SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing Ac3H11_2203 FitnessBrowser__acidovorax_3H11:Ac3H11_2203 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

Q58761 Ribose-phosphate pyrophosphokinase; RPPK; 5-phospho-D-ribosyl alpha-1-diphosphate synthase; Phosphoribosyl diphosphate synthase; Phosphoribosyl pyrophosphate synthase; P-Rib-PP synthase; PRPP synthase; PRPPase; EC 2.7.6.1 from Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (Methanococcus jannaschii) (see paper)
32% identity, 90% coverage: 19:290/303 of query aligns to 13:277/284 of Q58761

query
sites
Q58761
A
 
A
Q
 
F
R
 
K
L
 
V
A
 
A
Q
 
K
A
 
L
A
 
L
G
 
N
L
 
T
T
 
K
A
 
L
Q
 
T
A
 
R
I
 
V
E
 
E
R
 
Y
H
 
K
R
 
R
F
 
F
P
 
P
D
|
D
G
x
N
E
|
E
L
 
I
K
 
Y
L
 
V
R
 
R
L
 
I
P
 
-
V
 
V
D
 
D
A
 
E
S
 
I
G
 
N
R
 
-
L
 
-
P
 
D
Q
 
D
R
 
E
A
 
A
V
 
V
L
 
I
L
 
I
R
 
N
S
 
T
L
 
Q
H
 
K
Q
 
N
P
 
Q
N
 
N
E
 
D
K
 
A
L
 
I
V
 
V
E
 
E
L
 
T
L
 
I
L
 
L
A
 
L
A
 
C
R
 
D
T
 
A
A
 
L
R
 
R
Q
 
D
L
 
E
G
 
G
A
 
V
Q
 
K
H
 
K
L
 
I
T
 
T
L
 
L
V
 
V
A
 
A
P
 
P
Y
 
Y
L
 
L
A
 
A
Y
 
Y
M
 
A
R
 
R
Q
 
Q
D
 
D
I
 
K
A
 
K
F
 
F
H
 
N
P
 
P
G
 
G
E
 
E
A
 
A
V
 
I
S
 
S
Q
 
I
Q
 
R
V
 
A
V
 
L
G
 
A
G
 
K
F
 
I
L
 
Y
A
 
S
G
 
N
L
 
I
F
 
V
D
 
D
A
 
K
V
 
L
I
 
I
T
 
T
V
 
I
D
 
N
P
 
P
H
 
H
L
 
E
H
 
T
R
 
H
I
 
I
E
 
K
R
 
D
L
 
F
E
 
-
Q
 
-
A
 
-
M
 
-
P
 
-
V
 
F
T
 
T
Q
 
I
A
 
P
V
 
F
V
 
I
L
 
Y
S
 
G
G
 
D
A
 
A
E
 
V
P
 
P
-
 
K
L
 
L
A
 
A
D
 
E
L
 
Y
I
 
V
A
 
K
Q
 
D
R
 
K
R
 
L
P
 
N
G
 
D
A
 
P
L
 
I
L
 
V
V
 
L
G
 
A
P
 
P
D
 
D
G
 
K
E
 
G
S
 
A
A
 
L
Q
 
E
W
 
F
I
 
A
A
 
K
Q
 
T
A
 
A
A
 
S
A
 
K
R
 
I
H
 
L
S
 
N
F
 
A
D
 
E
H
 
Y
A
 
D
V
 
Y
C
 
L
T
 
E
K
 
K
V
 
T
R
 
R
H
 
L
G
 
S
D
 
P
R
 
T
N
 
E
V
 
I
A
 
Q
I
 
I
E
 
A
L
 
P
P
 
K
A
 
T
L
 
L
N
 
D
A
 
A
Q
 
K
G
 
D
R
 
R
A
 
D
V
 
V
V
 
F
L
 
I
L
 
V
D
|
D
D
 
D
M
 
I
A
 
I
S
|
S
T
|
T
G
|
G
R
x
G
T
|
T
L
 
M
A
 
A
L
 
T
A
 
A
T
 
V
R
 
K
L
 
L
L
 
L
L
 
K
Q
 
E
A
 
Q
G
 
G
A
 
A
A
 
K
S
 
K
V
 
I
D
 
I
V
 
A
A
 
A
V
 
C
T
 
V
H
 
H
A
 
P
L
 
V
F
 
L
A
 
I
G
 
G
D
 
D
A
 
A
L
 
L
Q
 
N
V
 
K
L
 
L
T
 
Y
E
 
S
A
 
A
G
 
G
V
 
V
G
 
E
E
 
E
V
 
V
W
 
V
S
 
G
T
 
T
D
 
D
C
 
T
I
 
Y
P
 
L
H
 
S
P
 
E
S
 
V
N
 
S
A
 
K
V
 
V
A
 
S
M
 
V
A
 
A

1u9zA Crystal structure of phosphoribosyl diphosphate synthase complexed with amp and ribose 5-phosphate (see paper)
31% identity, 90% coverage: 19:290/303 of query aligns to 13:267/274 of 1u9zA

query
sites
1u9zA
A
 
A
Q
 
F
R
 
K
L
 
V
A
 
A
Q
 
K
A
 
L
A
 
L
G
 
N
L
 
T
T
 
K
A
 
L
Q
 
T
A
 
R
I
 
V
E
 
E
R
 
Y
H
 
K
R
 
R
F
|
F
P
 
P
D
|
D
G
 
N
E
|
E
L
 
I
K
 
Y
L
 
V
R
 
R
L
 
I
P
 
-
V
 
V
D
 
D
A
 
E
S
 
I
G
 
N
R
 
-
L
 
-
P
 
D
Q
 
D
R
 
E
A
 
A
V
 
V
L
 
I
L
 
I
R
 
N
S
 
T
L
 
Q
H
 
K
Q
 
N
P
 
Q
N
 
N
E
 
D
K
 
A
L
 
I
V
 
V
E
 
E
L
 
T
L
 
I
L
 
L
A
 
L
A
 
C
R
 
D
T
 
A
A
 
L
R
 
R
Q
 
D
L
 
E
G
 
G
A
 
V
Q
 
K
H
 
K
L
 
I
T
 
T
L
 
L
V
 
V
A
 
A
P
 
P
Y
 
Y
L
 
L
A
 
A
Y
 
Y
M
 
A
R
|
R
Q
|
Q
D
 
D
I
 
K
A
 
K
F
|
F
H
 
N
P
 
P
G
 
G
E
 
E
A
 
A
V
 
I
S
 
S
Q
 
I
Q
 
R
V
 
A
V
 
L
G
 
A
G
 
K
F
 
I
L
 
Y
A
 
S
G
 
N
L
 
I
F
 
V
D
 
D
A
 
K
V
 
L
I
 
I
T
 
T
V
 
I
D
 
N
P
 
P
H
|
H
L
 
E
H
 
T
R
 
H
I
 
I
E
 
K
R
 
D
L
 
F
E
 
-
Q
 
-
A
 
-
M
 
-
P
 
-
V
 
F
T
 
T
Q
 
I
A
 
P
V
 
F
V
 
I
L
 
Y
S
 
G
G
 
D
A
 
A
E
 
V
P
 
P
-
 
K
L
 
L
A
 
A
D
 
E
L
 
Y
I
 
V
A
 
K
Q
 
D
R
 
K
R
 
L
P
 
N
G
 
D
A
 
P
L
 
I
L
 
V
V
 
L
G
 
A
P
 
P
D
|
D
G
 
K
E
 
G
S
 
A
A
 
L
Q
 
E
W
 
F
I
 
A
A
 
K
Q
 
T
A
 
A
A
 
S
A
 
K
-
 
I
-
 
L
R
 
N
H
 
A
S
 
E
F
 
Y
D
 
D
H
 
Y
A
 
-
V
 
-
C
 
-
T
 
-
K
 
-
V
 
-
R
 
-
H
 
-
G
 
-
D
 
-
R
 
-
N
 
-
V
 
L
A
 
E
I
 
I
E
 
A
L
 
P
P
 
K
A
 
T
L
 
L
N
 
D
A
 
A
Q
 
K
G
 
D
R
 
R
A
 
D
V
 
V
V
 
F
L
 
I
L
 
V
D
|
D
D
 
D
M
 
I
A
x
I
S
|
S
T
|
T
G
|
G
R
 
G
T
|
T
L
 
M
A
 
A
L
 
T
A
 
A
T
 
V
R
 
K
L
 
L
L
 
L
L
 
K
Q
 
E
A
 
Q
G
 
G
A
 
A
A
 
K
S
 
K
V
 
I
D
 
I
V
 
A
A
 
A
V
 
C
T
 
V
H
 
H
A
 
P
L
 
V
F
 
L
A
 
I
G
 
G
D
 
D
A
 
A
L
 
L
Q
 
N
V
 
K
L
 
L
T
 
Y
E
 
S
A
 
A
G
 
G
V
 
V
G
 
E
E
 
E
V
 
V
W
 
V
S
 
G
T
 
T
D
 
D
C
 
T
I
 
Y
P
 
L
H
 
S
P
 
E
S
 
V
N
 
S
A
 
K
V
 
V
A
 
S
M
 
V
A
 
A

Q97Z86 Ribose-phosphate pyrophosphokinase; RPPK; 5-phospho-D-ribosyl alpha-1-diphosphate synthase; Phosphoribosyl diphosphate synthase; Phosphoribosyl pyrophosphate synthase; P-Rib-PP synthase; PRPP synthase; PRPPase; EC 2.7.6.1 from Saccharolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2) (Sulfolobus solfataricus) (see paper)
31% identity, 86% coverage: 20:280/303 of query aligns to 14:271/291 of Q97Z86

query
sites
Q97Z86
Q
 
E
R
 
S
L
 
L
A
 
S
Q
 
K
A
 
I
A
 
L
G
 
S
L
 
I
T
 
P
A
 
L
Q
 
V
A
 
K
I
 
V
E
 
E
R
 
N
H
 
K
R
 
I
F
 
F
P
 
P
D
 
D
G
 
G
E
 
E
L
 
S
K
 
Y
L
 
I
R
 
R
L
 
V
P
 
P
V
 
-
D
 
-
A
 
-
S
 
S
G
 
S
R
 
I
L
 
R
P
 
D
Q
 
E
R
 
E
A
 
V
V
 
L
L
 
L
L
 
V
R
 
Q
S
 
T
L
 
T
H
 
D
Q
 
Y
P
 
P
N
 
Q
E
 
D
K
 
K
-
 
H
L
 
L
V
 
I
E
 
E
L
 
L
L
 
F
L
 
L
A
 
I
A
 
A
R
 
E
T
 
T
A
 
I
R
 
R
Q
 
D
L
 
L
G
 
G
A
 
A
Q
 
K
H
 
K
L
 
L
T
 
T
L
 
A
V
 
I
A
 
V
P
 
P
Y
 
Y
L
 
L
A
 
A
Y
 
Y
M
 
S
R
 
R
Q
 
Q
D
 
D
I
 
R
A
 
R
F
 
F
H
 
K
P
 
D
G
 
G
E
 
E
A
 
A
V
 
I
S
 
S
Q
 
I
Q
 
K
V
 
T
V
 
I
G
 
L
G
 
H
F
 
I
L
 
L
A
 
S
G
 
E
L
 
V
-
 
G
F
 
V
D
 
N
A
 
T
V
 
L
I
 
V
T
 
V
V
 
V
D
 
E
P
 
P
H
 
H
L
 
K
H
 
P
R
 
E
I
 
-
E
 
-
R
 
-
L
 
-
E
 
E
Q
 
L
A
 
S
M
 
Y
P
 
F
V
 
K
T
 
G
Q
 
E
A
 
L
V
 
K
V
 
I
L
 
V
S
 
H
G
 
P
A
 
Y
E
 
H
P
 
Q
L
 
I
A
 
A
D
 
R
L
 
K
I
 
I
A
 
K
Q
 
E
R
 
I
R
 
I
P
 
E
G
 
D
A
 
P
L
 
F
L
 
I
V
 
L
G
 
A
P
 
P
D
 
D
G
 
R
E
 
G
S
 
A
A
 
L
Q
 
D
W
 
R
I
 
A
A
 
R
Q
 
K
A
 
I
A
 
A
A
 
E
R
 
E
H
 
I
S
 
N
F
 
A
D
 
P
H
 
Y
A
 
S
V
 
Y
C
 
I
T
 
E
K
 
K
V
 
E
R
 
R
H
 
-
G
 
-
D
 
D
R
 
R
N
 
T
V
 
T
A
 
G
-
 
E
-
 
V
-
 
R
-
 
I
I
 
K
E
 
E
L
 
A
P
 
P
A
 
N
L
 
I
N
 
N
A
 
L
Q
 
K
G
 
G
R
 
K
A
 
D
V
 
V
V
 
V
L
 
I
L
 
I
D
 
D
D
 
D
M
 
I
A
 
I
S
|
S
T
|
T
G
|
G
R
x
G
T
|
T
L
 
I
A
 
V
L
 
Q
A
 
A
T
 
T
R
 
R
L
 
L
L
 
A
L
 
Y
Q
 
S
A
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
K
S
 
S
V
 
V
D
 
T
V
 
A
A
 
A
V
 
A
T
 
I
H
 
H
A
 
L
L
 
L
F
 
L
A
 
V
G
 
G
D
 
G
A
 
A
L
 
K
Q
 
E
V
 
R
L
 
L
T
 
R
E
 
E
A
 
V
G
 
G
V
 
V
G
 
K
E
 
T
V
 
L
W
 
I
S
 
G
T
 
T
D
 
N
C
 
T
I
 
I

4twbA Sulfolobus solfataricus ribose-phosphate pyrophosphokinase (see paper)
30% identity, 86% coverage: 20:280/303 of query aligns to 14:258/278 of 4twbA

query
sites
4twbA
Q
 
E
R
 
S
L
 
L
A
 
S
Q
 
K
A
 
I
A
 
L
G
 
S
L
 
I
T
 
P
A
 
L
Q
 
V
A
 
K
I
 
V
E
 
E
R
 
N
H
 
K
R
 
I
F
|
F
P
 
P
D
|
D
G
 
G
E
|
E
L
 
S
K
 
Y
L
 
I
R
 
R
L
 
V
P
 
P
V
 
-
D
 
-
A
 
-
S
 
S
G
 
S
R
 
I
L
 
R
P
 
D
Q
 
E
R
 
E
A
 
V
V
 
L
L
 
L
L
 
V
R
 
Q
S
 
T
L
 
T
H
 
D
Q
 
Y
P
 
P
N
 
Q
E
 
D
K
 
K
-
 
H
L
 
L
V
 
I
E
 
E
L
 
L
L
 
F
L
 
L
A
 
I
A
 
A
R
 
E
T
 
T
A
 
I
R
 
R
Q
 
D
L
 
L
G
 
G
A
 
A
Q
 
K
H
 
K
L
 
L
T
 
T
L
 
A
V
 
I
A
 
V
P
 
P
Y
 
Y
L
 
L
A
 
A
Y
 
Y
M
 
S
R
|
R
Q
 
Q
D
 
D
I
 
R
A
 
R
F
|
F
H
 
K
P
 
D
G
 
G
E
 
E
A
 
A
V
 
I
S
 
S
Q
 
I
Q
 
K
V
 
T
V
 
I
G
 
L
G
 
H
F
 
I
L
 
L
A
 
S
G
 
E
L
 
V
-
 
G
F
 
V
D
 
N
A
 
T
V
 
L
I
 
V
T
 
V
V
 
V
D
 
E
P
 
P
H
|
H
L
 
K
H
 
P
R
 
E
I
 
-
E
 
-
R
 
-
L
 
-
E
 
E
Q
 
L
A
 
S
M
 
Y
P
 
F
V
 
K
T
 
G
Q
 
E
A
 
L
V
 
K
V
 
I
L
 
V
S
 
H
G
 
P
A
 
Y
E
 
H
P
 
Q
L
 
I
A
 
A
D
 
R
L
 
K
I
 
I
A
 
K
Q
 
E
R
 
I
R
 
I
P
 
E
G
 
D
A
 
P
L
 
F
L
 
I
V
 
L
G
 
A
P
 
P
D
 
D
G
 
R
E
 
G
S
 
A
A
 
L
Q
 
D
W
 
R
I
 
A
A
 
R
Q
 
K
A
 
I
A
 
A
A
 
E
R
 
E
H
 
I
S
 
N
F
 
A
D
 
P
H
 
Y
A
 
S
V
 
Y
C
 
I
T
 
E
K
 
K
V
 
E
R
 
R
H
 
N
G
 
-
D
 
-
R
 
-
N
 
-
V
 
-
A
 
-
I
 
-
E
 
-
L
 
-
P
 
-
A
 
-
L
 
I
N
 
N
A
 
L
Q
 
K
G
 
G
R
 
K
A
 
D
V
 
V
V
 
V
L
 
I
L
 
I
D
 
D
D
 
D
M
 
I
A
 
I
S
 
S
T
 
T
G
 
G
R
 
G
T
 
T
L
 
I
A
 
V
L
 
Q
A
 
A
T
 
T
R
 
R
L
 
L
L
 
A
L
 
Y
Q
 
S
A
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
K
S
 
S
V
 
V
D
 
T
V
 
A
A
 
A
V
 
A
T
 
I
H
 
H
A
 
L
L
 
L
F
 
L
A
 
V
G
 
G
D
 
G
A
 
A
L
 
K
Q
 
E
V
 
R
L
 
L
T
 
R
E
 
E
A
 
V
G
 
G
V
 
V
G
 
K
E
 
T
V
 
L
W
 
I
S
 
G
T
 
T
D
 
N
C
 
T
I
 
I

Q97CA5 Ribose-phosphate pyrophosphokinase; RPPK; 5-phospho-D-ribosyl alpha-1-diphosphate synthase; Phosphoribosyl diphosphate synthase; Phosphoribosyl pyrophosphate synthase; P-Rib-PP synthase; PRPP synthase; PRPPase; EC 2.7.6.1 from Thermoplasma volcanium (strain ATCC 51530 / DSM 4299 / JCM 9571 / NBRC 15438 / GSS1) (see paper)
25% identity, 84% coverage: 34:289/303 of query aligns to 28:273/286 of Q97CA5

query
sites
Q97CA5
E
 
D
R
 
E
H
 
R
R
 
R
F
 
F
P
 
P
D
|
D
G
|
G
E
|
E
L
 
L
K
 
Y
L
 
L
R
 
R
L
 
Y
P
 
D
V
 
E
D
 
D
A
 
L
S
 
T
G
 
G
R
 
-
L
 
-
P
 
-
Q
 
H
R
 
N
A
 
I
V
 
F
L
 
I
L
 
I
R
 
G
S
 
N
L
 
T
H
 
H
Q
 
S
P
 
D
N
 
A
E
 
E
K
 
-
L
 
V
V
 
M
E
 
E
L
 
M
L
 
I
L
 
L
A
 
T
A
 
L
R
 
S
T
 
A
A
 
I
R
 
Q
Q
 
D
L
 
Y
G
 
R
A
 
T
Q
 
K
H
 
S
L
 
V
T
 
N
L
 
I
V
 
I
A
 
A
P
 
P
Y
 
Y
L
 
Y
A
 
G
Y
 
Y
M
 
A
R
|
R
Q
|
Q
D
x
H
I
 
Q
A
 
R
F
 
Y
H
 
K
P
 
N
G
 
G
E
 
E
A
 
P
V
 
I
S
 
S
Q
 
S
Q
 
Q
V
 
I
V
 
L
G
 
T
G
 
E
F
 
I
L
 
Y
A
 
S
G
 
S
L
 
Y
F
 
S
D
 
N
A
 
S
V
 
I
I
 
A
T
 
T
V
 
V
D
 
D
P
 
I
H
 
H
L
 
D
H
 
E
R
 
K
I
 
T
E
 
L
R
 
S
L
 
Y
E
 
S
Q
 
K
A
 
V
-
 
K
-
 
F
-
 
S
-
 
D
M
 
L
P
 
H
V
 
A
T
 
N
Q
 
D
A
 
A
V
 
I
V
 
V
L
 
R
S
 
Y
G
 
Y
A
 
K
E
 
N
P
 
V
L
 
D
A
 
V
D
 
D
L
 
Y
I
 
V
A
 
-
Q
 
-
R
 
-
R
 
-
P
 
-
G
 
-
A
 
-
L
 
-
L
 
-
V
 
V
G
 
S
P
 
P
D
 
D
G
 
D
E
 
G
S
 
G
A
 
L
Q
 
A
W
 
R
I
 
V
A
 
A
Q
 
D
A
 
I
A
 
S
A
 
A
R
 
K
H
 
L
S
 
G
F
 
K
D
 
K
H
 
H
A
 
F
V
 
F
C
 
I
T
 
E
K
 
K
V
 
K
R
|
R
H
 
I
G
 
D
D
 
D
R
 
R
N
 
T
V
 
V
A
 
E
I
 
M
E
 
K
L
 
V
P
 
P
A
 
N
L
 
V
N
 
D
A
 
V
Q
 
N
G
 
G
R
 
K
A
 
K
V
 
L
V
 
L
L
 
I
L
 
V
D
|
D
D
 
D
M
 
I
A
 
I
S
|
S
T
|
T
G
|
G
R
x
G
T
|
T
L
 
I
A
 
A
L
 
K
A
 
S
T
 
S
R
 
G
L
 
L
L
 
L
L
 
R
Q
 
E
A
 
K
G
 
G
A
 
A
A
 
S
S
 
K
V
 
I
D
 
Y
V
 
V
A
 
S
V
 
A
T
 
V
H
 
H
A
 
G
L
 
L
F
 
F
A
 
V
-
 
N
G
 
G
D
 
S
A
 
E
L
 
N
Q
 
K
V
 
I
L
 
L
T
 
Q
E
 
N
A
 
A
G
 
-
V
 
-
G
 
D
E
 
E
V
 
I
W
 
H
S
 
V
T
 
T
D
 
D
C
 
T
I
 
V
P
 
E
H
 
S
P
 
K
S
 
F
N
 
S
A
 
D
V
 
I
A
 
S
M
 
V

3mbiA Crystal structure of the phosphoribosylpyrophosphate (prpp) synthetase from thermoplasma volcanium in complex with adp-mg2+ and ribose 5- phosphate (see paper)
25% identity, 84% coverage: 34:289/303 of query aligns to 30:275/287 of 3mbiA

query
sites
3mbiA
E
 
D
R
 
E
H
 
R
R
 
R
F
|
F
P
 
P
D
|
D
G
 
G
E
|
E
L
 
L
K
 
Y
L
 
L
R
 
R
L
 
Y
P
 
D
V
 
E
D
 
D
A
 
L
S
 
T
G
 
G
R
 
-
L
 
-
P
 
-
Q
 
H
R
 
N
A
 
I
V
 
F
L
 
I
L
 
I
R
 
G
S
 
N
L
 
T
H
 
H
Q
 
S
P
 
D
N
 
A
E
 
E
K
 
-
L
 
V
V
 
M
E
 
E
L
 
M
L
 
I
L
 
L
A
 
T
A
 
L
R
 
S
T
 
A
A
 
I
R
 
Q
Q
 
D
L
 
Y
G
 
R
A
 
T
Q
 
K
H
 
S
L
 
V
T
 
N
L
 
I
V
 
I
A
 
A
P
 
P
Y
 
Y
L
 
Y
A
 
G
Y
 
Y
M
 
A
R
|
R
Q
|
Q
D
x
H
I
 
Q
A
 
R
F
x
Y
H
 
K
P
 
N
G
 
G
E
 
E
A
 
P
V
 
I
S
 
S
Q
 
S
Q
 
Q
V
 
I
V
 
L
G
 
T
G
 
E
F
 
I
L
 
Y
A
 
S
G
 
S
L
 
Y
F
 
S
D
 
N
A
 
S
V
 
I
I
 
A
T
 
T
V
 
V
D
 
D
P
 
I
H
|
H
L
 
D
H
 
E
R
 
K
I
 
T
E
 
L
R
 
S
L
 
Y
E
 
S
Q
 
K
A
 
V
-
 
K
-
 
F
-
 
S
-
 
D
M
 
L
P
 
H
V
 
A
T
 
N
Q
 
D
A
 
A
V
 
I
V
 
V
L
 
R
S
 
Y
G
 
Y
A
 
K
E
 
N
P
 
V
L
 
D
A
 
V
D
 
D
L
 
Y
I
 
V
A
 
-
Q
 
-
R
 
-
R
 
-
P
 
-
G
 
-
A
 
-
L
 
-
L
 
-
V
 
V
G
 
S
P
 
P
D
 
D
G
 
D
E
 
G
S
 
G
A
 
L
Q
 
A
W
 
R
I
 
V
A
 
A
Q
 
D
A
 
I
A
 
S
A
 
A
R
 
K
H
 
L
S
 
G
F
 
K
D
 
K
H
 
H
A
 
F
V
 
F
C
 
I
T
 
E
K
|
K
V
 
K
R
|
R
H
 
I
G
 
D
D
 
D
R
 
R
N
 
T
V
 
V
A
 
E
I
 
M
E
 
K
L
 
V
P
 
P
A
 
N
L
 
V
N
 
D
A
 
V
Q
 
N
G
 
G
R
 
K
A
 
K
V
 
L
V
 
L
L
 
I
L
 
V
D
 
D
D
 
D
M
 
I
A
 
I
S
|
S
T
|
T
G
|
G
R
 
G
T
|
T
L
 
I
A
 
A
L
 
K
A
 
S
T
 
S
R
 
G
L
 
L
L
 
L
L
 
R
Q
 
E
A
 
K
G
 
G
A
 
A
A
 
S
S
 
K
V
 
I
D
 
Y
V
 
V
A
 
S
V
 
A
T
 
V
H
 
H
A
 
G
L
 
L
F
 
F
A
 
V
-
 
N
G
 
G
D
 
S
A
 
E
L
 
N
Q
 
K
V
 
I
L
 
L
T
 
Q
E
 
N
A
 
A
G
 
-
V
 
-
G
 
D
E
 
E
V
 
I
W
 
H
S
 
V
T
 
T
D
 
D
C
 
T
I
 
V
P
 
E
H
 
S
P
 
K
S
 
F
N
 
S
A
 
D
V
 
I
A
 
S
M
 
V

3lpnA Crystal structure of the phosphoribosylpyrophosphate (prpp) synthetase from thermoplasma volcanium in complex with an atp analog (ampcpp). (see paper)
25% identity, 84% coverage: 34:289/303 of query aligns to 28:273/284 of 3lpnA

query
sites
3lpnA
E
 
D
R
 
E
H
 
R
R
 
R
F
|
F
P
 
P
D
|
D
G
 
G
E
|
E
L
 
L
K
 
Y
L
 
L
R
 
R
L
 
Y
P
 
D
V
 
E
D
 
D
A
 
L
S
 
T
G
 
G
R
 
-
L
 
-
P
 
-
Q
 
H
R
 
N
A
 
I
V
 
F
L
 
I
L
 
I
R
 
G
S
 
N
L
 
T
H
 
H
Q
x
S
P
 
D
N
 
A
E
 
E
K
 
-
L
 
V
V
 
M
E
 
E
L
 
M
L
 
I
L
 
L
A
 
T
A
 
L
R
 
S
T
 
A
A
 
I
R
 
Q
Q
 
D
L
 
Y
G
 
R
A
 
T
Q
 
K
H
 
S
L
 
V
T
 
N
L
 
I
V
 
I
A
 
A
P
 
P
Y
 
Y
L
 
Y
A
 
G
Y
 
Y
M
 
A
R
|
R
Q
|
Q
D
x
H
I
 
Q
A
 
R
F
x
Y
H
 
K
P
 
N
G
 
G
E
 
E
A
 
P
V
 
I
S
 
S
Q
 
S
Q
 
Q
V
 
I
V
 
L
G
 
T
G
 
E
F
 
I
L
 
Y
A
 
S
G
 
S
L
 
Y
F
 
S
D
 
N
A
 
S
V
 
I
I
 
A
T
 
T
V
 
V
D
 
D
P
 
I
H
|
H
L
x
D
H
 
E
R
 
K
I
 
T
E
 
L
R
 
S
L
 
Y
E
 
S
Q
 
K
A
 
V
-
 
K
-
 
F
-
 
S
-
 
D
M
 
L
P
 
H
V
 
A
T
 
N
Q
 
D
A
 
A
V
 
I
V
 
V
L
 
R
S
 
Y
G
 
Y
A
 
K
E
 
N
P
 
V
L
 
D
A
 
V
D
 
D
L
 
Y
I
 
V
A
 
-
Q
 
-
R
 
-
R
 
-
P
 
-
G
 
-
A
 
-
L
 
-
L
 
-
V
 
V
G
 
S
P
 
P
D
 
D
G
 
D
E
 
G
S
 
G
A
 
L
Q
 
A
W
 
R
I
 
V
A
 
A
Q
 
D
A
 
I
A
 
S
A
 
A
R
 
K
H
 
L
S
 
G
F
 
K
D
 
K
H
 
H
A
 
F
V
 
F
C
 
I
T
 
E
K
 
K
V
 
K
R
 
R
H
 
I
G
 
D
D
 
D
R
 
R
N
 
T
V
 
V
A
 
E
I
 
M
E
 
K
L
 
V
P
 
P
A
 
N
L
 
V
N
 
D
A
 
V
Q
 
N
G
 
G
R
 
K
A
 
K
V
 
L
V
 
L
L
 
I
L
 
V
D
 
D
D
 
D
M
 
I
A
 
I
S
|
S
T
|
T
G
|
G
R
 
G
T
|
T
L
 
I
A
 
A
L
 
K
A
 
S
T
 
S
R
 
G
L
 
L
L
 
L
L
 
R
Q
 
E
A
 
K
G
 
G
A
 
A
A
 
S
S
 
K
V
 
I
D
 
Y
V
 
V
A
 
S
V
 
A
T
 
V
H
 
H
A
 
G
L
 
L
F
 
F
A
 
V
-
 
N
G
 
G
D
 
S
A
 
E
L
 
N
Q
 
K
V
 
I
L
 
L
T
 
Q
E
 
N
A
 
A
G
 
-
V
 
-
G
 
D
E
 
E
V
 
I
W
 
H
S
 
V
T
 
T
D
 
D
C
 
T
I
 
V
P
 
E
H
 
S
P
 
K
S
 
F
N
 
S
A
 
D
V
 
I
A
 
S
M
 
V

Sites not aligning to the query:

3mbiD Crystal structure of the phosphoribosylpyrophosphate (prpp) synthetase from thermoplasma volcanium in complex with adp-mg2+ and ribose 5- phosphate (see paper)
25% identity, 84% coverage: 34:289/303 of query aligns to 28:273/285 of 3mbiD

query
sites
3mbiD
E
 
D
R
 
E
H
 
R
R
 
R
F
|
F
P
 
P
D
|
D
G
 
G
E
|
E
L
 
L
K
 
Y
L
 
L
R
 
R
L
 
Y
P
 
D
V
 
E
D
 
D
A
 
L
S
 
T
G
 
G
R
 
-
L
 
-
P
 
-
Q
 
H
R
 
N
A
 
I
V
 
F
L
 
I
L
 
I
R
 
G
S
 
N
L
 
T
H
 
H
Q
 
S
P
 
D
N
 
A
E
 
E
K
 
-
L
 
V
V
 
M
E
 
E
L
 
M
L
 
I
L
 
L
A
 
T
A
 
L
R
 
S
T
 
A
A
 
I
R
 
Q
Q
 
D
L
 
Y
G
 
R
A
 
T
Q
 
K
H
 
S
L
 
V
T
 
N
L
 
I
V
 
I
A
 
A
P
 
P
Y
 
Y
L
 
Y
A
 
G
Y
 
Y
M
 
A
R
|
R
Q
|
Q
D
 
H
I
 
Q
A
 
R
F
x
Y
H
 
K
P
 
N
G
 
G
E
 
E
A
 
P
V
 
I
S
 
S
Q
 
S
Q
 
Q
V
 
I
V
 
L
G
 
T
G
 
E
F
 
I
L
 
Y
A
 
S
G
 
S
L
 
Y
F
 
S
D
 
N
A
 
S
V
 
I
I
 
A
T
 
T
V
 
V
D
 
D
P
 
I
H
|
H
L
 
D
H
 
E
R
 
K
I
 
T
E
 
L
R
 
S
L
 
Y
E
 
S
Q
 
K
A
 
V
-
 
K
-
 
F
-
 
S
-
 
D
M
 
L
P
 
H
V
 
A
T
 
N
Q
 
D
A
 
A
V
 
I
V
 
V
L
 
R
S
 
Y
G
 
Y
A
 
K
E
 
N
P
 
V
L
 
D
A
 
V
D
 
D
L
 
Y
I
 
V
A
 
-
Q
 
-
R
 
-
R
 
-
P
 
-
G
 
-
A
 
-
L
 
-
L
 
-
V
 
V
G
 
S
P
 
P
D
 
D
G
 
D
E
 
G
S
 
G
A
 
L
Q
 
A
W
 
R
I
 
V
A
 
A
Q
 
D
A
 
I
A
 
S
A
 
A
R
 
K
H
 
L
S
 
G
F
 
K
D
 
K
H
 
H
A
 
F
V
 
F
C
 
I
T
 
E
K
|
K
V
 
K
R
|
R
H
 
I
G
 
D
D
 
D
R
 
R
N
 
T
V
 
V
A
 
E
I
 
M
E
 
K
L
 
V
P
 
P
A
 
N
L
 
V
N
 
D
A
 
V
Q
 
N
G
 
G
R
 
K
A
 
K
V
 
L
V
 
L
L
 
I
L
 
V
D
|
D
D
|
D
M
x
I
A
 
I
S
|
S
T
|
T
G
|
G
R
 
G
T
|
T
L
 
I
A
 
A
L
 
K
A
 
S
T
 
S
R
 
G
L
 
L
L
 
L
L
 
R
Q
 
E
A
 
K
G
 
G
A
 
A
A
 
S
S
 
K
V
 
I
D
 
Y
V
 
V
A
 
S
V
 
A
T
 
V
H
 
H
A
 
G
L
 
L
F
 
F
A
 
V
-
 
N
G
 
G
D
 
S
A
 
E
L
 
N
Q
 
K
V
 
I
L
 
L
T
 
Q
E
 
N
A
 
A
G
 
-
V
 
-
G
 
D
E
 
E
V
 
I
W
 
H
S
 
V
T
 
T
D
 
D
C
 
T
I
 
V
P
 
E
H
 
S
P
 
K
S
 
F
N
 
S
A
 
D
V
 
I
A
 
S
M
 
V

P0A717 Ribose-phosphate pyrophosphokinase; RPPK; 5-phospho-D-ribosyl alpha-1-diphosphate synthase; Phosphoribosyl diphosphate synthase; Phosphoribosyl pyrophosphate synthase; P-Rib-PP synthase; PRPP synthase; PRPPase; EC 2.7.6.1 from Escherichia coli (strain K12) (see 4 papers)
29% identity, 98% coverage: 3:300/303 of query aligns to 1:303/315 of P0A717

query
sites
P0A717
L
x
M
P
 
P
D
 
D
A
 
M
S
 
K
C
 
-
V
 
-
L
 
-
Y
 
L
F
 
F
D
 
A
D
 
G
E
 
N
A
 
A
A
 
T
P
 
P
-
 
E
-
 
L
A
 
A
Q
 
Q
R
 
R
L
 
I
A
 
A
Q
 
N
A
 
R
A
 
L
G
 
Y
L
 
T
T
 
S
A
 
L
Q
 
G
A
 
D
I
 
A
E
 
A
R
 
V
H
 
G
R
 
R
F
 
F
P
 
S
D
 
D
G
 
G
E
 
E
L
 
V
K
 
S
L
 
V
R
 
Q
L
 
I
P
 
N
V
 
E
D
 
N
A
 
V
S
 
R
G
 
G
R
 
-
L
 
-
P
 
-
Q
 
G
R
 
D
A
 
I
V
 
F
L
 
I
L
 
I
R
 
Q
S
 
S
L
 
T
H
 
C
Q
 
A
P
 
P
-
 
T
N
 
N
E
 
D
K
 
N
L
 
L
V
 
M
E
 
E
L
 
L
L
 
V
L
 
V
A
 
M
A
 
V
R
 
D
T
 
A
A
 
L
R
 
R
Q
 
R
L
 
A
G
 
S
A
 
A
Q
 
G
H
 
R
L
 
I
T
 
T
L
 
A
V
 
V
A
 
I
P
 
P
Y
 
Y
L
 
F
A
 
G
Y
 
Y
M
 
A
R
 
R
Q
 
Q
D
 
D
I
 
R
A
 
R
F
 
V
H
 
R
P
 
S
G
 
A
E
 
R
A
 
V
-
 
P
V
 
I
S
 
T
Q
 
A
Q
 
K
V
 
V
V
 
V
G
 
A
G
 
D
F
 
F
L
 
L
A
 
S
G
 
S
L
 
V
-
 
G
F
 
V
D
 
D
A
 
R
V
 
V
I
 
L
T
 
T
V
 
V
D
|
D
P
 
L
H
 
H
L
 
A
H
 
E
R
 
Q
I
 
I
E
 
Q
R
 
G
L
 
F
E
 
F
Q
 
D
A
 
-
M
 
V
P
 
P
V
 
V
T
 
D
Q
 
N
A
 
-
V
 
-
V
 
V
L
 
F
S
 
G
G
 
S
A
 
P
E
 
I
P
 
L
L
 
L
A
 
E
D
 
D
L
 
M
I
 
L
A
 
Q
Q
 
L
R
 
N
R
 
L
P
 
D
G
 
N
A
 
P
L
 
I
L
 
V
V
 
V
G
 
S
P
 
P
D
 
D
-
 
I
G
 
G
E
 
G
S
 
V
A
 
V
Q
 
R
W
 
A
I
 
R
A
 
A
Q
 
I
A
 
A
A
 
K
A
 
L
R
 
L
H
 
N
S
 
D
F
 
T
D
 
D
H
 
M
A
 
A
V
 
I
C
 
I
T
 
D
K
 
K
V
 
-
R
 
R
H
 
R
G
 
P
D
 
R
R
 
A
N
 
N
V
 
V
A
 
S
I
 
Q
E
 
V
L
 
M
P
 
H
A
 
I
L
 
I
-
 
G
N
 
D
A
 
V
Q
 
A
G
 
G
R
 
R
A
 
D
V
 
C
V
 
V
L
 
L
L
 
V
D
|
D
D
|
D
M
 
M
A
 
I
S
x
D
T
 
T
G
 
G
R
 
G
T
 
T
L
 
L
A
 
C
L
 
K
A
 
A
T
 
A
R
 
E
L
 
A
L
 
L
L
 
K
Q
 
E
A
 
R
G
 
G
A
 
A
A
 
K
S
 
R
V
 
V
D
 
F
V
 
A
A
 
Y
V
 
A
T
 
T
H
 
H
A
 
P
L
 
I
F
 
F
A
 
S
G
 
G
D
 
N
A
 
A
L
 
A
Q
 
N
V
 
N
L
 
L
T
 
R
E
 
N
A
 
S
G
 
V
V
 
I
G
 
D
E
 
E
V
 
V
W
 
V
S
 
V
T
 
C
D
 
D
C
 
T
I
 
I
P
 
P
H
 
L
P
 
S
S
 
D
N
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
S
-
 
L
-
 
P
-
 
N
-
 
V
-
 
R
A
 
T
V
 
L
A
 
T
M
 
L
A
 
S
G
 
G
P
 
M
L
 
L
A
 
A
A
 
E
A
 
A
L
 
I
H
 
R
R
 
R
V
 
I

6asvC E. Coli prpp synthetase (see paper)
29% identity, 95% coverage: 12:300/303 of query aligns to 5:301/311 of 6asvC

query
sites
6asvC
F
 
F
D
 
A
D
 
G
E
 
N
A
 
A
A
 
T
P
 
P
-
 
E
-
 
L
A
 
A
Q
 
Q
R
 
R
L
 
I
A
 
A
Q
 
N
A
 
R
A
 
L
G
 
Y
L
 
T
T
 
S
A
 
L
Q
 
G
A
 
D
I
 
A
E
 
A
R
 
V
H
 
G
R
 
R
F
 
F
P
 
S
D
 
D
G
 
G
E
 
E
L
 
V
K
 
S
L
 
V
R
 
Q
L
 
I
P
 
N
V
 
E
D
 
N
A
 
V
S
 
R
G
 
G
R
 
-
L
 
-
P
 
-
Q
 
G
R
 
D
A
 
I
V
 
F
L
 
I
L
 
I
R
 
Q
S
 
S
L
 
T
H
 
C
Q
 
A
P
 
P
-
 
T
N
 
N
E
 
D
K
 
N
L
 
L
V
 
M
E
 
E
L
 
L
L
 
V
L
 
V
A
 
M
A
 
V
R
 
D
T
 
A
A
 
L
R
 
R
Q
 
R
L
 
A
G
 
S
A
 
A
Q
 
G
H
 
R
L
 
I
T
 
T
L
 
A
V
 
V
A
 
I
P
 
P
Y
 
Y
L
 
F
A
 
G
Y
 
Y
M
 
A
R
 
R
Q
 
Q
D
 
D
I
 
R
A
 
R
F
 
V
H
 
R
P
 
S
G
 
A
E
 
R
A
 
V
-
 
P
V
 
I
S
 
T
Q
 
A
Q
 
K
V
 
V
V
 
V
G
 
A
G
 
D
F
 
F
L
 
L
A
 
S
G
 
S
L
 
V
-
 
G
F
 
V
D
 
D
A
 
R
V
 
V
I
 
L
T
 
T
V
 
V
D
 
D
P
 
L
H
 
H
L
 
A
H
 
E
R
 
Q
I
 
I
E
 
Q
R
 
G
L
 
F
E
 
F
Q
 
D
A
 
-
M
 
V
P
 
P
V
 
V
T
 
D
Q
 
N
A
 
-
V
 
-
V
 
V
L
 
F
S
 
G
G
 
S
A
 
P
E
 
I
P
 
L
L
 
L
A
 
E
D
 
D
L
 
M
I
 
L
A
 
Q
Q
 
L
R
 
N
R
 
L
P
 
D
G
 
N
A
 
P
L
 
I
L
 
V
V
 
V
G
 
S
P
 
P
D
|
D
-
 
I
G
 
G
E
 
G
S
 
V
A
 
V
Q
 
R
W
 
A
I
 
R
A
 
A
Q
 
I
A
 
A
A
 
K
A
 
L
R
 
L
H
 
N
S
 
D
F
 
T
D
 
D
H
 
M
A
 
A
V
 
I
C
 
I
T
 
D
K
 
K
V
 
-
R
 
R
H
 
R
G
 
P
D
 
R
R
 
A
N
 
N
V
 
V
A
 
S
I
 
Q
E
 
V
L
 
M
P
 
H
A
 
I
L
 
I
-
 
G
N
 
D
A
 
V
Q
 
A
G
 
G
R
 
R
A
 
D
V
 
C
V
 
V
L
 
L
L
 
V
D
|
D
D
|
D
M
 
M
A
 
I
S
x
D
T
|
T
G
|
G
R
 
G
T
|
T
L
|
L
A
 
C
L
 
K
A
 
A
T
 
A
R
 
E
L
 
A
L
 
L
L
 
K
Q
 
E
A
 
R
G
 
G
A
 
A
A
 
K
S
 
R
V
 
V
D
 
F
V
 
A
A
 
Y
V
 
A
T
 
T
H
 
H
A
 
P
L
 
I
F
 
F
A
 
S
G
 
G
D
 
N
A
 
A
L
 
A
Q
 
N
V
 
N
L
 
L
T
 
R
E
 
N
A
 
S
G
 
V
V
 
I
G
 
D
E
 
E
V
 
V
W
 
V
S
 
V
T
 
C
D
 
D
C
 
T
I
 
I
P
 
P
H
 
L
P
 
S
S
 
D
N
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
S
-
 
L
-
 
P
-
 
N
-
 
V
-
 
R
A
 
T
V
 
L
A
 
T
M
 
L
A
 
S
G
 
G
P
 
M
L
 
L
A
 
A
A
 
E
A
 
A
L
 
I
H
 
R
R
 
R
V
 
I

4s2uA Crystal structure of the phosphorybosylpyrophosphate synthetase from e. Coli
29% identity, 95% coverage: 12:300/303 of query aligns to 6:302/308 of 4s2uA

query
sites
4s2uA
F
 
F
D
 
A
D
 
G
E
 
N
A
 
A
A
 
T
P
 
P
-
 
E
-
 
L
A
 
A
Q
 
Q
R
 
R
L
 
I
A
 
A
Q
 
N
A
 
R
A
 
L
G
 
Y
L
 
T
T
 
S
A
 
L
Q
 
G
A
 
D
I
 
A
E
 
A
R
 
V
H
 
G
R
 
R
F
 
F
P
 
S
D
 
D
G
 
G
E
 
E
L
 
V
K
 
S
L
 
V
R
 
Q
L
 
I
P
 
N
V
 
E
D
 
N
A
 
V
S
 
R
G
 
G
R
 
-
L
 
-
P
 
-
Q
 
G
R
 
D
A
 
I
V
 
F
L
 
I
L
 
I
R
 
Q
S
 
S
L
 
T
H
 
C
Q
 
A
P
 
P
-
 
T
N
 
N
E
 
D
K
 
N
L
 
L
V
 
M
E
 
E
L
 
L
L
 
V
L
 
V
A
 
M
A
 
V
R
 
D
T
 
A
A
 
L
R
 
R
Q
 
R
L
 
A
G
 
S
A
 
A
Q
 
G
H
 
R
L
 
I
T
 
T
L
 
A
V
 
V
A
 
I
P
 
P
Y
 
Y
L
 
F
A
 
G
Y
 
Y
M
 
A
R
 
R
Q
 
Q
D
 
D
I
 
R
A
 
R
F
 
V
H
 
R
P
 
S
G
 
A
E
 
R
A
 
V
-
 
P
V
 
I
S
 
T
Q
 
A
Q
 
K
V
 
V
V
 
V
G
 
A
G
 
D
F
 
F
L
 
L
A
 
S
G
 
S
L
 
V
-
 
G
F
 
V
D
 
D
A
 
R
V
 
V
I
 
L
T
 
T
V
 
V
D
 
D
P
 
L
H
 
H
L
 
A
H
 
E
R
 
Q
I
 
I
E
 
Q
R
 
G
L
 
F
E
 
F
Q
 
D
A
 
-
M
 
V
P
 
P
V
 
V
T
 
D
Q
 
N
A
 
-
V
 
-
V
 
V
L
 
F
S
 
G
G
 
S
A
 
P
E
 
I
P
 
L
L
 
L
A
 
E
D
 
D
L
 
M
I
 
L
A
 
Q
Q
 
L
R
 
N
R
 
L
P
 
D
G
 
N
A
 
P
L
 
I
L
 
V
V
 
V
G
 
S
P
 
P
D
 
D
-
 
I
G
 
G
E
 
G
S
 
V
A
 
V
Q
 
R
W
 
A
I
 
R
A
 
A
Q
 
I
A
 
A
A
 
K
A
 
L
R
 
L
H
 
N
S
 
D
F
 
T
D
 
D
H
 
M
A
 
A
V
 
I
C
 
I
T
 
D
K
 
K
V
 
-
R
 
R
H
 
R
G
 
P
D
 
R
R
 
A
N
 
N
V
 
V
A
 
S
I
 
Q
E
 
V
L
 
M
P
 
H
A
 
I
L
 
I
-
 
G
N
 
D
A
 
V
Q
 
A
G
 
G
R
 
R
A
 
D
V
 
C
V
 
V
L
 
L
L
 
V
D
 
D
D
 
D
M
 
M
A
 
I
S
x
D
T
 
T
G
 
G
R
 
G
T
|
T
L
 
L
A
 
C
L
 
K
A
 
A
T
 
A
R
 
E
L
 
A
L
 
L
L
 
K
Q
 
E
A
 
R
G
 
G
A
 
A
A
 
K
S
 
R
V
 
V
D
 
F
V
 
A
A
 
Y
V
 
A
T
 
T
H
 
H
A
 
P
L
 
I
F
 
F
A
 
S
G
 
G
D
 
N
A
 
A
L
 
A
Q
 
N
V
 
N
L
 
L
T
 
R
E
 
N
A
 
S
G
 
V
V
 
I
G
 
D
E
 
E
V
 
V
W
 
V
S
 
V
T
 
C
D
 
D
C
 
T
I
 
I
P
 
P
H
 
L
P
 
S
S
 
D
N
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
S
-
 
L
-
 
P
-
 
N
-
 
V
-
 
R
A
 
T
V
 
L
A
 
T
M
 
L
A
 
S
G
 
G
P
 
M
L
 
L
A
 
A
A
 
E
A
 
A
L
 
I
H
 
R
R
 
R
V
 
I

7xmvA E.Coli phosphoribosylpyrophosphate (prpp) synthetase type a(amp/adp) filament bound with adp, amp and r5p (see paper)
29% identity, 95% coverage: 12:300/303 of query aligns to 5:295/307 of 7xmvA

query
sites
7xmvA
F
 
F
D
 
A
D
 
G
E
 
N
A
 
A
A
 
T
P
 
P
-
 
E
-
 
L
A
 
A
Q
 
Q
R
 
R
L
 
I
A
 
A
Q
 
N
A
 
R
A
 
L
G
 
Y
L
 
T
T
 
S
A
 
L
Q
 
G
A
 
D
I
 
A
E
 
A
R
 
V
H
 
G
R
 
R
F
|
F
P
 
S
D
|
D
G
 
G
E
|
E
L
 
V
K
 
S
L
 
V
R
 
Q
L
 
I
P
 
N
V
 
E
D
 
N
A
 
V
S
 
R
G
 
G
R
 
-
L
 
-
P
 
-
Q
 
G
R
 
D
A
 
I
V
 
F
L
 
I
L
 
I
R
 
Q
S
 
S
L
 
T
H
 
C
Q
 
A
P
 
P
-
 
T
N
 
N
E
 
D
K
 
N
L
 
L
V
 
M
E
 
E
L
 
L
L
 
V
L
 
V
A
 
M
A
 
V
R
 
D
T
 
A
A
 
L
R
 
R
Q
 
R
L
 
A
G
 
S
A
 
A
Q
 
G
H
 
R
L
 
I
T
 
T
L
 
A
V
 
V
A
 
I
P
 
P
Y
 
Y
L
 
F
A
 
G
Y
 
Y
M
 
A
R
|
R
Q
 
Q
D
 
D
I
x
R
A
 
R
F
x
V
H
x
R
P
 
S
G
 
A
E
 
R
A
 
V
-
 
P
V
 
I
S
 
T
Q
 
A
Q
 
K
V
 
V
V
 
V
G
 
A
G
 
D
F
 
F
L
 
L
A
 
S
G
 
S
L
 
V
-
 
G
F
 
V
D
 
D
A
 
R
V
 
V
I
 
L
T
 
T
V
 
V
D
 
D
P
 
L
H
|
H
L
 
A
H
x
E
R
 
Q
I
 
I
E
 
Q
R
 
G
L
 
F
E
 
F
Q
 
D
A
 
-
M
 
V
P
 
P
V
 
V
T
 
D
Q
 
N
A
 
-
V
 
-
V
 
V
L
x
F
S
 
G
G
x
S
A
 
P
E
 
I
P
 
L
L
 
L
A
 
E
D
 
D
L
 
M
I
 
L
A
 
Q
Q
 
L
R
 
N
R
 
L
P
 
D
G
 
N
A
 
P
L
 
I
L
 
V
V
 
V
G
 
S
P
 
P
D
 
D
-
 
I
G
 
G
E
 
G
S
 
V
A
x
V
Q
 
R
W
 
A
I
 
R
A
|
A
Q
 
I
A
 
A
A
 
K
A
 
L
R
 
L
H
 
N
S
 
D
F
 
T
D
 
D
H
 
M
A
 
A
V
 
I
C
 
I
T
 
D
K
 
K
V
 
R
R
 
R
H
 
Q
G
 
V
D
 
M
R
 
H
N
 
I
V
 
I
A
 
G
I
 
-
E
 
-
L
 
-
P
 
-
A
 
-
L
 
-
N
 
D
A
 
V
Q
 
A
G
 
G
R
 
R
A
 
D
V
 
C
V
 
V
L
 
L
L
 
V
D
|
D
D
|
D
M
|
M
A
 
I
S
x
D
T
|
T
G
 
G
R
x
G
T
|
T
L
 
L
A
 
C
L
 
K
A
 
A
T
 
A
R
 
E
L
 
A
L
 
L
L
 
K
Q
 
E
A
 
R
G
 
G
A
 
A
A
 
K
S
 
R
V
 
V
D
 
F
V
 
A
A
 
Y
V
 
A
T
 
T
H
 
H
A
 
P
L
 
I
F
 
F
A
 
S
G
 
G
D
 
N
A
 
A
L
 
A
Q
 
N
V
 
N
L
 
L
T
 
R
E
 
N
A
 
S
G
 
V
V
 
I
G
 
D
E
 
E
V
 
V
W
 
V
S
 
V
T
 
C
D
 
D
C
 
T
I
 
I
P
 
P
H
 
L
P
 
S
S
 
D
N
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
S
-
 
L
-
 
P
-
 
N
-
 
V
-
 
R
A
 
T
V
 
L
A
 
T
M
 
L
A
 
S
G
 
G
P
 
M
L
 
L
A
 
A
A
 
E
A
 
A
L
 
I
H
 
R
R
 
R
V
 
I

7xmuA E.Coli phosphoribosylpyrophosphate (prpp) synthetase type a filament bound with adp, pi and r5p (see paper)
29% identity, 95% coverage: 12:300/303 of query aligns to 5:295/307 of 7xmuA

query
sites
7xmuA
F
 
F
D
 
A
D
 
G
E
 
N
A
 
A
A
 
T
P
 
P
-
 
E
-
 
L
A
 
A
Q
 
Q
R
 
R
L
 
I
A
 
A
Q
 
N
A
 
R
A
 
L
G
 
Y
L
 
T
T
 
S
A
 
L
Q
 
G
A
 
D
I
 
A
E
 
A
R
 
V
H
 
G
R
 
R
F
|
F
P
 
S
D
|
D
G
 
G
E
|
E
L
 
V
K
 
S
L
 
V
R
 
Q
L
 
I
P
 
N
V
 
E
D
 
N
A
 
V
S
 
R
G
 
G
R
 
-
L
 
-
P
 
-
Q
 
G
R
 
D
A
 
I
V
 
F
L
 
I
L
 
I
R
 
Q
S
 
S
L
 
T
H
 
C
Q
 
A
P
 
P
-
 
T
N
 
N
E
 
D
K
 
N
L
 
L
V
 
M
E
 
E
L
 
L
L
 
V
L
 
V
A
 
M
A
 
V
R
 
D
T
 
A
A
 
L
R
 
R
Q
 
R
L
 
A
G
 
S
A
 
A
Q
 
G
H
 
R
L
 
I
T
 
T
L
 
A
V
 
V
A
 
I
P
 
P
Y
 
Y
L
 
F
A
 
G
Y
 
Y
M
 
A
R
|
R
Q
|
Q
D
 
D
I
x
R
A
 
R
F
 
V
H
x
R
P
 
S
G
 
A
E
 
R
A
 
V
-
 
P
V
 
I
S
 
T
Q
 
A
Q
 
K
V
 
V
V
 
V
G
 
A
G
 
D
F
 
F
L
 
L
A
 
S
G
 
S
L
 
V
-
 
G
F
 
V
D
 
D
A
 
R
V
 
V
I
 
L
T
 
T
V
 
V
D
 
D
P
 
L
H
|
H
L
 
A
H
x
E
R
 
Q
I
 
I
E
 
Q
R
 
G
L
 
F
E
 
F
Q
 
D
A
 
-
M
 
V
P
 
P
V
 
V
T
 
D
Q
 
N
A
 
-
V
 
-
V
 
V
L
x
F
S
 
G
G
x
S
A
 
P
E
 
I
P
 
L
L
 
L
A
 
E
D
 
D
L
 
M
I
 
L
A
 
Q
Q
 
L
R
 
N
R
 
L
P
 
D
G
 
N
A
 
P
L
 
I
L
 
V
V
 
V
G
 
S
P
 
P
D
|
D
-
 
I
G
 
G
E
 
G
S
 
V
A
x
V
Q
 
R
W
 
A
I
 
R
A
 
A
Q
 
I
A
 
A
A
 
K
A
 
L
R
 
L
H
 
N
S
 
D
F
 
T
D
 
D
H
 
M
A
 
A
V
 
I
C
 
I
T
 
D
K
 
K
V
 
R
R
 
R
H
 
Q
G
 
V
D
 
M
R
 
H
N
 
I
V
 
I
A
 
G
I
 
-
E
 
-
L
 
-
P
 
-
A
 
-
L
 
-
N
 
D
A
 
V
Q
 
A
G
 
G
R
 
R
A
 
D
V
 
C
V
 
V
L
 
L
L
 
V
D
|
D
D
 
D
M
|
M
A
 
I
S
x
D
T
|
T
G
 
G
R
 
G
T
 
T
L
 
L
A
 
C
L
 
K
A
 
A
T
 
A
R
 
E
L
 
A
L
 
L
L
 
K
Q
 
E
A
 
R
G
 
G
A
 
A
A
 
K
S
 
R
V
 
V
D
 
F
V
 
A
A
 
Y
V
 
A
T
 
T
H
 
H
A
 
P
L
 
I
F
 
F
A
 
S
G
 
G
D
 
N
A
 
A
L
 
A
Q
 
N
V
 
N
L
 
L
T
 
R
E
 
N
A
 
S
G
 
V
V
 
I
G
 
D
E
 
E
V
 
V
W
 
V
S
 
V
T
 
C
D
 
D
C
 
T
I
 
I
P
 
P
H
 
L
P
 
S
S
 
D
N
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
S
-
 
L
-
 
P
-
 
N
-
 
V
-
 
R
A
 
T
V
 
L
A
 
T
M
 
L
A
 
S
G
 
G
P
 
M
L
 
L
A
 
A
A
 
E
A
 
A
L
 
I
H
 
R
R
 
R
V
 
I

Q63XL8 Ribose-phosphate pyrophosphokinase; RPPK; 5-phospho-D-ribosyl alpha-1-diphosphate synthase; Phosphoribosyl diphosphate synthase; Phosphoribosyl pyrophosphate synthase; P-Rib-PP synthase; PRPP synthase; PRPPase; EC 2.7.6.1 from Burkholderia pseudomallei (strain K96243) (see paper)
28% identity, 96% coverage: 9:300/303 of query aligns to 7:305/318 of Q63XL8

query
sites
Q63XL8
V
 
L
L
 
M
Y
 
V
F
 
F
D
 
T
D
 
G
E
 
N
A
 
A
A
 
N
P
 
P
A
 
A
-
 
L
-
 
A
Q
 
Q
R
 
E
L
 
V
A
 
V
Q
 
K
A
 
I
A
 
L
G
 
G
L
 
I
T
 
P
A
 
L
Q
 
G
A
 
K
I
 
A
E
 
M
R
 
V
H
 
S
R
 
R
F
 
F
P
 
S
D
 
D
G
 
G
E
 
E
L
 
I
K
 
Q
L
 
V
R
 
E
L
 
I
P
 
Q
V
 
E
D
 
N
A
 
V
S
 
R
G
 
G
R
 
K
L
 
-
P
 
-
Q
 
-
R
 
D
A
 
V
V
 
F
L
 
V
L
 
L
R
 
Q
S
 
S
L
 
T
H
 
C
Q
 
A
P
 
P
-
 
T
N
 
N
E
 
D
K
 
N
L
 
L
V
 
M
E
 
E
L
 
L
L
 
M
L
 
I
A
 
M
A
 
V
R
 
D
T
 
A
A
 
L
R
 
K
Q
 
R
L
 
A
G
 
S
A
 
A
Q
 
G
H
 
R
L
 
I
T
 
T
L
 
A
V
 
A
A
 
I
P
 
P
Y
 
Y
L
 
F
A
 
G
Y
 
Y
M
 
A
R
|
R
Q
|
Q
D
 
D
I
 
R
A
 
R
F
 
P
H
 
R
P
 
S
G
 
A
E
 
R
-
 
V
A
 
A
V
 
I
S
 
S
Q
 
A
Q
 
K
V
 
V
V
 
V
G
 
A
G
 
N
F
 
M
L
 
L
-
 
E
-
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
V
F
 
-
D
 
E
A
 
R
V
 
I
I
 
I
T
 
T
V
 
M
D
 
D
P
 
L
H
 
H
L
 
A
H
 
D
R
 
Q
I
 
I
E
 
Q
R
 
G
L
 
F
E
 
F
Q
 
D
A
 
-
M
 
I
P
 
P
V
 
V
T
 
D
Q
 
N
A
 
-
V
 
-
V
 
I
L
 
Y
S
 
A
G
 
T
A
 
P
E
 
I
P
 
L
L
 
L
A
 
G
D
 
D
L
 
L
I
 
R
A
 
K
Q
 
Q
R
 
N
R
 
Y
P
 
P
G
 
D
A
 
L
L
 
L
L
 
V
V
 
V
G
 
S
P
 
P
D
 
D
G
 
V
E
 
G
S
 
G
A
 
V
Q
 
V
W
 
R
I
 
A
A
 
R
Q
 
A
A
 
L
A
 
A
A
 
K
R
 
Q
H
 
L
S
 
N
F
 
C
D
 
D
H
 
L
A
 
A
V
 
I
C
 
I
T
 
D
K
 
K
V
 
-
R
 
R
H
 
R
G
 
P
D
 
K
R
 
A
N
 
N
V
 
V
A
 
A
I
 
E
E
 
V
L
 
M
P
 
N
A
 
I
L
 
I
-
 
G
N
 
E
A
 
V
Q
 
E
G
 
G
R
 
R
A
 
T
V
 
C
V
 
V
L
 
I
L
 
M
D
 
D
D
 
D
M
 
M
A
 
V
S
 
D
T
 
T
G
 
A
R
 
G
T
 
T
L
 
L
A
 
C
L
 
K
A
 
A
T
 
A
R
 
Q
L
 
V
L
 
L
L
 
K
Q
 
E
A
 
R
G
 
G
A
 
A
A
 
K
S
 
Q
V
 
V
D
 
F
V
 
A
A
 
Y
V
 
A
T
 
T
H
 
H
A
 
P
L
 
V
F
 
L
A
 
S
G
 
G
D
 
G
A
 
A
L
 
A
Q
 
D
V
 
R
L
 
I
T
 
A
E
 
A
A
 
S
G
 
A
V
 
L
G
 
D
E
 
E
V
 
L
W
 
V
S
 
V
T
 
T
D
 
D
C
 
T
I
 
I
P
 
P
H
 
L
P
 
S
S
 
A
N
 
E
A
 
S
V
 
L
A
 
A
M
 
C
-
 
P
-
 
K
-
 
I
-
 
R
-
 
A
-
 
L
-
 
S
-
 
S
A
 
A
G
 
G
P
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
E
A
 
T
L
 
F
H
 
S
R
 
R
V
 
I

O94413 Ribose-phosphate pyrophosphokinase 2; Phosphoribosyl pyrophosphate synthase 2; EC 2.7.6.1 from Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (Fission yeast) (see paper)
26% identity, 93% coverage: 19:300/303 of query aligns to 18:306/321 of O94413

query
sites
O94413
A
 
A
Q
 
E
R
 
K
L
 
V
A
 
A
Q
 
R
A
 
R
A
 
I
G
 
G
L
 
L
T
 
S
A
 
L
Q
 
G
A
 
K
I
 
V
E
 
A
R
 
V
H
 
V
R
 
Q
F
 
Y
P
 
S
D
 
N
G
 
R
E
 
E
L
 
T
K
 
S
L
 
V
R
 
-
L
 
-
P
 
T
V
 
I
D
 
G
A
 
E
S
 
S
G
 
V
R
 
R
L
 
D
P
 
E
Q
 
D
R
 
V
A
 
F
V
 
I
L
 
L
L
 
Q
R
 
T
S
 
G
L
 
C
H
 
G
Q
 
S
P
 
I
N
 
N
E
 
D
K
 
H
L
 
L
V
 
M
E
 
E
L
 
L
L
 
L
L
 
I
A
 
M
A
 
I
R
 
N
T
 
A
A
 
C
R
 
R
Q
 
S
L
 
A
G
 
S
A
 
A
Q
 
R
H
 
R
L
 
I
T
 
T
L
 
A
V
 
I
A
 
I
P
 
P
Y
 
C
L
 
F
A
 
P
Y
 
Y
M
 
A
R
 
R
Q
 
Q
D
 
D
I
 
K
A
 
K
F
 
D
H
 
K
P
 
S
G
 
R
E
 
A
A
 
P
V
 
I
S
 
T
Q
 
A
Q
 
R
V
 
L
V
 
V
G
 
A
G
 
N
F
 
M
L
 
L
-
 
Q
-
 
T
A
 
A
G
 
G
L
 
C
F
 
-
D
 
N
A
 
H
V
 
I
I
 
I
T
 
T
V
 
M
D
 
D
P
 
L
H
 
H
L
 
A
H
 
S
R
 
Q
I
 
I
E
 
Q
R
 
G
L
 
F
E
 
F
Q
 
N
A
 
-
M
 
V
P
 
P
V
 
V
T
 
D
Q
 
N
A
 
L
V
 
Y
V
 
-
L
 
-
S
 
-
G
 
-
A
 
A
E
 
E
P
 
P
-
 
S
-
 
V
-
 
L
-
 
R
-
 
Y
L
 
I
A
 
R
D
 
E
L
 
N
I
 
I
A
 
D
Q
 
T
R
 
T
R
 
V
P
 
N
G
 
P
A
 
T
L
 
V
L
 
I
V
 
V
G
x
S
P
 
P
D
 
D
G
 
A
E
 
G
S
 
G
A
 
A
Q
 
K
W
 
R
I
 
A
A
 
T
Q
 
A
A
 
L
A
 
A
A
 
D
R
 
R
H
 
L
S
 
D
F
 
L
D
 
D
H
 
F
A
 
A
V
 
L
C
 
I
T
 
H
K
 
K
V
 
E
R
 
R
H
 
Q
G
 
K
D
 
A
R
 
N
N
 
E
V
 
V
A
 
S
I
 
R
E
 
M
L
 
V
P
 
L
A
 
V
L
 
G
N
 
D
A
 
V
Q
 
R
G
 
D
R
 
K
A
 
L
V
 
A
V
 
I
L
 
L
L
 
V
D
 
D
D
 
D
M
 
M
A
 
A
S
 
D
T
 
T
G
 
C
R
 
G
T
 
T
L
 
L
A
 
G
L
 
L
A
 
A
T
 
A
R
 
K
L
 
T
L
 
L
L
 
K
Q
 
D
A
 
N
G
 
G
A
 
A
A
 
K
S
 
A
V
 
V
D
 
Y
V
 
A
A
 
I
V
 
V
T
 
T
H
 
H
A
 
G
L
 
I
F
 
L
A
 
S
G
 
G
D
 
K
A
 
A
L
 
I
Q
 
K
V
 
V
L
 
I
T
 
N
E
 
E
A
 
S
G
 
A
V
 
L
G
 
E
E
 
K
V
 
V
W
 
I
S
 
V
T
 
T
D
 
N
C
 
T
I
 
I
P
 
P
H
 
H
P
 
D
S
 
D
N
 
K
-
 
R
-
 
S
-
 
L
-
 
C
-
 
S
-
 
K
-
 
I
-
 
E
A
 
T
V
 
I
A
 
D
M
 
I
A
 
S
G
 
G
P
 
V
L
 
L
A
 
A
A
 
E
A
 
C
L
 
I
H
 
R
R
 
R
V
 
I

3dahC 2.3 a crystal structure of ribose-phosphate pyrophosphokinase from burkholderia pseudomallei (see paper)
29% identity, 96% coverage: 9:300/303 of query aligns to 2:293/300 of 3dahC

query
sites
3dahC
V
 
L
L
 
M
Y
 
V
F
 
F
D
 
T
D
 
G
E
 
N
A
 
A
A
 
N
P
 
P
A
 
A
-
 
L
-
 
A
Q
 
Q
R
 
E
L
 
V
A
 
V
Q
 
K
A
 
I
A
 
L
G
 
G
L
 
I
T
 
P
A
 
L
Q
 
G
A
 
K
I
 
A
E
 
M
R
 
V
H
 
S
R
 
R
F
|
F
P
 
S
D
|
D
G
 
G
E
|
E
L
 
I
K
 
Q
L
 
V
R
 
E
L
 
I
P
 
Q
V
 
E
D
 
N
A
 
V
S
 
R
G
 
G
R
 
K
L
 
-
P
 
-
Q
 
-
R
 
D
A
 
V
V
 
F
L
 
V
L
 
L
R
 
Q
S
 
S
L
 
T
H
 
C
Q
 
A
P
 
P
-
 
T
N
 
N
E
 
D
K
 
N
L
 
L
V
 
M
E
 
E
L
 
L
L
 
M
L
 
I
A
 
M
A
 
V
R
 
D
T
 
A
A
 
L
R
 
K
Q
 
R
L
 
A
G
 
S
A
 
A
Q
 
G
H
 
R
L
 
I
T
 
T
L
 
A
V
 
A
A
 
I
P
 
P
Y
 
Y
L
 
F
A
 
G
Y
 
Y
M
 
A
R
|
R
Q
|
Q
D
 
D
I
 
R
A
 
R
F
 
P
H
 
R
P
 
S
G
 
A
E
 
R
-
 
V
A
 
A
V
 
I
S
 
S
Q
 
A
Q
 
K
V
 
V
V
 
V
G
 
A
G
 
N
F
 
M
L
 
L
-
 
E
-
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
V
F
 
-
D
 
E
A
 
R
V
 
I
I
 
I
T
 
T
V
 
M
D
 
D
P
 
L
H
 
H
L
 
A
H
 
D
R
 
Q
I
 
I
E
 
Q
R
 
G
L
 
F
E
 
F
Q
 
D
A
 
-
M
 
I
P
 
P
V
 
V
T
 
D
Q
 
N
A
 
I
V
 
Y
V
 
-
L
 
-
S
 
-
G
 
-
A
 
A
E
 
T
P
 
P
-
 
I
-
 
L
L
 
L
A
 
G
D
 
D
L
 
L
I
 
R
A
 
K
Q
 
Q
R
 
N
R
 
Y
P
 
P
G
 
D
A
 
L
L
 
L
L
 
V
V
 
V
G
 
S
P
 
P
D
 
D
G
 
V
E
 
G
S
 
G
A
 
V
Q
 
V
W
 
R
I
 
A
A
 
R
Q
 
A
A
 
L
A
 
A
A
 
K
R
 
Q
H
 
L
S
 
N
F
 
C
D
 
D
H
 
L
A
 
A
V
 
I
C
 
I
T
 
D
K
 
K
V
 
R
R
 
R
H
 
V
G
 
-
D
 
-
R
 
M
N
 
N
V
 
I
A
 
I
I
 
G
E
 
E
L
 
V
P
 
-
A
 
-
L
 
-
N
 
-
A
 
-
Q
 
E
G
 
G
R
 
R
A
 
T
V
 
C
V
 
V
L
 
I
L
 
M
D
 
D
D
 
D
M
 
M
A
 
V
S
 
D
T
 
T
G
 
A
R
 
G
T
 
T
L
 
L
A
 
C
L
 
K
A
 
A
T
 
A
R
 
Q
L
 
V
L
 
L
L
 
K
Q
 
E
A
 
R
G
 
G
A
 
A
A
 
K
S
 
Q
V
 
V
D
 
F
V
 
A
A
 
Y
V
 
A
T
 
T
H
 
H
A
 
P
L
 
V
F
 
L
A
 
S
G
 
G
D
 
G
A
 
A
L
 
A
Q
 
D
V
 
R
L
 
I
T
 
A
E
 
A
A
 
S
G
 
A
V
 
L
G
 
D
E
 
E
V
 
L
W
 
V
S
 
V
T
 
T
D
 
D
C
 
T
I
 
I
P
 
P
H
 
L
P
 
S
S
 
A
N
 
E
A
 
S
V
 
L
A
 
A
M
 
C
-
 
P
-
 
K
-
 
I
-
 
R
-
 
A
-
 
L
-
 
S
-
 
S
A
 
A
G
 
G
P
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
E
A
 
T
L
 
F
H
 
S
R
 
R
V
 
I

6nfeB Crystal structure of ribose-phosphate pyrophosphokinase from legionella pneumophila with bound amp, adp, and ribose-5-phosphate
30% identity, 87% coverage: 38:300/303 of query aligns to 34:297/299 of 6nfeB

query
sites
6nfeB
F
|
F
P
 
S
D
|
D
G
 
G
E
|
E
L
 
T
K
 
M
L
 
V
R
 
E
L
 
I
P
 
L
V
 
E
D
 
N
A
 
V
S
 
R
G
 
G
R
 
K
L
 
-
P
 
-
Q
 
-
R
 
D
A
 
V
V
 
F
L
 
V
L
 
L
R
 
Q
S
 
S
L
 
T
H
 
C
Q
 
A
P
 
P
-
 
A
N
 
N
E
 
N
K
 
N
L
 
L
V
 
M
E
 
E
L
 
L
L
 
L
L
 
I
A
 
M
A
 
A
R
 
D
T
 
A
A
 
L
R
 
R
Q
 
R
L
 
S
G
 
S
A
 
A
Q
 
G
H
 
R
L
 
I
T
 
T
L
 
A
V
 
V
A
 
V
P
 
P
Y
 
Y
L
 
F
A
 
G
Y
 
Y
M
 
A
R
|
R
Q
|
Q
D
 
D
I
 
R
A
 
R
F
 
V
H
 
R
P
 
S
G
 
A
E
 
R
A
 
V
-
 
P
V
 
I
S
 
T
Q
 
A
Q
 
K
V
 
V
V
 
V
G
 
A
G
 
D
F
 
M
L
 
M
A
 
A
G
 
S
L
 
V
-
 
G
F
 
I
D
 
C
A
 
R
V
 
V
I
 
L
T
 
T
V
 
V
D
 
D
P
 
L
H
|
H
L
 
A
H
 
D
R
 
Q
I
 
I
E
 
Q
R
 
G
L
 
F
E
 
F
Q
 
Y
A
 
-
M
 
M
P
 
P
V
 
V
T
 
D
Q
 
N
A
 
-
V
 
-
V
 
V
L
 
Y
S
 
S
G
 
T
A
 
P
E
 
V
P
 
L
L
 
L
A
 
E
D
 
D
L
 
I
I
 
T
A
 
K
Q
 
Q
R
 
K
R
 
L
P
 
N
G
 
N
A
 
I
L
 
M
L
 
I
V
 
V
G
 
S
P
 
P
D
 
D
-
 
V
G
 
G
E
 
G
S
 
V
A
 
V
Q
 
R
W
 
A
I
 
R
A
 
A
Q
 
V
A
 
A
A
 
K
A
 
R
R
 
L
H
 
N
S
 
D
F
 
A
D
 
E
H
 
L
A
 
S
V
 
I
C
 
I
T
 
D
K
 
K
V
 
R
R
 
R
H
 
S
G
 
E
D
 
V
R
 
M
N
 
H
V
 
I
A
 
I
I
 
G
E
 
E
L
 
-
P
 
P
A
 
A
L
 
-
N
 
-
A
 
-
Q
 
-
G
 
N
R
 
K
A
 
N
V
 
C
V
 
I
L
 
I
L
 
V
D
|
D
D
|
D
M
x
I
A
 
V
S
x
D
T
|
T
G
x
A
R
 
G
T
|
T
L
 
L
A
 
C
L
 
T
A
 
A
T
 
A
R
 
H
L
 
E
L
 
L
L
 
K
Q
 
K
A
 
N
G
 
G
A
 
A
A
 
K
S
 
S
V
 
V
D
 
R
V
 
A
A
 
Y
V
 
I
T
 
T
H
 
H
A
 
P
L
 
V
F
 
L
A
 
S
G
 
G
D
 
P
A
 
A
L
 
V
Q
 
N
V
 
N
L
 
I
T
 
K
E
 
H
A
 
S
G
 
G
V
 
L
G
 
D
E
 
E
V
 
V
W
 
V
S
 
V
T
 
T
D
 
D
C
 
T
I
 
I
P
 
P
H
 
L
P
 
S
S
 
A
N
 
E
A
 
A
-
 
Q
-
 
N
-
 
C
-
 
E
-
 
K
-
 
I
-
 
R
-
 
V
V
 
V
A
 
S
M
 
L
A
 
A
G
 
D
P
 
M
L
 
L
A
 
A
A
 
Q
A
 
A
L
 
I
H
 
K
R
 
R
V
 
V

6nfeA Crystal structure of ribose-phosphate pyrophosphokinase from legionella pneumophila with bound amp, adp, and ribose-5-phosphate
30% identity, 87% coverage: 38:300/303 of query aligns to 34:296/298 of 6nfeA

query
sites
6nfeA
F
|
F
P
 
S
D
|
D
G
 
G
E
|
E
L
 
T
K
 
M
L
 
V
R
 
E
L
 
I
P
 
L
V
 
E
D
 
N
A
 
V
S
 
R
G
 
G
R
 
K
L
 
-
P
 
-
Q
 
-
R
 
D
A
 
V
V
 
F
L
 
V
L
 
L
R
 
Q
S
 
S
L
 
T
H
 
C
Q
 
A
P
 
P
-
 
A
N
 
N
E
 
N
K
 
N
L
 
L
V
 
M
E
 
E
L
 
L
L
 
L
L
 
I
A
 
M
A
 
A
R
 
D
T
 
A
A
 
L
R
 
R
Q
 
R
L
 
S
G
 
S
A
 
A
Q
 
G
H
 
R
L
 
I
T
 
T
L
 
A
V
 
V
A
 
V
P
 
P
Y
 
Y
L
 
F
A
 
G
Y
 
Y
M
 
A
R
|
R
Q
|
Q
D
 
D
I
x
R
A
 
R
F
x
V
H
 
R
P
 
S
G
 
A
E
 
R
A
 
V
-
 
P
V
 
I
S
 
T
Q
 
A
Q
 
K
V
 
V
V
 
V
G
 
A
G
 
D
F
 
M
L
 
M
A
 
A
G
 
S
L
 
V
-
 
G
F
 
I
D
 
C
A
 
R
V
 
V
I
 
L
T
 
T
V
 
V
D
 
D
P
 
L
H
|
H
L
 
A
H
 
D
R
 
Q
I
 
I
E
 
Q
R
 
G
L
 
F
E
 
F
Q
 
Y
A
 
-
M
 
M
P
 
P
V
 
V
T
 
D
Q
 
N
A
 
-
V
 
-
V
 
V
L
x
Y
S
 
S
G
 
T
A
 
P
E
 
V
P
 
L
L
 
L
A
 
E
D
 
D
L
 
I
I
 
T
A
 
K
Q
 
Q
R
 
K
R
 
L
P
 
N
G
 
N
A
 
I
L
 
M
L
 
I
V
 
V
G
 
S
P
 
P
D
 
D
G
 
V
E
 
G
S
 
G
A
 
V
Q
 
V
W
x
R
I
 
-
A
 
A
Q
 
R
A
|
A
A
 
V
A
 
A
R
x
K
H
 
R
S
 
L
F
 
N
D
 
D
H
 
A
A
 
E
V
 
L
C
 
S
T
 
I
K
 
I
V
 
D
R
 
K
H
 
R
G
 
R
D
 
E
R
 
V
N
 
M
V
 
H
A
 
I
I
 
I
E
 
G
L
 
E
P
 
P
A
 
A
L
 
-
N
 
-
A
 
-
Q
 
-
G
 
N
R
 
K
A
 
N
V
 
C
V
 
I
L
 
I
L
 
V
D
|
D
D
|
D
M
x
I
A
 
V
S
x
D
T
|
T
G
x
A
R
 
G
T
|
T
L
 
L
A
 
C
L
 
T
A
 
A
T
 
A
R
 
H
L
 
E
L
 
L
L
 
K
Q
 
K
A
 
N
G
 
G
A
 
A
A
 
K
S
 
S
V
 
V
D
 
R
V
 
A
A
 
Y
V
 
I
T
 
T
H
 
H
A
 
P
L
 
V
F
 
L
A
 
S
G
 
G
D
 
P
A
 
A
L
 
V
Q
 
N
V
 
N
L
 
I
T
 
K
E
 
H
A
 
S
G
 
G
V
 
L
G
 
D
E
 
E
V
 
V
W
 
V
S
 
V
T
 
T
D
 
D
C
 
T
I
 
I
P
 
P
H
 
L
P
 
S
S
 
A
N
 
E
A
 
A
-
 
Q
-
 
N
-
 
C
-
 
E
-
 
K
-
 
I
-
 
R
-
 
V
V
 
V
A
 
S
M
 
L
A
 
A
G
 
D
P
 
M
L
 
L
A
 
A
A
 
Q
A
 
A
L
 
I
H
 
K
R
 
R
V
 
V

8dbkB Human prps1 with phosphate, atp, and r5p; hexamer with resolved catalytic loops (see paper)
28% identity, 87% coverage: 19:282/303 of query aligns to 15:276/316 of 8dbkB

query
sites
8dbkB
A
 
S
Q
 
Q
R
 
K
L
 
I
A
 
A
Q
 
D
A
 
R
A
 
L
G
 
G
L
 
L
T
 
E
A
 
L
Q
 
G
A
 
K
I
 
V
E
 
V
R
 
T
H
 
K
R
 
K
F
|
F
P
 
S
D
x
N
G
 
Q
E
|
E
L
 
T
K
 
C
L
 
V
R
 
E
L
 
-
P
 
-
V
 
I
D
 
G
A
 
E
S
|
S
G
 
V
R
|
R
L
 
G
P
 
E
Q
 
D
R
 
V
A
 
Y
V
 
I
L
 
V
L
 
Q
R
 
S
S
 
G
L
 
C
H
 
G
Q
 
E
P
 
I
N
 
N
E
 
D
K
 
N
L
 
L
V
 
M
E
 
E
L
 
L
L
 
L
L
 
I
A
 
M
A
 
I
R
 
N
T
 
A
A
 
C
R
 
K
Q
 
I
L
 
A
G
 
S
A
 
A
Q
 
S
H
 
R
L
 
V
T
 
T
L
 
A
V
 
V
A
 
I
P
 
P
Y
 
C
L
 
F
A
 
P
Y
 
Y
M
 
A
R
|
R
Q
|
Q
D
 
D
I
 
K
A
 
K
F
 
D
H
 
K
P
 
S
G
 
R
E
 
A
A
 
P
V
 
I
S
 
S
Q
 
A
Q
 
K
V
 
L
V
 
V
G
 
A
G
 
N
F
 
M
L
 
L
-
 
S
-
 
V
A
 
A
G
 
G
L
 
A
F
 
-
D
 
D
A
 
H
V
 
I
I
 
I
T
 
T
V
 
M
D
 
D
P
 
L
H
|
H
L
 
A
H
 
S
R
 
Q
I
 
I
E
 
Q
R
 
G
L
 
F
E
 
F
Q
 
D
A
 
-
M
 
I
P
 
P
V
 
V
T
 
D
Q
 
N
A
 
L
V
 
Y
V
 
-
L
 
-
S
 
-
G
 
-
A
 
A
E
 
E
P
 
P
-
 
A
-
 
V
-
 
L
-
 
K
-
 
W
L
 
I
A
 
R
D
 
E
L
 
N
I
 
I
A
 
S
Q
 
E
R
 
W
R
 
R
P
 
-
G
 
N
A
 
C
L
 
T
L
 
I
V
 
V
G
 
S
P
 
P
D
|
D
G
 
A
E
x
G
S
 
G
A
 
A
Q
 
K
W
 
R
I
 
V
A
 
T
Q
 
S
A
 
I
A
 
A
A
 
D
R
 
R
H
 
L
S
 
N
F
 
V
D
 
D
H
 
F
A
 
A
V
 
L
C
 
I
T
 
H
K
|
K
V
 
E
R
|
R
H
 
K
G
 
K
D
 
A
R
x
N
N
 
E
V
 
V
A
 
D
I
 
R
E
 
M
L
 
V
P
 
L
A
 
V
L
 
G
N
 
D
A
 
V
Q
 
K
G
 
D
R
 
R
A
 
V
V
 
A
V
 
I
L
 
L
L
 
V
D
|
D
D
|
D
M
 
M
A
 
A
S
x
D
T
|
T
G
x
C
R
x
G
T
|
T
L
 
I
A
 
C
L
 
H
A
 
A
T
 
A
R
 
D
L
 
K
L
 
L
L
 
L
Q
 
S
A
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
T
S
 
R
V
 
V
D
 
Y
V
 
A
A
 
I
V
 
L
T
 
T
H
 
H
A
 
G
L
 
I
F
 
F
A
 
S
G
 
G
D
 
P
A
 
A
L
 
I
Q
 
S
V
 
R
L
 
I
T
 
N
E
 
N
A
 
A
G
 
C
V
 
F
G
 
E
E
 
A
V
 
V
W
 
V
S
 
V
T
 
T
D
 
N
C
 
T
I
 
I
P
 
P
H
 
Q

8dbeA Human prps1 with adp; hexamer (see paper)
28% identity, 87% coverage: 19:282/303 of query aligns to 15:276/316 of 8dbeA

query
sites
8dbeA
A
 
S
Q
 
Q
R
 
K
L
 
I
A
 
A
Q
 
D
A
 
R
A
 
L
G
 
G
L
 
L
T
 
E
A
 
L
Q
 
G
A
 
K
I
 
V
E
 
V
R
 
T
H
 
K
R
 
K
F
|
F
P
 
S
D
x
N
G
 
Q
E
|
E
L
 
T
K
 
C
L
 
V
R
 
E
L
 
-
P
 
-
V
 
I
D
 
G
A
 
E
S
 
S
G
 
V
R
 
R
L
 
G
P
 
E
Q
 
D
R
 
V
A
 
Y
V
 
I
L
 
V
L
 
Q
R
 
S
S
 
G
L
 
C
H
 
G
Q
 
E
P
 
I
N
 
N
E
 
D
K
 
N
L
 
L
V
 
M
E
 
E
L
 
L
L
 
L
L
 
I
A
 
M
A
 
I
R
 
N
T
 
A
A
 
C
R
 
K
Q
 
I
L
 
A
G
 
S
A
 
A
Q
 
S
H
 
R
L
 
V
T
 
T
L
 
A
V
 
V
A
 
I
P
 
P
Y
 
C
L
 
F
A
 
P
Y
 
Y
M
 
A
R
|
R
Q
|
Q
D
 
D
I
x
K
A
x
K
F
x
D
H
 
K
P
x
S
G
x
R
E
 
A
A
 
P
V
 
I
S
 
S
Q
 
A
Q
 
K
V
 
L
V
 
V
G
 
A
G
 
N
F
 
M
L
 
L
-
 
S
-
 
V
A
 
A
G
 
G
L
 
A
F
 
-
D
 
D
A
 
H
V
 
I
I
 
I
T
 
T
V
 
M
D
 
D
P
 
L
H
|
H
L
 
A
H
 
S
R
 
Q
I
 
I
E
 
Q
R
 
G
L
 
F
E
 
F
Q
 
D
A
 
-
M
 
I
P
 
P
V
 
V
T
x
D
Q
 
N
A
 
L
V
x
Y
V
 
-
L
 
-
S
 
-
G
 
-
A
 
A
E
 
E
P
 
P
-
 
A
-
 
V
-
 
L
-
 
K
-
 
W
L
 
I
A
 
R
D
 
E
L
 
N
I
 
I
A
 
S
Q
 
E
R
 
W
R
 
R
P
 
-
G
 
N
A
 
C
L
 
T
L
 
I
V
 
V
G
 
S
P
 
P
D
|
D
G
 
A
E
 
G
S
 
G
A
 
A
Q
 
K
W
 
R
I
 
V
A
 
T
Q
 
S
A
 
I
A
 
A
A
 
D
R
 
R
H
 
L
S
 
N
F
 
V
D
 
D
H
 
F
A
 
A
V
 
L
C
 
I
T
 
H
K
 
K
V
 
E
R
 
R
H
 
K
G
 
K
D
 
A
R
 
N
N
 
E
V
 
V
A
 
D
I
 
R
E
 
M
L
 
V
P
 
L
A
 
V
L
 
G
N
 
D
A
 
V
Q
 
K
G
 
D
R
 
R
A
 
V
V
 
A
V
 
I
L
 
L
L
 
V
D
|
D
D
|
D
M
 
M
A
 
A
S
x
D
T
|
T
G
 
C
R
x
G
T
|
T
L
 
I
A
 
C
L
 
H
A
 
A
T
 
A
R
 
D
L
 
K
L
 
L
L
 
L
Q
 
S
A
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
T
S
 
R
V
 
V
D
 
Y
V
 
A
A
 
I
V
 
L
T
 
T
H
 
H
A
 
G
L
 
I
F
 
F
A
 
S
G
 
G
D
 
P
A
 
A
L
 
I
Q
 
S
V
 
R
L
 
I
T
 
N
E
 
N
A
 
A
G
 
C
V
 
F
G
 
E
E
 
A
V
 
V
W
 
V
S
 
V
T
 
T
D
 
N
C
 
T
I
 
I
P
 
P
H
 
Q

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>Ac3H11_2203 FitnessBrowser__acidovorax_3H11:Ac3H11_2203
MALPDASCVLYFDDEAAPAQRLAQAAGLTAQAIERHRFPDGELKLRLPVDASGRLPQRAV
LLRSLHQPNEKLVELLLAARTARQLGAQHLTLVAPYLAYMRQDIAFHPGEAVSQQVVGGF
LAGLFDAVITVDPHLHRIERLEQAMPVTQAVVLSGAEPLADLIAQRRPGALLVGPDGESA
QWIAQAAARHSFDHAVCTKVRHGDRNVAIELPALNAQGRAVVLLDDMASTGRTLALATRL
LLQAGAASVDVAVTHALFAGDALQVLTEAGVGEVWSTDCIPHPSNAVAMAGPLAAALHRV
LAA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory