SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing AZOBR_RS27920 FitnessBrowser__azobra:AZOBR_RS27920 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

P00944 Xylose isomerase; D-xylulose keto-isomerase; EC 5.3.1.5 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
63% identity, 100% coverage: 3:435/435 of query aligns to 2:437/440 of P00944

query
sites
P00944
E
 
Q
A
 
A
Y
 
Y
F
 
F
T
 
D
G
 
Q
V
 
L
E
 
D
R
 
R
I
 
V
R
 
R
Y
 
Y
E
 
E
G
 
G
P
 
S
D
 
K
S
 
S
D
 
S
T
 
N
P
 
P
L
 
L
A
 
A
Y
 
F
R
 
R
W
 
H
Y
 
Y
D
 
N
P
 
P
D
 
D
R
 
E
M
 
L
V
 
V
L
 
L
G
 
G
R
 
K
R
 
R
M
 
M
A
 
E
D
 
E
H
 
H
L
 
L
R
 
R
V
 
F
A
 
A
V
 
A
C
 
C
Y
 
Y
W
 
W
H
 
H
S
 
T
F
 
F
C
 
C
W
 
W
P
 
N
G
 
G
S
 
A
D
 
D
P
 
M
F
 
F
G
 
G
G
 
V
G
 
G
T
 
A
L
 
F
D
 
N
R
 
R
P
 
P
W
 
W
M
 
Q
R
 
Q
A
 
P
G
 
G
D
 
E
P
 
A
V
 
L
A
 
A
L
 
L
A
 
A
E
 
K
A
 
R
K
 
K
M
 
A
D
 
D
V
 
V
A
 
A
F
 
F
E
 
E
L
 
F
F
 
F
G
 
H
K
 
K
L
 
L
G
 
H
V
 
V
P
 
P
F
 
F
F
 
Y
T
 
C
F
 
F
H
|
H
D
 
D
R
 
V
D
 
D
V
 
V
A
 
S
P
 
P
E
 
E
M
 
G
G
 
A
S
 
S
L
 
L
R
 
K
E
 
E
T
 
Y
Q
 
I
A
 
N
T
 
N
F
 
F
A
 
A
R
 
Q
L
 
M
T
 
V
E
 
D
R
 
V
L
 
L
Q
 
A
G
 
G
C
 
K
I
 
Q
E
 
E
R
 
E
S
 
S
G
 
G
V
 
V
K
 
K
L
 
L
L
 
L
W
 
W
G
 
G
T
 
T
A
 
A
N
 
N
L
 
C
F
 
F
S
 
T
H
 
N
P
 
P
R
 
R
Y
 
Y
M
 
G
A
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
A
T
 
T
N
 
N
P
 
P
D
 
D
P
 
P
E
 
E
V
 
V
F
 
F
A
 
S
C
 
W
A
 
A
A
 
A
A
 
T
Q
 
Q
V
 
V
R
 
V
D
 
T
A
 
A
L
 
M
E
 
E
A
 
A
T
 
T
H
 
H
R
 
K
L
 
L
G
 
G
G
 
G
V
 
E
N
 
N
Y
 
Y
V
 
V
L
 
L
W
 
W
G
 
G
G
 
G
R
 
R
E
 
E
G
 
G
Y
 
Y
D
 
E
T
 
T
L
 
L
L
 
L
N
 
N
T
 
T
D
 
D
M
 
L
A
 
R
R
 
Q
E
 
E
L
 
R
D
 
E
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
R
 
R
F
 
F
L
 
M
T
 
Q
M
 
M
V
 
V
V
 
V
E
 
E
H
 
H
K
 
K
H
 
H
K
 
K
I
 
I
G
 
G
F
 
F
T
 
Q
G
 
G
T
 
T
I
 
L
L
 
L
I
 
I
E
 
E
P
 
P
K
 
K
P
 
P
M
 
Q
E
 
E
P
 
P
T
 
T
K
 
K
H
 
H
Q
 
Q
Y
 
Y
D
 
D
H
 
Y
D
 
D
V
 
A
A
 
A
T
 
T
V
 
V
Y
 
Y
G
 
G
F
 
F
L
 
L
K
 
K
R
 
Q
Y
 
F
G
 
G
L
 
L
E
 
E
K
 
K
E
 
E
V
 
I
A
 
K
V
 
L
N
 
N
I
 
I
E
 
E
V
 
A
N
 
N
H
 
H
A
 
A
T
 
T
L
 
L
A
 
A
G
 
G
H
 
H
S
 
S
F
 
F
E
 
H
H
 
H
E
 
E
V
 
I
A
 
A
T
 
T
A
 
A
L
 
I
A
 
A
L
 
L
G
 
G
V
 
L
F
 
F
G
 
G
S
 
S
I
 
V
D
 
D
M
 
A
N
 
N
R
 
R
G
 
G
D
 
D
P
 
A
Q
 
Q
N
 
L
G
 
G
W
 
W
D
 
D
T
 
T
D
 
D
Q
 
Q
F
 
F
P
 
P
N
 
N
D
 
S
H
 
V
V
 
E
E
 
E
L
 
N
A
 
A
L
 
L
P
 
V
M
 
M
A
 
Y
R
 
E
I
 
I
L
 
L
E
 
K
S
 
A
G
 
G
G
 
G
F
 
F
T
 
T
T
 
T
G
 
G
G
 
G
F
 
L
N
 
N
F
 
F
D
 
D
A
 
A
K
 
K
I
 
V
R
 
R
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
V
 
T
E
 
D
P
 
K
D
 
Y
D
 
D
L
 
L
L
 
F
H
 
Y
A
 
G
H
 
H
V
 
I
G
 
G
G
 
A
I
 
M
D
 
D
T
 
T
L
 
M
A
 
A
R
 
L
A
 
A
L
 
L
L
 
K
A
 
I
G
 
A
A
 
A
R
 
R
L
 
M
V
 
I
E
 
E
D
 
D
G
 
G
R
 
E
L
 
L
R
 
D
S
 
K
L
 
R
R
 
I
A
 
A
E
 
Q
R
 
R
Y
 
Y
A
 
S
G
 
G
W
 
W
K
 
N
G
 
S
D
 
E
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
K
 
Q
L
 
I
L
 
L
G
 
K
G
 
G
-
 
Q
-
 
M
-
 
S
-
 
L
L
 
A
D
 
D
L
 
L
A
 
A
G
 
K
A
 
Y
A
 
A
D
 
Q
A
 
E
G
 
H
L
 
-
G
 
H
F
 
L
D
 
S
P
 
P
R
 
V
P
 
H
R
 
Q
S
 
S
G
 
G
R
 
R
Q
 
Q
E
 
E
M
 
Q
L
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
L
V
 
V
N
 
N
R
 
H
L
 
Y
V
 
L

1a0eA Xylose isomerase from thermotoga neapolitana
50% identity, 99% coverage: 5:435/435 of query aligns to 3:435/443 of 1a0eA

query
sites
1a0eA
Y
 
F
F
 
F
T
 
P
G
 
E
V
 
I
E
 
P
R
 
K
I
 
V
R
 
Q
Y
 
F
E
 
E
G
 
G
P
 
K
D
 
E
S
 
S
D
 
T
T
 
N
P
 
P
L
 
L
A
 
A
Y
 
F
R
 
K
W
 
F
Y
 
Y
D
 
D
P
 
P
D
 
E
R
 
E
M
 
I
V
 
I
L
 
D
G
 
G
R
 
K
R
 
P
M
 
L
A
 
K
D
 
D
H
 
H
L
 
L
R
 
K
V
 
F
A
 
S
V
 
V
C
 
A
Y
 
F
W
 
W
H
 
H
S
 
T
F
 
F
C
 
V
W
 
N
P
 
E
G
 
G
S
 
R
D
 
D
P
 
P
F
 
F
G
 
G
G
 
D
G
 
P
T
 
T
L
 
A
D
 
D
R
 
R
P
 
P
W
 
W
M
 
N
R
 
R
A
 
Y
G
 
T
D
 
D
P
 
P
V
 
M
A
 
D
L
 
K
A
 
A
E
 
F
A
 
A
K
 
R
M
 
V
D
 
D
V
 
A
A
 
L
F
 
F
E
 
E
L
 
F
F
 
C
G
 
E
K
 
K
L
 
L
G
 
N
V
 
I
P
 
E
F
 
Y
F
 
F
T
 
C
F
 
F
H
|
H
D
 
D
R
 
R
D
|
D
V
 
I
A
 
A
P
 
P
E
 
E
M
 
G
G
 
K
S
 
T
L
 
L
R
 
R
E
 
E
T
 
T
Q
 
N
A
 
K
T
 
I
F
 
L
A
 
D
R
 
K
L
 
V
T
 
V
E
 
E
R
 
R
L
 
I
Q
 
K
G
 
E
C
 
R
I
 
M
E
 
K
R
 
D
S
 
S
G
 
N
V
 
V
K
 
K
L
 
L
L
 
L
W
|
W
G
 
G
T
 
T
A
 
A
N
 
N
L
 
L
F
 
F
S
 
S
H
 
H
P
 
P
R
 
R
Y
 
Y
M
 
M
A
 
H
G
 
G
A
 
A
A
 
A
T
 
T
N
 
T
P
 
C
D
 
S
P
 
A
E
 
D
V
 
V
F
 
F
A
 
A
C
 
Y
A
 
A
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
V
 
V
R
 
K
D
 
K
A
 
A
L
 
L
E
 
E
A
 
I
T
 
T
H
 
K
R
 
E
L
 
L
G
 
G
G
 
G
V
 
E
N
 
G
Y
 
Y
V
 
V
L
 
F
W
 
W
G
 
G
G
 
G
R
 
R
E
 
E
G
 
G
Y
 
Y
D
 
E
T
 
T
L
 
L
L
 
L
N
 
N
T
 
T
D
 
D
M
 
L
A
 
G
R
 
F
E
 
E
L
 
L
D
 
E
Q
 
N
L
 
L
G
 
A
R
 
R
F
 
F
L
 
L
T
 
R
M
 
M
V
 
A
V
 
V
E
 
D
H
 
Y
K
 
A
H
 
K
K
 
R
I
 
I
G
 
G
F
 
F
T
 
T
G
 
G
T
 
Q
I
 
F
L
 
L
I
 
I
E
|
E
P
 
P
K
|
K
P
 
P
M
 
K
E
 
E
P
 
P
T
 
T
K
 
K
H
 
H
Q
 
Q
Y
 
Y
D
 
D
H
 
F
D
 
D
V
 
V
A
 
A
T
 
T
V
 
A
Y
 
Y
G
 
A
F
 
F
L
 
L
K
 
K
R
 
S
Y
 
H
G
 
G
L
 
L
E
 
D
K
 
E
E
 
Y
V
 
F
A
 
K
V
 
F
N
 
N
I
 
I
E
|
E
V
 
A
N
 
N
H
|
H
A
 
A
T
 
T
L
 
L
A
 
A
G
 
G
H
 
H
S
 
T
F
 
F
E
 
Q
H
 
H
E
 
E
V
 
L
A
 
R
T
 
M
A
 
A
L
 
R
A
 
I
L
 
L
G
 
G
V
 
K
F
 
L
G
 
G
S
 
S
I
 
I
D
|
D
M
 
A
N
 
N
R
 
Q
G
 
G
D
 
D
P
 
L
Q
 
L
N
 
L
G
 
G
W
 
W
D
|
D
T
 
T
D
|
D
Q
 
Q
F
 
F
P
 
P
N
 
T
D
 
N
H
 
V
V
 
Y
E
 
D
L
 
T
A
 
T
L
 
L
P
 
A
M
 
M
A
 
Y
R
 
E
I
 
V
L
 
I
E
 
K
S
 
A
G
 
G
G
 
G
F
 
F
T
 
T
T
 
K
G
 
G
G
 
G
F
 
L
N
 
N
F
 
F
D
|
D
A
 
A
K
 
K
I
 
V
R
 
R
R
 
R
Q
 
A
S
 
S
V
 
Y
E
 
K
P
 
V
D
 
E
D
 
D
L
 
L
L
 
F
H
 
I
A
 
G
H
 
H
V
 
I
G
 
A
G
 
G
I
 
M
D
 
D
T
 
T
L
 
F
A
 
A
R
 
L
A
 
G
L
 
F
L
 
K
A
 
V
G
 
A
A
 
Y
R
 
K
L
 
L
V
 
V
E
 
K
D
 
D
G
 
G
R
 
V
L
 
L
R
 
D
S
 
K
L
 
F
R
 
I
A
 
E
E
 
E
R
 
K
Y
 
Y
A
 
R
G
 
S
W
 
F
K
 
R
G
 
E
D
 
G
L
 
I
G
 
G
Q
 
R
K
 
D
L
 
I
L
 
V
-
 
E
G
 
G
G
 
K
L
 
V
D
 
D
L
 
F
A
 
E
G
 
K
A
 
L
A
 
E
D
 
E
A
 
Y
G
 
I
L
 
I
G
 
D
F
 
K
D
 
E
P
 
T
-
 
I
R
 
E
P
 
L
R
 
P
S
 
S
G
 
G
R
 
K
Q
 
Q
E
 
E
M
 
Y
L
 
L
E
 
E
N
 
S
L
 
L
V
 
I
N
 
N
R
 
S
L
 
Y
V
 
I

1a0cA Xylose isomerase from thermoanaerobacterium thermosulfurigenes
48% identity, 99% coverage: 5:435/435 of query aligns to 3:435/437 of 1a0cA

query
sites
1a0cA
Y
 
Y
F
 
F
T
 
E
G
 
N
V
 
V
E
 
S
R
 
K
I
 
I
R
 
K
Y
 
Y
E
 
E
G
 
G
P
 
P
D
 
K
S
 
S
D
 
N
T
 
N
P
 
P
L
 
Y
A
 
S
Y
 
F
R
 
K
W
 
F
Y
 
Y
D
 
N
P
 
P
D
 
E
R
 
E
M
 
V
V
 
I
L
 
D
G
 
G
R
 
K
R
 
T
M
 
M
A
 
E
D
 
E
H
 
H
L
 
L
R
 
R
V
 
F
A
 
S
V
 
I
C
 
A
Y
 
Y
W
 
W
H
 
H
S
 
T
F
 
F
C
 
T
W
 
A
P
 
D
G
 
G
S
 
T
D
 
D
P
 
Q
F
 
F
G
 
G
G
 
K
G
 
A
T
 
T
L
 
M
D
 
Q
R
 
R
P
 
P
W
 
W
M
 
N
R
 
H
A
 
Y
G
 
T
D
 
D
P
 
P
V
 
M
A
 
D
L
 
I
A
 
A
E
 
K
A
 
A
K
 
R
M
 
V
D
 
E
V
 
A
A
 
A
F
 
F
E
 
E
L
 
F
F
 
F
G
 
D
K
 
K
L
 
I
G
 
N
V
 
A
P
 
P
F
 
Y
F
 
F
T
 
C
F
 
F
H
|
H
D
 
D
R
 
R
D
|
D
V
 
I
A
 
A
P
 
P
E
 
E
M
 
G
G
 
D
S
 
T
L
 
L
R
 
R
E
 
E
T
 
T
Q
 
N
A
 
K
T
 
N
F
 
L
A
 
D
R
 
T
L
 
I
T
 
V
E
 
A
R
 
M
L
 
I
Q
 
K
G
 
D
C
 
Y
I
 
L
E
 
K
R
 
T
S
 
S
G
 
K
V
 
T
K
 
K
L
 
V
L
 
L
W
|
W
G
 
G
T
 
T
A
 
A
N
 
N
L
 
L
F
 
F
S
 
S
H
 
N
P
 
P
R
 
R
Y
 
F
M
 
V
A
 
H
G
 
G
A
 
A
A
 
S
T
 
T
N
 
S
P
 
C
D
 
N
P
 
A
E
 
D
V
 
V
F
 
F
A
 
A
C
 
Y
A
 
S
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
V
 
V
R
 
K
D
 
K
A
 
A
L
 
L
E
 
E
A
 
I
T
 
T
H
 
K
R
 
E
L
 
L
G
 
G
G
 
G
V
 
E
N
 
N
Y
 
Y
V
 
V
L
 
F
W
 
W
G
 
G
G
 
G
R
 
R
E
 
E
G
 
G
Y
 
Y
D
 
E
T
 
T
L
 
L
L
 
L
N
 
N
T
 
T
D
 
D
M
 
M
A
 
E
R
 
F
E
 
E
L
 
L
D
 
D
Q
 
N
L
 
F
G
 
A
R
 
R
F
 
F
L
 
L
T
 
H
M
 
M
V
 
A
V
 
V
E
 
D
H
 
Y
K
 
A
H
 
K
K
 
E
I
 
I
G
 
G
F
 
F
T
 
E
G
 
G
T
 
Q
I
 
F
L
 
L
I
 
I
E
|
E
P
 
P
K
|
K
P
 
P
M
 
K
E
 
E
P
 
P
T
 
T
K
 
K
H
 
H
Q
 
Q
Y
 
Y
D
 
D
H
 
F
D
 
D
V
 
V
A
 
A
T
 
N
V
 
V
Y
 
L
G
 
A
F
 
F
L
 
L
K
 
R
R
 
K
Y
 
Y
G
 
D
L
 
L
E
 
D
K
 
K
E
 
Y
V
 
F
A
 
K
V
 
V
N
 
N
I
 
I
E
|
E
V
 
A
N
 
N
H
|
H
A
 
A
T
 
T
L
 
L
A
 
A
G
 
F
H
 
H
S
 
D
F
 
F
E
 
Q
H
 
H
E
 
E
V
 
L
A
 
R
T
 
Y
A
 
A
L
 
R
A
 
I
L
 
N
G
 
G
V
 
V
F
 
L
G
 
G
S
 
S
I
 
I
D
|
D
M
 
A
N
 
N
R
 
T
G
 
G
D
 
D
P
 
M
Q
 
L
N
 
L
G
 
G
W
 
W
D
|
D
T
 
T
D
|
D
Q
 
Q
F
 
F
P
 
P
N
 
T
D
 
D
H
 
I
V
 
R
E
 
M
L
 
T
A
 
T
L
 
L
P
 
A
M
 
M
A
 
Y
R
 
E
I
 
V
L
 
I
E
 
K
S
 
M
G
 
G
G
 
G
F
 
F
T
 
D
T
 
K
G
 
G
G
 
G
F
 
L
N
 
N
F
 
F
D
|
D
A
 
A
K
 
K
I
 
V
R
 
R
R
 
R
Q
 
A
S
 
S
V
 
F
E
 
E
P
 
P
D
 
E
D
 
D
L
 
L
L
 
F
H
 
L
A
 
G
H
 
H
V
 
I
G
 
A
G
 
G
I
 
M
D
 
D
T
 
A
L
 
F
A
 
A
R
 
K
A
 
G
L
 
F
L
 
K
A
 
V
G
 
A
A
 
Y
R
 
K
L
 
L
V
 
V
E
 
K
D
 
D
G
 
R
R
 
V
L
 
F
R
 
D
S
 
K
L
 
F
R
 
I
A
 
E
E
 
E
R
 
R
Y
 
Y
A
 
A
G
 
S
W
 
Y
K
 
K
G
 
D
D
 
G
L
 
I
G
 
G
Q
 
A
K
 
D
L
 
I
L
 
V
G
 
S
G
 
G
-
 
K
L
 
A
D
 
D
L
 
F
A
 
R
G
 
S
A
 
L
A
 
E
D
 
K
A
 
Y
G
 
A
L
 
L
G
 
E
F
 
R
D
 
S
P
 
Q
-
 
I
R
 
V
P
 
N
R
 
K
S
 
S
G
 
G
R
 
R
Q
 
Q
E
 
E
M
 
L
L
 
L
E
 
E
N
 
S
L
 
I
V
 
L
N
 
N
R
 
Q
L
 
Y
V
 
L

5yn3A Crystal structure of xylose isomerase from piromyces sp. E2 (see paper)
48% identity, 98% coverage: 5:431/435 of query aligns to 3:431/435 of 5yn3A

query
sites
5yn3A
Y
 
Y
F
 
F
T
 
P
G
 
Q
V
 
I
E
 
Q
R
 
K
I
 
I
R
 
K
Y
 
F
E
 
E
G
 
G
P
 
K
D
 
D
S
 
S
D
 
K
T
 
N
P
 
P
L
 
L
A
 
A
Y
 
F
R
 
H
W
 
Y
Y
 
Y
D
 
D
P
 
A
D
 
E
R
 
K
M
 
E
V
 
V
L
 
M
G
 
G
R
 
K
R
 
K
M
 
M
A
 
K
D
 
D
H
 
W
L
 
L
R
 
R
V
 
F
A
 
A
V
 
M
C
 
A
Y
 
W
W
 
W
H
 
H
S
 
T
F
 
L
C
 
C
W
 
A
P
 
E
G
 
G
S
 
A
D
 
D
P
 
Q
F
 
F
G
 
G
G
 
G
G
 
G
T
 
T
L
 
K
D
 
S
R
 
F
P
 
P
W
 
W
M
 
N
R
 
E
A
 
G
G
 
T
D
 
D
P
 
A
V
 
I
A
 
E
L
 
I
A
 
A
E
 
K
A
 
Q
K
 
K
M
 
V
D
 
D
V
 
A
A
 
G
F
 
F
E
 
E
L
 
I
F
 
M
G
 
Q
K
 
K
L
 
L
G
 
G
V
 
I
P
 
P
F
 
Y
F
 
Y
T
 
C
F
 
F
H
|
H
D
 
D
R
 
V
D
|
D
V
 
L
A
 
V
P
 
S
E
 
E
M
 
G
G
 
N
S
 
S
L
 
I
R
 
E
E
 
E
T
 
Y
Q
 
E
A
 
S
T
 
N
F
 
L
A
 
K
R
 
A
L
 
V
T
 
V
E
 
A
R
 
Y
L
 
L
Q
 
K
G
 
E
C
 
K
I
 
Q
E
 
K
R
 
E
S
 
T
G
 
G
V
 
I
K
 
K
L
 
L
L
 
L
W
|
W
G
 
S
T
 
T
A
 
A
N
 
N
L
 
V
F
 
F
S
 
G
H
 
H
P
 
K
R
 
R
Y
 
Y
M
 
M
A
 
N
G
 
G
A
 
A
A
 
S
T
 
T
N
 
N
P
 
P
D
 
D
P
 
F
E
 
D
V
 
V
F
 
V
A
 
A
C
 
R
A
 
A
A
 
I
A
 
V
Q
 
Q
V
 
I
R
 
K
D
 
N
A
 
A
L
 
I
E
 
D
A
 
A
T
 
G
H
 
I
R
 
E
L
 
L
G
 
G
G
 
A
V
 
E
N
 
N
Y
 
Y
V
 
V
L
 
F
W
|
W
G
 
G
G
 
G
R
 
R
E
 
E
G
 
G
Y
 
Y
D
 
M
T
 
S
L
 
L
L
 
L
N
 
N
T
 
T
D
 
D
M
 
Q
A
 
K
R
 
R
E
 
E
L
 
K
D
 
E
Q
 
H
L
 
M
G
 
A
R
 
T
F
 
M
L
 
L
T
 
T
M
 
M
V
 
A
V
 
R
E
 
D
H
 
Y
K
 
A
H
 
R
K
 
S
I
 
K
G
 
G
F
 
F
T
 
K
G
 
G
T
 
T
I
 
F
L
 
L
I
 
I
E
|
E
P
 
P
K
|
K
P
 
P
M
 
M
E
 
E
P
 
P
T
 
T
K
 
K
H
 
H
Q
 
Q
Y
 
Y
D
 
D
H
 
V
D
 
D
V
 
T
A
 
E
T
 
T
V
 
A
Y
 
I
G
 
G
F
 
F
L
 
L
K
 
K
R
 
A
Y
 
H
G
 
N
L
 
L
E
 
D
K
 
K
E
 
D
V
 
F
A
 
K
V
 
V
N
 
N
I
 
I
E
|
E
V
 
V
N
 
N
H
|
H
A
 
A
T
 
T
L
 
L
A
 
A
G
 
G
H
 
H
S
 
T
F
 
F
E
 
E
H
 
H
E
 
E
V
 
L
A
 
A
T
 
C
A
 
A
L
 
V
A
 
D
L
 
A
G
 
G
V
 
M
F
 
L
G
 
G
S
 
S
I
 
I
D
|
D
M
 
A
N
 
N
R
 
R
G
 
G
D
 
D
P
 
Y
Q
 
Q
N
 
N
G
 
G
W
 
W
D
|
D
T
 
T
D
|
D
Q
 
Q
F
 
F
P
 
P
N
 
I
D
 
D
H
 
Q
V
 
Y
E
 
E
L
 
L
A
 
V
L
 
Q
P
 
A
M
 
W
A
 
M
R
 
E
I
 
I
L
 
I
E
 
R
S
 
G
G
 
G
G
 
G
F
 
F
T
 
V
T
 
T
G
 
G
G
 
G
F
 
T
N
 
N
F
 
F
D
|
D
A
 
A
K
 
K
I
 
T
R
 
R
R
 
R
Q
 
N
S
 
S
V
 
T
E
 
D
P
 
L
D
 
E
D
 
D
L
 
I
L
 
I
H
 
I
A
 
A
H
 
H
V
 
V
G
 
S
G
 
G
I
 
M
D
 
D
T
 
A
L
 
M
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
L
 
E
A
 
N
G
 
A
A
 
A
R
 
K
L
 
L
V
 
L
E
 
Q
D
 
E
G
 
S
R
 
P
L
 
Y
R
 
T
S
 
K
L
 
M
R
 
K
A
 
K
E
 
E
R
 
R
Y
 
Y
A
 
A
G
 
S
W
 
F
K
 
D
G
 
S
D
 
G
L
 
I
G
 
G
Q
 
K
K
 
D
L
 
F
L
 
E
-
 
D
G
 
G
G
 
K
L
 
L
D
 
T
L
 
L
A
 
E
G
 
Q
A
 
V
A
 
Y
D
 
E
A
 
Y
G
 
G
-
 
K
L
 
K
G
 
N
F
 
G
D
 
E
P
 
P
R
 
K
P
 
Q
R
 
T
S
 
S
G
 
G
R
 
K
Q
 
Q
E
 
E
M
 
L
L
 
Y
E
 
E
N
 
A
L
 
I
V
 
V

5nhcA Crystal structure of xylose isomerase from piromyces e2 in complex with two co2+ ions and xylulose (see paper)
48% identity, 98% coverage: 5:431/435 of query aligns to 4:432/436 of 5nhcA

query
sites
5nhcA
Y
 
Y
F
 
F
T
 
P
G
 
Q
V
 
I
E
 
Q
R
 
K
I
 
I
R
 
K
Y
 
F
E
 
E
G
 
G
P
 
K
D
 
D
S
 
S
D
 
K
T
 
N
P
 
P
L
 
L
A
 
A
Y
 
F
R
 
H
W
 
Y
Y
 
Y
D
 
D
P
 
A
D
 
E
R
 
K
M
 
E
V
 
V
L
 
M
G
 
G
R
 
K
R
 
K
M
 
M
A
 
K
D
 
D
H
 
W
L
 
L
R
 
R
V
 
F
A
 
A
V
 
M
C
 
A
Y
 
W
W
|
W
H
 
H
S
 
T
F
 
L
C
 
C
W
 
A
P
 
E
G
 
G
S
 
A
D
 
D
P
 
Q
F
 
F
G
 
G
G
 
G
G
 
G
T
 
T
L
 
K
D
 
S
R
 
F
P
 
P
W
 
W
M
 
N
R
 
E
A
 
G
G
 
T
D
 
D
P
 
A
V
 
I
A
 
E
L
 
I
A
 
A
E
 
K
A
 
Q
K
 
K
M
 
V
D
 
D
V
 
A
A
 
G
F
 
F
E
 
E
L
 
I
F
 
M
G
 
Q
K
 
K
L
 
L
G
 
G
V
 
I
P
 
P
F
 
Y
F
 
Y
T
 
C
F
 
F
H
|
H
D
 
D
R
 
V
D
|
D
V
 
L
A
 
V
P
 
S
E
 
E
M
 
G
G
 
N
S
 
S
L
 
I
R
 
E
E
 
E
T
 
Y
Q
 
E
A
 
S
T
 
N
F
 
L
A
 
K
R
 
A
L
 
V
T
 
V
E
 
A
R
 
Y
L
 
L
Q
 
K
G
 
E
C
 
K
I
 
Q
E
 
K
R
 
E
S
 
T
G
 
G
V
 
I
K
 
K
L
 
L
L
 
L
W
|
W
G
 
S
T
 
T
A
 
A
N
 
N
L
 
V
F
 
F
S
 
G
H
 
H
P
 
K
R
 
R
Y
 
Y
M
 
M
A
 
N
G
 
G
A
 
A
A
 
S
T
 
T
N
 
N
P
 
P
D
 
D
P
 
F
E
 
D
V
 
V
F
 
V
A
 
A
C
 
R
A
 
A
A
 
I
A
 
V
Q
 
Q
V
 
I
R
 
K
D
 
N
A
 
A
L
 
I
E
 
D
A
 
A
T
 
G
H
 
I
R
 
E
L
 
L
G
 
G
G
 
A
V
 
E
N
 
N
Y
 
Y
V
 
V
L
 
F
W
|
W
G
 
G
G
 
G
R
 
R
E
 
E
G
 
G
Y
 
Y
D
 
M
T
 
S
L
 
L
L
 
L
N
 
N
T
 
T
D
 
D
M
 
Q
A
 
K
R
 
R
E
 
E
L
 
K
D
 
E
Q
 
H
L
 
M
G
 
A
R
 
T
F
 
M
L
 
L
T
 
T
M
 
M
V
 
A
V
 
R
E
 
D
H
 
Y
K
 
A
H
 
R
K
 
S
I
 
K
G
 
G
F
 
F
T
 
K
G
 
G
T
 
T
I
 
F
L
 
L
I
 
I
E
|
E
P
 
P
K
|
K
P
 
P
M
 
M
E
 
E
P
 
P
T
 
T
K
 
K
H
 
H
Q
 
Q
Y
 
Y
D
 
D
H
 
V
D
 
D
V
 
T
A
 
E
T
 
T
V
 
A
Y
 
I
G
 
G
F
 
F
L
 
L
K
 
K
R
 
A
Y
 
H
G
 
N
L
 
L
E
 
D
K
 
K
E
 
D
V
 
F
A
 
K
V
 
V
N
 
N
I
 
I
E
|
E
V
 
V
N
 
N
H
|
H
A
 
A
T
 
T
L
 
L
A
 
A
G
 
G
H
 
H
S
 
T
F
 
F
E
 
E
H
 
H
E
 
E
V
 
L
A
 
A
T
 
C
A
 
A
L
 
V
A
 
D
L
 
A
G
|
G
V
 
M
F
x
L
G
 
G
S
 
S
I
 
I
D
|
D
M
 
A
N
 
N
R
 
R
G
 
G
D
 
D
P
 
Y
Q
 
Q
N
 
N
G
 
G
W
 
W
D
|
D
T
 
T
D
|
D
Q
 
Q
F
 
F
P
 
P
N
 
I
D
 
D
H
 
Q
V
 
Y
E
 
E
L
 
L
A
 
V
L
 
Q
P
 
A
M
 
W
A
 
M
R
 
E
I
 
I
L
 
I
E
 
R
S
x
G
G
 
G
G
|
G
F
 
F
T
x
V
T
 
T
G
 
G
G
 
G
F
 
T
N
 
N
F
 
F
D
|
D
A
 
A
K
 
K
I
 
T
R
 
R
R
 
R
Q
 
N
S
 
S
V
 
T
E
 
D
P
 
L
D
 
E
D
 
D
L
 
I
L
 
I
H
 
I
A
 
A
H
 
H
V
 
V
G
 
S
G
 
G
I
 
M
D
 
D
T
 
A
L
 
M
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
L
 
E
A
 
N
G
 
A
A
 
A
R
 
K
L
 
L
V
 
L
E
 
Q
D
 
E
G
 
S
R
 
P
L
 
Y
R
 
T
S
 
K
L
 
M
R
 
K
A
 
K
E
 
E
R
 
R
Y
 
Y
A
 
A
G
 
S
W
 
F
K
 
D
G
 
S
D
 
G
L
 
I
G
 
G
Q
 
K
K
 
D
L
 
F
L
 
E
-
 
D
G
 
G
G
 
K
L
 
L
D
 
T
L
 
L
A
 
E
G
 
Q
A
 
V
A
 
Y
D
 
E
A
 
Y
G
 
G
-
 
K
L
 
K
G
 
N
F
 
G
D
 
E
P
 
P
R
 
K
P
 
Q
R
 
T
S
 
S
G
 
G
R
 
K
Q
 
Q
E
 
E
M
 
L
L
 
Y
E
 
E
N
 
A
L
 
I
V
 
V

5nhaA Crystal structure of xylose isomerase from piromyces sp. E2 in complex with two mn2+ ions and sorbitol (see paper)
48% identity, 98% coverage: 5:431/435 of query aligns to 4:432/436 of 5nhaA

query
sites
5nhaA
Y
 
Y
F
 
F
T
 
P
G
 
Q
V
 
I
E
 
Q
R
 
K
I
 
I
R
 
K
Y
 
F
E
 
E
G
 
G
P
 
K
D
 
D
S
 
S
D
 
K
T
 
N
P
 
P
L
 
L
A
 
A
Y
 
F
R
 
H
W
 
Y
Y
 
Y
D
 
D
P
 
A
D
 
E
R
 
K
M
 
E
V
 
V
L
 
M
G
 
G
R
 
K
R
 
K
M
 
M
A
 
K
D
 
D
H
 
W
L
 
L
R
 
R
V
 
F
A
 
A
V
 
M
C
 
A
Y
 
W
W
|
W
H
 
H
S
 
T
F
 
L
C
 
C
W
 
A
P
 
E
G
 
G
S
 
A
D
 
D
P
 
Q
F
 
F
G
 
G
G
 
G
G
 
G
T
 
T
L
 
K
D
 
S
R
 
F
P
 
P
W
 
W
M
 
N
R
 
E
A
 
G
G
 
T
D
 
D
P
 
A
V
 
I
A
 
E
L
 
I
A
 
A
E
 
K
A
 
Q
K
 
K
M
 
V
D
 
D
V
 
A
A
 
G
F
 
F
E
 
E
L
 
I
F
 
M
G
 
Q
K
 
K
L
 
L
G
 
G
V
 
I
P
 
P
F
 
Y
F
 
Y
T
 
C
F
 
F
H
|
H
D
 
D
R
 
V
D
|
D
V
 
L
A
 
V
P
 
S
E
 
E
M
 
G
G
 
N
S
 
S
L
 
I
R
 
E
E
 
E
T
 
Y
Q
 
E
A
 
S
T
 
N
F
 
L
A
 
K
R
 
A
L
 
V
T
 
V
E
 
A
R
 
Y
L
 
L
Q
 
K
G
 
E
C
 
K
I
 
Q
E
 
K
R
 
E
S
 
T
G
 
G
V
 
I
K
 
K
L
 
L
L
 
L
W
|
W
G
 
S
T
 
T
A
 
A
N
 
N
L
 
V
F
 
F
S
 
G
H
 
H
P
 
K
R
 
R
Y
 
Y
M
 
M
A
 
N
G
 
G
A
 
A
A
 
S
T
 
T
N
 
N
P
 
P
D
 
D
P
 
F
E
 
D
V
 
V
F
 
V
A
 
A
C
 
R
A
 
A
A
 
I
A
 
V
Q
 
Q
V
 
I
R
 
K
D
 
N
A
 
A
L
 
I
E
 
D
A
 
A
T
 
G
H
 
I
R
 
E
L
 
L
G
 
G
G
 
A
V
 
E
N
 
N
Y
 
Y
V
 
V
L
 
F
W
|
W
G
 
G
G
 
G
R
 
R
E
 
E
G
 
G
Y
 
Y
D
 
M
T
 
S
L
 
L
L
 
L
N
 
N
T
 
T
D
 
D
M
 
Q
A
 
K
R
 
R
E
 
E
L
 
K
D
 
E
Q
 
H
L
 
M
G
 
A
R
 
T
F
 
M
L
 
L
T
 
T
M
 
M
V
 
A
V
 
R
E
 
D
H
 
Y
K
 
A
H
 
R
K
 
S
I
 
K
G
 
G
F
 
F
T
 
K
G
 
G
T
 
T
I
 
F
L
 
L
I
 
I
E
|
E
P
 
P
K
|
K
P
 
P
M
 
M
E
 
E
P
 
P
T
 
T
K
 
K
H
 
H
Q
 
Q
Y
 
Y
D
 
D
H
 
V
D
 
D
V
 
T
A
 
E
T
 
T
V
 
A
Y
 
I
G
 
G
F
 
F
L
 
L
K
 
K
R
 
A
Y
 
H
G
 
N
L
 
L
E
 
D
K
 
K
E
 
D
V
 
F
A
 
K
V
 
V
N
 
N
I
 
I
E
|
E
V
 
V
N
 
N
H
|
H
A
 
A
T
 
T
L
 
L
A
 
A
G
 
G
H
 
H
S
 
T
F
 
F
E
 
E
H
 
H
E
 
E
V
 
L
A
 
A
T
 
C
A
 
A
L
 
V
A
 
D
L
 
A
G
 
G
V
 
M
F
 
L
G
 
G
S
 
S
I
 
I
D
|
D
M
 
A
N
 
N
R
 
R
G
 
G
D
 
D
P
 
Y
Q
 
Q
N
 
N
G
 
G
W
 
W
D
|
D
T
 
T
D
|
D
Q
 
Q
F
 
F
P
 
P
N
 
I
D
 
D
H
 
Q
V
 
Y
E
 
E
L
 
L
A
 
V
L
 
Q
P
 
A
M
 
W
A
 
M
R
 
E
I
 
I
L
 
I
E
 
R
S
 
G
G
 
G
G
 
G
F
 
F
T
 
V
T
 
T
G
 
G
G
 
G
F
 
T
N
 
N
F
 
F
D
|
D
A
 
A
K
 
K
I
 
T
R
 
R
R
 
R
Q
 
N
S
 
S
V
 
T
E
 
D
P
 
L
D
 
E
D
 
D
L
 
I
L
 
I
H
 
I
A
 
A
H
 
H
V
 
V
G
 
S
G
 
G
I
 
M
D
 
D
T
 
A
L
 
M
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
L
 
E
A
 
N
G
 
A
A
 
A
R
 
K
L
 
L
V
 
L
E
 
Q
D
 
E
G
 
S
R
 
P
L
 
Y
R
 
T
S
 
K
L
 
M
R
 
K
A
 
K
E
 
E
R
 
R
Y
 
Y
A
 
A
G
 
S
W
 
F
K
 
D
G
 
S
D
 
G
L
 
I
G
 
G
Q
 
K
K
 
D
L
 
F
L
 
E
-
 
D
G
 
G
G
 
K
L
 
L
D
 
T
L
 
L
A
 
E
G
 
Q
A
 
V
A
 
Y
D
 
E
A
 
Y
G
 
G
-
 
K
L
 
K
G
 
N
F
 
G
D
 
E
P
 
P
R
 
K
P
 
Q
R
 
T
S
 
S
G
 
G
R
 
K
Q
 
Q
E
 
E
M
 
L
L
 
Y
E
 
E
N
 
A
L
 
I
V
 
V

5nh9A Crystal structure of xylose isomerase from piromyces e2 in complex with two mn2+ ions and xylose (see paper)
48% identity, 98% coverage: 5:431/435 of query aligns to 4:432/436 of 5nh9A

query
sites
5nh9A
Y
 
Y
F
 
F
T
 
P
G
 
Q
V
 
I
E
 
Q
R
 
K
I
 
I
R
 
K
Y
 
F
E
 
E
G
 
G
P
 
K
D
 
D
S
 
S
D
 
K
T
 
N
P
 
P
L
 
L
A
 
A
Y
 
F
R
 
H
W
 
Y
Y
 
Y
D
 
D
P
 
A
D
 
E
R
 
K
M
 
E
V
 
V
L
 
M
G
 
G
R
 
K
R
 
K
M
 
M
A
 
K
D
 
D
H
 
W
L
 
L
R
 
R
V
 
F
A
 
A
V
 
M
C
 
A
Y
 
W
W
|
W
H
 
H
S
 
T
F
 
L
C
 
C
W
 
A
P
 
E
G
 
G
S
 
A
D
 
D
P
 
Q
F
 
F
G
 
G
G
 
G
G
|
G
T
 
T
L
x
K
D
x
S
R
 
F
P
 
P
W
 
W
M
 
N
R
 
E
A
 
G
G
 
T
D
 
D
P
 
A
V
 
I
A
 
E
L
 
I
A
 
A
E
 
K
A
 
Q
K
 
K
M
 
V
D
 
D
V
 
A
A
 
G
F
 
F
E
 
E
L
 
I
F
 
M
G
 
Q
K
 
K
L
 
L
G
 
G
V
 
I
P
 
P
F
 
Y
F
 
Y
T
 
C
F
 
F
H
|
H
D
 
D
R
 
V
D
|
D
V
 
L
A
 
V
P
 
S
E
 
E
M
 
G
G
 
N
S
 
S
L
 
I
R
 
E
E
 
E
T
 
Y
Q
 
E
A
 
S
T
 
N
F
 
L
A
 
K
R
 
A
L
 
V
T
 
V
E
 
A
R
 
Y
L
 
L
Q
 
K
G
 
E
C
 
K
I
 
Q
E
 
K
R
 
E
S
 
T
G
 
G
V
 
I
K
 
K
L
 
L
L
 
L
W
|
W
G
 
S
T
 
T
A
 
A
N
 
N
L
 
V
F
 
F
S
 
G
H
 
H
P
 
K
R
 
R
Y
 
Y
M
 
M
A
 
N
G
 
G
A
 
A
A
 
S
T
 
T
N
 
N
P
 
P
D
 
D
P
 
F
E
 
D
V
 
V
F
 
V
A
 
A
C
 
R
A
 
A
A
 
I
A
 
V
Q
 
Q
V
 
I
R
 
K
D
 
N
A
 
A
L
 
I
E
 
D
A
 
A
T
 
G
H
 
I
R
 
E
L
 
L
G
 
G
G
 
A
V
 
E
N
 
N
Y
 
Y
V
 
V
L
 
F
W
|
W
G
 
G
G
 
G
R
 
R
E
 
E
G
 
G
Y
 
Y
D
 
M
T
 
S
L
 
L
L
 
L
N
 
N
T
 
T
D
 
D
M
 
Q
A
x
K
R
 
R
E
 
E
L
x
K
D
 
E
Q
 
H
L
 
M
G
 
A
R
 
T
F
 
M
L
 
L
T
 
T
M
 
M
V
 
A
V
 
R
E
 
D
H
 
Y
K
 
A
H
 
R
K
 
S
I
 
K
G
 
G
F
 
F
T
 
K
G
 
G
T
 
T
I
 
F
L
 
L
I
 
I
E
|
E
P
 
P
K
|
K
P
 
P
M
 
M
E
 
E
P
 
P
T
 
T
K
 
K
H
 
H
Q
 
Q
Y
 
Y
D
 
D
H
 
V
D
 
D
V
 
T
A
 
E
T
 
T
V
 
A
Y
 
I
G
 
G
F
 
F
L
 
L
K
 
K
R
 
A
Y
x
H
G
 
N
L
 
L
E
 
D
K
 
K
E
 
D
V
 
F
A
 
K
V
 
V
N
 
N
I
 
I
E
|
E
V
 
V
N
 
N
H
|
H
A
 
A
T
 
T
L
 
L
A
 
A
G
 
G
H
 
H
S
 
T
F
 
F
E
 
E
H
 
H
E
 
E
V
 
L
A
 
A
T
 
C
A
 
A
L
 
V
A
x
D
L
x
A
G
 
G
V
 
M
F
 
L
G
 
G
S
 
S
I
 
I
D
|
D
M
 
A
N
 
N
R
 
R
G
 
G
D
 
D
P
 
Y
Q
 
Q
N
 
N
G
 
G
W
 
W
D
|
D
T
 
T
D
|
D
Q
 
Q
F
 
F
P
 
P
N
 
I
D
 
D
H
 
Q
V
 
Y
E
 
E
L
 
L
A
 
V
L
 
Q
P
 
A
M
 
W
A
 
M
R
 
E
I
 
I
L
 
I
E
 
R
S
 
G
G
 
G
G
 
G
F
 
F
T
 
V
T
 
T
G
 
G
G
 
G
F
 
T
N
 
N
F
 
F
D
|
D
A
 
A
K
 
K
I
 
T
R
 
R
R
 
R
Q
 
N
S
 
S
V
 
T
E
 
D
P
 
L
D
 
E
D
 
D
L
 
I
L
 
I
H
 
I
A
 
A
H
 
H
V
 
V
G
 
S
G
 
G
I
 
M
D
 
D
T
 
A
L
 
M
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
L
 
E
A
 
N
G
 
A
A
 
A
R
 
K
L
 
L
V
 
L
E
 
Q
D
 
E
G
 
S
R
 
P
L
 
Y
R
 
T
S
 
K
L
 
M
R
 
K
A
 
K
E
 
E
R
 
R
Y
 
Y
A
 
A
G
 
S
W
 
F
K
 
D
G
 
S
D
 
G
L
 
I
G
 
G
Q
 
K
K
 
D
L
 
F
L
 
E
-
 
D
G
 
G
G
 
K
L
 
L
D
 
T
L
 
L
A
 
E
G
 
Q
A
 
V
A
 
Y
D
 
E
A
 
Y
G
 
G
-
 
K
L
 
K
G
 
N
F
 
G
D
 
E
P
 
P
R
 
K
P
 
Q
R
 
T
S
 
S
G
 
G
R
 
K
Q
 
Q
E
 
E
M
 
L
L
 
Y
E
 
E
N
 
A
L
 
I
V
 
V

5nh7A Crystal structure of xylose isomerase from piromyces e2 in complex with two mg2+ ions and xylose (see paper)
48% identity, 98% coverage: 5:431/435 of query aligns to 4:432/436 of 5nh7A

query
sites
5nh7A
Y
 
Y
F
 
F
T
 
P
G
 
Q
V
 
I
E
 
Q
R
 
K
I
 
I
R
 
K
Y
 
F
E
 
E
G
 
G
P
 
K
D
 
D
S
 
S
D
 
K
T
 
N
P
|
P
L
 
L
A
 
A
Y
 
F
R
 
H
W
 
Y
Y
 
Y
D
 
D
P
 
A
D
 
E
R
 
K
M
 
E
V
 
V
L
 
M
G
 
G
R
 
K
R
 
K
M
 
M
A
 
K
D
|
D
H
 
W
L
 
L
R
 
R
V
 
F
A
 
A
V
 
M
C
 
A
Y
 
W
W
|
W
H
 
H
S
 
T
F
 
L
C
 
C
W
 
A
P
 
E
G
 
G
S
 
A
D
 
D
P
 
Q
F
 
F
G
 
G
G
 
G
G
|
G
T
 
T
L
x
K
D
x
S
R
 
F
P
 
P
W
 
W
M
 
N
R
 
E
A
 
G
G
 
T
D
 
D
P
 
A
V
 
I
A
 
E
L
 
I
A
 
A
E
 
K
A
 
Q
K
 
K
M
 
V
D
 
D
V
 
A
A
 
G
F
 
F
E
 
E
L
 
I
F
 
M
G
 
Q
K
 
K
L
 
L
G
 
G
V
 
I
P
 
P
F
x
Y
F
 
Y
T
 
C
F
 
F
H
|
H
D
 
D
R
 
V
D
|
D
V
 
L
A
 
V
P
 
S
E
 
E
M
 
G
G
 
N
S
 
S
L
 
I
R
 
E
E
 
E
T
 
Y
Q
 
E
A
 
S
T
 
N
F
 
L
A
 
K
R
 
A
L
 
V
T
 
V
E
 
A
R
 
Y
L
 
L
Q
 
K
G
 
E
C
 
K
I
 
Q
E
 
K
R
 
E
S
 
T
G
 
G
V
 
I
K
|
K
L
 
L
L
 
L
W
|
W
G
 
S
T
 
T
A
 
A
N
 
N
L
 
V
F
 
F
S
 
G
H
 
H
P
 
K
R
 
R
Y
 
Y
M
 
M
A
 
N
G
 
G
A
 
A
A
 
S
T
 
T
N
 
N
P
 
P
D
 
D
P
 
F
E
 
D
V
 
V
F
 
V
A
 
A
C
 
R
A
 
A
A
 
I
A
 
V
Q
 
Q
V
 
I
R
 
K
D
 
N
A
 
A
L
 
I
E
 
D
A
 
A
T
 
G
H
 
I
R
 
E
L
 
L
G
 
G
G
 
A
V
 
E
N
 
N
Y
 
Y
V
 
V
L
 
F
W
|
W
G
 
G
G
 
G
R
 
R
E
 
E
G
 
G
Y
 
Y
D
 
M
T
 
S
L
 
L
L
 
L
N
 
N
T
 
T
D
 
D
M
 
Q
A
 
K
R
 
R
E
 
E
L
 
K
D
 
E
Q
 
H
L
 
M
G
 
A
R
 
T
F
 
M
L
 
L
T
 
T
M
 
M
V
 
A
V
 
R
E
 
D
H
 
Y
K
 
A
H
 
R
K
 
S
I
 
K
G
 
G
F
 
F
T
 
K
G
 
G
T
 
T
I
 
F
L
 
L
I
 
I
E
|
E
P
 
P
K
|
K
P
 
P
M
 
M
E
 
E
P
 
P
T
 
T
K
 
K
H
 
H
Q
 
Q
Y
 
Y
D
 
D
H
 
V
D
 
D
V
 
T
A
 
E
T
 
T
V
 
A
Y
 
I
G
 
G
F
 
F
L
 
L
K
 
K
R
 
A
Y
 
H
G
 
N
L
 
L
E
 
D
K
 
K
E
 
D
V
 
F
A
 
K
V
 
V
N
 
N
I
 
I
E
|
E
V
 
V
N
 
N
H
|
H
A
 
A
T
 
T
L
 
L
A
 
A
G
 
G
H
 
H
S
 
T
F
 
F
E
 
E
H
 
H
E
 
E
V
 
L
A
 
A
T
 
C
A
 
A
L
 
V
A
 
D
L
 
A
G
 
G
V
 
M
F
 
L
G
 
G
S
 
S
I
 
I
D
|
D
M
 
A
N
 
N
R
 
R
G
 
G
D
 
D
P
 
Y
Q
 
Q
N
 
N
G
 
G
W
 
W
D
|
D
T
 
T
D
|
D
Q
 
Q
F
 
F
P
 
P
N
 
I
D
 
D
H
 
Q
V
 
Y
E
 
E
L
 
L
A
 
V
L
 
Q
P
 
A
M
 
W
A
 
M
R
 
E
I
 
I
L
 
I
E
 
R
S
 
G
G
 
G
G
 
G
F
 
F
T
 
V
T
 
T
G
 
G
G
 
G
F
 
T
N
 
N
F
 
F
D
|
D
A
 
A
K
 
K
I
 
T
R
 
R
R
 
R
Q
 
N
S
 
S
V
 
T
E
 
D
P
 
L
D
x
E
D
 
D
L
 
I
L
 
I
H
 
I
A
 
A
H
 
H
V
 
V
G
 
S
G
 
G
I
 
M
D
 
D
T
 
A
L
 
M
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
L
 
E
A
 
N
G
 
A
A
 
A
R
 
K
L
 
L
V
 
L
E
 
Q
D
 
E
G
 
S
R
 
P
L
 
Y
R
 
T
S
 
K
L
 
M
R
 
K
A
 
K
E
 
E
R
 
R
Y
 
Y
A
 
A
G
 
S
W
 
F
K
 
D
G
 
S
D
 
G
L
 
I
G
 
G
Q
 
K
K
 
D
L
 
F
L
 
E
-
 
D
G
 
G
G
 
K
L
 
L
D
 
T
L
 
L
A
 
E
G
 
Q
A
 
V
A
 
Y
D
 
E
A
 
Y
G
 
G
-
 
K
L
 
K
G
 
N
F
 
G
D
 
E
P
 
P
R
 
K
P
 
Q
R
 
T
S
 
S
G
 
G
R
 
K
Q
 
Q
E
 
E
M
 
L
L
 
Y
E
 
E
N
 
A
L
 
I
V
 
V

5nh6A Crystal structure of xylose isomerase from piromyces e2 complexed with one mg2+ ion and xylitol (see paper)
48% identity, 98% coverage: 5:431/435 of query aligns to 4:432/436 of 5nh6A

query
sites
5nh6A
Y
 
Y
F
 
F
T
 
P
G
 
Q
V
 
I
E
 
Q
R
 
K
I
 
I
R
 
K
Y
 
F
E
 
E
G
 
G
P
 
K
D
 
D
S
 
S
D
 
K
T
 
N
P
 
P
L
 
L
A
 
A
Y
 
F
R
 
H
W
 
Y
Y
 
Y
D
 
D
P
 
A
D
 
E
R
 
K
M
 
E
V
 
V
L
 
M
G
 
G
R
 
K
R
 
K
M
 
M
A
 
K
D
 
D
H
 
W
L
 
L
R
 
R
V
 
F
A
 
A
V
 
M
C
 
A
Y
 
W
W
|
W
H
 
H
S
 
T
F
 
L
C
 
C
W
 
A
P
 
E
G
 
G
S
 
A
D
 
D
P
 
Q
F
 
F
G
 
G
G
 
G
G
 
G
T
 
T
L
 
K
D
 
S
R
 
F
P
 
P
W
 
W
M
 
N
R
 
E
A
 
G
G
 
T
D
 
D
P
 
A
V
 
I
A
 
E
L
 
I
A
 
A
E
 
K
A
 
Q
K
 
K
M
 
V
D
 
D
V
 
A
A
 
G
F
 
F
E
 
E
L
 
I
F
 
M
G
 
Q
K
 
K
L
 
L
G
 
G
V
 
I
P
 
P
F
 
Y
F
 
Y
T
 
C
F
 
F
H
|
H
D
 
D
R
 
V
D
|
D
V
 
L
A
 
V
P
 
S
E
 
E
M
 
G
G
 
N
S
 
S
L
 
I
R
 
E
E
 
E
T
 
Y
Q
 
E
A
 
S
T
 
N
F
 
L
A
 
K
R
 
A
L
 
V
T
 
V
E
 
A
R
 
Y
L
 
L
Q
 
K
G
 
E
C
 
K
I
 
Q
E
 
K
R
 
E
S
 
T
G
 
G
V
 
I
K
 
K
L
 
L
L
 
L
W
|
W
G
 
S
T
 
T
A
 
A
N
 
N
L
 
V
F
 
F
S
 
G
H
 
H
P
 
K
R
 
R
Y
 
Y
M
 
M
A
 
N
G
 
G
A
 
A
A
 
S
T
 
T
N
 
N
P
 
P
D
 
D
P
 
F
E
 
D
V
 
V
F
 
V
A
 
A
C
 
R
A
 
A
A
 
I
A
 
V
Q
 
Q
V
 
I
R
 
K
D
 
N
A
 
A
L
 
I
E
 
D
A
 
A
T
 
G
H
 
I
R
 
E
L
 
L
G
 
G
G
 
A
V
 
E
N
 
N
Y
 
Y
V
 
V
L
 
F
W
|
W
G
 
G
G
 
G
R
 
R
E
 
E
G
 
G
Y
 
Y
D
 
M
T
 
S
L
 
L
L
 
L
N
 
N
T
 
T
D
 
D
M
 
Q
A
 
K
R
 
R
E
 
E
L
 
K
D
 
E
Q
 
H
L
 
M
G
 
A
R
 
T
F
 
M
L
 
L
T
 
T
M
 
M
V
 
A
V
 
R
E
 
D
H
 
Y
K
 
A
H
 
R
K
 
S
I
 
K
G
 
G
F
 
F
T
 
K
G
 
G
T
 
T
I
 
F
L
 
L
I
 
I
E
|
E
P
 
P
K
|
K
P
 
P
M
 
M
E
 
E
P
 
P
T
 
T
K
 
K
H
 
H
Q
 
Q
Y
 
Y
D
 
D
H
 
V
D
 
D
V
 
T
A
 
E
T
 
T
V
 
A
Y
 
I
G
 
G
F
 
F
L
 
L
K
 
K
R
 
A
Y
 
H
G
 
N
L
 
L
E
 
D
K
 
K
E
 
D
V
 
F
A
 
K
V
 
V
N
 
N
I
 
I
E
|
E
V
 
V
N
 
N
H
|
H
A
 
A
T
 
T
L
 
L
A
 
A
G
 
G
H
 
H
S
 
T
F
 
F
E
 
E
H
 
H
E
 
E
V
 
L
A
 
A
T
 
C
A
 
A
L
 
V
A
 
D
L
 
A
G
 
G
V
 
M
F
 
L
G
 
G
S
 
S
I
 
I
D
|
D
M
 
A
N
 
N
R
 
R
G
 
G
D
 
D
P
 
Y
Q
 
Q
N
 
N
G
 
G
W
 
W
D
|
D
T
 
T
D
|
D
Q
 
Q
F
 
F
P
 
P
N
 
I
D
 
D
H
 
Q
V
 
Y
E
 
E
L
 
L
A
 
V
L
 
Q
P
 
A
M
 
W
A
 
M
R
 
E
I
 
I
L
 
I
E
 
R
S
 
G
G
 
G
G
 
G
F
 
F
T
 
V
T
 
T
G
 
G
G
 
G
F
 
T
N
 
N
F
 
F
D
|
D
A
 
A
K
 
K
I
 
T
R
 
R
R
 
R
Q
 
N
S
 
S
V
 
T
E
 
D
P
 
L
D
 
E
D
 
D
L
 
I
L
 
I
H
 
I
A
 
A
H
 
H
V
 
V
G
 
S
G
 
G
I
 
M
D
 
D
T
 
A
L
 
M
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
L
 
E
A
 
N
G
 
A
A
 
A
R
 
K
L
 
L
V
 
L
E
 
Q
D
 
E
G
 
S
R
 
P
L
 
Y
R
 
T
S
 
K
L
 
M
R
 
K
A
 
K
E
 
E
R
 
R
Y
 
Y
A
 
A
G
 
S
W
 
F
K
 
D
G
 
S
D
 
G
L
 
I
G
 
G
Q
 
K
K
 
D
L
 
F
L
 
E
-
 
D
G
 
G
G
 
K
L
 
L
D
 
T
L
 
L
A
 
E
G
 
Q
A
 
V
A
 
Y
D
 
E
A
 
Y
G
 
G
-
 
K
L
 
K
G
 
N
F
 
G
D
 
E
P
 
P
R
 
K
P
 
Q
R
 
T
S
 
S
G
 
G
R
 
K
Q
 
Q
E
 
E
M
 
L
L
 
Y
E
 
E
N
 
A
L
 
I
V
 
V

5nh5A Crystal structure of native xylose isomerase from piromyces e2 (see paper)
48% identity, 98% coverage: 5:431/435 of query aligns to 4:432/436 of 5nh5A

query
sites
5nh5A
Y
 
Y
F
 
F
T
 
P
G
 
Q
V
 
I
E
 
Q
R
 
K
I
 
I
R
 
K
Y
 
F
E
 
E
G
 
G
P
 
K
D
 
D
S
 
S
D
 
K
T
 
N
P
 
P
L
 
L
A
 
A
Y
 
F
R
 
H
W
 
Y
Y
 
Y
D
 
D
P
 
A
D
 
E
R
 
K
M
 
E
V
 
V
L
 
M
G
 
G
R
 
K
R
 
K
M
 
M
A
 
K
D
 
D
H
 
W
L
 
L
R
 
R
V
 
F
A
 
A
V
 
M
C
 
A
Y
 
W
W
 
W
H
 
H
S
 
T
F
 
L
C
 
C
W
 
A
P
 
E
G
 
G
S
 
A
D
 
D
P
 
Q
F
 
F
G
 
G
G
 
G
G
 
G
T
 
T
L
 
K
D
 
S
R
 
F
P
 
P
W
 
W
M
 
N
R
 
E
A
 
G
G
 
T
D
 
D
P
 
A
V
 
I
A
 
E
L
 
I
A
 
A
E
 
K
A
 
Q
K
 
K
M
 
V
D
 
D
V
 
A
A
 
G
F
 
F
E
 
E
L
 
I
F
 
M
G
 
Q
K
 
K
L
 
L
G
 
G
V
 
I
P
 
P
F
 
Y
F
 
Y
T
 
C
F
 
F
H
|
H
D
 
D
R
 
V
D
|
D
V
 
L
A
 
V
P
 
S
E
 
E
M
 
G
G
 
N
S
 
S
L
 
I
R
 
E
E
 
E
T
 
Y
Q
 
E
A
 
S
T
 
N
F
 
L
A
 
K
R
 
A
L
 
V
T
 
V
E
 
A
R
 
Y
L
 
L
Q
 
K
G
 
E
C
 
K
I
 
Q
E
 
K
R
 
E
S
 
T
G
 
G
V
 
I
K
 
K
L
 
L
L
 
L
W
|
W
G
 
S
T
 
T
A
 
A
N
 
N
L
 
V
F
 
F
S
 
G
H
 
H
P
 
K
R
 
R
Y
 
Y
M
 
M
A
 
N
G
 
G
A
 
A
A
 
S
T
 
T
N
 
N
P
 
P
D
 
D
P
 
F
E
 
D
V
 
V
F
 
V
A
 
A
C
 
R
A
 
A
A
 
I
A
 
V
Q
 
Q
V
 
I
R
 
K
D
 
N
A
 
A
L
 
I
E
 
D
A
 
A
T
 
G
H
 
I
R
 
E
L
 
L
G
 
G
G
 
A
V
 
E
N
 
N
Y
 
Y
V
 
V
L
 
F
W
 
W
G
 
G
G
 
G
R
 
R
E
 
E
G
 
G
Y
 
Y
D
 
M
T
 
S
L
 
L
L
 
L
N
 
N
T
 
T
D
 
D
M
 
Q
A
 
K
R
 
R
E
 
E
L
 
K
D
 
E
Q
 
H
L
 
M
G
 
A
R
 
T
F
 
M
L
 
L
T
 
T
M
 
M
V
 
A
V
 
R
E
 
D
H
 
Y
K
 
A
H
 
R
K
 
S
I
 
K
G
 
G
F
 
F
T
 
K
G
 
G
T
 
T
I
 
F
L
 
L
I
 
I
E
|
E
P
 
P
K
|
K
P
 
P
M
 
M
E
 
E
P
 
P
T
 
T
K
 
K
H
 
H
Q
 
Q
Y
 
Y
D
 
D
H
 
V
D
 
D
V
 
T
A
 
E
T
 
T
V
 
A
Y
 
I
G
 
G
F
 
F
L
 
L
K
 
K
R
 
A
Y
 
H
G
 
N
L
 
L
E
 
D
K
 
K
E
 
D
V
 
F
A
 
K
V
 
V
N
 
N
I
 
I
E
|
E
V
 
V
N
 
N
H
|
H
A
 
A
T
 
T
L
 
L
A
 
A
G
 
G
H
 
H
S
 
T
F
 
F
E
 
E
H
 
H
E
 
E
V
 
L
A
 
A
T
 
C
A
 
A
L
 
V
A
 
D
L
 
A
G
 
G
V
 
M
F
 
L
G
 
G
S
 
S
I
 
I
D
|
D
M
 
A
N
 
N
R
 
R
G
 
G
D
 
D
P
 
Y
Q
 
Q
N
 
N
G
 
G
W
 
W
D
|
D
T
 
T
D
|
D
Q
 
Q
F
 
F
P
 
P
N
 
I
D
 
D
H
 
Q
V
 
Y
E
 
E
L
 
L
A
 
V
L
 
Q
P
 
A
M
 
W
A
 
M
R
 
E
I
 
I
L
 
I
E
 
R
S
 
G
G
 
G
G
 
G
F
 
F
T
 
V
T
 
T
G
 
G
G
 
G
F
 
T
N
 
N
F
 
F
D
|
D
A
 
A
K
 
K
I
 
T
R
 
R
R
 
R
Q
 
N
S
 
S
V
 
T
E
 
D
P
 
L
D
 
E
D
 
D
L
 
I
L
 
I
H
 
I
A
 
A
H
 
H
V
 
V
G
 
S
G
 
G
I
 
M
D
 
D
T
 
A
L
 
M
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
L
 
E
A
 
N
G
 
A
A
 
A
R
 
K
L
 
L
V
 
L
E
 
Q
D
 
E
G
 
S
R
 
P
L
 
Y
R
 
T
S
 
K
L
 
M
R
 
K
A
 
K
E
 
E
R
 
R
Y
 
Y
A
 
A
G
 
S
W
 
F
K
 
D
G
 
S
D
 
G
L
 
I
G
 
G
Q
 
K
K
 
D
L
 
F
L
 
E
-
 
D
G
 
G
G
 
K
L
 
L
D
 
T
L
 
L
A
 
E
G
 
Q
A
 
V
A
 
Y
D
 
E
A
 
Y
G
 
G
-
 
K
L
 
K
G
 
N
F
 
G
D
 
E
P
 
P
R
 
K
P
 
Q
R
 
T
S
 
S
G
 
G
R
 
K
Q
 
Q
E
 
E
M
 
L
L
 
Y
E
 
E
N
 
A
L
 
I
V
 
V

5nh4A Crystal structure of xylose isomerase from piromyces e2 in complex with one mg2+ ions and glycerol (see paper)
48% identity, 98% coverage: 5:431/435 of query aligns to 4:432/436 of 5nh4A

query
sites
5nh4A
Y
 
Y
F
 
F
T
 
P
G
 
Q
V
 
I
E
 
Q
R
 
K
I
 
I
R
 
K
Y
 
F
E
 
E
G
 
G
P
 
K
D
 
D
S
 
S
D
 
K
T
 
N
P
 
P
L
 
L
A
 
A
Y
 
F
R
 
H
W
 
Y
Y
 
Y
D
 
D
P
 
A
D
 
E
R
 
K
M
 
E
V
 
V
L
 
M
G
 
G
R
 
K
R
 
K
M
 
M
A
 
K
D
 
D
H
 
W
L
 
L
R
 
R
V
 
F
A
 
A
V
 
M
C
 
A
Y
 
W
W
 
W
H
 
H
S
 
T
F
 
L
C
 
C
W
 
A
P
 
E
G
 
G
S
 
A
D
 
D
P
 
Q
F
 
F
G
 
G
G
 
G
G
 
G
T
 
T
L
 
K
D
 
S
R
 
F
P
 
P
W
 
W
M
 
N
R
 
E
A
 
G
G
 
T
D
 
D
P
 
A
V
 
I
A
 
E
L
 
I
A
 
A
E
 
K
A
 
Q
K
 
K
M
 
V
D
 
D
V
 
A
A
 
G
F
 
F
E
 
E
L
 
I
F
 
M
G
 
Q
K
 
K
L
 
L
G
 
G
V
 
I
P
 
P
F
 
Y
F
 
Y
T
 
C
F
 
F
H
|
H
D
 
D
R
 
V
D
|
D
V
 
L
A
 
V
P
 
S
E
 
E
M
 
G
G
 
N
S
 
S
L
 
I
R
 
E
E
 
E
T
 
Y
Q
 
E
A
 
S
T
 
N
F
 
L
A
 
K
R
 
A
L
 
V
T
 
V
E
 
A
R
 
Y
L
 
L
Q
 
K
G
 
E
C
 
K
I
 
Q
E
 
K
R
 
E
S
 
T
G
 
G
V
 
I
K
 
K
L
 
L
L
 
L
W
|
W
G
 
S
T
 
T
A
 
A
N
 
N
L
 
V
F
 
F
S
 
G
H
 
H
P
 
K
R
 
R
Y
 
Y
M
 
M
A
 
N
G
 
G
A
 
A
A
 
S
T
 
T
N
 
N
P
 
P
D
 
D
P
 
F
E
 
D
V
 
V
F
 
V
A
 
A
C
 
R
A
 
A
A
 
I
A
 
V
Q
 
Q
V
 
I
R
 
K
D
 
N
A
 
A
L
 
I
E
 
D
A
 
A
T
 
G
H
 
I
R
 
E
L
 
L
G
 
G
G
 
A
V
 
E
N
 
N
Y
 
Y
V
 
V
L
 
F
W
 
W
G
 
G
G
 
G
R
 
R
E
 
E
G
 
G
Y
 
Y
D
 
M
T
 
S
L
 
L
L
 
L
N
 
N
T
 
T
D
 
D
M
 
Q
A
 
K
R
 
R
E
 
E
L
 
K
D
 
E
Q
 
H
L
 
M
G
 
A
R
 
T
F
 
M
L
 
L
T
 
T
M
 
M
V
 
A
V
 
R
E
 
D
H
 
Y
K
 
A
H
 
R
K
 
S
I
 
K
G
 
G
F
 
F
T
 
K
G
 
G
T
 
T
I
 
F
L
 
L
I
 
I
E
|
E
P
 
P
K
|
K
P
 
P
M
 
M
E
 
E
P
 
P
T
 
T
K
 
K
H
 
H
Q
 
Q
Y
 
Y
D
 
D
H
 
V
D
 
D
V
 
T
A
 
E
T
 
T
V
 
A
Y
 
I
G
 
G
F
 
F
L
 
L
K
 
K
R
 
A
Y
 
H
G
 
N
L
 
L
E
 
D
K
 
K
E
 
D
V
 
F
A
 
K
V
 
V
N
 
N
I
 
I
E
|
E
V
 
V
N
 
N
H
|
H
A
 
A
T
 
T
L
 
L
A
 
A
G
 
G
H
 
H
S
 
T
F
 
F
E
 
E
H
 
H
E
 
E
V
 
L
A
 
A
T
 
C
A
 
A
L
 
V
A
 
D
L
 
A
G
 
G
V
 
M
F
 
L
G
 
G
S
 
S
I
 
I
D
|
D
M
 
A
N
 
N
R
 
R
G
 
G
D
 
D
P
 
Y
Q
 
Q
N
 
N
G
 
G
W
 
W
D
|
D
T
 
T
D
|
D
Q
 
Q
F
 
F
P
 
P
N
 
I
D
 
D
H
 
Q
V
 
Y
E
 
E
L
 
L
A
 
V
L
 
Q
P
 
A
M
 
W
A
 
M
R
 
E
I
 
I
L
 
I
E
 
R
S
 
G
G
 
G
G
 
G
F
 
F
T
 
V
T
 
T
G
 
G
G
 
G
F
 
T
N
 
N
F
 
F
D
|
D
A
 
A
K
 
K
I
 
T
R
 
R
R
 
R
Q
 
N
S
 
S
V
 
T
E
 
D
P
 
L
D
 
E
D
 
D
L
 
I
L
 
I
H
 
I
A
 
A
H
 
H
V
 
V
G
 
S
G
 
G
I
 
M
D
 
D
T
 
A
L
 
M
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
L
 
E
A
 
N
G
 
A
A
 
A
R
 
K
L
 
L
V
 
L
E
 
Q
D
 
E
G
 
S
R
 
P
L
 
Y
R
 
T
S
 
K
L
 
M
R
 
K
A
 
K
E
 
E
R
 
R
Y
 
Y
A
 
A
G
 
S
W
 
F
K
 
D
G
 
S
D
 
G
L
 
I
G
 
G
Q
 
K
K
 
D
L
 
F
L
 
E
-
 
D
G
 
G
G
 
K
L
 
L
D
 
T
L
 
L
A
 
E
G
 
Q
A
 
V
A
 
Y
D
 
E
A
 
Y
G
 
G
-
 
K
L
 
K
G
 
N
F
 
G
D
 
E
P
 
P
R
 
K
P
 
Q
R
 
T
S
 
S
G
 
G
R
 
K
Q
 
Q
E
 
E
M
 
L
L
 
Y
E
 
E
N
 
A
L
 
I
V
 
V

4xkmA Crystal structure of xylose isomerase from an human intestinal tract microbe bacteroides thetaiotaomicron
50% identity, 98% coverage: 5:432/435 of query aligns to 3:432/435 of 4xkmA

query
sites
4xkmA
Y
 
F
F
 
F
T
 
P
G
 
G
V
 
I
E
 
E
R
 
K
I
 
I
R
 
K
Y
 
F
E
 
E
G
 
G
P
 
K
D
 
D
S
 
S
D
 
K
T
 
N
P
 
P
L
 
M
A
 
A
Y
x
F
R
 
R
W
 
Y
Y
 
Y
D
 
D
P
 
A
D
x
E
R
 
K
M
 
V
V
 
I
L
 
N
G
 
G
R
 
K
R
 
K
M
 
M
A
 
K
D
 
D
H
 
W
L
 
L
R
 
R
V
 
F
A
 
A
V
 
M
C
 
A
Y
 
W
W
 
W
H
 
H
S
 
T
F
 
L
C
 
C
W
 
A
P
 
E
G
 
G
S
 
G
D
 
D
P
 
Q
F
 
F
G
 
G
G
 
G
G
 
G
T
 
T
L
 
K
D
 
Q
R
 
F
P
 
P
W
 
W
M
 
N
R
 
G
A
 
N
G
 
A
D
 
D
P
 
A
V
 
I
A
 
Q
L
 
A
A
 
A
E
 
K
A
 
D
K
 
K
M
 
M
D
 
D
V
 
A
A
 
G
F
 
F
E
 
E
L
 
F
F
 
M
G
 
Q
K
 
K
L
 
M
G
 
G
V
 
I
P
 
E
F
 
Y
F
 
Y
T
 
C
F
 
F
H
|
H
D
 
D
R
 
V
D
|
D
V
 
L
A
 
V
P
 
S
E
 
E
M
 
G
G
 
A
S
 
S
L
 
V
R
 
E
E
 
E
T
 
Y
Q
 
E
A
 
A
T
 
N
F
 
L
A
 
K
R
 
E
L
 
I
T
 
V
E
 
A
R
 
Y
L
 
A
Q
 
K
G
 
Q
C
 
K
I
 
Q
E
 
A
R
 
E
S
 
T
G
 
G
V
 
I
K
 
K
L
 
L
L
 
L
W
|
W
G
 
G
T
 
T
A
 
A
N
 
N
L
 
V
F
 
F
S
 
G
H
 
H
P
 
A
R
 
R
Y
 
Y
M
 
M
A
 
N
G
 
G
A
 
A
A
 
A
T
 
T
N
 
N
P
 
P
D
 
D
P
 
F
E
 
D
V
 
V
F
 
V
A
 
A
C
 
R
A
 
A
A
 
A
A
 
V
Q
 
Q
V
 
I
R
 
K
D
 
N
A
 
A
L
 
I
E
 
D
A
 
A
T
 
T
H
 
I
R
 
E
L
 
L
G
 
G
G
 
G
V
 
E
N
 
N
Y
 
Y
V
 
V
L
 
F
W
 
W
G
 
G
G
 
G
R
 
R
E
 
E
G
 
G
Y
 
Y
D
 
M
T
 
S
L
 
L
L
 
L
N
 
N
T
 
T
D
 
D
M
 
Q
A
 
K
R
 
R
E
 
E
L
 
K
D
 
E
Q
 
H
L
 
L
G
 
A
R
 
Q
F
 
M
L
 
L
T
 
T
M
 
I
V
 
A
V
 
R
E
 
D
H
 
Y
K
 
A
H
 
R
K
 
A
I
 
R
G
 
G
F
 
F
T
 
K
G
 
G
T
 
T
I
 
F
L
 
L
I
 
I
E
|
E
P
 
P
K
|
K
P
 
P
M
 
M
E
 
E
P
 
P
T
 
T
K
 
K
H
 
H
Q
 
Q
Y
 
Y
D
 
D
H
 
V
D
 
D
V
 
T
A
 
E
T
 
T
V
 
V
Y
 
I
G
 
G
F
 
F
L
 
L
K
 
K
R
 
A
Y
 
H
G
 
G
L
 
L
E
 
D
K
 
K
E
 
D
V
 
F
A
 
K
V
 
V
N
 
N
I
 
I
E
|
E
V
 
V
N
 
N
H
|
H
A
 
A
T
 
T
L
 
L
A
 
A
G
 
G
H
 
H
S
 
T
F
 
F
E
 
E
H
 
H
E
 
E
V
 
L
A
 
A
T
 
V
A
 
A
L
 
V
A
 
D
L
 
N
G
 
G
V
 
M
F
 
L
G
 
G
S
 
S
I
 
I
D
|
D
M
 
A
N
 
N
R
 
R
G
 
G
D
 
D
P
 
Y
Q
 
Q
N
 
N
G
 
G
W
 
W
D
|
D
T
 
T
D
|
D
Q
 
Q
F
 
F
P
 
P
N
 
I
D
 
D
H
 
N
V
 
Y
E
 
E
L
 
L
A
 
T
L
 
Q
P
 
A
M
 
M
A
 
M
R
 
Q
I
 
I
L
 
I
E
 
R
S
 
N
G
 
G
G
 
G
F
 
L
T
 
G
T
 
T
G
 
G
G
 
G
F
 
T
N
 
N
F
 
F
D
|
D
A
 
A
K
 
K
I
 
T
R
 
R
R
 
R
Q
 
N
S
 
S
V
 
T
E
 
D
P
 
L
D
 
E
D
 
D
L
 
I
L
 
F
H
 
I
A
 
A
H
 
H
V
 
I
G
 
A
G
 
G
I
 
M
D
 
D
T
 
A
L
 
M
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
L
 
E
A
 
S
G
 
A
A
 
A
R
 
A
L
 
L
V
 
L
E
 
D
D
 
E
G
 
S
R
 
P
L
 
Y
R
 
K
S
 
K
L
 
M
R
 
L
A
 
A
E
 
D
R
 
R
Y
 
Y
A
 
A
G
 
S
W
 
F
K
 
D
G
 
G
D
 
G
L
 
K
G
 
G
Q
 
K
K
 
E
L
 
F
L
 
E
-
 
D
G
 
G
G
 
K
L
 
L
D
 
T
L
 
L
A
 
E
G
 
D
-
 
V
A
 
V
A
 
A
D
 
Y
A
 
A
G
 
K
L
 
T
G
 
K
F
 
G
D
 
E
P
 
P
R
 
K
P
 
Q
R
 
T
S
 
S
G
 
G
R
 
K
Q
 
Q
E
 
E
M
 
L
L
 
Y
E
 
E
N
 
A
L
 
I
V
 
L
N
 
N

1a0dA Xylose isomerase from bacillus stearothermophilus
49% identity, 99% coverage: 5:435/435 of query aligns to 2:433/437 of 1a0dA

query
sites
1a0dA
Y
 
Y
F
 
F
T
 
D
G
 
N
V
 
I
E
 
S
R
 
T
I
 
I
R
 
A
Y
 
Y
E
 
E
G
 
G
P
 
P
D
 
A
S
 
S
D
 
K
T
 
N
P
 
P
L
 
L
A
 
A
Y
 
F
R
 
K
W
 
F
Y
 
Y
D
 
N
P
 
P
D
 
E
R
 
E
M
 
K
V
 
V
L
 
G
G
 
D
R
 
K
R
 
T
M
 
M
A
 
E
D
 
E
H
 
H
L
 
L
R
 
R
V
 
F
A
 
S
V
 
V
C
 
A
Y
 
Y
W
 
W
H
 
H
S
 
T
F
 
F
C
 
T
W
 
G
P
 
D
G
 
G
S
 
S
D
 
D
P
 
P
F
 
F
G
 
G
G
 
A
G
 
G
T
 
N
L
 
M
D
 
I
R
 
R
P
 
P
W
 
W
M
 
N
R
 
K
A
 
Y
G
 
S
D
 
G
P
 
-
V
 
M
A
 
D
L
 
L
A
 
A
E
 
K
A
 
A
K
 
R
M
 
V
D
 
E
V
 
A
A
 
A
F
 
F
E
 
E
L
 
F
F
 
F
G
 
E
K
 
K
L
 
L
G
 
N
V
 
I
P
 
P
F
 
F
F
 
F
T
 
C
F
 
F
H
|
H
D
 
D
R
 
V
D
|
D
V
 
I
A
 
A
P
 
P
E
 
E
M
 
G
G
 
E
S
 
T
L
 
L
R
 
K
E
 
E
T
 
T
Q
 
Y
A
 
K
T
 
N
F
 
L
A
 
D
R
 
I
L
 
I
T
 
V
E
 
D
R
 
M
L
 
I
Q
 
E
G
 
E
C
 
Y
I
 
M
E
 
K
R
 
T
S
 
S
G
 
K
V
 
T
K
 
K
L
 
L
L
 
L
W
|
W
G
 
N
T
 
T
A
 
A
N
 
N
L
 
L
F
 
F
S
 
T
H
 
H
P
 
P
R
 
R
Y
 
F
M
 
V
A
 
H
G
 
G
A
 
A
A
 
A
T
 
T
N
 
S
P
 
C
D
 
N
P
 
A
E
 
D
V
 
V
F
 
F
A
 
A
C
 
Y
A
 
A
A
 
A
A
 
A
Q
 
K
V
 
V
R
 
K
D
 
K
A
 
G
L
 
L
E
 
E
A
 
I
T
 
A
H
 
K
R
 
R
L
 
L
G
 
G
G
 
A
V
 
E
N
 
N
Y
 
Y
V
 
V
L
 
F
W
 
W
G
 
G
G
 
G
R
 
R
E
 
E
G
 
G
Y
 
Y
D
 
E
T
 
T
L
 
L
L
 
L
N
 
N
T
 
T
D
 
D
M
 
M
A
 
K
R
 
L
E
 
E
L
 
L
D
 
D
Q
 
N
L
 
L
G
 
A
R
 
R
F
 
F
L
 
L
T
 
H
M
 
M
V
 
A
V
 
V
E
 
D
H
 
Y
K
 
A
H
 
K
K
 
E
I
 
I
G
 
G
F
 
F
T
 
D
G
 
G
T
 
Q
I
 
F
L
 
L
I
 
I
E
|
E
P
 
P
K
|
K
P
 
P
M
 
K
E
 
E
P
 
P
T
 
T
K
 
K
H
 
H
Q
 
Q
Y
 
Y
D
 
D
H
 
F
D
 
D
V
 
V
A
 
A
T
 
T
V
 
A
Y
 
L
G
 
A
F
 
F
L
 
L
K
 
Q
R
 
T
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
E
 
K
K
 
D
E
 
Y
V
 
F
A
 
K
V
 
F
N
 
N
I
 
I
E
|
E
V
 
A
N
 
N
H
|
H
A
 
A
T
 
T
L
 
L
A
 
A
G
 
G
H
 
H
S
 
T
F
 
F
E
 
E
H
 
H
E
 
E
V
 
L
A
 
R
T
 
V
A
 
A
L
 
R
A
 
I
L
 
H
G
 
G
V
 
M
F
 
L
G
 
G
S
 
S
I
 
V
D
|
D
M
 
A
N
 
N
R
 
Q
G
 
G
D
 
D
P
 
M
Q
 
L
N
 
L
G
 
G
W
 
W
D
|
D
T
 
T
D
|
D
Q
 
E
F
 
F
P
 
P
N
 
T
D
 
D
H
 
L
V
 
Y
E
 
S
L
 
T
A
 
T
L
 
L
P
 
A
M
 
M
A
 
Y
R
 
E
I
 
I
L
 
L
E
 
K
S
 
N
G
 
G
G
 
G
F
 
L
T
 
G
T
 
R
G
 
G
G
 
G
F
 
L
N
 
N
F
 
F
D
|
D
A
 
A
K
 
K
I
 
V
R
 
R
R
 
R
Q
 
G
S
 
S
V
 
F
E
 
E
P
 
P
D
 
E
D
 
D
L
 
L
L
 
F
H
 
Y
A
 
A
H
 
H
V
 
I
G
 
A
G
 
G
I
 
M
D
 
D
T
 
S
L
 
F
A
 
A
R
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
K
A
 
V
G
 
A
A
 
H
R
 
R
L
 
L
V
 
I
E
 
E
D
 
D
G
 
R
R
 
V
L
 
F
R
 
D
S
 
E
L
 
F
R
 
I
A
 
E
E
 
E
R
 
R
Y
 
Y
A
 
K
G
 
S
W
 
Y
K
 
T
G
 
E
D
 
G
L
 
I
G
 
G
Q
 
R
K
 
E
L
 
I
L
 
V
-
 
E
G
 
G
G
 
T
L
 
A
D
 
D
L
 
F
A
 
H
G
 
K
A
 
L
A
 
E
D
 
A
A
 
H
G
 
A
L
 
L
G
 
Q
F
 
L
-
 
G
D
 
E
P
 
I
R
 
Q
P
 
N
R
 
Q
S
 
S
G
 
G
R
 
R
Q
 
Q
E
 
E
M
 
R
L
 
L
E
 
K
N
 
T
L
 
L
V
 
L
N
 
N
R
 
Q
L
 
Y
V
 
L

6intA Xylose isomerase from paenibacillus sp. R4 (see paper)
44% identity, 99% coverage: 5:435/435 of query aligns to 1:410/413 of 6intA

query
sites
6intA
Y
 
Y
F
 
F
T
 
D
G
 
H
V
 
V
E
 
G
R
 
T
I
 
V
R
 
K
Y
 
F
E
 
E
G
 
G
P
 
K
D
 
S
S
 
S
D
 
T
T
 
N
P
 
P
L
 
L
A
 
A
Y
 
F
R
 
K
W
 
F
Y
 
Y
D
 
N
P
 
P
D
 
D
R
 
E
M
 
I
V
 
I
L
 
L
G
 
G
R
 
K
R
 
T
M
 
M
A
 
R
D
 
E
H
 
H
L
 
L
R
 
R
V
 
F
A
 
G
V
 
V
C
 
A
Y
 
Y
W
 
L
H
 
S
S
 
G
F
 
-
C
 
-
W
 
-
P
 
-
G
 
-
S
 
-
D
 
-
P
 
-
F
 
-
G
 
-
G
 
-
G
 
-
T
 
-
L
 
-
D
 
-
R
 
-
P
 
-
W
 
-
M
 
-
R
 
-
A
 
-
G
 
-
D
 
-
P
 
-
V
 
M
A
 
E
L
 
L
A
 
A
E
 
K
A
 
A
K
 
R
M
 
V
D
 
E
V
 
A
A
 
C
F
 
F
E
 
E
L
 
L
F
 
L
G
 
N
K
 
I
L
 
L
G
 
D
V
 
V
P
 
D
F
 
Y
F
 
F
T
 
C
F
 
F
H
|
H
D
 
D
R
 
R
D
|
D
V
 
I
A
 
A
P
 
P
E
 
E
M
 
G
G
 
D
S
 
T
L
 
L
R
 
Q
E
 
E
T
 
T
Q
 
N
A
 
R
T
 
N
F
 
L
A
 
D
R
 
E
L
 
I
T
 
V
E
 
A
R
 
L
L
 
I
Q
 
K
G
 
Q
C
 
H
I
 
M
E
 
H
R
 
S
S
 
S
G
 
G
V
 
K
K
 
K
L
 
L
L
 
L
W
|
W
G
 
N
T
 
T
A
 
A
N
 
N
L
 
M
F
 
F
S
 
T
H
 
N
P
 
P
R
 
R
Y
 
F
M
 
V
A
 
H
G
 
G
A
 
A
A
 
A
T
 
T
N
 
T
P
 
S
D
 
N
P
 
A
E
 
D
V
 
V
F
 
F
A
 
A
C
 
Y
A
 
A
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
V
 
V
R
 
K
D
 
K
A
 
A
L
 
L
E
 
D
A
 
H
T
 
G
H
 
K
R
 
E
L
 
L
G
 
G
G
 
A
V
 
E
N
 
N
Y
 
Y
V
 
V
L
 
F
W
 
W
G
 
G
G
 
G
R
 
R
E
 
E
G
|
G
Y
 
Y
D
 
E
T
 
S
L
 
L
L
 
L
N
 
N
T
 
T
D
 
D
M
 
L
A
 
G
R
 
L
E
|
E
L
 
L
D
 
D
Q
 
N
L
 
L
G
 
A
R
 
R
F
 
F
L
 
L
T
 
Q
M
 
L
V
 
A
V
 
V
E
 
D
H
 
Y
K
 
A
H
 
K
K
 
E
I
 
I
G
 
G
F
 
F
T
 
D
G
 
A
T
 
Q
I
 
F
L
 
L
I
 
I
E
|
E
P
 
P
K
|
K
P
 
P
M
 
K
E
 
E
P
 
P
T
 
S
K
 
K
H
 
H
Q
 
Q
Y
 
Y
D
 
D
H
 
F
D
 
D
V
 
A
A
 
A
T
 
T
V
 
T
Y
 
L
G
 
Q
F
 
F
L
 
L
K
 
Q
R
 
K
Y
 
Y
G
 
D
L
 
L
E
 
A
K
 
K
E
 
H
V
 
F
A
 
K
V
 
L
N
 
N
I
 
L
E
|
E
V
 
A
N
 
N
H
|
H
A
 
A
T
 
T
L
 
L
A
 
A
G
 
G
H
 
H
S
 
T
F
 
F
E
 
E
H
 
H
E
 
E
V
 
L
A
 
R
T
 
V
A
 
A
L
 
R
A
 
I
L
 
N
G
 
G
V
 
A
F
 
L
G
 
G
S
 
S
I
 
I
D
|
D
M
 
A
N
 
N
R
 
Q
G
 
G
D
 
D
P
 
L
Q
 
L
N
 
L
G
 
G
W
 
W
D
|
D
T
 
T
D
|
D
Q
 
E
F
 
F
P
 
P
N
 
T
D
 
D
H
 
L
V
 
Y
E
 
A
L
 
S
A
 
T
L
 
L
P
 
A
M
 
M
A
 
Y
R
 
E
I
 
I
L
 
L
E
 
Q
S
 
N
-
 
E
G
 
G
G
 
G
F
 
I
T
 
G
T
 
R
G
 
G
G
 
G
F
 
V
N
 
N
F
 
F
D
|
D
A
 
A
K
 
K
I
 
V
R
 
R
R
 
R
Q
 
T
S
 
S
V
 
F
E
 
E
P
 
P
D
 
I
D
 
D
L
 
V
L
 
V
H
 
Y
A
 
A
H
 
H
V
 
I
G
 
N
G
 
G
I
 
M
D
 
D
T
 
A
L
 
F
A
 
A
R
 
R
A
 
G
L
 
L
L
 
Q
A
 
V
G
 
A
A
 
A
R
 
K
L
 
L
V
 
I
E
 
E
D
 
D
G
 
R
R
 
A
L
 
F
R
 
D
S
 
N
L
 
V
R
 
I
A
 
E
E
 
E
R
 
R
Y
 
Y
A
 
A
G
 
S
W
 
F
K
 
T
G
 
K
D
 
G
L
 
I
G
 
G
Q
 
A
K
 
D
L
 
I
L
 
V
G
 
S
G
 
G
L
 
K
D
 
A
L
 
N
A
 
F
G
 
H
A
 
T
A
 
L
D
 
E
A
 
A
-
 
Y
G
 
A
L
 
L
G
 
Q
F
 
N
D
 
N
P
 
P
-
 
I
R
 
T
P
 
N
R
 
K
S
 
S
G
 
G
R
 
R
Q
 
V
E
 
E
M
 
L
L
 
L
E
 
R
N
 
S
L
 
I
V
 
L
N
 
N
R
 
Q
L
 
Y
V
 
I

1xiiA Modes of binding substrates and their analogues to the enzyme d-xylose isomerase (see paper)
31% identity, 69% coverage: 44:345/435 of query aligns to 8:290/385 of 1xiiA

query
sites
1xiiA
R
 
R
V
 
F
A
 
T
V
 
F
C
 
G
Y
 
L
W
|
W
H
 
-
S
 
T
F
 
V
C
 
G
W
 
W
P
 
Q
G
 
G
S
 
R
D
 
D
P
 
P
F
 
F
G
 
G
G
 
D
G
 
A
T
 
T
L
 
-
D
 
-
R
 
-
P
 
-
W
 
-
M
 
R
R
 
R
A
 
A
G
 
L
D
 
D
P
 
P
V
 
V
A
 
E
L
 
-
A
 
-
E
 
-
A
 
-
K
 
-
M
 
-
D
 
-
V
 
-
A
 
S
F
 
V
E
 
Q
L
 
R
F
 
L
G
 
A
K
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
A
P
 
H
F
 
G
F
 
V
T
 
T
F
 
F
H
|
H
D
 
D
R
 
D
D
|
D
V
 
L
A
 
I
P
 
P
E
 
F
M
 
G
G
 
S
S
 
S
L
 
D
R
 
S
E
 
E
T
 
R
Q
 
E
A
 
E
T
 
H
F
 
-
A
 
-
R
 
-
L
 
-
T
 
V
E
 
K
R
 
R
L
 
F
Q
 
R
G
 
Q
C
 
A
I
 
L
E
 
D
R
 
D
S
 
T
G
 
G
V
 
M
K
 
K
L
 
V
L
 
P
W
x
M
G
 
A
T
 
T
A
 
T
N
 
N
L
 
L
F
 
F
S
 
T
H
 
H
P
 
P
R
 
V
Y
 
F
M
 
K
A
 
D
G
 
G
A
 
G
A
 
F
T
 
T
N
 
A
P
 
N
D
 
D
P
 
R
E
 
D
V
 
V
F
 
R
A
 
R
C
 
Y
A
 
A
A
 
L
A
 
R
Q
 
K
V
 
T
R
 
I
D
 
R
A
 
N
L
 
I
E
 
D
A
 
L
T
 
A
H
 
V
R
 
E
L
 
L
G
 
G
G
 
A
V
 
E
N
 
T
Y
 
Y
V
 
V
L
 
A
W
|
W
G
 
G
G
 
G
R
 
R
E
 
E
G
 
G
Y
 
A
D
 
E
T
 
S
L
 
G
L
 
G
N
 
A
T
 
K
D
 
D
M
 
V
A
 
R
R
 
D
E
 
A
L
 
L
D
 
D
Q
 
R
L
 
M
G
 
K
R
 
E
F
 
A
L
 
F
T
 
D
M
 
L
V
 
L
V
 
G
E
 
E
H
 
Y
K
 
V
H
 
T
K
 
S
I
 
Q
G
 
G
F
 
Y
T
 
D
G
 
I
T
 
R
I
 
F
L
 
A
I
 
I
E
|
E
P
 
P
K
|
K
P
 
P
M
 
N
E
 
E
P
 
P
T
 
R
K
 
G
H
 
D
Q
 
I
Y
 
L
D
 
L
H
 
P
D
 
T
V
 
V
A
 
G
T
 
H
V
 
A
Y
 
L
G
 
A
F
 
F
L
 
I
K
 
E
R
 
R
Y
 
L
G
 
E
L
 
R
E
 
P
K
 
E
E
 
L
V
 
Y
A
 
G
V
 
V
N
 
N
I
 
P
E
|
E
V
 
V
N
 
G
H
|
H
A
 
E
T
 
Q
L
 
M
A
 
A
G
 
G
H
 
L
S
 
N
F
 
F
E
 
P
H
 
H
E
 
G
V
 
I
A
 
A
T
 
Q
A
 
A
L
 
L
A
 
W
L
 
A
G
 
G
V
 
K
F
 
L
G
 
F
S
 
H
I
 
I
D
|
D
M
 
L
N
 
N
R
 
-
G
 
-
D
 
-
P
 
G
Q
 
Q
N
 
N
G
 
G
W
 
I
D
 
K
T
 
Y
D
|
D
Q
 
Q
-
x
D
-
 
L
-
 
R
F
 
F
P
 
G
N
 
A
D
 
G
H
 
D
V
 
L
E
 
R
L
 
A
A
 
A
L
 
F
P
 
W
M
 
L
A
 
V
R
 
D
I
 
L
L
 
L
E
 
E
S
 
S
G
 
A
G
 
G
F
 
Y
T
 
-
T
 
S
G
 
G
G
 
P
F
 
R
N
 
H
F
 
F
D
|
D
A
 
F
K
 
K
I
 
P
R
 
P
R
 
R

1xihA Modes of binding substrates and their analogues to the enzyme d-xylose isomerase (see paper)
31% identity, 69% coverage: 44:345/435 of query aligns to 8:290/385 of 1xihA

query
sites
1xihA
R
 
R
V
 
F
A
 
T
V
 
F
C
 
G
Y
 
L
W
 
W
H
 
-
S
 
T
F
 
V
C
 
G
W
 
W
P
 
Q
G
 
G
S
 
R
D
 
D
P
 
P
F
 
F
G
 
G
G
 
D
G
 
A
T
 
T
L
 
-
D
 
-
R
 
-
P
 
-
W
 
-
M
 
R
R
 
R
A
 
A
G
 
L
D
 
D
P
 
P
V
 
V
A
 
E
L
 
-
A
 
-
E
 
-
A
 
-
K
 
-
M
 
-
D
 
-
V
 
-
A
 
S
F
 
V
E
 
Q
L
 
R
F
 
L
G
 
A
K
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
A
P
 
H
F
 
G
F
 
V
T
 
T
F
 
F
H
|
H
D
 
D
R
 
D
D
|
D
V
 
L
A
 
I
P
 
P
E
 
F
M
 
G
G
 
S
S
 
S
L
 
D
R
 
S
E
 
E
T
 
R
Q
 
E
A
 
E
T
 
H
F
 
-
A
 
-
R
 
-
L
 
-
T
 
V
E
 
K
R
 
R
L
 
F
Q
 
R
G
 
Q
C
 
A
I
 
L
E
 
D
R
 
D
S
 
T
G
 
G
V
 
M
K
 
K
L
 
V
L
 
P
W
x
M
G
 
A
T
|
T
A
 
T
N
 
N
L
 
L
F
 
F
S
 
T
H
 
H
P
 
P
R
 
V
Y
 
F
M
 
K
A
 
D
G
 
G
A
 
G
A
 
F
T
 
T
N
 
A
P
 
N
D
 
D
P
 
R
E
 
D
V
 
V
F
 
R
A
 
R
C
 
Y
A
 
A
A
 
L
A
 
R
Q
 
K
V
 
T
R
 
I
D
 
R
A
 
N
L
 
I
E
 
D
A
 
L
T
 
A
H
 
V
R
 
E
L
 
L
G
 
G
G
 
A
V
 
E
N
 
T
Y
 
Y
V
|
V
L
 
A
W
|
W
G
 
G
G
 
G
R
 
R
E
 
E
G
 
G
Y
 
A
D
 
E
T
 
S
L
 
G
L
 
G
N
 
A
T
 
K
D
 
D
M
 
V
A
 
R
R
 
D
E
 
A
L
 
L
D
 
D
Q
 
R
L
 
M
G
 
K
R
 
E
F
 
A
L
 
F
T
 
D
M
 
L
V
 
L
V
 
G
E
 
E
H
 
Y
K
 
V
H
 
T
K
 
S
I
 
Q
G
 
G
F
 
Y
T
 
D
G
 
I
T
 
R
I
 
F
L
 
A
I
 
I
E
|
E
P
 
P
K
|
K
P
 
P
M
 
N
E
 
E
P
 
P
T
 
R
K
 
G
H
 
D
Q
 
I
Y
 
L
D
 
L
H
 
P
D
 
T
V
 
V
A
 
G
T
 
H
V
 
A
Y
 
L
G
 
A
F
 
F
L
 
I
K
 
E
R
 
R
Y
 
L
G
 
E
L
 
R
E
 
P
K
 
E
E
 
L
V
 
Y
A
 
G
V
 
V
N
 
N
I
 
P
E
|
E
V
 
V
N
 
G
H
|
H
A
 
E
T
 
Q
L
 
M
A
 
A
G
 
G
H
 
L
S
 
N
F
 
F
E
 
P
H
 
H
E
 
G
V
 
I
A
 
A
T
 
Q
A
 
A
L
 
L
A
 
W
L
 
A
G
 
G
V
 
K
F
 
L
G
 
F
S
 
H
I
 
I
D
|
D
M
 
L
N
 
N
R
 
-
G
 
-
D
 
-
P
 
G
Q
 
Q
N
 
N
G
 
G
W
 
I
D
 
K
T
 
Y
D
|
D
Q
 
Q
-
x
D
-
 
L
-
 
R
F
 
F
P
 
G
N
 
A
D
 
G
H
 
D
V
 
L
E
 
R
L
 
A
A
 
A
L
 
F
P
 
W
M
 
L
A
 
V
R
 
D
I
 
L
L
 
L
E
 
E
S
 
S
G
 
A
G
 
G
F
 
Y
T
 
-
T
 
S
G
 
G
G
 
P
F
 
R
N
 
H
F
 
F
D
|
D
A
 
F
K
 
K
I
 
P
R
 
P
R
 
R

1xicA Modes of binding substrates and their analogues to the enzyme d-xylose isomerase (see paper)
31% identity, 69% coverage: 44:345/435 of query aligns to 8:290/385 of 1xicA

query
sites
1xicA
R
 
R
V
 
F
A
 
T
V
 
F
C
 
G
Y
 
L
W
|
W
H
 
-
S
 
T
F
 
V
C
 
G
W
 
W
P
 
Q
G
 
G
S
 
R
D
 
D
P
 
P
F
 
F
G
 
G
G
 
D
G
 
A
T
 
T
L
 
-
D
 
-
R
 
-
P
 
-
W
 
-
M
 
R
R
 
R
A
 
A
G
 
L
D
 
D
P
 
P
V
 
V
A
 
E
L
 
-
A
 
-
E
 
-
A
 
-
K
 
-
M
 
-
D
 
-
V
 
-
A
 
S
F
 
V
E
 
Q
L
 
R
F
 
L
G
 
A
K
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
A
P
 
H
F
 
G
F
 
V
T
 
T
F
 
F
H
|
H
D
 
D
R
 
D
D
|
D
V
 
L
A
 
I
P
 
P
E
 
F
M
 
G
G
 
S
S
 
S
L
 
D
R
 
S
E
 
E
T
 
R
Q
 
E
A
 
E
T
 
H
F
 
-
A
 
-
R
 
-
L
 
-
T
 
V
E
 
K
R
 
R
L
 
F
Q
 
R
G
 
Q
C
 
A
I
 
L
E
 
D
R
 
D
S
 
T
G
 
G
V
 
M
K
 
K
L
 
V
L
 
P
W
x
M
G
 
A
T
 
T
A
 
T
N
 
N
L
 
L
F
 
F
S
 
T
H
 
H
P
 
P
R
 
V
Y
 
F
M
 
K
A
 
D
G
 
G
A
 
G
A
 
F
T
 
T
N
 
A
P
 
N
D
 
D
P
 
R
E
 
D
V
 
V
F
 
R
A
 
R
C
 
Y
A
 
A
A
 
L
A
 
R
Q
 
K
V
 
T
R
 
I
D
 
R
A
 
N
L
 
I
E
 
D
A
 
L
T
 
A
H
 
V
R
 
E
L
 
L
G
 
G
G
 
A
V
 
E
N
 
T
Y
 
Y
V
 
V
L
 
A
W
|
W
G
 
G
G
 
G
R
 
R
E
 
E
G
 
G
Y
 
A
D
 
E
T
 
S
L
 
G
L
 
G
N
 
A
T
 
K
D
 
D
M
 
V
A
 
R
R
 
D
E
 
A
L
 
L
D
 
D
Q
 
R
L
 
M
G
 
K
R
 
E
F
 
A
L
 
F
T
 
D
M
 
L
V
 
L
V
 
G
E
 
E
H
 
Y
K
 
V
H
 
T
K
 
S
I
 
Q
G
 
G
F
 
Y
T
 
D
G
 
I
T
 
R
I
 
F
L
 
A
I
 
I
E
|
E
P
 
P
K
|
K
P
 
P
M
 
N
E
 
E
P
 
P
T
 
R
K
 
G
H
 
D
Q
 
I
Y
 
L
D
 
L
H
 
P
D
 
T
V
 
V
A
 
G
T
 
H
V
 
A
Y
 
L
G
 
A
F
 
F
L
 
I
K
 
E
R
 
R
Y
 
L
G
 
E
L
 
R
E
 
P
K
 
E
E
 
L
V
 
Y
A
 
G
V
 
V
N
 
N
I
 
P
E
|
E
V
 
V
N
 
G
H
|
H
A
 
E
T
 
Q
L
 
M
A
 
A
G
 
G
H
 
L
S
 
N
F
 
F
E
 
P
H
 
H
E
 
G
V
 
I
A
 
A
T
 
Q
A
 
A
L
 
L
A
 
W
L
 
A
G
 
G
V
 
K
F
 
L
G
 
F
S
 
H
I
 
I
D
|
D
M
 
L
N
 
N
R
 
-
G
 
-
D
 
-
P
 
G
Q
 
Q
N
 
N
G
 
G
W
 
I
D
 
K
T
 
Y
D
|
D
Q
 
Q
-
x
D
-
 
L
-
 
R
F
 
F
P
 
G
N
 
A
D
 
G
H
 
D
V
 
L
E
 
R
L
 
A
A
 
A
L
 
F
P
 
W
M
 
L
A
 
V
R
 
D
I
 
L
L
 
L
E
 
E
S
 
S
G
 
A
G
 
G
F
 
Y
T
 
-
T
 
S
G
 
G
G
 
P
F
 
R
N
 
H
F
 
F
D
|
D
A
 
F
K
 
K
I
 
P
R
 
P
R
 
R

9xiaA X-ray analysis of d-xylose isomerase at 1.9 angstroms: native enzyme in complex with substrate and with a mechanism-designed inactivator (see paper)
31% identity, 69% coverage: 44:345/435 of query aligns to 10:292/387 of 9xiaA

query
sites
9xiaA
R
 
R
V
 
F
A
 
T
V
 
F
C
 
G
Y
 
L
W
|
W
H
 
-
S
 
T
F
 
V
C
 
G
W
 
W
P
 
Q
G
 
G
S
 
R
D
 
D
P
 
P
F
 
F
G
 
G
G
 
D
G
 
A
T
 
T
L
 
-
D
 
-
R
 
-
P
 
-
W
 
-
M
 
R
R
 
R
A
 
A
G
 
L
D
 
D
P
 
P
V
 
V
A
 
E
L
 
-
A
 
-
E
 
-
A
 
-
K
 
-
M
 
-
D
 
-
V
 
-
A
 
S
F
 
V
E
 
Q
L
 
R
F
 
L
G
 
A
K
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
A
P
 
H
F
 
G
F
 
V
T
 
T
F
 
F
H
|
H
D
 
D
R
 
D
D
|
D
V
 
L
A
 
I
P
 
P
E
 
F
M
 
G
G
 
S
S
 
S
L
 
D
R
 
S
E
 
E
T
 
R
Q
 
E
A
 
E
T
 
H
F
 
-
A
 
-
R
 
-
L
 
-
T
 
V
E
 
K
R
 
R
L
 
F
Q
 
R
G
 
Q
C
 
A
I
 
L
E
 
D
R
 
D
S
 
T
G
 
G
V
 
M
K
 
K
L
 
V
L
 
P
W
x
M
G
 
A
T
|
T
A
 
T
N
 
N
L
 
L
F
 
F
S
 
T
H
 
H
P
 
P
R
 
V
Y
 
F
M
 
K
A
 
D
G
 
G
A
 
G
A
 
F
T
 
T
N
 
A
P
 
N
D
 
D
P
 
R
E
 
D
V
 
V
F
 
R
A
 
R
C
 
Y
A
 
A
A
 
L
A
 
R
Q
 
K
V
 
T
R
 
I
D
 
R
A
 
N
L
 
I
E
 
D
A
 
L
T
 
A
H
 
V
R
 
E
L
 
L
G
 
G
G
 
A
V
 
E
N
 
T
Y
 
Y
V
|
V
L
 
A
W
|
W
G
 
G
G
 
G
R
 
R
E
 
E
G
 
G
Y
 
A
D
 
E
T
 
S
L
 
G
L
 
G
N
 
A
T
 
K
D
 
D
M
 
V
A
 
R
R
 
D
E
 
A
L
 
L
D
 
D
Q
 
R
L
 
M
G
 
K
R
 
E
F
 
A
L
 
F
T
 
D
M
 
L
V
 
L
V
 
G
E
 
E
H
 
Y
K
 
V
H
 
T
K
 
S
I
 
Q
G
 
G
F
 
Y
T
 
D
G
 
I
T
 
R
I
 
F
L
 
A
I
 
I
E
|
E
P
 
P
K
|
K
P
 
P
M
 
N
E
 
E
P
 
P
T
 
R
K
 
G
H
 
D
Q
 
I
Y
 
L
D
 
L
H
 
P
D
 
T
V
 
V
A
 
G
T
 
H
V
 
A
Y
 
L
G
 
A
F
 
F
L
 
I
K
 
E
R
 
R
Y
 
L
G
 
E
L
 
R
E
 
P
K
 
E
E
 
L
V
 
Y
A
 
G
V
 
V
N
 
N
I
 
P
E
|
E
V
 
V
N
 
G
H
|
H
A
 
E
T
 
Q
L
 
M
A
 
A
G
 
G
H
 
L
S
 
N
F
 
F
E
 
P
H
 
H
E
 
G
V
 
I
A
 
A
T
 
Q
A
 
A
L
 
L
A
 
W
L
 
A
G
 
G
V
 
K
F
 
L
G
 
F
S
 
H
I
 
I
D
|
D
M
 
L
N
 
N
R
 
-
G
 
-
D
 
-
P
 
G
Q
 
Q
N
 
N
G
 
G
W
 
I
D
 
K
T
 
Y
D
|
D
Q
 
Q
-
x
D
-
 
L
-
 
R
F
 
F
P
 
G
N
 
A
D
 
G
H
 
D
V
 
L
E
 
R
L
 
A
A
 
A
L
 
F
P
 
W
M
 
L
A
 
V
R
 
D
I
 
L
L
 
L
E
 
E
S
 
S
G
 
A
G
 
G
F
 
Y
T
 
-
T
 
S
G
 
G
G
 
P
F
 
R
N
 
H
F
 
F
D
|
D
A
 
F
K
 
K
I
 
P
R
 
P
R
 
R

1xieA Modes of binding substrates and their analogues to the enzyme d-xylose isomerase (see paper)
31% identity, 69% coverage: 44:345/435 of query aligns to 10:292/387 of 1xieA

query
sites
1xieA
R
 
R
V
 
F
A
 
T
V
 
F
C
 
G
Y
 
L
W
 
W
H
 
-
S
 
T
F
 
V
C
 
G
W
 
W
P
 
Q
G
 
G
S
 
R
D
 
D
P
 
P
F
 
F
G
 
G
G
 
D
G
 
A
T
 
T
L
 
-
D
 
-
R
 
-
P
 
-
W
 
-
M
 
R
R
 
R
A
 
A
G
 
L
D
 
D
P
 
P
V
 
V
A
 
E
L
 
-
A
 
-
E
 
-
A
 
-
K
 
-
M
 
-
D
 
-
V
 
-
A
 
S
F
 
V
E
 
Q
L
 
R
F
 
L
G
 
A
K
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
A
P
 
H
F
 
G
F
 
V
T
 
T
F
 
F
H
|
H
D
 
D
R
 
D
D
|
D
V
 
L
A
 
I
P
 
P
E
 
F
M
 
G
G
 
S
S
 
S
L
 
D
R
 
S
E
 
E
T
 
R
Q
 
E
A
 
E
T
 
H
F
 
-
A
 
-
R
 
-
L
 
-
T
 
V
E
 
K
R
 
R
L
 
F
Q
 
R
G
 
Q
C
 
A
I
 
L
E
 
D
R
 
D
S
 
T
G
 
G
V
 
M
K
 
K
L
 
V
L
 
P
W
x
M
G
 
A
T
 
T
A
 
T
N
 
N
L
 
L
F
 
F
S
 
T
H
 
H
P
 
P
R
 
V
Y
 
F
M
 
K
A
 
D
G
 
G
A
 
G
A
 
F
T
 
T
N
 
A
P
 
N
D
 
D
P
 
R
E
 
D
V
 
V
F
 
R
A
 
R
C
 
Y
A
 
A
A
 
L
A
 
R
Q
 
K
V
 
T
R
 
I
D
 
R
A
 
N
L
 
I
E
 
D
A
 
L
T
 
A
H
 
V
R
 
E
L
 
L
G
 
G
G
 
A
V
 
E
N
 
T
Y
 
Y
V
 
V
L
 
A
W
|
W
G
 
G
G
 
G
R
 
R
E
 
E
G
 
G
Y
 
A
D
 
E
T
 
S
L
 
G
L
 
G
N
 
A
T
 
K
D
 
D
M
 
V
A
 
R
R
 
D
E
 
A
L
 
L
D
 
D
Q
 
R
L
 
M
G
 
K
R
 
E
F
 
A
L
 
F
T
 
D
M
 
L
V
 
L
V
 
G
E
 
E
H
 
Y
K
 
V
H
 
T
K
 
S
I
 
Q
G
 
G
F
 
Y
T
 
D
G
 
I
T
 
R
I
 
F
L
 
A
I
 
I
E
|
E
P
 
P
K
|
K
P
 
P
M
 
N
E
 
E
P
 
P
T
 
R
K
 
G
H
 
D
Q
 
I
Y
 
L
D
 
L
H
 
P
D
 
T
V
 
V
A
 
G
T
 
H
V
 
A
Y
 
L
G
 
A
F
 
F
L
 
I
K
 
E
R
 
R
Y
 
L
G
 
E
L
 
R
E
 
P
K
 
E
E
 
L
V
 
Y
A
 
G
V
 
V
N
 
N
I
 
P
E
|
E
V
 
V
N
 
G
H
|
H
A
 
E
T
 
Q
L
 
M
A
 
A
G
 
G
H
 
L
S
 
N
F
 
F
E
 
P
H
 
H
E
 
G
V
 
I
A
 
A
T
 
Q
A
 
A
L
 
L
A
 
W
L
 
A
G
 
G
V
 
K
F
 
L
G
 
F
S
 
H
I
 
I
D
|
D
M
 
L
N
 
N
R
 
-
G
 
-
D
 
-
P
 
G
Q
 
Q
N
 
N
G
 
G
W
 
I
D
 
K
T
 
Y
D
|
D
Q
 
Q
-
x
D
-
 
L
-
 
R
F
 
F
P
 
G
N
 
A
D
 
G
H
 
D
V
 
L
E
 
R
L
 
A
A
 
A
L
 
F
P
 
W
M
 
L
A
 
V
R
 
D
I
 
L
L
 
L
E
 
E
S
 
S
G
 
A
G
 
G
F
 
Y
T
 
-
T
 
S
G
 
G
G
 
P
F
 
R
N
 
H
F
 
F
D
|
D
A
 
F
K
 
K
I
 
P
R
 
P
R
 
R

1xidA Modes of binding substrates and their analogues to the enzyme d-xylose isomerase (see paper)
31% identity, 69% coverage: 44:345/435 of query aligns to 10:292/387 of 1xidA

query
sites
1xidA
R
 
R
V
 
F
A
 
T
V
 
F
C
 
G
Y
 
L
W
|
W
H
 
-
S
 
T
F
 
V
C
 
G
W
 
W
P
 
Q
G
 
G
S
 
R
D
 
D
P
 
P
F
 
F
G
 
G
G
 
D
G
 
A
T
 
T
L
 
-
D
 
-
R
 
-
P
 
-
W
 
-
M
 
R
R
 
R
A
 
A
G
 
L
D
 
D
P
 
P
V
 
V
A
 
E
L
 
-
A
 
-
E
 
-
A
 
-
K
 
-
M
 
-
D
 
-
V
 
-
A
 
S
F
 
V
E
 
Q
L
 
R
F
 
L
G
 
A
K
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
A
P
 
H
F
 
G
F
 
V
T
 
T
F
 
F
H
|
H
D
 
D
R
 
D
D
|
D
V
 
L
A
 
I
P
 
P
E
 
F
M
 
G
G
 
S
S
 
S
L
 
D
R
 
S
E
 
E
T
 
R
Q
 
E
A
 
E
T
 
H
F
 
-
A
 
-
R
 
-
L
 
-
T
 
V
E
 
K
R
 
R
L
 
F
Q
 
R
G
 
Q
C
 
A
I
 
L
E
 
D
R
 
D
S
 
T
G
 
G
V
 
M
K
 
K
L
 
V
L
 
P
W
x
M
G
 
A
T
 
T
A
 
T
N
 
N
L
 
L
F
 
F
S
 
T
H
 
H
P
 
P
R
 
V
Y
 
F
M
 
K
A
 
D
G
 
G
A
 
G
A
 
F
T
 
T
N
 
A
P
 
N
D
 
D
P
 
R
E
 
D
V
 
V
F
 
R
A
 
R
C
 
Y
A
 
A
A
 
L
A
 
R
Q
 
K
V
 
T
R
 
I
D
 
R
A
 
N
L
 
I
E
 
D
A
 
L
T
 
A
H
 
V
R
 
E
L
 
L
G
 
G
G
 
A
V
 
E
N
 
T
Y
 
Y
V
 
V
L
 
A
W
|
W
G
 
G
G
 
G
R
 
R
E
 
E
G
 
G
Y
 
A
D
 
E
T
 
S
L
 
G
L
 
G
N
 
A
T
 
K
D
 
D
M
 
V
A
 
R
R
 
D
E
 
A
L
 
L
D
 
D
Q
 
R
L
 
M
G
 
K
R
 
E
F
 
A
L
 
F
T
 
D
M
 
L
V
 
L
V
 
G
E
 
E
H
 
Y
K
 
V
H
 
T
K
 
S
I
 
Q
G
 
G
F
 
Y
T
 
D
G
 
I
T
 
R
I
 
F
L
 
A
I
 
I
E
|
E
P
 
P
K
|
K
P
 
P
M
 
N
E
 
E
P
 
P
T
 
R
K
 
G
H
 
D
Q
 
I
Y
 
L
D
 
L
H
 
P
D
 
T
V
 
V
A
 
G
T
 
H
V
 
A
Y
 
L
G
 
A
F
 
F
L
 
I
K
 
E
R
 
R
Y
 
L
G
 
E
L
 
R
E
 
P
K
 
E
E
 
L
V
 
Y
A
 
G
V
 
V
N
 
N
I
 
P
E
|
E
V
 
V
N
 
G
H
|
H
A
 
E
T
 
Q
L
 
M
A
 
A
G
 
G
H
 
L
S
 
N
F
 
F
E
 
P
H
 
H
E
 
G
V
 
I
A
 
A
T
 
Q
A
 
A
L
 
L
A
 
W
L
 
A
G
 
G
V
 
K
F
 
L
G
 
F
S
 
H
I
 
I
D
|
D
M
 
L
N
 
N
R
 
-
G
 
-
D
 
-
P
 
G
Q
 
Q
N
 
N
G
 
G
W
 
I
D
 
K
T
 
Y
D
|
D
Q
 
Q
-
x
D
-
 
L
-
 
R
F
 
F
P
 
G
N
 
A
D
 
G
H
 
D
V
 
L
E
 
R
L
 
A
A
 
A
L
 
F
P
 
W
M
 
L
A
 
V
R
 
D
I
 
L
L
 
L
E
 
E
S
 
S
G
 
A
G
 
G
F
 
Y
T
 
-
T
 
S
G
 
G
G
 
P
F
 
R
N
 
H
F
 
F
D
|
D
A
 
F
K
|
K
I
 
P
R
 
P
R
 
R

Query Sequence

>AZOBR_RS27920 FitnessBrowser__azobra:AZOBR_RS27920
MTEAYFTGVERIRYEGPDSDTPLAYRWYDPDRMVLGRRMADHLRVAVCYWHSFCWPGSDP
FGGGTLDRPWMRAGDPVALAEAKMDVAFELFGKLGVPFFTFHDRDVAPEMGSLRETQATF
ARLTERLQGCIERSGVKLLWGTANLFSHPRYMAGAATNPDPEVFACAAAQVRDALEATHR
LGGVNYVLWGGREGYDTLLNTDMARELDQLGRFLTMVVEHKHKIGFTGTILIEPKPMEPT
KHQYDHDVATVYGFLKRYGLEKEVAVNIEVNHATLAGHSFEHEVATALALGVFGSIDMNR
GDPQNGWDTDQFPNDHVELALPMARILESGGFTTGGFNFDAKIRRQSVEPDDLLHAHVGG
IDTLARALLAGARLVEDGRLRSLRAERYAGWKGDLGQKLLGGLDLAGAADAGLGFDPRPR
SGRQEMLENLVNRLV

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory