SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing Ac3H11_1937 FitnessBrowser__acidovorax_3H11:Ac3H11_1937 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1g6hA Crystal structure of the adp conformation of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
33% identity, 91% coverage: 6:259/279 of query aligns to 4:253/254 of 1g6hA

query
sites
1g6hA
L
 
I
L
 
L
S
 
R
A
 
T
Q
 
E
N
 
N
L
 
I
S
 
V
V
 
K
R
 
Y
F
|
F
G
 
G
G
 
E
V
x
F
L
 
K
A
 
A
V
 
L
N
 
D
N
 
G
V
 
V
S
 
S
F
 
I
D
 
S
V
 
V
R
 
N
R
 
K
G
 
G
E
 
D
V
 
V
F
 
T
T
 
L
L
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
V
 
L
F
 
I
N
 
N
L
 
V
I
 
I
S
 
T
R
 
G
I
 
F
Y
 
L
T
 
K
P
 
A
T
 
D
T
 
E
G
 
G
T
 
R
I
 
V
A
 
Y
Y
 
F
A
 
E
G
 
N
P
 
K
G
 
D
G
 
-
A
 
-
M
 
-
L
 
-
P
 
-
L
 
I
T
 
T
D
 
N
Q
 
K
P
 
E
P
 
P
H
 
A
K
 
E
V
 
L
A
 
Y
S
 
H
L
 
Y
G
 
G
I
 
I
A
 
V
R
 
R
T
 
T
F
 
F
Q
 
Q
N
 
T
I
 
P
E
 
Q
L
 
P
F
 
L
E
 
K
H
 
E
A
 
M
S
 
T
V
 
V
L
 
L
H
 
E
N
 
N
L
 
L
L
 
L
I
 
I
G
 
G
R
 
E
H
 
I
T
 
C
Q
 
P
Q
 
G
H
 
E
S
 
S
S
 
P
L
 
L
W
 
N
A
 
S
E
 
-
M
 
-
F
 
L
F
 
F
T
 
Y
R
 
K
K
 
K
V
 
W
R
 
I
E
 
P
G
 
K
E
 
E
I
 
E
Q
 
E
A
 
M
R
 
V
E
 
E
K
 
K
A
 
A
E
 
F
Q
 
K
I
 
I
I
 
L
D
 
E
F
 
F
L
 
L
D
 
K
L
 
L
Q
 
S
H
 
H
Y
 
L
R
 
Y
D
 
D
T
 
R
M
 
K
V
 
A
A
 
G
G
 
E
L
 
L
P
 
S
Y
 
G
G
 
G
V
 
Q
R
 
M
K
 
K
V
 
L
V
 
V
E
 
E
L
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
C
 
M
T
 
T
E
 
N
P
 
P
K
 
K
L
 
M
L
 
I
L
 
V
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
I
S
 
A
G
 
G
L
 
V
N
 
A
V
 
P
E
 
G
E
 
L
T
 
A
D
 
H
D
 
D
M
 
I
A
 
F
F
 
N
W
 
H
I
 
V
Q
 
L
D
 
E
I
 
L
Q
 
K
H
 
A
E
 
K
L
 
-
G
 
G
I
 
I
T
 
T
V
 
F
L
 
L
M
 
I
V
 
I
E
 
E
H
 
H
D
 
R
M
 
L
S
 
D
L
 
I
V
 
V
S
 
L
K
 
N
V
 
Y
S
 
I
D
 
D
R
 
H
V
 
L
L
 
Y
A
 
V
M
 
M
N
 
F
Q
 
N
G
 
G
E
 
Q
V
 
I
V
 
I
A
 
A
M
 
E
G
 
G
T
 
R
P
 
G
R
 
E
E
 
E
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
N
V
 
V
Q
 
L
T
 
S
H
 
D
P
 
P
G
 
K
V
 
V
V
 
V
E
 
E
A
 
I
Y
 
Y
L
 
I
G
 
G

1g9xB Characterization of the twinning structure of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
33% identity, 91% coverage: 6:259/279 of query aligns to 4:253/253 of 1g9xB

query
sites
1g9xB
L
 
I
L
 
L
S
 
R
A
 
T
Q
 
E
N
 
N
L
 
I
S
 
V
V
 
K
R
 
Y
F
|
F
G
 
G
G
 
E
V
x
F
L
 
K
A
 
A
V
 
L
N
 
D
N
 
G
V
 
V
S
 
S
F
 
I
D
 
S
V
 
V
R
 
C
R
 
K
G
 
G
E
 
D
V
 
V
F
 
T
T
 
L
L
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
V
 
L
F
 
I
N
 
N
L
 
V
I
 
I
S
 
T
R
 
G
I
 
F
Y
 
L
T
 
K
P
 
A
T
 
D
T
 
E
G
 
G
T
 
R
I
 
V
A
 
Y
Y
 
F
A
 
E
G
 
N
P
 
K
G
 
D
G
 
-
A
 
-
M
 
-
L
 
-
P
 
-
L
 
I
T
 
T
D
 
N
Q
 
K
P
 
E
P
 
P
H
 
A
K
 
E
V
 
L
A
 
Y
S
 
H
L
 
Y
G
 
G
I
 
I
A
 
V
R
 
R
T
 
T
F
 
F
Q
 
Q
N
 
T
I
 
P
E
 
Q
L
 
P
F
 
L
E
 
K
H
 
E
A
 
M
S
 
T
V
 
V
L
 
L
H
 
E
N
 
N
L
 
L
L
 
L
I
 
I
G
 
G
R
 
E
H
 
I
T
 
N
Q
 
P
Q
 
G
H
 
E
S
 
S
S
 
P
L
 
L
W
 
N
A
 
S
E
 
-
M
 
-
F
 
L
F
 
F
T
 
Y
R
 
K
K
 
K
V
 
W
R
 
I
E
 
P
G
 
K
E
 
E
I
 
E
Q
 
E
A
 
M
R
 
V
E
 
E
K
 
K
A
 
A
E
 
F
Q
 
K
I
 
I
I
 
L
D
 
E
F
 
F
L
 
L
D
 
K
L
 
L
Q
 
S
H
 
H
Y
 
L
R
 
Y
D
 
D
T
 
R
M
 
K
V
 
A
A
 
G
G
 
E
L
 
L
P
 
S
Y
 
G
G
 
G
V
 
Q
R
 
M
K
 
K
V
 
L
V
 
V
E
 
E
L
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
C
 
M
T
 
T
E
 
N
P
 
P
K
 
K
L
 
M
L
 
I
L
 
V
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
I
S
 
A
G
 
G
L
 
V
N
 
A
V
 
P
E
 
G
E
 
L
T
 
A
D
 
H
D
 
D
M
 
I
A
 
F
F
 
N
W
 
H
I
 
V
Q
 
L
D
 
E
I
 
L
Q
 
K
H
 
A
E
 
K
L
 
-
G
 
G
I
 
I
T
 
T
V
 
F
L
 
L
M
 
I
V
 
I
E
 
E
H
 
H
D
 
R
M
 
L
S
 
D
L
 
I
V
 
V
S
 
L
K
 
N
V
 
Y
S
 
I
D
 
D
R
 
H
V
 
L
L
 
Y
A
 
V
M
 
M
N
 
F
Q
 
N
G
 
G
E
 
Q
V
 
I
V
 
I
A
 
A
M
 
E
G
 
G
T
 
R
P
 
G
R
 
E
E
 
E
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
N
V
 
V
Q
 
L
T
 
S
H
 
D
P
 
P
G
 
K
V
 
V
V
 
V
E
 
E
A
 
I
Y
 
Y
L
 
I
G
 
G

6mhzA Vanadate trapped cryo-em structure of e.Coli lptb2fg transporter (see paper)
33% identity, 91% coverage: 7:259/279 of query aligns to 3:235/235 of 6mhzA

query
sites
6mhzA
L
 
L
S
 
T
A
 
A
Q
 
K
N
 
N
L
 
L
S
 
A
V
 
K
R
 
A
F
x
Y
G
 
K
G
 
G
V
 
R
L
 
R
A
 
V
V
 
V
N
 
E
N
 
D
V
 
V
S
 
S
F
 
L
D
 
T
V
 
V
R
 
N
R
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
I
F
 
V
T
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
V
 
T
F
 
F
N
 
Y
L
 
M
I
 
V
S
 
V
R
 
G
I
 
I
Y
 
V
T
 
P
P
 
R
T
 
D
T
 
A
G
 
G
T
 
N
I
 
I
A
 
I
Y
 
I
A
 
D
G
 
D
P
 
D
G
 
D
G
 
I
A
 
S
M
 
L
L
 
L
P
 
P
L
 
L
T
 
-
D
 
-
Q
 
-
P
 
-
P
 
-
H
 
H
K
 
A
V
 
R
A
 
A
S
 
R
L
 
R
G
 
G
I
 
I
A
 
G
R
 
Y
T
 
L
F
 
P
Q
|
Q
N
 
E
I
 
A
E
 
S
L
 
I
F
 
F
E
 
R
H
 
R
A
 
L
S
 
S
V
 
V
L
 
Y
H
 
D
N
 
N
L
 
L
L
 
M
I
 
A
G
 
V
R
 
-
H
 
-
T
 
L
Q
 
Q
Q
 
I
H
 
R
S
 
D
S
 
D
L
 
L
W
 
S
A
 
A
E
 
E
M
 
-
F
 
-
F
 
-
T
 
-
R
 
-
K
 
-
V
 
-
R
 
-
E
 
-
G
 
-
E
 
-
I
 
-
Q
 
Q
A
 
R
R
 
E
E
 
D
K
 
R
A
 
A
E
 
N
Q
 
E
I
 
L
I
 
M
D
 
E
F
 
E
L
 
F
D
 
H
L
 
I
Q
 
E
H
 
H
Y
 
L
R
 
R
D
 
D
T
 
S
M
 
M
V
 
G
A
 
Q
G
x
S
L
 
L
P
x
S
Y
x
G
G
|
G
V
 
E
R
 
R
K
 
R
V
 
R
V
 
V
E
 
E
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
C
 
A
T
 
A
E
 
N
P
 
P
K
 
K
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
F
S
 
A
G
|
G
L
 
V
N
 
D
V
 
P
E
 
I
E
 
S
T
 
V
D
 
I
D
 
D
M
 
I
A
 
K
F
 
R
W
 
I
I
 
I
Q
 
E
D
 
H
I
 
L
Q
 
R
H
 
-
E
 
D
L
 
S
G
 
G
I
 
L
T
 
G
V
 
V
L
 
L
M
 
I
V
 
T
E
 
D
H
|
H
D
 
N
M
 
V
S
 
R
L
 
E
V
 
T
S
 
L
K
 
A
V
 
V
S
 
C
D
 
E
R
 
R
V
 
A
L
 
Y
A
 
I
M
 
V
N
 
S
Q
 
Q
G
 
G
E
 
H
V
 
L
V
 
I
A
 
A
M
 
H
G
 
G
T
 
T
P
 
P
R
 
T
E
 
E
V
 
I
Q
 
L
T
 
Q
H
 
D
P
 
E
G
 
H
V
 
V
V
 
K
E
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6s8nB Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with lipopolysaccharide (see paper)
33% identity, 91% coverage: 7:259/279 of query aligns to 3:235/238 of 6s8nB

query
sites
6s8nB
L
 
L
S
 
T
A
 
A
Q
 
K
N
 
N
L
 
L
S
 
A
V
 
K
R
 
A
F
 
Y
G
 
K
G
 
G
V
 
R
L
 
R
A
 
V
V
 
V
N
 
E
N
 
D
V
 
V
S
 
S
F
 
L
D
 
T
V
 
V
R
 
N
R
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
I
F
 
V
T
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
V
 
T
F
 
F
N
 
Y
L
 
M
I
 
V
S
 
V
R
 
G
I
 
I
Y
 
V
T
 
P
P
 
R
T
 
D
T
 
A
G
 
G
T
 
N
I
 
I
A
 
I
Y
 
I
A
 
D
G
 
D
P
 
D
G
 
D
G
 
I
A
 
S
M
 
L
L
 
L
P
 
P
L
 
L
T
 
-
D
 
-
Q
 
-
P
 
-
P
 
-
H
 
H
K
 
A
V
 
R
A
 
A
S
 
R
L
 
R
G
 
G
I
 
I
A
 
G
R
 
Y
T
 
L
F
 
P
Q
 
Q
N
 
E
I
 
A
E
 
S
L
 
I
F
 
F
E
x
R
H
 
R
A
 
L
S
 
S
V
 
V
L
 
Y
H
 
D
N
 
N
L
 
L
L
 
M
I
 
A
G
 
V
R
 
-
H
 
-
T
 
L
Q
 
Q
Q
 
I
H
 
R
S
 
D
S
 
D
L
 
L
W
 
S
A
 
A
E
 
E
M
 
-
F
 
-
F
 
-
T
 
-
R
 
-
K
 
-
V
 
-
R
 
-
E
 
-
G
 
-
E
 
-
I
 
-
Q
 
Q
A
 
R
R
 
E
E
 
D
K
 
R
A
 
A
E
 
N
Q
 
E
I
 
L
I
 
M
D
 
E
F
 
E
L
 
F
D
 
H
L
 
I
Q
 
E
H
 
H
Y
 
L
R
 
R
D
 
D
T
 
S
M
|
M
V
x
G
A
x
Q
G
 
S
L
 
L
P
 
S
Y
 
G
G
 
G
V
 
E
R
 
R
K
 
R
V
 
R
V
 
V
E
 
E
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
C
 
A
T
 
A
E
 
N
P
 
P
K
 
K
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
S
 
A
G
 
G
L
 
V
N
 
D
V
 
P
E
 
I
E
 
S
T
 
V
D
 
I
D
 
D
M
 
I
A
 
K
F
 
R
W
 
I
I
 
I
Q
 
E
D
 
H
I
 
L
Q
 
R
H
 
-
E
 
D
L
 
S
G
 
G
I
 
L
T
 
G
V
 
V
L
 
L
M
 
I
V
 
T
E
 
D
H
 
H
D
 
N
M
 
V
S
 
R
L
 
E
V
 
T
S
 
L
K
 
A
V
 
V
S
 
C
D
 
E
R
 
R
V
 
A
L
 
Y
A
 
I
M
 
V
N
 
S
Q
 
Q
G
 
G
E
 
H
V
 
L
V
 
I
A
 
A
M
 
H
G
 
G
T
 
T
P
 
P
R
 
T
E
 
E
V
 
I
Q
 
L
T
 
Q
H
 
D
P
 
E
G
 
H
V
 
V
V
 
K
E
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6s8gA Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with amp-pnp (see paper)
33% identity, 91% coverage: 7:259/279 of query aligns to 3:235/238 of 6s8gA

query
sites
6s8gA
L
 
L
S
 
T
A
 
A
Q
 
K
N
 
N
L
 
L
S
 
A
V
 
K
R
 
A
F
x
Y
G
 
K
G
 
G
V
x
R
L
 
R
A
 
V
V
 
V
N
 
E
N
 
D
V
 
V
S
 
S
F
 
L
D
 
T
V
 
V
R
 
N
R
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
I
F
 
V
T
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
 
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
V
 
T
F
 
F
N
 
Y
L
 
M
I
 
V
S
 
V
R
 
G
I
 
I
Y
 
V
T
 
P
P
 
R
T
 
D
T
 
A
G
 
G
T
 
N
I
 
I
A
 
I
Y
 
I
A
 
D
G
 
D
P
 
D
G
 
D
G
 
I
A
 
S
M
 
L
L
 
L
P
 
P
L
 
L
T
 
-
D
 
-
Q
 
-
P
 
-
P
 
-
H
 
H
K
 
A
V
 
R
A
 
A
S
 
R
L
 
R
G
 
G
I
 
I
A
 
G
R
 
Y
T
 
L
F
 
P
Q
|
Q
N
 
E
I
 
A
E
 
S
L
 
I
F
 
F
E
 
R
H
 
R
A
 
L
S
 
S
V
 
V
L
 
Y
H
 
D
N
 
N
L
 
L
L
 
M
I
 
A
G
 
V
R
 
-
H
 
-
T
 
L
Q
 
Q
Q
 
I
H
 
R
S
 
D
S
 
D
L
 
L
W
 
S
A
 
A
E
 
E
M
 
-
F
 
-
F
 
-
T
 
-
R
 
-
K
 
-
V
 
-
R
 
-
E
 
-
G
 
-
E
 
-
I
 
-
Q
 
Q
A
 
R
R
 
E
E
 
D
K
 
R
A
 
A
E
 
N
Q
 
E
I
 
L
I
 
M
D
 
E
F
 
E
L
 
F
D
 
H
L
 
I
Q
 
E
H
 
H
Y
 
L
R
 
R
D
 
D
T
 
S
M
 
M
V
 
G
A
 
Q
G
x
S
L
 
L
P
x
S
Y
 
G
G
 
G
V
x
E
R
 
R
K
 
R
V
 
R
V
 
V
E
 
E
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
C
 
A
T
 
A
E
 
N
P
 
P
K
 
K
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
S
 
A
G
 
G
L
 
V
N
 
D
V
 
P
E
 
I
E
 
S
T
 
V
D
 
I
D
 
D
M
 
I
A
 
K
F
 
R
W
 
I
I
 
I
Q
 
E
D
 
H
I
 
L
Q
 
R
H
 
-
E
 
D
L
 
S
G
 
G
I
 
L
T
 
G
V
 
V
L
 
L
M
 
I
V
 
T
E
 
D
H
 
H
D
 
N
M
 
V
S
 
R
L
 
E
V
 
T
S
 
L
K
 
A
V
 
V
S
 
C
D
 
E
R
 
R
V
 
A
L
 
Y
A
 
I
M
 
V
N
 
S
Q
 
Q
G
 
G
E
 
H
V
 
L
V
 
I
A
 
A
M
 
H
G
 
G
T
 
T
P
 
P
R
 
T
E
 
E
V
 
I
Q
 
L
T
 
Q
H
 
D
P
 
E
G
 
H
V
 
V
V
 
K
E
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6mbnA Lptb e163q in complex with atp (see paper)
33% identity, 91% coverage: 7:259/279 of query aligns to 4:236/241 of 6mbnA

query
sites
6mbnA
L
 
L
S
 
T
A
 
A
Q
 
K
N
 
N
L
 
L
S
 
A
V
 
K
R
 
A
F
x
Y
G
 
K
G
 
G
V
x
R
L
 
R
A
x
V
V
 
V
N
 
E
N
 
D
V
 
V
S
 
S
F
 
L
D
 
T
V
 
V
R
 
N
R
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
I
F
 
V
T
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
V
 
T
F
 
F
N
 
Y
L
 
M
I
 
V
S
 
V
R
 
G
I
 
I
Y
 
V
T
 
P
P
 
R
T
 
D
T
 
A
G
 
G
T
 
N
I
 
I
A
 
I
Y
 
I
A
 
D
G
 
D
P
 
D
G
 
D
G
 
I
A
 
S
M
 
L
L
 
L
P
 
P
L
 
L
T
 
-
D
 
-
Q
 
-
P
 
-
P
 
-
H
 
H
K
 
A
V
 
R
A
 
A
S
 
R
L
 
R
G
 
G
I
 
I
A
 
G
R
 
Y
T
 
L
F
 
P
Q
 
Q
N
 
E
I
 
A
E
 
S
L
 
I
F
 
F
E
 
R
H
 
R
A
 
L
S
 
S
V
 
V
L
 
Y
H
 
D
N
 
N
L
 
L
L
 
M
I
 
A
G
 
V
R
 
-
H
 
-
T
 
L
Q
 
Q
Q
 
I
H
 
R
S
 
D
S
 
D
L
 
L
W
 
S
A
 
A
E
 
E
M
 
-
F
 
-
F
 
-
T
 
-
R
 
-
K
 
-
V
 
-
R
 
-
E
 
-
G
 
-
E
 
-
I
 
-
Q
 
Q
A
 
R
R
 
E
E
 
D
K
 
R
A
 
A
E
 
N
Q
 
E
I
 
L
I
 
M
D
 
E
F
 
E
L
 
F
D
 
H
L
 
I
Q
 
E
H
 
H
Y
 
L
R
 
R
D
 
D
T
 
S
M
 
M
V
 
G
A
 
Q
G
 
S
L
 
L
P
 
S
Y
 
G
G
 
G
V
 
E
R
 
R
K
 
R
V
 
R
V
 
V
E
 
E
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
C
 
A
T
 
A
E
 
N
P
 
P
K
 
K
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
S
 
F
S
 
A
G
 
G
L
 
V
N
 
D
V
 
P
E
 
I
E
 
S
T
 
V
D
 
I
D
 
D
M
 
I
A
 
K
F
 
R
W
 
I
I
 
I
Q
 
E
D
 
H
I
 
L
Q
 
R
H
 
-
E
 
D
L
 
S
G
 
G
I
 
L
T
 
G
V
 
V
L
 
L
M
 
I
V
 
T
E
 
D
H
|
H
D
 
N
M
 
V
S
 
R
L
 
E
V
 
T
S
 
L
K
 
A
V
 
V
S
 
C
D
 
E
R
 
R
V
 
A
L
 
Y
A
 
I
M
 
V
N
 
S
Q
 
Q
G
 
G
E
 
H
V
 
L
V
 
I
A
 
A
M
 
H
G
 
G
T
 
T
P
 
P
R
 
T
E
 
E
V
 
I
Q
 
L
T
 
Q
H
 
D
P
 
E
G
 
H
V
 
V
V
 
K
E
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6b89A E. Coli lptb in complex with adp and novobiocin (see paper)
33% identity, 90% coverage: 7:258/279 of query aligns to 3:234/234 of 6b89A

query
sites
6b89A
L
 
L
S
 
T
A
 
A
Q
 
K
N
 
N
L
 
L
S
 
A
V
 
K
R
 
A
F
x
Y
G
 
K
G
 
G
V
x
R
L
 
R
A
x
V
V
 
V
N
 
E
N
 
D
V
 
V
S
 
S
F
 
L
D
 
T
V
 
V
R
 
N
R
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
I
F
 
V
T
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
V
 
T
F
 
F
N
 
Y
L
 
M
I
 
V
S
 
V
R
 
G
I
 
I
Y
 
V
T
 
P
P
 
R
T
 
D
T
 
A
G
 
G
T
 
N
I
 
I
A
 
I
Y
 
I
A
 
D
G
 
D
P
 
D
G
 
D
G
 
I
A
 
S
M
 
L
L
 
L
P
 
P
L
|
L
T
 
-
D
 
-
Q
 
-
P
 
-
P
 
-
H
|
H
K
 
A
V
 
R
A
 
A
S
 
R
L
 
R
G
 
G
I
 
I
A
 
G
R
 
Y
T
 
L
F
x
P
Q
|
Q
N
 
E
I
x
A
E
x
S
L
 
I
F
|
F
E
x
R
H
x
R
A
x
L
S
 
S
V
 
V
L
 
Y
H
 
D
N
 
N
L
 
L
L
 
M
I
 
A
G
x
V
R
 
-
H
 
-
T
 
L
Q
 
Q
Q
 
I
H
 
R
S
 
D
S
 
D
L
 
L
W
 
S
A
 
A
E
 
E
M
 
-
F
 
-
F
 
-
T
 
-
R
 
-
K
 
-
V
 
-
R
 
-
E
 
-
G
 
-
E
 
-
I
 
-
Q
 
Q
A
 
R
R
 
E
E
 
D
K
 
R
A
 
A
E
 
N
Q
 
E
I
 
L
I
 
M
D
 
E
F
 
E
L
 
F
D
 
H
L
 
I
Q
 
E
H
 
H
Y
 
L
R
 
R
D
 
D
T
 
S
M
 
M
V
 
G
A
x
Q
G
 
S
L
 
L
P
 
S
Y
 
G
G
 
G
V
 
E
R
 
R
K
 
R
V
 
R
V
 
V
E
 
E
L
 
I
A
 
A
R
|
R
A
 
A
L
 
L
C
 
A
T
 
A
E
 
N
P
 
P
K
 
K
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
S
 
A
G
 
G
L
 
V
N
 
D
V
 
P
E
 
I
E
 
S
T
 
V
D
 
I
D
 
D
M
 
I
A
 
K
F
 
R
W
 
I
I
 
I
Q
 
E
D
 
H
I
 
L
Q
 
R
H
 
-
E
 
D
L
 
S
G
 
G
I
 
L
T
 
G
V
 
V
L
 
L
M
 
I
V
 
T
E
 
D
H
 
H
D
 
N
M
 
V
S
 
R
L
 
E
V
 
T
S
 
L
K
 
A
V
 
V
S
 
C
D
 
E
R
 
R
V
 
A
L
 
Y
A
 
I
M
 
V
N
 
S
Q
 
Q
G
 
G
E
 
H
V
 
L
V
 
I
A
 
A
M
 
H
G
 
G
T
 
T
P
 
P
R
 
T
E
 
E
V
 
I
Q
 
L
T
 
Q
H
 
D
P
 
E
G
 
H
V
 
V
V
 
K
E
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L

4p31A Crystal structure of a selenomethionine derivative of e. Coli lptb in complex with adp-magensium (see paper)
33% identity, 90% coverage: 7:258/279 of query aligns to 3:234/234 of 4p31A

query
sites
4p31A
L
 
L
S
 
T
A
 
A
Q
 
K
N
 
N
L
 
L
S
 
A
V
 
K
R
 
A
F
x
Y
G
 
K
G
 
G
V
x
R
L
 
R
A
x
V
V
 
V
N
 
E
N
 
D
V
 
V
S
 
S
F
 
L
D
 
T
V
 
V
R
 
N
R
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
I
F
 
V
T
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
V
 
T
F
 
F
N
 
Y
L
 
M
I
 
V
S
 
V
R
 
G
I
 
I
Y
 
V
T
 
P
P
 
R
T
 
D
T
 
A
G
 
G
T
 
N
I
 
I
A
 
I
Y
 
I
A
 
D
G
 
D
P
 
D
G
 
D
G
 
I
A
 
S
M
 
L
L
 
L
P
 
P
L
 
L
T
 
-
D
 
-
Q
 
-
P
 
-
P
 
-
H
 
H
K
 
A
V
 
R
A
 
A
S
 
R
L
 
R
G
 
G
I
 
I
A
 
G
R
 
Y
T
 
L
F
 
P
Q
|
Q
N
 
E
I
 
A
E
 
S
L
 
I
F
 
F
E
 
R
H
 
R
A
 
L
S
 
S
V
 
V
L
 
Y
H
 
D
N
 
N
L
 
L
L
 
M
I
 
A
G
 
V
R
 
-
H
 
-
T
 
L
Q
 
Q
Q
 
I
H
 
R
S
 
D
S
 
D
L
 
L
W
 
S
A
 
A
E
 
E
M
 
-
F
 
-
F
 
-
T
 
-
R
 
-
K
 
-
V
 
-
R
 
-
E
 
-
G
 
-
E
 
-
I
 
-
Q
 
Q
A
 
R
R
 
E
E
 
D
K
 
R
A
 
A
E
 
N
Q
 
E
I
 
L
I
 
M
D
 
E
F
 
E
L
 
F
D
 
H
L
 
I
Q
 
E
H
 
H
Y
 
L
R
 
R
D
 
D
T
 
S
M
 
M
V
 
G
A
 
Q
G
 
S
L
 
L
P
 
S
Y
 
G
G
 
G
V
 
E
R
 
R
K
 
R
V
 
R
V
 
V
E
 
E
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
C
 
A
T
 
A
E
 
N
P
 
P
K
 
K
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
S
 
A
G
 
G
L
 
V
N
 
D
V
 
P
E
 
I
E
 
S
T
 
V
D
 
I
D
 
D
M
 
I
A
 
K
F
 
R
W
 
I
I
 
I
Q
 
E
D
 
H
I
 
L
Q
 
R
H
 
-
E
 
D
L
 
S
G
 
G
I
 
L
T
 
G
V
 
V
L
 
L
M
 
I
V
 
T
E
 
D
H
 
H
D
 
N
M
 
V
S
 
R
L
 
E
V
 
T
S
 
L
K
 
A
V
 
V
S
 
C
D
 
E
R
 
R
V
 
A
L
 
Y
A
 
I
M
 
V
N
 
S
Q
 
Q
G
 
G
E
 
H
V
 
L
V
 
I
A
 
A
M
 
H
G
 
G
T
 
T
P
 
P
R
 
T
E
 
E
V
 
I
Q
 
L
T
 
Q
H
 
D
P
 
E
G
 
H
V
 
V
V
 
K
E
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L

6b8bA E. Coli lptb in complex with adp and a novobiocin derivative (see paper)
33% identity, 90% coverage: 7:257/279 of query aligns to 3:233/233 of 6b8bA

query
sites
6b8bA
L
 
L
S
 
T
A
 
A
Q
 
K
N
 
N
L
 
L
S
 
A
V
 
K
R
 
A
F
x
Y
G
 
K
G
 
G
V
x
R
L
 
R
A
x
V
V
 
V
N
 
E
N
 
D
V
 
V
S
 
S
F
 
L
D
 
T
V
 
V
R
 
N
R
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
I
F
 
V
T
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
V
 
T
F
 
F
N
 
Y
L
 
M
I
 
V
S
 
V
R
 
G
I
 
I
Y
 
V
T
 
P
P
 
R
T
 
D
T
 
A
G
 
G
T
 
N
I
 
I
A
 
I
Y
 
I
A
 
D
G
 
D
P
 
D
G
 
D
G
 
I
A
 
S
M
 
L
L
 
L
P
 
P
L
 
L
T
 
-
D
 
-
Q
 
-
P
 
-
P
 
-
H
 
H
K
 
A
V
 
R
A
 
A
S
 
R
L
 
R
G
 
G
I
 
I
A
 
G
R
 
Y
T
 
L
F
 
P
Q
 
Q
N
 
E
I
 
A
E
 
S
L
 
I
F
|
F
E
x
R
H
x
R
A
 
L
S
 
S
V
 
V
L
 
Y
H
 
D
N
 
N
L
 
L
L
 
M
I
 
A
G
 
V
R
 
-
H
 
-
T
 
L
Q
 
Q
Q
 
I
H
 
R
S
 
D
S
 
D
L
 
L
W
 
S
A
 
A
E
 
E
M
 
-
F
 
-
F
 
-
T
 
-
R
 
-
K
 
-
V
 
-
R
 
-
E
 
-
G
 
-
E
 
-
I
 
-
Q
 
Q
A
 
R
R
 
E
E
 
D
K
 
R
A
 
A
E
 
N
Q
 
E
I
 
L
I
 
M
D
 
E
F
 
E
L
 
F
D
 
H
L
 
I
Q
 
E
H
 
H
Y
 
L
R
 
R
D
 
D
T
 
S
M
 
M
V
 
G
A
 
Q
G
 
S
L
 
L
P
 
S
Y
 
G
G
 
G
V
 
E
R
 
R
K
 
R
V
 
R
V
 
V
E
 
E
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
C
 
A
T
 
A
E
 
N
P
 
P
K
 
K
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
S
 
A
G
 
G
L
 
V
N
 
D
V
 
P
E
 
I
E
 
S
T
 
V
D
 
I
D
 
D
M
 
I
A
 
K
F
 
R
W
 
I
I
 
I
Q
 
E
D
 
H
I
 
L
Q
 
R
H
 
-
E
 
D
L
 
S
G
 
G
I
 
L
T
 
G
V
 
V
L
 
L
M
 
I
V
 
T
E
 
D
H
 
H
D
 
N
M
 
V
S
 
R
L
 
E
V
 
T
S
 
L
K
 
A
V
 
V
S
 
C
D
 
E
R
 
R
V
 
A
L
 
Y
A
 
I
M
 
V
N
 
S
Q
 
Q
G
 
G
E
 
H
V
 
L
V
 
I
A
 
A
M
 
H
G
 
G
T
 
T
P
 
P
R
 
T
E
 
E
V
 
I
Q
 
L
T
 
Q
H
 
D
P
 
E
G
 
H
V
 
V
V
 
K
E
 
R
A
 
V
Y
 
Y

1oxvD Crystal structure of glcv, the abc-atpase of the glucose abc transporter from sulfolobus solfataricus (see paper)
28% identity, 96% coverage: 10:276/279 of query aligns to 7:259/353 of 1oxvD

query
sites
1oxvD
Q
 
K
N
 
N
L
 
V
S
 
S
V
 
K
R
 
V
F
|
F
-
 
K
-
 
K
G
 
G
G
 
K
V
 
V
L
 
V
A
 
A
V
 
L
N
 
D
N
 
N
V
 
V
S
 
N
F
 
I
D
 
N
V
 
I
R
 
E
R
 
N
G
 
G
E
 
E
V
 
R
F
 
F
T
 
G
L
 
I
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
V
 
F
F
 
M
N
 
R
L
 
I
I
 
I
S
 
A
R
 
G
I
 
L
Y
 
D
T
 
V
P
 
P
T
 
S
T
 
T
G
 
G
T
 
E
I
 
L
A
 
Y
Y
 
F
-
 
D
-
 
D
-
 
R
-
 
L
-
 
V
A
 
A
G
 
S
P
 
N
G
 
G
G
 
K
A
 
L
M
 
I
L
 
V
P
 
P
L
 
P
T
 
E
D
 
D
Q
 
R
P
 
K
P
 
-
H
 
-
K
 
-
V
 
-
A
 
-
S
 
-
L
 
-
G
 
-
I
 
I
A
 
G
R
 
M
T
 
V
F
 
F
Q
|
Q
N
 
T
I
 
W
E
 
A
L
 
L
F
 
Y
E
 
P
H
 
N
A
 
L
S
 
T
V
 
A
L
 
F
H
 
E
N
 
N
L
 
I
L
 
-
I
 
-
G
 
-
R
 
-
H
 
-
T
 
-
Q
 
-
Q
 
-
H
 
-
S
 
-
S
 
-
L
 
-
W
 
-
A
 
-
E
 
-
M
 
A
F
 
F
F
 
P
T
 
L
R
 
T
K
 
N
V
 
M
R
 
K
E
 
M
G
 
S
E
 
K
I
 
E
Q
 
E
A
 
I
R
 
R
E
 
K
K
 
R
A
 
V
E
 
E
Q
 
E
I
 
V
I
 
A
D
 
K
F
 
I
L
 
L
D
 
D
L
 
I
Q
 
H
H
 
H
Y
 
V
R
 
L
D
 
N
T
 
H
M
 
F
V
 
P
A
 
R
G
 
E
L
 
L
P
 
S
Y
 
G
G
 
G
V
 
Q
R
 
Q
K
 
Q
V
 
R
V
 
V
E
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
C
 
V
T
 
K
E
 
D
P
 
P
K
 
S
L
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
F
S
 
S
G
 
N
L
 
L
N
 
D
V
 
A
E
 
R
E
 
M
T
 
R
D
 
D
D
 
S
M
 
A
A
 
R
F
 
A
W
 
L
I
 
V
Q
 
K
D
 
E
I
 
V
Q
 
Q
H
 
S
E
 
R
L
 
L
G
 
G
I
 
V
T
 
T
V
 
L
L
 
L
M
 
V
V
 
V
E
 
S
H
 
H
D
 
D
M
 
P
S
 
A
L
 
D
V
 
I
S
 
F
K
 
A
V
 
I
S
 
A
D
 
D
R
 
R
V
 
V
L
 
G
A
 
V
M
 
L
N
 
V
Q
 
K
G
 
G
E
 
K
V
 
L
V
 
V
A
 
Q
M
 
V
G
 
G
T
 
K
P
 
P
R
 
E
E
 
D
V
 
L
Q
 
Y
T
 
D
H
 
N
P
 
P
G
 
V
V
 
S
V
 
I
E
 
Q
-
 
V
-
 
A
A
 
S
Y
 
L
L
 
I
G
 
G
T
 
E
I
 
I
D
 
N
D
 
E
V
 
L
S
 
E
N
 
G
L
 
K
R
 
V
R
 
T
P
 
N
A
 
E
G
 
G
S
 
V
T
 
V
M
 
I
G
 
G

1oxvA Crystal structure of glcv, the abc-atpase of the glucose abc transporter from sulfolobus solfataricus (see paper)
28% identity, 96% coverage: 10:276/279 of query aligns to 7:259/353 of 1oxvA

query
sites
1oxvA
Q
 
K
N
 
N
L
 
V
S
 
S
V
 
K
R
 
V
F
|
F
-
 
K
-
 
K
G
 
G
G
 
K
V
 
V
L
 
V
A
 
A
V
 
L
N
 
D
N
 
N
V
 
V
S
 
N
F
 
I
D
 
N
V
 
I
R
 
E
R
 
N
G
 
G
E
 
E
V
 
R
F
 
F
T
 
G
L
 
I
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
V
 
F
F
 
M
N
 
R
L
 
I
I
 
I
S
 
A
R
 
G
I
 
L
Y
 
D
T
 
V
P
 
P
T
 
S
T
 
T
G
 
G
T
 
E
I
 
L
A
 
Y
Y
 
F
-
 
D
-
 
D
-
 
R
-
 
L
-
 
V
A
 
A
G
 
S
P
 
N
G
 
G
G
 
K
A
 
L
M
 
I
L
 
V
P
 
P
L
 
P
T
 
E
D
 
D
Q
 
R
P
 
K
P
 
-
H
 
-
K
 
-
V
 
-
A
 
-
S
 
-
L
 
-
G
 
-
I
 
I
A
 
G
R
 
M
T
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
T
I
 
W
E
 
A
L
 
L
F
 
Y
E
 
P
H
 
N
A
 
L
S
 
T
V
 
A
L
 
F
H
 
E
N
 
N
L
 
I
L
 
-
I
 
-
G
 
-
R
 
-
H
 
-
T
 
-
Q
 
-
Q
 
-
H
 
-
S
 
-
S
 
-
L
 
-
W
 
-
A
 
-
E
 
-
M
 
A
F
 
F
F
 
P
T
 
L
R
 
T
K
 
N
V
 
M
R
 
K
E
 
M
G
 
S
E
 
K
I
 
E
Q
 
E
A
 
I
R
 
R
E
 
K
K
 
R
A
 
V
E
 
E
Q
 
E
I
 
V
I
 
A
D
 
K
F
 
I
L
 
L
D
 
D
L
 
I
Q
 
H
H
 
H
Y
 
V
R
 
L
D
 
N
T
 
H
M
 
F
V
 
P
A
 
R
G
 
E
L
 
L
P
 
S
Y
 
G
G
 
G
V
 
Q
R
 
Q
K
 
Q
V
 
R
V
 
V
E
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
C
 
V
T
 
K
E
 
D
P
 
P
K
 
S
L
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
F
S
 
S
G
 
N
L
 
L
N
 
D
V
 
A
E
 
R
E
 
M
T
 
R
D
 
D
D
 
S
M
 
A
A
 
R
F
 
A
W
 
L
I
 
V
Q
 
K
D
 
E
I
 
V
Q
 
Q
H
 
S
E
 
R
L
 
L
G
 
G
I
 
V
T
 
T
V
 
L
L
 
L
M
 
V
V
 
V
E
 
S
H
 
H
D
 
D
M
 
P
S
 
A
L
 
D
V
 
I
S
 
F
K
 
A
V
 
I
S
 
A
D
 
D
R
 
R
V
 
V
L
 
G
A
 
V
M
 
L
N
 
V
Q
 
K
G
 
G
E
 
K
V
 
L
V
 
V
A
 
Q
M
 
V
G
 
G
T
 
K
P
 
P
R
 
E
E
 
D
V
 
L
Q
 
Y
T
 
D
H
 
N
P
 
P
G
 
V
V
 
S
V
 
I
E
 
Q
-
 
V
-
 
A
A
 
S
Y
 
L
L
 
I
G
 
G
T
 
E
I
 
I
D
 
N
D
 
E
V
 
L
S
 
E
N
 
G
L
 
K
R
 
V
R
 
T
P
 
N
A
 
E
G
 
G
S
 
V
T
 
V
M
 
I
G
 
G

1oxuA Crystal structure of glcv, the abc-atpase of the glucose abc transporter from sulfolobus solfataricus (see paper)
28% identity, 96% coverage: 10:276/279 of query aligns to 7:259/353 of 1oxuA

query
sites
1oxuA
Q
 
K
N
 
N
L
 
V
S
 
S
V
 
K
R
 
V
F
|
F
-
 
K
-
 
K
G
 
G
G
 
K
V
 
V
L
 
V
A
|
A
V
 
L
N
 
D
N
 
N
V
 
V
S
 
N
F
 
I
D
 
N
V
 
I
R
 
E
R
 
N
G
 
G
E
 
E
V
 
R
F
 
F
T
 
G
L
 
I
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
V
 
F
F
 
M
N
 
R
L
 
I
I
 
I
S
 
A
R
 
G
I
 
L
Y
 
D
T
 
V
P
 
P
T
 
S
T
 
T
G
 
G
T
 
E
I
 
L
A
 
Y
Y
 
F
-
 
D
-
 
D
-
 
R
-
 
L
-
 
V
A
 
A
G
 
S
P
 
N
G
 
G
G
 
K
A
 
L
M
 
I
L
 
V
P
 
P
L
 
P
T
 
E
D
 
D
Q
 
R
P
 
K
P
 
-
H
 
-
K
 
-
V
 
-
A
 
-
S
 
-
L
 
-
G
 
-
I
 
I
A
 
G
R
 
M
T
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
T
I
 
W
E
 
A
L
 
L
F
 
Y
E
 
P
H
 
N
A
 
L
S
 
T
V
 
A
L
 
F
H
 
E
N
 
N
L
 
I
L
 
-
I
 
-
G
 
-
R
 
-
H
 
-
T
 
-
Q
 
-
Q
 
-
H
 
-
S
 
-
S
 
-
L
 
-
W
 
-
A
 
-
E
 
-
M
 
A
F
 
F
F
 
P
T
 
L
R
 
T
K
 
N
V
 
M
R
 
K
E
 
M
G
 
S
E
 
K
I
 
E
Q
 
E
A
 
I
R
 
R
E
 
K
K
 
R
A
 
V
E
 
E
Q
 
E
I
 
V
I
 
A
D
 
K
F
 
I
L
 
L
D
 
D
L
 
I
Q
 
H
H
 
H
Y
 
V
R
 
L
D
 
N
T
 
H
M
 
F
V
 
P
A
 
R
G
 
E
L
 
L
P
 
S
Y
 
G
G
 
G
V
 
Q
R
 
Q
K
 
Q
V
 
R
V
 
V
E
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
C
 
V
T
 
K
E
 
D
P
 
P
K
 
S
L
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
S
 
S
G
 
N
L
 
L
N
 
D
V
 
A
E
 
R
E
 
M
T
 
R
D
 
D
D
 
S
M
 
A
A
 
R
F
 
A
W
 
L
I
 
V
Q
 
K
D
 
E
I
 
V
Q
 
Q
H
 
S
E
 
R
L
 
L
G
 
G
I
 
V
T
 
T
V
 
L
L
 
L
M
 
V
V
 
V
E
 
S
H
 
H
D
 
D
M
 
P
S
 
A
L
 
D
V
 
I
S
 
F
K
 
A
V
 
I
S
 
A
D
 
D
R
 
R
V
 
V
L
 
G
A
 
V
M
 
L
N
 
V
Q
 
K
G
 
G
E
 
K
V
 
L
V
 
V
A
 
Q
M
 
V
G
 
G
T
 
K
P
 
P
R
 
E
E
 
D
V
 
L
Q
 
Y
T
 
D
H
 
N
P
 
P
G
 
V
V
 
S
V
 
I
E
 
Q
-
 
V
-
 
A
A
 
S
Y
 
L
L
 
I
G
 
G
T
 
E
I
 
I
D
 
N
D
 
E
V
 
L
S
 
E
N
 
G
L
 
K
R
 
V
R
 
T
P
 
N
A
 
E
G
 
G
S
 
V
T
 
V
M
 
I
G
 
G

Q97UY8 Glucose import ATP-binding protein GlcV; EC 7.5.2.- from Saccharolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2) (Sulfolobus solfataricus) (see paper)
28% identity, 96% coverage: 10:276/279 of query aligns to 7:259/353 of Q97UY8

query
sites
Q97UY8
Q
 
K
N
 
N
L
 
V
S
 
S
V
 
K
R
 
V
F
 
F
-
 
K
-
 
K
G
 
G
G
 
K
V
 
V
L
 
V
A
 
A
V
 
L
N
 
D
N
 
N
V
 
V
S
 
N
F
 
I
D
 
N
V
 
I
R
 
E
R
 
N
G
 
G
E
 
E
V
 
R
F
 
F
T
 
G
L
 
I
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
V
 
F
F
 
M
N
 
R
L
 
I
I
 
I
S
 
A
R
 
G
I
 
L
Y
 
D
T
 
V
P
 
P
T
 
S
T
 
T
G
 
G
T
 
E
I
 
L
A
 
Y
Y
 
F
-
 
D
-
 
D
-
 
R
-
 
L
-
 
V
A
 
A
G
 
S
P
 
N
G
 
G
G
 
K
A
 
L
M
 
I
L
 
V
P
 
P
L
 
P
T
 
E
D
 
D
Q
 
R
P
 
K
P
 
-
H
 
-
K
 
-
V
 
-
A
 
-
S
 
-
L
 
-
G
 
-
I
 
I
A
 
G
R
 
M
T
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
T
I
 
W
E
 
A
L
 
L
F
 
Y
E
 
P
H
 
N
A
 
L
S
 
T
V
 
A
L
 
F
H
 
E
N
 
N
L
 
I
L
 
-
I
 
-
G
 
-
R
 
-
H
 
-
T
 
-
Q
 
-
Q
 
-
H
 
-
S
 
-
S
 
-
L
 
-
W
 
-
A
 
-
E
 
-
M
 
A
F
 
F
F
 
P
T
 
L
R
 
T
K
 
N
V
 
M
R
 
K
E
 
M
G
 
S
E
 
K
I
 
E
Q
 
E
A
 
I
R
 
R
E
 
K
K
 
R
A
 
V
E
 
E
Q
 
E
I
 
V
I
 
A
D
 
K
F
 
I
L
 
L
D
 
D
L
 
I
Q
 
H
H
 
H
Y
 
V
R
 
L
D
 
N
T
 
H
M
 
F
V
 
P
A
 
R
G
 
E
L
 
L
P
x
S
Y
 
G
G
|
G
V
 
Q
R
 
Q
K
 
Q
V
 
R
V
 
V
E
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
C
 
V
T
 
K
E
 
D
P
 
P
K
 
S
L
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
F
S
 
S
G
 
N
L
 
L
N
 
D
V
 
A
E
 
R
E
 
M
T
 
R
D
 
D
D
 
S
M
 
A
A
 
R
F
 
A
W
 
L
I
 
V
Q
 
K
D
 
E
I
 
V
Q
 
Q
H
 
S
E
 
R
L
 
L
G
 
G
I
 
V
T
 
T
V
 
L
L
 
L
M
 
V
V
 
V
E
 
S
H
 
H
D
 
D
M
 
P
S
 
A
L
 
D
V
 
I
S
 
F
K
 
A
V
 
I
S
 
A
D
 
D
R
 
R
V
 
V
L
 
G
A
 
V
M
 
L
N
 
V
Q
 
K
G
 
G
E
 
K
V
 
L
V
 
V
A
 
Q
M
 
V
G
 
G
T
 
K
P
 
P
R
 
E
E
 
D
V
 
L
Q
 
Y
T
 
D
H
 
N
P
 
P
G
 
V
V
 
S
V
 
I
E
 
Q
-
 
V
-
 
A
A
 
S
Y
 
L
L
 
I
G
 
G
T
 
E
I
 
I
D
 
N
D
 
E
V
 
L
S
 
E
N
 
G
L
 
K
R
 
V
R
 
T
P
 
N
A
 
E
G
 
G
S
 
V
T
 
V
M
 
I
G
 
G

7ahhC Opua inhibited inward-facing, sbd docked (see paper)
29% identity, 93% coverage: 15:274/279 of query aligns to 35:277/382 of 7ahhC

query
sites
7ahhC
R
 
K
F
 
T
G
 
G
G
 
A
V
x
T
L
x
V
A
x
G
V
 
V
N
 
Y
N
 
D
V
 
T
S
 
N
F
 
F
D
 
E
V
 
I
R
 
N
R
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
I
F
 
F
T
 
V
L
 
I
I
 
M
G
 
G
P
 
L
N
 
S
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
T
 
S
T
 
T
V
 
L
F
 
L
N
 
R
L
 
L
I
 
L
S
 
N
R
 
R
I
 
L
Y
 
I
T
 
E
P
 
P
T
 
T
T
 
S
G
 
G
T
 
K
I
 
I
A
 
F
Y
 
I
A
 
D
G
 
N
P
 
Q
G
 
D
G
 
V
A
 
A
M
 
T
L
 
L
P
 
N
L
 
K
T
 
E
D
 
D
-
 
L
-
 
L
Q
 
Q
P
 
V
P
 
R
H
 
R
K
 
K
V
 
T
A
 
M
S
 
S
L
 
M
G
 
-
I
 
-
A
 
-
R
 
-
T
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
N
I
 
F
E
 
G
L
 
L
F
 
F
E
 
P
H
 
H
A
 
R
S
 
T
V
 
I
L
 
L
H
 
E
N
 
N
L
 
T
L
 
E
I
 
Y
G
 
G
R
 
L
H
 
E
T
 
V
Q
 
Q
Q
 
N
H
 
V
S
 
P
S
 
-
L
 
-
W
 
-
A
 
-
E
 
-
M
 
-
F
 
-
F
 
-
T
 
-
R
 
-
K
 
-
V
 
-
R
 
-
E
 
-
G
 
-
E
 
K
I
 
E
Q
 
E
A
 
R
R
 
R
E
 
K
K
 
R
A
 
A
E
 
E
Q
 
K
I
 
A
I
 
L
D
 
D
F
 
N
L
 
A
D
 
N
L
 
L
Q
 
L
H
 
D
Y
 
F
R
 
K
D
 
D
T
 
Q
M
 
Y
V
 
P
A
 
K
G
 
Q
L
 
L
P
 
S
Y
 
G
G
 
G
V
 
M
R
 
Q
K
 
Q
V
 
R
V
 
V
E
 
G
L
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
C
 
A
T
 
N
E
 
D
P
 
P
K
 
E
L
 
I
L
 
L
L
 
L
L
 
M
D
|
D
E
|
E
P
 
A
S
 
F
S
 
S
G
 
A
L
 
L
N
 
D
V
 
P
E
 
L
E
 
I
T
 
R
D
 
R
D
 
E
M
 
M
A
 
Q
F
 
D
W
 
E
I
 
L
Q
 
L
D
 
E
I
 
L
Q
 
Q
H
 
A
E
 
K
L
 
F
G
 
Q
I
 
K
T
 
T
V
 
I
L
 
I
M
 
F
V
 
V
E
 
S
H
 
H
D
 
D
M
 
L
S
 
N
L
 
E
V
 
A
S
 
L
K
 
R
V
 
I
S
 
G
D
 
D
R
 
R
V
 
I
L
 
A
A
 
I
M
 
M
N
 
K
Q
 
D
G
 
G
E
 
K
V
 
I
V
 
M
A
 
Q
M
 
I
G
 
G
T
 
T
P
 
G
R
 
E
E
 
E
V
 
I
Q
 
L
T
 
T
H
 
N
P
 
P
G
 
A
V
 
-
V
 
-
E
 
N
A
 
D
Y
 
Y
L
 
V
G
 
K
T
 
T
I
 
F
-
 
V
-
 
E
D
 
D
D
 
T
V
 
A
S
 
E
N
 
N
L
 
I
R
 
M
R
 
I
P
 
P
A
 
A
G
x
L
S
 
T
T
 
T

Sites not aligning to the query:

7aheC Opua inhibited inward facing (see paper)
29% identity, 93% coverage: 15:274/279 of query aligns to 35:277/382 of 7aheC

query
sites
7aheC
R
 
K
F
 
T
G
 
G
G
 
A
V
 
T
L
 
V
A
 
G
V
 
V
N
 
Y
N
 
D
V
 
T
S
 
N
F
 
F
D
 
E
V
 
I
R
 
N
R
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
I
F
 
F
T
 
V
L
 
I
I
 
M
G
 
G
P
 
L
N
 
S
G
 
G
A
 
S
G
 
G
K
 
K
T
 
S
T
 
T
V
 
L
F
 
L
N
 
R
L
 
L
I
 
L
S
 
N
R
 
R
I
 
L
Y
 
I
T
 
E
P
 
P
T
 
T
T
 
S
G
 
G
T
 
K
I
 
I
A
 
F
Y
 
I
A
 
D
G
 
N
P
 
Q
G
 
D
G
 
V
A
 
A
M
 
T
L
 
L
P
 
N
L
 
K
T
 
E
D
 
D
-
 
L
-
 
L
Q
 
Q
P
 
V
P
 
R
H
 
R
K
 
K
V
 
T
A
 
M
S
 
S
L
 
M
G
 
-
I
 
-
A
 
-
R
 
-
T
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
N
I
 
F
E
 
G
L
 
L
F
 
F
E
 
P
H
 
H
A
 
R
S
 
T
V
 
I
L
 
L
H
 
E
N
 
N
L
 
T
L
 
E
I
 
Y
G
 
G
R
 
L
H
 
E
T
 
V
Q
 
Q
Q
 
N
H
 
V
S
 
P
S
 
-
L
 
-
W
 
-
A
 
-
E
 
-
M
 
-
F
 
-
F
 
-
T
 
-
R
 
-
K
 
-
V
 
-
R
 
-
E
 
-
G
 
-
E
 
K
I
 
E
Q
 
E
A
 
R
R
 
R
E
 
K
K
 
R
A
 
A
E
 
E
Q
 
K
I
 
A
I
 
L
D
 
D
F
 
N
L
 
A
D
 
N
L
 
L
Q
 
L
H
 
D
Y
 
F
R
 
K
D
 
D
T
 
Q
M
 
Y
V
 
P
A
 
K
G
 
Q
L
 
L
P
 
S
Y
 
G
G
 
G
V
 
M
R
 
Q
K
 
Q
V
 
R
V
 
V
E
 
G
L
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
C
 
A
T
 
N
E
 
D
P
 
P
K
 
E
L
 
I
L
 
L
L
 
L
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
A
S
 
F
S
 
S
G
 
A
L
 
L
N
 
D
V
 
P
E
 
L
E
 
I
T
 
R
D
 
R
D
 
E
M
 
M
A
 
Q
F
 
D
W
 
E
I
 
L
Q
 
L
D
 
E
I
 
L
Q
 
Q
H
 
A
E
 
K
L
 
F
G
 
Q
I
 
K
T
 
T
V
 
I
L
 
I
M
 
F
V
 
V
E
 
S
H
 
H
D
 
D
M
 
L
S
 
N
L
 
E
V
 
A
S
 
L
K
 
R
V
 
I
S
 
G
D
 
D
R
 
R
V
 
I
L
 
A
A
 
I
M
 
M
N
 
K
Q
 
D
G
 
G
E
 
K
V
 
I
V
 
M
A
 
Q
M
 
I
G
 
G
T
 
T
P
 
G
R
 
E
E
 
E
V
 
I
Q
 
L
T
 
T
H
 
N
P
 
P
G
 
A
V
 
-
V
 
-
E
 
N
A
 
D
Y
 
Y
L
 
V
G
 
K
T
 
T
I
 
F
-
 
V
-
 
E
D
 
D
D
 
T
V
 
A
S
 
E
N
 
N
L
 
I
R
 
M
R
 
I
P
 
P
A
 
A
G
x
L
S
 
T
T
 
T

Sites not aligning to the query:

6mjpA Lptb(e163q)fgc from vibrio cholerae (see paper)
29% identity, 91% coverage: 5:259/279 of query aligns to 1:235/240 of 6mjpA

query
sites
6mjpA
T
 
A
L
 
I
L
 
L
S
 
K
A
 
A
Q
 
Q
N
 
H
L
 
L
S
 
A
V
 
K
R
 
S
F
 
Y
G
 
K
G
 
K
V
 
R
L
 
K
A
 
V
V
 
V
N
 
S
N
 
D
V
 
V
S
 
S
F
 
L
D
 
Q
V
 
V
R
 
E
R
 
S
G
 
G
E
 
Q
V
 
I
F
 
V
T
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
V
 
S
F
 
F
N
 
Y
L
 
M
I
 
I
S
 
V
R
 
G
I
 
L
Y
 
V
T
 
A
P
 
R
T
 
D
T
 
E
G
 
G
T
 
T
I
 
I
A
 
T
Y
 
I
A
 
D
G
 
D
P
 
N
G
 
D
G
 
I
A
 
S
M
 
I
L
 
L
P
 
P
L
 
M
T
 
-
D
 
-
Q
 
-
P
 
-
P
 
-
H
 
H
K
 
S
V
 
R
A
 
S
S
 
R
L
 
M
G
 
G
I
 
I
A
 
G
R
 
Y
T
 
L
F
 
P
Q
 
Q
N
 
E
I
 
A
E
 
S
L
 
I
F
 
F
E
 
R
H
 
K
A
 
L
S
 
S
V
 
V
L
 
E
H
 
D
N
 
N
L
 
I
L
 
M
I
 
A
G
 
V
R
 
L
H
 
Q
T
 
T
Q
 
R
Q
 
E
H
 
E
S
 
-
S
 
-
L
 
-
W
 
-
A
 
-
E
 
-
M
 
-
F
 
-
F
 
L
T
 
T
R
 
H
K
x
E
V
 
E
R
 
R
E
 
Q
G
 
-
E
 
-
I
 
-
Q
 
-
A
 
-
R
 
-
E
x
D
K
 
K
A
 
L
E
 
E
Q
 
D
I
 
L
I
 
L
D
 
E
F
 
E
L
 
F
D
 
H
L
 
I
Q
 
Q
H
 
H
Y
 
I
R
 
R
D
 
K
T
 
S
M
 
A
V
 
G
A
 
M
G
 
A
L
 
L
P
 
S
Y
 
G
G
 
G
V
 
E
R
 
R
K
 
R
V
 
R
V
 
V
E
 
E
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
C
 
A
T
 
A
E
 
N
P
 
P
K
 
Q
L
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
S
 
F
S
 
A
G
 
G
L
 
V
N
 
D
V
 
P
E
 
I
E
 
S
T
 
V
D
 
I
D
 
D
M
 
I
A
 
K
F
 
K
W
 
I
I
 
I
Q
 
E
D
 
H
I
 
L
Q
 
R
H
 
-
E
 
D
L
 
R
G
 
G
I
 
L
T
 
G
V
 
V
L
 
L
M
 
I
V
 
T
E
 
D
H
 
H
D
 
N
M
 
V
S
 
R
L
 
E
V
 
T
S
 
L
K
 
D
V
 
V
S
 
C
D
 
E
R
 
K
V
 
A
L
 
Y
A
 
I
M
 
V
N
 
S
Q
 
Q
G
 
G
E
 
R
V
 
L
V
 
I
A
 
A
M
 
E
G
 
G
T
 
T
P
 
P
R
 
Q
E
 
D
V
 
V
Q
 
L
T
 
N
H
 
N
P
 
E
G
 
Q
V
 
V
V
 
K
E
 
Q
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

2d62A Crystal structure of multiple sugar binding transport atp- binding protein
31% identity, 90% coverage: 11:260/279 of query aligns to 11:245/375 of 2d62A

query
sites
2d62A
N
 
N
L
 
I
S
 
W
V
 
K
R
 
R
F
 
F
G
 
G
G
 
D
V
 
V
L
 
T
A
 
A
V
 
V
N
 
K
N
 
D
V
 
L
S
 
S
F
 
L
D
 
E
V
 
I
R
 
K
R
 
D
G
 
G
E
 
E
V
 
F
F
 
L
T
 
V
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
|
G
A
x
C
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
V
 
T
F
 
L
N
 
R
L
 
M
I
 
I
S
 
A
R
 
G
I
 
L
Y
 
E
T
 
E
P
 
P
T
 
T
T
 
R
G
 
G
T
 
Q
I
 
I
A
 
Y
Y
 
I
-
 
E
-
 
D
-
 
N
-
 
L
-
 
V
A
 
A
G
 
D
P
 
P
-
 
E
G
 
K
G
 
G
A
 
V
M
 
F
L
 
V
P
 
P
L
 
P
T
 
K
D
 
E
Q
 
R
P
 
-
P
 
-
H
 
-
K
 
-
V
 
-
A
 
-
S
 
-
L
 
-
G
 
D
I
 
V
A
 
A
R
 
M
T
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
S
I
 
Y
E
 
A
L
 
L
F
 
Y
E
 
P
H
 
H
A
 
M
S
 
T
V
 
V
L
 
Y
H
 
D
N
 
N
L
 
I
L
 
-
I
 
-
G
 
-
R
 
-
H
 
-
T
 
-
Q
 
-
Q
 
-
H
 
-
S
 
-
S
 
-
L
 
-
W
 
-
A
 
A
E
 
F
M
 
P
F
 
L
F
 
K
T
 
L
R
 
R
K
 
K
V
 
V
R
 
P
E
 
K
G
 
Q
E
 
E
I
 
I
Q
 
D
A
 
K
R
 
R
E
 
-
K
 
-
A
 
V
E
 
R
Q
 
E
I
 
V
I
 
A
D
 
E
F
 
M
L
 
L
D
 
G
L
 
L
Q
 
T
H
 
E
Y
 
L
R
 
L
D
 
N
T
 
R
M
 
K
V
 
P
A
 
R
G
 
E
L
 
L
P
 
S
Y
 
G
G
 
G
V
 
Q
R
 
R
K
 
Q
V
 
R
V
 
V
E
 
A
L
 
L
A
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
I
C
 
I
T
 
R
E
 
R
P
 
P
K
 
K
L
 
V
L
 
F
L
 
L
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
L
S
 
S
G
 
N
L
 
L
N
 
D
V
 
A
E
 
K
E
 
L
T
 
R
D
 
V
D
 
K
M
 
M
A
 
R
F
 
A
W
 
E
I
 
L
Q
 
K
D
 
K
I
 
L
Q
 
Q
H
 
R
E
 
Q
L
 
L
G
 
G
I
 
V
T
 
T
V
 
T
L
 
I
M
 
Y
V
 
V
E
 
T
H
 
H
D
 
D
M
 
Q
S
 
V
L
 
E
V
 
A
S
 
M
K
 
T
V
 
M
S
 
G
D
 
D
R
 
R
V
 
I
L
 
A
A
 
V
M
 
M
N
 
N
Q
 
K
G
 
G
E
 
E
V
 
L
V
 
Q
A
 
Q
M
 
V
G
 
G
T
 
T
P
 
P
R
 
D
E
 
E
V
 
V
Q
 
Y
T
 
Y
H
 
K
P
 
P
-
 
V
-
 
N
G
 
T
V
 
F
V
 
V
E
 
A
A
 
G
Y
 
F
L
 
I
G
 
G
T
 
S

1ji0A Crystal structure analysis of the abc transporter from thermotoga maritima
31% identity, 93% coverage: 1:260/279 of query aligns to 1:239/240 of 1ji0A

query
sites
1ji0A
M
 
M
T
 
V
N
 
S
D
 
D
T
 
I
L
 
V
L
 
L
S
 
E
A
 
V
Q
 
Q
N
 
S
L
 
L
S
 
H
V
 
V
R
 
Y
F
x
Y
G
 
G
G
 
A
V
 
I
L
 
H
A
 
A
V
 
I
N
 
K
N
 
G
V
 
I
S
 
D
F
 
L
D
 
K
V
 
V
R
 
P
R
 
R
G
 
G
E
 
Q
V
 
I
F
 
V
T
 
T
L
 
L
I
 
I
G
 
G
P
 
A
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
V
 
T
F
 
L
N
 
S
L
 
A
I
 
I
S
 
A
R
 
G
I
 
L
Y
 
V
T
 
R
P
 
A
T
 
Q
T
 
K
G
 
G
T
 
K
I
 
I
A
 
I
Y
 
F
A
 
N
G
 
G
P
 
Q
G
 
-
G
 
-
A
 
-
M
 
-
L
 
-
P
 
D
L
 
I
T
 
T
D
 
N
Q
 
K
P
 
P
P
 
A
H
 
H
K
 
V
V
 
I
A
 
N
S
 
R
L
 
M
G
 
G
I
 
I
A
 
A
R
 
L
T
 
V
F
 
P
Q
x
E
N
 
G
I
 
R
E
 
R
L
 
I
F
 
F
E
 
P
H
 
E
A
 
L
S
 
T
V
 
V
L
 
Y
H
 
E
N
 
N
L
 
L
L
 
M
I
 
M
G
 
G
R
 
A
H
 
-
T
 
-
Q
 
-
Q
 
-
H
 
-
S
 
-
S
 
-
L
 
-
W
 
-
A
 
-
E
 
-
M
 
-
F
 
-
F
 
Y
T
 
N
R
 
R
K
 
K
V
 
D
R
 
K
E
 
E
G
 
G
E
 
-
I
 
-
Q
 
-
A
 
I
R
 
K
E
 
R
K
 
D
A
 
L
E
 
E
Q
 
W
I
 
I
I
 
F
D
 
S
F
 
L
L
 
F
D
 
P
L
 
R
Q
 
L
H
 
K
Y
 
E
R
 
R
D
 
L
T
 
K
M
 
Q
V
 
L
A
 
G
G
 
G
-
 
T
L
 
L
P
 
S
Y
 
G
G
 
G
V
 
E
R
 
Q
K
 
Q
V
 
M
V
 
L
E
 
A
L
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
C
 
M
T
 
S
E
 
R
P
 
P
K
 
K
L
 
L
L
 
L
L
 
M
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
S
S
 
L
G
 
G
L
 
L
N
 
A
V
 
P
E
 
I
E
 
L
T
 
V
D
 
S
D
 
E
M
 
V
A
 
F
F
 
E
W
 
V
I
 
I
Q
 
Q
D
 
K
I
 
I
Q
 
N
H
 
Q
E
 
E
L
 
-
G
 
G
I
 
T
T
 
T
V
 
I
L
 
L
M
 
L
V
 
V
E
 
E
H
 
Q
D
 
N
M
 
A
S
 
L
L
 
G
V
 
A
S
 
L
K
 
K
V
 
V
S
 
A
D
 
H
R
 
Y
V
 
G
L
 
Y
A
 
V
M
 
L
N
 
E
Q
 
T
G
 
G
E
 
Q
V
 
I
V
 
V
A
 
L
M
 
E
G
 
G
T
 
K
P
 
A
R
 
S
E
 
E
V
 
L
Q
 
L
T
 
D
H
 
N
P
 
E
G
 
M
V
 
V
V
 
R
E
 
K
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
T
 
V

4yerA Crystal structure of an abc transporter atp-binding protein (tm_1403) from thermotoga maritima msb8 at 2.35 a resolution
29% identity, 88% coverage: 4:248/279 of query aligns to 2:224/285 of 4yerA

query
sites
4yerA
D
 
E
T
 
D
L
 
I
L
 
I
S
 
V
A
 
V
Q
 
E
N
 
N
L
 
L
S
 
V
V
 
K
R
 
K
F
|
F
G
 
G
G
 
D
V
x
F
L
 
E
A
 
A
V
 
V
N
 
K
N
 
G
V
 
V
S
 
S
F
 
F
D
 
S
V
 
V
R
 
K
R
 
K
G
 
G
E
 
E
V
 
I
F
 
F
T
 
A
L
 
F
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
V
 
T
F
 
I
N
 
H
L
 
M
I
 
L
S
 
T
R
 
T
I
 
L
Y
 
L
T
 
K
P
 
P
T
 
T
T
 
S
G
 
G
T
 
K
I
 
A
A
 
W
Y
 
V
A
 
A
G
 
G
P
 
H
G
 
D
G
 
-
A
 
-
M
 
-
L
 
-
P
 
-
L
 
V
T
 
L
D
 
K
Q
 
E
P
 
P
P
 
R
H
 
E
K
 
V
V
 
R
A
 
R
S
 
K
L
 
I
G
 
G
I
 
I
A
 
V
R
 
-
T
 
-
F
 
F
Q
 
Q
N
 
D
I
 
Q
E
 
S
L
 
L
F
 
D
E
 
R
H
 
E
A
 
L
S
 
T
V
 
A
L
 
Y
H
 
E
N
 
N
L
 
M
L
 
Y
I
 
I
G
 
-
R
 
-
H
 
-
T
 
-
Q
 
-
Q
 
-
H
 
H
S
 
G
S
 
K
L
 
I
W
 
Y
A
 
G
E
 
Y
M
 
-
F
 
-
F
 
-
T
 
-
R
 
-
K
 
-
V
 
-
R
 
-
E
 
-
G
 
G
E
 
G
I
 
E
Q
 
K
A
 
L
R
 
K
E
 
K
K
 
R
A
 
I
E
 
L
Q
 
E
I
 
L
I
 
L
D
 
E
F
 
F
L
 
V
D
 
E
L
 
L
Q
 
L
H
 
E
Y
 
F
R
 
K
D
 
D
T
 
K
M
 
P
V
 
V
A
 
K
G
x
T
L
x
F
P
x
S
Y
 
G
G
 
G
V
 
M
R
 
A
K
 
R
V
 
R
V
 
L
E
 
E
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
S
L
 
L
C
 
I
T
 
H
E
 
E
P
 
P
K
 
E
L
 
V
L
 
L
L
 
F
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
S
 
I
G
 
G
L
 
L
N
 
D
V
 
P
E
 
H
E
 
T
T
 
R
D
 
A
D
 
H
M
 
M
A
 
W
F
 
E
W
 
Y
I
 
I
Q
 
S
D
 
K
I
 
M
Q
 
K
H
 
K
E
 
E
L
 
H
G
 
N
I
 
M
T
 
T
V
 
I
L
 
F
M
 
L
V
 
T
E
 
T
H
 
H
D
 
Y
M
 
M
S
 
D
L
 
E
V
 
A
S
 
E
K
 
Q
V
 
L
S
 
A
D
 
D
R
 
R
V
 
V
L
 
A
A
 
I
M
 
I
N
 
D
Q
 
H
G
 
G
E
 
K
V
 
I
V
 
I
A
 
A
M
 
L
G
 
G
T
 
T
P
 
P
R
 
T
E
 
E
V
 
L
Q
 
K

1vciA Crystal structure of the atp-binding cassette of multisugar transporter from pyrococcus horikoshii ot3 complexed with atp (see paper)
29% identity, 88% coverage: 10:254/279 of query aligns to 10:223/353 of 1vciA

query
sites
1vciA
Q
 
E
N
 
N
L
 
L
S
 
T
V
 
K
R
 
R
F
|
F
G
 
G
G
 
N
V
x
F
L
 
T
A
 
A
V
 
V
N
 
N
N
 
K
V
 
L
S
 
N
F
 
L
D
 
T
V
 
I
R
 
K
R
 
D
G
 
G
E
 
E
V
 
F
F
 
L
T
 
V
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
 
C
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
V
 
T
F
 
L
N
 
R
L
 
M
I
 
I
S
 
A
R
 
G
I
 
L
Y
 
E
T
 
E
P
 
P
T
 
T
T
 
E
G
 
G
T
 
R
I
 
I
A
 
Y
Y
 
F
A
 
G
G
 
D
P
 
R
G
 
D
G
 
V
A
 
T
M
 
Y
L
 
L
P
 
P
L
 
P
T
 
K
D
 
D
Q
 
R
P
 
-
P
 
-
H
 
-
K
 
-
V
 
-
A
 
-
S
 
-
L
 
-
G
 
N
I
 
I
A
 
S
R
 
M
T
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
H
I
 
M
E
 
T
L
 
V
F
 
Y
E
 
E
H
 
N
A
 
I
S
 
A
V
 
-
L
 
-
H
 
-
N
 
-
L
 
-
L
 
-
I
 
-
G
 
-
R
 
-
H
 
-
T
 
-
Q
 
-
Q
 
-
H
 
-
S
 
-
S
 
-
L
 
-
W
 
-
A
 
-
E
 
-
M
 
-
F
 
F
F
 
P
T
 
L
R
 
K
K
 
K
V
 
F
R
 
P
E
 
K
G
 
D
E
 
E
I
 
I
Q
 
D
A
 
K
R
 
R
E
 
V
K
 
R
A
 
W
E
 
A
Q
 
A
I
 
-
I
 
-
D
 
E
F
 
L
L
 
L
D
 
Q
L
 
I
Q
 
E
H
 
E
Y
 
L
R
 
L
D
 
N
T
 
R
M
 
Y
V
 
P
A
 
A
G
 
Q
L
 
L
P
 
S
Y
 
G
G
 
G
V
 
Q
R
 
R
K
 
Q
V
 
R
V
 
V
E
 
A
L
 
V
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
I
C
 
V
T
 
V
E
 
E
P
 
P
K
 
D
L
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
L
S
 
S
G
 
N
L
 
L
N
 
D
V
 
A
E
 
K
E
 
L
T
 
R
D
 
V
D
 
A
M
 
M
A
 
R
F
 
A
W
 
E
I
 
I
Q
 
K
D
 
K
I
 
L
Q
 
Q
H
 
Q
E
 
K
L
 
L
G
 
K
I
 
V
T
 
T
V
 
T
L
 
I
M
 
Y
V
 
V
E
 
T
H
 
H
D
 
D
M
 
Q
S
 
V
L
 
E
V
 
A
S
 
M
K
 
T
V
 
M
S
 
G
D
 
D
R
 
R
V
 
I
L
 
A
A
 
V
M
 
M
N
 
N
Q
 
R
G
 
G
E
 
Q
V
 
L
V
 
L
A
 
Q
M
 
I
G
 
G
T
 
S
P
 
P
R
 
T
E
 
E
V
 
V
Q
 
Y
T
 
L
H
 
R
P
 
P
G
 
N
V
 
S
V
 
V

Query Sequence

>Ac3H11_1937 FitnessBrowser__acidovorax_3H11:Ac3H11_1937
MTNDTLLSAQNLSVRFGGVLAVNNVSFDVRRGEVFTLIGPNGAGKTTVFNLISRIYTPTT
GTIAYAGPGGAMLPLTDQPPHKVASLGIARTFQNIELFEHASVLHNLLIGRHTQQHSSLW
AEMFFTRKVREGEIQAREKAEQIIDFLDLQHYRDTMVAGLPYGVRKVVELARALCTEPKL
LLLDEPSSGLNVEETDDMAFWIQDIQHELGITVLMVEHDMSLVSKVSDRVLAMNQGEVVA
MGTPREVQTHPGVVEAYLGTIDDVSNLRRPAGSTMGVRT

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory