SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing Ac3H11_3035 FitnessBrowser__acidovorax_3H11:Ac3H11_3035 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

2ioyA Crystal structure of thermoanaerobacter tengcongensis ribose binding protein (see paper)
33% identity, 84% coverage: 32:313/337 of query aligns to 3:268/274 of 2ioyA

query
sites
2ioyA
I
 
I
G
 
G
L
 
L
I
 
V
T
 
I
K
 
S
T
 
T
E
 
L
T
 
N
N
|
N
P
 
P
F
|
F
F
|
F
V
 
V
K
 
T
M
 
L
K
 
K
E
 
N
G
 
G
A
 
A
T
 
E
A
 
E
E
 
K
A
 
A
K
 
K
K
 
E
L
 
L
G
 
G
A
 
Y
K
 
K
L
 
I
V
 
I
S
 
-
A
 
-
A
 
V
G
 
E
K
 
D
T
 
S
D
 
Q
G
 
N
D
 
D
N
 
S
A
 
S
G
 
K
Q
 
E
V
 
L
T
 
S
A
 
N
M
 
V
E
 
E
N
 
D
L
 
L
I
 
I
A
 
Q
A
 
Q
G
 
K
A
 
V
K
 
D
T
 
V
I
 
L
L
 
L
I
 
I
T
 
N
P
 
P
S
 
V
D
 
D
A
 
S
K
 
D
A
 
A
I
 
V
V
 
V
P
 
T
A
 
A
I
 
I
K
 
K
K
 
E
A
 
A
Q
 
N
A
 
S
K
 
K
G
 
N
V
 
I
M
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
T
L
 
I
D
|
D
S
x
R
P
 
S
T
 
A
E
 
N
P
 
G
M
 
G
D
 
D
A
 
V
T
 
V
D
 
-
A
 
C
L
 
H
F
 
I
A
 
A
T
 
S
D
 
D
N
 
N
Y
 
V
K
 
K
A
 
G
G
 
G
E
 
E
L
 
M
I
 
A
G
 
A
Q
 
E
Y
 
F
A
 
I
K
 
A
A
 
K
A
 
A
A
 
L
A
 
K
G
 
G
K
 
K
K
 
G
P
 
N
V
 
V
I
 
V
A
 
-
T
 
E
L
 
L
D
 
E
L
 
G
F
 
I
P
 
P
G
 
G
H
 
A
P
 
S
V
x
A
G
 
A
A
 
R
Q
 
D
R
|
R
H
 
G
N
 
K
G
 
G
F
 
F
L
 
D
K
 
E
G
 
A
F
 
I
G
 
-
L
 
-
Q
 
-
A
 
-
N
 
-
D
 
-
A
 
A
K
 
K
S
 
Y
N
 
P
E
 
D
L
 
I
S
 
-
R
 
-
P
 
-
A
 
-
E
 
K
V
 
I
V
 
V
C
 
A
M
 
K
A
 
Q
D
 
A
S
 
A
F
 
D
G
x
F
D
 
D
R
 
R
A
 
S
K
 
K
G
 
G
Q
 
L
T
 
S
G
 
V
M
 
M
E
 
E
N
 
N
C
 
I
L
 
L
Q
 
Q
K
 
A
N
 
Q
P
 
P
D
 
K
I
 
I
N
 
D
I
 
A
V
 
V
Y
 
F
T
 
A
I
 
Q
N
|
N
E
 
D
P
 
E
A
 
M
A
 
A
A
 
L
G
 
G
A
 
A
Y
 
I
N
 
K
A
 
A
L
 
I
K
 
E
A
 
A
A
 
A
G
 
N
K
 
R
E
 
Q
K
 
-
N
 
G
V
 
I
L
 
I
I
 
V
V
 
V
S
 
G
V
 
F
D
|
D
G
 
G
G
 
T
C
 
E
A
 
D
G
 
A
I
 
L
A
 
K
D
 
A
V
 
I
G
 
K
K
 
E
G
 
G
V
 
K
I
 
M
A
 
A
A
 
A
T
 
T
S
 
I
Q
 
A
Q
|
Q
Y
 
Q
P
 
P
L
 
A
R
 
L
M
 
M
A
 
G
A
 
S
M
 
L
G
 
G
V
 
V
A
 
E
A
 
M
G
 
A
V
 
D
E
 
K
Y
 
Y
A
 
L
K
 
K
T
 
-
G
 
G
K
 
E
K
 
K
V
 
I
S
 
P
G
 
N
Y
 
F
T
 
I
D
 
P
T
 
A
G
 
E
V
 
L
T
 
K
L
 
L
I
 
I

1dbpA Identical mutations at corresponding positions in two homologous proteins with non-identical effects (see paper)
33% identity, 84% coverage: 32:313/337 of query aligns to 4:268/271 of 1dbpA

query
sites
1dbpA
I
 
I
G
 
A
L
 
L
I
 
V
T
 
V
K
 
S
T
 
T
E
 
L
T
 
N
N
|
N
P
 
P
F
|
F
F
 
F
V
 
V
K
 
S
M
 
L
K
 
K
E
 
D
G
 
G
A
 
A
T
 
Q
A
 
K
E
 
E
A
 
A
K
 
D
K
 
K
L
 
L
G
 
G
A
 
Y
K
 
N
L
 
L
V
 
V
S
 
V
A
 
L
A
 
D
G
 
S
K
 
Q
T
 
N
D
 
N
G
 
P
D
 
-
N
 
-
A
 
A
G
 
K
Q
 
E
V
 
L
T
 
A
A
 
N
M
 
V
E
 
Q
N
 
D
L
 
L
I
 
T
A
 
V
A
 
R
G
 
G
A
 
T
K
 
K
T
 
I
I
 
L
L
 
L
I
 
I
T
 
N
P
 
P
S
 
T
D
 
D
A
 
S
K
 
D
A
 
A
I
 
V
V
 
D
P
 
N
A
 
A
I
 
V
K
 
K
K
 
M
A
 
A
Q
 
N
A
 
Q
K
 
A
G
 
N
V
 
I
M
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
T
L
 
L
D
|
D
S
x
R
P
 
Q
T
 
A
E
 
T
P
 
K
M
 
G
D
 
E
A
 
V
T
 
V
D
 
S
A
 
H
L
 
I
F
 
-
A
 
A
T
 
S
D
 
D
N
 
N
Y
 
V
K
 
L
A
 
G
G
 
G
E
 
K
L
 
I
I
 
A
G
 
G
Q
 
D
Y
 
Y
-
 
I
A
 
A
K
 
K
A
 
K
A
 
A
A
 
G
A
 
E
G
 
G
K
 
A
K
 
K
P
 
-
V
 
-
I
 
V
A
 
I
T
 
E
L
 
L
D
 
Q
L
 
G
F
 
I
P
 
A
G
 
G
H
 
T
P
 
S
V
 
A
G
 
A
A
 
R
Q
 
E
R
|
R
H
 
G
N
 
E
G
 
G
F
 
F
L
 
Q
K
 
Q
G
 
A
F
 
V
G
 
A
L
 
A
Q
 
H
A
 
-
N
 
-
D
 
-
A
 
-
K
 
K
S
 
F
N
 
N
E
 
V
L
 
L
-
 
A
S
 
S
R
 
Q
P
 
P
A
 
A
E
 
D
V
x
F
V
 
-
C
 
-
M
 
-
A
 
-
D
 
-
S
 
-
F
 
-
G
 
-
D
 
D
R
 
R
A
 
I
K
 
K
G
 
G
Q
 
L
T
 
N
G
 
V
M
 
M
E
 
Q
N
 
N
C
 
L
L
 
L
Q
 
T
K
 
A
N
 
H
P
 
P
D
 
D
I
 
V
N
 
Q
I
 
A
V
 
V
Y
 
F
T
 
A
I
 
Q
N
|
N
E
 
D
P
 
E
A
 
M
A
 
A
A
 
L
G
 
G
A
 
A
Y
 
L
N
 
R
A
 
A
L
 
L
K
 
Q
A
 
T
A
 
A
G
 
G
K
 
K
E
 
S
K
 
-
N
 
D
V
 
V
L
 
M
I
 
V
V
 
V
S
 
G
V
 
F
D
|
D
G
 
G
G
 
T
C
 
P
A
 
D
G
 
G
I
 
E
A
 
K
D
 
A
V
 
V
G
 
N
K
 
D
G
 
G
V
 
K
I
 
L
A
 
A
A
 
A
T
 
T
S
 
I
Q
 
A
Q
 
Q
Y
 
L
P
 
P
L
 
D
R
 
Q
M
 
I
A
 
G
A
 
A
M
 
K
G
 
G
V
 
V
A
 
E
A
 
T
G
 
A
V
 
D
E
 
K
Y
 
V
A
 
L
K
 
K
T
 
-
G
 
G
K
 
E
K
 
K
V
 
V
S
 
Q
G
 
A
Y
 
K
T
 
Y
D
 
P
T
 
V
G
 
D
V
 
L
T
 
K
L
 
L
I
 
V

7e7mC Crystal structure analysis of the streptococcus agalactiae ribose binding protein rbsb
33% identity, 84% coverage: 32:313/337 of query aligns to 11:274/284 of 7e7mC

query
sites
7e7mC
I
 
L
G
 
G
L
 
V
I
 
S
T
 
I
K
 
S
T
 
T
E
 
T
T
 
N
N
|
N
P
 
P
F
x
Y
F
|
F
V
 
V
K
 
A
M
 
M
K
 
K
E
 
D
G
 
G
A
 
I
T
 
D
-
 
K
-
 
Y
A
 
A
E
 
S
A
 
N
K
 
K
K
 
K
L
 
I
G
 
S
A
 
I
K
 
K
L
 
V
V
 
A
S
 
D
A
 
A
A
 
Q
G
 
D
K
 
-
T
 
-
D
 
-
G
 
-
D
 
D
N
 
A
A
 
A
G
 
R
Q
 
Q
V
 
A
T
 
D
A
 
D
M
 
V
E
 
Q
N
 
N
L
 
F
I
 
I
A
 
S
A
 
Q
G
 
N
A
 
V
K
 
D
T
 
A
I
 
I
L
 
L
I
 
I
T
 
N
P
 
P
S
 
V
D
 
D
A
 
S
K
 
K
A
 
A
I
 
I
V
 
V
P
 
T
A
 
A
I
 
I
K
 
K
K
 
S
A
 
A
Q
 
N
A
 
N
K
 
A
G
 
N
V
 
I
M
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
L
L
 
M
D
|
D
S
x
R
P
 
G
T
 
S
E
 
E
P
 
G
M
 
G
D
 
K
A
 
V
T
 
L
D
 
T
A
 
T
L
 
V
F
 
-
A
 
A
T
 
S
D
 
D
N
 
N
Y
 
V
K
 
A
A
 
A
G
 
G
E
 
K
L
 
M
I
 
A
G
 
A
Q
 
D
Y
 
Y
A
 
A
K
 
-
A
 
V
A
 
K
A
 
K
A
 
L
G
 
G
K
 
K
K
 
K
P
 
A
V
 
K
I
 
A
A
 
F
T
 
E
L
 
L
D
 
S
L
 
G
F
 
V
P
 
P
G
 
G
H
 
A
P
 
S
V
 
A
G
 
T
A
 
V
Q
 
D
R
|
R
H
 
G
N
 
K
G
 
G
F
 
F
L
 
-
K
 
-
G
 
-
F
 
-
G
 
-
L
 
-
Q
 
-
A
 
-
N
 
-
D
 
-
A
 
-
K
 
H
S
 
S
N
 
V
E
 
A
L
 
K
S
 
S
R
 
K
P
 
L
A
 
D
E
 
M
V
 
L
V
 
S
C
 
S
M
 
Q
A
 
S
D
 
A
S
 
N
F
|
F
G
 
-
D
 
D
R
 
R
A
 
A
K
 
K
G
 
A
Q
 
L
T
 
N
G
 
T
M
 
T
E
 
Q
N
 
N
C
 
M
L
 
I
Q
 
Q
K
 
G
N
 
H
P
 
K
D
 
D
I
 
V
N
 
Q
I
 
I
V
 
I
Y
 
F
T
 
A
I
 
Q
N
|
N
E
 
D
P
 
E
A
 
M
A
 
A
A
 
L
G
 
G
A
 
A
Y
 
A
N
 
Q
A
 
A
L
 
V
K
 
K
A
 
S
A
 
A
G
 
G
K
 
L
E
 
Q
K
 
-
N
 
N
V
 
V
L
 
L
I
 
I
V
 
V
S
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
G
G
 
Q
C
 
P
A
 
D
G
 
A
I
 
H
A
 
D
D
 
A
V
 
I
G
 
K
K
 
K
G
 
G
V
 
D
I
 
I
A
 
S
A
 
A
T
 
T
S
 
I
Q
 
A
Q
|
Q
Y
 
Q
P
 
P
L
 
A
R
 
K
M
 
M
A
 
G
A
 
E
M
 
I
G
 
A
V
 
I
A
 
Q
A
 
A
G
 
A
V
 
I
E
 
D
Y
 
Y
A
 
Y
K
 
K
T
 
-
G
 
G
K
 
K
K
 
K
V
 
V
S
 
E
G
 
K
Y
 
E
T
 
T
D
 
I
T
 
S
G
 
P
V
 
I
T
 
Y
L
 
L
I
 
V

4zjpA Structure of an abc-transporter solute binding protein (sbp_ipr025997) from actinobacillus succinogenes (asuc_0197, target efi-511067) with bound beta-d-ribopyranose
31% identity, 77% coverage: 29:289/337 of query aligns to 2:245/270 of 4zjpA

query
sites
4zjpA
E
 
Q
P
 
E
V
 
T
I
 
I
G
 
A
L
 
L
I
 
T
T
 
V
K
 
S
T
 
T
E
 
L
T
 
D
N
|
N
P
 
P
F
|
F
F
|
F
V
 
V
K
 
S
M
 
L
K
 
K
E
 
D
G
 
G
A
 
A
T
 
Q
A
 
K
E
 
K
A
 
A
K
 
T
K
 
E
L
 
L
G
 
G
A
 
Y
K
 
K
L
 
L
V
 
V
S
 
V
A
 
L
A
 
-
G
 
-
K
 
D
T
 
S
D
 
Q
G
 
N
D
 
D
N
 
P
A
 
S
G
 
K
Q
 
E
V
 
L
T
 
S
A
 
N
M
 
V
E
 
E
N
 
D
L
 
L
I
 
T
A
 
V
A
 
R
G
 
G
A
 
A
K
 
K
T
 
V
I
 
L
L
 
L
I
 
I
T
 
N
P
 
P
S
 
T
D
 
D
A
 
S
K
 
A
A
 
A
I
 
V
V
 
S
P
 
N
A
 
A
I
 
V
K
 
A
K
 
I
A
 
A
Q
 
N
A
 
R
K
 
N
G
 
K
V
 
I
M
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
T
L
 
L
D
|
D
S
x
R
P
 
G
T
 
A
E
 
A
P
 
K
M
 
G
D
 
E
A
 
V
T
 
V
D
 
S
A
 
H
L
 
I
F
 
-
A
 
A
T
 
S
D
 
D
N
 
N
Y
 
V
K
 
A
A
 
G
G
 
G
E
 
K
L
 
M
I
 
A
G
 
G
Q
 
D
Y
 
F
A
 
I
K
 
-
A
 
A
A
 
Q
A
 
K
A
 
L
G
 
G
K
 
D
K
 
G
P
 
A
V
 
K
I
 
V
A
 
I
T
 
Q
L
 
L
D
 
E
L
 
G
F
 
L
P
 
A
G
 
G
H
 
T
P
 
S
V
 
A
G
 
A
A
 
R
Q
 
E
R
|
R
H
 
G
N
 
E
G
 
G
F
 
F
L
 
K
K
 
Q
G
 
A
F
 
I
G
 
E
L
 
A
Q
 
H
A
 
K
N
 
F
D
 
D
A
 
V
K
 
L
S
 
A
N
 
-
E
 
-
L
 
-
S
 
S
R
 
Q
P
 
P
A
 
A
E
 
D
V
x
F
V
 
-
C
 
-
M
 
-
A
 
-
D
 
-
S
 
-
F
 
-
G
 
-
D
 
D
R
 
R
A
 
T
K
 
K
G
 
G
Q
 
L
T
 
N
G
 
V
M
 
T
E
 
E
N
 
N
C
 
L
L
 
L
Q
 
A
K
 
S
N
 
K
P
 
G
D
 
S
I
 
V
N
 
Q
I
 
A
V
 
I
Y
 
F
T
 
A
I
 
Q
N
|
N
E
 
D
P
 
E
A
 
M
A
 
A
A
 
L
G
 
G
A
 
A
Y
 
L
N
 
R
A
 
A
L
 
I
K
 
S
A
 
A
A
 
A
G
 
G
K
 
K
E
 
K
K
 
-
N
 
-
V
 
V
L
 
L
I
 
V
V
 
V
S
 
G
V
 
F
D
|
D
G
 
G
G
 
T
C
 
E
A
 
D
G
 
G
I
 
V
A
 
K
D
 
A
V
 
V
G
 
K
K
 
S
G
 
G
V
 
K
I
 
L
A
 
A
A
 
A
T
 
T
S
 
V
Q
 
A
Q
|
Q
Y
 
Q
P
 
P
L
 
E
R
 
L
M
 
I
A
 
G
A
 
S
M
 
L
G
 
G
V
 
V

5dteB Crystal structure of an abc transporter periplasmic solute binding protein (ipr025997) from actinobacillus succinogenes 130z(asuc_0081, target efi-511065) with bound d-allose
30% identity, 77% coverage: 29:289/337 of query aligns to 2:256/287 of 5dteB

query
sites
5dteB
E
 
K
P
 
P
V
 
Q
I
 
I
G
 
A
L
 
L
I
 
L
T
 
M
K
|
K
T
 
T
E
 
L
T
 
S
N
|
N
P
 
E
F
x
Y
F
 
F
V
 
I
K
 
S
M
 
M
K
 
R
E
 
Q
G
 
G
A
 
A
T
 
E
A
 
E
E
 
T
A
 
A
K
 
K
K
 
Q
L
 
K
G
 
D
A
 
I
K
 
D
L
 
L
V
 
I
S
 
V
A
 
Q
A
 
V
G
 
A
K
 
E
T
 
K
D
 
E
G
 
D
D
 
S
N
 
T
A
 
E
G
 
Q
Q
 
L
V
 
V
T
 
G
A
 
L
M
 
V
E
 
E
N
 
N
L
 
M
I
 
I
A
 
A
A
 
K
G
 
K
A
 
V
K
 
D
T
 
A
I
 
I
L
 
I
I
 
V
T
 
T
P
 
P
S
 
N
D
 
D
A
 
S
K
 
I
A
 
A
I
 
F
V
 
I
P
 
P
A
 
A
I
 
F
K
 
Q
K
 
K
A
 
A
Q
 
E
A
 
K
K
 
A
G
 
G
V
 
I
M
 
P
V
 
I
I
 
I
A
 
D
L
 
L
D
|
D
S
 
V
P
 
R
T
 
L
E
 
D
P
 
A
M
 
K
D
 
A
A
 
A
T
 
E
D
 
A
A
 
A
-
 
G
-
 
L
-
 
K
-
 
F
-
 
N
L
 
Y
F
 
V
A
 
G
T
 
V
D
 
D
N
 
N
Y
 
F
K
 
N
A
 
G
G
 
G
E
 
Y
L
 
L
I
 
E
G
 
A
Q
 
K
Y
 
N
A
 
L
K
 
-
A
 
A
A
 
E
A
 
A
A
 
I
G
 
G
K
 
K
K
 
K
P
 
G
V
 
N
I
 
V
A
 
A
T
 
I
L
 
L
D
 
E
L
 
G
F
 
I
P
 
P
G
 
G
H
 
V
P
 
D
V
x
N
G
 
G
A
 
E
Q
 
Q
R
|
R
H
 
K
N
 
G
G
 
G
F
 
A
L
 
L
K
 
K
G
 
A
F
 
F
G
 
A
L
 
-
Q
 
E
A
 
Y
N
 
P
D
 
D
A
 
I
K
 
K
S
 
-
N
 
-
E
 
-
L
 
-
S
 
-
R
 
-
P
 
-
A
 
-
E
 
-
V
 
I
V
 
V
C
 
A
M
 
S
A
 
Q
D
 
S
S
 
A
F
 
N
G
x
W
D
 
E
R
 
T
A
 
E
K
 
Q
G
 
A
Q
 
L
T
 
N
G
 
V
M
 
T
E
 
T
N
 
N
C
 
I
L
 
L
Q
 
T
K
 
A
N
 
N
P
 
P
D
 
N
I
 
I
N
 
N
I
 
G
V
 
I
Y
 
F
T
 
A
I
 
A
N
 
N
E
 
D
P
 
N
A
 
M
A
 
A
A
 
I
G
 
G
A
 
A
Y
 
V
N
 
T
A
 
A
L
 
V
K
 
E
A
 
N
A
 
A
G
 
G
K
 
L
E
 
A
K
 
G
N
 
K
V
 
V
L
 
L
I
 
V
V
 
S
S
 
G
V
 
Y
D
|
D
G
 
G
G
 
I
C
 
P
A
 
L
G
 
A
I
 
I
A
 
E
D
 
Y
V
 
V
G
 
K
K
 
Q
G
 
G
V
 
K
I
 
M
A
 
Q
A
 
N
T
 
T
S
 
I
Q
 
D
Q
|
Q
Y
 
L
P
 
P
L
 
K
R
 
K
M
 
Q
A
 
V
A
 
A
M
 
I
G
 
A
V
 
I

4ry9B Crystal structure of carbohydrate transporter solute binding protein veis_2079 from verminephrobacter eiseniae ef01-2, target efi-511009, a complex with d-talitol
29% identity, 79% coverage: 32:297/337 of query aligns to 5:265/297 of 4ry9B

query
sites
4ry9B
I
 
I
G
 
G
L
 
V
I
 
S
T
 
M
K
|
K
T
 
T
E
 
L
T
 
S
N
 
A
P
 
P
F
x
Y
F
|
F
V
 
A
K
 
A
M
 
Q
K
 
M
E
 
E
G
 
A
A
 
A
T
 
K
A
 
A
E
 
R
A
 
G
K
 
K
K
 
E
L
 
L
G
 
G
A
 
Y
K
 
E
L
 
V
V
 
L
S
 
-
A
 
-
A
 
A
G
 
T
K
 
D
T
 
A
D
 
Q
G
 
G
D
 
K
N
 
L
A
 
Q
G
 
K
Q
 
Q
V
 
I
T
 
S
A
 
D
M
 
V
E
 
E
N
 
D
L
 
L
I
 
V
A
 
T
A
 
R
G
 
G
A
 
V
K
 
K
T
 
L
I
 
L
L
 
I
I
 
I
T
 
N
P
 
P
S
 
A
D
|
D
A
x
S
K
 
E
A
 
G
I
 
L
V
 
V
P
 
N
A
 
A
I
 
V
K
 
N
K
 
N
A
 
A
Q
 
S
A
 
A
K
 
N
G
 
G
V
 
V
M
 
K
V
 
V
I
 
V
A
 
V
L
 
I
D
|
D
S
|
S
P
x
T
T
 
L
E
 
N
P
 
P
M
 
R
D
 
A
A
 
N
T
 
F
D
 
V
A
 
T
L
 
Q
F
 
V
A
 
Q
T
 
S
D
 
S
N
 
N
Y
 
S
K
 
I
A
 
N
G
 
G
E
 
A
L
 
L
I
 
V
G
 
G
Q
 
H
Y
 
W
A
 
V
K
 
I
A
 
E
A
 
E
A
 
V
A
 
G
G
 
N
K
 
K
K
 
S
P
 
L
V
 
K
I
 
I
A
 
A
T
 
L
L
 
L
D
 
S
L
 
G
F
 
E
P
 
K
G
 
G
H
x
N
P
|
P
V
 
V
G
 
G
A
 
Q
Q
 
E
R
|
R
H
 
R
N
 
L
G
 
G
F
 
V
L
 
L
K
 
S
G
 
G
F
 
I
G
 
-
L
 
I
Q
 
E
A
 
A
N
 
Q
D
 
L
A
 
R
K
 
K
S
 
F
N
 
G
E
 
K
L
 
-
S
 
-
R
 
-
P
 
-
A
 
A
E
 
D
V
 
L
V
 
T
C
 
V
M
 
V
A
 
G
D
 
Q
S
 
G
F
 
W
G
 
G
-
 
H
-
x
W
D
 
N
R
 
D
A
 
E
K
 
G
G
 
G
Q
 
L
T
 
K
G
 
A
M
 
M
E
 
E
N
 
D
C
 
L
L
 
L
Q
 
V
K
 
A
N
 
N
P
 
K
D
 
D
I
 
I
N
 
N
I
 
M
V
 
V
Y
 
L
T
 
G
I
 
E
N
|
N
E
 
D
P
 
S
A
 
M
A
 
V
A
 
L
G
 
G
A
 
A
Y
 
R
N
 
R
A
 
A
L
 
I
K
 
E
A
 
S
A
 
A
G
 
G
K
 
R
E
 
T
K
 
G
N
 
I
V
 
L
L
 
L
I
 
V
V
 
A
S
 
A
V
 
A
D
|
D
G
 
A
G
 
Q
C
 
K
A
 
E
G
 
A
I
 
L
A
 
A
D
 
L
V
 
I
G
 
K
K
 
Q
G
 
G
V
 
K
I
 
Y
A
 
G
A
 
V
T
 
T
S
 
G
Q
 
L
Q
 
N
Y
 
D
P
 
P
L
 
A
R
 
L
M
 
V
A
 
A
A
 
R
M
 
T
G
 
A
V
 
I
A
 
D
A
 
L
G
 
G
V
 
V
E
 
K
Y
 
V
A
 
V
K
 
K

4ry9A Crystal structure of carbohydrate transporter solute binding protein veis_2079 from verminephrobacter eiseniae ef01-2, target efi-511009, a complex with d-talitol
29% identity, 79% coverage: 32:297/337 of query aligns to 5:265/297 of 4ry9A

query
sites
4ry9A
I
 
I
G
 
G
L
 
V
I
 
S
T
 
M
K
|
K
T
 
T
E
 
L
T
 
S
N
 
A
P
 
P
F
x
Y
F
|
F
V
 
A
K
 
A
M
 
Q
K
 
M
E
 
E
G
 
A
A
 
A
T
 
K
A
 
A
E
 
R
A
 
G
K
 
K
K
 
E
L
 
L
G
 
G
A
 
Y
K
 
E
L
 
V
V
 
L
S
 
-
A
 
-
A
 
A
G
 
T
K
 
D
T
 
A
D
 
Q
G
 
G
D
 
K
N
 
L
A
 
Q
G
 
K
Q
 
Q
V
 
I
T
 
S
A
 
D
M
 
V
E
 
E
N
 
D
L
 
L
I
 
V
A
 
T
A
 
R
G
 
G
A
 
V
K
 
K
T
 
L
I
 
L
L
 
I
I
 
I
T
 
N
P
 
P
S
 
A
D
 
D
A
 
S
K
 
E
A
 
G
I
 
L
V
 
V
P
 
N
A
 
A
I
 
V
K
 
N
K
 
N
A
 
A
Q
 
S
A
 
A
K
 
N
G
 
G
V
 
V
M
 
K
V
 
V
I
 
V
A
 
V
L
 
I
D
|
D
S
|
S
P
 
T
T
 
L
E
 
N
P
 
P
M
 
R
D
 
A
A
 
N
T
 
F
D
 
V
A
 
T
L
 
Q
F
 
V
A
 
Q
T
 
S
D
 
S
N
 
N
Y
 
S
K
 
I
A
 
N
G
 
G
E
 
A
L
 
L
I
 
V
G
 
G
Q
 
H
Y
 
W
A
 
V
K
 
I
A
 
E
A
 
E
A
 
V
A
 
G
G
 
N
K
 
K
K
 
S
P
 
L
V
 
K
I
 
I
A
 
A
T
 
L
L
 
L
D
 
S
L
 
G
F
 
E
P
 
K
G
 
G
H
x
N
P
 
P
V
 
V
G
 
G
A
 
Q
Q
 
E
R
|
R
H
 
R
N
 
L
G
 
G
F
 
V
L
 
L
K
 
S
G
 
G
F
 
I
G
 
-
L
 
I
Q
 
E
A
 
A
N
 
Q
D
 
L
A
 
R
K
 
K
S
 
F
N
 
G
E
 
K
L
 
-
S
 
-
R
 
-
P
 
-
A
 
A
E
 
D
V
 
L
V
 
T
C
 
V
M
 
V
A
 
G
D
 
Q
S
 
G
F
 
W
G
 
G
-
 
H
-
x
W
D
 
N
R
 
D
A
 
E
K
 
G
G
 
G
Q
 
L
T
 
K
G
 
A
M
 
M
E
 
E
N
 
D
C
 
L
L
 
L
Q
 
V
K
 
A
N
 
N
P
 
K
D
 
D
I
 
I
N
 
N
I
 
M
V
 
V
Y
 
L
T
 
G
I
 
E
N
|
N
E
 
D
P
 
S
A
 
M
A
 
V
A
 
L
G
 
G
A
 
A
Y
 
R
N
 
R
A
 
A
L
 
I
K
 
E
A
 
S
A
 
A
G
 
G
K
 
R
E
 
T
K
 
G
N
 
I
V
 
L
L
 
L
I
 
V
V
 
A
S
 
A
V
 
A
D
|
D
G
 
A
G
 
Q
C
 
K
A
 
E
G
 
A
I
 
L
A
 
A
D
 
L
V
 
I
G
 
K
K
 
Q
G
 
G
V
 
K
I
 
Y
A
 
G
A
 
V
T
 
T
S
 
G
Q
 
L
Q
 
N
Y
 
D
P
 
P
L
 
A
R
 
L
M
 
V
A
 
A
A
 
R
M
 
T
G
 
A
V
 
I
A
 
D
A
 
L
G
 
G
V
 
V
E
 
K
Y
 
V
A
 
V
K
 
K

1rpjA Crystal structure of d-allose binding protein from escherichia coli (see paper)
29% identity, 80% coverage: 34:302/337 of query aligns to 6:270/288 of 1rpjA

query
sites
1rpjA
L
 
V
I
 
V
T
 
L
K
|
K
T
 
T
E
 
L
T
 
S
N
|
N
P
 
P
F
|
F
F
 
W
V
 
V
K
 
D
M
 
M
K
 
K
E
 
K
G
 
G
A
 
I
T
 
E
A
 
D
E
 
E
A
 
A
K
 
K
K
 
T
L
 
L
G
 
G
A
 
V
K
 
S
L
 
V
V
 
D
S
 
I
A
 
F
A
 
A
G
 
S
K
 
P
T
 
S
D
x
E
G
 
G
D
 
D
N
 
F
A
 
Q
G
 
S
Q
 
Q
V
 
L
T
 
Q
A
 
L
M
 
F
E
 
E
N
 
D
L
 
L
I
 
S
A
 
N
A
 
K
G
 
N
A
 
Y
K
 
K
T
 
G
I
 
I
L
 
A
I
 
F
T
 
A
P
 
P
S
 
L
D
 
S
A
 
S
K
 
V
A
 
N
I
 
L
V
 
V
P
 
M
A
 
P
I
 
V
K
 
A
K
 
R
A
 
A
Q
 
W
A
 
K
K
 
K
G
 
G
V
 
I
M
 
Y
V
 
L
I
 
V
A
 
N
L
 
L
D
|
D
S
 
E
P
 
K
T
 
I
E
 
D
P
 
-
M
 
M
D
 
D
A
 
N
-
 
L
-
 
K
-
 
K
-
 
A
-
 
G
-
 
G
-
 
N
T
 
V
D
 
E
A
 
A
L
 
F
F
 
V
A
 
T
T
 
T
D
 
D
N
 
N
Y
 
V
K
 
A
A
 
V
G
 
G
E
 
A
L
 
K
I
 
G
G
 
A
Q
 
S
Y
 
F
A
 
I
K
 
I
A
 
D
A
 
K
A
 
L
A
 
G
G
 
A
K
 
E
K
 
G
P
 
G
V
 
E
I
 
V
A
 
A
T
 
I
L
 
I
D
 
E
L
 
G
F
 
K
P
 
A
G
 
G
H
 
N
P
 
A
V
x
S
G
 
G
A
 
E
Q
 
A
R
|
R
H
 
R
N
 
N
G
 
G
F
 
A
L
 
T
K
 
E
G
 
A
F
 
F
G
 
-
L
 
-
Q
 
-
A
 
-
N
 
-
D
 
-
A
 
K
K
 
K
S
 
A
N
 
S
E
 
Q
L
 
I
-
 
K
-
 
L
-
 
V
-
 
A
S
 
S
R
 
Q
P
 
P
A
 
A
E
 
D
V
 
-
V
 
-
C
 
-
M
 
-
A
 
-
D
 
-
S
 
-
F
 
-
G
x
W
D
 
D
R
 
R
A
 
I
K
 
K
G
 
A
Q
 
L
T
 
D
G
 
V
M
 
A
E
 
T
N
 
N
C
 
V
L
 
L
Q
 
Q
K
 
R
N
 
N
P
 
P
D
 
N
I
 
I
N
 
K
I
 
A
V
 
I
Y
 
Y
T
 
C
I
 
A
N
|
N
E
 
D
P
 
T
A
 
M
A
 
A
A
 
M
G
 
G
A
 
V
Y
 
A
N
 
Q
A
 
A
L
 
V
K
 
A
A
 
N
A
 
A
G
 
G
K
 
K
E
 
T
K
 
G
N
 
K
V
 
V
L
 
L
I
 
V
V
 
V
S
 
G
V
 
T
D
|
D
G
 
G
G
 
I
C
 
P
A
 
E
G
 
A
I
 
R
A
 
K
D
 
M
V
 
V
G
 
E
K
 
A
G
 
G
V
 
Q
I
 
M
A
 
T
A
 
A
T
 
T
S
 
V
Q
 
A
Q
|
Q
Y
 
N
P
 
P
L
 
A
R
 
D
M
 
I
A
 
G
A
 
A
M
 
T
G
 
G
V
 
L
A
 
K
A
 
L
G
 
M
V
 
V
E
 
D
Y
 
A
A
 
E
K
 
K
T
 
S
G
 
G
K
 
K
K
 
V
V
 
I

1gudA Hinge-bending motion of d-allose binding protein from escherichia coli: three open conformations (see paper)
29% identity, 80% coverage: 34:302/337 of query aligns to 6:270/288 of 1gudA

query
sites
1gudA
L
 
V
I
 
V
T
 
L
K
 
K
T
 
T
E
 
L
T
 
S
N
 
N
P
 
P
F
 
F
F
 
W
V
 
V
K
 
D
M
 
M
K
 
K
E
 
K
G
 
G
A
 
I
T
 
E
A
 
D
E
 
E
A
 
A
K
 
K
K
 
T
L
 
L
G
 
G
A
 
V
K
 
S
L
 
V
V
x
D
S
 
I
A
 
F
A
 
A
G
 
S
K
 
P
T
 
S
D
 
E
G
 
G
D
 
D
N
 
F
A
 
Q
G
 
S
Q
 
Q
V
 
L
T
 
Q
A
 
L
M
 
F
E
 
E
N
 
D
L
 
L
I
 
S
A
 
N
A
 
K
G
 
N
A
 
Y
K
 
K
T
 
G
I
 
I
L
 
A
I
 
F
T
 
A
P
 
P
S
 
L
D
 
S
A
 
S
K
 
V
A
 
N
I
 
L
V
 
V
P
 
M
A
 
P
I
 
V
K
 
A
K
 
R
A
 
A
Q
 
W
A
 
K
K
 
K
G
 
G
V
 
I
M
 
Y
V
 
L
I
 
V
A
 
N
L
 
L
D
 
D
S
 
E
P
 
K
T
 
I
E
 
D
P
 
-
M
 
M
D
 
D
A
 
N
-
 
L
-
 
K
-
 
K
-
 
A
-
 
G
-
 
G
-
 
N
T
 
V
D
 
E
A
 
A
L
 
F
F
 
V
A
 
T
T
 
T
D
 
D
N
 
N
Y
 
V
K
 
A
A
 
V
G
 
G
E
 
A
L
 
K
I
 
G
G
 
A
Q
 
S
Y
 
F
A
 
I
K
 
I
A
 
D
A
 
K
A
 
L
A
 
G
G
 
A
K
 
E
K
 
G
P
 
G
V
 
E
I
 
V
A
 
A
T
 
I
L
 
I
D
 
E
L
 
G
F
 
K
P
 
A
G
 
G
H
 
N
P
 
A
V
 
S
G
 
G
A
 
E
Q
 
A
R
 
R
H
 
R
N
 
N
G
 
G
F
 
A
L
 
T
K
 
E
G
 
A
F
 
F
G
 
-
L
 
-
Q
 
-
A
 
-
N
 
-
D
 
-
A
 
K
K
 
K
S
 
A
N
 
S
E
 
Q
L
 
I
-
 
K
-
 
L
-
 
V
-
 
A
S
 
S
R
 
Q
P
 
P
A
 
A
E
 
D
V
 
-
V
 
-
C
 
-
M
 
-
A
 
-
D
 
-
S
 
-
F
 
-
G
 
W
D
 
D
R
 
R
A
 
I
K
 
K
G
 
A
Q
 
L
T
 
D
G
 
V
M
 
A
E
 
T
N
 
N
C
 
V
L
 
L
Q
 
Q
K
 
R
N
 
N
P
 
P
D
 
N
I
 
I
N
 
K
I
 
A
V
 
I
Y
 
Y
T
 
C
I
 
A
N
 
N
E
 
D
P
 
T
A
 
M
A
 
A
A
 
M
G
 
G
A
 
V
Y
 
A
N
 
Q
A
 
A
L
 
V
K
 
A
A
 
N
A
 
A
G
 
G
K
 
K
E
 
T
K
 
G
N
 
K
V
 
V
L
 
L
I
 
V
V
 
V
S
 
G
V
 
T
D
 
D
G
 
G
G
 
I
C
 
P
A
 
E
G
 
A
I
 
R
A
 
K
D
 
M
V
 
V
G
 
E
K
 
A
G
 
G
V
 
Q
I
 
M
A
 
T
A
 
A
T
 
T
S
 
V
Q
 
A
Q
 
Q
Y
 
N
P
 
P
L
 
A
R
 
D
M
 
I
A
 
G
A
 
A
M
 
T
G
 
G
V
 
L
A
 
K
A
 
L
G
 
M
V
 
V
E
 
D
Y
 
A
A
 
E
K
 
K
T
 
S
G
 
G
K
 
K
K
 
V
V
 
I

Sites not aligning to the query:

8wlbA X-ray structure of enterobacter cloacae allose-binding protein in complex with d-psicose (see paper)
29% identity, 80% coverage: 34:302/337 of query aligns to 6:270/288 of 8wlbA

query
sites
8wlbA
L
 
V
I
 
V
T
 
L
K
|
K
T
 
T
E
 
L
T
 
S
N
|
N
P
 
P
F
|
F
F
x
W
V
 
V
K
 
D
M
 
M
K
 
K
E
 
K
G
 
G
A
 
I
T
 
E
A
 
D
E
 
E
A
 
A
K
 
K
K
 
T
L
 
L
G
 
G
A
 
V
K
 
S
L
 
V
V
 
D
S
 
I
A
 
F
A
 
A
G
 
S
K
 
P
T
 
S
D
 
E
G
 
G
D
 
D
N
 
F
A
 
Q
G
 
S
Q
 
Q
V
 
L
T
 
Q
A
 
L
M
 
F
E
 
E
N
 
D
L
 
L
I
 
S
A
 
N
A
 
K
G
 
K
A
 
Y
K
 
K
T
 
G
I
 
I
L
 
A
I
 
F
T
 
A
P
 
P
S
 
L
D
 
S
A
 
S
K
 
V
A
 
N
I
 
L
V
 
V
P
 
M
A
 
P
I
 
V
K
 
A
K
 
R
A
 
A
Q
 
W
A
 
Q
K
 
K
G
 
G
V
 
L
M
 
Y
V
 
L
I
 
V
A
 
N
L
 
L
D
|
D
S
x
E
P
 
K
T
 
I
E
 
D
P
 
-
M
 
M
D
 
D
A
 
N
-
 
L
-
 
K
-
 
K
-
 
A
-
 
G
-
 
G
-
 
N
T
 
V
D
 
E
A
 
G
L
 
F
F
 
V
A
 
T
T
 
T
D
 
D
N
 
N
Y
 
V
K
 
A
A
 
V
G
 
G
E
 
A
L
 
K
I
 
G
G
 
A
Q
 
D
Y
 
F
A
 
I
K
 
I
A
 
N
A
 
K
A
 
L
A
 
G
G
 
A
K
 
E
K
 
G
P
 
G
V
 
E
I
 
V
A
 
A
T
 
I
L
 
I
D
 
E
L
 
G
F
 
K
P
 
A
G
 
G
H
 
N
P
 
A
V
x
S
G
 
G
A
 
E
Q
 
A
R
|
R
H
 
R
N
 
N
G
 
G
F
 
A
L
 
T
K
 
E
G
 
A
F
 
F
G
 
-
L
 
-
Q
 
-
A
 
-
N
 
-
D
 
-
A
 
K
K
 
K
S
 
A
N
 
N
E
 
Q
L
 
I
-
 
K
-
 
L
-
 
V
-
 
A
S
 
S
R
 
Q
P
 
P
A
 
A
E
 
D
V
 
-
V
 
-
C
 
-
M
 
-
A
 
-
D
 
-
S
 
-
F
 
-
G
 
W
D
 
D
R
 
R
A
 
I
K
 
K
G
 
A
Q
 
L
T
 
D
G
 
V
M
 
A
E
 
T
N
 
N
C
 
V
L
 
L
Q
 
Q
K
 
R
N
 
N
P
 
P
D
 
N
I
 
L
N
 
K
I
 
A
V
 
F
Y
 
Y
T
 
C
I
 
A
N
|
N
E
 
D
P
 
T
A
 
M
A
 
A
A
 
M
G
 
G
A
 
V
Y
 
A
N
 
Q
A
 
A
L
 
V
K
 
A
A
 
N
A
 
A
G
 
G
K
 
K
E
 
I
K
 
G
N
 
K
V
 
V
L
 
L
I
 
V
V
 
V
S
 
G
V
 
T
D
|
D
G
 
G
G
 
I
C
 
P
A
 
E
G
 
A
I
 
R
A
 
K
D
 
M
V
 
V
G
 
E
K
 
A
G
 
G
V
 
Q
I
 
M
A
 
T
A
 
A
T
 
T
S
 
V
Q
 
A
Q
|
Q
Y
 
N
P
 
P
L
 
A
R
 
D
M
 
I
A
 
G
A
 
A
M
 
T
G
 
G
V
 
L
A
 
K
A
 
L
G
 
M
V
 
V
E
 
D
Y
 
A
A
 
A
K
 
K
T
 
T
G
 
G
K
 
K
K
 
V
V
 
I

8wl9A X-ray structure of enterobacter cloacae allose-binding protein in complex with d-ribose (see paper)
29% identity, 80% coverage: 34:302/337 of query aligns to 6:270/288 of 8wl9A

query
sites
8wl9A
L
 
V
I
 
V
T
 
L
K
 
K
T
 
T
E
 
L
T
 
S
N
|
N
P
 
P
F
|
F
F
 
W
V
 
V
K
 
D
M
 
M
K
 
K
E
 
K
G
 
G
A
 
I
T
 
E
A
 
D
E
 
E
A
 
A
K
 
K
K
 
T
L
 
L
G
 
G
A
 
V
K
 
S
L
 
V
V
 
D
S
 
I
A
 
F
A
 
A
G
 
S
K
 
P
T
 
S
D
 
E
G
 
G
D
 
D
N
 
F
A
 
Q
G
 
S
Q
 
Q
V
 
L
T
 
Q
A
 
L
M
 
F
E
 
E
N
 
D
L
 
L
I
 
S
A
 
N
A
 
K
G
 
K
A
 
Y
K
 
K
T
 
G
I
 
I
L
 
A
I
 
F
T
 
A
P
 
P
S
 
L
D
 
S
A
 
S
K
 
V
A
 
N
I
 
L
V
 
V
P
 
M
A
 
P
I
 
V
K
 
A
K
 
R
A
 
A
Q
 
W
A
 
Q
K
 
K
G
 
G
V
 
L
M
 
Y
V
 
L
I
 
V
A
 
N
L
 
L
D
|
D
S
 
E
P
 
K
T
 
I
E
 
D
P
 
-
M
 
M
D
 
D
A
 
N
-
 
L
-
 
K
-
 
K
-
 
A
-
 
G
-
 
G
-
 
N
T
 
V
D
 
E
A
 
G
L
 
F
F
 
V
A
 
T
T
 
T
D
 
D
N
 
N
Y
 
V
K
 
A
A
 
V
G
 
G
E
 
A
L
 
K
I
 
G
G
 
A
Q
 
D
Y
 
F
A
 
I
K
 
I
A
 
N
A
 
K
A
 
L
A
 
G
G
 
A
K
 
E
K
 
G
P
 
G
V
 
E
I
 
V
A
 
A
T
 
I
L
 
I
D
 
E
L
 
G
F
 
K
P
 
A
G
 
G
H
 
N
P
 
A
V
 
S
G
 
G
A
 
E
Q
 
A
R
|
R
H
 
R
N
 
N
G
 
G
F
 
A
L
 
T
K
 
E
G
 
A
F
 
F
G
 
-
L
 
-
Q
 
-
A
 
-
N
 
-
D
 
-
A
 
K
K
 
K
S
 
A
N
 
N
E
 
Q
L
 
I
-
 
K
-
 
L
-
 
V
-
 
A
S
 
S
R
 
Q
P
 
P
A
 
A
E
 
D
V
 
-
V
 
-
C
 
-
M
 
-
A
 
-
D
 
-
S
 
-
F
 
-
G
x
W
D
 
D
R
 
R
A
 
I
K
 
K
G
 
A
Q
 
L
T
 
D
G
 
V
M
 
A
E
 
T
N
 
N
C
 
V
L
 
L
Q
 
Q
K
 
R
N
 
N
P
 
P
D
 
N
I
 
L
N
 
K
I
 
A
V
 
F
Y
 
Y
T
 
C
I
 
A
N
|
N
E
 
D
P
 
T
A
 
M
A
 
A
A
 
M
G
 
G
A
 
V
Y
 
A
N
 
Q
A
 
A
L
 
V
K
 
A
A
 
N
A
 
A
G
 
G
K
 
K
E
 
I
K
 
G
N
 
K
V
 
V
L
 
L
I
 
V
V
 
V
S
 
G
V
 
T
D
|
D
G
 
G
G
 
I
C
 
P
A
 
E
G
 
A
I
 
R
A
 
K
D
 
M
V
 
V
G
 
E
K
 
A
G
 
G
V
 
Q
I
 
M
A
 
T
A
 
A
T
 
T
S
 
V
Q
 
A
Q
|
Q
Y
 
N
P
 
P
L
 
A
R
 
D
M
 
I
A
 
G
A
 
A
M
 
T
G
 
G
V
 
L
A
 
K
A
 
L
G
 
M
V
 
V
E
 
D
Y
 
A
A
 
A
K
 
K
T
 
T
G
 
G
K
 
K
K
 
V
V
 
I

3ksmA Crystal structure of abc-type sugar transport system, periplasmic component from hahella chejuensis
26% identity, 84% coverage: 30:313/337 of query aligns to 1:274/276 of 3ksmA

query
sites
3ksmA
P
 
P
V
 
K
I
 
L
G
 
L
L
 
L
I
 
V
T
 
L
K
|
K
T
 
G
E
 
D
T
 
S
N
 
N
P
 
A
F
x
Y
F
 
W
V
 
R
K
 
Q
M
 
V
K
 
Y
E
 
L
G
 
G
A
 
A
T
 
Q
A
 
K
E
 
A
A
 
A
K
 
D
K
 
E
L
 
A
G
 
G
A
 
V
K
 
T
L
 
L
V
 
L
S
 
H
A
 
R
A
 
S
G
 
T
K
 
K
T
 
D
D
 
D
G
 
G
D
 
D
N
 
I
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
V
 
I
T
 
Q
A
 
I
M
 
L
E
 
S
-
 
Y
N
 
H
L
 
L
I
 
S
A
 
Q
A
 
A
G
 
P
A
 
P
K
 
D
T
 
A
I
 
L
L
 
I
I
 
L
T
 
A
P
 
P
S
 
N
D
 
S
A
 
A
K
 
E
A
 
D
I
 
L
V
 
T
P
 
P
A
 
S
I
 
V
K
 
A
K
 
Q
A
 
Y
Q
 
R
A
 
A
K
 
R
G
 
N
V
 
I
M
 
P
V
 
V
I
 
L
A
 
V
L
 
V
D
|
D
S
 
S
P
 
D
T
 
L
E
 
A
P
 
G
M
 
-
D
 
D
A
 
A
T
 
H
D
 
Q
A
 
G
L
 
L
F
 
V
A
 
A
T
 
T
D
 
D
N
 
N
Y
 
Y
-
 
A
K
 
A
A
 
G
G
 
Q
E
 
L
L
 
A
I
 
A
G
 
R
Q
 
A
Y
 
L
A
 
L
K
 
A
A
 
T
A
 
L
A
 
D
A
 
L
G
 
S
K
 
K
K
 
E
P
 
R
V
 
N
I
 
I
A
 
A
T
 
L
L
 
L
D
 
R
L
|
L
F
 
R
P
 
A
G
 
G
H
x
N
P
 
A
V
x
S
G
 
T
A
 
D
Q
 
Q
R
|
R
H
 
E
N
 
Q
G
 
G
F
 
F
L
 
L
K
 
-
G
 
-
F
 
-
G
 
-
L
 
-
Q
 
-
A
 
-
N
 
-
D
 
-
A
 
-
K
 
-
S
 
-
N
 
D
E
 
V
L
 
L
S
 
R
R
 
K
P
 
H
A
 
D
E
 
K
V
 
I
V
 
R
C
 
I
M
 
I
A
 
A
D
 
A
S
 
P
F
 
Y
G
 
A
-
 
G
-
 
D
D
 
D
R
 
R
A
 
G
K
 
A
G
 
A
Q
 
R
T
 
S
G
 
E
M
 
M
E
 
L
N
 
R
C
 
L
L
 
L
Q
 
K
K
 
E
N
 
T
P
 
P
D
 
T
I
 
I
N
 
D
I
 
G
V
 
L
Y
 
F
T
 
T
I
 
P
N
|
N
E
 
E
P
 
S
A
 
T
A
 
T
A
 
I
G
 
G
A
 
A
Y
 
L
N
 
V
A
 
A
L
 
I
K
 
R
A
 
Q
A
 
S
G
 
G
K
 
M
E
 
S
K
 
K
N
 
Q
V
 
F
L
 
G
I
 
F
V
 
I
S
 
G
V
 
F
D
|
D
G
 
Q
G
 
T
C
 
E
A
 
E
G
 
L
I
 
E
A
 
A
D
 
A
V
 
M
G
 
Y
K
 
A
G
 
G
V
 
E
I
 
I
A
 
S
A
 
N
T
 
L
S
 
V
Q
 
V
Q
|
Q
Y
 
N
P
 
P
L
 
E
R
 
Y
M
 
M
A
 
G
A
 
Y
M
 
L
G
 
A
V
 
V
A
 
Q
A
 
R
G
 
A
V
 
L
E
 
D
Y
 
L
A
 
V
K
 
R
T
 
-
G
 
G
K
 
K
K
 
P
V
 
I
S
 
P
G
 
A
Y
 
F
T
 
T
D
 
D
T
 
T
G
 
G
V
 
V
T
 
R
L
 
L
I
 
L

2h3hA Crystal structure of the liganded form of thermotoga maritima glucose binding protein (see paper)
30% identity, 91% coverage: 32:336/337 of query aligns to 4:307/313 of 2h3hA

query
sites
2h3hA
I
 
I
G
 
G
L
 
V
I
 
I
T
 
G
K
|
K
T
 
S
E
 
-
T
 
V
N
 
H
P
 
P
F
 
Y
F
 
W
V
 
S
K
 
Q
M
 
V
K
 
E
E
 
Q
G
 
G
A
 
V
T
 
K
A
 
A
E
 
A
A
 
G
K
 
K
K
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
V
K
 
D
L
 
T
V
 
K
S
 
F
A
 
F
A
 
V
G
 
P
K
 
Q
T
 
K
D
 
E
G
 
D
D
 
I
N
 
N
A
 
A
G
 
-
Q
 
Q
V
 
L
T
 
Q
A
 
M
M
 
L
E
 
E
N
 
S
L
 
F
I
 
I
A
 
A
A
 
E
G
 
G
A
 
V
K
 
N
T
 
G
I
 
I
L
 
A
I
 
I
T
 
A
P
 
P
S
 
S
D
 
D
A
 
P
K
 
T
A
 
A
I
 
V
V
 
I
P
 
P
A
 
T
I
 
I
K
 
K
K
 
K
A
 
A
Q
 
L
A
 
E
K
 
M
G
 
G
V
 
I
M
 
P
V
 
V
I
 
V
A
 
T
L
 
L
D
|
D
S
 
T
P
 
D
T
 
S
E
 
-
P
 
P
M
 
D
D
 
S
A
 
G
T
 
R
D
 
Y
A
 
V
L
 
Y
F
 
I
A
 
G
T
 
T
D
 
D
N
 
N
Y
 
Y
K
 
Q
A
 
A
G
 
G
E
 
Y
L
 
T
I
 
A
G
 
G
Q
 
L
Y
 
I
A
 
M
K
 
K
A
 
E
A
 
L
A
 
L
A
 
G
G
 
G
K
 
K
-
 
G
K
 
K
P
 
V
V
 
V
I
 
I
A
 
G
T
 
T
L
 
G
D
 
S
L
 
L
F
 
T
P
 
A
G
 
M
H
x
N
P
 
S
V
 
L
G
 
-
A
 
-
Q
 
Q
R
|
R
H
 
I
N
 
Q
G
 
G
F
 
F
L
 
-
K
 
-
G
 
-
F
 
-
G
 
-
L
 
-
Q
 
-
A
 
K
N
 
D
D
 
A
A
 
I
K
 
K
S
 
D
N
 
S
E
 
E
L
 
I
S
 
-
R
 
-
P
 
-
A
 
-
E
 
E
V
 
I
V
 
V
C
 
D
M
 
I
A
 
L
D
 
N
S
 
D
F
 
E
G
x
E
D
 
D
R
 
G
A
 
A
K
 
R
G
 
A
Q
 
V
T
 
S
G
 
L
M
 
A
E
 
E
N
 
A
C
 
A
L
 
L
Q
 
N
K
 
A
N
 
H
P
 
P
D
 
D
I
 
L
N
 
D
I
 
A
-
 
F
-
 
F
-
 
G
V
 
V
Y
|
Y
T
x
A
I
 
Y
N
 
N
E
 
G
P
 
P
A
 
A
A
 
Q
A
 
A
G
 
-
A
 
-
Y
 
-
N
 
L
A
 
V
L
 
V
K
 
K
A
 
N
A
 
A
G
 
G
K
 
K
E
 
V
K
 
G
N
 
K
V
 
V
L
 
K
I
 
I
V
 
V
S
 
C
V
 
F
D
|
D
G
 
T
G
 
T
C
 
P
A
 
D
G
 
I
I
 
L
A
 
Q
D
 
Y
V
 
V
G
 
K
K
 
E
G
 
G
V
 
V
I
 
I
A
 
Q
A
 
A
T
 
T
S
 
M
Q
 
G
Q
|
Q
Y
 
R
P
 
P
L
 
Y
R
 
M
M
 
M
A
 
G
A
 
Y
M
 
L
G
 
S
V
 
V
A
 
T
A
 
V
-
 
L
-
 
Y
-
 
L
-
 
M
-
 
N
-
 
K
-
 
I
G
 
G
V
 
V
E
 
Q
Y
 
N
-
 
T
-
 
L
-
 
M
-
 
M
-
 
L
-
 
P
-
 
K
A
 
V
K
 
K
T
 
V
G
 
D
K
 
G
K
 
K
V
 
V
S
 
D
G
 
Y
Y
 
V
T
 
I
D
 
D
T
 
T
G
 
G
V
 
V
T
 
D
L
 
V
I
 
V
A
 
T
A
 
P
K
 
E
P
 
N
M
 
L
A
 
D
G
 
E
V
 
Y
D
 
L
S
 
K
K
 
K
D
 
M
V
 
E
K
 
E
T
 
L
G
 
G
T
 
I
D
 
P
L
 
I
C
 
K
W
 
F
G
 
G
A
 
S

3c6qC Apo and ligand-bound form of a thermophilic glucose/xylose binding protein
32% identity, 84% coverage: 32:313/337 of query aligns to 4:284/305 of 3c6qC

query
sites
3c6qC
I
 
I
G
 
G
L
 
V
I
 
I
T
 
G
K
|
K
T
 
S
E
 
-
T
 
V
N
 
H
P
 
P
F
 
Y
F
x
W
V
 
S
K
 
Q
M
 
V
K
 
E
E
 
Q
G
 
G
A
 
V
T
 
K
A
 
A
E
 
A
A
 
G
K
 
K
K
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
V
K
 
D
L
 
T
V
 
K
S
 
F
A
 
F
A
 
V
G
 
P
K
 
Q
T
 
K
D
 
C
G
 
D
D
 
I
N
 
N
A
 
A
G
 
-
Q
 
Q
V
 
L
T
 
Q
A
 
M
M
 
L
E
 
E
N
 
S
L
 
F
I
 
I
A
 
A
A
 
E
G
 
G
A
 
V
K
 
N
T
 
G
I
 
I
L
 
A
I
 
I
T
 
A
P
 
P
S
 
S
D
 
D
A
 
P
K
 
T
A
 
A
I
 
V
V
 
I
P
 
P
A
 
T
I
 
I
K
 
K
K
 
K
A
 
A
Q
 
L
A
 
E
K
 
M
G
 
G
V
 
I
M
 
P
V
 
V
I
 
V
A
 
T
L
 
L
D
|
D
S
 
T
P
 
D
T
 
S
E
 
-
P
 
P
M
 
D
D
 
S
A
 
G
T
 
R
D
 
Y
A
 
V
L
 
Y
F
 
I
A
 
G
T
 
T
D
 
D
N
 
N
Y
 
Y
K
 
Q
A
 
A
G
 
G
E
 
Y
L
 
T
I
 
A
G
 
G
Q
 
L
Y
 
I
A
 
M
K
 
K
A
 
E
A
 
L
A
 
L
A
 
G
G
 
G
K
 
K
-
 
G
K
 
K
P
 
V
V
 
V
I
 
I
A
 
G
T
 
T
L
 
G
D
 
S
L
 
L
F
 
T
P
 
A
G
 
M
H
x
N
P
 
S
V
 
L
G
 
-
A
 
-
Q
 
Q
R
|
R
H
 
I
N
 
Q
G
 
G
F
 
F
L
 
-
K
 
-
G
 
-
F
 
-
G
 
-
L
 
-
Q
 
-
A
 
K
N
 
D
D
 
A
A
 
I
K
 
K
S
 
D
N
 
S
E
 
E
L
 
I
S
 
-
R
 
-
P
 
-
A
 
-
E
 
E
V
 
I
V
 
V
C
 
D
M
 
I
A
 
L
D
 
N
S
 
D
F
 
C
G
x
E
D
 
D
R
 
G
A
 
A
K
 
R
G
 
A
Q
 
V
T
 
S
G
 
L
M
 
A
E
 
E
N
 
A
C
 
A
L
 
L
Q
 
N
K
 
A
N
 
H
P
 
P
D
 
D
I
 
L
N
 
D
I
 
A
-
 
F
-
 
F
-
 
G
V
 
V
Y
|
Y
T
x
A
I
 
Y
N
 
N
E
 
G
P
 
P
A
 
A
A
 
Q
A
 
A
G
 
-
A
 
-
Y
 
-
N
 
L
A
 
V
L
 
V
K
 
K
A
 
N
A
 
A
G
 
G
K
 
K
E
 
V
K
 
G
N
 
K
V
 
V
L
 
K
I
 
I
V
 
V
S
 
C
V
 
F
D
|
D
G
 
T
G
 
T
C
 
P
A
 
D
G
 
I
I
 
L
A
 
Q
D
 
Y
V
 
V
G
 
K
K
 
E
G
 
G
V
 
V
I
 
I
A
 
Q
A
 
A
T
 
T
S
 
M
Q
 
G
Q
|
Q
Y
 
R
P
 
P
L
 
Y
R
 
M
M
 
M
A
 
G
A
 
Y
M
 
L
G
 
S
V
 
V
A
 
T
A
 
V
-
 
L
-
 
Y
-
 
L
-
 
M
-
 
N
-
 
K
-
 
I
G
 
G
V
 
V
E
 
Q
Y
 
N
-
 
T
-
 
L
-
 
M
-
 
M
-
 
L
-
 
P
-
 
K
A
 
V
K
 
K
T
 
V
G
 
D
K
 
G
K
 
K
V
 
V
S
 
D
G
 
Y
Y
 
V
T
 
I
D
 
D
T
 
T
G
 
G
V
 
V
T
 
D
L
 
V
I
 
V

2fn8A Thermotoga maritima ribose binding protein ribose bound form (see paper)
26% identity, 84% coverage: 32:313/337 of query aligns to 4:278/292 of 2fn8A

query
sites
2fn8A
I
 
M
G
 
A
L
 
I
I
 
V
T
 
I
K
 
S
T
 
T
E
 
L
T
 
N
N
|
N
P
 
P
F
x
W
F
|
F
V
 
V
K
 
V
M
 
L
K
 
A
E
 
E
G
 
T
A
 
A
T
 
K
A
 
Q
E
 
R
A
 
A
K
 
E
K
 
Q
L
 
L
G
 
G
A
 
Y
K
 
E
L
 
-
V
 
-
S
 
A
A
 
T
A
 
I
G
 
F
K
 
D
T
 
S
D
 
Q
G
 
N
D
 
D
N
 
T
A
 
A
G
 
K
Q
 
E
V
 
S
T
 
A
A
 
H
M
 
F
E
 
D
N
 
A
L
 
I
I
 
I
A
 
A
A
 
A
G
 
G
A
 
Y
K
 
D
T
 
A
I
 
I
L
 
I
I
 
F
T
 
N
P
 
P
S
 
T
D
 
D
A
 
A
K
 
D
A
 
G
I
 
S
V
 
I
P
 
A
A
 
N
I
 
V
K
 
K
K
 
R
A
 
A
Q
 
K
A
 
E
K
 
A
G
 
G
V
 
I
M
 
P
V
 
V
I
 
F
A
 
C
L
 
V
D
|
D
S
x
R
P
 
G
T
 
I
E
 
N
P
 
A
M
 
R
D
 
G
A
 
L
T
 
A
D
 
V
A
 
A
L
 
Q
F
 
I
A
 
Y
T
 
S
D
 
D
N
 
N
Y
 
Y
K
 
Y
A
 
G
G
 
G
E
 
V
L
 
L
I
 
M
G
 
G
Q
 
E
Y
 
Y
-
 
F
-
 
V
-
 
K
-
 
F
-
 
L
-
 
K
A
 
E
K
 
K
A
 
Y
A
 
P
A
 
D
A
 
A
G
 
K
K
 
E
K
 
I
P
 
P
V
 
Y
I
 
A
A
 
E
T
 
L
L
 
L
D
 
G
L
 
I
F
 
L
P
 
S
G
 
A
H
 
Q
P
 
P
V
 
T
G
 
W
A
 
-
Q
 
D
R
|
R
H
 
S
N
 
N
G
 
G
F
 
F
L
 
-
K
 
-
G
 
-
F
 
-
G
 
-
L
 
-
Q
 
-
A
 
-
N
 
-
D
 
H
A
 
S
K
 
V
S
 
V
N
 
D
E
 
Q
L
 
Y
S
 
P
R
 
E
P
 
F
A
 
K
E
 
M
V
 
V
V
 
A
C
 
Q
M
 
Q
A
 
S
D
 
A
S
 
E
F
|
F
G
 
-
D
 
D
R
 
R
A
 
D
K
 
T
G
 
A
Q
 
Y
T
 
K
G
 
V
M
 
T
E
 
E
N
 
Q
C
 
I
L
 
L
Q
 
Q
K
 
A
N
 
H
P
 
P
D
 
E
I
 
I
N
 
K
I
 
A
V
 
I
Y
 
W
T
 
C
I
 
G
N
|
N
E
 
D
P
 
A
A
 
M
A
 
A
A
 
L
G
 
G
A
 
A
Y
 
M
N
 
K
A
 
A
L
 
C
K
 
E
A
 
A
A
 
A
G
 
G
K
 
R
E
 
-
K
 
T
N
 
D
V
 
I
L
 
Y
I
 
I
V
 
F
S
 
G
V
 
F
D
|
D
G
 
G
G
 
A
C
 
E
A
 
D
G
 
V
I
 
I
A
 
N
D
 
A
V
 
I
G
 
K
K
 
E
G
 
G
-
 
K
V
 
Q
I
 
I
A
 
V
A
 
A
T
 
T
S
 
I
Q
 
M
Q
|
Q
Y
 
F
P
 
P
L
 
K
R
 
L
M
 
M
A
 
A
A
 
R
M
 
L
G
 
A
V
 
V
A
 
E
A
 
W
G
 
A
V
 
D
E
 
Q
Y
 
Y
A
 
L
K
 
R
T
 
G
G
 
E
K
 
R
K
 
S
V
 
F
S
 
P
G
 
E
Y
 
I
T
 
V
D
 
P
T
 
V
G
 
T
V
 
V
T
 
E
L
 
L
I
 
V

2x7xA Fructose binding periplasmic domain of hybrid two component system bt1754 (see paper)
28% identity, 61% coverage: 72:276/337 of query aligns to 42:237/301 of 2x7xA

query
sites
2x7xA
D
 
D
N
 
N
A
 
S
G
 
K
Q
 
Q
V
 
A
T
 
E
A
 
D
M
 
V
E
 
H
N
 
Y
L
 
F
I
 
M
A
 
D
A
 
E
G
 
G
A
 
V
K
 
D
T
 
L
I
 
L
L
 
I
I
 
I
T
 
S
P
 
A
S
 
N
D
 
E
A
 
A
K
 
A
A
 
P
I
 
M
V
 
T
P
 
P
A
 
I
I
 
V
K
 
E
K
 
E
A
 
A
Q
 
Y
A
 
Q
K
 
K
G
 
G
V
 
I
M
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
L
L
 
V
D
|
D
S
x
R
P
 
K
T
 
I
E
 
L
P
 
S
M
 
-
D
 
D
A
 
K
T
 
Y
D
 
T
A
 
A
L
 
Y
F
 
I
A
 
G
T
 
A
D
 
D
N
 
N
Y
 
Y
K
 
E
A
 
I
G
 
G
E
 
R
L
 
S
I
 
V
G
 
G
Q
 
N
Y
 
Y
A
 
I
K
 
A
A
 
S
A
 
S
A
 
L
A
 
K
G
 
G
K
 
K
K
 
G
P
 
N
V
 
I
I
 
V
A
 
E
T
 
L
L
 
T
D
 
G
L
 
L
F
 
S
P
 
G
G
 
S
H
 
T
P
|
P
V
 
-
G
 
A
A
 
M
Q
 
E
R
|
R
H
 
H
N
 
Q
G
 
G
F
 
F
L
 
M
K
 
A
G
 
A
F
 
I
G
 
S
L
 
-
Q
 
K
A
 
F
N
 
P
D
 
D
A
 
I
K
 
K
S
 
-
N
 
-
E
 
-
L
 
-
S
 
-
R
 
-
P
 
-
A
 
-
E
 
-
V
 
L
V
 
I
C
 
D
M
 
K
A
 
A
D
 
D
S
 
A
F
 
A
G
x
W
D
 
E
R
 
R
A
 
G
K
 
P
G
 
A
Q
 
E
T
 
I
G
 
E
M
 
M
E
 
D
N
 
S
C
 
M
L
 
L
Q
 
R
K
 
R
N
 
H
P
 
P
D
 
K
I
 
I
N
 
D
I
 
A
V
 
V
Y
 
Y
T
 
A
I
 
H
N
|
N
E
 
D
P
x
R
A
 
I
A
 
A
A
 
P
G
 
G
A
 
A
Y
 
Y
N
 
Q
A
 
A
L
 
A
K
 
K
A
 
M
A
 
A
G
 
G
K
 
R
E
 
E
K
 
K
N
 
E
V
 
M
L
 
I
I
 
F
V
 
V
S
 
G
V
 
I
D
|
D
-
 
A
-
 
L
-
 
P
G
 
G
G
 
K
C
 
G
A
 
N
G
 
G
I
 
L
A
 
E
D
 
L
V
 
V
G
 
L
K
 
D
G
 
S
V
 
V
I
 
L
A
 
D
A
 
A
T
 
T

Sites not aligning to the query:

4wutA Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from agrobacterium vitis (avi_5133, target efi-511220) with bound d-fucose
28% identity, 88% coverage: 32:326/337 of query aligns to 3:288/290 of 4wutA

query
sites
4wutA
I
 
I
G
 
A
L
 
V
I
 
I
T
 
V
K
|
K
T
 
T
E
 
V
T
 
N
N
 
S
P
 
T
F
 
F
F
x
W
V
 
Q
K
 
N
M
 
V
K
 
Q
E
 
K
G
 
G
A
 
A
T
 
D
A
 
A
E
 
A
A
 
I
K
 
G
K
 
K
L
 
Q
G
 
K
A
 
A
K
 
H
L
 
T
V
 
I
S
 
T
A
 
F
A
 
Q
G
 
G
-
 
P
K
 
A
T
 
A
D
x
E
G
 
S
D
 
A
N
 
I
A
 
A
G
 
D
Q
 
Q
V
 
V
T
 
N
A
 
M
M
 
V
E
 
E
N
 
N
L
 
A
I
 
V
A
 
N
A
 
R
G
 
K
A
 
V
K
 
D
T
 
A
I
 
I
L
 
L
I
 
L
T
 
A
P
 
P
S
 
S
D
 
D
A
 
P
K
 
D
A
 
A
I
 
L
V
 
V
P
 
P
A
 
A
I
 
V
K
 
K
K
 
K
A
 
A
Q
 
W
A
 
E
K
 
A
G
 
R
V
 
I
M
 
P
V
 
V
I
 
V
A
 
I
L
 
I
D
|
D
S
 
S
-
 
M
-
 
L
P
 
S
T
 
K
E
 
D
P
 
A
M
 
E
D
 
K
A
 
Y
T
 
Y
D
 
Q
A
 
A
L
 
F
F
 
L
A
 
A
T
 
T
D
 
D
N
 
N
Y
 
K
K
 
A
A
 
A
G
 
G
E
 
E
L
 
L
I
 
A
G
 
A
Q
 
K
-
 
A
-
 
M
Y
 
I
A
 
Q
K
 
K
A
 
V
A
 
G
A
 
T
A
 
E
G
 
G
K
 
K
K
 
I
P
 
A
V
 
V
I
 
M
A
 
S
T
 
-
L
 
-
D
 
-
L
 
-
F
 
-
P
 
-
G
 
-
H
 
Y
P
 
V
V
 
A
G
 
G
A
 
A
Q
 
G
R
 
S
H
 
E
N
 
I
G
 
G
F
x
R
L
 
V
K
 
G
G
 
G
F
 
F
G
 
-
L
 
-
Q
 
-
A
 
T
N
 
D
D
 
Y
A
 
I
K
|
K
S
 
A
N
 
N
E
x
S
L
 
-
S
 
-
R
 
-
P
 
K
A
 
L
E
 
Q
V
 
I
V
 
V
C
 
G
M
 
P
A
 
Y
D
 
Y
S
 
S
F
 
Q
G
 
S
D
 
Q
R
 
M
A
 
A
K
 
T
G
 
A
Q
 
L
T
x
N
G
 
Q
M
 
T
E
 
T
N
x
D
C
 
V
L
 
L
Q
 
A
K
 
A
N
 
N
P
 
A
D
 
D
I
 
L
N
 
K
I
 
G
V
 
I
Y
 
F
T
 
G
I
 
A
N
|
N
E
 
E
P
 
P
A
 
T
A
 
A
A
 
I
G
 
G
A
 
M
Y
 
G
N
 
R
A
 
A
L
 
I
K
 
K
A
 
Q
A
 
A
G
 
G
K
 
K
E
 
A
K
 
G
N
 
K
V
 
L
L
 
V
I
 
A
V
 
I
S
 
G
V
 
F
D
|
D
G
 
G
G
 
N
C
 
Q
A
 
D
G
 
L
I
 
Q
A
 
E
D
 
F
V
 
V
G
 
K
K
 
D
G
 
G
V
 
T
I
 
L
A
 
E
A
 
A
T
 
T
S
 
V
Q
 
V
Q
|
Q
Y
 
G
P
 
S
L
 
Y
R
 
Q
M
 
M
A
 
G
A
 
E
M
 
K
G
 
G
V
 
V
A
 
D
A
 
T
G
 
L
V
 
L
E
 
K
Y
 
L
A
 
L
K
 
-
T
 
S
G
 
K
K
 
E
K
 
K
V
 
V
S
 
E
G
 
K
Y
 
F
T
 
I
D
 
D
T
 
T
G
 
G
V
 
V
T
 
V
L
 
V
I
 
V
A
 
T
A
 
K
K
 
Q
P
 
N
M
 
I
A
 
D
G
 
K
V
 
P
D
 
E
S
 
A
K
 
K
D
 
N
V
 
V

5dkvA Crystal structure of an abc transporter solute binding protein from agrobacterium vitis(avis_5339, target efi-511225) bound with alpha-d- tagatopyranose
25% identity, 84% coverage: 32:313/337 of query aligns to 9:286/303 of 5dkvA

query
sites
5dkvA
I
 
I
G
 
A
L
 
L
I
 
I
T
 
P
K
 
G
T
 
L
E
 
T
T
 
T
N
x
D
P
 
A
F
|
F
F
 
Y
V
 
I
K
 
T
M
 
M
K
 
H
E
 
K
G
 
G
A
 
A
T
 
E
A
 
A
E
 
A
A
 
A
K
 
A
K
 
A
L
 
I
G
 
-
A
 
G
K
 
A
L
 
Q
V
 
I
S
 
I
A
 
F
A
 
Q
G
 
G
K
 
A
T
 
P
D
 
D
G
 
F
D
 
N
N
 
P
A
 
V
G
 
T
Q
 
Q
V
 
V
T
 
P
A
 
V
M
 
L
E
 
D
N
 
A
L
 
V
I
 
I
A
 
A
A
 
K
G
 
K
A
 
P
K
 
D
T
 
A
I
 
I
L
 
L
I
 
I
T
 
A
P
 
P
S
 
T
D
 
D
A
 
T
K
 
T
A
 
Q
I
 
L
V
 
V
P
 
Q
A
 
P
I
 
L
K
 
K
K
 
K
A
 
A
Q
 
A
A
 
D
K
 
A
G
 
G
V
 
I
M
 
P
V
 
M
I
 
I
A
 
T
L
 
V
D
|
D
S
 
T
P
 
F
T
 
I
E
 
G
P
 
T
M
 
G
D
 
D
-
 
Y
-
 
Q
-
 
T
-
 
G
A
 
A
T
 
G
D
 
D
A
 
G
L
 
D
F
 
F
-
 
P
-
 
L
-
 
S
-
 
Y
-
 
I
A
 
A
T
 
S
D
 
D
N
 
N
Y
 
V
K
 
L
A
 
G
G
 
G
E
 
E
L
 
I
I
 
A
G
 
A
Q
 
R
Y
 
-
A
 
S
K
 
L
A
 
A
A
 
L
A
 
A
A
 
I
G
 
G
K
 
D
K
 
K
P
 
G
V
 
K
I
 
V
A
 
Y
T
 
V
L
 
S
D
 
N
L
 
V
F
 
K
P
 
P
G
 
G
H
 
V
P
 
S
V
x
T
G
 
T
A
 
D
Q
 
Q
R
|
R
H
 
E
N
 
Q
G
 
G
F
 
F
L
 
-
K
 
-
G
 
-
F
 
-
G
 
-
L
 
-
Q
 
-
A
 
-
N
 
-
D
 
-
A
 
-
K
 
-
S
 
K
N
 
S
E
 
E
L
 
M
S
 
A
R
 
K
P
 
H
A
 
P
E
 
G
V
 
I
V
 
T
C
 
V
M
 
L
A
 
E
D
 
T
S
 
Q
F
 
F
G
 
N
D
 
D
R
 
N
-
 
D
-
 
A
A
 
N
K
 
K
G
 
A
Q
 
A
T
 
S
G
 
Q
M
 
L
E
 
Q
N
 
A
C
 
V
L
 
Y
Q
 
A
K
 
R
N
 
N
P
 
P
D
 
D
I
 
L
N
 
A
I
 
G
V
 
V
Y
 
F
T
 
G
I
 
A
N
|
N
E
x
L
P
 
F
A
 
S
A
 
G
A
 
L
G
 
G
A
 
S
Y
 
A
N
 
N
A
 
G
L
 
V
K
 
Q
A
 
Q
A
 
A
G
 
G
K
 
Q
E
 
S
K
 
G
N
 
T
V
 
I
L
 
K
I
 
V
V
 
V
S
 
A
V
 
F
D
|
D
G
 
A
G
 
P
C
 
G
A
 
S
G
 
V
I
 
V
A
 
D
D
 
N
V
 
L
G
 
K
K
 
S
G
 
G
V
 
L
I
 
I
A
 
D
A
 
F
T
 
A
S
 
I
Q
 
A
Q
|
Q
Y
 
H
P
 
P
L
 
A
R
 
E
M
 
I
A
 
G
A
 
Y
M
 
Y
G
 
G
V
 
V
A
 
I
A
 
S
G
 
A
V
 
Y
E
 
A
Y
 
H
A
 
L
K
 
-
T
 
T
G
 
G
K
 
Q
K
 
S
V
 
I
S
 
P
G
 
T
Y
 
K
T
 
I
D
 
G
T
 
T
G
 
G
V
 
F
T
 
T
L
 
V
I
 
I

4rxtA Crystal structure of carbohydrate transporter solute binding protein arad_9553 from agrobacterium radiobacter, target efi-511541, in complex with d-arabinose
26% identity, 87% coverage: 28:319/337 of query aligns to 3:286/295 of 4rxtA

query
sites
4rxtA
S
 
A
E
 
E
P
 
V
V
 
T
I
 
I
G
 
P
L
 
I
I
 
I
T
 
V
K
|
K
T
 
D
E
 
T
T
 
T
N
 
S
P
 
F
F
x
Y
F
 
W
V
 
Q
K
 
I
M
 
V
K
 
L
E
 
A
G
 
G
A
 
A
T
 
R
A
 
K
E
 
A
A
 
G
K
 
K
K
 
D
L
 
L
G
 
G
A
 
V
K
 
K
L
 
V
V
 
P
S
 
E
A
 
L
A
 
G
G
 
A
K
 
Q
T
 
A
D
x
E
G
 
T
D
 
D
N
 
V
A
 
N
G
 
G
Q
 
Q
V
 
I
T
 
S
A
 
I
M
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
A
I
 
V
A
 
A
A
 
G
G
 
K
A
 
P
K
 
A
T
 
A
I
 
I
L
 
V
I
 
I
T
 
S
P
 
P
S
 
T
D
 
E
A
 
F
K
 
K
A
 
A
I
 
L
V
 
G
P
 
K
A
 
P
I
 
V
K
 
D
K
 
E
A
 
A
Q
 
-
A
 
A
K
 
K
G
 
S
V
 
V
M
 
P
V
 
I
I
 
I
A
 
G
L
 
I
D
|
D
S
 
S
P
 
G
T
 
A
E
 
D
P
 
S
M
 
-
D
 
K
A
 
A
T
 
F
D
 
K
A
 
S
L
 
F
F
 
L
A
 
T
T
 
T
D
 
D
N
 
N
Y
 
T
K
 
Q
A
 
G
G
 
G
E
 
R
L
 
I
-
 
A
-
 
A
-
 
D
-
 
G
I
 
L
G
 
A
Q
 
A
Y
 
A
A
 
I
K
 
K
A
 
A
A
 
M
A
 
T
A
 
G
G
 
K
K
 
E
K
 
E
P
 
G
V
 
D
I
 
V
A
 
V
T
 
I
L
 
I
D
 
T
L
 
N
F
 
T
P
 
P
G
 
G
H
 
A
P
 
G
V
x
S
G
 
L
A
 
E
Q
 
Q
R
|
R
H
 
R
N
 
T
G
 
G
F
 
F
L
 
L
K
 
D
G
 
Q
F
 
V
G
 
K
L
 
T
Q
 
K
A
 
Y
N
 
P
D
 
G
A
 
L
K
 
K
S
 
-
N
 
-
E
 
-
L
 
-
S
 
-
R
 
-
P
 
-
A
 
-
E
 
-
V
 
-
V
 
-
C
 
V
M
 
V
A
 
A
D
 
D
S
 
K
F
 
Y
G
 
A
D
 
D
R
 
-
A
 
G
K
 
Q
G
 
A
Q
 
T
T
 
T
G
 
G
-
 
L
-
 
N
-
 
I
M
 
M
E
 
T
N
 
D
C
 
L
L
 
I
Q
 
T
K
 
A
N
 
N
P
 
P
D
 
K
I
 
I
N
 
V
I
 
G
V
 
V
Y
 
F
T
 
A
I
 
S
N
|
N
E
 
L
P
 
I
A
 
M
A
 
A
A
 
Q
G
 
G
A
 
V
Y
 
G
N
 
Q
A
 
A
L
 
I
K
 
A
A
 
E
A
 
N
G
 
K
K
 
L
E
 
S
K
 
D
N
 
K
V
 
V
L
 
K
I
 
V
V
 
I
S
 
G
V
 
F
D
|
D
G
 
S
G
 
D
C
 
D
A
 
K
G
 
T
I
 
L
A
 
G
D
 
F
V
 
L
G
 
K
K
 
S
G
 
G
V
 
A
I
 
I
A
 
A
A
 
G
T
 
L
S
 
V
Q
 
V
Q
|
Q
Y
 
D
P
 
P
L
 
Y
R
 
R
M
 
M
A
 
G
A
 
Y
M
 
D
G
 
G
V
 
I
A
 
K
A
 
T
G
 
A
V
 
L
E
 
A
Y
 
V
A
 
S
K
 
K
T
 
-
G
 
G
K
 
E
K
 
K
V
 
V
S
 
E
G
 
A
Y
 
N
T
 
V
D
 
D
T
 
T
G
 
G
V
 
A
T
 
N
L
 
L
I
 
V
A
 
T
A
 
K
K
 
A
P
 
N
M
 
M
A
 
S

5ibqA Crystal structure of an abc solute binding protein from rhizobium etli cfn 42 (rhe_pf00037,target efi-511357) in complex with alpha-d-apiose
28% identity, 80% coverage: 31:298/337 of query aligns to 4:257/287 of 5ibqA

query
sites
5ibqA
V
 
L
I
 
I
G
 
A
L
 
I
I
 
I
T
 
T
K
 
P
T
 
A
E
 
H
T
 
D
N
|
N
P
 
P
F
|
F
F
 
F
V
 
K
K
 
A
M
 
E
K
 
A
E
 
V
G
 
G
A
 
A
T
 
E
A
 
A
E
 
K
A
 
A
K
 
K
K
 
E
L
 
L
G
 
G
A
 
Y
K
 
E
L
 
T
V
 
L
S
 
V
A
 
M
A
 
T
G
 
-
K
 
-
T
 
H
D
 
D
G
 
D
D
 
D
N
 
A
A
 
N
G
 
K
Q
 
Q
V
 
S
T
 
E
A
 
M
M
 
I
E
 
D
N
 
T
L
 
A
I
 
I
A
 
G
A
 
R
G
 
G
A
 
A
K
 
K
T
 
A
I
 
I
L
 
I
I
 
L
T
 
D
P
 
N
S
 
A
D
 
G
A
 
A
K
 
D
A
 
A
I
 
S
V
 
V
P
 
A
A
 
A
I
 
V
K
 
K
K
 
K
A
 
A
Q
 
K
A
 
D
K
 
A
G
 
G
V
 
I
M
 
P
V
 
S
I
 
F
A
 
L
L
 
I
D
|
D
S
x
R
P
 
E
T
 
I
E
 
N
P
 
A
M
 
T
D
 
G
A
 
V
T
 
A
D
 
V
A
 
A
L
 
Q
F
 
I
A
 
V
T
 
S
D
 
N
N
 
N
Y
 
Y
K
 
Q
A
 
G
G
 
A
E
 
Q
L
 
L
I
 
-
G
 
G
Q
 
A
Y
 
Q
A
 
E
K
 
F
A
 
V
A
 
K
A
 
L
A
 
M
G
 
G
K
 
E
K
 
K
P
 
G
V
 
N
I
 
Y
A
 
V
T
 
E
L
 
L
D
 
-
L
 
-
F
 
-
P
 
-
G
 
-
H
 
-
P
 
-
V
 
V
G
 
G
A
 
K
Q
 
E
R
 
S
H
x
D
-
 
T
N
|
N
G
 
A
F
 
G
L
 
I
K
x
R
G
 
S
F
 
Q
G
 
G
L
 
Y
Q
 
H
A
 
-
N
 
-
D
 
-
A
 
-
K
 
-
S
 
-
N
x
D
E
 
V
L
 
I
S
x
D
R
x
D
P
 
Y
A
 
P
E
 
E
V
 
M
V
 
K
C
 
S
M
 
V
A
 
A
D
 
K
S
 
Q
F
 
S
G
 
A
D
 
N
R
x
W
A
 
S
K
 
Q
G
 
T
Q
 
E
-
 
A
-
 
Y
T
 
S
G
 
K
M
 
M
E
 
E
N
 
T
C
 
I
L
 
L
Q
 
Q
K
 
A
N
 
N
P
 
P
D
 
D
I
 
I
N
 
K
I
 
G
V
 
V
Y
 
I
T
 
S
I
 
G
N
|
N
E
 
D
P
 
T
A
 
M
A
 
A
A
 
M
G
 
G
A
 
A
Y
 
I
N
 
A
A
 
A
L
 
L
K
 
Q
A
 
A
A
 
A
G
 
G
K
 
R
E
 
-
K
 
K
N
 
D
V
 
V
L
 
I
I
 
V
V
 
V
S
 
G
V
 
F
D
|
D
G
 
G
G
 
S
C
 
N
A
 
D
G
 
V
I
 
R
A
 
D
D
 
S
V
 
I
G
 
K
K
 
S
G
 
G
V
 
G
I
 
I
A
 
K
A
 
A
T
 
T
S
 
V
Q
 
L
Q
 
Q
Y
 
P
P
 
A
L
 
Y
R
 
A
M
 
Q
A
 
A
A
 
Q
M
 
L
G
 
A
V
 
V
A
 
E
A
 
Q
G
 
A
V
 
D
E
 
A
Y
 
Y
A
 
I
K
 
K
T
 
N

Query Sequence

>Ac3H11_3035 FitnessBrowser__acidovorax_3H11:Ac3H11_3035
MQRTPAFALSALALTGALACGLAQAQTSEPVIGLITKTETNPFFVKMKEGATAEAKKLGA
KLVSAAGKTDGDNAGQVTAMENLIAAGAKTILITPSDAKAIVPAIKKAQAKGVMVIALDS
PTEPMDATDALFATDNYKAGELIGQYAKAAAAGKKPVIATLDLFPGHPVGAQRHNGFLKG
FGLQANDAKSNELSRPAEVVCMADSFGDRAKGQTGMENCLQKNPDINIVYTINEPAAAGA
YNALKAAGKEKNVLIVSVDGGCAGIADVGKGVIAATSQQYPLRMAAMGVAAGVEYAKTGK
KVSGYTDTGVTLIAAKPMAGVDSKDVKTGTDLCWGAK

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory