SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing Ac3H11_4626 FitnessBrowser__acidovorax_3H11:Ac3H11_4626 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1ji0A Crystal structure analysis of the abc transporter from thermotoga maritima
48% identity, 87% coverage: 14:256/278 of query aligns to 4:239/240 of 1ji0A

query
sites
1ji0A
N
 
D
I
 
I
V
 
V
L
 
L
N
 
E
V
 
V
N
 
Q
G
 
S
I
 
L
E
 
H
V
 
V
I
 
Y
Y
|
Y
N
 
G
H
 
-
V
 
A
I
 
I
L
 
H
V
 
A
L
 
I
K
 
K
G
 
G
V
 
I
S
 
D
L
 
L
Q
 
K
V
 
V
P
 
P
Q
 
R
G
 
G
S
 
Q
I
 
I
V
 
V
A
 
T
I
 
L
L
 
I
G
 
G
G
 
A
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
L
 
L
R
 
S
A
 
A
I
 
I
S
 
A
N
 
G
L
 
L
L
 
V
Q
 
R
G
 
A
E
 
Q
R
 
-
G
 
-
A
 
-
V
 
-
T
 
-
K
 
K
G
 
G
S
 
K
I
 
I
E
 
I
L
 
F
R
 
N
G
 
G
E
 
Q
R
 
D
I
 
I
E
 
T
N
 
N
L
 
-
S
 
K
P
 
P
A
 
A
D
 
H
L
 
V
V
 
I
Q
 
N
R
 
R
-
 
M
G
 
G
V
 
I
V
 
A
Q
 
L
V
 
V
M
 
P
E
|
E
G
 
G
R
 
R
H
 
R
C
 
I
F
 
F
A
 
P
H
 
E
L
 
L
T
 
T
I
 
V
E
 
Y
E
 
E
N
 
N
L
 
L
M
 
M
T
 
M
G
 
G
S
 
A
Y
 
Y
T
 
N
R
 
R
T
 
K
S
 
D
K
 
K
A
 
E
E
 
G
I
 
I
A
 
K
A
 
R
N
 
D
L
 
L
E
 
E
K
 
W
V
 
I
Y
 
F
N
 
S
Y
 
L
F
 
F
P
 
P
R
 
R
L
 
L
K
 
K
T
 
E
R
 
R
R
 
L
T
 
K
S
 
Q
Q
 
L
A
 
G
A
 
G
Y
 
T
T
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
M
C
 
L
A
 
A
I
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
M
A
 
S
N
 
R
P
 
P
S
 
K
M
 
L
V
 
L
L
 
M
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
S
M
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
A
P
 
P
Q
 
I
I
 
L
V
 
V
E
 
S
E
 
E
V
 
V
F
 
F
N
 
E
I
 
V
V
 
I
K
 
Q
D
 
K
L
 
I
N
 
N
T
 
-
K
 
Q
E
 
E
K
 
G
V
 
T
T
 
T
F
 
I
L
 
L
L
 
L
A
 
V
E
 
E
Q
 
Q
N
 
N
T
 
A
N
 
L
M
 
G
A
 
A
L
 
L
K
 
K
Y
 
V
S
 
A
D
 
H
Y
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
I
 
V
M
 
L
E
 
E
S
 
T
G
 
G
R
 
Q
V
 
I
V
 
V
M
 
L
D
 
E
G
 
G
A
 
K
A
 
A
S
 
S
D
 
E
L
 
L
A
 
L
N
 
D
N
 
N
E
 
E
D
 
M
V
 
V
K
 
R
E
 
K
F
 
A
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
V
 
V

1g9xB Characterization of the twinning structure of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
31% identity, 80% coverage: 33:255/278 of query aligns to 20:253/253 of 1g9xB

query
sites
1g9xB
L
 
L
K
 
D
G
 
G
V
 
V
S
 
S
L
 
I
Q
 
S
V
 
V
P
 
C
Q
 
K
G
 
G
S
 
D
I
 
V
V
 
T
A
 
L
I
 
I
L
 
I
G
 
G
G
 
P
N
 
N
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
T
 
L
L
 
I
R
 
N
A
 
V
I
 
I
S
 
T
N
 
G
L
 
F
L
 
L
Q
 
K
G
 
A
E
 
D
R
 
E
G
 
G
A
 
R
V
 
V
T
 
Y
K
 
-
G
 
-
S
 
-
I
 
-
E
 
-
L
 
F
R
 
E
G
 
N
E
 
K
R
 
D
I
 
I
E
 
T
N
 
N
L
 
K
S
 
E
P
 
P
A
 
A
D
 
E
L
 
L
V
 
Y
Q
 
H
R
 
Y
G
 
G
V
 
I
V
 
V
Q
 
R
V
 
T
M
 
F
E
 
Q
G
 
T
R
 
P
H
 
Q
C
 
P
F
 
L
A
 
K
H
 
E
L
 
M
T
 
T
I
 
V
E
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
L
M
 
L
T
 
I
G
 
G
S
 
E
Y
 
I
-
 
N
-
 
P
-
 
G
-
 
E
-
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
N
T
 
S
R
 
L
T
 
F
S
 
Y
K
 
K
A
 
K
E
 
W
I
 
I
A
 
P
A
 
K
N
 
E
L
 
E
E
 
E
K
 
M
V
 
V
Y
 
E
N
 
K
Y
 
A
F
 
F
P
 
K
R
 
I
L
 
L
K
 
E
T
 
F
R
 
L
R
 
K
T
 
L
S
 
S
-
 
H
-
 
L
-
 
Y
-
 
D
-
 
R
Q
 
K
A
 
A
A
 
G
Y
 
E
T
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
M
Q
 
K
M
 
L
C
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
M
A
 
T
N
 
N
P
 
P
S
 
K
M
 
M
V
 
I
L
 
V
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
I
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
A
P
 
P
Q
 
G
I
 
L
V
 
A
E
 
H
E
 
D
V
 
I
F
 
F
N
 
N
I
 
H
V
 
V
K
 
L
D
 
E
L
 
L
N
 
K
T
 
A
K
 
K
E
 
-
K
 
G
V
 
I
T
 
T
F
 
F
L
 
L
L
 
I
A
 
I
E
 
E
Q
 
H
N
 
R
T
 
L
N
 
D
M
 
I
A
 
V
L
 
L
K
 
N
Y
 
Y
S
 
I
D
 
D
Y
 
H
G
 
L
Y
 
Y
I
 
V
M
 
M
E
 
F
S
 
N
G
 
G
R
 
Q
V
 
I
V
 
I
M
 
A
D
 
E
G
 
G
A
 
R
A
 
G
S
 
E
D
 
E
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
N
L
 
V
A
 
L
N
 
S
N
 
D
E
 
P
D
 
K
V
 
V
K
 
V
E
 
E
F
 
I
Y
 
Y
L
 
I
G
 
G

Sites not aligning to the query:

1g6hA Crystal structure of the adp conformation of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
31% identity, 80% coverage: 33:255/278 of query aligns to 20:253/254 of 1g6hA

query
sites
1g6hA
L
 
L
K
 
D
G
 
G
V
 
V
S
 
S
L
 
I
Q
 
S
V
 
V
P
 
N
Q
 
K
G
 
G
S
 
D
I
 
V
V
 
T
A
 
L
I
 
I
L
 
I
G
 
G
G
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
T
 
L
L
 
I
R
 
N
A
 
V
I
 
I
S
 
T
N
 
G
L
 
F
L
 
L
Q
 
K
G
 
A
E
 
D
R
 
E
G
 
G
A
 
R
V
 
V
T
 
Y
K
 
-
G
 
-
S
 
-
I
 
-
E
 
-
L
 
F
R
 
E
G
 
N
E
 
K
R
 
D
I
 
I
E
 
T
N
 
N
L
 
K
S
 
E
P
 
P
A
 
A
D
 
E
L
 
L
V
 
Y
Q
 
H
R
 
Y
G
 
G
V
 
I
V
 
V
Q
 
R
V
 
T
M
 
F
E
 
Q
G
 
T
R
 
P
H
 
Q
C
 
P
F
 
L
A
 
K
H
 
E
L
 
M
T
 
T
I
 
V
E
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
L
M
 
L
T
 
I
G
 
G
S
 
E
Y
 
I
-
 
C
-
 
P
-
 
G
-
 
E
-
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
N
T
 
S
R
 
L
T
 
F
S
 
Y
K
 
K
A
 
K
E
 
W
I
 
I
A
 
P
A
 
K
N
 
E
L
 
E
E
 
E
K
 
M
V
 
V
Y
 
E
N
 
K
Y
 
A
F
 
F
P
 
K
R
 
I
L
 
L
K
 
E
T
 
F
R
 
L
R
 
K
T
 
L
S
 
S
-
 
H
-
 
L
-
 
Y
-
 
D
-
 
R
Q
 
K
A
 
A
A
 
G
Y
 
E
T
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
M
Q
 
K
M
 
L
C
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
M
A
 
T
N
 
N
P
 
P
S
 
K
M
 
M
V
 
I
L
 
V
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
I
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
A
P
 
P
Q
 
G
I
 
L
V
 
A
E
 
H
E
 
D
V
 
I
F
 
F
N
 
N
I
 
H
V
 
V
K
 
L
D
 
E
L
 
L
N
 
K
T
 
A
K
 
K
E
 
-
K
 
G
V
 
I
T
 
T
F
 
F
L
 
L
L
 
I
A
 
I
E
 
E
Q
 
H
N
 
R
T
 
L
N
 
D
M
 
I
A
 
V
L
 
L
K
 
N
Y
 
Y
S
 
I
D
 
D
Y
 
H
G
 
L
Y
 
Y
I
 
V
M
 
M
E
 
F
S
 
N
G
 
G
R
 
Q
V
 
I
V
 
I
M
 
A
D
 
E
G
 
G
A
 
R
A
 
G
S
 
E
D
 
E
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
N
L
 
V
A
 
L
N
 
S
N
 
D
E
 
P
D
 
K
V
 
V
K
 
V
E
 
E
F
 
I
Y
 
Y
L
 
I
G
 
G

Sites not aligning to the query:

6mjpA Lptb(e163q)fgc from vibrio cholerae (see paper)
34% identity, 81% coverage: 32:255/278 of query aligns to 17:235/240 of 6mjpA

query
sites
6mjpA
V
 
V
L
 
V
K
 
S
G
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
Q
 
Q
V
 
V
P
 
E
Q
 
S
G
 
G
S
 
Q
I
 
I
V
 
V
A
 
G
I
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
T
 
S
L
 
F
R
 
Y
A
 
M
I
 
I
S
 
V
N
 
G
L
 
L
L
 
V
Q
 
-
G
 
-
E
 
-
R
 
-
G
 
-
A
 
A
V
 
R
T
 
D
K
 
E
G
 
G
S
 
T
I
 
I
E
 
T
L
 
I
R
 
D
G
 
D
E
 
N
R
 
D
I
 
I
E
 
S
N
 
I
L
 
L
S
 
P
P
 
M
A
 
H
D
 
S
L
 
R
V
 
S
Q
 
R
R
 
M
G
 
G
V
 
I
V
 
G
Q
 
Y
V
 
L
M
 
P
E
 
Q
G
 
E
R
 
A
H
 
S
C
 
I
F
 
F
A
 
R
H
 
K
L
 
L
T
 
S
I
 
V
E
 
E
E
 
D
N
 
N
L
 
I
M
 
M
T
 
A
G
 
V
S
 
L
Y
 
Q
T
 
T
R
 
R
T
 
E
-
 
E
-
 
L
S
 
T
K
 
H
A
x
E
E
 
E
I
 
R
A
 
Q
A
x
D
N
 
K
L
 
L
E
 
E
K
 
D
V
 
L
Y
 
L
N
 
E
Y
 
E
F
 
F
P
 
-
R
 
H
L
 
I
K
 
Q
T
 
H
R
 
I
R
 
R
T
 
K
S
 
S
Q
 
A
A
 
G
A
 
M
Y
 
A
T
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
C
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
A
N
 
N
P
 
P
S
 
Q
M
 
F
V
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
S
 
F
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
Q
 
I
I
 
S
V
 
V
E
 
I
E
 
D
V
 
I
F
 
K
N
 
K
I
 
I
V
 
I
K
 
E
D
 
H
L
 
L
N
 
R
T
 
D
K
 
R
E
 
-
K
 
G
V
 
L
T
 
G
F
 
V
L
 
L
L
 
I
A
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
T
 
V
N
 
R
M
 
E
A
 
T
L
 
L
K
 
D
Y
 
V
S
 
C
D
 
E
Y
 
K
G
 
A
Y
 
Y
I
 
I
M
 
V
E
 
S
S
 
Q
G
 
G
R
 
R
V
 
L
V
 
I
M
 
A
D
 
E
G
 
G
A
 
T
A
 
P
S
 
Q
D
 
D
L
 
V
A
 
L
N
 
N
N
 
N
E
 
E
D
 
Q
V
 
V
K
 
K
E
 
Q
F
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

4ymuJ Crystal structure of an amino acid abc transporter complex with arginines and atps (see paper)
33% identity, 79% coverage: 32:252/278 of query aligns to 16:235/240 of 4ymuJ

query
sites
4ymuJ
V
|
V
L
 
L
K
 
K
G
 
G
V
 
V
S
 
T
L
 
L
Q
 
K
V
 
V
P
 
N
Q
 
K
G
 
G
S
 
E
I
 
V
V
 
V
A
 
V
I
 
I
L
 
I
G
 
G
G
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
T
 
L
L
 
L
R
 
R
A
 
C
I
 
I
S
 
-
N
 
N
L
 
L
L
 
L
Q
 
E
G
 
E
E
 
P
R
 
-
G
 
-
A
 
-
V
 
-
T
 
T
K
 
K
G
 
G
S
 
E
I
 
V
E
 
F
L
 
I
R
 
D
G
 
G
E
 
V
R
 
K
I
 
I
E
 
N
N
 
N
-
 
G
L
 
K
S
 
V
P
 
N
A
 
I
D
 
N
L
 
K
V
 
V
Q
 
R
R
 
Q
G
 
K
V
 
V
V
 
G
Q
 
M
V
 
V
M
 
F
E
 
Q
G
 
H
R
 
F
H
 
N
C
 
L
F
 
F
A
 
P
H
 
H
L
 
L
T
 
T
I
 
A
E
 
I
E
 
E
N
 
N
L
 
I
M
 
-
T
 
T
G
 
L
S
 
A
Y
 
P
T
 
V
R
 
K
T
 
V
S
 
K
K
 
K
A
 
M
E
 
N
I
 
K
A
 
K
A
 
E
N
 
A
L
 
E
E
 
E
K
 
L
V
 
A
Y
 
V
N
 
D
Y
 
L
F
 
L
P
 
A
R
 
K
-
 
V
-
 
G
L
 
L
K
 
L
T
 
D
R
 
K
R
 
K
T
 
D
S
 
Q
Q
 
Y
A
 
P
A
 
I
Y
 
K
T
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
M
 
R
C
 
L
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
M
N
 
Q
P
 
P
S
 
E
M
 
V
V
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
T
M
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
Q
 
E
I
 
M
V
 
V
E
 
K
E
 
E
V
 
V
F
 
L
N
 
N
I
 
V
V
 
M
K
 
K
D
 
Q
L
 
L
N
 
-
T
 
A
K
 
N
E
 
E
K
 
G
V
 
M
T
 
T
F
 
M
L
 
V
L
 
V
A
 
V
E
 
T
Q
x
H
N
 
E
T
 
M
N
 
G
M
 
F
A
 
A
L
 
R
K
 
E
Y
 
V
S
 
G
D
 
D
Y
 
R
G
 
V
Y
 
I
I
 
F
M
 
M
E
 
D
S
 
D
G
 
G
R
 
V
V
 
I
V
 
V
M
 
E
D
 
E
G
 
G
A
 
T
A
 
P
S
 
E
D
 
E
L
 
I
-
 
F
-
 
Y
-
 
R
A
 
A
N
 
K
N
 
N
E
 
E
D
 
R
V
 
T
K
 
R
E
 
E
F
 
F

Sites not aligning to the query:

P69874 Spermidine/putrescine import ATP-binding protein PotA; EC 7.6.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
31% identity, 84% coverage: 32:264/278 of query aligns to 32:254/378 of P69874

query
sites
P69874
V
 
V
L
 
I
K
 
P
G
 
Q
V
 
L
S
 
D
L
 
L
Q
 
T
V
 
I
P
 
N
Q
 
N
G
 
G
S
 
E
I
x
F
V
 
L
A
 
T
I
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
P
N
 
S
G
 
G
A
x
C
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
T
 
V
L
|
L
R
 
R
A
 
L
I
 
I
S
 
A
N
 
G
L
 
L
L
 
-
Q
 
-
G
 
-
E
 
-
R
 
-
G
 
E
A
 
T
V
 
V
T
 
D
K
 
S
G
 
G
S
 
R
I
 
I
E
 
M
L
|
L
R
 
D
G
 
N
E
 
E
R
 
D
I
 
I
E
 
T
N
 
H
L
 
V
S
 
-
P
 
P
A
 
A
D
 
E
L
 
-
V
 
-
Q
 
N
R
 
R
G
 
Y
V
 
V
V
 
N
Q
 
T
V
 
V
M
 
F
E
 
Q
G
 
S
R
 
Y
H
 
A
C
 
L
F
 
F
A
 
P
H
 
H
L
 
M
T
 
T
I
 
V
E
 
F
E
 
E
N
 
N
L
 
V
M
 
A
T
 
F
G
 
G
-
 
L
S
 
R
Y
 
M
T
 
Q
R
 
K
T
 
T
S
 
P
K
 
A
A
 
A
E
 
E
I
 
I
A
 
T
A
 
P
N
 
R
L
 
V
E
 
M
K
 
E
V
 
A
Y
 
L
N
 
R
Y
 
M
F
x
V
P
 
-
R
 
Q
L
 
L
K
 
E
T
 
T
R
 
F
R
 
A
T
 
Q
S
 
R
Q
 
K
A
 
P
A
 
H
Y
 
Q
T
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
C
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
V
M
 
V
A
 
N
N
 
K
P
 
P
S
 
R
M
 
L
V
 
L
L
 
L
L
 
L
D
|
D
E
 
E
P
 
S
S
 
L
M
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
Y
Q
 
K
I
 
L
V
 
R
E
 
K
E
 
Q
V
 
M
F
 
Q
N
 
N
I
 
E
V
 
L
K
 
K
D
 
A
L
 
L
N
 
Q
T
 
R
K
 
K
E
 
L
K
 
G
V
 
I
T
 
T
F
 
F
L
 
V
L
 
F
A
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
D
T
 
Q
N
 
E
M
 
E
A
 
A
L
 
L
K
 
T
Y
 
M
S
 
S
D
 
D
Y
 
R
G
 
I
Y
 
V
I
 
V
M
 
M
E
 
R
S
 
D
G
 
G
R
 
R
V
 
I
V
 
E
M
 
Q
D
 
D
G
 
G
A
 
T
A
 
P
S
 
R
D
 
E
L
 
I
A
 
Y
N
 
-
N
 
-
E
 
E
D
 
E
V
 
P
K
 
K
E
 
N
F
 
L
Y
 
F
L
 
V
G
 
A
V
 
G
G
 
F
G
 
I
G
 
G
E
 
E
R
 
I
K
 
N
S
 
M
F
 
F

Sites not aligning to the query:

4u00A Crystal structure of ttha1159 in complex with adp (see paper)
29% identity, 76% coverage: 32:243/278 of query aligns to 17:223/241 of 4u00A

query
sites
4u00A
V
|
V
L
 
L
K
 
K
G
 
G
V
 
I
S
 
H
L
 
L
Q
 
E
V
 
V
P
 
A
Q
 
P
G
 
G
S
 
E
I
 
K
V
 
L
A
 
V
I
 
I
L
 
I
G
 
G
G
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
T
 
L
L
 
I
R
 
R
A
 
T
I
 
I
S
 
N
N
 
R
L
 
L
L
 
E
Q
 
D
G
 
F
E
 
Q
R
 
E
G
 
G
A
 
E
V
 
V
T
 
V
K
 
V
G
 
D
S
 
G
I
 
L
E
 
S
L
 
V
R
 
K
G
 
D
E
 
D
R
 
R
I
 
A
E
 
-
N
 
-
L
 
-
S
 
-
P
 
-
A
 
L
D
 
R
L
 
E
V
 
I
Q
 
R
R
 
R
G
 
E
V
 
V
V
 
G
Q
 
M
V
 
V
M
 
F
E
 
Q
G
 
Q
R
 
F
H
 
N
C
 
L
F
 
F
A
 
P
H
 
H
L
 
M
T
 
T
I
 
V
E
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
V
M
 
-
T
 
T
G
 
L
S
 
A
Y
 
P
T
 
M
R
 
R
T
 
V
S
 
R
K
 
R
A
 
W
E
 
P
I
 
R
A
 
E
A
 
K
N
 
A
L
 
E
E
 
K
K
 
K
V
 
A
Y
 
L
N
 
E
Y
 
L
F
 
L
P
 
E
R
 
R
L
 
V
K
 
G
T
 
I
R
 
L
R
 
D
T
 
Q
S
 
A
Q
 
R
-
 
K
-
 
Y
A
 
P
A
 
A
Y
 
Q
T
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
C
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
M
N
 
E
P
 
P
S
 
K
M
 
I
V
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
M
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
Q
 
E
I
 
M
V
 
V
E
 
G
E
 
E
V
 
V
F
 
L
N
 
D
I
 
V
V
 
M
K
 
R
D
 
D
L
 
L
N
 
-
T
 
A
K
 
Q
E
 
G
K
 
G
V
 
M
T
 
T
F
 
M
L
 
V
L
 
V
A
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
E
T
 
M
N
 
G
M
 
F
A
 
A
L
 
R
K
 
E
Y
 
V
S
 
A
D
 
D
Y
 
R
G
 
V
Y
 
V
I
 
F
M
 
M
E
 
D
S
 
G
G
 
G
R
 
Q
V
 
I
V
 
V
M
 
E
D
 
E
G
 
G
A
 
R
A
 
P
S
 
E
D
 
E
L
 
I

Sites not aligning to the query:

6s8nB Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with lipopolysaccharide (see paper)
30% identity, 81% coverage: 32:255/278 of query aligns to 17:235/238 of 6s8nB

query
sites
6s8nB
V
 
V
L
 
V
K
 
E
G
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
Q
 
T
V
 
V
P
 
N
Q
 
S
G
 
G
S
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
G
I
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
T
 
T
L
 
F
R
 
Y
A
 
M
I
 
V
S
 
V
N
 
G
L
 
I
L
 
V
Q
 
P
G
 
R
E
 
D
R
 
A
G
 
G
A
 
N
V
 
I
T
 
I
K
 
I
G
 
D
S
 
D
I
 
D
E
 
D
L
 
-
R
 
-
G
 
-
E
 
-
R
 
-
I
 
-
E
 
I
N
 
S
L
 
L
S
 
L
P
 
P
A
 
L
D
 
H
L
 
A
-
 
R
V
 
A
Q
 
R
R
 
R
G
 
G
V
 
I
V
 
G
Q
 
Y
V
 
L
M
 
P
E
 
Q
G
 
E
R
 
A
H
 
S
C
 
I
F
 
F
A
x
R
H
 
R
L
 
L
T
 
S
I
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
M
 
M
T
 
A
G
 
V
S
 
L
Y
 
Q
T
 
I
R
 
R
-
 
D
-
 
D
-
 
L
-
 
S
T
 
A
S
 
E
K
 
Q
A
 
R
E
 
E
I
 
D
A
 
R
A
 
A
N
 
N
-
 
E
-
 
L
L
 
M
E
 
E
K
 
E
V
 
F
Y
 
H
N
 
-
Y
 
-
F
 
-
P
 
-
R
 
-
L
 
I
K
 
E
T
 
H
R
 
L
R
 
R
T
 
D
S
 
S
Q
x
M
A
x
G
A
x
Q
Y
 
S
T
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
C
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
A
N
 
N
P
 
P
S
 
K
M
 
F
V
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
Q
 
I
I
 
S
V
 
V
E
 
I
E
 
D
V
 
I
F
 
K
N
 
R
I
 
I
V
 
I
K
 
E
D
 
H
L
 
L
N
 
R
T
 
-
K
 
D
E
 
S
K
 
G
V
 
L
T
 
G
F
 
V
L
 
L
L
 
I
A
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
T
 
V
N
 
R
M
 
E
A
 
T
L
 
L
K
 
A
Y
 
V
S
 
C
D
 
E
Y
 
R
G
 
A
Y
 
Y
I
 
I
M
 
V
E
 
S
S
 
Q
G
 
G
R
 
H
V
 
L
V
 
I
M
 
A
D
 
H
G
 
G
A
 
T
A
 
P
S
 
T
D
 
E
L
 
I
A
 
L
N
 
Q
N
 
D
E
 
E
D
 
H
V
 
V
K
 
K
E
 
R
F
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6s8gA Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with amp-pnp (see paper)
30% identity, 81% coverage: 32:255/278 of query aligns to 17:235/238 of 6s8gA

query
sites
6s8gA
V
 
V
L
 
V
K
 
E
G
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
Q
 
T
V
 
V
P
 
N
Q
 
S
G
 
G
S
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
G
I
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
P
N
|
N
G
 
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
L
 
F
R
 
Y
A
 
M
I
 
V
S
 
V
N
 
G
L
 
I
L
 
V
Q
 
P
G
 
R
E
 
D
R
 
A
G
 
G
A
 
N
V
 
I
T
 
I
K
 
I
G
 
D
S
 
D
I
 
D
E
 
D
L
 
-
R
 
-
G
 
-
E
 
-
R
 
-
I
 
-
E
 
I
N
 
S
L
 
L
S
 
L
P
 
P
A
 
L
D
 
H
L
 
A
-
 
R
V
 
A
Q
 
R
R
 
R
G
 
G
V
 
I
V
 
G
Q
 
Y
V
 
L
M
 
P
E
x
Q
G
 
E
R
 
A
H
 
S
C
 
I
F
 
F
A
 
R
H
 
R
L
 
L
T
 
S
I
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
M
 
M
T
 
A
G
 
V
S
 
L
Y
 
Q
T
 
I
R
 
R
-
 
D
-
 
D
-
 
L
-
 
S
T
 
A
S
 
E
K
 
Q
A
 
R
E
 
E
I
 
D
A
 
R
A
 
A
N
 
N
-
 
E
-
 
L
L
 
M
E
 
E
K
 
E
V
 
F
Y
 
H
N
 
-
Y
 
-
F
 
-
P
 
-
R
 
-
L
 
I
K
 
E
T
 
H
R
 
L
R
 
R
T
 
D
S
 
S
Q
 
M
A
 
G
A
 
Q
Y
x
S
T
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
E
|
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
C
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
A
N
 
N
P
 
P
S
 
K
M
 
F
V
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
Q
 
I
I
 
S
V
 
V
E
 
I
E
 
D
V
 
I
F
 
K
N
 
R
I
 
I
V
 
I
K
 
E
D
 
H
L
 
L
N
 
R
T
 
-
K
 
D
E
 
S
K
 
G
V
 
L
T
 
G
F
 
V
L
 
L
L
 
I
A
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
T
 
V
N
 
R
M
 
E
A
 
T
L
 
L
K
 
A
Y
 
V
S
 
C
D
 
E
Y
 
R
G
 
A
Y
 
Y
I
 
I
M
 
V
E
 
S
S
 
Q
G
 
G
R
 
H
V
 
L
V
 
I
M
 
A
D
 
H
G
 
G
A
 
T
A
 
P
S
 
T
D
 
E
L
 
I
A
 
L
N
 
Q
N
 
D
E
 
E
D
 
H
V
 
V
K
 
K
E
 
R
F
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

Sites not aligning to the query:

6mhzA Vanadate trapped cryo-em structure of e.Coli lptb2fg transporter (see paper)
30% identity, 81% coverage: 32:255/278 of query aligns to 17:235/235 of 6mhzA

query
sites
6mhzA
V
 
V
L
 
V
K
 
E
G
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
Q
 
T
V
 
V
P
 
N
Q
 
S
G
 
G
S
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
G
I
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
L
 
F
R
 
Y
A
 
M
I
 
V
S
 
V
N
 
G
L
 
I
L
 
V
Q
 
P
G
 
R
E
 
D
R
 
A
G
 
G
A
 
N
V
 
I
T
 
I
K
 
I
G
 
D
S
 
D
I
 
D
E
 
D
L
 
-
R
 
-
G
 
-
E
 
-
R
 
-
I
 
-
E
 
I
N
 
S
L
 
L
S
 
L
P
 
P
A
 
L
D
 
H
L
 
A
-
 
R
V
 
A
Q
 
R
R
 
R
G
 
G
V
 
I
V
 
G
Q
 
Y
V
 
L
M
 
P
E
x
Q
G
 
E
R
 
A
H
 
S
C
 
I
F
 
F
A
 
R
H
 
R
L
 
L
T
 
S
I
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
M
 
M
T
 
A
G
 
V
S
 
L
Y
 
Q
T
 
I
R
 
R
-
 
D
-
 
D
-
 
L
-
 
S
T
 
A
S
 
E
K
 
Q
A
 
R
E
 
E
I
 
D
A
 
R
A
 
A
N
 
N
-
 
E
-
 
L
L
 
M
E
 
E
K
 
E
V
 
F
Y
 
H
N
 
-
Y
 
-
F
 
-
P
 
-
R
 
-
L
 
I
K
 
E
T
 
H
R
 
L
R
 
R
T
 
D
S
 
S
Q
 
M
A
 
G
A
 
Q
Y
x
S
T
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
C
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
A
N
 
N
P
 
P
S
 
K
M
 
F
V
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
F
M
 
A
G
|
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
Q
 
I
I
 
S
V
 
V
E
 
I
E
 
D
V
 
I
F
 
K
N
 
R
I
 
I
V
 
I
K
 
E
D
 
H
L
 
L
N
 
R
T
 
-
K
 
D
E
 
S
K
 
G
V
 
L
T
 
G
F
 
V
L
 
L
L
 
I
A
 
T
E
 
D
Q
x
H
N
 
N
T
 
V
N
 
R
M
 
E
A
 
T
L
 
L
K
 
A
Y
 
V
S
 
C
D
 
E
Y
 
R
G
 
A
Y
 
Y
I
 
I
M
 
V
E
 
S
S
 
Q
G
 
G
R
 
H
V
 
L
V
 
I
M
 
A
D
 
H
G
 
G
A
 
T
A
 
P
S
 
T
D
 
E
L
 
I
A
 
L
N
 
Q
N
 
D
E
 
E
D
 
H
V
 
V
K
 
K
E
 
R
F
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

Sites not aligning to the query:

3c4jA Abc protein artp in complex with atp-gamma-s
30% identity, 77% coverage: 32:245/278 of query aligns to 18:227/242 of 3c4jA

query
sites
3c4jA
V
|
V
L
 
L
K
 
K
G
 
G
V
 
I
S
 
N
L
 
V
Q
 
H
V
 
I
P
 
R
Q
 
E
G
 
G
S
 
E
I
 
V
V
 
V
A
 
V
I
 
V
L
 
I
G
 
G
G
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
T
 
F
L
 
L
R
 
R
A
 
C
I
 
L
S
 
N
N
 
L
L
 
L
L
 
E
Q
 
D
G
 
F
E
 
D
R
 
E
G
 
G
A
 
E
V
 
I
T
 
I
K
 
I
G
 
D
S
 
G
I
 
I
E
 
N
L
 
L
R
 
K
G
 
A
E
 
K
R
 
D
I
 
T
E
 
-
N
 
N
L
 
L
S
 
N
P
 
K
A
 
-
D
 
-
L
 
-
V
 
V
Q
 
R
R
 
E
G
 
E
V
 
V
V
 
G
Q
 
M
V
 
V
M
 
F
E
 
Q
G
 
R
R
 
F
H
 
N
C
 
L
F
 
F
A
 
P
H
 
H
L
 
M
T
 
T
I
 
V
E
 
L
E
 
N
N
 
N
L
 
I
-
 
T
-
 
L
-
 
A
-
 
P
M
 
M
T
 
K
G
 
V
S
 
R
Y
 
K
T
 
W
R
 
P
T
 
R
S
 
E
K
 
K
A
 
A
E
 
E
I
 
A
A
 
K
A
 
A
N
 
M
-
 
E
-
 
L
L
 
L
E
 
D
K
 
K
V
 
V
Y
 
-
N
 
-
Y
 
-
F
 
-
P
 
-
R
 
G
L
 
L
K
 
K
T
 
D
R
 
K
R
 
A
T
 
H
S
 
A
Q
 
Y
A
 
P
A
 
D
Y
 
S
T
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
A
Q
 
Q
M
 
R
C
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
M
N
 
E
P
 
P
S
 
K
M
 
I
V
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
M
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
Q
 
E
I
 
M
V
 
V
E
 
G
E
 
E
V
 
V
F
 
L
N
 
S
I
 
V
V
 
M
K
 
K
D
 
Q
L
 
L
N
 
-
T
 
A
K
 
N
E
 
E
K
 
G
V
 
M
T
 
T
F
 
M
L
 
V
L
 
V
A
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
E
T
 
M
N
 
G
M
 
F
A
 
A
L
 
R
K
 
E
Y
 
V
S
 
G
D
 
D
Y
 
R
G
 
V
Y
 
L
I
 
F
M
 
M
E
 
D
S
 
G
G
 
G
R
 
Y
V
 
I
V
 
I
M
 
E
D
 
E
G
 
G
A
 
K
A
 
P
S
 
E
D
 
D
L
 
L
A
 
F
N
 
D

Sites not aligning to the query:

3c41J Abc protein artp in complex with amp-pnp/mg2+
30% identity, 77% coverage: 32:245/278 of query aligns to 18:227/242 of 3c41J

query
sites
3c41J
V
|
V
L
 
L
K
 
K
G
 
G
V
 
I
S
 
N
L
 
V
Q
 
H
V
 
I
P
 
R
Q
 
E
G
 
G
S
 
E
I
 
V
V
 
V
A
 
V
I
 
V
L
 
I
G
 
G
G
 
P
N
x
S
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
T
 
F
L
 
L
R
 
R
A
 
C
I
 
L
S
 
N
N
 
L
L
 
L
L
 
E
Q
 
D
G
 
F
E
 
D
R
 
E
G
 
G
A
 
E
V
 
I
T
 
I
K
 
I
G
 
D
S
 
G
I
 
I
E
 
N
L
 
L
R
 
K
G
 
A
E
 
K
R
 
D
I
 
T
E
 
-
N
 
N
L
 
L
S
 
N
P
 
K
A
 
-
D
 
-
L
 
-
V
 
V
Q
 
R
R
 
E
G
 
E
V
 
V
V
 
G
Q
 
M
V
 
V
M
 
F
E
 
Q
G
 
R
R
 
F
H
 
N
C
 
L
F
 
F
A
 
P
H
 
H
L
 
M
T
 
T
I
 
V
E
 
L
E
 
N
N
 
N
L
 
I
-
 
T
-
 
L
-
 
A
-
 
P
M
 
M
T
 
K
G
 
V
S
 
R
Y
 
K
T
 
W
R
 
P
T
 
R
S
 
E
K
 
K
A
 
A
E
 
E
I
 
A
A
 
K
A
 
A
N
 
M
-
 
E
-
 
L
L
 
L
E
 
D
K
 
K
V
 
V
Y
 
-
N
 
-
Y
 
-
F
 
-
P
 
-
R
 
G
L
 
L
K
 
K
T
 
D
R
 
K
R
 
A
T
 
H
S
 
A
Q
 
Y
A
 
P
A
 
D
Y
 
S
T
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
A
Q
 
Q
M
 
R
C
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
M
N
 
E
P
 
P
S
 
K
M
 
I
V
 
M
L
 
L
L
 
F
D
|
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
M
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
Q
 
E
I
 
M
V
 
V
E
 
G
E
 
E
V
 
V
F
 
L
N
 
S
I
 
V
V
 
M
K
 
K
D
 
Q
L
 
L
N
 
-
T
 
A
K
 
N
E
 
E
K
 
G
V
 
M
T
 
T
F
 
M
L
 
V
L
 
V
A
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
E
T
 
M
N
 
G
M
 
F
A
 
A
L
 
R
K
 
E
Y
 
V
S
 
G
D
 
D
Y
 
R
G
 
V
Y
 
L
I
 
F
M
 
M
E
 
D
S
 
G
G
 
G
R
 
Y
V
 
I
V
 
I
M
 
E
D
 
E
G
 
G
A
 
K
A
 
P
S
 
E
D
 
D
L
 
L
A
 
F
N
 
D

Sites not aligning to the query:

2olkA Abc protein artp in complex with adp-beta-s
30% identity, 77% coverage: 32:245/278 of query aligns to 18:227/242 of 2olkA

query
sites
2olkA
V
|
V
L
 
L
K
 
K
G
 
G
V
 
I
S
 
N
L
 
V
Q
 
H
V
 
I
P
 
R
Q
 
E
G
 
G
S
 
E
I
 
V
V
 
V
A
 
V
I
 
V
L
 
I
G
 
G
G
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
T
 
F
L
 
L
R
 
R
A
 
C
I
 
L
S
 
N
N
 
L
L
 
L
L
 
E
Q
 
D
G
 
F
E
 
D
R
 
E
G
 
G
A
 
E
V
 
I
T
 
I
K
 
I
G
 
D
S
 
G
I
 
I
E
 
N
L
 
L
R
 
K
G
 
A
E
 
K
R
 
D
I
 
T
E
 
-
N
 
N
L
 
L
S
 
N
P
 
K
A
 
-
D
 
-
L
 
-
V
 
V
Q
 
R
R
 
E
G
 
E
V
 
V
V
 
G
Q
 
M
V
 
V
M
 
F
E
 
Q
G
 
R
R
 
F
H
 
N
C
 
L
F
 
F
A
 
P
H
 
H
L
 
M
T
 
T
I
 
V
E
 
L
E
 
N
N
 
N
L
 
I
-
 
T
-
 
L
-
 
A
-
 
P
M
 
M
T
 
K
G
 
V
S
 
R
Y
 
K
T
 
W
R
 
P
T
 
R
S
 
E
K
 
K
A
 
A
E
 
E
I
 
A
A
 
K
A
 
A
N
 
M
-
 
E
-
 
L
L
 
L
E
 
D
K
 
K
V
 
V
Y
 
-
N
 
-
Y
 
-
F
 
-
P
 
-
R
 
G
L
 
L
K
 
K
T
 
D
R
 
K
R
 
A
T
 
H
S
 
A
Q
 
Y
A
 
P
A
 
D
Y
 
S
T
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
A
Q
 
Q
M
 
R
C
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
M
N
 
E
P
 
P
S
 
K
M
 
I
V
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
M
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
Q
 
E
I
 
M
V
 
V
E
 
G
E
 
E
V
 
V
F
 
L
N
 
S
I
 
V
V
 
M
K
 
K
D
 
Q
L
 
L
N
 
-
T
 
A
K
 
N
E
 
E
K
 
G
V
 
M
T
 
T
F
 
M
L
 
V
L
 
V
A
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
E
T
 
M
N
 
G
M
 
F
A
 
A
L
 
R
K
 
E
Y
 
V
S
 
G
D
 
D
Y
 
R
G
 
V
Y
 
L
I
 
F
M
 
M
E
 
D
S
 
G
G
 
G
R
 
Y
V
 
I
V
 
I
M
 
E
D
 
E
G
 
G
A
 
K
A
 
P
S
 
E
D
 
D
L
 
L
A
 
F
N
 
D

Sites not aligning to the query:

2oljA Abc protein artp in complex with adp/mg2+
30% identity, 77% coverage: 32:245/278 of query aligns to 18:227/242 of 2oljA

query
sites
2oljA
V
|
V
L
 
L
K
 
K
G
 
G
V
 
I
S
 
N
L
 
V
Q
 
H
V
 
I
P
 
R
Q
 
E
G
 
G
S
 
E
I
 
V
V
 
V
A
 
V
I
 
V
L
 
I
G
 
G
G
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
T
 
F
L
 
L
R
 
R
A
 
C
I
 
L
S
 
N
N
 
L
L
 
L
L
 
E
Q
 
D
G
 
F
E
 
D
R
 
E
G
 
G
A
 
E
V
 
I
T
 
I
K
 
I
G
 
D
S
 
G
I
 
I
E
 
N
L
 
L
R
 
K
G
 
A
E
 
K
R
 
D
I
 
T
E
 
-
N
 
N
L
 
L
S
 
N
P
 
K
A
 
-
D
 
-
L
 
-
V
 
V
Q
 
R
R
 
E
G
 
E
V
 
V
V
 
G
Q
 
M
V
 
V
M
 
F
E
 
Q
G
 
R
R
 
F
H
 
N
C
 
L
F
 
F
A
 
P
H
 
H
L
 
M
T
 
T
I
 
V
E
 
L
E
 
N
N
 
N
L
 
I
-
 
T
-
 
L
-
 
A
-
 
P
M
 
M
T
 
K
G
 
V
S
 
R
Y
 
K
T
 
W
R
 
P
T
 
R
S
 
E
K
 
K
A
 
A
E
 
E
I
 
A
A
 
K
A
 
A
N
 
M
-
 
E
-
 
L
L
 
L
E
 
D
K
 
K
V
 
V
Y
 
-
N
 
-
Y
 
-
F
 
-
P
 
-
R
 
G
L
 
L
K
 
K
T
 
D
R
 
K
R
 
A
T
 
H
S
 
A
Q
 
Y
A
 
P
A
 
D
Y
 
S
T
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
A
Q
 
Q
M
 
R
C
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
M
N
 
E
P
 
P
S
 
K
M
 
I
V
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
M
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
Q
 
E
I
 
M
V
 
V
E
 
G
E
 
E
V
 
V
F
 
L
N
 
S
I
 
V
V
 
M
K
 
K
D
 
Q
L
 
L
N
 
-
T
 
A
K
 
N
E
 
E
K
 
G
V
 
M
T
 
T
F
 
M
L
 
V
L
 
V
A
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
E
T
 
M
N
 
G
M
 
F
A
 
A
L
 
R
K
 
E
Y
 
V
S
 
G
D
 
D
Y
 
R
G
 
V
Y
 
L
I
 
F
M
 
M
E
 
D
S
 
G
G
 
G
R
 
Y
V
 
I
V
 
I
M
 
E
D
 
E
G
 
G
A
 
K
A
 
P
S
 
E
D
 
D
L
 
L
A
 
F
N
 
D

Sites not aligning to the query:

6mbnA Lptb e163q in complex with atp (see paper)
29% identity, 81% coverage: 32:255/278 of query aligns to 18:236/241 of 6mbnA

query
sites
6mbnA
V
|
V
L
 
V
K
 
E
G
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
Q
 
T
V
 
V
P
 
N
Q
 
S
G
 
G
S
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
G
I
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
L
 
F
R
 
Y
A
 
M
I
 
V
S
 
V
N
 
G
L
 
I
L
 
V
Q
 
P
G
 
R
E
 
D
R
 
A
G
 
G
A
 
N
V
 
I
T
 
I
K
 
I
G
 
D
S
 
D
I
 
D
E
 
D
L
 
-
R
 
-
G
 
-
E
 
-
R
 
-
I
 
-
E
 
I
N
 
S
L
 
L
S
 
L
P
 
P
A
 
L
D
 
H
L
 
A
-
 
R
V
 
A
Q
 
R
R
 
R
G
 
G
V
 
I
V
 
G
Q
 
Y
V
 
L
M
 
P
E
 
Q
G
 
E
R
 
A
H
 
S
C
 
I
F
 
F
A
 
R
H
 
R
L
 
L
T
 
S
I
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
M
 
M
T
 
A
G
 
V
S
 
L
Y
 
Q
T
 
I
R
 
R
-
 
D
-
 
D
-
 
L
-
 
S
T
 
A
S
 
E
K
 
Q
A
 
R
E
 
E
I
 
D
A
 
R
A
 
A
N
 
N
-
 
E
-
 
L
L
 
M
E
 
E
K
 
E
V
 
F
Y
 
H
N
 
-
Y
 
-
F
 
-
P
 
-
R
 
-
L
 
I
K
 
E
T
 
H
R
 
L
R
 
R
T
 
D
S
 
S
Q
 
M
A
 
G
A
 
Q
Y
 
S
T
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
C
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
A
N
 
N
P
 
P
S
 
K
M
 
F
V
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
S
 
F
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
Q
 
I
I
 
S
V
 
V
E
 
I
E
 
D
V
 
I
F
 
K
N
 
R
I
 
I
V
 
I
K
 
E
D
 
H
L
 
L
N
 
R
T
 
-
K
 
D
E
 
S
K
 
G
V
 
L
T
 
G
F
 
V
L
 
L
L
 
I
A
 
T
E
 
D
Q
x
H
N
 
N
T
 
V
N
 
R
M
 
E
A
 
T
L
 
L
K
 
A
Y
 
V
S
 
C
D
 
E
Y
 
R
G
 
A
Y
 
Y
I
 
I
M
 
V
E
 
S
S
 
Q
G
 
G
R
 
H
V
 
L
V
 
I
M
 
A
D
 
H
G
 
G
A
 
T
A
 
P
S
 
T
D
 
E
L
 
I
A
 
L
N
 
Q
N
 
D
E
 
E
D
 
H
V
 
V
K
 
K
E
 
R
F
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

Sites not aligning to the query:

6b89A E. Coli lptb in complex with adp and novobiocin (see paper)
30% identity, 80% coverage: 32:254/278 of query aligns to 17:234/234 of 6b89A

query
sites
6b89A
V
|
V
L
 
V
K
 
E
G
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
Q
 
T
V
 
V
P
 
N
Q
 
S
G
 
G
S
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
G
I
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
L
 
F
R
 
Y
A
 
M
I
 
V
S
 
V
N
 
G
L
 
I
L
 
V
Q
 
P
G
 
R
E
 
D
R
 
A
G
 
G
A
 
N
V
 
I
T
 
I
K
 
I
G
 
D
S
 
D
I
 
D
E
 
D
L
 
-
R
 
-
G
 
-
E
 
-
R
 
-
I
 
-
E
 
I
N
 
S
L
 
L
S
 
L
P
 
P
A
x
L
D
x
H
L
 
A
-
 
R
V
 
A
Q
 
R
R
 
R
G
 
G
V
 
I
V
 
G
Q
 
Y
V
 
L
M
x
P
E
x
Q
G
 
E
R
x
A
H
x
S
C
 
I
F
|
F
A
x
R
H
x
R
L
|
L
T
 
S
I
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
M
 
M
T
 
A
G
x
V
S
 
L
Y
 
Q
T
 
I
R
 
R
-
 
D
-
 
D
-
 
L
-
 
S
T
 
A
S
 
E
K
 
Q
A
 
R
E
 
E
I
 
D
A
 
R
A
 
A
N
 
N
-
 
E
-
 
L
L
 
M
E
 
E
K
 
E
V
 
F
Y
 
H
N
 
-
Y
 
-
F
 
-
P
 
-
R
 
-
L
 
I
K
 
E
T
 
H
R
 
L
R
 
R
T
 
D
S
 
S
Q
 
M
A
 
G
A
x
Q
Y
 
S
T
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
C
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
|
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
A
N
 
N
P
 
P
S
 
K
M
 
F
V
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
Q
 
I
I
 
S
V
 
V
E
 
I
E
 
D
V
 
I
F
 
K
N
 
R
I
 
I
V
 
I
K
 
E
D
 
H
L
 
L
N
 
R
T
 
-
K
 
D
E
 
S
K
 
G
V
 
L
T
 
G
F
 
V
L
 
L
L
 
I
A
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
T
 
V
N
 
R
M
 
E
A
 
T
L
 
L
K
 
A
Y
 
V
S
 
C
D
 
E
Y
 
R
G
 
A
Y
 
Y
I
 
I
M
 
V
E
 
S
S
 
Q
G
 
G
R
 
H
V
 
L
V
 
I
M
 
A
D
 
H
G
 
G
A
 
T
A
 
P
S
 
T
D
 
E
L
 
I
A
 
L
N
 
Q
N
 
D
E
 
E
D
 
H
V
 
V
K
 
K
E
 
R
F
 
V
Y
 
Y
L
 
L

Sites not aligning to the query:

4p31A Crystal structure of a selenomethionine derivative of e. Coli lptb in complex with adp-magensium (see paper)
30% identity, 80% coverage: 32:254/278 of query aligns to 17:234/234 of 4p31A

query
sites
4p31A
V
|
V
L
 
V
K
 
E
G
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
Q
 
T
V
 
V
P
 
N
Q
 
S
G
 
G
S
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
G
I
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
P
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
L
 
F
R
 
Y
A
 
M
I
 
V
S
 
V
N
 
G
L
 
I
L
 
V
Q
 
P
G
 
R
E
 
D
R
 
A
G
 
G
A
 
N
V
 
I
T
 
I
K
 
I
G
 
D
S
 
D
I
 
D
E
 
D
L
 
-
R
 
-
G
 
-
E
 
-
R
 
-
I
 
-
E
 
I
N
 
S
L
 
L
S
 
L
P
 
P
A
 
L
D
 
H
L
 
A
-
 
R
V
 
A
Q
 
R
R
 
R
G
 
G
V
 
I
V
 
G
Q
 
Y
V
 
L
M
 
P
E
x
Q
G
 
E
R
 
A
H
 
S
C
 
I
F
 
F
A
 
R
H
 
R
L
 
L
T
 
S
I
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
M
 
M
T
 
A
G
 
V
S
 
L
Y
 
Q
T
 
I
R
 
R
-
 
D
-
 
D
-
 
L
-
 
S
T
 
A
S
 
E
K
 
Q
A
 
R
E
 
E
I
 
D
A
 
R
A
 
A
N
 
N
-
 
E
-
 
L
L
 
M
E
 
E
K
 
E
V
 
F
Y
 
H
N
 
-
Y
 
-
F
 
-
P
 
-
R
 
-
L
 
I
K
 
E
T
 
H
R
 
L
R
 
R
T
 
D
S
 
S
Q
 
M
A
 
G
A
 
Q
Y
 
S
T
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
C
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
A
N
 
N
P
 
P
S
 
K
M
 
F
V
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
Q
 
I
I
 
S
V
 
V
E
 
I
E
 
D
V
 
I
F
 
K
N
 
R
I
 
I
V
 
I
K
 
E
D
 
H
L
 
L
N
 
R
T
 
-
K
 
D
E
 
S
K
 
G
V
 
L
T
 
G
F
 
V
L
 
L
L
 
I
A
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
T
 
V
N
 
R
M
 
E
A
 
T
L
 
L
K
 
A
Y
 
V
S
 
C
D
 
E
Y
 
R
G
 
A
Y
 
Y
I
 
I
M
 
V
E
 
S
S
 
Q
G
 
G
R
 
H
V
 
L
V
 
I
M
 
A
D
 
H
G
 
G
A
 
T
A
 
P
S
 
T
D
 
E
L
 
I
A
 
L
N
 
Q
N
 
D
E
 
E
D
 
H
V
 
V
K
 
K
E
 
R
F
 
V
Y
 
Y
L
 
L

Sites not aligning to the query:

P30750 Methionine import ATP-binding protein MetN; EC 7.4.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
28% identity, 77% coverage: 30:243/278 of query aligns to 18:228/343 of P30750

query
sites
P30750
I
 
I
L
 
Q
V
 
A
L
 
L
K
 
N
G
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
L
Q
 
H
V
 
V
P
 
P
Q
 
A
G
 
G
S
 
Q
I
 
I
V
 
Y
A
 
G
I
 
V
L
 
I
G
 
G
G
 
A
N
x
S
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
T
 
L
L
 
I
R
 
R
A
 
C
I
 
V
S
 
-
N
 
N
L
 
L
L
 
L
Q
 
-
G
 
-
E
 
E
R
 
R
G
 
P
A
 
-
V
 
-
T
 
T
K
 
E
G
 
G
S
 
S
I
 
V
E
 
L
L
 
V
R
 
D
G
 
G
E
 
Q
R
 
E
I
 
L
E
 
T
N
 
T
L
 
L
S
 
S
P
 
E
A
 
S
D
 
E
L
 
L
V
 
T
Q
 
K
-
 
A
-
 
R
R
 
R
G
 
Q
V
 
I
V
 
G
Q
 
M
V
 
I
M
 
F
E
 
Q
G
 
H
R
 
F
H
 
N
C
 
L
F
 
L
A
 
S
H
 
S
L
 
R
T
 
T
I
 
V
E
 
F
E
 
G
N
 
N
L
 
V
-
 
A
M
 
L
T
 
P
G
 
L
S
 
E
Y
 
L
T
 
D
R
 
N
T
 
T
S
 
P
K
 
K
A
 
D
E
 
E
I
 
V
A
 
K
A
 
R
N
 
R
L
 
V
E
 
T
K
 
E
V
 
L
Y
 
L
N
 
S
Y
 
L
F
 
V
P
 
-
R
 
G
L
 
L
K
 
G
T
 
D
R
 
K
R
 
H
T
 
D
S
 
S
Q
 
Y
A
 
P
A
 
S
Y
 
N
T
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
M
 
R
C
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
S
N
 
N
P
 
P
S
 
K
M
 
V
V
 
L
L
 
L
L
 
C
D
 
D
E
|
E
P
 
A
S
 
T
M
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
Q
 
A
I
 
T
V
 
T
E
 
R
E
 
S
V
 
I
F
 
L
N
 
E
I
 
L
V
 
L
K
 
K
D
 
D
L
 
I
N
 
N
T
 
R
K
 
R
E
 
L
K
 
G
V
 
L
T
 
T
F
 
I
L
 
L
L
 
L
A
 
I
E
 
T
Q
 
H
N
 
E
T
 
M
N
 
D
M
 
V
A
 
V
L
 
K
K
 
R
Y
 
I
S
 
C
D
 
D
Y
 
C
G
 
V
Y
 
A
I
 
V
M
 
I
E
 
S
S
 
N
G
 
G
R
 
E
V
 
L
V
 
I
M
 
E
D
 
Q
G
 
D
A
 
T
A
 
V
S
 
S
D
 
E
L
 
V

Sites not aligning to the query:

6b8bA E. Coli lptb in complex with adp and a novobiocin derivative (see paper)
29% identity, 80% coverage: 32:253/278 of query aligns to 17:233/233 of 6b8bA

query
sites
6b8bA
V
|
V
L
 
V
K
 
E
G
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
Q
 
T
V
 
V
P
 
N
Q
 
S
G
 
G
S
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
G
I
 
L
L
 
L
G
 
G
G
 
P
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
L
 
F
R
 
Y
A
 
M
I
 
V
S
 
V
N
 
G
L
 
I
L
 
V
Q
 
P
G
 
R
E
 
D
R
 
A
G
 
G
A
 
N
V
 
I
T
 
I
K
 
I
G
 
D
S
 
D
I
 
D
E
 
D
L
 
-
R
 
-
G
 
-
E
 
-
R
 
-
I
 
-
E
 
I
N
 
S
L
 
L
S
 
L
P
 
P
A
 
L
D
 
H
L
 
A
-
 
R
V
 
A
Q
 
R
R
 
R
G
 
G
V
 
I
V
 
G
Q
 
Y
V
 
L
M
 
P
E
 
Q
G
 
E
R
 
A
H
 
S
C
 
I
F
|
F
A
x
R
H
x
R
L
 
L
T
 
S
I
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
M
 
M
T
 
A
G
 
V
S
 
L
Y
 
Q
T
 
I
R
 
R
-
 
D
-
 
D
-
 
L
-
 
S
T
 
A
S
 
E
K
 
Q
A
 
R
E
 
E
I
 
D
A
 
R
A
 
A
N
 
N
-
 
E
-
 
L
L
 
M
E
 
E
K
 
E
V
 
F
Y
 
H
N
 
-
Y
 
-
F
 
-
P
 
-
R
 
-
L
 
I
K
 
E
T
 
H
R
 
L
R
 
R
T
 
D
S
 
S
Q
 
M
A
 
G
A
 
Q
Y
 
S
T
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
C
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
A
N
 
N
P
 
P
S
 
K
M
 
F
V
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
Q
 
I
I
 
S
V
 
V
E
 
I
E
 
D
V
 
I
F
 
K
N
 
R
I
 
I
V
 
I
K
 
E
D
 
H
L
 
L
N
 
R
T
 
-
K
 
D
E
 
S
K
 
G
V
 
L
T
 
G
F
 
V
L
 
L
L
 
I
A
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
T
 
V
N
 
R
M
 
E
A
 
T
L
 
L
K
 
A
Y
 
V
S
 
C
D
 
E
Y
 
R
G
 
A
Y
 
Y
I
 
I
M
 
V
E
 
S
S
 
Q
G
 
G
R
 
H
V
 
L
V
 
I
M
 
A
D
 
H
G
 
G
A
 
T
A
 
P
S
 
T
D
 
E
L
 
I
A
 
L
N
 
Q
N
 
D
E
 
E
D
 
H
V
 
V
K
 
K
E
 
R
F
 
V
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

3tuzC Inward facing conformations of the metni methionine abc transporter: cy5 semet soak crystal form (see paper)
28% identity, 77% coverage: 30:243/278 of query aligns to 19:229/344 of 3tuzC

query
sites
3tuzC
I
 
I
L
 
Q
V
 
A
L
 
L
K
 
N
G
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
L
Q
 
H
V
 
V
P
 
P
Q
 
A
G
 
G
S
 
Q
I
 
I
V
 
Y
A
 
G
I
 
V
L
 
I
G
 
G
G
 
A
N
 
S
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
T
 
L
L
 
I
R
 
R
A
 
C
I
 
V
S
 
-
N
 
N
L
 
L
L
 
L
Q
 
-
G
 
-
E
 
E
R
 
R
G
 
P
A
 
-
V
 
-
T
 
T
K
 
E
G
 
G
S
 
S
I
 
V
E
 
L
L
 
V
R
 
D
G
 
G
E
 
Q
R
 
E
I
 
L
E
 
T
N
 
T
L
 
L
S
 
S
P
 
E
A
 
S
D
 
E
L
 
L
V
 
T
Q
 
K
-
 
A
-
 
R
R
 
R
G
 
Q
V
 
I
V
 
G
Q
 
M
V
 
I
M
 
F
E
 
Q
G
 
H
R
 
F
H
 
N
C
 
L
F
 
L
A
 
S
H
 
S
L
 
R
T
 
T
I
 
V
E
 
F
E
 
G
N
 
N
L
 
V
-
 
A
M
 
L
T
 
P
G
 
L
S
 
E
Y
 
L
T
 
D
R
 
N
T
 
T
S
 
P
K
 
K
A
 
D
E
 
E
I
 
V
A
 
K
A
 
R
N
 
R
L
 
V
E
 
T
K
 
E
V
 
L
Y
 
L
N
 
S
Y
 
L
F
 
V
P
 
-
R
 
G
L
 
L
K
 
G
T
 
D
R
 
K
R
 
H
T
 
D
S
 
S
Q
 
Y
A
 
P
A
 
S
Y
 
N
T
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
M
 
R