SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing Ac3H11_2296 FitnessBrowser__acidovorax_3H11:Ac3H11_2296 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 12 hits to proteins with known functional sites (download)

3tdtA Complex of tetrahydrodipicolinate n-succinyltransferase with 2-amino- 6-oxopimelate and coenzyme a (see paper)
66% identity, 99% coverage: 3:276/277 of query aligns to 2:271/274 of 3tdtA

query
sites
3tdtA
Q
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
Q
 
Q
T
 
N
I
 
V
I
 
I
D
 
E
N
 
S
A
 
A
W
 
F
D
 
E
N
 
R
R
 
R
A
 
A
S
 
D
L
 
I
S
 
T
P
 
P
A
 
A
A
 
N
A
 
V
P
 
D
K
 
T
E
 
V
I
 
T
Q
 
R
D
 
E
A
 
A
V
 
V
E
 
N
H
 
Q
V
 
V
I
 
I
A
 
G
E
 
L
L
 
L
N
 
D
N
 
S
G
 
G
T
 
A
L
 
L
R
 
R
V
 
V
A
 
A
T
 
E
R
 
K
E
 
I
G
 
D
V
 
-
G
 
G
Q
 
Q
W
 
W
T
 
V
V
 
T
H
 
H
Q
 
Q
W
 
W
I
 
L
K
 
K
K
 
K
A
 
A
V
 
V
L
 
L
L
 
L
S
 
S
F
 
F
R
 
R
L
 
I
K
 
N
D
 
D
N
 
N
E
 
K
V
 
V
V
 
M
K
 
D
A
 
G
G
 
A
D
 
E
L
 
T
G
 
R
F
 
Y
Y
 
Y
D
 
D
K
 
K
V
 
V
Q
 
P
T
 
M
K
 
K
F
 
F
A
 
A
H
 
D
L
 
Y
S
 
D
E
 
E
E
 
A
E
 
R
M
 
F
K
 
Q
A
 
K
T
 
E
G
 
G
V
 
F
R
|
R
V
 
V
V
 
V
P
 
P
P
 
P
A
 
A
V
 
T
A
 
V
R
 
R
R
 
Q
G
 
G
S
 
A
F
 
F
I
 
I
A
 
A
K
 
R
G
 
N
A
 
T
I
 
V
L
 
L
M
|
M
P
 
P
S
 
S
Y
 
Y
V
 
V
N
 
N
I
 
I
G
 
G
A
 
A
Y
 
Y
V
 
V
G
 
D
E
 
E
G
 
G
T
 
T
M
|
M
V
 
V
D
|
D
T
 
T
W
 
W
A
 
A
T
 
T
V
 
V
G
 
G
S
 
S
C
 
C
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
G
 
G
S
 
K
N
 
N
V
 
V
H
 
H
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
V
 
V
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
|
G
V
 
V
L
 
L
E
 
E
P
 
P
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
G
 
N
P
 
P
T
 
T
I
 
I
I
 
I
E
 
E
D
 
D
N
 
N
C
 
C
F
 
F
I
 
I
G
|
G
A
|
A
R
 
R
S
 
S
E
|
E
V
 
V
V
 
V
E
 
E
G
 
G
V
 
V
V
 
I
V
 
V
E
 
E
E
 
E
N
 
G
S
 
S
V
 
V
L
 
I
G
x
S
M
|
M
G
 
G
V
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
S
 
S
T
 
T
P
 
R
I
 
I
F
 
Y
N
 
D
R
|
R
A
 
E
T
 
T
G
 
G
E
 
E
I
 
I
S
 
H
Y
 
Y
G
 
G
R
 
R
V
 
V
P
 
P
S
 
A
G
 
G
S
 
S
V
 
V
V
 
V
V
|
V
S
 
S
G
 
G
N
 
N
L
 
L
P
 
P
K
 
-
T
 
-
A
 
-
A
 
S
N
 
K
G
 
D
A
 
G
P
 
S
Y
 
Y
S
 
S
M
 
L
Y
 
Y
A
 
C
A
 
A
I
 
V
I
 
I
V
 
V
K
|
K
Q
 
K
V
 
V
D
 
D
A
 
A
Q
x
K
T
|
T
R
 
R
S
 
G
K
|
K
T
 
V
S
 
G
I
 
I
N
 
N
D
 
E
L
 
L
L
 
L
R
 
R

2tdtA Complex of tetrahydrodipicolinate n-succinyltransferase with 2- aminopimelate and coenzyme a (see paper)
66% identity, 99% coverage: 3:276/277 of query aligns to 2:271/274 of 2tdtA

query
sites
2tdtA
Q
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
Q
 
Q
T
 
N
I
 
V
I
 
I
D
 
E
N
 
S
A
 
A
W
 
F
D
 
E
N
 
R
R
 
R
A
 
A
S
 
D
L
 
I
S
 
T
P
 
P
A
 
A
A
 
N
A
 
V
P
 
D
K
 
T
E
 
V
I
 
T
Q
 
R
D
 
E
A
 
A
V
 
V
E
 
N
H
 
Q
V
 
V
I
 
I
A
 
G
E
 
L
L
 
L
N
 
D
N
 
S
G
 
G
T
 
A
L
 
L
R
 
R
V
 
V
A
 
A
T
 
E
R
 
K
E
 
I
G
 
D
V
 
-
G
 
G
Q
 
Q
W
 
W
T
 
V
V
 
T
H
 
H
Q
 
Q
W
 
W
I
 
L
K
 
K
K
 
K
A
 
A
V
 
V
L
 
L
L
 
L
S
 
S
F
 
F
R
 
R
L
 
I
K
 
N
D
 
D
N
 
N
E
 
K
V
 
V
V
 
M
K
 
D
A
 
G
G
 
A
D
 
E
L
 
T
G
 
R
F
 
Y
Y
 
Y
D
 
D
K
 
K
V
 
V
Q
 
P
T
 
M
K
 
K
F
 
F
A
 
A
H
 
D
L
 
Y
S
 
D
E
 
E
E
 
A
E
 
R
M
 
F
K
 
Q
A
 
K
T
 
E
G
 
G
V
 
F
R
|
R
V
 
V
V
 
V
P
 
P
P
 
P
A
 
A
V
 
T
A
 
V
R
 
R
R
 
Q
G
 
G
S
 
A
F
 
F
I
 
I
A
 
A
K
 
R
G
 
N
A
 
T
I
 
V
L
 
L
M
|
M
P
 
P
S
 
S
Y
 
Y
V
 
V
N
 
N
I
 
I
G
 
G
A
 
A
Y
 
Y
V
 
V
G
 
D
E
 
E
G
 
G
T
 
T
M
|
M
V
 
V
D
|
D
T
 
T
W
 
W
A
 
A
T
 
T
V
 
V
G
 
G
S
 
S
C
 
C
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
G
 
G
S
 
K
N
 
N
V
 
V
H
 
H
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
V
 
V
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
|
G
V
 
V
L
 
L
E
 
E
P
 
P
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
G
 
N
P
 
P
T
 
T
I
 
I
I
 
I
E
 
E
D
 
D
N
 
N
C
 
C
F
|
F
I
 
I
G
|
G
A
 
A
R
 
R
S
 
S
E
|
E
V
 
V
V
 
V
E
 
E
G
 
G
V
 
V
V
 
I
V
 
V
E
 
E
E
 
E
N
 
G
S
 
S
V
 
V
L
 
I
G
x
S
M
|
M
G
 
G
V
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
S
 
S
T
 
T
P
 
R
I
 
I
F
 
Y
N
 
D
R
|
R
A
 
E
T
 
T
G
 
G
E
 
E
I
 
I
S
 
H
Y
 
Y
G
 
G
R
 
R
V
 
V
P
 
P
S
 
A
G
 
G
S
 
S
V
 
V
V
 
V
V
 
V
S
 
S
G
 
G
N
 
N
L
 
L
P
 
P
K
 
-
T
 
-
A
 
-
A
 
S
N
 
K
G
 
D
A
 
G
P
 
S
Y
 
Y
S
 
S
M
 
L
Y
 
Y
A
 
C
A
 
A
I
 
V
I
 
I
V
 
V
K
|
K
Q
 
K
V
 
V
D
 
D
A
 
A
Q
x
K
T
|
T
R
 
R
S
 
G
K
|
K
T
 
V
S
 
G
I
 
I
N
 
N
D
 
E
L
 
L
L
 
L
R
 
R

1kgtA Crystal structure of tetrahydrodipicolinate n-succinyltransferase in complex with pimelate and succinyl-coa (see paper)
66% identity, 99% coverage: 3:276/277 of query aligns to 2:271/274 of 1kgtA

query
sites
1kgtA
Q
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
Q
 
Q
T
 
N
I
 
V
I
 
I
D
 
E
N
 
S
A
 
A
W
 
F
D
 
E
N
 
R
R
 
R
A
 
A
S
 
D
L
 
I
S
 
T
P
 
P
A
 
A
A
 
N
A
 
V
P
 
D
K
 
T
E
 
V
I
 
T
Q
 
R
D
 
E
A
 
A
V
 
V
E
 
N
H
 
Q
V
 
V
I
 
I
A
 
G
E
 
L
L
 
L
N
 
D
N
 
S
G
 
G
T
 
A
L
 
L
R
 
R
V
 
V
A
 
A
T
 
E
R
 
K
E
 
I
G
 
D
V
 
-
G
 
G
Q
 
Q
W
 
W
T
 
V
V
 
T
H
 
H
Q
 
Q
W
 
W
I
 
L
K
 
K
K
 
K
A
 
A
V
 
V
L
 
L
L
 
L
S
 
S
F
 
F
R
 
R
L
 
I
K
 
N
D
 
D
N
 
N
E
 
K
V
 
V
V
 
M
K
 
D
A
 
G
G
 
A
D
 
E
L
 
T
G
 
R
F
 
Y
Y
 
Y
D
 
D
K
 
K
V
 
V
Q
 
P
T
 
M
K
 
K
F
 
F
A
 
A
H
 
D
L
 
Y
S
 
D
E
 
E
E
 
A
E
 
R
M
 
F
K
 
Q
A
 
K
T
 
E
G
 
G
V
 
F
R
|
R
V
 
V
V
 
V
P
 
P
P
 
P
A
 
A
V
 
T
A
 
V
R
 
R
R
 
Q
G
 
G
S
 
A
F
 
F
I
 
I
A
 
A
K
 
R
G
 
N
A
 
T
I
 
V
L
 
L
M
|
M
P
 
P
S
 
S
Y
 
Y
V
 
V
N
 
N
I
 
I
G
 
G
A
 
A
Y
 
Y
V
 
V
G
 
D
E
 
E
G
 
G
T
 
T
M
|
M
V
 
V
D
|
D
T
 
T
W
 
W
A
 
A
T
 
T
V
 
V
G
 
G
S
 
S
C
 
C
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
G
 
G
S
 
K
N
 
N
V
 
V
H
 
H
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
V
 
V
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
|
G
V
 
V
L
 
L
E
 
E
P
 
P
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
G
 
N
P
 
P
T
 
T
I
 
I
I
 
I
E
 
E
D
 
D
N
 
N
C
 
C
F
 
F
I
 
I
G
 
G
A
|
A
R
 
R
S
 
S
E
|
E
V
 
V
V
 
V
E
 
E
G
 
G
V
 
V
V
 
I
V
 
V
E
 
E
E
 
E
N
 
G
S
 
S
V
 
V
L
 
I
G
x
S
M
 
M
G
 
G
V
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
S
 
S
T
 
T
P
 
R
I
 
I
F
 
Y
N
 
D
R
|
R
A
 
E
T
 
T
G
 
G
E
 
E
I
 
I
S
 
H
Y
 
Y
G
 
G
R
 
R
V
 
V
P
 
P
S
 
A
G
 
G
S
 
S
V
 
V
V
 
V
V
 
V
S
 
S
G
 
G
N
 
N
L
 
L
P
 
P
K
 
-
T
 
-
A
 
-
A
 
S
N
 
K
G
 
D
A
 
G
P
 
S
Y
 
Y
S
 
S
M
 
L
Y
 
Y
A
 
C
A
 
A
I
 
V
I
 
I
V
 
V
K
 
K
Q
 
K
V
 
V
D
 
D
A
 
A
Q
x
K
T
|
T
R
 
R
S
 
G
K
|
K
T
 
V
S
 
G
I
 
I
N
 
N
D
 
E
L
 
L
L
 
L
R
 
R

1kgqA Crystal structure of tetrahydrodipicolinate n-succinyltransferase in complex with l-2-aminopimelate and succinamide-coa (see paper)
66% identity, 99% coverage: 3:276/277 of query aligns to 2:271/274 of 1kgqA

query
sites
1kgqA
Q
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
Q
 
Q
T
 
N
I
 
V
I
 
I
D
 
E
N
 
S
A
 
A
W
 
F
D
 
E
N
 
R
R
 
R
A
 
A
S
 
D
L
 
I
S
 
T
P
 
P
A
 
A
A
 
N
A
 
V
P
 
D
K
 
T
E
 
V
I
 
T
Q
 
R
D
 
E
A
 
A
V
 
V
E
 
N
H
 
Q
V
 
V
I
 
I
A
 
G
E
 
L
L
 
L
N
 
D
N
 
S
G
 
G
T
 
A
L
 
L
R
 
R
V
 
V
A
 
A
T
 
E
R
 
K
E
 
I
G
 
D
V
 
-
G
 
G
Q
 
Q
W
 
W
T
 
V
V
 
T
H
 
H
Q
 
Q
W
 
W
I
 
L
K
 
K
K
 
K
A
 
A
V
 
V
L
 
L
L
 
L
S
 
S
F
 
F
R
 
R
L
 
I
K
 
N
D
 
D
N
 
N
E
 
K
V
 
V
V
 
M
K
 
D
A
 
G
G
 
A
D
 
E
L
 
T
G
 
R
F
 
Y
Y
 
Y
D
 
D
K
 
K
V
 
V
Q
 
P
T
 
M
K
 
K
F
 
F
A
 
A
H
 
D
L
 
Y
S
 
D
E
 
E
E
 
A
E
 
R
M
 
F
K
 
Q
A
 
K
T
 
E
G
 
G
V
 
F
R
|
R
V
 
V
V
 
V
P
 
P
P
 
P
A
 
A
V
 
T
A
 
V
R
 
R
R
 
Q
G
 
G
S
 
A
F
 
F
I
 
I
A
 
A
K
 
R
G
 
N
A
 
T
I
 
V
L
 
L
M
|
M
P
 
P
S
 
S
Y
 
Y
V
 
V
N
 
N
I
 
I
G
 
G
A
 
A
Y
 
Y
V
 
V
G
 
D
E
 
E
G
 
G
T
 
T
M
|
M
V
 
V
D
|
D
T
 
T
W
 
W
A
 
A
T
 
T
V
 
V
G
 
G
S
 
S
C
 
C
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
G
 
G
S
 
K
N
 
N
V
 
V
H
 
H
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
V
 
V
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
|
G
V
 
V
L
 
L
E
 
E
P
 
P
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
G
 
N
P
 
P
T
 
T
I
 
I
I
 
I
E
 
E
D
 
D
N
 
N
C
 
C
F
|
F
I
 
I
G
|
G
A
 
A
R
 
R
S
 
S
E
|
E
V
 
V
V
 
V
E
 
E
G
 
G
V
 
V
V
 
I
V
 
V
E
 
E
E
 
E
N
 
G
S
 
S
V
 
V
L
 
I
G
x
S
M
|
M
G
 
G
V
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
S
 
S
T
 
T
P
 
R
I
 
I
F
 
Y
N
 
D
R
|
R
A
 
E
T
 
T
G
 
G
E
 
E
I
 
I
S
 
H
Y
 
Y
G
 
G
R
 
R
V
 
V
P
 
P
S
 
A
G
 
G
S
 
S
V
 
V
V
 
V
V
|
V
S
 
S
G
 
G
N
 
N
L
 
L
P
 
P
K
 
-
T
 
-
A
 
-
A
 
S
N
 
K
G
 
D
A
 
G
P
 
S
Y
 
Y
S
 
S
M
 
L
Y
 
Y
A
 
C
A
 
A
I
 
V
I
 
I
V
 
V
K
|
K
Q
 
K
V
 
V
D
 
D
A
 
A
Q
x
K
T
|
T
R
 
R
S
 
G
K
|
K
T
 
V
S
 
G
I
 
I
N
 
N
D
 
E
L
 
L
L
 
L
R
 
R

3r8yA Structure of the bacillus anthracis tetrahydropicolinate succinyltransferase
41% identity, 35% coverage: 99:196/277 of query aligns to 70:168/203 of 3r8yA

query
sites
3r8yA
E
 
D
M
 
L
K
 
K
A
 
G
T
 
I
G
 
K
V
 
A
R
 
R
V
 
I
V
 
E
P
 
P
P
 
G
A
 
A
V
 
I
A
 
I
R
 
R
R
 
D
G
 
H
S
 
V
F
 
E
I
 
I
A
 
G
K
 
D
G
 
N
A
 
A
-
 
V
I
 
I
L
 
M
M
 
M
P
 
N
S
 
A
Y
 
T
V
 
I
N
 
N
I
 
I
G
 
G
A
 
A
Y
 
V
V
 
I
G
 
G
E
 
E
G
 
G
T
 
S
M
 
M
V
 
I
D
|
D
T
 
M
W
 
N
A
 
A
T
 
V
V
 
L
G
|
G
S
x
G
C
 
R
A
 
A
Q
 
T
I
 
V
G
 
G
S
 
K
N
 
N
V
 
C
H
 
H
L
 
V
S
 
G
G
 
A
G
 
G
V
 
A
G
 
V
I
 
L
G
 
A
G
|
G
V
 
V
L
 
I
E
 
E
P
 
P
L
 
P
Q
 
S
A
 
A
G
 
K
P
 
P
T
 
V
I
 
I
I
 
V
E
 
E
D
 
D
N
 
D
C
 
V
F
 
V
I
 
I
G
 
G
A
 
A
R
 
N
S
 
V
E
x
V
V
 
V
V
 
L
E
 
E
G
 
G
V
 
V

7kr9A Bifunctional enzyme glmu bound to zn(ii) (see paper)
30% identity, 43% coverage: 97:215/277 of query aligns to 309:425/453 of 7kr9A

query
sites
7kr9A
E
|
E
E
 
E
E
 
S
M
 
S
K
 
V
A
 
A
T
 
D
G
 
G
V
 
V
R
 
T
V
 
V
V
 
G
P
 
P
P
 
Y
A
 
A
V
x
H
A
 
I
R
 
R
R
 
P
G
 
N
S
 
S
F
 
S
I
 
L
A
 
G
K
 
-
G
 
A
A
 
Q
I
 
V
L
 
H
M
 
I
P
 
G
S
 
N
Y
 
F
V
 
V
N
 
E
I
 
V
-
 
K
G
 
G
A
 
S
Y
 
S
V
 
I
G
 
G
E
 
E
G
 
N
T
 
T
M
 
K
V
 
A
D
 
G
T
 
H
W
 
L
A
 
T
T
x
Y
V
 
I
G
 
G
S
 
N
C
 
C
A
 
-
Q
 
E
I
 
V
G
 
G
S
 
S
N
 
N
V
 
V
H
 
N
L
 
F
S
 
G
G
 
A
G
 
G
V
 
T
G
 
-
I
 
I
G
 
T
G
x
V
V
x
N
L
x
Y
E
 
D
P
 
G
L
 
K
Q
 
N
A
 
K
G
 
Y
P
 
K
T
 
T
I
 
V
I
 
I
E
 
G
D
 
D
N
 
N
C
 
V
F
 
F
I
 
V
G
 
G
A
 
S
R
 
N
S
 
S
E
 
T
V
 
I
V
 
I
E
 
A
G
 
P
V
 
V
V
 
E
V
 
L
E
 
G
E
 
D
N
 
N
S
 
S
V
 
L
L
 
V
G
 
G
M
 
A
G
 
G
V
 
S
Y
 
T
L
 
I
G
 
T
Q
 
K
S
 
D
T
 
V
P
 
P

1hm9A Crystal structure of s.Pneumoniae n-acetylglucosamine-1-phosphate uridyltransferase, glmu, bound to acetyl coenzyme a and udp-n- acetylglucosamine (see paper)
30% identity, 43% coverage: 97:215/277 of query aligns to 314:430/458 of 1hm9A

query
sites
1hm9A
E
 
E
E
 
E
E
 
S
M
 
S
K
 
V
A
 
A
T
 
D
G
 
G
V
 
V
R
 
T
V
 
V
V
 
G
P
 
P
P
 
Y
A
 
A
V
 
H
A
 
I
R
 
R
R
 
P
G
 
N
S
 
S
F
 
S
I
 
L
A
 
G
K
 
-
G
 
A
A
 
Q
I
 
V
L
 
H
M
 
I
P
 
G
S
 
N
Y
 
F
V
 
V
N
 
E
I
 
V
-
 
K
G
 
G
A
 
S
Y
 
S
V
 
I
G
 
G
E
 
E
G
 
N
T
 
T
M
 
K
V
 
A
D
 
G
T
 
H
W
 
L
A
 
T
T
x
Y
V
 
I
G
 
G
S
 
N
C
 
C
A
 
-
Q
 
E
I
 
V
G
 
G
S
 
S
N
 
N
V
 
V
H
 
N
L
 
F
S
 
G
G
 
A
G
 
G
V
 
T
G
 
-
I
 
I
G
 
T
G
x
V
V
x
N
L
x
Y
E
 
D
P
 
G
L
 
K
Q
 
N
A
 
K
G
 
Y
P
 
K
T
 
T
I
 
V
I
 
I
E
 
G
D
|
D
N
 
N
C
 
V
F
 
F
I
 
V
G
 
G
A
 
S
R
 
N
S
 
S
E
 
T
V
 
I
V
 
I
E
 
A
G
 
P
V
 
V
V
 
E
V
 
L
E
 
G
E
x
D
N
 
N
S
 
S
V
 
L
L
 
V
G
 
G
M
 
A
G
 
G
V
 
S
Y
 
T
L
 
I
G
 
T
Q
 
K
S
 
D
T
 
V
P
 
P

Sites not aligning to the query:

1hm8A Crystal structure of s.Pneumoniae n-acetylglucosamine-1-phosphate uridyltransferase, glmu, bound to acetyl coenzyme a (see paper)
30% identity, 43% coverage: 97:215/277 of query aligns to 314:430/458 of 1hm8A

query
sites
1hm8A
E
 
E
E
 
E
E
 
S
M
 
S
K
 
V
A
 
A
T
 
D
G
 
G
V
 
V
R
 
T
V
 
V
V
 
G
P
 
P
P
 
Y
A
 
A
V
 
H
A
 
I
R
 
R
R
 
P
G
 
N
S
 
S
F
 
S
I
 
L
A
 
G
K
 
-
G
 
A
A
 
Q
I
 
V
L
 
H
M
 
I
P
 
G
S
 
N
Y
 
F
V
 
V
N
 
E
I
 
V
-
 
K
G
 
G
A
 
S
Y
 
S
V
 
I
G
 
G
E
 
E
G
 
N
T
 
T
M
 
K
V
 
A
D
 
G
T
 
H
W
 
L
A
 
T
T
 
Y
V
 
I
G
 
G
S
 
N
C
 
C
A
 
-
Q
 
E
I
 
V
G
 
G
S
 
S
N
 
N
V
 
V
H
 
N
L
 
F
S
 
G
G
 
A
G
 
G
V
 
T
G
 
-
I
 
I
G
 
T
G
x
V
V
 
N
L
x
Y
E
 
D
P
 
G
L
 
K
Q
 
N
A
 
K
G
 
Y
P
 
K
T
 
T
I
 
V
I
 
I
E
 
G
D
 
D
N
 
N
C
 
V
F
 
F
I
 
V
G
 
G
A
 
S
R
 
N
S
 
S
E
 
T
V
 
I
V
 
I
E
 
A
G
 
P
V
 
V
V
 
E
V
 
L
E
 
G
E
 
D
N
 
N
S
 
S
V
 
L
L
 
V
G
 
G
M
 
A
G
 
G
V
 
S
Y
 
T
L
 
I
G
 
T
Q
 
K
S
 
D
T
 
V
P
 
P

Sites not aligning to the query:

4ac3A S.Pneumoniae glmu in complex with an antibacterial inhibitor (see paper)
30% identity, 43% coverage: 97:215/277 of query aligns to 312:428/456 of 4ac3A

query
sites
4ac3A
E
 
E
E
 
E
E
 
S
M
 
S
K
 
V
A
 
A
T
 
D
G
 
G
V
 
V
R
 
T
V
 
V
V
 
G
P
 
P
P
 
Y
A
 
A
V
 
H
A
 
I
R
 
R
R
 
P
G
 
N
S
 
S
F
 
S
I
 
L
A
 
G
K
 
-
G
 
A
A
 
Q
I
 
V
L
 
H
M
 
I
P
 
G
S
 
N
Y
 
F
V
 
V
N
 
E
I
 
V
-
 
K
G
 
G
A
 
S
Y
 
S
V
 
I
G
 
G
E
 
E
G
 
N
T
 
T
M
 
K
V
 
A
D
 
G
T
 
H
W
 
L
A
 
T
T
 
Y
V
 
I
G
 
G
S
 
N
C
 
C
A
 
-
Q
 
E
I
 
V
G
 
G
S
 
S
N
 
N
V
 
V
H
 
N
L
 
F
S
 
G
G
 
A
G
 
G
V
 
T
G
 
-
I
 
I
G
 
T
G
x
V
V
 
N
L
x
Y
E
x
D
P
 
G
L
 
K
Q
 
N
A
 
K
G
 
Y
P
 
K
T
 
T
I
 
V
I
 
I
E
 
G
D
 
D
N
 
N
C
 
V
F
 
F
I
 
V
G
 
G
A
 
S
R
 
N
S
 
S
E
 
T
V
 
I
V
x
I
E
 
A
G
 
P
V
 
V
V
 
E
V
 
L
E
 
G
E
 
D
N
 
N
S
 
S
V
 
L
L
 
V
G
 
G
M
 
A
G
 
G
V
 
S
Y
 
T
L
 
I
G
 
T
Q
 
K
S
 
D
T
 
V
P
 
P

Sites not aligning to the query:

4aawA S.Pneumoniae glmu in complex with an antibacterial inhibitor (see paper)
30% identity, 43% coverage: 97:215/277 of query aligns to 311:427/455 of 4aawA

query
sites
4aawA
E
 
E
E
 
E
E
 
S
M
 
S
K
 
V
A
 
A
T
 
D
G
 
G
V
 
V
R
 
T
V
 
V
V
 
G
P
 
P
P
 
Y
A
 
A
V
 
H
A
 
I
R
 
R
R
 
P
G
 
N
S
 
S
F
 
S
I
 
L
A
 
G
K
 
-
G
 
A
A
 
Q
I
 
V
L
 
H
M
 
I
P
 
G
S
 
N
Y
 
F
V
 
V
N
 
E
I
 
V
-
 
K
G
 
G
A
 
S
Y
 
S
V
 
I
G
 
G
E
 
E
G
 
N
T
 
T
M
 
K
V
 
A
D
 
G
T
 
H
W
 
L
A
 
T
T
 
Y
V
 
I
G
 
G
S
 
N
C
 
C
A
 
-
Q
 
E
I
 
V
G
 
G
S
 
S
N
 
N
V
 
V
H
 
N
L
 
F
S
 
G
G
 
A
G
 
G
V
 
T
G
 
-
I
 
I
G
 
T
G
x
V
V
 
N
L
x
Y
E
x
D
P
 
G
L
 
K
Q
 
N
A
 
K
G
 
Y
P
 
K
T
 
T
I
 
V
I
 
I
E
 
G
D
 
D
N
 
N
C
 
V
F
 
F
I
 
V
G
 
G
A
 
S
R
 
N
S
 
S
E
 
T
V
 
I
V
x
I
E
 
A
G
 
P
V
 
V
V
 
E
V
 
L
E
 
G
E
 
D
N
 
N
S
 
S
V
 
L
L
 
V
G
 
G
M
 
A
G
 
G
V
 
S
Y
 
T
L
 
I
G
 
T
Q
 
K
S
 
D
T
 
V
P
 
P

Sites not aligning to the query:

Q97R46 Bifunctional protein GlmU; EC 2.7.7.23; EC 2.3.1.157 from Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain ATCC BAA-334 / TIGR4) (see 2 papers)
29% identity, 43% coverage: 97:215/277 of query aligns to 315:431/459 of Q97R46

query
sites
Q97R46
E
 
E
E
 
E
E
 
S
M
 
S
K
 
V
A
 
A
T
 
D
G
 
G
V
 
V
R
 
I
V
 
V
V
 
G
P
 
P
P
 
Y
A
 
A
V
 
H
A
 
I
R
 
R
R
 
P
G
 
N
S
 
S
F
 
S
I
 
L
A
 
G
K
 
-
G
 
A
A
 
Q
I
 
V
L
 
H
M
 
I
P
 
G
S
 
N
Y
 
F
V
 
V
N
 
E
I
 
V
-
 
K
G
 
G
A
 
S
Y
 
S
V
 
I
G
 
G
E
 
E
G
 
N
T
 
T
M
 
K
V
 
A
D
 
G
T
 
H
W
 
L
A
 
T
T
 
Y
V
 
I
G
 
G
S
 
N
C
 
C
A
 
-
Q
 
E
I
 
V
G
 
G
S
 
S
N
 
N
V
 
V
H
 
N
L
 
F
S
 
G
G
 
A
G
 
G
V
 
T
G
 
-
I
 
I
G
 
T
G
 
V
V
x
N
L
x
Y
E
 
D
P
 
G
L
 
K
Q
 
N
A
 
K
G
 
Y
P
 
K
T
 
T
I
 
V
I
 
I
E
 
G
D
 
N
N
 
N
C
 
V
F
 
F
I
 
V
G
 
G
A
 
S
R
 
N
S
 
S
E
 
T
V
 
I
V
 
I
E
 
A
G
 
P
V
 
V
V
 
E
V
 
L
E
 
G
E
 
D
N
 
N
S
 
S
V
 
L
L
 
V
G
 
G
M
 
A
G
 
G
V
 
S
Y
 
T
L
 
I
G
 
T
Q
 
K
S
 
D
T
 
V
P
 
P

Sites not aligning to the query:

1g97A S.Pneumoniae glmu complexed with udp-n-acetylglucosamine and mg2+ (see paper)
29% identity, 43% coverage: 97:215/277 of query aligns to 314:430/446 of 1g97A

query
sites
1g97A
E
 
E
E
 
E
E
 
S
M
 
S
K
 
V
A
 
A
T
 
D
G
 
G
V
 
V
R
 
I
V
 
V
V
 
G
P
 
P
P
 
Y
A
 
A
V
 
H
A
 
I
R
 
R
R
 
P
G
 
N
S
 
S
F
 
S
I
 
L
A
 
G
K
 
-
G
 
A
A
 
Q
I
 
V
L
 
H
M
 
I
P
 
G
S
 
N
Y
 
F
V
 
V
N
 
E
I
 
V
-
 
K
G
 
G
A
 
S
Y
 
S
V
 
I
G
 
G
E
 
E
G
 
N
T
 
T
M
 
K
V
 
A
D
 
G
T
 
H
W
 
L
A
 
T
T
 
Y
V
 
I
G
 
G
S
 
N
C
 
C
A
 
-
Q
 
E
I
 
V
G
 
G
S
 
S
N
 
N
V
 
V
H
 
N
L
 
F
S
 
G
G
 
A
G
 
G
V
 
T
G
 
-
I
 
I
G
 
T
G
 
V
V
 
N
L
 
Y
E
 
D
P
 
G
L
 
K
Q
 
N
A
 
K
G
 
Y
P
 
K
T
 
T
I
 
V
I
 
I
E
 
G
D
 
N
N
 
N
C
 
V
F
 
F
I
 
V
G
 
G
A
 
S
R
 
N
S
 
S
E
 
T
V
 
I
V
 
I
E
 
A
G
 
P
V
 
V
V
 
E
V
 
L
E
 
G
E
 
D
N
 
N
S
 
S
V
 
L
L
 
V
G
 
G
M
 
A
G
 
G
V
 
S
Y
 
T
L
 
I
G
 
T
Q
 
K
S
 
D
T
 
V
P
 
P

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>Ac3H11_2296 FitnessBrowser__acidovorax_3H11:Ac3H11_2296
MTQQLQTIIDNAWDNRASLSPAAAPKEIQDAVEHVIAELNNGTLRVATREGVGQWTVHQW
IKKAVLLSFRLKDNEVVKAGDLGFYDKVQTKFAHLSEEEMKATGVRVVPPAVARRGSFIA
KGAILMPSYVNIGAYVGEGTMVDTWATVGSCAQIGSNVHLSGGVGIGGVLEPLQAGPTII
EDNCFIGARSEVVEGVVVEENSVLGMGVYLGQSTPIFNRATGEISYGRVPSGSVVVSGNL
PKTAANGAPYSMYAAIIVKQVDAQTRSKTSINDLLRD

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory