SitesBLAST

SitesBLAST – Find functional sites

SitesBLAST

Comparing AZOBR_RS26075 FitnessBrowser__azobra:AZOBR_RS26075 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

6z1mA Structure of an ancestral glycosidase (family 1) bound to heme (see paper)
46% identity, 97% coverage: 7:438/444 of query aligns to 3:419/423 of 6z1mA

query
sites
6z1mA

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binding protoporphyrin ix containing fe: P164 (≠ F168), N165 (≠ S169), L194 (≠ V198), L195 (≠ N199), L218 (≠ H222), L220 (≠ R224), N244 (= N248), F247 (= F251), K253 (≠ L257), Y256 (= Y260), L288 (≠ M284), R318 (≠ E336), Y323 (= Y341)
binding magnesium ion: H346 (≠ V365), K409 (≠ A428)

4ptwA Halothermothrix orenii beta-glucosidase a, 2-deoxy-2-fluoro-glucose complex (see paper)
42% identity, 98% coverage: 6:441/444 of query aligns to 2:444/445 of 4ptwA

query
sites
4ptwA

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active site: R74 (= R78), H118 (= H122), E163 (= E167), V166 (= V170), N291 (= N290), Y293 (= Y292), E351 (= E349)
binding 2-deoxy-2-fluoro-alpha-D-glucopyranose: Q17 (= Q21), H118 (= H122), E163 (= E167), Y293 (= Y292), E351 (= E349), W398 (= W396), E405 (= E403), W406 (= W404)

4ptvA Halothermothrix orenii beta-glucosidase a, thiocellobiose complex (see paper)
42% identity, 98% coverage: 6:441/444 of query aligns to 2:444/445 of 4ptvA

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4hz7A Crystal structure of bglb with glucose (see paper)
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4hz7A

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2wc3A Structure of family 1 beta-glucosidase from thermotoga maritima in complex with 3-imino-2-oxa-(+)-8-epi-castanospermine (see paper)
44% identity, 97% coverage: 7:438/444 of query aligns to 5:437/442 of 2wc3A

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sites
2wc3A

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1oinA Family 1 b-glucosidase from thermotoga maritima (see paper)
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1oinA

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8ivyA Beta-glucosidase bgla mutant e166q in complex with glucose (see paper)
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sites
8ivyA

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5ossB Beta-glucosidase from thermotoga maritima in complex with gluco-1h- imidazole (see paper)
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5ossB

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binding (4~{S},5~{S},6~{R},7~{R})-7-(hydroxymethyl)-4,5,6,7-tetrahydro-1~{H}-benzimidazole-4,5,6-triol: Q18 (= Q21), H119 (= H122), E164 (= E167), Y293 (= Y292), E349 (= E349), W396 (= W396), E403 (= E403), W404 (= W404), F412 (= F412)

5n6tA Thermotoga maritima family 1 glycoside hydrolase complexed with a cyclophellitol analogue transition state mimic (see paper)
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sites
5n6tA

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5n6sA Thermotoga maritima family 1 glycoside hydrolase complexed with carba- cyclophellitol transition state mimic (see paper)
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2wc4A Structure of family 1 beta-glucosidase from thermotoga maritima in complex with 3-imino-2-thia-(+)-castanospermine (see paper)
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binding (3Z,5S,6R,7S,8R,8aS)-3-(octylimino)hexahydro[1,3]thiazolo[3,4-a]pyridine-5,6,7,8-tetrol: Q18 (= Q21), H119 (= H122), N163 (= N166), E164 (= E167), Y293 (= Y292), W322 (= W323), E349 (= E349), W396 (= W396), E403 (= E403), W404 (= W404), F412 (= F412)

2wbgA Structure of family 1 beta-glucosidase from thermotoga maritima in complex with 3-imino-2-oxa-(+)-castanospermine (see paper)
44% identity, 97% coverage: 7:438/444 of query aligns to 4:438/443 of 2wbgA

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2wbgA

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1w3jA Family 1 b-glucosidase from thermotoga maritima in complex with tetrahydrooxazine (see paper)
44% identity, 97% coverage: 7:438/444 of query aligns to 3:437/443 of 1w3jA

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1w3jA

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active site: R74 (= R78), H118 (= H122), E163 (= E167), V166 (= V170), N290 (= N290), Y292 (= Y292), E348 (= E349)
binding tetrahydrooxazine: Q17 (= Q21), H118 (= H122), E163 (= E167), Y292 (= Y292), E348 (= E349), W395 (= W396), E402 (= E403), W403 (= W404)

2jalB Beta-glucosidase from thermotoga maritima in complex with cyclophellitol (see paper)
44% identity, 97% coverage: 7:438/444 of query aligns to 5:439/444 of 2jalB

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2jalB

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1oifA Family 1 b-glucosidase from thermotoga maritima (see paper)
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2cesA Beta-glucosidase from thermotoga maritima in complex with glucoimidazole (see paper)
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2j78A Beta-glucosidase from thermotoga maritima in complex with gluco- hydroximolactam (see paper)
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binding (2s,3s,4r,5r)-6-(hydroxyamino)-2-(hydroxymethyl)-2,3,4,5-tetrahydropyridine-3,4,5-triol: Q18 (= Q21), H119 (= H122), N163 (= N166), E164 (= E167), Y293 (= Y292), E348 (= E349), W395 (= W396), E402 (= E403), W403 (= W404), F411 (= F412)

5ns8A Crystal structure of beta-glucosidase bglm-g1 mutant h75r from marine metagenome in complex with inhibitor 1-deoxynojirimycin (see paper)
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5ns8A

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2cbvA Beta-glucosidase from thermotoga maritima in complex with calystegine b2 (see paper)
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2cbvA

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1oimA Family 1 b-glucosidase from thermotoga maritima (see paper)
44% identity, 97% coverage: 7:438/444 of query aligns to 4:437/443 of 1oimA

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1oimA

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Query Sequence

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SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory