SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing Ac3H11_104 FitnessBrowser__acidovorax_3H11:Ac3H11_104 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1g6hA Crystal structure of the adp conformation of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
33% identity, 98% coverage: 4:247/249 of query aligns to 4:254/254 of 1g6hA

query
sites
1g6hA
I
 
I
L
 
L
S
 
R
V
 
T
K
 
E
G
 
N
I
 
I
S
 
V
V
 
K
Q
 
Y
F
|
F
G
 
G
A
 
E
L
x
F
K
 
K
A
 
A
V
 
L
Q
 
D
D
 
G
V
 
V
S
 
S
F
 
I
E
 
S
A
 
V
Q
 
N
P
 
K
G
 
G
K
 
D
I
 
V
T
 
T
A
 
L
V
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
S
x
T
L
 
L
F
 
I
N
 
N
L
 
V
I
 
I
S
 
T
G
 
G
A
 
F
I
 
L
R
 
K
P
 
A
S
 
D
S
 
E
G
 
G
A
 
R
V
 
V
R
 
Y
F
 
F
D
 
E
G
 
N
E
 
K
D
 
D
V
 
I
T
 
T
G
 
N
R
 
K
A
 
E
P
 
P
H
 
A
Q
 
E
L
 
L
L
 
Y
R
 
H
Y
 
Y
G
 
G
L
 
I
S
 
V
R
 
R
S
 
T
F
 
F
Q
 
Q
I
 
T
T
 
P
N
 
Q
L
 
P
F
 
L
F
 
K
E
 
E
L
 
M
P
 
T
V
 
V
R
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
L
R
 
L
L
 
I
A
 
G
A
 
E
Q
 
I
F
 
C
L
 
P
E
 
G
Q
 
E
G
 
S
-
 
P
-
 
L
R
 
N
G
 
S
L
 
L
F
 
F
-
 
Y
-
 
K
R
 
K
P
 
W
L
 
I
A
 
P
R
 
K
S
 
E
Q
 
E
T
 
E
A
 
M
A
 
V
A
 
E
R
 
K
V
 
A
D
 
F
E
 
K
L
 
I
L
 
L
E
 
E
Q
 
F
F
 
L
D
 
K
L
 
L
R
 
S
N
 
H
K
 
L
A
 
Y
D
 
D
E
 
R
L
 
K
A
 
A
G
 
G
Y
 
E
L
 
L
S
 
S
H
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
M
R
 
K
R
 
L
L
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
G
V
 
R
S
 
A
L
 
L
A
 
M
S
 
T
R
 
N
P
 
P
R
 
K
M
 
M
L
 
I
L
 
V
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
I
Q
 
A
G
 
G
M
 
V
S
 
A
H
 
P
G
 
G
D
 
L
T
 
A
R
 
H
E
 
D
T
 
I
E
 
F
S
 
N
L
 
H
I
 
V
R
 
L
G
 
E
L
 
L
S
 
K
H
 
A
N
 
K
H
 
-
G
 
G
L
 
I
S
 
T
I
 
F
L
 
L
L
 
I
V
 
I
E
 
E
H
 
H
D
 
R
V
 
L
D
 
D
L
 
I
V
 
V
M
 
L
Q
 
N
L
 
Y
S
 
I
D
 
D
F
 
H
V
 
L
V
 
Y
V
 
V
M
 
M
H
 
F
Q
 
N
G
 
G
Q
 
Q
K
 
I
L
 
I
A
 
A
E
 
E
G
 
G
T
 
R
P
 
G
A
 
E
Q
 
E
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
N
V
 
V
R
 
L
A
 
S
N
 
D
P
 
P
A
 
K
V
 
V
Q
 
V
A
 
E
A
 
I
Y
 
Y
F
 
I
G
 
G
E
 
E

1g9xB Characterization of the twinning structure of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
32% identity, 98% coverage: 4:246/249 of query aligns to 4:253/253 of 1g9xB

query
sites
1g9xB
I
 
I
L
 
L
S
 
R
V
 
T
K
 
E
G
 
N
I
 
I
S
 
V
V
 
K
Q
 
Y
F
|
F
G
 
G
A
 
E
L
x
F
K
 
K
A
 
A
V
 
L
Q
 
D
D
 
G
V
 
V
S
 
S
F
 
I
E
 
S
A
 
V
Q
 
C
P
 
K
G
 
G
K
 
D
I
 
V
T
 
T
A
 
L
V
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
S
x
T
L
 
L
F
 
I
N
 
N
L
 
V
I
 
I
S
 
T
G
 
G
A
 
F
I
 
L
R
 
K
P
 
A
S
 
D
S
 
E
G
 
G
A
 
R
V
 
V
R
 
Y
F
 
F
D
 
E
G
 
N
E
 
K
D
 
D
V
 
I
T
 
T
G
 
N
R
 
K
A
 
E
P
 
P
H
 
A
Q
 
E
L
 
L
L
 
Y
R
 
H
Y
 
Y
G
 
G
L
 
I
S
 
V
R
 
R
S
 
T
F
 
F
Q
 
Q
I
 
T
T
 
P
N
 
Q
L
 
P
F
 
L
F
 
K
E
 
E
L
 
M
P
 
T
V
 
V
R
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
L
R
 
L
L
 
I
A
 
G
A
 
E
Q
 
-
F
 
-
L
 
I
E
 
N
Q
 
P
G
 
G
R
 
E
-
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
N
G
 
S
L
 
L
F
 
F
-
 
Y
-
 
K
R
 
K
P
 
W
L
 
I
A
 
P
R
 
K
S
 
E
Q
 
E
T
 
E
A
 
M
A
 
V
A
 
E
R
 
K
V
 
A
D
 
F
E
 
K
L
 
I
L
 
L
E
 
E
Q
 
F
F
 
L
D
 
K
L
 
L
R
 
S
N
 
H
K
 
L
A
 
Y
D
 
D
E
 
R
L
 
K
A
 
A
G
 
G
Y
 
E
L
 
L
S
 
S
H
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
M
R
 
K
R
 
L
L
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
G
V
 
R
S
 
A
L
 
L
A
 
M
S
 
T
R
 
N
P
 
P
R
 
K
M
 
M
L
 
I
L
 
V
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
I
Q
 
A
G
 
G
M
 
V
S
 
A
H
 
P
G
 
G
D
 
L
T
 
A
R
 
H
E
 
D
T
 
I
E
 
F
S
 
N
L
 
H
I
 
V
R
 
L
G
 
E
L
 
L
S
 
K
H
 
A
N
 
K
H
 
-
G
 
G
L
 
I
S
 
T
I
 
F
L
 
L
L
 
I
V
 
I
E
 
E
H
 
H
D
 
R
V
 
L
D
 
D
L
 
I
V
 
V
M
 
L
Q
 
N
L
 
Y
S
 
I
D
 
D
F
 
H
V
 
L
V
 
Y
V
 
V
M
 
M
H
 
F
Q
 
N
G
 
G
Q
 
Q
K
 
I
L
 
I
A
 
A
E
 
E
G
 
G
T
 
R
P
 
G
A
 
E
Q
 
E
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
N
V
 
V
R
 
L
A
 
S
N
 
D
P
 
P
A
 
K
V
 
V
Q
 
V
A
 
E
A
 
I
Y
 
Y
F
 
I
G
 
G

1ji0A Crystal structure analysis of the abc transporter from thermotoga maritima
32% identity, 98% coverage: 4:246/249 of query aligns to 6:238/240 of 1ji0A

query
sites
1ji0A
I
 
V
L
 
L
S
 
E
V
 
V
K
 
Q
G
 
S
I
 
L
S
 
H
V
 
V
Q
 
Y
F
x
Y
G
 
G
A
 
A
L
 
I
K
 
H
A
 
A
V
 
I
Q
 
K
D
 
G
V
 
I
S
 
D
F
 
L
E
 
K
A
 
V
Q
 
P
P
 
R
G
 
G
K
 
Q
I
 
I
T
 
V
A
 
T
V
 
L
I
 
I
G
 
G
P
 
A
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
S
x
T
L
 
T
F
 
L
N
 
S
L
 
A
I
 
I
S
 
A
G
 
G
A
 
L
I
 
V
R
 
R
P
 
A
S
 
Q
S
 
K
G
 
G
A
 
K
V
 
I
R
 
I
F
 
F
D
 
N
G
 
G
E
 
Q
D
 
D
V
 
I
T
 
T
G
 
N
R
 
K
A
 
P
P
 
A
H
 
H
Q
 
V
L
 
I
L
 
N
R
 
R
Y
 
M
G
 
G
L
 
I
S
 
A
R
 
L
S
 
V
F
 
P
Q
x
E
I
 
G
T
 
R
N
 
R
L
 
I
F
 
F
F
 
P
E
 
E
L
 
L
P
 
T
V
 
V
R
 
Y
E
 
E
N
 
N
L
 
L
R
 
M
L
 
M
A
 
G
A
 
A
Q
 
Y
F
 
N
L
 
R
E
 
K
Q
 
D
G
 
K
R
 
E
G
 
G
L
 
I
F
 
K
R
 
R
P
 
D
L
 
L
A
 
E
R
 
W
S
 
I
Q
 
F
T
 
S
A
 
L
A
 
F
A
 
P
R
 
R
V
 
L
D
 
K
E
 
E
L
 
R
L
 
L
E
 
K
Q
 
Q
F
 
-
D
 
-
L
 
-
R
 
-
N
 
-
K
 
-
A
 
-
D
 
-
E
 
-
L
 
L
A
 
G
G
 
G
Y
 
T
L
 
L
S
 
S
H
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
R
 
Q
R
 
M
L
 
L
E
 
A
I
 
I
A
 
G
V
 
R
S
 
A
L
 
L
A
 
M
S
 
S
R
 
R
P
 
P
R
 
K
M
 
L
L
 
L
L
 
M
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
S
Q
 
L
G
 
G
M
 
L
S
 
A
H
 
P
G
 
I
D
 
L
T
 
V
R
 
S
E
 
E
T
 
V
E
 
F
S
 
E
L
 
V
I
 
I
R
 
Q
G
 
K
L
 
I
S
 
N
H
 
Q
N
 
-
H
 
E
G
 
G
L
 
T
S
 
T
I
 
I
L
 
L
L
 
L
V
 
V
E
 
E
H
 
Q
D
 
N
V
 
A
D
 
L
L
 
G
V
 
A
M
 
L
Q
 
K
L
 
V
S
 
A
D
 
H
F
 
Y
V
 
G
V
 
Y
V
 
V
M
 
L
H
 
E
Q
 
T
G
 
G
Q
 
Q
K
 
I
L
 
V
A
 
L
E
 
E
G
 
G
T
 
K
P
 
A
A
 
S
Q
 
E
V
 
L
R
 
L
A
 
D
N
 
N
P
 
E
A
 
M
V
 
V
Q
 
R
A
 
K
A
 
A
Y
 
Y
F
 
L
G
 
G

6mjpA Lptb(e163q)fgc from vibrio cholerae (see paper)
30% identity, 99% coverage: 4:249/249 of query aligns to 2:238/240 of 6mjpA

query
sites
6mjpA
I
 
I
L
 
L
S
 
K
V
 
A
K
 
Q
G
 
H
I
 
L
S
 
A
V
 
K
Q
 
S
F
 
Y
G
 
K
A
 
K
L
 
R
K
 
K
A
 
V
V
 
V
Q
 
S
D
 
D
V
 
V
S
 
S
F
 
L
E
 
Q
A
 
V
Q
 
E
P
 
S
G
 
G
K
 
Q
I
 
I
T
 
V
A
 
G
V
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
S
 
T
L
 
S
F
 
F
N
 
Y
L
 
M
I
 
I
S
 
V
G
 
G
A
 
L
I
 
V
R
 
A
P
 
R
S
 
D
S
 
E
G
 
G
A
 
T
V
 
I
R
 
T
F
 
I
D
 
D
G
 
D
E
 
N
D
 
D
V
 
I
T
 
S
G
 
I
R
 
L
A
 
P
P
 
M
H
 
H
Q
 
S
L
 
R
L
 
S
R
 
R
Y
 
M
G
 
G
L
 
I
S
 
G
R
 
Y
S
 
L
F
 
P
Q
 
Q
I
 
E
T
 
A
N
 
S
L
 
I
F
 
F
F
 
R
E
 
K
L
 
L
P
 
S
V
 
V
R
 
E
E
 
D
N
 
N
L
 
I
R
 
M
L
 
A
A
 
V
A
 
L
Q
 
Q
F
 
T
L
 
R
E
 
E
Q
 
E
G
 
-
R
 
-
G
 
-
L
 
-
F
 
-
R
 
-
P
 
-
L
 
-
A
 
L
R
 
T
S
 
H
Q
x
E
T
 
E
A
 
R
A
 
Q
A
x
D
R
 
K
V
 
L
D
 
E
E
 
D
L
 
L
L
 
L
E
 
E
Q
 
E
F
 
F
D
 
H
L
 
I
R
 
Q
N
 
H
K
 
I
A
 
R
D
 
K
E
 
S
L
 
A
A
 
G
G
 
M
Y
 
A
L
 
L
S
 
S
H
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
R
 
R
R
 
R
L
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
V
 
R
S
 
A
L
 
L
A
 
A
S
 
A
R
 
N
P
 
P
R
 
Q
M
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
T
 
F
Q
 
A
G
 
G
M
 
V
S
 
D
H
 
P
G
 
I
D
 
S
T
 
V
R
 
I
E
 
D
T
 
I
E
 
K
S
 
K
L
 
I
I
 
I
R
 
E
G
 
H
L
 
L
S
 
-
H
 
R
N
 
D
H
 
R
G
 
G
L
 
L
S
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
H
 
H
D
 
N
V
 
V
D
 
R
L
 
E
V
 
T
M
 
L
Q
 
D
L
 
V
S
 
C
D
 
E
F
 
K
V
 
A
V
 
Y
V
 
I
M
 
V
H
 
S
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
R
K
 
L
L
 
I
A
 
A
E
 
E
G
 
G
T
 
T
P
 
P
A
 
Q
Q
 
D
V
 
V
R
 
L
A
 
N
N
 
N
P
 
E
A
 
Q
V
 
V
Q
 
K
A
 
Q
A
 
V
Y
 
Y
F
 
L
G
 
G
E
 
E
K
 
Q
L
 
F

P04983 Ribose import ATP-binding protein RbsA; EC 7.5.2.7 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
31% identity, 97% coverage: 1:241/249 of query aligns to 1:235/501 of P04983

query
sites
P04983
M
 
M
N
 
E
P
 
A
I
 
L
L
 
L
S
 
Q
V
 
L
K
 
K
G
 
G
I
 
I
S
 
D
V
 
K
Q
 
A
F
 
F
G
 
P
A
 
G
L
 
V
K
 
K
A
 
A
V
 
L
Q
 
S
D
 
G
V
 
A
S
 
A
F
 
L
E
 
N
A
 
V
Q
 
Y
P
 
P
G
 
G
K
 
R
I
 
V
T
 
M
A
 
A
V
 
L
I
 
V
G
 
G
P
 
E
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
|
K
S
 
S
S
 
T
L
 
M
F
 
M
N
 
K
L
 
V
I
 
L
S
 
T
G
 
G
A
 
I
I
 
Y
R
 
T
P
 
R
S
 
D
S
 
A
G
 
G
A
 
T
V
 
L
R
 
L
F
 
W
D
 
L
G
 
G
E
 
K
D
 
E
V
 
T
T
 
T
G
 
F
R
 
T
A
 
G
P
 
P
H
 
K
Q
 
S
L
 
S
L
 
Q
R
 
E
Y
 
A
G
 
G
L
 
I
S
 
G
R
 
I
S
 
I
F
 
H
Q
 
Q
I
 
E
T
 
L
N
 
N
L
 
L
F
 
I
F
 
P
E
 
Q
L
 
L
P
 
T
V
 
I
R
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
I
R
 
F
L
 
L
A
 
G
A
 
R
Q
 
E
F
 
F
L
 
V
E
 
N
Q
 
R
G
 
-
R
 
-
G
 
-
L
 
-
F
 
F
R
 
G
P
 
K
L
 
I
A
 
-
R
 
D
S
 
W
Q
 
K
T
 
T
A
 
M
A
 
Y
A
 
A
R
 
E
V
 
A
D
 
D
E
 
K
L
 
L
L
 
L
E
 
A
Q
 
K
F
 
L
D
 
N
L
 
L
R
 
R
N
 
F
K
 
K
A
 
S
D
 
D
E
 
K
L
 
L
A
 
V
G
 
G
Y
 
D
L
 
L
S
 
S
H
 
I
G
 
G
E
 
D
Q
 
Q
R
 
Q
R
 
M
L
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
V
 
K
S
 
V
L
 
L
A
 
S
S
 
F
R
 
E
P
 
S
R
 
K
M
 
V
L
 
I
L
 
I
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
Q
 
D
G
 
A
M
 
L
S
 
T
H
 
-
G
 
-
D
 
D
T
 
T
R
 
-
E
 
E
T
 
T
E
 
E
S
 
S
L
 
L
I
 
F
R
 
R
G
 
V
L
 
I
S
 
R
H
 
E
-
 
L
-
 
K
N
 
S
H
 
Q
G
 
G
L
 
R
S
 
G
I
 
I
L
 
V
L
 
Y
V
 
I
E
 
S
H
 
H
D
 
R
V
 
M
D
 
K
L
 
E
V
 
I
M
 
F
Q
 
E
L
 
I
S
 
C
D
 
D
F
 
D
V
 
V
V
 
T
V
 
V
M
 
F
H
 
R
Q
 
D
G
 
G
Q
 
Q
K
 
F
L
 
I
A
 
A
E
 
E
G
 
R
T
 
E
P
 
V
A
 
A
Q
 
S
V
 
L
R
 
T
A
 
E
N
 
D
P
 
S
A
 
L
V
 
I
Q
 
E

6s8nB Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with lipopolysaccharide (see paper)
30% identity, 98% coverage: 5:247/249 of query aligns to 3:236/238 of 6s8nB

query
sites
6s8nB
L
 
L
S
 
T
V
 
A
K
 
K
G
 
N
I
 
L
S
 
A
V
 
K
Q
 
A
F
 
Y
G
 
K
A
 
G
L
 
R
K
 
R
A
 
V
V
 
V
Q
 
E
D
 
D
V
 
V
S
 
S
F
 
L
E
 
T
A
 
V
Q
 
N
P
 
S
G
 
G
K
 
E
I
 
I
T
 
V
A
 
G
V
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
S
 
T
L
 
T
F
 
F
N
 
Y
L
 
M
I
 
V
S
 
V
G
 
G
A
 
I
I
 
V
R
 
P
P
 
R
S
 
D
S
 
A
G
 
G
A
 
N
V
 
I
R
 
I
F
 
I
D
 
D
G
 
D
E
 
D
D
 
D
V
 
I
T
 
S
G
 
L
R
 
L
A
 
P
P
 
L
H
 
H
Q
 
A
L
 
R
L
 
A
R
 
R
Y
 
R
G
 
G
L
 
I
S
 
G
R
 
Y
S
 
L
F
 
P
Q
 
Q
I
 
E
T
 
A
N
 
S
L
 
I
F
 
F
F
x
R
E
 
R
L
 
L
P
 
S
V
 
V
R
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
R
 
M
L
 
A
A
 
V
A
 
L
Q
 
Q
F
 
-
L
 
-
E
 
-
Q
 
-
G
 
-
R
 
-
G
 
-
L
 
-
F
 
I
R
 
R
P
 
D
L
 
D
A
 
L
R
 
S
S
 
A
Q
 
E
T
 
Q
A
 
R
A
 
E
A
 
D
R
 
R
V
 
A
D
 
N
E
 
E
L
 
L
L
 
M
E
 
E
Q
 
E
F
 
F
D
 
H
L
 
I
R
 
E
N
 
H
K
 
L
A
 
R
D
 
D
E
 
S
L
x
M
A
x
G
G
x
Q
Y
 
S
L
 
L
S
 
S
H
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
R
 
R
R
 
R
L
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
V
 
R
S
 
A
L
 
L
A
 
A
S
 
A
R
 
N
P
 
P
R
 
K
M
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
Q
 
A
G
 
G
M
 
V
S
 
D
H
 
P
G
 
I
D
 
S
T
 
V
R
 
I
E
 
D
T
 
I
E
 
K
S
 
R
L
 
I
I
 
I
R
 
E
G
 
H
L
 
L
S
 
-
H
 
R
N
 
D
H
 
S
G
 
G
L
 
L
S
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
H
 
H
D
 
N
V
 
V
D
 
R
L
 
E
V
 
T
M
 
L
Q
 
A
L
 
V
S
 
C
D
 
E
F
 
R
V
 
A
V
 
Y
V
 
I
M
 
V
H
 
S
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
H
K
 
L
L
 
I
A
 
A
E
 
H
G
 
G
T
 
T
P
 
P
A
 
T
Q
 
E
V
 
I
R
 
L
A
 
Q
N
 
D
P
 
E
A
 
H
V
 
V
Q
 
K
A
 
R
A
 
V
Y
 
Y
F
 
L
G
 
G
E
 
E

6s8gA Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with amp-pnp (see paper)
30% identity, 98% coverage: 5:247/249 of query aligns to 3:236/238 of 6s8gA

query
sites
6s8gA
L
 
L
S
 
T
V
 
A
K
 
K
G
 
N
I
 
L
S
 
A
V
 
K
Q
 
A
F
x
Y
G
 
K
A
 
G
L
x
R
K
 
R
A
 
V
V
 
V
Q
 
E
D
 
D
V
 
V
S
 
S
F
 
L
E
 
T
A
 
V
Q
 
N
P
 
S
G
 
G
K
 
E
I
 
I
T
 
V
A
 
G
V
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
 
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
S
x
T
L
 
T
F
 
F
N
 
Y
L
 
M
I
 
V
S
 
V
G
 
G
A
 
I
I
 
V
R
 
P
P
 
R
S
 
D
S
 
A
G
 
G
A
 
N
V
 
I
R
 
I
F
 
I
D
 
D
G
 
D
E
 
D
D
 
D
V
 
I
T
 
S
G
 
L
R
 
L
A
 
P
P
 
L
H
 
H
Q
 
A
L
 
R
L
 
A
R
 
R
Y
 
R
G
 
G
L
 
I
S
 
G
R
 
Y
S
 
L
F
 
P
Q
|
Q
I
 
E
T
 
A
N
 
S
L
 
I
F
 
F
F
 
R
E
 
R
L
 
L
P
 
S
V
 
V
R
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
R
 
M
L
 
A
A
 
V
A
 
L
Q
 
Q
F
 
-
L
 
-
E
 
-
Q
 
-
G
 
-
R
 
-
G
 
-
L
 
-
F
 
I
R
 
R
P
 
D
L
 
D
A
 
L
R
 
S
S
 
A
Q
 
E
T
 
Q
A
 
R
A
 
E
A
 
D
R
 
R
V
 
A
D
 
N
E
 
E
L
 
L
L
 
M
E
 
E
Q
 
E
F
 
F
D
 
H
L
 
I
R
 
E
N
 
H
K
 
L
A
 
R
D
 
D
E
 
S
L
 
M
A
 
G
G
 
Q
Y
x
S
L
 
L
S
|
S
H
 
G
G
 
G
E
|
E
Q
 
R
R
 
R
R
 
R
L
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
V
 
R
S
 
A
L
 
L
A
 
A
S
 
A
R
 
N
P
 
P
R
 
K
M
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
Q
 
A
G
 
G
M
 
V
S
 
D
H
 
P
G
 
I
D
 
S
T
 
V
R
 
I
E
 
D
T
 
I
E
 
K
S
 
R
L
 
I
I
 
I
R
 
E
G
 
H
L
 
L
S
 
-
H
 
R
N
 
D
H
 
S
G
 
G
L
 
L
S
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
H
 
H
D
 
N
V
 
V
D
 
R
L
 
E
V
 
T
M
 
L
Q
 
A
L
 
V
S
 
C
D
 
E
F
 
R
V
 
A
V
 
Y
V
 
I
M
 
V
H
 
S
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
H
K
 
L
L
 
I
A
 
A
E
 
H
G
 
G
T
 
T
P
 
P
A
 
T
Q
 
E
V
 
I
R
 
L
A
 
Q
N
 
D
P
 
E
A
 
H
V
 
V
Q
 
K
A
 
R
A
 
V
Y
 
Y
F
 
L
G
 
G
E
 
E

5x40A Structure of a cbio dimer bound with amppcp (see paper)
34% identity, 97% coverage: 1:242/249 of query aligns to 1:235/280 of 5x40A

query
sites
5x40A
M
 
M
N
 
T
P
 
P
I
 
I
L
 
L
S
 
A
V
 
A
K
 
E
G
 
A
I
 
L
S
 
T
V
 
Y
Q
 
A
F
|
F
-
 
P
G
 
G
A
 
G
L
x
V
K
 
K
A
|
A
V
 
L
Q
 
D
D
 
D
V
 
L
S
 
S
F
 
L
E
 
A
A
 
V
Q
 
P
P
 
K
G
 
G
K
 
E
I
 
S
T
 
L
A
 
A
V
 
I
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
S
x
T
L
 
L
F
 
L
N
 
L
L
 
H
I
 
L
S
 
N
G
 
G
A
 
T
I
 
L
R
 
R
P
 
P
S
 
Q
S
 
S
G
 
G
A
 
R
V
 
V
R
 
L
F
 
L
D
 
G
G
 
G
E
 
T
D
 
-
V
 
A
T
 
T
G
 
G
R
 
H
A
 
S
P
 
R
H
 
K
Q
 
D
L
 
L
L
 
-
R
 
-
Y
 
T
G
 
G
L
 
W
S
 
R
R
 
R
S
 
R
F
 
V
Q
 
G
I
 
L
T
 
V
-
 
L
-
x
Q
-
 
D
-
 
A
-
 
D
N
 
D
L
 
Q
F
 
L
F
 
F
E
 
A
L
 
T
P
 
T
V
 
V
R
 
F
E
 
E
N
 
D
L
 
V
R
 
-
L
 
-
A
 
-
A
 
-
Q
 
S
F
 
F
L
 
G
E
 
P
Q
 
L
G
 
N
R
 
L
G
 
G
L
 
L
F
 
S
R
 
E
P
 
A
L
 
E
A
 
A
R
 
R
S
 
-
Q
 
-
T
 
-
A
 
-
A
 
-
A
 
A
R
 
R
V
 
V
D
 
E
E
 
E
L
 
A
L
 
L
E
 
A
Q
 
A
F
 
L
D
 
S
L
 
I
R
 
S
N
 
D
K
 
L
A
 
R
D
 
D
E
 
R
L
 
P
A
 
T
G
x
H
Y
x
M
L
|
L
S
|
S
H
 
G
G
|
G
E
x
Q
Q
 
K
R
 
R
R
 
R
L
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
A
V
 
G
S
 
A
L
 
V
A
 
A
S
 
M
R
 
R
P
 
P
R
 
E
M
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
x
Q
P
 
P
T
 
T
Q
 
A
G
 
G
M
 
L
S
 
D
H
 
L
G
 
A
D
 
G
T
 
T
R
 
E
E
 
Q
T
 
L
E
 
L
S
 
T
L
 
L
I
 
L
R
 
R
G
 
G
L
 
L
S
 
-
H
 
R
N
 
A
H
 
A
G
 
G
L
 
M
S
 
T
I
 
L
L
 
V
L
 
F
V
 
S
E
 
T
H
|
H
D
 
D
V
 
V
D
 
E
L
 
L
V
 
A
M
 
A
Q
 
A
L
 
L
S
 
A
D
 
D
F
 
R
V
 
V
V
 
A
V
 
L
M
 
F
H
 
R
Q
 
T
G
 
G
Q
 
R
K
 
V
L
 
L
A
 
A
E
 
E
G
 
G
T
 
A
P
 
A
A
 
E
Q
 
A
V
 
V
R
 
L
A
 
S
N
 
D
P
 
R
A
 
A
V
 
T
Q
 
L
A
 
A

6mbnA Lptb e163q in complex with atp (see paper)
29% identity, 98% coverage: 5:247/249 of query aligns to 4:237/241 of 6mbnA

query
sites
6mbnA
L
 
L
S
 
T
V
 
A
K
 
K
G
 
N
I
 
L
S
 
A
V
 
K
Q
 
A
F
x
Y
G
 
K
A
 
G
L
x
R
K
 
R
A
x
V
V
 
V
Q
 
E
D
 
D
V
 
V
S
 
S
F
 
L
E
 
T
A
 
V
Q
 
N
P
 
S
G
 
G
K
 
E
I
 
I
T
 
V
A
 
G
V
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
S
x
T
L
 
T
F
 
F
N
 
Y
L
 
M
I
 
V
S
 
V
G
 
G
A
 
I
I
 
V
R
 
P
P
 
R
S
 
D
S
 
A
G
 
G
A
 
N
V
 
I
R
 
I
F
 
I
D
 
D
G
 
D
E
 
D
D
 
D
V
 
I
T
 
S
G
 
L
R
 
L
A
 
P
P
 
L
H
 
H
Q
 
A
L
 
R
L
 
A
R
 
R
Y
 
R
G
 
G
L
 
I
S
 
G
R
 
Y
S
 
L
F
 
P
Q
 
Q
I
 
E
T
 
A
N
 
S
L
 
I
F
 
F
F
 
R
E
 
R
L
 
L
P
 
S
V
 
V
R
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
R
 
M
L
 
A
A
 
V
A
 
L
Q
 
Q
F
 
-
L
 
-
E
 
-
Q
 
-
G
 
-
R
 
-
G
 
-
L
 
-
F
 
I
R
 
R
P
 
D
L
 
D
A
 
L
R
 
S
S
 
A
Q
 
E
T
 
Q
A
 
R
A
 
E
A
 
D
R
 
R
V
 
A
D
 
N
E
 
E
L
 
L
L
 
M
E
 
E
Q
 
E
F
 
F
D
 
H
L
 
I
R
 
E
N
 
H
K
 
L
A
 
R
D
 
D
E
 
S
L
 
M
A
 
G
G
 
Q
Y
 
S
L
 
L
S
 
S
H
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
R
 
R
R
 
R
L
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
V
 
R
S
 
A
L
 
L
A
 
A
S
 
A
R
 
N
P
 
P
R
 
K
M
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
T
 
F
Q
 
A
G
 
G
M
 
V
S
 
D
H
 
P
G
 
I
D
 
S
T
 
V
R
 
I
E
 
D
T
 
I
E
 
K
S
 
R
L
 
I
I
 
I
R
 
E
G
 
H
L
 
L
S
 
-
H
 
R
N
 
D
H
 
S
G
 
G
L
 
L
S
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
H
|
H
D
 
N
V
 
V
D
 
R
L
 
E
V
 
T
M
 
L
Q
 
A
L
 
V
S
 
C
D
 
E
F
 
R
V
 
A
V
 
Y
V
 
I
M
 
V
H
 
S
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
H
K
 
L
L
 
I
A
 
A
E
 
H
G
 
G
T
 
T
P
 
P
A
 
T
Q
 
E
V
 
I
R
 
L
A
 
Q
N
 
D
P
 
E
A
 
H
V
 
V
Q
 
K
A
 
R
A
 
V
Y
 
Y
F
 
L
G
 
G
E
 
E

6mhzA Vanadate trapped cryo-em structure of e.Coli lptb2fg transporter (see paper)
29% identity, 97% coverage: 5:246/249 of query aligns to 3:235/235 of 6mhzA

query
sites
6mhzA
L
 
L
S
 
T
V
 
A
K
 
K
G
 
N
I
 
L
S
 
A
V
 
K
Q
 
A
F
x
Y
G
 
K
A
 
G
L
 
R
K
 
R
A
 
V
V
 
V
Q
 
E
D
 
D
V
 
V
S
 
S
F
 
L
E
 
T
A
 
V
Q
 
N
P
 
S
G
 
G
K
 
E
I
 
I
T
 
V
A
 
G
V
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
S
x
T
L
 
T
F
 
F
N
 
Y
L
 
M
I
 
V
S
 
V
G
 
G
A
 
I
I
 
V
R
 
P
P
 
R
S
 
D
S
 
A
G
 
G
A
 
N
V
 
I
R
 
I
F
 
I
D
 
D
G
 
D
E
 
D
D
 
D
V
 
I
T
 
S
G
 
L
R
 
L
A
 
P
P
 
L
H
 
H
Q
 
A
L
 
R
L
 
A
R
 
R
Y
 
R
G
 
G
L
 
I
S
 
G
R
 
Y
S
 
L
F
 
P
Q
|
Q
I
 
E
T
 
A
N
 
S
L
 
I
F
 
F
F
 
R
E
 
R
L
 
L
P
 
S
V
 
V
R
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
R
 
M
L
 
A
A
 
V
A
 
L
Q
 
Q
F
 
-
L
 
-
E
 
-
Q
 
-
G
 
-
R
 
-
G
 
-
L
 
-
F
 
I
R
 
R
P
 
D
L
 
D
A
 
L
R
 
S
S
 
A
Q
 
E
T
 
Q
A
 
R
A
 
E
A
 
D
R
 
R
V
 
A
D
 
N
E
 
E
L
 
L
L
 
M
E
 
E
Q
 
E
F
 
F
D
 
H
L
 
I
R
 
E
N
 
H
K
 
L
A
 
R
D
 
D
E
 
S
L
 
M
A
 
G
G
 
Q
Y
x
S
L
 
L
S
|
S
H
x
G
G
|
G
E
 
E
Q
 
R
R
 
R
R
 
R
L
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
V
 
R
S
 
A
L
 
L
A
 
A
S
 
A
R
 
N
P
 
P
R
 
K
M
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
F
Q
 
A
G
|
G
M
 
V
S
 
D
H
 
P
G
 
I
D
 
S
T
 
V
R
 
I
E
 
D
T
 
I
E
 
K
S
 
R
L
 
I
I
 
I
R
 
E
G
 
H
L
 
L
S
 
-
H
 
R
N
 
D
H
 
S
G
 
G
L
 
L
S
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
H
|
H
D
 
N
V
 
V
D
 
R
L
 
E
V
 
T
M
 
L
Q
 
A
L
 
V
S
 
C
D
 
E
F
 
R
V
 
A
V
 
Y
V
 
I
M
 
V
H
 
S
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
H
K
 
L
L
 
I
A
 
A
E
 
H
G
 
G
T
 
T
P
 
P
A
 
T
Q
 
E
V
 
I
R
 
L
A
 
Q
N
 
D
P
 
E
A
 
H
V
 
V
Q
 
K
A
 
R
A
 
V
Y
 
Y
F
 
L
G
 
G

4yerA Crystal structure of an abc transporter atp-binding protein (tm_1403) from thermotoga maritima msb8 at 2.35 a resolution
32% identity, 94% coverage: 1:235/249 of query aligns to 1:224/285 of 4yerA

query
sites
4yerA
M
 
M
N
 
E
P
 
D
I
 
I
L
 
I
S
 
V
V
 
V
K
 
E
G
 
N
I
 
L
S
 
V
V
 
K
Q
 
K
F
|
F
G
 
G
A
 
D
L
x
F
K
 
E
A
 
A
V
 
V
Q
 
K
D
 
G
V
 
V
S
 
S
F
 
F
E
 
S
A
 
V
Q
 
K
P
 
K
G
 
G
K
 
E
I
 
I
T
 
F
A
 
A
V
 
F
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
S
x
T
L
 
T
F
 
I
N
 
H
L
 
M
I
 
L
S
 
T
G
 
T
A
 
L
I
 
L
R
 
K
P
 
P
S
 
T
S
 
S
G
 
G
A
 
K
V
 
A
R
 
W
F
 
V
D
 
A
G
 
G
E
 
H
D
 
D
V
 
V
T
 
L
G
 
-
R
 
K
A
 
E
P
 
P
H
 
R
Q
 
E
L
 
V
L
 
-
R
 
R
Y
 
R
G
 
K
L
 
I
S
 
G
R
 
I
S
 
V
F
 
F
Q
 
Q
I
 
D
T
 
Q
N
 
S
L
 
L
F
 
D
F
 
R
E
 
E
L
 
L
P
 
T
V
 
A
R
 
Y
E
 
E
N
 
N
L
 
M
R
 
Y
L
 
I
A
 
H
A
 
G
Q
 
K
F
 
I
L
 
Y
E
 
G
Q
 
Y
G
 
G
R
 
-
G
 
-
L
 
-
F
 
-
R
 
-
P
 
-
L
 
-
A
 
-
R
 
-
S
 
G
Q
 
E
T
 
K
A
 
L
A
 
K
A
 
K
R
 
R
V
 
I
D
 
L
E
 
E
L
 
L
L
 
L
E
 
E
Q
 
F
F
 
V
D
 
E
L
 
L
R
 
L
N
 
E
K
 
F
A
 
K
D
 
D
E
 
K
L
 
P
A
 
V
G
 
K
Y
x
T
L
x
F
S
|
S
H
 
G
G
 
G
E
 
M
Q
 
A
R
 
R
R
 
R
L
 
L
E
 
E
I
 
I
A
 
A
V
 
R
S
 
S
L
 
L
A
 
I
S
 
H
R
 
E
P
 
P
R
 
E
M
 
V
L
 
L
L
 
F
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
Q
 
I
G
 
G
M
 
L
S
 
D
H
 
P
G
 
H
D
 
T
T
 
R
R
 
A
E
 
H
T
 
M
E
 
W
S
 
E
L
 
Y
I
 
I
R
 
S
G
 
K
L
 
M
S
 
K
H
 
K
N
 
E
H
 
H
G
 
N
L
 
M
S
 
T
I
 
I
L
 
F
L
 
L
V
 
T
E
 
T
H
 
H
D
 
Y
V
 
M
D
 
D
L
 
E
V
 
A
M
 
E
Q
 
Q
L
 
L
S
 
A
D
 
D
F
 
R
V
 
V
V
 
A
V
 
I
M
 
I
H
 
D
Q
 
H
G
 
G
Q
 
K
K
 
I
L
 
I
A
 
A
E
 
L
G
 
G
T
 
T
P
 
P
A
 
T
Q
 
E
V
 
L
R
 
K

P30750 Methionine import ATP-binding protein MetN; EC 7.4.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
32% identity, 90% coverage: 16:238/249 of query aligns to 17:232/343 of P30750

query
sites
P30750
A
 
T
L
 
I
K
 
Q
A
 
A
V
 
L
Q
 
N
D
 
N
V
 
V
S
 
S
F
 
L
E
 
H
A
 
V
Q
 
P
P
 
A
G
 
G
K
 
Q
I
 
I
T
 
Y
A
 
G
V
 
V
I
 
I
G
 
G
P
 
A
N
x
S
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
S
x
T
L
 
L
F
 
I
N
 
R
L
 
C
I
 
V
S
 
N
G
 
L
A
 
L
I
 
E
R
 
R
P
 
P
S
 
T
S
 
E
G
 
G
A
 
S
V
 
V
R
 
L
F
 
V
D
 
D
G
 
G
E
 
Q
D
 
E
V
 
L
T
 
T
G
 
T
R
 
L
A
 
S
P
 
E
H
 
S
Q
 
E
L
 
L
L
 
T
-
 
K
-
 
A
R
 
R
Y
 
R
G
 
Q
L
 
I
S
 
G
R
 
M
S
 
I
F
 
F
Q
 
Q
I
 
H
T
 
F
N
 
N
L
 
L
F
 
L
F
 
S
E
 
S
L
 
R
P
 
T
V
 
V
R
 
F
E
 
G
N
 
N
L
 
V
R
 
A
L
 
L
A
 
-
A
 
-
Q
 
-
F
 
-
L
 
-
E
 
-
Q
 
-
G
 
-
R
 
-
G
 
-
L
 
-
F
 
-
R
 
-
P
 
P
L
 
L
A
 
E
R
 
L
S
 
D
Q
 
N
T
 
T
-
 
P
-
 
K
-
 
D
-
 
E
A
 
V
A
 
K
A
 
R
R
 
R
V
 
V
D
 
T
E
 
E
L
 
L
L
 
L
E
 
S
Q
 
L
F
 
V
D
 
G
L
 
L
R
 
G
N
 
D
K
 
K
A
 
H
D
 
D
E
 
S
L
 
Y
A
 
P
G
 
S
Y
 
N
L
 
L
S
 
S
H
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
K
R
 
Q
R
 
R
L
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
A
V
 
R
S
 
A
L
 
L
A
 
A
S
 
S
R
 
N
P
 
P
R
 
K
M
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
C
D
 
D
E
|
E
P
 
A
T
 
T
Q
 
S
G
 
A
M
 
L
S
 
D
H
 
P
G
 
A
D
 
T
T
 
T
R
 
R
E
 
S
T
 
I
E
 
L
S
 
E
L
 
L
I
 
L
R
 
K
G
 
D
L
 
I
S
 
N
H
 
R
N
 
R
H
 
L
G
 
G
L
 
L
S
 
T
I
 
I
L
 
L
L
 
L
V
 
I
E
 
T
H
 
H
D
 
E
V
 
M
D
 
D
L
 
V
V
 
V
M
 
K
Q
 
R
L
 
I
S
 
C
D
 
D
F
 
C
V
 
V
V
 
A
V
 
V
M
 
I
H
 
S
Q
 
N
G
 
G
Q
 
E
K
 
L
L
 
I
A
 
E
E
 
Q
G
 
D
T
 
T
P
 
V
A
 
S
Q
 
E
V
 
V
R
 
F
A
 
S
N
 
H
P
 
P

Sites not aligning to the query:

4ymuJ Crystal structure of an amino acid abc transporter complex with arginines and atps (see paper)
29% identity, 93% coverage: 4:234/249 of query aligns to 1:223/240 of 4ymuJ

query
sites
4ymuJ
I
 
M
L
 
I
S
 
F
V
 
V
K
 
N
G
 
D
I
 
V
S
 
Y
V
 
K
Q
 
N
F
|
F
G
 
G
A
 
S
L
 
L
K
 
E
A
x
V
V
 
L
Q
 
K
D
 
G
V
 
V
S
 
T
F
 
L
E
 
K
A
 
V
Q
 
N
P
 
K
G
 
G
K
 
E
I
 
V
T
 
V
A
 
V
V
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
S
x
T
L
 
L
F
 
L
N
 
R
L
 
C
I
 
I
S
 
N
G
 
L
A
 
L
I
 
E
R
 
E
P
 
P
S
 
T
S
 
K
G
 
G
A
 
E
V
 
V
R
 
F
F
 
I
D
 
D
G
 
G
E
 
V
D
 
K
V
 
I
-
 
N
T
 
N
G
 
G
R
 
K
A
 
V
P
 
N
H
 
I
Q
 
N
L
 
K
L
 
V
R
 
R
Y
 
Q
G
 
K
L
 
V
S
 
G
R
 
M
S
 
V
F
 
F
Q
 
Q
I
 
H
T
 
F
N
 
N
L
 
L
F
 
F
F
 
P
E
 
H
L
 
L
P
 
T
V
 
A
R
 
I
E
 
E
N
 
N
L
 
I
R
 
T
L
 
L
A
 
A
A
 
P
Q
 
V
F
 
K
L
 
V
E
 
K
Q
 
K
G
 
-
R
 
-
G
 
-
L
 
-
F
 
-
R
 
-
P
 
-
L
 
M
A
 
N
R
 
K
S
 
K
Q
 
E
T
 
A
A
 
E
A
 
E
A
 
L
R
 
A
V
 
V
D
 
D
E
 
-
L
 
L
L
 
L
E
 
A
Q
 
K
F
 
V
D
 
G
L
 
L
R
 
L
N
 
D
K
 
K
A
 
K
D
 
D
E
 
Q
L
 
Y
A
 
P
G
 
I
Y
 
K
L
 
L
S
 
S
H
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
K
R
 
Q
R
 
R
L
 
L
E
 
A
I
 
I
A
 
A
V
 
R
S
 
A
L
 
L
A
 
A
S
 
M
R
 
Q
P
 
P
R
 
E
M
 
V
L
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
T
Q
 
S
G
 
A
M
 
L
S
 
D
H
 
P
G
 
E
D
 
M
T
 
V
R
 
K
E
 
E
T
 
V
E
 
L
S
 
N
L
 
V
I
 
M
R
 
K
G
 
Q
L
 
L
S
 
A
H
 
-
N
 
N
H
 
E
G
 
G
L
 
M
S
 
T
I
 
M
L
 
V
L
 
V
V
 
V
E
 
T
H
|
H
D
 
E
V
 
M
D
 
G
L
 
F
V
 
A
M
 
R
Q
 
E
L
 
V
S
 
G
D
 
D
F
 
R
V
 
V
V
 
I
V
 
F
M
 
M
H
 
D
Q
 
D
G
 
G
Q
 
V
K
 
I
L
 
V
A
 
E
E
 
E
G
 
G
T
 
T
P
 
P
A
 
E
Q
 
E
V
 
I

6b89A E. Coli lptb in complex with adp and novobiocin (see paper)
29% identity, 97% coverage: 5:245/249 of query aligns to 3:234/234 of 6b89A

query
sites
6b89A
L
 
L
S
 
T
V
 
A
K
 
K
G
 
N
I
 
L
S
 
A
V
 
K
Q
 
A
F
x
Y
G
 
K
A
 
G
L
x
R
K
 
R
A
x
V
V
 
V
Q
 
E
D
 
D
V
 
V
S
 
S
F
 
L
E
 
T
A
 
V
Q
 
N
P
 
S
G
 
G
K
 
E
I
 
I
T
 
V
A
 
G
V
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
S
x
T
L
 
T
F
 
F
N
 
Y
L
 
M
I
 
V
S
 
V
G
 
G
A
 
I
I
 
V
R
 
P
P
 
R
S
 
D
S
 
A
G
 
G
A
 
N
V
 
I
R
 
I
F
 
I
D
 
D
G
 
D
E
 
D
D
 
D
V
 
I
T
 
S
G
 
L
R
 
L
A
 
P
P
x
L
H
|
H
Q
 
A
L
 
R
L
 
A
R
 
R
Y
 
R
G
 
G
L
 
I
S
 
G
R
 
Y
S
 
L
F
x
P
Q
|
Q
I
 
E
T
x
A
N
x
S
L
 
I
F
|
F
F
x
R
E
x
R
L
|
L
P
 
S
V
 
V
R
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
R
 
M
L
 
A
A
x
V
A
 
L
Q
 
Q
F
 
-
L
 
-
E
 
-
Q
 
-
G
 
-
R
 
-
G
 
-
L
 
-
F
 
I
R
 
R
P
 
D
L
 
D
A
 
L
R
 
S
S
 
A
Q
 
E
T
 
Q
A
 
R
A
 
E
A
 
D
R
 
R
V
 
A
D
 
N
E
 
E
L
 
L
L
 
M
E
 
E
Q
 
E
F
 
F
D
 
H
L
 
I
R
 
E
N
 
H
K
 
L
A
 
R
D
 
D
E
 
S
L
 
M
A
 
G
G
x
Q
Y
 
S
L
 
L
S
 
S
H
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
R
 
R
R
 
R
L
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
V
x
R
S
 
A
L
 
L
A
 
A
S
 
A
R
 
N
P
 
P
R
 
K
M
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
Q
 
A
G
 
G
M
 
V
S
 
D
H
 
P
G
 
I
D
 
S
T
 
V
R
 
I
E
 
D
T
 
I
E
 
K
S
 
R
L
 
I
I
 
I
R
 
E
G
 
H
L
 
L
S
 
-
H
 
R
N
 
D
H
 
S
G
 
G
L
 
L
S
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
H
 
H
D
 
N
V
 
V
D
 
R
L
 
E
V
 
T
M
 
L
Q
 
A
L
 
V
S
 
C
D
 
E
F
 
R
V
 
A
V
 
Y
V
 
I
M
 
V
H
 
S
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
H
K
 
L
L
 
I
A
 
A
E
 
H
G
 
G
T
 
T
P
 
P
A
 
T
Q
 
E
V
 
I
R
 
L
A
 
Q
N
 
D
P
 
E
A
 
H
V
 
V
Q
 
K
A
 
R
A
 
V
Y
 
Y
F
 
L

4p31A Crystal structure of a selenomethionine derivative of e. Coli lptb in complex with adp-magensium (see paper)
29% identity, 97% coverage: 5:245/249 of query aligns to 3:234/234 of 4p31A

query
sites
4p31A
L
 
L
S
 
T
V
 
A
K
 
K
G
 
N
I
 
L
S
 
A
V
 
K
Q
 
A
F
x
Y
G
 
K
A
 
G
L
x
R
K
 
R
A
x
V
V
 
V
Q
 
E
D
 
D
V
 
V
S
 
S
F
 
L
E
 
T
A
 
V
Q
 
N
P
 
S
G
 
G
K
 
E
I
 
I
T
 
V
A
 
G
V
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
S
x
T
L
 
T
F
 
F
N
 
Y
L
 
M
I
 
V
S
 
V
G
 
G
A
 
I
I
 
V
R
 
P
P
 
R
S
 
D
S
 
A
G
 
G
A
 
N
V
 
I
R
 
I
F
 
I
D
 
D
G
 
D
E
 
D
D
 
D
V
 
I
T
 
S
G
 
L
R
 
L
A
 
P
P
 
L
H
 
H
Q
 
A
L
 
R
L
 
A
R
 
R
Y
 
R
G
 
G
L
 
I
S
 
G
R
 
Y
S
 
L
F
 
P
Q
|
Q
I
 
E
T
 
A
N
 
S
L
 
I
F
 
F
F
 
R
E
 
R
L
 
L
P
 
S
V
 
V
R
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
R
 
M
L
 
A
A
 
V
A
 
L
Q
 
Q
F
 
-
L
 
-
E
 
-
Q
 
-
G
 
-
R
 
-
G
 
-
L
 
-
F
 
I
R
 
R
P
 
D
L
 
D
A
 
L
R
 
S
S
 
A
Q
 
E
T
 
Q
A
 
R
A
 
E
A
 
D
R
 
R
V
 
A
D
 
N
E
 
E
L
 
L
L
 
M
E
 
E
Q
 
E
F
 
F
D
 
H
L
 
I
R
 
E
N
 
H
K
 
L
A
 
R
D
 
D
E
 
S
L
 
M
A
 
G
G
 
Q
Y
 
S
L
 
L
S
 
S
H
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
R
 
R
R
 
R
L
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
V
 
R
S
 
A
L
 
L
A
 
A
S
 
A
R
 
N
P
 
P
R
 
K
M
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
Q
 
A
G
 
G
M
 
V
S
 
D
H
 
P
G
 
I
D
 
S
T
 
V
R
 
I
E
 
D
T
 
I
E
 
K
S
 
R
L
 
I
I
 
I
R
 
E
G
 
H
L
 
L
S
 
-
H
 
R
N
 
D
H
 
S
G
 
G
L
 
L
S
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
H
 
H
D
 
N
V
 
V
D
 
R
L
 
E
V
 
T
M
 
L
Q
 
A
L
 
V
S
 
C
D
 
E
F
 
R
V
 
A
V
 
Y
V
 
I
M
 
V
H
 
S
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
H
K
 
L
L
 
I
A
 
A
E
 
H
G
 
G
T
 
T
P
 
P
A
 
T
Q
 
E
V
 
I
R
 
L
A
 
Q
N
 
D
P
 
E
A
 
H
V
 
V
Q
 
K
A
 
R
A
 
V
Y
 
Y
F
 
L

6b8bA E. Coli lptb in complex with adp and a novobiocin derivative (see paper)
29% identity, 96% coverage: 5:244/249 of query aligns to 3:233/233 of 6b8bA

query
sites
6b8bA
L
 
L
S
 
T
V
 
A
K
 
K
G
 
N
I
 
L
S
 
A
V
 
K
Q
 
A
F
x
Y
G
 
K
A
 
G
L
x
R
K
 
R
A
x
V
V
 
V
Q
 
E
D
 
D
V
 
V
S
 
S
F
 
L
E
 
T
A
 
V
Q
 
N
P
 
S
G
 
G
K
 
E
I
 
I
T
 
V
A
 
G
V
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
S
x
T
L
 
T
F
 
F
N
 
Y
L
 
M
I
 
V
S
 
V
G
 
G
A
 
I
I
 
V
R
 
P
P
 
R
S
 
D
S
 
A
G
 
G
A
 
N
V
 
I
R
 
I
F
 
I
D
 
D
G
 
D
E
 
D
D
 
D
V
 
I
T
 
S
G
 
L
R
 
L
A
 
P
P
 
L
H
 
H
Q
 
A
L
 
R
L
 
A
R
 
R
Y
 
R
G
 
G
L
 
I
S
 
G
R
 
Y
S
 
L
F
 
P
Q
 
Q
I
 
E
T
 
A
N
 
S
L
 
I
F
|
F
F
x
R
E
x
R
L
 
L
P
 
S
V
 
V
R
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
R
 
M
L
 
A
A
 
V
A
 
L
Q
 
Q
F
 
-
L
 
-
E
 
-
Q
 
-
G
 
-
R
 
-
G
 
-
L
 
-
F
 
I
R
 
R
P
 
D
L
 
D
A
 
L
R
 
S
S
 
A
Q
 
E
T
 
Q
A
 
R
A
 
E
A
 
D
R
 
R
V
 
A
D
 
N
E
 
E
L
 
L
L
 
M
E
 
E
Q
 
E
F
 
F
D
 
H
L
 
I
R
 
E
N
 
H
K
 
L
A
 
R
D
 
D
E
 
S
L
 
M
A
 
G
G
 
Q
Y
 
S
L
 
L
S
 
S
H
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
R
 
R
R
 
R
L
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
V
 
R
S
 
A
L
 
L
A
 
A
S
 
A
R
 
N
P
 
P
R
 
K
M
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
Q
 
A
G
 
G
M
 
V
S
 
D
H
 
P
G
 
I
D
 
S
T
 
V
R
 
I
E
 
D
T
 
I
E
 
K
S
 
R
L
 
I
I
 
I
R
 
E
G
 
H
L
 
L
S
 
-
H
 
R
N
 
D
H
 
S
G
 
G
L
 
L
S
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
H
 
H
D
 
N
V
 
V
D
 
R
L
 
E
V
 
T
M
 
L
Q
 
A
L
 
V
S
 
C
D
 
E
F
 
R
V
 
A
V
 
Y
V
 
I
M
 
V
H
 
S
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
H
K
 
L
L
 
I
A
 
A
E
 
H
G
 
G
T
 
T
P
 
P
A
 
T
Q
 
E
V
 
I
R
 
L
A
 
Q
N
 
D
P
 
E
A
 
H
V
 
V
Q
 
K
A
 
R
A
 
V
Y
 
Y

4u00A Crystal structure of ttha1159 in complex with adp (see paper)
30% identity, 95% coverage: 3:238/249 of query aligns to 1:227/241 of 4u00A

query
sites
4u00A
P
 
P
I
 
I
L
 
I
S
 
R
V
 
I
K
 
R
G
 
N
I
 
L
S
 
H
V
 
K
Q
 
W
F
|
F
G
 
G
A
 
P
L
 
L
K
 
H
A
x
V
V
 
L
Q
 
K
D
 
G
V
 
I
S
 
H
F
 
L
E
 
E
A
 
V
Q
 
A
P
 
P
G
 
G
K
 
E
I
 
K
T
 
L
A
 
V
V
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
S
x
T
L
 
L
F
 
I
N
 
R
L
 
T
I
 
I
S
 
N
G
 
R
A
 
L
I
 
E
R
 
D
P
 
F
S
 
Q
S
 
E
G
 
G
A
 
E
V
 
V
R
 
V
F
 
V
D
 
D
G
 
G
E
 
L
D
 
S
V
 
V
T
 
K
G
 
D
R
 
D
A
 
R
P
 
A
H
 
L
Q
 
R
L
 
E
L
 
I
R
 
R
Y
 
R
G
 
E
L
 
V
S
 
G
R
 
M
S
 
V
F
 
F
Q
 
Q
I
 
Q
T
 
F
N
 
N
L
 
L
F
 
F
F
 
P
E
 
H
L
 
M
P
 
T
V
 
V
R
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
V
R
 
T
L
 
L
A
 
A
A
 
P
Q
 
M
F
 
R
L
 
V
E
 
R
Q
 
R
G
 
W
R
 
-
G
 
-
L
 
-
F
 
-
R
 
-
P
 
P
L
 
R
A
 
E
R
 
K
S
 
A
Q
 
E
T
 
K
A
 
K
A
 
A
A
 
L
R
 
-
V
 
-
D
 
-
E
 
E
L
 
L
L
 
L
E
 
E
Q
 
R
F
 
V
D
 
G
L
 
I
R
 
L
N
 
D
K
 
Q
A
 
A
D
 
R
E
 
K
L
 
Y
A
 
P
G
 
A
Y
 
Q
L
 
L
S
 
S
H
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
Q
R
 
Q
R
 
R
L
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
A
V
 
R
S
 
A
L
 
L
A
 
A
S
 
M
R
 
E
P
 
P
R
 
K
M
 
I
L
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
Q
 
S
G
 
A
M
 
L
S
 
D
H
 
P
G
 
E
D
 
M
T
 
V
R
 
G
E
 
E
T
 
V
E
 
L
S
 
D
L
 
V
I
 
M
R
 
R
G
 
D
L
 
L
S
 
A
H
 
Q
N
 
G
H
 
-
G
 
G
L
 
M
S
 
T
I
 
M
L
 
V
L
 
V
V
 
V
E
 
T
H
 
H
D
 
E
V
 
M
D
 
G
L
 
F
V
 
A
M
 
R
Q
 
E
L
 
V
S
 
A
D
 
D
F
 
R
V
 
V
V
 
V
V
 
F
M
 
M
H
 
D
Q
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
I
L
 
V
A
 
E
E
 
E
G
 
G
T
 
R
P
 
P
A
 
E
Q
 
E
V
 
I
R
 
F
A
 
T
N
 
R
P
 
P

6cvlD Crystal structure of the escherichia coli atpgs-bound metni methionine abc transporter in complex with its metq binding protein (see paper)
32% identity, 90% coverage: 16:238/249 of query aligns to 18:233/344 of 6cvlD

query
sites
6cvlD
A
 
T
L
x
I
K
 
Q
A
 
A
V
 
L
Q
 
N
D
 
N
V
 
V
S
 
S
F
 
L
E
 
H
A
 
V
Q
 
P
P
 
A
G
 
G
K
 
Q
I
 
I
T
 
Y
A
 
G
V
 
V
I
 
I
G
 
G
P
 
A
N
x
S
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
S
x
T
L
 
L
F
 
I
N
 
R
L
 
C
I
 
V
S
 
N
G
 
L
A
 
L
I
 
E
R
 
R
P
 
P
S
 
T
S
 
E
G
 
G
A
 
S
V
 
V
R
 
L
F
 
V
D
 
D
G
 
G
E
 
Q
D
 
E
V
 
L
T
 
T
G
 
T
R
 
L
A
 
S
P
 
E
H
 
S
Q
 
E
L
 
L
L
 
T
-
 
K
-
 
A
R
 
R
Y
 
R
G
 
Q
L
 
I
S
 
G
R
 
M
S
 
I
F
 
F
Q
 
Q
I
 
H
T
 
F
N
 
N
L
 
L
F
 
L
F
 
S
E
 
S
L
 
R
P
 
T
V
 
V
R
 
F
E
 
G
N
 
N
L
 
V
R
 
A
L
 
L
A
 
-
A
 
-
Q
 
-
F
 
-
L
 
-
E
 
-
Q
 
-
G
 
-
R
 
-
G
 
-
L
 
-
F
 
-
R
 
-
P
 
P
L
 
L
A
 
E
R
 
L
S
 
D
Q
 
N
T
 
T
-
 
P
-
 
K
-
 
D
-
 
E
A
 
V
A
 
K
A
 
R
R
 
R
V
 
V
D
 
T
E
 
E
L
 
L
L
 
L
E
 
S
Q
 
L
F
 
V
D
 
G
L
 
L
R
 
G
N
 
D
K
 
K
A
 
H
D
 
D
E
 
S
L
 
Y
A
 
P
G
 
S
Y
x
N
L
 
L
S
|
S
H
 
G
G
 
G
E
x
Q
Q
 
K
R
 
Q
R
 
R
L
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
A
V
 
R
S
 
A
L
 
L
A
 
A
S
 
S
R
 
N
P
 
P
R
 
K
M
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
C
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
T
 
T
Q
 
S
G
 
A
M
 
L
S
 
D
H
 
P
G
 
A
D
 
T
T
 
T
R
 
R
E
 
S
T
 
I
E
 
L
S
 
E
L
 
L
I
 
L
R
 
K
G
 
D
L
 
I
S
 
N
H
 
R
N
 
R
H
 
L
G
 
G
L
 
L
S
 
T
I
 
I
L
 
L
L
 
L
V
 
I
E
 
T
H
|
H
D
 
E
V
 
M
D
 
D
L
 
V
V
 
V
M
 
K
Q
 
R
L
 
I
S
 
C
D
 
D
F
 
C
V
 
V
V
 
A
V
 
V
M
 
I
H
 
S
Q
 
N
G
 
G
Q
 
E
K
 
L
L
 
I
A
 
E
E
 
Q
G
 
D
T
 
T
P
 
V
A
 
S
Q
 
E
V
 
V
R
 
F
A
 
S
N
 
H
P
 
P

Sites not aligning to the query:

3tuzC Inward facing conformations of the metni methionine abc transporter: cy5 semet soak crystal form (see paper)
32% identity, 90% coverage: 16:238/249 of query aligns to 18:233/344 of 3tuzC

query
sites
3tuzC
A
 
T
L
 
I
K
 
Q
A
 
A
V
 
L
Q
 
N
D
 
N
V
 
V
S
 
S
F
 
L
E
 
H
A
 
V
Q
 
P
P
 
A
G
 
G
K
 
Q
I
 
I
T
 
Y
A
 
G
V
 
V
I
 
I
G
 
G
P
 
A
N
 
S
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
S
x
T
L
 
L
F
 
I
N
 
R
L
 
C
I
 
V
S
 
N
G
 
L
A
 
L
I
 
E
R
 
R
P
 
P
S
 
T
S
 
E
G
 
G
A
 
S
V
 
V
R
 
L
F
 
V
D
 
D
G
 
G
E
 
Q
D
 
E
V
 
L
T
 
T
G
 
T
R
 
L
A
 
S
P
 
E
H
 
S
Q
 
E
L
 
L
L
 
T
-
 
K
-
 
A
R
 
R
Y
 
R
G
 
Q
L
 
I
S
 
G
R
 
M
S
 
I
F
 
F
Q
 
Q
I
 
H
T
 
F
N
 
N
L
 
L
F
 
L
F
 
S
E
 
S
L
 
R
P
 
T
V
 
V
R
 
F
E
 
G
N
 
N
L
 
V
R
 
A
L
 
L
A
 
-
A
 
-
Q
 
-
F
 
-
L
 
-
E
 
-
Q
 
-
G
 
-
R
 
-
G
 
-
L
 
-
F
 
-
R
 
-
P
 
P
L
 
L
A
 
E
R
 
L
S
 
D
Q
 
N
T
 
T
-
 
P
-
 
K
-
 
D
-
 
E
A
 
V
A
 
K
A
 
R
R
 
R
V
 
V
D
 
T
E
 
E
L
 
L
L
 
L
E
 
S
Q
 
L
F
 
V
D
 
G
L
 
L
R
 
G
N
 
D
K
 
K
A
 
H
D
 
D
E
 
S
L
 
Y
A
 
P
G
 
S
Y
 
N
L
 
L
S
 
S
H
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
K
R
 
Q
R
 
R
L
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
A
V
 
R
S
 
A
L
 
L
A
 
A
S
 
S
R
 
N
P
 
P
R
 
K
M
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
C
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
T
 
T
Q
 
S
G
 
A
M
 
L
S
 
D
H
 
P
G
 
A
D
 
T
T
 
T
R
 
R
E
 
S
T
 
I
E
 
L
S
 
E
L
 
L
I
 
L
R
 
K
G
 
D
L
 
I
S
 
N
H
 
R
N
 
R
H
 
L
G
 
G
L
 
L
S
 
T
I
 
I
L
 
L
L
 
L
V
 
I
E
 
T
H
 
H
D
 
E
V
 
M
D
 
D
L
 
V
V
 
V
M
 
K
Q
 
R
L
 
I
S
 
C
D
 
D
F
 
C
V
 
V
V
 
A
V
 
V
M
 
I
H
 
S
Q
 
N
G
 
G
Q
 
E
K
 
L
L
 
I
A
 
E
E
 
Q
G
 
D
T
 
T
P
 
V
A
 
S
Q
 
E
V
 
V
R
 
F
A
 
S
N
 
H
P
 
P

Sites not aligning to the query:

3tuiC Inward facing conformations of the metni methionine abc transporter: cy5 native crystal form (see paper)
32% identity, 90% coverage: 16:238/249 of query aligns to 18:233/344 of 3tuiC

query
sites
3tuiC
A
 
T
L
 
I
K
 
Q
A
 
A
V
 
L
Q
 
N
D
 
N
V
 
V
S
 
S
F
 
L
E
 
H
A
 
V
Q
 
P
P
 
A
G
 
G
K
 
Q
I
 
I
T
 
Y
A
 
G
V
 
V
I
 
I
G
 
G
P
 
A
N
 
S
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
S
x
T
L
 
L
F
 
I
N
 
R
L
 
C
I
 
V
S
 
N
G
 
L
A
 
L
I
 
E
R
 
R
P
 
P
S
 
T
S
 
E
G
 
G
A
 
S
V
 
V
R
 
L
F
 
V
D
 
D
G
 
G
E
 
Q
D
 
E
V
 
L
T
 
T
G
 
T
R
 
L
A
 
S
P
 
E
H
 
S
Q
 
E
L
 
L
L
 
T
-
 
K
-
 
A
R
 
R
Y
 
R
G
 
Q
L
 
I
S
 
G
R
 
M
S
 
I
F
 
F
Q
 
Q
I
 
H
T
 
F
N
 
N
L
 
L
F
 
L
F
 
S
E
 
S
L
 
R
P
 
T
V
 
V
R
 
F
E
 
G
N
 
N
L
 
V
R
 
A
L
 
L
A
 
-
A
 
-
Q
 
-
F
 
-
L
 
-
E
 
-
Q
 
-
G
 
-
R
 
-
G
 
-
L
 
-
F
 
-
R
 
-
P
 
P
L
 
L
A
 
E
R
 
L
S
 
D
Q
 
N
T
 
T
-
 
P
-
 
K
-
 
D
-
 
E
A
 
V
A
 
K
A
 
R
R
 
R
V
 
V
D
 
T
E
 
E
L
 
L
L
 
L
E
 
S
Q
 
L
F
 
V
D
 
G
L
 
L
R
 
G
N
 
D
K
 
K
A
 
H
D
 
D
E
 
S
L
 
Y
A
 
P
G
 
S
Y
 
N
L
 
L
S
 
S
H
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
K
R
 
Q
R
 
R
L
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
A
V
 
R
S
 
A
L
 
L
A
 
A
S
 
S
R
 
N
P
 
P
R
 
K
M
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
C
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
T
 
T
Q
 
S
G
 
A
M
 
L
S
 
D
H
 
P
G
 
A
D
 
T
T
 
T
R
 
R
E
 
S
T
 
I
E
 
L
S
 
E
L
 
L
I
 
L
R
 
K
G
 
D
L
 
I
S
 
N
H
 
R
N
 
R
H
 
L
G
 
G
L
 
L
S
 
T
I
 
I
L
 
L
L
 
L
V
 
I
E
 
T
H
 
H
D
 
E
V
 
M
D
 
D
L
 
V
V
 
V
M
 
K
Q
 
R
L
 
I
S
 
C
D
 
D
F
 
C
V
 
V
V
 
A
V
 
V
M
 
I
H
 
S
Q
 
N
G
 
G
Q
 
E
K
 
L
L
 
I
A
 
E
E
 
Q
G
 
D
T
 
T
P
 
V
A
 
S
Q
 
E
V
 
V
R
 
F
A
 
S
N
 
H
P
 
P

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>Ac3H11_104 FitnessBrowser__acidovorax_3H11:Ac3H11_104
MNPILSVKGISVQFGALKAVQDVSFEAQPGKITAVIGPNGAGKSSLFNLISGAIRPSSGA
VRFDGEDVTGRAPHQLLRYGLSRSFQITNLFFELPVRENLRLAAQFLEQGRGLFRPLARS
QTAAARVDELLEQFDLRNKADELAGYLSHGEQRRLEIAVSLASRPRMLLLDEPTQGMSHG
DTRETESLIRGLSHNHGLSILLVEHDVDLVMQLSDFVVVMHQGQKLAEGTPAQVRANPAV
QAAYFGEKL

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory