SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing Ac3H11_1121 FitnessBrowser__acidovorax_3H11:Ac3H11_1121 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 18 hits to proteins with known functional sites (download)

4bv9A Crystal structure of the NADPH form of mouse mu-crystallin. (see paper)
35% identity, 80% coverage: 54:324/337 of query aligns to 37:296/303 of 4bv9A

query
sites
4bv9A
D
 
D
S
 
G
T
 
G
V
 
V
S
 
M
V
 
Q
P
 
P
A
 
V
R
|
R
S
 
T
V
 
V
L
 
V
P
 
P
L
 
V
A
 
A
Q
 
K
G
 
H
-
 
R
G
 
G
S
 
F
L
 
L
F
x
G
L
 
V
M
|
M
P
 
P
A
 
A
T
 
Y
D
 
S
-
 
A
-
 
A
R
 
E
S
 
D
V
 
A
A
 
L
M
 
T
T
 
T
K
|
K
L
 
L
I
 
V
T
 
T
F
 
F
T
 
Y
P
 
E
A
 
V
N
 
-
A
 
-
G
 
-
T
 
-
G
 
-
R
 
-
P
 
P
S
|
S
I
x
H
Q
 
Q
G
 
A
D
 
S
V
 
V
V
 
L
V
 
L
F
 
F
D
 
D
I
 
P
A
 
S
T
 
N
G
 
G
A
 
S
R
 
L
Q
 
L
L
 
A
V
 
V
L
 
M
D
 
D
G
 
G
P
 
N
T
 
V
V
 
I
T
 
T
A
 
A
R
 
K
R
|
R
T
|
T
A
 
A
A
 
A
V
 
V
S
 
S
L
 
A
L
 
I
A
 
A
A
 
T
R
 
K
H
 
L
L
 
L
A
 
K
P
 
P
A
 
P
P
 
G
Q
 
S
G
 
D
P
 
V
L
 
L
L
 
C
I
 
I
V
 
L
G
|
G
A
 
A
G
|
G
V
|
V
Q
|
Q
G
 
A
L
 
Y
A
 
S
H
 
H
A
 
Y
E
 
E
A
 
I
F
 
F
V
 
T
L
 
E
G
 
Q
L
 
F
G
 
S
V
 
F
Q
 
K
E
 
E
V
 
V
W
 
R
I
 
M
S
 
W
S
x
N
R
|
R
S
x
T
A
 
R
A
 
E
S
 
N
A
 
A
E
 
E
A
 
K
L
 
F
A
 
A
T
 
S
Q
 
T
V
 
V
R
 
Q
A
 
-
L
 
-
G
 
-
A
 
G
Q
 
D
V
 
V
R
 
R
V
 
V
V
 
C
A
 
S
D
 
S
A
 
V
D
 
Q
A
 
E
A
 
A
L
 
V
A
 
T
H
 
G
C
 
A
P
 
D
L
 
V
V
 
I
A
 
I
A
 
T
C
x
V
T
|
T
T
x
M
A
|
A
S
 
T
S
 
E
L
 
P
V
 
I
L
 
L
H
 
F
A
 
G
T
 
E
-
 
W
P
 
V
R
 
K
A
 
P
D
 
G
A
 
A
F
 
H
I
 
I
T
 
N
A
 
A
V
|
V
G
|
G
A
 
A
F
x
S
T
 
R
P
 
P
A
 
D
M
 
W
A
 
R
E
 
E
L
 
L
A
 
D
P
 
D
A
 
E
L
 
L
C
 
M
Q
 
R
H
 
Q
V
 
A
A
 
V
E
 
-
H
 
-
G
 
-
R
 
-
I
 
L
V
 
Y
V
 
V
D
 
D
T
 
S
A
 
R
D
 
E
A
 
A
S
 
A
-
 
L
H
 
K
E
 
E
A
 
S
G
 
G
D
 
D
L
 
V
L
 
L
Q
 
L
A
 
S
G
 
G
L
 
A
D
 
D
V
 
I
A
 
F
A
 
A
L
 
-
P
 
-
V
 
E
L
 
L
R
 
G
D
 
E
V
 
V
V
 
I
C
 
S
G
 
G
P
 
A
W
 
-
T
 
K
P
 
P
R
 
A
A
 
H
P
 
C
A
 
E
G
 
K
P
 
T
V
 
T
L
 
V
F
 
F
K
 
K
S
|
S
C
x
L
G
|
G
W
 
M
A
 
A
G
 
V
W
 
E
D
 
D
L
 
L
A
 
V
A
 
A
A
 
A
R
 
K
L
 
L

4bvaA Crystal structure of the NADPH-t3 form of mouse mu-crystallin. (see paper)
34% identity, 80% coverage: 54:324/337 of query aligns to 38:295/303 of 4bvaA

query
sites
4bvaA
D
 
D
S
 
G
T
 
G
V
 
V
S
 
M
V
 
Q
P
 
P
A
 
V
R
|
R
S
 
T
V
 
V
L
 
V
P
 
P
L
 
V
A
 
A
Q
 
K
G
 
H
-
 
R
G
 
G
S
x
F
L
 
L
F
x
G
L
 
V
M
 
M
P
 
P
A
 
A
T
 
Y
D
 
S
-
 
A
-
 
A
R
 
E
S
 
D
V
 
A
A
 
L
M
 
T
T
 
T
K
 
K
L
 
L
I
x
V
T
 
T
F
|
F
T
 
Y
P
 
E
A
 
S
N
 
H
A
 
-
G
 
-
T
 
-
G
 
-
R
 
-
P
 
-
S
 
-
I
 
-
Q
 
Q
G
 
A
D
 
S
V
 
V
V
 
L
V
 
L
F
 
F
D
 
D
I
 
P
A
 
S
T
 
N
G
 
G
A
 
S
R
 
L
Q
 
L
L
 
A
V
 
V
L
 
M
D
 
D
G
 
G
P
 
N
T
 
V
V
 
I
T
|
T
A
 
A
R
 
K
R
|
R
T
|
T
A
 
A
A
 
A
V
 
V
S
 
S
L
 
A
L
 
I
A
 
A
A
 
T
R
 
K
H
 
L
L
 
L
A
 
K
P
 
P
A
 
P
P
 
G
Q
 
S
G
 
D
P
 
V
L
 
L
L
 
C
I
 
I
V
 
L
G
 
G
A
 
A
G
|
G
V
|
V
Q
|
Q
G
 
A
L
 
Y
A
 
S
H
 
H
A
 
Y
E
 
E
A
 
I
F
 
F
V
 
T
L
 
E
G
 
Q
L
 
F
G
 
S
V
 
F
Q
 
K
E
 
E
V
 
V
W
 
R
I
 
M
S
 
W
S
x
N
R
|
R
S
x
T
A
 
R
A
 
E
S
x
N
A
 
A
E
 
E
A
 
K
L
 
F
A
 
A
T
 
S
Q
 
T
V
 
V
R
 
Q
A
 
-
L
 
-
G
 
-
A
 
G
Q
 
D
V
 
V
R
 
R
V
 
V
V
 
C
A
 
S
D
 
S
A
 
V
D
 
Q
A
 
E
A
 
A
L
 
V
A
 
T
H
 
G
C
 
A
P
 
D
L
 
V
V
 
I
A
 
I
A
 
T
C
x
V
T
|
T
T
x
M
A
|
A
S
 
T
S
 
E
L
 
P
V
 
I
L
 
L
H
 
F
A
 
G
T
 
E
-
 
W
P
 
V
R
 
K
A
 
P
D
 
G
A
 
A
F
 
H
I
 
I
T
 
N
A
 
A
V
|
V
G
 
G
A
 
A
F
x
S
T
x
R
P
 
P
A
 
D
M
x
W
A
 
R
E
 
E
L
 
L
A
 
D
P
 
D
A
 
E
L
 
L
C
 
M
Q
 
R
H
 
Q
V
 
A
A
 
V
E
 
-
H
 
-
G
 
-
R
 
-
I
 
L
V
 
Y
V
 
V
D
 
D
T
 
S
A
 
R
D
 
E
A
 
A
S
 
A
-
 
L
H
 
K
E
|
E
A
 
S
G
 
G
D
 
D
L
 
V
L
 
L
Q
 
L
A
 
S
G
 
G
L
 
A
D
 
D
V
 
I
A
 
F
A
 
A
L
 
-
P
 
-
V
 
E
L
 
L
R
 
G
D
 
E
V
 
V
V
 
I
C
 
S
G
 
G
P
 
A
W
 
-
T
 
K
P
 
P
R
 
A
A
 
H
P
 
C
A
 
E
G
 
K
P
 
T
V
 
T
L
 
V
F
 
F
K
 
K
S
|
S
C
x
L
G
|
G
W
 
M
A
 
A
G
 
V
W
 
E
D
 
D
L
 
L
A
 
V
A
 
A
A
 
A
R
 
K
L
 
L

2i99A Crystal structure of human mu_crystallin at 2.6 angstrom (see paper)
34% identity, 79% coverage: 60:324/337 of query aligns to 44:304/312 of 2i99A

query
sites
2i99A
P
 
P
A
 
V
R
 
R
S
 
T
V
 
V
L
 
V
P
 
P
L
 
V
A
 
T
Q
 
K
G
 
H
-
 
R
G
 
G
S
 
Y
L
 
L
F
x
G
L
 
V
M
 
M
P
 
P
A
 
A
T
 
Y
D
 
S
-
 
A
-
 
A
R
 
E
S
 
D
V
 
A
A
 
L
M
 
T
T
 
T
K
 
K
L
 
L
I
 
V
T
 
T
F
 
F
T
 
Y
P
 
E
A
x
D
N
 
R
A
 
G
G
 
I
T
 
T
G
 
S
R
 
V
-
 
V
P
 
P
S
|
S
I
x
H
Q
 
Q
G
 
A
D
 
T
V
 
V
V
 
L
V
 
L
F
 
F
D
 
E
I
 
P
A
 
S
T
 
N
G
 
G
A
 
T
R
 
L
Q
 
L
L
 
A
V
 
V
L
 
M
D
 
D
G
 
G
P
 
N
T
 
V
V
 
I
T
 
T
A
 
A
R
 
K
R
|
R
T
|
T
A
 
A
A
 
A
V
 
V
S
 
S
L
 
A
L
 
I
A
 
A
A
 
T
R
 
K
H
 
F
L
 
L
A
 
K
P
 
P
A
 
P
P
 
S
Q
 
S
G
 
E
P
 
V
L
 
L
L
 
C
I
 
I
V
 
L
G
|
G
A
|
A
G
|
G
V
|
V
Q
|
Q
G
 
A
L
 
Y
A
 
S
H
 
H
A
 
Y
E
 
E
A
 
I
F
 
F
V
 
T
L
 
E
G
 
Q
L
 
F
G
 
S
V
 
F
Q
 
K
E
 
E
V
 
V
W
 
R
I
 
I
S
 
W
S
x
N
R
|
R
S
x
T
A
 
K
A
 
E
S
 
N
A
 
A
E
 
E
A
 
K
L
 
F
A
 
A
T
 
D
Q
 
T
V
 
V
R
 
Q
A
 
-
L
 
-
G
 
-
A
 
G
Q
 
E
V
 
V
R
 
R
V
 
V
V
 
C
A
 
S
D
 
S
A
 
V
D
 
Q
A
 
E
A
 
A
L
 
V
A
 
A
H
 
G
C
 
A
P
 
D
L
 
V
V
 
I
A
 
I
A
 
T
C
x
V
T
|
T
T
x
L
A
|
A
S
 
T
S
 
E
L
 
P
V
 
I
L
 
L
H
 
F
A
 
G
T
 
E
-
 
W
P
 
V
R
 
K
A
 
P
D
 
G
A
 
A
F
 
H
I
 
I
T
 
N
A
 
A
V
|
V
G
|
G
A
 
A
F
x
S
T
 
R
P
 
P
A
 
D
M
 
W
A
 
R
E
 
E
L
 
L
A
 
D
P
 
D
A
 
E
L
 
L
C
 
M
Q
 
K
H
 
E
V
 
A
A
 
V
E
 
-
H
 
-
G
 
-
R
 
-
I
 
L
V
 
Y
V
 
V
D
 
D
T
 
S
A
 
Q
D
 
E
A
 
A
S
 
A
-
 
L
H
 
K
E
 
E
A
 
S
G
 
G
D
 
D
L
 
V
L
 
L
Q
 
L
A
 
S
G
 
G
L
 
A
D
 
E
V
 
I
A
 
F
A
 
A
L
 
-
P
 
-
V
 
E
L
 
L
R
 
G
D
 
E
V
 
V
V
 
I
C
 
K
G
 
G
P
 
V
W
 
-
T
 
K
P
 
P
R
 
A
A
 
H
P
 
C
A
 
E
G
 
K
P
 
T
V
 
T
L
 
V
F
 
F
K
 
K
S
|
S
C
x
L
G
|
G
W
 
M
A
 
A
G
 
V
W
 
E
D
 
D
L
 
T
A
 
V
A
 
A
A
 
A
R
 
K
L
 
L

Q14894 Ketimine reductase mu-crystallin; NADP-regulated thyroid-hormone-binding protein; EC 1.5.1.25 from Homo sapiens (Human) (see paper)
34% identity, 79% coverage: 60:324/337 of query aligns to 45:305/314 of Q14894

query
sites
Q14894
P
 
P
A
 
V
R
 
R
S
 
T
V
 
V
L
 
V
P
 
P
L
 
V
A
 
T
Q
 
K
G
 
H
-
 
R
G
 
G
S
 
Y
L
 
L
F
 
G
L
 
V
M
 
M
P
 
P
A
 
A
T
 
Y
D
 
S
-
 
A
-
 
A
R
 
E
S
 
D
V
 
A
A
 
L
M
 
T
T
 
T
K
 
K
L
 
L
I
 
V
T
 
T
F
 
F
T
 
Y
P
 
E
A
 
D
N
 
R
A
 
G
G
 
I
T
 
T
G
 
S
R
 
V
-
 
V
P
 
P
S
 
S
I
 
H
Q
 
Q
G
 
A
D
 
T
V
 
V
V
 
L
V
 
L
F
 
F
D
 
E
I
 
P
A
 
S
T
 
N
G
 
G
A
 
T
R
 
L
Q
 
L
L
 
A
V
 
V
L
 
M
D
 
D
G
 
G
P
 
N
T
 
V
V
 
I
T
 
T
A
 
A
R
 
K
R
 
R
T
 
T
A
 
A
A
 
A
V
 
V
S
 
S
L
 
A
L
 
I
A
 
A
A
 
T
R
 
K
H
 
F
L
 
L
A
 
K
P
 
P
A
 
P
P
 
S
Q
 
S
G
 
E
P
 
V
L
 
L
L
 
C
I
 
I
V
 
L
G
|
G
A
|
A
G
|
G
V
|
V
Q
|
Q
G
x
A
L
 
Y
A
 
S
H
 
H
A
 
Y
E
 
E
A
 
I
F
 
F
V
 
T
L
 
E
G
 
Q
L
 
F
G
 
S
V
 
F
Q
 
K
E
 
E
V
 
V
W
 
R
I
 
I
S
 
W
S
x
N
R
|
R
S
 
T
A
 
K
A
 
E
S
 
N
A
 
A
E
 
E
A
 
K
L
 
F
A
 
A
T
 
D
Q
 
T
V
 
V
R
 
Q
A
 
-
L
 
-
G
 
-
A
 
G
Q
 
E
V
 
V
R
 
R
V
 
V
V
 
C
A
 
S
D
 
S
A
 
V
D
 
Q
A
 
E
A
 
A
L
 
V
A
 
A
H
 
G
C
 
A
P
 
D
L
 
V
V
 
I
A
 
I
A
 
T
C
 
V
T
 
T
T
 
L
A
 
A
S
 
T
S
 
E
L
 
P
V
 
I
L
 
L
H
 
F
A
 
G
T
 
E
-
 
W
P
 
V
R
 
K
A
 
P
D
 
G
A
 
A
F
 
H
I
 
I
T
 
N
A
 
A
V
 
V
G
 
G
A
 
A
F
 
S
T
 
R
P
 
P
A
 
D
M
 
W
A
 
R
E
 
E
L
 
L
A
 
D
P
 
D
A
 
E
L
 
L
C
 
M
Q
 
K
H
 
E
V
 
A
A
 
V
E
 
-
H
 
-
G
 
-
R
 
-
I
 
L
V
 
Y
V
 
V
D
 
D
T
 
S
A
 
Q
D
 
E
A
 
A
S
 
A
-
 
L
H
 
K
E
 
E
A
 
S
G
 
G
D
 
D
L
 
V
L
 
L
Q
 
L
A
 
S
G
 
G
L
 
A
D
 
E
V
 
I
A
 
F
A
 
A
L
 
-
P
 
-
V
 
E
L
 
L
R
 
G
D
 
E
V
 
V
V
 
I
C
 
K
G
 
G
P
 
V
W
 
-
T
 
K
P
 
P
R
 
A
A
 
H
P
 
C
A
 
E
G
 
K
P
 
T
V
 
T
L
 
V
F
 
F
K
 
K
S
 
S
C
 
L
G
 
G
W
 
M
A
 
A
G
 
V
W
 
E
D
 
D
L
 
T
A
 
V
A
 
A
A
 
A
R
 
K
L
 
L

6t3eB Structure of thermococcus litoralis delta(1)-pyrroline-2-carboxylate reductase in complex with nadh and l-proline (see paper)
25% identity, 82% coverage: 52:328/337 of query aligns to 29:313/325 of 6t3eB

query
sites
6t3eB
L
 
L
H
 
Y
D
 
N
S
 
G
T
 
K
V
 
A
S
 
K
V
 
V
P
 
P
A
 
L
R
|
R
S
 
T
V
 
I
L
 
I
P
 
E
L
 
V
A
 
E
Q
 
K
-
 
H
G
 
N
G
 
G
S
 
F
L
 
I
F
 
L
L
 
Y
M
|
M
P
 
P
A
 
S
-
 
Y
-
 
L
T
 
E
D
 
D
R
 
S
S
 
E
V
 
A
A
 
L
M
 
A
T
 
V
K
|
K
L
 
V
I
 
V
T
 
S
F
 
L
T
 
Y
P
 
P
A
 
E
N
 
N
A
 
T
G
 
K
T
 
K
G
 
G
R
 
L
P
 
P
S
|
S
I
 
V
Q
 
L
G
 
A
D
 
S
V
 
I
V
 
L
V
 
L
F
 
N
D
 
D
I
 
P
A
 
K
T
 
T
G
 
G
A
 
A
R
 
P
Q
 
L
L
 
A
V
 
L
L
 
M
D
 
E
G
 
G
P
 
T
T
 
F
V
 
I
T
 
T
A
 
A
R
 
M
R
|
R
T
|
T
A
 
G
A
 
A
V
 
A
S
 
S
L
 
G
L
 
V
A
 
A
A
 
T
R
 
K
H
 
Y
L
 
L
A
 
A
P
 
R
A
 
K
P
 
D
Q
 
S
G
 
K
P
 
I
L
 
A
L
 
G
I
 
I
V
 
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
V
|
V
Q
|
Q
G
 
A
L
 
R
A
 
T
H
 
Q
A
 
L
E
 
W
A
 
A
F
 
V
V
 
C
L
 
E
G
 
V
L
 
R
G
 
N
V
 
I
Q
 
E
E
 
K
V
 
A
W
 
L
I
 
V
S
 
Y
S
x
D
R
x
I
S
 
N
A
 
P
A
 
K
S
 
N
A
 
A
E
 
K
A
 
K
L
 
F
A
 
A
T
 
E
Q
 
E
V
 
M
-
 
S
R
 
K
A
 
K
L
 
L
G
 
G
A
 
I
Q
 
E
V
 
I
R
 
K
V
 
T
V
 
V
A
 
E
D
 
S
A
 
A
D
 
R
A
 
E
A
 
A
L
 
T
A
 
E
H
 
K
C
 
S
P
 
D
L
 
I
V
 
L
A
 
I
A
 
V
C
x
A
T
|
T
T
|
T
A
|
A
S
 
R
S
 
E
L
 
P
V
|
V
L
 
V
H
 
K
A
 
G
T
 
G
-
 
W
P
 
I
R
 
R
A
 
E
D
 
G
A
 
T
F
 
H
I
 
I
T
 
N
A
 
S
V
|
V
G
|
G
A
x
W
F
 
V
T
 
G
P
 
R
A
 
D
M
 
A
A
 
R
E
 
E
L
 
L
A
 
D
P
 
S
A
 
E
L
 
T
C
 
V
Q
 
R
H
 
-
V
 
-
A
 
-
E
 
-
H
 
K
G
 
S
R
 
K
I
 
L
V
 
V
V
 
V
D
 
D
T
 
S
A
 
K
D
 
E
A
 
G
S
 
V
-
 
L
H
 
N
E
 
E
A
 
S
G
 
G
D
 
D
L
 
I
L
 
I
-
 
I
-
 
P
-
 
M
-
 
K
Q
 
E
A
 
G
G
 
V
L
 
I
D
 
D
V
 
E
A
 
G
A
 
H
L
 
I
P
 
H
V
 
A
-
 
E
L
 
L
R
 
A
D
 
E
V
 
I
V
 
V
C
 
A
G
 
G
P
 
V
W
 
K
T
 
K
P
 
G
R
 
R
A
 
E
P
 
N
A
 
N
G
 
R
P
 
E
V
 
I
-
 
T
L
 
L
F
 
F
K
 
K
S
|
S
C
x
V
G
|
G
W
 
L
A
 
A
G
 
I
W
 
E
D
 
D
L
 
A
A
 
I
A
 
T
A
 
A
R
 
K
L
 
L
A
 
A
L
 
Y
R
 
E
Q
 
K

Q9FLY0 Protein SAR DEFICIENT 4; Ornithine cyclodeaminase-like protein; AtOCD from Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) (see paper)
26% identity, 71% coverage: 87:324/337 of query aligns to 71:316/325 of Q9FLY0

query
sites
Q9FLY0
K
 
K
L
 
L
I
 
V
T
 
T
F
 
Y
T
 
F
P
 
P
A
 
H
N
 
N
A
 
S
G
 
S
T
 
Q
G
 
N
R
 
L
P
 
P
S
 
G
I
 
I
Q
 
H
G
|
G
D
 
S
V
 
Y
V
 
T
V
 
L
F
 
F
D
 
S
I
 
S
A
 
T
T
 
T
G
 
G
A
 
Q
R
 
T
Q
 
L
L
 
A
V
 
T
L
 
M
D
 
D
G
 
G
P
 
T
T
 
V
V
 
L
T
 
T
A
 
L
R
 
Y
R
 
R
T
 
T
A
 
S
A
 
S
V
 
V
S
 
S
L
 
G
L
 
L
A
 
G
A
 
S
R
 
K
H
 
I
L
 
L
A
 
A
P
 
R
A
 
D
P
 
D
Q
 
S
G
 
Q
P
 
V
L
 
L
L
 
I
I
 
M
V
 
V
G
|
G
A
 
S
G
 
G
V
 
A
Q
 
L
G
 
A
L
 
P
A
 
H
H
 
L
A
 
I
E
 
K
A
 
S
F
 
H
V
 
L
L
 
A
G
 
A
L
 
K
-
 
P
G
 
S
V
 
L
Q
 
R
E
 
R
V
 
V
W
 
I
I
 
I
S
 
W
S
 
N
R
 
R
S
 
T
A
 
P
A
 
Q
S
 
R
A
 
A
E
 
Q
A
 
E
L
 
L
A
 
A
T
 
E
Q
 
T
V
 
L
R
 
S
A
 
K
L
 
D
G
 
P
A
 
Q
Q
 
H
V
 
K
R
 
E
V
 
I
V
 
S
A
 
F
D
 
D
A
 
S
D
 
H
A
 
D
A
 
S
L
 
L
A
 
D
H
 
Q
-
 
I
C
 
I
P
 
P
L
 
L
-
 
G
-
 
D
V
 
I
A
 
I
A
x
S
C
 
C
T
 
A
T
 
T
A
 
N
S
 
S
S
 
T
-
 
V
-
 
P
L
 
L
V
 
V
L
 
K
H
 
G
A
 
E
T
 
F
P
 
L
R
 
K
A
 
P
D
 
G
A
 
T
F
 
H
I
 
L
T
 
D
A
 
L
V
 
V
G
 
G
A
 
S
F
 
F
T
 
S
P
 
H
A
 
E
M
 
M
A
 
K
E
 
E
L
 
-
A
 
-
P
 
-
A
 
-
L
 
-
C
 
C
Q
 
D
H
 
D
V
 
N
A
 
A
-
 
I
E
 
Q
H
 
R
G
 
G
R
 
S
I
 
V
V
 
F
V
 
V
D
 
D
T
 
N
A
 
D
D
 
T
A
 
A
S
 
M
H
 
I
E
 
E
A
 
A
G
 
G
D
 
E
L
 
L
-
 
A
-
 
G
-
 
A
L
 
F
Q
 
E
A
 
R
G
 
G
L
 
V
D
 
-
V
 
-
A
 
-
A
 
-
L
 
-
P
 
-
V
 
I
L
 
K
R
 
R
D
 
E
V
 
D
V
 
I
C
 
C
G
 
G
P
 
N
W
 
L
T
 
V
P
 
E
-
 
L
-
 
I
-
 
K
-
 
G
-
 
D
-
 
K
-
 
E
-
 
G
-
 
R
R
 
K
A
 
S
P
 
S
A
 
T
G
 
D
P
 
I
V
 
T
L
 
V
F
 
F
K
 
K
S
 
S
C
 
V
G
 
G
W
 
S
A
 
G
G
 
T
W
 
V
D
 
D
L
 
L
A
 
L
A
 
T
A
 
A
R
 
Q
L
 
L

1x7dA Crystal structure analysis of ornithine cyclodeaminase complexed with NAD and ornithine to 1.6 angstroms (see paper)
27% identity, 77% coverage: 71:328/337 of query aligns to 52:309/340 of 1x7dA

query
sites
1x7dA
G
 
G
S
x
V
L
 
I
F
x
E
L
 
L
M
|
M
P
 
P
A
 
V
T
 
A
D
 
D
R
 
K
S
 
S
V
 
R
A
 
Y
M
 
A
T
 
F
K
|
K
L
 
Y
I
x
V
T
x
N
F
x
G
T
 
H
P
 
P
A
 
A
N
 
N
A
 
T
G
 
A
T
 
R
G
 
N
R
 
L
P
 
H
S
x
T
I
 
V
Q
 
M
G
 
A
D
 
F
V
 
G
V
 
V
V
 
L
F
 
A
D
 
D
I
 
V
A
 
D
T
 
S
G
 
G
A
 
Y
R
 
P
Q
 
V
L
 
L
V
 
L
L
 
S
D
 
E
G
 
L
P
 
T
T
 
I
V
 
A
T
 
T
A
 
A
R
 
L
R
|
R
T
|
T
A
 
A
A
 
A
V
 
T
S
 
S
L
 
L
L
 
M
A
 
A
A
 
A
R
 
Q
H
 
A
L
 
L
A
 
A
P
 
R
A
 
P
P
 
N
Q
 
A
G
 
R
P
 
K
L
 
M
L
 
A
I
 
L
V
 
I
G
 
G
A
 
N
G
|
G
V
x
A
Q
|
Q
G
 
S
L
 
E
A
 
F
H
 
Q
A
 
A
E
 
L
A
 
A
F
 
F
V
 
H
L
 
K
G
 
H
L
 
L
G
 
G
V
 
I
Q
 
E
E
 
E
-
 
I
V
 
V
W
 
A
I
 
Y
S
x
D
S
x
T
R
 
D
S
 
P
A
 
L
A
 
A
S
 
T
A
 
A
E
 
K
A
 
L
L
 
I
A
 
A
T
 
N
Q
 
L
V
 
K
R
 
E
A
 
Y
L
 
S
G
 
G
A
 
L
Q
 
T
V
 
I
R
 
R
V
 
R
V
 
A
A
 
S
D
 
S
A
 
V
D
 
A
A
 
E
A
 
A
L
 
V
A
 
K
H
 
G
C
 
V
P
 
D
L
 
I
V
 
I
A
 
T
A
 
T
C
x
V
T
|
T
T
x
A
A
 
D
S
 
K
S
 
A
L
 
Y
V
 
A
L
 
T
H
x
I
A
 
I
T
 
T
P
 
P
-
 
D
-
 
M
-
 
L
R
 
E
A
 
P
D
 
G
A
 
M
F
 
H
I
 
L
T
 
N
A
 
A
V
|
V
G
|
G
A
 
G
F
x
D
T
 
C
P
 
P
A
 
G
M
x
K
A
 
T
E
 
E
L
 
L
A
 
H
P
 
A
A
 
-
L
 
-
C
 
-
Q
 
-
H
 
D
V
 
V
A
 
L
E
 
R
H
 
N
G
 
A
R
 
R
I
 
V
V
 
F
V
 
V
D
 
E
T
 
Y
A
 
E
D
 
P
A
 
Q
S
 
T
H
 
R
E
 
I
A
 
E
G
 
G
D
 
E
L
 
I
L
 
Q
Q
 
Q
A
 
L
G
 
P
L
 
A
D
 
D
V
 
F
A
 
P
A
 
V
L
 
V
P
 
D
V
 
L
L
 
W
R
 
R
D
 
-
V
 
V
V
 
L
C
 
R
G
 
G
P
 
E
W
 
T
T
 
E
P
 
G
R
 
R
A
 
Q
P
 
S
A
 
D
G
 
S
P
 
Q
V
 
V
-
 
T
L
 
V
F
 
F
K
 
D
S
|
S
C
x
V
G
|
G
W
 
F
A
 
A
G
 
L
W
 
E
D
 
D
L
 
Y
A
 
T
A
 
V
A
 
L
R
 
R
L
 
Y
A
 
V
L
 
L
R
 
Q
Q
 
Q

Sites not aligning to the query:

1u7hA Structure and a proposed mechanism for ornithine cyclodeaminase from pseudomonas putida (see paper)
27% identity, 77% coverage: 71:328/337 of query aligns to 52:309/341 of 1u7hA

query
sites
1u7hA
G
 
G
S
 
V
L
 
I
F
x
E
L
 
L
M
 
M
P
 
P
A
 
V
T
 
A
D
 
D
R
 
K
S
 
S
V
 
R
A
 
Y
M
 
A
T
 
F
K
 
K
L
 
Y
I
 
V
T
 
N
F
 
G
T
 
H
P
 
P
A
 
A
N
 
N
A
 
T
G
 
A
T
 
R
G
 
N
R
 
L
P
 
H
S
x
T
I
 
V
Q
 
M
G
 
A
D
 
F
V
 
G
V
 
V
V
 
L
F
 
A
D
 
D
I
 
V
A
 
D
T
 
S
G
 
G
A
 
Y
R
 
P
Q
 
V
L
 
L
V
 
L
L
 
S
D
 
E
G
 
L
P
 
T
T
 
I
V
 
A
T
 
T
A
 
A
R
 
L
R
|
R
T
|
T
A
 
A
A
 
A
V
 
T
S
 
S
L
 
L
L
 
M
A
 
A
A
 
A
R
 
Q
H
 
A
L
 
L
A
 
A
P
 
R
A
 
P
P
 
N
Q
 
A
G
 
R
P
 
K
L
 
M
L
 
A
I
 
L
V
 
I
G
 
G
A
 
N
G
|
G
V
x
A
Q
|
Q
G
 
S
L
 
E
A
 
F
H
 
Q
A
 
A
E
 
L
A
 
A
F
 
F
V
 
H
L
 
K
G
 
H
L
 
L
G
 
G
V
 
I
Q
 
E
E
 
E
-
 
I
V
 
V
W
 
A
I
 
Y
S
x
D
S
x
T
R
 
D
S
 
P
A
 
L
A
 
A
S
 
T
A
 
A
E
 
K
A
 
L
L
 
I
A
 
A
T
 
N
Q
 
L
V
 
K
R
 
E
A
 
Y
L
 
S
G
 
G
A
 
L
Q
 
T
V
 
I
R
 
R
V
 
R
V
 
A
A
 
S
D
 
S
A
 
V
D
 
A
A
 
E
A
 
A
L
 
V
A
 
K
H
 
G
C
 
V
P
 
D
L
 
I
V
 
I
A
 
T
A
 
T
C
x
V
T
|
T
T
x
A
A
 
D
S
 
K
S
 
A
L
 
Y
V
 
A
L
 
T
H
x
I
A
 
I
T
 
T
P
 
P
-
 
D
-
 
M
-
 
L
R
 
E
A
 
P
D
 
G
A
 
M
F
 
H
I
 
L
T
 
N
A
 
A
V
|
V
G
|
G
A
 
G
F
x
D
T
 
C
P
 
P
A
 
G
M
x
K
A
 
T
E
 
E
L
 
L
A
 
H
P
 
A
A
 
-
L
 
-
C
 
-
Q
 
-
H
 
D
V
 
V
A
 
L
E
 
R
H
 
N
G
 
A
R
 
R
I
 
V
V
 
F
V
 
V
D
 
E
T
 
Y
A
 
E
D
 
P
A
 
Q
S
 
T
H
 
R
E
 
I
A
 
E
G
 
G
D
 
E
L
 
I
L
 
Q
Q
 
Q
A
 
L
G
 
P
L
 
A
D
 
D
V
 
F
A
 
P
A
 
V
L
 
V
P
 
D
V
 
L
L
 
W
R
 
R
D
 
-
V
 
V
V
 
L
C
 
R
G
 
G
P
 
E
W
 
T
T
 
E
P
 
G
R
 
R
A
 
Q
P
 
S
A
 
D
G
 
S
P
 
Q
V
 
V
-
 
T
L
 
V
F
 
F
K
 
D
S
|
S
C
x
V
G
|
G
W
 
F
A
 
A
G
 
L
W
 
E
D
 
D
L
 
Y
A
 
T
A
 
V
A
 
L
R
 
R
L
 
Y
A
 
V
L
 
L
R
 
Q
Q
 
Q

Q88H32 Ornithine cyclodeaminase; OCD; EC 4.3.1.12 from Pseudomonas putida (strain ATCC 47054 / DSM 6125 / CFBP 8728 / NCIMB 11950 / KT2440) (see paper)
27% identity, 77% coverage: 71:328/337 of query aligns to 53:310/350 of Q88H32

query
sites
Q88H32
G
 
G
S
 
V
L
 
I
F
 
E
L
 
L
M
 
M
P
 
P
A
 
V
T
 
A
D
 
D
R
 
K
S
 
S
V
 
R
A
 
Y
M
 
A
T
 
F
K
|
K
L
 
Y
I
 
V
T
 
N
F
 
G
T
 
H
P
 
P
A
 
A
N
 
N
A
 
T
G
 
A
T
 
R
G
 
N
R
 
L
P
 
H
S
x
T
I
 
V
Q
 
M
G
 
A
D
 
F
V
 
G
V
 
V
V
 
L
F
 
A
D
 
D
I
 
V
A
 
D
T
 
S
G
 
G
A
 
Y
R
 
P
Q
 
V
L
 
L
V
 
L
L
 
S
D
 
E
G
 
L
P
 
T
T
 
I
V
 
A
T
 
T
A
 
A
R
 
L
R
|
R
T
 
T
A
 
A
A
 
A
V
 
T
S
 
S
L
 
L
L
 
M
A
 
A
A
 
A
R
 
Q
H
 
A
L
 
L
A
 
A
P
 
R
A
 
P
P
 
N
Q
 
A
G
 
R
P
 
K
L
 
M
L
 
A
I
 
L
V
 
I
G
 
G
A
 
N
G
 
G
V
x
A
Q
|
Q
G
 
S
L
 
E
A
 
F
H
 
Q
A
 
A
E
 
L
A
 
A
F
 
F
V
 
H
L
 
K
G
 
H
L
 
L
G
 
G
V
 
I
Q
 
E
E
 
E
-
 
I
V
 
V
W
 
A
I
 
Y
S
x
D
S
 
T
R
 
D
S
 
P
A
 
L
A
 
A
S
 
T
A
 
A
E
 
K
A
 
L
L
 
I
A
 
A
T
 
N
Q
 
L
V
 
K
R
 
E
A
 
Y
L
 
S
G
 
G
A
 
L
Q
 
T
V
 
I
R
 
R
V
 
R
V
 
A
A
 
S
D
 
S
A
 
V
D
 
A
A
 
E
A
 
A
L
 
V
A
 
K
H
 
G
C
 
V
P
 
D
L
 
I
V
 
I
A
 
T
A
 
T
C
 
V
T
|
T
T
 
A
A
 
D
S
 
K
S
 
A
L
 
Y
V
 
A
L
 
T
H
 
I
A
 
I
T
 
T
P
 
P
R
 
D
A
 
M
-
 
L
-
 
E
-
 
P
D
 
G
A
 
M
F
 
H
I
 
L
T
 
N
A
 
A
V
|
V
G
|
G
A
x
G
F
x
D
T
 
C
P
 
P
A
 
G
M
x
K
A
 
T
E
 
E
L
 
L
A
 
H
P
 
A
A
 
-
L
 
-
C
 
-
Q
 
-
H
 
D
V
 
V
A
 
L
E
 
R
H
 
N
G
 
A
R
 
R
I
 
V
V
 
F
V
 
V
D
 
E
T
 
Y
A
 
E
D
 
P
A
 
Q
S
 
T
H
 
R
E
 
I
A
 
E
G
 
G
D
 
E
L
 
I
L
 
Q
Q
 
Q
A
 
L
G
 
P
L
 
A
D
 
D
V
 
F
A
 
P
A
 
V
L
 
V
P
 
D
V
 
L
L
 
W
R
 
R
D
 
-
V
 
V
V
 
L
C
 
R
G
 
G
P
 
E
W
 
T
T
 
E
P
 
G
R
 
R
A
 
Q
P
 
S
A
 
D
G
 
S
P
 
Q
V
 
V
-
 
T
L
 
V
F
 
F
K
 
D
S
|
S
C
x
V
G
 
G
W
 
F
A
 
A
G
 
L
W
 
E
D
 
D
L
 
Y
A
 
T
A
 
V
A
 
L
R
 
R
L
 
Y
A
 
V
L
 
L
R
 
Q
Q
 
Q

Sites not aligning to the query:

5gzlA Cyclodeaminase_pa
31% identity, 50% coverage: 87:255/337 of query aligns to 81:253/357 of 5gzlA

query
sites
5gzlA
K
 
K
L
 
T
I
 
V
T
 
G
F
x
Y
T
 
S
P
 
P
A
 
A
N
 
N
-
 
P
A
 
A
G
 
R
T
 
F
G
 
G
R
 
L
P
 
P
S
x
T
I
|
I
Q
 
L
G
 
G
D
 
T
V
 
V
V
 
A
V
 
R
F
 
Y
D
 
D
I
 
D
A
 
T
T
 
T
G
 
G
A
 
A
R
 
L
Q
 
T
L
 
A
V
 
L
L
 
M
D
 
D
G
 
G
P
 
V
T
 
L
V
 
L
T
 
T
A
 
A
R
 
L
R
 
R
T
|
T
A
 
G
A
 
A
V
 
A
S
 
S
L
 
A
L
 
V
A
 
A
A
 
S
R
 
R
H
 
L
L
 
L
A
 
A
P
 
R
A
 
P
P
 
D
Q
 
S
G
 
H
P
 
T
L
 
L
L
 
G
I
 
L
V
 
I
G
 
G
A
 
T
G
|
G
V
x
A
Q
|
Q
G
 
A
L
 
V
A
 
T
H
 
Q
A
 
L
E
 
H
A
 
A
F
 
L
V
 
S
L
 
L
G
 
V
L
 
L
G
 
P
V
 
L
Q
 
Q
E
 
R
V
 
A
W
 
L
I
 
V
S
 
W
S
x
D
R
x
T
S
 
D
A
 
P
A
 
A
S
x
H
A
 
R
E
 
E
A
 
S
L
 
F
A
 
A
T
 
R
Q
 
R
V
 
A
R
 
A
A
 
F
L
 
T
G
 
G
A
 
V
Q
 
S
V
 
V
-
 
E
-
 
I
-
 
A
-
 
E
-
 
P
-
 
A
R
 
R
V
 
I
V
 
A
A
 
A
D
 
E
A
 
A
D
 
D
A
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
-
H
 
-
C
 
-
P
 
-
L
 
-
V
 
-
A
 
-
A
 
V
C
 
I
T
 
S
T
 
T
A
|
A
S
x
T
S
|
S
L
 
V
V
 
A
L
 
V
H
 
G
A
 
Q
T
 
G
P
 
P
-
x
V
-
 
L
-
 
P
-
 
D
-
 
T
-
 
G
-
 
V
R
 
R
A
 
E
D
 
H
A
 
L
F
 
H
I
 
I
T
 
N
A
 
A
V
|
V
G
|
G
A
|
A
F
x
D
T
 
L
P
 
V
A
 
G
M
x
K
A
 
T
E
 
E
L
 
L
A
 
P
P
 
L
A
 
G
L
 
L
C
 
L
Q
 
E

Sites not aligning to the query:

5gziA Cyclodeaminase_pa
31% identity, 50% coverage: 87:255/337 of query aligns to 81:253/354 of 5gziA

query
sites
5gziA
K
|
K
L
 
T
I
 
V
T
 
G
F
x
Y
T
 
S
P
 
P
A
 
A
N
 
N
-
 
P
A
 
A
G
 
R
T
 
F
G
 
G
R
 
L
P
 
P
S
x
T
I
 
I
Q
 
L
G
 
G
D
 
T
V
 
V
V
 
A
V
 
R
F
 
Y
D
 
D
I
 
D
A
 
T
T
 
T
G
 
G
A
 
A
R
 
L
Q
 
T
L
 
A
V
 
L
L
 
M
D
 
D
G
 
G
P
 
V
T
 
L
V
 
L
T
 
T
A
 
A
R
 
L
R
|
R
T
|
T
A
 
G
A
 
A
V
 
A
S
 
S
L
 
A
L
 
V
A
 
A
A
 
S
R
 
R
H
 
L
L
 
L
A
 
A
P
 
R
A
 
P
P
 
D
Q
 
S
G
 
H
P
 
T
L
 
L
L
 
G
I
 
L
V
 
I
G
 
G
A
 
T
G
|
G
V
x
A
Q
|
Q
G
 
A
L
 
V
A
 
T
H
 
Q
A
 
L
E
 
H
A
 
A
F
 
L
V
 
S
L
 
L
G
 
V
L
 
L
G
 
P
V
 
L
Q
 
Q
E
 
R
V
 
A
W
 
L
I
 
V
S
 
W
S
x
D
R
x
T
S
 
D
A
 
P
A
 
A
S
x
H
A
 
R
E
 
E
A
 
S
L
 
F
A
 
A
T
 
R
Q
 
R
V
 
A
R
 
A
A
 
F
L
 
T
G
 
G
A
 
V
Q
 
S
V
 
V
-
 
E
-
 
I
-
 
A
-
 
E
-
 
P
-
 
A
R
 
R
V
 
I
V
 
A
A
 
A
D
 
E
A
 
A
D
 
D
A
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
-
H
 
-
C
 
-
P
 
-
L
 
-
V
 
-
A
 
-
A
 
V
C
 
I
T
 
S
T
 
T
A
|
A
S
x
T
S
|
S
L
x
V
V
 
A
L
 
V
H
 
G
A
 
Q
T
 
G
P
 
P
-
 
V
-
 
L
-
 
P
-
 
D
-
 
T
-
 
G
-
 
V
R
 
R
A
 
E
D
 
H
A
 
L
F
 
H
I
 
I
T
 
N
A
 
A
V
|
V
G
|
G
A
|
A
F
 
D
T
 
L
P
 
V
A
 
G
M
 
K
A
 
T
E
 
E
L
 
L
A
 
P
P
 
L
A
 
G
L
 
L
C
 
L
Q
 
E

Sites not aligning to the query:

5yu4A Structural basis for recognition of l-lysine, l-ornithine, and l-2,4- diamino butyric acid by lysine cyclodeaminase (see paper)
31% identity, 50% coverage: 87:255/337 of query aligns to 77:249/344 of 5yu4A

query
sites
5yu4A
K
|
K
L
 
T
I
 
V
T
 
G
F
x
Y
T
 
S
P
 
P
A
 
A
N
 
N
-
 
P
A
 
A
G
 
R
T
 
F
G
 
G
R
 
L
P
 
P
S
x
T
I
|
I
Q
 
L
G
 
G
D
 
T
V
 
V
V
 
A
V
 
R
F
 
Y
D
 
D
I
 
D
A
 
T
T
 
T
G
 
G
A
 
A
R
 
L
Q
 
T
L
 
A
V
 
L
L
 
M
D
 
D
G
 
G
P
 
V
T
 
L
V
 
L
T
 
T
A
 
A
R
 
L
R
|
R
T
|
T
A
 
G
A
 
A
V
 
A
S
 
S
L
 
A
L
 
V
A
 
A
A
 
S
R
 
R
H
 
L
L
 
L
A
 
A
P
 
R
A
 
P
P
 
D
Q
 
S
G
 
H
P
 
T
L
 
L
L
 
G
I
 
L
V
 
I
G
 
G
A
 
T
G
|
G
V
x
A
Q
|
Q
G
 
A
L
 
V
A
 
T
H
 
Q
A
 
L
E
 
H
A
 
A
F
 
L
V
 
S
L
 
L
G
 
V
L
 
L
G
 
P
V
 
L
Q
 
Q
E
 
R
V
 
A
W
 
L
I
 
V
S
 
W
S
x
D
R
x
T
S
 
D
A
 
P
A
 
A
S
x
H
A
 
R
E
 
E
A
 
S
L
 
F
A
 
A
T
 
R
Q
 
R
V
 
A
R
 
A
A
 
F
L
 
T
G
 
G
A
 
V
Q
 
S
V
 
V
-
 
E
-
 
I
-
 
A
-
 
E
-
 
P
-
 
A
R
 
R
V
 
I
V
 
A
A
 
A
D
 
E
A
 
A
D
 
D
A
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
-
H
 
-
C
 
-
P
 
-
L
 
-
V
 
-
A
 
-
A
 
V
C
 
I
T
 
S
T
 
T
A
|
A
S
x
T
S
|
S
L
x
V
V
 
A
L
 
V
H
 
G
A
 
Q
T
 
G
P
 
P
-
x
V
-
 
L
-
 
P
-
 
D
-
 
T
-
 
G
-
 
V
R
 
R
A
 
E
D
 
H
A
 
L
F
 
H
I
 
I
T
 
N
A
 
A
V
|
V
G
 
G
A
|
A
F
 
D
T
 
L
P
 
V
A
 
G
M
 
K
A
 
T
E
 
E
L
 
L
A
 
P
P
 
L
A
 
G
L
 
L
C
 
L
Q
 
E

Sites not aligning to the query:

5yu3A Structural basis for recognition of l-lysine, l-ornithine, and l-2,4- diamino butyric acid by lysine cyclodeaminase (see paper)
31% identity, 50% coverage: 87:255/337 of query aligns to 77:249/344 of 5yu3A

query
sites
5yu3A
K
|
K
L
 
T
I
 
V
T
 
G
F
x
Y
T
 
S
P
 
P
A
 
A
N
 
N
-
 
P
A
 
A
G
 
R
T
 
F
G
 
G
R
 
L
P
 
P
S
x
T
I
|
I
Q
 
L
G
 
G
D
 
T
V
 
V
V
 
A
V
 
R
F
 
Y
D
 
D
I
 
D
A
 
T
T
 
T
G
 
G
A
 
A
R
 
L
Q
 
T
L
 
A
V
 
L
L
 
M
D
 
D
G
 
G
P
 
V
T
 
L
V
 
L
T
 
T
A
 
A
R
 
L
R
|
R
T
|
T
A
 
G
A
 
A
V
 
A
S
 
S
L
 
A
L
 
V
A
 
A
A
 
S
R
 
R
H
 
L
L
 
L
A
 
A
P
 
R
A
 
P
P
 
D
Q
 
S
G
 
H
P
 
T
L
 
L
L
 
G
I
 
L
V
 
I
G
 
G
A
 
T
G
|
G
V
x
A
Q
|
Q
G
 
A
L
 
V
A
 
T
H
 
Q
A
 
L
E
 
H
A
 
A
F
 
L
V
 
S
L
 
L
G
 
V
L
 
L
G
 
P
V
 
L
Q
 
Q
E
 
R
V
 
A
W
 
L
I
 
V
S
 
W
S
x
D
R
x
T
S
 
D
A
 
P
A
 
A
S
 
H
A
 
R
E
 
E
A
 
S
L
 
F
A
 
A
T
 
R
Q
 
R
V
 
A
R
 
A
A
 
F
L
 
T
G
 
G
A
 
V
Q
 
S
V
 
V
-
 
E
-
 
I
-
 
A
-
 
E
-
 
P
-
 
A
R
 
R
V
 
I
V
 
A
A
 
A
D
 
E
A
 
A
D
 
D
A
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
-
H
 
-
C
 
-
P
 
-
L
 
-
V
 
-
A
 
-
A
 
V
C
 
I
T
 
S
T
 
T
A
|
A
S
x
T
S
|
S
L
x
V
V
 
A
L
 
V
H
 
G
A
 
Q
T
 
G
P
 
P
-
 
V
-
 
L
-
 
P
-
 
D
-
 
T
-
 
G
-
 
V
R
 
R
A
 
E
D
 
H
A
 
L
F
 
H
I
 
I
T
 
N
A
 
A
V
|
V
G
 
G
A
|
A
F
 
D
T
 
L
P
 
V
A
 
G
M
 
K
A
 
T
E
 
E
L
 
L
A
 
P
P
 
L
A
 
G
L
 
L
C
 
L
Q
 
E

Sites not aligning to the query:

1omoA Alanine dehydrogenase dimer w/bound NAD (archaeal) (see paper)
24% identity, 80% coverage: 69:336/337 of query aligns to 47:315/320 of 1omoA

query
sites
1omoA
Q
 
E
G
 
K
G
 
G
S
 
D
L
 
L
F
x
R
L
 
A
M
 
M
P
 
P
A
 
A
T
 
H
D
 
L
R
 
M
S
 
G
V
 
Y
A
 
A
M
 
G
T
 
L
K
 
K
L
 
W
I
 
V
T
 
N
F
 
S
T
 
H
P
 
P
A
 
G
N
 
N
A
 
P
G
 
D
T
 
K
G
 
G
R
 
L
P
 
P
S
 
T
I
 
V
Q
 
M
G
 
A
D
 
L
V
 
M
V
 
I
V
 
L
F
 
N
D
 
S
I
 
P
A
 
E
T
 
T
G
 
G
A
 
F
R
 
P
Q
 
L
L
 
A
V
 
V
L
 
M
D
 
D
G
 
A
P
 
T
T
 
Y
V
 
T
T
 
T
A
 
S
R
 
L
R
 
R
T
|
T
A
 
G
A
 
A
V
 
A
S
 
G
L
 
G
L
 
I
A
 
A
A
 
A
R
 
K
H
 
Y
L
 
L
A
 
A
P
 
R
A
 
K
P
 
N
Q
 
S
G
 
S
P
 
V
L
 
F
L
 
G
I
 
F
V
 
I
G
 
G
A
 
C
G
|
G
V
x
T
Q
|
Q
G
 
A
L
 
Y
A
 
F
H
 
Q
A
 
L
E
 
E
A
 
A
F
 
L
-
 
R
-
 
R
V
 
V
L
 
F
G
 
D
L
 
I
G
 
G
V
 
E
Q
 
V
E
 
K
V
 
A
W
x
Y
I
x
D
S
x
V
S
x
R
R
 
E
S
 
K
A
 
A
A
 
A
S
 
K
A
 
K
E
 
F
A
 
V
L
 
S
A
 
Y
T
 
C
Q
 
E
V
 
D
R
 
R
A
 
G
L
 
I
G
 
S
A
 
A
Q
 
S
V
 
V
R
 
Q
V
 
P
V
 
A
A
 
E
D
 
E
A
 
A
D
 
-
A
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
S
H
 
R
C
 
C
P
 
D
L
 
V
V
 
L
A
 
V
A
 
T
C
 
T
T
|
T
T
x
P
A
 
S
S
 
R
S
 
K
L
 
P
V
 
V
L
 
V
H
 
K
A
 
A
T
 
E
-
 
W
P
 
V
R
 
E
A
 
E
D
 
G
A
 
T
F
 
H
I
 
I
T
 
N
A
 
A
V
 
I
G
|
G
A
 
A
F
x
D
T
 
G
P
 
P
A
 
G
M
x
K
A
 
Q
E
 
E
L
 
L
A
 
D
P
 
V
A
 
E
L
 
I
C
 
L
Q
 
K
H
 
-
V
 
-
A
 
-
E
 
-
H
 
K
G
 
A
R
 
K
I
 
I
V
 
V
V
 
V
D
 
D
T
 
D
A
 
L
D
 
E
A
 
Q
S
 
A
H
 
K
E
 
H
A
 
G
G
 
G
D
 
E
L
 
I
-
 
N
-
 
V
-
 
A
L
 
V
Q
 
S
A
 
K
G
 
G
L
 
V
-
 
I
-
 
G
-
 
V
-
 
E
D
 
D
V
 
V
A
 
H
A
 
A
L
 
-
P
 
-
V
 
T
L
 
I
R
 
G
D
 
E
V
 
V
V
 
I
C
 
A
G
 
G
P
 
L
W
 
K
T
 
D
P
 
G
R
 
R
A
 
E
P
 
S
A
 
D
G
 
E
P
 
E
V
 
I
-
 
T
L
 
I
F
 
F
K
 
D
S
|
S
C
x
T
G
|
G
W
 
L
A
 
A
G
 
I
W
 
Q
D
 
D
L
 
V
A
 
A
A
 
V
A
 
A
R
 
K
L
 
V
A
 
V
L
 
Y
R
 
E
Q
 
N
G
 
A
A
 
L
A
 
S
Q
 
K
P
 
N
P
 
V
S
 
G
S
 
S

O28608 Alanine dehydrogenase; AlaDH; EC 1.4.1.1 from Archaeoglobus fulgidus (strain ATCC 49558 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126 / VC-16) (see paper)
24% identity, 80% coverage: 69:336/337 of query aligns to 47:315/322 of O28608

query
sites
O28608
Q
 
E
G
 
K
G
 
G
S
 
D
L
 
L
F
 
R
L
 
A
M
 
M
P
 
P
A
 
A
T
 
H
D
 
L
R
 
M
S
 
G
V
 
Y
A
 
A
M
 
G
T
 
L
K
 
K
L
 
W
I
 
V
T
 
N
F
 
S
T
 
H
P
 
P
A
 
G
N
 
N
A
 
P
G
 
D
T
 
K
G
 
G
R
 
L
P
 
P
S
 
T
I
 
V
Q
 
M
G
 
A
D
 
L
V
 
M
V
 
I
V
 
L
F
 
N
D
 
S
I
 
P
A
 
E
T
 
T
G
 
G
A
 
F
R
 
P
Q
 
L
L
 
A
V
 
V
L
 
M
D
 
D
G
 
A
P
 
T
T
 
Y
V
 
T
T
 
T
A
 
S
R
 
L
R
|
R
T
 
T
A
 
G
A
 
A
V
 
A
S
 
G
L
 
G
L
 
I
A
 
A
A
 
A
R
 
K
H
 
Y
L
 
L
A
 
A
P
 
R
A
 
K
P
 
N
Q
 
S
G
 
S
P
 
V
L
 
F
L
 
G
I
 
F
V
 
I
G
 
G
A
 
C
G
 
G
V
x
T
Q
|
Q
G
 
A
L
 
Y
A
 
F
H
 
Q
A
 
L
E
 
E
A
 
A
F
 
L
-
 
R
-
 
R
V
 
V
L
 
F
G
 
D
L
 
I
G
 
G
V
 
E
Q
 
V
E
 
K
V
 
A
W
 
Y
I
x
D
S
x
V
S
x
R
R
 
E
S
 
K
A
 
A
A
 
A
S
 
K
A
 
K
E
 
F
A
 
V
L
 
S
A
 
Y
T
 
C
Q
 
E
V
 
D
R
 
R
A
 
G
L
 
I
G
 
S
A
 
A
Q
 
S
V
 
V
R
 
Q
V
 
P
V
 
A
A
 
E
D
 
E
A
 
A
D
 
-
A
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
S
H
 
R
C
 
C
P
 
D
L
 
V
V
 
L
A
 
V
A
 
T
C
 
T
T
 
T
T
 
P
A
 
S
S
 
R
S
 
K
L
 
P
V
 
V
L
 
V
H
 
K
A
 
A
T
 
E
-
 
W
P
 
V
R
 
E
A
 
E
D
 
G
A
 
T
F
 
H
I
 
I
T
 
N
A
 
A
V
 
I
G
|
G
A
|
A
F
x
D
T
 
G
P
 
P
A
 
G
M
x
K
A
 
Q
E
 
E
L
 
L
A
 
D
P
 
V
A
 
E
L
 
I
C
 
L
Q
 
K
H
 
-
V
 
-
A
 
-
E
 
-
H
 
K
G
 
A
R
 
K
I
 
I
V
 
V
V
 
V
D
 
D
T
 
D
A
 
L
D
 
E
A
 
Q
S
 
A
H
 
K
E
 
H
A
 
G
G
 
G
D
 
E
L
 
I
-
 
N
-
 
V
-
 
A
L
 
V
Q
 
S
A
 
K
G
 
G
L
 
V
-
 
I
-
 
G
-
 
V
-
 
E
D
 
D
V
 
V
A
 
H
A
 
A
L
 
-
P
 
-
V
 
T
L
 
I
R
 
G
D
 
E
V
 
V
V
 
I
C
 
A
G
 
G
P
 
L
W
 
K
T
 
D
P
 
G
R
 
R
A
 
E
P
 
S
A
 
D
G
 
E
P
 
E
V
 
I
-
 
T
L
 
I
F
 
F
K
 
D
S
|
S
C
 
T
G
 
G
W
 
L
A
 
A
G
 
I
W
 
Q
D
 
D
L
 
V
A
 
A
A
 
V
A
 
A
R
 
K
L
 
V
A
 
V
L
 
Y
R
 
E
Q
 
N
G
 
A
A
 
L
A
 
S
Q
 
K
P
 
N
P
 
V
S
 
G
S
 
S

A1B8Z0 Iminosuccinate reductase; EC 1.4.1.- from Paracoccus denitrificans (strain Pd 1222) (see paper)
28% identity, 72% coverage: 91:332/337 of query aligns to 71:316/320 of A1B8Z0

query
sites
A1B8Z0
F
 
Y
T
 
W
P
 
P
A
 
N
N
 
N
A
 
Q
G
 
K
T
 
H
G
 
N
R
 
L
P
 
I
S
 
N
I
 
H
Q
 
Q
G
 
S
D
 
T
V
 
V
V
 
F
V
 
L
F
 
F
D
 
D
I
 
P
A
 
D
T
 
T
G
 
G
A
 
R
R
 
V
Q
 
S
L
 
A
V
 
A
L
 
V
D
 
G
G
 
G
P
 
N
T
 
L
V
 
L
T
 
T
A
 
A
R
 
L
R
|
R
T
 
T
A
 
A
A
 
A
V
 
A
S
 
S
L
 
A
L
 
V
A
 
S
A
 
I
R
 
K
H
 
Y
L
 
L
A
 
A
P
 
P
A
 
K
P
 
G
Q
 
A
G
 
K
P
 
V
L
 
L
L
 
G
I
 
M
V
 
I
G
 
G
A
 
A
G
 
G
V
x
H
Q
|
Q
G
 
S
-
 
A
-
 
F
-
 
Q
-
 
M
-
 
R
-
 
A
L
 
A
A
 
A
H
 
N
A
 
V
E
 
H
A
 
R
F
 
F
V
 
E
L
 
K
G
 
V
L
 
I
G
 
G
V
 
-
Q
 
-
E
 
-
V
 
-
W
 
W
-
x
N
-
 
P
-
 
H
-
 
P
-
 
E
I
 
M
S
 
L
S
 
S
R
 
R
S
 
L
A
 
A
A
 
D
S
 
T
A
 
A
E
 
A
A
 
E
L
 
L
A
 
G
T
 
L
Q
 
P
V
 
F
R
 
E
A
 
A
L
 
V
G
 
E
A
 
L
Q
 
D
V
 
-
R
 
R
V
 
L
V
 
G
A
 
A
D
 
E
A
 
A
D
 
D
A
 
V
A
 
-
L
 
-
A
 
-
H
 
-
C
 
-
P
 
-
L
 
I
V
 
V
A
 
S
A
 
I
C
 
T
T
x
S
T
 
S
A
 
F
S
 
S
S
 
P
L
 
L
V
 
L
L
 
M
H
 
N
A
 
E
T
 
H
P
 
V
R
 
K
A
 
G
D
 
P
A
 
T
F
 
H
I
 
I
T
 
A
A
 
A
V
x
M
G
|
G
A
x
T
F
x
D
T
 
T
P
 
K
A
 
G
M
x
K
A
 
Q
E
 
E
L
 
L
A
 
D
P
 
P
A
 
A
L
 
L
C
 
V
Q
 
A
H
 
R
V
 
A
A
 
-
E
 
-
H
 
-
G
 
-
R
 
R
I
 
I
V
 
F
V
 
T
D
 
D
T
 
E
A
 
V
D
 
A
A
 
Q
S
 
S
H
 
V
E
 
S
A
 
I
G
 
G
D
 
E
L
 
C
L
 
Q
Q
 
H
A
 
A
G
 
-
L
 
-
D
 
-
V
 
I
A
 
A
A
 
A
L
 
G
P
 
L
V
 
I
L
 
R
R
 
E
D
 
D
-
 
Q
-
 
V
-
 
G
-
 
E
-
 
L
-
 
G
-
 
A
V
 
V
V
 
V
C
 
A
G
 
G
P
 
D
W
 
D
T
 
P
P
 
G
R
 
R
A
 
G
P
 
D
A
 
A
G
 
E
P
 
V
V
 
T
L
 
I
F
 
F
K
 
D
S
x
G
C
 
T
G
 
G
W
 
V
A
 
G
G
 
L
W
 
Q
D
 
D
L
 
L
A
 
A
A
 
V
A
 
A
R
 
Q
-
 
A
-
 
V
-
 
V
-
 
E
L
 
L
A
 
A
L
 
K
R
 
H
Q
 
K
G
 
G
A
 
V
A
 
A
Q
 
Q

6rqaB Crystal structure of the iminosuccinate reductase of paracoccus denitrificans in complex with NAD+ (see paper)
28% identity, 72% coverage: 91:332/337 of query aligns to 73:318/322 of 6rqaB

query
sites
6rqaB
F
 
Y
T
 
W
P
 
P
A
x
N
N
 
N
A
 
Q
G
 
K
T
 
H
G
 
N
R
 
L
P
 
I
S
 
N
I
 
H
Q
 
Q
G
 
S
D
 
T
V
 
V
V
 
F
V
 
L
F
 
F
D
 
D
I
 
P
A
 
D
T
 
T
G
 
G
A
 
R
R
 
V
Q
 
S
L
 
A
V
 
A
L
 
V
D
 
G
G
 
G
P
 
N
T
 
L
V
 
L
T
 
T
A
 
A
R
 
L
R
 
R
T
|
T
A
 
A
A
 
A
V
 
A
S
 
S
L
 
A
L
 
V
A
 
S
A
 
I
R
 
K
H
 
Y
L
 
L
A
 
A
P
 
P
A
 
K
P
 
G
Q
 
A
G
 
K
P
 
V
L
 
L
L
 
G
I
 
M
V
 
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
V
 
H
Q
|
Q
G
 
S
-
 
A
-
 
F
-
 
Q
-
 
M
-
 
R
-
 
A
L
 
A
A
 
A
H
 
N
A
 
V
E
 
H
A
 
R
F
 
F
V
 
E
L
 
K
G
 
V
L
 
I
G
 
G
V
 
-
Q
 
-
E
 
-
V
 
-
W
 
W
-
 
N
-
x
P
-
x
H
-
 
P
-
 
E
I
 
M
S
 
L
S
 
S
R
 
R
S
 
L
A
 
A
A
 
D
S
 
T
A
 
A
E
 
A
A
 
E
L
 
L
A
 
G
T
 
L
Q
 
P
V
 
F
R
 
E
A
 
A
L
 
V
G
 
E
A
 
L
Q
 
D
V
 
-
R
 
R
V
 
L
V
 
G
A
 
A
D
 
E
A
 
A
D
 
D
A
 
V
A
 
-
L
 
-
A
 
-
H
 
-
C
 
-
P
 
-
L
 
I
V
 
V
A
 
S
A
x
I
C
x
T
T
x
S
T
x
S
A
 
F
S
 
S
S
 
P
L
 
L
V
 
L
L
 
M
H
 
N
A
 
E
T
 
H
P
 
V
R
 
K
A
 
G
D
 
P
A
 
T
F
 
H
I
 
I
T
 
A
A
 
A
V
x
M
G
|
G
A
 
T
F
x
D
T
 
T
P
 
K
A
 
G
M
x
K
A
 
Q
E
 
E
L
 
L
A
 
D
P
 
P
A
 
A
L
 
L
C
 
V
Q
 
A
H
 
R
V
 
A
A
 
-
E
 
-
H
 
-
G
 
-
R
 
R
I
 
I
V
 
F
V
 
T
D
 
D
T
 
E
A
 
V
D
 
A
A
 
Q
S
 
S
H
 
V
E
 
S
A
 
I
G
 
G
D
 
E
L
 
C
L
 
Q
Q
 
H
A
 
A
G
 
-
L
 
-
D
 
-
V
 
I
A
 
A
A
 
A
L
 
G
P
 
L
V
 
I
L
 
R
R
 
E
D
 
D
-
 
Q
-
 
V
-
 
G
-
 
E
-
 
L
-
 
G
-
 
A
V
 
V
V
 
V
C
 
A
G
 
G
P
 
D
W
 
D
T
 
P
P
 
G
R
 
R
A
 
G
P
 
D
A
 
A
G
 
E
P
 
V
V
 
T
L
 
I
F
 
F
K
 
D
S
x
G
C
x
T
G
|
G
W
 
V
A
 
G
G
 
L
W
 
Q
D
 
D
L
 
L
A
 
A
A
 
V
A
 
A
R
 
Q
-
 
A
-
 
V
-
 
V
-
 
E
L
 
L
A
 
A
L
 
K
R
 
H
Q
 
K
G
 
G
A
 
V
A
 
A
Q
 
Q

Sites not aligning to the query:

6rqaA Crystal structure of the iminosuccinate reductase of paracoccus denitrificans in complex with NAD+ (see paper)
28% identity, 72% coverage: 91:332/337 of query aligns to 73:318/322 of 6rqaA

query
sites
6rqaA
F
 
Y
T
 
W
P
 
P
A
 
N
N
 
N
A
 
Q
G
 
K
T
 
H
G
 
N
R
 
L
P
 
I
S
 
N
I
x
H
Q
 
Q
G
 
S
D
 
T
V
 
V
V
 
F
V
 
L
F
 
F
D
 
D
I
 
P
A
 
D
T
 
T
G
 
G
A
 
R
R
 
V
Q
 
S
L
 
A
V
 
A
L
 
V
D
 
G
G
 
G
P
 
N
T
 
L
V
 
L
T
 
T
A
 
A
R
 
L
R
 
R
T
|
T
A
 
A
A
 
A
V
 
A
S
 
S
L
 
A
L
 
V
A
 
S
A
 
I
R
 
K
H
 
Y
L
 
L
A
 
A
P
 
P
A
 
K
P
 
G
Q
 
A
G
 
K
P
 
V
L
 
L
L
 
G
I
 
M
V
 
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
V
x
H
Q
|
Q
G
 
S
-
 
A
-
 
F
-
 
Q
-
 
M
-
 
R
-
 
A
L
 
A
A
 
A
H
 
N
A
 
V
E
 
H
A
 
R
F
 
F
V
 
E
L
 
K
G
 
V
L
 
I
G
 
G
V
 
-
Q
 
-
E
 
-
V
 
-
W
 
W
-
x
N
-
x
P
-
x
H
-
 
P
-
 
E
I
x
M
S
 
L
S
 
S
R
 
R
S
 
L
A
 
A
A
 
D
S
 
T
A
 
A
E
 
A
A
 
E
L
 
L
A
 
G
T
 
L
Q
 
P
V
 
F
R
 
E
A
 
A
L
 
V
G
 
E
A
 
L
Q
 
D
V
 
-
R
 
R
V
 
L
V
 
G
A
 
A
D
 
E
A
 
A
D
 
D
A
 
V
A
 
-
L
 
-
A
 
-
H
 
-
C
 
-
P
 
-
L
 
I
V
 
V
A
 
S
A
x
I
C
x
T
T
x
S
T
x
S
A
 
F
S
 
S
S
 
P
L
 
L
V
 
L
L
 
M
H
 
N
A
 
E
T
 
H
P
 
V
R
 
K
A
 
G
D
 
P
A
 
T
F
 
H
I
 
I
T
 
A
A
 
A
V
x
M
G
|
G
A
 
T
F
x
D
T
 
T
P
 
K
A
 
G
M
x
K
A
 
Q
E
 
E
L
 
L
A
 
D
P
 
P
A
 
A
L
 
L
C
 
V
Q
 
A
H
 
R
V
 
A
A
 
-
E
 
-
H
 
-
G
 
-
R
 
R
I
 
I
V
 
F
V
 
T
D
 
D
T
 
E
A
 
V
D
 
A
A
 
Q
S
 
S
H
 
V
E
 
S
A
 
I
G
 
G
D
 
E
L
 
C
L
 
Q
Q
 
H
A
 
A
G
 
-
L
 
-
D
 
-
V
 
I
A
 
A
A
 
A
L
 
G
P
 
L
V
 
I
L
 
R
R
 
E
D
 
D
-
 
Q
-
 
V
-
 
G
-
 
E
-
 
L
-
 
G
-
 
A
V
 
V
V
 
V
C
 
A
G
 
G
P
 
D
W
 
D
T
 
P
P
 
G
R
 
R
A
 
G
P
 
D
A
 
A
G
 
E
P
 
V
V
 
T
L
 
I
F
 
F
K
 
D
S
x
G
C
 
T
G
 
G
W
 
V
A
 
G
G
 
L
W
 
Q
D
 
D
L
 
L
A
 
A
A
 
V
A
 
A
R
 
Q
-
 
A
-
 
V
-
 
V
-
 
E
L
 
L
A
 
A
L
 
K
R
 
H
Q
 
K
G
 
G
A
 
V
A
 
A
Q
 
Q

Query Sequence

>Ac3H11_1121 FitnessBrowser__acidovorax_3H11:Ac3H11_1121
LPPPNSPETLAAVYSQAMSFAPSTLAAGTLDAAATAQRLPWSALADEIAQLLHDSTVSVP
ARSVLPLAQGGSLFLMPATDRSVAMTKLITFTPANAGTGRPSIQGDVVVFDIATGARQLV
LDGPTVTARRTAAVSLLAARHLAPAPQGPLLIVGAGVQGLAHAEAFVLGLGVQEVWISSR
SAASAEALATQVRALGAQVRVVADADAALAHCPLVAACTTASSLVLHATPRADAFITAVG
AFTPAMAELAPALCQHVAEHGRIVVDTADASHEAGDLLQAGLDVAALPVLRDVVCGPWTP
RAPAGPVLFKSCGWAGWDLAAARLALRQGAAQPPSST

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory