H
V
 
M
P
 
Q
A
 
P
G
 
G
A
 
E
M
 
M
V
 
A
A
 
F
L
 
L
I
 
T
G
 
G
P
 
H
N
 
S
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
|
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
N
 
K
S
 
L
V
 
I
S
x
C
G
 
G
V
 
I
V
 
E
T
 
R
P
 
P
A
 
S
S
 
A
G
 
G
R
 
K
I
 
I
R
 
W
F
 
F
D
 
S
G
 
G
A
 
H
E
 
D
I
 
I
A
 
T
G
 
R
L
 
L
P
 
K