SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing Ac3H11_4370 FitnessBrowser__acidovorax_3H11:Ac3H11_4370 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 7 hits to proteins with known functional sites (download)

6p3hC Crystal structure of ligu(k66m) bound to substrate (see paper)
46% identity, 88% coverage: 40:389/396 of query aligns to 6:351/352 of 6p3hC

query
sites
6p3hC
P
 
P
C
 
C
V
 
M
L
 
W
M
 
M
R
 
R
G
 
G
G
 
G
T
 
T
S
|
S
R
 
K
G
 
G
P
 
G
F
 
Y
F
 
F
L
 
L
A
 
R
D
 
A
W
 
D
L
 
L
P
 
P
Q
 
A
A
 
D
P
 
T
E
 
A
A
 
A
R
 
R
D
 
D
R
 
A
T
 
F
L
 
L
I
 
L
A
 
A
A
 
V
L
 
M
G
 
G
S
 
S
P
 
P
H
 
D
E
 
P
L
 
R
Q
 
Q
I
 
I
D
 
D
G
 
G
L
 
M
G
 
G
G
 
G
G
 
A
N
 
D
S
 
P
L
 
L
T
 
T
S
 
S
K
 
M
V
 
V
A
 
A
I
 
V
V
 
V
S
 
S
R
 
K
S
 
S
T
 
E
Q
 
R
P
 
P
D
 
G
C
 
I
D
 
D
V
 
V
D
 
D
Y
 
Y
L
 
L
F
 
F
A
 
L
Q
 
Q
V
 
V
S
 
F
V
 
V
Q
 
D
E
 
Q
A
 
A
R
 
I
V
 
V
D
 
T
T
 
D
R
 
A
P
x
Q
N
 
N
C
|
C
G
|
G
N
|
N
M
 
I
L
 
L
A
 
A
G
 
G
V
 
V
G
 
G
P
 
P
F
 
F
A
 
A
I
 
I
E
 
E
Q
 
R
G
 
G
L
 
L
V
 
V
A
 
A
P
 
A
S
 
S
G
 
G
Q
 
D
G
 
-
T
 
E
T
 
T
R
 
R
V
 
V
R
 
A
V
 
I
Y
 
F
N
 
M
V
 
E
N
 
N
T
 
T
R
 
G
S
 
Q
R
 
V
I
 
A
D
 
V
V
 
A
Q
 
T
V
 
V
C
 
R
T
 
T
A
 
P
G
 
G
G
 
G
Q
 
S
V
 
V
H
 
T
Y
 
Y
D
 
A
G
 
G
D
 
D
V
 
A
R
 
A
I
 
I
D
 
D
G
 
G
V
 
V
K
 
P
G
 
G
T
 
T
A
 
H
A
 
A
P
 
P
V
 
I
L
 
P
M
 
T
N
 
E
F
 
F
L
 
R
D
 
D
A
 
T
W
 
A
G
 
G
A
 
S
V
 
S
T
 
C
G
 
G
Q
 
A
I
 
L
F
 
L
P
 
P
T
 
S
G
 
G
Q
 
N
R
 
A
I
 
V
D
 
D
H
 
V
I
 
V
Q
 
N
G
 
G
L
 
L
D
 
P
V
 
V
T
 
T
C
 
L
I
 
I
D
 
D
A
 
N
A
 
G
Q
 
M
V
 
P
M
 
C
V
 
V
L
 
V
V
 
M
R
 
K
A
 
A
A
 
A
D
 
D
L
 
V
G
 
G
L
 
I
R
 
T
G
 
G
D
 
Y
E
 
E
T
 
D
P
 
R
A
 
D
E
 
S
L
 
L
D
 
D
T
 
A
N
 
N
T
 
A
A
 
E
L
 
L
L
 
K
A
 
A
R
 
K
L
 
I
E
 
E
A
 
A
L
 
I
R
 
R
L
 
L
E
 
A
A
 
V
G
 
G
Q
 
E
R
 
L
M
 
M
G
 
N
M
 
L
G
 
G
D
 
D
V
 
V
T
 
T
H
 
E
S
 
K
V
 
S
L
 
V
P
 
P
K
|
K
P
 
M
V
 
M
I
 
L
V
 
V
S
 
A
P
 
P
G
 
P
T
 
R
S
 
D
P
 
G
G
 
G
C
 
A
V
 
V
V
 
C
S
 
V
R
 
R
Y
 
S
F
 
F
T
 
I
P
 
P
H
 
H
Q
 
R
C
 
A
H
|
H
R
 
A
S
 
T
H
 
I
A
x
G
V
|
V
T
x
L
G
 
G
A
 
A
I
 
V
G
 
S
V
 
V
A
 
A
A
 
T
A
 
A
S
 
C
V
 
L
L
 
I
P
 
P
G
 
G
T
 
S
V
 
P
A
 
A
T
 
A
D
 
E
E
 
V
R
 
A
S
 
V
P
 
V
P
 
P
S
 
E
A
 
G
G
 
A
L
 
R
R
 
K
R
 
T
V
 
L
E
 
S
V
 
I
Q
 
E
H
 
H
P
 
P
A
 
T
G
 
G
R
 
E
I
 
M
Q
 
S
V
 
C
E
 
-
V
 
-
E
 
-
L
 
V
S
 
L
E
 
E
V
 
V
D
 
D
G
 
D
Q
 
A
F
 
G
K
 
N
L
 
V
V
 
V
Q
 
S
A
 
A
A
 
A
L
 
L
V
 
L
R
 
R
T
 
T
A
 
A
R
 
R
K
 
K
I
 
L
L
 
M
E
 
D
G
 
G
T
 
V
L
 
V
F
 
F
V
 
V

6p3jB Crystal structure of ligu (see paper)
46% identity, 89% coverage: 40:391/396 of query aligns to 11:350/352 of 6p3jB

query
sites
6p3jB
P
 
P
C
 
C
V
 
M
L
 
W
M
 
M
R
 
R
G
 
G
G
 
G
T
 
T
S
 
S
R
 
K
G
 
G
P
 
G
F
 
Y
F
 
F
L
 
L
A
 
R
D
 
A
W
 
D
L
 
L
P
 
P
Q
 
A
A
 
D
P
 
T
E
 
A
A
 
A
R
 
R
D
 
D
R
 
A
T
 
F
L
 
L
I
 
L
A
 
A
A
 
V
L
 
M
G
 
G
S
 
S
P
 
P
H
 
D
E
 
P
L
 
R
Q
 
Q
I
 
I
D
 
D
G
 
G
L
 
M
G
 
G
G
 
G
G
 
A
N
 
D
S
 
P
L
 
L
T
 
T
S
 
S
K
 
K
V
 
V
A
 
A
I
 
V
V
 
V
S
 
S
R
 
K
S
 
S
T
 
E
Q
 
R
P
 
P
D
 
G
C
 
I
D
 
D
V
 
V
D
 
D
Y
 
Y
L
 
L
F
 
F
A
 
L
Q
 
Q
V
 
V
S
 
F
V
 
V
Q
 
D
E
 
Q
A
 
A
R
 
I
V
 
V
D
 
T
T
 
D
R
 
A
P
 
Q
N
 
N
C
 
C
G
 
G
N
 
N
M
 
I
L
 
L
A
 
A
G
 
G
V
 
V
G
 
G
P
 
P
F
 
F
A
 
A
I
 
I
E
 
E
Q
 
R
G
 
G
L
 
L
V
 
V
A
 
A
P
 
A
S
 
S
G
 
G
Q
 
D
G
 
-
T
 
E
T
 
T
R
 
R
V
 
V
R
 
A
V
 
I
Y
 
F
N
 
M
V
 
E
N
 
N
T
 
T
R
 
G
S
 
Q
R
 
V
I
 
A
D
 
V
V
 
A
Q
 
T
V
 
V
C
 
R
T
 
T
A
 
P
G
 
G
G
 
G
Q
 
S
V
 
V
H
 
T
Y
 
Y
D
 
A
G
 
G
D
 
D
V
 
A
R
 
A
I
 
I
D
 
D
G
 
G
V
 
V
K
 
P
G
 
G
T
 
T
A
 
H
A
 
A
P
 
P
V
 
I
L
 
P
M
 
T
N
 
E
F
 
F
L
 
R
D
 
D
A
 
T
W
 
A
G
 
G
A
 
S
V
 
S
T
 
C
G
 
G
Q
 
A
I
 
L
F
 
L
P
 
P
T
 
S
G
 
G
Q
 
N
R
 
A
I
 
V
D
 
D
H
 
V
I
 
V
Q
 
N
G
 
G
L
 
L
D
 
P
V
 
V
T
 
T
C
 
L
I
 
I
D
 
D
A
 
N
A
 
G
Q
 
M
V
 
P
M
 
C
V
 
V
L
 
V
V
 
M
R
 
K
A
 
A
A
 
A
D
 
D
L
 
V
G
 
G
L
 
I
R
 
T
G
 
G
D
 
Y
E
 
E
T
 
D
P
 
R
A
 
D
E
 
S
L
 
L
D
 
D
T
 
A
N
 
N
T
 
A
A
 
E
L
 
L
L
 
K
A
 
A
R
 
K
L
 
I
E
 
E
A
 
A
L
 
I
R
 
R
L
 
L
E
 
A
A
 
V
G
 
G
Q
 
E
R
 
L
M
 
M
G
 
N
M
 
L
G
 
G
D
 
D
V
 
V
T
 
T
H
 
E
S
 
K
V
 
S
L
 
V
P
 
P
K
 
K
P
 
M
V
 
M
I
 
L
V
 
V
S
 
A
P
 
P
G
 
P
T
 
R
S
 
D
P
 
G
G
 
G
C
 
A
V
 
V
V
 
C
S
 
V
R
 
R
Y
 
S
F
 
F
T
 
I
P
 
P
H
 
H
Q
 
R
C
 
A
H
 
H
R
 
A
S
 
T
H
 
I
A
 
G
V
 
V
T
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
V
G
 
S
V
 
V
A
 
A
A
 
T
A
 
A
S
 
C
V
 
S
L
 
P
P
 
A
G
 
A
T
 
E
V
 
V
A
 
A
T
 
V
D
 
-
E
 
-
R
 
-
S
 
-
P
 
V
P
 
P
S
 
E
A
 
G
G
 
A
L
 
R
R
 
K
R
 
T
V
 
L
E
 
S
V
 
I
Q
 
E
H
 
H
P
 
P
A
 
T
G
 
G
R
 
E
I
 
M
Q
 
S
V
 
C
E
 
V
V
 
L
E
 
E
L
 
V
S
 
N
E
 
-
V
 
-
D
 
-
G
 
-
Q
 
-
F
 
-
K
 
-
L
 
V
V
 
V
Q
 
S
A
 
A
A
 
A
L
 
L
V
 
L
R
 
R
T
 
T
A
 
A
R
 
R
K
 
K
I
 
L
L
 
M
E
 
D
G
 
G
T
 
V
L
 
V
F
 
F
V
 
V
P
 
L
E
|
E

Sites not aligning to the query:

2pw0A Crystal structure of trans-aconitate bound to methylaconitate isomerase prpf from shewanella oneidensis (see paper)
32% identity, 90% coverage: 34:391/396 of query aligns to 2:384/385 of 2pw0A

query
sites
2pw0A
P
 
P
M
 
P
S
 
Q
T
 
I
N
 
K
L
 
V
P
 
A
C
 
A
V
 
T
L
 
Y
M
 
M
R
 
R
G
 
G
G
 
G
T
 
T
S
|
S
R
 
K
G
 
G
P
 
V
F
 
F
F
 
F
L
 
R
A
 
L
D
 
Q
W
 
D
L
 
L
P
 
P
Q
 
E
A
 
A
P
 
A
E
 
Q
-
 
V
-
 
P
-
 
G
-
 
P
A
 
A
R
 
R
D
 
D
R
 
A
T
 
L
L
 
L
I
 
L
A
 
R
A
 
V
L
 
I
G
 
G
S
 
S
P
 
P
-
 
D
-
 
P
H
 
Y
E
 
A
L
 
K
Q
 
Q
I
 
I
D
 
D
G
 
G
L
 
M
G
 
G
G
 
G
G
 
A
N
 
T
S
|
S
L
x
S
T
 
T
S
 
S
K
|
K
V
 
T
A
 
V
I
 
I
V
 
L
S
 
S
R
 
H
S
 
S
T
 
S
Q
 
K
P
 
A
D
 
N
C
 
H
D
 
D
V
 
V
D
 
D
Y
 
Y
L
 
L
F
 
F
A
 
G
Q
 
Q
V
 
V
S
 
S
V
 
I
Q
 
D
E
 
K
A
 
P
R
 
F
V
 
V
D
 
D
T
 
W
R
 
S
P
 
G
N
 
N
C
|
C
G
 
G
N
|
N
M
 
L
L
 
T
A
 
A
G
 
A
V
 
V
G
 
G
P
 
A
F
 
F
A
 
A
I
 
I
E
 
S
Q
 
N
G
 
G
L
 
L
V
 
I
A
 
D
P
 
A
S
 
A
-
 
R
-
 
I
-
 
P
G
 
R
Q
 
N
G
 
G
T
 
V
T
 
C
R
 
T
V
 
V
R
 
R
V
 
I
Y
 
W
N
 
Q
V
 
A
N
 
N
T
 
I
R
 
G
S
 
K
R
 
T
I
 
I
D
 
I
V
 
A
Q
 
H
V
 
V
C
 
P
T
 
I
A
 
T
G
 
D
G
 
G
Q
 
A
V
 
V
H
 
Q
Y
 
E
D
 
T
G
 
G
D
 
D
V
 
F
R
 
E
I
 
L
D
 
D
G
 
G
V
 
V
K
 
T
G
 
F
T
 
P
A
 
A
A
 
A
P
 
E
V
 
V
L
 
Q
M
 
I
N
 
E
F
 
F
L
 
M
D
 
N
A
 
P
W
 
-
G
 
-
A
 
-
V
 
-
T
 
A
G
 
A
Q
 
D
I
 
M
F
 
F
P
 
P
T
 
T
G
 
G
Q
 
N
R
 
L
I
 
V
D
 
D
H
 
V
I
 
L
Q
 
E
-
 
V
-
 
P
-
 
G
-
 
I
-
 
G
G
 
R
L
 
F
D
 
N
V
 
A
T
 
T
C
 
M
I
 
I
D
 
N
A
 
A
A
 
G
Q
 
I
V
 
P
M
 
T
V
 
I
L
 
F
V
 
I
R
 
N
A
 
A
A
 
E
D
 
D
L
 
L
G
 
G
L
 
Y
R
 
T
G
 
G
D
 
T
E
 
E
T
 
L
P
 
Q
A
 
D
E
 
D
L
 
I
D
 
N
T
 
S
N
 
D
T
 
N
A
 
A
L
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
K
L
 
F
E
 
E
A
 
T
L
 
I
R
 
R
L
 
A
E
 
H
A
 
G
G
 
A
Q
 
L
R
 
R
M
 
M
G
 
G
M
 
L
G
 
I
D
 
K
-
 
H
-
 
I
-
 
D
-
 
E
-
 
A
V
 
A
T
 
S
H
 
R
S
 
Q
V
 
H
L
 
T
P
 
P
K
|
K
P
 
I
V
 
A
I
 
F
V
 
V
S
 
A
P
 
P
-
 
P
-
 
K
-
 
S
-
 
Y
G
 
A
T
 
S
S
 
S
P
 
S
G
 
G
C
 
K
V
 
T
V
 
V
S
 
A
-
 
A
-
 
E
-
 
D
-
 
V
-
 
D
-
 
L
-
 
L
-
 
V
R
 
R
Y
 
A
F
 
L
T
x
S
P
 
M
H
 
G
Q
 
K
C
 
L
H
|
H
R
 
H
S
 
A
H
 
M
A
x
M
V
x
G
T
 
T
G
 
A
A
 
A
I
 
V
G
 
A
V
 
I
A
 
G
A
 
T
A
 
A
S
 
A
V
 
A
L
 
I
P
 
P
G
 
G
T
 
T
V
 
L
A
 
V
T
 
-
D
 
-
E
 
N
R
 
L
S
 
A
P
 
A
P
 
G
S
 
G
A
 
G
G
 
E
L
 
K
R
 
E
R
 
A
V
 
V
E
 
R
V
 
F
Q
 
G
H
 
H
P
 
P
A
 
S
G
 
G
R
 
T
I
 
L
Q
 
R
V
 
V
E
 
G
V
 
A
E
 
Q
L
 
A
S
 
V
E
 
Q
V
 
E
D
 
N
G
 
G
Q
 
E
F
 
W
K
 
T
L
 
V
V
 
I
Q
 
K
A
 
A
A
 
I
L
 
M
V
 
S
R
 
R
T
 
S
A
 
A
R
 
R
K
 
V
I
 
L
L
 
M
E
 
E
G
 
G
T
 
F
L
 
V
F
 
R
V
 
V
P
 
P
E
 
K

Q8EJW4 2-methyl-aconitate isomerase; Cis-trans isomerase; EC 5.3.3.- from Shewanella oneidensis (strain MR-1) (see paper)
32% identity, 90% coverage: 34:391/396 of query aligns to 7:396/397 of Q8EJW4

query
sites
Q8EJW4
P
 
P
M
 
P
S
 
Q
T
 
I
N
 
K
L
 
V
P
 
A
C
 
A
V
 
T
L
 
Y
M
 
M
R
 
R
G
 
G
G
 
G
T
 
T
S
|
S
R
 
K
G
 
G
P
 
V
F
 
F
F
 
F
L
 
R
A
 
L
D
 
Q
W
 
D
L
 
L
P
 
P
Q
 
E
A
 
A
P
 
A
E
 
Q
-
 
V
-
 
P
-
 
G
-
 
P
A
 
A
R
 
R
D
 
D
R
 
A
T
 
L
L
 
L
I
 
L
A
 
R
A
 
V
L
 
I
G
 
G
S
 
S
P
 
P
-
 
D
-
 
P
H
 
Y
E
 
A
L
 
K
Q
 
Q
I
 
I
D
 
D
G
 
G
L
 
M
G
 
G
G
 
G
G
 
A
N
 
T
S
|
S
L
x
S
T
|
T
S
|
S
K
|
K
V
 
T
A
 
V
I
 
I
V
 
L
S
 
S
R
 
H
S
 
S
T
 
S
Q
 
K
P
 
A
D
 
N
C
 
H
D
 
D
V
 
V
D
 
D
Y
 
Y
L
 
L
F
 
F
A
 
G
Q
 
Q
V
 
V
S
 
S
V
 
I
Q
 
D
E
 
K
A
 
P
R
 
F
V
 
V
D
 
D
T
 
W
R
 
S
P
 
G
N
 
N
C
|
C
G
 
G
N
|
N
M
 
L
L
 
T
A
 
A
G
 
A
V
 
V
G
 
G
P
 
A
F
 
F
A
 
A
I
 
I
E
 
S
Q
 
N
G
 
G
L
 
L
V
 
I
A
 
D
P
 
A
S
 
A
-
 
R
-
 
I
-
 
P
G
 
R
Q
 
N
G
 
G
T
 
V
T
 
C
R
 
T
V
 
V
R
 
R
V
 
I
Y
 
W
N
 
Q
V
 
A
N
 
N
T
 
I
R
 
G
S
 
K
R
 
T
I
 
I
D
 
I
V
 
A
Q
 
H
V
 
V
C
 
P
T
 
I
A
 
T
G
 
D
G
 
G
Q
 
A
V
 
V
H
 
Q
Y
 
E
D
 
T
G
 
G
D
 
D
V
 
F
R
 
E
I
 
L
D
 
D
G
 
G
V
 
V
K
 
T
G
 
F
T
 
P
A
 
A
A
 
A
P
 
E
V
 
V
L
 
Q
M
 
I
N
 
E
F
 
F
L
 
M
D
 
N
A
 
P
W
 
A
G
 
A
A
 
D
V
 
D
T
 
D
G
 
G
Q
 
E
-
 
G
-
 
G
-
 
C
I
 
M
F
 
F
P
 
P
T
 
T
G
 
G
Q
 
N
R
 
L
I
 
V
D
 
D
H
 
V
I
 
L
Q
 
E
-
 
V
-
 
P
-
 
G
-
 
I
-
 
G
G
 
R
L
 
F
D
 
N
V
 
A
T
 
T
C
 
M
I
 
I
D
 
N
A
 
A
A
 
G
Q
 
I
V
 
P
M
 
T
V
 
I
L
 
F
V
 
I
R
 
N
A
 
A
A
 
E
D
 
D
L
 
L
G
 
G
L
 
Y
R
 
T
G
 
G
D
 
T
E
 
E
T
 
L
P
 
Q
A
 
D
E
 
D
L
 
I
D
 
N
T
 
S
N
 
D
T
 
N
A
 
A
L
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
K
L
 
F
E
 
E
A
 
T
L
 
I
R
 
R
L
 
A
E
 
H
A
 
G
G
 
A
Q
 
L
R
 
R
M
 
M
G
 
G
M
 
L
G
 
-
D
 
-
V
 
I
T
 
K
H
 
H
-
 
I
-
 
D
-
 
E
-
 
A
-
 
A
-
 
S
-
 
R
S
 
Q
V
 
H
L
 
T
P
 
P
K
|
K
P
 
I
V
 
A
I
 
F
V
 
V
S
 
A
P
 
P
-
 
P
-
 
K
-
 
S
-
 
Y
G
 
A
T
 
S
S
 
S
P
 
S
G
 
G
C
 
K
V
 
T
V
 
V
S
 
A
-
 
A
-
 
E
-
 
D
-
 
V
-
 
D
-
 
L
-
 
L
-
 
V
R
 
R
Y
 
A
F
 
L
T
x
S
P
 
M
H
 
G
Q
 
K
C
 
L
H
|
H
R
 
H
S
 
A
H
 
M
A
 
M
V
x
G
T
 
T
G
 
A
A
 
A
I
 
V
G
 
A
V
 
I
A
 
G
A
 
T
A
 
A
S
 
A
V
 
A
L
 
I
P
 
P
G
 
G
T
 
T
V
 
L
A
 
V
T
 
N
D
 
-
E
 
-
R
 
L
S
 
A
P
 
A
P
 
G
S
 
G
A
 
G
G
 
E
L
 
K
R
 
E
R
 
A
V
 
V
E
 
R
V
 
F
Q
 
G
H
 
H
P
 
P
A
 
S
G
 
G
R
 
T
I
 
L
Q
 
R
V
 
V
E
 
G
V
 
A
E
 
Q
L
 
A
S
 
V
E
 
Q
V
 
E
D
 
N
G
 
G
Q
 
E
F
 
W
K
 
T
L
 
V
V
 
I
Q
 
K
A
 
A
A
 
I
L
 
M
V
 
S
R
 
R
T
 
S
A
 
A
R
 
R
K
 
V
I
 
L
L
 
M
E
 
E
G
 
G
T
 
F
L
 
V
F
 
R
V
 
V
P
 
P
E
 
K

5k87A Crystal structure of malonate bound to methylaconitate isomerase prpf from shewanella oneidensis (see paper)
32% identity, 90% coverage: 34:391/396 of query aligns to 3:388/389 of 5k87A

query
sites
5k87A
P
 
P
M
 
P
S
 
Q
T
 
I
N
 
K
L
 
V
P
 
A
C
 
A
V
 
T
L
 
Y
M
 
M
R
 
R
G
 
G
G
 
G
T
 
T
S
|
S
R
 
K
G
 
G
P
 
V
F
 
F
F
 
F
L
 
R
A
 
L
D
 
Q
W
 
D
L
 
L
P
 
P
Q
 
E
A
 
A
P
 
A
E
 
Q
-
 
V
-
 
P
-
 
G
-
 
P
A
 
A
R
 
R
D
 
D
R
 
A
T
 
L
L
 
L
I
 
L
A
 
R
A
 
V
L
 
I
G
 
G
S
 
S
P
 
P
-
 
D
-
 
P
H
 
Y
E
 
A
L
 
K
Q
 
Q
I
 
I
D
 
D
G
 
G
L
 
M
G
 
G
G
 
G
G
 
A
N
x
T
S
|
S
L
x
S
T
 
T
S
 
S
K
x
E
V
 
T
A
 
V
I
 
I
V
 
L
S
 
S
R
 
H
S
 
S
T
 
S
Q
 
K
P
 
A
D
 
N
C
 
H
D
 
D
V
 
V
D
 
D
Y
 
Y
L
 
L
F
 
F
A
 
G
Q
 
Q
V
 
V
S
 
S
V
 
I
Q
 
D
E
 
K
A
 
P
R
 
F
V
 
V
D
 
D
T
 
W
R
 
S
P
 
G
N
 
N
C
|
C
G
|
G
N
|
N
M
 
L
L
 
T
A
 
A
G
 
A
V
 
V
G
 
G
P
 
A
F
 
F
A
 
A
I
 
I
E
 
S
Q
 
N
G
 
G
L
 
L
V
 
I
A
 
D
P
 
A
S
 
A
-
 
R
-
 
I
-
 
P
G
 
R
Q
 
N
G
 
G
T
 
V
T
 
C
R
 
T
V
 
V
R
 
R
V
 
I
Y
 
W
N
 
Q
V
 
A
N
 
N
T
 
I
R
 
G
S
 
K
R
 
T
I
 
I
D
 
I
V
 
A
Q
 
H
V
 
V
C
 
P
T
 
I
A
 
T
G
 
D
G
 
G
Q
 
A
V
 
V
H
 
Q
Y
 
E
D
 
T
G
 
G
D
 
D
V
 
F
R
 
E
I
 
L
D
 
D
G
 
G
V
 
V
K
 
T
G
 
F
T
 
P
A
 
A
A
 
A
P
 
E
V
 
V
L
 
Q
M
 
I
N
 
E
F
 
F
L
 
M
D
 
N
A
 
P
W
 
-
G
 
A
A
 
A
V
 
D
T
 
G
G
 
G
Q
 
C
I
 
M
F
 
F
P
 
P
T
 
T
G
 
G
Q
 
N
R
 
L
I
 
V
D
 
D
H
 
V
I
 
L
Q
 
E
-
 
V
-
 
P
-
 
G
-
 
I
-
 
G
G
 
R
L
 
F
D
 
N
V
 
A
T
 
T
C
 
M
I
 
I
D
 
N
A
 
A
A
 
G
Q
 
I
V
 
P
M
 
T
V
 
I
L
 
F
V
 
I
R
 
N
A
 
A
A
 
E
D
 
D
L
 
L
G
 
G
L
 
Y
R
 
T
G
 
G
D
 
T
E
 
E
T
 
L
P
 
Q
A
 
D
E
 
D
L
 
I
D
 
N
T
 
S
N
 
D
T
 
N
A
 
A
L
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
K
L
 
F
E
 
E
A
 
T
L
 
I
R
 
R
L
 
A
E
 
H
A
 
G
G
 
A
Q
 
L
R
 
R
M
 
M
G
 
G
M
 
L
G
 
I
D
 
K
-
 
H
-
 
I
-
 
D
-
 
E
-
 
A
V
 
A
T
 
S
H
 
R
S
 
Q
V
 
H
L
 
T
P
 
P
K
 
K
P
 
I
V
 
A
I
 
F
V
 
V
S
 
A
P
 
P
-
 
P
-
 
K
-
 
S
-
 
Y
G
 
A
T
 
S
S
 
S
P
 
S
G
 
G
C
 
K
V
 
T
V
 
V
S
 
A
-
 
A
-
 
E
-
 
D
-
 
V
-
 
D
-
 
L
-
 
L
-
 
V
R
 
R
Y
 
A
F
 
L
T
 
S
P
 
M
H
 
G
Q
 
K
C
 
L
H
|
H
R
x
H
S
 
A
H
 
M
A
x
M
V
x
G
T
|
T
G
 
A
A
 
A
I
 
V
G
 
A
V
 
I
A
 
G
A
 
T
A
 
A
S
 
A
V
 
A
L
 
I
P
 
P
G
 
G
T
 
T
V
 
L
A
 
V
T
 
N
D
 
-
E
 
-
R
 
L
S
 
A
P
 
A
P
 
G
S
 
G
A
 
G
G
 
E
L
 
K
R
 
E
R
 
A
V
 
V
E
 
R
V
 
F
Q
 
G
H
 
H
P
 
P
A
 
S
G
 
G
R
 
T
I
 
L
Q
 
R
V
 
V
E
 
G
V
 
A
E
 
Q
L
 
A
S
 
V
E
 
Q
V
 
E
D
 
N
G
 
G
Q
 
E
F
 
W
K
 
T
L
 
V
V
 
I
Q
 
K
A
 
A
A
 
I
L
 
M
V
 
S
R
 
R
T
 
S
A
 
A
R
 
R
K
 
V
I
 
L
L
 
M
E
 
E
G
 
G
T
 
F
L
 
V
F
 
R
V
 
V
P
 
P
E
 
K

2pvzA Crystal structure of methylaconitate isomerase prpf from shewanella oneidensis (see paper)
32% identity, 90% coverage: 34:391/396 of query aligns to 3:386/387 of 2pvzA

query
sites
2pvzA
P
 
P
M
 
P
S
 
Q
T
 
I
N
 
K
L
 
V
P
 
A
C
 
A
V
 
T
L
 
Y
M
 
M
R
 
R
G
 
G
G
 
G
T
 
T
S
 
S
R
 
K
G
 
G
P
 
V
F
 
F
F
 
F
L
x
R
A
x
L
D
x
Q
W
 
D
L
 
L
P
 
P
Q
 
E
A
 
A
P
 
A
E
 
Q
-
 
V
-
 
P
-
 
G
-
 
P
A
 
A
R
 
R
D
 
D
R
 
A
T
 
L
L
 
L
I
 
L
A
 
R
A
 
V
L
 
I
G
 
G
S
 
S
P
 
P
-
 
D
-
 
P
H
 
Y
E
 
A
L
 
K
Q
 
Q
I
 
I
D
 
D
G
 
G
L
 
M
G
 
G
G
 
G
G
 
A
N
 
T
S
|
S
L
x
S
T
 
T
S
 
S
K
|
K
V
 
T
A
 
V
I
 
I
V
 
L
S
|
S
R
 
H
S
 
S
T
 
S
Q
 
K
P
 
A
D
 
N
C
 
H
D
 
D
V
 
V
D
 
D
Y
 
Y
L
 
L
F
 
F
A
 
G
Q
 
Q
V
 
V
S
 
S
V
 
I
Q
 
D
E
 
K
A
 
P
R
 
F
V
 
V
D
 
D
T
 
W
R
 
S
P
 
G
N
 
N
C
 
C
G
 
G
N
 
N
M
 
L
L
 
T
A
 
A
G
 
A
V
 
V
G
 
G
P
 
A
F
 
F
A
 
A
I
 
I
E
 
S
Q
 
N
G
 
G
L
 
L
V
 
I
A
 
D
P
 
A
S
 
A
-
 
R
-
 
I
-
 
P
G
 
R
Q
 
N
G
 
G
T
 
V
T
 
C
R
 
T
V
 
V
R
 
R
V
 
I
Y
 
W
N
 
Q
V
 
A
N
 
N
T
 
I
R
 
G
S
 
K
R
 
T
I
 
I
D
 
I
V
 
A
Q
 
H
V
 
V
C
 
P
T
 
I
A
 
T
G
 
D
G
 
G
Q
 
A
V
 
V
H
 
Q
Y
 
E
D
 
T
G
 
G
D
 
D
V
 
F
R
 
E
I
 
L
D
 
D
G
 
G
V
 
V
K
 
T
G
 
F
T
 
P
A
 
A
A
 
A
P
 
E
V
 
V
L
 
Q
M
 
I
N
 
E
F
 
F
L
 
M
D
 
N
A
 
-
W
 
-
G
 
-
A
 
P
V
 
A
T
 
A
G
 
D
Q
 
C
I
 
M
F
 
F
P
 
P
T
 
T
G
 
G
Q
 
N
R
 
L
I
 
V
D
 
D
H
 
V
I
 
L
Q
 
E
-
 
V
-
 
P
-
 
G
-
 
I
-
 
G
G
 
R
L
 
F
D
 
N
V
 
A
T
 
T
C
 
M
I
 
I
D
 
N
A
 
A
A
 
G
Q
 
I
V
 
P
M
 
T
V
 
I
L
 
F
V
 
I
R
 
N
A
 
A
A
 
E
D
 
D
L
 
L
G
 
G
L
 
Y
R
 
T
G
 
G
D
 
T
E
 
E
T
 
L
P
 
Q
A
 
D
E
 
D
L
 
I
D
 
N
T
 
S
N
 
D
T
 
N
A
 
A
L
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
K
L
 
F
E
 
E
A
 
T
L
 
I
R
 
R
L
 
A
E
 
H
A
 
G
G
 
A
Q
 
L
R
 
R
M
 
M
G
 
G
M
 
L
G
 
I
D
 
K
-
 
H
-
 
I
-
 
D
-
 
E
-
 
A
V
 
A
T
 
S
H
 
R
S
 
Q
V
 
H
L
 
T
P
 
P
K
 
K
P
 
I
V
 
A
I
 
F
V
 
V
S
 
A
P
 
P
-
 
P
-
 
K
-
 
S
-
 
Y
G
 
A
T
 
S
S
 
S
P
 
S
G
 
G
C
 
K
V
 
T
V
 
V
S
 
A
-
 
A
-
 
E
-
 
D
-
 
V
-
 
D
-
 
L
-
 
L
-
 
V
R
 
R
Y
 
A
F
 
L
T
x
S
P
 
M
H
 
G
Q
 
K
C
 
L
H
|
H
R
 
H
S
 
A
H
 
M
A
 
M
V
 
G
T
 
T
G
 
A
A
 
A
I
 
V
G
 
A
V
 
I
A
 
G
A
 
T
A
 
A
S
 
A
V
 
A
L
 
I
P
 
P
G
 
G
T
 
T
V
 
L
A
 
V
T
 
-
D
 
-
E
 
N
R
 
L
S
 
A
P
 
A
P
 
G
S
 
G
A
 
G
G
 
E
L
 
K
R
 
E
R
 
A
V
 
V
E
 
R
V
 
F
Q
 
G
H
 
H
P
 
P
A
 
S
G
 
G
R
 
T
I
 
L
Q
 
R
V
 
V
E
 
G
V
 
A
E
 
Q
L
 
A
S
 
V
E
 
Q
V
 
E
D
 
N
G
 
G
Q
 
E
F
 
W
K
 
T
L
 
V
V
 
I
Q
 
K
A
 
A
A
 
I
L
 
M
V
 
S
R
 
R
T
 
S
A
 
A
R
 
R
K
 
V
I
 
L
L
 
M
E
 
E
G
 
G
T
 
F
L
 
V
F
 
R
V
 
V
P
 
P
E
 
K

2pw0B Crystal structure of trans-aconitate bound to methylaconitate isomerase prpf from shewanella oneidensis (see paper)
31% identity, 90% coverage: 34:391/396 of query aligns to 3:340/341 of 2pw0B

query
sites
2pw0B
P
 
P
M
 
P
S
 
Q
T
 
I
N
 
K
L
 
V
P
 
A
C
 
A
V
 
T
L
 
Y
M
 
M
R
 
R
G
 
G
G
 
G
T
 
T
S
 
S
R
 
K
G
 
G
P
 
V
F
 
F
F
 
F
L
 
R
A
 
L
D
 
Q
W
 
D
L
 
L
P
 
P
Q
 
E
A
 
A
P
 
A
E
 
Q
-
 
V
-
 
P
-
 
G
-
 
P
A
 
A
R
 
R
D
 
D
R
 
A
T
 
L
L
 
L
I
 
L
A
 
R
A
 
V
L
 
I
G
 
G
S
 
S
P
 
P
-
 
D
-
 
P
H
 
Y
E
 
A
L
 
K
Q
 
Q
I
 
I
D
 
D
G
 
G
L
 
M
G
 
G
G
 
G
G
 
A
N
 
T
S
|
S
L
x
S
T
 
T
S
 
S
K
|
K
V
 
T
A
 
V
I
 
I
V
 
L
S
 
S
R
 
H
S
 
S
T
 
S
Q
 
K
P
 
A
D
 
N
C
 
H
D
 
D
V
 
V
D
 
D
Y
 
Y
L
 
L
F
 
F
A
 
G
Q
 
Q
V
 
V
S
 
S
V
 
I
Q
 
D
E
 
K
A
 
P
R
 
F
V
 
V
D
 
D
T
 
W
R
 
S
P
 
G
N
 
N
C
 
C
G
 
G
N
|
N
M
 
L
L
 
T
A
 
A
G
 
A
V
 
V
G
 
G
P
 
A
F
 
F
A
 
A
I
 
I
E
 
S
Q
 
N
G
 
G
L
 
L
V
 
I
A
 
D
P
 
A
S
 
A
-
 
R
-
 
I
-
 
P
G
 
R
Q
 
N
G
 
G
T
 
V
T
 
C
R
 
T
V
 
V
R
 
R
V
 
I
Y
 
W
N
 
Q
V
 
A
N
 
N
T
 
I
R
 
G
S
 
K
R
 
T
I
 
I
D
 
I
V
 
A
Q
 
H
V
 
V
C
 
P
T
 
I
A
 
T
G
 
D
G
 
G
Q
 
A
V
 
V
H
 
Q
Y
 
E
D
 
T
G
 
G
D
 
D
V
 
F
R
 
E
I
 
L
D
 
D
G
 
G
V
 
V
K
 
T
G
 
F
T
 
P
A
 
A
A
 
A
P
 
E
V
 
V
L
 
Q
M
 
I
N
 
E
F
 
F
L
 
M
D
 
N
A
 
-
W
 
-
G
 
-
A
 
P
V
 
A
T
 
A
G
 
D
Q
 
C
I
 
M
F
 
F
P
 
P
T
 
T
G
 
G
Q
 
N
R
 
L
I
 
V
D
 
D
H
 
-
I
 
-
Q
 
-
G
 
-
L
 
V
D
 
N
V
 
A
T
 
T
C
 
M
I
 
I
D
 
N
A
 
A
A
 
G
Q
 
I
V
 
P
M
 
T
V
 
I
L
 
F
V
 
I
R
 
N
A
 
A
A
 
E
D
 
D
L
 
L
G
 
G
L
 
Y
R
 
T
G
 
G
D
 
T
E
 
E
T
 
L
P
 
Q
A
 
D
E
 
D
L
 
I
D
 
N
T
 
S
N
 
D
T
x
K
-
 
I
A
 
A
L
 
F
L
 
V
A
 
A
R
 
P
L
 
P
E
 
K
A
 
S
L
 
Y
R
 
A
L
 
S
E
 
S
A
 
S
G
 
G
Q
 
K
R
 
T
M
 
V
G
 
A
M
 
A
G
 
E
D
 
D
V
 
V
T
 
D
H
 
-
S
 
-
V
 
-
L
 
-
P
 
-
K
 
-
P
 
-
V
 
-
I
 
-
V
 
-
S
 
-
P
 
-
G
 
-
T
 
-
S
 
-
P
 
-
G
 
-
C
 
-
V
 
L
V
 
L
S
 
V
R
 
R
Y
 
A
F
 
L
T
 
K
P
 
L
H
|
H
Q
 
-
C
 
-
H
 
-
R
 
-
S
 
-
H
 
H
A
 
A
V
 
M
T
x
M
G
 
G
-
 
T
-
 
A
A
 
A
I
 
V
G
 
A
V
 
I
A
 
G
A
 
T
A
 
A
S
 
A
V
 
A
L
 
I
P
 
P
G
 
G
T
 
T
V
 
L
A
 
V
T
 
-
D
 
-
E
 
N
R
 
L
S
 
A
P
 
A
P
 
G
S
 
G
A
 
G
G
 
E
L
 
K
R
 
E
R
 
A
V
 
V
E
 
R
V
 
F
Q
 
G
H
 
H
P
 
P
A
 
S
G
 
G
R
 
T
I
 
L
Q
 
R
V
 
V
E
 
G
V
 
A
E
 
Q
L
 
A
S
 
V
E
 
Q
V
 
E
D
 
N
G
 
G
Q
 
E
F
 
W
K
 
T
L
 
V
V
 
I
Q
 
K
A
 
A
A
 
I
L
 
M
V
 
S
R
 
R
T
 
S
A
 
A
R
 
R
K
 
V
I
 
L
L
 
M
E
 
E
G
 
G
T
 
F
L
 
V
F
 
R
V
 
V
P
 
P
E
 
K

Query Sequence

>Ac3H11_4370 FitnessBrowser__acidovorax_3H11:Ac3H11_4370
LEHVKAAKAYCTPCINHCQQCNSQIIEGAAPCRPMSTNLPCVLMRGGTSRGPFFLADWLP
QAPEARDRTLIAALGSPHELQIDGLGGGNSLTSKVAIVSRSTQPDCDVDYLFAQVSVQEA
RVDTRPNCGNMLAGVGPFAIEQGLVAPSGQGTTRVRVYNVNTRSRIDVQVCTAGGQVHYD
GDVRIDGVKGTAAPVLMNFLDAWGAVTGQIFPTGQRIDHIQGLDVTCIDAAQVMVLVRAA
DLGLRGDETPAELDTNTALLARLEALRLEAGQRMGMGDVTHSVLPKPVIVSPGTSPGCVV
SRYFTPHQCHRSHAVTGAIGVAAASVLPGTVATDERSPPSAGLRRVEVQHPAGRIQVEVE
LSEVDGQFKLVQAALVRTARKILEGTLFVPESAPAH

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory