SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing Ac3H11_2879 FitnessBrowser__acidovorax_3H11:Ac3H11_2879 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

2ioyA Crystal structure of thermoanaerobacter tengcongensis ribose binding protein (see paper)
31% identity, 86% coverage: 36:316/325 of query aligns to 3:274/274 of 2ioyA

query
sites
2ioyA
V
 
I
G
 
G
V
 
L
A
 
V
I
 
I
P
 
S
S
 
T
A
 
L
T
 
N
H
x
N
G
 
P
F
|
F
T
x
F
G
 
V
G
 
T
I
 
L
V
 
K
Y
 
N
W
 
G
A
 
A
N
 
E
Q
 
E
A
 
K
K
 
A
K
 
K
D
 
E
L
 
L
E
 
-
K
 
-
A
 
-
H
 
-
P
 
-
G
 
G
L
 
Y
Q
 
K
V
 
I
I
 
I
V
 
V
K
 
E
-
 
D
T
 
S
A
 
Q
G
 
N
G
 
D
A
 
S
P
 
S
E
 
K
Q
 
E
A
 
L
N
 
S
Q
 
N
L
 
V
Q
 
E
D
 
D
L
 
L
V
 
I
T
 
Q
V
 
-
N
 
Q
K
 
K
I
 
V
N
 
D
A
 
V
L
 
L
V
 
L
I
 
I
F
 
N
P
 
P
F
 
V
E
 
D
S
 
S
A
 
D
A
 
A
L
 
V
T
 
V
K
 
T
P
 
A
V
 
I
A
 
K
Q
 
E
V
 
A
K
 
N
A
 
S
K
 
K
G
 
N
V
 
I
Y
 
P
V
 
V
T
 
I
V
 
T
V
 
I
D
|
D
R
|
R
G
 
S
L
 
A
T
 
N
D
 
G
T
 
G
S
 
D
A
 
V
Q
 
V
D
 
-
A
 
C
Y
 
H
V
 
I
A
 
A
G
 
S
D
 
D
N
 
N
T
 
V
A
 
K
F
 
G
G
 
G
K
 
E
I
 
M
P
 
A
A
 
A
E
 
E
Y
 
F
I
 
I
A
 
A
K
 
K
A
 
A
L
 
L
G
 
K
G
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
V
 
V
V
 
V
A
 
E
M
 
L
R
 
E
G
 
G
I
 
I
-
 
P
A
 
G
T
 
A
T
 
S
L
x
A
D
 
A
N
 
R
E
 
D
R
|
R
M
 
G
D
 
K
A
 
G
F
 
F
N
 
D
S
 
E
V
 
A
L
 
I
K
 
A
N
 
K
H
 
Y
P
 
P
G
 
D
I
 
I
K
 
K
L
 
I
L
 
V
D
 
A
A
 
K
K
 
Q
Y
 
A
A
 
A
N
 
D
W
x
F
N
 
D
R
 
R
D
 
S
D
 
K
A
 
G
F
 
L
K
 
S
V
 
V
M
 
M
Q
 
E
D
 
N
Y
 
I
L
 
L
T
 
Q
R
 
A
F
 
Q
P
 
P
Q
 
K
I
 
I
D
 
D
A
 
A
V
 
V
W
 
F
A
 
A
A
 
Q
D
x
N
D
 
D
D
 
E
M
 
M
A
 
A
V
 
L
G
 
G
V
 
A
L
 
I
K
 
K
A
 
A
I
 
I
E
 
E
Q
 
A
A
 
A
K
 
N
R
 
R
K
 
Q
D
 
G
I
 
I
K
 
-
L
 
I
V
 
V
F
 
V
G
 
G
G
 
F
A
x
D
G
 
G
A
 
T
K
 
E
G
 
D
M
 
A
I
 
L
K
 
K
T
 
A
L
 
I
M
 
K
D
 
E
G
 
G
S
 
K
N
 
-
P
 
-
M
 
-
I
 
M
Q
 
A
A
 
A
N
 
T
V
 
I
S
 
A
Y
x
Q
S
 
Q
P
 
P
K
 
A
F
 
L
I
 
M
Y
 
G
D
 
S
S
 
L
I
 
G
K
 
V
L
 
E
T
 
M
A
 
A
E
 
D
A
 
K
R
 
Y
I
 
L
K
 
K
G
 
G
E
 
E
K
 
K
L
 
I
P
 
P
A
 
-
N
 
-
T
 
N
I
 
F
I
 
I
P
 
P
S
 
A
V
 
E
-
 
L
-
 
K
L
 
L
I
 
I
T
 
T
K
 
K
E
 
E
T
 
N
A
 
V
K
 
Q

A0QYB5 D-threitol-binding protein from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
30% identity, 72% coverage: 16:250/325 of query aligns to 3:246/349 of A0QYB5

query
sites
A0QYB5
V
 
L
G
 
G
A
 
T
A
 
T
A
 
A
F
 
F
A
 
A
L
 
I
A
 
A
A
 
S
P
 
A
A
 
T
M
 
A
A
 
L
Q
 
G
A
 
L
N
 
G
K
 
L
T
 
T
V
 
A
V
 
C
G
 
G
V
 
A
A
 
G
I
 
D
P
 
P
S
 
A
A
 
A
T
 
N
H
 
S
G
 
D
F
 
T
T
 
T
-
 
R
-
 
I
G
 
G
G
 
V
I
 
T
V
 
V
Y
|
Y
-
 
D
-
 
M
-
 
S
-
 
S
-
 
F
-
 
I
W
 
T
A
 
A
N
 
G
Q
 
K
A
 
E
K
 
G
K
 
M
D
 
D
L
 
A
E
 
Y
K
 
A
A
 
K
H
 
D
P
 
N
G
 
N
L
 
I
Q
 
E
V
 
L
I
 
I
V
 
W
K
 
N
T
 
S
A
 
A
G
 
N
-
 
L
G
 
D
A
 
V
P
 
S
E
 
T
Q
 
Q
A
 
A
N
 
S
Q
 
Q
L
 
V
Q
 
D
D
 
S
L
 
M
V
 
I
T
 
N
V
 
-
N
 
Q
K
 
G
I
 
V
N
 
D
A
 
A
L
 
I
V
 
I
I
 
V
F
 
V
P
 
P
F
 
V
E
 
Q
S
 
A
A
 
D
A
 
S
L
 
L
T
 
A
K
 
P
P
 
Q
V
 
V
A
 
A
Q
 
S
V
 
A
K
 
K
A
 
A
K
 
K
G
 
G
V
 
I
Y
 
P
V
 
L
T
 
V
V
 
P
V
 
V
D
x
N
R
 
A
G
 
A
L
 
L
T
 
-
D
 
D
T
 
S
S
 
K
A
 
D
Q
 
I
D
 
A
A
 
G
Y
 
N
V
 
V
A
 
Q
G
 
P
D
 
D
N
 
D
T
 
V
A
 
A
F
 
A
G
 
G
K
 
A
I
 
Q
P
 
E
A
 
M
E
 
Q
Y
 
M
I
 
M
A
 
A
K
 
D
A
 
R
L
 
L
G
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
V
 
I
V
 
V
A
 
I
M
 
L
R
 
Q
G
 
G
-
 
P
I
 
L
A
 
G
T
 
Q
T
 
S
L
 
G
D
 
E
N
 
L
E
 
D
R
|
R
M
 
S
D
 
K
A
 
G
F
 
I
N
 
E
S
 
Q
V
 
V
L
 
L
K
 
A
N
 
K
H
 
Y
P
 
P
G
 
D
I
 
I
K
 
K
L
 
V
L
 
L
D
 
A
A
 
K
K
 
D
Y
 
T
A
 
A
N
 
N
W
 
W
N
 
K
R
 
R
D
 
D
D
 
E
A
 
A
F
 
V
K
 
N
V
 
K
M
 
M
Q
 
K
D
 
N
Y
 
W
L
 
I
T
 
S
R
 
G
F
 
F
-
 
G
P
 
P
Q
 
Q
I
 
I
D
 
D
A
 
G
V
 
V
W
 
V
A
 
A
A
 
Q
D
x
N
D
 
D
D
 
D
M
 
M
A
 
G
V
 
L
G
 
G
V
 
A
L
 
L
K
 
Q
A
 
A
I
 
L
E
 
K
Q
 
E
A
 
S
K
 
G
R
 
R
K
 
T
D
 
G
I
 
V
K
 
P
L
 
I
V
 
V

Sites not aligning to the query:

A0QYB3 Xylitol-binding protein from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
30% identity, 71% coverage: 82:313/325 of query aligns to 78:305/349 of A0QYB3

query
sites
A0QYB3
Q
 
Q
A
 
A
N
 
S
Q
 
Q
L
 
V
Q
 
D
D
 
S
L
 
L
V
 
I
T
 
N
V
 
-
N
 
Q
K
 
G
I
 
V
N
 
D
A
 
A
L
 
I
V
 
I
I
 
V
F
 
V
P
 
P
F
 
V
E
 
Q
S
 
A
A
 
D
A
 
S
L
 
L
T
 
G
K
 
P
P
 
Q
V
 
V
A
 
A
Q
 
S
V
 
A
K
 
K
A
 
S
K
 
K
G
 
G
V
 
I
Y
 
P
V
 
L
T
 
L
V
 
A
V
 
V
D
x
N
R
 
A
G
 
A
L
 
L
T
 
-
D
 
E
T
 
T
S
 
P
A
 
D
Q
 
L
D
 
A
A
 
G
Y
 
N
V
 
V
A
 
Q
G
 
P
D
 
D
N
 
D
T
 
V
A
 
A
F
 
A
G
 
G
K
 
A
I
 
Q
P
 
E
A
 
M
E
 
Q
Y
 
M
I
 
M
A
 
A
K
 
D
A
 
R
L
 
L
G
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
V
 
I
V
 
V
A
 
I
M
 
L
R
 
Q
G
 
G
-
 
P
I
 
L
A
 
G
T
 
G
T
 
S
L
 
G
D
 
E
N
 
I
E
 
N
R
|
R
M
 
G
D
 
K
A
 
G
F
 
I
N
 
D
S
 
Q
V
 
V
L
 
L
K
 
A
N
 
K
H
 
Y
P
 
P
G
 
D
I
 
I
K
 
K
L
 
V
L
 
L
D
 
A
A
 
K
K
 
D
Y
 
T
A
 
A
N
 
N
W
 
W
N
 
K
R
 
R
D
 
D
D
 
E
A
 
A
F
 
V
K
 
N
V
 
K
M
 
M
Q
 
K
D
 
N
Y
 
W
L
 
I
T
 
S
R
 
S
F
 
F
-
 
G
P
 
P
Q
 
Q
I
 
I
D
 
D
A
 
G
V
 
V
W
 
V
A
 
A
A
 
Q
D
x
N
D
 
D
D
 
D
M
 
M
A
 
G
V
 
L
G
 
G
V
 
A
L
 
L
K
 
Q
A
 
A
I
 
L
E
 
K
Q
 
E
A
 
A
K
 
G
R
 
R
K
 
T
D
 
G
I
 
V
K
 
P
L
 
I
V
 
V
F
 
G
G
 
-
G
 
-
A
 
-
G
 
-
A
 
-
K
 
-
G
 
-
M
 
-
I
 
I
K
x
D
T
 
G
L
 
I
M
 
E
D
 
D
G
 
G
S
 
L
N
 
N
P
 
A
M
 
V
I
 
-
Q
 
-
A
 
-
N
 
-
V
 
-
S
 
-
Y
 
K
S
 
S
P
 
G
K
 
D
F
 
F
I
 
I
Y
 
G
D
 
T
S
 
S
I
 
L
K
x
Q
-
 
N
-
 
G
-
 
T
-
 
V
-
 
E
-
 
L
-
 
S
-
 
A
-
 
G
-
 
L
L
 
A
T
 
V
A
 
A
E
 
D
A
 
A
R
 
L
I
 
V
K
 
K
G
 
G
E
 
E
K
 
D
L
 
V
P
 
K
A
 
T
N
 
D
T
 
P
I
 
V
I
 
Y
P
 
V
S
 
M
V
 
P
L
 
A
I
 
I
T
 
T
K
 
K
E
 
D

Sites not aligning to the query:

4rs3A Crystal structure of carbohydrate transporter a0qyb3 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510969, in complex with xylitol (see paper)
30% identity, 72% coverage: 82:314/325 of query aligns to 45:273/315 of 4rs3A

query
sites
4rs3A
Q
 
Q
A
 
A
N
 
S
Q
 
Q
L
 
V
Q
 
D
D
 
S
L
 
L
V
 
I
T
 
N
V
 
-
N
 
Q
K
 
G
I
 
V
N
 
D
A
 
A
L
 
I
V
 
I
I
 
V
F
 
V
P
 
P
F
 
V
E
 
Q
S
 
A
A
 
D
A
 
S
L
 
L
T
 
G
K
 
P
P
 
Q
V
 
V
A
 
A
Q
 
S
V
 
A
K
 
K
A
 
S
K
 
K
G
 
G
V
 
I
Y
 
P
V
 
L
T
 
L
V
 
A
V
 
V
D
x
N
R
x
A
G
 
A
L
 
L
T
 
-
D
 
E
T
 
T
S
 
P
A
 
D
Q
 
L
D
 
A
A
 
G
Y
 
N
V
 
V
A
 
Q
G
 
P
D
 
D
N
 
D
T
 
V
A
 
A
F
 
A
G
 
G
K
 
A
I
 
Q
P
 
E
A
 
M
E
 
Q
Y
 
M
I
 
M
A
 
A
K
 
D
A
 
R
L
 
L
G
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
V
 
I
V
 
V
A
 
I
M
 
L
R
 
Q
G
 
G
-
 
P
I
 
L
A
 
G
T
 
G
T
 
S
L
x
G
D
 
E
N
 
I
E
 
N
R
|
R
M
 
G
D
 
K
A
 
G
F
 
I
N
 
D
S
 
Q
V
 
V
L
 
L
K
 
A
N
 
K
H
 
Y
P
 
P
G
 
D
I
 
I
K
 
K
L
 
V
L
 
L
D
 
A
A
 
K
K
 
D
Y
 
T
A
 
A
N
 
N
W
|
W
N
 
K
R
 
R
D
 
D
D
 
E
A
 
A
F
 
V
K
 
N
V
 
K
M
 
M
Q
 
K
D
 
N
Y
 
W
L
 
I
T
 
S
R
 
S
F
 
F
-
 
G
P
 
P
Q
 
Q
I
 
I
D
 
D
A
 
G
V
 
V
W
 
V
A
 
A
A
 
Q
D
x
N
D
 
D
D
 
D
M
 
M
A
 
G
V
 
L
G
 
G
V
 
A
L
 
L
K
 
Q
A
 
A
I
 
L
E
 
K
Q
 
E
A
 
A
K
 
G
R
 
R
K
 
T
D
 
G
I
 
V
K
 
P
L
 
I
V
 
V
F
 
G
G
 
-
G
 
-
A
 
-
G
 
-
A
 
-
K
 
-
G
 
-
M
 
-
I
 
I
K
x
D
T
 
G
L
 
I
M
x
E
D
 
D
G
 
G
S
 
L
N
 
N
P
 
A
M
 
V
I
 
-
Q
 
-
A
 
-
N
 
-
V
 
-
S
 
-
Y
 
K
S
 
S
P
 
G
K
 
D
F
 
F
I
 
I
Y
 
G
D
 
T
S
 
S
I
 
L
K
x
Q
-
 
N
-
 
G
-
 
T
-
 
V
-
 
E
-
 
L
-
 
S
-
 
A
-
 
G
-
 
L
L
 
A
T
 
V
A
 
A
E
 
D
A
 
A
R
 
L
I
 
V
K
 
K
G
 
G
E
 
E
K
 
D
L
 
V
P
 
K
A
 
T
N
 
D
T
 
P
I
 
V
I
 
Y
P
 
V
S
 
M
V
 
P
L
 
A
I
 
I
T
 
T
K
 
K
E
 
D
T
 
N

Sites not aligning to the query:

5hkoA Crystal structure of abc transporter solute binding protein msmeg_3598 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510969, in complex with l-sorbitol
30% identity, 71% coverage: 82:313/325 of query aligns to 45:272/314 of 5hkoA

query
sites
5hkoA
Q
 
Q
A
 
A
N
 
S
Q
 
Q
L
 
V
Q
 
D
D
 
S
L
 
L
V
 
I
T
 
N
V
 
-
N
 
Q
K
 
G
I
 
V
N
 
D
A
 
A
L
 
I
V
 
I
I
 
V
F
 
V
P
 
P
F
 
V
E
 
Q
S
 
A
A
 
D
A
 
S
L
 
L
T
 
G
K
 
P
P
 
Q
V
 
V
A
 
A
Q
 
S
V
 
A
K
 
K
A
 
S
K
 
K
G
 
G
V
 
I
Y
 
P
V
 
L
T
 
L
V
 
A
V
 
V
D
x
N
R
x
A
G
 
A
L
 
L
T
 
-
D
 
E
T
 
T
S
 
P
A
 
D
Q
 
L
D
 
A
A
 
G
Y
 
N
V
 
V
A
 
Q
G
 
P
D
 
D
N
 
D
T
 
V
A
 
A
F
 
A
G
 
G
K
 
A
I
 
Q
P
 
E
A
 
M
E
 
Q
Y
 
M
I
 
M
A
 
A
K
 
D
A
 
R
L
 
L
G
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
V
 
I
V
 
V
A
 
I
M
 
L
R
 
Q
G
 
G
-
 
P
I
 
L
A
 
G
T
 
G
T
 
S
L
x
G
D
 
E
N
 
I
E
 
N
R
|
R
M
 
G
D
 
K
A
 
G
F
 
I
N
 
D
S
 
Q
V
 
V
L
 
L
K
 
A
N
 
K
H
 
Y
P
 
P
G
 
D
I
 
I
K
 
K
L
 
V
L
 
L
D
 
A
A
 
K
K
 
D
Y
 
T
A
 
A
N
 
N
W
|
W
N
 
K
R
 
R
D
 
D
D
 
E
A
 
A
F
 
V
K
 
N
V
 
K
M
 
M
Q
 
K
D
 
N
Y
 
W
L
 
I
T
 
S
R
 
S
F
 
F
-
 
G
P
 
P
Q
 
Q
I
 
I
D
 
D
A
 
G
V
 
V
W
 
V
A
 
A
A
 
Q
D
x
N
D
 
D
D
 
D
M
 
M
A
 
G
V
 
L
G
 
G
V
 
A
L
 
L
K
 
Q
A
 
A
I
 
L
E
 
K
Q
 
E
A
 
A
K
 
G
R
 
R
K
 
T
D
 
G
I
 
V
K
 
P
L
 
I
V
 
V
F
 
G
G
 
-
G
 
-
A
 
-
G
 
-
A
 
-
K
 
-
G
 
-
M
 
-
I
 
I
K
x
D
T
 
G
L
 
I
M
x
E
D
 
D
G
 
G
S
 
L
N
 
N
P
 
A
M
 
V
I
 
-
Q
 
-
A
 
-
N
 
-
V
 
-
S
 
-
Y
 
K
S
 
S
P
 
G
K
 
D
F
 
F
I
 
I
Y
 
G
D
 
T
S
 
S
I
 
L
K
x
Q
-
 
N
-
 
G
-
 
T
-
 
V
-
 
E
-
 
L
-
 
S
-
 
A
-
 
G
-
 
L
L
 
A
T
 
V
A
 
A
E
 
D
A
 
A
R
 
L
I
 
V
K
 
K
G
 
G
E
 
E
K
 
D
L
 
V
P
 
K
A
 
T
N
 
D
T
 
P
I
 
V
I
 
Y
P
 
V
S
 
M
V
 
P
L
 
A
I
 
I
T
 
T
K
 
K
E
 
D

Sites not aligning to the query:

4rsmA Crystal structure of carbohydrate transporter msmeg_3599 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510970, in complex with d-threitol (see paper)
33% identity, 52% coverage: 82:250/325 of query aligns to 46:214/315 of 4rsmA

query
sites
4rsmA
Q
 
Q
A
 
A
N
 
S
Q
 
Q
L
 
V
Q
 
D
D
 
S
L
 
M
V
 
I
T
 
N
V
 
-
N
 
Q
K
 
G
I
 
V
N
 
D
A
 
A
L
 
I
V
 
I
I
 
V
F
 
V
P
 
P
F
 
V
E
 
Q
S
 
A
A
 
D
A
 
S
L
 
L
T
 
A
K
 
P
P
 
Q
V
 
V
A
 
A
Q
 
S
V
 
A
K
 
K
A
 
A
K
 
K
G
 
G
V
 
I
Y
 
P
V
 
L
T
 
V
V
 
P
V
 
V
D
x
N
R
 
A
G
 
A
L
 
L
T
 
-
D
 
D
T
 
S
S
 
K
A
 
D
Q
 
I
D
 
A
A
 
G
Y
 
N
V
 
V
A
 
Q
G
 
P
D
 
D
N
 
D
T
 
V
A
 
A
F
 
A
G
 
G
K
 
A
I
 
Q
P
 
E
A
 
M
E
 
Q
Y
 
M
I
 
M
A
 
A
K
 
D
A
 
R
L
 
L
G
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
V
 
I
V
 
V
A
 
I
M
 
L
R
 
Q
G
 
G
-
 
P
I
 
L
A
 
G
T
 
Q
T
 
S
L
 
G
D
 
E
N
 
L
E
 
D
R
|
R
M
 
S
D
 
K
A
 
G
F
 
I
N
 
E
S
 
Q
V
 
V
L
 
L
K
 
A
N
 
K
H
 
Y
P
 
P
G
 
D
I
 
I
K
 
K
L
 
V
L
 
L
D
 
A
A
 
K
K
 
D
Y
 
T
A
 
A
N
 
N
W
|
W
N
 
K
R
 
R
D
 
D
D
 
E
A
 
A
F
 
V
K
 
N
V
 
K
M
 
M
Q
 
K
D
 
N
Y
 
W
L
 
I
T
 
S
R
 
G
F
 
F
-
 
G
P
 
P
Q
 
Q
I
 
I
D
 
D
A
 
G
V
 
V
W
 
V
A
 
A
A
 
Q
D
x
N
D
 
D
D
 
D
M
 
M
A
 
G
V
 
L
G
 
G
V
 
A
L
 
L
K
 
Q
A
 
A
I
 
L
E
 
K
Q
 
E
A
 
S
K
 
G
R
 
R
K
 
T
D
 
G
I
 
V
K
 
P
L
 
I
V
 
V

Sites not aligning to the query:

2rjoA Crystal structure of twin-arginine translocation pathway signal protein from burkholderia phytofirmans
32% identity, 68% coverage: 98:317/325 of query aligns to 65:296/322 of 2rjoA

query
sites
2rjoA
L
 
L
V
 
N
I
 
V
F
x
D
P
 
P
F
 
N
E
 
D
S
 
S
A
 
A
A
 
D
L
 
A
T
 
R
K
 
V
P
 
I
V
 
V
A
 
E
Q
 
A
V
 
C
K
 
S
A
 
K
K
 
A
G
 
G
V
 
A
Y
 
Y
V
 
V
T
 
T
V
 
T
V
 
I
D
x
W
R
x
N
G
 
K
L
 
P
T
 
K
D
 
D
T
 
L
S
 
H
A
 
P
Q
 
W
D
 
D
-
 
Y
-
 
N
-
 
P
-
 
N
-
 
Y
-
 
V
A
 
A
Y
 
H
V
 
L
A
 
S
G
 
Y
D
 
D
N
 
G
T
 
V
A
 
A
F
 
Y
G
 
G
K
 
E
I
 
E
P
 
T
A
 
A
E
 
T
Y
 
Q
I
 
L
A
 
F
K
 
K
A
 
S
L
 
M
G
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
G
V
 
V
V
 
V
A
 
A
M
 
L
R
 
G
G
 
G
I
 
I
A
 
F
T
 
S
T
x
N
L
 
V
D
x
P
N
 
A
-
 
I
E
 
E
R
|
R
M
 
K
D
 
A
A
 
G
F
 
L
N
 
D
S
 
A
V
 
A
L
 
L
K
 
K
N
 
K
H
 
F
P
 
P
G
 
G
I
 
I
K
 
Q
L
 
L
L
 
L
D
 
D
A
 
F
K
 
Q
Y
 
V
A
 
A
N
 
D
W
|
W
N
 
N
R
 
S
D
 
Q
D
 
K
A
 
A
F
 
F
K
 
P
V
 
I
M
 
M
Q
 
Q
D
 
A
Y
 
W
L
 
M
T
 
T
R
 
R
F
 
F
-
 
N
P
 
S
Q
 
K
I
 
I
D
 
K
A
 
G
V
 
V
W
 
W
A
 
A
A
 
A
D
x
N
D
 
D
D
 
D
M
 
M
A
 
A
V
 
L
G
 
G
V
 
A
L
 
I
K
 
E
A
 
A
I
 
L
E
 
R
Q
 
-
A
 
-
K
 
-
R
 
-
K
 
-
D
 
-
I
 
-
K
 
-
L
 
-
V
 
-
F
 
-
G
 
-
G
 
A
A
 
E
G
 
G
A
 
L
K
 
A
G
 
G
M
 
Q
I
 
I
K
 
P
-
 
V
T
 
T
L
 
G
M
 
M
D
|
D
G
 
G
S
 
T
N
 
Q
P
 
P
-
 
G
-
 
L
-
 
V
-
 
A
-
 
I
-
 
K
-
 
S
-
 
G
M
 
E
I
 
L
Q
 
V
A
 
A
N
 
S
V
 
V
S
 
D
Y
x
W
S
 
D
P
 
P
K
 
-
F
 
F
I
 
W
Y
 
L
D
 
G
S
 
G
I
 
I
K
 
G
L
 
L
T
 
S
-
 
M
-
 
G
-
 
L
-
 
Q
-
 
A
A
 
K
E
 
E
A
 
K
R
 
K
I
 
I
K
 
D
G
 
L
E
 
A
K
 
T
L
 
L
P
 
P
A
 
K
N
 
D
-
 
R
-
 
R
-
 
E
T
 
S
I
 
F
I
 
C
P
 
T
S
 
A
V
 
T
L
 
F
I
 
V
T
 
T
K
 
K
E
 
T
T
 
N
A
 
V
K
 
Q
D
 
D

Sites not aligning to the query:

1dbpA Identical mutations at corresponding positions in two homologous proteins with non-identical effects (see paper)
32% identity, 81% coverage: 52:313/325 of query aligns to 17:271/271 of 1dbpA

query
sites
1dbpA
V
 
V
Y
 
S
W
 
L
A
 
K
N
 
D
Q
 
G
A
 
A
K
 
Q
K
 
K
D
 
E
L
 
A
E
 
D
K
 
K
A
 
L
H
 
G
P
 
Y
G
 
N
L
 
L
Q
 
V
V
 
V
I
 
L
V
 
D
K
 
S
T
 
Q
A
 
N
G
 
N
G
 
P
A
 
A
P
 
K
E
 
E
Q
 
L
A
 
A
N
 
N
Q
 
-
L
 
V
Q
 
Q
D
 
D
L
 
L
V
 
-
T
 
T
V
 
V
N
 
R
K
 
G
I
 
T
N
 
K
A
 
I
L
 
L
V
 
L
I
 
I
F
 
N
P
 
P
F
 
T
E
 
D
S
 
S
A
 
D
A
 
A
L
 
V
T
 
D
K
 
N
P
 
A
V
 
V
A
 
K
Q
 
M
V
 
A
K
 
N
A
 
Q
K
 
A
G
 
N
V
 
I
Y
 
P
V
 
V
T
 
I
V
 
T
V
 
L
D
|
D
R
|
R
G
 
Q
L
 
A
T
 
T
D
 
K
T
 
G
S
 
E
A
 
V
Q
 
V
D
 
-
A
 
S
Y
 
H
V
 
I
A
 
A
G
 
S
D
 
D
N
 
N
T
 
V
A
 
L
F
 
G
G
 
G
K
 
K
I
 
I
P
 
A
A
 
G
E
 
D
Y
 
Y
I
 
I
A
 
A
K
 
K
A
 
K
L
 
A
G
 
G
G
 
E
K
 
G
G
 
A
N
 
K
V
 
V
V
 
I
A
 
E
M
 
L
R
 
Q
G
 
G
I
 
I
A
 
A
-
 
G
T
 
T
T
 
S
L
x
A
D
 
A
N
 
R
E
 
E
R
|
R
M
 
G
D
 
E
A
 
G
F
 
F
N
 
Q
S
 
Q
V
 
A
L
 
V
K
 
A
N
 
A
H
 
H
P
 
K
G
 
-
I
 
F
K
 
N
L
 
V
L
 
L
D
 
A
A
 
S
K
 
Q
Y
 
P
A
 
A
N
 
D
W
x
F
N
 
D
R
 
R
D
 
I
D
 
K
A
 
G
F
 
L
K
 
N
V
 
V
M
 
M
Q
 
Q
D
 
N
Y
 
L
L
 
L
T
 
T
R
 
A
F
 
H
P
 
P
Q
 
D
I
 
V
D
 
Q
A
 
A
V
 
V
W
 
F
A
 
A
A
 
Q
D
x
N
D
 
D
D
 
E
M
 
M
A
 
A
V
 
L
G
 
G
V
 
A
L
 
L
K
 
R
A
 
A
I
 
L
E
 
Q
Q
 
T
A
 
A
K
 
G
R
 
K
K
 
S
D
 
D
I
 
V
K
 
-
L
 
M
V
 
V
F
 
V
G
 
G
G
 
F
A
x
D
G
 
G
A
 
T
K
 
P
G
 
D
M
 
G
I
 
E
K
 
K
T
 
A
L
 
V
M
 
N
D
 
D
G
 
G
S
 
K
N
 
-
P
 
-
M
 
-
I
 
L
Q
 
A
A
 
A
N
 
T
V
 
I
S
 
A
Y
x
Q
S
 
L
P
 
P
K
 
D
F
 
Q
I
 
I
Y
 
G
D
 
A
S
 
K
I
 
G
K
 
V
L
 
E
T
 
T
A
 
A
E
 
D
A
 
K
R
 
V
I
 
L
K
 
K
G
 
G
E
 
E
K
 
K
L
 
V
P
 
Q
A
 
A
N
 
K
T
 
Y
I
 
P
I
 
V
P
 
D
S
 
L
V
 
K
L
 
L
I
 
V
T
 
V
K
 
K
E
 
Q

Sites not aligning to the query:

2x7xA Fructose binding periplasmic domain of hybrid two component system bt1754 (see paper)
33% identity, 58% coverage: 68:256/325 of query aligns to 31:218/301 of 2x7xA

query
sites
2x7xA
G
 
G
L
 
V
Q
 
S
V
 
V
I
 
E
V
 
I
K
 
R
T
 
S
A
 
A
G
 
G
G
 
D
A
 
-
P
 
-
E
 
D
Q
 
N
A
 
S
N
 
K
Q
 
Q
L
 
A
Q
 
E
D
 
D
L
 
V
-
 
H
-
 
Y
V
 
F
T
 
M
V
 
D
N
 
E
K
 
G
I
 
V
N
 
D
A
 
L
L
 
L
V
 
I
I
 
I
F
 
S
P
 
A
F
 
N
E
 
E
S
 
A
A
 
A
A
 
P
L
 
M
T
 
T
K
 
P
P
 
I
V
 
V
A
 
E
Q
 
E
V
 
A
K
 
Y
A
 
Q
K
 
K
G
 
G
V
 
I
Y
 
P
V
 
V
T
 
I
V
 
L
V
 
V
D
|
D
R
|
R
G
 
K
L
 
I
T
 
L
D
 
-
T
 
S
S
 
D
A
 
K
Q
 
Y
D
 
T
A
 
A
Y
 
Y
V
 
I
A
 
G
G
 
A
D
 
D
N
 
N
T
 
Y
A
 
E
F
 
I
G
 
G
K
 
R
I
 
S
P
 
V
A
 
G
E
 
N
Y
 
Y
I
 
I
A
 
A
K
 
S
A
 
S
L
 
L
G
 
K
G
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
V
 
I
V
 
V
A
 
E
M
 
L
R
 
T
G
 
G
I
 
L
A
 
S
-
 
G
T
 
S
T
 
T
L
x
P
D
 
A
N
 
M
E
 
E
R
|
R
M
 
H
D
 
Q
A
 
G
F
 
F
N
 
M
S
 
A
V
 
A
L
 
I
K
 
S
N
 
K
H
 
F
P
 
P
G
 
D
I
 
I
K
 
K
L
 
L
L
 
I
D
 
D
A
 
K
K
 
A
Y
 
D
A
 
A
N
 
A
W
|
W
N
 
E
R
 
R
D
 
G
D
 
P
A
 
A
F
 
E
K
 
I
V
 
E
M
 
M
Q
 
D
D
 
S
Y
 
M
L
 
L
T
 
R
R
 
R
F
 
H
P
 
P
Q
 
K
I
 
I
D
 
D
A
 
A
V
 
V
W
 
Y
A
 
A
A
 
H
D
x
N
D
 
D
D
x
R
M
 
I
A
 
A
V
 
P
G
 
G
V
 
A
L
 
Y
K
 
Q
A
 
A
I
 
A
E
 
K
Q
 
M
A
 
A
K
 
G
R
 
R
K
 
E
D
 
K
I
 
-
K
 
E
L
 
M
V
 
I
F
 
F
G
 
V
G
 
G
A
 
I
G
x
D
A
 
A

Sites not aligning to the query:

2fn8A Thermotoga maritima ribose binding protein ribose bound form (see paper)
28% identity, 70% coverage: 88:313/325 of query aligns to 51:281/292 of 2fn8A

query
sites
2fn8A
D
 
D
L
 
A
V
 
I
T
 
I
V
 
A
N
 
A
K
 
G
I
 
Y
N
 
D
A
 
A
L
 
I
V
 
I
I
 
F
F
 
N
P
 
P
F
 
T
E
 
D
S
 
A
A
 
D
A
 
G
L
 
S
T
 
I
K
 
A
P
 
N
V
 
V
A
 
K
Q
 
R
V
 
A
K
 
K
A
 
E
K
 
A
G
 
G
V
 
I
Y
 
P
V
 
V
T
 
F
V
 
C
V
 
V
D
|
D
R
|
R
G
 
G
L
 
I
T
 
N
D
 
A
T
 
R
S
 
G
A
 
L
Q
 
A
D
 
V
A
 
A
Y
 
Q
V
 
I
A
 
Y
G
 
S
D
 
D
N
 
N
T
 
Y
A
 
Y
F
 
G
G
 
G
K
 
V
I
 
L
P
 
M
A
 
G
E
 
E
Y
 
Y
I
 
F
A
 
V
K
 
K
A
 
F
L
 
L
G
 
K
G
 
E
K
 
K
-
 
Y
-
 
P
-
 
D
-
 
A
-
 
K
-
 
E
-
 
I
-
 
P
-
 
Y
G
 
A
N
 
E
V
 
L
V
 
L
A
 
G
M
 
I
R
 
L
G
 
S
I
 
A
A
 
Q
T
x
P
T
 
T
L
 
W
D
 
D
N
 
-
E
 
-
R
|
R
M
 
S
D
 
N
A
 
G
F
 
F
N
 
H
S
 
S
V
 
V
L
 
V
K
 
D
N
 
Q
H
 
Y
P
 
P
G
 
E
I
 
F
K
 
K
L
 
M
L
 
V
D
 
A
A
 
Q
K
 
Q
Y
 
S
A
 
A
N
 
E
W
x
F
N
 
D
R
 
R
D
 
D
D
 
T
A
 
A
F
 
Y
K
 
K
V
 
V
M
 
T
Q
 
E
D
 
Q
Y
 
I
L
 
L
T
 
Q
R
 
A
F
 
H
P
 
P
Q
 
E
I
 
I
D
 
K
A
 
A
V
 
I
W
 
W
A
 
C
A
 
G
D
x
N
D
 
D
D
 
A
M
 
M
A
 
A
V
 
L
G
 
G
V
 
A
L
 
M
K
 
K
A
 
A
I
 
C
E
 
E
Q
 
A
A
 
A
K
 
G
R
 
R
K
 
T
D
 
D
I
 
I
K
 
-
L
 
Y
V
 
I
F
 
F
G
 
G
G
 
F
A
x
D
G
 
G
A
 
A
K
 
E
G
 
D
M
 
V
I
 
I
K
 
N
T
 
A
L
 
I
M
 
K
D
 
E
G
 
G
S
 
K
N
 
Q
P
 
-
M
 
-
I
 
I
Q
 
V
A
 
A
N
 
T
V
 
I
S
 
M
Y
x
Q
S
 
F
P
 
P
K
 
K
F
 
L
I
 
M
Y
 
A
D
 
R
S
 
L
I
 
A
K
 
V
L
 
E
T
 
W
A
 
A
E
 
D
A
 
Q
R
 
Y
I
 
L
K
 
R
G
 
G
E
 
E
K
 
R
-
 
S
L
 
F
P
 
P
A
 
E
N
 
I
T
 
V
I
 
P
I
 
V
P
 
T
S
 
V
V
 
E
L
 
L
I
 
V
T
 
T
K
 
R
E
 
E

Sites not aligning to the query:

4zjpA Structure of an abc-transporter solute binding protein (sbp_ipr025997) from actinobacillus succinogenes (asuc_0197, target efi-511067) with bound beta-d-ribopyranose
30% identity, 74% coverage: 71:309/325 of query aligns to 36:265/270 of 4zjpA

query
sites
4zjpA
V
 
V
I
 
V
V
 
L
K
 
D
T
 
S
A
 
Q
G
 
N
G
 
D
A
 
P
P
 
S
E
 
K
Q
 
E
A
 
L
N
 
S
Q
 
N
L
 
V
Q
 
E
D
 
D
L
 
L
V
 
-
T
 
T
V
 
V
N
 
R
K
 
G
I
 
A
N
 
K
A
 
V
L
 
L
V
 
L
I
 
I
F
 
N
P
 
P
F
 
T
E
 
D
S
 
S
A
 
A
A
 
A
L
 
V
T
 
S
K
 
N
P
 
A
V
 
V
A
 
A
Q
 
I
V
 
A
K
 
N
A
 
R
K
 
N
G
 
K
V
 
I
Y
 
P
V
 
V
T
 
I
V
 
T
V
 
L
D
|
D
R
|
R
G
 
G
L
 
A
T
 
A
D
 
K
T
 
G
S
 
E
A
 
V
Q
 
V
D
 
-
A
 
S
Y
 
H
V
 
I
A
 
A
G
 
S
D
 
D
N
 
N
T
 
V
A
 
A
F
 
G
G
 
G
K
 
K
I
 
M
P
 
A
A
 
G
E
 
D
Y
 
F
I
 
I
A
 
A
K
 
Q
A
 
K
L
 
L
G
 
G
G
 
D
K
 
G
G
 
A
N
 
K
V
 
V
V
 
I
A
 
Q
M
 
L
R
 
E
G
 
G
I
 
L
A
 
A
-
 
G
T
 
T
T
 
S
L
x
A
D
 
A
N
 
R
E
 
E
R
|
R
M
 
G
D
 
E
A
 
G
F
 
F
N
 
K
S
 
Q
V
 
A
L
 
I
K
 
E
N
 
A
H
 
H
P
 
K
G
 
-
I
 
F
K
 
D
L
 
V
L
 
L
D
 
A
A
 
S
K
 
Q
Y
 
P
A
 
A
N
 
D
W
x
F
N
 
D
R
 
R
D
 
T
D
 
K
A
 
G
F
 
L
K
 
N
V
 
V
M
 
T
Q
 
E
D
 
N
Y
 
L
L
 
L
T
 
A
R
 
S
F
 
K
P
 
G
Q
 
S
I
 
V
D
 
Q
A
 
A
V
 
I
W
 
F
A
 
A
A
 
Q
D
x
N
D
 
D
D
 
E
M
 
M
A
 
A
V
 
L
G
 
G
V
 
A
L
 
L
K
 
R
A
 
A
I
 
I
E
 
S
Q
 
A
A
 
A
K
 
G
R
 
K
K
 
K
D
 
-
I
 
-
K
 
V
L
 
L
V
 
V
F
 
V
G
 
G
G
 
F
A
x
D
G
 
G
A
 
T
K
 
E
G
 
D
M
 
G
I
 
V
K
 
K
T
 
A
L
 
V
M
 
K
D
 
S
G
 
G
S
 
K
N
 
-
P
 
-
M
 
-
I
 
L
Q
 
A
A
 
A
N
 
T
V
 
V
S
 
A
Y
x
Q
S
 
Q
P
 
P
K
 
E
F
 
L
I
 
I
Y
 
G
D
 
S
S
 
L
I
 
G
K
 
V
L
 
E
T
 
T
A
 
A
E
 
D
A
 
K
R
 
I
I
 
L
K
 
K
G
 
G
E
 
E
K
 
K
L
 
V
P
 
D
A
 
A
N
 
K
T
 
-
I
 
-
I
 
I
P
 
P
S
 
V
V
 
A
L
 
L

Sites not aligning to the query:

4rxtA Crystal structure of carbohydrate transporter solute binding protein arad_9553 from agrobacterium radiobacter, target efi-511541, in complex with d-arabinose
34% identity, 82% coverage: 53:317/325 of query aligns to 18:287/295 of 4rxtA

query
sites
4rxtA
Y
|
Y
W
|
W
-
 
Q
-
 
I
-
 
V
-
 
L
-
 
A
-
 
G
A
 
A
N
 
R
Q
 
K
A
 
A
K
 
G
K
 
K
D
 
D
L
 
L
E
 
G
K
 
V
A
 
K
H
 
V
P
 
P
G
 
E
L
 
L
Q
 
G
V
 
A
I
 
Q
V
 
A
K
x
E
T
 
T
A
 
-
G
 
-
G
 
D
A
 
V
P
 
N
E
 
G
Q
 
Q
A
 
I
N
 
S
Q
 
I
L
 
L
Q
 
E
D
 
N
L
 
A
V
 
V
T
 
A
V
 
-
N
 
G
K
 
K
I
 
P
N
 
A
A
 
A
L
 
I
V
 
V
I
 
I
F
 
S
P
 
P
F
 
T
E
 
E
S
 
F
A
 
K
A
 
A
L
 
L
T
 
G
K
 
K
P
 
P
V
 
V
A
 
D
Q
 
E
V
 
A
K
 
-
A
 
A
K
 
K
G
 
S
V
 
V
Y
 
P
V
 
I
T
 
I
V
 
G
V
 
I
D
|
D
R
 
S
G
 
G
L
 
-
T
 
A
D
 
D
T
 
S
S
 
K
A
 
A
Q
 
F
D
 
K
A
 
S
Y
 
F
V
 
L
A
 
T
G
 
T
D
 
D
N
 
N
T
 
T
A
 
Q
F
 
G
G
 
G
K
 
R
I
 
I
P
 
A
A
 
A
E
 
D
Y
 
G
I
 
L
A
 
A
-
 
A
-
 
A
-
 
I
K
 
K
A
 
A
L
 
M
G
 
T
G
 
G
K
 
K
-
 
E
-
 
E
G
 
G
N
 
D
V
 
V
V
 
V
A
 
I
M
 
I
R
 
T
G
 
N
I
 
T
-
 
P
-
 
G
A
 
A
T
 
G
T
x
S
L
|
L
D
 
E
N
 
Q
E
x
R
R
 
R
M
 
T
D
 
G
A
 
F
F
 
L
N
 
D
S
 
Q
V
 
V
L
 
K
K
 
T
N
 
K
H
 
Y
P
 
P
G
 
G
I
 
L
K
 
K
L
 
V
L
 
V
D
 
A
A
 
D
K
 
K
Y
 
Y
A
 
A
N
 
D
W
 
G
N
 
Q
R
 
A
D
 
T
D
 
T
A
 
G
F
 
L
K
 
N
V
 
I
M
 
M
Q
 
T
D
 
D
Y
 
L
L
 
I
T
 
T
R
 
A
F
 
N
P
 
P
Q
 
K
I
 
I
D
 
V
A
 
G
V
 
V
W
 
F
A
 
A
A
 
S
D
x
N
D
x
L
D
 
I
M
 
M
A
 
A
V
 
Q
G
 
G
V
 
V
L
 
G
K
 
Q
A
 
A
I
 
I
E
 
A
Q
 
E
A
 
N
K
 
K
R
 
L
K
 
S
D
 
D
I
 
K
K
 
V
L
 
K
V
 
V
F
 
I
G
 
G
G
 
F
A
x
D
G
 
S
A
 
D
K
 
D
G
 
K
M
 
T
I
 
L
K
 
G
T
 
F
L
 
L
M
 
K
D
 
S
G
 
G
S
 
A
N
 
-
P
 
-
M
 
-
I
 
I
Q
 
A
A
 
G
N
 
L
V
 
V
S
 
V
Y
x
Q
S
 
D
P
 
P
-
 
Y
K
 
R
F
 
M
I
 
G
Y
 
Y
D
 
D
S
 
G
I
 
I
K
 
K
L
 
-
T
 
T
A
 
A
E
 
L
A
 
A
R
 
V
I
 
S
K
 
K
G
 
G
E
 
E
K
 
K
L
 
V
P
 
E
A
 
A
N
 
N
T
 
V
I
 
D
I
 
T
P
 
G
S
 
A
V
 
N
L
 
L
I
 
V
T
 
T
K
 
K
E
 
A
T
 
N
A
 
M
K
 
S
D
 
D

Sites not aligning to the query:

1rpjA Crystal structure of d-allose binding protein from escherichia coli (see paper)
29% identity, 80% coverage: 53:312/325 of query aligns to 15:288/288 of 1rpjA

query
sites
1rpjA
Y
x
F
W
|
W
A
 
V
N
 
D
Q
 
M
A
 
-
K
 
K
K
 
K
D
 
G
L
 
I
E
 
E
K
 
D
A
 
E
H
 
A
P
 
K
G
 
T
L
 
L
Q
 
G
V
 
V
I
 
S
V
 
V
K
 
D
-
 
I
-
 
F
-
 
A
-
 
S
-
 
P
T
 
S
A
x
E
G
 
G
G
 
D
A
 
F
P
 
Q
E
 
S
Q
 
Q
A
 
L
N
 
Q
Q
 
L
L
 
F
Q
 
E
D
 
D
L
 
L
V
 
S
T
 
N
V
 
K
N
 
N
K
 
-
I
 
Y
N
 
K
A
 
G
L
 
I
V
 
A
I
 
F
F
 
A
P
 
P
F
 
L
E
 
S
S
 
S
A
 
V
A
 
N
L
 
L
T
 
V
K
 
M
P
 
P
V
 
V
A
 
A
Q
 
R
V
 
A
K
 
W
A
 
K
K
 
K
G
 
G
V
 
I
Y
 
Y
V
 
L
T
 
V
V
 
N
V
 
L
D
|
D
R
x
E
G
 
K
L
 
I
T
 
D
D
 
M
T
 
D
S
 
N
A
 
L
Q
 
K
-
 
K
-
 
A
-
 
G
-
 
G
-
 
N
-
 
V
D
 
E
A
 
A
Y
 
F
V
 
V
A
 
T
G
 
T
D
 
D
N
 
N
T
 
V
A
 
A
F
 
V
G
 
G
K
 
A
I
 
K
P
 
G
A
 
A
E
 
S
Y
 
F
I
 
I
A
 
I
K
 
D
A
 
K
L
 
L
G
 
G
G
 
A
K
 
E
G
 
G
N
 
G
V
 
E
V
 
V
A
 
A
M
 
I
-
 
I
R
 
E
G
 
G
I
 
K
A
 
A
T
 
G
T
 
N
L
 
A
D
x
S
N
 
G
E
 
E
-
 
A
R
|
R
M
 
R
D
 
N
A
 
G
F
 
A
N
 
T
S
 
E
V
 
A
L
 
F
K
 
K
N
 
K
H
 
A
P
 
S
G
 
Q
I
 
I
K
 
K
L
 
L
L
 
V
D
 
A
A
 
S
K
 
Q
Y
 
P
A
 
A
N
 
D
W
|
W
N
 
D
R
 
R
D
 
I
D
 
K
A
 
A
F
 
L
K
 
D
V
 
V
M
 
A
Q
 
T
D
 
N
Y
 
V
L
 
L
T
 
Q
R
 
R
F
 
N
P
 
P
Q
 
N
I
 
I
D
 
K
A
 
A
V
 
I
W
 
Y
A
 
C
A
 
A
D
x
N
D
 
D
D
 
T
M
 
M
A
 
A
V
 
M
G
 
G
V
 
V
L
 
A
K
 
Q
A
 
A
I
 
V
E
 
A
Q
 
N
A
 
A
K
 
G
R
 
K
K
 
T
D
 
G
I
 
K
K
 
V
L
 
L
V
 
V
F
 
V
G
 
G
G
 
T
A
x
D
G
 
G
A
 
I
K
 
P
G
 
E
M
 
A
I
 
R
K
 
K
T
 
M
L
 
V
M
 
E
D
 
A
G
 
G
S
 
Q
N
 
-
P
 
-
M
 
-
I
 
M
Q
 
T
A
 
A
N
 
T
V
 
V
S
 
A
Y
x
Q
S
 
N
P
 
P
K
 
A
F
 
D
I
 
I
-
 
G
Y
 
A
D
 
T
S
 
G
I
 
L
K
 
K
L
 
L
T
 
M
A
 
V
E
 
D
A
 
A
R
 
E
I
 
K
K
 
S
G
 
G
-
 
K
-
 
V
-
 
I
-
 
P
-
 
L
E
 
D
K
 
K
L
 
A
P
 
P
A
 
E
N
 
F
T
 
K
I
 
L
I
 
V
P
 
D
S
 
S
V
 
I
L
 
L
I
 
V
T
 
T
K
 
Q

Sites not aligning to the query:

1gudA Hinge-bending motion of d-allose binding protein from escherichia coli: three open conformations (see paper)
29% identity, 80% coverage: 53:312/325 of query aligns to 15:288/288 of 1gudA

query
sites
1gudA
Y
 
F
W
 
W
A
 
V
N
 
D
Q
 
M
A
 
-
K
 
K
K
 
K
D
 
G
L
 
I
E
 
E
K
 
D
A
 
E
H
 
A
P
 
K
G
 
T
L
 
L
Q
 
G
V
 
V
I
 
S
V
 
V
K
x
D
-
 
I
-
 
F
-
 
A
-
 
S
-
 
P
T
 
S
A
 
E
G
 
G
G
 
D
A
 
F
P
 
Q
E
 
S
Q
 
Q
A
 
L
N
 
Q
Q
 
L
L
 
F
Q
 
E
D
 
D
L
 
L
V
 
S
T
 
N
V
 
K
N
 
N
K
 
-
I
 
Y
N
 
K
A
 
G
L
 
I
V
 
A
I
 
F
F
 
A
P
 
P
F
 
L
E
 
S
S
 
S
A
 
V
A
 
N
L
 
L
T
 
V
K
 
M
P
 
P
V
 
V
A
 
A
Q
 
R
V
 
A
K
 
W
A
 
K
K
 
K
G
 
G
V
 
I
Y
 
Y
V
 
L
T
 
V
V
 
N
V
 
L
D
 
D
R
 
E
G
 
K
L
 
I
T
 
D
D
 
M
T
 
D
S
 
N
A
 
L
Q
 
K
-
 
K
-
 
A
-
 
G
-
 
G
-
 
N
-
 
V
D
 
E
A
 
A
Y
 
F
V
 
V
A
 
T
G
 
T
D
 
D
N
 
N
T
 
V
A
 
A
F
 
V
G
 
G
K
 
A
I
 
K
P
 
G
A
 
A
E
 
S
Y
 
F
I
 
I
A
 
I
K
 
D
A
 
K
L
 
L
G
 
G
G
 
A
K
 
E
G
 
G
N
 
G
V
 
E
V
 
V
A
 
A
M
 
I
-
 
I
R
 
E
G
 
G
I
 
K
A
 
A
T
 
G
T
 
N
L
 
A
D
 
S
N
 
G
E
 
E
-
 
A
R
 
R
M
 
R
D
 
N
A
 
G
F
 
A
N
 
T
S
 
E
V
 
A
L
 
F
K
 
K
N
 
K
H
 
A
P
 
S
G
 
Q
I
 
I
K
 
K
L
 
L
L
 
V
D
 
A
A
 
S
K
 
Q
Y
 
P
A
 
A
N
 
D
W
 
W
N
 
D
R
 
R
D
 
I
D
 
K
A
 
A
F
 
L
K
 
D
V
 
V
M
 
A
Q
 
T
D
 
N
Y
 
V
L
 
L
T
 
Q
R
 
R
F
 
N
P
 
P
Q
 
N
I
 
I
D
 
K
A
 
A
V
 
I
W
 
Y
A
 
C
A
 
A
D
 
N
D
 
D
D
 
T
M
 
M
A
 
A
V
 
M
G
 
G
V
 
V
L
 
A
K
 
Q
A
 
A
I
 
V
E
 
A
Q
 
N
A
 
A
K
 
G
R
 
K
K
 
T
D
 
G
I
 
K
K
 
V
L
 
L
V
 
V
F
 
V
G
 
G
G
 
T
A
 
D
G
 
G
A
 
I
K
 
P
G
 
E
M
 
A
I
 
R
K
 
K
T
 
M
L
 
V
M
 
E
D
 
A
G
 
G
S
 
Q
N
 
-
P
 
-
M
 
-
I
 
M
Q
 
T
A
 
A
N
 
T
V
 
V
S
 
A
Y
 
Q
S
 
N
P
 
P
K
 
A
F
 
D
I
 
I
-
 
G
Y
 
A
D
 
T
S
 
G
I
 
L
K
 
K
L
 
L
T
 
M
A
 
V
E
 
D
A
 
A
R
 
E
I
 
K
K
 
S
G
 
G
-
 
K
-
 
V
-
 
I
-
 
P
-
 
L
E
 
D
K
 
K
L
 
A
P
 
P
A
 
E
N
 
F
T
 
K
I
 
L
I
 
V
P
 
D
S
 
S
V
 
I
L
 
L
I
 
V
T
 
T
K
 
Q

Sites not aligning to the query:

7e7mC Crystal structure analysis of the streptococcus agalactiae ribose binding protein rbsb
27% identity, 74% coverage: 79:318/325 of query aligns to 50:282/284 of 7e7mC

query
sites
7e7mC
A
 
A
P
 
A
E
 
R
Q
 
Q
A
 
A
N
 
D
Q
 
D
L
 
V
Q
 
Q
D
 
N
L
 
F
V
 
I
T
 
S
V
 
Q
N
 
N
K
 
-
I
 
V
N
 
D
A
 
A
L
 
I
V
 
L
I
 
I
F
 
N
P
 
P
F
 
V
E
 
D
S
 
S
A
 
K
A
 
A
L
 
I
T
 
V
K
 
T
P
 
A
V
 
I
A
 
K
Q
 
S
V
 
A
K
 
N
A
 
N
K
 
A
G
 
N
V
 
I
Y
 
P
V
 
V
T
 
I
V
 
L
V
 
M
D
|
D
R
|
R
G
 
G
L
 
-
T
 
S
D
 
E
T
 
G
S
 
G
A
 
K
Q
 
V
D
 
L
A
 
T
Y
 
T
V
 
V
A
 
A
G
 
S
D
 
D
N
 
N
T
 
V
A
 
A
F
 
A
G
 
G
K
 
K
I
 
M
P
 
A
A
 
A
E
 
D
Y
 
Y
I
 
A
A
 
V
K
 
K
A
 
K
L
 
L
G
 
G
G
 
K
K
 
K
G
 
A
N
 
K
V
 
A
V
 
F
A
 
E
M
 
L
R
 
S
G
 
G
I
 
V
-
 
P
-
 
G
-
 
A
A
 
S
T
x
A
T
 
T
L
 
V
D
 
D
N
 
-
E
 
-
R
|
R
M
 
G
D
 
K
A
 
G
F
 
F
N
 
H
S
 
S
V
 
V
L
 
A
K
 
K
N
 
S
H
 
K
P
 
-
G
 
-
I
 
L
K
 
D
L
 
M
L
 
L
D
 
S
A
 
S
K
 
Q
Y
 
S
A
 
A
N
 
N
W
x
F
N
 
D
R
 
R
D
 
A
D
 
K
A
 
A
F
 
L
K
 
N
V
 
T
M
 
T
Q
 
Q
D
 
N
Y
 
M
L
 
I
T
 
Q
R
 
G
F
 
H
P
 
K
Q
 
D
I
 
V
D
 
Q
A
 
I
V
 
I
W
 
F
A
 
A
A
 
Q
D
x
N
D
 
D
D
 
E
M
 
M
A
 
A
V
 
L
G
 
G
V
 
A
L
 
A
K
 
Q
A
 
A
I
 
V
E
 
K
Q
 
S
A
 
A
K
 
G
R
 
L
K
 
Q
D
 
N
I
 
V
K
 
-
L
 
L
V
 
I
F
 
V
G
 
G
G
 
I
A
x
D
G
 
G
A
 
Q
K
 
P
G
 
D
M
 
A
I
 
H
K
 
D
T
 
A
L
 
I
M
 
K
D
 
K
G
 
G
S
 
D
N
 
-
P
 
-
M
 
-
I
 
I
Q
 
S
A
 
A
N
 
T
V
 
I
S
 
A
Y
x
Q
S
 
Q
P
 
P
K
 
A
F
 
K
I
 
M
Y
 
G
D
 
E
S
 
I
I
 
A
K
 
I
L
 
Q
T
 
A
A
 
A
E
 
I
A
 
D
R
 
Y
I
 
Y
K
 
K
G
 
G
E
 
K
K
 
K
L
 
V
P
 
E
A
 
K
N
 
E
T
 
T
I
 
I
I
 
S
P
 
P
S
 
I
V
 
Y
L
 
L
I
 
V
T
 
T
K
 
K
E
 
D
T
 
N
A
 
V
K
 
E
D
 
K
F
 
Y

Sites not aligning to the query:

5dteB Crystal structure of an abc transporter periplasmic solute binding protein (ipr025997) from actinobacillus succinogenes 130z(asuc_0081, target efi-511065) with bound d-allose
28% identity, 73% coverage: 81:318/325 of query aligns to 47:287/287 of 5dteB

query
sites
5dteB
E
 
E
Q
 
Q
A
 
L
N
 
V
Q
 
G
L
 
L
Q
 
V
D
 
E
L
 
N
V
 
M
T
 
I
V
 
A
N
 
K
K
 
K
I
 
V
N
 
D
A
 
A
L
 
I
V
 
I
I
 
V
F
 
T
P
 
P
F
 
N
E
 
D
S
 
S
A
 
I
A
 
A
L
 
F
T
 
I
K
 
P
P
 
A
V
 
F
A
 
Q
Q
 
K
V
 
A
K
 
E
A
 
K
K
 
A
G
 
G
V
 
I
Y
 
P
V
 
I
T
 
I
V
 
D
V
 
L
D
|
D
R
 
V
G
 
R
L
 
L
T
 
D
D
 
A
T
 
K
S
 
A
A
 
A
Q
 
E
D
 
A
A
 
A
-
 
G
-
 
L
-
 
K
-
 
F
-
 
N
Y
 
Y
V
 
V
A
 
G
G
 
V
D
 
D
N
 
N
T
 
F
A
 
N
F
 
G
G
 
G
K
 
Y
I
 
L
P
 
E
A
 
A
E
 
K
Y
 
N
I
 
L
A
 
A
K
 
E
A
 
A
L
 
I
G
 
G
G
 
K
K
 
K
G
 
G
N
 
N
V
 
V
V
 
A
A
 
I
M
 
L
R
 
E
G
 
G
I
 
I
A
 
-
T
 
P
T
 
G
L
 
V
D
 
D
N
|
N
-
 
G
-
 
E
E
 
Q
R
|
R
M
 
K
D
 
G
A
 
G
F
 
A
N
 
L
S
 
K
V
 
A
L
 
F
K
 
A
N
 
E
H
 
Y
P
 
P
G
 
D
I
 
I
K
 
K
L
 
I
L
 
V
D
 
A
A
 
S
K
 
Q
Y
 
S
A
 
A
N
 
N
W
|
W
N
 
E
R
 
T
D
 
E
D
 
Q
A
 
A
F
 
L
K
 
N
V
 
V
M
 
T
Q
 
T
D
 
N
Y
 
I
L
 
L
T
 
T
R
 
A
F
 
N
P
 
P
Q
 
N
I
 
I
D
 
N
A
 
G
V
 
I
W
 
F
A
 
A
A
 
A
D
x
N
D
 
D
D
 
N
M
 
M
A
 
A
V
 
I
G
 
G
V
 
A
L
 
V
K
 
T
A
 
A
I
 
V
E
 
E
Q
 
N
A
 
A
K
 
G
R
 
L
K
 
A
D
 
G
I
 
K
K
 
V
L
 
L
V
 
V
F
 
S
G
 
G
G
 
Y
A
x
D
G
 
G
A
 
I
K
 
P
G
 
L
M
 
A
I
 
I
K
 
E
T
 
Y
L
 
V
M
 
K
D
 
Q
G
 
G
S
 
K
N
 
-
P
 
-
M
 
-
I
 
M
Q
 
Q
A
 
N
N
 
T
V
 
I
S
 
D
Y
x
Q
S
 
L
P
 
P
K
 
K
F
 
K
I
 
Q
Y
 
V
D
 
A
S
 
I
I
 
A
K
 
I
L
 
E
T
 
H
A
 
A
E
 
L
A
 
K
R
 
Q
I
 
I
K
 
N
G
 
K
E
 
Q
K
 
E
L
 
I
P
 
P
A
 
S
N
 
V
T
 
Y
I
 
Y
I
 
V
P
 
D
S
 
P
V
 
V
L
 
V
I
 
V
T
 
D
K
 
K
E
 
E
T
 
Q
A
 
S
K
 
K
D
 
N
F
 
Y

Sites not aligning to the query:

4yo7A Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from bacillus halodurans c-125 (bh2323, target efi- 511484) with bound myo-inositol
24% identity, 68% coverage: 33:252/325 of query aligns to 6:221/287 of 4yo7A

query
sites
4yo7A
K
 
Q
T
 
K
V
 
V
V
 
I
G
 
G
V
 
V
A
 
S
I
 
I
P
 
S
S
 
N
A
 
L
T
x
D
H
 
E
G
x
F
F
x
L
T
 
T
G
 
-
G
 
-
I
 
-
V
 
-
Y
 
-
W
 
Y
A
 
M
N
 
Q
Q
 
D
A
 
A
K
 
M
K
 
K
D
 
E
L
 
E
E
 
A
K
 
A
A
 
N
H
 
Y
P
 
P
G
 
D
L
 
F
Q
 
E
V
 
F
I
 
I
V
 
F
K
 
S
T
 
D
A
 
A
-
 
Q
G
 
N
G
 
D
A
 
S
P
 
T
E
 
Q
Q
 
Q
A
 
M
N
 
A
Q
 
Q
L
 
V
Q
 
E
D
 
N
L
 
F
V
 
I
T
 
S
V
 
R
N
 
N
K
 
-
I
 
V
N
 
D
A
 
A
L
 
I
V
 
I
I
 
V
F
 
N
P
 
P
F
 
V
E
 
D
S
 
T
A
 
T
A
 
S
L
 
A
T
 
V
K
 
D
P
 
I
V
 
V
A
 
N
Q
 
M
V
 
V
K
 
N
A
 
D
K
 
A
G
 
G
V
 
I
Y
 
P
V
 
I
T
 
I
V
 
I
V
 
A
D
x
N
R
|
R
G
 
T
L
 
F
T
 
D
D
 
G
T
 
V
S
 
D
A
 
Q
Q
 
A
D
 
T
A
 
A
Y
 
F
V
 
V
A
 
G
G
 
S
D
 
E
N
 
S
T
 
I
A
 
Q
F
 
S
G
 
G
K
 
L
I
 
L
P
 
Q
A
 
M
E
 
E
Y
 
E
I
 
V
A
 
A
K
 
K
A
 
L
L
 
L
G
 
N
G
 
N
K
 
E
G
 
G
N
 
N
V
 
I
V
 
A
A
 
I
M
 
M
R
 
D
G
 
G
I
 
-
A
 
-
T
 
-
T
 
E
L
 
L
D
 
G
N
 
H
E
 
E
-
 
A
-
 
Q
-
 
I
-
 
M
R
|
R
M
 
T
D
 
E
A
 
G
F
 
N
N
 
K
S
 
Q
V
 
I
L
 
I
K
 
E
N
 
E
H
 
H
P
 
D
G
 
G
I
 
L
K
 
E
L
 
V
L
 
V
D
 
L
A
 
Q
K
 
G
Y
 
T
A
 
A
N
 
K
W
 
F
N
 
D
R
 
R
D
 
S
D
 
E
A
 
G
F
 
M
K
 
R
V
 
L
M
 
M
Q
 
E
D
 
N
Y
 
W
L
 
L
T
 
N
R
 
S
F
 
G
P
 
T
Q
 
E
I
 
I
D
 
D
A
 
A
V
 
V
W
 
V
A
 
A
A
 
N
D
x
N
D
 
D
D
 
E
M
 
M
A
 
A
V
 
L
G
 
G
V
 
A
L
 
I
K
 
L
A
 
A
I
 
L
E
 
E
Q
 
A
A
 
V
K
 
G
R
 
K
K
x
L
D
 
D
I
 
D
K
x
V
L
 
I
V
 
V
F
 
A
G
 
G

Sites not aligning to the query:

2vk2A Crystal structure of a galactofuranose binding protein (see paper)
26% identity, 82% coverage: 56:323/325 of query aligns to 21:283/296 of 2vk2A

query
sites
2vk2A
N
 
N
Q
 
V
A
 
A
K
 
K
K
 
S
D
 
E
L
 
A
E
 
E
K
 
K
A
 
R
H
 
G
P
 
-
G
 
-
L
 
-
Q
 
-
V
 
I
I
 
T
V
 
L
K
 
K
T
 
I
A
 
A
G
 
D
G
 
G
A
 
Q
P
 
Q
E
 
K
Q
 
Q
A
 
E
N
 
N
Q
 
Q
L
 
I
Q
 
K
D
 
A
L
 
V
V
 
R
T
 
S
-
 
F
-
 
V
V
 
A
N
 
Q
K
 
G
I
 
V
N
 
D
A
 
A
L
 
I
V
 
F
I
 
I
F
 
A
P
 
P
F
 
V
E
 
V
S
 
A
A
 
T
A
 
G
L
 
W
T
 
E
K
 
P
P
 
V
V
 
L
A
 
K
Q
 
E
V
 
A
K
 
K
A
 
D
K
 
A
G
 
E
V
 
I
Y
 
P
V
 
V
T
 
F
V
 
L
V
 
L
D
|
D
R
|
R
G
 
S
L
 
I
-
 
D
-
 
V
T
 
K
D
 
D
T
 
K
S
 
S
A
 
L
Q
 
Y
D
 
M
A
 
T
Y
 
T
V
 
V
A
 
T
G
 
A
D
 
D
N
 
N
T
 
I
A
 
L
F
 
E
G
 
G
K
 
K
I
 
L
P
 
I
A
 
G
E
 
D
Y
 
W
I
 
L
A
 
V
K
 
K
A
 
E
L
 
V
G
 
N
G
 
G
K
 
K
-
 
P
G
 
C
N
 
N
V
 
V
V
 
V
A
 
E
M
 
L
R
 
Q
G
 
G
-
 
T
I
 
V
A
 
G
T
 
A
T
 
S
L
x
V
D
 
A
N
 
I
E
 
D
R
|
R
M
 
K
D
 
K
A
 
G
F
 
F
N
 
A
S
 
E
V
 
A
L
 
I
K
 
K
N
 
N
H
 
A
P
 
P
G
 
N
I
 
I
K
 
K
L
 
I
L
 
I
D
 
R
A
 
S
K
 
Q
Y
 
S
A
 
G
N
 
D
W
x
F
N
 
T
R
 
R
D
 
S
D
 
K
A
 
G
F
 
K
K
 
E
V
 
V
M
 
M
Q
 
E
D
 
S
Y
 
F
L
 
I
-
 
K
-
 
A
-
 
E
T
 
N
R
 
N
F
 
G
P
 
K
Q
 
N
I
 
I
D
 
C
A
 
M
V
 
V
W
 
Y
A
 
A
A
 
H
D
x
N
D
 
D
D
 
D
M
 
M
A
 
V
V
 
I
G
 
G
V
 
A
L
 
I
K
 
Q
A
 
A
I
 
I
E
 
K
Q
 
E
A
 
A
K
 
G
R
 
L
K
 
K
D
 
P
I
 
G
K
 
K
L
 
D
V
 
I
F
 
L
G
 
T
G
 
G
A
 
S
-
 
I
-
x
D
G
 
G
A
 
V
K
 
P
G
 
D
M
 
I
I
 
Y
K
 
K
T
 
A
L
 
M
M
 
M
D
 
D
G
 
G
S
 
E
N
 
-
P
 
-
M
 
-
I
 
A
Q
 
N
A
 
A
N
 
S
V
 
V
S
 
E
Y
x
L
S
 
T
P
 
P
K
 
N
F
 
M
-
 
A
-
 
G
-
 
P
I
 
A
Y
 
F
D
 
D
S
 
A
I
 
L
K
 
-
L
 
-
T
 
-
A
 
-
E
 
-
A
 
-
R
 
-
I
 
-
K
 
-
G
 
-
E
 
E
K
 
K
L
 
Y
P
 
K
A
 
K
N
 
D
T
 
G
I
 
T
I
 
M
P
 
P
S
 
E
V
 
K
L
 
L
-
 
T
I
 
L
T
 
T
K
 
K
E
 
S
T
 
T
A
 
-
K
 
-
D
 
-
F
 
L
Y
 
Y
F
 
L
P
 
P
D
 
D
S
 
T

Sites not aligning to the query:

P39325 Galactofuranose-binding protein YtfQ from Escherichia coli (strain K12) (see 2 papers)
26% identity, 82% coverage: 56:323/325 of query aligns to 43:305/318 of P39325

query
sites
P39325
N
 
N
Q
 
V
A
 
A
K
 
K
K
 
S
D
 
E
L
 
A
E
 
E
K
 
K
A
 
R
H
 
G
P
 
-
G
 
-
L
 
-
Q
 
-
V
 
I
I
 
T
V
 
L
K
 
K
T
 
I
A
 
A
G
 
D
G
 
G
A
 
Q
P
 
Q
E
 
K
Q
 
Q
A
 
E
N
 
N
Q
 
Q
L
 
I
Q
 
K
D
 
A
L
 
V
V
 
R
T
 
S
-
 
F
-
 
V
V
 
A
N
 
Q
K
 
G
I
 
V
N
 
D
A
 
A
L
 
I
V
 
F
I
 
I
F
 
A
P
 
P
F
 
V
E
 
V
S
 
A
A
 
T
A
 
G
L
 
W
T
 
E
K
 
P
P
 
V
V
 
L
A
 
K
Q
 
E
V
 
A
K
 
K
A
 
D
K
 
A
G
 
E
V
 
I
Y
 
P
V
 
V
T
 
F
V
 
L
V
 
L
D
|
D
R
|
R
G
 
S
L
 
I
-
 
D
-
 
V